浅谈Agilent、Illumina、Affymetrix三家公司的生物芯片

Agilent的生物芯片（系统）和别的公司的生物芯片（系统）一样，同样由：扫描仪、生物芯片、分析软件，三部分组成。

Agilent的芯片扫描仪，叫SureScan DX。SureScan DX已经取得了欧洲的CE认证，和中国的CFDA认证，可以应用于临床。

Agilent（目前）生产的芯片，可以根据点阵密度的不同，分成密度较低的HD芯片、和高密度的G3芯片。

Agilent公司除了提供：CGH芯片、和表达谱芯片之外，还提供：microRNA芯片、甲基化芯片、ChIP芯片、基因合成用的Oligo Library Synthesis芯片。

HD芯片，一张芯片上最多可以有24万4千个点,高密度的G3芯片，一张芯片上最多可以有1百万个点。

而一张芯片上，又可以根据点阵的分区的情况，区分成：1个区的、2个区的、4个区的、和8个区的。分的区越多，则一张芯片上，可以同时检测的样本数就越多。但是分区越多，每个样本可以检测的数据点就越少。

Affymetrix 公司是著名的生物芯片公司。它的芯片当中包含了：RNA表达量分析（表达谱芯片）、SNP检测（基因分型）、拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）、small RNA、甲基化等多种芯片。

首先，我们介绍一下 Affymetrix 的（生物芯片的）仪器，目前在售的仪器，主要有4个机型，从小到大，分别是：

1.   GeneAtlas

2.   GeneChipScanner 3000 7G（简称：7G）

3.   GeneChipSystem 3000 DX2（简称：DX2）

4.   GeneTitan

GeneAtlas 是一个小型系统，它主要可以扫描4张芯片一组的小芯片条。它的特点是：经济、易用。

GeneChip Scanner 3000 7G（7G）和GeneChipSystem 3000 DX2（DX2）。是一款机器的2个版本，其中，“7G”版是科研型版本、 “DX2”是临床版本。其中，DX2已经取得了美国FDA和中国CFDA的认证。

GeneTitan 是新机型，它的通量更大，自动化程度更高。平均到每个样本的检测成本更低。

GeneTitan在生物样本库项目（BioBank）当中，应用很多介绍完仪器，接下来，我们来介绍Affymetrix 芯片的制造过程。

在高通量SNP检测的市场上，Illumina的生物芯片有着巨大优势。新近很火的美国“23 and ME公司”，就是用的Illumina的Human Omni Express生物芯片来做SNP检测的。

Illumina的SNP生物芯片的优势在于：

第1，它的检测通量很大，一次可以检测几十万到几百万个SNP位点

第2，它的检测准确性很高，它的准确性可以达到99.9%以上

第3，它的检测的费用相对低廉，大约一个90万位点的芯片（每个样本的）检测费用在一、两千人民币

Illumina的生物芯片系统，主要是由：芯片、扫描仪、和分析软件组成。

目前它主要的扫描仪有HiScan和iScan两款。另外，NextSeq 550型（测序仪）也可以扫描部分类型的芯片。