导读:浅谈一下Agilent公司(安捷伦公司)、Illumina公司、Affymetrix 公司的生物芯片。
Agilent的生物芯片(系统)和别的公司的生物芯片(系统)一样,同样由:扫描仪、生物芯片、分析软件,三部分组成。
Agilent的芯片扫描仪,叫SureScan DX。SureScan DX已经取得了欧洲的CE认证,和中国的CFDA认证,可以应用于临床。
Agilent(目前)生产的芯片,可以根据点阵密度的不同,分成密度较低的HD芯片、和高密度的G3芯片。
Agilent公司除了提供:CGH芯片、和表达谱芯片之外,还提供:microRNA芯片、甲基化芯片、ChIP芯片、基因合成用的Oligo Library Synthesis芯片。
HD芯片,一张芯片上最多可以有24万4千个点,高密度的G3芯片,一张芯片上最多可以有1百万个点。
而一张芯片上,又可以根据点阵的分区的情况,区分成:1个区的、2个区的、4个区的、和8个区的。分的区越多,则一张芯片上,可以同时检测的样本数就越多。但是分区越多,每个样本可以检测的数据点就越少。
Affymetrix 公司是著名的生物芯片公司。它的芯片当中包含了:RNA表达量分析(表达谱芯片)、SNP检测(基因分型)、拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)、small RNA、甲基化等多种芯片。
首先,我们介绍一下 Affymetrix 的(生物芯片的)仪器,目前在售的仪器,主要有4个机型,从小到大,分别是:
1. GeneAtlas
2. GeneChipScanner 3000 7G(简称:7G)
3. GeneChipSystem 3000 DX2(简称:DX2)
4. GeneTitan
GeneAtlas 是一个小型系统,它主要可以扫描4张芯片一组的小芯片条。它的特点是:经济、易用。
GeneChip Scanner 3000 7G(7G)和GeneChipSystem 3000 DX2(DX2)。是一款机器的2个版本,其中,“7G”版是科研型版本、 “DX2”是临床版本。其中,DX2已经取得了美国FDA和中国CFDA的认证。
GeneTitan 是新机型,它的通量更大,自动化程度更高。平均到每个样本的检测成本更低。
GeneTitan在生物样本库项目(BioBank)当中,应用很多介绍完仪器,接下来,我们来介绍Affymetrix 芯片的制造过程。
在高通量SNP检测的市场上,Illumina的生物芯片有着巨大优势。新近很火的美国“23 and ME公司”,就是用的Illumina的Human Omni Express生物芯片来做SNP检测的。
Illumina的SNP生物芯片的优势在于:
第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点
第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上
第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一、两千人民币
Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片、扫描仪、和分析软件组成。
目前它主要的扫描仪有HiScan和iScan两款。另外,NextSeq 550型(测序仪)也可以扫描部分类型的芯片。
来源于:仪器信息网
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