华大基因两大领域收获六项成果

　　2010年12月17日，《科学》杂志公布了“2010年十大科学突破”，分别为量子机械、合成生物学、尼安德特人基因组、下一世代的基因组学、RNA的重新编程、外显子组测序/罕见疾病基因、量子模拟器、分子动力学模拟、大鼠的回归与HIV预防。深圳华大基因研究院在“下一世代的基因组学”及“外显子组测序/罕见疾病基因”中获得了六项科研成果，彰显了华大基因在国际基因组学研究领域的先进性及前沿地位。

　　下一世代的基因组学

　　解读：更快更廉价的测序技术使人们能够对远古和现代的DNA进行极大规模的研究。例如，1000个基因组计划已经发现了令我们人类独一无二的基因组变异——而其他正在进行中的计划一定还会披露更多的基因组功能。

　　成果一：

　　古人类全基因组的深度序列测定

　　2010年2月11日，国际顶尖科学期刊《自然》发表了由深圳华大基因研究院和丹麦哥本哈根大学联合创建的中丹基因组联合中心近日完成的“世界首例古人类全基因组的深度序列测定和解读工作”的历史性成果。该研究以强有力的数据证明，在现代美洲原住民迁徙到美洲之前，还有更早一批的黄种人群体经西伯利亚迁徙到美洲，为这一人类演化历史中的重大问题提供了最基本的证据。非常有趣的是，科学家通过对其基因组序列的仔细分析，推断出这一4000年前古人类应该具有在亚洲人中常见的A型血、褐色眼睛、浓密的黑发和较干的耳蜡，同时很有可能是一名秃顶男性。《自然》杂志当期封面正是据此模拟出的Saqqaq古人头像。

　　成果二：

　　迄今最详尽人类基因多态性图谱

　　10月28日，由深圳华大基因研究院、英国桑格(Sanger)研究所、美国国立人类基因组研究所(NHGRI)等共同发起并主导的“国际千人基因组计划”协作组在《自然》杂志上，以封面文章形式发布了迄今最详尽的人类基因多态性图谱，同时也在《科学》杂志上报告了在基因研究技术手段上的收获。这是全球科学家在人类基因组学领域取得的又一次重大突破，相关成果标志着人类基因研究进入了一个划时代的新阶段。“千人基因组计划”于2008年启动，旨在绘制迄今最详尽、最有医学应用价值的人类基因多态性图谱。现在报告的是该计划第一阶段的分析成果。

　　成果三：

　　中国人全基因组DNA甲基化图谱

　　11月9日，由深圳华大基因研究院绘制的中国人全基因组DNA甲基化图谱(炎黄甲基化项目)在《PLoS Biology》上发表。这是深圳华大基因研究院在人类基因组研究领域取得的又一项重要成果。该项研究将新一代测序技术成功应用于表观遗传学研究，同时由于人外周血样本在临床上的广泛应用，该研究对于表观遗传学研究，特别是疾病的表观遗传学的研究及其临床应用都具有积极的推动作用。这项成果的研究数据是“国际人类表观组计划”的一部分，已经上传到美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库。

　　外显子组测序/罕见疾病基因领域

　　解读：通过只对某一基因组中的外显子(或者说是那个极小的实际编码蛋白质的基因组部分)进行测序来研究罕见遗传性疾病，研究人员发现了至少造成12种疾病的特别的基因突变;而这些遗传性疾病都是由某个单独的有缺陷的基因引起的。

　　成果四：

　　揭示低频率非同义突变的存在

　　2010年10月4日，由深圳华大基因研究院与美国加州大学伯克利分校、丹麦哥本哈根大学等单位合作的研究成果“对200个人类外显子的测序揭示大量低频率非同义突变的存在”在国际著名学术杂志《自然-遗传学》上发表。该项研究对200个丹麦个体蛋白质编码基因的外显子组进行了深度测序，发现了大量以往未知的单核苷酸多态性位点(SNP)，其中大部分在人群中都以较低频率出现。该研究完成了目前在人类外显子区域规模最大、分辨率最精细的遗传图谱，并以翔实的数据证明，人群当中的低频率多态性位点富集了大量能引起蛋白质氨基酸序列改变的变异，而这类变异在人群中受到自然选择作用，可能具有影响人类健康的功能。

　　成果五：

　　发现小脑共济失调新致病基因

　　11月23日，由深圳华大基因研究院、中南大学湘雅医院等单位合作研究的成果“利用全外显子组测序技术发现小脑共济失调新的致病基因TGM6”在国际知名杂志《脑》上在线发表。这是我国科学家应用外显子组测序技术进行单基因病研究的一项突破，对促进国内单基因病研究的发展具有重要意义。华大基因于2010年5月启动了“千种单基因病计划”，希望通过与国内外单基因病研究领域的科学家合作，充分利用华大基因先进的基因组测序技术和强大的生物信息分析能力，将丰富的单基因病遗传资源转化为新的科学发现，促进单基因病研究的发展。

　　《科学》杂志同时还编辑了十项自新千年以来改变科学的见解，其中生命科学领域的发现包括古代DNA，细胞再生，人体内微生物群落及炎症在慢性疾病中的作用。深圳华大基因研究院对“人体内微生物群落”的研究发现也有突出的贡献。

　　成果六：

　　构建“肠道菌群元基因组参考基因集”

　　2010年3月4日出版的国际顶尖科学期刊《自然》以封面故事着重介绍了由中国深圳华大基因研究院主要承担的“人体肠道菌群元基因组参考基因集的构建工作”。该项研究成果收集了124个来自于欧洲人肠道菌群的样本，采用了新一代大规模高通量的测序技术进行深度测序，产出近6000亿的碱基序列。经过序列组装和基因注释分析，从中获得330万个非冗余的人体肠道元基因组的参考基因，约是人自身基因的150倍。这个基因集中包含了绝大部分目前已知的人体肠道微生物基因，但更多的是目前未知微生物的基因。从这个基因集中可以估计人肠道中存在约1000到1150种细菌，平均每个体内约含有160种优势菌种，并且这些细菌是绝大部分个体所共有的。人体肠道元基因组参考基因集的构建，加深了人们对肠道微生物与人体自身健康关系的理解，也更有助于预防、监控和干预由肠道菌群引发的肥胖、肠炎和糖尿病等疾病。