导读:1月30日,COVID-19和SARS-CoV-2流行病学和基因组数据网站Outbreak.info更新了目前全球各大数据的新冠Omicron突变株测序结果,快来看看,你家试剂是否会漏检~
1月30日,COVID-19和SARS-CoV-2流行病学和基因组数据网站Outbreak.info更新了目前全球各大数据的新冠Omicron突变株测序结果,快来看看,你家试剂是否会漏检~
(1)开放阅读框ORF1a和ORF1b
开放阅读框的ORF1a和ORF1b RNA通过基因组RNA合成,再接着分别翻译合成pp1a和pp1ab蛋白。这两种蛋白会被蛋白酶裂解,形成16个非结构蛋白。
非结构蛋白会形成复制-转录复合物,使用正链基因组RNA为模板进行复制,然后形成新的病毒粒子基因组。通过转录翻译合成结构蛋白(S蛋白、E外膜蛋白、M膜蛋白、N核衣壳蛋白)。S蛋白、E蛋白、M蛋白进入内质网,N蛋白与正链基因组RNA结合形成核蛋白复合物。在高尔基体内完成病毒颗粒的组装,然后通过高尔基体和囊泡释放新生成的病毒到细胞外,进而感染别的细胞。
从已上传的11组Omicron突变株的测序数据来看,ORF1b在P314L和I1566V这两位点全部发生了突变。
(2)S蛋白基因
S蛋白是冠状病毒最重要的表面蛋白,与病毒的传染能力及发病机制等密切相关。S蛋白的主要功能是与宿主细胞表面受体结合,引起自身构象变化,使疏水性的融合肽与细胞膜接近并融合介导病毒进入细胞内。
S蛋白基因也是目前Omicron突变最多的地方,从报告数据来看, 突变达到24处。
去年曾有新冠研究人员称,他们在新冠病毒的S蛋白(刺突蛋白)中发现了4个插入片段,这4个片段是新冠病毒(2019-nCoV)所独有的,其他冠状病毒中没有这些插入片段。
然而,作者声称,所有的4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)的复制蛋白 gp120或 Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。 HIV-1是导致人类艾滋病的主要病毒。
有学者推测此次发现的 Omicron变异毒株就是艾滋病毒和新冠病毒“碰撞”的结果。但是,该病毒是否从HIV患者体内进化而来,目前并无确切研究说明。
(3)E基因和N基因
新冠病毒主要由结构蛋白和非结构蛋白组成,结构蛋白包括 E 基因编码的包膜蛋白、M 基因编码的膜蛋白、N 基因编码的核衣壳蛋白、S 基因编码的刺突蛋白。
N蛋白与病毒基因组RNA相互缠绕形成病毒核衣壳,在病毒RNA的合成过程中发挥着重要的作用。同时,N蛋白相对保守,在病毒的结构蛋白中所占比例最大。
N蛋白基因在冠状病毒内相对保守,会和其他病毒基因有交叉,容易导致单基因阳性。而ORF1ab基因具有较好的特异性,同时检测两个基因能有效避免误诊。
从已经上传的测序数据来看,E基因的突变仅有1处,N基因的突变有4处,是否会影响到具体试剂盒的检测性能,就要看各个厂家自己的探针和引物设计的位置了。
如何确定是否会漏检?
目前大家所关心的点在于Omicron的出现是否会导致现有的检测试剂盒出现漏检的情况,据业内人士反馈,IVD试剂企业会在拿到Omicron(奥密克戎)毒株的全基因序列之后,检查引物是否在 Omicron毒株的保守区域,如果与引物互补配对的新冠RNA序列没有碱基突变,那么引物可能不需要调整。
我国获批的实时荧光定量 PCR 法试剂盒检测靶标主要针对新冠病毒基因组开放性读码框 ORF1ab、N 基因、E 基因保守区域进行引物设计,从目前数据来看,这三个区域的突变位点并不是很多。
另一方面,很多引物设计软件都可以预测核酸扩增效率(Omicron序列已知),通过生信分析+软件模拟即可大致确定是否会出现漏检,当然更严谨起见,通过合成包含Omicron毒株全基因序列的质粒,用自家试剂盒进行检测也是非常重要的,但实际PCR检测结果的因素有很多,是否会产生漏检还要看真实样本的检测情况了。
来源于:仪器信息网
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