mNGS检测实验室趋向转换国产测序平台——剖析卫健委最新室间质评报告

2022年9月1日，国家卫生健康委临床检验中心（下简称“临检中心”）发布2022年“全国下呼吸道感染宏基因组（DNA和RNA）高通量测序室间质量评价预研活动”结果报告，此次接受报名的实验室共131家，实际收到122家有效回报结果，合格率较2021年有一定下降，仅为41.8%（51/122，按照≥80分为合格的标准）。

近年，宏基因组高通量测序（mNGS）凭借其不依赖微生物培养、病原体覆盖广等特点，已逐渐应用于感染性疾病的临床诊断。为了解国内实验室mNGS检测水平，通过对参评实验室检测结果的分析，发现检测过程中存在问题，促进实验室提高 mNGS 检测水平有着重要的意义，小编对此次室间质评活动的整体情况及差异因素进行了挖掘分析，以期深入了解mNGS技术，促进合理规范应用。

1、各实验室间的检测方法存在差异

报告显示从微生物破壁方式、DNA和RNA提取、富集、文库制备、测序、微生物比对算法、公共数据库和背景微生物数据库等各个环节，实验室的检测方法之间均存在较大差异，进一步说明了mNGS检测流程的复杂性。

2、各实验室间的检测能力存在差异

此次室间质评在使用同一测序平台同一检测策略的不同实验室间结果也大不相同，说明不同实验室的检测能力之间本身存在一定的差异。提示使用mNGS检测产品时需对实验过程中各个环节进行细节关注和把控，更需要对检验人员进行充分的规范化培训，将合格检测产品转化为合格检测服务任重而道远。

3、国产测序平台MGI正受到更多实验室青睐

此次活动中，主流测序平台仍是Illumina和MGI，而MGI使用比例正在大幅上升，这说明近两年mNGS检测实验室越来越多的接受和转换为国产测序平台。从检测性能到数据安全，MGI国产测序平台受到更多实验室的信任和青睐。

4、RNA病原体的稳定检出得到重点关注

在今年的室间质评中，所有样本均需检测DNA和RNA病原体。根据报告显示，与2021年主要考核细菌与真菌的检测性能不同，此次实验室检测重点关注了RNA病毒漏检导致的假阴性。有12家（9.8%）实验室能全部检出这57个微生物，53家（43.4%）实验室有5个以内（包含 5个）的假阴性结果，57 家（46.7%）实验室存在5个以上的假阴性结果。各实验室的假阴性结果主要来源于对 RNA 病毒的漏检，这可能与RNA病毒不稳定、基因组远小于细菌和真菌和实验操作中（去宿主、珠磨破壁）造成RNA病毒损失、部分标本人源背景较高以及样本中RNA病毒本身浓度较低有关。

5、检测结果正确解读有助于提高临床诊断，反之将带来干扰

与2021年不同，本次EQA活动中，除9个模拟样本（2022S1-2022S9）外，还有4个真实肺泡灌洗液（BALF）样本（2022S10-2022S13）。2022S10-2022S13检测结果需要分别基于病例样本中的所有疑似病原体做出判断，目的是来评价实验室依据所给病例的临床表现和治疗等相关信息，需要结合mNGS检测结果，准确报告病原体，对检测结果的临床诊断和解释提出更高的要求。目前mNGS检出病原与临床致病病原体判断之间仍有一定的复杂性，报告解读需要结合临床表现综合进行判断，检出不一定代表致病。在区分明确病原体时一定要贴合临床，否则反而容易给临床诊治带来干扰。在结果报告时，多学科专家（临床医学家、微生物学家以及生信分析专家等）的共同参与将有助于 mNGS 检测结果的正确解读。

6、mNGS与一般分子试剂的质评差异

一般分子检测如新冠核酸检测试剂室间质评，主要是对检测试剂分析性能的一致性进行评价，即阳性符合率、阴性符合率、最低检测限（LOD）。而宏基因组检测试剂除了以上性能指标外，还要考核临床场景下的报告准确性。此次室间质评，在报告结果与“临床感染标准答案”一致性方面，展示了较多的差异。尤其是国内最有临床能力的几家医院，反而出现了不合格，其中对于4个临床真实样本，因其可以紧密结合临床情况，报告非常准确；而对于9个模拟样本，则出现了不合格，说明模拟样本里面的“标准”答案与临床真实情况并不完全符合。临床样本和模拟样本差异性巨大，尤其是临床不太可能存在一个人感染10多种病毒情况，这种模拟是技术模拟，不是临床应用模拟，给本次室间质评带来了巨大的考核意义挑战。

结语

mNGS技术是临床微生物检测领域革命性的新技术，如何有效利用好这一技术，使其真正服务于临床，是众多临床实验室、第三方检测公司及监管部门需要认真思考与努力改进的共同目标。