高通量声波基因组剪切仪对人全血DNA超声实验分享

　　DNA测序是确定核苷酸碱基序列的重要分子生物学技术，目前市场上主流的是第二代高通量测序，其基于大规模平行测序技术，能同时完成测序模板互补链的合成和序列数据的获取。IVD是指体外诊断，包括生化诊断，免疫诊断，血球检测，分子诊断，以及POCT。在IVD市场中，测序是分子诊断中一项不可或缺的实验技术。随着以上两种生物技术的发展，测序建库显得尤为重要。建库是指将DNA处理成固定的模式，建库第一步，就是DNA片段化，这对于后续实验来说更为关键。

　　

　　实验样品：人全血DNA

　　

　　实验目的：生物DNA样本需要打断到150-300bp进行后续的测序建库实验，为得到这一片段长度下的样本，需进行梯度预实验。

　　

　　实验设备：

　　

　　

　　高通量声波基因组剪切仪 JXDNA-500PICO

　　

　　实验过程：

　　

　　1.将适配器放入水槽，打开冷水机预冷至4度

　　

　　2.将稀释好的同一浓度DNA样本按体积梯度投入0.2mL的离心管，标好编号，震荡离心

　　

　　3.将离心管放入适配器（注意水平配平，尽量将样品放置在适配器外圈）

　　

　　4.设置好能量，工作时间，间隙时间，循环工作，总时长梯度为17min，20min，25min

　　

　　5.实验结束后取出样本，进行电泳检测

　　

　　实验结果：

　　

　　

　　综上结果可见，样品投入量能影响检测荧光强度，超声打断时间能影响片段长度。综合下机样品的片段长度和荧光强度，以及片段集中性，选择20μL打断25min作为实验条件。

　　

　　注意事项：

　　

　　（1）同等条件下人体DNA打断难度大于小鼠大于植物，不同的实验样品需单独进行预实验，不可混用实验结果。

　　

　　（2）注意离心管内样本体积，确保仪器内水位能完全没过样品。

　　

　　（3）离心管需要配平，适配器压盖禁止倾斜，避免样本开盖污染。

　　

　　（4）冷水机需要提前打开预冷，水流循环要调整稳定不能过于激烈

　　

　　在高通量测序样本制备过程中，DNA片段化处理是一个核心步骤。因此随机、准确、集中无偏差的DNA片段化是保证DNA文库质量和均一性的关键一步。本设备为DNA片段化又提供了新的研究手段，进一步推动了分子生物学的研究发展。

　　

　　参考文献：

　　

　　[1]刘佩云,宋兴月,刘瑞,等.病原体靶向高通量测序技术对肺结核的诊断价值[J].热带医学杂志,2024,24(05):647-650+661.

　　

　　[2]马强,邹东梅,郭轶先,等.高通量测序分析B细胞非霍奇金淋巴瘤IGH基因克隆性重排特点及临床应用价值[J].肿瘤防治研究,2024,51(05):368-372.

　　

　　[3]张艳.多通道毛细管电泳仪信号分析算法与软件研究[D].东南大学,2022.DOI:10.27014/d.cnki.gdnau.2022.002075.