产品详情
柱式土壤DNA提取试剂盒
英文名称:Column Soil DNAOUT
运输:常温
保存:常温
有效期:1年
货期:1-2天
其他:
产品介绍:
柱式法提取土壤中的微生物DNA
产品及特点
本产品是本公司土壤 DNA提取试剂盒的柱式升级产品,专门用于从
各种土壤样品和河海沉积物中提取高质量的 DNA 的试剂。跟土壤 DNA相比它
具有下列特点:
1. 去污染效果更好,得到的 DNA 可以直接作为 PCR 模板或酶切,不需要再进行
去腐殖酸处理。
2. 操作过程更加简单快速,整个操作只需要 10 多分钟,扩容性好。
3. 产量高,每克土壤一般可以提取到 5-50 ug DNA,片段长度在 20-50 Kb,
OD260/280 一般都在 1.8 以上。
4. 适合于各种土壤(包括河海沉积物)。
自备试剂 氯仿。
使用方法 1. 65℃预热柱式土壤 DNAout 溶液 A,待其沉淀溶化后充分混匀,取 0.5 mL 加
入到 1.5 mL 塑料离心管中并放置于 65℃待用。
2. 称取 0.1-0.3 g 的土壤,加入到装有预热的柱式土壤 DNAout 溶液 A 的离心管
中,震荡器上剧烈震荡 5-10 分钟。如果是扩量操作,可以使用更多土壤和较
大离心管。也可以将同一种土壤在较大离心管中震荡处理,然后再分到 1.5 mL
离心管中。注意:不论使用大的还是小的离心管,一定要让管底的土壤震荡起来。
3. 将离心管置于 65℃水浴中保温至少 5 分钟。
4. 12000-15000 g 室温离心 3 分钟,将上清转移到一新离心管中(上清液一般呈
淡黄色或深棕色,实际颜色取决于腐殖酸的含量,上清液的体积一般为
300-400 μL)。
5. 在上清液中加入等体积的柱式土壤 DNAout 溶液 B,上下颠倒 30 秒充分混匀,
溶液将呈白色或淡黄色混浊状。
6. 将离心管冰浴至少 5 分钟。
7. 12000-15000 g 室温离心 3 分钟,转移上清到新的 1.5 mL 离心管中,上清
液颜色将比第 4 步得到的上清的颜色稍淡,体积在 0.7 mL 左右。
注意:下面第 8-第 9 步的氯仿抽提操作可以省略,直接进入第 10 步,但 DNA 的
产量会低 50%左右,OD260/280 在 1.7-1.8。如果直接进入第 10 步,则转移的
溶液体积不要超过 0.6 mL,否则没有空间加 A 型通用上柱液。
8. 加入 0.2 mL 的氯仿(自备),震荡器上充分振荡 30 秒混匀。注意:一定要让管底
的溶液震荡起来。
9. 12000-15000 g 室温离心 3 分钟,小心转移上清到新离心管中。说明:离心
后两相交界面将有白色膜状物,其中有机相部分颜色较深,一般呈淡棕色。上
清的颜色取决于土壤中腐殖酸的含量。将上清转移到新的 1.5 mL 离心管时,
不要超过 0.6 mL,否则没有空间加溶液 C。如果有多余的可以弃之不用。
10. 加入 1.5 倍体积的 A 型通用上柱液,上下颠倒 30 秒混匀。
11. 分两次上柱(即先转移一半的混合液到离心吸附柱中,12000-15000 g 室温
离心半分钟,弃穿透液,然后再将剩下的混合液到离心吸附柱中,12000-15000
g 室温离心半分钟,弃穿透液)。
12. 加 0.7 mL 通用洗柱液到离心吸附柱中,12000-15000 g 室温离心半分钟,弃
穿透液。
13. 再加 0.3 mL 通用洗柱液到离心吸附柱中,12000-15000 g 室温离心半分钟,
弃穿透液。增加一步洗涤能使后得到的 DNA 的纯度稍有提高。
14. 12000-15000 g 室温再离心半分钟。此步十分重要,否则残留的通用洗柱液
会污染 DNA。
15. 将离心吸附柱转移到一新的 1.5 mL 塑料离心管中,加入 50uL DNA 洗脱液
2.0。
16. 室温放置离心吸附柱 1-2 分钟。
17. 12000-15000 g 室温离心半分钟,离心管中溶液即为提取到的 DNA 样品,可
以立即使用或存放于冰箱待用。
疑难解答 Q: 如何判断提取的DNA没有腐植酸污染?
A:方法一是目测法,即看得到的溶液是否无色。如果呈淡棕黑色或淡黄色,说明可
能是少量残留的未除尽的腐植酸。方法二是检测大光吸收。注意:有腐植酸污
染并不表示 DNA 不能使用,有的腐殖酸并不抑制 PCR 扩增。
Q: 腐殖酸的大吸收波长是多少?
A:腐植酸(humic acid)是一大类呈棕黑色或黑色的物质,其结构千差万别,土
壤中腐殖酸的组成和特点随土壤不同而不同,所以其大吸收波长也各不相同,
有的土壤的腐殖酸在 260 nm 有大吸收(见 Appl.Environ. Microbiol., 63:
4993,1997),有的则在 340 nm。所以用特定的波长测定 OD 值时波长的选
定要根据土壤而决定。Sigma, Fluke 等公司出售的腐植酸产品成分一般比较简
单,其大吸收波长不能推广到成分更为复杂的土壤腐殖酸样品。
Q: 是否腐植酸都会抑制后续的 DNA 反应?
A:否,因为腐植酸是一大类物质的统称,他们的结构和特性各不相同,所以是否对
后续反应有影响好通过实验来验证。如果用提取的 DNA 溶液原液进行反应而
反应没发生,而对照样品(已知的不含污染的 DNA)能够发生,说明可能抑制
作用。