一些组织内含有骨质或钙化灶时，含钙的组织不宜直接用石蜡包埋切片。这是因为钙和石蜡之间的密度不同，较难切除完整的切片。对含钙组织最好固定之后，再进行脱钙或二者同时进行。然后进行下游的实验，如脱水、透明、浸蜡、包埋、切片。用于脱钙的试剂很多，脱钙剂包括有机酸、无机酸、乙二胺四乙酸（EDTA）以及电解法脱钙。        EDTA是一种相对较好的螯合脱钙剂，对组织结构影响最小，可以较好的保存组织的某些酶类， 经EDTA脱钙后的组织可以进行免疫组化和原位杂交染色。但是该法脱钙速度太慢，一般脱需要数周至数月。