单细胞测序技术优势
单细胞测序技术作为微量细胞、稀少样本、细胞异质性的解决方法,自技术推出以来,已广泛应用于肿瘤、免疫、发育、神经、微生物等研究领域。细胞异型性是细胞之间的重要差异,仅使用组织样本进行二代测序,会掩盖样本的真实结果,无法进行细胞层面的研究。如下图所示,进行组织层面的测序,三个样本之间并无差异,但其实样本中存在不同表达状态的细胞,只有使用单细胞测序,才能揭示样本的真实情况,研究细胞异质性。
单细胞ATAC技术原理
拥有75万种不同的barcode凝胶珠(barcoded gel beads),基于其核心的微流控技术形成油滴包裹的GEM(Gel Beads-in-emulsion),每个GEM中只包含一个核和一个特定序列的barcode凝胶珠,一个特定barcode序列标记一个细胞核的所有序列,因此可通过barcode序列追溯细胞来源。
实验流程
转座酶处理:使用改造Tn5转座酶,捕获染色质开放区,将测序接头引入染色质开放区的两端。
细胞核标记:将Tn5转座酶处理后的样本加入10x芯片,利用barcode标记细胞来源,形成油滴包裹的GEM。
文库构建:基于Tn5转座酶引入的测序接头构建文库。
单细胞ATAC优势
低成本:每个细胞成本远远低于传统单细胞测序、组织测序;
短周期:1h即可完成Tn5转座酶对染色质开放区域的切割;
高通量:7min即可完成1,000-80,000个细胞核的标记;
大数据:可获得多至万个细胞的数据,不依赖于抗体捕获,全面性研究染色质开放区域;
专业软件:配套官方可视化软件。
应用方向
研究领域应用范围广——干细胞、发育分化、肿瘤、免疫、神经系统等。
分析内容
基于染色质开放区域和转录因子motif富集进行细胞的分群和鉴定;
分析转录起始位点和调控区域;
比较不同细胞的染色质开放程度差异。
0
否
有
无
无
无
无
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