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TripleTOF 6600系统做了如下改进：(1)增强的检测器技术使得线性动态范围达到了5个数量级，更多低丰度蛋白质和肽段可以检测到;(2)Q1母离子选择的最大质荷比从1250提升至2250，可覆盖更多高质荷比的化合物;(3)图谱采集速度提高，每个SWATH循环可跨越200个可变窗口，使得更多肽段和蛋白质得以定量;(4)调整了TOF设计，更精确的温度控制，提高了质量准确度和稳定性;(5)采用动态累积时间功能提高二级谱图的质量。
而SWATH 2.0采集技术是此次推出新一代蛋白质组学平台中的一大亮点。2012年，AB SCIEX在当年的ASMS上首次推出采用SWATH采集技术TripleTOF 5600系统。SWATH采集技术是AB SCIEX与苏黎世联邦理工学院Ruedi Aebersold教授研究小组共同开发，并将其产业化，目前，该项采集技术只能在AB SCIEX TripleTOF 5600、6600系统上运行。据介绍，相比于目前流行的“鸟枪法”质谱数据依赖采集法(DDA)及靶向蛋白质组学策略(MRM)，SWATH的数据非依赖采集法(DIA)可以定量分析数以千计的蛋白，从而完成对大样品量的数据分析，同时定量的数据具有非常高的完整性、精确度和重现性。这种高质量的定量数据过去只能利用被视为定量“黄金标准”的MRM方法获取，但其定量的蛋白数量非常有限，只能获得低水平蛋白的分析。
相比与上一代SWATH采集技术，SWATH 2.0提供了可变窗口，TripleTOF 6600系统每个SWATH采集循环最高可以实现200个采集窗口速度，在前体粒子密集时使用，增强选择性，最低可达2Da的质量数窗口;在前体粒子密度较低时使用，以确保覆盖更广泛的前体离子。
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