混合模式色谱柱可被认为是疏水性的离子交换剂——相对于亲水性更强的用于传统的IEC（离子交换色谱）色谱柱。常用的混合键合相有三种模式：反相/阴离子交换、反相/阳离子交换、反相/两性物质。结果是这类色谱柱同时表现出RPC（反相色谱）和IEC的行为。使用混合模式的起因是，与RPC或IEC柱相比，他们具有独特的选择性。
混合键合相的优势有：
1 | 高选择性，可提供与反相及离子交换不同的选择性； |
2 | 流动相无需使用离子对试剂即可分离强极性物质； |
3 | 可以同时分析分离不同类型的化合物（带正电、负电和中性物质）； |
4 | 可直接进行质谱分析。 |
混合模式分离的保留行为能通过改变B%、pH、缓冲盐或盐的浓度控制。
月旭现有的混合模式色谱柱有：
Ultimate® NH2/CN键合相，新柱的保存溶剂是正己烷-异丙醇。当作为反相模式使用时：做样流动相中含有甲醇、乙腈、水等极性溶剂，活化方式如下：
当色谱柱使用一段时间后，出现压力升高、峰形异常、柱效降低、分离度下降等异常情形时，先用过渡流动相冲洗掉色谱柱中的缓冲盐，再按照如下方式冲洗（建议反冲）：
当色谱柱出现柱压升高、峰形异常、柱效降低、分离度下降等异常后，先使用过渡流动相冲洗掉色谱柱中的缓冲盐，再按照如下方式冲洗，其中，如果流动相中使用了离子对试剂，需先用50%甲醇冲洗后，再按照下表冲洗（建议反冲）：
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