方案摘要
方案下载应用领域 | 生物产业 |
检测样本 | 其他 |
检测项目 | |
参考标准 | 凝胶迁移实验(EMSA), |
凝胶迁移或电泳迁移率实验(EMSA)可以:(1)研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用;(2)可用于DNA定性和定量分析;(3)用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。 实验方法原理 一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术,可用于定性和定量分析。这一技术最初用于研究DNA结合蛋白,目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。 通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和32P同位素标记的DNA或RNA探针一同保温,在非变性的聚丙烯凝胶电泳上,分离复合物和非结合的探针。DNA-复合物或RNA-复合物比非结合的探针移动得慢。同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同,可是双链或者是单链。当检测 如转录调控因子一类的DNA结合蛋白,可用纯化蛋白,部分纯化蛋白,或核细胞抽提液。在检测RNA结合蛋白时,依据目的RNA结合蛋白的位置,可用纯化或部分纯化的蛋白,也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA或RNA片段和寡核苷酸片段(特异), 和其它非相关的片段(非特异),来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下,依据复合物的特点和强度来确定特异结合。
实验材料: DNA样品
试剂\试剂盒:
[γ-32P]ATP
T4多聚核苷酸激酶
Nuclease-Free Water
T4多聚核苷酸激酶缓冲液
醋酸铵
TE
无水乙醇
TBE buffer
重蒸水
甲叉双丙烯酰胺
丙烯酰胺
甘油
过硫酸铵
TEMED(四甲基乙二胺)
EMSA Gel-Shift结合缓冲液
溴酚蓝
仪器耗材:
水浴锅
PCR仪
离心机
电泳仪
电泳槽
实验步骤:
一、探针的标记
1. 如下设置探针标记的反应体系:
(1)待标记探针 (1.75 pmol/微升) :2微升。
(2)T4 Polynucleotide Kinase Buffer (10X) :1微升
(3)Nuclease-Free Water :5微升。
(4)[γ-32P]ATP(3 000 Ci/mmol at 10 mCi/ml) :1微升。
(5)T4 Polynucleotide Kinase (5-10 u/微升) :1微升。
(6)总体积 10微升
(7)按照上述反应体系依次加入各种试剂,加入同位素后,Vortex混匀,再加入T4 Polynucleotide Kinase,混匀。
2. 使用水浴或PCR仪,37℃反应10分钟。
3. 加入1微升探针标记终止液,混匀,终止探针标记反应。
4. 再加入89微升TE,混匀。此时可以取少量探针用于检测标记的效率。通常标记的效率在30%以上,即总放射性的30%以上标 记到了探针上。为实验简便起见,通常不必测定探针的标记效率。
5. 标记好的探针最好立即使用,最长使用时间一般不宜超过3天。标记好的探针可以保存在-20℃。
二、 探针的纯化
通常为实验简便起见,可以不必纯化标记好的探针。在有些时候,纯化后的探针会改善EMSA的电泳结果。如需纯化,可以按照如 下步骤操作:
1. 对于100微升标记好的探针,加入1/4体积即25微升的5 M醋酸铵,再加入2体积即200微升的无水乙醇,混匀。
2. 在-70℃至-80℃沉淀1小时,或在-20℃沉淀过夜。
3. 在4℃,12 000 g-16 000 g离心30分钟。小心去除上清,切不可触及沉。
4. 在4℃,12 000 g-16 000 g离心1分钟。小心吸去残余液体。微晾干沉淀,但不宜过分干燥。
5. 加入100微升TE,完全溶解沉淀。标记好的探针最好立即使用,最长使用时间一般不宜超过3天。标记好的探针可以保存在 -20℃。
三、EMSA 胶的配制
1. 准备好倒胶的模具。可以使用常规的灌制蛋白电泳胶的模具,或其它适当的模具。最hao选择可以灌制较薄胶的模具,以便于干胶等后续操作。为得到更好的结果,可以选择可灌制较大 EMSA 胶的模具。
2. 按照如下配方配制20毫升4%的聚丙烯酰胺凝胶(注意:使用29:1等不同比例的Acr/Bis对结果影响不大)。
(1)TBE buffer (10X): 1毫升。重蒸水 16.2毫升。
(2)39:1 acrylamide/bisacrylamide (40%,w/v): 2毫升。
(3)80% 甘油: 625微升。
(4)10% 过硫酸铵 (ammonium persulfate) :150微升。
(5)TEMED :10微升
3. 按照上述次序加入各个溶液,加入TEMED前先混匀,加入TEMED后立即混匀,并马上加入到制胶的模具中。避免产生气泡, 并加上梳齿。如果发现非常容易形成气泡,可以把一块制胶的玻璃板进行硅烷化处理。
四、EMSA结合反应
1. 如下设置EMSA结合反应
阴性对照反应:
(1)Nuclease-Free Water :7微升。
(2)EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X) :2微升。
(3)细胞核蛋白或纯化的转录因子: 0微升。
(4)标记好的探针 :1微升。
(5)总体积 :10微升。
样品反应:
(1)Nuclease-Free Water :5微升。
(2)EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X) :2微升。
(3)细胞核蛋白或纯化的转录因子 :2微升。
(4)标记好的探针: 1微升。
(5)总体积: 10微升。
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