副百日咳波氏杆菌PCR试剂盒的操作步骤与注意事项!
一、背景
副百日咳波氏杆菌PCR试剂盒是一种用于检测特定基因(DNA)片断的试剂盒。
该试剂盒主要通过一对波氏杆菌引物介导,在体外对特定基因(DNA)片断进行快速酶促扩增。经过一定数量的热循环扩增后,扩增产物中所含特定基因数是原始模板数的(1+E)n(0<1,扩增效率=倍),使得检测扩增产物中的特定基因成为可能。
二、副百日咳波氏杆菌PCR试剂盒实验过程
(一)副百日咳波氏杆菌PCR试剂盒试剂准备
1、DNA模板
2、对应目的基因的特异引物(在PCR反应中,新合成的DNA是要接在一小段序列上才能继续按照模板DNA复制,而不能从无到有,凭空合成。这一小段序列就是你所要有设计的引物。可以是DNA也可以是RNA,一般20多bp,需要根据你的模板链设计。因此,扩增不同的基因需要设计不同的引物)
3、10×PCR Buffer
4、2mM dNTPmix:含dATP、dCTP、dGTP、dTTP各2mM
5、Taq酶
(二)副百日咳波氏杆菌PCR试剂盒操作步骤
1、在冰浴中,按以下次序将各成分加入一无菌0.5ml离心管中。
10×PCR buffer:5μl;dNTP mixl:4μl;引物1(10pM):2μl;引物2(10PM):2μl;Taq酶(2U/μl):1μl;DNA模板(50ng-1μg/μl):1μl;加ddH2O至:50μl,视PCR仪有无热盖,不加或添加石蜡油。
2、调整好反应程序。将上述混合液稍加离心,立即置PCR仪上,执行扩增。一般:在93℃预变性3-5min,进入循环扩增阶段:93℃40s→58℃30s→72℃60s,循环30-35次,最后在72℃保温7min。
3、结束反应,PCR产物放置于4℃待电泳检测或-20℃长期保存。
4、PCR的电泳检测:如在反应管中加有石蜡油,需用100μlLuFang进行抽提反应混合液,以除去石蜡油;否则,直接取5-10μl电泳检测。
(三)副百日咳波氏杆菌PCR试剂盒注意事项
1、PCR反应应该在一个没有DNA污染的干净环境中进行。zui好设立一个专用的PCR实验室。
2、纯化模板所选用的方法对污染的风险有极大影响。一般而言,只要能够得到可靠的结果,纯化的方法越简单越好。
3、所有试剂都应该没有核酸和核酸酶的污染。操作过程中均应戴手套。
4、PCR试剂配制应使用zui高质量的新鲜双蒸水,采用0.22μm滤膜过滤除菌或高压灭菌。
5、试剂都应该以大体积配制,试验一下是否满意,然后分装成仅够一次使用的量储存,从而确保实验与实验之间的连续性。
6、试剂或样品准备过程中都要使用一次性灭菌的塑料瓶和管子,玻璃器皿应洗涤干净并高压灭菌。
7、PCR的样品应在冰浴上化开,并且要充分混匀
三、应用
副百日咳波氏杆菌PCR试剂盒可以用于犬支气管败血波氏杆菌的分离鉴定及fimN基因的克隆、表达和表达蛋白免疫原性分析:
犬窝咳是由犬支气管败血波氏杆菌(Bordetella bronchiseptica,Bb)犬腺病毒(CAV)、犬瘟热(CDV)和犬副流感病毒(CPiV)中的一种或几种病原混合感染引起的。本实验主要目的是了解犬支气管败血波氏杆菌在窝咳犬中的分布,分析比较Bb分离株的生物学特性,并同时比较三种病毒在窝咳犬中的检出。
从南京地区和北京地区采集了164份患有窝咳的犬鼻腔拭子进行Bb的分离鉴定,经培养性状、形态学检查、生理生化试验、血清学鉴定及副百日咳波氏杆菌PCR试剂盒鉴定,最终分离到16株Bb,分离率为9.8%,药敏试验结果显示16株细菌生物学特性和对抗生素敏感性基本相同。对16份Bb阳性病料样品进行犬腺病毒、犬瘟热、犬副流感病毒检测,结果表明窝咳犬由Bb引发的几率占10%,和三种病毒混合感染的情况者占81%。
对2006年11月至2008年1月在北京和南京地区分离的16株犬波氏杆菌和一株兔波氏杆菌参考株的fimN基因进行了全长克隆,用MegAlign(DNAStar)比较分析分离株与GenBank中收录的犬波氏杆菌参考株(登录号AF231910)的fimN核苷酸序列,绘制基因进化树。结果表明,16株支气管败血波氏杆菌的fimN基因序列同源性与犬波氏杆菌参考株序列的同源性在99%以上,和兔波氏杆菌参考株的序列同源性也在99%以上,表明南京和北京两地的犬源支气管败血波氏杆菌的fimN核苷酸序列基本无变化。
对克隆载体pMD18T-fimN进行双酶切,将得到的630bp片段以正确的阅读框架定向克隆于pET-32a(+)中,构建PETBb-fimN重组质粒表达载体,然后将重组质粒转化进宿主菌BL21中,在37℃1mM IPTG诱导下该片段获得良好的表达。
经SDS-PAGE鉴定其表达的融合蛋白质约39.4kDa,与预期值一致。免疫转印试验显示,体外表达的该重组蛋白可被兔支气管败血波氏杆菌NK0610株兔抗血清识别。表达蛋白纯化后免疫实验兔,通过琼脂扩散试验测血清抗体效价,结果显示血清的沉淀效价为1:40,表明该重组蛋白具备天然菌毛蛋白N基因的部分抗原表位,为研制CDV的亚单位疫苗提供了侯选材料。
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