秦钧教授是国家特聘专家，北京市特聘专家。是世界上少数几位将质谱仪设计、蛋白质组学方法开发、生物信息学、生物学及临床应用纳入同一个研究项目的学者之一。近年来主持开发建设了国际上第一个一站式蛋白质组学数据分析云平台；绘制了首个弥漫型胃癌的蛋白质组地形图，并将弥漫型胃癌分为与生存预后和化疗敏感性密切相关的三个分子亚型；绘制了首个解剖区域分辨率的健康人胃黏膜蛋白质组参考图谱，并建立了胃粘膜在生理条件下的蛋白质组的定量参考范围；率先开展并建立覆盖个体内及个体间差异和生理性波动的人尿蛋白质组定量参考范围，并开展重大疾病尿蛋白相关研究。主持和参与多项国家和省部级项目，包括国家国际科学合作项目（项目首席）、973计划（项目首席）、国家重点研发计划、国家自然科学基金面上项目、北京市科委项目等。以责任作者身份在Cell、Nature Biotechnology、Nature Communications和PNAS等期刊发表系列文章。