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快速简易的全序列新冠病毒测序及新病原体发现

针对新冠病毒开发简单易行，快速可靠的分子生物学检测或监控方法。RT-PCR是目前最主要的方法，针对的分别是新冠病毒的Orf1b区域, E和N基因的特定片段。根据已有的报导，不同的区域或片段可能会导致不同的灵敏度。考虑到新冠病毒随着时间推移可能会发生的变异，不同来源样品（如呼吸道，唾液，血样，粪便等）中病毒量的差异，与呼吸道中其它病毒和细菌的区别或并发感染，以及病毒基因组变异和流行病学研究与监控的需要，我们利用Paragon Genomics公司的超高均一性，单管超高多重PCR技术开发了二款检测或监控方法。其一是将整个新冠病毒的基因组分成241 或343个相互重迭的片段，用多重PCR扩增新冠病毒的cDNA以检测阳性样品中典型峰形，并可进一步经Illumina （241扩增子）或MGI （343扩增子）NGS测序核实。其二为将样品中所有DNA或cDNA扩增成110-150bp的片段，通过NGS测序以达到发现新型冠状病毒或未知病源体的目的。

2750 2020-02-25

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