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油菜种质资源遗传多态性信息的数字化利用 例举：配“生辰八字” 测杂种优势

世界各国在作物育种上的竞争，某种程度上是利用“基因资源”能力的竞争。最近几年，作为油菜育种的一项“基础建设”，我们对世界核心油菜种质资源进行了全基因组测序，产生了大量数据。要有效地利用这些数据，很大程度上依赖编程技术与用户端的命令行环境，这对于大多数作物育种工作者来说，是一项具有难度且耗时、耗力的工作。我们发布了BnaSNPDB网站，一个用户界面友好的交互式网站，它保存了一千份以上油菜基因组数据，提供了连锁不平衡分析、基因聚类进化树分析、基因分型、以及GWAS分析等多种分析模块，用于检索、分析和可视化油菜种质资源的单核苷酸多态性。此外，我还将介绍通过父母本基因组的配对，预测F1代杂种优势的方法，我们引入区域亲本遗传相似指数（PGSI）的概念，采用机器学习的方法，初步建立了杂种优势预测的模型。初步结果表明，油菜C亚基因组对杂种优势的影响大于A亚基因组。我们绘制了与各种农艺性状的杂种优势相关的QTL，并对高影响的h-QTLs进行了鉴定和注释。利用我们建立的模型，可以在计算机上模拟不育系和潜在恢复系之间的配合力，从而可以节省大量的田间杂交等工作。

147 2021-05-21

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