蛋白干转仪

鼎昊源全自动转印仪Blotstainer在蛋白免疫印迹上的应用 由于蛋白免疫印迹的步骤操作较为繁琐，要求精度较高，实验中一步出现操作失误就会导致整个实验的白白浪费。并且一抗二抗试剂也比较宝贵，所以采用仪器操作可以降低实验的风险，保证实验的顺利进行。 鼎昊源推出的全自动转印仪就是替代人工操作的好选择，它配有自动移液系统，温控系统和孵育摇床。自动移液系统包括10个管路，相互独立，避免交叉感染。温控系统范围在4℃到80℃之间，满足蛋白免疫印迹，核酸分子杂交实验的孵育温度。整套系统根据客户自定义的操作程序自动完成。为了方便客户使用，全自动转印仪出厂预设了免疫印迹，核酸杂交，原位杂交和免疫组化的自动程序。 内置标准蛋白免疫印迹程序如下： Step Task Time Action Buffer Memo Execute x times 1 Set temp Off Temperature to RT 2 Incubate 00:05 Wash PBST Wash membrane X2 3 Set temp ON, 10℃ Temperature 10℃ 4 Incubate 01:00 Blocking Block solution Blocking 5 Incubate 02:00 AB-step Primary antibody Primary antibody 6 Incubate 00:05 Wash PBST Wash membrane X4 7 Incubate 00:30 Sec. antibody Second antibody Second antibody 8 Set temp Off Temperature to RT 9 Wash 00:05 PBST wash PBST PBST wash X10 10 Ready to stain in dark room 设置温度到室温 用0.01M PBS洗膜，5min × 2次。 设置温度到10℃ 4、加入包被液，平稳摇动，1hr。 5、加入一抗（按合适稀释比例用0.01M PBS稀释，液体必须覆盖膜的全部），2hr。 6、弃一抗，用0.01M PBS分别洗膜，5min× 4次。 7、加入二抗（辣根过氧化物酶偶联）（按合适稀释比例用0.01M PBS稀释），0.5hr。 8、设置温度到室温 9、弃二抗，用0.01M PBS洗膜，5min× 10次。 10、加入显色液，避光显色至出现条带时放入双蒸水中终止反应。 全自动转印仪在上述程序中可以实现在蛋白免疫印迹孵育过程中的温控，更加保证一抗二抗的活性，这是一般手工操作所达不到的。 整套程序5个小时内自动完成，不需要人工换液和取出薄膜。当然上述程序可以按照用户实际需要来调整全自动转印仪的程序。 关键词：蛋白免疫印迹，全自动转印仪

观看视频，了解如何在7分钟内完成Western Blot。 7分钟完成Western Blot，再也不用起早摸黑了！ 观看视频 iBlot® 7-分钟干式转印系统自2007年推出以来，受到国内外很多学者的热爱，目前有700多篇文献引用，为什么科研工作者对iBlot® 如此关注及喜爱呢？ 登录iBlot® 网页观看视频，了解更多使用者的评论及产品特点： • 快速—7分钟或更短时间内完成蛋白转印 • 重复性好—减少转印准备步骤，降低实验偏差 • 灵敏—均匀转印少量蛋白样品，效果更佳 • 方便—独立式设备，无需缓冲液或者外部电源 每个实验室都应该拥有至少一台iBlot® 7-分钟蛋白转印仪。配合Bolt™ 预制胶，只需42分钟即可完成蛋白电泳和转印，获得更清晰的蛋白条带。 观看视频，了解更多：www.lifetechnologies.com/iBlot 若有任何疑问，欢迎联系您当地的Life Technologies销售代表或发邮件至：sales-cn@lifetech.com Follow Life Technologies: FOR RESEARCH USE ONLY. NOT INTENDED FOR ANY ANIMAL OR HUMAN THERAPEUTIC OR DIAGNOSTIC USE.© 2012 Life Technologies Corporation. All rights reserved. The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners. In compliance with federal regulations, we hereby disclose that this email communication is for commercial purposes.View the Life Technologies privacy policy.Life Technologies中国区办事处销售服务信箱：sales-cn@lifetech.com技术服务信箱：cntechsupport@lifetech.com客户服务热线：800-820-8982 400-820-8982www.lifetechnologies.com

项目基本情况项目编号：TXZB4208-2254项目名称：贵州医科大学蛋白转印、PCR仪、化学发光仪等仪器设备采购项目项目序列号： P52000020230001I9预算金额（元）：5316300最高限价（元）：5020950采购需求： 标项名称: 贵州医科大学蛋白转印、PCR仪、化学发光仪等仪器设备采购项目 数量: 1 预算金额（元）: 5316300 简要规格描述或项目基本概况介绍、用途：贵州医科大学蛋白转印、PCR仪、化学发光仪等仪器设备采购项目招标项目的潜在投标人应在贵州省公共资源交易中心网上获取（交易中心网址：http://ggzy.guizhou.gov.cn/） 获取招标文件 。贵州医科大学蛋白转印、PCR仪、化学发光仪等仪器设备采购项目于2023年4月24日 11时0分0秒（北京时间） 前递交投标文件。 备注：无 合同履约期限：标项 1，详见招标文件 本项目（否）接受联合体投标。 对本次采购提出询问，请按以下方式联系1. 采购人信息名称：贵州医科大学地址：贵安新区大学城内联系方式：0851-884160992.采购代理机构信息名称：贵州天信招标有限公司地址：贵阳市花果园中央商务区中心 1号楼2单元4208号联系方式：0851-858277633.采购代理机构信息项目联系人： 陈燕电 话：0851-858277633.30.2254采购文件.pdf

3月16日，厦门大学医学院神经科学研究所张杰教授、冷历歌副教授团队在PLOS Biology发表题为“Hypothalamic Menin regulates systemic aging and cognitive decline”的研究论文。该研究表明，下丘脑中一种叫Menin的蛋白质的下降可能是衰老的一个关键驱动因素，而通过食物简单地补充一种氨基酸就可能逆转衰老带来的一些生理变化。 Menin是一种重要的蛋白质，它由Men1基因编码，在人类体内广泛表达。Menin的功能十分复杂，已有的一些研究表明，Menin可以与DNA结合，并与许多转录因子相互作用，调节基因表达。此外，Menin还可以参与蛋白质泛素化、修饰、细胞周期等多种生物学过程。在肿瘤发生中，Menin被认为是一个关键的肿瘤抑制因子，可以调控多种肿瘤相关基因的表达。 下丘脑被认为是生理衰老的一个重要调节器，通过随着时间的推移增加神经炎症信号的过程来发挥作用，而炎症会促进大脑和外围的多种与年龄有关的过程。 在最新的这项研究中，张杰、冷历歌团队表明，Menin，是下丘脑神经炎症的一个关键抑制剂，这引发了他们对Menin在衰老中的作用的探究。 在下丘脑中，他们观察到Menin的水平随着年龄的增长而下降，星形胶质细胞或小胶质细胞则不会。为了探究Menin水平下降带来的后果，研究人员开发了可以阻断 Menin 活性的条件性基因敲除小鼠。结果发现，在年轻小鼠身上，Menin的减少导致下丘脑神经炎症增加、出现包括骨密度降低、皮肤厚度降低、认知下降等衰老相关表型，寿命一定程度缩短。 Menin减少带来的另一个变化是氨基酸D-丝氨酸的降低。D-丝氨酸是一种神经递质，对神经元突触可塑性和学习记忆等认知功能至关重要。D-丝氨酸广泛存在于大豆、鸡蛋、鱼和坚果等食物中。研究人员指出，Menin水平的降低调节了一种与D-丝氨酸合成相关酶的活性，因而影响了D-丝氨酸的水平。 Menin水平的降低推动了衰老进程 那么，阻止与年龄相关的Menin丢失，是否可以可以逆转生理衰老的症状呢？ 为此，研究人员将Men1基因植入老年（20个月大的）小鼠的下丘脑来进行验证。结果表明，30天后，小鼠的皮肤厚度和骨量有所改善，学习、认知和平衡能力也有所提升，这与海马体中D-丝氨酸的增加有关，海马体是非常重要的一个大脑中枢区域，参与学习和记忆等过程。 更为惊奇的是，通过三周的D-丝氨酸膳食补充，可以在认知方面获得类似的好处，但对于外周衰老的症状并无显著改善。 冷历歌在一份新闻稿中表示：“我们推测，下丘脑Menin表达的下降可能是衰老的一个驱动因素。Menin可能作为关键蛋白连接着衰老的遗传、炎症和代谢等因素。用D-丝氨酸治疗于认知衰退富有极大的前景。” 不过，研究人员还指出，关于Menin在衰老中的作用还有很多需要了解的地方，包括导致其下降的上游机制。需要进一步的研究来评估利用这个新发现的通路的潜力，以及减缓表型衰老的程度和持续的时间。还有待确定的是，补充D-丝氨酸是否会引起其他不可预料的变化。 文章链接：https://journals.plos.org/plosbiology/issue

仪器信息网讯 科学仪器在工业企业的研发和质量控制等方面发挥着重要作用。为了更好地了解工业行业的发展趋势与面临的挑战，了解企业研发、质量控制等环节对科学仪器的需求，促进企业与仪器厂商之间的深度交流，仪器信息网在成立25周年之际，特发起“万里行”——走进知名企业系列活动。2024年5月31日，由仪器信息网品牌合作伙伴丹纳赫、莱伯泰科、多宁生物、普析通用、盛瀚、德国耶拿、岛津、海能技术等企业代表20余人组成的走访团走进了衡水的四家名企：恒为检验检测认证集团（国家工程橡胶产品质量检验检测中心）、河北养元智汇饮品股份有限公司、河北衡水老白干酿酒（集团）有限公司、葵花药业集团（衡水）得菲尔有限公司。走访团与四家企业相关负责人就仪器技术需求、选型等展开深入交流，且与会双方建立了紧密的联系。走入企业生产一线和实验室仪器信息网走访团走进河北养元智汇饮品第一站，走访团来到饮料“六个核桃”的生产企业——河北养元智汇饮品股份有限公司（以下简称“养元”），参观了企业荣誉展示、部分生产线以及检测实验室，检测中心主任王俊转接待了走访团成员。从1997年至今，27年养元专注在核桃乳饮料的研发、生产和销售，成为全国最大植物蛋白饮料生产企业。为了提升核桃乳的品质，养元制定了严苛的“3.6.36”核桃选材标准，构建了全方位的质量管控体系，通过了ISO22000食品安全管理体系认证和ISO9001质量管理体系认证，2013年通过CNAS实验室认可。参观完毕，走访团成员表示收获满满，很难想象在超市里放着的众多饮料中一罐养元核桃乳的背后有这么多的研究支撑以及多重检测工序的保障。仪器信息网走访团走进衡水老白干第二站，走访团来到河北衡水老白干酒业股份有限公司，衡水老白干的酿造历史可追溯至汉代。千百年来，衡水老白干蒸馏酒传统酿造技艺（衡水老白干传统酿造技艺）代代相传，不曾间断，于2008年6月7日成功入选第二批国家级非物质文化遗产名录。作为在古衡水城十八家酒坊基础上发展起来的大型国有酿酒企业，衡水老白干在持之以恒地做好非遗保护与传承的同时，也在利用科学仪器与设备探索酿酒的科学与自动化技术。据介绍，衡水老白干与高校合作了“老白干香型白酒地缸发酵机制解析”等多个课题，并与海外研究机构共同研究衡水老白干醒酒快、不上头的奥秘，为保证产品品质提供科学理论支撑。另外，公司也与中科院自动化所开发了装甑机器人替代了部分人力。不过，接待走访团的检测负责人杜惠丽女士表示，并不是所有的人工生产环节都可以用机器代替，传统工艺是白酒风味的保障。仪器信息网走访团走进葵花药业第三站，走访团来到葵花药业集团（衡水）得菲尔有限公司。这是上市公司葵花药业的一个生产基地，“小葵花”儿童药系列产品是公司的优势产品。而且，公司一直致力于儿童安全用药事业，得到了社会各界的高度认可。葵花药业坚持“品种为王”，以现有的省级企业技术中心和省级技术创新中心为平台，依托国内外知名科研机构、高等院校、企业技术研究中心，开展了一系列原创性创新、自主开发、引进技术消化吸收、产学研合作等项目，持续提升企业核心竞争力。仪器信息网走访团走进恒为集团最后一站，走访团来到恒为检验检测认证（河北）集团有限公司。恒为集团于2021年12月经衡水市政府批准成立，是一家国有第三方综合检验检测机构。集团设有国家工程橡胶产品质量检验检测中心（河北）、质检中心、计量中心及河北省摩擦材料产品质量监督检验中心、河北省金属橱柜产品质量监督检验中心，检测能力覆盖各种桥梁、建筑工程用支座装置（板式橡胶支座、盆式支座、球型支座、减震及隔震支座等）、止水带、胶管、输送带、高分子防水材料、橡胶和塑料等十四大类共计117种产品。恒为集团的董事荣丽英介绍：恒为集团在王河山院长的带领下，在不到3年时间，营业总额突破三千万元。2024年5月，因为其优秀的工程橡胶检测能力，以至吸引来了土耳其客户（点击可查看详细）。细聊“企业需要仪器行业解决的那些事情”交流会现场恒为集团董事荣丽英致欢迎辞下午，走访团与12家企业用户代表在恒为集团进行了座谈，恒为集团董事荣丽英女士在致辞中细致地介绍了衡水这座城市：拥有国家级湿地衡水湖、闻名全国的橡胶产业和教育产业，比如，衡水一中闻名全国。而且，详细地介绍恒为集团的检测能力，覆盖食品、各种桥梁、建筑工程用支座装置、橡胶和塑料、金属材料等产品，在同行业中处于领先地位。恒为集团立足衡水，服务全国，董事长王河山先生志在把恒为集团打造成服务经济发展、振兴民族产业的检验检测知名品牌。从荣女士的致辞中，大家可以感受到她对衡水这座城市的热爱以及恒为集团的雄心壮志！仪器信息网总监石水华致欢迎辞仪器信息网总监石水华在致辞中说到：“感谢恒为集团王河山院长的整体协调，以及恒为集团、衡水老白干、养元饮品、葵花药业等企业热情周到的接待，让今天的参观走访活动圆满顺利完成。作为一家成立25年的行业网站，仪器信息网始终致力于搭建仪器用户和仪器厂商之间的交流平台，用数字化推动科研和产业的发展，加快发展新质生产力。”报告人：王俊转（河北养元智汇饮品股份有限公司检测中心主任）题目：持续技术创新，引领植物蛋白饮品行业发展交流会特别安排了养元检测中心主任王俊转作分享，在报告中，她详细介绍了公司坚持技术创新，主导、参与行业标准制定，以推动行业标准化建设。报告中提及，养元拥有11项企业标准，数量远超行业标准数量，企业标准的指标限量也严于行业标准。高标准的自我要求，支撑企业走在了植物蛋白饮品行业发展的前列。仪器信息网品牌合作伙伴报告人（从上到下、从左到右依次为：莱伯泰科孙阔、屹尧科技王占全、岛津李世强、海能郝泽军、普析通用李嫣、SCIEX杨总、耶拿张仁伟、乐枫纯水潘军民、青岛盛瀚王永文）接下来进行的是仪器企业产品技术展示环节，9家仪器厂商代表纷纷介绍了应用于食品饮料、酿酒、农业领域的重要产品、技术以及解决方案。用户单位表示能与仪器企业技术人员面对面了解仪器技术与应用等方面的最新信息很有必要。部分参与讨论的企业代表在讨论环节，用户单位与仪器企业代表进行了全面、坦率的深入交流。从交流中可以知晓，企业生产过程中质量控制需要速度快、稳定性好、准确度高的分析检测技术，希望相关仪器企业重视这类技术的研发和生产。生产企业的检测实验室仪器设备数量多，检测样品多，企业特别关注仪器的售后维修服务，希望相关厂商能提供更好的服务，以维持实验室正常运转。比如，实验室采购时间比较长的仪器设备，有部分已经很难联系到售后服务人员，或者其配套的耗材配件已经很难买到。企业代表反馈到：对于售后服务及时的品牌，公司再建实验室时会首先采购这些品牌的仪器。检测单位代表表示，相比生产企业，检测企业更关注标准相关的仪器。就目前越来越多进入到标准方法中的质谱类仪器等，以及实验室用量非常大的前处理设备如微波消解仪等。现场也有厂商介绍了公司在设备更新方面的优惠政策以及仪器试用政策，给了用户单位不小的惊喜。近两个小时的提问讨论环节气氛非常热烈，这样的需求对接与技术交流让供需双方的实际问题得到有效解决，促进了供需双方的合作和发展！线下走访活动虽然只有短短一天，但是收获不小，参与的各方纷纷表示认知得到了更新，而且，大家发现衡水是个宝藏城市，拥有悠久历史的衡水老白干与新兴品牌养元、葵花药业以及恒为集团，都体现了衡水人民拼搏、创新、敢为人先，甚至勇争世界第一的精神！走访视频

GEWestern Blot实验相关产品秋季开学特惠 活动日期： 2012年即日起至10月31日 GE从蛋白制备、电泳、转印及杂交到显色、成像，为您带来完全的蛋白印迹方案。 详情请见www.reagent.com.cn 细胞组织裂解 -- 样本研磨试剂盒 蛋白抽提 -- 蛋白抽提缓冲液试剂 蛋白稳定化 -- 混合蛋白酶抑制剂及核酶 混合物 蛋白分级化 -- 蛋白分级试剂盒 蛋白定量 -- 蛋白定量试剂盒 垂直电泳 -- SE250/SE260 电泳试剂 蛋白Marker -- 彩虹分子量标准 蛋白Marker -- Amersham ECL DualVue 免疫 印迹标准

3月24日，世界著名医学期刊《柳叶刀-传染病》报道了中国科学院微生物研究所高福院士团队联合安徽智飞龙科马生物制药有限公司研发的重组蛋白亚单位疫苗(ZF2001)1 期和2期临床试验结果(Yang et al, 2021, Lancet Infectious diseases)。　　试验结果表明，该疫苗安全性良好，没有与疫苗相关的严重不良事件，接种3剂次25μg疫苗的97% 入组者产生了可以阻断活病毒的中和抗体，中和抗体水平超过康复患者血清。　　目前，全球已经有多种针对COVID-19的疫苗，但它们仍不能满足人们接种的需求(Dai and Gao, 2021, Nature Reviews Immunology)。因此，大范围、多元化地广泛开发疫苗才可能有效控制COVID-19在全球的传播。重组蛋白亚单位疫苗具有产量高、安全性高、易于存储和运输等优势，是预防和阻断COVID-19传播的重要选择之一。　　　　ZF2001 疫苗基于以往MERS冠状病毒刺突蛋白(S)受体结合区(RBD)的二聚体理念(Dai et al, 2020, Cell)，将新冠病毒RBD进行串联重复设计成二聚体(RBD-dimer)抗原，成功保留了疫苗的效力，且小鼠免疫后的中和抗体滴度高于单体免疫效果。　　ZF2001 疫苗在国内的两期临床实验共招募950名、18至59岁的健康成年人，采用了随机、双盲和安慰剂对照的试验方案，试验在重庆医科大学第二附属医院、首都医科大学北京朝阳医院和湖南省湘潭疾控中心完成。试验对疫苗的安全性和免疫原性进行评估，包括不良事件和严重不良事件、抗体滴度、中和抗体滴度以及血清阳转率。　　结果表明：该疫苗具有良好的耐受性和免疫原性。大多数入组者没有观察到不良反应或者为轻度或中度的不良反应，主要是红肿、注射部位疼痛、骚痒等，为重组蛋白疫苗接种后常见反应。没有疫苗相关的严重不良事件发生。接种2剂次疫苗后，76%的人可以产生中和抗体。接种3剂次疫苗后97% 的人可以产生中和抗体。抗体的几何平均滴度(GMT)达到102.5，超过89份新冠康复病人血清中和抗体水平(GMT, 51)(图1)。此外，疫苗能产生适度和平衡的Th1/Th2细胞免疫应答。　　图1：新冠重组蛋白亚单位疫苗ZF2001在受试者身上产生超康复病人水平的中和抗体1期临床(A)结合抗体阳转率(B)结合抗体滴度(C)中和抗体阳转率(D)中和抗体滴度 2期临床(E)结合抗体阳转率(F)结合抗体滴度(G)中和抗体阳转率(H)中和抗体滴度。　　此外，今年2月，中国疾病预防控制中心高福团队在bioRxiv发布正在国际开展3期临床试验的部分结果，显示国产重组蛋白亚单位新冠疫苗ZF2001对南非新变种(501Y.V2)的中和效果。　　结果显示，虽然该疫苗接种者血清对南非新变种的中和效果稍有下降，但是依然保留大部分中和活性，提示该疫苗对南非新变种依然有保护效果(Huang et al, 2021, BioRxiv)。但是，由于动物源性冠状病毒的长期流行及相互重组 (Su et al, 2016, Trends in Microbiology)，未来仍需要研制通用的冠状病毒疫苗。　　目前，该疫苗正在乌兹别克斯坦、印尼、巴基斯坦和厄瓜多尔开展国际多中心3 期临床试验，且于2021年3月1日获得乌兹别克斯坦批准注册使用，是全球第一个获批使用的新冠重组蛋白疫苗。该疫苗亦于2021年3月10日获得中国紧急使用批准。　　安徽智飞龙科马杨世龙，中国科学院微生物所李燕、戴连攀，中国食品药品检定研究院王剑峰、何鹏为论文共同第一作者。中国食品药品检定研究院孟淑芳，中国科学院微生物所严景华，中国食品药品检定研究院胡忠玉，湖南省疾病预防控制中心高立冬和中国科学院微生物研究所高福为论文共同通讯作者。此项目获得国家重点研发计划、国家科技部药物研发重点项目、中国科学院先导专项和安徽智飞龙科马生物制药公司的支持。

蛋白归一化在Western Blot中的应用 在Western Blot（WB）实验中，归一化是实验数据处理的关键步骤。WB实验常设计不同的内部对照或检查点，对样本或者实验中的偏差进行监控、修正。在WB中的偏差通常来自蛋白样本浓度不均、凝胶上样不一致或转膜不完全。这些不一致性可以通过凝胶和膜的可见光或荧光标记法监控，用泳道总蛋白或内参蛋白（比如GAPDH、β-tubulin、β-actin或cyclophilin B）进行归一化校正, 来保证实验结果的可靠性。那么泳道总蛋白校正和内参蛋白校正有什么不同呢？内参蛋白校正使用内参蛋白校正是目前比较成熟的一种手段。具体校正方法就是在各蛋白样品中选一种表达量保持一致的蛋白作为内参蛋白（一般是管家基因），将每个样品目的蛋白含量与内参蛋白含量相除，得到每个样品目的蛋白的相对含量。再进行样品与样品之间的比较。例：当前有三份蛋白样品S1、S2、S3，选择的内参基因为Control，需要检测目的蛋白Test在这三份样品中的相对表达量。经过电泳、转膜、封闭、孵育、清洗等一系列实验操作后，获得一张蛋白印迹膜。用GelView 6000 Pro全自动化学发光成像系统或GelView 6000Plus智能图像工作站进行显影成像，获得的发光图。如图1所示：图1BioAnaly分析软件具有蛋白归一化分析功能，可以直接输出蛋白归一化结果，不需要进行额外的操作，方便快捷，如图2所示： 图2最终得到实验结果如图3所示：图3如果仅看三个样品中目的蛋白的灰度值（如图3中蓝色数据条所示），会发现其发光强度基本一致。此时并不能判断目的蛋白的含量一致，因为内参蛋白的灰度值相差较大（如图3中橙色数据条所示），因此还需要通过内参蛋白进行校正，将内参蛋白的灰度值归一化，可得到三个样品中目的蛋白的真实灰度值，该结果才能比较准确地反映目的蛋白的含量。计算结果如图4所示：图4通过内参蛋白校正后发现待测蛋白在三个样品中的相对表达量呈梯度上升趋势。泳道总蛋白校正总蛋白校正是一种新兴的实验策略。具体校正方法就是直接测量样品中总蛋白的含量（通过非特异性蛋白染料对泳道中所有蛋白进行染色测定），将每个样品目的蛋白含量与总蛋白含量相除，得到每个样品目的蛋白的相对含量。再进行样品与样品之间的比较。例：当前有四份蛋白样品S1、S2、S3、S4，需要检测目的蛋白Test在这四份样品中的相对表达量（本次实验中使用的非特异性荧光染料，可以对所有蛋白进行染色；二抗为FITC荧光标记）。经过电泳、转膜、封闭、孵育、清洗等一系列实验操作后，获得一张蛋白印迹膜。用GelView 6000Plus智能图像工作站的荧光模块进行荧光成像，结果如图5所示，泳道内所有蛋白均产生荧光，荧光强度可以代表样品总蛋白的含量：图5通过分析软件BioAnaly计算灰度值，得到实验数据，如图6所示：图6使用475nm的蓝光（不同荧光染料所需波长参照试剂的使用说明）激发目的蛋白Test，结果如图7所示：图7通过分析软件BioAnaly计算发光强度，得到实验数据，如图8所示：图8从上图可以看出，目的蛋白在S3中的发光强度最大，接近S2的2.5倍。然而经过蛋白归一化后，结果，如图9所示：图9我们不难发现目的蛋白在四份样品中表达量基本一致，所以我们说蛋白归一化是必须的。相应的，BioAnaly分析软件也可以直接对总蛋白进行归一化分析。两种方法的对比内参蛋白校正优点1、发展时间久，技术成熟；2、成本低，不需要额外的染色；缺点1、需要根据不同的组织选择不同的内参蛋白，以保证样品间的一致性；2、内参蛋白大小与目的蛋白大小相差5KD以上，防止发光时互相干扰；3、内参蛋白与目的蛋白表达量不能相差过大，防止内参蛋白曝光过度；4、需要证明内参蛋白本身的表达量在各样品间保持一致；总蛋白校正优点1、适用于任何组织样本；2、具有更好的说服力，投稿更方便；缺点1、染料具有一定的线性范围，需要一定程度上控制上样量；2、每次都需要对整张膜进行染色，试剂使用量大；

近日，中科院大连化学物理研究所王方军博士、邹汉法研究员等人在高通量多重蛋白质组定量分析方法研究方面取得新进展，发展了一级质谱(MS1)谱图中六种不同蛋白质样品同时规模化定量分析的同位素标记方法，并将该方法应用于细胞蛋白质合成-降解周转更新分析，分析通量是常规同位素标记方法的三倍，研究成果发表在自然出版社新创立的综合性刊物《科学报告》(Scientific Reports, 2013, 3, 1827. doi: 10.1038/srep01827)上。 　　基于一级质谱(MS1)的蛋白质组学定量分析由于定量精度高，是现今蛋白质组学定量分析中应用最为广泛的分析技术。由于同位素标记的限制，现有的方法最多可以在一次液相色谱-质谱联用分析中定量三种不同的蛋白质样品，极大限制了蛋白质组学定量分析的通量。王方军博士、邹汉法研究员等人将体内氨基酸同位素标记方法与体外二甲基化同位素标记方法进行有机组合，实现了六种不同蛋白质样品的差异标记并在单次实验中实现了相对定量分析。该六重同位素标记策略还可以应用于细胞中蛋白质的合成及降解速率的高通量分析，成功测定了HeLa细胞中1365个蛋白质的合成-降解周转更新时间。此外，该工作中使用的基于MS1六重蛋白质组学定量及蛋白质周转分析软件系统也由我所自主开发，是国际上首个可以同时定量六个不同蛋白质样品的软件系统。 Quant-ArMone 六重蛋白质组学定量及蛋白质周转分析软件示意图 HeLa细胞内蛋白质降解动态拟合曲线示例

美国科学家主导的国际科研团队在最新一期《科学》杂志撰文指出，他们利用人工智能和进化分析，绘制出了真核生物的蛋白质之间相互作用的3D模型，首次确定了100多个可能的蛋白质复合物，并为700多个蛋白质复合物提供了结构模型，深入研究蛋白质相互作用有望催生新的药物。　　研究负责人之一、美国西南大学人类发育与发展中心助理教授丛前（音译）称，研究结果代表了结构生物学新时代的重大进步。　　丛前解释说，蛋白质通常成对或成组工作，形成复合物，以完成生物体存活所需的任务。虽然科学家已经对其中一些相互作用开展了深入研究，但许多仍是未解之谜。了解蛋白质之间所有的相互作用将揭示生物学的许多基本方面，并为新药研发提供参考。　　但半个世纪以来，鉴于许多蛋白质结构的不确定性，科学家们很难了解这些相互作用。2020年和2021年，深度思维公司和华盛顿大学戴维贝克实验室独立发布了两种人工智能技术“阿尔法折叠”和RoseTTAFold，它们使用不同的策略预测蛋白质结构。　　在最新研究中，丛前等人通过对许多酵母蛋白复合物建模，扩展了人工智能结构预测工具箱。为了找到可能相互作用的蛋白质，科学家们首先搜索相关真菌的基因组，寻找发生突变的基因，然后使用上述两种人工智能技术来确定这些蛋白质是否可以3D结构结合在一起。　　他们确定了1505种可能的蛋白质复合物，其中699个结构已被表征，验证了其方法的实用性；另外700个复合物目前获得的数据有限，剩下106个从未被研究过。为更好地理解这些很少被描述或未知的复合物，团队研究了类似的蛋白质，并根据新发现的蛋白质与此前已知蛋白质的相互作用，确定了新发现蛋白质的作用。

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天美（中国）科学仪器有限公司参加 &ldquo 饲料及液态奶中蛋白及非蛋白氮检测技术研讨会&rdquo 2008 年11月20日至21日，&ldquo 饲料及液态奶中蛋白及非蛋白氮检测技术研讨会&rdquo 在西安时代大酒店召开。此次会议是由中国农业科学院饲料研究所主办，由农业部饲料质量监督检验测试中心（西安）协办，共有全国各地的饲料质量监督检验测试中心和大型饲料企业的110多位专家和检验人员参加了此次会议。 会议开幕式由中国农科院饲料研究所秦玉昌副所长主持，国家及陕西省畜牧饲料主管单位多位领导出席。 天美（中国）科学仪器有限公司及日立高新技术公司积极支持并参与了此次盛会，天美公司副总裁夏奕生先生在会议开幕式主席台就坐。 会上，来自全国各地饲料质量监督工作一线的多位技术人员就&ldquo 蛋白及非蛋白氮分析&rdquo 这一话题，做了多场技术交流和专题讲座。日立高新技术公司技师井上阳子女士、我公司色谱产品经理姜振喜先生、产品专家石欲容女士也结合我们的氨基酸分析仪和高效液相色谱仪，分别做了关于氨基酸、三聚氰胺分析的专题报告，题目分别为《饲料中氨基酸分析》、《液相色谱法分析饲料中三聚氰胺&ldquo 假阳性&rdquo 结果判断》、《几种不同的色谱柱分析三聚氰胺的结果比较》，获得了参会代表的一致好评。 同时，我们还邀请国内知名食品分析专家撰写文章，结合我们一些日常工作中的经验与体会，为参加会议的代表编写了一本《饲料及液态奶中蛋白及非蛋白氮分析技术文集汇编》的小册子，使大家感觉获益匪浅。 会议期间，天美公司及日立公司技术人员与广大新老用户共同交流、解决疑难问题，给大家留下了良好印象。大会主办方还邀请参会人员参观了西安饲料所的L-8800氨基酸分析仪。 天美（中国）科学仪器有限公司一向关注食品安全问题，不断地与各方专家合作，研究更好更科学的检测方法，为食品安全事业积极做出自己的贡献。 随着我公司的全自动氨基酸分析仪和高效液相色谱仪的用户数量越来越多，公司在为用户的服务方面也投入了更多的精力，不断努力为用户提供更专业的应用方案和更好的服务。

2020年7月29日，四川大学生物治疗国家重点实验室作为第一作者单位和通讯作者单位，在Nature 在线发表题为“A vaccine targeting the RBD of the S protein of SARS-CoV-2 induces protective immunity”的研究论文，这也是Nature杂志发表的首篇新冠疫苗研究论文。研发团队的研究目标是开发出一款通过重组蛋白候选新冠疫苗。在该研究中通过非人灵长类等动物模型的实验表明，这款疫苗能诱发强烈的针对新冠病毒SARS-CoV-2所产生的保护性免疫应答以及产生能够病毒中和抗体。S蛋白是存在于冠状病毒的一类很大的突刺糖蛋白，本研究中，科学家们使用S蛋白的多个不同部分制作了多款候选疫苗，经过测试和比较，他们最终确认，相比S蛋白的细胞外结构域蛋白（ECD）、S1亚基和S2亚基，RBD作为免疫原有最大的病毒中和活性。研究小组最终使用了RBD中编号为319-545的一段氨基酸序列，通过重组蛋白的方式制备新冠疫苗的抗原。研究人员利用了昆虫细胞和杆状病毒表达系统，从细胞培养液中分离提纯了该蛋白，并利用上海勤翔Clinx ChemiScope化学发光成像系统进行了鉴定。（通过Superdex 200凝胶分离柱上重组RBD蛋白的代表性洗脱色谱图。 插图显示洗脱的RBD样品的SDS-PAGE和蛋白质印迹分析）（小鼠或兔子血清对SARS-CoV-2假病毒感染的中和作用） A图： 将含有SARS-CoV-2假病毒的上清液与来自小鼠的血清预热，将其血清稀释2倍。 在37°C下温育1小时后，将混合物添加到ACE2转染的293T（293T / ACE2）细胞中以检测病毒的感染性。通过荧光显微镜和流式细胞仪确定感染细胞中绿色荧光蛋白（GFP）表达的数量。 三组图片分别是Sera/ RBD组（首次疫苗接种后第14天，用RBD疫苗免疫的5只小鼠的血清）和Sera / PBS组（用PBS作为对照的小鼠的血清），未治疗（感染SARS-CoV-2伪病毒而没有血清）。 B图：在首次免疫后14天，使用与A相同的方法，从兔子的血清中和SARS-CoV-2假病毒的感染。（诱导抗SARS-COV-2中和抗体在转基因hACE2小鼠和野生型小鼠中的活性）与单独用PBS组处理相比，在存在氢氧化铝的情况下，每只小鼠在50μl中用10μg重组RBD蛋白接种免疫转基因hACE2小鼠和野生型小鼠。第二次接种为14天后，从小鼠收集血清。为了评估SARS-COV-2感染的中和作用，将Vero E6细胞（5×10 4）预加载至96孔板中并生长过夜。将100 TCID50（50％组织培养感染剂量）的SARS-CoV-2与等体积的稀释血清预孵育，然后添加到细胞中。在37°C下温育1小时后，将混合物添加到Vero E6细胞中。在显微镜下记录细胞病变效应（CPE），并计算导致完全抑制的血清稀释液的中和滴度。该研究发现由S-RBD结构域319-545氨基酸残基构成的重组疫苗，可在接受单剂接种7或14天之后的小鼠、兔和非人灵长类动物（猕猴）中诱导有效的功能抗体应答。免疫动物的血清在体外阻断了RBD结合域与细胞表面ACE2受体的结合，并中和了SARS-CoV-2假病毒和SARS-CoV-2活病毒的感染。重要的是该疫苗还为受SARS-CoV-2病毒感染的非人类灵长类动物提供了保护，在受到SARS-CoV-2病毒感染的病人体内检测到特异性结合RBD的抗体含量的升高。 几种免疫途径和CD4tT淋巴细胞参与了疫苗抗体反应的诱导。在接种了疫苗的小鼠和猴子没有观察到抗体依赖性肺炎增强或加速出现肺炎的不良反应，因此重组RBD蛋白疫苗是重要的新冠疫苗选择之一。 参考资料：[1] Jingyun Yang et al., (2020) A vaccine targeting the RBD of the S protein of SARS-CoV-2 induces protective immunity. Nature. 背景：新冠肺炎疫情全球蔓延，对人类健康和社会秩序带来巨大挑战。截至目前（8月4日），据约翰霍普金斯大学发布的实时统计数据，全球累计新冠肺炎确诊病例超过1800万例，死亡人数达69万。目前对于新型冠状病毒所致疾病没有特异治疗方法，迫切需要有效的预防这种病毒的疫苗，通过对人群预防接种获得对新冠病毒的免疫力。虽然目前尚未有新冠疫苗正式上市，但在全球抗疫的大背景下，各国都在努力让疫情能够尽快过去。据世界卫生组织7月20日更新的数据显示，目前全球至少有24种新冠病毒疫苗已进入临床研究阶段，另有142种候选疫苗处于临床前研究阶段，为对抗新冠肺炎所作出积极贡献。

为积极促进蛋白质组学的研究与发展，增进国际间合作交流，由中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO)和国际蛋白质组学论坛(IFP)主办，北京蛋白质组研究中心、国际蛋白质组学论坛组委会及浙江大学共同承办的第七届中国蛋白质组学大暨第三届国际蛋白质组学论坛定于2011年4月15日—18日在浙江省杭州市召开。 　　一、会议安排 　　本届会议设有大会报告、分会(专题)报告和墙报三种形式。大会将邀请蛋白质组学及相关领域的国际著名专家和教授作大会报告或专题报告，会议规模约1000人左右。 　　拟邀请专家：路甬祥、陈 竺、沈 岩、饶子和、王红阳、贺福初 　　Roger Y. Tsien (诺贝尔奖获得者，UCSD, USA) 　　Eric Topel (美国科学院院士(IOM-NAS)，TSRI, USA) 　　大会安排2011年4月15日上午举办“蛋白质组学新技术培训”，4月15日下午举办“国际蛋白质组学论坛” 4月16-18日召开“第七届中国蛋白质组学大会”。 　　会议同时举办与生物化学与分子生物学、蛋白质组学等研究领域相关的仪器、设备、试剂和新技术的展览、展示会。 　　二、会议议题 　　 蛋白质组学与转化医学 　　 蛋白质组与基因组的对接 　　 蛋白质组信息学 　　 可视化蛋白质组 　　 药物蛋白质组学 　　 人类蛋白质组计划 　　 疾病蛋白质组学 　　 功能蛋白质组学 　　 蛋白质组新技术新方法 　　三、会议语言 　　英文 　　四、会议组织 　　组织单位 　　主办单位：中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO) 　　国际蛋白质组学论坛(IFP) 　　承办单位：北京蛋白质组研究中心 国际蛋白质组学论坛 浙江大学 　　主 席：贺福初，Ping Peipei，段会龙 　　学术委员会 　　主 席：John Yates (TSRI, USA) 　　Ruedi Aebersold (ETH-IMSB) 　　秘 书 长：钱小红 　　秘书处 　　北京昌平区科学园路33号北京蛋白质组研究中心 　　联系人： 邓 宁 浙江大学 　　甄 蓓 北京蛋白质组研究中心 　　张雪莉 北京蛋白质组研究中心 　　电话：010-80705188 传 真：010-80705155 　　E-mail: cnhupo7@yeah.net 　　五、征文范围及要求(参照模版) 　　投稿论文收录入会议论文集，大会将组织优秀论文评选。参加会议代表将授予继续教育学分10分。 　　凡未在国内外公开刊物发表过的研究成果，均可投稿，具体要求如下： 　　征文范围：有关蛋白质组学及相关领域近年来研究的学术成果，以英文论文摘要形式投稿。 　　稿件要求：每篇论文摘要按正式发表论文要求撰写，300字以内，使用Word软件撰写。文责自负。(参照模版) 　　字体要求：标题—Times New Roman四号加粗 　　作者—Times New Roman五号居中，拟作报告者请在其姓名下方划一横线。 　　注：大会报告幻灯片一律要求英文准备， 　　单位、地址、邮编、E-mail—Times New Roman小五号居中 　　摘要—Times New Roman五号 　　参考文献(Times New Roman五号)。 　　投稿方式： http://IFProteomics.org投稿系统。系统将尽快开通。 　　E-mail: cnhupo7@yeah.net 　　截至日期：论文摘要投稿截至日期为2011年1月31日 　　六、报到时间 　　2011年4月14日(参加培训的人员报到时间)、15日 　　七、会议注册费(国内代表) 　　2011年1月20日前注册：1200元(人民币)/位(在读学生：900元/位) 　　2011年1月20日后注册：1400元(人民币)/位(在读学生：1100元/位) 　　技术培训费(与注册费一并交纳)：200元(人民币)/位 　　八、注册须知 　　1.请与会代表携带本人身份证，学生代表需携带学生证。已交费代表请带好汇款凭证，以备核对。 　　2.注册代表权益： 　　正式代表和学生代表，可以参加会议组织的所有活动、注册费包括会务费、资料礼品费、会议安排旅游、4月16日—18日早中晚餐及4月15日晚餐费用。 　　九、会议地址和住宿宾馆 　　 会议地址：浙江杭州 第一世界大酒店(浙江杭州萧山区湘湖路92号) 　　 酒店电话：086-0571-83866888 　　 住宿安排：浙江杭州 第一世界大酒店 　　五星：标准间480元/天，单人间480元/天 　　四星：标准间350元/天，单人间350元/天 　　十、学术发言及证书登记 　　大会和分会发言及壁报交流的参会代表，请在注册当日(2011年4月14、15日)将报告材料或壁报资料(国际标准大小1.0m×1.2m)交至大会学术组，报告材料须为Powerpoint文件，一律要求英文准备，存储于移动硬盘、USB闪盘之中，大会提供笔记本电脑和幻灯放映设备，不接受个人电脑接入。如有特殊需求，请提前与大会会务组联系。 　　论文被录用的参会代表可登记领取会议论文证书，所有参会代表可登记领取学分证书。 　　十一、退费说明 　　已交费的参会代表因个人原因不能参会或其他原因需要退款，请提前与会务组联系。退费原则：2011年4月1日前退还所交款项的80%，4月1日~13日退还所交款项的50%，4月13日及以后恕不退款。 　　十二、会后旅游 　　湘湖半日游：湘湖被誉为西湖的“姊妹湖”，横跨8000年的古文明。湘湖旅游度假区规划总面积51.7平方公里，恢复湖面7.5平方公里。“湘湖八景”在生态湘湖、文化湘湖的基础上，建立科学的湘湖生态系统，形成飞鸟禽鱼的乐园，营造出一处湘湖古越文化氛围。 　　具体旅游安排以会议第三轮通知为准。 　　十三、联系方式 　　会议网址：http://IFProteomics.org 　　http://www.cnhupo-congress.cn 　　大会会务组: 　　电话：010-80705188(学术) 80705166(招商) 　　传真：010-80705155 　　E-mail：cnhupo7@yeah.net 　　地址：北京昌平区科学园路33号北京蛋白质组研究中心 　　邮编：102206 　　*请注明：“蛋白质组学大会” 　　注册费汇至： 　　帐 户：中国人民解放军62032部队 　　开户行：北京工商行永定路支行 　　帐 号： 0200004909008520585 　　* 务必注明：蛋白质组学大会*(汇款前请先打电话联系，汇款后将汇款凭据传真至我处，以确保汇款安全到帐) 　　十四 、附件 　　附件：论文摘要模板.doc 　　第七届中国蛋白质组学大会秘书处 　　二O一O年六月一日

上海远慕是国内elisa试剂盒优质供应商，本司代理销售不同elisa试剂盒品牌的进口/国产elisa试剂盒，专业供应科研实验所需的培养基，抗体，动物血清血浆，标准品对照品，化学试剂，酶联免疫试剂盒，白介素试剂盒，金标检测试剂盒，微生物，蛋白质，ELISA种属涵盖广，凭借多年行业经验，完善的售后服务，高质量的产品，赢得客户一致好评，欢迎来电咨询！ 内江市某公司通过仪器信息网成功订购远慕KIM-1蛋白和人L-FABP蛋白： ELISA的样本实验准备 在收集样本前都必须有一个完整的计划，必须清楚要检测的成份是否足够稳定。对收集后当天就进行检测的样本，及时储存在4℃备用。对于隔天再检测的样本，及时分装后冻存在-20℃备用，有条件的，最好-71℃冻存备用。标本反应（此时蓝色立转黄色）。终止液的加入顺序应尽量与底物液的加入顺序相同。为了保证实验结果的准确性，底物反应时间到后应尽快加入终止液。 8.用酶联仪在450nm波长依序测量各孔的光密度（OD值）。 在加终止液后15分钟以内进行检测。 注： 1. 用户在初次使用试剂盒时，应将各种试剂管离心数分钟，以便试剂集中到管底。 2. 每次实验留一孔作为空白调零孔，该孔不加任何试剂，只是最后加底物溶液及2N H2SO4。测量时先用此孔调OD值至零。 3. 为防止样品蒸发，试验时将反应板放于铺有湿布的密闭盒内，酶标板加上盖或覆膜。 4. 未使用完的酶标板或者试剂，请于2-8℃保存。标准品、生物素标记抗体工作液、辣根过氧化物酶标记亲和素工作液请依据所需的量配置使用。请勿重复使用已稀释过的标准品、生物素标记抗体工作液或、辣根过氧化物酶标记亲和素工作液。 5. 建议检测样品时均设双孔测定，以保证检测结果的准确性。 洗板方法 手工洗板方法：吸去（不可触及板壁）或甩掉酶标板内的液体；在实验台上铺垫几层吸水纸，酶标板朝下用力拍几次；将推荐的洗涤缓冲液至少0.3ml注入孔内，浸泡1-2分钟。根据需要，重复此过程数次。 自动洗板：如果有自动洗板机，应在熟练使用后再用到正式实验过程中。 计算 以标准物的浓度为横坐标（对数坐标），OD值为纵坐标（普通坐标），在半对数坐标纸上绘出标准曲线，根据样品的OD值由标准曲线查出相应的浓度；再乘以稀释倍数；或用标准物的浓度与OD值计算出标准曲线的直线回归方程式，将样品的OD值代入方程式，计算出样品浓度，再乘以稀释倍数，即为样品的实际浓度。 注意事项 1. 当混合蛋白溶液时应尽量轻缓，避免起泡。 2. 洗涤过程非常重要，不充分的洗涤易造成假阳性。 3. 一次加样时间最好控制在5分钟内，如标本数量多，推荐使用排枪加样。 4. 请每次测定的同时做标准曲线，最好做复孔。 5. 如标本中待测物质含量过高，请先稀释后再测定，计算时请最后乘以稀释倍数。 6. 在配制标准品、检测溶液工作液时，请以相应的稀释液配制，不能混淆。 7. 底物请避光保存。 8. 不要用其它生产厂家的试剂替换试剂盒中的试剂。 我们给这位客户介绍了该产品并报完价格发去产品说明书，客户和我们沟通的非常顺畅，了解我们的产品后，客户对我们非常有信心，当即就下了订单，下面是和客户的沟通记录： 远慕生物，专业供应科研实验所需的培养基，抗体，动物血清血浆，标准品对照品，化学试剂，酶联免疫试剂盒，白介素试剂盒，金标检测试剂盒，微生物，蛋白质，ELISA种属涵盖广，凭借多年行业经验，完善的售后服务，高质量的产品，赢得客户一致好评，欢迎来电咨询与订购！

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项目编号：0811-234DSITC0247项目名称：蛋白质组学质谱分析系统预算金额：790.0000000 万元（人民币）最高限价（如有）：790.0000000 万元（人民币）采购需求：蛋白质组学质谱分析系统/壹套（项目预算：人民币790万元，可以采购进口产品）合同履行期限：合同签订之日起至合同内容履行完毕止本项目( 不接受 )联合体投标。获取招标文件时间：2023年02月20日 至 2023年02月27日，每天上午9:00至11:30，下午13:00至16:30。（北京时间，法定节假日除外）地点：微信公众号“东松投标”方式：关注微信公众号“东松投标”，完成信息注册，即可购买招标文件售价：￥700.0 元，本公告包含的招标文件售价总和对本次招标提出询问，请按以下方式联系。1.采购人信息名称：同济大学地址：上海市四平路1239号联系方式：袁老师 021-659856142.采购代理机构信息名称：上海东松医疗科技股份有限公司地址：上海市宁波路1号申华金融大厦11楼联系方式：刘韵、王悦 0086-21-63230480转8606、86273.项目联系方式项目联系人：刘韵、王悦电话：0086-21-63230480转8606、8627

2012年5月22日，五洲东方公司在中国医学科学院基础研究所外宾接待室成功举办了主题为&ldquo 蛋白标志物筛选新技术-低丰度蛋白的分离和富集&rdquo 研讨会。 　　上午，五洲东方产品经理刘凯敏女士主要介绍了低丰度蛋白和Edge技术。Edge技术根据细胞中各亚细胞器组分的密度差异进行分组分离，可有效富集低丰度蛋白，并保持细胞亚结构分区的完整性和相关性，与下游分析分离方法相结合，如蛋白转印、2-D胶、HPLC、MS等，可有效获得低丰度蛋白的信息。 　　下午，五洲东方应用工程师石庆喜先生在实验室使用美国Prospect Biosystems专利发明的EdgeTM气度密度超速分离系统进行了仪器实操和样品测试实验，受到了广大师生的欢迎。 　　五洲东方会更努力的为用户提供更全面更优质的服务！

蛋白质组学的兴起带动了质谱技术的快速发展，而质谱技术的进步则拓宽了蛋白质组学研究问题的广度。随着蛋白质组学的兴起，特别是质谱技术的快速发展，蛋白质组学研究中产生的数据规模越来越大。依靠简单的手工处理已经远远不能满足问题的需求，通过先进的计算机算法与软件工具来自动处理大批量的蛋白质组数据已经成为蛋白质组学研究的重要分支，这就是“计算蛋白质组学”(Computational Proteomics)。 　　仪器信息网讯 为了总结交流近年来我国计算蛋白质组学领域的基础研究与前沿动向，推动计算技术在蛋白质组研究中发挥更加切实的作用，2010年11月10-11日，由中国科学院计算技术研究所主办的“首届中国计算蛋白质组学研讨会”在北京中国科学院计算技术研究所召开。来自全国高等院校、科研机构、企事业单位的150余位从事计算蛋白质组学及其相关研究的专家学者参加了此次会议。 会议现场 　　会议主办方代表贺思敏研究员在会上表示：一般来说，计算蛋白质组学以计算技术为主要手段，是基于质谱技术的规模化蛋白质表达分析，也包括结构与功能的高通量分析。近年来，随着“精密蛋白质组学”概念和LTQ Orbitrap等技术的诞生，计算蛋白质组学的的研究发展迅速。 　　从2005年开始美国相继举办了3次蛋白质组学研讨会，欧洲也陆续开展了3次蛋白质组学研讨会，其他国家会议也相继设立蛋白质组学的专题会议。同时，国际上专业的学术期刊也相继刊载了蛋白质组学的综述文章，这标志着计算蛋白质组学已经取得了学术界的普遍重视，首届中国计算蛋白质组学研讨会也正是应运而生。 　　在我国，一些从事生化领域研究的专家几乎从不“上岸”，而部分毕业于信息领域的专家又从不“下水”，当然也存在着一批学者教授属于“两栖”作战，这样的研究现状不利于计算蛋白质研究的快速发展，因此，本次研讨会也是为了促进计算技术与生化领域的专家交流沟通。 中国科学院计算技术研究所贺思敏研究员 　　同时，大会还邀请了20多位计算蛋白质领域的著名专家学者做了精彩的学术报告，报告内容涉及质谱数据分析、蛋白质鉴定、翻译后修饰、蛋白质定量、蛋白质相互作用、蛋白质定位、蛋白质结构、蛋白基因组学等。 上海复旦大学杨芃原教授 报告题目：糖蛋白结构的质谱数据库 　　目前，通过各种技术构建专业性强、针对性明显的糖链结构数据库已经引起了关注。杨芃原教授的研究基于生物质谱的数据分析，建立了蛋白质糖基化位点以及糖链结构数据库。并开发了一套糖蛋白鉴定和糖链结构确立的理论算法，并将理论算法在我们创建的软件GRIP(Glycopeptide Reveal & Interpretation Platform)中全部实现。分析表明，该方法可有效进行通量化的糖蛋白结构质谱分析，展现了比较好的应用前景。 加拿大西安大略大学张凯中教授 报告题目：利用串联质谱技术解析多糖结构 　　张凯中教授主要介绍了生命科学中蛋白糖结构及其和串联质谱与计算机科学的关系。张凯中教授表示，蛋白质中糖结构的变化是一种重要的蛋白质转录后修饰；蛋白质被酶处理后，经色谱分离，可用串联质谱解析其多糖结构。基于糖肽序列从头测序算法，张教授通过分析花生类蛋白质中的多糖结构得到了一种多项式时间算法简单模型，实践表明，该方法更具启发性。 美国加州大学旧金山分校关慎恒教授 报告题目：利用稳定同位素代谢标记研究哺乳动物动态蛋白质组的数据处理平台 　　据关慎恒教授介绍，放射性同位素标记与稳定同位素标记是目前用于研究蛋白周转的主要工具。关慎恒教授利用稳定同位素代谢标记，通过测量小数组织中的1000多个蛋白的代谢常数，建立了复杂生物体系蛋白代谢周转组动力学的试验和信息处理平台。通过此平台，可以处理无标定量、SILAC。氢氘交换的实验数据。 华大基因张勇先生 报告题目：从新一代测序技术的组学到基于质谱仪的蛋白质组学--华大基因的生物信息学 　　张勇先生介绍到，对于海量数据的信息分析和挖掘成为华大基因立足世界基因组领域的根本。除了测序仪，质谱仪无疑成为蛋白质组领域的高通量仪器。目前，华大基因通过利用海量数据的信息学分析从而识别关键要素，发挥了高通量、低成本的仪器特性。华大基因也逐步从 DNA、RNA水平，向蛋白质水平研究发展。。 加拿大滑铁卢大学马斌教授 报告题目：利用质谱和同源数据库进行全蛋白测序 　　马斌教授首先谈到了，蛋白质数据库搜索和传统同源查找时遇到的问题，并分别给出了“分两步走”和“兼听则明”的两个解决办法。另外，串联质谱(MS/MS)的在该领域的应用仍然是一个非常具有挑战性的问题。马斌教授提出了一种新算法和自动化软件(CHAMPS)，实验表明，该方法具有大于99%的序列覆盖率和100%的蛋白质序列准确性。 中科院计算所孙瑞祥副研究员 报告题目：电子转运裂解质谱特征及其在蛋白质鉴定中的应用 　　孙瑞祥研究员指出，近10年内，肽段或完整蛋白质在质谱仪中的裂解技术-电子捕获裂解(ECD)与电子转运裂解(ETD)逐渐发展起来。其中，目前市场上ETD主流仪器的供应商主要有赛默飞世尔、布鲁克、安捷伦、ABI、日立等公司。ECD和ETD在蛋白质组学中的应用，特别是在蛋白质的翻译后修饰鉴定和“自顶而下”的完整蛋白质裂解研究中已经展示出了诱人的前景。 中科院大连化学物理研究所叶明亮研究员 报告题目：基于质谱的蛋白质组学数据处理新方法和平台发展 　　叶明亮研究员介绍到，在蛋白质组学数据处理方法和平台方面分别发展了针对非修饰肽段和磷酸化肽段鉴定的数据筛选方法。此外，还发展了一种结合二级质谱(MS2)和三级质谱(MS3)图谱以及正伪数据库检索的自动磷酸化肽段鉴定方法。该方法结合了MS2和MS3的高灵敏度和可信度，可以自动的对磷酸化肽段进行鉴定而无需进一步的人工验证。 参会者合影留念 　　另外，为了使参会人员能够获得有关蛋白质组质谱数据分析的基本技能，同时了解到本学科发展的最新动态，本次会议还安排了质谱技术与蛋白质组学基础培训，共有72人注册参加了此次培训课程，培训现场提问的听众络绎不绝，气氛十分活跃。 培训人员与专家交流探讨

仪器信息网讯 在生命科学领域，有两大史诗级的国际研究计划，一是人类基因组计划，一是人类蛋白质组计划。然而，相比于人类基因组计划的家喻户晓，人类蛋白质组计划却几乎默默无闻。这是为什么呢?　　在中学生物课里，我们都学过人体所有的细胞、器官、组织等都主要是蛋白质构成的，所有疾病症状也都是蛋白质造成的，而基因是蛋白质的蓝图。于是科学家们曾经幻想，只要将人类基因组全部测定，就能把蛋白质研究清楚，揭开人体的奥秘。于是人类基因组计划于1990年启动，至2003年完成。但很快科学界发现，测定了基因组序列，远不能理解生命和疾病。“科学界曾经认为，只要绘制出人类基因组序列图，就能了解疾病的根源。但我们错了。”国际人类蛋白质组组织(Human Proteome Organization, HUPO)首任主席萨姆哈纳什说。　　基因组是静态的，一个人身上的每个细胞在正常状态下都拥有一套相同的基因组，且终生不变，但我们看到各种器官的形态和功能有着巨大的差别。这是因为一个基因往往可以产生几种甚至几百种不同的蛋白质，不同的蛋白质的功能截然不同 蛋白质组比基因组复杂千百倍，而且随时空不断变化。于是，在人类基因组计划完成后，国际人类蛋白质组组织HUPO于2003年12月16日正式启动国际“人类蛋白质组计划”(Human Proteome Project,HPP)，力图鉴定所有人类蛋白质，作为研究蛋白质分子功能、推进疾病的诊断和治疗的重要资源。　　蛋白质组，是指一个基因组、一个细胞或组织、一种生命体所表达的全部蛋白质。蛋白质组研究，是在整体水平上研究细胞、组织乃至整个生命体内蛋白质组成及其活动规律的科学，由此从蛋白质水平上获得关于疾病发生、发展、转归等过程整体而全面的认识。而蛋白质组学是一门新兴但发展迅速的学科。近年来，国际上主要发达国家和地区纷纷加大了对蛋白质组学的支持力度，这一研究领域也由此成为各强国科技角力的新战场。　　美国第46任总统拜登就曾出席抗癌登月计划(该计划为奥巴马于2016年1月28日签署总统备忘录，设立以副总统拜登为首的“白宫抗癌登月计划特别小组”，引起医学界广泛关注。)，他也公开出席了一些学术会议，其中他很看重的一个会议就是HUPO 人类蛋白质组学会。　　2017年9月16日，时任美国第47任副总统约瑟夫拜登(Joseph R.Biden Jr.)在人类蛋白质组组织(HUPO 2017)全球领导力晚宴上发表主旨演讲　　彼时，我国贺福初院士作为首批国际专家，在HUPO论证会上提议按照人体的器官/组织进行国际分工，并率先提出人体首个器官(肝脏)蛋白质组计划(Human Liver Proteome Project,HLPP),提出建立蛋白质组“两谱、两图、三库”的战略目标，即建立肝脏蛋白质组表达谱、修饰谱、网络图、定位图、样本库、数据库和抗体库，得到国际同行的认可。　　图源：He F.Mol Cell Proteomics,2005　　不仅如此，中国人类蛋白质组计划(Chinese Human Proteome Project ,CNHPP)也于2014年6月10日全面启动实施，这是中国科学界乃至世界生命科学领域一件具有里程碑意义的大事。该计划是以中国重大疾病的防治需求为牵引，发展蛋白质组研究相关设备及关键技术，绘制人类蛋白质组生理和病理精细图谱、构建人类蛋白质组“百科全书”。　　位于北京市昌平区中关村生命科学园的国家蛋白质科学中心——北京(凤凰中心)就是“中国人类蛋白质组计划”的主要研究基地，有关人类蛋白质组的庞大数据这些年就在这栋建筑中陆续被测量和解读。　　2018年凤凰中心验收时的产出成果　　Phoenix即凤凰工程，全称为“Pilot Hub Of ENcyclopedic ProteomIX”，自2004年起历时14年从论证、立项、设计、建设、安装、调试至完成验收。CNHPP是中国人类蛋白质组计划，以中国重大疾病的防治需求为牵引，发展蛋白质组研究相关设备及关键技术，构建人类蛋白质组“百科全书”。秦钧在报告中也总结到，蛋白质组学技术发展的方向为：准、深、快、稳。　　在应用研究上，蛋白质组学已成为发现新型生物标志物、新药物靶标的重要途径，已成为生物医药产业及其相关产业发展的新生长点，此外，蛋白质组学通过研究疾病不同阶段相关蛋白质变化、对疾病诊断和治疗领域具有应用价值和指导意义。而蛋白质组的研究实质上是在细胞水平上对蛋白质进行大规模的平行分离和分析，往往要同时处理成千上万种蛋白质。因此，发展高通量、高灵敏度、高准确性的研究技术平台对于蛋白质组学研究至关重要。可以认为，蛋白质组学的发展将对今后20-50年的国际生命科学研究和健康医疗产业的格局产生重大深远的影响。　　2021年3月18日，仪器信息网举办了“蛋白质组学技术与应用进展”主题研讨会，会议邀请到北京蛋白质组研究中心秦钧主任、西湖大学郭天南特聘研究员、中山大学李惠琳教授以及南方科技大学的田瑞军教授分别从蛋白质组学在精准医疗、生物医学等领域的最新应用进展进行了精彩的报告分享。点击图片观看北京蛋白质组研究中秦钧主任 报告视频回放点击图片观看西湖大学郭天南特聘研究员报告视频回放点击图片观看中山大学李惠琳教授报告视频回放点击了解了解“2021年蛋白质组学技术与应用进展”主题网络研讨会的更多报告信息：　　https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/PROTEOMIC2021/

为了积极促进我国蛋白质组学的研究与发展，由中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO)主办，北京蛋白质组研究中心和复旦大学共同承办的第六届中国蛋白质组学大会定于2009年7月28日—31日在江苏省泰州市召开。 　　一、会议安排 　　本届学术会议设有大会报告、分会(专题)报告和墙报三种形式。大会将邀请蛋白质组学及相关领域的国内外著名专家和教授作大会报告或专题报告，会议规模约600人左右。 　　会议同时举办与生物化学与分子生物学、蛋白质组学等研究领域相关的仪器、设备、试剂和新技术的展览、展示会。 　　大会安排于2009年7月28日举办蛋白质组学新技术培训，届时将邀请蛋白质组领域的国内、外知名专家授课。 　　二、会议议题 　　会议主要讨论蛋白质组学研究的现状及其进展，内容包括：疾病蛋白质组学，功能蛋白质组学，药物蛋白质组学，结构蛋白质组学，蛋白质化学，生物信息学，蛋白质修饰和相互作用，抗体相关技术，蛋白质组微分析、蛋白质芯片以及蛋白质组新技术新方法等研究领域。 　　三、会议语言 　　中文和英文 　　四、会议组织 　　组织单位 　　主办单位：中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO) 　　承办单位：北京蛋白质组研究中心 复旦大学 　　主 席：贺福初院士 　　顾问委员会：(按姓氏汉语拼音顺序排列) 　　陈志南院士 强伯勤院士 饶子和院士 施蕴渝院士 汪尔康院士 王红阳院士 　　张玉奎院士 　　执行主席：钱小红 杨芃原 　　组织委员会 　　主 任：贺福初院士 　　副 主 任：杨芃原 杨晓明 钱小红 　　委 员：(按姓氏汉语拼音顺序排列) 　　陈志南院士 丁建平 高友鹤 何大澄 贺福初院士 李 明 梁宋平 刘斯奇 陆满晴 潘全威 钱小红 　　饶子和院士 施 前　王东根 杨芃原 杨晓明 杨秀荣 张先恩 张玉奎院士 甄 蓓 　　秘 书 长： 王东根 　　副秘书长：甄 蓓 施 前 　　学术委员会 　　主 任：饶子和院士 　　副 主 任：王红阳院士 张玉奎院士 　　委 员：(按姓氏汉语拼音顺序排列) 　　陈正军 陈志南院士 丁建平 高友鹤 何大澄 贺福初院士 李亦学 梁宋平 刘斯奇 刘银坤 钱小红 　　强伯勤院士 饶子和院士 施 前 施蕴渝院士 汪尔康院士 王红阳院士 杨芃原 杨晓明 张学敏 　　张玉奎院士 赵晓航 曾 嵘 　甄 蓓 　　秘 书 长：钱小红 　　副秘书长：甄 蓓 施 前 　　秘书处 　　北京昌平区科学园路33号北京蛋白质组研究中心 　　电话：010-80705188 传 真：010-80705155 　　E-mail: cnhupo6@163.com 　　五、征文范围及要求(参照模版) 　　投稿论文收录入会议论文集，大会将组织优秀论文评选。参加会议代表将授予继续教育学分10分。 　　凡未在国内外公开刊物发表过的研究成果，均可投稿，具体要求如下： 　　征文范围：有关蛋白质组学及相关领域近年来研究的学术成果，以英文论文摘要形式投稿。 　　稿件要求：每篇论文摘要按正式发表论文要求撰写，限A4纸1页，使用Word软件撰写。文责自负。(参照模版) 　　字体要求：标题—Times New Roman四号加粗 　　作者—Times New Roman五号居中，拟作报告者请在其姓名下方划一横线。 　　注：大会报告幻灯片一律要求英文准备， 　　单位、地址、邮编、E-mail—Times New Roman小五号居中 　　摘要—Times New Roman五号 　　参考文献(Times New Roman五号)。 　　投稿方式：论文摘要请用E-mail附件传递，并在E-mail信中“主题”栏内写明“蛋白质组学会议” 若无上网条件请邮寄论文摘要一式两份，同时提交光盘(未提交者会议将不予录用)。 　　E-mail: cnhupo6@163.com 　　投稿地址：北京昌平区科学园路33号北京蛋白质组研究中心第六届中国蛋白质组学大会收 　　邮编：102206 　　截至日期：论文摘要投稿截至日期为2009年5月31日，以当地邮戳为准。 　　六、报到时间 　　2009年7月27日(参加培训的人员报到时间)、28-29日 　　七、会议注册费(国内代表) 　　2009年6月20日前注册：800元(人民币)/位(在读学生：500元/位) 　　2009年6月20日后注册：900元(人民币)/位(在读学生：600元/位) 　　技术培训费(与注册费一并交纳)：100元(人民币)/位 　　八、重要时间提示 　　回执截止日期：2009年5月31日前(以当地邮戳为凭) 　　征稿截止日期：2009年5月31日前(以当地邮戳为凭) 　　会前注册时间：2009年6月20日前(以当地邮戳为凭) 　　九、交通指南 　　由于参会人员较多，大会组委会不安排车辆接送。请代表自行乘车抵达报到地点，望参会代表谅解。 　　十、注册须知 　　1.请与会代表携带本人身份证，学生代表需携带学生证。已交费代表请带好汇款凭证，以备核对。 　　2.注册代表权益： 　　正式代表和学生代表，可以参加会议组织的所有活动、注册费包括会务费、资料礼品费、会议安排旅游及7月29日—31日早餐、午餐和晚餐费用。 　　十一、会议地址和住宿宾馆 　　 会议地址：江苏省泰州市扬子江药业集团海燕大酒店(江苏省泰州扬子江南路1号) 　　 邮编:225300 　　 住宿安排：海燕大酒店——标准间280元/天，单人间280元/天， 　　扬子江大酒店——标准间160元/天(距会场5分钟车程，会议期间班车接送) 　　十二、学术发言及证书登记 　　大会和分会发言及壁报交流的参会代表，请在注册当日(2009年7月27、28日)将报告材料或壁报资料(国际标准大小1.0m×1.2m)交至大会学术组，报告材料须为Powerpoint文件，一律要求英文准备，存储于移动硬盘、USB闪盘或光盘之中，大会提供笔记本电脑和幻灯放映设备，不接受个人电脑接入。如有特殊需求，请提前与大会学术组联系。大会发言鼓励使用英文，如有不便可使用中文。 　　论文被录用的参会代表可登记领取会议论文证书，所有参会代表可登记领取学分证书。 　　十三、旅游及定票须知 　　大会组委会设有旅游票务组专门负责参会代表的旅游及定票事宜。 　　组委会指定旅行社负责组织本次会议的会后(7月31日)旅游，会议期间请参会代表尽量不要安排旅游活动。旅游费用现场交纳并开具发票。军人和学生代表请携带相关证件，可享受门票优惠。 　　请参会代表至少提前两周提交返程票务预定单(附件二)，否则组委会无法保证其预定。费用现场交纳，预订火车票须加收手续费，预订飞机票需向秘书组告知姓名及身份证号，不加收任何费用。 　　参会代表在注册报到时，须在旅游票务组登记确认自己的旅游和返程票务事宜，并交纳费用。会议期间如有问题，请随时与旅游票务组或大会秘书处联系。 　　十四、退费说明： 　　已交费的参会代表因个人原因不能参会或其他原因需要退款，请提前与会务组联系。退费原则：7月1日前退还所交款项的80%，7月1日~26日退还所交款项的50%，7月27日及以后恕不退款。(已预订火车票者扣除票价退票费和手续费后进行退费) 　　十五、联系方式 　　会议回执和论文发送或邮寄至： 　　第六届中国蛋白质组学大会会务组 　　电话：010-80705188 80705116 80705166 　　传真：010-80705155 　　E-mail：cnhupo6@163.com 　　地址：北京昌平区科学园路33号北京蛋白质组研究中心 　　邮编：102206 　　*请注明：“蛋白质组学大会” 　　注册费汇至： 　　帐 户：中国人民解放军62032部队 　　开户行：北京工商行永定路支行 　　帐 号： 0200004909008520585 　　* 务必注明：蛋白质组学大会*(汇款前请先打电话联系，汇款后将汇款凭据传真至我处，以确保汇款安全到帐) 　　十六 、附件 　　附件1：第一轮通知回执 　　附件2：返程票务预订单 　　附件3：论文摘要模板。 　　第六届中国蛋白质组学大会秘书处 　　二OO八年十二月一日 　　附件1 　　第六届中国蛋白质组学大会 　　第一轮通知 回 执 　　姓名： 性别： 职称： 联系电话： 　　工作单位： 传真： 　　通讯地址： 邮编： 　　E-mail： 参加会议： 是 □ 否 □ 　　论文摘要题目： 　　所属专业：系统生物学□ 疾病蛋白质组学□ 功能蛋白质组学□ 　　药物蛋白质组学□ 结构蛋白质组学□ 蛋白质化学□ 生物信息学□ 　　蛋白质修饰和相互作用□抗体相关技术□ 蛋白质组微分析□ 蛋白质芯片□ 　　蛋白质组新技术新方法□ 其他□ 　　拟作报告形式： 大会报告 □ 分会报告 □ 墙报 □ 参加技术培训： 是 □ 否 □ 　　住宿标准： 　　海燕大酒店 　　(四星)标准间单人间 　　280元/天280元/天 　　扬子江大酒店 　　(三星)标准间 　　160元/天 　　选择房间类型： 　　海燕大酒店 标准间□ 单人间□ 　　扬子江大酒店 标准间□ 　　入住时间： 月 日～ 月 日 　　参加会议者请将回执于2009年5月31日之前发送或邮寄至： 　　E-mail: cnhupo6@163.com 　　投稿地址：北京昌平区科学园路33号北京蛋白质组研究中心第六届中国蛋白质组学大会收 　　邮编：102206 　　附件2 　　返程票务预订单 　　返程日期航班号 　　(车次)目的地代表签字 　　备注 　　附件3 　　Identified the nonspecific binding proteins in depletion of Albumin and IgG from Human plasma 　　Wang Yundan1, Ning Yunshan1,3, Jiang Yin2, Deng Xinyu2, Fang Qinmei2, Hong Yanhua3, 　　Li Ming1,3 　　1 College of Biotechnology, Southern Medical University, Guangzhou, P. R. China, 510515 　　2 Beijing Institute of radiation Medicine, Beijing, P. R. China, 100850 　　3 Boang Antibody Company, Shanghai, P. R. China, 200233 　　tommy604@fimmu.com 　　Depletion of high abundant proteins in plasma samples was necessary for the further study of new biomarkers mining in HPPP. We used the high specific mouse mAb against human albumin and Protein G to remove Albumin and IgG respectively from human plasma in denatured condition and native condition. We observed the different capacity of depletion in the presence of chaos reagents, non-ionic detergent and high concentration of salts. In native condition, the elution proteins were separated by 2DE and 104 spots in the gel were excised and trypsin digested for tandem mass spectrum (MS/MS) analysis. The binding proteins including Albumin, IgG, Fibrinogen, Vitamin D binding protein, Alpha-1 antitrypsin, transferrin, Transthyretin, Proapolipoprotein, Keratin, Complement component 3. The remained spots are albumin and IgG fragments. In denatured condition, the capacity of depletion for albumin become lower but IgG not affected. The concentration of nonspecific binding proteins including the fragments of Albumin in elution sample was lower. The results may explain the relation between low non-specific binding and presence of albumin fragments in condensed plasma samples processed by MARC or MARS system using commercial buffer. 　　Keywords: 　　High abundant protein / Depletion / 2-DE / MS / Nonspecific / Human plasma protein / Monoclonal antibody / Denature 　　References 　　1. Huang, H. L., Stasyk T., Morandell, S., Mogg, M., et al., Electrophoresis 2005, 26, 2843-2849 　　2. Anderson, N. L., Polanski M., Pieper, R., Gatlin, T., et al., Molecular & Cellular Proteomics 2004 Apr 3(4):311-26. 　　3. Shen, Y. F., Kim, J. K., Strittmatter, E. F., Jacobs, J.M., et al., Proteomics 2005, 5,4034-4045 　　4. Omenn, G. S., States D. J., Adamski M., Blackwell T. W., et al., Proteomics 2005, 13, 3226-3245

2013年4月27日，蛋白质研究的创新技术用户交流会在太原举行，作为蛋白质创新技术的领导者，美国ProteinSimple公司在Western Blot领域拥有众多的仪器用户，因此本次活动受到了用户的大力支持和热情参与，来自农科院、疾控、医院、检验检疫、高校、研究所等共有50余人参加了本次会议。 　　Western blot堪称蛋白质研究中的经典方法，30年来其操作步骤几乎没变过，依然是跑胶-转膜-封闭-孵育-检测。近两年，各大公司陆续推出了Western blot方面的新仪器，如新型转印系统，确实能省时省力不少，但仍然不能完全克服研究人员在今天面临的挑战。Western blot仍存在重复性差、实验耗时长、无法准确定量等问题。而在这方面，美国proteinsimple公司一直是行业的技术领导者。本次会议围绕着这些问题对化学发光凝胶成像、多色荧光成像、全自动Western blot仪器、纳米级超灵敏蛋白检测系统等方面展开详细介绍。 　　原Alpha Innotech公司创立于1992年，总部位于美国加州，2005年上市，在数字化凝胶成像领域有20多年的成功历史，用户超过20000个，引用的文献近10000篇，在中国拥有大量忠实用户。Alpha在凝胶成像领域处于领先地位，是高端多色荧光和化学发光技术的全球领导者，2003年率先开发出世界上最高分辨率的真正16bit超级化学发光、荧光、可见光成像系统。2009年被美国ProteinSimple公司收购。 　　ProteinSimple公司最近推出了一种Simple Western全自动蛋白质分析系统，彻底改变了整个Western blot。此分析在一台名为Simon的仪器上开展，Simon将所有实验步骤自动化，无需制胶跑胶，无需转膜，自动一抗二抗孵育，自动检测，3个多小时自动获得结果。让研究人员从繁重的劳动中解放出来，同时避免了可能影响实验重复性的人为因素。 　　NanoPro 1000超微量蛋白分析系统为蛋白功能和信号通路研究提供了一个全新的研究方案。传统的蛋白研究方法需要成千上万的细胞，而NanoPro 1000系统每次分析仅需要25个细胞。 　　并可对超微量珍贵样品的信号转导蛋白之特性直接检测，适用各种样品。 　　关于美国ProteinSimple公司 　　简称PS公司，总部位于美国硅谷，是世界一流的生命科学仪器制造商，专注于蛋白质研究分析领域，在美国加州、加拿大多伦多、加拿大渥太华等地设有生产和研发部门，同时在全球多地设有办事处。PS公司重视中国市场的发展，在北京、上海广州和武汉设有办事处和技术服务中心，为用户提供完善的技术支持和售后服务。

大家好，本周为大家分享一篇最近发表在Journal of The American Chemical Society上的文章，A Chemical Proteomic Map of Heme−Protein Interactions1。该文章的通讯作者是美国斯克利普斯研究所的Christopher G. Parker研究员。高铁血红素（heme）是人体中许多蛋白质的辅助因子，也是血液中氧气的主要转运体。最近的研究也证实了高铁血红素可以作为一种信号分子，通过与伴侣蛋白质结合而不是通过其金属中心反应来发挥其作用。然而，目前关于血红素结合蛋白的注释还不够完整。因此，本文采用化学蛋白质组学的方法去揭示人体中与高铁血红素发生互作的蛋白质谱。化学蛋白质组学是揭示蛋白质功能和发现药物靶标的重要工具。其中，最常用的是基于活性的蛋白质分析（Activity-based protein profiling，ABPP），通过结合活性分子探针标记及串联质谱分析，实现对靶标蛋白的鉴定。如图1b，本文设计了一个“全功能”活性分子探针（HPAP），共包含3个部分：1. Hemin母核，用于与靶蛋白非共价结合；2.光活化基团-双吖丙啶，可在UV光照下生成卡宾，促使分子探针与蛋白发生共价交联；3. 炔基，可在铜催化下与含有叠氮的试剂（荧光标签，生物素）发生点击化学反应，后两者组成FF-control。具体实验流程如下图1a所示，用HPAP处理不同细胞（In Situ）或不同细胞来源的蛋白质组（In vitro），HPAP中的hemin母核可与靶蛋白发生非共价结合，经UV光照，HPAP-蛋白间形成共价交联，再利用点击化学可将HPAP-蛋白与荧光素（TAMRA）或者生物素标签相连，用于后续的荧光成像（In-gel fluorescence）或者链霉亲和素纯化、LC-MS鉴别定量（MS-based I.D. and quantitation）。 图1. (a)使用基于高铁血红素的光亲和探针(HPAP)识别血红素结合蛋白的流程示意图。(b) HPAP、hemin和FF-control的结构；(c) HEK293T裂解物中与HPAP结合的蛋白的荧光成像；(d) hemin加入对HPAP与蛋白结合的影响。作者首先使用了SDS-PAGE去评估了HPAP标记蛋白的能力。如图1c所示，随着HPAP浓度的提高，胶图上条带颜色也逐渐加深，说明HEK293T细胞裂解液中与HPAP结合的蛋白在逐渐增加。如图1d所示，在10 μM HPAP的条件下，逐渐加入hemin，可以看到胶图上条带颜色逐渐变浅，说明hemin与HPAP之间发生了竞争，HPAP模拟了hemin与蛋白的结合过程。随后，作者又使用已知的hemin结合蛋白来确认HPAP捕获目标蛋白的能力。如图2所示，这些已知蛋白被HPAP成功的标记上，但由于hemin的加入，条带的颜色在逐渐变浅（TAMRA）。Western blot的结果显示，蛋白的总量并无太大变化，但hemin的竞争结合，导致与HPAP结合的蛋白量在下降。以上实验均说明，HPAP具有较好的选择性标记能力，能够模拟hemin与靶蛋白的结合，并以共价交联的方式标记在蛋白上。 图2. 用已知的高铁血红素结合蛋白确认HPAP捕获目标蛋白的能力。验证了方法的可行性后，作者将HPAP与定量蛋白质组学结合用于绘制高铁血红素-蛋白质互作谱。考察了多种细胞系，包括：人胚胎肾细胞（HEK293T）、人慢性髓系白血病细胞（K562）以及人原代外周血单个核细胞（PBMCs）。每种细胞系设置了两种实验形式：1）特异性结合实验（Enrichment）：通过将HPAP识别出蛋白与FF-Control识别出的蛋白进行对比，排除非特异结合的干扰（图1b），如果同一蛋白通过HPAP富集到的量是FF-control富集到的量4倍以上，则认为该蛋白是HPAP特异性结合蛋白。2）竞争性结合实验(Competition)：观察HPAP富集的蛋白在hemin和HPAP同时存在时富集到的量的变化，变化大于3倍且具有显著性差异（p＜0.05)的蛋白被认为是HPAP与hemin竞争性结合的蛋白。最终确定的高铁血红素结合蛋白应满足以上两种实验的筛选标准(图3a)。如图3b-d所示，总共鉴定出378个的高铁血红素结合蛋白，其中214个来自HEK293T, 182个来自K562, 107个来自PBMC。尽管三种细胞类型之间的结合蛋白有一些重叠，但大多数靶点蛋白只存在于一种或两种细胞类型中(图3b)，这暗示血红素在不同细胞中可能发挥不同的功能。其中，19个靶点蛋白是在UniProt上已经注释为高铁血红素的结合蛋白，剩余都是未揭示的结合蛋白。这些结合蛋白按照功能可划分为：转运蛋白，转录因子，支架蛋白和酶（图3c），根据代谢通路又可进一步划分（图3d）。作者最后对几个新发现的结合蛋白进行了验证，并选择IRKA1进行进一步的作用机制研究。IRKA1在调节炎症信号通路中起着关键作用，IRAK1被IRAK4磷酸化，然后自磷酸化，产生NFkB介导的炎症反应。经实验确认（图4），hemin是IRKA1的一种变构活化配体，可增强其酶活性，促进IRAK1的自磷酸化。 图3. 基于蛋白质组学的HPAP-蛋白互作分析。 图4. Hemin对IRKA1的调节作用。总之，本文设计开发了一种基于高铁血红素的光亲和探针，它可以与化学蛋白质组工作流程结合，以识别不同蛋白质组中的高铁血红素结合蛋白。利用该方法也可拓展至其他分子配体靶标蛋白的识别。 撰稿：刘蕊洁编辑：李惠琳原文：A Chemical Proteomic Map of Heme-Protein Interactions参考文献1. Homan, R. A., Jadhav, A. M., Conway, L. P., & Parker, C. G. (2022). A Chemical Proteomic Map of Heme-Protein Interactions. Journal of the American Chemical Society, 144(33), 15013–15019.

大家好，本周为大家分享一篇发表在Analytical Chemistry上的文章，PACTS-Assisted Thermal Proteome Profiling for Use in Identifying Peptide-Interacting Proteins。该文章的通讯作者是来自北京蛋白质组学研究中心的贾辰熙和Chen Yali研究员。生物活性肽是一类重要的生物分子，通过与蛋白受体相互作用，参与调控多种生物学进程。研究肽-蛋白相互作用对于理解这些功能分子的调节机制至关重要。目前已开发多种方法用于表征肽-蛋白的相互作用，例如通过引入荧光探针在多肽上来监测蛋白-多肽的相互作用，或者将多肽固定在磁珠或其他载体材料上进行进一步的亲和沉淀。然而以上方法都需要对多肽进行修饰，导致多肽的结构发生改变，进一步影响多肽-蛋白相互作用，产生假阳性结果。细胞热转移变分析（CETSA）和热蛋白质组分析（TPP）作为一种无修饰/无标签技术已被广泛用蛋白-配体相互作用研究。当配体与蛋白结合后，蛋白的热稳定性发生了改变，导致熔解曲线(Melting cure)发生位移。通过监测熔解温度的变化(∆Tm)，实现对蛋白-配体相互作用的检测。CETSA以及TPP允许在天然环境下研究分子互作，从而保留了内源性蛋白表达水平、翻译后修饰、局部微环境等生物物理特性。除了改变蛋白质的热稳定性，肽配体与蛋白质受体相互作用还会导致蛋白构象、疏水性和溶剂可及性的改变，一些配体甚至起到生物助溶的作用。所有这些特性的改变会导致研究体系中靶蛋白丰度的变化。这种由肽段配体结合诱导蛋白的丰度改变现象称之为PACTS。而PACTS也可以被合理的利用用于识别与肽段配体结合的靶蛋白。基于此，本文将PACTS与TPP技术相结合用于肽-蛋白质相互作用研究，PACTS可以辅助TPP分析，特别是在TPP分析过程中，由于配体-靶蛋白结合导致靶蛋白丰度降低至质谱检测限以下，无法绘制熔解曲线的情况下，PACTS可以作为另一个重要的监测手段。如图1所示，PACTS辅助TPP分析的实验流程大致如下：将蛋白提取液分成2份，分别与缓冲液（对照组）、肽配体（实验组）孵育，再将孵育后的每组样本等分成10份，在10个不同的温度下加热3 min。加热完成后，离心，收集上清液。利用SDS-PAGE将肽段与蛋白分离并进行胶内酶切。酶切后的肽段随即用TMT 10-plex标记，最后通过LC-MS/LS进行定量分析。将37 °C下对照组、实验组中同一蛋白的丰度变化作为PACTS的衡量指标（蓝框）。将在不同温度下蛋白的相对丰度变化转化为熔解曲线（黑框），实验组相较于对照组，同一蛋白熔解曲线的位移（∆Tm）作为TPP的衡量指标。综合两种方法识别出的靶标蛋白，作为最终的筛选结果。图1. PACTS辅助TPP分析的实验流程图作者首先用标准肽段-蛋白互作对验证了PACTS辅助TPP分析的可行性。如图2所示，右侧为对照组/实验组中靶蛋白在不同温度下丰度变化（Western blot），中间及左侧则是基于Western blot数据生成PACTs以及熔解曲线。对于JIP1-JNK1互作对，PACTS显示没有明显的丰度变化，而熔解曲线则显示发生了位移（图2A）。与之相反的，对于HOXB-AS3-hnRNP A1互作对，PACTS显示出明显的丰度变化，而熔解曲线则由于靶蛋白丰度降至检测限以下而无法绘制（图2B）。以上两个例子都说很好地说明，PACTS和TPP是两种互补的检测手段，使用两种方法同时检测有利用提高结果的准确性。作者还考察了不同细胞环境对蛋白-配体互作的影响（图CD及图EF）。来源于293T细胞的OPRN1与Enkephalin配体互作产生的熔解温度变化为∆Tm= 0.5 °C（图E），而来源于Hippocampus的OPRN1与Enkephalin配体互作产生的熔解温度变化为∆Tm= -14.4 °C（图F）。这个差异可能是由于孵育时不同的微环境造成的。图2. PACTS辅助TPP分析标准肽段-蛋白互作对。随后，作者将PACTS辅助TPP分析应用到组学层面。Aβ肽是淀粉样斑的主要成分，而淀粉样斑块主要存在于阿尔茨海默症（AD）患者的大脑中。在Aβ肽中，Aβ1-42在介导神经毒性和氧化应激中起关键作用。THP-1细胞类似于小胶质细胞，小胶质细胞功能障碍加速了与年龄相关的神经退行性疾病的进展，如AD。作者利用了PACTS辅助TPP分析研究了THP-1细胞中与Aβ1-42肽段相互作用的蛋白。如图3所示，图3A为PACTS结果，共发现37个蛋白在37 °C下有丰度变化。而TPP结果（图3B）则显示66个蛋白熔解曲线发生了位移。PACTS与TPP的结果具有较小的重合，说明两种方法具有互补性。GO分析表明（图3C），大多数与Aβ1-42相互作用的蛋白存在于细胞外泌体、胞质溶胶和细胞膜中。外泌体在AD中充当双刃剑，一方面，外泌体传播有毒的Aβ肽和过度磷酸化的tau遍及整个大脑，并诱导神经元凋亡。另一方面，它们消除大脑中的Aβ肽并促进其降解。了解Aβ肽与外泌体蛋白之间的相互作用有利于更好的开发AD治疗治疗药物。此外，作者用Western blot的方法进一步确认识别出的靶标蛋白（图D-E）。最后，作者用免疫共沉淀的方法进一步证明靶蛋白与Aβ1-42存在相互作用。图3. PACTS辅助TPP分析与Aβ1-42相互作用的蛋白总之，本文开发一种PACTS辅助TPP的分析方法，可用于大规模组学层面肽段-蛋白质相互作用研究。该方法具有无标记、无修饰的优势，无需额外实验，即可在TPP分析的同时获得PACTS信息。该方法也有助于理解多肽-蛋白质复合物相关的分子调控机制，进一步开发新型治疗药物。撰稿：刘蕊洁编辑：李惠琳原文：PACTS-Assisted Thermal Proteome Profiling for Use in Identifying Peptide-Interacting Proteins 参考文献1.Zhao T, Tian J, Wang X, et al. PACTS-Assisted Thermal Proteome Profiling for Use in Identifying Peptide-Interacting Proteins. Anal Chem. 2022 94(18): 6809-6818. doi:10.1021/acs.analchem.2c00581

p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " strong 仪器信息网讯 /strong 2020年，新型冠状病毒肺炎在中国和国际的迅速传播引发了全球卫生紧急情况。仪器信息网在密切关注疫情发展态势的同时，也更加关注病毒感染的致病机理等相关研究进展。近年来，组学研究成为生命科学基础研究领域的重点，对于病理、毒理学、药物动力学等具有重要价值，相关高水平学术期刊大量报道了科研人员利用组学技术开展的病毒致病病理学的研究成果，也对于此次疫情的进一步研究具有一定参考意义。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 基于此，仪器信息网推出了 a href=" https://www.instrument.com.cn/zt/omics2020" target=" _blank" span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong “组学技术在病毒感染致病机制中的亮点研究及技术进展” /strong /span /a 专题，为广大业内专家及用户介绍基于蛋白组学或代谢组学等多组学技术在病毒感染致病机制中的研究应用及技术进展，增强业界专家与仪器企业之间的信息交流，提供更丰富、更专业的技术文章，谨以此致敬所有奋战在抗疫一线的白衣天使以及幕后深耕的研究学者。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 从2019年底由SARS-CoV-2引起的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）具有高传染性，新型冠状病毒肺炎在中国武汉的出现及其在中国和国际的迅速传播引发了全球卫生紧急情况。住院患者的总死亡率在2.3％至11％之间。本文介绍了 strong 基于蛋白组学或代谢组学等多组学技术在病毒感染研究的应用及技术进展 /strong 。 /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 1.靶向蛋白定量方法研究新冠病毒感染蛋白动态变化 /strong /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " strong 1.1 Orbitrap Eclipse高灵敏度平行反应监测靶向定量新冠病毒蛋白 /strong /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 最近，研究人员通过使用了赛默飞Orbitrap Eclipse检测SARS-CoV-2病毒蛋白肽段序列，作为潜在的诊断工具，利用easy1200液相和Eclipse质谱使用靶向方法-平行反应监测（PRM）追踪病毒感染Vero细胞样本中几种SARS-CoV-2蛋白的肽段变化。 span style=" text-indent: 2em " 作者最初研究了SARS-CoV-2蛋白PRM实验的检测限，主要是核衣壳（NCAP），这是最丰富的病毒蛋白，因此是比较好的候选测试项目。 /span span style=" text-indent: 2em " Orbitrap Eclipse 的PRM结果显示对该蛋白灵敏度可达到amol级别（大约为0.9pg）。粗略计算表明，这种灵敏度水平应足以检测理论上与约10000个SARS-CoV-2颗粒相对应的蛋白质量。其他SARS-CoV-2蛋白也被发现是PRM靶向方法的良好候选蛋白。 /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" text-indent: 2em " （参考文献：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.23.057810v1） /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 417px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/3b037340-0003-46f0-a617-942d85139408.jpg" title=" 图片 1.png" alt=" 图片 1.png" width=" 600" height=" 417" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp 图. Orbitrap Eclipse靶向PRM监测SARS-CoV-2病毒蛋白肽段序列 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 此外，作者还进行了整体蛋白质组学分析，在60-90分钟分析时间内，共鉴定出6500种相关蛋白质。这表明蛋白质组学可以用来研究病毒感染宿主细胞的蛋白质组，也是未来新兴的研究工具。 /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 2.蛋白质组学研究新冠病毒感染的调控机制研究 /strong /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" color: rgb(0, 0, 0) " strong span style=" text-indent: 2em " 2.1 Orbitrap 高分辨质谱研究病毒宿主相互作用蛋白揭示感染机制 /span /strong /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 另外一篇研究关于SARS-CoV-2病毒的基因组有29811个核苷酸，编码28-29个蛋白质。它编码的蛋白质之一是蛋白质E，它是一种包膜蛋白，一种有助于形成病毒油泡的结构蛋白。一旦病毒进入细胞，它还将有其他的功能，例如，它附着在蛋白质上，有助于打开和关闭其基因，当E蛋白干扰时，模式可能会改变。 span style=" text-indent: 2em " 据报道，蛋白质E与寄主细胞中的溴多胺蛋白结合，Bromodomain 4（BRD4）是BET亚家族蛋白，通过识别乙酰化组蛋白提供了一个招募平台作用，与非组蛋白靶点相关，除与病毒蛋白复合外，还参与NFKB信号转导、Myc调控。此外，BRD4还与其它bromodomain蛋白存在协同作用，其中一些还可能执行泛素化功能。 /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 另有一位作者使用QE HFX质谱描述了BRD4相互作用蛋白的分子表型，使用了经BET抑制剂、与BRD4结合的化合物以及可能的其他bromodomain蛋白处理的人类B细胞系蛋白质组。已鉴定的蛋白定位于SARS-CoV-2病毒感染细胞的相互作用重编程途径和复合物中，如下图所示。（A proteomic model of SARS-COV2 infection by comparing the interactomes of BRD4 with BET-inhibition and SARS-COV2 viral proteins – implications for re-purposing approved drugs or ubiquitin-mediated degradation of select candidates） /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 422px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/74611d77-e12d-4700-b696-f209d44d255a.jpg" title=" 图片 2.png" alt=" 图片 2.png" width=" 600" height=" 422" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图.蛋白组学分析SARS-CoV-2病毒感染细胞后BRD4相关互作蛋白 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " & nbsp strong 2.2. Q Exactive HF质谱非标定量技术监控病毒感染细胞实时变化 /strong /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 另一篇研究通过使用Q Exactive HF质谱进行鸟枪法蛋白质组学研究，重点是获得SARS-CoV-2感染的相关信息，确定病毒颗粒抗原产生的最佳条件。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 为了做到这一点，作者用SARS-CoV-2感染Vero E6细胞（MOI 0.01和0.001）。然后他们用LFQ（非标记定量方法）方法在几天内监测感染的实时变化。他们鉴定了3220个Vero细胞蛋白和6个SARS-CoV-2蛋白，其中细胞27388个和病毒94个特异肽段（FDR& lt 1%）。病毒蛋白水平在不同时间点的动态变化表明，SARS-CoV-2蛋白合成在感染后持续增加，在感染第3天左右达到最大值。为了评估MS获得的病毒图谱在多大程度上反映了病毒的产生，作者通过qPCR在同一时间点测量了SARS-CoV-2 RNA分子。他们观察到最丰富的病毒蛋白产量的变化，反映了SARS-CoV-2 RNA分子数量的变化，证实可以使用基于MS的LFQ非标定量监测SARS-CoV-2感染动力学。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 参考文献：（https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.17.046193v1） /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 352px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/edfb0017-9692-44d5-877c-18107180805b.jpg" title=" 图片 3.png" alt=" 图片 3.png" width=" 600" height=" 352" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图. Q Exactive HF质谱进行鸟枪法蛋白质组学研究SARS-CoV-2感染的相关蛋白 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " strong 2.3 SILAC和TMT结合多重增强蛋白质动力学方法监控转录组和蛋白质组的变化 /strong /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 来自法兰克福大学医学病毒学研究所的Jindrich Cinatl教授和歌德大学医学院的Christian Mü nch教授团队发表的题为“SARS-CoV-2 infected host cell proteomics& nbsp revealpotential therapy targets” 的最新论文。在本篇工作中，作者建立了感染SARS-CoV-2的Caco-212细胞模型，运用一种新颖的多重增强蛋白质动力学(multiplexed enhanced protein dynamicsme,mePROD)方法进行蛋白质组学分析。能够在高时间分辨率下确定转录组和蛋白质组的变化，加速确证病毒致病性相关的生物途径以及寻找潜在的药物靶标。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 对感染细胞进行蛋白质组学分析，该策略取决于是否有合适的允许病毒感染的细胞培养模型，以及对蛋白质进行时间感染特征分析的敏感蛋白质组学方法。为了探究潜在的抗病毒药物，作者建立了一个针对SARS-CoV-2高度兼容的细胞模型，在病毒感染24小时后就能迅速见到细胞致病作用(cytopathogeniceffect,CPE)(图1A)。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" text-indent: 2em " 研究人员在病毒感染细胞后的2h、6h、10h和24h，分别用定量PCR技术测量上清液中的病毒RNA拷贝数，发现感染后SARS-CoV-2 RNA数量不断增加（图1B）。这表明病毒在细胞中经历了完整的复制周期，成功建立了功能性的SARS-CoV-2细胞培养模型，该模型可以用于研究细胞中SARS-CoV-2生命周期的不同步骤。 /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 255px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/74c24851-b71a-4b76-ad3e-48c2c19512b4.jpg" title=" 图片 4.png" alt=" 图片 4.png" width=" 600" height=" 255" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 323px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/642389b8-9ba3-40e5-a6e4-5384db45b276.jpg" title=" 图片 5.png" alt=" 图片 5.png" width=" 600" height=" 323" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图.& nbsp SARS-CoV-2 在细胞内快速复制模型。 /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " A, 病毒感染24小时后的细胞形态变化 & nbsp & nbsp /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " B, 细胞上清液中病毒RNA拷贝数的增加 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 为了确定SARS-CoV-2感染的时间分布，如下图所示，作者用SARS-CoV-2单次感染Caco-2细胞后培养2-24小时，并通过mePROD蛋白质组学的方法，即联用新蛋白代谢标记（SILAC）和串联质量标签（TMT）两种标记方法，进行蛋白差异分析。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" text-indent: 2em " 首先，将SARS CoV-2病毒与Caco-2细胞孵育一定时间，在收集样品前两小时，将培养基更换为重标SILAC培养基以标记新合成蛋白质 带有部分SILAC标记的蛋白酶切成肽段，经TMT11plex试剂标记后通过high-pH反相分级，最后借助Easy nLC 1200-Q Exactive HF高分辨质谱平台进行高通量蛋白质组学分析，用以表征宿主和病毒基因表达变化。 /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 320px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/8ae32504-08dc-4038-a16f-50dfdab799cd.jpg" title=" 图片 6.png" alt=" 图片 6.png" width=" 600" height=" 320" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " & nbsp 图.mePROD蛋白质组学分析流程 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 在三个重复中，我们分别定量到大约4,200种和7,000种蛋白质的相对翻译速率和相对蛋白质水平。主成分分析（PCA）表明，在感染6小时后实验组首次从对照组中分离出来；随着感染时间的延长两组之间的差异越来越大（下图）。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 455px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/b35166bd-e928-43eb-bf4f-efb68c04e26e.jpg" title=" 图片 7.png" alt=" 图片 7.png" width=" 600" height=" 455" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图.PCA分析结果 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 与SARS-CoV–1病毒类似，许多RNA病毒会降低宿主细胞的蛋白合成；但是实验组与对照组的总体翻译率变化不大，仅在感染10小时后最大降低了23％（下图）。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 300px height: 486px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/0279f4d2-43c0-4ed1-8af4-000f7abb60d5.jpg" title=" 图片 8.png" alt=" 图片 8.png" width=" 300" height=" 486" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图, 不同时间点的整体翻译速率（N=3） /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 作者将用对所有定量到的病毒蛋白的平均水平作为参照，计算宿主蛋白与其的距离，对最相关的前10％的蛋白进行网络分析。结果显示宿主细胞本身翻译模式的广泛重塑，可能解释了如何避免总体蛋白质合成发生重大变化（如下图所示）。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 300px height: 408px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/00a705a5-e243-4531-af41-7c8c827accb6.jpg" title=" 图片 9.png" alt=" 图片 9.png" width=" 300" height=" 408" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图.前10％蛋白的通路分析结果 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 在本篇研究中，通过对SARS-CoV-2感染对宿主细胞进行定量蛋白质组分析，确定了由SARS-CoV-19感染调节的宿主细胞通路，并揭示了药物抑制病毒在人体细胞中复制的相关靶通路。感染过程中细胞功能发生了重大调整，SARS-CoV-2重塑了翻译、剪接、碳代谢和核酸代谢等重要细胞代谢途径，并对这些途径相关的小分子抑制剂进行测试。结果揭示了SARS-CoV-2的细胞感染情况，并鉴定出抑制病毒复制的药物，这些结果也将指导开发COVID-19的治疗方案。 /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 3.Orbitrap高分辨质谱针对新冠病毒糖蛋白结构研究进展 /strong /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " strong 3.1. Orbitarp Fusion质谱结合冷冻电镜解析SARS-CoV-2 S糖蛋白多糖结构 /strong /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 来自CCRC的Robert Woods实验室。通过大量实验生成了在SARS-CoV-2 S糖蛋白上发现的聚糖的三维结构。整个研究基于报道的S蛋白使用赛默飞冷冻电镜cryo_EM 分析3D结构和相关的糖组学数据（利用Orbitarp Fusion 质谱结合分析）。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 他们进行了分子动力学模拟，以观察多糖的微观异质性对表位暴露的影响。模糊位置为聚糖结构。M9型（绿色），M5型（深黄色），混合型（橙色），复合型（粉色）。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 300px height: 330px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/def92f5e-20fe-4269-b50d-36aa139f3bf9.jpg" title=" 图片 10.png" alt=" 图片 10.png" width=" 300" height=" 330" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图. SARS-CoV-2 S糖蛋白聚糖结构和多糖微观异质性 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " strong 3.2. Orbitrap Fusion Lumos质谱绘制新冠病毒SARS-CoV-2 S蛋白糖基化图谱 /strong /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 新型冠状病毒（SARS-CoV-2）中的刺突蛋白（Spike蛋白）是一种高度糖基化的蛋白质，是病毒结合和进入宿主细胞的关键调节因子，也是研发抗体及相关药物的关键靶点。该蛋白的位点特异性N-糖基化修饰（包含糖基化位点以及糖链信息）分析对于了解其功能和药物研发具有重要意义。在中国2020年3月，四川大学华西医院科研团队在生物学预印本bioRxiv在线发表文章“Site-specific N-glycosylation Characterization of Recombinant SARS-CoV-2 Spike Proteins using High-Resolution Mass Spectrometry”针对该蛋白的位点特异性N-糖基化修饰进行深入分析，具体实验流程如下图 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 283px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/0bffa430-0704-4b8e-aa77-7392ed0df0aa.jpg" title=" 图片 11.png" alt=" 图片 11.png" width=" 600" height=" 283" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图.利用orbitrap质谱分析新冠病毒S蛋白N-糖基化流程 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 通过使用Orbitrap Fusion Lumos质谱技术的整合糖蛋白质组学新方法，绘制了新冠病毒SARS-CoV-2重组表达蛋白的所有糖基化修饰位点以及位点特异性的N-糖链组成图谱，如下图所示。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 816px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/2d19678f-d802-4f1a-9b6e-0b0d883f4334.jpg" title=" 图片 12.png" alt=" 图片 12.png" width=" 600" height=" 816" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图. S糖蛋白位点特异性N糖基化位点修饰谱 /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 4.蛋白质组以及代谢多组学研究新冠病毒感染病人血清生物标志物 /strong /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " strong 4.1多组学方法研究新冠肺炎轻重症患者血清中蛋白和代谢物生物标志物 /strong /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 西湖大学生命科学学院与合作团队对新冠肺炎患者血液中的蛋白质和代谢物分子进行系统检测，利用多组学方法研究重症患者的血清中存在多种蛋白和代谢物分子变化（Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera） span style=" text-indent: 2em " 并找到了一系列生物标志物，有望为预测轻症患者向重症发展提供导向。 a href=" https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.07.20054585v1" target=" _blank" （Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera） /a /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 实验对99例病毒灭活处理的血清样本进行了安全处理和质谱分析。根据现行临床诊断标准，这些血样被分为对照（健康）组、普通流感组、新冠感染轻症组、新冠感染重症组。运用QE HF质谱对样本的进行蛋白质组和代谢组分析，对血清样本中的蛋白和代谢物的相对浓度进行了广泛全分析，从而揭示了重症患者体内多种独特的分子调控。 /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 具体流程如下图所示 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 211px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/268f6506-b9d2-4d2f-bdad-5f084133fc34.jpg" title=" 图片 13.png" alt=" 图片 13.png" width=" 600" height=" 211" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图.蛋白质组学结合代谢组学围绕新冠肺炎患者队列进行分析流程 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 与对照（健康）组、普通流感组和轻症组相比，新冠肺炎重症患者的样本中出现了93种特有的蛋白表达和204个特征性改变的代谢分子。其中50种蛋白，与患者体内的巨噬细胞、补体系统、血小板脱颗粒有关。研究团队还发现，在新冠病毒感染的重症患者体内，有100多种氨基酸及100多种脂质均出现显著减少。见下图。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 458px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/0d26783c-de7b-44cf-912b-dca3f55ae057.jpg" title=" 图片 14.png" alt=" 图片 14.png" width=" 600" height=" 458" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em text-indent: 2em " 图.COVID-19感染后重症患者体内的巨噬细胞、血小板、补体系统的作用通路 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 基于orbitrap质谱技术和机器学习分析方法，短时间内整合蛋白质组、临床、生物、代谢组、计算等多学科数据筛选出重症患者特征性的22个蛋白质和7个代谢物，有望可以辅助现有的诊断分析手段，实现更精准、高效的治疗。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 新型冠状病毒（2019-nCoV）肺炎疫情来势汹汹，牵动着每一个人的心，在这没有硝烟的抗疫战场上，白衣天使和医学研究者就是勇敢的战士。 span style=" text-indent: 2em " 我们整理了基于Orbitrap超高分辨质谱多组学技术在病毒感染致病机制和亮点研究，谨以此文致敬白衣天使和深耕医学研究的学者们，默默付出，勇敢向前，愿望早日完成胜利。 /span /p p br/ /p p style=" text-align: right " 投稿来源：赛默飞色谱与质谱 /p p br/ /p p br/ /p

金属蛋白酶（MP）是一个在其活性中心具有金属离子的大型蛋白酶家族。根据结构域的不同，金属蛋白酶可分为多种亚型，主要包括基质金属蛋白酶（MMPs）、解整合素金属蛋白酶（ADAMs）以及具有血栓反应蛋白基序的ADAMs（ADAMTS）。它们具有蛋白质水解、细胞粘附和细胞外基质重塑等多种功能。相关会议推荐点击可免费报名金属蛋白酶在多种类型的癌症中表达，并通过调节信号转导和肿瘤微环境参与涉及肿瘤发生、发展、侵袭和转移的许多病理过程。因此，更好地了解MP在癌症免疫调节中的表达模式和功能将有助于开发更有效的癌症诊断和免疫治疗方法。MP的结构和表达基质金属蛋白酶（MMP）在脊椎动物中，MMP家族由28个成员组成，至少23个在人体组织中表达，其中14个在脉管系统中表达。基质金属蛋白酶通常根据其底物和其结构域的组织结构分为胶原酶（MMP1、MMP8、MMP13）、明胶酶（MMP2、MMP9）、溶血素（MMP3、MMP10、MMP11）、基质溶素（MMP7、MMP26）、膜型MMPs（MT MMPs）或其他MMPs。MMP家族有一个共同的核心结构。典型的MMPs由大约80个氨基酸的前肽、170个氨基酸的金属蛋白酶催化结构域、可变长度的连接肽或铰链区和约200个氨基酸的血红素蛋白结构域组成。不同类型的MMP具有不同于典型MMP的特定结构特征。例如，MT MMPs缺乏前结构域，而MMP7、MMP26和MMP23缺乏Hpx结构域和连接肽。此外，MMP2和MMP9包含纤连蛋白的三个重复。MMPs中的这些不同结构域、模块和基序参与与其他分子的相互作用，从而影响或决定MMP活性、底物特异性、细胞和组织定位。MMPs已在多种人类癌症中检测到，MMPs的高表达通常与大多数癌症的生存率降低有关，包括结直肠癌、肺癌、乳腺癌、卵巢癌和胃癌。其中MMP2和MMP9，能够降解基底膜中的IV型胶原，是研究最广泛的金属蛋白酶，与各种癌症患者的疾病进展和生存率降低相关。解整合素金属蛋白酶（ADAM）ADAMs是锚定在细胞表面膜上的I型跨膜蛋白，迄今已发现30多种。与MMPs类似，ADAMs包括前结构域和锌结合金属蛋白酶结构域。ADAM还包括一个在细胞表面蛋白中独特的去整合素结构域。ADAM的金属蛋白酶结构域高度保守，大多数ADAM都有一个富含半胱氨酸的结构域和跨膜区域相邻的EGF样结构域，然后是一个长度和序列在不同ADAM家族成员之间变化很大的胞内区。由于这些结构域的存在，ADAM可以结合底物并影响细胞粘附和迁移的变化，以及细胞表面分子的蛋白水解释放。它们的主要底物是完整的跨膜蛋白，如生长因子、粘附分子和细胞因子的前体形式。癌细胞通常表达高水平的ADAM，ADAM17是所有ADAM蛋白中研究最广泛的。一项评估ADAM17作为卵巢癌潜在血液生物标志物的研究表明，与对照组相比，培养的卵巢癌细胞系的培养基上清液以及卵巢癌患者的血清和腹水中的ADAM17水平明显更高。具有血栓反应蛋白基序的ADAM（ADAMTS）ADAM不同，ADAMTS是一种分泌型金属蛋白酶，其特征在于辅助结构域包含血栓反应蛋白1型重复序列（TSR）和间隔区，并且缺少跨膜区、胞内域和（EGF）样结构域，人ADAMTS家族包括19种蛋白。ADAMTS蛋白酶参与前胶原和von Willebrand因子的成熟，以及与形态发生、血管生成和癌症相关的ECM蛋白水解。研究表明，不同的ADAMTS具有不同的生物学功能，并且个体ADAMTS可以在不同的癌症中或根据临床环境发挥不同的作用。与MMPs和ADAMs相比，ADAMTS在TME中的参与研究较少，因此迫切需要系统地研究其在癌症中的功能。涉及癌细胞免疫相关MP的信号通路信号转导途径由多个分子组成，它们相互识别和相互作用，并传递信号以调节许多重要的生物学过程，如肿瘤细胞增殖、转移和免疫调节。三种信号通路尤其与免疫调节中的MP密切相关。肿瘤坏死因子信号肿瘤坏死因子-α（TNF-α）是一种重要的促炎细胞因子，参与免疫系统的维持和稳态，以及炎症和宿主防御。可溶性TNF-α通过蛋白水解酶ADAM17，也称为TNF-a转换酶（TACE），从跨膜TNF-α（tmTNF-α）裂解，该酶可通过激活TNF-α来协调免疫和炎症反应。鉴于ADAM17对TNF信号通路的受体和配体的作用，ADAM17被认为以多种方式影响TNF-α信号传导。例如，可溶性TNF-α产生的减少将导致tmTNF-α的积累，其将与TNFR2结合并导致不同的生物学结果。转化生长因子–β转化生长因子-β（TGF-β）作为肿瘤行为的关键调节因子，在肿瘤侵袭和转移、免疫调节和治疗抵抗中发挥重要作用。TGF-β也是TME免疫抑制的核心，根据具体情况对免疫系统具有多效性功能。MMP9和MMP2是已知的两种金属蛋白酶，可切割未激活的TGF-β前体并产生不同的TGF-β蛋白水解切割产物，从而导致TGF-β活化。此外，与CD44结合的MMP9降解纤连蛋白导致活性TGF-β的释放。癌细胞中MMP9的水平不仅可能影响TGF-β的蛋白水解，还可能影响TGFβ和TGF信号通路下游物质的表达。对乳腺癌中MMP9与TGF信号通路之间关系的研究表明，乳腺癌细胞中MMP9的过表达不仅显著上调了SMAD2、SMAD3和SMAD4的表达，还增强了SMAD2的磷酸化。Notch信号通路Notch信号涉及肿瘤生物学的多个方面，其在免疫应答的发展和调节中的作用比较复杂，包括塑造免疫系统和TME的组成部分，例如抗原呈递细胞、T细胞亚群和癌细胞之间的复杂串扰。特别是，Notch在不同免疫细胞的发育和维持中发挥着关键作用。配体与Notch受体结合后，下游信号由包括ADAM家族成员在内的一些蛋白酶介导。首先，受体/配体相互作用暴露了蛋白水解切割位点S2，其被ADAM金属蛋白酶切割。γ-分泌酶介导的S3处的后续裂解发生在跨膜区，导致Notch胞内结构域（NICD）的释放，该结构域转移到细胞核中，并将MAML与RBPJ结合，触发靶基因如Myc、P21和HES1的转录。已知ADAM10和ADAM17参与裂解S2，而ADAM17导致配体非依赖性Notch激活，ADAM10导致配体依赖性激活。MP对肿瘤微环境的调节TME是指肿瘤细胞周围的微环境，包括血管、免疫细胞、成纤维细胞、骨髓源性抑制细胞、各种信号分子和ECM。TME在调节癌症的免疫反应中起着关键作用。MP对ECM的影响ECM是TME基质的非细胞成分，ECM的重塑在癌症的发展和体内稳态以及免疫细胞募集和组织转移中起着重要作用。癌症进展过程中ECM的广泛重塑导致其密度和组成发生变化，具体而言，蛋白酶诱导的ECM成分的分解对于肿瘤细胞跨越组织屏障至关重要。MMPs和ADAMs是参与ECM降解的主要酶，参与ECM降解的MMPs可大致分为膜锚定MMPs和可溶性MMPs。ECM降解主要通过MT1 MMP激活的可溶性MMP（如MMP2、MMP9和MMP13）实现。ECM有三个主要成分：纤维、蛋白聚糖和多糖。MMPs通过与这些基质结合以促进各种ECM蛋白的周转，在组织重塑中发挥重要作用。MMPs降解ECM的具体机制尚不清楚，需要进一步研究。MP与免疫细胞之间的关系MP在促进免疫细胞活性和调节免疫细胞迁移方面发挥重要作用。MP和免疫细胞之间的关系如下图所示。ADAM10和ADAM17在静止的CD4+Th细胞表面表达，对调节CD4+Th的发育和功能很重要。ADAM10/17在T细胞共刺激受体以及共抑制受体的脱落中发挥关键作用。例如，CD154（CD40L）是一种II型膜共刺激受体，在T细胞和APC之间的相互作用后，CD154表达在几个小时内迅速上调，随后在ADAM10和ADAM17裂解后从T细胞表面释放。此外，ADAM10和ADAM17还作用于共刺激受体CD137，以及抑制性受体LAG-3、TIM-3，sLAG-3和sTIM-3的可溶性形式都是在ADAM10和ADAM17蛋白水解裂解后形成的。B细胞是体液免疫的关键细胞成分，位于脾脏中边缘区B细胞（MZB）表达高水平的CD80/86共刺激分子，导致T细胞活化。Notch2信号传导是MZB细胞发育所必需的，在MZB的发育过程中，Notch2异二聚体与基质细胞和APC上的DLL1等配体结合，这启动了一种未知的金属蛋白酶水解受体，导致Notch胞内结构域的释放，该结构域转移到细胞核并触发下游靶基因的表达。这种未知的金属蛋白酶可能是ADAM10。NK细胞表达IgG Fc受体FcγRIII（CD16），CD16分子可被ADAM17从活化的NK细胞表面裂解，ADAM17的抑制会削弱CD16和CD62L的胞外脱落，从而显著增加细胞内TNF-α和IFN-γ的水平。此外，MMPs和ADAMS可以从肿瘤细胞表面切割活化受体NKG2D的配体。这些裂解蛋白的可溶性形式与NKG2D结合，并诱导该受体的内吞和降解，导致肿瘤逃避监控。总的来说，ADAM17裂解的多种底物与NK细胞的不同作用有关。肿瘤相关巨噬细胞（TAM）有助于癌症的发生和恶性进展，高水平的TAM与预后不良和总体生存率降低有关。在多种癌症中，发现TAM通过分泌MMPs促进肿瘤血管生成和侵袭，并调节免疫反应。MMP的调节与TAM分泌的趋化因子密切相关。与MPs相关的免疫调节细胞因子多种来源于肿瘤细胞的细胞因子，包括TGF-β、EGF、HGF和TNF-α，介导许多MP的表达。其中最重要的是MMP9，其在血清和与肿瘤相关的组织中升高，并参与ECM的降解，以促进癌症中免疫细胞的迁移。此外，这些细胞因子必须被MP切割以参与肿瘤免疫过程。例如，被ADAM17切割的TmTNF-α产生活性sTNF-α。IL-12在T细胞发育和扩增中也起着关键作用，未激活的IL-12前体需要在被MMP14切割之后在TME中转变为活性状态。金属蛋白酶和血管生成迄今为止，已经报道了几种类型的肿瘤血管生成，包括萌芽血管生成和血管生成拟态（VM）。萌芽血管生成是通过血管基底膜中各种水解酶（如MP和组织纤溶酶）的上调实现的，这导致基底膜和ECM的降解和重塑。例如，在胰腺神经内分泌肿瘤中，MMP9分泌增加会从基质中释放出隔离的VEGF，从而将血管静止转变为活跃的血管生成。在肺癌细胞中，MMP2活性的抑制减少了其与整合素AVB3的相互作用，并抑制了下游PI3K/AKT信号介导的VEGF的表达，导致血管生成减少。VM是侵袭性肿瘤形成新血管的新模型，为肿瘤生长提供血液供应。研究表明，实体瘤的初始缺氧环境与VM密不可分，缺氧与MMPs的表达和活性密切相关。低氧诱导因子-1α（HIF-1α）已被证明直接调节MMP14、MMP9和MMP2的表达。靶向MP的免疫治疗鉴于MP在癌症免疫调节中的作用，人们开始探索靶向MP的免疫治疗，临床试验中出现了多种广谱MP抑制剂。然而，由于药物的非特异性靶向和MP在免疫调节中的复杂作用，MP抑制剂迄今未能改善癌症患者的生存和预后。最近，有报道称MP抑制剂可用于联合治疗，以提高免疫治疗的疗效。SB-3CT作为一种MMP2/9抑制剂，被认为可以提高抗PD-1和抗CTLA-4治疗黑色素瘤和肺癌小鼠模型的疗效。SB-3CT治疗不仅通过减少多种致癌途径导致PD-L1表达减少，而且与抗PD-1治疗相结合，显著改善了免疫细胞浸润和T细胞的细胞毒性。此外，SB-3CT与抗CTLA-4的组合增强了PD-L1表达的下调，并增加了肿瘤中活化的肿瘤浸润CD8+T细胞的丰度。Andecaliximab（GS-5745）是一种选择性抑制MMP9的单克隆抗体，GS-5745通过与MMP9前体结合并阻止MMP9活化来抑制MMP9，而与活性MMP9的结合则抑制其活性。Fab 3369作用于MMP14，阻断细胞表面表达的内源性MMP14，并抑制三阴性乳腺癌（TNBC）中ECM的降解。此外，有多种抗体可有效抑制ADAM17，包括A12、A9和MED13622。还有一些小分子抑制剂在临床开发中，在临床试验中显示出积极的效果。小结MP在TME中的免疫调节中发挥重要作用，包括ECM重塑、信号通路转导、细胞因子脱落和释放以及促进血管生成。与MP相关的新兴技术和药物在癌症诊断和治疗中得到了越来越多的探索。因此，更好地了解MP在癌症免疫调节中的表达模式和功能将有助于开发更有效的癌症诊断和免疫治疗方法。基于MP的探索和新技术具有巨大潜力，它们可能会为未来的癌症诊断和治疗提供有效的策略。参考文献：1.Immunomodulatory role of metalloproteases in cancers: Current progress and future trends. Front Immunol.2022 13: 1064033.

在多肽类药物的生产质控中，氨基酸序列的测定是必不可少的检测项目。对于常规组成单一的合成多肽药物来说，氨基酸序列的分析较为简单，可通过Edman降解法或质谱法进行测定，其中Edman降解法被认为更加直接可靠。但对于组成复杂的混合多肽药物来说，比如，醋酸格拉替雷（Glatiramer acetate，简写为GA），由于多肽组成形式复杂多变，可能具有超过一万亿个不同序列的独特多肽，如果对每种多肽成分的氨基酸序列进行精确测定，似乎既不可能，其实也无必要，我们需要考虑新的方法对混合多肽进行整体表征。 n 快速了解醋酸格拉替雷醋酸格拉替雷是一种人工合成的多肽类制剂，由Glu（谷氨酸）、Ala（丙氨酸）、Tyr（酪氨酸）和Lys（赖氨酸）四种氨基酸随机聚合而成，原研药由以色列药厂TEVA研发制造（商品名Copaxone），于1996年获美国FDA核准用于治疗多发性硬化症（MS），其2020年全球销售额达到13.37亿美元，2021年7月，TEVA的“醋酸格拉替雷注射液”在中国的上市申请获得受理。多发性硬化症是一种常见的以中枢神经系统炎性脱髓鞘为主要特征的自身免疫性疾病，临床表现包括视物模糊，感觉、运动异常，智能、情感等高级功能障碍，在中青年人群中多发，且有较高致残率。醋酸格拉替雷被认为是通过改变造成MS发病机制的免疫过程而起作用的，其疗效与耐受性在临床上获得了十足的肯定。 醋酸格拉替雷是一种由Tyr、Lys、Glu、Ala随机聚合而成的多肽混合物（CAS号：147245-92-9） 醋酸格拉替雷的第一个仿制药Glatopa （由Sandoz 公司和 Momenta公司共同开发）于2015年上市，由于原研药的专利到期，未来将有更多的仿制药上市。 n 醋酸格拉替雷的合成与质量评估在醋酸格拉替雷的生产过程中，通过聚合及解聚反应，可以将其分子量控制在一个较窄的范围（平均分子量4700～11000 Da）。生产工艺的改变以及所用试剂的变化都有可能使药物的组分比例发生变化。利用Edman降解法，通过监测N端每一个循环的4种氨基酸的组成比例以及变化趋势，可以对药品质量进行评估。 岛津解决方案 l 蛋白质测序仪对醋酸格拉替雷进行质量评价的原理Edman降解法是进行N端氨基酸序列分析的经典方法，岛津以其为原理设计的全自动蛋白质测序仪（以下简称PPSQ），由液相系统和可执行自动化Edman降解反应的主机组成，将氨基酸从多肽链的N端依次切割下来，通过色谱的保留时间判定氨基酸种类，结果直接可靠。PPSQ除了对N端氨基酸序列进行定性分析外，利用液相色谱稳定的定量能力，还可以对多肽特定循环氨基酸的摩尔生成量及组成比例进行定量分析。 岛津在售蛋白质测序仪PPSQ-51/53A Edman降解反应图解 l 样品前处理取适量稀释后的样品加入经聚凝胺处理的玻璃纤维膜上，干燥后安装到PPSQ反应器上进行分析。实验仅作示例，共测试了3个批次的原研药Copaxone以及4个批次的某在研仿制药，每个批次测试N端前6个循环。 反应器构造图 l 实验结果 1）N端氨基酸组成定性分析醋酸格拉替雷原研药每个循环均检测到Glu、Ala、Tyr、Lys等4种氨基酸，这与药品由Glu、Ala、Tyr、Lys等4种氨基酸随机聚合而来，结果一致。 醋酸格拉替雷原研药Copaxone与某在研仿制药N端氨基酸分析色谱图示例（1-6循环）（黑色：原研药Copaxone；红色：某在研仿制药；DTT、DMPTU、DPTU为试剂峰） 2）各循环中每种氨基酸的相对摩尔含量的分析根据仪器自动生成的氨基酸生成量，计算每种氨基酸的摩尔含量，例如，Glu的相对摩尔含量为： 根据氨基酸的相对摩尔含量，绘制各循环中各氨基酸生成量的趋势图，如下。 醋酸格拉替雷Copaxone 与某在研仿制药N端前6个循环相对氨基酸水平分析（纵坐标：相对摩尔含量；横坐标：循环数） 3）原研药与某在研仿制药的比较从趋势图来看，仿制药各循环氨基酸生成量趋势，与原研药整体相似，但GA仿制药-批次1的Glu的相对含量略低，GA仿制药-批次4的各循环Tyr的相对含量略高，批次1中Glu的偏低与批次4中Tyr的偏高是否正常，需要对原研药进行多批次实验，以判断是否超出正常范围。GA仿制药-批次2及GA仿制药-批次3的Tyr生成量趋势与其他样品有明显不同，提示仿制药生产工艺可能存在与原研不同的地方。 结 语通过醋酸格拉替雷N端各氨基酸生成量的趋势变化的分析比较，可为仿制药的开发及生产质控提供参考，醋酸格拉替雷N端相对氨基酸水平分析亦可作为醋酸格拉替雷仿制药与原研药一致性评价的依据。这也为我们今后分析类似混合蛋白或多肽药物提供了参考思路。 参考文献：J. Andersona, C. Bell, et al., Demonstration of equivalence of a generic glatiramer acetate (Glatopa™ ), Journal of the Neurological Sciences 359 (2015) 24–34 撰稿人：顿俊玲 *本文内容非商业广告，仅供专业人士参考。

聚焦蛋白质互作研究进展与实验方法研究蛋白-蛋白相互作用是理解生命活动的基础。蛋白质—蛋白质互作网络是生物信息调控的主要实现方式，是决定细胞命运的关键因素。检测蛋白质间相互作用的实验方法有哪些？这些检测方法各有什么优缺点?总结如下。1. 生化方法●共纯化、共沉淀，在不同基质上进行色谱层析(需要补充)●蛋白质亲和色谱 基本原理是将一种蛋白质固定于某种基质上(如Sepharose)，当细胞抽提液经过改基质时，可与改固定蛋白相互作用的配体蛋白被吸附，而没有吸附的非目标蛋白则随洗脱液流出。被吸附的蛋白可以通过改变洗脱液或者洗脱条件而回收下来。GST pull down技术：为了更有效的利用蛋白质亲和色谱，可以将待纯话的蛋白以融合蛋白的形式表达，即将”诱饵“蛋白与一种易于纯化的配体蛋白融合。例如与GST融合的蛋白再经过GSH的色谱柱时，就可以通过GST和GSH的相互作用而被吸附。当载有细胞抽提物经过柱时，就可以得到能够与“诱饵”蛋白相互作用的目标蛋白了。Epitope-tag技术：表位附加标记技术 就是将附加的抗原 融合到目的蛋白以检测目的蛋白的表达，同时还可以通过亲和层析法来纯化目的蛋白。 缺点：表位附加标记可能会使融合蛋白不稳定，改变或使融合蛋白功能丧失。以上两种方法都要共同的缺点：假阳性。实验所检测到的相互作用可能时由蛋白质所带电荷引起的，并不是生理性的相互作用 蛋白的相互作用可能并不是直接的，可是由第三者作为中介的 有时会检测到两种在细胞中不可能相遇却有极强亲和力的蛋白。因此实验结果还应经其他方法验证。●免疫 共沉淀 免疫共沉淀是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。改法的优点是蛋白处于天然状态，蛋白的相互作用可以在天然状态下进行，可以避免认为影响 可以分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合体。 缺点：免疫共沉淀同样不能保证沉淀的蛋白复合物时候为直接相互作用的两种蛋白。另外灵敏度不如亲和色谱高。●Far-Western 又叫做亲和印记。将PAGE胶上分离好的凡百样品转移到硝酸纤维膜上，然后检测哪种蛋白能与标记了同位素的诱饵蛋白发生作用，最后显影。 缺点是转膜前需要将蛋白复性。2. 等离子表面共振技术(Surface plasmon resonance)该技术是将诱饵蛋白结合于葡聚糖表面，葡聚糖层固定于几十纳米厚的技术膜表面。当有蛋白质混合物经过时，如果有蛋白质同“诱饵”蛋白发生相互作用，那么两者的结合将使金属膜表面的折射绿上升，从而导致共振角度的改变。而共振角度的改变与该处的蛋白质浓度成线性关系，由此可以检测蛋白质之间的相互作用。该技术不需要标记物和染料，安全灵敏快速，还可定量分析。缺点：需要专门的等离子表面共振检测仪器。3. 遗传学方法使某处发生缺损，检测对其他地方的影响。●基因外抑制子。基因外抑制子是通过一个基因的突变 来弥补原有基因的突变。比如相互作用的蛋白A和B，如果A发生了突变使两者不再相互作用，此时B如果再发生弥补性突变就可以使两者的相互作用恢复，那么B就是A的基因外抑制子。 缺点：需要知道基因，要有表型，筛选抑制子比较费时。●合成致死筛选 指两个基因同时发生突变会产生致死效应，而当每个基因单独发生突变时则无致死效应。用于分析两个具有相同重要蛋白之间的相互作用。4. 双杂交技术原理基于真核细胞转录因子的结构特殊性，这些转录因子通常需要两个或以上相互独立的结构域组成。分别使结合域和激活域同诱饵蛋白和猎物蛋白形成融合蛋白，在真核细胞中表达，如果两种蛋白可以发生相互作用，则可使结合域和激活域在空间上充分接近，从而激活报告基因。 缺点：自身有转录功能的蛋白会造成假阳性。融合蛋白会影响蛋白的真实结构和功能。不利于核外蛋白研究，会导致假隐性。5. 荧光共振能量转移技术指两个荧光法色基团在足够近(100埃)时，它们之间可发生能量转移的现象。荧光共振能量转移技术可以研究分子内部对某些刺激发生的构象变化，也能研究分子间的相互作用。它可以在活体中检测，非常灵敏，分辩率高，能够检测大分子的构象变化，能够定性定量的检测相互作用的强度。 缺点 此项技术要求发色基团的距离小于100埃。另外设备昂贵，还需要融合GFP给蛋白标记。此外还有交联技术(cross-linKing)，蛋白质探针技术，噬菌体展示技术(Phage display)以及生物信息学的方法来检测蛋白质之间相互作用。

p 　　用于生物样品分析的蛋白指纹法，该专利技术被国际顶级科学杂志《科学》以及医学界权威杂志《柳叶刀》评为世界蛋白指纹图谱和蛋白质芯片排名第一的技术。针对这项技术的一些问题，火石创造对许洋博士进行了深度的专访。 /p p style=" text-align: center " img width=" 300" height=" 385" title=" 001.png" style=" width: 300px height: 385px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201711/insimg/ebf3be8e-c0c2-49d6-9891-a76d207d183f.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p style=" text-align: center " strong 　　许洋博士 /strong /p p 　　许洋博士一直致力于蛋白质组学研究开发，怀揣近五十项蛋白分子质谱诊断技术的自主发明专利。2009年他创办了湖州赛尔迪生物医药科技有限公司，凭借专利产品蛋白指纹图谱仪成为行业领头羊，也成为此类器械行业标准的起草者。 /p p strong 　　火石：请问您为什么做蛋白质谱? /strong /p p 　　许洋博士：我研究蛋白质谱是偶然也是必然。在美国纽约著名的Sloan-Kettering研究所单克隆抗体实验室早期研究治疗白血病时，我们制造了全世界第一枚人源化单克隆抗体(抗CD33人源化单抗)。后来我又和顶尖美国公司合作第一个将人源化单克隆抗体做成了靶向药。有了扎实的基础，必然能在更窄的蛋白质谱领域做的更好。 /p p 　 strong 　火石：蛋白质谱当前的临床应用情况如何? /strong /p p 　　许洋博士：只有拿到医疗器械注册证才算进入临床，蛋白质谱目前只有三种临床应用：对肿瘤的筛查 对早期肾脏疾病的分析 在细菌上的鉴定应用。蛋白质谱在国内仍处于非常早期的阶段，且具有垄断性，极少人能做且在做。 /p p strong 　　火石：作为国家“千人计划”医疗器械特聘专家，您认为蛋白指纹图谱仪在医疗器械中的角色是什么? /strong /p p 　　许洋博士：蛋白指纹图谱仪分析的大数据可以生动地比喻为人体疾病的健康地图。 /p p 　　蛋白指纹究竟是什么?把质谱仪的显示屏中的每一个蛋白质都用一个分子量来表达，这些分子量组合起来就叫蛋白指纹。就像每个人的指纹都是不同的，每种疾病的特定蛋白质表达物也不同，称之为指纹图谱。蛋白指纹图谱技术是由蛋白质芯片及分析仪器——表面加强激光解析电离飞行时间质谱仪两部分组成，可以将病人血清中蛋白质成分的变化记录下来，绘制成蛋白指纹质谱图，并显示样品中各种蛋白的分子量、含量等信息。将这张图谱与正常人、某种疾病病人的谱图或基因库中的谱图进行对照，就能最终发现和捕获新的特异性相关蛋白及其特征。这种方法具有微量、精确、简易、快速的特点，适应于基础和临床等各个领域。 /p p 　　之所以将蛋白指纹图谱仪分析的大数据比喻为人体疾病的健康地图(MAP)，是因为既然β2—微球蛋白是11731、人绒毛膜促性腺激素是37580、转甲状腺素蛋白是13761(数字对于计算机的应用更好管理)，而每个蛋白质在质谱仪分析中都是数字，它本身就是大数据。任何物质在质谱底下都是数字，综合起来就是大数据。我把大数据串联起来，就能将分子在身体的MAP做出来。譬如一位吸烟的男士来体检，能发现他吸了烟数年之后肺部出现影像学病理性位点，结合质谱仪分析发现相关的疾病标志物，我们能够模拟出肺部疾病的健康地图，即通过质谱仪检测的健康大数据，可以模拟出该患者肺部出现了数个小红点，点击每个红点后都会解释原因，如显示铅、铬等数据是否超标，以及告诉你相应的对策。这样的技术开启了全智能健康4.0时代。 /p p 　　Tips：β2—微球蛋白(β2—MG)被认为是诊断早期肾功能损伤的敏感指标，尤其对于糖尿病肾病、高血压肾病、红斑狼疮肾炎的早期诊断具有重要参考价值，因此β2—微球蛋白的测定在临床上是有多种价值的。 /p p 　　 strong 火石：您和您的团队在蛋白质组学研究的技术或者方法上有什么突破吗? /strong /p p 　　许洋博士：蛋白质作为标志物对肿瘤的诊断，确实没有太大的进展。 /p p 　　一直以来蛋白质组学研究面临的重大瓶颈是蛋白质分离问题：人体内有十万种蛋白质与衍生物，多数可能与疾病有关联，但这十万种蛋白质与衍生物只有分开后，质谱才能分析清楚。此前蛋白质组学技术中最流行、最通用的蛋白质分离方法是双向电泳，基本上能分离近二千种血浆蛋白质，远远不及十万种，所以成为了瓶颈。 /p p 　　2006年我提出了一个设想：和蛋白有关的抗体至少有一万多种，那为什么不用抗体来分离蛋白质?这件事一直有人在做，但之前都没有人想到用抗体组把一千个蛋白质一次性快速、实时地分离出来。之后就诞生了免疫质谱分析方法(专利号ZL 200610140652.0)，可以在一个抗体组基质上同时捕获多个生物标志，并对捕获的变异的或修饰的生物标志进行质谱精确分析，还可以同时检测多个生物标志群。用免疫组质谱技术能测定抗原变异片段的分子量。另外，还可以将多种疾病特异性抗原的抗体同时标在一个基质点上。 /p p 　　Tips:免疫质谱分析方法：质谱与抗体分离技术联合应用即为免疫组质谱(Immunomic mass spectrometry，IMS)。免疫组质谱检测为一组多种(类)抗体与质谱联合来精确地鉴别变异或修饰生物标志群的方法。在一个抗体组基质上同时捕获多个生物标志，并对捕获的变异的或修饰的生物标志进行质谱精确分析。可以同时检测多个生物标志群(biomarkers)。 /p p 　　双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)：是一种等电聚焦电泳与SDS-PAGE相结合，分辨率更高的蛋白质电泳检测技术。目前是快速成长的蛋白质组学技术中最流行最通用的蛋白质分离方法。目前2D-PAGE能够在同一块凝胶上同步检测和定量数千个蛋白质。 /p p 　　从整个2015年的政策看，医疗器械行业是受到国家大力扶持的，行业地位与重要性大幅提升，法规向国际化看齐，行业监管不断趋严，医疗器械正成为与药物齐头并进的新兴产业。 /p p 　　 strong 火石：是什么驱动着行业的高增长? /strong /p p 　　许洋博士：一是需求，老龄化加剧，家庭支付能力增强，导致医疗需求高增长 二是政府加大医疗卫生投入，《医疗器械科技产业“十二五”专项规划》表示，“十二五”期间将扶植形成8～10家产值超过50亿元的大型医疗器械产业集团 三是为配合新医改完善基层医疗建设的目标 四是国内生物技术研发应用进入突破期。 /p p 　　 strong 火石：您认为接下来医疗器械未来发展的特点和前景会是怎么样的? /strong /p p 　　许洋博士：未来5年，医疗器械和制药占比将会达到1:1。近十年，我国医疗器械市场规模快速增长，国内医疗器械工业总产值从2003年的189亿人民币上升到2013年的1889亿，2013年同比增长21%，增长速度远快于药品。预计在未来5年左右，我国医疗器械行业仍然将保持高速增长。医疗器械行业涉及到医药、机械、电子、塑料等多个行业，中高端医疗器械更是多学科交叉、知识密集、资金密集的高技术产业，研发成本高，决定了只有大型厂商才能在大中型医疗器械方面有所作为。此外，器械“国产化”也会成为必然趋势。 /p p 　　 strong 火石：赛尔迪当前开展的业务、研发的产品有哪些?公司部署战略是怎么样的? /strong /p p 　　许洋博士：我们现在正在做一张人类的大健康MAP。通过精准医疗计划，基于环境健康大数据，通过蛋白指纹图谱仪完成健康管理。现在的疾病市场最关注的问题分别是：检测0～6岁儿童智力、优生优育(为什么生不出聪明宝宝)、高达5千万的肿瘤人群以及3.5亿的高血压、糖尿病人群。 /p p 　　其中糖尿病肾病是糖尿病最常见且严重的并发症之一，是糖尿病所致的肾小球微血管病变而引起的蛋白排泄和滤过异常那个渐进性肾功能损害。而微量白蛋白尿即早期糖尿病肾病是可逆的，这不同于大量白蛋白尿即临床糖尿病肾病，因此积极防治早期糖尿病肾病就显得尤为重要。去年底，赛尔迪公司与中国医学科学院北京协和医院签署协议，承担国家对糖尿病肾病体内铅、镉毒素的临床大样本检测。全新升级的蛋白指纹图谱仪，是目前唯一获国家药监局批准、能检测含微量白蛋白、β2—微球蛋白以及泛素3项指标的医疗器械。这对糖尿病肾病的早发现、早治疗具有重大意义。 /p p 　　赛尔迪接下来将按照个体化精准检测所附带的信息，由这些信息与大数据库交流，提出符合个体化治疗的方案，向个体化精准医学管理方式转变。 /p p 　　随着大数据时代的来临，“互联网+”概念的提出让医疗健康事业呈现出了新的发展势态和特征。医学知识体系正被大数据、精准医疗所重构，信息化进程提高了知识传递速度与医疗协同效率。 /p p strong 　　火石：蛋白质组学技术如何助推精准医疗? /strong /p p 　　许洋博士：常识知道铅、镉会引起糖尿病性肾病。但铅、镉指标不是医院常规检测的项目。如果采取个体化精准治疗，每年常规检查一次体内铅与镉的指标，发现异常就能进行针对性的从尿液排泄的治疗。已经得了肾病正在透析的病人，检测铅与镉指标后进行针对性排泄也会增强治疗效果。利用蛋白指纹图谱仪能够发现早期的肿瘤和心血管标志物，这就会对疾病的治疗带来极大的希望。随着质谱技术在精准医疗的应用，越来越多的个体化标志物将会被发现，人体的蛋白指纹图谱测定将会成为医院的常规工作。 /p p 　　精准医疗，即考虑每一个体健康的差异，制定个性化的预防和治疗方案。正确的选中一个工具，解决关键问题，这就是精准医疗。基于基因组测序技术、生物医学工具以及大数据工具逐步成熟和完善，精准医疗能够为个体基因特征、环境以及生活习惯进行疾病干预及治疗，但如何尽快与大数据结合才是发展重点。日前我与北京协和医院合作，创立了中国特色的首个百万人疾病与环境毒素数据库与IMS(爱睦世)特检中心：HZIMS2008，首次在复杂疾病系统中构建了基于环境毒素大数据的移动网络数据库的质量控制体系，使我国重大疾病，如高血压、糖尿病、肿瘤的大数据病因学研究处于世界领先。 /p p /p

p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　詹显全，中南大学教授、博士研究生导师、博士后合作导师，英国皇家医学会会士(FRSM)、美国科学促进会(AAAS)会员、欧洲预测预防个体化医学协会(EPMA)的会士和国家代表、美国肿瘤学会(ASCO会士、欧洲科技合作组织(e-COST)的海外评审专家，中国抗癌药物国家地方联合工程实验室技术委员会委员、技术带头人和副主任，临床蛋白质组学与结构生物学学科学术带头人和学科负责人，国家临床重点专科建设项目重点实验室建设项目学科带头人，湖南省百人计划专家、湖南省高层次卫生人才“225”工程医学学的学科带头人、中南大学“531”人才工程专家。目前正致力于从多参数系统策略角度阐述肿瘤的分子机理、发现肿瘤分子标志物，研究并整合基因组、转录组、蛋白质组和代谢组的变异来实现肿瘤的预测、预防与个体化治疗及精准医学。已发表学术论文130 余篇，主编国际学术专著3 本，参编国际学术专著16 本，获得美国发明专利2 个。受邀在中科院1 区影响因子9.068 MassSpectrometry Reviews 和中科院2 区影响因子3.65 Frontiers in Endocrinology 的国际期刊上客座主编了3 个专刊。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 本篇文章仪器信息网获得授权转载，来源中国科技成果杂志。 /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em " 　　 span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 深入剖析蛋白质组学技术最新进展与应用 /strong /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　詹显全：人类结构基因组测序接近尾声，人们就从结构基因组学研究转向功能基因组学研究，即对转录组和蛋白质组进行研究。1995 年正式提出了”蛋白质组”和”蛋白质组学”的概念，距今已有25 年历史了。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 蛋白质组学的主要技术包括蛋白质组的分离技术、鉴定技术和蛋白质组信息学技术。 span style=" text-indent: 2em " 蛋白质组的分离技术主要有双向凝胶电泳(2DE)和多维液相色谱(2DLC)。蛋白质组的鉴定技术主要是基于质谱(MS)的技术，主要分为肽质指纹(PMF)和串联质谱(MS/MS)分析技术，其用于蛋白质大分子分析的两大离子源主要有MALDI 和ESI。质谱技术发展很快，主要朝向高灵敏度、高通量和高精度方向发展。 /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　蛋白质组信息学技术主要是用来构建蛋白质相互用网络的相关技术。蛋白质组的分离技术和质谱技术的不同联合就形成了各种类型的蛋白质组学分析技术：如2DE-MS和2DLC-MS。2DE-MS 又有2DE-MALDI-PMF 和2DE-ESI-LC-MS/MS, 该技术在蛋白质组学研究的头10-15 年是其主要技术，然而常规概念认为2DE 的通量不高，即一个2D 胶点中一般仅含有1 ～ 2 个蛋白质，通常一次实验其通量仅能鉴定几十到一千个蛋白质，这样其在蛋白质组学中的地位逐渐被淡化。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 2DLC-MS 主要有iTRAQ or TMT-based SCX-LC-MS/MS and labelfree LC-LC-MS/MS, 这就是人们通常说的“Bottomup”蛋白质组学，该技术在最近10 ～ 15 年在蛋白质组学中起着核心技术的作用，因为其通量明显增加，一次实验其通量可达到几千到一万的蛋白质能被鉴定，但该法鉴定的结果是一个protein group, 实质上鉴定的是编码蛋白质的基因, 而并没有鉴定到真正意义上的蛋白质，即蛋白质存在形式(Proteoforms 或Protein species)。蛋白质存在形式(Proteoforms)是蛋白质组的基本单元。人类基因大约2 万个，人类转录本至少10 万个，每个转录本指导核糖体按三联密码子决定一个氨基酸残基来合成氨基酸序列，刚合成出来的蛋白质氨基酸序列是没有功能的，它必须到达其指定的位置如胞内、胞外，和不同的亚细胞器等，形成特定的三位空间结构，并与其周围的相关分子相互作用，形成一个复合物(complex)才能发挥其功能作用。从核糖体刚合成出来到其指定的位置过程中有很多的蛋白质翻译后修饰(PTMs 据估计人体有400 ～ 600 种PTMs)。我们最近对蛋白质存在形式的概念给出了最新最完整的定义：蛋白质的氨基酸序列+ 翻译后修饰+ 空间构型+ 辅助因子+ 结合伴侣分子+ 空间位置+ 特定的功能。而蛋白质的概念被定义为：由同一个基因编码的所有蛋白质存在形式的集合体。这样，人类蛋白质组中的蛋白质存在形式(Proteoforms)至少有100 万或甚至达10 亿 (图1)。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 427px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/1d18fad3-b010-4ea5-a812-432853ad4ec6.jpg" title=" 1111111.png" alt=" 1111111.png" width=" 600" height=" 427" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em " 　　图1 ：Proteoforms 的概念及形成模式 (Zhan et al,Med One, 2018 Zhan et al., Proteomes, 2019) /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　如此庞大数量的Proteoforms/Protein species, 如何对其进行大规模的探测、鉴定和定量，是一个至关重要的事情。目前关于Proteoforms 的研究有两套策略一是“Top-down”MS 技术， 二是“Top-down” 和“Bottom-up”相结合的技术即2DE-LC/MS 技术(图2)。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 415px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/94f48c94-fd0b-4959-90fb-dd399cebf074.jpg" title=" 2.png" alt=" 2.png" width=" 600" height=" 415" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em " 　　图2 ：Proteoforms 研究技术比较(Zhan et al., Med One, 2018 Zhan et al., Proteomes, 2019) /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　“Top-down”MS 技术能探测、鉴定和定量Proteoforms，获得蛋白质的氨基酸序列和PTMs 信息，然而该技术的通量较低，目前最大通量鉴定到5700 个Proteoforms, 对应到860 蛋白质。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　最近，詹显全教授团队发现2DE-LC/MS 技术是一超高通量的技术平台，在探测、鉴定和定量Proteoforms方面, 可以鉴定达几十万至上100 万的Proteoforms。随着质谱灵敏度的显著提高，自2015 年以来，詹显全教授团队就发现每个2D 胶点包含了平均至少50 个甚至达几百个Proteoforms，并且大多数是低丰度的 并在近1 ～ 2 年来发表了相关论文来全面阐述2DE-LC/MS 的新理念和实践，完全打破了40 多年来人们对双向电泳的传统认识 (即一个2D 胶点中一般仅含有1 ～ 2 蛋白质)，为大规模的Proteoforms 研究提供了技术基础。Proteoforms/Protein species 概念的发展极大的丰富了蛋白质组的内涵，是蛋白质组学研究的更高层次，是国际科学发展的前沿，必将影响着整个生命科学和医学科学的研究和实践，有助于发现可靠而有效的疾病标志物，用于深度理解疾病分子机制和决定药物靶点，或者用于有效的预测、诊断、预后评估。另外，蛋白质组是表型组的重要成分，是基因组功能的最终执行者，是基因组和转录组研究所不能替代的，要实现真正的个性化医学和精准医学，蛋白质组学研究是不能绕过去的。 /p p style=" text-align: center line-height: 1.75em " 　　 span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 基于整合组学发现疾病标志物才是精准发展之重 /strong /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　1. 您一直专注于肿瘤蛋白质组学的研究，例如垂体瘤、卵巢癌等相关恶性肿瘤结合组学的研究，请谈谈在这方面的最新的研究成果，以及过程中的主要挑战和解决方案 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　詹显全： 垂体瘤是颅内常见肿瘤，绝大多数是良性的，只有少数具有侵袭性和恶性，并能引起激素分泌紊乱和颅内压迫症状，出现严重的临床症状，危害人体健康。临床上分为功能性垂体瘤和非功能性垂体瘤，并且非功能性垂体瘤不表现血中激素水平增加，不易早期诊断，经常是当肿瘤体积增加到压迫周围组织器官产生压迫综合征时才被诊断，这时已经是中晚期了，且其分子 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　机制并不清楚，缺乏早期诊断标志物和药物治疗靶标。因此，非功能性垂体瘤被选为主要研究对象。虽然垂体瘤是在颅内，但我们认为垂体瘤是一种多病因、多过程、多结果的全身性的慢性疾病，并且还具有肿瘤的异质性 它涉及到一系列的分子改变，包括发生在基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和相互作用组水平上的改变，而这些不同水平改变的分子和信号通路又不是孤零零的起作用，而是相互间具有千丝万缕的联系。因此，我们很难用一种单一因素来解决其预测、预防、诊断、治疗和预后评估 而必须从单因素模式转向多参数系统思维模式。垂体瘤的多病因、多过程、多结果、全身性、慢性、分子网络系统性给其“同病同治”提出了严峻挑战，同时为实现其个性化的精准预测、精准预防、精准诊断和精准治疗提供了机遇和条件。多组学(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、影像组学)和系统生物学技术的发展驱动了这一多参数系统思维模式的转变、推进了其个性化医学和精准医学的研究和实践。因此，我们认为多参数系统策略观和多组学是进行垂体瘤个性化医学和精准医学的研究和实践的重要理念和技术方案。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　我们从2001 开始进行垂体瘤的蛋白质组学及其翻译后修饰组学研究，从2008 年开始进行多组学和分子网络研究，及预测预防个体化医学(PPPM)和精准医学(PM)研究。经过过去近20 年未间断的研究，我们在垂体瘤的蛋白质组学、翻译后修饰组学、多组学、分子网络和系统生物学研究方面在国际上处于了主导地位。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　在我们研究过程中，我深深体会到一个重大思转变就是从以前的单参数模式转向了多参数系统思维模式，这符合肿瘤的真实情况。另外，就是多组学技术促进了这一模式的转变，并是其主要的解决方案。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　2. 从您的研究方向及重点出发，您认为多组学研究在精准医学中接下来的研究应当侧重于哪些方面，以及如何才能比较好的实现从研究到临床的转化落地? /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　詹显全：我的研究对象是肿瘤(垂体瘤、卵巢癌、肺癌、胶质瘤)，研究理念是肿瘤的多参数系统策略观，技术手段是多组学和系统生物学，研究的目标是要解决肿瘤的预测预防个体化医学(PPPM)和精准医学(PM)。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　我们认为多组学中的不同组学对PPPM/PM 的贡献是不平衡的，即个性化的表型组是基因组通向PPPM/PM 应用实践的桥梁，而蛋白质组和代谢组是表型组中两重要成分。蛋白质组的内涵包括蛋白质的拷贝数变化、剪切变化、翻译后修饰、转位、再分布、空间构型、与周围分子相互作用、及信号通路网络问题。代谢组的内涵涉及到体内所有物质(包括糖、脂、蛋白质、核酸)的代谢产物及其代谢网络问题。要真正实现PPPM 和PM，蛋白质组和代谢组的贡献是基因组所不能替代的是不能绕过去的。人们应从以基因组为中心的研究和实践转向以表型组为中心的研究和实践。其中蛋白质组的研究又应以翻译后修饰和蛋白质存在形式(Proteoforms)作为今后的研究方向。Proteoforms 的研究必将影响着整个生命科学和医学科学。从临床转化研究来看，基于多组学的整合生物标志物是发展方向。对于这里的生物标志物，我们将其分为两类：一类是解决疾病分子机制和药物靶点的生物标志物，这类生物标志物一定要有因果关系 一类是解决预测、诊断、预后评估的生物标志物，这类标志物不一定要求有因果关系，但必要要有量的变化。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　3. 作为EPMA(欧洲预测预防个体化医学协会)的中国代表，想请您分享下国际上对于组学研究在精准医疗中的应用现状、趋势以及发展规划 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　詹显全：欧洲预测预防个体化医学协会(EPMA)是国际个体化医学领域领头的学术协会，由来自全球55 个国家和地区的专家学者组成，其创办的官方杂志EPMA Journal( 中科院2 区，ESI IF5.661) 涵盖了24 个专题内容，较全面地反映了预测预防个体化医学(PPPM)和精准医学(PM)的研究、实践与最新动态，还涉及到PPPM 和PM 的政策、伦理、卫生经济和社会保障等许多方面，为PPPM 和PM 的科研、实践提供了一个很好的交流平台。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 我本人作为EPMA 的中方代表(National Representative of EPMA in China) 和其官方杂志EPMA Journal 的副主编，参与了其经历的重要活动。我从2008 开始起在EPMA 中主要负责多组学和创新技术方面，在EPMA 白皮书中的“肿瘤预测预防个体化医学的多参数系统策略观”这部分最早就是我写的，之后我们写了一系列文章来论述基于多组学的多参数系统策略的研究和实践。因此，在EPMA，我们的基于多组学的多参数系统策略观还是比较早的，近五六年来多组学研究在EPMA 圈内(55 个国家和地区)发展得很快，已经深入到PPPM 的各个领域。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　另外，我认为，精准医学在理念上没错，严格意义上的精准医学是个理想化的概念，人们只能无限去逐步接近它。现阶段搞精准医学还是要回归到人类健康的保护过程，即预测、预防、诊断、治疗和预后评估，这里应该是针对个人来说而不是针对群体，严格说来应该是个性化的精准预测、精准预防、精准诊断、精准治疗和精准预后评估。对于人类健康保护过程来说，预测、预防还是上策，其次就是早诊断、早治疗。多组学研究已渗入到人类健康保护过程的每个环节，主要用来寻找基于多组学的生物标志物，当然这里的生物标志物应泛指前面说的两类：一类是解决疾病机制和治疗靶点的标志物，一类是解决预测、诊断、预后评估的标志物。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 因此，基于多组学的PPPM/PM 的研究和实践一定是今后发展的一个长远趋势。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 802px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/581ff7cf-5c3e-4fd6-8f5f-805989791ee5.jpg" title=" 詹.jpg" alt=" 詹.jpg" width=" 600" height=" 802" border=" 0" vspace=" 0" / /p p br/ /p