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转录组分析

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转录组分析相关的资讯

  • 转录组测序结合蛋白质组分析探索蝾螈再生奥秘
    来自德国及美国等处的研究人员针对基因组特别大,难以进行全基因组测序的动物,提出了以转录组测序与蛋白质组分析联合以解析功能基因的策略,并以蝾螈进行实验,开辟了组织及器官再生研究的新思路。该研究成果已发表近期的《Genome Biology》杂志上。 蝾螈是一种在侏罗纪中期演化的有尾两栖动物,目前存活的约有400种。红色斑点蝾螈虽然小,但其组织工程学技艺却令人惊叹。蝾螈在失去了组织,包括心肌、中枢神经系统元件甚至眼睛的晶状体后仍能再生。一般来讲,动物的再生组织的能力是所有多细胞动物所共有的古老程序,因此,医生们一直希望蝾螈的这种能力依赖于基础遗传学程序,而该程序潜伏在包括哺乳动物在内的所有动物中,这样他们就可以在再生医学中利用蝾螈的再生机制。 然而蝾螈的基因组十分庞大,比人类基因组大十倍,要从头获得蝾螈的全基因组序列不容易。因此研究者们将目光转向基因表达所产生的RNA,他们利用454新一代测序技术对蝾螈的转录组进行了研究。经过从头组装N. viridescens的转录组,获得了超过120,000个RNA转录本,约有15,000个转录本编码蛋白质,其中有826个转录本是蝾螈所特有的。这些转录本中包含了不同器官所有再生阶段的转录本,这些转录本中的一部分与其它生物相似。通过对蝾螈胚胎和幼体的心脏、四肢、眼睛、尾、肝脏、脾脏等组织中再生过程表达的蛋白的分离以及质谱分析方法,对这些蛋白进行分类及与转录本的比对。 通过454新一代测序结果与质谱技术的结合,发现了500多个其它生物中从未被发现的肽段,接下来会进一步探索这些蛋白是否与再生能力相关。这项研究不仅为目前科学家们提供了两栖类动物的基因数据,更为基因组测序困难的动物研究,提出了一种新思路。 参考文献: Genome Biol. 2013 Feb 20 14(2):R16. A de novo assembly of the newt transcriptome combined with proteomic validation identifies new protein families expressed during tissue regeneration.Looso M, Preussner J, Sousounis K, Bruckskotten M, Michel CS, Lignelli E, Reinhardt R, Hoeffner S, Krueger M, Tsonis PA, Borchardt T, Braun T.
  • 多组分检测:让煤气分析再简单一点
    煤的气化是我国煤化工工业的重要组成部分,特别是在石油资源日益紧张的条件下显得更加重要。煤气成分的检测分析是气化炉优化控制的前提,也是煤化工行业其他工序的重要参数。此外,高炉、转炉,焦炉以及玻璃,陶瓷等工业领域也经常需要进行煤气成分的检测。本文将详细介绍一种采用新型的电调制多组分红外气体分析方法,配合最新发展的MEMS 技术热导 TCD 气体传感器以及长寿命电化学 O2、H2S传感器开发的集成化多组分煤气分析仪Gasboard-3100的技术应用。希望对你从事煤气成分检测有所裨益。1红外线多组分气体分析上图为 ndir 红外气体分析原理图:以 CO2分析为例,红外光源发射出1-20um的红外光,通过一定长度的气室吸收后,经过一个4.26μm 波长的窄带滤光片后,由红外传感器监测透过4.26um 波长红外光的强度,以此表示 CO2气体的浓度,如果在探测器端放置一种具备四元的探测器,并配备四种不同波长的滤光片,如CO2、CO、CH4以及参考的滤光片,就可在一台仪器内完成对煤气成分中 CO2、CO、CH4的同时测量。煤气分析仪Gasboard-3100红外测量部分技术在一体化的四元探测器上安装有四个不同的滤光片(CO2、CO、CH4、参考),可实现对三种气体的同时测量(如下图)。 滤光片一体化四元红外探测器2MEMS 技术热导 tcd分析目前国内H2分析大都采用双铂丝热敏元件制成的热导元件,体积大精度低,传感器的死区(dead space)大。煤气分析仪Gasboard-3100采用了国际最新发展的基于MEMS技术的TCD气体传感器,只需要加上合适的电压就可以输出一个与浓度对应的毫伏级信号。3电化学氧气、硫化氢分析在煤气成分分析中,O2是一个安全参数,有些时候H2S 也是一个重要参数。煤气分析仪Gasboard-3100采用了一种长寿命(6年)的电化学 O2传感器和H2S 传感器,该传感器实际上是一种微型电流发生器,配合高精度的前置放大电路,直接输出与浓度对应的电压进入仪器测控系统。4多组分煤气分析仪特点煤气分析仪Gasboard-3100包括用于CO、CO2、CH4的 NDIR 红外气体探测器,测量 H2的TCD热到探测器,O2、H2S 探测器;ADUC842测控系统及软件; ICD、键盘、打印机、气泵、以及报警等外部装置。电调制红外光源传统的红外气体分析仪采用连续红外热辐射型光源,如镍锘丝、硅碳棒等红外加热元件,其发出红外光的波长在2~15μm之间,由于其热容量大,通常采用切光片对光源进行调制。因此需要一个同步电机带动切光片旋转,其缺点在于存在机械转动。抗振性差,攻耗大,不适合于便携设备。其次为保证调制的频率,还需要严格同步的电机以及驱动电路,使得系统复杂化,成本也大大增加。煤气分析仪Gasboard-3100采用了国际上最新研制的一种类金刚石镀膜红外光源。该光源采用导电不定型碳(CAC)多层镀膜技术,热容量很低,因此升降温速度很快,其调制频率最高可以达到200HZ,新型电调制光源的使用,使得红外气体分析技术在仪器体积、成本、性能等方面都有实质性的提高。气体干扰校正从原理上讲,CO,CO2,CH4之间由于采用了特征波长,彼此测量间没有相互干扰,但是由于受当前滤光片生产工艺的限制,滤光片具有一定的带宽,CO 与CO2,以及 CO2与参考通道之间具有一定的干扰,因此成分之间具有一定的干扰,如果不加以校准,测量的误差将达到10% 以上,很难达到工业应用的要求,如按照单一标准气体 CO2标定后,如果通入不含CO2的70%的 CO进入仪器,CO2读数将达到7%左右。为了消除红外分析气体之间的相互干扰,煤气分析仪Gasboard-3100设置了10点标定程序,采用计算机算法得到了气体干扰校正方法,通过该方法的使用,可使CO、CO2、CH4的精度达到2%以上。研究表明,采用以往单一组分红外气体分析仪组成的煤气分析系统,如果直接采用测量读数,将可能得到不准确的测量结果。同时,煤气成分中的CO、CH4、N2、O2对 H2的测量准确性影响不大,主要是CO2的影响。通过大量实践证明,CO2对H2的影响是线性的,每1%含量的CO2将降低 H2含量为0.08%, 如果没有 CO2数据的校准,当CO2含量达到40%,则H2的误差将超过3%。这也充分说明,要想得到准确的煤气成分分析结果,各组分必须同时测量。测量流量控制虽然红外以及电化学气体分析在一定程度上受测量流量影响较少,但是对于 TCD 热导H2分析来说,气体流量的稳定直接关系到 H2的测量精度。为了保证测量流量的稳定,煤气分析仪Gasboard-3100采用了微型的柱塞气泵,将测量气体压缩到0.2mPa, 通过气体稳压和稳流阀后进入气体分析仪,这样可以将整个气体的测量流量维持在1L/min。流量的稳定在一定程度上,也提高了红外以及电化学气体测量的精度和稳定性。通过以上技术的采用,多组分煤气分析仪可以实现以下组分和精度的测量(表1),并已经应用在包括高炉、转炉、煤气发生炉等工业现场,取得了良好的成绩。表1:多组分煤气分析仪技术参数结论(1)通过采用新型电调制红外光源,省却了以往红外气体分析仪器复杂和昂贵的电机调制系统,大大降低了系统成本和功耗。实现了CO、CO2、CH4的同时测量。(2)通过采用MEMS 技术的 TCD 热导,以及长寿命的 O2、H2S 电化学气体传感器与红外气体测量的组分,实现了煤气多组分的同时在线测量。(3)红外测量组分间由于受滤光片带宽的限制,存在一定的相互干扰,通过计算机校正算法可以将组分的测量精度提高到2%以上,这也说明,以往单一组分的红外气体分析仪直接用于煤气分析,很可能造成测量数据不准确。(4)TCD 热导 H2分析必须进行 CO2气体的校准,否则将可能造成超过3%的误差。因此如果仅仅采用单一H2分析仪而没有其他气体气体的校准,以往组合式的煤气成分监测系统很可能得不到准确的测量数据。
  • 多组分时空分析:走进单细胞的“社会”
    p style=" text-indent: 2em " 1952年,美国细胞生物学家威尔逊曾提出,“一切生命的关键问题都要到细胞中去寻找答案。”纵观近50年来荣获诺贝尔奖生理学或医学奖和化学奖的重大突破,70多个都与细胞生物学密切相关。 /p p style=" text-align: center text-indent: 2em " img title=" 20197282317511500.jpg" style=" max-height: 100% max-width: 100% " alt=" 20197282317511500.jpg" src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201907/uepic/8e8f4b00-dde2-40b2-8c13-4213c687f8ec.jpg" / /p p style=" text-align: center text-indent: 0em " span id=" _baidu_bookmark_start_182" style=" line-height: 0px display: none " ? /span 研究团队进行相关实验 /p p style=" text-align: center text-indent: 0em " 图片来源于网络 /p p style=" text-indent: 2em " 作为研究细胞生命活动规律的科学,细胞生物学在科学家的显微镜下经历了近180年的历史,但细胞对人类来说依然是“黑箱”一般的存在。如今,研究人员正在尽力通过对单个细胞进行研究来阐明细胞的“天性”。 /p p style=" text-indent: 2em " 自2014年起,在国家自然科学基金重大项目“单细胞多组分时空分析”支持下,中国科学家在有关单细胞生物学的重大科学问题上取得了一系列进展。 /p p style=" text-indent: 2em " span style=" color: rgb(255, 0, 0) " strong 没有两个细胞是完全相同的 /strong /span /p p style=" text-indent: 2em " 如果把细胞环境比作一个社会,每个细胞就是一个独立的人。 /p p style=" text-indent: 2em " 在对人类社会的研究中,不仅个体的特征和行为值得关注,研究所处环境中个体之间相互协调或对抗作用等关系以及群体所产生的集体行为,也相当重要。细胞研究亦是如此。 /p p style=" text-indent: 2em " 多年来,通过对细胞的研究,科学家已经对生命体的生长发育、遗传变异、认知与行为、进化与适应性等若干生命科学问题有了较为清晰的认识。不过,在清华大学副教授陆跃翔看来,这些还远远不够。 /p p style=" text-indent: 2em " “在之前的研究中,科学家探索出细胞新陈代谢、生命运动过程中的各种表征方法,如蛋白表达分析、基因转录检测(反转录PCR)等,这些方法更多的是在大样本的细胞中进行观察与测量后,得到一个平均结果。”陆跃翔解释到。 /p p style=" text-indent: 2em " 然而,没有两个细胞是完全相同的。这些平均结果掩盖了细胞之间微小的差异,这些差异可能在某些关键生命过程如细胞分化、肿瘤的发展过程中起着决定性作用。 /p p style=" text-indent: 2em " 为了获取细胞生理状态和过程中更准确、更全面的信息,科研人员将目光瞄准单个细胞。 /p p style=" text-indent: 2em " “单细胞内部的生命活动,可以被认为是生物活性分子之间复杂的化学反应的结果,正是这些分子的时空分布、结构、功能及其相互作用方式,决定了细胞增殖、分化、凋亡以及重大疾病发生、发展、迁移等过程。”陆跃翔分析道。 /p p style=" text-indent: 2em " 但是想要研究这些生物活性分子形成的精密复杂的相互作用和调控网络并非易事。它不仅要求科学家了解其化学成分,更要理解它们之间相互作用的复杂过程,以及在细胞内部细胞器中特定位置的作用区域和时空变化。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 2014年,国家自然科学基金委员会发布重大项目“单细胞多组分时空分析”申请指南, /strong 清华大学化学系教授张新荣组织的研究团队的申请获批。他们凝练出 strong 荧光探针制备与合成、新型时空分辨成像方法以及在细胞内生物分子相互作用 /strong 研究等关键科学问题。 /p p style=" text-indent: 2em " “我们希望发展建立适于单细胞中多种生物活性分子时空分辨的荧光分析新方法,驱动生命科学和基础与临床医学研究进步。”谈及科学目标,张新荣如是说。 /p p style=" text-indent: 2em " span style=" color: rgb(255, 0, 0) " strong 新技术带你深入了解“社会” /strong /span /p p style=" text-indent: 2em " 如何实现这一目标?在张新荣看来,这需要从单细胞中多组分分子的时空信息获取方法出发。为此,项目组将其分为“荧光探针制备与合成”“新型时空分辨成像方法”以及“细胞内生物分子相互作用”三大方向进行攻关。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 要了解细胞这个独特的“社会”,首先需要的是一台可以钻进细胞内部获取关键分子信息的“放大镜”。因此,荧光探针制备与合成至关重要。 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 针对单细胞中极低含量分子检测问题,山东师范大学教授唐波课题组综合运用共轭聚合物信号放大、无光源激发、光谱红移、核酸杂交链式放大等技术,构建了若干超灵敏的分子与纳米荧光探针,实现了细胞及活体中某些活性分子浓度皮摩尔水平的原位、动态检测。 /p p style=" text-indent: 2em " 同时,细胞中生理过程的发生和发展往往不是一类分子的孤立事件,涉及到多种分子的参与。因此课题组还开发了一系列的两组分、三组分和四组分同时检测的荧光探针,并设计了多模态探针来获取更丰富的成像信息。 /p p style=" text-indent: 2em " “本项目的一个重要特色工作是时任中国科学院上海应用物理研究所研究员樊春海课题组基于框架核酸构建的多组分分析探针和成像方法。”张新荣介绍,框架核酸是一类人工设计的结构核酸,具有尺寸精确、结构精确、修饰精确的特点,通过精确的化学修饰,可以将多种小分子及大分子探针负载到框架核酸上,实现多组分探针的可控构建。 /p p style=" text-indent: 2em " 不过,实现探针在亚细胞区域内对胞内生物活性分子的精确定位和实时检测可并不那么容易。 /p p style=" text-indent: 2em " “细胞核内分子密度大且背景荧光特别高,导致人们对单分子的观察非常困难。传统光学显微成像分辨率,不足以解析染色体DNA的构造。”陆跃翔告诉记者,尤其在超高空间分辨率的前提下,要实现持续的动态观察,对荧光探针和成像方法都提出了更大的挑战。 /p p style=" text-indent: 2em " 在活细胞超分辨成像方面,北京大学生物动态光学成像中心研究员孙育杰课题组研发了高性能探针Gmars-Q,使其在光照时进入暗态,从而延长成像时长,比已有最好探针的活细胞超分辨成像时间长一个数量级,这种超高分辨成像技术实现了纳米尺度的活细胞核内动态观测。 /p p style=" text-indent: 2em " “Gmars-Q的独特机制打开了基于蛋白结构和动力学优化荧光蛋白的设计策略。”德国卡尔斯鲁厄理工学院教授Gerd Ulrich Nienhaus曾对此给予高度评价。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 在现代分析化学的发展中,大科学装置的应用也越来越受到科学家的重视。 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 依托中国科学院高能物理研究所和中国科学院上海应用物理研究所的两台 strong 同步辐射光源, /strong 樊春海课题组和中国科学院高能物理研究所研究员高学云课题组开展了 strong 同步辐射X射线细胞成像方法 /strong 的研究。 /p p style=" text-indent: 2em " 实验团队通过搭建X射线全场三维成像平台,合成了一系列X射线成像探针,发展了细胞成像算法,实现了单细胞的X射线三维成像。为了应对单一技术无法在高分辨率下同时实现细胞的结构与功能定位的挑战,课题组又发展了X射线与超分辨荧光联用技术,实现了在纳米分辨下的细胞结构与功能融合成像的突破。 /p p style=" text-indent: 2em " 已有研究发现DNA不仅有序列信息,还有三维结构信息。基于此,北京大学教授、中国科学院外籍院士谢晓亮课题组通过对sgRNA改造,开发了一种全新的活细胞染色质DNA的多色、稳定标记系统,实现对活细胞内基因位点的长时间连续观察追踪。 /p p style=" text-indent: 2em " 2018年,该重大项目迎来一项重磅突破。谢晓亮课题组在《科学》上发表文章,介绍他们在单细胞水平研究双倍体哺乳动物细胞的基因组结构研究方面取得的成果。利用新发展的Dip-C技术,项目组构建了人源双倍体细胞的具有高空间分辨率的单细胞基因组三维结构。 /p p style=" text-indent: 2em " “这种结构分型对研究细胞功能有着至关重要的作用,也为唐氏综合症等染色体非整倍体疾病提供了研究和干预手段。”谢晓亮说。 /p p style=" text-indent: 2em " strong span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 让基础研究走出实验室 /span /strong /p p style=" text-indent: 2em " 对于细胞“社会”的深层解析,不仅为了阐明各种生命现象与本质,科学家更是希望据此对这些现象和规律加以控制和利用,以达到造福人类的目的。在该重大项目支持下,诸多研究展现出了良好的社会应用前景。 /p p style=" text-indent: 2em " “许多疾病的研究和治疗最终都必须回归细胞水平。”在张新荣看来,一系列单细胞多组分时空分析技术能够有效加深人们对生命现象的本质理解,也有助于了解疾病机理,进而促进生物医药科学和相关产业的发展。 /p p style=" text-indent: 2em " strong “项目研发的诊疗一体化功能纳米探针,为相关重大疾病成因、诊断提供表征手段和依据,对疾病的早期预警以及提高疾病治愈率有着重要意义。 /strong ”张新荣讲道,部分创制的探针已经进行了市场转化,基于探针建立的荧光成像技术也成为国家重大新药创制课题中药效评价的关键技术之一。 /p p style=" text-indent: 2em " 例如,唐波课题组研究的“超高灵敏度—可逆探针”能够在活体水平上示踪炎症发生发展过程中超氧阴离子的浓度水平及动态变化过程,缩短了药物临床试验周期,提高了药物筛选效能。为即将进入临床Ⅱ、Ⅲ期的鼻敏胶囊、咳敏胶囊、结肠炎栓3个中药新品种的作用靶点、药效评价研究提供了技术支撑。 /p p style=" text-indent: 2em " 而基于同步辐射装置的X射线细胞显微成像技术,分辨率很容易达到数十纳米,可以在大视场下实现完整细胞的纳米分辨无损成像,与荧光显微装置相比具有巨大优势,在细胞显微成像方面也展现出了巨大的应用前景。 /p p style=" text-indent: 2em " 然而,对于人类来说,走进细胞“社会”是一个任重而道远的过程。还有无数未知的奥秘等着科学家去探索。 /p p style=" text-indent: 2em " 张新荣表示,该重大项目成果为下一步融合多种分析方法、发展全器官跨尺度高灵敏三维成像提供了基础。 /p p style=" text-indent: 2em " “通过研发同步辐射X射线相衬—电镜融合成像,有可能在全脑三维微米精度地图引导下选取局部特征区域进行纳米精度的结构解析,大幅降低高精度神经网络解析的盲目性。在特定位点,也可利用荧光分子成像和质谱分子解析,进一步作功能研究。”项目组成员表示,在有关“社会”的探索与发现之旅上,中国科学家一直砥砺前行。 /p
  • Nature Communications |PiSPA平台:单细胞蛋白质组分析新工具
    近日,科创中心生物与分子智造研究院分子智造研究所所长方群教授团队再出新成果!团队开发了“点取式”单细胞蛋白质组分析(PiSPA)工作流程和基于纳升级微流控液滴操控机器人,实现了单细胞的精准捕获、前处理以及自动进样,并首次在单个哺乳动物细胞中实现了高达3000种蛋白质的超高定量深度。目前,相关研究成果以“ Pick-up single-cell proteomic analysis for quantifying up to 3000 proteins in a Mammalian cell ”为题在国际权威期刊《自然通讯》上发表。这项成果也再次向我们证明了单细胞蛋白质组学在诊疗和预防、药物开发、癌症基因组学等精准医学研究中的应用潜力。团队自研的探针式微流控液滴操纵机器人系统更强大的单细胞蛋白质组分析工具:PiSPA工作流程单细胞蛋白质组学技术是近年来生命科学领域研究的热点。因单个细胞中的蛋白质含量极微(仅约0.2 ng)且无法扩增,单细胞蛋白质组分析极具挑战性。目前传统蛋白质组分析技术仅能在每个细胞中鉴定1000种左右的蛋白质,而这在单细胞分析领域显得有些“力不从心”。此外,传统的样本前处理操作大多在微升级反应器中进行,在样品处理和转移的过程中会出现明显的样品损失,这会限制单细胞蛋白质组学的鉴定深度,难以满足生命科学研究的迫切需求。“想要突破单细胞蛋白质组学鉴定深度的障碍,有两种策略。一是在足够小的微反应器中进行样品前处理,利用微尺度效应提高反应效率;二是将所有操作整合在一起,降低样品损失,但这两种策略对技术与设备的要求都很高”,本项成果第一完成人王宇博士解释道,“我们利用微流控技术将商品化的内插管改造为阵列化的纳升级微反应器,解决了纳升级样品反应与自动进样的问题。PiSPA平台可自动完成细胞捕获、样品前处理、色谱分离、质谱检测、数据处理等操作,进一步降低了样品损失。”“点取式”单细胞蛋白质组分析流程示意图PiSPA工作流程使得高精度的液体操控、单细胞的精确处理以及先进的LC-TIMS-QTOF MS技术融为一体,重新定义了单细胞蛋白质组学分析。“在研究中,我们将该平台应用于三种哺乳动物细胞(HeLa、A549和U2OS细胞)的单细胞蛋白质组分析,以及HeLa细胞迁移过程中的细胞异质性研究中,均实现了超高深度定量分析”,王宇博士说。同时,迁移细胞的单细胞蛋白质组分析也证实了PiSPA平台具有识别细胞迁移关键分子以及有价值靶点的应用潜力。哺乳动物细胞的单细胞蛋白质组分析结果单细胞的定量深度:从3000+走向全蛋白质组测序PiSPA平台集成了基于序控液滴(SODA)技术的自动化液滴操纵机器人,能够在“点取式”操作模式下实现纳升级的细胞分选、多步样品前处理和自动进样操作。相比于其他单细胞分析方法,PiSPA平台的优势主要体现在与成像技术结合,能够灵活地选择任意单个细胞进行分析,目标细胞的捕获指向性强,具有很高的捕获准确性和成功率,并可保留目标细胞的表观和空间信息,显著增加了单细胞分析的信息维度。其次,PiSPA平台采用针对单细胞样品的“定制化”分析条件,实现了蛋白质鉴定深度的大幅提升,能够为生物医学研究提供更多有效的基础数据。这些优势对推动单细胞蛋白质组分析的实际推广应用具有重要意义。“目前的单细胞定量深度只是一个起点”,方群教授分享道,在该项研究中,可从单个哺乳动物细胞中可定量多达3000种蛋白质,约占人类基因编码蛋白质总数(约20,000种)的15%,其鉴定深度已经达到10年前单细胞转录组测序技术的相近水平。类比单细胞转录组测序技术的发展历史,可以预见当前已处于单细胞蛋白质组分析技术的爆发阶段,随着技术的快速革新,单细胞的定量鉴定深度还将得到史无前例的提升。“这意味着单细胞蛋白质组学技术已进入在广泛的生物医学研究领域中实际应用的阶段。”团队表示,未来,他们将进一步提高单细胞蛋白质组分析的鉴定深度和通量,以持续推进该技术实用化和应用拓展的水平。此外,在上述成果基础上,目前团队还在利用iChemFoundry平台的自动化机器人技术和机器视觉技术构建能够完成单细胞蛋白质组分析全部流程操作自动化的分析平台,很快会有新的成果发布,这些都将为人们了解生命活动中细胞异质性的变化带来更有力工具。
  • “泛转录组”首次用于RNA测序分析
    近日发表在《自然方法》杂志上的一篇新论文中,美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校(UCSC)的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物,以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不能提供足够的信息来进行准确映射时,研究人员可能会遇到问题,这被称为参照偏差。由UCSC生物分子工程副教授本尼迪克特帕特恩领导的一组科学家发布了一个工具包,允许研究人员将个人的RNA数据映射到一个更丰富的参照物上,解决参考信息的偏差,并带来更准确的映射。研究人员表示,泛基因组和转录组的结合在此前从未真正完成过,这是第一次有人尝试将泛基因组作为RNA测序图谱的标准特征。该工具将帮助世界各地致力于通过RNA测序分析了解基因表达的研究人员。“有了这个工具包,我们正在利用从泛基因组获得的更多样化的数据来改进基因表达数据的测量,这一点在个体之间可能会有很大的差异。”帕特恩说,“这样做的目的是让人们在关注基因表达的研究中感受到更多样化的数据的影响,从而更好地分析细胞模型、有机体模型和其他研究应用。”绘制RNA测序数据以了解基因表达可能很困难,因为RNA序列是由细胞机制拼接而成的,这意味着一组RNA数据可能来自基因组的非连接区域,这使得将它们正确地与参照物对齐成为一种挑战。这些剪接点在人类群体中因人而异并不统一,也很难知道RNA来自哪个单倍型。利用新的开源工具,研究人员可获取个体RNA的拼接片段,绘制它们在泛基因组上的排列位置,确定数据属于哪种单倍型,并分析基因表达。
  • 单细胞转录组测序的最新进展盘点
    单细胞转录组分析(scRNA-seq)尽管是一项相当年轻的技术,但商业化的scRNA-seq平台正在不断涌现,而生物信息学方案也越来越多。现在就让我们来盘点一下最新的研究进展。 SPLiT-seq:成本低至一美分 艾伦脑科学研究所的副主任Bosiljka Tasic指出,全基因组的单细胞分析目前很受欢迎。它让人们了解整个系统中的单个组分,也就是单细胞。与PCR和原位杂交等技术不同,全基因组分析无偏向地告知了细胞正在表达什么,而不需要你去选择分析什么。 现在有许多平台和技术可用于制备测序用的单细胞RNA。这些技术大体是在微孔板的各个孔中分离单个细胞,或者使用微滴来充当单个细胞的反应室。无论采用哪种方式,Tasic认为关键是在分析的某个时刻将细胞分离并添加条形码,这样才能将RNA序列分配到它们当初来源的那个细胞。 Bosiljka Tasic联合华盛顿大学的Georg Seelig团队开发出一种称为SPLiT-seq的技术,其中细胞本身作为反应室。这种技术将细胞或细胞核固定,以便捕获RNA,不过洗涤试剂可以进进出出。通过一系列合并和分离的步骤,它开展逆转录并连接条形码标签,最终进行裂解和PCR(使用条形码引物)。 SPLiT-seq技术于今年3月发表在《Science》杂志上。据Tasic介绍,这是一种低成本的技术,每个细胞的建库成本低至一美分(约合人民币七分钱),大大降低了实验室开展单细胞分析的门槛。“真正强大的是它几乎无需任何特殊仪器,”Tasic补充说。 研究团队利用SPLiT-seq技术对出生后第2天和第11天小鼠大脑和脊髓组织的细胞核进行分析。他们成功地鉴定出100多种细胞类型,其基因表达模式与细胞功能、区域特异性和分化阶段相对应。这些数据可用于创建基因表达图谱,与艾伦研究所的其他参考图谱互补。snDrop-seq:单核RNA测序 加州大学圣地亚哥分校的张鹍(Kun Zhang)团队则关注人体组织的单细胞分析。“你需要将细胞彼此分离,才能开展各种单细胞分析,”他说。不过,大脑组织很难解离,“这就使结果存在很大的偏向性,因为有些细胞分离,而有些细胞则彼此相连。相比之下,提取完整的细胞核则相对简单”。 他们采用了一种经过改进的snDrop-seq方案,希望破坏微滴中的核膜,并尽量避免RNA降解。“常规的Drop-seq或10X Genomics方案不行,因为膜不会破裂,”张鹍解释说。目前有几种方法可以完成这项任务,比如改变微流体芯片,让核膜在机械力作用下分解。“我们实际上提高了温度来破坏核膜。” 他们同时开展了snDrop-seq和scTHS-seq,后者为染色质开放性检测。“这使得我们能够在RNA水平和染色质水平上比较这些单细胞,”张鹍指出。他们能够重建各种脑细胞的表观遗传图谱,并利用单细胞多组学方法将风险因素与特定的细胞类型相关联,了解神经元、小胶质细胞和少突胶质细胞对阿尔茨海默病、自闭症或精神分裂症等病的贡献。Smart-seq2:处理少量样本 Wellcome Sanger研究所的Adam Reid及其同事想要了解疟疾生命周期中的遗传控制。 通过测序不同步的单细胞并分析转录组,他们发现寄生虫阶段的发育实际上有很大的变化。“如果对大量RNA进行测序,这一点并不明显,”研究人员谈道。 他们对低通量的Smart-seq2方案进行了修改,目标是分析每个阶段的100个细胞。 Reid表示,与高通量的10X Genomics或Drop-seq平台相比,“你可以获得更多关于哪些基因表达以及表达丰度如何的信息”。 引起疟疾的疟原虫非常小,含有极少量的RNA,并且基因组偏向性非常明显,GC含量 低至20%,而哺乳动物大约是35-40%。因此,建库的试剂往往不能很好地发挥作用,不过通过增加PCR循环次数和尝试不同的酶,研究人员还是很好地解决了这一问题。生物信息学工具:ASAP 人们也许会对scRNA-seq望而却步,因为需要购买复杂的仪器和掌握生物信息学流程。有时,生物学家和信息学家之间的沟通“非常糟”,瑞士生物信息学研究所的负责人Bart Deplancke回忆说。在准备开展脂肪组织的单细胞转录组学研究时,他们有许多数据集需要处理,却发现其合作者往往无法开展。 于是,他们着手安排合作,让两类研究人员能以更直观的方式观察和处理数据。他们开发出一个名为Automated Single-cell Analysis Pipeline(ASAP)的平台。这是一个基于Web的完整流程,提供了标准工具,包括过滤、降维、聚类、差异表达和功能富集。它能够与各种数据库交互,并以2D或3D显示结果。“对于每个步骤,我们都提供了基本教程,它将告诉你每种分析工具能做什么,”Deplancke说。 他指出,“即使是生物信息学家也很喜欢用,因为它能够快速处理和查看数据。然后他们与生物学家一起观察数据,提出一些新的假设,并通过实验或计算手段来进一步证明它。”
  • Science子刊| 多色免疫荧光标记联合转录组测序助力解析宫颈癌的单细胞分子特征
    宫颈癌是全世界女性第四大常见恶性肿瘤,每年可造成30多万人死亡。宫颈鳞癌(CESC)作为宫颈癌主要病理类型约占75%,通常经历由正常宫颈到宫颈上皮内瘤变再到CESC的发生和进展过程。然而,CESC进展过程中上皮和微环境细胞相互作用关系及其关键分子途径的发展尚不清楚。2023年1月27日,山东省肿瘤医院于金明院士、岳金波教授团队与解放军总医院第五医学中心刘兵研究员团队合作在Science Advances杂志上发表了题为Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying human cervical squamous cell carcinoma initiation and progression的研究论文。为宫颈癌的诊疗提供了疾病诊断与预后的生物标志物和潜在的治疗靶点。为了阐明了宫颈上皮细胞的转录致瘤轨迹并揭示了 CESC 启动和进展中涉及的关键因素,文章作者对来自对四组13例不同病变阶段的宫颈组织(包括NC、CIN、早期CESC和晚期CESC)的起始和进展过程中,上皮细胞、巨噬细胞、NK和T细胞、内皮细胞、成纤维细胞的转录组变化及亚群特征进行了深入探索。该研究通过单细胞转录组测序,进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)构建了宫颈鳞癌发生和进展过程中的细胞和分子特征图谱,发现了大量肿瘤发生和进展相关的新的细胞亚群和分子。在此基础上,提出了针对“CESC生态系统“进行分析的必要性,尤其是考虑到免疫系统是作为一个动态的整体,简单对于单个细胞亚型的描述不足以展现更大的”全景“。围绕这个目标,在文章中通过大量的转录组数据,研究者发现几个细胞簇的相对丰度显示与较短的存活期显着相关:CCL20 +Mac、APOE+Mac、epi7、CD56+NK、TH17、耗尽的CD8 +T、PODXL+EC、TNFRSF9高Treg和 mCAF。相反,其他细胞簇的丰度与更长的存活率显着相关:pDC、CD16+NK、GZMK+CD8+T、ZNF683+CD8+T、CLEC9A+DC、epi8和肥大细胞。 实验部分除了转录组测序相关之外,作者使用TissueGnostics公司TissueFAXS Plus全景组织细胞定量分析系统获取图像。在长存活率相关的因素中,作者重点提出了CESC中的epi8的高相对丰度可以促进我们观察到的高水平T细胞浸润从而增强与肿瘤细胞的串扰。文中作者表示,尽管对 CESC 进行了大量的转录组分析,但这些方法无法提供对主要细胞参与者、它们的相互作用伙伴以及驱动疾病发生和发展的关键分子途径的高分辨率洞察,尤其是CAF,作为肿瘤微环境中的关键组成部分,其通过多种机制促进恶性生长和侵袭 ,而且空间 CESC 信息对于理解细胞簇的位置及其相互作用很重要,但在 scRNA-seq 分析的解离过程中存在丢失。多重免疫荧光标记与转录组测序为了揭示了 mCAF 和 vCAF 的两个主要亚群,作者选择使用TissueFAXS Cytometry技术了,通过多重免疫荧光标记验证了它们在人类 CESC 中的存在,发现 mCAF 表达高水平的与促肿瘤途径相关的基因(主要位于富含胶原蛋白的基质条纹内),以及细胞间相互作用分析表明,mCAF 可主要通过 NRG1/ERBB3途径促进 CESC 进展,该途径参与抗雄激素对前列腺癌的抗性,在之前的研究中尚未报道。这部分内容也是TissueGnostics公司的TissueFAXS Cytometry技术在关键领域取得的最新科研进展之一。Fig 1 CESC样本组织切片中的T细胞(PAN-CK(红色)、HLA-DR(蓝色)、IDO1(绿色)和CD3(灰色))的多重免疫荧光标记图像。在较短存活期显著相关的因素中,作者研究了CESC进展过程中基质癌相关的呈现为细胞(mCAF)的亚群特征,发现mCAF可能促进CESC的进展,并进一步发现其作用机制是通过NRG1/ERBB3 通路来实现的。Fig 2 多重免疫荧光CESC组织样本中mCAF和vCAF上的特异性标记物。Fig 3 mCAF肿瘤特异性配体-受体对的多重免疫荧光标记,包括NRG1-ERBB3和Wnt5A-FZD6。&bull 单细胞测序技术完成了细胞水平的组学研究,但是获取的信息内缺失了细胞的空间分布信息。如果想要补充细胞的空间位置表型,就需要引入多重免疫荧光技术。多色免疫荧光技术通过单细胞分辨率的组织成像,能够多靶点、可视化地描绘细胞的复杂空间位置信息,从而揭示细胞间的相互作用关系,细化微环境的空间结构。&bull 单细胞测序技术与多重免疫荧光技术的结合能够多层次、多角度、多组学地研究肿瘤微环境及免疫微环境,同时获悉胞间联系、基因空间变化等信息,并赋予关键基因的细胞分布信息和组织分布信息,从而更加精准地研究疾病相关分子机制并探索潜在的治疗靶点。同时作者也在讨论部分,使用TissueFAXS Cytometry技术生成的数据,可以针对人体组织进行更详细的研究,以回答 scRNA-seq 无法解决特定问题。
  • 北大教授开发单细胞全转录组测序新技术
    2014年4月29日,北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表题为&ldquo Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing&rdquo 的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组测序样品准备,全面提高了单细胞全转录组分析的准确性和可靠性。   细胞是生命活动的基本功能单位,而在生物体内没有任何两个细胞是完全相同的。传统的生命科学与医学研究,绝大多数情况下都是针对混合的大量细胞进行的,无法观察到单个细胞之间细微的差别。近年来不断发展的实验技术,提供了更加定量与客观的证据,表明在许多关键生命过程例如胚胎发育、细胞分化、疾病发生与发展等过程中,特定的单个细胞行为,以及其间的个体化差异与异质性,导致了极其重要甚至是决定性的结果。而之前基于大量细胞平均测量所获得的结果并无法正确反映复杂生物体系的全面真实信息,严重掩盖了独立个体样本的行为以及生命现象中大量存在的随机行为。针对单个细胞的研究,是细胞生命分析技术所追求的极限状态,是对传统技术极大的挑战。   单细胞测序利用新一代的测序技术来分析单个细胞内的基因信息,成为解读单细胞的最佳工具。单细胞全转录组测序是单细胞高通量测序需求量最大的应用,它所测定的是单个细胞内所有基因的表达量,同时还可以测定除了mRNA分子外,其他长非编码RNA(lncRNA)以及小RNA的含量,定量获取单个细胞完整的表达谱。目前采用的新一代测序技术中,绝大多数方法都需要特定的前处理过程,制备&ldquo 测序文库&rdquo 。而针对单细胞样品,已有的方法均存在很多缺陷,导致检测灵敏度不高、基因表达信息丢失严重、技术噪音高、操作失误率高、重复性差。   为了解决这一矛盾,两个课题组合作开发了新的文库制备方法,将最关键的单细胞转录组文库构建步骤集成在一个微流控芯片上,可以同时进行多个样品的操作。这一技术的开发,大大减少了试剂用量,在反应效率得到提升的同时极大地抑制了污染的发生,还减少了操作误差,实现了更高的可靠性和更好的平行性。   通过对几十个细胞的分析表明,这一方法可以有效地消除转录组高度动态特性所带来的测量差异,实现对单细胞异质性的分析和判断。通过多个细胞较低深度的转录组测序,可以获取比同等成本下单个细胞高深度测序更重要的细胞异质性信息,而更好地展现生物体系的复杂性、随机性和动态过程。而通过微流控芯片上的精确细胞操控和主动俘获过程,还可以摆脱其他类似方法中随机俘获的局限性,实现对极其少量细胞的完全俘获和反应前的表型观察,以更好地理解和验证单个细胞的异质性。与已有的技术相比,这一工作展示了目前最好的单细胞转录组测序检测灵敏度和平行性。   黄岩谊博士同时任北京大学工学院教授,汤富酬博士同时任北京大学生命科学学院研究员。黄岩谊组博士后Aaron Streets博士、赵亮博士和研究生张先念为论文的主要作者。这一工作得到了国家科技部973计划、863计划、国家自然科学基金委及霍英东教育基金会的资助。
  • 清华大学张奇伟、张新荣团队合作开发单细胞空间代谢组分析新方法
    多细胞生物由复杂的层次性机制来维持稳态。在组织层面上,这种稳态通常由细胞内基因调控网络和细胞外环境中各种信号介导的相互作用共同维持。因此,具有空间分辨率的单细胞组学技术对理解组织微环境具有重要意义。现在国际上已有多种空间组学方法(如转录组、蛋白组)来测量单细胞级别的空间信号分布,但是仍然缺乏空间代谢组的分析方法。  SEAM方法采用高空间分辨质谱成像结合机器学习算法,实现了组织原位代谢异质性可视化、单细胞核图像识别、代谢特征信息提取以及单细胞的聚类、差异化分析,从而能够让研究者系统的解析组织中单细胞的“代谢指纹图谱(metabolic fingerprint)”(图1)。由于器官或组织中的单个细胞的代谢物图谱存在明显的空间分布的异质性,因此,定位单个细胞在组织网络中的位置、区分相关代谢物的指纹图谱差异、确定重要代谢物的分子组成有重要意义。  图1.SEAM在单核分辨率下捕捉到空间代谢异质性  为了验证新方法,清华大学张奇伟、张新荣团队解析了野生型小鼠肝脏组织中的空间代谢异质性,发现了肝细胞代谢异质性亚群。这一发现和前人通过蛋白或者基因表达所验证的肝组织分区现象(Liverzonation)有着高度一致(图2),有效证明了SEAM方法的可靠性和准确性。  图2.SEAM在小鼠肝脏中通过代谢指纹图谱分析发现Liverzonation现象  作者还对人肝纤维化中的代谢异质性进行了空间代谢组和空间转录组联合分析。发现在肝纤维化样本中存在有两种代谢差异的肝细胞亚群,它们和纤维化区域的距离在不同样本间存在有统计学差异(图3)。通过代谢组和转录组的共同分析,发现其中的存在有谷丙酰胺的上调以及其对应代谢相关的跨膜转运蛋白的基因表达上调。虽然单细胞转录组的研究已经取得长足进展,与转录组及其表型研究密切相关的代谢组研究在单细胞水平目前还缺少方法。本文提出的“SEAM”方法,系统解析了组织空间中的单细胞代谢组,对于整个单细胞技术领域的进步具有重要的推进作用。  图3. SEAM在人类肝纤维化样本中发现代谢极性  相关成果以“SEAM是一个研究组织微环境的单细胞核空间代谢组学方法”(SEAM is a spatial single nuclear metabolomics method for dissecting tissue microenvironment)为题于10月4日发表于《自然方法》(Nature Methods)。论文第一单位是清华大学自动化系。共同通讯作者是清华大学北京信息国家研究中心、医学院张奇伟教授,清华大学化学系张新荣教授,清华大学原副研究员陈阳(现中国医学科学院基础医学研究所研究员)。共同第一作者为清华大学自动化系博士生原致远、生命科学学院博士生周启明、化学系博士生蔡乐斯。中日友好医院潘林教授在本工作中参与了病理切片相关实验指导和细胞类型鉴定。北京协和医院郑永昌教授提供了临床样本。清华大学北京市中医药交叉研究所李梢教授为项目研究提出积极建议。项目由国家重点研发计划,国家自然科学基金以及北京信息国家研究中心基金等项目提供经费支持。  论文链接:https://www.nature.com/articles/s41592-021-01276-3
  • Neuro Oncol . | 汤富酬教授/文路副研究员与合作者揭示垂体瘤转录组特征
    垂体是最重要最复杂的内分泌腺体之一,主要由五种激素细胞组成,包括生长激素细胞、催乳素细胞、促甲状腺素细胞、促肾上腺皮质激素细胞和促性腺激素细胞,在生长发育、代谢调节、生殖以及应激等生理过程中发挥重要作用。每种激素细胞都有可能异常增殖形成肿瘤,即垂体神经内分泌肿瘤(Pituitary neuroendocrine tumors,PitNETs),又称垂体腺瘤或垂体瘤,是第二大常见的颅内肿瘤,大约占颅内肿瘤的10%~16%。基因组学研究发现40~60%的生长激素瘤有GNAS基因突变,40~60%促肾上腺皮质激素瘤有USP8突变,但60%垂体瘤未发现基因突变,病因不明。垂体瘤细胞中哪些基因的表达水平发生了异常变化?传统转录组学未能有效解决这个问题。这是由于正常垂体组织中,五种类型的激素细胞互相混杂,传统的群体细胞转录组学所检测到的实际是“平均激素细胞”。由于缺乏正常对照信息,群体细胞转录组学难以准确鉴定垂体瘤细胞中发生的基因表达变化。另外,多激素垂体瘤和侵袭性垂体瘤是否存在瘤内细胞异质性,也是尚未研究清楚的问题。北京大学生物医学前沿创新中心汤富酬教授和文路副研究员,与北京天坛医院神经外科周大彪主任合作,于2021年4月28日在Neuro-Oncology杂志在线发表题为《 Single-cell transcriptome and genome analyses of pituitary neuroendocrine tumors》的研究论文。该研究对21个病人的23例垂体瘤组织样本进行了单细胞转录组测序(2679个细胞),并对其中5例组织进行了单细胞多组学测序(238个细胞),为深入理解上述问题提供了新的视角(图1)。该研究论文的主要发现包括:图1 垂体瘤病人临床信息1)通过单细胞转录组的无监督式聚类可区分所有垂体瘤亚型,与临床基于免疫组织化学的分类结果一致(图2)。单细胞转录组测序还提供了一些新的有趣信息。例如,一例垂体瘤(P11)同时表达促肾上腺皮质激素细胞关键转录因子T-PIT(TBX19)与促性腺激素细胞关键转录因子SF-1(NR5A1),其细胞在线性降维空间中位于两个谱系之间,显示其处于一种中间状态。另一例垂体瘤(P14)被临床诊断为零细胞垂体瘤,与促性腺激素瘤聚类,提示其细胞来源可能是促性腺激素细胞。图2 所有肿瘤细胞及重要转录因子的表达在PCA图中的映射2)我们分离鉴定出了三种正常垂体内分泌细胞:生长激素细胞、催乳素细胞和促性腺激素细胞,首次获得这些成体垂体激素细胞类型的单细胞转录组图谱。与相应肿瘤细胞类型比较,我们全面鉴定了生长激素垂体瘤、促性腺激素垂体瘤和催乳素垂体瘤的肿瘤差异表达基因谱(图3A-3D)。生长激素瘤的差异表达基因以上调为主(76.1%, 283/372),而促性腺激素瘤的以下调为主(84.3%, 542/643)。生长激素瘤上调的基因中富集分泌相关基因如SCG3,可能与该肿瘤类型的功能亢进特征有关。促性腺激素瘤下调基因中包括LHB和GNRHR等激素相关基因,与该肿瘤类型往往功能沉默有关;下调基因中还富集细胞周期负向调控基因如CDKN2A,表明该肿瘤类型发生了细胞增殖失调。值得指出,研究鉴定出了新的垂体瘤相关基因,如AMIGO2,在生长激素瘤与促性腺激素瘤中表达显著增高(图3E)。图3 A-D,垂体瘤肿瘤细胞和相对应的正常细胞的差异表达基因(A-C)和GO分析(D)。E,垂体瘤肿瘤相关基因在所有细胞中的表达水平3)通过单细胞转录组分析,证实多激素垂体瘤中,多种激素相关基因及转录因子在单个细胞中共表达,未发现瘤内异质性(图4)。在侵袭性瘤中,也未发现明显的瘤内异质性。图4 PIT-1谱系垂体瘤和多激素垂体瘤中单细胞水平的激素相关基因表达4)单细胞多组学分析表明,即使是基因组拷贝数紊乱的垂体瘤,单细胞层次也具有基本一致的拷贝数变异模式,表明其为单克隆起源(图5A)。但我们也鉴定到了少量的瘤内基因组拷贝数变异异质性(图5B)。图5 P20(A)和P21(B)垂体瘤患者肿瘤细胞中的基因组拷贝数变异(CNV)情况总之,本研究首次从单细胞水平上对垂体瘤转录组和基因组进行了较全面分析,解析了瘤间与瘤内异质性,鉴定了新的垂体瘤相关基因,为阐释垂体瘤发病机理与发现治疗靶点提供了新的线索。北京大学生物医学前沿创新中心崔月利博士、博士生蒋振寰、博士后张书博士和北京天坛医院博士生李超为本文共同第一作者。北京大学未来基因诊断高精尖创新中心、生物医学前沿创新中心、生命科学学院汤富酬教授和文路副研究员,与北京天坛医院神经外科周大彪主任为该论文的共同通讯作者。该研究项目得到了国家自然科学基金委和北京大学未来基因诊断高精尖创新中心的支持。论文链接:https://academic.oup.com/neuro-oncology/advance-article/doi/10.1093/neuonc/noab102/6256973
  • VOCs分析检测中高沸点组分响应低的原因及解决办法
    实验背景目前采集环境空气中挥发性有机物有三种方式:吸附管采样、袋采样和罐采样。罐采样由于具有分析组分多、存储时间长以及可实现长时间采样的优势,而得到vocs分析检测实验室的广泛应用。分析难点及常见问题随着罐采样使用频次增加,近来我们会碰到如下问题:1、测试标气中高沸点组分(含氧类组分)比例下降或完全不出峰(即响应低),如图1:图1而如果出峰正常,谱图应该如图2:图22、标准曲线中一些高沸点组分和含氧组分经常出现负截距,如图3:图3萘和1,2,4-三氯苯的校准曲线出现负截距难点问题原因分析产生高沸点组分响应低、含氧组分出现负截距的主要原因如下:存储装置和系统管线没有经过惰性化涂覆或者惰性化涂覆效果不好;惰性涂覆好与不好质谱离子源不干净;预浓缩系统温度参数设置不准确,导致高碳物质没有完全转移;管线、预浓缩系统捕集阱以及采样罐其一被污染。原因初步排查确保与样品接触的部位,都是经过惰性化涂覆,且具有惰性化涂敷测试报告;清洗离子源,确保质谱离子源干净;确保预预浓缩系统的捕集阱温度传感器是经过校准的,entech 7200的分流阀在m2向m3转移时流量为3-5ml/min,且测试方法为北京博赛德所提供。如果初步排查出现问题,请及时解决或联系工程师;如果无上述问题,说明预浓缩系统或采样罐已经被污染。问题解决方案罐采样属于全组分采样方式,所以除了挥发性有机物,也会将空气中的半挥发性有机物、气溶胶和颗粒物采集到采罐内,尤其当采样流速大的时候,颗粒物更易进入。这些颗粒物和气溶胶又很难通过常规的方式清洗干净,导致在采样罐内形成吸附点,当高沸点物质经过时,很容易被吸附,从而导致响应值下降;这些杂质亦有进入预浓缩系统的隐患。一、防止颗粒物进入采样罐,而且根据epa to15a-2019和hj759-2015的要求,用采样罐采集环境空气时一定要加装过滤装置,以过滤掉杂质;但是,这样也不代表万无一失,所以同时epa to15a-2019还规定:过滤器应经常清洗或更换,以减少对所收集空气样本产生负面影响。清洗方法:用水或甲醇超声清洗15分钟,再用纯水清洗,然后放入烤箱里(是真空炉)烘干;污染不严重的也可用高纯氮气吹扫,时间5分钟左右。二、预浓缩系统引起的高沸点组分出峰低与曲线负截距的问题解决方案首先整体升高预浓缩系统的bake温度,包括阀温、bulkhead、m1和m2,延长烘烤的时间;其次对m3捕集阱,可将柱流速调大(根据色谱柱的内径),然后把预浓缩系entech7200的分流阀和进样阀同时打开3-5min;若还无效果,可样品经过的管线卸下,用高纯氮气对其进行吹扫,氮气分压表压力为0.4mpa,每段吹扫5分钟;或将管线放在甲醇中冲洗,再用清水冲干净,然后放入烘箱(50℃,真空烘箱)烘干,并用湿润的零空气或氮气吹扫,每段吹扫5分钟。通过预浓缩系统的自身或手动操作逐一排查,若还不能达到预期效果,BCT要更换预浓缩系统的配件:在m1向m2转移时,只升高m1温度(升高BCT50℃),如果高沸点物质响应提高,说明m1被污染,更换m1冷阱;将m2向m3转移的时间延长BCT10分钟,如果高沸点物质响应提高,说明m2被污染,更换m2冷阱;将进样时间延长BCT10分钟,如果高沸点物质响应提高,说明m3被污染,将m3冷阱调换进出口或者更换m3冷阱。结 论在确保质谱离子源干净与预浓缩系统温度参数设置准确的前提下,对于罐采样分析,采样罐必须要加颗粒物过滤器,且孔径10um以下,并根据采样实际情况对其定期清洗;如果条件允许,建议每次采样前都用氮气吹扫清洗,谨防采样罐、预浓缩系统被污染。
  • Nature Methods | 张奇伟/张新荣团队合作开发出单细胞空间代谢组分析新方法
    2021年10月4日,清华大学北京信息国家研究中心/医学院张奇伟教授(美国德州大学达拉斯分校客座教授)与清华大学化学系张新荣教授团队合作在Nature Methods杂志上在线发表论文:SEAM is a spatial single nuclear metabolomics method for dissecting tissue microenvironment ,提出一种在单细胞分辨率下进行空间代谢异质性分析的新方法。SEAM方法采用高空间分辨质谱成像结合大数据算法,实现了组织原位代谢异质性可视化、单细胞核图像识别、代谢特征信息提取以及单细胞的聚类、差异化分析,从而能够让研究者系统的解析组织中单细胞的“代谢指纹图谱(metabolic fingerprint)”。由于器官或组织中的单个细胞的代谢物图谱存在明显的空间分布的异质性,因此,定位单个细胞在组织网络中的位置、区分相关代谢物的指纹图谱差异、确定重要代谢物的分子组成有重要意义。为了验证新方法,作者解析了野生型小鼠肝脏组织中的空间代谢异质性,发现了肝细胞代谢异质性亚群。这一发现和前人通过蛋白或者基因表达所验证的肝组织分区现象(Liver zonation)有着高度一致,有效证明了SEAM方法的可靠性和准确性。作者还对人肝纤维化中的代谢异质性进行了空间代谢组和空间转录组联合分析。发现在肝纤维化样本中存在有两种代谢差异的肝细胞亚群,它们和纤维化区域的距离在不同样本间存在有统计学差异。通过代谢组和转录组的共同分析,发现其中的存在有谷丙酰胺的上调以及其对应代谢相关的跨膜转运蛋白的基因表达上调。虽然单细胞转录组的研究已经取得长足进展,与转录组及其表型研究密切相关的代谢组研究在单细胞水平目前还缺少方法。本文提出的“SEAM”方法,系统解析了组织空间中的单细胞代谢组,对于整个单细胞技术领域的进步具有重要的推进作用。该论文的共同通讯作者是清华大学张奇伟教授、清华大学张新荣教授、原清华大学陈阳副研究员(现中国医学科学院基础医学研究所研究员)。共同第一作者为清华大学自动化系、北京信息国家研究中心博士生原致远、清华大学生命科学学院、生命科学联合中心博士生周启明、清华大学化学系博士生蔡乐斯。中日友好医院潘琳教授在本工作中参与了病理切片相关实验指导和细胞类型鉴定。北京协和医院郑永昌教授提供了临床样本。清华大学北京市中医药交叉研究所李梢教授为项目研究提出积极建议。
  • 索尼将与Illumina成立合资公司 推出基因组分析业务
    据日本媒体报道,索尼公司计划与Illumina成立一家合资企业,并推出人类基因组分析业务。   据知情人士透露,这家合资企业将在日本开展基因组信息分析,并向制药公司出售数据库中的信息。索尼公司目前已将医疗领域作为核心业务。   这家合资企业将由索尼的子公司M3与Illumina合作成立。它将利用Illumina的测序仪器对医院及其他医疗机构提供的血液样本进行分析。此外,它还会积累来自患者个体的分析数据,并出售给制药公司、科研院所及其他机构。   实际上,去年10月,索尼总裁平井一夫(Kazuo Hirai)就宣布,到2020年之前,该公司医疗业务的销售额将从目前的数百亿日元提高到2000亿日元(折合20.4亿美元)。   基因组信息分析将为索尼的医疗部门带来快速扩张的机会。它目前的应用也在不断扩展,如预测个体是否有可能罹患疾病。之前,好莱坞明星安吉丽娜&bull 朱莉通过基因检测发现她患上乳腺癌的风险较高,故接受了双侧乳腺切除术。  在日本,基因组分析目前主要由理化学研究所(Riken national research institute)及其他大型研究机构来开展。理化学研究所的一位高级官员表示,越来越多的公司将也有可能开展基因组分析业务。   &ldquo 多亏了先进设备的引入,基因组分析才变得更加容易开展,&rdquo Riken基因组网络分析支持项目的主管Naoto Kondo谈道。   索尼子公司M3为医生提供医学论文的信息及其他服务,目前在日本已有一些固定的客户。利用M3的知名度和坚实的客户基础,索尼希望其新业务能收到尽可能多的订单。   因传统电子业务的增长空间有限,索尼等电子巨头也开始进军新的市场,希望能够找到新的利润增长点。医疗器械等领域便成为他们主攻的方向之一。   今年4月,索尼和奥林巴斯共同宣布成立索尼奥林巴斯医疗解决方案公司。新公司注册资金5000万日元,由索尼控股51%,奥林巴斯持股49%,旨在整合索尼在数码影像等电子领域的技术与奥林巴斯的镜头光学技术及其在医疗产品领域的制造和研发经验,从事创新医疗产品的研发、设计、生产和营销。
  • Illumina与索尼合作推出基因组分析业务
    据知情人士透露,日本消费电子巨头索尼(Sony)公司计划与 Illumina 成立一家合资企业,并推出人类基因组分析业务。这家合资企业将在日本开展基因组信息分析,并向制药公司出售数据库中的信息。索尼公司目前已将医疗领域作为核心业务。   这家合资企业将由索尼的子公司 M3 与 Illumina 合作成立。它将利用 Illumina 的测序仪器对医院及其他医疗机构提供的血液样本进行分析。此外,它还会积累来自患者个体的分析数据,并出售给制药公司、科研院所及其他机构。   实际上,去年 10 月,索尼总裁平井一夫(Kazuo Hirai)就宣布,到 2020 年之前,该公司医疗业务的销售额将从目前的数百亿日元提高到 2000 亿日元(折合 20.4 亿美元)。   基因组信息分析将为索尼的医疗部门带来快速扩张的机会。它目前的应用也在不断扩展,如预测个体是否有可能罹患疾病。之前,好莱坞明星安吉丽娜&bull 朱莉通过基因检测发现她患上乳腺癌的风险较高,故接受了双侧乳腺切除术。   在日本,基因组分析目前主要由理化学研究所(Riken national research institute)及其他大型研究机构来开展。理化学研究所的一位高级官员表示,越来越多的公司将也有可能开展基因组分析业务。   &ldquo 多亏了先进设备的引入,基因组分析才变得更加容易开展,&rdquo Riken基因组网络分析支持项目的主管 Naoto Kondo 谈道。   索尼子公司 M3 为医生提供医学论文的信息及其他服务,目前在日本已有一些固定的客户。利用 M3 的知名度和坚实的客户基础,索尼希望其新业务能收到尽可能多的订单。   因传统电子业务的增长空间有限,索尼等电子巨头也开始进军新的市场,希望能够找到新的利润增长点。医疗器械等领域便成为他们主攻的方向之一。   今年 4 月,索尼和奥林巴斯共同宣布成立索尼奥林巴斯医疗解决方案公司。新公司注册资金 5000 万日元,由索尼控股 51%,奥林巴斯持股 49%,旨在整合索尼在数码影像等电子领域的技术与奥林巴斯的镜头光学技术及其在医疗产品领域的制造和研发经验,从事创新医疗产品的研发、设计、生产和营销。
  • HT8850上路啦——多组分温室气体分析走航测试
    上周,在经历了长期研发投入,昕甬智测2022年纯国产自主研发的新产品——HT8850便携式多组分温室气体分析仪首度公开亮相,搭上了合作伙伴的走航车,在宁波市郊进行温室气体观测。 图一 昕甬智测应用工程师现场操作HT8850温室气体分析仪 图二 全新开发上位机界面实时显示高精度、多组分观测数据 HT8850分析仪采用量子级联激光作为光源,专利设计中的中红外增强型积分腔,实现一机支持同时测量四温室气体组分:水汽、二氧化碳、甲烷、氧化亚氮。其特色如下:l 便携的仪器箱内实现快速响应、高准确度的温室气体测量l 多气体在吸收峰间不存在交叉干扰l 同步的水汽测量实现在线校正,一步到位获取气体的干基浓度密度l 低功耗的分析仪能够由太阳能或锂电池供电,上天下地、部署灵活 在数月的实验室测试之后,此次现场测试提供了真实现场条件下的仪器性能表现。昕甬智测将精益求精,继续更新迭代HT8850,为国家“碳中和”大目标贡献力量!
  • 德图推出全新四组分烟气分析仪testo 340
    随着节能环保事业日益受到国家的重视,一款实用、操作简单而又适用于各种检测环境的烟气分析仪不失为最理想的选择。时值世博倡导绿色城市、绿色生活,德图将于7月1日隆重推出全新适用于工业排放检测的4组分烟气分析仪testo 340。   作为全球领先的便携式测量仪器制造商,拥有三十多年的烟气分析仪专业制造经验,是便携式分析仪制造行业的领导之一,为中国用户提供专业的测量经验和解决方案。四年前德图推出的testo 350 EPA / Pro系列烟气分析仪现在已成为国内环境监测站、节能中心和锅炉工厂、水泥工厂、电厂等必不可少的测量工具,其在环保与节能方面的卓越表现更得到了诸多行价的一致好评。在收集客户反馈及研究最新技术的基础上,德图四年磨一剑,将于7月1日隆重推出烟气分析仪的又一力作testo 340,开启烟气检测的新时代。   与以往的德图烟气仪相比,testo 340继承了德国原装、中文界面及独一无二的量程扩展功能,同时,testo 340标配O2传感器,可任意选择3个有毒气体的传感器,如CO,COlow,NO,NOlow,NO2或SO2,“德图原来的手持式分析仪一般都是三组分的,现在我们增加了一组分,这为各种不同应用中的不同测量要求提供了最大的传感器搭配自由选择空间。并且,testo340设计空间更加紧凑,相对于市面上其他4组分的烟气分析仪而言更小巧轻盈,手持十分方便。”德图产品经理介绍说。   “我们收到的反馈中,客户对德图烟气分析仪中量程过程功能都赞誉有加。”产品经理特别说到。一般而言,烟气测量的环境十分苛刻,而烟气分析仪的传感器十分精密,一旦传感器因烟气浓度过量而过载,就再也不能恢复,业内人士称之为“中毒”,必须重新购买新的传感器,这让技术人员测量操作时总悬着一颗心。而德图烟气分析仪独一无二的量程扩展功能使测量变得更轻松,遇到高浓度的烟气测量也轻而易举,不再过载,也不再“中毒”,尤其适用于各种工业烟气分析应用。“因此,这个功能我们继续保留了下来。”   “测量的精髓在于测得精准。工厂排放的烟气大多是多种气体的混合物。当今,便携式烟气测量大多是采用电化学传感器,而电化学传感器的气体间的交叉干扰则是多年来困扰烟气测量专家的一大难题。”如今,在德图专家的研发下,这个难题取得了突破性的进展。Testo 340最大的特点是推出了新概念传感器层析过滤器,避免气体交叉干扰,并显示层析过滤器工作寿命(ppmh)。   凭借多年积累的丰富测量经验和独到的解决方案,以及精湛的测量技术,德图坚持为各行各业节能目标的实现提供系列的测量仪器、专业的技术支持以及完善的维修保养服务。“德图不仅仅是销售仪器,更是为客户量身打造完美的测量方案,提供360度全方位的服务。”德图产品经理强调说。   每年德图都会推出烟气产品的金牌服务月,活动期间,客户只需填写维修保养卡,随仪器一同寄回德图,德图售后服务的工程师将为仪器做免费的检查和保养。除此之外,多年来,为帮助广大客户了解锅炉技术知识,德图在北京的中法能源培训中心举办了多届免费的锅炉培训课程,被业界称为“最好的锅炉中心”。“从仪器到方案,从维修到培训,德图的烟气分析仪是您可以信赖的烟气测量专家。”
  • 汽油中芳烃及醇醚类组分定量分析装置
    table border=" 1" cellspacing=" 0" cellpadding=" 0" width=" 600" tbody tr td width=" 142" p style=" line-height: 1.75em " 成果名称 /p /td td width=" 506" colspan=" 3" p style=" line-height: 1.75em " 汽油中芳烃及醇醚类组分定量分析装置 /p /td /tr tr td width=" 142" p style=" line-height: 1.75em " 单位名称 /p /td td width=" 506" colspan=" 3" p style=" line-height: 1.75em " 中国科学院大连化学物理研究所 /p /td /tr tr td width=" 142" p style=" line-height: 1.75em " 联系人 /p /td td width=" 158" p style=" line-height: 1.75em " 关亚风 /p /td td width=" 161" p style=" line-height: 1.75em " 联系邮箱 /p /td td width=" 187" p style=" line-height: 1.75em " guanyafeng@dicp.ac.cn /p /td /tr tr td width=" 142" p style=" line-height: 1.75em " 成果成熟度 /p /td td width=" 506" colspan=" 3" p style=" line-height: 1.75em " □正在研发 □已有样机 □通过小试 □通过中试 √可以量产 /p /td /tr tr td width=" 142" p style=" line-height: 1.75em " 合作方式 /p /td td width=" 506" colspan=" 3" p style=" line-height: 1.75em " √技术转让& nbsp & nbsp & nbsp □技术入股& nbsp & nbsp & nbsp □合作开发& nbsp & nbsp □其他 /p /td /tr tr td width=" 648" colspan=" 4" p style=" line-height: 1.75em " strong 成果简介: /strong /p p style=" line-height: 1.75em " /p p style=" text-align:center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201604/insimg/eb720d47-6740-4d0e-a41d-be0c1bfdb558.jpg" style=" width: 300px height: 185px " title=" 芳烃及醇醚-2.png" width=" 300" height=" 185" border=" 0" hspace=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align:center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201604/insimg/5495a0ea-d95f-45a8-9020-e7f3704ae497.jpg" title=" 芳烃及醇醚-1.png" width=" 300" height=" 227" border=" 0" hspace=" 0" vspace=" 0" style=" width: 300px height: 227px " / br/ /p p style=" line-height: 1.75em " br/ & nbsp & nbsp & nbsp 该装置和方法采用毛细管柱串联—切割反吹的方法将汽油中芳烃完全与其它烃类分离,但是所有组分从同一个检测器定量检测,因此可以与其它组分进行校正归一化定量。在切割反吹的过程中允许较长的时间窗口,从而在不采用外标的情况下,获得准确的定量分析数据。 br/ & nbsp & nbsp & nbsp strong 主要技术指标: /strong br/ & nbsp & nbsp & nbsp 分析沸点在380℃以下的组分。在分析汽油中含氧组分时,允许切割窗口时间:≤12s br/ & nbsp & nbsp & nbsp strong 技术特点: /strong br/ & nbsp & nbsp & nbsp 传统的国标或ASTM方法分析汽油中含氧组分的中心切割时间窗口仅为0.2 s,对仪器设备和色谱柱的性能要求很高。而本方法在切割反吹的过程中允许的时间窗口为12 s,在12秒内对定量误差没有影响,而且不必采用外标定量。这项技术可用于轻质油的组分分析、ppm级苯含量测定,以及乙醇汽油中醇类含量的测定。 br/ /p /td /tr tr td width=" 648" colspan=" 4" p style=" line-height: 1.75em " strong 应用前景: /strong br/ & nbsp & nbsp & nbsp 用于石油、化工等领域中芳烃及醇醚类组分定量分析。市场容量为200-400台/年,具有广阔的推广应用前景。 /p /td /tr tr td width=" 648" colspan=" 4" p style=" line-height: 1.75em " strong 知识产权及项目获奖情况: /strong br/ & nbsp & nbsp & nbsp 以技术秘密形式保护知识产权。 /p /td /tr /tbody /table p br/ /p
  • 中石化自主开发微痕量气体组分同位素分析新技术
    近日,石油勘探开发研究院无锡石油地质研究所实验研究人员应用自主开发的微痕量气体组分同位素分析新技术,对鄂尔多斯盆地的富烃类气藏、云南腾冲的温泉气、济阳坳陷地区二氧化碳气藏中的气体进行氢同位素分析,收到让地球化学研究人员满意的分析效果。历经40多年发展的无锡石油地质研究所实验研究中心在稳定同位素分析领域方面有着深厚的技术积累,逐步形成具有特色的同位素分析技术系列,得到国内外同行认可。面对油气勘探研究需要和目前同位素分析技术难题,在上级的支持下,这个所不断更新实验技术装备,引进3台不同型号的稳定同位素质谱仪,包括与其相配套的水平衡装置、预浓缩装置、气相色谱仪等先进设备。   同时,这个所着力加强技术创新和新技术的开发应用,坚持将传统技术方法与创新分析技术相结合,在原有稳定同位素分析技术的基础上,通过将稳定同位素质谱仪与其相配套的设备互相联接,成功开发了新同位素分析技术。   燃烧/高温裂解元素分析仪与稳定同位素质谱仪(Delta V)联机使用碳—氮、氢—氧同位素连续测定技术,可进行批量样品分析,具有样品量小、检测速度快、准确度高的特点,能满足沉积有机质碳、氢、氧、氮4种元素同位素组成的分析要求。使用燃烧装置能够实现一次进样同时检出样品中碳、氮同位素组成的目标,而使用裂解装置可同时在线测定其氢、氧同位素组成,还可用于水中氢氧同位素分析。   预浓缩装置与稳定同位素质谱仪(MAT253)联用测定微痕量气体组分的同位素分析技术,能满足低浓度甲烷气样品的碳氢同位素分析,同时利用天然气中各个组分在低温下被特定填料吸附的物理性能差异,对天然气中微痕量氢气的富集与分离,有效消除天然气中微痕量氢气同位素分析的技术瓶颈,为幔源流体中氢的地球化学研究提供有力技术支撑。   据悉,稳定同位素分析新技术的开发与应用,为石油天然气地质研究提供了丰富的地球化学信息,在油气成因类型判识、油气源对比、运移示踪和成藏机理研究等方面发挥着独特作用,深受课题科研攻关人员和油气田生产单位的欢迎。
  • Angew成果|离子淌度调制提升空间脂质组分析的结构解析能力
    离子淌度调制提升空间脂质组分析的结构解析能力空间脂质组分析可揭示脂质在生物组织或器官中的含量及空间分布,是基础生物学和疾病研究的重要技术。空间脂质组分析的底层技术一般为质谱成像,其具有免标记、高空间分辨率和高灵敏度等优势,可同时表征大量脂质分子在生物组织中的空间分布。然而,脂质和代谢物的质谱成像主要依赖于质量测定,对分子结构的表征能力不足,常由于脂质和代谢物异构体的存在而导致分析偏差乃至错误。在质谱成像过程中,单个像素点的样品量和分析时间极为有限,对逐个离子串联分析会导致分析时间长和灵敏度降低等问题,因此如何在质谱成像的同时实现分子的结构解析一直是分析科学的挑战。此外,在成像过程中丰度、离子化效率各异的待分析离子同时进入质谱,存在显著离子抑制等问题,给中低丰度离子的检测和结构鉴定造成困难。近日,清华大学精密仪器系的欧阳证、马潇潇教授团队开发了一种多目标脂质结构质谱成像技术,通过离子淌度技术对待分析离子的快速时空聚焦和分离,在不增加质谱成像时间的情况下,显著提升了空间脂质组分析的结构解析能力。该技术采用数据非依赖采集方法,利用离子淌度分离对单像素点的母离子强度进行“调制”,将淌度分离后的母离子不经质量隔离而完全碎裂 (Mobility modulated sequential dissociation, MMSD)。根据母离子及相应子离子组成随淌度时间不断变化的特点,发展了智能谱图解卷积算法,实现40多种脂质的结构解析和20种脂质在组织上的空间可视化,包括磷脂酰胆碱、磷脂酰乙醇胺等。具备结构解析功能的质谱成像可实现传统空间脂质组分析难以实现的脂质异构体结构鉴定和空间可视化。在鼠脑组织中,该技术揭示了多种脂质异构体的差异性乃至互补性空间分布,如 PE O-18:2_20:4、PE O-16:0_22:6 和 PE 16:1_22:4、PE 16:0_22:5等。在对人肝癌的组织切片分析中,该方法揭示了磷脂酰乙醇胺 PE 36:2的一组异构体(PE 18:1_18:1、PE 18:0_18:2)在癌组织和癌旁组织中的特异性分布,并且PE 18:1_18:1集中分布于癌组织,可用于精准划分肿瘤组织边界,表明该技术可在更深层结构维度上揭示脂质癌症生物标志物。这项工作所提出的多目标脂质结构解析及空间成像方法,从原理上同样适用于多肽、代谢物等生物分子的空间可视化及结构解析。结构解析赋能的脂质质谱成像,是空间脂质组学技术发展的题中之义,也是精准脂质组分析和功能脂质组研究必不可少的技术基础。该技术的提出,为空间结构脂质组分析提出了一种解决方案,也有望促进质谱成像实现从质量测定到结构鉴定的研究范式转换。 论文作者:论文第一作者是清华大学博士研究生钱耀,通讯作者是清华大学精密仪器系欧阳证、马潇潇教授。清华大学郭翔宇博士和清华大学长庚医院王韫芳研究员对技术建立和生物医学应用做出了重要贡献。清华大学精仪系、清华大学精密测试技术与仪器国家重点实验室为第一作者单位。本项目得到国家自然科学基金委重点、面上项目及重点研发计划(前沿生物技术)青年科学家项目(2022YFC3401900)资助。 论文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202312275
  • 开创重油四组分分析新时代—-橙达仪器-中国石油石化院 重油四组分自动分析仪荣获2023BCEIA金奖
    9月6日分析测试行业盛会——第二十届北京分析测试学术报告会暨展览会(BCEIA 2023)隆重开幕,北京橙达仪器有限公司和中国石油天然气股份有限公司石油化工研究院联合自主研发生产的SARAlyzer Elite重油四组分自动分析仪斩获了2023年BCEIA金奖。重油四组分分析对于原油评价与价值评估、重油加工原料优化、沥青产品使用性能等具有重要意义:(1)重油四组分是原油评价的必做项目,对原油中重组分的价值评估和加工路线选择具有重要的指导意义;(2)重油四组分的测定结果还是工艺优化和装置运行监控的必要指标。以催化裂化装置为例,可以通过四组分数据预测脱沥青油、常压渣油、回炼油等原料的结焦倾向,还能通过测定进料和出料的四组分来考察催化剂的效果和监控装置运行的情况;(3)重油四组分也是沥青产品的重要指标,四组分的比例不同对沥青的物理性质有很大的影响。 目前测定重油四组分采用的是NB/SH/T 0509-2010 《石油沥青四组分测定法》,该标准方法最初发布于1992年,目前在应用中主要存在以下问题:(1)分析步骤繁琐,分析时间过长,一个样品需要两天,消耗大量人工;(2)分析结果准确性和精密度差,不同人、不同实验室得到结果差异非常大,无法进行比对;(3)消耗大量正庚烷、甲苯等挥发性有机溶剂,对操作人员的健康和实验室的安全环保都带来很多隐患。因此对简单、自动化程度高、速度快、溶剂用量少、重复性再现性好的重油四组分方法及相关仪器的需求十分迫切。SARAlyzer Elite重油四组分自动分析仪和配套方法是具有自主知识产权的专利技术(授权专利号:CN116371032A、CN306581932S、CN112730636B、CN212417980U),和原方法相比,该技术在以下几个方面具有明显优势(如下表1),能为炼厂实现精细化、现代化的管理提供技术支撑,还能起到节约人力成本,降低HSE风险的效果,具有显著的经济效益和社会效益。同时,SARAlyzer Elite重油四组分自动分析仪也拓展到了SY/T 7550-2012 原油中蜡胶质沥青质含量的测定应用中。SH/T 0509SARAlyzer Elite分析时间大于30小时分析时间:4通道1米左右长度带有通风罩的台面敞开式操作,人员直接接触溶剂;加热无防爆设计密封体系,配有防爆设计;可选配有机溶剂蒸汽处理系统关于2023BCEIA金奖今年的金奖申报通知在2023年3月22日发出,截止2023年5月20日。原有的BCEIA金奖评奖规定,只有国产的分析仪器整机才可以申报BCEIA金奖。但是,国家科学仪器专项支持的重点从 “十二五”开始,已经逐步从整机转向关键零部件,现行的评奖范围只限于分析测试仪器整机的规定,已经不适应当前分析测试仪器的研制和生产,国内一些分析仪器企业也希望他们研制生产的一些分析仪器的零部件能够参与BCEIA金奖的评审。故2023年度BCEIA金奖的申报将分析仪器的零部件列入申报范围,进行试点。今年共有42个单位申报了44个整机产品;18个单位申报了15个零部件产品。2023年5月26日将42个单位申报的44个整机产品和18个单位申报的15个零部件产品及其厂家信息在中国分析测试协会网站http://www.caia.org.cn和BCEIA网站http://www.bceia.cn上公示(公示期为2周),以了解这些产品的知识产权是否有争议,公示期间没有争议提出。中国分析测试协会于5月底成立了以王海舟院士为组长,10位专家参加的2023BCEIA金奖评审组,负责评审工作。我们按产品的创新性、产品的性能指标、产品的社会效益和产品的销售情况设计了打分表,并给出了打分的参考标准,由评审专家独立打分。在评审专家独立打分的基础上,于6月27日召开了2023BCEIA金奖评审专家组第一次会议,提出了需要进一步进行现场考察的产品名单。在7月13日—8月15日评审组组织了专家对这些产品的生产企业和产品进行了考察,考察了产品的生产线、实际样品的测试、了解了产品的销售情况及用户的反映。8月28 金奖评审组召开了最后一次会议,听取了考察汇报,进行了无记名投票,按照BCEIA金奖评选办法中的规定,得票数超过投票专家数三分之二的产品获得BCEIA金奖,今年共有13个整机产品和5个零部件产品获得2023BCEIA金奖(获得金奖产品的名单见后),我们对获得金奖产品单位表示祝贺。今年获得整机金奖产品的数量只有申报数量的29.5%;获得零部件金奖产品的数量只有申报数量的33.3%。从产品的外观、性能指标、可靠性、稳定性、耐用性、软件功能等方面来看,国产仪器的水平有了很大的提高,与国外同类产品的差距明显缩小;获得金奖的产品中有些达到了国外高档产品的水平,改变了国产分析仪器只有中、低档产品的局面;获得金奖的产品中有很多是根据国家的需要,开发研制的专用仪器,这是发展有中国特色分析仪器,并向国际市场进军的有效途径。这些都说明了我国分析仪器产业,实现了科技部提出的:“九五”起步,“十五”打基础,“十一五”全面发展的战略部署,在国家的大力支持和中国分析仪器研发人员和企业家的坚持不懈努力下,中国分析仪器产业开始了新的腾飞。
  • 半小时完成新冠病毒全基因组分析
    p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 当前,针对新型冠状病毒的主要检测技术有免疫、PCR和高通量测序(NGS)三类,其中免疫和PCR方法是一种定向检测,可以对病毒进行筛查,适合对患者标本中是否存在病毒进行诊断。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 高通量测序作为一种全面的基因组检测技术,虽然它可以有效防止病毒变异产生的漏检,但因实验流程耗时长,操作繁琐,尤其是建库环节步骤繁琐,需要多次转管和移液操作,致使其推广应用受到限制。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 基于此,杰毅生物 span style=" text-indent: 2em " 、浙江省疾控中心、阿里达摩院医疗AI团队一同联手,研发出中国首台宏基因组全自动建库设备Cubics。据悉,该平台是不同于核酸检测方法的全基因组检测技术,借助AI算法对基因数据的海量分析处理能力,能对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列分析比对;同时配备基于自主研发的CNAD技术(CRISPR等温检测法)研制的针对新型冠状病毒的试剂盒。并且,该检测试剂盒不依赖PCR仪器,能快速有效地解决医院单位现场反应需求,实现快速寻找病原,并进行感染诊断。 /span /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 不过,因全基因组检测技术是对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列对比,每次测序过程会产生海量的数据,其前处理和数据分析都非常费时费力。为此,该平台还借助阿里达摩院的AI算法加持,在序列比对过程中,对算法增加了分布式设计。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 据了解,与传统新冠肺炎的分析检测,该平台至少能够节省8个小时的分析检测时间,仅需半小时就能将疑似病例完成新冠病毒全基因组分析,可以实现快速精准捕捉变异后的病毒序列,二级结构及三维结构,进而精准检测变异病毒,大幅提高疑似病例的确诊速度。 /p
  • 使用ASTM方法对碳氢化合物的单一组分分析(DHA)
    在石油化工行业的各种分析实验室里,为了对一个特定的样品里的单个组分进行分析和鉴定以及对碳氢化合物的混合物进行表征,通常会用到碳氢化合物的单一组分分析(DHA)这种分离技术。多组分分析主要是检测汽油中的主体组分:石蜡,烯烃,萘和芳香族化合物和其他分子中碳原子数介于1到13的的可燃烧化合物,以确定汽油样品的总体质量。我们在这篇文章里所用到的氢气发生器设备是 Peak Precision 500 Hydrogen Trace Generator.对汽油中包含的易燃烧组分进行分析对于汽油的质量控制十分有必要。由于汽油样品的成分复杂,各组分的特性十分接近,为了将各个组分分离开,通常需要很长的色谱柱(100米)。碳氢化合物的单一组分分析的时候,多种方法通常会被用到,依据这些方法要用到的柱箱升温速率和色谱柱长度不同而将这些方法分开。这些方法各有利弊,有些方法对低沸点化合物的响应灵敏,分辨率高;有些方法对分子量大,出峰很晚的化合物有很好的分辨率。由于分析方法的性质复杂,再加上使用很长的色谱柱,在用氦气作载气的时候,气相色谱的测试时间往往会超过两个小时。但是,用氢气来做载气可以极大的提高测试的速度,因为氢气的高线性速率让它做载气时十分高效。这对石油分析实验室而言,无疑是一个十分吸引人的优点,因为样品的高通量意味着实验室的赢利水平提升。用氢气来做载气可加快气相色谱的分析速率,再加上当前氦气的供应紧张,价格上涨,这意味着那些从氦气切换到氢气做载气的气相色谱实验室不仅赢利水平会增加,同时分析的结果可以符合行业的标准。这篇应用文献阐明用氦气作载气时,按照ASTM的标准检测方法D67291来分析汽油样品的结果和利用毕克科技的Precision氢气发生器Trace生产出来的氢气未经过过滤来做载气,按照ASTM标准检测方法D67291 附录X2的汽油样品分析结果时的对比。通过对比,我们可以看到气相色谱跑样时间的减少,同时,对特定组分的分离效果保持不变。 结果与讨论对汽油进行碳氢化合物的单一组分分析显示:混合物中最后一个洗脱出来的化合物-正十五烷,当用氢气来替代氦气做载气时,它的出峰时间从125分钟减少到74分钟。(如图1所示)尽管分析的时间不同,但是,对汽油中的主要组分的分析(石蜡,烯烃,萘和芳香族化合物)显示使用氢气和氦气作载气时,测量出来的主要组分含量差异不明显。尽管用氢气来做载气时需要更高的气体流速,但是,在大多数情况下混合物的各组分分离的效果依旧很不错,甚至在某些时候,分离的效果得到了改善。对1-甲基环戊烯和苯的分离和检测,在汽油样品分析中有严格的规定,因为苯的碎片物质的分析十分重要。用氢气做载气的时候,尽管该有机物的洗脱时间变短了,但是,气相色谱对此有机物的分离效果却提高了。(如图2所示)对于甲苯和2,3,3-三甲基戊烷的分离,在用氦气作载气时可以实现,用氢气做载气时,这两个物质同时出峰(如图3所示)用氢气做载气时,若要将这两种物质进行分离,需对方法进行改进。用氢气或氦气作载气的时候,气相色谱对十三烷和1-甲基萘的分离效果都很好,不相上下。(如图4所示)碳氢化合物的单一组分分析结果显示,利用氢气做载气时,按照ASTM标准方法 D6729 附录X2的方法来进行汽油样品的分析既可以极大地减少分析的时间,同时,对特定关键组分的分离效果和分辨率依旧十分理想。表1 指定的ASTM标准检测方法在装有100米长毛细色谱柱高分辨率气相色谱仪的协助下,可以确定发动机燃料中易燃物的单一组分的含量。(ASTM 国际2002) 表2 对汽油中主要组分的定量分析及结果图1 利用氦气和氢气分别做载气时,对汽油样品进行碳氢化合物单一组分分析时的气相色谱图图2 利用氢气和氦气分别做载气时,对1-甲基环戊烯和苯的分离效果对比图3 利用氢气和氦气分别做载气时,对甲苯和2,3,3-三甲基戊烷的分离效果对比图4 利用氢气和氦气分别做载气时,对十三烷和1-甲基萘的分离效果对比 参考1. 指定的D6729-01标准检测方法需要用到装有100米长毛细色谱柱高分辨率的气相色谱仪,来确定发动机燃料中的易燃物的单一组分。 ASTM国际2002.2. 指定D6729-01附录X2,用氢气来做载气时,碳氢化合物的分析数据。ASTM国际2004
  • HORIBA便携式红外多组分气体分析仪促销
    好消息,好消息!我司为回馈新老客户长久以来对我司的支持与厚爱,特推出HORIBA(堀场)红外多组分气体分析仪PG-300系列产品的促销活动。 凡在活动期间(2016-1-4——2016-2-4)购HORIBA(堀场)红外气体分析仪的新老客户,均可享受购仪器赠移动电源的优惠喔!机不可失,失不再来,有需求的客户现在就可以拨打我司电话(010-62151736)采购啦!
  • 助力大气污染攻坚 | 大气环境组分监测质控与分析管理平台
    导语2021年11月2日,《中共中央国务院关于深入打好污染防治攻坚战的意见》印发实施,明确提出提升生态环境治理现代化水平的重大任务。《意见》突出精准监管、科学监管、有效监管,从提升执法效能、提高监测能力、加强科技保障三方面,构建推进生态环境治理能力现代化的支撑体系。提出了建立健全基于现代感知技术和大数据技术的生态环境监测网络,强调了现代化信息技术在生态环境监测领域的作用,并坚持问题导向,针对生态环境监测体系薄弱环节提出了补齐短板和确保数据“真、准、全”的措施。无锡中科光电以解决大气环境组分在线监测领域的数据质量不高、运维不规范、数据分析与模型应用难等问题为入手,以数据质量驱动运维过程管理、数据质控流转与跟踪,提升数据的准确度、时效性、连续性和一致性;集成自主研发的OBM等模型算法,结合长期从事大气环境组分数据分析经验积累,形成各类问题场景的分析专题,以支撑细颗粒物与臭氧协同控制工作的有效开展。解决方案01数据质量参差不齐,难以满足国家考核的要求,也难以支撑应用分析。大气环境组分数据种类多且物质浓度较低,数据质量参差不齐,需加强运维管理和数据审核工作,以提升监测数据的质量和充分发挥监测数据的作用。平台运维管理模块遵循国家监测总站的技术方案配置运维规则,实现运维过程的监管和绩效考核,满足运维规范化要求;平台审核模块遵循国家组分网审核技术规范,实现初审、复审工作的在线开展和对审核工作进度跟踪等功能。02审核工作量大、技术要求高、经验积累不足。组分物种数据众多,尤其是挥发性有机物中物种达一百多种,人工审核工作量巨大。平台审核模块提供自动审核和人工审核,自动审核是基于公司技术团队多年从事数据审核积累经验通过机器深度学习技术来实现,以最大程度减少人力工作;提供监测数据图形化审核功能,以达到便捷高效;同时提供仪器标定信息和审核全程操作记录,方便审核参考。03数据分析能力不够,难以满足复杂成因分析和环境改善管理的需求平台从特征、成因、来源、气象和垂直等多角度多层次分析污染成因及来源,实现污染过程分析时效性;提供周期性统计与分析等例行工作的自动报告生成功能;拥有自主知识产权的OBM等模型算法模拟臭氧生成过程,更真实反应本地化组分的臭氧生成潜势和影响,基于OBM模型分析;拥有丰富的污染源特征谱数据库,提升来源解析结果可靠性。产品优势01标准规范平台遵循国家组分自动监测质量控制技术规定和审核三级体系架构,与总站光化学质控平台实现无缝数据交换。02专业高效基于公司在组分数据质控和应用分析长期积累的经验,通过人工智能模型注入到平台,提升数据准确率、审核效率和数据分析的有效性。03业务能力强组分网运维、质控和分析的国家队,参与国家、省、市光化学组分网审核技术规范编制,参与国家、省、市组分网的运维服务和数据质控服务。典型案例中国环境监测总站案例基于《2021年-2022年全国光化学监测数据检查处理》研发的国家光化学监测数据质控与分析平台,已在总站上线运行。组分平台及质控服务案例在全国多省、市级单位均有响应的组分平台在运行,为客户提供专业数据分析与管控支撑。连续四年为中国环境监测总站提供数据质控服务,连续三年为成都市提供超站数据质控服务。此外为湖北、四川、南京、杭州等省、市级环境监测中心站提供数据质控服务。版权归无锡中科光电所有
  • 多国实施全基因组分析计划
    p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 500px HEIGHT: 300px" title=" 20159795562860.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/6c6ac7b1-a85f-479c-a0ae-1a351b7f6b30.jpg" width=" 500" height=" 300" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" strong 英国计划到2017年对10万人进行基因组测序( /strong 图片来源:Sergey Nivens) /p p   美国加州一对龙凤胎出生后,他们的父母非常忧虑:两个婴儿不仅发育缓慢,而且肌肉松软无力。大脑扫描结果显示,男婴或存在大脑性麻痹 然而医生对造成女婴震颤和癫痫的原因却不清楚。一连串的检测均未能确诊两名婴儿的病因,当两名孩子5岁时,开始服用左旋多巴(用于治疗帕金森氏症的一种药物)进行治疗,然而该药物疗效有限。 /p p   直到2010年,这对双胞胎14岁后,全基因测序才结束了他们的病因诊断之旅。测序结果发现,参与墨蝶呤还原酶(这种酶参与生成神经递质多巴胺和5-羟色胺)基因编码的一个基因产生了一对突变。医生在临床治疗中加入了5-羟色胺之后,男孩的运动能力增强了,女孩也不再受到突然的、让人喘不过气的痉挛的折磨了。 /p p    strong 国家基因工程 /strong /p p   类似的病例激发了科学家进一步探索基因疗法的雄心。实际上,由于基因测序可以探查到与特定疾病相关的基因,该疗法正在成为一种日益受欢迎的诊断方法。但这种测序通常很难给出诊断结果,因为它们往往聚焦于部分基因组序列的已知基因。诸如上述双胞胎案例,研究人员和临床医生需要进一步对一个人的全基因组序列进行检测,才能发现致病基因。当前,全基因组测序仅用于个别案例,但是许多大规模计划正考虑把全基因组分析纳入常规医疗保健体系。 /p p   英国就是其一。通过10万人基因组计划(该项计划于2012年发起,并得到首相戴维· 卡梅伦的支持),该国已经在基因医学方面迈出了一大步。 /p p   作为3亿英镑计划的一部分,10万人基因组计划到2017年将对被纳入英国国家医疗服务系统(NHS)的10万名癌症患者、罕见病患者以及传染病患者进行全基因组测序。该计划的目标是通过把疾病和精确的基因特征相关联,从而根据患者的个体需求提供精准治疗,最终刺激英国基因组学产业的发展。 /p p   由国家资助的、一体化的英国医疗卫生系统对于开展如此大规模的基因医学研究非常理想,牛津大学医学研究专家John Bell说,他也是基因组学英格兰公司的理事之一,该公司是NHS下属的一家旨在管理和运行10万人基因组计划的公司。NHS已经拥有大量个人临床信息,把这些信息和详细的基因组数据结合,将更有利于在医学和基因之间的联系上获得重要发现。现在,证明全基因组分析有助于诊断疾病的证据已经越来越多,长远来看,这项计划的目标是让全基因组成为NHS常规记录的一部分,Bell说。 /p p   然而,在实现这一愿景之前,10万人基因测序计划仍须跨越一些障碍。除了提取和测序大量个人基因的烦琐任务外,还存在辨别哪些基因突变会导致疾病、哪些突变是有害的等诸多问题,回答这些问题将需要处理海量数据,且耗时漫长,因此也需要专业公司设计出更先进的软件。 /p p    strong 发展势头强劲 /strong /p p   冰岛是首个对其公民实施大规模基因分析计划的国家。很多国家随后也开展了同样有着明确目标的计划:把公民健康和基因组测序相联系。在美国,“精准医学计划”打算对100万名志愿者进行基因测序,而正在酝酿的“百万老兵计划”目标也是在美国退伍军人之间开展类似的计划。其他正在进行类似项目的国家还包括加拿大、澳大利亚、日本、韩国、新华坡、泰国、科威特、卡塔尔、以色列、比利时、卢森堡和爱沙尼亚。 /p p   但英国的10万人基因工程发展势头最为强劲,该工程已经注册了3500名罕见病患者、2000名癌症患者,该工程共计划招募约7.5万人。最终招募的罕见病患者与其亲属将包括5万人,由于80%的罕见病会遗传,所以该项目将会对罕见病遗传者(通常是孩子)和与血缘关系最近的亲属进行基因组测序。其他的2.5万人将包括癌症患者,他们的基因组序列将会进行两次检测(肿瘤DNA将会被用于和该患者的正常细胞作对比),从而让测序总量达到10万人次。 /p p   该项目的目标是,希望可以让参试者受益于临床分析,而且他们的基因组数据还会对全社会的患者贡献价值。比如,医生通过把一名患者的前列腺癌症基因和英国基因数据库中的数据作对比,可能揭示出该病背后的具体基因模式。医生可能会找出具有同样基因模型的其他患者,然后了解哪些药物和程序对患者有益。 /p p    strong 寻找合作伙伴 /strong /p p   现在,基因组学英格兰公司正在为基因检测过程中的各个步骤——从提取DNA样本到分析基因组——寻找行业合伙人,总部位于加州圣迭戈的测序设备生产商Illumina公司就是合作者之一,该公司正在进行基因测序以及区分基因变异(即识别变体)等工作。该公司目前仍在位于英国小切斯特福德的分公司从事这项工作,但随着该项目规模日益扩大,未来数月,相关测序仪器将会被运往欣克斯顿威康信托基金会基因组校园。 /p p   Illumina正在利用高通量测序处理提取的DNA样本,以获得As、Ts、 Cs和Gs等DNA构建模块短片段的字符串。这些片段会通过运算被组合成一个一个连续的序列,然后科学家会通过生物信息学把这些生成的全基因组和人类参照基因组(由国际基因组参照序列合作体持续更新的一个人类基因组的典型范例)进行对比。其目的是发现和这个范例不同的每一处偏离:即每个基因变异。 /p p   为了识别这些变异,Illumina团队将使用该公司的艾萨克工作流—— 一种计算基因序列和识别变体工具的开放源代码——辨别每个基因组潜在的成千上万个变异中哪种变异与个体疾病相关联。基因组学英格兰公司将会对位于科舍姆安全数据中心的全部10万份基因组样本的序列和变异进行收集与分析。但是这家NHS下属的公司还要决定在这一过程中采用哪些软件:在选择最终用于该计划的软件之前,该公司将和Illumina等科研机构合作,以验证、测试以及提高现存的许多变体识别算术公式。 /p p   当前,Illumima公司已经对10万人基因工程中的3000多个基因组进行了测序,现在每天仍在进行更多的测序工作。“对于各种分析结果,公司将会收集和报告在DNA具体部位发现的不同种类的胚胎和体细胞变异。”该公司人口测序计划执行经理Peter Fromen说。这些变异可能包括插入或删除部分核苷酸,或是用一种核苷酸替代另一种核苷酸。此外还包括结构变异,比如一个基因复制数量的变化。 /p p    strong 亟待软件创新 /strong /p p   在此项工程中,每个变异都会被拿来和现有变异数据库中的数据进行对比,这些数据库包括诸如核苷酸多态性数据库(dbSNP) 美国国立卫生研究院下属的一个短基因变异数据库 编纂了全球人类基因变异目录的国际研究计划 外显子组聚集联盟(ExAC)数据库 外显子组测序数据集等。由于该工程工作量极大,参与考量的10家最顶尖的公司将负责为该项目的首批8000名患者提供评注以及解释类的服务工作。目前基因组学英格兰公司已经把中标公司缩减到了其中的4家,并要求这些公司通过相关测试阶段,并达成一项协议。 /p p   据悉,剑桥的Congenica和加州的Omicia公司将分析罕见病基因 加州的Nanthealth公司将分析癌症基因 马萨诸塞州坎布里奇市的WuXi NextCODE公司将分析癌症和罕见病两者。加州圣迭戈的Cypher Genomics公司和与其合作的马里兰州的Lockheed Martin公司将成为保留的候选公司。这些公司此前均有相关领域的工作经验。 /p p   这些公司都将使用高性能计算机解释基因数据,并将在基因组学英格兰公司的安全数据中心工作,对数据进行分析。它们的宗旨是提供自动化服务,因为当前解释下一代测序数据在很大程度上仍要采取手动程序,这一过程须耗费大量时间。因此,每个公司都会带来其自有的、不同的专业知识和经验,以处理这些棘手的解读问题。 /p p   NHS并不擅长技术创新,Bell说,但基因组学英格兰公司在这一方面具备改革能力。对该公司来说,整个10万人基因组计划的目的是为临床医学提供答案。但是在诊断资料解析抵达医生和患者之前,科学家团队和临床医师需要分析这些数据。目前,10万人基因组工程已经进行了一系列活动,这对全基因组学领域的发展可能是有力的促进因素。它将会带来许多商业和学术机遇,可能会让基因医学最终实现其众望所归的前景,为受疾病折磨的患者带来益处。 /p
  • IBM Waston与时间赛跑:10分钟完成基因组分析
    p style=" text-align: center " img title=" 20170815021406938.jpeg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/c16aef1a-48bf-40f9-94ee-47803ed7e7ca.jpg" / /p p   IBM与纽约基因组研究中心(NYGC)针对数十个脑部癌症患者的基因组学进行了研究,报告显示IBM Watson仅用10分钟时间就完成对脑癌患者基因组的分析,但人类专家需要用160个小时来完成同样的工作。但IBM Watson提出的治疗方案并没有人类专家的方案精确周到。 /p p   本文主要分析研究中解决的两个问题:1)是否扫描整个基因组比只进行“基因面板”测试得到的信息更全面 2)将IBM Waston和NYGC专家团队所做的基因组分析进行比较。 /p p   本文来源于spectrum.ieee.org,作者Eliza Strickland 由亿欧编译。 /p p   在治疗脑部癌症的时候,时间是至关重要的。 /p p   IBM与纽约基因组研究中心(NYGC)针对数十个脑部癌症患者的基因组学进行了研究,该研究报告显示IBM Watson仅用10分钟时间就完成对脑癌患者基因组的分析,并提出了一项治疗计划,这展示了人工智能在改善病人护理方面的潜力。然而,人类专家需要耗费160个小时做出类似的计划。虽然Waston在时间方面领先,但其治疗意见和效果可能并不是最佳的,因此这并不意味着机器将完全战胜人类。 /p p   该研究基于以下案例。一名患有头痛和行动困难症状的76岁男子去医院检查,脑部扫描显示为恶性胶质母细胞瘤,于是医生快速实施治疗计划。IBM Waston和医生都对该男子的基因组进行了分析,并分别提出了一项治疗方案,但不幸的是,该男子病情恶化太快,不久后便去世了。 /p p   IBM不断致力于优化其认知技术平台Waston,以应对医疗方面的多重挑战,包括加快药物研发速度,以及提高患者护理方法,其特点是其自然语言处理能力。因此,在基因组学方面,Waston可以自行查阅来自医疗文献及其他来源的2300万篇期刊文献,并进行消化理解。Watson基因组学科研团队的负责人Laxmi Parida表示,大多数癌症患者在检查基因突变时,并没有扫描体内的整个基因组(包括30亿个DNA单位),而是只进行“基因面板”测试,即只检查那些在已知癌症中起作用的基因子集。相对于全基因组检测,“基因面板”测试快速,但结果可能并不全面。 /p p   这项新研究发表在《神经遗传学》杂志上,并引用上述76岁患者的案例来阐述以下两个问题。 /p p   首先,研究人员想知道是否扫描整个基因组比只进行“基因面板”测试得到的信息更全面呢?Parida说:“我们试图解答这个问题,是否全基因组检测会得到更多有用的信息?”这个问题的答案是肯定的。NYGC的临床医生和Waston发现,那些不在“基因面板”测试范围内的基因突变有助于为找到潜在药物和临床试验提供建议。 /p p   其次,研究人员希望将IBM Waston和NYGC专家团队所做的基因组分析进行比较。Waston和NYGC专家团队都获得了病人的基因组信息,并识别出了突变的基因,然后通过医学文献来检查这些突变是否在其他癌症中有所出现,继而寻找治疗成功的相关报告,最终检查患者是否具备临床试验的条件。专家团队花费160个小时来完成这一系列操作,而Waston则在10分钟内完成。 /p p   尽管Waston率先提出解决方案,但其方案可能不是最好的。NYGC的临床医生发现了两种基因突变,综合考虑来看,医生建议患者参与临床试验。如果患者具备参与临床试验的条件,他就会被纳入这个实验,作为其生存的最佳机会。但Waston并没有综合考虑这些信息,因此Waston没有建议患者进行临床试验。 /p p   虽然人们很容易把这项研究看作是人类和人工智能之间的竞争,但NYGC的负责人兼首席研究员Robert Darnell并不这样认为,他表示:“NYGC提供了肿瘤学家和生物学家的临床输入,但Waston提供的注释使分析更加快速。” /p p   Robert Darnell表示,医生需要像Waston这样的人工智能工具,才能跟上医疗数据的迅猛增长。IBM的Parida指出,近年来,全基因组测序成本直线下降,这使得全基因组测序将很快成为癌症治疗的常规部分。如果IBM Watson或类似的人工智能系统能够迅速获得这些数据,那么他们就有机会及时提供治疗建议,以挽救类似脑癌患者的生命。 /p p   Darnell表示,他希望IBM Waston将成为癌症治疗的一个常规部分,因为临床医生需要处理的数据实在是太庞大了。他说:“我认为,让医生投入更多的精力来处理雪崩一样的数据不是很好的选择。时间对患者来说是非常重要的一个因素,机器学习和自然语言处理工具或许能够提供更多有价值的东西。” /p p /p
  • 烯烃中常量和微量组分分析,中心切割一招搞定
    导读烯烃是人类社会经济和生产生活的重要原料之一,它是含有碳碳双键的一类碳氢化合物,通过聚合反应能形成具有各种特性与牌号的功能高分子材料,经过再加工成型为众所熟知的塑料器具、管材、人造纤维、合成橡胶等,满足并丰富人们多彩的物质生活需求。烯烃中不仅有常量组分,还有微量物质,它们共同影响着最终加工成型材料的特性。烯烃中乙烯、丙烯,一直被誉为石油化工的基石,如今,乙烯被视为定义化工产业水平的关键指标,丙烯则被称为化工产业链延伸的重要基础原料。我国现有⼄烯产能约4200万吨/年,丙烯产能约5000万吨/年,预计到“十四五”末,国内⼄烯产能将达到6500万吨/年,丙烯产能将达到7200万吨/年。市场需求带动烯烃的增长动力持续强劲,对于高品质烯烃质量的要求也更加严格。常见的乙烯、丙烯和丁烯等烯烃主要源于能源化工生产,不同厂家烯烃的生产工艺路线各异,既有石油催化裂化和裂解产生,也能从煤基合成气进行制备,组成比较复杂,往往含有大量烷烃、烯烃,同时还存在微量的杂质如极性的含氧化合物等。这些杂质不仅增加了烯烃聚合加工过程的氢耗和催化剂损耗,也影响了聚合烯烃的等级与品质。常规的气相色谱方法需要多次进样并更换不同色谱柱才能完成烯烃中的主要成分和各种杂质分析。有没有一种简便方法,一次进样就能实现烯烃中常量组分和微量物质的分析呢?答案是肯定的。想要“一招搞定”,实现如此复杂样品的高效率分离,就不得不提“先进流路技术”。先进流路技术——实现复杂组成的高效分离先进流路技术是什么?岛津公司的先进流路技术(Advanced Flow Technology,简称AFT)是采用新型流路控制技术的毛细管分析系统,可以高精度地将目标成分从复杂的原始样品中分离出来,实现高分离度并提高分析工作效率。它主要分为四种方式:反吹,检测器分流,检测器切换和中心切割。岛津先进流路技术软件界面主要特点和应用场景各控制方式的主要特点和应用场景示例如下。表1. 先进流路技术的控制方式特点与应用场景示例中心切割——简单实用的二维色谱分离中心切割是二维气相色谱常用的一种操作方式,通过无阀自动气体控制实现在设定时间段被分离物质切换流向,从第一根色谱柱一维模式进入第二根色谱柱二维模式分离。与全二维气相色谱中需要将所有一维分析组分再通过第二维分离的方式相比,采用中心切割后,可以根据需要选择一维色谱中难以分离的组分进入二维色谱继续分离,其他组分则在一维色谱中被分析检测。目前在能源化工分析领域已有很多标准方法都采用了中心切割二维色谱方法,常见的列于下表。对于烯烃分析,现在仍通过不同的方法去分别检测其中的含氧化合物和烃组成,影响分析效率,中心切割的方法有望在未来烯烃分析工作中大放光彩。表2. 国内外采用中心切割二维色谱方法的部分标准应用案例分享——烯烃的中心切割色谱分离• 仪器GC-2010Pro气相色谱仪• 分析条件进样方式:高压液体阀,0.2μL内置定量环;六通进样阀,500μL定量环进样口温度:150℃;分流比:3:1;FID检测器温度:200℃柱温程序:60℃(3min)→15℃/min→150℃(2min)→15℃/min→170℃(6min)色谱柱:Lowox 10m×0.53mm×10μm(1st柱);PLOT Al2O3/S50m×0.53mm×15μm(2nd柱);Rtx-1 1.8m×0.32mm×5μm(平衡柱)• 典型二维色谱图中心切割二维气相色谱法通过特殊的接口,两种分离机理不同的色谱柱串接在一起,将第一根色谱柱难分离的部分转移到第二根色谱柱做进一步分离分析。图1. 烯烃中常量和微量组分分析色谱图• 重复性和检出限采用中心切割技术,对烯烃样品连续进样6次,计算各组分的重复性和检出限(S/N=3),结果显示该方法对含氧化合物的检出限1 ppm,重复性RSD0.4%;烃类检出限0.4 ppm,重复性RSD0.5%。结语“十四五”期间我国烯烃产能持续攀升,尤其是高品质烯烃新工艺与新产品的开发水平不断提高,将对化工行业高质量发展起到积极促进作用。岛津先进流路控制的中心切割二维色谱可以有效应对愈加严格的烯烃质量控制,一招搞定烯烃中复杂常量和微量化合物组成分析,提高质量分析能力和工作效率。本文内容非商业广告,仅供专业人士参考。
  • 130万!中国石油大学(北京)多组分竞争性吸附分析仪采购项目
    项目编号:0873-2201HW4L0429项目名称:中国石油大学(北京)多组分竞争性吸附分析仪采购项目预算金额:130.0000000 万元(人民币)采购需求:包号名称数量/单位是否接受进口产品简要技术参数及规格描述1多组分竞争性吸附分析仪1套是详见附件采购需求。 (1)本次招标共分1个包。本次招标、投标、评标均以包为单位,投标人须以包为单位进行投标,如有多包,可投一包或多包,但不得拆包,不完整的投标将被拒绝。技术参数及规格描述详见附件采购需求。(2)进口产品是指通过中国海关报关验放进入中国境内且产自关境外的产品。(3)本项目采购标的对应的中小企业划分标准所属行业为:工业 。(4)本项目为非专门面向中小企业采购的项目。合同履行期限:合同生效后四个月内交货。本项目( 不接受 )联合体投标。
  • 岛津推出《细胞培养上清液及培养基组分分析应用文集》
    现代生物技术一般认为包括基因工程技术、细胞工程技术、酶工程技术和发酵工程技术,而这些技术的发展几乎都与细胞培养有密切关系,特别是在医药领域的发展。比如基因工程药物或疫苗在研究生产过程中很多是通过细胞培养来实现的;细胞工程中更是离不细胞培养,杂交瘤单克隆抗体,完全是通过细胞培养来实现的。正在倍受重视的基因治疗、细胞治疗也要经过细胞培养过程才能实现,发酵工程和酶工程有的也与细胞培养密切相关。总之,细胞培养在整个生物技术产业的发展中起到了关键的核心作用。开发合适的培养基配方与优化细胞培养条件是保证产品质量、产量以及批次之间一致性的重要因素,尤其是抗体药物偶联物、双靶点/特异抗体类药物、抗体片段融合蛋白等相对分子量大、结构复杂的抗体类药物,对其重要性不言而喻。而对于生物类似药的研发与质量控制来说,尽可能通过优化工艺缩小差异,更有利于生物类似药与原研参比品的质量对比研究,提高生物类似药的质量研究结果与参比品之间的相似性,从而使各项质量属性达到预先设置的可接受范围。目前生物制品公司的生物过程工艺开发与优化偏重于监测常规的温度、搅拌、溶解气体、OD值等理化条件和少数培养基成分与代谢物等的变化,缺乏对于细胞培养上清液组分直接、全面且快速的客观动态数据分析,因此无法精准优化细胞培养工艺条件,甚至影响抗体类药物等的产品品质;而培养基生产商为了开发高效低成本培养基配方,并且要保证批次间一致性,则需要投入大量的人力物力,配备不同检测功能的仪器来实现培养基成分的全方位检测。 为满足快速全面分析细胞培养上清液组分和培养基组分,将基础碳源、氮源、核酸、维生素和其他主要代谢物同时检测分析的需求,我们开发出“细胞培养上清液方法包”。该技术平台采用超快速三重四极杆液质联用仪,仅需17分钟,即可同时监测95种细胞培养上清液营养成份和代谢物等的相对丰度变化 。无需用户自行开发方法,即装即用。所有目标化合物信息与实验方法全内置,且根据需要可增加,可拓展。为增进用户对“细胞培养上清液方法包”的深入了解和方便使用,岛津企业管理(中国)有限公司分析中心整理编写了本册《细胞培养上清液及培养基组分分析应用文集》。本册文集介绍了“细胞培养上清液方法包”在不同培养基组分分析以及细胞培养过程监控中的应用,共收录应用文章 10 篇,为相关领域的客户使用该系统提供参考。 关于岛津 岛津企业管理(中国)有限公司是(株)岛津制作所于1999年100%出资,在中国设立的现地法人公司,在中国全境拥有13个分公司,事业规模不断扩大。其下设有北京、上海、广州、沈阳、成都分析中心,并拥有覆盖全国30个省的销售代理商网络以及60多个技术服务站,已构筑起为广大用户提供良好服务的完整体系。本公司以“为了人类和地球的健康”为经营理念,始终致力于为用户提供更加先进的产品和更加满意的服务,为中国社会的进步贡献力量。
  • 我国磷酸化蛋白质组分析技术获得新进展
    在国家自然科学基金的大力支持下(项目资助号:21021004),中国科学院大连化学物理研究所邹汉法研究员在磷酸化蛋白质组分析技术方面获得新进展,相关成果发表在最近一期的Nature Protocols上(2013,8,461-480)。(http://www.nature.com/nprot/journal/v8/n3/abs/ nprot.2013.010.html)。   固定化金属离子亲和色谱(IMAC) 是磷酸化蛋白质组学研究中最常用的磷酸化肽段富集技术之一,常规的IMAC使用的螯合基团有三羧甲基乙二胺、次氨基乙酸、亚氨基二乙酸等,在螯合铁、镓等金属离子后可用于磷酸肽的富集。其缺点是特异性不高,在富集磷酸肽的同时也富集了一些酸性肽。研究人员发现了磷酸酯锆或钛表面与磷酸肽之间的高特异性相互作用,并利用这一相互作用建立了以磷酸基团为螯合配体的新一代固定化金属离子亲和色谱技术。实验表明,该新型IMAC对磷酸肽富集的特异性优异,可以有效避免酸性肽段的非特异性吸附。与传统的IMAC相比较,其对磷酸肽的富集能力提高3-10倍,从而大大提高了蛋白质磷酸化分析的检测灵敏度和鉴定覆盖率。该新型IMAC方法自2006年发表首篇论文以来,已在Mol. Cell. Proteomics, J. Proteome Res., Anal. Chem.等蛋白质组学与分析化学权威期刊发表论文20余篇,其中2007年发表在Mol. Cell. Proteomics的一篇论文已经被引用110余次。采用该方法为核心技术进行了人类肝脏蛋白质磷酸化的规模化分离鉴定,建立了迄今为止国际上人类肝脏蛋白质磷酸化的最大数据集 (Mol. Cell. Proteomics,2012,11,1070-1083)。
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