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代谢组学分析

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代谢组学分析相关的资讯

  • 沃特世成功举办“代谢组学分析研讨会”
    沃特世公司于2012年10月18-19日在上海成功举办了“代谢组学分析研讨会”, 来自该领域的众多专家、同行出席了此次会议。代谢组学分析是一个非常重要的科研领域,在药物研发,生理病理、医疗应用和疾病诊断各方面都有着广阔的发展前景。代谢组学技术已经在各行各业得到广泛应用和发展,但是科学家在把自己的想法付诸实践的研究过程中,会面临这样那样的问题和挑战。您是否在自己的工作中涉及到代谢组学的研究内容,但是期待有更加系统和完整的组学技术交流呢?如何进行试验的设计,如何面对试验实施过程中可能遇到的问题和挑战,数据的处理和信息的挖掘,怎样高效地获得最低假阳性和假阴性率的结果, 多元统计学分析能为我们带来什么…… 总的来讲,就是怎样快速准确的得到有用的信息,实现从idea到data到result再到knowledge的过程呢? 此次会议期间,资深应用工程师,系统硬件工程师, 特别是该领域具有多年实践经验的John Shockcor博士(沃特世公司美国总部药物和生命科学部主管)系统地介绍和讨论了组学研究的流程和技术,并展示了实际的数据采集和数据处理过程案例分析过程。此次研讨会,系统全面地讨论代谢组学的发展与前景,实验设计,数据处理,技术更新,实际应用等切实具体问题。 主讲人Dr. John Shockcor 个人简介: 本次会议主讲人Dr. John Shockcor,沃特世公司药物和生命科学部主管,(英国)剑桥大学生物化学院客座教授,(英国)帝国理工大学Surgery and Cancer系客座教授,皇家化学学会会员,在分析化学领域(包括核磁共振和质谱技术)有着丰富的背景,在代谢组学和脂质组学研究领域具有25年的工作经验。 点击此处下载会议演讲资料 代谢组学现状和发展前景 代谢组学技术概论 代谢组学的应用和实例分析 Principle Component Analysis(PCA) 液相方法开发和样品前处理技术 代谢组学的工作流程和关键技术介绍 质谱分析的新视野 详情咨询:沃特世中国制药领域市场发展部经理:谭晓杰 (xiaojie_tan@waters.com) 欢迎您加入代谢组学讨论组,QQ群:276914065 ### 沃特世联系方式 媒体联系 叶晓晨电话:021-61562643xiao_chen_ye@waters.com周瑞琳(GraceChow)泰信策略(PMC)020-83569288 13602845427grace.chow@pmc.com.cn
  • 基于液相色谱-质谱技术的代谢组学分析方法新进展
    第二十届全国色谱学术会议于4月19日在西安曲江国际学术会议中心顺利召开,来自于国内外上千名的专家学者汇聚于此分享着在色谱领域中最新的研究成果和进展。在此次会议上,来自于中国科学院大连化学物理研究所的许国旺研究员向到场的嘉宾和观众介绍了液相色谱-质谱联用技术在代谢组学中的最新研究进展,并与现场嘉宾和观众进行了交流。   许国旺谈到,代谢组学是通过考察生物体系受刺激或扰动前后代谢物谱及其动态变化来研究生物体系代谢网络的一种技术。根据研究目的不同,可以将代谢组学研究策略分为非靶向代谢组学和靶向代谢组学。通常非靶向方法主要用于代谢表型区分或差异代谢物发现的研究。从分析技术的角度来看,非靶向代谢组学是尽可能多地定性和相对定量生物体系中的代谢物, 最大程度反映总的代谢物信息。靶向代谢组学通常针对某个代谢通路或某些感兴趣的已知代谢物进行高灵敏度检测和准确定量分析,主要用于某些差异代谢物的验证等经典的靶向代谢组学LC-MS分析先由目标代谢物标样产生选择反应监测(SRM)/多反应监测( MRM) 离子对, 然后对样品中的目标代谢物进行靶向分析。 中国科学院大连化学物理研究所 许国旺研究员   近年来随着分析化学的发展,代谢组学技术也获得了蓬勃发展。核磁共振和质谱是代谢组学研究领域的最主流分析平台,与其他色谱-质谱联用技术相比,液相色谱-质谱联用技术更适合分析难挥发或热稳定性差的代谢物,同时LC既可以选择与飞行时间、四级杆-飞行时间、离子阱-飞行时间、静电轨道阱等高分辨质谱串联,以进行非靶向代谢组学分析,又可以与四级杆、三重四级杆或四级杆离子阱等质谱串联,利用选择反应监测或多反应监测检测模式进行靶向代谢组学分析。LC-MS技术的这种灵活性与普适性,使得它成为了代谢组学研究中功能最为常用的技术平台。   基于LC-MS的代谢组学技术研究近年来取得了突飞猛进的成果,但技术的发展永无止境,就基于LC-MS的代谢组学分析技术而言仍存在很多问题亟待解决,例如,生物样品中代谢物组成十分复杂,许多痕量代谢物有重要的生理功能和意义,但目前的方法难以检测或因其含量较小导致分析误差很大 代谢组学面对的是大样本分析预处理技术及分析方法的重现性和可靠性显得尤为重要 生物样本间的个体差异导致了不同的基质效应,如何在复杂生物基质条件下对代谢物进行准确的定量分析也是代谢组学面临的挑战之一。   随着各种质谱仪器灵敏度和分辨率性能的大幅度提升基于LC- MS技术的代谢组学能够获得的代谢特征也在快速增加,但是如何将这些代谢特征转变为有用的代谢信息依然是代谢组学研究工作者面临的挑战之一,可以预见未来将会有更多的新技术、新方法出现,以满足日益增长的代谢组学研究需求。
  • 基于纳升电喷雾质谱直接进样的代谢组学分析新方法
    色谱-质谱联用是目前代谢组学分析的主流方法,但是色谱分离速度限制了其在大规模样本分析中的应用。直接进样质谱(DI-MS)虽然通量高,但面临着离子抑制效应导致代谢物检测灵敏度降低、缺少色谱分离使得定性定量困难等挑战。因此,亟需发展与DI-MS相配的高灵敏度质谱数据采集技术和数据分析技术。   为此,科研人员提出一种基于纳升电喷雾直接进样高分辨质谱的非靶向代谢组学分析策略:将一级精确质量、同位素分布模式、二级质谱相似度、母离子和子离子强度相关性等结合,使代谢物的定性准确率高于94%;定量方面采用一级母离子结合二级特征碎片离子的方式来实现。此方法稳定可靠,2-3分钟可分析一个样品,适合于大规模样本的高通量代谢组学研究。   此外,传统的细胞代谢组学分析方法通常需要数百万个细胞,但许多稀有细胞如循环肿瘤细胞、原代肿瘤细胞、干细胞等,面临着细胞数不足的问题。科研人员在上述工作基础上,建立了基于毛细管微探针的细胞取样、96孔板脂质在线提取、nanoESI DI-HRMS拼接式质谱数据采集的新方法,实现了3分钟内从20个哺乳动物细胞中检测19类脂质、500多种脂质代谢物。该平台在生命科学和临床医学研究中具有应用潜力。   相关研究成果分别以Strategy for Nontargeted Metabolomics Annotation and Quantitation Using a High-resolution Spectral-Stitching Nanoelectrospray Direct-Infusion Mass Spectrometry with Data-Independent Acquisition和Lipid Profiling of 20 Mammalian Cells by Capillary Microsampling Combined with High-Resolution Spectral Stitching Nanoelectrospray Ionization Direct-Infusion Mass Spectrometry为题,发表在《分析化学》(Analytical Chemistry)上。研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金等的资助。图1.基于纳升电喷雾直接进样高分辨质谱的非靶向代谢组学分析策略图2.基于毛细管微探针的细胞取样、96孔板脂质在线提取、nanoESI DI-HRMS拼接式质谱数据采集的新方法
  • 葛瑛团队成果|通过平行代谢物提取和高分辨率质谱对人体心脏组织进行全面的代谢组学分析
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Anal. Chem.上的文章:Comprehensive Metabolomic Analysis of Human Heart Tissue Enabled by Parallel Metabolite Extraction and High-Resolution Mass Spectrometry[1],文章的通讯作者是威斯康星大学麦迪逊分校的葛瑛教授。  心脏收缩需要持续的能量供应。作为一种“代谢杂食动物”,心脏利用多种代谢底物,如脂肪酸、碳水化合物、脂质和氨基酸等,来满足其高能量需求。然而,由于代谢物在极性尺度上具有广泛的覆盖范围,这使得它的提取和检测变得困难。因此,迫切需要对心脏的代谢产物进行全面的组学分析。本研究结合了平行代谢物提取和互补高分辨质谱检测的方法,对人类心脏进行了系统性代谢学分析。作者首先用六种提取方法获得了健康供体心脏组织的代谢物,包括三种单相提取,两次双相提取和一次三相提取,可以充分覆盖不同极性范围的代谢物。其中,单相的提取溶剂分别是100% 甲醇、80% MeOH 和乙腈/异丙醇/水(3:3:2),双相使用了Matyash和Bligh & Dyer法去萃取极性和非极性相,而三相则是进一步将非极性相分离成极性和中性脂质相,极性物质依然保留在水相中。紧接着,作者使用了两种互补的质谱平台进行代谢物检测:超高分辨傅里叶变换离子回旋共振质谱的直接进样(DI-FTICR)和高分辨率液相色谱四极杆飞行时间串联质谱(LC-Q-TOF-MS/MS)。总的实验流程如图1所示。这里总共鉴定到了1340种心脏代谢物,它们具有广泛的极性范围。本工作强调了平行提取和互补质谱检测技术在人类心脏代谢组研究中的重要性,其可作为帮助选择适当的提取和MS方法以研究特定类别代谢物的指南。    图1. 平行代谢物提取和高分辨率质谱检测的实验流程图。  为了捕获不同极性的代谢物,作者使用了六种提取方法获得了心脏组织的代谢物。单相法具有操作简便和通量较高的特点,但提取效率仍待提高。相对于单相法,多相提取可以覆盖更广泛极性范围的代谢物,但也需要注意一些代谢物可能在多相中分布,这会给检测和定量带来困难。比如,脂肪酰基链较短的酰基肉碱主要在极性相中存在,而较长链(C10)的酰基肉碱主要在非极性相中存在。DI-FTICR评估了六种提取方法的重现性,结果发现乙腈/异丙醇/水(3:3:2)在单相法中的重现性最好,两种双相法的重现性类似,但低相的Pearson相关性较低,说明了代谢物在跨相运动中有一定潜在困难。研究也发现不同提取方法均具有各自的提取特征,尤其在三相法中可以观察到更多的特征,它在极性相、极性脂质相和非极性脂质相中分别观察到了2275、541 和 443 个独特的SmartFormula注释。图2展示了六种方法通过DI-FTICR得到的代谢物SmartFormula注释,其中最大的三个交叉区域分别是六种方法共享、三相法特有和乙腈/异丙醇/水(3:3:2)特有的,分别有1287个、1010和703个,且发现多相提取的重叠度会更高。虽然在三相提取中可以获得更多的代谢特征,但该方法的重现性也最低。故对于发现代谢组学实验,Matyash提取法会更具优势,因为它可以鉴定到较多的已知代谢物,且重现性会更好。图2. 六种提取方法间代谢物SmartFormula注释的重叠情况(DI-FTICR)。  借助DI-FTICR平台,总共鉴定到9644个代谢特征,其中可以7156和1107个可以分配到SmartFormula注释和准确质量数。DI-FTICR在代谢物检测和鉴定方面具有强大优势,它可以给出准确的同位素分布,如图3B~3D所示。但需要注意的是,由于缺乏前端色谱分离,DI-FTICR对于异构体的分离检测能力有限,以及缺乏高通量的MS/MS分析。因此,作者利用LC-Q-TOF-MS/MS补齐了DI-FTICR检测平台的缺点。在LC-Q-TOF-MS/MS分析中,总共鉴定到21428个代谢特征,其中285个可通过比对二级谱图数据库来匹配确定。图4是鉴定到的代谢物和脂质。尽管与图3B~3C的酰基链组成相同,但在图4B~4C中可以通过观察酰基链的碎裂谱图得到脂质的酰基链信息。这说明LC-Q-TOF-MS/MS平台在获取更详细的酰基链信息方面的优势,但对于双键定位以及 sn1 和 sn2 定位等信息,还需要额外的实验去确定(如:衍生化和离子淌度)。此外,仪器参数设置也会影响到二级匹配评分。总的来说,相对单一的质谱检测平台,使用DI-FTICR MS和LC-Q-TOF-MS/MS平台可以增加心脏代谢组的覆盖范围。图3.使用LC-Q-TOF-MS/MS鉴定代谢物。(A)代表性的MS 谱图(100% MeOH),标注了SmartFormula注释和准确质量数,叠加实验质谱图(黑色)与理论质谱图(红色)以比较同位素分布 (C~D)FAHFA(40:5)、DG(32:0)和N-palmitoyl glutamic acid。图4.使用LC-Q-TOF-MS/MS鉴定代谢物,比较实验串联质谱图(黑色)与数据库质谱图(红色)。(A~D)N-acetyl-β-glucosaminylamine、DG(16:0_16:0)、FAHFA(18:1_22:4)和TG(18:1_18:1_18:2)。  使用多种提取和检测方法,本研究总共鉴定到了1340种心脏代谢物。每种提取方法都贡献了唯一检测到的代谢物。相较于提取效果最好的单一方法,平行提取可以检测到额外的350种代谢物。单相法可以鉴定到更多与二级谱图相匹配的代谢物,而多相法可以得到更多具有准确质量数的代谢物(图5A)。如图5B所示,三相法富集到的代谢物种类最多,包含甘油磷酸乙醇胺(PE)、脂肪酸和偶联物、三酰基甘油、脂肪酸酯和其他代谢物。此外,Matyash法可以鉴定到更多的氨基酸、甘油磷酸甘油和甘油磷酸丝氨酸,B&D法可以鉴定到更多的甘油磷酸胆碱(PC)、和磷磷脂,而100% MeOH鉴定最多的则是甘油磷酸盐。图5.已鉴定的人类心脏代谢物汇总。(A)各种提取方法中的准确质量注释、MS/MS注释和唯一检测到的代谢物 (B)各种提取方法中前10的代谢物种类。  最后,作者进一步表征了所有代谢物的化合物分类和通路富集,如图6所示。实验观察到很多代谢物归属于脂质和类脂分子,其中主要是PC、PE和脂肪酸,而非脂质化合物主要是有机酸及其衍生物(图6A)。通路分析也检测到了与心脏代谢过程相关的重要通路,包括嘌呤代谢和甘油磷脂代谢,如图6B所示。这里以嘌呤代谢(与多种心脏病变相关)为例,展示了平行提取在提高代谢物覆盖率方面的优势。在嘌呤代谢过程中,只有IDP仅在单一提取方法中观察到,而许多代谢物均在所有六种提取方法中都被检测到(图6C)。值得注意的是,B&D提取法在该过程中观察到了最多的代谢物,而100% MeOH富集的最少。上述结果为选择适当的用于分析人类心脏代谢物的提取方法提供了重要见解。图6.已鉴定的人类心脏代谢物的化合物分类和通路富集。(A)化合物分类 (B)所有已鉴定代谢物的通路分析汇总,每个圆圈的颜色和大小分别基于p值和通路影响值(红色表示影响大,黄色则相反) (C)嘌呤代谢过程,颜色表示鉴定代谢物的提取方法。  总的来说,本研究利用六种平行代谢物提取的方法和两种基于质谱检测平台,对人类心脏进行了全面的代谢组学分析,总共鉴定到1340种心脏代谢物,这代表了迄今为止对人类心脏代谢组学的最深度覆盖。研究发现三相法最适合脂质的提取,它获得的极性代谢物的数量与Matyash法相似,但其实验重现性也最低。因此,提取方法的选择应当取决于感兴趣的待分析物。但对于非靶向研究,作者建议使用Matyash提取法,以实现代谢组覆盖率和重现性的最佳平衡。尽管本研究目前还存在一定的局限性,比如,平行提取样品量较大和分析时间较长,但其为选择适当的提取和质谱检测平台去分析不同类型的心脏代谢物提供了宝贵经验,有助于人类心脏代谢组学的全面分析。  撰稿:陈昌明编辑:李惠琳文章引用:Comprehensive Metabolomic Analysis of Human Heart Tissue Enabled by Parallel Metabolite Extraction and High-Resolution Mass Spectrometry
  • 江苏大学陈全胜团队: 通过HS-SPME-GC/MS结合代谢组学分析鉴定超声波辅助康普茶发酵过程中的挥发性物质及其代谢途径
    Introduction茶菌等传统微生物发酵饮料使用富含蔗糖的茶水作为原料,经酵母和细菌共发酵而成。红茶作为茶菌发酵的主要原料,也被称为康普茶,具有促进胃肠道消化、抑制肠道有害微生物生长、抗氧化特性、促进血管舒缩、辅助预防心脑血管疾病的功能。发酵是康普茶香气产生的关键工序,可以产生大量的醛、酸、酮和其他化合物。目前,红外、微波、超声波等物理加工技术已成功应用于食品发酵,与传统加工技术相比更能促进风味的形成。其中,超声波处理的茶叶非常稳定,通过物理作用增强参与香气合成基因的表达,使得茶叶形成不同香气化合物。近年来,顶空固相微萃取(HS-SPME)样品前处理方法因其对样品需求量小、不需要有机溶剂、操作简单、灵敏度高、重现性好等特点,已成功应用于各种茶叶香气物质的提取。超声提取技术具有速度快、成本低、操作简单、环保、效率高等优点,是增强茶叶香气释放的一种特殊方式。因此,HS-SPME结合超声波技术可能适用于茶叶发酵过程的分析。代谢组学可以同时实现所有代谢物的全面定性和定量分析。现阶段,基于HS-SPME结合气相色谱-质谱(GC/MS)技术的组学方法已广泛应用于挥发性化合物的代谢组学分析。然而,结合HS-SPME-GC/MS与代谢组学方法,用于康普茶代谢产物变化与代谢途径之间的关系的研究鲜有报道。本文改进了康普茶的发酵工艺,并通过单因素和响应面分析进行优化。采用HS-SPME-GC/MS技术对康普茶发酵过程进行代谢组学分析,探究其代谢产物变化,并进一步分析代谢途径及其对挥发性化合物性质的影响(图1)。图1. 基于HS-SPME-GC/MS的代谢组学结合多元分析研究康普茶发酵过程中的特征挥发性物质和代谢途径。Results and Discussion发酵条件的确定不同超声频率下发酵液中总糖和茶多酚的消耗率如图2A和2B所示。结果表明,超声处理和非超声处理的样品其总糖和茶多酚的消耗率存在显著差异。优选发酵时间为3 d。根据采样时间记录发酵周期为S0~S7,其中发酵初期阶段记录为S0。此外,优选23 kHz的超声波频率为后续实验的最佳频率(图2C),优选pH 3.2为后续发酵的最佳条件(图2D),优选30 °C为最佳温度(图2E)。以发酵后总糖和酚的消耗率为响应值,进行Box-Behnken分析,建立高度拟合的茶提取物发酵条件的三元回归模型。图2. 探究超声处理对(A)茶多酚消耗率、(B)糖消耗率的影响,(C)五种超声频率对茶多酚和糖消耗率的影响,(D)五种pH值对茶多酚和糖消耗率的影响,(E)五种温度对茶多酚和糖消耗率的影响。采用扫描电子显微镜(SEM)表征23 kHz处理组和对照组茶菌的形态。结果表明,对照组表面光滑圆润,而超声后的细胞表面存在凹痕和皱纹(图3)。这可能与20~40 kHz频率下的急性气穴现象有关。超声波处理可以提高微生物中相关酶的活性,从而提高发酵效率。图3. SEM表征超声对茶菌形态的影响,(A和B)超声处理组,(C和D)对照组。代谢组组成分析GC-MS-TQ8040具有高通量和智能操作特性,配备高亮度离子源和高效碰撞池,可用于超灵敏分析。保留时间、已鉴定化合物列表、缩写、CAS号和分子式如表1所示。 表1. 基于HS-SPME-GC/MS鉴定康普茶发酵过程中的代谢物。132种气味活性化合物被分为10组(32种醇类、13种酮类、16种烯烃、18种酯类、14种烷烃、11种芳烃、9种酸类、7种醚类、4种氮挥发性化合物和1种硫化物)。康普茶发酵过程中挥发物的代谢谱表明,鉴定的化合物分离良好。采用单因素方差分析和Tukey图基事后检验法验证上述132种挥发性化合物在发酵过程中具有显著性。132种高贡献挥发物的方差分析统计如表2所示。表2. 康普茶发酵过程中挥发性成分的相对峰面积变化及其与发酵时间的相关性。标志性挥发性物质的分析采用主成分分析(PCA)将发酵样品分为不同类群,结果表明,发酵和未发酵的茶叶具有不同的挥发性物质成分(图4A)。发酵过程中茶叶的挥发性物质经历周期性的变化。进一步采用PCA的载荷图解释S0~S7代谢物变化差异的具体成分,结果如图4B所示。2-甲基丁酸、D-柠檬烯和苯乙醇等香气化合物有助于康普茶的整体花香、酸甜和柠檬味,并且远离零点,对PC1和PC2有显著贡献,从而影响发酵液的气味特征。PLS-DA得分图显示出更好的模型拟合(组间差异更显著),PC1和PC2分别占比59.1%和7.6%(图4C)。如图4D所示,选择了25种挥发性化合物。苯乙醇增强了“花香”风味,改善了整体的感官香气质量,并增强了康普茶的“甜”香气特征。其难闻气味可能是由2-甲基丁酸引起。挥发性成分的鉴别结果表明,发酵工艺对康普茶挥发性成分具有显著影响。此外,这些挥发性化合物被认为是康普茶发酵过程中的主要特征香气成分。图4. (A)康普茶样品的多元统计分析和质谱数据集的PCA得分图,基于PCA模型的(B)康普茶样品中变量的载荷图、(C)PLS-DA得分图、(D)PLS-DA评选的前25种挥发性化合物。特征代谢物的鉴定结合载荷图和VIP得分进一步筛选特征代谢物。结果如图5所示,部分差异代谢物与康普茶发酵过程呈线性相关。叶醇、二十烷、水杨酸异辛酯、2-甲基丁酸、邻伞花烃、甲基三十烷基醚、苯乙醇和棕榈酸异丙酯的含量与红茶发酵时间呈正相关。其余化合物(甲氧基苯肟、芳樟醇、雪松醇、二氯乙酸、癸酯)与储存时间呈负相关。图5. 12种代谢物的箱形图表明发酵中存在显著差异。代谢途径分析本文介绍了特征挥发物的产生途径、形成机制以及它们之间的转化关系。康普茶发酵过程中发现的特征代谢物的代谢途径如图6所示。图6. 康普茶发酵过程中发现的特征代谢物的代谢途径。Conclusion本文采用单因素优化实验和响应面分析确定康普茶的最佳发酵条件为30 °C、pH 3.2、23 kHz。通过代谢组学技术监测超声辅助处理过程中挥发性物质的综合变化。总而言之,鉴定了由132种成分组成的综合代谢组学图谱,并成功进行多元统计分析,筛选VIP>1的25种特征代谢物作为生物标志物。此外,详细研究了代谢途径以及各种挥发性物质的转化。结果表明,发酵后期存在挥发性物质转化的代谢途径。综上所述,在康普茶发酵过程中可以通过优化工艺加快和改进反应过程。本文为红茶菌发酵代谢产物的变化及影响机制的研究提供了重要的理论价值。
  • 清华大学药学院胡泽平:代谢组学与代谢流分析技术
    p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 代谢是生理的基础。近年的研究证明,绝大多数人类疾病,如癌症、糖尿病和心血管疾病等都与代谢异常相关。因此,针对疾病的代谢水平上的分子机制研究已成为基础生物、转化医学研究和药物研发的焦点之一,而代谢组学和代谢流分析是代谢研究重要技术手段。 br/ /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 今天介绍的这位专家是清华大学药学院的胡泽平,其 span style=" text-indent: 2em " 课题组的主要研究方向是以先进的生物质谱为平台,发展高效、精准的新型代谢组学和代谢流分析技术;揭示生理、疾病及药物耐药性的代谢分子机制与功能;针对疾病及药物耐药性的代谢漏洞,设计新型药物治疗靶标和治疗方案;并以功能性生物标志物和药物代谢组学促进药物研发、实现精准治疗。以下内容整理自网络资源,以飨读者。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" text-indent: 2em " /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202007/uepic/5c22bd31-db8f-4927-a06a-643abb6f2757.jpg" title=" 胡.jpg" alt=" 胡.jpg" / /p p style=" text-align: center text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" text-indent: 2em " 清华大学药学院 胡泽平研究员 /span /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" text-indent: 2em " /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202007/uepic/bcc4f1f2-3e98-495b-ba32-e7fce58b1e48.jpg" title=" 胡2.png" alt=" 胡2.png" / /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " strong style=" text-align: justify text-indent: 2em " Q:代谢组能让我们全面理解一个生物系统,它能为研究者提供许多功能性信息。请您介绍一下,目前代谢组学主要研究手段有哪些?该领域目前的研究及临床应用情况如何? /strong /p p style=" line-height: 1.75em "   胡泽平:代谢是生物体进行生命活动的基础,代谢紊乱已被证明与糖尿病、肿瘤、炎症等诸多疾病密切相关。代谢组学是代谢研究的重要技术手段之一。 /p p style=" line-height: 1.75em "   从研究目的和方法的角度看,通常可将代谢组学分为非靶向代谢组学和靶向代谢组学两种类型。非靶向代谢组学致力于尽可能全面地对生物体系中的所有内源性小分子代谢物进行系统分析,而靶向代谢组学则更侧重于针对科研人员所感兴趣的一组特定的代谢物进行分析。此外,近年来,结合非靶向和靶向两种方法优势的“拟靶向”代谢组学方法也得到一定程度的发展。分析手段方面,代谢组学主要采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)、气相色谱-质谱联用(GC-MS)、核磁共振(NMR)等分析平台,其中最为常用的是LC-MS平台。 /p p style=" line-height: 1.75em "   随着近年来人们越来越多的认识到代谢研究的重要性,代谢组学在生命科学和医药研究中也得到更为广泛的应用,包括细胞代谢调控、代谢新通路、疾病代谢机制、药物新靶标发现与确证、药物药效及毒性评价、疾病诊断或预后生物标志物、药物代谢组学、精准用药等领域。 /p p style=" line-height: 1.75em "    strong Q:我们看到目前代谢组学在促进药物研发、实现精准治疗的过程中,越来越受到重视,与其它研究方法相比,它的优势有哪些?还有哪些需要克服的困难? /strong /p p style=" line-height: 1.75em "   胡泽平:代谢物处于生物系统中生化活动的终端,因此反映的是已经发生的生物学事件。此外,基因表达和环境因素的变化对生物系统所产生的影响都可在代谢物水平上得到最终的表型体现。因此,与其他组学相比,以小分子(通常指分子量& lt 1000)代谢物为主要研究对象的代谢组学能够更为准确地反映生物体的终端和整体信息。通过代谢组学分析,可以深入理解相关的代谢异常。 /p p style=" line-height: 1.75em "   尽管代谢组学在上述的研究领域取得了广泛应用,其自身的发展仍然存在一些需要解决的问题。由于代谢物种类多样且浓度差异大,代谢物的分析仍然存在多方面的挑战,如基质效应、离子化抑制、代谢物的鉴定等。与其他组学特别是已经很大程度上实现了标准化的基因组学和转录组学相比,代谢组学的应用受到了不同实验室间差异性的阻碍,涉及大样本量如临床样本的代谢组学研究更需要高度可重复的可靠代谢组学分析方法,因此亟需进一步推进代谢组学的方法学标准化,包括从样品采集、制备和处理到数据的分析和解释的整个过程,从而在各实验室之间实现更为一致和可重复的代谢组学研究,以更高的准确度和精确度检测代谢表型的微妙差异。此外,检测和鉴定更多低丰度代谢物以实现更广泛的代谢组覆盖是代谢组学的另一项技术挑战。如干细胞代谢、肿瘤代谢异质性、发育代谢、免疫代谢等很多代谢研究中的可及样本量通常极少,需要超高灵敏度的方法来实现准确分析。另外,多组学数据整合正成为代谢研究的重大需求和技术瓶颈,需要开发新的生物信息学工具,将代谢组学与其他组学(基因组学、转录组学和蛋白质组学)相结合,并对多组学数据进行数据整合和预测建模,以加速大数据的多组学研究。 /p p style=" line-height: 1.75em "    strong Q:通过生物质谱发展超灵敏度的新型痕量代谢组学和代谢流分析技术是您的课题组研究方向之一,请您介绍下,为什么要发展超灵敏的痕量代谢组学方法?什么是代谢流分析?它的具体作用是什么? /strong /p p style=" line-height: 1.75em "   胡泽平:如前面提到的,如干细胞代谢、肿瘤代谢异质性、发育代谢、免疫代谢等很多代谢研究中的可及样本量通常很少,需要超灵敏的方法来实现准确分析。这将为深入理解干细胞、疾病、发育和免疫细胞的代谢分子机制提供必需的技术支持,同时也将为捕捉早期肿瘤病人血液中细微的代谢变化、检测和鉴定更多低丰度代谢物以实现更广泛的代谢物覆盖、及发现早期诊断生物标志物提供技术基础。我们前期发展的基于三重四级杆质谱的超灵敏靶向代谢组学技术率先使在5,000-10,000个分离自小鼠的造血干细胞中进行代谢组学分析成为可能,并由此取得重要生物学发现,这充分证明了超灵敏痕量代谢组学技术的重要性。 /p p style=" line-height: 1.75em "   虽然代谢组学是研究代谢的重要技术手段,但由于代谢网络是复杂并且动态变化的,而代谢组学仅能提供静态的代谢物丰度信息,因此仍存在局限性。代谢流分析技术则可以很好地弥补这一局限。代谢流分析技术利用稳定同位素标记特定的化合物,通过分析下游代谢产物的稳定同位素标记模式,推算出该化合物在在细胞内代谢通路中的周转速率、方向和分布规律 通过对不同状态的生物体进行代谢流分析,即可得到生物体特定代谢通路的活跃程度,从而在动态水平上描述细胞的代谢活性。结合代谢组学和代谢流分析技术,可以更好地理解细胞内代谢网络的代谢物水平变化、流量分布和周转速率,发掘主要代谢异常通路及其生物学功能,并揭示其上下游相互调控机制。这可为理解疾病发生机制、药物靶点发现与确证等提供强有力的科学依据。代谢流分析已经广泛应用于代谢相关疾病如糖尿病、癌症、免疫、神经退行性疾病等的发病机制研究中。 /p p style=" line-height: 1.75em "    strong Q:我们了解到,您在2016年12月加入了清华大学药学院并建立了代谢组学与疾病代谢课题组。您认为您课题组的主要特色是什么?到目前为止,课题组进展怎样?已经取得哪些重要成果? /strong /p p style=" line-height: 1.75em "   胡泽平:我们课题组多年来致力于疾病的代谢机制研究与药物新靶标的发现与确证,重点专注于以发现和确证药物新靶标为导向,通过发展新型痕量代谢组分析(包括代谢组学和代谢流)技术,揭示生理、疾病、或耐药性的代谢异常新通路并深入阐释其分子新机制,来发现和确证新型药物靶标,逐步形成了“发展新技术、揭示新机制、鉴定新靶标”的主要研究特色。具体来说为: /p p style=" line-height: 1.75em "   发展并验证基于色谱-质谱联用技术(LC-MS和GC-MS)的超灵敏痕量代谢组学方法,用于分析痕量样本(尤其是干细胞、发育)中的代谢物变化规律 发展基于稳定同位素示踪的代谢流分析技术,用于分析代谢异常通路的动态周转速率与方向 /p p style=" line-height: 1.75em "   以所发展的代谢组学和代谢流分析技术,结合转录组学、生物信息学和分子 / 细胞生物学等方法,发掘与生理(干细胞、发育)、疾病(癌症、感染性疾病、心肌肥大)或药物耐药性相关的代谢重编程通路及其关键代谢酶,揭示其相应的功能与分子调控机制 /p p style=" line-height: 1.75em "   基于上述功能和机制研究,发现与疾病、耐药性相关的代谢漏洞(代谢脆弱性),确证其作为新药、克服耐药的新型分子靶标的可行性,进而用于新药研发或联合用药 发掘相应的生物标志物,用于指导临床精准用药。 /p p style=" line-height: 1.75em "   我们课题组目前已经发展了一系列基于色谱-质谱平台的代谢组学(靶向和非靶向)和代谢流分析技术方法。其中包括一种前面所提及的超灵敏的痕量靶向代谢组学方法,可在极少量(~5,000)细胞中进行代谢组学研究,并应用该方法与合作者揭示了造血干细胞异于其他造血细胞群的代谢特征及其生物学意义。此外,我们以所创建的代谢组学和代谢流分析方法为基础,进行了多项疾病代谢机制的合作研究,包括阐释了癌症细胞中新的代谢通路 非小细胞肺癌的发病、恶性黑色素瘤的转移、以及造血干细胞的代谢重编程及其分子机理,为深入理解癌症发病或转移机制,并发现新型治疗靶标提供了分子基础。 /p p style=" line-height: 1.75em "   在2016年12月回国以来的工作中,我们:1. 率先揭示了ASCL1低表达的小细胞肺癌(SCLC)亚型依赖于次黄嘌呤脱氢酶(IMPDH)介导的嘌呤从头合成的代谢机制,确证了IMPDH可作为该亚型SCLC治疗的药物新靶标,并发现了特异性靶向IMPDH的新药咪唑立宾,突破了数十年来SCLC治疗缺乏有效靶向治疗药物的瓶颈(Cell Metabolism, 2018) 2. 率先揭示了“发热伴血小板减少综合症”(Severe fever with thrombocytopenia syndrome, SFTS)病毒感染后引发精氨酸代谢异常,继而导致血小板减少和T细胞免疫功能抑制的潜在致病机制 并在临床试验中确证了“精氨酸补充疗法”可以促进患者恢复,为治疗这一致死率高达10-30%的病毒性传染病、降低病死率提供了重要的新理论和新策略(Science Translational Medicine, 2018)。另外,我们在非小细胞肺癌对EGFR TKI的耐药性、心肌肥大的代谢机制等研究中也取得了一些进展,目前相关工作正在顺利开展中。 /p p style=" line-height: 1.75em "    strong Q:在许多代谢过程中代谢产物的动态变化范围存在个体差异问题,且易受到饮食、环境、年龄等各种因素影响,所以代谢物作为生物标记物存在一定局限性。在高噪音背景下检测出代谢组生物标记物有一定难度。您在研究过程中是否遇到过类似情况?针对这一问题,研究人员有何对策? /strong /p p style=" line-height: 1.75em "   胡泽平:作为精准医学的“关键词”之一,生物标志物的发现已经成为当前医学领域的研究热点之一。包括代谢组学等在内的组学技术的快速发展为发现生物标志物带来了更大的可能性。如前所述,代谢物是存在于信号通路的终端产物,因此代谢组学所提供的信息与表型更为接近,更适于疾病分型和标志物发现的研究。但是在实际研究尤其是在人体研究中,不同代谢物的水平本身相差悬殊,并且容易受到年龄、性别、饮食、是否用药等其他因素的干扰。此外代谢组学常用的技术手段如质谱检测也容易受到其他杂质的干扰,表现为强烈的背景噪声,而且不同的检测和分析体系,有不同的噪音模式。因此,基于代谢组学的生物标志物发现需特别注意排除artificial的因素影响,而这一直以来都是相关研究的挑战和难题。从代谢组学分析技术层面来说,可通过利用高特异性、高灵敏度的平台,如液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)和高分辨质谱等,并采用严格的质量控制,来对包括低丰度次生代谢物在内的尽可能多的代谢物进行全覆盖分析,并进行可靠的代谢物鉴定。从生物学角度来说,单独某一种代谢物的升高,既可能是因为合成途径的增强,也可能是由于消耗途径的抑制。因此可通过分析代谢通路上、下游代谢产物来寻找一组(而不是单一的)相关性生物标记物 尤其重要的是,针对相关性生物标记物进行进一步的生物学功能和机制验证,从而实现“功能性生物标志物”的发现,将对疾病的准确诊断或预后发挥更为重要的意义。 /p p style=" line-height: 1.75em "    strong Q:您在清华大学药学院开展代谢组学分析技术和疾病代谢研究,您认为代谢组学分析技术在药物研发中所起的作用是什么?将来还可以应用在哪些方面? /strong /p p style=" line-height: 1.75em "   胡泽平:多年来的研究证实,代谢在疾病的发生、发展中起着重要作用。代谢组学研究生物体在受到病理生理刺激或遗传修饰后(包括基因或环境的改变),其内源性代谢产物的种类及数量变化,因此所有对生物体系有影响的因素均可反映在代谢组中。利用代谢组学技术对代谢组的静态和动态进行分析,可以帮助我们理解代谢异常的生物学变化过程,在疾病的病理机制、治疗靶点的发现和验证、药物的作用及毒性研究中发挥着重要作用。 /p p style=" line-height: 1.75em "   近年来,代谢组学在理解疾病(如肿瘤)的病理机制,以及药物的作用、毒性、耐药机制研究中的作用已经受到广泛关注。因此,代谢组学在新药靶标发现与确证,以及克服耐药性的研究,以及相应的药物研发中将发挥越来越重要的作用。此外,药物代谢组学在指导临床精准用药中也将扮演更令人鼓舞的角色。 /p p style=" line-height: 1.75em " br/ /p p style=" text-align: justify text-indent: 0em line-height: 1.75em "    span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 胡泽平课题组研究方向: /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 0em line-height: 1.75em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai "   基于色谱-质谱联用平台的新型代谢组学(靶向、非靶向)和代谢流分析(metabolic flux analysis)技术开发:创建和验证基于色谱-质谱联用平台(LC/MS和GC/MS)的高灵敏度、高特异性、高通量的代谢组学技术,用于分析和发现生物样本的代谢组特征与异常 创建稳定同位素示踪的代谢流分析技术,用于测量分析代谢异常相关通路的动态周转速率和方向。两者作为代谢水平上分子机制研究的互补有力工具。 /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai text-indent: 0em " 生理(干细胞、发育)、疾病(癌症、肥厚型心肌病、感染性疾病)、抗癌药物耐药性的代谢分子机制与功能:利用代谢组学和代谢流分析,结合转录组学、生物信息学和细胞、分子生物学等技术,发掘与疾病、干细胞或药物耐药性相关的代谢重编程与异常代谢通路,理解其功能与分子调控机制 并针对其代谢脆弱性发现新型药物或联合用药的分子靶标,用于新药研发、疾病分子分型和精准治疗。 /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai text-indent: 0em " 基于分子机制的功能性生物标志物研究:基于代谢组学筛选和代谢分子机制研究,发现并验证高灵敏度和高特异性的功能性生物标志物,用于癌症早期检测或药物疗效预测 并对患者进行分层,以不同治疗方案实现精准治疗。 /span /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai text-indent: 0em " 药物代谢组学(pharmaco-metabolomics)与精准治疗:以药物代谢组学分析用药患者代谢表型的个体差异及其与药物应答(药效和毒性)及药代的相关性,并揭示其分子机制,以指导临床用药、促进药物研发、实行精准治疗。 /span /p p style=" line-height: 1.75em " br/ /p
  • 第二届中国生物物理学会代谢组学分会年会在沪成功召开!
    仪器信息网讯 2021年9月25日,第二届中国生物物理学会代谢组学分会年会在上海召开,会议为期两天。本次会议由中国生物物理学会代谢组学分会主办,复旦大学人类表型组研究院承办。为促进后疫情时代我国代谢组学发展,会议就代谢组学领域最新研究成果及发展动态进行了探讨,吸引了代谢组学领域的专家用户及厂商代表近400人参会。  会上,近60位专家学者进行了代谢组学技术及应用方面的研究进展报告分享,报告内容涉及药物代谢组学、环境代谢组学、脂质组学技术、代谢组学数据分析、疾病代谢组学等方面,覆盖了代谢组学的各应用领域。大会现场中国科学院上海有机化学研究所 朱正江研究员 主持大会中国生物物理学会总干事长/中国科学院生物物理研究所研究员 刘平生致辞代谢组学分会会长/复旦大学唐惠儒教授致开幕辞唐教授在致辞中介绍了代谢组学分会的目标,表示分会将致力于推动中国代谢组学领域研发、教育、科普、项目立项、合作及国内外交流。最后,唐教授也代表代谢组学分会全体会务人员对不辞辛劳前来参加会议的各位专家学者表示最热烈的欢迎和最诚挚的谢意。    大会报告环节由清华大学张新荣教授、华盛顿大学Gary J. Patti教授、复旦大学赵世民教授三位专家带来精彩的报告分享。  报告题目《单细胞代谢物质谱分析》  报告人:清华大学 张新荣教授  报告题目《鱼油,吃不吃,如何吃?》  报告人:复旦大学 赵世民教授不仅如此,大会同期还举办了多个主题研讨会,共邀请了50位专家学者及行业专家针对代谢组学技术、代谢组学技术与应用、疾病代谢组学、药物代谢组学、脂质代谢组学技术、环境代谢组学、代谢组学数据分析进行学术探讨与交流。为促进优秀青年科技工作者的成长,拓宽视野,增长知识和才干,提高学术水平,大会还特别举办了青年科学家论坛,邀请了6位青年学者进行了学术交流。在大会闭幕式环节,澳大利亚贝克心脏病糖尿病研究所Peter Meikle、复旦大学唐惠儒教授带来了精彩的报告分享。报告题目《分子表型组的定量及挑战》  报告人:复旦大学 唐惠儒教授  会议期间还进行了墙报展示交流及优秀墙报评选活动,闭幕式上举行了优秀墙报的颁奖环节。优秀墙报颁奖  中国生物物理学会代谢组学分会委员合影
  • 全国生命分析化学研讨会:组学分析
    仪器信息网讯 2010年8月20-22日,由国家自然科学基金委员会化学科学部主办,北京大学、清华大学和中国科学院化学研究所共同承办的“第三届全国生命分析化学学术报告与研讨会”在北京大学召开。   大会同期举办了“组学分析”系列报告会,300余人参加了此会。会议由中国科学院武汉物理与数学研究所唐惠儒研究员、中国科学院大连化学物理研究所许国旺研究员共同主持,8位来自科研院所和高校的专家学者做了精彩的报告。报告内容摘录如下:   中国科学院武汉物理与数学研究所 王玉兰研究员   报告题目:代谢组学研究寄生虫疾病   在寄生虫研究方面,代谢组学方法主要研究了宿主感染寄生虫后的代谢应答,如宿主对血吸虫、钩虫、锥虫和虐原虫等感染的代谢应答。其目的首先是进一步了解在寄生虫病的发生发展过程中其宿主的代谢通路的改变,其次是希望通过代谢通路的改变找到适合早期诊断寄生虫病代谢性标记物。王玉兰研究员总结了近年来代谢组学在寄生虫病研究领域所取得的进展,并且展望了代谢组学在寄生虫病早期诊断的潜在应用前景。   厦门大学 张博副教授   报告题目:基于液滴接口的二维分离平台   张博副教授在报告中指出:蛋白质组体系的高度复杂性迫切需要高分辨率的多维分离技术。他的研究采用微液滴技术,基于其微体积、低扩散、无返混等优点作为二维分离接口的解决方法,耦合毛细管液相色谱与毛细管电泳技术,构建二维微分离平台。分别通过“T”形芯片与“工”形芯片实现了样品由连续流至液滴以及液滴至连续流的转移,并实现了纳升尺度的全进样。通过简单的多肽混合物,初步验证了全二维分离与目标二维分离在该平台上的可行性。   中国医学科学院 李智立教授   报告题目:糖肽富集分离方法及糖链结构研究   李智立教授在报告中分别介绍糖肽富集分离的几种方法的优缺点以及使用范围。他着重介绍了通过优化免疫球蛋白G(IgG)分离条件和MALDI-FTICR MS检测条件,对IgG不同糖型的糖链进行了精细结构分析。在m/z2400-3000范围内,发现了GOF、G1F和G2F结构的IgG糖肽,此外还有类似“角平分线”的糖型结构。该研究为IgG糖型结构的高通量研究打下基础。   中国科学院长春应用化学研究所 姜秀娥研究员   报告题目:表面增强红外光谱研究膜蛋白的结构和功能   姜秀娥研究员介绍了他们课题组如何采用表面增强红外光谱研究膜蛋白的结构与功能。利用光感视紫红C端组氨酸与螯合的赖氨酸的强亲和性将膜蛋白定向组装到电极表面。利用表面增强红外光谱从分子水平上首次研究了跨膜电位是如何调制光感视紫红结构和功能。研究发现:当电位逐渐降低时,光激发诱导的红外差谱与溶液PH值逐渐上升时,光激发诱导的红外光谱显示了惊人的相似性。这一现象表明:电位降低驱动的电荷补偿行为改变了双层膜附近局部PH值,从而改变了膜附近质子释放基因的质子化状态,进而影响了光感视紫红蛋白的光循环动力学。   安捷伦科技(中国)有限公司 冉小蓉博士   报告题目:安捷伦最新生物信息学软件及在代谢组学标志物发现中的应用   冉小蓉博士在报告中介绍了安捷伦科技推出的全新的生物信息学软件Mass Profiler Professional(MPP)。该软件是专为质谱工作者设计的,能够通过对质谱数据的分析快速寻找代谢组学生物标志物并进行生理学意义的解释。MPP结合安捷伦优异性能的仪器硬件平台可以为靶标和非靶标代谢组学研究提供最全线的解决方案。   中国科学院大连化学物理研究所 梁玉同学   报告题目:基于新型整体材料的微流控芯片系统及其在蛋白质组学中的应用   梁玉同学报告中介绍到:在微流控芯片上原位光聚合制备酶反应器、强阳离子交换(SCX)整体材料、反相整体材料,搭建了芯片上酶反应器酶解-C18tip分离-质谱鉴定平台、芯片上SCX-C18tip二维分离-质谱鉴定平台、芯片上反相色谱分离-质谱鉴定平台,并用于蛋白质的分析。通过相关实验,证明了这些平台的潜力与适用性。   赛默飞世尔科技(中国)有限公司 戴捷先生   报告题目:赛默飞世尔科技iSRM试验方法和Pinpoint软件运用于大规模的目标蛋白质定量分析研究   戴捷先生在报告中对赛默飞世尔iSRM技术工作原理及Pinpoint软件功能在目标蛋白质定量分析研究中的应用进行了详细的介绍。通过将iSRM技术及Pinpoint软件二者结合,组成了目标蛋白质定量分析的整体工作流程,该工作流程可以在一次LC-MS/MS分析中对大规模的肽段实现同时的验证与定量分析,显示了iSRM技术及Pinpoint软件在目标蛋白质定量分析中的强大的功能。   南开大学 张锴副教授   报告题目:系统分析激酶家族蛋白多种翻译后修饰的研究   张锴副教授在报告中介绍了他们课题组以激酶中磷酸化和多种低丰度非磷酸化修饰为目标,将蛋白标签融合技术与Shotgun技术相结合,探索系统研究激酶中各种翻译后修饰的新方法。实验结果表明:通过联合标签蛋白融合技术与Shotgun策略,他们成功的在激酶上鉴定了未见报道的甲基化和乙酰化修饰形式,同时发现了一些潜在的修饰形式。研究结果预示激酶这类重要的蛋白生物酶可能存在更为复杂的修饰形式和生物功能。
  • 空间代谢组学:单细胞空间代谢流分析新方法
    空间代谢组学:单细胞空间代谢流分析新方法原创 飞飞 赛默飞色谱与质谱中国 关注我们,更多干货和惊喜好礼刘甜生物体内的代谢物和脂质不仅是细胞的关键组成模块,它们在信号传导、表观基因组调控、免疫、炎症和癌症发展中同样具有重要作用和意义。代谢组学分析是我们了解、评估生物体、器官和细胞状态的重要方式。而单细胞技术通过展示组织内部甚至单克隆细胞之间的细胞异质性,将生物学研究推进至新维度。质谱成像(MSI)技术可以从样品中创建特定化合物的图像,这些图像是由样品表面获得的数千个质谱生成的。每个记录的质谱都会为图像贡献一个像素,而每个质谱中的峰都可以生成一个图像。与其他成像方法相比,MSI无需化合物标记,可实现非靶向分析。本次与大家分享的是一篇最新发表于bioRxiv上的有关单细胞空间代谢流分析方法的文章[1]。研究人员基于AP-SMALDI Orbitrap平台开发了一种命名为“13C-SpaceM”的新方法,通过13C标记的葡萄糖示踪葡萄糖依赖性脂肪酸从头合成途径(glucose-dependent de novo lipogenesis)。本方法应用超高分辨率的基质辅助激光解吸/电离实现了单细胞质谱成像,并通过全离子碎裂模式(AIF)模拟了脂肪酸分析前处理过程中的皂化反应,对包括甘油磷脂在内的主要脂质中的脂肪酸部分实现了共同分析。超高灵敏度、高分辨质谱检测器为单细胞内脂肪酸同位素检测提供了准确的定性、定量结果。研究人员通过鼠肝癌细胞的常氧-低氧模型,对检测方法进行了验证,确认方法的有效性。之后应用本方法分别检测了ATP柠檬酸裂解酶基因敲降(ACLY knockdown)鼠肝癌细胞以及携带异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变的小鼠胶质瘤脑组织切片,通过比较脂肪酸的同位素丰度变化评估脂肪酸从头合成比例以及外源性脂肪酸摄取的变化。分析结果揭示了在脂肪酸从头合成过程中,乙酰辅酶A池(Acetyl-CoA pool)中存在大量的空间异质性,这表明在微环境适应过程中发生了代谢重编程。01研究背景脂质在生物体生命过程中承担着多种重要作用,多数脂质是由脂肪酸合成而来。成年哺乳动物体内的细胞通常由血液中摄取脂肪酸,而脂肪、肝脏以及癌细胞还可以Acetyl-CoA为底物,从头合成脂肪酸[2]。Acetyl-CoA经过一系列代谢反应,可以生成含有16个碳的饱和脂肪酸棕榈酸(16:0),之后棕榈酸发生碳链延长或去饱和反应生成不同的饱和、不饱和脂肪酸,从而影响脂质组成。而Acetyl-CoA同样有多种来源,除了葡萄糖经由TCA循环生成的柠檬酸在ACLY作用下生成Acetyl-CoA以外,在缺氧环境下,葡萄糖后续代谢产物丙酮酸会转化为乳酸,从而无法合成Acetyl-CoA、进入脂肪酸合成途径。在此情况下,谷氨酰胺可通过还原羧化反应生成柠檬酸,进而合成Acetyl-CoA [3,4] 。另有文献报道,缺氧环境下的癌细胞还可以将乙酸作为脂肪酸合成的前体 [5,6] 。而Acetyl-CoA除了作为脂肪酸合成底物以外,对于蛋白翻译后修饰、基因表达等均有重要作用。通过监控脂肪酸合成和Acetyl-CoA代谢间的互动可以帮助我们深入理解癌细胞的生存状态。02分析方法大气压MALDI成像分析是通过AP-SMALDI5离子源配合Q Exactive plus高分辨质谱仪实现的。激光像素设置为 10×10 µ m,激光衰减器角度设置为33°。质谱在负离子模式下采用一级全扫描和全离子碎裂(AIF)扫描模式。AIF模式的隔离范围为 m/z 600-1000,扫描范围为m/z 100-400,分辨率 140k,最大注入时间500 ms,碰撞能量NC 25%。(图1)图1. 单细胞代谢流质谱成像分析流程(点击查看大图)MALDI分析前后,分别应用显微镜检测,确定细胞影像位置及MALDI消融标记位置。通过检测MALDI的消融标记,将其与细胞影像叠加,并通过应用数学公式进行解卷积,从而整合显微镜图像和MALDI图像。实现了应用MALDI成像质谱检测到的单细胞分子轮廓。(图2)图2. 整合显微镜和MALDI-MS分析结果实现单细胞质谱成像(点击查看大图)03鼠肝癌细胞常氧-低氧模型单细胞成像分析鼠肝癌细胞在添加25 mM的12C-葡萄糖或U-13C-葡萄糖后,用含1mM醋酸、2 mM谷氨酰胺和10%透析胎牛血清的无葡萄糖DMEM细胞培养基培养,在37°C、5% CO2的培养箱中在常氧(20% O2)或低氧(0.5% O2)条件下培养72小时。选择72小时的时间点是为了确保棕榈酸的同位素标记已经达到稳态。(图3)在低氧条件下培养的细胞被表达绿色荧光蛋白(GFP)标记。在共培养实验中,常氧和低氧细胞使用胰酶分离,每种条件下混合10000个细胞,在同一张玻璃片上进行培养,并在固定之前允许其附着3小时。图3. 由稳定同位素标记的13C6-葡萄糖生成细胞质Acetyl-CoA以及后续的脂肪酸和脂质合成途径(点击查看大图)通过质谱一级全扫描分析,质谱成像共检测到64种脂质,包括磷脂酸(PA)、磷脂酰肌醇(PI)、磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰丝氨酸(PS)等。具体脂质鉴定结果经过了常规LCMS脂质分析确认。在AIF模式下,检测到了11种含量最高的脂肪酸,相应检测结果同样与常规LCMS分析结果相符。为了验证本方法,研究人员检测了常氧-低氧培养的鼠肝癌细胞混合样本。通过对氨基酸同位素峰的定量分析,发现13C标记的棕榈酸(M0)主要在正常细胞中检出,而缺氧细胞中的棕榈酸以未标记状态(M+0)为主。通过GFP标记结果的对照,证明了本方法可以通过同位素峰分布有效识别不同培养状态的细胞。图4. 在常氧(GFP阴性)和低氧(GFP阳性)条件下的原代鼠肝癌细胞共培养模型的显微镜和质谱成像结果(点击查看大图)图5. 通过GFP标记验证识别不同培养模式细胞的准确性(点击查看大图)04单细胞Acetyl-CoA池标记水平分析研究人员使用了两种表达不重叠的shRNA序列(ACLYkd oligo1和ACLYkd oligo 2)细胞系以及一个对照组细胞系。通过使用1 μg/mL的四环素处理细胞72小时实现了ACLY沉默。质谱成像数据是以10 μm的像素大小获得的,每个细胞的平均面积为550μm2,平均每个细胞有12个像素。通过应用二项式模型计算每个细胞的acetyl-CoA池标记程度p值,从而量化细胞质中acetyl-CoA池中从葡萄糖衍生的同位素标记acetyl-CoA的比例。测试结果与预期相符,ACLYkd细胞中的acetyl-CoA池标记水平低于对照组。值得注意的是,两种ACLYkd细胞之间的差异非常明显。ACLYkd oligo1的结果呈双峰分布,p值的差异明显较大,表明该细胞系存在两个亚群体。其中一个模式显示的p值与对照组相近,说明存在一个“沉默失败”的细胞亚群。ACLYkd oligo1第二个模式具有的p值明显则低于ACLYkd oligo 2,表明ACLYkd oligo 1中还存在一个“强沉默”的亚群,在这些细胞中,沉默效率非常高,导致acetyl-CoA同位素标记比例大幅降低。在ACLYkd oligo 2中,acetyl-CoA池的标记程度以及GFP报告基因强度显示出更均一的分布。M+2峰是最能表现出ACLYkd oligo1细胞中“强沉默”群体的低acetyl-CoA标记表型的质谱峰。M+8峰则为对照组细胞的特征标记峰。M+2和M+8之间的差异可以作为显示异质性的指标,用于展示葡萄糖对细胞质中acetyl-CoA的相对贡献。因此,13C-SpaceM能够检测ACLY敲降细胞中的异质性,并识别不同的亚群体。这种单细胞和空间异质性无法通过整体分析揭示,显示了13C-SpaceM方法的独特优势。图6. 细胞ACLY敲降后acetyl-CoA的同位素标记程度分析(点击查看大图)05肿瘤组学中氨基酸合成异质性的空间组学分析研究人员分析了从横向植入表达突变型异柠檬酸脱氢酶(IDH)和红色荧光蛋白(RFP)的GL261胶质瘤细胞的小鼠大脑组织切片。在采集组织前的48小时,小鼠被喂食未标记的或含有U-13C葡萄糖的液体饮食。首先,研究人员分析了12C-葡萄糖饮食的肿瘤携带小鼠大脑切片中的酯化脂肪酸组成。通过比较质谱TIC与显微镜明场和荧光成像,发现整个大脑(包括肿瘤区域)的质谱离子响应很高(图7a)。测试过程中,肿瘤区域与组织切片的其余部分分别采用10μm和50μm激光分辨率进行分析。对不同脂肪酸的空间分析揭示了在非肿瘤携带的脑半球组织中,脂肪酸丰度存在高度的异质性,我们可以仅根据它们的脂肪酸组成来识别的某些结构,如胼胝体和前连合部,这两个区域都富含油酸(18:1)且棕榈酸(16:0)、硬脂酸(18:0)和花生四烯酸(20:4)的含量低。有趣的是,尽管棕榈酸、油酸、硬脂酸和花生四烯酸在肿瘤和周围的大脑组织中的含量相似,肉豆蔻酸(14:0)和棕榈酸(16:1)在肿瘤组织中则明显增加。与大脑其它部分相比,肿瘤中必需脂肪酸亚麻油酸(18:2)和α/γ亚麻酸(18:3)也明显增高。之后,研究人员分析了喂食含有U-13C葡萄糖饮食的小鼠肿瘤组织,从肿瘤组织中选择性分离出的5种主要从头合成的脂肪酸的同位素分布(图7c)。三种饱和脂肪酸肉豆蔻酸(14:0)、棕榈酸(16:0)和硬脂酸(18:0)的13C摄入丰度较高,同位素分布最大分别可至M+10,M+12和M+14。其中,肉豆蔻酸M+0的强度极低,几乎完全源自脂肪酸从头合成。由于肉豆蔻酸对一些重要信号蛋白的翻译后修饰很重要,这一发现表明胶质瘤可能选择性地上调肉豆蔻酸的合成以促进自身生长。相比之下,两种单不饱和脂肪酸,棕榈酸(16:1)和油酸(18:1)的M+0同位素的相对丰度较高。硬脂酸和油酸的M+2同位素丰度明显增加,表明它们是由未标记的前体(即棕榈酸和棕榈酸)延长形成的。研究人员进一步利用棕榈酸的同位素分布计算acetyl-CoA池中源自葡萄糖的比例,发现肿瘤组织内的该比例同样具有显著的空间异质性(图7d)。图7. 小鼠脑胶质瘤组织内部脂肪酸代谢空间异质性分析(点击查看大图)总结本文作者开发了一种全新的单细胞代谢流成像检测方法,将超高激光分辨率的大气压MALDI与高分辨率、高灵敏度的质谱检测器相结合,对细胞和肿瘤组织内的葡萄糖依赖性脂肪酸从头合成途径实现单细胞层面的空间分析。不仅为单细胞水平空间探测代谢活动提供了新的方法,还为正常和癌症组织中的脂肪酸摄取、合成和修饰分析提供了前所未有的视角。参考文献:1. Buglakova E, Ekelö f M, Schwaiger-Haber M, et al. 13C-SpaceM: Spatial single-cell isotope tracing reveals heterogeneity of de novo fatty acid synthesis in cancer. Preprint. bioRxiv. 2024 2023.08.18.553810. Published 2024 Feb 28. doi:10.1101/2023.08.18.5538102. Rö hrig F, Schulze A. The multifaceted roles of fatty acid synthesis in cancer. Nat Rev Cancer. 2016 16(11):732-749. doi:10.1038/nrc.2016.893. Metallo CM, Gameiro PA, Bell EL, et al. Reductive glutamine metabolism by IDH1 mediates lipogenesis under hypoxia. Nature. 2011 481(7381):380-384. Published 2011 Nov 20. doi:10.1038/nature106024. Wise DR, Ward PS, Shay JE, et al. Hypoxia promotes isocitrate dehydrogenase-dependent carboxylation of α-ketoglutarate to citrate to support cell growth and viability. Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 108(49):19611-19616. doi:10.1073/pnas.11177731085. Kamphorst JJ, Chung MK, Fan J, Rabinowitz JD. Quantitative analysis of acetyl-CoA production in hypoxic cancer cells reveals substantial contribution from acetate. Cancer Metab. 2014 2:23. Published 2014 Dec 11. doi:10.1186/2049-3002-2-236. Schug ZT, Peck B, Jones DT, et al. Acetyl-CoA synthetase 2 promotes acetate utilization and maintains cancer cell growth under metabolic stress. Cancer Cell. 2015 27(1):57-71. doi:10.1016/j.ccell.2014.12.002如需合作转载本文,请文末留言。
  • 第三届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2023年代谢组学国际研讨会通知
    为了促进我国代谢组学发展和学术交流,第三届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2023年代谢组学国际研讨会将于2023年10月27-29日在福建省厦门市召开。本次会议由中国生物物理学会代谢组学分会主办,厦门大学医学与生命科学学部承办。本次会议将邀请代谢组学领域具有重要影响的专家学者以及优秀青年科学家进行学术交流,展示代谢组学研究的新理论、新方法及新应用,促进代谢组学领域研究人员的交流合作以及与其它学科的交叉融合,推动我国代谢组学科的发展。大会诚挚邀请同行、专家、学者、学生踊跃投稿、积极参会!同时大会竭诚邀请厂商代表参会,介绍相关技术进展,促进产学研协作。会议时间:2023年10月27—29日会议地点:厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)组委会特别温馨提示:为了共建良好会风,组委会肯请各位报告人至少参与会议和讨论两整天,对各位报告人的积极与会表示衷心的感谢。组织机构主办单位:中国生物物理学会代谢组学分会承办单位:厦门大学医学与生命科学学部大会主席:唐惠儒 教授 林树海 教授大会秘书长:朱正江 研究员大会学术委员会委员 (按照姓氏首字母顺序排序)白 玉 蔡宗苇 陈艳华 冯钰锜 高红昌 胡凯锋 胡泽平 黄光明 贾 伟 姜长涛 李勤喜 林东海 林树海 罗 杰 吕海涛 聂宗秀 漆小泉 齐炼文 秦雪梅 申河清 唐惠儒 王保红 王秋泉 王 融 王喜军 王 献 吴俊芳 瑕 瑜 许风国 许国旺 杨 琛 尹慧勇 袁必锋 张金兰 朱正江大会组织委员会朱正江、 林树海、姚红艳、林东海、董继扬、申河清、吴彩胜、叶国注、曾珺、张洁大会报告特邀报告人及报告题目(持续更新)分会报告特邀报告人及报告题目(持续更新)会议日程会议简要日程提交摘要会议主题:代谢组学发展的新时代1代谢组学新技术2 脂质组学新技术3 代谢物新功能与机制4 疾病代谢组学和代谢调控机制5 医药代谢组学6 代谢组学应用(植物、环境、食品和健康等)论文摘要格式会议收录论文摘要为中文或者英文,摘要包括题目、作者姓名(请在摘要提交者姓名下加下划线)、工作单位、邮编、E-mail地址和正文。摘要篇幅为一个A4纸页面。字体用宋体或者Times New Roman,字号 12。请于2023年10月1日前上网提交会议摘要。其中,参加口头报告或竞争最佳摘要评选的摘要,截至日期为2023年9月1日,之后提交的摘要如无组委会特别邀请不备选口头报告或竞争最佳摘要评选。如有问题,请与林树海老师联系:shuhai@xmu.edu.cn。会议交流形式特邀报告、专题报告和墙报交流。摘要提交模板请见附件:住宿交通酒店住宿1. 厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)会议期间(10月27-29日),酒店住宿协议价为¥550元/晚(含双早),双床房或大床房同价。协议价仅针对注册参会代表,注册完成后,在预定酒店时会显示协议价的优惠码。备注:协议价房间数量有限,请大家尽早预定。住宿费报到时直接与酒店结算。酒店联系人:傅晓寒;联系电话:+86 592 331 8888,+86 151 6009 3782;邮箱:ivy.fu@hualuxexm.com厦门海沧融信华邑酒店 订房流程1.添加以下订房微信,备注:10.27-29代谢组学大会团队订房 + 客人姓名2. 添加微信后,需要发送订房信息:例:张三 10月27日入住,10月29日退房,大床或者双床 1间,联系电话:xxxxxxxxxxx发送完订房信息后,需支付房费至以下支付宝账户 ,房费为 550元/间夜。 付款完成后发送将付款截图3.收到客人付款截图及预订信息后,会回复确认号给到客人。范例如下:张三 10月27日-10月29日双床一间 1588xxxx7155 --44525644. 收到预定号后,即为预订成功。由于此价格为会议团队优惠价,所以预订成功后,此预订不可更改,不可取消;订房预订需2晚连住(2023.10.27-2023.10.29),不可单独只定1晚。其他协议价酒店(提供接驳车):1.厦门鼓浪湾酒店(厦门市海沧区滨湖东路99号)会议期间(10月27-29日),酒店住宿协议价为¥500元/晚(含双早),双床房或大床房同价。协议价仅针对注册参会代表,注册完成后,在预定酒店时会显示协议价的优惠码。备注:协议价房间数量有限,请大家尽早预定。住宿费报到时直接与酒店结算。酒店联系人:胡夏龙;联系电话:17859775210邮箱:2504812067@qq.com2.厦门格美酒店(厦门市海沧区嵩屿南一里232号)会议期间(10月27-29日),酒店住宿协议价为¥350元/晚(含双早),双床房或大床房同价。协议价仅针对注册参会代表,注册完成后,在预定酒店时会显示协议价的优惠码。备注:协议价房间数量有限,请大家尽早预定。住宿费报到时直接与酒店结算。酒店联系人:胡夏龙;联系电话:17859775210邮箱:2504812067@qq.com下面为周边的非协议价酒店,供选择参考:1. 厦门爱筑精选酒店(海沧大桥渔人码头店)(海沧大道912号渔人码头)联系方式:0592-61510052. 厦门智选假日酒店(鼓浪屿邮轮码头店) (福建省厦门市湖里区东渡路64号)联系方式:0592-3521888交通信息1. 厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)招展通知布展时间:2023年10月27日参展时间:2023年10月28-29日撤展时间:2023年10月29日下午一、参展标准1、钻石展位:15万元配置2个宣传桌位,进行企业宣传 公司图标放在会议网站上 2张会议休息期间主动播放PPT slides 会议手册2整页广告进行企业宣传;提供5个免费参会名额;与公司产品或技术相关的大会报告(15分钟,需先将报告内容请组委会把关)和会议午餐会报告(15分钟);优先冠名大会晚宴2、白金展位:10万元配置2个宣传桌位,进行企业宣传 公司图标放在会议网站上 1张会议休息期间主动播放PPT slide 会议手册1页广告进行企业宣传;提供4个免费参会名额;与公司产品或技术相关的午餐会报告(15分钟)3、金牌展位:5万元配置1个宣传桌位,进行企业宣传;公司图标放在会议网站上 1张会议休息期间主动播放PPT slide 会议手册1页广告进行企业宣传 提供2个免费参会名额4、银牌展位:3万元配置1个宣传桌位,进行企业宣传;提供1个免费参会名额5、铜牌参展:2万元配置1个宣传易拉宝, 进行企业宣传;提供1个免费参会名额。二、单独参展项目1、独家冠名会议晚宴: 公司主要负责人受邀出席冷餐会或晚宴,并坐嘉宾席;仅限钻石参展商2、与公司产品或技术相关的15分钟午餐会报告(需先将报告内容请组委会把关):2万元3、宣传页:会议手册1页广告进行企业宣传 0.5万元 在会议手册封底刊登广告:2万元4、会议资料包:提供会议资料袋/包,资料袋印公司logo和代谢组学分会(价值不少于 3万元), 仅限钻石和白金参展商5、茶歇:茶歇台上摆放公司宣传展架2个: 2万元参展咨询(1)庄紫怡:021-68582291, 15000115212,zhulab@sioc.ac.cn(2)岳同岩:13501326256,yuetongyan@bsc.org.cn(3)林树海: 15021534583, shuhai@xmu.edu.cn,缴费方式会前技术培训主题:非靶向代谢组学数据分析;400元/人(报名人数上限为100人,报名顺序为实际付款顺序,只支持在线支付宝、微信支付,不支持汇款,缴费人数超过报名上限缴费链接关闭)缴费后,支付宝、微信账单中有向“中国生物物理学会”支付的400元会前培训注册费支付凭证,即表示注册会前培训成功主讲人: 朱正江研究员,尹岩东博士,蔡玉萍博士会议注册费会议采取网上注册。请大家上网注册,会议网站:https://meeting.bsc.org.cn/CSM2023/,并按通知的付款帐号按时交纳会议注册费。会议注册费标准【注】学生代表:需是全日制在读博士生、研究生或者本科生,其注册时须通过扫描件经电子邮件附件将学生证复印件发至大会秘书处( longjingping@bsc.org.cn)。会议将为注册代表提供:① 会议论文集及有关资料;② 会议期间午餐;③ 会间茶歇。注册费缴纳方式:在线支付(微信、支付宝)、银行汇款、现场刷卡。银行汇款信息:中国生物物理学会,中国工商银行北京东升路支行,0200006209014448518特别说明:1、银行汇款时请备注:2023代谢组学会+参会代表姓名,请缴费后将汇款凭证、缴费人信息发送邮件至大会秘书处longjingping@bsc.org.cn邮箱,邮件题目:2023代谢组学研讨会+单位+参会代表姓名,以便核对查询。2、退费原则:凡已缴费的参会代表因故不能参会者,须在2023年10月11日之前以email形式向大会提出申请,注册费全额退款;2023年10月12-19日前告知,正式代表将扣除500元手续费、学生代表扣除200元手续费后,退还余款;2023年10月20日之后申请,将不再退款。3、发票领取:默认提供电子发票,如有问题,联系邮箱: longjingping@bsc.org.cn。重要时间节点1.论文摘要截止日期:2023年10月1日2.会前优惠注册:2023年10月1日会议联系人1. 会议网站: 岳同岩:yuetongyan@bsc.org.cn,135013262562. 会议注册: 龙静萍: longjingping@bsc.org.cn,010-648898943. 摘要提交: 林树海: shuhai@xmu.edu.cn,150215345834.会议参展: 庄紫怡:zhulab@sioc.ac.cn,021-68582291岳同岩:yuetongyan@bsc.org.cn,13501326256     林树海: shuhai@xmu.edu.cn,150215345835. 会议协调:林树海: shuhai@xmu.edu.cn,15021534583
  • 会议通知|第三届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2023年代谢组学国际研讨会将于10.27-29召开
    为了促进我国代谢组学发展和学术交流,第三届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2023年代谢组学国际研讨会将于2023年10月27-29日在福建省厦门市召开。本次会议由中国生物物理学会代谢组学分会主办,厦门大学医学与生命科学学部承办。  本次会议将邀请代谢组学领域具有重要影响的专家学者以及优秀青年科学家进行学术交流,展示代谢组学研究的新理论、新方法及新应用,促进代谢组学领域研究人员的交流合作以及与其它学科的交叉融合,推动我国代谢组学科的发展。大会诚挚邀请同行、专家、学者、学生踊跃投稿、积极参会!同时大会竭诚邀请厂商代表参会,介绍相关技术进展,促进产学研协作。  会议时间:2023年10月27—29日  会议地点:厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)  组织机构  主办单位:中国生物物理学会代谢组学分会  承办单位:厦门大学医学与生命科学学部  大会主席:唐惠儒 教授 林树海 教授  大会秘书长:朱正江 研究员  大会学术委员会委员 (按照姓氏首字母顺序排序)  白 玉 蔡宗苇 陈艳华 冯钰錡 高红昌 胡凯锋 胡泽平 黄光明 贾 伟 姜长涛  李勤喜 林东海 林树海 罗 杰 吕海涛 聂宗秀 漆小泉 齐炼文 秦雪梅 申河清  唐惠儒 王保红 王秋泉 王 融 王喜军 王 献 吴俊芳 瑕 瑜 许风国 许国旺  杨 琛 尹慧勇 袁必锋 张金兰 朱正江  大会组织委员会  朱正江、 林树海、姚红艳、林东海、董继扬、申河清、吴彩胜、叶国注、曾珺、张洁  提交摘要  会议主题:代谢组学发展的新时代  1 代谢组学新技术  2 脂质组学新技术  3 代谢物新功能与机制  4 疾病代谢组学和代谢调控机制  5 医药代谢组学  6 代谢组学应用(植物、环境、食品和健康等)  论文摘要格式  会议收录论文摘要为中文或者英文,摘要包括题目、作者姓名(请在摘要提交者姓名下加下划线)、工作单位、邮编、E-mail地址和正文。摘要篇幅为一个A4纸页面。字体用宋体或者Times New Roman,字号 12。请于2023年9月1日前上网提交会议摘要。截止日期后提交的摘要如无组委会特别邀请不备选口头报告或竞争最佳摘要评选。如有问题,请与林树海老师联系:shuhai@xmu.edu.cn。  会议交流形式  特邀报告、专题报告和墙报交流。  提交摘要住宿交通  酒店住宿  1. 厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)  会议期间(10月27-29日),酒店住宿协议价为¥550元/晚(含双早),双床房或大床房同价。协议价仅针对注册参会代表,注册完成后,在预定酒店时会显示协议价的优惠码。  备注:协议价房间数量有限,请大家尽早预定。住宿费报到时直接与酒店结算。  酒店联系人:傅晓寒 联系电话:+86 592 331 8888,+86 151 6009 3782   邮箱:ivy.fu@hualuxexm.com  下面为周边的非协议价酒店,供选择参考:  1. 厦门爱筑精选酒店(海沧大桥渔人码头店)(海沧大道912号渔人码头)  联系方式:0592-6151005  2. 厦门智选假日酒店(鼓浪屿邮轮码头店) (福建省厦门市湖里区东渡路64号)  联系方式:0592-3521888  交通信息  1. 厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)
  • 第三届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2023年代谢组学国际研讨会将于10月27日召开
    第三届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2023年代谢组学国际研讨会将于2023年10月27-29日在福建省厦门市召开。本次会议由中国生物物理学会代谢组学分会主办,厦门大学医学与生命科学学部承办。  本次会议将邀请代谢组学领域具有重要影响的专家学者以及优秀青年科学家进行学术交流,展示代谢组学研究的新理论、新方法及新应用,促进代谢组学领域研究人员的交流合作以及与其它学科的交叉融合,推动我国代谢组学科的发展。大会诚挚邀请同行、专家、学者、学生踊跃投稿、积极参会!同时大会竭诚邀请厂商代表参会,介绍相关技术进展,促进产学研协作。  会议时间:2023年10月27—29日  会议地点:厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)  组委会特别温馨提示:  为了共建良好会风,组委会肯请各位报告人至少参与会议和讨论两整天,对各位报告人的积极与会表示衷心的感谢。  分类标签: 代谢组学  组织机构  主办单位:中国生物物理学会代谢组学分会  承办单位:厦门大学医学与生命科学学部  大会主席:唐惠儒 教授 林树海 教授  大会秘书长:朱正江 研究员  大会学术委员会委员 (按照姓氏首字母顺序排序)  白 玉 蔡宗苇 陈艳华 冯钰錡 高红昌 胡凯锋 胡泽平 黄光明 贾 伟 姜长涛  李勤喜 林东海 林树海 罗 杰 吕海涛 聂宗秀 漆小泉 齐炼文 秦雪梅 申河清  唐惠儒 王保红 王秋泉 王 融 王喜军 王 献 吴俊芳 瑕 瑜 许风国 许国旺  杨 琛 尹慧勇 袁必锋 张金兰 朱正江  大会组织委员会  朱正江、 林树海、姚红艳、林东海、董继扬、申河清、吴彩胜、叶国注、曾珺、张洁  报告专家(持续更新…)  Liang Li, University of Alberta Canada  Yulan Wang, Nanyang Technological University Singapore  Matej Orešič,Örebro University Sweden and University of Turku Finland  蔡宗苇,香港浸会大学  吕海涛,香港浸会大学  尹慧勇,香港城市大学  唐惠儒,复旦大学  朱正江,中国科学院上海有机化学研究所  许国旺,中国科学院大连物理化学研究所  再帕尔阿不力孜,中央民族大学  王喜军,黑龙江中医药大学  税光厚,中国科学院遗传与发育生物学研究所  郑乐民,北京大学  姜长涛,北京大学  林金明,清华大学  胡泽平,清华大学  瑕瑜,清华大学  黄光明,中国科学技术大学  聂宗秀,中国科学院化学研究所  傅肃能,广州实验室  靳津,浙江大学  王保红,浙江大学  冯钰錡,武汉大学  袁必锋,武汉大学  方明亮,复旦大学  陈立,复旦大学  张金兰,北京协和医学院  王琳,北京协和医学院  贺玖明,中国医学科学院药物研究所  许风国,中国药科大学  钱旭,南京医科大学  鲁洪中,上海交通大学  杨立峰,中国科学院上海营养与健康研究所  赵超,中国科学院深圳先进技术研究院  秦雪梅,山西大学  杭纬,厦门大学  林树海,厦门大学  罗杰,海南大学  漆小泉,中国科学院植物研究所  卢红梅,中南大学  提交摘要  会议主题:代谢组学发展的新时代  1 代谢组学新技术  2 脂质组学新技术  3 代谢物新功能与机制  4 疾病代谢组学和代谢调控机制  5 医药代谢组学  6 代谢组学应用(植物、环境、食品和健康等)  论文摘要格式  会议收录论文摘要为中文或者英文,摘要包括题目、作者姓名(请在摘要提交者姓名下加下划线)、工作单位、邮编、E-mail地址和正文。摘要篇幅为一个A4纸页面。字体用宋体或者Times New Roman,字号 12。请于2023年9月1日前上网提交会议摘要。截止日期后提交的摘要如无组委会特别邀请不备选口头报告或竞争最佳摘要评选。如有问题,请与林树海老师联系:shuhai@xmu.edu.cn。  会议交流形式  特邀报告、专题报告和墙报交流。  酒店住宿  1. 厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)  会议期间(10月27-29日),酒店住宿协议价为¥550元/晚(含双早),双床房或大床房同价。协议价仅针对注册参会代表,注册完成后,在预定酒店时会显示协议价的优惠码。  备注:协议价房间数量有限,请大家尽早预定。住宿费报到时直接与酒店结算。  酒店联系人:傅晓寒 联系电话:+86 592 331 8888,+86 151 6009 3782   邮箱:ivy.fu@hualuxexm.com  厦门海沧融信华邑酒店 订房流程  1.添加以下订房微信,备注:10.27-29代谢组学大会团队订房 + 客人姓名  2. 添加微信后,需要发送订房信息:  例:张三 10月27日入住,10月29日退房,大床或者双床 1间,联系电话:xxxxxxxxxxx  发送完订房信息后,需支付房费至以下支付宝账户 ,房费为 550元/间夜。 付款完成后发送将付款截图  3.收到客人付款截图及预订信息后,会回复确认号给到客人。  范例如下:  张三 10月27日-10月29日双床一间 1588xxxx7155 --4452564  4. 收到预定号后,即为预订成功。  由于此价格为会议团队优惠价,所以预订成功后,此预订不可更改,不可取消   订房预订需2晚连住(2023.10.27-2023.10.29),不可单独只定1晚。  下面为周边的非协议价酒店,供选择参考:  1. 厦门爱筑精选酒店(海沧大桥渔人码头店)(海沧大道912号渔人码头)  联系方式:0592-6151005  2. 厦门智选假日酒店(鼓浪屿邮轮码头店) (福建省厦门市湖里区东渡路64号)  联系方式:0592-3521888  交通信息  1. 厦门海沧融信华邑酒店(福建省厦门市海沧区海沧大道坪山南里63号)
  • 许国旺研究员:代谢组学研究对色谱-质谱分析技术的挑战
    仪器信息网讯,2009年11月7日,由中国质谱学会有机质谱专业委员会与中国分析测试协会联合举办的“2009年中国有机质谱年会”在北京成功召开,会议为期三天,出席会议人数达300人。仪器信息网作为特邀媒体也应邀参加。   此次质谱年会为与会代表准备了丰富的报告内容,内容涉及生命科学、医学、药学、环境科学、食品安全、毒物分析中的质谱应用研究以及质谱仪器研发的新技术、新进展等。仪器信息网将进行系列报道。   中国科学院大连化学物理研究所许国旺研究员的研究关注的是内源性代谢,代谢组学研究就是用一系列分析化学手段,如色谱、质谱、核磁共振、光谱等,将代谢产物进行分离,然后用数据分析方法把有用的信息进行提取,最后对信息进行生物学解析。与基因组学、蛋白质组学相比,代谢组学研究的是已经发生的改变,而前两者研究的是可能发生的改变,因此在这个意义上说,代谢组学更接近于临床。 中国科学院大连化学物理研究所许国旺研究员   但是,目前代谢组学研究面临以下挑战:其一,到目前为止,任何一种分析工具都只能分析代谢组中15%的代谢物 其二,代谢物的结构鉴定一直是一个没有解决的问题。许国旺研究员认为,代谢组学研究要取得进展,分析测试平台首先要取得突破,而其中色谱和质谱是最有前途的技术。   依据此思路,许国旺研究员在代谢组学分析手段方面进行了大量的研究,课题组搭建二维色谱-质谱联用仪器,使得代谢产物中亲水化合物与疏水化合物同时分离,并且提高了分辨率,使得以高分辨质谱为核心的集成方法解决代谢组学中未知化合物的定性问题。
  • 代谢组学研究最新进展与代谢物鉴定分析交流会顺利举行
    p   strong  仪器信息网讯 /strong 2016年5月6日,由中国科学院大连化学物理研究所代谢组学研究中心与大连达硕信息技术有限公司联合主办的代谢组学研究最新进展与代谢物鉴定分析交流会通过仪器信息网网络讲堂平台顺利举行。 /p p   本次会议采取了网络直播与现场会议相结合的模式,300多名用户报名参加了在线的网络直播会议,同时有近50名来自有大连理工大学、黑龙江中医药大学等高校的研究人员在大连化物所参加了现场会议。 /p p   据介绍,本次交流会的举行主要是为了庆祝OSI/SMMS 代谢组学小分子化合物快速鉴定分析软件系统开发完成。该系统由大连达硕信息技术有限公司与中国科学院大连化学物理研究所代谢组学研究中心共同开发完成,基于近2000个标准化合物,4个主流网络数据库,以及用户自建数据库,可实现代谢物的快速、批量、准确定性分析。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 会议直播.jpg" style=" HEIGHT: 347px WIDTH: 500px" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201609/insimg/dc5e6755-def3-4ad1-b27d-8b13c1d917d8.jpg" width=" 500" height=" 347" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 许国旺2c.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201605/insimg/606abeb9-aeb1-45dc-937f-46d81e32daad.jpg" / /p p   会议中,中国科学院大连化学物理研究所代谢组学研究中心许国旺研究员首先从代谢组学概述、代谢组学研究方法、代谢组学应用的新进展、前景展望等四个方面对代谢组学做了详细介绍。 /p p   代谢组学是研究生命体对于内在基因突变、病理生理变化以及外在环境等因素刺激作用下的体内的动态多元的代谢物响应,定性定量描述生物体内所有内源性代谢物。与其他组学相比,基因及环境因素改变而引起的变化在代谢组上体现的更为显著,并且代谢组变化快速、使得其对环境变化的应答更为及时灵敏,对于发现实际表型变化前的早期代谢扰动具有重要的潜力。目前,代谢组学在疾病、植物、肠道菌群、药物研发、食品等领域都有应用。 /p p   许国旺在报告中提到“基因组学和蛋白质组学告诉你可能发生了什么,而代谢组学则可以告诉你已经发生了什么,疾病变化往往在代谢组中能更早的体现出来,因而在早期疾病诊断中更具优势。” /p p   对于代谢组学的未来的发展,许国旺介绍说如何更好的表征代谢物,拓展代谢组学的分析能力,从而促进代谢组学在生化医学领域的应用是大家所关注的,如进行规模化代谢物鉴定,提高对所获取代谢物信息的利用率 高通量分析,应对大规模代谢组学分析 提高对低丰度代谢物信息的利用 由经典的表型发现向功能表征推进等。 /p p   大连达硕信息技术有限公司总经理曾仲大博士在会议中介绍了OSI/SMMS 代谢组学小分子化合物快速鉴定分析软件系统的开发背景,需要解决的主要问题,采取的解决方案和关键技术,以及相应的应用实例。 /p p   曾仲大介绍说代谢物的鉴定是后续深度生物解释的基础和前提。而目前普遍认为,常规方法(主要指LC-MS sup n /sup 、GC-MS和NMR)能检测和鉴别的代谢物应不到样品中代谢物总量的10-15%。一次常规的代谢组学血液分析,在所获得了成千上万质谱特征中,往往仅能鉴定出几十至上百种代谢物,且大多数情况下并没有验证其准确性。 /p p   OSI/SMMS 代谢组学小分子化合物快速鉴定分析软件系统融合多级质谱的精确质量数与保留时间信息,实现未知代谢物的多层次鉴定分析。该软件的特色在于快速、准确的实现未知代谢物定性,减少繁复的操作步骤,降低对使用者的要求。它拥有信息完备的自建标准数据库、集成了主流网络数据库、采用先进的定性匹配算法、能够实现多层次未知物定性,可实现定性经验的传递,以及丰富的数据库功能。 /p p   本次会议得到了用户的充分认可,会后仪器信息网的网友们通过多种渠道对许国旺研究员和曾仲大博士带来的精彩报告表示感谢。错过会议的网友们可查看本次网络讲座的视频回放,了解报告详细内容。请见链接: a href=" http://www.instrument.com.cn/webinar/Video/play/103101" http://www.instrument.com.cn/webinar/Video/play/103101 /a /p
  • 第二届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2021年代谢组学国际研讨会第二轮通知
    仪器信息网讯 “第二届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2021年代谢组学国际研讨会”将于2021年8月13-15日在中国上海召开。本次会议由中国生物物理学会代谢组学分会主办,复旦大学人类表型组研究院承办。本次会议将交流代谢学领域最新研究成果及发展动态。会议包括邀请报告、口头报告和墙报展讲,会议规模预计将超过500人。目前已经邀请40位国内外代谢组学领域的专家参会,其他口头报告专家仍在增加中。  欢迎各高校、科研院(所)以及企事业单位的科研、工程技术人员和管理人员参加会议。敬请各位参会人员一定在会议摘要截止日期(7月30日)前完成摘要提交手续,并注明是否希望作口头报告(截至7月15日仅有少量口头报告剩余)。  同时为了鼓励广大研究生参会并提交墙报摘要,本次会议设置优秀墙报奖10-20名,由组委会专家对参会的墙报进行评比(墙报长*宽的尺寸:120*80 cm),在大会闭幕式上(8月15日下午)给优秀墙报获得者颁发奖状和奖金(1500元)。  一、会议时间和地点  会议时间: 2021年8月13 - 15日  8月13日(周五):会议报到  8月14日(周六):全天会议  8月15日(周日):全天会议(会议计划于15日下午6点闭幕,请安排好行程)  会议地点: 博雅酒店(上海市浦东新区张江碧波路699号)  会议网址 https://meeting.bsc.org.cn/CSM2021/  二、会议关键时间节点  会议摘要提交日期: 7月30日  会议网络注册日期: 7月30日 (7月30日之后注册窗口关闭,进行现场注册)  会议报到日期: 8月13-14日:博雅酒店(上海市浦东新区张江碧波路699号)  三、会议联系人  1. 会议注册和缴费:龙静萍: longjingping@bsc.org.cn  2.摘要提交及接收函:姚红艳: hyao@fudan.edu.cn  3.公司赞助与参展:万晟伟:zhulab@sioc.ac.cn 13524242762, 021-68582291  4.会议协调:姚红艳: hyao@fudan.edu.cn 13918305068  四、组委会特别温馨提示  为了共建良好会风,组委会肯请各位报告人至少参与会议和讨论两整天,对各位报告人的积极与会表示衷心的感谢。  中国生物物理学会 代谢组学分会  二零二一年七月
  • 第一届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2019代谢组学国际研讨会盛大召开!
    p style=" text-indent: 2em " 2019年4月18-21日,第一届中国生物物理学会代谢组学分会年会暨2019代谢组学国际研讨会在上海召开。本次大会吸引了来自英、美、加、日、新以及我国的6个国家100多家单位,近千位科研人员参加。 /p p style=" text-indent: 2em " 本届年会由中国生物物理学会代谢组学分会主办,复旦大学人类表型组研究院承办;遗传工程国家重点实验室、复旦大学生命科学学院、复旦大学遗传与发育协同创新中心、上海国际人类表型组研究院、上海第一人民医院等协办。代谢组学分会会长、复旦大学唐惠儒教授任大会主席,;中科院化学与生物交叉中心朱正江研究员任大会秘书长。复旦大学人类表型组研究院副院长王久存教授,中国生物物理学会副秘书长、复旦大学刘铁民教授,代谢组学分会会长唐惠儒教授到会并致辞。 /p p style=" text-indent: 2em " 会上,80余位报告人介绍了代谢组学技术及应用方面的进展。报告内容涉及代谢组学技术、植物代谢组学、疾病代谢组学、医药代谢组学、脂质组学、代谢组学应用等方面,覆盖了代谢组学的各应用领域。大会青年论坛还表彰了选出的10个优秀青年报告与10个优秀墙报。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: left " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/89b77913-a7e6-4bb8-9e43-0adebdfd833c.jpg" title=" 大会现场图.jpg" alt=" 大会现场图.jpg" width=" 661" height=" 327" style=" width: 661px height: 327px float: left " border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 大会开幕式现场 /strong /p p style=" text-align: center " strong img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/8f634745-86a5-40d5-ab71-563053ee7e10.jpg" title=" 王存久2.JPG" alt=" 王存久2.JPG" width=" 600" height=" 410" style=" width: 600px height: 410px " border=" 0" vspace=" 0" / /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 复旦大学人类表型组研究院副院长王久存教授致开幕辞 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 王久存教授在大会致辞中谈到,代谢组学技术的进步,彰显了技术进步对于学科发展的支撑作用。由复旦大学主动布局,并发起的“一计划两中心”行动,除了在张江科学城建设“张江复旦国际创新中心”外,其中的“一计划”就是指“国际人类表型组计划”。依托技术支撑的“国际人类表型组计划(一期)项目”作为上海市首批市级科技重大专项已经予以立项,并获得总经费为5.57亿元的支持。 /p p style=" text-align: center " strong img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/2c33d7c3-d004-457c-83f5-d0a679c4d894.jpg" title=" 刘铁民.jpg" alt=" 刘铁民.jpg" width=" 600" height=" 406" style=" width: 600px height: 406px " border=" 0" vspace=" 0" / /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 中国生物物理学会副秘书长复旦大学刘铁民教授致辞 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 刘铁民教授代表中国生物物理学会致辞,希望代谢组学分会可以聚集行业专家,统一行业标准,制定准确的研究方法以提高研究水平。 /p p style=" text-align: center " strong img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/e91a6c09-2a11-4275-972f-958f79cf1558.jpg" title=" 唐惠儒1.jpg" alt=" 唐惠儒1.jpg" width=" 600" height=" 409" style=" width: 600px height: 409px " border=" 0" vspace=" 0" / /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 中国生物物理学会代谢组学分会会长、复旦大学唐惠儒教授致辞 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 代谢组学分会会长唐惠儒教授在致辞中介绍了代谢组学分会的目标,表示分会将致力于推动中国代谢组学领域研发、教育、科普、项目立项、合作及国内外交流。 /p p style=" text-indent: 2em " 此次学术研讨会还特别邀请了来自英国剑桥大学的JulesGriffin教授、日本三岛国立理化研究所MasanoriArita教授、复旦大学人类表型组丁琛教授、加拿大阿尔伯塔大学厉良教授、美国德州圣安东尼奥医学研究中心韩贤林教授、大化所许国旺教授等,并分别就代谢组学相关主题进行了精彩报告。 /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/9d121a35-0d9a-4987-80ff-8551d53743cc.jpg" title=" jules.JPG" alt=" jules.JPG" width=" 600" height=" 410" style=" width: 600px height: 410px " border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 大会特邀报告人——Jules Griffin教授 /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 演讲题目:Inflammatory stories in time and space: using mass spectrometry imaging, ion mobility and high throughput lipidomics to understand human disease. /strong /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/c90733ac-4a73-44dd-8be5-1d189b2e6f85.jpg" title=" 许国旺.JPG" alt=" 许国旺.JPG" width=" 600" height=" 415" style=" width: 600px height: 415px " border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 大会特邀报告人——许国旺教授 br/ /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 演讲题目:代谢组和暴露组的高覆盖检测和注释 /strong /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/01e2fa6e-76c6-488d-a8de-531ffa450e51.jpg" title=" 丁琛1.JPG" alt=" 丁琛1.JPG" width=" 600" height=" 402" style=" width: 600px height: 402px " border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 大会特邀报告人——丁琛教授 /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 演讲题目:人类表型组计划 /strong /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/f893984f-f003-4275-a0bd-a9f53c209279.jpg" title=" Masanori.JPG" alt=" Masanori.JPG" width=" 600" height=" 418" style=" width: 600px height: 418px " border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 大会特邀报告人——Masanori Arita教授 /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong & nbsp 演讲题目:Cheminformatics for predicting structures from mass spectra. /strong /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/fc3a5580-c061-4011-a06d-4608ab76cd37.jpg" title=" liliang.JPG" alt=" liliang.JPG" width=" 600" height=" 384" style=" width: 600px height: 384px " border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 大会特邀报告人——Liang Li教授& nbsp /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong & nbsp 演讲题目:Analytical Challenges and Opportunities for High-Coverage& nbsp Quantitative Metabolomics /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/b6c6814d-d21b-427b-80e2-d88e1244e530.jpg" title=" xianlin han.JPG" alt=" xianlin han.JPG" width=" 600" height=" 400" border=" 0" vspace=" 0" style=" width: 600px height: 400px " / & nbsp /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 大会特邀报告人——Xianlin Han教授 /strong /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 演讲题目:Lipid Metabolism, Shotgun Lipidomics, and (Pre)translational& nbsp Medicine /strong /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/6ca4175b-ce3f-49c3-a566-e2458cc7a568.jpg" title=" 优秀青年报告.jpg" alt=" 优秀青年报告.jpg" width=" 600" height=" 401" border=" 0" vspace=" 0" style=" width: 600px height: 401px " / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 优秀青年报告人颁奖 /strong /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/65d083f0-189f-4210-a0ee-c39d01c98492.jpg" title=" 优秀墙报奖.jpg" alt=" 优秀墙报奖.jpg" width=" 600" height=" 304" border=" 0" vspace=" 0" style=" width: 600px height: 304px " / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 优秀墙报颁奖 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 研讨会期间,选举产生了中国生物物理学会代谢组学分会委员会及执行机构并召开了第一届委员会全体委员大会,总结了过去一年的工作,布置了承办2019年8月天津会议、2020年国际代谢组学大会等事宜。 /p p style=" text-indent: 2em " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/96343754-d07a-49ab-8ca8-b01cdaf33d85.jpg" title=" 理事会现场.JPG" alt=" 理事会现场.JPG" width=" 600" height=" 400" border=" 0" vspace=" 0" style=" width: 600px height: 400px " / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 理事会选举表决现场图 /strong /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/2a711db5-db93-4b23-8402-5ed02ac084cc.jpg" title=" 组委会合影.jpg" alt=" 组委会合影.jpg" width=" 600" height=" 280" border=" 0" vspace=" 0" style=" width: 600px height: 280px " / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong 首届中国生物物理学会代谢组学分会委员合影 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 机构介绍:中国生物物理学会-代谢组学分会旨在开展我国代谢组学行业的国内国际交流与合作,推动自主创新,促进我国代谢组学理论与技术的深入发展及国际影响力;普及代谢组学知识,推广代谢组学先进技术的应用;促进代谢组科技进步、科技成果的转化及产学研用相结合;组织参与技术标准的研制;参与国家科技奖励的推荐;为推进科技决策的科学化贡献思想与人才;同时开展继续教育、技术培训和咨询服务工作;举办科技展览;积极建议相关科研项目的立项等。代谢组学分会在2018年7月份正式成立,标志着我国代谢组学领域研究人员进入集体共发展的阶段。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " strong span style=" font-size: 20px " 委员会名单: /span /strong /p p style=" text-indent: 2em " strong span style=" font-size: 20px " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201905/uepic/8790fc1e-c4b0-48c5-976c-c5379447a616.jpg" title=" 理事会名单.jpg" alt=" 理事会名单.jpg" width=" 600" height=" 293" border=" 0" vspace=" 0" style=" width: 600px height: 293px " / /span /strong /p p style=" text-indent: 2em " br/ /p p br/ /p p style=" text-indent: 2em " & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp /p p br/ /p p br/ /p p br/ /p
  • 一次性单细胞蛋白质组和代谢组同步分析策略
    细胞异质性作为细胞系统中一种普遍存在的现象,受到生物研究领域的日益关注。在传统的群体分析中,单个细胞的独特差异往往被整体的平均值所掩盖,而这些被忽略的细节恰恰构成了细胞分化过程中的关键线索。随着微阵列芯片、核酸测序、质谱等技术的进步,对单一细胞进行基因组、转录组、代谢组和蛋白组分析已不再遥不可及。特别是核酸扩增技术的进步极大地推动了基因组、转录组在单细胞层面的测序技术的应用。尽管取得了这些进步,但在单细胞层面对蛋白质和代谢物的分析仍然面临重大挑战,这主要是由于它们的量有限且缺少有效的扩增手段。本文提出了一种新的策略,通过一次性单细胞蛋白质组和代谢组分析(scPMA),可以在单次LC-MS/MS分析中同时获取单个细胞的蛋白质和代谢物信息。通过这种策略,研究人员能够整合单个细胞的多组学数据,以深入理解细胞内部相互作用的网络和调控细胞状态的复杂机制。scPMA策略共包括以下三个部分(图1):单细胞捕获及分离、纳升级样品预处理、一次性LC注入和质谱检测。前两个环节都是基于课题组前期自制的机械装置操作完成的,最后一部分才是scPMA策略的亮点。在常规分析流程中,由于蛋白质组和代谢组在物理化学特性上的根本差异,它们通常需要匹配不同的质谱检测技术。因此,在传统的样本预处理阶段,蛋白质和代谢物会被分离,随后各自经历特定的处理流程,并最终分别进行LC-MS/MS检测。然而,这些额外的分离和处理步骤不仅增加了分析的复杂性,而且往往不可避免地会导致样本的损失,特别是在处理单细胞水平的微量样本时,这种损失尤为显著,可能对研究结果的准确性和可靠性造成影响。基于此,作者希望能够开发一种易于使用的方法来实现同一单细胞个体的蛋白质组和代谢组同步分析。图1 一次性单细胞蛋白质组和代谢组同步分析示意图实际上,代谢物和蛋白酶切后的肽段在C18反相色谱柱上的保留时间是存在差异的。如图2所示,在作者设置的45 min梯度下,大部分A549细胞酶切的肽段在9至17 min的范围内就已流出(图2a),而此时流动相中乙腈的最高含量仅为40%。而A549细胞产生的代谢物则主要分布在17 min之后,只有极少部分是在17 min以前流出(<10)(图2b)。导致这些现象的根本原因是肽段与代谢物之间疏水性的差异,因此,该策略更适合蛋白组与有一定疏水性的代谢物分析。得益于C18的有效分离,可以在色谱梯度的不同时间段针对不同的样本成分(肽段/代谢物)设置不同的质谱检测参数(图2c)。有效的色谱分离加与之匹配的双区域质谱检测便可实现一次性单细胞蛋白质组和代谢组双重分析。与之前的单组学的结果相比,scPMA策略在定量深度上并无明显差异(图2d-f)。图2 单蛋白质组和代谢组分析与scPMA的性能比较 通过scPMA策略,研究者们能够对单个肿瘤细胞(包括A549、HeLa和HepG2细胞)进行双重组学分析,平均定量了816、578和293个蛋白质以及72、91和148个代谢物。并利用UMAP聚类和随机森林机器学习模型,基于单细胞的蛋白质组、代谢组和双重组学信息,实现了对细胞类型的初步分类(图3、4)。根据结果可得知,细胞在代谢组中的异质性要大于蛋白组。图3 scPMA策略分析单个肿瘤细胞(包括A549、HeLa和HepG2细胞)图4 基于单细胞的蛋白质组、代谢组和双重组学信息对细胞进行分类随后,作者还利用scPMA方法在单细胞水平上研究了多柔比星对肿瘤细胞的诱导作用(图5)。对比药物处理组的各个单细胞样本发现给药后不同的单细胞在蛋白质表达上存在着异质性,这也是在群体分析中无法观察到的现象。与未给药的细胞相比,给药组共鉴定出255个差异蛋白(图5b、c),一些肺癌细胞中过表达的蛋白显著降低。大部分的差异蛋白涉及的通路与DNA、染色质、核小体的合成有关(图5g)。同样,给药组和未给药组中鉴定出的代谢物也被用于UMAP聚类(图5d)和差异分析。差异分析结果(图5e、f)显示,93种代谢物有差异表达。其中,多柔比星仅在给药组检测到。值得注意的是,在给药组的各个细胞中,多柔比星丰度有明显的离散分布,甚至有10倍的丰度差异。这一结果表明不同的细胞个体具有不同的药物吸收水平,从而表现出明显的细胞异质性,这可能为进一步深入探索提供启发。基于差异蛋白质组和代谢组信息,利用MetaboAnalyst 5.0进行联合通路分析,分别富集出62条和234条相关通路。其中有37条显著相关的通路涉及的差异蛋白和代谢物与核糖体、DNA复制等药物作用机制有关(图5i)。图7.氘代差异分析流程示意图这些结果展示了scPMA策略在单细胞分析中的潜力,尤其是在药物干预研究中的应用前景。同时,这项工作也证明了一次性获取单细胞蛋白质组和代谢组信息的可行性,为未来在细胞分化、衰老和肿瘤免疫等领域的研究提供了新的工具。本文2024年发表在Analytical Chemistry上,One-Shot Single-Cell Proteome and Metabolome Analysis Strategy for the Same Single Cell。该文章的通讯作者是来自浙江大学化学系微分析系统研究所的方群教授。
  • 小分子大科学|第三届中国生物物理学会代谢组学分会年会在鹭岛成功召开!
    仪器信息网讯 2023年10月27-29日,第三届中国生物物理学会代谢组学分会暨2023代谢组学国际研讨会在厦门召开,会议共为期2.5天,特别设置了半天非靶向代谢组学数据分析培训班。会议由中国生物物理学会代谢组学分会主办,厦门大学医学与生命科学学部承办。为促进我国代谢组学发展,会议就代谢组学领域最新研究成果及发展动态进行了探讨,吸引了5个国家、800余位代谢组学领域的专家用户及厂商代表参会。会上,近80位专家学者进行了代谢组学技术及应用方面的研究进展报告分享,报告内容涉及疾病代谢组学、药物代谢组学、环境代谢组学、脂质组学技术、代谢组学数据分析等方面,覆盖了代谢组学的各应用领域。 大会现场中国科学院上海有机化学研究所 朱正江研究员 主持大会厦门大学医学与生命科学学部委员 黄烯教授 致辞代谢组学分会会长/复旦大学唐惠儒教授致开幕辞唐教授首先代表代谢组学分会全体会务人员对不辞辛劳前来参加会议的各位专家学者表示最热烈的欢迎和最诚挚的谢意。之后,唐教授在致辞中介绍了代谢组学分会的目标,表示分会将致力于推动中国代谢组学领域研发、教育、科普、项目立项、合作及国内外交流。最后,唐教授也呼吁,代谢组学作为一个“年轻的”学科,领域中还存在很多“难啃的骨头”,希望所有从事代谢组学的学者能够瞄准“难点”问题,勇担学科发展重任,共同促进代谢组学蓬勃发展。大会报告环节由复旦大学唐惠儒教授、帝国理工学院 Jia Li教授、丹麦奥尔堡大学/芬兰图尔库大学Matej Oresic教授以及中国科学院大连化学物理研究所许国旺研究员四位专家带来精彩的报告分享。唐惠儒教授就代谢组学所面临的“种类繁多”“性质各异”“形式多样”“浓度差别大”“功能所知少”等挑战进行了介绍,同时也向与会者介绍了代谢组学定量分析的新技术与策略。Jia Li教授报告了通过代谢表型探索营养和肠道健康相关的研究进展。Matej Oresic教授报告了胆汁酸与肠道微生物组学研究的相关进展。许国旺研究员详细介绍了小分子分析化学的新方法以及代谢组学和暴露组学相关的研究进展,对疾病风险因子和疾病标志物的发现提供了有利工具。复旦大学 唐惠儒教授帝国理工学院 Jia Li教授丹麦奥尔堡大学/芬兰图尔库大学 Matej Oresic教授中国科学院大连化学物理研究所 许国旺研究员大会同期还举办了多个主题研讨会,共邀请了80位专家学者及行业专家针对代谢组学技术与应用、疾病代谢组学、药物代谢组学、脂质代谢组学技术、环境代谢组学、代谢组学数据分析进行学术探讨与交流。为促进优秀青年科技工作者的成长,拓宽视野,增长知识和才干,提高学术水平,大会还特别举办了青年科学家论坛,邀请了20位青年学者进行了学术交流。从多位青年科学家的报告可以看出,中国代谢组学研究的团队近些年在不断扩大,关于单细胞代谢组学、基于质谱成像技术的空间分辨代谢组学以及人工智能分析等新技术新应用的研究进展日新月异。在大会闭幕式环节,海南大学罗杰教授、中央民族大学再帕尔阿不力孜教授、黑龙江中医药大学王喜军教授以及上海交通大学/武汉大学邓子新院士带来了精彩的报告分享。罗杰教授报告了植物次生代谢调控和代谢组学研究的最新进展。再帕尔阿不力孜教授报告了质谱成像技术与空间分辨代谢组学研究的最新进展。王喜军教授向与会者详细介绍了中医方证代谢组学(Chinmedomics)以及其团队基于该内容的研究进展,包括方证代谢组学驱动的中药有效性等内容。邓子新院士以模拟和重塑代谢秘诀的合成生物学创新之路为题作报告,并从自然筛选驱动、途经工程驱动、学科交融驱动以及源头发现驱动等角度全方位阐释了代谢与合成生物学研究的现状以及未来趋势。海南大学 罗杰教授中央民族大学 再帕尔阿不力孜教授黑龙江中医药大学 王喜军教授(线上报告)上海交通大学/武汉大学 邓子新院士闭幕式上,本次大会的联合主席厦门大学林树海教授作闭幕式致辞,他表示,代谢组学的宗旨要围绕“测得全”“测得准”“测得透”“测得快”“测出活力”全面发展,同时时空成像技术和人工智能技术为代谢组学注入新的发展动能。最后,林树海教授再次感谢参与组织大会的学术委员、莅临现场的报告专家以及众多志愿者。厦门大学 林树海教授中国生物物理学会代谢组学分会委员合影会议期间还进行了墙报展示交流及优秀墙报评选活动,闭幕式上举行了优秀墙报的颁奖环节,邓子新院士与唐惠儒教授为获奖者颁奖。墙报展示区优秀墙报获奖者合影本次大会还得到了多家展商的大力支持,可以看到代谢组学在产业界的快速发展。展商包括质谱仪器设备企业如SCIEX、赛默飞、布鲁克、Waters、安捷伦等,还有众多提供代谢组学科研服务的企业如迈理奥代谢、英盛生物、迈维代谢、百趣生物、凯莱谱、拜谱生物、中科新生命、华大基因、诺米代谢、诺禾致源、百迈客、鹿明生物等,还有代谢组学研究相关的产品耗材及分离设备供应商如睿科、青岛腾龙、大连达硕等公司。展商掠影大会志愿者合影扫描二维码查看大会照片墙
  • 赛默飞发布iOmics Cloud多组学云,打造一站式蛋白质组与代谢组生物信息分析平台
    2017年9月22日,在上海代谢组学前沿技术交流会上,赛默飞重磅发布iOmics Cloud多组学云,打造一站式蛋白质组、代谢组生物信息分析平台,致力于将繁琐的生物功能分析、统计分析、可视化图表制作变得简单、快速、可靠,弥补组学分析“最后一公里”的短板,帮助科学家加速组学研究进程,造福科学研究。iOmics Cloud多组学生物信息分析云平台首次发布的iOmics Cloud多组学云包含近20种生物信息学常用工具,帮助客户实现一站式分析。样本 – 数据 – 结果 – 知识是组学分析的“信息流”,在样本处理、数据产出、数据分析已日趋成熟的情况下,“结果 – 知识”的转化成为制约组学分析的最后一环。iOmics Cloud的发布,将有效弥补这一制约环节,让繁琐的生物功能分析、统计分析、图表制作变得简单易懂、快速可靠,即便没有专业背景,也可以一键完成过去大咖才能玩得转的复杂统计和功能分析。iOmics Cloud包含常见的统计分析、生物功能分析、可视化图表制作赛默飞中国区色谱质谱高级商务运营总监李剑峰先生在iOmics Cloud发布时表示“赛默飞质谱已经走过50年,在过去的50年以及未来更长时间我们专注的不仅仅是产品创新,客户体验与应用更是我们关注的焦点。 今天发布的iOmics Cloud多组学云平台解决了样品处理分析的“最后一公里”。质谱分析的趋势就是更易用,更好用,成为医护工作人员都能用的好质谱。我们希望通过领先的云平台解决方案进一步携手广大科学家,医护工作人员推动组学研究,加速科学研究,推动中国的大健康事业;使世界更健康、更清洁、更安全。”赛默飞中国区色谱质谱高级商务运营总监李剑峰先生正式发布iOmics Cloud赛默飞中国区色谱质谱组学业务发展经理吴泽明博士为大家详细讲解了iOmics Cloud的功能,他表示“iOmics云平台的搭建使得赛默飞的蛋白质组学与代谢组学系统解决方案更具领先性与体系完整性,这些创新将加速客户的研究进程,迸发出更大的数据计算价值。” 同时,赛默飞中国研发中心云团队架构师毛智东博士为大家现场演示了iOmics Cloud的注册、登陆和使用方法,让每一位参会人员现场感受iOmics Cloud的功能强大和触手可及。赛默飞色谱质谱组学业务发展经理吴泽明博士和研发中心云团队架构师毛智东博士为大家现场讲解和演示iOmics Cloud由赛默飞与合作伙伴易算生物、悟空平台共同打造和维护,专注于蛋白质组、代谢组的一站式生物信息分析,与另一重要平台Thermo Fisher Cloud形成优势互补,帮助客户让多组学分析变得更简单、更全面、更快捷。iOmics Cloud合作伙伴iOmics Cloud将在10月10日 – 13日举办的北京分析测试学术报告会暨展览会(BCIEA)期间提供现场演示和操作体验,欢迎广大有志之士到赛默飞展位抢先体验。赛默飞iOmics Cloud多组学云平台将在BCEIA后正式上线,敬请期待。
  • Xevo G2-S QTof和TransOmics:用于蛋白质组学、 代谢组学和脂质组学的LC/MS差异组学分析系统
    Ian Edwards、JayneKirk和Joanne Williams沃特世公司(英国曼彻斯特)应用优势■ 简化了工作流程、验证和数据解析 ■ 设计用于大规模代谢组学和蛋白质组学数据集■ 集成式组学平台可用于各种各样的全面定性和定量分析沃特世解决方案包括TransOmics信息学软件的组学研究平台解决方案ACQUITY UPLC I-Class 系统nanoACQUITY UPLC 系统Xevo G2-S QTofTransOmics 信息学软件MassPREP 蛋白质酶解标准品 关键词组学,代谢组学,脂类组学,蛋白质组学,MSE,主成分分析,无标记LC/MS 简介近年来,包括基于LC-MS的代谢组学、脂质组学和蛋白质组学仪器等组学技术的进步实现了以高通量的方式对多种生物分子的丰度进行定量监测,从而测定它们在不同生物状态下的变化。我们的最终目标是增进对生物过程的理解,从而改善对于疾病的疗效,更有效地开发药物或维持作物生长的最佳农业环境,同时最大程度地减少传染和其它副作用。就此而言,不同分析学科的研究结果可提供正交的观点,通常可以互相作为补充。开发和应用能够将多个研究领域的结果进行整合的灵活信息学解决方案具有重大意义。本研究介绍了一种多组学解决方案,可用于对代谢组学和蛋白质组学数据集中的MS数据进行大规模分析。其中采用了包括TransOmics信息学软件的沃特世(Waters?)组学研究平台解决方案,并结合Xevo G2-S QTof系统进行技术和生物学重复分析。 结果与讨论执行的代谢组学实验包括相对于对照/质控样品,鉴定低剂量和高剂量样品。根据实验设计,样品应当划分为3个不同的组,并使用标记离子进行不同组的识别。用于代谢组学和脂类组学的TransOmics(TOIML)流程包括以下步骤: 1. 导入原始的MSE连续数据集(六个技术重复样/组)2. 峰对齐,纠正不同分析运行间的保留时间偏移3. 色谱峰归一化,以便在不同样品运行间进行比较4. 色谱峰检测(峰选择)5. 离子去卷积,按化合物将离子分组6. 利用已有的定制数据库进行化合物鉴定7. 执行数据分析,找出用以将化合物分为QC(质控)、空白(基质)和分析物(高剂量)的离子(特征) 基质背景包括系统评估基质,其中加入了不同的镇痛标准品混合物A,从而得到低剂量(QC和高剂量(空白)样品。质控样品(QC)通过混合等量的低剂量和高剂量样品而制成。 采用ACQUITY UPLC I-Class系统结合Xevo G2-S QTof,在正电喷雾模式下以大于30k FWHM的质量分辨率,分离和分析代谢物。在UPLC/MSE模式下采集数据,该模式是一种无监督的采集方法,其中当进行交替扫描时质谱仪在低能量和高能量之间切换。使用TOIML和专业化合物数据库进行处理、搜索和定量。 其中TOIML流程的步骤1,2和3在别处有详细描述(TransOmics信息学软件由Nonlinear Dynamics提供技术支持)。鉴定前,通过主成分分析对所检测离子进行分组,如图1所示,显示了综合得分图和载荷图。从中可知,离子主要聚集在技术重复水平,并且样品实现了清晰分离。 图1. 分析物(镇痛标准品混合物A高剂量;紫色),空白(系统评估基质;浅蓝色)和QC(质控样品;深蓝色)的主成分分析接着,采用集成式搜索工具进行化合物鉴定,以正确鉴定四种镇痛标准品混合物中可在正离子电喷雾模式下检测到的标准品。图2展示了TOIML化合物搜索结果页面的概览,其中突出显示了基于精确质量数、保留时间(可选)和理论同位素模式分布对咖啡因的鉴定。除了先前描述的PCA之外,TOIML中还整合了其它多变量统计工具,包括相关性和趋势分析。图3为一个示例,示出了四个加标标准品的归一化趋势图,表明每个标准品的六个技术重复样之间有着良好的一致性,并且相对丰度与实验设计一致。此外,TOIML还便于科学家将分析结果与其它组学数据关联,或为诸如EZinfo的独立统计软件包提供输入数据。下游生物信息学(即Umetrics软件)的结果可重新导入分析实验中,以将所有化合物数据合并为单个表格以供审查或分享。图2. TOIML化合物鉴定页面。图3.镇痛标准品的归一化丰度分析。在蛋白质组学实验中,分析了两个10ng大肠杆菌样品的三个重复样,分别加入了牛血清白蛋白(BSA)、乙醇脱氢酶(ADH),烯醇酶和糖原磷酸化酶B。第一个样品(混合物1)中的加标蛋白质的柱上进样量均为1飞摩尔,而第二个样品(混合物2)中的加标蛋白质柱上进样量分别为8、1、2和0.5飞摩尔。因此,额定预期比值(混合物2:混合物1)应为8:1、1:1、2:1和0.5:1。在本研究中,使用nanoAC-QUITY UPLC系统结合Xevo G2-S QTof,在LC/MSE采集模式下对肽进行分离和分析。采用用于蛋白组学的TransOmics(TOIP)以及含有加标蛋白质序列信息的种属特异性数据库进行处理、搜索和定量。 TOIP流程包括以下步骤:1. 导入原始的MSE连续数据集(每个样品有三个技术重复样)2. 峰对齐,纠正不同分析运行间的保留时间偏移3. 色谱峰归一化,以便在不同样品运行间进行比较4. 色谱峰检测(峰选择)5. 利用集成数据库搜索算法鉴定蛋白质和肽6. 多变量统计分析7. 绝对和相对定量 TOIP提供了与TOIML相同的多变量分析工具。图4显示了所检测特征的PCA示例,即电荷态组。可明显看出,特征主要聚集在技术重复水平。其中一种加标蛋白质消化物的肽定性鉴定结果示于图5中,该蛋白质中鉴定出的所有肽的归一化表达谱如图6所示。对后者的定量精确度类型进行了确证,此类型可通过无标记MS研究及基于LC/MSE的采集策略获得。 图4.大肠杆菌中加入的混合物1(深蓝色)和混合物2(浅蓝色)的特征(电荷态组)PCA图。图5显示了差异加标样品中一个分析物的LC/MSE采集的定性结果概览。在本例中,BAS的柱上进样量为8 fmol,而大肠杆菌消化物的量为10 ng。结果如图6所示,展示了相关的相对定量结果。图5.大肠杆菌中加入的不同浓度牛血清白蛋白肽的定性LC/MSE鉴定结果。顺时针显示的依次是鉴定相关指标(得分和误差)、具体的轮廓线图以及标注的产物离子谱图。图6.牛血清白蛋白中鉴定出的肽的定量分析。结论■TransOmics信息学软件为多组学研究提供了一个简单易用、可扩展的系统■UPLC/MSE(LC结合数据独立型采集MS)可在单次实验中提供全面的定性和定量数据集■通过代谢物、脂质和蛋白质分析可快速获取补充信息并进行关联
  • 上海有机所开发出四维代谢组学精准分析技术Met4DX
    中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心研究员朱正江课题组在《自然-通讯》(Nature Communications)上,在线发表了题为A mass spectrum-oriented computational method for ion mobility-resolved untargeted metabolomics的研究论文。该工作针对基于离子淌度质谱的四维代谢组学技术开发了一种端到端的精准数据分析技术Met4DX,用于四维代谢组学数据的四维峰检测、峰对齐和峰定量,并结合四维数据库实现代谢物的四维精准匹配和鉴定(图1)。   离子淌度质谱相较于传统质谱增加了根据离子尺寸、形状以及电荷分离的离子淌度,有效提升了质谱的分离能力,特别是代谢物同分异构体的分辨能力,其跟液相色谱联用形成多维分离分析技术,可进一步提高复杂生物样本分析的分离度和峰容量。一次四维代谢组学分析能够同时对代谢物离子进行四个维度的表征,包括精确质量数(MS1)、二级质谱图(MS/MS)、色谱保留时间(RT)和离子淌度碰撞截面积(CCS),能有效提升对复杂生物样品中代谢物定性和定量分析的覆盖度和准确度。然而,四维代谢组数据的高度复杂性对数据的高效精准分析提出了挑战,尤其是四维质谱峰的检测仍是难点。因此,四维代谢组数据分析技术和工具相对有限。目前,少量工具如MS-DIAL与MZmine等均采用自上而下压缩数据的降维策略进行峰检测。该降维策略可以降低数据的维数和复杂性,但降维过程也不可避免低引入了信号掩蔽及干扰,显著降低了四维峰检测的灵敏度。   液相色谱-离子淌度-质谱依次从液相、离子淌度以及质谱维度对代谢物实现多维分离,所需要的时间也逐级减小。受到该分离方式的启发,本研究开发了从一张质谱图出发的自下而上峰组装算法(mass spectrum oriented bottom-up assembly algorithm)用于四维代谢组学数据中四维峰的检测(图2)。该技术的特点是将每一张质谱图作为四维数据中的最小数据单元,采用逆向工程的策略依次构建其在离子淌度和液相色谱上的峰形。具体地,对于每一张质谱图,该算法会依次进行其前体离子的搜索、离子淌度流出峰的组装与检测、离子淌度流出峰的拓展、色谱流出峰的组装与检测和四维峰积分等五个步骤实现四维代谢峰检测与峰定量。本工作开发的自下而上的峰组装算法避免了数据压缩与降维,有效地提高了四维峰检测的覆盖度与灵敏度。以上述算法为核心,科研人员进一步开发了适用于四维代谢组学的端到端的精准数据分析技术Met4DX,通过二级谱图去冗余模块、自下而上的峰组装模块、四维峰对齐以及分组模块、代谢物的多维匹配与鉴定模块等实现了的四维复杂代谢组的精准定性和精确定量分析。   Met4DX技术能够实现高覆盖的四维质谱峰检测,定量精密度高。与同类技术相比(如MS-DIAL和MetaboScape),Met4DX能够提升四维峰检测的覆盖度2-3倍,提升准确定量代谢物的数目2-5倍。Met4DX在代谢物同分异构体识别上具有优异的性能。以在小鼠肝脏代谢组为例,Met4DX精准识别代谢物同分异构体数目高达3033对,比同类技术显著提升3.6倍,且可准确识别出CCS差异为1%的共流出同分异构体。同时,该研究还收集了HMDB和KEGG中的超过13万个代谢物,建立了目前最全面的四维代谢物数据库用于代谢物的多维匹配与鉴定。   目前,Met4DX支持包括布鲁克timsTOF和安捷伦DTIM-MS等仪器平台采集的四维代谢组学数据。为了方便相关领域研究应用该工具,课题组提供了docker供学术界用户免费使用Met4DX(https://hub.docker.com/r/zhulab/met)。该工作开发的四维代谢组学精准分析技术M4dx-ret4DX已申请国家发明专利和国家软件著作权。研究工作得到国家自然科学基金、科技部、中科院和上海市科学技术委员会等的支持。 图1.四维代谢组学精准数据分析技术Met4DX 图2.自下而上的峰组装算法和Met4DX数据分析流程(图片修改自《自然-通讯》)
  • 岛津4in1代谢组学高效分析方案,为杂交水稻的高水平研究提速增效!
    导读代谢组学分析,尤其是非靶向代谢组学样品分析对仪器、方法有极高的要求:色谱分离、质谱检测需要尽可能覆盖未知化合物,组学样品又存在样品珍贵、总分析时间长、样品基质复杂、对质谱负荷较重等问题;因此如何在最短的分析时间内,消耗最少的样品,覆盖尽可能多的未知物,对质谱端产生最小的污染负荷并维持数据稳定性,是非靶向代谢组学分析一直面临的挑战。岛津4in1技术方案:全谱二维+高分辨质谱或三重四极杆质谱岛津4in1技术方案,通过全谱二维宽极性分离+LCMS-9050的正负极同时扫描功能,相比常规液质分析方法,可以节省3/4的样品和总分析时间,减少质谱3/4的分析负担,并通过平行设计实现充分平衡和清洗,减少了交叉污染和记忆效应,提高了系统稳定性和重现性。利用4in1技术方案,岛津与杂交水稻全国重点实验室检验检测中心合作开展不同口感黑米非靶向代谢组学研究,结果优异,一起来看看吧!代谢组学包含非靶向和靶向代谢组学,前者对不同组别样品中的未知目标物或全组分进行分析,后者针对已知目标物进行分析检测,两者最终目的均是通过对比不同组别样品中的成分差异,通过统计分析得到具体差异代谢物,从而指导、分析、解读组别差异的因果、机理并展开差异物的实际筛查应用。目前的通用分析配置是:液相色谱作为前端分离系统,高分辨质谱或三重四极杆质谱作为检测器(前者用于非靶向,后者用于靶向)。非靶向代谢组学分析的三大难点代谢组学分析对色、质谱的分离检测能力、软件数据里处理和统计分析功能、应用人员方法设置等均有较高的门槛和要求,而非靶向代谢组学还有以下几个特殊需求,增加了分析难度:01对液相色谱的分析要求:因非靶向代谢组学面对的是完全未知的目标物,其极性范围、化合物数量、分离条件等均无法预设,因此无法使用单一色谱柱,如反相色谱柱或亲水色谱柱做分离;02对质谱端的分析要求:同样因为目标物完全未知,无法判断目标物的电离能力,因此正离子和负离子必须都要扫描检测;03样品特殊性:样品通常较珍贵,如动物组织样品、细胞样品、血液样品等,因此要求样品消耗量/进样量尽可能少;样品数量多,通常有2-5组样品,每组样品数必须大于6个,因此总分析时间长,如果样品分析循环次数增加,则总分析时间更为成倍增加;样品基质复杂,对质谱污染负担较大。样品特殊性在非靶向和靶向样品都存在。基于以上原因,如何在最短的分析时间内,消耗最少的样品,覆盖尽可能多的未知物,对质谱端产生最小的污染负荷并维持数据稳定性,是非靶向代谢组学分析一直面临的挑战。岛津4in1代谢组学技术方案两大硬件部分为了解决以上非靶向代谢组学三方面的难点,岛津推出了4in1代谢组学技术方案。该方案硬件组成分为两部分:前端系统为全谱二维液相系统。该系统基于两个授权发明专利:极性分流技术、在线稀释技术,是岛津独家产品,适合于未知物和全组分分析,可作为宽极性多目标物数据库的通用分离平台,并适用于极限相差较大的两类关联物质的同时分析,而且该系统内含一个UHPLC子系统,方便日常常规检测;而且该系统具有平行设计,可实现1D和2D的充分平衡和清洗,减少了交叉污染和记忆效应,提高了系统稳定性和重现性。全谱二维液相系统质谱端为LCMS-9050高分辨质谱(非靶向)或三重四极杆系列产品(靶向)。LCMS-9050是岛津最新推出的新一代高分辨QTOF。这一款高分辨四极杆-飞行时间液质联用仪传承了岛津LCMS-9030的优秀设计,依然保持准确度高,稳定性好,灵敏度高、高分辨率的卓越性能。相对于其他品牌Q-TOF,其优势是极性切换时间大大缩短,最大采集速度提升至200Hz,可在同一时段进行正负离子同时扫描,完成普通Q-TOF需要两次进样才能完成的工作。方案优势基于以上两个技术,组合成为岛津4in1技术方案。对于普通色谱系统,为了覆盖高低极性化合物,需要分别用HILIC和RPLC进行分离;为了完成未知物正负离子扫描,需要各进一针完成正离子和负离子分析,而岛津4in1方案=全谱二维+LCMS-9050,具有以下两方面优势:(1)通过宽极性分离+正负极同时扫描,实现4in1分析模式,从而节省3/4的样品和总分析时间,并减少质谱3/4的分析负担;(2)通过平行设计实现1D和2D的充分平衡和清洗,减少了交叉污染和记忆效应,提高了系统稳定性和重现性。岛津4in1一针分析=普通系统4针分析案例分享-不同口感黑米非靶向代谢组学研究杂交水稻全国重点实验室检验检测中心杂交水稻全国重点实验室是国家首批批复建设的20家重点实验室之一,其检验检测中心的分子检测与品质安全两项工作在杂交水稻科技创新中起到了关键支撑作用,为杂交水稻的高质量发展保驾护航。岛津与杂交水稻全国重点实验室检验检测中心合作,利用4in1技术方案,尝试不同个口感黑米非靶向代谢组学研究,取得优异成果,并由此促成成立了“杂交水稻全国重点实验室检验检测中心-岛津合作实验室”。岛津企业管理(中国)有限公司分析计测事业部营业部副部长朱精华(左)与杂交水稻全国重点实验室执行主任孙传清(右)为合作实验室揭牌利用4in1方案分析杂交水稻全国重点实验室检验检测中心提供的30个不同口感黑米,并混合制作了一个QC样品。为了评估、校准系统稳定性,在批处理过程中加入10针QC样品分析,进样序号分别是1-4号,20号,36-40号,时间跨度26小时。最后将正负离子同事采集的10个QC样品的TIC图做叠加展示,可见数据重现性非常优越;另外,在样品中添加两个内标,一个为高极性正离子响应,一个为低极性负离子响应,并提取计算10个QC样品中这两个内标的质量稳定性,结果两个内标质量偏差均小于0.85ppm,结果理想,符合4in1分析的预期。基于稳定的色、质谱表现,通过统计分析得到了优异的代谢组学分析结果:正离子模式共检测到代谢特征峰11780个,负离子模式共检测到代谢特征峰13637个;统计分析显示组内相对聚集,组间区分明显,满足后续代谢组学分析要求;最后通过分组PLS-DA分析及置换验证模型验证,两两对比(好口感黑米vs差口感黑米)得到1473个差异代谢物,并通过数据库鉴定了其中767个差异物,包含了脂肪酰基、黄酮类、氨基酸、萜类、芳香族、苯类等物质。10针QC样品TIC重叠图10针QC样品中内标质量数偏差分析对比筛选出大量差异代谢物 (其中BMZ、SB为口感好黑米、YHM、HH为口感差黑米)结语为了解决非靶向代谢组学难点,岛津推出了4in1代谢组学技术方案:通过全谱二维宽极性分离+LCMS-9050的正负极同时扫描功能,可以节省3/4的样品和总分析时间,减少质谱3/4的分析负担;另外,系统采用了1D和2D的平行设计,实现了充分平衡和清洗,减少了交叉污染和记忆效应,提高了系统稳定性和重现性。将该方案应用于不同口感黑米非靶向代谢组学研究,数据优异,结果可靠,获得了合作方杂交水稻全国重点实验室检验检测中心的高度肯定!如对本技术感兴趣,欢迎联系技术负责人钟博士skczqs@shimadzu.com.cn. 撰稿人:钟启升本文内容非商业广告,仅供专业人士参考。如需深入了解更多细节,欢迎联系津博士sshqll@shimadzu.com.cn
  • 许国旺团队连续发文:高覆盖脂质组学分析新进展
    p   脂质组学在生命科学研究中占据非常重要的地位。但是,全面的脂质分析受到脂质结构多样性、性质复杂性的挑战。常用的基于质谱技术的脂质组学分析方法包括直接进样(“鸟枪法”)、色谱-质谱联用、基质辅助激光解离质谱成像等,而超高效液相色谱-高分辨质谱(UHPLC-HRMS)非靶向分析和UHPLC -三重四极杆质谱靶向分析是最常用的分析平台之一,存在着各自鲜明的优缺点。 /p p   近日,中科院大连化物所的许国旺研究员团队在基于UHPLC-HRMS联用技术分析脂质代谢物方面取得了新进展,研究结果发表在 Analytical Chemistry 杂志 (2018 Jun 8. doi: 10.1021/acs.analchem.8b01331.)。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201806/insimg/ca1bfa21-0764-4816-8a08-24698b925868.jpg" title=" 微信图片_20180621103413.jpg" / /p p   该课题组结合非靶向和靶向方法的优势,建立了一种具有高检测覆盖度的拟靶向脂质组学分析方法,涵盖19个脂类,3377个脂质离子对,覆盖7000多种脂质分子结构。 /p p   该课题组首先使用UHPLC-HRMS联用技术在全扫(Full Scan)和数据依赖采集(DDA)模式下对不同来源的生物样品(细胞、组织、血浆)进行分析,根据获得的保留时间、精确分子量以及二级碎片信息对脂质分子进行归属。没有二级碎片的脂质分子通过与已知脂质或自建数据库中的保留时间和精确分子量进行比对,靶向提取脂质信息,以获得尽可能大的脂质覆盖度。 /p p   对于理论存在但是未被检测到的脂质分子(文中称扩展脂质),通过保留时间与已知脂质的酰基链的碳数或酰基链的双键数之间的关系对保留时间进行预测。根据脂质分子的结构特征以及质谱行为,建立包含已知脂质和扩展脂质的离子对数据库。 /p p   最后,将所有的脂质离子对应用到动态多反应监测中,建立基于液相色谱-质谱的高覆盖拟靶向脂质组学分析方法。该方法具有良好的线性、重复性,更低的检测线,更高的覆盖度,更好的数据质量,尤其适合大规模脂质组学分析。 /p p   该研究得到了国家自然科学基金项目、国家重点研究发展计划以及大连化物所创新基金的资助。 /p p   该论文作者: /p p   Qiuhui Xuan, Chunxiu Hu, Di Yu, Lichao Wang, Yang Zhou, Xinjie Zhao, Qi Li, Xiaoli Hou, and Guowang Xu. /p p   链接: /p p   http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.8b01331 /p p   标题: /p p   Development of a High Coverage Pseudotargeted Lipidomics /p p   Method Based on Ultra-High Performance Liquid Chromatography? /p p   Mass Spectrometry /p p   出处: /p p   Anal. Chem., May 29, 2018, DOI: 10.1021/acs.analchem.8b01331 /p
  • 代谢组学知多少?大咖带你洞悉代谢组学技术与前沿应用
    p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " strong span style=" text-indent: 2em " 仪器信息网讯 /span /strong span style=" text-indent: 2em " 代谢组学是继基因组学、转录组学及蛋白质组学之后发展起来的一门新兴组学,是整合包括色谱联用质谱和核磁共振等现代分析技术、生物化学以及生物信息学等学科的一门交叉学科技术,用于研究生命活动链条下游的代谢物内稳态情况。相比于其他组学,代谢组学反映生命体已经发生的生物学事件,因此能够更准确直接地反映生命体终端和表型信息。目前,广泛应用于代谢组学数据采集的技术平台有氢/碳核磁共振技术、气相色谱-质谱技术、液相色谱-质谱技术、毛细管电泳-质谱技术以及直接进样质谱技术等。鉴于代谢物种类多样且浓度差异大,代谢组学研究需要依托高灵敏度、高分辨率的分析技术。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 基于此,仪器信息网将于 span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 2020年9月8日 /strong /span 举办 a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong “代谢组学技术及应用新进展”网络研讨会 /strong /span /a ,聚焦代谢组学的多个细分领域,如代谢组学基础研究、微生物代谢组学、代谢组学与中医药、药物开发代谢组学、疾病诊断与代谢组学等,从技术难点、数据分析到应用进行剖析,为业内专家与相关研究学者提供更灵活的交流机会,促进合作。 /p p style=" text-align: center text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 会议日程(点击图片报名参会) /strong /span /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong /strong /span /p p style=" text-align: center" a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/" target=" _blank" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/6f5b37a6-fb5c-404f-bd85-a2685936ae49.jpg" title=" 日程0812-1320.png" alt=" 日程0812-1320.png" / /a /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em text-align: center " strong style=" text-indent: 2em color: rgb(0, 112, 192) " 专家阵容 /strong br/ /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong /strong /span /p p style=" text-align: center" a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 300px height: 306px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/f1e3e61b-ba44-4f18-a3eb-624f3493ff48.jpg" title=" 厉良.jpg" alt=" 厉良.jpg" width=" 300" height=" 306" border=" 0" vspace=" 0" / /a /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" 报告题目:《用于深度代谢组分析的LC-MS的最新进展》 /a /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" 报告人:加拿大阿尔伯塔大学 厉良教授 /a /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 厉良教授于1983年在浙江(杭州)大学获得化学学士学位,1989年获得美国密歇根大学化学博士学位。1989年7月加入加拿大阿尔伯塔大学,任化学系教授和生物化学系兼职教授。他是加拿大代谢组学创新中心(TMIC)的联合主任。厉教授是加拿大皇家学会科学院院士。他于2005年至2019年是加拿大分析化学研究主席。2000年至2005年担任阿尔伯塔省癌症研究所蛋白质组学资源实验室主任。他于2007年至2019年担任阿尔伯塔大学分析化学部主任。他是人类代谢组数据库(HMDB)项目的联合负责人。他的实验室建立了已经被代谢组学研究社区广泛使用的内源性人类代谢物的HMDB MS/MS质谱谱库。他的实验室是开发用于生物系统定量和全面代谢组分析的高效化学同位素标记液相色谱质谱(HP-CIL & nbsp LC-MS)平台的先驱。厉教授获得过多项国内和国际奖项和荣誉。自2005年以来,他是国际分析化学期刊Analytica Chimica Acta的编辑。他还是许多科学期刊的编辑顾问委员会的成员。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 300px height: 363px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/355dbdfd-aa48-4d25-8cc8-6b819432a5ed.jpg" title=" 唐惠儒.jpg" alt=" 唐惠儒.jpg" width=" 300" height=" 363" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" 报告题目:《脂蛋白亚类及其组成的定量分析》 /a /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" 报告人:复旦大学人类表型组研究院 唐惠儒教授 /a /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 教授,博士生导师。1986年获西北轻工业学院(现陕西科技大学)学士学位;1991年,获英国伦敦大学Royal Holloway College化学系,物理有机化学,博士学位;1992-2000年先后任英国BBSRC食品研究所Research Scientist、Senior Research Scientist。2001-2005年任英国帝国理工学院生物医学部生物化学系Senior Scientific Officer,兼代谢组学核磁共振设施总监(终身职位)。2005-2014年先后任科院武汉物理与数学所研究员、博士生导师、研究部副主任、中科院生物磁共振分析重点实验室主任。2014年11月起任复旦大学特聘教授。 英国皇家化学会Fellow (FRSC, CChem)、美国化学会会员、陕西科技大学客座教授、华中科技大学生命科学及技术学院兼职教授 J Proteome Res, Current Metabolomics, Arch Pharm Res, World J Hepatol, Chin J Anal Chem, 《波谱学杂志》、《现代科学仪器》、《基础医学与临床》等刊物编委。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 300px height: 348px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/a2940969-29b5-4ade-b6b7-e02e9245f867.jpg" title=" 袁必锋.jpg" alt=" 袁必锋.jpg" width=" 300" height=" 348" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" span style=" text-align: center " 报告题目:《核酸修饰组学及核酸修饰代谢分析》 /span /a /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" 报告人:武汉大学 袁必锋教授 /a /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 武汉大学化学与分子科学学院教授、博士生导师,国家自然科学基金优秀青年基金获得者(2015年)。2001年和2006年于武汉大学生命科学学院分别获得学士和博士学位。2006年至2010年在新加坡国立大学和加州大学河滨分校开展博士后研究。2011年任武汉大学化学与分子科学学院教授、博士生导师。担任Chemical Research in Toxicology 顾问编委 (Editorial Advisory Board)、Scientific Reports 编委、Chinese Chemical Letters 编委、《色谱》编委、《分析测试学报》青年编委、《高等学校化学学报》青年编委、中国生物物理学会代谢组学分会理事。主要研究方向为生物分析化学、核酸化学生物学。在所从事的研究工作中,建立了DNA、RNA、蛋白质等多种生物大分子修饰(表观遗传修饰)的高灵敏分析方法,开展了生物大分子修饰和疾病的相关性研究;建立了多种代谢组学分析方法,开展了基于代谢组的临床疾病标志物分析。在PNAS、Nucleic Acids Research、Chemical Science 等学术刊物上发表了170余篇SCI论文。 /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 300px height: 300px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/62db9fd0-83a7-49a1-bfb3-4a3a961351f1.jpg" title=" 吕海涛.jpg" alt=" 吕海涛.jpg" width=" 300" height=" 300" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" 报告题目:《精准靶向代谢组学及其转化研究实践》 /a /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/#huiyirich" target=" _blank" 报告人:上海交通大学 吕海涛研究员 /a /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" text-align: justify text-indent: 2em " 吕海涛博士,上海交通大学研究员/课题组长/博士生导师,国家重点研究发计划课题负责人,权威的QUT校长特聘教授席国际人才基金获得者,交通大学绿色通道引进高层次人才和功能代谢组科学实验室主任。2009年于黑龙江中医药大学获得生药学博士学位。2009-2013年先后华盛顿大学医学院和麻省理工学院等完成博士后训练。曾任重庆大学“百人计划”研究员/博士生导师,创新药物研究中心(药学院)主任助理。先后在Mass Spec Rev,J Proteome Res, Mol Cell Proteomics,Pharmacol Res和Liver Int等著名杂志发表SCI检索论文46篇。担任中国生物物理学会代谢组学分会副秘书长,美国科学促进会(AAAS)荣誉会员等。担任著名SCI检索杂志Phytomedicine (Q1, IF 4.2) 副主编,Frontiers in Microbiology (Q1, IF 4.1) 副主编,和Pharmacological Research (Q1, IF 5.57)顾问主编, Proteomics-Clinical Application, ACS Pharmacology and Translational Science编委等,国家自然科学基金委和澳大利亚NHMRC基金评审专家。近五年,先后主持国家重点研发计划课题1项,国家自然科学基金面上项目2项,QUT校长特聘教授国际人才基金等10余项课题研究工作。省部级科技奖2项。 /span /p p style=" text-align: center text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong span style=" text-align: justify text-indent: 2em " 点击图片报名参会 /span /strong /span /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong span style=" text-align: justify text-indent: 2em " /span /strong /span /p p style=" text-align: center" a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/webinar2020metabolomics/" target=" _blank" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 305px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/fd8cd6dd-fe2f-44b6-94c7-bd7944e8020a.jpg" title=" 69035020200728.jpg" alt=" 69035020200728.jpg" width=" 600" height=" 305" border=" 0" vspace=" 0" / /a /p p style=" text-align: center " 扫码加入会议交流群 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 300px height: 399px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202009/uepic/34536ad5-31f7-4a81-940d-2f9b47b6e86f.jpg" title=" 微信图片_20200902104609.jpg" alt=" 微信图片_20200902104609.jpg" width=" 300" height=" 399" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong span style=" text-align: justify text-indent: 2em " /span /strong /span br/ /p
  • 不同加工方式对榛子油脂质组成的影响:一项脂质组学分析
    榛子是世界四大干果之一。榛子油是一种营养丰富、保健作用广泛、具有独特坚果风味的高级食用油。榛子油中的脂肪酸主要为油酸、亚油酸、棕榈酸和硬脂酸,不饱和脂肪酸的含量高达90%。其他生物活性成分和抗氧化活性物质也赋予了它抗氧化,抗衰老,提高免疫力,预防动脉粥样硬化,及促进胆固醇降解和代谢的作用。 脂质在生命活动中承担着关键的作用,具有多种重要的生理功能。脂质可分为八大类:脂肪酰(FAs)、甘油脂(GLs)、甘油磷脂(GPs)、鞘脂(SPs)、固醇脂(STs)、孕烯醇酮脂(PRs)、糖脂(SLs)和聚酮(PKs)。脂质组学(lipidomics)作为代谢组学的一个分支,利用现代质谱技术分析脂质的内在化学性质。高分辨率脂质组学平台的出现,包括鸟枪法脂质组学、液相色谱质谱联用(LC-MS)、基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱仪(MALDI-TOF-MS)和成像脂质组学等都成为了分析脂质的工具。脂质组学的研究涉及脂质的定性定量分析、结构和功能特性分析以及在生理和病理阶段的动态变化分析等等。其在食品科学领域的研究主要围绕在食品营养和食品安全控制方面。高分辨率质谱已广泛用于研究食品成分、产地溯源、质量鉴定和真伪鉴别。 为探究加工方式对榛子油脂质组成的影响,鉴定不同榛子油样品的特征脂质。在本实验中,沈阳农业大学的孙嘉阳、吕春茂教授等将脂质组学应用于榛子油的研究。使用冷压法、超声波辅助有机溶剂浸提法和水酶法提取分别得到不同的榛子油样品(CPO、UHO和EAO)。利用超高效液相色谱串联四级杆飞行时间质谱(UPLC-QTOF-MS)和多元统计分析方法对榛子油中的脂质进行全面表征与分析。探讨了不同加工方法对榛子油脂质组成和油脂品质的影响。这些数据为榛子油的加工利用提供了新的见解,并将有助于榛子产品的开发与应用。榛子油脂质的定性利用UPLC-QTOF-MS在正负离子模式下对3种不同的榛子油样品进行扫描,利用二级质谱数据库进行光谱匹配,实现脂质的定性。在榛子油中共鉴定出98种脂质,包括负离子模式下的63种脂质和正离子模式下的35种脂质(图1A)。这些脂质分为3个大类(GL、GP和SP)和10个亚类。GLs包含2个亚类(二酰甘油(DG)和三酰甘油(TG)),GPs包含7个亚类(甘油磷脂酸(PA)、甘油磷脂酰胆碱(PC)、甘油磷脂酰乙醇胺(PE)、甘油磷脂酰甘油(PG)、甘油磷脂酰肌醇(PI),和其他GPs(PEtOH、PMeOH)),SP包含的1个亚类(神经酰胺(Cer))(图1B)。(A)正负离子模式下鉴定的脂质数量;(B)脂质亚类数量的百分比。图1 榛子油中脂质的定性分析榛子油脂质的定量CPO、UHO和EAO中的总脂质含量分别为1248646.6325、1056993.7416和1027794.9027 nmol/g。图2A~C显示了各亚类脂质含量所占百分比情况。CPO、UHO和EAO中TGs所占比例最大,分别为98.49848%、98.32412%和98.42983%,其次是DGs、PAs和PEs。图2D进一步比较了3种不同榛子油中同一亚类脂质含量的差异。CPO组中GLs(TGs和DGs)含量最高,这可能是由于机械挤压导致的较高脂质浓度所致。UHO组中GPs含量最高,PCs、PIs和PEs含量显著高于其他两组,UHO组中PAs的含量是EAO的117倍。GPs是生物膜的主要成分,在加工时榛子被浸泡在有机溶剂中,溶剂会破坏细胞膜,从而增加GPs的释放,产生这一结果。而EAO组中Cer含量更高,主要是Cer-NS。图2 (A)CPO中脂质亚类的百分比;(B)UHO中脂质亚类的百分比;(C)EAO中脂质亚类的百分比;(D)CPO、UHO和EAO中同一亚类脂质含量的比较在榛子油样品中共鉴定了15种脂肪酸(表1)。除C12:0月桂酸、C14:0肉豆蔻酸、C17:0十七烷酸和C18:3亚麻酸外,CPO组的其他脂肪酸含量均显著高于其他两组。在计算每种脂肪酸的百分比后,发现CPO、UHO和EAO中不饱和脂肪酸的百分比分别为93.39%、93.30%和93.55%。表1 CPO、UHO和EAO中的脂肪酸组成(%)多元统计分析首先对不同加工方式的榛子油样品进行主成分(PCA)分析,可以初步了解不同处理组之间的自然聚类趋势。在图3A的PCA得分图中可以观察到3种榛子油样品分离明显。图3B的PCA的载荷图显示出TG类脂质是区分榛子油的最重要变量。利用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)筛选显著差异脂质。图3C得分图显示,PLS-DA模型可以有效区分三种不同的榛子油样品。为了进一步验证模型,我们进行了200次交叉验证,以评估其稳定性和预测能力。R2和Q2值分别为0.8687和0.7769(图3D)。这表明建立的PLS-DA模型具有较高的可靠性和预测能力,且不存在过拟合现象。(A)PCA得分图;(B)PCA载荷图;(C)PLS-DA得分图;(D)PLS-DA交叉验证图。图3 无监督和有监督模式的多元统计分析EAO、CPO和UHO间的显著差异脂质基于构建的PLS-DA模型,将VIP 1且P 0.05作为筛选条件。图4A显示了鉴定出的12种显著差异脂质情况,包括6个TAGs,3个DAGs、1个PC、1个PA和1个PE。这12种脂质在不同加工方式榛子油中具有显著差异。与UHO组相比,CPO组中9种脂质显示上调,3种下调,其中PC(PC 36:2|PC 18:1_18:1)变化最大(图4B)。与EAO组相比,CPO组有11种脂质显示上调,1种下调,PE(PE 36:3|PE 18:1_18:2)变化最大(图4C)。与EAO组相比,UHO组中有10种显著差异脂质显示上调,2种下调,其中PC(PC 36:2|PC 18:1_18:1)变化最大(图4D)。我们发现在不同加工方式榛子油中GP类脂质差异最大。这些脂质含量的变化可能直接影响油脂的质量和功能。因此,未来对特定亚类脂质进行靶向研究十分重要。这12种显著差异脂质也可以作为潜在的生物标志物对这三个不同加工方式的油脂进行质量控制。图4 (A)PLS-DA VIP得分图,右侧热图表示相应脂质的含量;(B)CPO和UHO之间的差异倍数图;(C)CPO和EAO之间的差异倍数图;(D)UHO和EAO之间的差异倍数图在本研究中,使用UPLC-QTOF-MS对榛子油进行了非靶向脂质组学分析。对CPO、UHO和EAO的脂质组成进行了定性和定量分析,鉴定出10个亚类的98种脂质。通过有监督和无监督的多元统计分析,确定了12种显著差异脂质。这些脂质可以作为潜在的生物标志物来区分三种加工方式的榛子油以及其他掺假检测和质量鉴别。本研究明确了榛子油的脂质成分,并证实了不同加工方式对植物油脂质的影响。这项研究的结果有助于我们理解油脂加工的机理,为今后特定脂质的研究提供有用的信息,并促进榛子油的开发和应用。作者孙嘉阳,女,中共党员,沈阳农业大学硕士研究生(在读),2019年辽宁省优秀毕业生,2020年沈阳农业大学优秀团干部。主要研究方向为榛子油加工及贮藏氧化机制。参与国家自然基金及辽宁省重点研发项目的相关研究工作 。以第一作者在Food Science and Human Wellness发表一篇SCI论文1篇,申请国家发明专利2项。吕春茂,男,博士,沈阳农业大学食品学院三级副教授,硕士生导师,沈阳市高层次“拔尖人才”,沈阳农业大学服务乡村振兴团队首席专家。主要从事果蔬精深加工、食品生物技术和食品质量与安全方面的教学与科研工作。近年来一直针对北方特色果蔬农产品的高值化利用和加工关键技术开展科学研究,包括东北特色经济林作物榛子的食品加工、加工过程中主要营养成分的变化与关联机制、深加工产品及其功能性评价、加工副产品的综合利用;寒富苹果精深加工产品研制及功能性评价、果渣等加工废弃物的综合利用;越橘精深加工产品研制与功能性评价等。共发表论文50多篇,SCI收录5篇,完成专著2部,参与编著教材2部。申请发明专利5项。目前主持辽宁省重点研发计划项目“东北榛子深加工综合利用关键技术研究与示范”等科研课题5项,参加国家重点研发计划“特色经济林采后果实与副产物增值加工关键技术”和国家自然科学基金项目“富含油脂的食品热加工过程中晚期糖基化终产物(AGEs)形成机理研究”的部分研究工作。获得省部级二等奖3项,三等奖2项。学术兼职:中国经济林协会榛子专业委员会理事;中国食品科学技术学会休闲食品加工技术分会理事;中国经济林协会加工利用分会理事;中国经济林协会板栗分会常务理事;辽宁省食品质量与安全学会理事;辽宁省农科院专业学位评审专家等。
  • 843万!复旦大学高灵敏度药物代谢动力学分析系统和二次离子质谱仪采购项目
    一、项目基本情况1.项目编号:1069-234Z20234494(HW2023111501)项目名称:复旦大学高灵敏度药物代谢动力学分析系统预算金额:413.140000 万元(人民币)最高限价(如有):404.870000 万元(人民币)采购需求:包件号名称数量简要技术规格备注1高灵敏度药物代谢动力学分析系统1套本次采购高灵敏度药物代谢动力学分析系统一套,此系统由三重四级杆质谱仪及数据分析工作站和高效液相色谱仪和组成。★扫描速度≥18000amu/sec。预算金额:人民币413.14万元最高限价:人民币404.87万元合同履行期限:交货期:2024年3月31日前交付。合同履行期限:交货期:2024年3月31日前交付。本项目( 不接受 )联合体投标。2.项目编号:1069-234Z20234470(HW2023111401)项目名称:复旦大学二次离子质谱仪设备预算金额:430.000000 万元(人民币)最高限价(如有):421.000000 万元(人民币)采购需求:包件号名称数量简要技术规格备注1二次离子质谱仪设备1套应用于材料化学结构解析和组分分析。实现对金属元素的测定、氧化态和电子结构等信息表征,支持原位实时动态分析。预算金额:人民币430万元最高限价:人民币421万元合同履行期限:交货期:2024年12月30日前交付。 合同履行期限:交货期:2024年12月30日前交付。本项目( 不接受 )联合体投标。二、获取招标文件时间:2023年11月18日 至 2023年11月24日,每天上午8:00至12:00,下午12:00至17:00。(北京时间,法定节假日除外)地点:复旦大学采购与招标管理系统(网址为:https://czzx.fudan.edu.cn)方式:通过复旦大学采购与招标管理系统(网址为:https://czzx.fudan.edu.cn)点击“校外用户登录”在线获取招标文件,逾期不再办理。潜在投标人进入系统后可在“正在进行的项目”版块中查看项目并在线领购招标文件。未按规定在系统内合法获取招标文件的潜在投标人将不得参加投标。获取招标文件所需上传的材料:有效授权委托书及被授权人身份证。售价:¥0.0 元,本公告包含的招标文件售价总和三、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。1.采购人信息名 称:复旦大学     地址:中国上海邯郸路220号        联系方式:郭老师 ,021-65645530      2.采购代理机构信息名 称:上海中世建设咨询有限公司            地 址:中国上海市曹杨路528弄35号            联系方式:邢楠、黄梦如、陈豪,021-52555810            3.项目联系方式项目联系人:邢楠、黄梦如、陈豪电 话:  021-52555810
  • 1086万!长春中医药大学中医药蛋白组学分析检测平台建设采购项目
    一、项目基本情况项目编号:采购计划-[2024]-01439号项目名称:长春中医药大学中医药蛋白组学分析检测平台建设预算金额:1086.000000 万元(人民币)最高限价(如有):1086.000000 万元(人民币)采购需求:本项目主要采购四极杆超高静电场轨道阱超高分辨质谱仪及蛋白纯化系统等仪器设备,用于新药研发,代谢物鉴定、研究与疾病有关的标记物和蛋白组学、脂质组学、小分子和生物大分子的相互作用、快速纯化多种生物分子等,进行中医药生物组学分析检测平台建设。合同履行期限:自签订合同之日起,国产设备30天完成供货安装;进口设备90天内完成供货安装,任何迟交货将不予接受。本项目( 不接受 )联合体投标。二、获取招标文件时间:2024年05月10日 至 2024年05月16日,每天上午9:00至12:00,下午12:00至15:00。(北京时间,法定节假日除外)地点:长春市绿园区皓月大路1888号(吾悦国际中心15栋1908室)方式:有兴趣的合格投标人,请携带营业执照副本、单位负责人授权书(含单位负责人及被授权人身份证明)的原件及加盖红章的复印件,于2024年5月10日起至2024年5月16日(法定节假日除外)北京时间每日9:00至15:00,在吉林省公诚采购建设招投标有限公司领购招标文件。售价:¥1000.0 元,本公告包含的招标文件售价总和三、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。1.采购人信息名 称:长春中医药大学     地址:吉林省长春市净月国家高新技术产业开发区博硕路1035号        联系方式:曲婧 0431-86172126      2.采购代理机构信息名 称:吉林省公诚采购建设招投标有限公司            地 址:长春市绿园区皓月大路1888号(吾悦国际中心15栋1908室)            联系方式:李佳 18946768247            3.项目联系方式项目联系人:李佳电 话:  18004312825
  • 宁夏化学分析测试协会关于《水稻中噁唑酰草胺及其代谢物残留量的测定 液相色谱-质谱/质谱法》等3项团体标准征求意见的通知
    相关单位:按照宁夏化学分析测试协会团体标准工作程序,标准起草组已完成《水稻中噁唑酰草胺及其代谢物残留量的测定 液相色谱-质谱/质谱法》、《枸杞中碳、氮稳定同位素比值的测定 稳定同位素分析仪法》、《枸杞中稀土元素的测定 电感耦合等离子体质谱法》团体标准征求意见稿的编制工作,现公开征求意见。请有关单位及专家提出宝贵意见,并将征求意见表(附件)于2023年4月3日前反馈给秘书处。联系人:张小飞 电 话:13995098931邮箱:1904691657@qq.com宁夏化学分析测试协会2023年3月3日附件下载关于团标征求意见函 -3.3.pdf团标表格7-专家意见表.doc《枸杞中碳、氮稳定同位素比值的测定 稳定同位素分析仪法》.pdf《枸杞中稀土元素的测定 电感偶合等离子体质谱法》.pdf《水稻中噁唑酰草胺及其代谢物残留量的测定》(文本)-终稿.pdf
  • 宁夏化学分析测试协会发布《枸杞中94种农药及代谢物残留量的测定 液相色谱-质谱联用法》团体标准征求意见稿
    各相关单位:按照宁夏化学分析测试协会团体标准工作程序,标准起草组已完成《枸杞中94种农药及代谢物残留量的测定 液相色谱-质谱联用法》团体标准征求意见稿的编制工作,现公开征求意见。请有关单位及专家提出宝贵意见,并将征求意见表(附件)于2023年7月12日前反馈给秘书处。联系人:张小飞 电 话:13995098931邮箱:1904691657@qq.com宁夏化学分析测试协会2023年6月13日关于团标征求意见函 -6.13.pdf团标表格7-专家意见表.doc标准文本-枸杞中94种农药及代谢物残留量的测定 液相色谱-质谱联用法(1).pdf
  • 质谱组学云课堂 | 代谢组学、蛋白质组学双重盛宴来袭
    质谱组学云课堂 | 代谢组学、蛋白质组学双重盛宴来袭 蛋白质作为生命活动的功能执行者,使得质谱表征的蛋白质组学能够为生命活动提供更加贴近表型的解释,它为疾病致病机理发现、癌症的早期诊断及新型标志物研发、预后预测、精准分型、指导用药、临床样本数字化等均提供了准确全面的信息,是人类对抗疾病的一大利器。 代谢组学作为蛋白质组学的下游组学,同时也是环境暴露、治疗干预、生活习惯以及上游组学这一系列事件在人体的最终直观放大反应,也是更能直观反应生物体系的状态的组学,因此代谢组学的研究是精准医疗的重要一环。近几年,在学术前沿领域有众多的学者意识到代谢组学的重要性。赛默飞 × 华大基因赛默飞携手华大基因紧跟学术前沿,结合组学研究需求,推出基于Orbitrap在组学中的研究方案,助力组学技术的进展,紧跟热点,分享单细胞/微量样品、精准医学等相关应用。 代谢组学系列讲座 基于Orbitrap平台的代谢组学和脂质组学方案时间: 10月28日 15:00~16:30内容简介: 1. Orbitrap仪器原理、用于小分子组学的硬件优势 2. 用于小分子组学的主要软件Compound Discoverer和Lipidsearch介绍 3. 相关应用案例介绍吴珊湖,赛默飞世尔科技(中国)有限公司液质联用小分子领域应用工程师,主要支持LC-MS、LC-MSMS系列平台的应用开发,在小分子组学、杂质分析、中药定性等方面具有丰富的经验。肠道菌群与代谢组学关联分析时间: 10月28日 16:30~17:30内容简介: 1. 宏基因组/16S与代谢组关联分析方法 2. 宏基因组/16S与代谢组关联分析案例梅占龙,哥本哈根大学生物信息学博士,任华大基因质谱平台信息分析负责人。擅长代谢组学技术研究及生物信息分析,参与开发多款华大基因代谢组学分析流程。在代谢组学的应用上有丰富经验,与客户合作发表文章多篇。 扫码报名 医学蛋白质组学系列讲座 蛋白质组学在精准医学研究中的应用时间: 11月5日 15:00~16:00内容简介: 1. Orbitrap超高分辨质谱的发展及其在蛋白质组学领域的全面解决方案 2. 蛋白质组学技术在精准医疗领域的应用及进展齐英姿,赛默飞世尔科技大分子方向应用工程师,毕业于军事医学科学院国家蛋白质科学中心北京,一直从事蛋白质组学相关技术支持工作;2021年加入赛默飞世尔科技,具有丰富的蛋白质组学研究以及质谱数据分析相关经验。单细胞/微量样本的蛋白质组学技术时间: 11月5日 16:00~17:00内容简介: 1. 单细胞蛋白质组学技术的发展和现状 2. 单细胞和微量蛋白质组学技术的应用案例李思奇,哥本哈根大学生物化学博士,深圳华大基因质谱平台资深研发工程师。擅长蛋白质组学和质谱技术的开发与应用,负责多项实验技术的设计、搭建和优化,参与发表多篇SCI文章。 扫码报名扫描下方二维码即可获取赛默飞全行业解决方案,或关注“赛默飞色谱与质谱中国”公众号,了解更多资讯+
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