基因突变检测

作者：青岛大学附属医院王晓囡、邢晓明2013年，好莱坞知名女星安吉丽娜朱莉在《纽约时报》发表了一篇名为《My Medical Choice》的文章，讲到自己的母亲与癌症斗争了近十年，于56岁时去世。而她遗传了母亲的BRCA1突变基因，这使她患乳腺癌的几率高达87%，患卵巢癌的几率也达到50%。为了尽可能地降低患癌风险，她决定接受预防性双乳切除术。两年后她又选择预防性的切除了卵巢和输卵管。BRCA1突变真的这么可怕吗？我们一起走进BRCA以及他的家族HRR来一探究竟。01 BRCA基因是什么？BRCA是breast cancer这两个英文单词前两个字母的缩写，研究者于上世纪90年代先后发现了与遗传性乳腺癌有关的基因，分别命名为乳腺癌1号基因、2号基因，英文简称BRCA1/2。实际上，BRCA1/2是两种抑癌基因，通俗的讲也就是对人体有好处的基因，它们翻译出来的蛋白质就像故障工程师一样，兢兢业业的修补受损伤或者有缺陷的基因。哪里有基因的双链断裂，哪里就有他们忙碌的身影。其实人体内不是只有BRCA1/2具有基因修复功能，而是有一个负责基因修复的大家族，被称为HRR（同源重组修复）通路，它包含的基因有：BRCA1,BRCA2，ATM,ATR,BARD1,BLM,BRIP1,CDK12,CHEK1,CHEK2,FANCA,FANCC,FANCD2,FANCE,FANCF,FANCI,FANCL,FANCM,MRE11,NBN,PALB2,RAD50,RAD51,RAD51B,RAD51C,RAD51D,RAD52,RAD54L,RPA1等。BRCA1/2是其中比较关键的两个基因，是HRR通路中的中流砥柱。02 如何检测BRCA1/2基因有没有突变？穿刺或者手术切取的组织都会被送往病理科，由病理科的医生对其进行处理并最终制作成蜡块（由石蜡包裹着的组织块）。进行BRCA1/2检测，首先需要从蜡块中提取DNA或者直接从血液中提取DNA，然后通过生物学技术对DNA中的BRCA1/2基因进行测序。由于BRCA1/2基因没有热点突变，即它的突变不集中于某几个区域上，而是在所有区域都有可能发生，所以需要利用下一代测序技术（Next generation sequencing，NGS）对BRCA1/2基因进行全外显子测序。最后根据测序数据分析可能的BRCA1/2基因突变，判定是否携带BRCA1/2基因的突变。03 有BRCA1/2突变一定得肿瘤吗？当然不是啦。其实BRCA1/2的突变分为5类，只有被归为第五类和第四类的突变才可能导致肿瘤的发生。第五类的突变被称为致病性突变，有99%的可能导致肿瘤的发生，第四类的突变被称为可能致病性的突变，有95%-99%的可能导致肿瘤的发生。那为什么发生这两类突变的BRCA1/2基因就从原来的好基因变成坏基因了呢？这是因为发生了这些突变的BRCA1/2基因在翻译时遇到了麻烦，不能翻译出具有正常功能的BRCA1/2蛋白，导致其丧失修复基因双链断裂的能力，这会影响基因组的稳定性，并引起多种肿瘤的发生。有研究指出，BRCA1/2胚系突变可使女性患卵巢癌的风险提高10-30倍，也增加了人们患乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌、黑色素瘤等多种癌症的风险。04 BRCA1/2突变会遗传吗？BRCA1/2突变分为体细胞突变和胚系突变两种类型。体细胞突变是指只有肿瘤细胞发生了突变，而人体其他部位的正常细胞则没有发生突变。这种突变不会遗传给后代。那胚系突变是什么呢？我们都知道每个人都是爸爸妈妈爱的结晶，精子和卵子结合形成受精卵，再经过妈妈十月怀胎的辛苦最终有了我们每一个个体。精子和卵子里有来自爸爸和妈妈的染色体，这两部分染色体汇集到一起就变成了我们自己的染色体。如果爸爸或者妈妈贡献给我们的染色体里含有BRCA1/2的突变，那么我们就遗传了这个突变。我们体内的每一个细胞（每个细胞都是从最初的受精卵分裂来的，都跟受精卵有相同的染色体）里都带有这个突变，我们的后代也有可能带有这个突变，这就是胚系突变。胚系突变是可以遗传的。05 怎么区分BRCA1/2的突变到底是体细胞突变还是胚系突变呢？抽取静脉血3ML，分离其中的白细胞，提取DNA进行检测，如果检测出BRCA1/2的突变，这个突变就是胚系突变。如果血液里没有检测到突变，却在肿瘤组织中检测到了，那这种突变就是体细胞突变。06 有BRCA1/2的致病性或者可能致病性突变应该怎么办？对于携带BRCA1/2胚系突变的正常人来说，可以找专业的医生进行遗传咨询，并加强高风险疾病（女性如乳腺癌、卵巢癌等；男性如前列腺癌、胰腺癌等）的筛查，做到早发现早治疗。或者根据医生的建议并结合自身状况，选择是否像安吉丽娜朱莉一样进行预防性切除术以降低患癌风险。同时建议对有风险的亲属如父母、兄弟姐妹、子女等进行遗传咨询并考虑是否进行基因检测。对携带BRCA1/2胚系突变的肿瘤患者来说，一方面可以做遗传咨询，另一方面可以选择相应的药物进行治疗。而对于BRCA1/2体细胞突变的患者来说，可直接进行药物治疗而不用做遗传咨询。07 PARP抑制剂为什么可以用来治疗具有BRCA1/2的致病性或者可能致病性突变的肿瘤患者？前面我们提到BRCA是修复DNA双链损伤的酶，而PARP则是一种修复DNA单链损伤的酶，它的全称聚腺苷二磷酸核糖聚合酶。PARP抑制剂可以选择性的抑制PARP介导的DNA单链损伤修复途径，使发生损伤的DNA单链进一步转化成DNA双链断裂。这个时候就需要BRCA闪亮登场，而如果BRCA基因发生致病性或者可能致病性的突变，如同前文所述，DNA双链断裂就得不到修复，DNA损伤不断积累，最终就导致了细胞的死亡，这被称为合成致死效应。所以在选择此类药物进行治疗前，一定要先进行基因检测，BRCA基因确实存在致病性或者可以致病性突变才可用药，用药才有效果。此外，上文我们提到BRCA1/2是HRR通路中的核心成员，其实HRR通路中的其他基因如果出现问题，如发生致病性或者可能致病性的突变，同样可以影响基因的稳定性，导致肿瘤的发生。2020年PARP抑制剂奥拉帕利获得美国FDA（美国食品药品监督管理局）批准一项新的适应症，即用于治疗HRR通路基因突变的前列腺癌患者。 了解了BRCA1/2的前世今生，揭开了它的面纱，是不是觉得它也没有那么可怕了呢？可能不是每个人都能像安吉丽娜朱莉那样喊出自己的医学宣言，但是知己知彼，百战不殆，了解它，走进它，干掉它，愿每一位患者都能战胜病魔拥抱健康。

p 　　近日，国家食品药品监督管理总局经审查，批准了厦门艾德生物医药科技股份有限公司生产的创新产品“人类EGFR基因突变检测试剂盒(多重荧光PCR法)”的注册。 br/ /p p 　　该产品基于自主创新的高度灵敏的PCR专利技术，用于体外定性检测晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆DNA样本中人类EGFR突变基因。 /p p 　　该产品是我国首个批准用于甲磺酸奥希替尼片的伴随诊断检测产品，在临床上为医生制定个体化治疗方案提供参考。 /p p 　　国家食品药品监督管理总局鼓励支持医疗器械产业创新发展，进一步做好创新医疗器械审查。食品药品监管部门将加强产品上市后质量监管，保障公众用械安全，确保医疗器械产业的健康有序发展。 /p p br/ /p

p style=" text-indent: 2em " 新华社北京9月28日电 一个国际研究团队最新发现，新冠重症的发生可能与患者自身免疫系统存在的薄弱点有关，比如有相关基因突变和产生自体抗体等。 /p p style=" text-indent: 2em " br/ /p p style=" text-indent: 2em " 这个团队近期在美国《科学》杂志上发表了两篇相关论文。他们从今年2月开始，先后对全球超过3000名新冠重症患者进行了研究分析。结果发现，在一组659名患者中有23名患者（约占3.5%）抗病毒相关基因存在先天突变；在另一组987名患者中，至少101名患者（即至少10%）体内存在“敌我不分”、攻击自身免疫系统的自体抗体。 /p p style=" text-indent: 2em " br/ /p p style=" text-indent: 2em " 这两种免疫系统的薄弱点都会导致I型干扰素在患者体内难以发挥作用。干扰素是细胞在被病毒或某些细菌入侵后产生的具有广泛抗病毒和免疫调节作用的活性蛋白，I型干扰素具有限制病毒繁殖的能力。 /p p style=" text-indent: 2em " br/ /p p style=" text-indent: 2em " 研究团队发现，一些基因突变会阻碍I型干扰素的生成和作用，从而使人体在受到新冠病毒攻击时更加脆弱；1型糖尿病和类风湿性关节炎等自体免疫疾病可能让患者产生自体抗体，影响I型干扰素的吸收和作用，而在新冠轻症患者体内未检测到这种自体抗体。 /p p style=" text-indent: 2em " br/ /p p style=" text-indent: 2em " 领导这项研究的美国霍华德· 休斯医学研究所研究人员让-洛朗特· 卡萨诺瓦说，这一研究成果在新冠治疗中能迅速发挥作用，如果在新冠患者体内检测出自体抗体，那清除这些自体抗体就可能有助缓解症状。 /p p style=" text-indent: 2em " br/ /p p style=" text-indent: 2em " 研究人员说，未来的进一步研究将有助于更好地进行新冠疫苗分配甚至是临床治疗，比如检测出自体抗体的患者可以选择更合适的干扰素或者采用血浆置换疗法。 /p p style=" text-indent: 2em " br/ /p

近日，由上海市卫生和健康发展研究中心组织的关于《人类8基因突变联合检测试剂盒卫生技术评估研究》结题会在上海召开。研究全面分析了泛生子人类8基因突变联合检测试剂盒（以下简称“8基因试剂盒”）用于诊断非小细胞肺癌患者的成本效果，并进行卫生经济学评估，为地方医保部门和医院采购决策提供科学依据。值得一提的是，本次评估研究也成为国内首份基因检测行业的卫生经济学研究报告。本次研究的内容包括国内各省市伴随诊断项目收费现状梳理、“8基因试剂盒”卫生经济性评价，以及“8基因试剂盒”准入建议。并通过系统梳理已发表的文献和临床研究报告，总结归纳“8基因试剂盒”用于诊断非小细胞肺癌的有效性、经济性和创新性。有效性方面，“8基因试剂盒”具有较好的性能表现，临床试验结果表明与对照试剂检测结果和伴随诊断试剂均有较好的一致性，并通过靶向药物回顾性疗效分析，验证了临床用药有效性，具有较高的临床应用价值。经济性方面，卫生经济学评价结果显示，与3基因（EGFR，ALK，ROS1）PCR联合基因试剂盒相比，采用8基因突变联合检测试剂盒所需要的诊断成本更高，但带来的诊断效果、治疗效果更好，具有一定的经济性以及成本-效果。创新性方面，与传统检测方法相比，“8基因试剂盒”基于“一步法” 快速检测技术，具有较高的技术创新性。同时，“8基因试剂盒”具有简单、快速、方便、低成本、稳定等特点，适合医院自行开展检测，具有较高的应用创新性。肺癌是中国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤，国家癌症中心数据显示，2015年中国新发肺癌病例约为78.7万例，发病率为57.26/10万，位于恶性肿瘤发病率第1位[1]。患者的分子遗传学特征可指导靶向药物的选择，因此，伴随诊断对于广大非小细胞肺癌患者具有较大的临床价值。海军军医大学第二附属医院肿瘤科主任臧远胜海军军医大学第二附属医院肿瘤科主任臧远胜认为，非小细胞肺癌诊疗已进入精准时代，有明确驱动基因突变的非小细胞肺癌患者使用靶向治疗有更长的生存获益，而基因检测技术的发展为非小细胞肺癌的诊疗提供了更多的便利，NGS检测与传统测序方法相比可以给患者提供更多靶药选择。针对NGS检测能够具备更高的可及性，本次研究的主报告人、上海市卫生和健康发展研究中心卫生技术评估研究部研究员符雨嫣也做了系统介绍，其建议逐步尽快统一收费模式，规范收费计价单位，促进各地探索打包收费模式，设置不同的诊断基因包，简化目录，提升医疗服务效率。在技耗分离背景下，医用耗材从价格项目中逐步分离，发挥市场机制作用，实行集中采购，“零差率”销售。上海市卫生和健康发展研究中心卫生技术评估研究部符雨嫣同时，应积极探索采用卫生技术评估作为对伴随诊断相关的医用耗材（如伴随诊断试剂等）定价证据，考虑其成本效果，在与原有技术合理比较的基础上进行价格制定。上海市卫生和健康发展研究中心主任金春林上海市卫生和健康发展研究中心主任金春林认为，卫生经济学研究的最直接目的就是找到最佳的技术，并尽快应用到临床让更多患者受惠。现场来自上海市医学会、复旦大学、瑞金医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属中山医院、仁济医院、安徽省立医院临床病理中心、首都医科大学国家医疗保障研究院等十余位专家通过线上、线下的方式，针对本次卫生技术评估研究展开讨论。现场嘉宾讨论除现场嘉宾外，复旦大学教授陈英耀、安徽省立医院临床病理中心主任叶庆、仁济医院肿瘤科副主任涂水平、瑞金医院胸腔介入中心主任项轶、首都医科大学国家医疗保障研究院副研究员蒋昌松等专家也在线上参与讨论。多位来自肿瘤科、放疗科、病理科和呼吸科的专家，对NGS检测给予了肯定，其中不乏实际操作使用过8基因试剂盒的数位专家，他们表示也是首次看到癌症基因检测领域的卫生经济学报告，以及产品有效性、经济性、创新性量化依据，可帮助其更清晰、客观的了解产品对患者的价值。有专家表示，NGS检测试剂盒能够发现许多未知靶点，其中像EGFR非经典突变如果只进行PCR检测则无法被发现。同时，目前二、三代药物在临床广泛应用，这类药物耐药后产生的如MET、BRAF、ALK突变也是PCR无法检测的。相比于3基因PCR试剂盒，8基因试剂盒涵盖了目前肺癌临床上最常见的、且拥有靶向药物的几种基因，可以有效避免使用靶向治疗的患者漏检。此外，8基因试剂盒还比全基因检测更具实用价值和临床指导意义。“如果能有一个实用的NGS检测试剂盒进入医保范畴，相信会非常受欢迎。”现场专家表示。泛生子首席商务官刘焰泛生子首席商务官刘焰表示，基因检测对癌症全周期的耐药检测具有很大的指导作用，而用药的精准则有助于医保预算的有效控制。在技术方面泛生子希望能够协助到更多临床专家和机构，提供符合临床需求的高性价比产品，同时也希望我们的产品进入到医保或商保，从而不断提升患者的可支付性及治疗的可及性。[1] 郑荣寿,孙可欣,张思维,等. 2015年中国恶性肿瘤流行情况分析[J]. 中华肿瘤杂志, 2019, 41(1):19-28.

p 　　上周《自然· 方法学》杂志发表了一篇论文称，基因编辑工具CRISPR能引起基因组内大量基因突变。但据《麻省理工技术评论》杂志网站近日报道，两家基因编辑公司Editas药物和Intellia制药的科学家们分别写信给《自然》杂志编辑部，认为这一论文的结论完全错误，要求将该论文撤稿，并从科技文献中删除。 /p p 　　题为“体内CRISPR-Cas9编辑后引发不可预测的基因变异”的论文声称，全基因组测序表明，CRISPR工具在小鼠体内引入了大量意想不到的基因突变。由于这是目前为止关于CRISPR工具的最大质疑性研究，文章发表后立即登上各大媒体头条，而包括Editas药物和Intellia制药在内的CRISPR基因编辑公司，股票价格大跌。Intellia制药首席执行官内森· 伯明翰在信中表示：“这篇备受媒体和公众关注的论文已经对我们公司造成了巨大损失。但其实验设计和结论都存在问题，应该将其撤稿。” /p p 　　其他科学家曾通过推特等社交平台指出，该论文存在基因识别错误、实验动物数量偏少等基本性错误，最严重的是，论文将动物之间正常的遗传性差异误认为是CRISPR编辑导致的结果。Editas药物首席技术官维克· 梅尔与哈佛大学教授乔治· 丘吉尔等11位科学家联名写信称，该论文的实验数据不能支持其结论。“论文应该被撤稿，至少应该更新承认其中的重大误导。” /p p 　　Intellia制药的科学家们在信中表示，该论文作者并不是CRISPR-Cas9领域的专家，也不是全基因组测序和基础遗传学领域的专家，因此其“CRISPR导致大量脱靶性基因突变”的研究结论缺乏科学性。 /p p 　　斯普林格—自然出版集团发言人回应称，他们已经收到大量与这篇论文有关的反馈，会认真考虑所有来信并与论文作者就相关问题展开讨论。而论文作者目前还没对这一事件作出回应。 /p

各有关单位、相关专家：由广东省呼吸与健康学会批准立项，相关企业、科研院所、医院等单位起草的《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》团体标准已形成标准征求意见稿和标准编制说明（见附件 1、附件2）。为保证标准内容的科学性、严谨性和适用性，现公开征求意见，欢迎有关单位及专家提出宝贵意见或建议，并于2024年8月25日之前将“意见反馈表”（见附件3）以邮件形式反馈至联系邮箱，逾期未回复按无异议处理。联系人：王沛电 话：13922188531邮 箱：342455183@qq.com附件：附件1. 征求意见稿《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》.pdf附件2. 编制说明（征求意见稿）《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》.pdf附件3：征求意见反馈表.docx广东省呼吸与健康学会关于征求《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》团体标准意见的通知.pdf

复旦大学附属肿瘤医院乳腺外科主任邵志敏团队成功绘制最大规模的中国人群乳腺癌基因突变图谱，首次系统性揭示了中国人群乳腺癌的基因突变特征。相关研究成果近日发表于《自然—通讯》。作为我国女性发病率最高的恶性肿瘤，乳腺癌堪称“红颜杀手”。在上海等大城市中，乳腺癌已经连续20余年位居女性恶性肿瘤前列。邵志敏表示：“相比于欧美发达国家，中国人乳腺癌的5年生存率仍然有不小差距。导致这一差异的主要原因之一在于国人乳腺癌发病特征较为特殊。例如国人乳腺癌患者发病年龄有45至55岁、70至74岁两个高峰，且多数患者发生在绝经前。这些差异提示我们需要探索更适合国人乳腺癌的精准方案。”“基因突变图谱是乳腺癌精准治疗最基础‘参考索引’。” 该论文共同第一作者、复旦大学附属肿瘤医院乳腺外科博士江一舟告诉《中国科学报》，为此我们提出设想，能否从基因层面分析，揭示国人乳腺癌的独有特征？为突破这一“瓶颈”，邵志敏团队筛选了484个与乳腺癌个性化治疗方案高度相关的基因，几乎覆盖所有国内外已经公布过的乳腺癌突变基因，形成了乳腺癌多基因精准检测“目录”。2018年4月至2019年4月期间，研究人员根据多基因精准检测“目录”，收集了1,134例配对的乳腺癌标本和外周血标本，并统计所有乳腺癌患者的基本临床病理信息，全面分析乳腺癌队列的基因组数据，绘制出国内首个千人乳腺癌基因变异图谱。这也是目前最大规模的单中心中国人群乳腺癌基因突变图谱。研究进一步发现，中外乳腺癌突变谱之间的差异主要集中在HR阳性/HER2阴性型，而在HR阳性/HER2阳性型，HR阴性/HER2阳性型和三阴性型中，并无明显差异。专家表示，这项研究成果为国人乳腺癌精准治疗靶点并在临床上成功应用打下了基础。

p 　　近日，《自然· 方法》发表文章《体内CRISPR—Cas9编辑引发的不可预测基因突变》，称基因编辑工具CRISPR可能引起基因组内大量基因突变。全球很多实验室正要将CRISPR—Cas9用于人类疾病的相关基因治疗研究，有的甚至已开始用于临床试验，这时候说它可能造成大规模基因突变，着实让人惊讶。 /p p 　　然而剧情很快反转。几天前，两家基因编辑公司Editas药物和Intellia制药的科学家们分别写信给《自然》杂志编辑部，认为这一论文的结论完全错误，要求将该论文撤稿，并从科技文献中删除。 /p p 　　 strong 论文只是“读者来函”，暂无撤稿决定 /strong /p p 　　对于这篇引起巨大争议的稿件，《自然》科研新闻发言人(以下称《自然》)在接受科技日报记者采访时表示，这只是一篇读者来函。读者来函栏目有时会刊登科研共同体感兴趣的涉及科研方法的短篇文章，其中可能包含新的研究数据。这篇文章在发表之前已经经过同行评审，至于撤稿，“眼下尚无法做进一步的评论”。 /p p 　　有业内学者告诉科技日报记者，读者来函的宗旨就是能及时分享一些有用的信息，一般选题都会比较新颖、时效，但与其他类型的文章相比，研究的系统性确实不够，但因为经过了同行评审，还是有一定的学术价值。 /p p 　　《自然》表示，这篇文章刊出后他们已经收到了一些来信，他们打算在经过适当技术评审之后将相关来信发表出来。因为基因编辑是一个快速兴起的科研领域，所以关注度高。《自然》希望通过展示实验和数据，让这一领域的研究不断深入。 /p p 　　 strong 实验设计与数据存在问题? /strong /p p 　　“这篇论文确实存在一些问题”，中科院一位不愿透露姓名的研究员在接受科技日报记者采访时表示。 /p p 　　在他看来，基因编辑领域，脱靶确实是一个问题，但这篇文章的实验设计、获得的数据以及结论都不够科学，不是单纯的脱靶这么简单。整个实验只涉及了三只小鼠，两个处理的小鼠和一个未处理的对照小鼠，整个实验只基于一个sgRNA数据，只显示一个SNV的数据，这些数量都是严重不足的，动物数量和分组上的问题也连带导致后期数据等诸多不合理之处。 /p p 　　Editas的首席技术官维克· 梅尔与哈佛大学教授乔治· 丘吉尔等的联合声明中也强调，在进行科学问题的重现性和可靠性研究时，数据不充分可能会成为阻碍。 /p p 　　中科院上海神经科学研究所研究员杨辉和他的博士研究生唐骋亦撰文点评该文，表示实验中为了制取CRISPR-Cas9编辑的小鼠，采用了向受精卵当中共注Cas9蛋白以及sgRNA质粒的方法是“非主流”的设计，蛋白溶剂可能具有一定毒性，可能会影响整个系统的稳定性。 /p p 　　 strong 科研和市场绑定可能产生新的问题 /strong /p p 　　值得一提的是，不少国内的民众对基因公司就科学问题态度如此激烈表示不解，更有很多网友表示，“企业这么强烈表达反对意见肯定是因为论文的观点损害了自己的利益”。 /p p 　　中科院微生物所研究员娄春波向科技日报表示，这样激烈地质疑某些实验结果的现象其实是科学研究的常态。另外，由于国外著名期刊非常强调实验结果的创新性和吸引眼球的公共媒体性，也会助长一些实验结果被作者过度解读。 /p p 　　另一方面，在他看来，此次两家企业相关科学家的反应确实有些过激，但公众不必特别在意，毕竟Cas9系统基因编辑的脱靶效应是相关研究的痛点。他说，这些质疑言论产生的新闻效应对华尔街股民的影响应该会很大，但对科学研究的影响应该微乎其微。真正的学术争论需要更长的时间，因为要积累足够正反两方面的实验证据。 /p p 　　“实际上，美国科研—技术—资本—市场，这个完美的价值链背后也有很多脆弱的地方，也存在很多值得深入研究的问题，尤其是在中国这类准备超越美国范式的国家”，娄春波说。 /p

1月30日，COVID-19和SARS-CoV-2流行病学和基因组数据网站Outbreak.info更新了目前全球各大数据的新冠Omicron突变株测序结果，快来看看，你家试剂是否会漏检~（1）开放阅读框ORF1a和ORF1b开放阅读框的ORF1a和ORF1b RNA通过基因组RNA合成，再接着分别翻译合成pp1a和pp1ab蛋白。这两种蛋白会被蛋白酶裂解，形成16个非结构蛋白。非结构蛋白会形成复制-转录复合物，使用正链基因组RNA为模板进行复制，然后形成新的病毒粒子基因组。通过转录翻译合成结构蛋白（S蛋白、E外膜蛋白、M膜蛋白、N核衣壳蛋白）。S蛋白、E蛋白、M蛋白进入内质网，N蛋白与正链基因组RNA结合形成核蛋白复合物。在高尔基体内完成病毒颗粒的组装，然后通过高尔基体和囊泡释放新生成的病毒到细胞外，进而感染别的细胞。从已上传的11组Omicron突变株的测序数据来看，ORF1b在P314L和I1566V这两位点全部发生了突变。 （2）S蛋白基因S蛋白是冠状病毒最重要的表面蛋白，与病毒的传染能力及发病机制等密切相关。S蛋白的主要功能是与宿主细胞表面受体结合，引起自身构象变化，使疏水性的融合肽与细胞膜接近并融合介导病毒进入细胞内。S蛋白基因也是目前Omicron突变最多的地方，从报告数据来看， 突变达到24处。 去年曾有新冠研究人员称，他们在新冠病毒的S蛋白（刺突蛋白）中发现了4个插入片段，这4个片段是新冠病毒（2019-nCoV）所独有的，其他冠状病毒中没有这些插入片段。然而，作者声称，所有的4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）的复制蛋白 gp120或 Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。 HIV-1是导致人类艾滋病的主要病毒。有学者推测此次发现的 Omicron变异毒株就是艾滋病毒和新冠病毒“碰撞”的结果。但是，该病毒是否从HIV患者体内进化而来，目前并无确切研究说明。 （3）E基因和N基因新冠病毒主要由结构蛋白和非结构蛋白组成，结构蛋白包括 E 基因编码的包膜蛋白、M 基因编码的膜蛋白、N 基因编码的核衣壳蛋白、S 基因编码的刺突蛋白。 N蛋白与病毒基因组ＲＮＡ相互缠绕形成病毒核衣壳，在病毒ＲＮＡ的合成过程中发挥着重要的作用。同时，Ｎ蛋白相对保守，在病毒的结构蛋白中所占比例最大。N蛋白基因在冠状病毒内相对保守，会和其他病毒基因有交叉，容易导致单基因阳性。而ORF1ab基因具有较好的特异性，同时检测两个基因能有效避免误诊。从已经上传的测序数据来看，E基因的突变仅有1处，N基因的突变有4处，是否会影响到具体试剂盒的检测性能，就要看各个厂家自己的探针和引物设计的位置了。如何确定是否会漏检？目前大家所关心的点在于Omicron的出现是否会导致现有的检测试剂盒出现漏检的情况，据业内人士反馈，IVD试剂企业会在拿到Omicron（奥密克戎）毒株的全基因序列之后，检查引物是否在 Omicron毒株的保守区域，如果与引物互补配对的新冠RNA序列没有碱基突变，那么引物可能不需要调整。 我国获批的实时荧光定量 PCR 法试剂盒检测靶标主要针对新冠病毒基因组开放性读码框 ORF1ab、N 基因、E 基因保守区域进行引物设计，从目前数据来看，这三个区域的突变位点并不是很多。另一方面，很多引物设计软件都可以预测核酸扩增效率（Omicron序列已知），通过生信分析+软件模拟即可大致确定是否会出现漏检，当然更严谨起见，通过合成包含Omicron毒株全基因序列的质粒，用自家试剂盒进行检测也是非常重要的，但实际PCR检测结果的因素有很多，是否会产生漏检还要看真实样本的检测情况了。

炎症与肿瘤之间的联系在很早之前就已经被建立起来，大量的研究证据显示，炎性环境会促进肿瘤的发生发展【1】，但是这背后的分子机制却一直没有被完全阐释清楚。其中，胰腺导管癌 (PDAC) 就是炎症和原癌基因协同作用的一个经典范例：多项研究结论表明，在携带KRAS突变的胰腺组织中诱导炎症不仅反应会加速肿瘤的进展，胰腺的炎症反应还会诱发腺泡导管化生 (as acinar-to-ductal metaplasia, ADM) 和胰腺上皮内瘤变 (pancreatic intraepithelial neoplasia, PanIN) 等肿瘤早期病变，而这些早期病变则会慢慢进展成恶性肿瘤。尽管，最近的一些研究证据显示炎症介导的染色质重塑可能会在这一过程中扮演关键角色【2】，但是这其中的具体分子机制却并未研究透彻。近日，来自德克萨斯大学安德森癌症中心的Andrea Viale研究团队在Science上发表了题为Epithelial memory of inflammation limits tissue damage while promoting pancreatic tumorigenesis的研究文章，揭示了炎症反应和原癌基因KRAS突变通过对胰腺上皮细胞进行表观重塑进而导致PDAC发生的具体分子机制。为了探究炎症对于胰腺上皮细胞转化的影响，作者在PDAC小鼠 (用四环素诱导KRASG12D胰腺特异性表达) 模型中用CAE (一种肠促胰酶肽类似物) 来诱导胰腺的组织损伤和瞬时的炎症反应（图1A），他们发现CAE处理小鼠体内的肿瘤负荷显著增加且生存期大幅降低（图1C）。更加有意思的是，他们发现即使是在CAE处理的3个月后 (CAE诱导的组织损伤约在28天左右恢复正常) 再去诱导KRASG12D的表达也依然观察到了类似的实验现象。这说明即使是瞬时的炎症反应也具有一个长期的效应，并会与原癌基因KRAS协同促进正常上皮细胞向肿瘤的转变。进一步，体外的3D细胞培养实验则证实炎症反应与原癌信号驱动的上皮细胞转变是以一种细胞自主的方式进行，并非由于微环境的改变所致。为了弄清楚炎症的长期效应是如何驱动肿瘤的进展，作者将经CAE处理不同时间(Day 1, 7, 28)的小鼠胰腺组织进行了单细胞测序分析，他们发现腺泡细胞在炎症发生后会很快(Day 1)产生转录组学变化，例如腺泡消化酶表达下降和导管标记物表达升高，而这些改变与ADM的分子表型是一致的。除了这些瞬时的改变，CAE处理7天和28天的小鼠的肺泡细胞的增殖分化、胰腺胚胎发育与肿瘤发生等通路会显著激活。这说明正常的胰腺上皮细胞从瞬时的炎症反应中恢复后，它们会通过转录和表观遗传重编程来获得持续适应性反应，并且作者还证明这些发生表观重塑的胰腺上皮细胞来源于DCLK1阳性的祖细胞。为了更好地在分子层面理解炎症是如何驱动KRAS突变介导的上皮细胞癌变，作者将研究的目光聚焦在了EGR1——一个调控组织再生的转录因子，因为作者注意到EGR1在所有的组学分析中是参与细胞重编程的最显著的转录因子之一。通过构建Egr1-/- PDAC小鼠模型，作者证明EGR1在胰腺肿瘤发生和炎症诱导的上皮细胞重编程中起着关键作用。那么究竟是哪一种免疫细胞和炎症因子参与了上皮细胞的重编程？通过体外和体内的实验，作者发现IL-6是其中起主要作用的细胞因子，而巨噬细胞则是IL-6主要来源。由于上皮细胞对炎症的记忆功能的“初衷”是去提升器官对于损伤的适应能力，那么这一过程又是如何导致了肿瘤的发生呢？为了探讨炎症驱动的上皮细胞重编程与肿瘤发生的内在逻辑关系，作者对CAE-损伤恢复的PDAC小鼠进行了再次CAE处理，作者发现ADM的发生的确会促进机体对于炎症损伤的抵御能力。因此，作者推测基于正向的进化压力，由KRAS等原癌基因突变所致MAPK信号通路激活对于机体抵御二次损伤可能是有益的，小鼠实验也的确证实了这一猜想，然而，这一过程同样会使得ADM变得不可逆，进而导致肿瘤的发生。值得一提的是，同期Science杂志还发表了另外一篇研究文章从另一个不同的角度来揭示炎症与肿瘤发生发展的关系【3】。基于此，Science杂志社邀请了来自约翰霍普金斯大学肿瘤科的Won Jin Ho和Laura D. Wood教授发表了题为Opposing roles of the immune system in tumors的评述文章。在评述中，两位教授认为这两篇同期发表的文章为我们理解免疫系统如何驱动肿瘤发生的分子改变提供了深远的概念创新(“provide far-reaching conceptual innovations in our understanding of how the immune system drives molecular alterations in tumor cells”)，同时他们也指出本篇研究的局限性：该研究所用到的基因操作和处理时间只有在小鼠模型中才可能实现，因此这些发现与人类胰腺肿瘤发生的相关性仍需要进一步的实验验证。原文链接：http://doi.org/10.1126/science.abc3734

p style=" text-align: center " img title=" 001.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/00d9b235-be44-41f1-b785-e7198d4e9109.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 图片来源：Cell /strong /p p 　　12月14日，最新发表在Cell杂志上的这项研究中，来自美国哥本哈根大学和MRC分子生物学实验室等机构的科学家们通过挖掘现有的数据集，描绘出了“个体中GPCR药物靶点发生突变”的程度，并揭示了这些突变对药物疗效的影响。 /p p 　　GPCRs是人类基因组中最大的膜蛋白家族，在视觉、嗅觉、味觉以及神经传递等人类各项生理代谢活动过程中发挥着重要的作用。关于GPCR的研究极大改变了我们对生命活动的认识以及革新了现代医药研究。 /p p 　　在这项新研究中，科学家们首先利用来自“1,000 Genomes计划”(约2,500参与者)的全基因组测序数据和来自“ExAC计划”(超过60,000名参与者)的外显子组数据，分析了人类GPCR中的突变 然后，利用结构数据，分析了GPCRs中的关键位点，以揭示哪些突变更有可能改变药物的效果。 /p p style=" text-align: center " img title=" 002.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/08092e86-e3b9-41b5-8c21-dcbb58d6d75e.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 图片来源：Cell /strong /p p 　　结果显示，平均有3%的人含有能够影响药物效果的突变GPCR受体。受体包含这类突变可能意味着，药物的疗效会降低，也可能意味着，药物将彻底不起作用，或者对患者产生不良影响。 /p p 　　论文的第一作者兼共同通讯作者Alexander Hauser解释道：“3%的受影响人群是指平均水平。对一些重要受体来说，受影响的人群要大得多。举例来说，就糖尿病药物靶点GLP1受体而言，相关突变发生在69%的人中。而对CNR2受体(药物通过靶向这一受体来说缓解化疗引发的恶性)来说，这一比例为86%。” /p p 　　总结来说，作者们认为，个体间药物反应差异的存在和潜在影响是进一步研究这一领域的有力证据。同时，这些新发现也很好地证明了，为什么个性化医疗将是医学领域未来必然的发展方向。 /p p 　　参考资料： /p p 　　Distinct human mutations can alter the effect of medicine /p p /p

p 　　King Faisal Specialist医院和Fowzan Alkuraya研究中心的团队对辣子两个怀孕有苦难的家庭女性进行了同和性作图和外显子测序，这些女性即使进行体外受精，怀孕也十分困难。研究人员本周在《Genome Biology》上报道了他们的结果，他们发现，TLE6中的突变似乎在早期终止了胚胎发育。胚胎后发育中，其他基因的活性与胚胎杀伤作用的联系已经有所发现，但是研究人员会说，这是第一个在胚胎植入前具有杀伤活性的。 ?? /p p 　　“我们的数据表明，TLE6突变是一种造成人类女性不孕的罕见突变，并且其是现在已知的，最早的对胚胎具有杀伤力的单个基因的突变，” Alkuraya和他的同事们在文章中这样写道。 /p p 　　看似健康的精子与看似健康的卵子在胞浆内注射受精失败是十分罕见的，研究人员说，值得注意的是，在20年的体外受精的经验中，他们只记得有8对夫妇出现了这样的情况。而其中两队夫妇是近亲，因此研究人员能够与他们取得联系。研究人员补充道，一个女性患者也有一个受此影响的姐姐。 /p p 　　两姐妹都来自同一个家庭，这个家庭中的另外的兄弟姐妹都是健康和可孕的，但是她们却经历了多次失败的精子注射。只有三个卵子发育成了两个生殖核，这表明受精正常，但是这些受精卵在1个，2个4个细胞阶段停止了发育。 /p p 　　研究人员说，其他家庭的女性也表现出了类似的模式，这表明这些女性的表型是胚胎移植前具有杀伤力。 /p p 　　对于三个女人中的两个，Alkuraya和他的同事们进行了全外显子测序，以寻找他们受精卵中纯合子编码区或者可变剪接体。 /p p 　　在经过这些信息过滤后，一个新的变体变得清晰明显：在TLE6中出现了纯合子S510Y的替换。 /p p 　　研究人员进一步报道，这三个女性的受精卵都具有这个突变。她们都有一个相同的单体型，这表明他们具有共同的祖先。 /p p 　　他们还指出，来自一个家庭的某个兄弟是这个变种的纯合子，但是他是可孕的，这表明这种变异的影响仅仅局限于女性。 /p p 　　研究人员报道说，在哺乳动物的TLE6同源基因中，其变异残基似乎具有普遍的保守性，此外，使用PolyPhen和SIFT预测，S510Y变体是一种致病的突变。 /p p 　　Alkuraya和他的同事们补充说，TLE6编码一种蛋白，其是分皮质孕产妇复合物(SCMC)的一部分，而这种在但是是动物卵母细胞的一种结构，其对胚胎早期发育是至关重要的。他们还补充说，这种基因是目前已知的，为数不多的几个哺乳动物的母性效应基因。 /p p 　　蛋白激酶A是已知的，能够的磷酸化的TLE6，，研究人员怀疑说，氨基酸残基的更换会影响TLE6的磷酸化位点。 /p p 　　通过一系列的细胞系和免疫印迹分析，他们发现，表达TLE6突变的细胞会出现TLE6磷酸化的损伤。 /p p 　　同样，通过免疫沉淀反应和免疫印迹分析，他们进一步指出，OOEP，KDHC3L和SCMC之间的结合力减弱了-这是SCMC的另外两个元件。 /p

今年10月29日，中国首个大样本多中心卵巢癌患者BRCA突变研究数据在葡萄牙里斯本举办的IGCS(国际妇癌协会)双年会上发布，填补了我国在该研究领域的空白。11月11日，在由上海市抗癌协会妇科肿瘤专业委员会主办，阿斯利康和华大基因协办的“中国首个多中心卵巢癌患者BRCA突变研究数据公布”媒体发布会上，该研究负责人复旦大学附属肿瘤医院妇瘤科主任吴小华教授指出：“中国首个多中心卵巢癌患者BRCA突变研究数据的公布，为学界提供了首个可靠的、具有代表性的中国患者人群BRCA突变状况的数据，为进一步在中国卵巢癌患者中制定精准治疗方案、确立BRCA检测共识提供了理论基础和依据。” BRCA一旦突变，卵巢癌发病风险将大幅增加 卵巢癌是女性中最常见的恶性肿瘤之一，据国家癌症中心资料，我国每年卵巢癌新发病例数约为5.21万人，死亡病例数约为2.25万人，死亡率位居妇科恶性肿瘤的首位。卵巢癌发病隐匿，且缺乏有效的筛查及早期诊断措施，约70％患者在确诊时已属晚期，存在肿瘤的广泛播散和转移，5年生存率仅为30-40％左右。 研究发现BRCA突变与卵巢癌的发生关系密切，BRCA1和BRCA2均为抑癌基因，在调节细胞复制、DNA损伤修复、细胞正常生长方面有重要作用，如果BRCA发生突变，就丧失了抑制肿瘤发生的功能，导致癌细胞大量繁殖。研究发现，一般人群的卵巢癌终生发病风险约为1%，而BRCA1突变携带者的卵巢癌发病风险可高达40%，BRCA2突变携带者的卵巢癌发病风险可升高至11-18%。因此BRCA检测不仅能成为卵巢癌早期筛查的重要参考数据，对卵巢癌患者后期用药也极具临床指导意义。 美国著名影星安吉丽娜茱莉就曾因检测出BRCA1突变而预防性切除了双侧卵巢及输卵管以预防卵巢癌，一时间BRCA检测成为社会热点话题。 BRCA检测：简单方便告知患癌风险BRCA1/2都是典型的抑癌基因，其突变可能出现于基因的各个区域，仅仅检测这两个基因的某几个变异，不仅不能全面解析患癌风险，反而会有大范围漏检的可能，因此传统的测量单个位点的一代测序不适用于检测BRCA突变。另外一个值得关注的点是，每个人都有各类基因变异，但其中大多都是无害的，所以检测机构不仅要找到基因变异，更要有可靠的数据库和遗传解读能力，后者决定了每个找到的基因变异能否被正确地判定为有害还是无害。 大众在选择基因检测机构时首先要看准资质。一般而言，三甲医院进行的遗传性肿瘤基因检测相对可靠，但是三甲医院中能开展该检测项目的比较稀少，目前国内进行遗传性肿瘤基因检测的多为第三方临床检验中心。2015年3月27日，国家首批肿瘤诊断与治疗项目高通量基因测序技术临床试点单位确定，全国仅5家第三方临检机构获得该试点资格，包括深圳华大临床检验中心和天津华大医学检验所。卫生部临床检验中心2016年4月对44家做肿瘤基因测序的实验室（包括医院和基因检测公司）进行了考试，深圳华大临床检验中心、天津华大医学检验所、中山大学附属肿瘤医院、深圳市罗湖区人民医院等都获得了满分。美国病理学会(CAP)的2016年上半年BRCA基因检测能力验证项目结果表示，深圳华大临床检验中心的结果全部合格，满分通过，也标志着华大基因在BRCA1/2基因检测项目的检测流程、信息分析和临床解读整个环节的规范性和准确性均达到了国际标准。 28.45%的中国卵巢癌患者存在BRCA突变 近二十余年，国外很多文献报道过卵巢癌患者中BRCA突变的比例大致在5-29%，但来自亚洲的数据很少，尤其是在中国，由于BRCA检测并不是一项常规检测项目，因此尚无此方面大规模、多中心的研究数据。 由复旦大学附属肿瘤医院、中国医学科学院肿瘤医院、山东大学齐鲁医院、中山大学附属肿瘤医院、四川大学华西第二医院共同完成的中国首个多中心卵巢癌患者BRCA突变研究，共纳入826例上皮性卵巢癌患者,采用目前国际上公认最准确的二代测序方法进行BRCA1/2基因突变的检测，发现我国卵巢癌患者BRCA突变率为28.45%，其中BRCA1突变率为20.82%，BRCA2突变率为7.63%。该研究牵头人，吴小华教授指出：“此项研究证实：中国超过四分之一的卵巢癌患者都存在BRCA突变，彻底颠覆了我国卵巢癌患者BRCA突变率较低的传统观念；同时，研究还发现BRCA突变不仅局限于有卵巢癌家族史的患者或者是某一病理类型，因此非常有必要在中国将BRCA检测作为所有上皮性卵巢癌患者的常规检测之一，该检测对于进一步制定和评估治疗方案必不可少。” 推广BRCA突变检测，助力卵巢癌精准治疗 对卵巢癌患者进行BRCA突变检测，有助于更好地进行预后的判断、化疗方案的选择、家族遗传史患者亲属的风险评估，帮助医生根据患者的基因特点来选取更精准的治疗方案。由于BRCA突变检测对实验室设备和检测人员技能要求很高，目前该检测并没有普及，即使是一些大医院都不能进行该项检测。临床多中心研究中的BRCA1/2基因检测，由华大基因提供。随着第二代高通量测序技术的普及，将会有越来越多的医院能开展BRCA基因检测。 在媒体沟通会上，吴小华教授总结道：“此次中国首个多中心卵巢癌患者BRCA突变研究的成功发布，要感谢阿斯利康和华大基因的大力协助。目前，晚期卵巢癌的治疗一直是妇科肿瘤医生面临的严峻考验，我相信通过对疾病的深入研究，对新药的不断研发，以及基因检测技术的提高和普及，最终将惠及卵巢癌患者，为她们争取更多宝贵的、高质量的生存时间，绽放生命的精彩。”

导读非小细胞肺癌（NSCLC）和大肠癌是常见的恶性肿瘤，随着基因检测技术的不断发展，KRAS基因突变检测技术逐渐被运用到癌症检测和临床治疗。KRAS基因突变检测是目前癌症患者在使用靶向药物治疗前必做的检测项目。根据患者的基因突变情况不同，可以筛选出对靶向治疗敏感和耐药的人群，从而制定更个性化的治疗方案，既节省了大量的医疗资源，又提高了治疗的有效性和合理性。本文对现今分子临床诊断中的最先进的12种KRAS突变检测技术做了一个评估对比，结果显示，不同的KRAS检测方法，相应的灵敏度不同（如图1）表1 中列举每种技术和方法的特点和优势 结论在本研究中可以看到，质谱检测相对于测序检测而言，存在着可以明显读出密码子突变类型的优点。MALDI-TOF方法在KRAS突变检测中具有灵敏度高、准确度高、分辨率高、质量范围广及速度快等特点，在操作上制样简单、可微量化、大规模检测。MALDI-TOF将逐渐成为一种具有潜力的高通量、自动化基因分型的金方法。

人类诱导多能干细胞（hiPSCs）允许对遗传性疾病进行体外研究，并且拥有个体化干细胞治疗的潜力，基因编辑技术（能够精确修饰特异性目标位点）代表了不同hiPSC应用的宝贵工具，这在单基因疾病中特别有用，其能帮助分析未知突变的功能，或创造遗传纠正且来自患者机体的hipsCs。近日，一篇发表在国际杂志Stem Cell Reports上题为“Simultaneous high-efficiency base editing and reprogramming of patient fibroblasts”的研究报告中，来自赫尔辛基大学等机构的科学家们通过研究开发了一种新方法，其能精确且快速地纠正培养的患者机体细胞中的遗传改变。这种新方法能从患不同遗传性疾病患者2-3毫米的皮肤活检组织中产生遗传性纠正的自体多能干细胞，而纠正后的干细胞对于研究非常有必要，其对于开发治疗有关疾病的新型疗法也非常重要。这种新方法基于此前研究人员在干细胞和基因编辑领域的突破性研究（包括获得诺贝尔奖的技术），第一项技术就是诱导多能干细胞的开发，即来自分化细胞的ipsCs，其于2012年获得了诺尔贝生理学或医学奖。而另一项技术则是CRISPR-Cas9基因魔剪的创新，其于2020年也获得了诺贝尔奖。研究者所开发的新方法结合了这些技术来纠正引发遗传性疾病的基因突变，同时还能创造出功能齐全的新型干细胞。研究人员的长期目标就是产生具有治疗特性的自体细胞，使用来自患者机体纠正的细胞就能帮助避免来自供体的器官和组织移植所产生的免疫挑战。目前有超过6000种已知的遗传性疾病，其都是由不同的基因突变所致，其中一些疾病目前是利用来自健康供体所捐赠的细胞或器官移植来进行治疗（如果合适供体有的话）。所纠正的干细胞。图片来源：Sami Jalil研究者Kirmo Wartiovaara教授表示，我们所开发的新系统在纠正DNA错误方面要比老方法更快且更加精准，同时也减少了不必要变化的风险。在完美的状况下，如今研究人员已经达到了100%的功效，尽管研究人员需要记住的一点是，对培养的细胞进行修正距离已经证实的治疗应用还非常遥远，这或许就是一个非常积极的开始。综上，本文研究结果表明，研究者所开发的新方法能够产生几十个基因编辑的hipsC单克隆细胞系，其具有前所有为的效率和稳定性，同时还能大大减少细胞培养所花费的时间，并能降低其在体外发生改变的风险。原始出处：Sami Jalil，Timo Keskinen，Rocío Maldonado, et al.Simultaneous high-efficiency base editing and reprogramming of patient fibroblasts, Stem Cell Reports (2021). DOI:10.1016/j.stemcr.2021.10.017

p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201808/insimg/a316d279-462e-4bdb-8348-3d0fd22fce5f.jpg" title=" 1.png" / /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 近日，这项成果以“Correction of the Marfan Syndrome pathogenic FBN1 mutation by base editing in human cells and heterozygous embryos”为题发表在《Molecular Therapy》杂志上。上海科技大学的黄行许教授和广州医科大学附属第三医院的刘见桥教授为这一研究的通讯作者。 /p p style=" text-align: justify " 关于马凡综合症 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 马凡综合征是一种以结缔组织为基本缺陷的遗传性疾病，也有先天性中胚层发育不良、Marchesani综合征、蜘蛛指征、肢体细长症之称，其典型病症包括周围结缔组织营养不良、骨骼异常、内眼疾病和心血管异常。 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 据估计，全球每5000人中有1人患有马凡综合症，由于这种遗传疾病会在全身引起问题，因此往往可能是致命的。如果一个人患有马凡综合症，他们的孩子将也有50%的可能会患有此病。 /p p style=" text-align: justify " 在这项新研究中，中国团队从马凡氏综合征患者捐赠的健康卵子和精子着手，利用体外受精技术培养成能自行发育的人类胚胎，然后通过“碱基编辑”技术纠正引起该病症的FBN1（编码原纤维蛋白1）基因中单个碱基的突变，为这种疾病提供了潜在的早期治疗。 /p p style=" text-align: justify " 碱基编辑器 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 过去的研究曾表明，编辑双链DNA会产生不必要的剪切，甚至于可能会导致癌症。最新研究中并没有使用典型的CRISPR基因编辑技术。相反，他们尝试了一种“碱基编辑器”的技术，可以简单替换单个碱基（例如将A替换为G）。 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 碱基编辑器是由Broad 研究所的华人学者 David Liu 教授的团队开发，可以让细胞内 DNA 的一种碱基通过简单的化学反应，变成另一种碱基，达到精准编辑基因的目的。 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 如今最常用的是 CRISPR 基因编辑技术，通过处理后的病毒携带基因片段，进入细胞内 DNA 替换原有基因。这种技术，需要切割 DNA 才能实现基因编辑。而碱基编辑器的突破在于，它不需要切割 DNA，直接在 DNA 上进行化学反应，来精准编辑基因。而此前，CRISPR 基因编辑技术可能会引起随机插入和删除等突变，而碱基编辑器技术则几乎避免了这种情况。 /p p style=" text-align: justify " 更好的方式 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 鉴于要纠正该病症的突变基因，只需要将FBN1基因中的G改变为健康的A。研究人员试图用碱基编辑纠正导致马凡综合征的突变。 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 根据这项研究，黄行许教授和刘见桥团队成功纠正了导致18个活的人类胚胎出现马凡综合症的突变。其中16个胚胎仅携带FBN1基因经过修正的版本，而在2个胚胎中发生了额外的编辑。 /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201808/insimg/8905cefd-7c05-429f-a588-26ad6bfa4a2d.jpg" title=" 2.png" / /p p /p p style=" text-align: center " 本研究通讯作者黄行许（左），刘见桥（右） /p p style=" text-align: left " & nbsp & nbsp “总的来说，这项初步研究提供了概念上的证明，并开启了基于碱基编辑的基因治疗的潜力，”上海科技大学的研究员黄行许教授说，“尽管如此，距离到临床应用，它还有很长的路要走。” /p p br/ /p

近日，国家卫生健康委临床检验中心(NCCL)公布了2022年全国实体肿瘤体细胞突变高通量测序室间质量评价统计结果。华测检测认证集团股份有限公司旗下子公司——华测艾普医学实验室再次满分通过此次NGS室间质评，持续体现着华测艾普医学在NGS检测方面扎实的实验能力、强大的生物信息分析能力以及可靠的质量管理体系运营。 　　全国肿瘤体细胞突变高通量测序检测室间质量评价计划，是保证各临床实验室检测质量的重要手段，主要旨在确定各个参评实验室实体肿瘤体细胞突变高通量测序检测的能力，发现在检测过程中存在的共性问题以及实验室存在的特殊问题，促进各实验室提高检测水平。 　　本次测评上报的检测范围包括：点突变、短片段插入/缺失突变等，涉及的所有基因突变类型均被华测艾普医学检出，无任何假阳性或假阴性结果，与公布的结果一致，满分通过！ 　　华测艾普医学作为“CTI华测检测”的一份子，将继续保持检测的钻石品质，以高标准、高质量的专业技术，不断进取、精益求精，为广大客户提供医疗检测服务，守护大众健康，为品质生活传递信任。

当前，新冠病毒疫情仍然在全球范围内肆虐，截止到11月30日，全球感染人数超2.6亿，死亡人数超500万。我国疫情虽然得到了较好的控制，但当前防控工作内防反弹，外防输入，形势依然非常严峻。此外，新冠病毒不断变异，导致其传染性更强。主要的突变株包括:B.1.617.2（Delta）、B.1.1.7（Alpha）、B.1.351（Beta）、P.1（Gamma）、B.1.1.529（Omicron）等。虽然目前的研究表明这些突变尚未对疫苗的有效性产生显著的影响，但针对突变株的监测和防控工作绝不能放松。近日中国计量科学研究院联合北京科兴中维生物技术有限公司，在继今年8月开发的B.1.617.2（Delta）突变株基础上，又针对新冠病毒P.1（Gamma）和B.1.351（Beta）突变株开发了全基因组RNA标准物质。该标准物质以新冠病毒P.1和B.1.351突变株为候选物，对其灭活后进行基因组RNA纯化、序列表征和量值确定。该标准物质可以作为测量标准用于新冠病毒P.1和B.1.351突变株检测方法的方法开发、方法确认和质量控制。该标准物质涵盖新冠病毒P.1和B.1.351突变株的全部序列，高通量测序结果表明不存在其他病毒序列。采用经过国际比对验证的数字PCR方法，对开放阅读框（ORF1ab）基因、核衣壳蛋白N基因、包膜蛋白E基因和刺突蛋白S基因进行了准确定值。特性量值为每管溶液中含有的新冠病毒P.1或B.1.351突变株的ORF1ab、N、E和S基因的拷贝数浓度。具体量值见表1。新冠病毒P.1突变株基因组RNA标准物质的基因组序列中S基因具体的变异位点包括：L18F、T20N、P26S、D138Y、R190S、K417T、E484K、N501Y、D614G、H655Y、T1027I、V1176F，具体见图1。图1. 新冠病毒P.1突变株S基因突变位点新冠病毒B.1.351突变株基因组RNA标准物质的基因组序列中S基因具体的变异位点包括：L18F、D80A、D215G、K417N、E484K、N501Y、D614G、H655Y、A701V、F1121V，以及L241、L242和A243缺失，具体见图2。图2. 新冠病毒B.1.351突变株S基因突变位点

摘要北京大学人民医院胸外科杨帆团队和清华大学医学院生物医学工程系郭永团队合作，在《OncoTargets and Therapy》发表题为"Highly Sensitive Droplet Digital PCR Method for Detection of de novo EGFR T790M Mutation in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer"的研究论文，该研究使用新羿TD-1数字PCR平台，验证了非小细胞肺癌病人中原发EGFR T790M突变与共存的致敏EGFR突变在等位基因上的顺反式关系（顺式排列指两个位点在同一条DNA分子上，反式排列则是指两个位点不在同一条DNA分子上，这两种不同排列方式导致患者对药物的敏感性不一样），并探索了福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本对检测原发EGFR T790M突变的影响。方法与结果该研究入组了300例中国非小细胞肺癌患者，所有病人都未使用过EGFR-TKIs。对于前250例患者（A组），通过外科手术获取肿瘤组织后快速冷冻后保存于-80℃；对于后50例患者（B组），获取病人的肿瘤组织和癌旁正常组织，并分别制作成冰冻肿瘤组织、FFPE肿瘤组织、冰冻正常组织和FFPE正常组织。对A组的250例冰冻肿瘤组织进行EGFR基因突变检测，并对同时检出T790M突变和致敏EGFR突变的样本进行等位基因顺反式检测。对B组的4种类型样本进行EGFR基因突变检测，分析4种类型样本中T790M突变比例。（详细流程见图1）300例冰冻组织EGFR检测结果如下表：图1 研究设计流程对3例为L858R+T790M双阳性样本。进一步构建了L858R+T790M双重检测体系，用总RNA分析L858R和T790M的顺反式关系，结果表明，这3例样本均为顺式关系，即L858R和T790M突变存在于同一条DNA分子上（图2）。图2（A）显示了野生型EGFR的NSCLC细胞系的FAM非特异性信号。（B、C、D）3例NSCLC患者，同时伴有原发T790M和L858R突变，用ddPCR方法检测两种突变的等位基因关系，B、C、D所示为EGFR的原发T790M（FAM标记）和L858R（VIC标记）的双阳性信号， FAM和VIC阴性信号以黑色表示。野生型EGFR L858R和野生型T790M突变的信号以蓝色表示。EGFR L858R突变阳性的信号以绿色表示。原发T790M伴随顺式L858R突变的双阳性信号以橙表示。对B组的50例病人的4种类型样本进行19Del、L858R和T790M检测，发现T790M在癌旁正常组织FFPE样本的丰度为0.1%-0.5%，而同样的冰冻组织的突变丰度均低于0.1%。这提示在用FFPE样本检测T790M突变时，需仔细确认判读的cut off。图3 FFPE肿瘤组织样本和FFPE癌旁正常组织样本中的原发T790M突变丰度研究结论1、中国NSCLC原发T790M突变发生率很低，在本研究中只有1.3%。2、本研究发现的3例L858R+T790M双阳性样本为顺式突变，数字PCR可以有效检出。3、福尔马林固定造成的人工突变会影响FFPE样本的T790M突变检测。所以使用ddPCR检测FFPE样本前，应仔细验证ddPCR检测体系的分析cut off值。作者介绍北京大学人民医院胸外科王迅主治医生为该论文的第一作者，北京大学人民医院胸外科杨帆教授与清华大学医学院郭永教授为论文的合作通讯作者。原文链接：https://www.researchsquare.com/article/rs-29659/v1

图片来源：Daniel Mokhtari 人们要弄清蛋白质或酶是如何工作的，以及了解基因突变如何影响这些对生命至关重要的分子，往往需要数年时间。研究人员必须一个个地改变分子中的氨基酸，产生变异的酶，并测试变异如何影响酶的机能。　　现在，一种蚀刻有微小通道的玻璃芯片，可以让研究人员一次测试超千种突变酶，并将时间缩短到几个小时。　　近日，发表在《科学》上的一篇论文描述了这种名为“高通量微流体酶动力学”(HT-MEK)的新系统，如何为科学家研究致病蛋白质、开发分解环境毒素的酶，以及理解不同物种之间的进化关系提供一种更快的方法。　　为开发HT-MEK，美国斯坦福大学的生物工程师Polly Fordyce和生物化学家Daniel Herschlag等人工作了6年，最终制成了一个价值10美元、约7平方厘米大小的芯片。该芯片包含1568个微孔，每个孔包含一种变异的酶和一个微流控系统，后者可以同时向所有突变体输送试剂。　　为了测试这个系统，Fordyce和Herschlag选择了一种叫做PafA的细菌酶，这种酶可以改变其他蛋白质。通过设计DNA序列，他们将PafA的526个氨基酸分别替换成不同的氨基酸，从而创建了一个突变酶“库”。机器人将这些DNA序列放入芯片的单个孔中并添加试剂，使蛋白质得以生成。然后，研究人员向该芯片中添加了一种化学物质，这种物质经PafA处理后会发光。他们用扫描仪测量了这种化学物质发出的光量——使PafA效力降低的突变会减少光量。　　这一系统并非简单地告诉研究人员这个实验成功与否，而是能让他们检查每个突变酶进行反应的速度，并确定化学物质或pH值的变化如何影响酶折叠和功能。“这就像剥下蛋白质的外壳往里面看，看到一幅建筑图。”Fordyce说。　　此外，由于一次可筛选如此多的突变体，该系统能让研究人员关注活性位点突变之外的区域。其他区域的突变仍可能通过改变酶折叠或与其他蛋白质结合的方式影响酶的功能。HT-MEK在PafA上确定了161个这样的位点。多年研究这种酶的Herschlag说，突变的影响程度令人惊讶。

p 　　LUXTURNA& #8482 (voretigene neparvovec)由Spark Therapeutics公司研发，用于治疗由RPE65基因突变导致的遗传性视网膜病变。 /p p 　　2016年，LUXTURNA获得FDA孤儿药资格与突破性疗法认定。2017年，LUXTURNA被纳入优先审评通道，并于10月以16：0的投票结果获得FDA专家团的一致认可。两个月后的今天，FDA批准LUXTURNA上市，适用于患有特定遗传性眼疾的儿童和成人患者。 /p p 　　纠正缺陷基因，治疗遗传性眼疾 /p p style=" text-align: center " img title=" 001.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/4f953efd-d66a-448b-82b7-5209c0b59cf4.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong LUXTURNA(图片来源：Spark公司官网) /strong /p p 　　RPE65基因负责编码一种对视力不可或缺的酶，一旦发生突变会损伤眼睛对光的反应，最终导致视网膜感光细胞失活，所以患者多表现出先天性弱视、甚至于失明的症状。 /p p 　　作为首个治疗遗传性视网膜病变的制剂，LUXTURNA填补了这一疾病的治疗空白。它的核心机制在于“纠正错误的基因”，通过直接注射携带正常RPE65基因的腺相关病毒载体(AAV)进入患者研究，促使RPE65蛋白的正常表达和功能发挥。患者只需要接受一次制剂注射，视力就能够得到显著改善。 /p p 　　在最新的临床试验中，LUXTURNA表现出良好的治疗效果——相比于对照组，接受治疗的患者视力得到显著改善，并很好地通过一项特殊的视觉障碍测试。而且，这种效果能够持续一整年。鉴于这一积极数据，FDA认为该疗法益大于弊，大大促成了它的获批上市。 /p p 　　基因疗法又一个“第一次” /p p 　　LUXTURNA不但拥有全新的作用机理，还验证了基因疗法应用于非癌症疾病的可行性。它的获批上市标志着基因疗法领域的又一个“第一次”，进一步强调了该疗法广泛应用的潜能。 /p p 　　2017年，基因疗法领域成果显著——成功延长了15名身患严重遗传性疾病1型脊髓性肌萎缩症(SMA1)患儿的生命，让他们有机会重获健康 借助于转基因干细胞，成功挽救一名患有毁灭性皮肤病的小男孩，使其拥有全新的皮肤 成功治疗10名B型血友病患者，点燃实现血液类疾病 “一次性治疗、永久性获益”终极目标的希望! /p p 　　美国FDA委员Scott Gottlieb博士认为，当下基因疗法正处于一个转折点。FDA正致力于建立正确的政策框架，促使更多的科研技术造福更多的患者。 /p p 　　参考资料： /p p 　　FDA approves novel gene therapy to treat patients with a rare form of inherited vision loss /p p 　　FDA Approves Spark Therapeutics’ LUXTURNA& #8482 (voretigene neparvovec-rzyl), a One-time Gene Therapy for Patients with Confirmed Biallelic RPE65 Mutation-associated Retinal Dystrophy /p p /p

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica® 6色微滴芯片数字PCR系统上实现cfDNA样本的超多重分析：EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit使用TaqMan™ 探针技术用于检测8个点突变，同时使用drop-off方法检测24个19外显子缺失和20外显子插入（图1）。图1. EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit探针设计，包含TaqMan™ 探针在每个Exon的位置和标记染料应用亮点：☑ EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit单孔实验可靠高灵敏的检测32种的EGFR体细胞突变，包含常见的、稀有的活化突变和耐药突变。☑ EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit可在naica® 6色微滴芯片数字PCR系统上进行超敏且稳定的EGFR突变检测，不同位点的检测限LOD在0.30 - 0.46 cp/µL之间。☑ 使用Crystal Miner软件和定制EGFR 6色数据分析模板可快速、直接分析NSCLC患者cfDNA样本。单孔检测NSCLC样本中90%的EGFR突变：液体活检是对非固体生物样本的取样和分析，最常见的是血液。液体活检是一种微创和直接的采样方法，可以克服肿瘤的异质性，使用循环肿瘤DNA（ctDNA），用于肿瘤生物标志物分析。ctDNA检测需要一种高灵敏度和高可靠性的检测技术，以精准定量在高背景野生型基因中较低水平的突变基因。数字PCR已成为下一代液体活检分析的强大技术。法国Stilla Technologies的naica® 6色微滴芯片数字PCR系统是一种超灵敏的数字PCR技术，能够同时准确地定量单个样本中的大量生物标志物，简化检测过程，最大限度地减少检测差异，并显著缩短实际操作时间。非小细胞肺癌（NSCLC）是全球癌症高死亡率的主要原因。表皮生长因子受体（EGFR）突变是NSCLC中众所周知的致病变异。超多重EGFR6-color Crystal Digital PCR™ Kit 可以使用循环游离DNA（cfDNA）检测NSCLC中90%以上的EGFR突变，包括外显子18、19、20和21中32个常见的、稀有的活化位点和耐药位点（表1）。表1EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit检测EGFR突变EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica® 6色微滴芯片数字PCR系统上实现超灵敏检测EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit适用于高灵敏naica® 6色微滴芯片数字PCR系统。为确定各EGFR靶点的检测灵敏度，空白限LOB和检测限LOD的测定参照美国临床实验室标准协会(CLSI) EP17-A2标准(Protocols For Determination Of Limits Of Detection And Limits Of Quantitation Approved Guideline)。EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit检测EGFR突变的空白限LOB范围0.06 - 0.17 copies /µL之间，检测限LOD范围0.30 - 0.46 cp/µL（表2）。表2. 根据CLSI EP17-A2标准测定EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ kit的LOB和LOD（Sapphire芯片，反应体系中的拷贝数cp/ul）为了评估EGFR6-color Crystal Digital PCR™ Kit的灵敏度，在120 cp/µL野生型EGFR DNA 的背景下，采用线性梯度检测方法检测EGFR Exon19号外显子缺失、Exon20号外显子插入、L858R、G719A、L861Q、T790M、C797S（GC）和C797S（TA）突变，浓度从64 cp/µL稀释到到0.25 cp/µL(图3)。EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit可超敏且稳定的检测出所有突变。图3.在野生型EGFR 120 cp/µl(3000copies每25µl)的背景下，测定EGFR Exon19号外显子缺失、Exon20号外显子插入、L858R、G719A、L861Q、T790M、C797S (GC)和C797S (TA)突变（理论浓度64cp/µl、32 cp/µl、16 cp/µl、8 cp/µl、4cp/µl、2 cp/µl、1 cp/µl、0.5 cp/µl和0.25 cp/µl）。使用合成的Ultramer™ 突变DNA模板(大小从97到124个核苷酸)和野生型人类基因组DNA。图中显示的是每个突变的≥三次重复的平均值和标准误差。EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica® 6色微滴芯片数字PCR系统上具有超高重复性EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit批间检测高度重复，不同目标基因定量检测的RSDs(相对标准偏差)范围为4.5 ~ 8.6% (N = 12)（图4）。图4. EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ kit的批间重复性。通过用EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit比较12个不同批次(N = 12)中1个阳性对照样品获得的结果测定批间重复性EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica® 6色微滴芯片数字PCR系统上具有超高特异性EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit具有高特异性，无假阳性出现（表3）。表3 使用EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica® 6色微滴芯片数字PCR平台进行特异性检测。使用合成的Ultramer™ 突变DNA和野生型人类基因组DNA作为模板进行重复反应EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit与Crystal Miner软件结合提供的数据分析模板直接生成2D图(图5)，并快速获得高度一致的结果。图5. 使用Crystal Miner软件和个性化的EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit分析模板分析L858R和T790M阳性的NSCLC cfDNA样本的示例。cfDNA样本在预期结果和测量结果之间显示出完美的一致性。x轴和y轴对应相应通道的荧光强度｜欢迎试用｜naica️® 六色微滴芯片数字PCR系统开放试用，大家可以拨打电话010-57256059或者官网官微申请，诚挚邀请您到Stilla数字PCR中国技术示范与服务中心参观，期待与您相见。naica® 六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica® 六通道微滴芯片数字PCR系统，源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术，自动化微滴生成和扩增，每个样本孔可实现6荧光通道的检测，智能化识别微滴并进行质控，3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。

《科学》杂志发表的一项最新研究显示，正常皮肤存在的癌症相关基因突变数量高的惊人。这一研究结果有助于揭示细胞如何癌变的，表明分析正常组织对于理解癌症起源具有重要意义。研究发现，每个正常面部皮肤细胞都携带着数以千计的突变，主要是因暴露于阳光下导致。来自4位无癌志愿者的样本中，大约25%皮肤细胞携带至少一个癌症相关基因突变。对234份活检样本的基因测序发现有3760个突变，每平方厘米皮肤上就有100多个与癌症相关基因突变。带有突变基因的细胞克隆的细胞群，已长到正常增殖细胞群的两倍，不过这些细胞都未出现癌变。桑格研究所彼得坎贝尔博士认为，基因序列分析技术对理解癌症发生，尤其是从正常细胞向癌症细胞转化的过程十分重要，研究发现某些癌症相关突变确实能促进细胞增殖，如果这种细胞基因突变继续发生，将有可能出现真正的癌变过程。但到底需要多少这种突变，目前仍不清楚。研究发现这些光照音符的突变和皮肤鳞状细胞癌相关，但与黑色素瘤关系不大。样本取自4位年龄在55－73岁的志愿者，都接受过手术切除部分影响视力的眼睑皮肤。由于眼睑暴露于阳光下，这是积累了一生的突变。研究人员估计，被阳光直接照射的皮肤细胞平均每天都会在基因组中出现一个新突变。血液样本分析表明，没有癌症的人基因突变数量很低，只有少部分人血液细胞中携带致癌基因突变。由于阳光照射，皮肤细胞更易发生基因突变，预计每个成年人皮肤中都有成千上万个皮肤癌相关基因突变。这项研究还证明，用正常组织能更好地理解癌症发生的源头。启示：首先，基因突变，哪怕是癌症相关基因突变，不是癌症产生的全部条件。从正常皮肤细胞中发现大量癌症相关基因突变，那么在癌症组织中发生的突变也不一定是导致癌症的所有原因。美国目前倡导的精准医疗，正是针对这些癌症相关突变进行精准治疗，那么其效果不仅不能保证，而且显然会有一些错误的目标。既然正常组织中都存在大量癌症相关突变，那么这些突变如果作为精准打击目标，显然是多余的浪费的。也有一种可能，癌症相关突变也许是细胞生存的策略，一直有一种困惑，癌症细胞相关改变和机体应对损伤的自身保护往往使用同样一套工具，例如癌症细胞不容易发生细胞凋亡，而抗凋亡是许多组织避免损伤的最重要方式。因此所谓癌变，可能是一种适应外界环境付出的一种代价。好比心脏功能，如果组织存在血液灌流不足，需要增加血压，血压增加导致心脏负担增大，于是引起心脏肌肉肥厚，促进了心脏的力量，但是这同时导致心脏自身需要更多能量维持，最终无法维持，导致心脏功能衰竭。

p style=" text-align: center " /p p 　　 strong 治疗HIV，选择最佳的“HAART”至关重要 /strong /p p 　　众所周知，作为终止艾滋病公共卫生威胁计划的一部分，治疗HIV感染的抗逆转录病毒疗法(HAART)的使用在过去十年里急剧增长，据联合国艾滋病规划署发布的报告，截至2016年6月，全球约1820万艾滋病病毒感染者接受了抗逆转录病毒药物治疗，较2010年约翻了一番。 /p p 　　据世界卫生组织(WHO)数据显示：随着HAART的广泛开展，HIV药物耐受性的并发性增长会通过抵消抗逆转录病毒药物抑制HIV及AIDS进展的作用，从而就会破坏掉科学家们多年来的努力，HIV耐药性变异的出现及耐药株的传播导致HAART失败的问题，近年来受到越来越多的关注。 /p p 　　而检测和报告HIV对抗反转录病毒药物的耐药性，可以防止或尽量减少出现耐药性，对于选择最佳HAART方案至关重要。因此检测患者对HIV药物的耐受性是确保患者可以接受有效治疗的关键，同时对于有效管理抗逆转录病毒药物的耐受性也是非常重要的。 /p p 　　 strong 测定HIV药物耐受性突变的NGS技术问世 /strong /p p 　　世界卫生组织(WHO)在2016年7月发布的“艾滋病毒耐药性预警全球报告”中指出，“自2011以来，全球关于艾滋病毒耐药性的监测和预警报告数量呈减少趋势。2015年只有屈指可数的国家实施了监控，很多国家可能已在不知不觉中，暴露在HIV耐药性的高风险中，而这种风险是可控的。” 然而，过去市场上几乎没有专门针对HIV药物耐受性突变的遗传性测序技术，唯一的商业化测序技术还要追溯到21世纪早些时候，这种测序技术基于桑格测序法，而桑格测序法是一种昂贵，且需要1-2周才能够出结果的测序方法，其检测HIV药物耐受性突变的敏感性较低，仅为15%至20%。 /p p 　　来自新加坡的Vela Diagnostics公司的研究者填补了这片空白，开发出了首个测定HIV药物耐受性突变的NGS技术——Sentosa SQ HIV-1的基因分型技术，可实现自动化的RNA提取、文库构建、模板制备、测序、数据分析并生成病理报告和质量控制报告，也可以追溯样品，并且与实验室信息系统无缝集成和连接。它在8月21日收到了欧盟的体外诊断设备许可(CE-IVD)，是全球首个获批用于临床的，检测HIV耐药性的体外诊断产品。并且在上个月，该产品还获得了澳大利亚TGA许可。 /p p 　　 strong 有望进行快速诊断、及时有效治疗 /strong /p p 　　据Genomeweb报道，这种系统配备的试剂可用于HIV-1蛋白酶/逆转录酶/整合酶基因突变检测，可处理HIV病毒载量低至1000份/毫升的临床样本 在4000份/毫升病毒载量中，检测到低至5%的变异频率 在所有三个目标区域显示出98.50%的临床敏感性，99.82%的变异检测正确性，100%的重现性。 /p p 　　这不仅可以对HIV感染患者进行快速诊断、及时有效的治疗，还可以在HIV的整合酶基因上检测出药物耐受性突变，后者是美国研究者越来越关注的一种重要的药物靶点。 /p

KRAS突变是最常见的致癌性突变，常见于包括肺癌、结直肠癌、胰腺癌等多种高发和高致死率的癌症。在所有KRAS突变中，KRAS（G12C）突变在肺癌中最高发，同时这种突变也常发生在结直肠癌和胰腺癌中。长期以来，由于 KRAS蛋白表面光滑、缺乏有效、稳定的药物结合位点，研发直接靶向KRAS突变蛋白的抑制剂一直未能实现。直到2013年，Shokat实验室首次报道了能够直接靶向KRAS（G12C）突变蛋白的抑制剂【1】：此类抑制剂与突变的半胱氨酸进行共价结合，通过结合非活性状态的KRAS（结合GDP）从而阻断KRAS（GDP）进一步通过“核苷酸循环”被激活 （GTP结合）【2】。经过一系列的发展，现在已有两种抑制剂（分别由Amgen和Mirati公司研制）进入临床试验，并且Amgen公司研发的抑制剂（Sotorasib）目前已通过美国FDA批准上市，用于非小细胞肺癌的治疗。 目前针对这类抑制剂的临床实验的结果表明，此类抑制剂虽然能够对30-40% 相关癌症患者起作用，但对于接受治疗的肺癌患者平均无病存活期只有6个月【3】，表明很大一部分患者在接受抑制剂治疗后会产生耐药。因此研究耐药机制能够有助于更有效的应用这类抑制剂。在2020年，美国斯隆凯特琳癌症研究中心（MSKCC）的Piro Lito 实验室首次报道了癌细胞能够在此类抑制剂作用后通过合成新的KRAS蛋白，后者在EGFR， SHP2及AURKA信号的作用下激活，使细胞无法继续被抑制进而导致细胞对该抑制剂快速耐受（详见BioArt报道：Nature | 癌细胞对KRASG12C抑制剂存在快速耐受性）【4】。然而对于此类抑制剂治疗产生耐药的基因层面的变化尚不清楚。 为了研究与该抑制剂耐药相关的基因变化，2021年11月10日，Piro Lito实验室与MSKCC的临床药物试验研究组以及AMGEN制药公司合作（第一作者为赵玉磊 和Yonina R. Murciano-Goroff, Jenny Y. Xue, Agnes Ang）在Nature上发表了文章Diverse alterations associated with resistance to KRAS(G12C) inhibition，获取了相关临床样本并结合临床前模型及相关基础实验，研究报道了针对Sotorasib耐药性相关的基因改变并提出了相应治疗方案。 该研究收集了共43例进行临床Sotorasib药物试验病人的治疗前、后的组织和/或游离DNA样本。通过对收集的病人样本进行高通量靶向基因测序，发现27位病人在经过该药物治疗产生耐药后的样本中含有包括KRAS，NRAS， BRAF, EGFR, FGFR2, MYC等不同的基因改变。其中～16%的病人样本中检测到RAS基因的改变（KRAS突变，NRAS突变及KRAS拷贝数增多）；另有3位病人存在BRAF突变。此外其他检测到的基因改变还包括：EGFR扩增及突变， FGFR扩增及突变，MET扩增，MYC扩增和IDH1/2突变等。然而从病人样本中检测出的与耐药相关的基因的等位基因突变频率（variant allele frequency，VAF）都非常低，因此并不能确定这些基因的改变是否能够导致耐药。为进一步确定，研究人员获取了8位临床病人样本并用其构建了人源小鼠荷瘤模型(PDX)，通过在这些模型上进行G12C抑制剂的治疗，然后获取分离耐药和对照组肿瘤，进行基因测序。在其中两个模型中检测到了KRAS 、BRAF突变；同时在另外3个对药物不敏感的模型中检测到了高基础拷贝数的KRAS基因，进一步提示BRAF，RAS突变与耐药性密切相关。与此同时，研究人员在体外构建了三株对此类抑制剂耐药的细胞系，并对其进行了单细胞基因测序。结果在三株细胞系中同样发现了RAS及BRAF致癌性基因突变。并且其中一株细胞中含有MRAS突变，MRAS与RAS蛋白家族同源，但MRAS突变在肿瘤中非常少见。通过单细胞测序分析发现，这些突变基因能够与KRAS（G12C）突变同时存在于同一个细胞中。这一发现不同于目前广泛认为的“RAS致癌突变互斥理论”。进一步研究人员对MSKCC临床样本库中8750例含有KRAS突变的未进行抑制剂治疗的肿瘤样本进行分析，结果发现～3%的肿瘤样本中同时含有多种RAS突变；而RAS突变的比例在治疗前、后的临床样本以及耐药模型中明显增高，分别为16% 和 22%。提示G12C抑制剂能够使RAS突变比例增高，同时RAS突变可能参与G12C抑制剂的耐药。 由于通过三种方式发现的治疗后的基因突变都是多克隆性的，为进一步证明所检测到的基因变化能够驱动对KRAS突变蛋白抑制剂耐药，科研人员将这些突变的基因克隆到通过dox诱导表达的载体中并导入对抑制剂敏感的细胞系中。在这些细胞中诱导表达这些突变基因同时进行不同浓度抑制剂作用，发现抑制剂作用下的细胞中KRAS（G12C）仍然处于抑制状态，但下游ERK的抑制状态却减弱，表明突变基因能够激活KRAS下游信号通路从而达到抑制细胞对药物的敏感性；同时发现，即便用很低的dox进行诱导RAS突变基因的表达，也能够降低细胞原本对抑制剂的敏感度，提示即便表达量低或者多克隆状态，这些突变基因也可能达到使肿瘤耐药的状态。为进一步证实这个推测，研究者用不同的荧光蛋白分别标记抑制剂敏感细胞（亲本细胞）和可诱导表达NRAS（Q61K）的细胞，然后将两种细胞按不同的比例进行混合，来模拟肿瘤中可能存在的低等位基因突变率的基因改变。通过进行对抑制剂浓度滴定测试，发现细胞的耐药性随着NRAS突变在混合细胞中所占比例的增高而增强。同时即便NRAS 突变细胞只占混合细胞的7%，也足以使50%的混合细胞丧失对抑制剂的敏感性，提示NRAS突变细胞能够使周围原本对药物敏感的细胞敏感度降低。为进一步证实这一假设，研究人员利用流式细胞仪对不同比例混合的并且经过抑制剂作用后的细胞进行分析，发现敏感细胞存活的比例随着NRAS突变细胞的比例增高而增高。综上证明，RAS及BRAF突变能够通过激活KRAS下游信号通路（细胞内调节）或者影响提高周围敏感细胞的耐药性（细胞间调节）从而引起肿瘤的耐药 。 既然继发性RAS突变能够引起癌细胞对于KRAS（G12C）抑制剂耐药，那么如何能够抑制这类基因改变所引发的耐药呢？为解决这一问题，研究人员利用CRISPR全基因组筛选技术对耐药细胞株（含有NRAS（Q61K）突变）和其相应敏感细胞株在有无抑制剂作用的条件下进行筛选，来寻找能够用来作为抑制此类耐药性的治疗标靶。筛选结果表明，NRAS， SHOC2， 及MAPK信号通路相关基因是引起耐药的主要原因。利用sgRNA 特定敲除SHOC2能够明显提高耐药细胞株对于KRAS（G12C）抑制剂的反应；同样地，siRNA靶向NRAS也能够有效提高耐药细胞株对抑制剂的敏感度。但由于目前尚无有效药物能够靶向上述两个基因，而同时筛选结果表明MAPK信号通路是主要引起耐药的原因，因此，研究人员进一步利用现有针对MAPK 信号通路的抑制剂（RAF 抑制剂，MEK抑制剂和ERK抑制剂）联合G12C抑制剂进行用于检测其对于耐药细胞株以及过表达不同RAS/BRAF突变的细胞系的治疗效果。结果表明，同时联合MAPK信号通路抑制剂能够有效抑制RAS/BRAF突变引起的耐药性细胞的增殖。进一步在小鼠皮下异种移植耐药细胞株或者人源肿瘤构建的模型中也发现联合应用MEK和KRAS（G12C）抑制剂相比单一抑制剂的治疗能够更有效地抑制肿瘤的生长。综上，本研究通过结合临床样本、人源肿瘤异种移植小鼠模型、以及耐药细胞株三种不同体系研究与G12C抑制剂耐药相关的基因变化，发现与耐药相关的基因变化呈现出异质性，多克隆性和低等位基因突变率（VAF）的情况，可能与临床样本取样以及缺乏持续性的药物筛选相关。进一步RAS、BRAF的突变经过验证证明在多克隆的情况下也能引起耐药，并且可能存在细胞间相互作用的调节方式能够驱动耐药。针对此类基因改变引发的耐药情况，研究结果提示联合使用MAPK信号通路抑制剂能够对此类突变引起的耐药性起到改善并且延长KRAS突变蛋白抑制剂的有效作用时间。原文链接：https://doi.org/10.1038/s41586-021-04065-2

p & nbsp & nbsp & nbsp CRISPR具有改变DNA的力量。 /p p 　　CRISPR基因编辑技术会导致上千个不想要的突变吗?这是一项小鼠研究提出的问题。 /p p 　　基因编辑的想法是改变细胞基因组中某个单一的DNA序列，而不触及其他的基因组序列。然而，实际上，每个基因编辑方法有时候都会导致不希望的改变。 /p p 　　如果不希望改变的基因比率较低，这并不是什么问题，因为大多数突变都没有影响。但一些特定的基因变异却会导致癌症，因此，CRIPSR技术的安全性取决于它产生的脱靶变异宾律有多高。 /p p 　　如果说CRISPR技术存在不希望的突变，大多数研究发现的突变都很少。然而，几乎所有这些研究都是通过预测它们可能会是什么来寻找脱靶变异，然后了解是否能够找到变异。 /p p 　　美国哥伦比亚大学医学中心的Stephen Tsang和团队现在利用一个更加广泛的方法，测序两只经过CRISPR技术编辑的小鼠的基因，并将其与未经过基因编辑的控制组进行对照。他们通过这种方法在两只基因修饰小鼠中鉴定出超过1000个普通基因突变，并认为这是由CRISPR技术导致的。 /p p 　　Tang表示，这是一项极小的研究，他们尚不知晓其他的团队如果用同样的技术是否能够得到类似的结果。 /p p 　　即便这些结果可以重复，问题是还要利用这一案例中采用的具体的CRISPR技术。即便进一步实验表明利用CRISPR技术大体上存在问题，这应该仍然是可以解决的。其他团队已经改变了CRISPR/Cas9系统以减少脱靶变异的风险，此外还有很多潜在的选择性蛋白在利用CRISPR时可能会产生更少的不希望的效应。 /p p 　　尽管Tsang和同事表示，他们依然对CRISPR技术表示乐观，他们还是希望其他研究人员利用自己的方法确保脱靶变异被找到，如果可能的话采用一些方法避免过多的突变。 /p p 　　“这将会进入临床试验，并且正在被应用到作物上。”Tsang说，“或许美国农业部和食药监局应该在批准人类和食品CRISPR指导规范之前先获得我们的方法。” /p p /p p /p

我们知道，DNA无时无刻不在发生着损伤，当DNA受损而又没能正确修复时，就会发生突变，从而产生新的变异。自20世纪上半叶以来，进化论一直被这样一种观点所主导——DNA突变在基因组中是随机发生的。“我们一直认为突变在基因组中基本上是随机的，”该论文的第一作者、加州大学戴维斯分校植物科学系助理教授格雷门罗说。“事实证明，突变是非常非随机的，而且它在某种程度上对植物有益。这是一种全新的突变思维方式。”2022年1月12日，德国马克斯普朗克发育生物学研究所、美国加州大学戴维斯分校等机构的研究人员在国际顶尖学术期刊 Nature 发表了题为：Mutation bias reflects natural selection in Arabidopsis thaliana 的研究论文。该研究发现，DNA的突变并不是随机的，在基因组中的一些重要区域，DNA突变频率显著降低。这改变了我们对进化的理解，这些发现可能帮助科学家培育出更好的作物，甚至帮助人类对抗癌症。为了探究DNA突变是随机的还是有着更深层次的机制，研究团队花了三年时间对数百种拟南芥进行了DNA测序。拟南芥是研究遗传学的模式生物，就像植物研究中的小白鼠。研究谈对之所以选择拟南芥来进行研究，是因为拟南芥的基因组很小，仅有约1.2亿碱基对，相比之下，人类有大约30亿碱基对。研究团队在受保护的实验室环境中种植拟南芥标本，使得在自然界中可能无法生存的具有缺陷的拟南芥能够在受控环境中生存。通过对数百种拟南芥的测序，发现了超过100万个突变，在这些突变中揭示了一种非随机突变模式。之前得理论认为，初始突变是完全随机的，自然选择决定了能够在生物体中观察到那些突变。而这项新研究发现，这些突变并不是随机的，在那些重要区域，基因突变的频率要更低。例如，在基因内的突变频率减少了约一半，而在那些必需基因中，突变频率更是减少了三分之二。这些区域是基因组中真正重要的区域，在生物学上最重要的区域是受保护免于突变的，这些区域对新突变的有害影响非常敏感，因此，DNA损伤修复在这些区域特别有效。通过独立的基因组突变数据库，包括迄今为止进行的最大的拟南芥突变积累实验，研究团队证实表观基因组和物理特征解释了全基因组中90%的这种不同区域突变频率不同的突变偏倚。研究团队认为，表观基因组相关的突变偏倚减少了有害突变的发生。这些发现为达尔文的自然选择进化论增添了一个令人惊讶的转折，说明进化中的DNA突变并不是随机的，也不是无方向的。该论文的通讯作者 Detlef Weigel 表示，植物已经进化出一种方法来保护其基因组中最重要的区域免受突变，这一发现令人兴奋，因为我们也可以利用这些发现来研究如何保护人类基因免受突变。此外，了解为什么基因组中的某些区域比其他区域突变更多，可以帮助依赖遗传变异的育种研究人员培育出更好的作物。科学家们还可以利用这些信息更好地预测或开发针对由DNA突变引起的癌症等疾病的新疗法。最后，研究团队表示，这些发现更完整地说明了驱动自然变异模式的力量，挑战了长期以来关于突变随机性的理论，并为生物学和进化突变的理论和实践研究提供了未来方向。论文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-021-04269-6

一、育种领域有哪些？细菌、酵母、藻类、真菌、作物、鱼类...二、育种目标：希望提高有用成分的产出效率希望提高菌株的繁殖能力希望加快生长速度希望增加耐受性希望提高产量希望调整获取时间... ...三、针对育种目标，您可能会遇到以下情况：得不到想要的变异株使用的方法受到限制不愿使用危险品四、生物产业的关键技术问题和解决途径： ▲图丨：摘自陈坚院士报告五、细胞工厂构建，可以利用ARTP原理：ARTP（Atmospheric Room Temperature Plasma）是一种全新的射频放电技术，该技术使用惰性气体放电，能够在常压室温条件下产生大量高能量的活性粒子；研究表明，活性粒子可以有效的用于细胞的遗传物质并导致DNA结构损伤，进而利用细胞自身高容错率的修复机制，产生大量的突变位点，最终获得大容量的基因突变库。六、ARTP具有以下特点：突变性能更强、突变位点更丰富放电条件温和，活性粒子丰富，使用方便安全应用范围广泛，包括植物界、真菌界、动物界、藻类、原生动物、细菌等截止到2022年09月27日，使用ARTP发表的中文文献407篇，英文文献168篇，专利250篇，学位论文174篇，共计999篇与UV相比可以得到多样的变异体，设备具有易操作，机器故障率低，实验等待时间短，安全等特点七、ARTP诱变原理：高纯氦气激发的等离子体富含各种高能量的活性粒子。活性粒子可以透过细胞壁、细胞膜并有效地作用于蛋白质、DNA等。活性粒子对DNA物质产生作用，引起DNA结构的多样性损伤。细胞启动SOS修复机制，形成大量突变位点。诱变后菌株/植株经过筛选获得性状优良的细胞，最终大大地提高生产效率。八、ARTP安全高效：常压室温等离子体ARTP获得欧盟认证及美国UL认证。由于可以在常压室温下进行处理，照射的等离子体温度较低，被证实适用于各种物种。九、ARTP应用案例：Case1：细菌领域成果多、效果显著筛选到高产L-亮氨酸的突变株，产量达到18.55 mg/g，比出发菌株提高2.91倍。（Nature Communications，9（2018）） Case2：霉菌产色素能力大幅度提升突变菌株产橙、黄色素能力比出发菌株分别提高136%、43%。（核农学报，2016,30（4）：654-661）Case3：应用ARTP茂源链轮丝菌，提高所产谷氨酰胺酶的酶活▲图丨：ARTP诱变后的典型菌落特征（G1-G14为形态与出发菌株不同的典型菌落代表；G15为与出发菌株形态相同）采用ARTP技术对链霉菌孢子进行诱变，突变率42.8%，正突变率20.6%，高产突变株G2-1酶活达到2.73U/mL，比出发菌株提高了82%。（微生物学通报，2010，37(11)：1642-1649）Case4：优良植物品系的选育▲图丨玉米矮杆突变M2代 玉米矮杆突变M3代ARTP辐照玉米萌动种子，M1代中发现矮秆、分蘖和雄性不育的玉米突变。对M3矮秆突变株系与其亲本基因组DNA重测序表明，ARTP诱导玉米基因组突变率为0.083%，远高于化学诱变。Case5：ARTP诱变育种技术在水产育种中的应用ARTP处理牙鲆受精卵和精子，突变体出现明显的生长性状分离；在全基因组水平，ARTP诱导牙鲆的突变率高达0.064%，远高于ENU在其他鱼类上所获得的突变率。▲图丨常压室温等离子体诱变育种仪ARTP（来源：天木生物）

截至2021年10月10日，全球新冠确诊病例累计超2.3亿，死亡人数超486万例。在全球经历了一波接一波新冠疫情的冲击下，一系列突变毒株不断涌现。其中，Delta毒株（即印度B.1.617.2毒株）传播力强、潜伏期短、病毒载量高、发病进程快，已经成为全球疫情流行的最主要毒株。截至10月5日，世卫组织公布已有192个国家和地区出现Delta变异株感染者。针对Delta毒株的特点，必须使用更快速、更精准、更全面的核酸检测“利器”，来阻止病毒的蔓延。天隆科技对已有新冠核酸检测试剂进行快速升级，40分钟左右即可完成核酸检测，检测时间大大缩短，并且检测灵敏度和特异性不受影响。此外，天隆科技针对Delta突变病毒，还专门开发了鉴别试剂，检测靶标为Delta毒株的主要突变位点S基因的E484Q和P681R两种位点及新冠病毒的N基因，可快速锁定突变毒株，有利于相关部门判断疫情形势，并更好判断患者预后。天隆科技所研发的常规新冠检测试剂亦能覆盖常见的突变毒株，如Delta变异毒株（即印度B.1.617.2）及英国B1.1.7等。以上产品均已获得欧盟CE权威认证，荷兰、乌克兰、哈萨克斯坦、印度尼西亚等国家注册认证，是辅助诊断新冠肺炎的有效“利器”。作为基因检测和分子诊断领域的创新领导者，天隆科技可提供新冠核酸检测整体解决方案，涵盖从样本采集、核酸提取、核酸检测及实验室建设等全套设备、试剂及整体方案，并在全球70多个国家和地区得到应用，为世界新冠疫情防控贡献了中国力量！

Wolfram 综合征（Wolfram syndrome/WS）是较为罕见的常染色体隐性遗传性疾病，该疾病的临床症状表现为糖尿病、视神经萎缩、神经性耳聋和尿崩症等，糖尿病是其首发症状。Wolfram综合征主要由WFS1基因突变引起，目前已鉴定到100多个WFS1基因的错义突变位点与Wolfram综合征相关。同时，GWAS鉴定到WFS1是2型糖尿病的易感基因。然而，WFS1突变导致糖尿病发生的机制尚不明确。　　11月30日，Nature Communications在线发表了中国科学院院士、生物物理研究所研究员徐涛团队撰写的题为WFS1 functions in ER export of vesicular cargo proteins in pancreatic β-cells的研究论文。该研究发现在WFS1的缺乏的小鼠胰岛中胰岛素原在内质网中异常累积，阻碍胰岛素原转运至高尔基复合体中的加工以及胰岛素的分泌，揭示了WFS1在由内质网到高尔基复合体转运过程中的重要作用。　　由内质网到高尔基复合体的蛋白运输是由外壳蛋白复合体II（COPII）小泡介导的，并需要特定的内质网膜受体蛋白分选货物进入COPII小泡中，而这些受体蛋白大部分仍是未知。研究表明，WFS1作为一个内质网中囊泡货物蛋白受体，介导了囊泡货物蛋白由内质网至高尔基复合体的转运。具体的分子机制：WFS1通过其内质网腔C末端直接与囊泡货物蛋白（包括胰岛素原）结合，而该区域内的致病突变（G695V、P724L、E809K和E830A）会破坏WFS1对囊泡货物蛋白的识别，损害了将货物蛋白分选到COPII小泡这一过程。而阻断COPII小泡介导的货物运输，会诱导胰岛β细胞的内质网应激和细胞凋亡。同时，在WFS1的胞质N末端区域中编码着特定的内质网输出信号，可以被COPII亚基SEC24识别从而生成成熟的COPII小泡，N端部分的致病突变（E158K和E169K）会破坏WFS1在内质网上的定位及其与SEC24的相互作用，使囊泡无法正确运输至高尔基复合体。该研究剖析了WFS1致病突变诱发的糖尿病的分子机制，并提出WFS1是囊泡货物蛋白由内质网到高尔基复合体的转运受体。　　研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、中科院战略性先导科技专项等的资助。　　论文链接