生物信息学分析

安捷伦科技生物信息学套装新增整合生物学分析功能 GeneSpring 现可实现通路水平的多组学及新一代测序数据分析 2012 年 3 月 27 日，加利福尼亚州圣克拉拉市&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日发布了其广受欢迎的生物信息学软件的重要扩展版本 GeneSpring 12.0，该软件的推出使医学研究水平达到一个新的高度。使用新版 GeneSpring，用户可以在熟悉的软件环境中分析新一代测序数据，并可以在通路水平进行跨多组学平台数据的联合分析。 这些新功能是在GeneSpring 之前已有的转录组学、基因组学、代谢组学和蛋白组学的数据分析模块上的进一步扩展。 安捷伦副总裁生物系统事业部总经理 Gustavo Salem 谈到：&ldquo 随着GeneSpring 12.0 的发布，安捷伦再次实现了一直以来的承诺，提供先进的仪器和功能强大的软件，帮助系统生物学研究人员取得研究成果。GeneSpring 生物信息学软件套装集复杂分析、可视化和数据管理于一体，让新一代整合生物学研究成为现实。&rdquo 从现在起到 8 月 17 日截止，所有客户均可免费测试集成了新型通路构建模块（Pathway Architect module）的 GeneSpring 12.0 。 GeneSpring 12.0还包含可以用于新一代测序数据分析的 NGS 模块。NGS 模块经过设计和测试，可与安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获平台联用，也可用于不采用靶向序列捕获的新一代测序实验。质量控制（QC）管理工具是 NGS 模块的一个重要组成部分，为研究人员提供了针对靶向序列捕获结果图形化、测序碱基质量、序列比对以及拼接等环节质量控制的工具。GeneSpring NGS 模块中的 DNA-SEQ 工作流程，包括可以用于已知和未知变体鉴定和特征图谱分析、SNP标注、SNP 效应预测、结构变异检测的工具。RNA-SEQ 工作流程，则支持在绝对和相对空间进行 mRNA 特征图谱分析，可以实现基因和剪切变异体的检测和差异表达分析。该工作流程包括用于新基因和外显子检测、基因融合分析以及复杂的统计和通路分析的工具。 安捷伦的全新生物信息学软件GeneSpring 12.0，能够帮助对新一代测序生物信息学没有经验的的生物学家，通过工作流程向导轻松实现测序数据的管理和分析。生物信息学中心也可以使用该软件，简化数据的分组、分类和研究过程。GeneSpring 12.0 还可以结合安捷伦免费的 eArray portal 使用，用户通过简便易用的界面就可以完成定制实验。 整合来自不同组学技术的数据是系统生物学研究的重要组成部分，涉及在相同或非常相近的生物样品中检测不同生物学组分的丰度。研究人员可使用 GeneSpring 通路构建模块对几乎所有的生物学组分进行通路水平的联合分析。这些生物学组分包括转录本、剪切变异体、变异分析得出的受影响基因组合、代谢物以及蛋白质。 GeneSpring 通路构建模块，能够帮助科学家观察和分析人工注释的通路内容。该功能通过WikiPathways公众数据库，来完善建立、注释和查询生物通路方面的信息。用户还可以通过连接另一个公众数据库 BridgeDB ，实现在多个公开和专有注释数据库中进行生物标记物的比对分析。任何单组学实验的原始数据都可以合并到多组学实验当中，通过联合分析，找出在许多生物学过程中均涉及的具备显著统计学意义的通路，例如信号传导、疾病恶化或毒性等。 GeneSpring 12.0 的定制化功能现已支持 Jython 和 R 编程语言。通过嵌入式脚本编辑器，生物信息学科学家可在 GeneSpring 12.0 的编程框架中编写、执行和保存自己的算法和工作流程。 GeneSpring 12.0 由安捷伦与 Strand Scientific Intelligence 公司联合研发，基于 Strand 的 Avadis技术平台，该平台专门为科学家简化和应对复杂的生命科学挑战而设计。 要了解更多有关 GeneSpring 12.0 的信息，包括要参加一系列的免费在线研讨会，请访问 www.genespring.com.cn。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18,700 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn 编者注：更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com.cn/go/news。

功能强大，广泛应用于蛋白质组学、代谢组学和脂质组学研究 2014年4月—— 沃特世公司（纽约证券交易所代码：WAT）发布了两款新的数据分析软件：用于代谢组学/脂质组学的Progenesis QI软件以及用于蛋白质组学研究的Progenesis QI蛋白质组学软件。新发布的软件是由沃特世子公司Nonlinear Dynamics开发，其组学软件在全球处于领先地位。 Progenesis QI软件利用独特方法和设计来处理和展示LC-MS数据，使研究人员能够对感兴趣的化合物和蛋白质进行精确地定量分析和鉴定。Progenesis QI软件支持所有常用的LC-MS数据格，采用直观的导向性工作流程，使用户能够快速、客观且可靠地发现宝贵样品中的相关生物标记物。 “将Nonlinear Dynamics在生物信息学软件方面的专业与沃特世在色谱和质谱仪器的创新和全球领导地位相结合，Progenesis QI的推出是一个由沃特世前瞻性、专注于组学研究的科学家和实验室的创新成果的良好示例。”沃特世全球市场和信息部门副总裁Rohit Khanna博士表示。“借助这些最新发布的产品，我们已将传统组学数据分析软件包的功能整合到功能更强大且应用更广泛的延伸产品中。Progenesis QI保持了前几代生物信息学软件的优良性能，使我们的资源专注于提供世界领先的用于多组学数据处理和分析的信息学软件包。” 根据客户的反馈，Progenesis QI软件包含了诸多新功能，如在化合物搜库和鉴定时包含碎片离子信息、自动化数据处理工作流程以及数据导入流程的改进，增强了信号与背景噪音的差异。同时，新推出的软件能够处理包含沃特世的离子淌度分离的数据以及非数据依赖型MSE和HDMSE二级质谱数据，这也是沃特世与Nonlinear Dynamics强强联合的直接成果。 有关Progenesis QI软件的详细信息，请访问：www.nonlinear.com。 关于沃特世公司（www.waters.com） 50多年来，沃特世公司（纽约证券交易所代码：WAT）通过提供实用、可持续的创新，使医疗服务、环境管理、食品安全和全球水质监测领域有了显著进步，从而为实验室相关机构创造了业务优势。 作为一系列分离科学、实验室信息管理、质谱分析和热分析技术的开创者，沃特世技术的重大突破和实验室解决方案为客户的成功创造了持久的平台。 2013年沃特世拥有19亿美元的收入，它将继续带领全世界的客户探索科学并取得卓越成就。

安捷伦科技将生物信息学系统扩展为综合生物学套装 2010年 11 月 15 日，北京 &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日发布了GeneSpring GX 11.5，这是广泛使用的生物信息学软件的扩展版，能够对多种类型的生物学数据进行可视化和分析。目前 GeneSpring GX 11.5 是首款可同时对外显子芯片、蛋白组学和代谢组学实验进行解读的软件，该工具的界面与以前的版本类似。 这些新功能与现有的 GeneSpring GX 应用相结合，用于基因表达分析、基因组拷贝数分析、全基因组关联分析以及转录组学数据分析。 安捷伦副总裁兼生物系统部总经理 Gustavo Salem 说：&ldquo 安捷伦致力于提供精密的新型仪器和软件工具，以帮助研究人员实现系统生物学的美好前景。这个多组学生物信息学软件只是我们致力于推动未来生物医学研究突破的一部分。&rdquo Agilent GeneSpring GX 11.5 是与 Strand Scientific Intelligence 公司联合研发的，基于 Strand的 Avadis技术平台之上，该平台专门为科学家简化和应对复杂的生命科学挑战而设计。 GeneSpring GX 11.5 增加了用于选择性剪接、代谢组学和蛋白组学分析的新功能，还改进了现有的分析和可视化工具。 在基因组学方面，GeneSpring GX 11.5 的剪接分析得到了极大的扩展与改进，可支持新推出的安捷伦外显子芯片平台。借助 Agilent SurePrint G3 外显子芯片，研究人员可在一次实验同时鉴别出基因水平和外显子水平的表达差异，从而捕获到微小但至关重要的生物变化。使用安捷伦 GeneSpring GX 11.5 生物信息学系统，研究人员可同时分析基因水平和外显子剪接水平的数据，在生物学环境中理解复杂的基因表达行为，从而提高效率，加速研究进程。 GeneSpring GX 11.5 集成了 Agilent Mass Profiler Professional，从而增加了全新的代谢组学和蛋白组学分析功能，并能在 GeneSpring 平台上实现安捷伦质谱分析的所有功能。现在研究者可以在同一窗口中加载多种分别代表了转录组学、基因组学、代谢组学和蛋白组学的实验类型。这样用户就可以在多个实验间切换自如，不再需要单独加载各个实验。 这种组织方式还使得研究者进行生物学研究时，可以便捷地将多类数据结合到一个逻辑单元中，并同时比较不同实验类型的结果。 GeneSpring 的一个重要特点是用户可方便地比较异构数据，并且能深入地进行生物学处境化。不同芯片平台和有机体间的探针自动翻译使得研究者可以通过简单的拖放功能，进行结果比较。这项无缝翻译技术使研究者可以快速鉴别具有统计学显著重复内容的实体列表。 GeneSpring 11.5 版本为客户增加了先进的数据管理功能，如综合备份工具和改进的数据迁移工具。它还整合了 GeneGo 的MetaCore 路径分析工具，使 GeneSpring 的统计分析与 MetaCore 的路径分析优势得以强强联合。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18,500 名员工在 100 多个国家为客户服务。在 2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为 54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

Life Technologies公司今天宣布，他们已经收购了癌症生物信息学公司Compendia，收购金额保密。 　　Compendia公司总部设在密歇根州安娜堡市，药品制造商通过Compendia的产品在新药研究开发过程中鉴定新的靶基因位点。根据Life Technologies的肿瘤学和专利资产专家称，&ldquo 这次收购通过整合包括下一代转基因技术、qPCR、蛋白组学分析等多个平台，可以大大促进生命科学诊断学的发展&rdquo 。 　　Life Technologies称，这笔交易有助于Life Technologies发展自己的成熟实验室和商业测试，并且有助于其位于加利福尼亚州卡尔斯巴德市的伙伴公司的诊断学工作的发展，并将该合作伙伴定位为制药公司。 　　Life Technologies称，这笔收购预计对Life Technologies 2012年收益的影响将是中性的，到2015年，将会增加投资资本的总体回报率。 　　Compendia拥有一套世界上最大和最全面的突变表型，基因表达数据和细胞生物标记物库，这些数据资料是从超过62,000名癌症患者的信息中收集到的。其基于云计算的一种称为Oncomine的分析工具，根据大量的癌症类型整合了高通量的癌症表型数据，有助于研究者利用它关联遗传特征，临床情况和药物反应生物标记物。 　　Life Technologies公司计划发展临床的Oncomine版本，这将使医生可以对照数据库比较他们病人的遗传特征，以确定最有效的药物治疗方案。 　　Life Technologies称，生物信息数据的无缝转移便于应用，其信息将有可能敞开医生对Navigenics公司需求利用的大门。 　　另一项产品OncoScore是一个优化临床试验过程的工具，它根据遗传特征所决定的可能响应特定药物而将患者分层次管理。 　　&ldquo Compendia已经成为医药行业癌症药物发展计划中不可分割的部分，加入Life Technologies公司，我们将获得进一步扩大利用Compendia的机会&rdquo 。Compendia公司CEO及创建者之一， Daniel Rhodes在一份声明中说。他将在收购完成后加入Life Technologies公司。 　　Life Technologies也表示它将会在其Ion Reporter软件中纳入Compendia公司的肿瘤学工作流程，从而在行业中建立一个最为强大的生物信息学产品线。 　　此次收购是Life Technologies公司在医药科学项目建立过程中最近期的动作，紧随收购Navigenics和Pinpoint Genomics及最近的与CollabRx和Ingenuity Systems的交易。 　　Compendia的现有业务仍将在现有领导层管理下开展。同时，除了Rhodes将加入Life Technologies，共同创建人Arul Chinnaiyan将作为Life Technologies公司的战略顾问帮助其向个性化药物的转型。 　　Life Technologies指出，近期将开展肺癌的Pervenio Lung RS预判测验，将使用Compendia独有的流程，并将其作为转向肿瘤学其他领域的跳板。 　　Life Technologies公司董事长兼CEO Greg Lucier称，&ldquo 我们已经建立了最佳的推动个性化药物发展的基础，通过联合收购Pinpoint Genomics，Navigenics和 Compendia，我们现在拥有全方位开发和商业化癌症诊断的能力，目前这方面的市场需求是巨大的。&rdquo

新一轮科技进程给现代农业科学带来深刻变革。基因组、代谢组、表型组、表观遗传组、生物信息学和信息科学的深度融合，为农林业科学研究带来新思路、新技术、新装备，推动农业大数据研究蓬勃发展。为进一步加强我国农林生物信息学领域研究人员的学术交流，促进各单位间的合作，推动全国农林生物信息学的发展，拟定于2023年10月13日至15日在江苏省扬州市召开“第一届全国农林生物信息学学术会议暨中国生物信息学学会（筹）农林信息学专业委员会成立大会”。会议将邀请农林生物信息学及相关领域的著名专家学者作特邀和专题学术报告，组委会诚挚邀请相关领域同行和相关高校、科研院所专家和研究生参加本次大会。瀚辰光翼参加此次大会设立展位，并做学术报告，诚邀各位专家、学者、行业伙伴莅临交流指导！大会信息大会时间地点 ▼2023年10月13-15日扬州会议中心大会主题▼生物信息学与现代农业发展主办单位 ▼中国生物信息学学会（筹）承办单位 ▼农林信息学专业委员会、扬州大学协办单位 ▼植物功能基因组学教育部重点实验室江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室生物育种钟山实验室扬州大学智慧农业研究院瀚辰光翼报告信息时间地点 ▼10月14日 11:30-11:50群贤楼（3 号楼）阶梯教室报告内容 ▼《基因分型的工程化实现》大会日程

最近，阿斯利康在抗肿瘤领域可谓动作频繁。今年八月，阿斯利康与日本生物制药公司Sosei集团达成独家授权，获得了开发、生产及商业化腺苷A2A受体拮抗剂HTL-1071及潜在额外A2A受体阻断剂的全球独家权利；与美国的Peregrine Pharmaceuticals公司签订了一项关于PD-L1药物联合疗法的合作协议。而早在今年四月，阿斯利康还就血液肿瘤药物MEDI4736与塞尔基因达成战略合作。近日，阿斯利康投入1150万英镑（1770万美元）构建生物信息学系统，助力肿瘤市场。这些资金将用于公司同曼彻斯特大学（The University of Manchester）的五年合作计划，阿斯利康希望通过五年时间建立生物信息学系统，实现肿瘤患者个体化用药。个体化用药对阿斯利康今后的发展十分重要。在去年被辉瑞“求婚”时，阿斯利康认为自己的抗癌药物生产线将生产出重磅药物。根据销售情况预测，未来几年所面临的挑战将有所改观。生物信息学仅仅是阿斯利康应对这些挑战的方法之一。按照合作计划，阿斯利康将获得一个汇集各类数据，给出病人个体治疗方案的系统。阿斯利康认为该系统将帮助公司更深入地分析临床数据。执行副总裁Mene Pangalos 在声明中表示：“这是一次振奋人心的合作，因为我们最终会从临床数据中获得重要的数据，并将其汇总成表格，供医务工作者实时查询，此外还会与肿瘤药物信息进行比对。我们将相应调整临床治疗方案，为医务人员提供更为准确、个体化、快速的治疗信息。”阿斯利康计划通过此次合作建立安全有效，包含生物标志物、药物体内分布数据的生物信息系统，利用这些数据绘制图表，帮助医务人员制定治疗方案。阿斯利康还计划培训药物代谢动力学及药效学模型设计方面的研究人员。曼切斯特肿瘤研究中心肿瘤生物标志物研究部门正在协助实施这些计划，Christie NHS信托基金也参与其中，因此阿斯利康可对整个系统进行实时检测。

生命科学的迅猛发展以及新一代的测序技术创造了海量的生物数据，但生命的奥妙并未就此解开，众多科研人员泡在数据的海洋里确打捞不到有效的信息 一些宝贵的数据被挖掘后又无法进行科学系统的分析。到底该如何利用生物信息技术挖掘有效数据，如何从大量数据中获得重要的科研成果，请选择生物信息学前沿技术专题培训班! 　　现将有关事项通知如下: 　　培训时间 　　2013年12月10日&mdash 2013年12月13日 　　主办单位 　　湖南省赢通基因与细胞工程技术研究中心 　　湖南省生物医学信息专业委员会 　　承办单位 　　中南大学湘雅三医院 　　长沙赢润生物技术有限公司 　　湖南能润医学诊断技术股份有限公司 　　协办单位 　　中南大学湘雅医院 　　中南大学湘雅二医院 　　湖南省医院协会 　　支持单位 　　仪器信息网www.instrument.com.cn 　　中国生物器材网 　　生物帮 　　培训地点 　　湖南省赢通基因与细胞工程技术研究中心 　　培训对象 　　从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生 　　培训方式 　　理论讲授和实验操作紧密结合。 　　培训特色 　　1. 小班授课，环境优雅，一人一机，无需自备电脑 　　2. 全程在计算机前讲授和操作，每位学员在辅导教师的指导下，独立完成数据的查询、分析、编辑以及绘图等操作 　　3. 精心挑选相应的上机软件及配套练习案例，为每位学员提供充足的实际操作机会,让每位学员学到扎实的操作技能 　　4. 技术团队可协助解答学员平时在科研上遇到的疑问和技术难题。 　　培训费用 　　3600 元/人， 费用包括：培训资料、教学、培训期间的午餐 可协助安排住宿，住宿费用自理。 　　本次课程限定名额20名，为确保培训资源得到最佳利用，请尽快申请报名参加。 　　课程安排 时间 课程 时长 第一天 基因组学、生物信息学前沿技术动态 1.5h 常用生物数据及数据库介绍（NCBI、UCSC、ENSEMBL、EBI/SWISSPROT Kegg 、Rice/Silkworm等） 2h 基因组数据挖掘 2h 新一代测序技术原理与数据处理 1.5h 第二天 Linux操作基础 2h 新一代生物信息分析工具平台介绍 2h 基因组de novo 组装方法与软件 4h 第三天 基因组注释和基因注释 2h 全基因组或目标区域重测序数据分析3h 比较基因组和进化分析 3h 第四天 蛋白质结构分析与预测 2h RNA分析原理及其应用（转录组、SmallRNA、long no-coding RNA） 2h 表观基因组介绍及应用（经典案例分析，经典文章解读，主流技术） 3.5h 　　报名地址：http://train.360bio.com.cn/ 　　联系人：吴双 0731-84318721 15874081849

5月10日至12日，在人们的期盼下，第五届国际生物信息学与生物医学工程大会（5th iCBBE）于在武汉光谷金盾大酒店隆重召开。来自亚太、北美、欧洲地区相关领域的资深学者齐聚一堂，对生物信息学与计算机生物学，生物医学工程领域最新的进展展开了学术交流。 本次盛会由美国电气与电子工程师协会（IEEE）医学与生物学工程学会，《Advances in Bioscience and Biotechnology》，《Journal of Biomedical Science and Engineering》，武汉大学，南开大学等国际学术期刊及国内知名学府共同举办。岛津公司以拥有的横跨多领域的独特检测技术，为生物、医学的研究及应用领域提供了完整的分析检测解决方案，在此领域享有盛誉。为此，岛津公司仪器事业部生命科学与临床医学部的应用经理赵宁伟先生应大会组委会邀请，在此次大会上向各位专家学者，发表了题为《Old Era: MALDI Imaging New Era: Mass Microscopy》的学术报告。他的报告从一开始便深深吸引了在座的与会者。 5th iCBBE大会开幕式 在报告中，赵宁伟先生向与会专家介绍了岛津MALDI-TOF质谱成像技术与岛津最新一代分子成像技术-质量显微镜，生动地比较了科研工具（tools）与科研玩具（toys）的不同，并用详实的数据展示了岛津运用化学打印机精确打印基质结合MALDI-TOF的intensity mapping功能，从而实现质谱成像，凸显了其与免疫组化相互佐证的优势；岛津质量显微镜运用了光学显微的超强定位功能，结合了AP-MALDI-QIT-TOF的多级结构分析功能，极大地提高了大气压下基质辅助激光解吸附离子化的效率，实现了对样品在常规条件下真正的分子成像，并且其空间分辨率达到了10 &mu m（目前世界最高水平，达到了一个细胞的直径）。与会代表们仔细聆听了岛津的学术报告，并对岛津的分子成像技术表现了浓厚的兴趣，报告结束后纷纷与赵宁伟先生展开了热烈的讨论。 赵宁伟先生在做大会报告 赵宁伟先生与日立电子中央研究实验室的佐野研究员 生物标记物作为攻克肿瘤的重要媒介，已经被科学界研究了数十年，但其特异性表达一直困扰着全世界科学家工作的开展。近年来，引人注目的分子成像技术有望能帮助解决这一难题。日本在此方面居世界领先水平，从2005年开始，文部科学省，经济产业省和厚生劳动省都正式为分子成像计划分别立项。岛津公司作为一个拥有135年历史的世界知名分析仪器产商，很荣幸地参加了此日本分子成像国家项目，并成为推动项目进展的重要成员之一，正以更新更出色的科学仪器为人类的健康贡献出着一己之力。 关于岛津 岛津国际贸易（上海）有限公司是（株）岛津制作所为扩大中国事业的规模，于1999年100%出资，在中国设立的现地法人公司。 目前，岛津国际贸易（上海）有限公司在中国全境拥有12个分公司，事业规模正在不断扩大。其下设有北京、上海、广州分析中心；覆盖全国30个省的销售代理商网络；60多个技术服务站，构筑起为广大用户提供良好服务的完整体系。 岛津作为全球化的生产基地，已构筑起了不仅面向中国客户，同时也面向全世界的产品生产、供应体系，并力图构建起一个符合中国市场要求的产品生产体制。 以&ldquo 为了人类和地球的健康&rdquo 为目标，岛津人将始终致力于为用户提供更加先进的产品和更加满意的服务。 更多信息请关注岛津公司网站www.shimadzu.com.cn。

安捷伦宣布将收购Cartagenia，具体交易金额未公开。受当地法律法规和成交条件的影响，这项收购将于5月19日完成。作为协议的一部分，安捷伦将为Cartagenia的36名员工提供职位。 　　安捷伦诊断和基因事业部总裁Jacob Thaysen在一份声明中表示：&ldquo 通过这项收购，安捷伦能够为它的临床遗传学和分子肿瘤学用户提供软件解决方案，同时Cartagenia的用户将获得更加有力的支持和服务。&rdquo 　　Cartagenia在比利时鲁汶、波士顿设有办事处，可为遗传学实验室和临床医生提供分析支持软件、数据库系统和相关的服务，帮助他们对遗传学研究结果进行快速有效的临床相关分析。Cartagenia Bench Lab CNV 已通过 ISO13485 质量管理体系的认证，并且获得美国 FDA I 级医疗器械设施注册认证以及欧洲的 I 级医疗器械设施注册认证。 　　2014年5月，安捷伦曾与 Cartagenia 签署了关于 CNV 分析的全球分销协议。根据协议规定，安捷伦有权向各中小型细胞遗传学实验室销售按使用情况定价的 Cartagenia Bench Lab CNV 模块的年许可证。预算有限并且没有或只有很少生物信息学资源的实验室可以凭借这类使用许可证获取功能强大的分析支持模块，以帮助起草临床级报告。 　　Cartagenia CEO Herman Verrelst,表示：&ldquo 加入安捷伦是一项非常重要的战略，这将为我们双方的客户和团队都提供巨大的机遇。&rdquo 　　他补充说道：&ldquo 将Cartagenia的产品与广泛的解决方案和一系列新应用整合在一起，将使Cartagenia的用户从中受益。&rdquo 　　关于Cartagenia 　　Cartagenia 为遗传学实验室和临床医生提供分析支持软件、数据库系统和相关的服务，帮助他们对遗传学研究结果进行快速有效的临床相关分析。Cartagenia Bench CNV 平台是 Cartagenia 与遗传学实验室和参与常规医疗实践的临床专家共同建立的。因此，Bench Lab CNV 能够解决遗传诊断实验室和临床医生的特定需求。

新版生物信息学软件发布&mdash &mdash BioNumerics7.1 尊敬的BioNumerics软件用户： 　　我公司代理的生物信息学软件已更新至BioNumerics7.1。此次更新，进一步提高了BioNumerics 7.0的整体性能，带来更好的用户体验和更快的运算速度。 　　新版软件可对我公司BioNumerics 7.0软件的客户进行一次免费升级。其他客户可通过我公司的官方网站了解更多详情。如果您想免费试用BioNumerics 7.1软件，欢迎致电申请。 　　在此次升级中如果有任何问题和意见，请联系我们。 　　电话：021-50550642-8012 　　 18918616827 　　 　　北京创新思成科技有限公司 　　2013年06月07日

安捷伦科技公司扩展生物学分析软件，新增遗传关联和拷贝数变异分析功能 2009年12月7日，北京—安捷伦科技公司（纽约证券交易所：A）发布了其广受欢迎的可用于微阵列数据可视化分析的最新一代桌面软件产品--GeneSpring GX 11，以及其企业版本-- GeneSpring Workgroup 11。 GeneSpring 11软件专为支持多组学研究而设计，并增加了多项新的功能，包括利用基因分型数据进行基因关联分析、基因组拷贝数分析以及其它有利于多样化数据比较的分析和可视化工具。安捷伦的生物信息学产品线还包括了利用GeneSpring相同平台开发的Mass Profiler Professional，以支持蛋白质组学和代谢组学的数据分析。 安捷伦科技公司的基因组学高级市场营销总监Chris Grimley说：“在系统生物学研究中，生物信息学一直是采用多组学方法来定义疾病的产生机理的瓶颈之一。在过去，我们从数据中提取生物学知识的能力往往落后于生成数据的能力。GeneSpring 11的开发不仅考虑到这一瓶颈，而且还解决了整合型分析中的其它一些难题。” 辛辛那提儿童医院的计算医学中心科学主，GeneSpring软件的长期用户Bruce Aronow博士说：“GeneSpring 11软件代表了生命科学领域中数据分析软件的一个重大进步。这是我们看到的第一个支持多组学技术的全能分析软件，它必将会为系统生物学绘制一幅全新的蓝图。” 在GeneSpring 11软件中，研究人员可以一个窗口内同时分析多种类型的实验数据，如小RNA、基因表达、基因分型以及拷贝数等。这允许用户可以根据需要在数据之间来回切换，而不必单独加载每个实验。该功能还可以帮助研究人员轻松地将数据合并到一个逻辑单元里，并比较不同类型的实验结果。 GeneSpring 11软件也可以让研究人员找到不同实验数据间的关键联系和一致性。 虽然其它一些应用软件也支持多组学数据分析，但GeneSpring 11软件的关键优势在于其易用性和分析深度。用户可以利用GeneSpring 11进行多样化数据的比较和数据的生物学诠释。进行数据比较的一个关键工具就是新的基因组浏览器。在该浏览器中，研究人员可以在同一个视图中绘制多种不同类型的数据图，并合并这些信息而实现对不同类型数据的追踪。例如，研究人员能够同时分析拷贝数和基因表达数据以评估其一致性，或者同时分析拷贝数数据和小RNA信息以检查是否在那些扩增或缺失区域中是否存在关键的小RNA。 跨不同微阵列平台和物种的全自动探针信息转换功能可以帮助研究人员在维恩图（Venn diagram）中通过简单的拖放功能进行实验结果的比较。这种无缝转换还允许研究人员能够快速识别那些在内容中存在显著统计学意义的重叠的基因列表。数据探索的简易性让研究人员能够快速发现具有相似的生物学特征，从而可能具有相似潜在机制的药物治疗、疾病状态或其它实验因素。 通过扩展其网络分析工具的功能，GeneSpring 11软件进一步增强了其在数据生物学诠释方面的优势。该软件提供的一系列算法和物种特异性通路和相互作用数据库使研究人员能够生成一系列的网络类型，并动态解析能描述他们所关注的基因之间相互作用的生化网络。GeneSpring 11软件还允许研究人员利用医学专业（MeSH）主题词作为输入方式来生成网络。例如，当研究人员使用“心力衰竭”作为输入的医学专业（MeSH）主题词时，软件就会自动生成和心力衰竭相关相互作用的网络图。然后，研究人员就可以判断基因表达数据是如何和这个疾病网络相互贯穿的。 GeneSpring Workgroup 11的发布还为其企业级产品增加了两个基于互联网的客户端和存储多组学数据的中央数据库。通过数据浏览器提供的一个接口，用户可以利用所配置的搜索栏对存储于工作组数据库中的实验和样本进行搜索。用户可以下载搜索到的相关数据文件，并浏览GeneSpring软件中已公开发布的静态图像。通过基于互联网的接口，互联网客户端允许用户利用GeneSpring软件中所有的图表对存储于工作组中的实验和结果进行可视化操作和动态探索。通过多种获取存储数据的方式，Workgroup软件为科学家们提供了一条更为有效的相互合作的途径，并分享他们的分析结果和知识。 关于安捷伦科技 安捷伦科技（NYSE: A）是全球领先的测量公司，是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的17,000名员工在110多个国家为客户服务。在2009财政年度，安捷伦的业务净收入为45亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

随着被称为生物学史上划时代工程的人类基因图谱测序工作的完成，生命科学的研究进入了更为艰难和复杂的“后基因时代”。大规模的结构基因组、蛋白质组以及药物基因组的研究计划已经成为新的热点，而质谱分析法已成为蛋白质组学研究中不可缺少的工具。近日，本网（以下简称：Instrument）专门走访了国内最早应用该方法进行蛋白质组学研究的学者之一，中国军事医学科学院国家生物医学分析中心的魏开华博士(以下简称：魏)。　　Instrument：魏博士，您好！目前，人类已经进入“后基因”时代， 蛋白质组学是生物技术领域的“新新事物”，那么究竟什么是蛋白质组学，能否请您简单地为其下个定义呢？　　魏：好的。“蛋白质组”一词是澳大利亚Macquarie大学的Wilkins和Williams于1994年提出的，用以描述基因组编码的各种蛋白质成分。虽然给蛋白质组学下的定义因人而异，但大多数科学家认同其研究内容主要包括3个部分：了解某种特定的细胞、组织或器官制造的蛋白质种类；明确各种蛋白质分子是如何形成类似于电路的网络的；描绘蛋白质的精确三维结构，揭示它们结构上的关键部位---与药物结合并且决定其活性的部位。　　Instrument：那么，研究蛋白质组学的最终目的是什么呢，或者换句话说，人类为什么要研究蛋白质组学呢？　　魏：众所周知，所有生命现象（包括遗传、健康、疾病等）的执行体都是蛋白质。过去在基因、核酸水平分析生命现象，认为核酸水平的变化能代表蛋白质的变化，通俗地讲就是一个基因对应一个蛋白序列，但实际上蛋白质的变化远比核酸的变化要复杂得多。虽然人类基因组包含了我们身体的全部遗传信息，但那也只是制造蛋白质的原材料，而构成细胞并发挥各种功能则是由蛋白质来完成的。蛋白质也是机体各种不同类型细胞之间差异的决定因素，尽管所有的细胞都拥有同样的基因组，但在不同的细胞内会有不同的基因处在活跃状态，从而合成不同的蛋白质。同样，病变细胞和正常细胞的差异在很大程度上也是由功能基因及其合成蛋白质的不同来决定的。　　而生物质谱技术的出现则提供了一种发现和鉴定在疾病作用下表达异常的蛋白质的方法。这种蛋白质可以作为药物筛选的作用靶点，即通过对疾病发生的不同阶段蛋白质的变化进行分析，发现一些疾病不同时期的蛋白标志物，这样不仅可以为疾病的早期发现提供重要的诊断指标，还对药物的发现具有指导意义。　　以癌症研究为例，挽救病人的最有效的手段就是癌症的早期诊断和治疗。采用质谱技术的方法研究正常组织、癌组织和癌旁组织的蛋白质的表达谱，通过差异比较，可以发现与肿瘤早期发生相关的蛋白质，并经过进一步的临床验证，可以有效地发现肿瘤早期诊断的分子标志物。　　值得一提的是，推动蛋白质组学发展的另一个重要动力是药物开发商。目前，在世界各大生物公司和生命科学界工作的科学家们正试图列出所有的蛋白质种类，并揭示他们之间的相互作用，其最终的目的是为了发明疗效更高、副作用更小的新药。　　Instrument：相对于研究基因而言，为什么蛋白质组学的研究要困难得多？　　魏：确实如此，这一点从2001年国际蛋白质组学大会的主题“人类蛋白质组计划：基因微不足道”就可以略见端倪。人类基因组计划经过艰苦努力已基本完成，围绕人类基因组计划的热闹喧嚣使人们以为一旦知道了人类基因组中大约30亿个编码子或DNA碱基对序列，特别是搞清了各种蛋白质的编码基因序列，就能对蛋白质本身有深入的认识了。但实际上，蛋白质组要远比基因组复杂得多。DNA只有4种不同的化学碱基，按它们的第一个字母分别称为：A（腺嘌呤）、C（胞嘧啶）、G（鸟嘌呤）和T（胸腺嘧啶）。而蛋白质组则不同，是由20种被称为氨基酸的物质组成的。由哪些氨基酸组成什么种类的蛋白质是基因决定的，但即使科学家知道了某种蛋白质的氨基酸序列，也不见得就能推断出其功能或与其它蛋白质的相互关系，同样也不一定能够完全准确地推断出其三维结构。与基因的简单线状结构不同，蛋白质会折叠成不同的形状，有时可能跟人们想象的情况完全相反。　　不仅如此，细胞在合成蛋白质的过程中还常常通过增加糖基或／和脂质而对蛋白质进行修饰，其方式也是很难预料的。对于一个新发现的基因，科学家无法只靠基因结构和对应的氨基酸序列来推测它所编码蛋白质的结构，还必须明确其脂质和糖基的修饰情况。研究人员还要考虑到有些蛋白质是溶于水的，而有些则通常只在油性环境中才具活性，或者蛋白质的一部分结构域可能被包埋在充满脂质的细胞膜中。了解了所有这些，才可能对蛋白质的特性有一个较为全面的认识。　　蛋白质的复杂性还不止这些，尽管大多数学者都认为基因组大约包括40000个基因，但仅仅单个细胞就能制造成千上万种不同的蛋白质。要认识蛋白质组，科学家就必须逐一研究所有这些蛋白质的特性。人类基因组计划所获得的数据最终还是没有摆脱一个基因编码一种蛋白质的局限性，只是简单地把那些数据拿来其实意义不大。一个基因在不同的情况下可以产生多种不同的蛋白质，这是显而易见的。　　还有就是一个分析手段的问题，特别是在生物质谱技术出现以前，没有任何手段能对蛋白质进行快速、通量地分析，用传统方法分析、鉴定未知的蛋白质，必须先分离纯化，对一个蛋白质点的分析，就需要若干年的时间，这也极大阻碍了蛋白质组学的发展。　　Instrument：您刚才谈到了生物质谱技术，那么该项技术的出现，对蛋白质组学的研究产生了哪些重要影响呢？　　魏：生物质谱技术是2002年诺贝尔化学奖表彰的两项成果之一，你们网站也曾经就此作过相关报道。采用生物质谱技术对蛋白质的复杂性进行分析，较之传统方法更加准确，更加灵敏，所需样品量大大减少，而且，一天就能完成上千个样本的分析，这大大缩短了科研时间，从而对蛋白质进行大规模分析、鉴定成为可能。因此可以说，生物质谱技术的出现对于蛋白质组学的研究具有里程碑的意义。同时，生物质谱技术的出现也重新激发了传统的双向电泳技术，使之向与生物质谱技术兼容的方向发展。　　另外，需要补充一点的是进行蛋白质组学的研究还有一个不可缺少的方面，这就是生物信息学。可以说搜索引擎技术和蛋白质数据库的完善与生物质谱技术的成熟对于蛋白质组学的研究具有同等的地位。因为人们想要知道的是我们究竟测得是什么蛋白，而不是一大堆实验数据，这时就需要借助于生物信息学来完成了,也就是通过软件对数据库中蛋白质序列数据进行计算所得到的理论肽“指纹”谱与实测的肽“指纹”谱进行逻辑比较，而不是简单的一对一比较，给出一个评判标准，从而判断蛋白质是否被鉴定。　　Instrument：那么，生物质谱技术和传统意义上的质谱技术主要区别在哪里呢？　　魏：我想区别主要体现在电喷雾质谱技术（ESI）和基质辅助激光解吸附质谱技术（MALDI）这两项诞生于80年代末期的软电离技术。生物大分子多为极性、难挥发化合物，不易气化，用传统质谱无法测定，传统的有机质谱只适合于分析小分子量的有机化合物。而随着生物质谱技术的出现和广泛应用，现已能高效地电离一些完整或片断的大分子生物化合物，从而进行质谱测定，获得整体蛋白质的分子量。在此基础之上，又开发出了一系列鉴定蛋白质的技术，其中最受关注的是肽“指纹”谱技术，简单说就是通过酶降解过程使蛋白质分子形成不同的片段，不同蛋白形成的片段不同，因而具有一定的“指纹”性，通过“指纹”谱来鉴定蛋白，而前面所说的MALDI技术是进行肽“指纹”谱鉴定蛋白最有力的工具。可以说，这两项技术的成熟标志着蛋白质组学研究工作真正的开始。　　Instrument：最后，能否请您谈谈国内蛋白质组学的发展过程和近期的一些进展情况吗？　　魏：就目前国内而言，用一句话概括，就是形势一片大好，欣欣向荣。尤其是过去的两年，蛋白质组学在国内受关注的程度到了一个快速上升的阶段。1995年，我院的贺福初院士和一些国内生物专家最先开始关注蛋白质组学这一新兴生命科学领域，到97年，国家“863”计划里有一个蛋白质组学的重点项目，我个人认为，这应该是标志着中国蛋白质组学的正式启动，我院是国内最早开展蛋白质组学研究的单位之一，也是最早建立蛋白质组学平台的单位之一。到了2002年，蛋白质组学在中国的发展进入了一个高潮阶段，尤其是以生物质谱在国内的需求量大大增加为一个重要标志。另外，从国家到地方申报蛋白质组学项目的单位也大大增加，特别是2001年正式启动的“973重大研究项目——人类重大疾病的蛋白质组学研究”涉及到了三十几个国内知名的大专院校和科研院所，该项目的启动极大推动了国内蛋白质组学的发展。像我们分析中心在这个项目中承担的主要任务是技术平台的建立，该平台包括电泳平台、生物质谱平台和生物信息学平台三个部分，2001年该平台已初具规模。随后，国内其他单位，像中科院上海生化所等也纷纷启动了类似的技术平台计划。　　今后5年该项目研究的目标是：建立具有国际先进水平的高通量、高灵敏度、高准确性、高稳定性的蛋白质组学研究技术平台；选择与人类重大疾病和人类重要生命活动紧密相关的系统、器官、细胞，建立1～2种具有基因表达谱研究基础的重要生理、病理体系或过程的蛋白质谱和蛋白质连锁群，确认或发现500种以上人类新型蛋白质，探索蛋白表达的群集调控规律和蛋白质相互作用网络；以严重影响我国人群健康的重大疾病（如肝炎、肝癌、心血管病等）为对象，发掘与上述疾病发生发展密切相关的蛋白质群，为重大疾病的防诊治提供新的预警、诊断标志物和新的药物靶标；建立蛋白质组学研究的生物信息技术体系、蛋白质组系列数据库、蛋白质组功能连锁群分析的理论模型及相应的算法。通过对蛋白质组学的不断研究，使我国蛋白质组学基础和应用研究在国际同领域占有重要的一席之地，为我国生物医学的飞速发展提供强有力的蛋白质组学的学术、技术支撑。　　整个采访的上午，魏博士的谈兴一直很浓，特别谈到蛋白质组学研究在蛋白质功能和人类疾病研究方面开辟了一个全新的领域，尽管它还处于刚刚起步的不成熟期，很多技术还有待完善和发展，但它的潜力是不可低估的，人类重大疾病防诊治措施的突破，需要蛋白质组学提供“全景式”的病理机制认识，人类蛋白质组的研究将可能导致一大批新型药物靶标与药物的问世，在将来，蛋白质组在人类疾病中的应用也必然会更加广泛和深入地开展下去。 　　联系方法：　　　联系电话：010-66931434　　　E-mail:wkh@proteomics.com.cn　　　单位地址：北京市海淀区太平路27号 100850

仪器信息网讯 2010年8月20-22日，由国家自然科学基金委员会化学科学部主办，北京大学、清华大学和中国科学院化学研究所共同承办的“第三届全国生命分析化学学术报告与研讨会”在北京大学召开。 　　大会同期举办了“组学分析”系列报告会，300余人参加了此会。会议由中国科学院武汉物理与数学研究所唐惠儒研究员、中国科学院大连化学物理研究所许国旺研究员共同主持，8位来自科研院所和高校的专家学者做了精彩的报告。报告内容摘录如下： 　　中国科学院武汉物理与数学研究所 王玉兰研究员 　　报告题目：代谢组学研究寄生虫疾病 　　在寄生虫研究方面，代谢组学方法主要研究了宿主感染寄生虫后的代谢应答，如宿主对血吸虫、钩虫、锥虫和虐原虫等感染的代谢应答。其目的首先是进一步了解在寄生虫病的发生发展过程中其宿主的代谢通路的改变，其次是希望通过代谢通路的改变找到适合早期诊断寄生虫病代谢性标记物。王玉兰研究员总结了近年来代谢组学在寄生虫病研究领域所取得的进展，并且展望了代谢组学在寄生虫病早期诊断的潜在应用前景。 　　厦门大学 张博副教授 　　报告题目：基于液滴接口的二维分离平台 　　张博副教授在报告中指出：蛋白质组体系的高度复杂性迫切需要高分辨率的多维分离技术。他的研究采用微液滴技术，基于其微体积、低扩散、无返混等优点作为二维分离接口的解决方法，耦合毛细管液相色谱与毛细管电泳技术，构建二维微分离平台。分别通过“T”形芯片与“工”形芯片实现了样品由连续流至液滴以及液滴至连续流的转移，并实现了纳升尺度的全进样。通过简单的多肽混合物，初步验证了全二维分离与目标二维分离在该平台上的可行性。 　　中国医学科学院 李智立教授 　　报告题目：糖肽富集分离方法及糖链结构研究 　　李智立教授在报告中分别介绍糖肽富集分离的几种方法的优缺点以及使用范围。他着重介绍了通过优化免疫球蛋白G(IgG)分离条件和MALDI-FTICR MS检测条件，对IgG不同糖型的糖链进行了精细结构分析。在m/z2400-3000范围内，发现了GOF、G1F和G2F结构的IgG糖肽，此外还有类似“角平分线”的糖型结构。该研究为IgG糖型结构的高通量研究打下基础。 　　中国科学院长春应用化学研究所 姜秀娥研究员 　　报告题目：表面增强红外光谱研究膜蛋白的结构和功能 　　姜秀娥研究员介绍了他们课题组如何采用表面增强红外光谱研究膜蛋白的结构与功能。利用光感视紫红C端组氨酸与螯合的赖氨酸的强亲和性将膜蛋白定向组装到电极表面。利用表面增强红外光谱从分子水平上首次研究了跨膜电位是如何调制光感视紫红结构和功能。研究发现：当电位逐渐降低时，光激发诱导的红外差谱与溶液PH值逐渐上升时，光激发诱导的红外光谱显示了惊人的相似性。这一现象表明：电位降低驱动的电荷补偿行为改变了双层膜附近局部PH值，从而改变了膜附近质子释放基因的质子化状态，进而影响了光感视紫红蛋白的光循环动力学。 　　安捷伦科技(中国)有限公司 冉小蓉博士 　　报告题目：安捷伦最新生物信息学软件及在代谢组学标志物发现中的应用 　　冉小蓉博士在报告中介绍了安捷伦科技推出的全新的生物信息学软件Mass Profiler Professional(MPP)。该软件是专为质谱工作者设计的，能够通过对质谱数据的分析快速寻找代谢组学生物标志物并进行生理学意义的解释。MPP结合安捷伦优异性能的仪器硬件平台可以为靶标和非靶标代谢组学研究提供最全线的解决方案。 　　中国科学院大连化学物理研究所 梁玉同学 　　报告题目：基于新型整体材料的微流控芯片系统及其在蛋白质组学中的应用 　　梁玉同学报告中介绍到：在微流控芯片上原位光聚合制备酶反应器、强阳离子交换(SCX)整体材料、反相整体材料，搭建了芯片上酶反应器酶解-C18tip分离-质谱鉴定平台、芯片上SCX-C18tip二维分离-质谱鉴定平台、芯片上反相色谱分离-质谱鉴定平台，并用于蛋白质的分析。通过相关实验，证明了这些平台的潜力与适用性。 　　赛默飞世尔科技(中国)有限公司 戴捷先生 　　报告题目：赛默飞世尔科技iSRM试验方法和Pinpoint软件运用于大规模的目标蛋白质定量分析研究 　　戴捷先生在报告中对赛默飞世尔iSRM技术工作原理及Pinpoint软件功能在目标蛋白质定量分析研究中的应用进行了详细的介绍。通过将iSRM技术及Pinpoint软件二者结合，组成了目标蛋白质定量分析的整体工作流程，该工作流程可以在一次LC-MS/MS分析中对大规模的肽段实现同时的验证与定量分析，显示了iSRM技术及Pinpoint软件在目标蛋白质定量分析中的强大的功能。 　　南开大学 张锴副教授 　　报告题目：系统分析激酶家族蛋白多种翻译后修饰的研究 　　张锴副教授在报告中介绍了他们课题组以激酶中磷酸化和多种低丰度非磷酸化修饰为目标，将蛋白标签融合技术与Shotgun技术相结合，探索系统研究激酶中各种翻译后修饰的新方法。实验结果表明：通过联合标签蛋白融合技术与Shotgun策略，他们成功的在激酶上鉴定了未见报道的甲基化和乙酰化修饰形式，同时发现了一些潜在的修饰形式。研究结果预示激酶这类重要的蛋白生物酶可能存在更为复杂的修饰形式和生物功能。

2017年9月22日，在上海代谢组学前沿技术交流会上，赛默飞重磅发布iOmics Cloud多组学云，打造一站式蛋白质组、代谢组生物信息分析平台，致力于将繁琐的生物功能分析、统计分析、可视化图表制作变得简单、快速、可靠，弥补组学分析“最后一公里”的短板，帮助科学家加速组学研究进程，造福科学研究。iOmics Cloud多组学生物信息分析云平台首次发布的iOmics Cloud多组学云包含近20种生物信息学常用工具，帮助客户实现一站式分析。样本 – 数据 – 结果 – 知识是组学分析的“信息流”，在样本处理、数据产出、数据分析已日趋成熟的情况下，“结果 – 知识”的转化成为制约组学分析的最后一环。iOmics Cloud的发布，将有效弥补这一制约环节，让繁琐的生物功能分析、统计分析、图表制作变得简单易懂、快速可靠，即便没有专业背景，也可以一键完成过去大咖才能玩得转的复杂统计和功能分析。iOmics Cloud包含常见的统计分析、生物功能分析、可视化图表制作赛默飞中国区色谱质谱高级商务运营总监李剑峰先生在iOmics Cloud发布时表示“赛默飞质谱已经走过50年，在过去的50年以及未来更长时间我们专注的不仅仅是产品创新，客户体验与应用更是我们关注的焦点。 今天发布的iOmics Cloud多组学云平台解决了样品处理分析的“最后一公里”。质谱分析的趋势就是更易用，更好用，成为医护工作人员都能用的好质谱。我们希望通过领先的云平台解决方案进一步携手广大科学家，医护工作人员推动组学研究，加速科学研究，推动中国的大健康事业；使世界更健康、更清洁、更安全。”赛默飞中国区色谱质谱高级商务运营总监李剑峰先生正式发布iOmics Cloud赛默飞中国区色谱质谱组学业务发展经理吴泽明博士为大家详细讲解了iOmics Cloud的功能，他表示“iOmics云平台的搭建使得赛默飞的蛋白质组学与代谢组学系统解决方案更具领先性与体系完整性，这些创新将加速客户的研究进程，迸发出更大的数据计算价值。” 同时，赛默飞中国研发中心云团队架构师毛智东博士为大家现场演示了iOmics Cloud的注册、登陆和使用方法，让每一位参会人员现场感受iOmics Cloud的功能强大和触手可及。赛默飞色谱质谱组学业务发展经理吴泽明博士和研发中心云团队架构师毛智东博士为大家现场讲解和演示iOmics Cloud由赛默飞与合作伙伴易算生物、悟空平台共同打造和维护，专注于蛋白质组、代谢组的一站式生物信息分析，与另一重要平台Thermo Fisher Cloud形成优势互补，帮助客户让多组学分析变得更简单、更全面、更快捷。iOmics Cloud合作伙伴iOmics Cloud将在10月10日 – 13日举办的北京分析测试学术报告会暨展览会（BCIEA）期间提供现场演示和操作体验，欢迎广大有志之士到赛默飞展位抢先体验。赛默飞iOmics Cloud多组学云平台将在BCEIA后正式上线，敬请期待。

p 　　 strong span style=" color: rgb(31, 73, 125) " 此次收购将使安捷伦能够提供整体实验室及其工作流程的单个信息学解决方案。 /span /strong /p p 　　2018年5月11日，北京——安捷伦科技公司(纽约证交所：A)日前宣布已经签署了收购私人持股的Genohm公司的最终协议。该公司是一家为实验室管理提供高度差异化、基于内部部署和云计算软件解决方案的开发商。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201805/insimg/831d5cb9-ecf4-470c-9b1c-3bd20a6682b6.jpg" title=" 1123.jpg" / /p p 　　Genohm主要的实验室软件自动化套件SLIMS是个数字平台, 为实验室提供快速部署和无缝衔接实验室信息管理系统(LIMS)和电子实验记录本(ELN)，广泛用于生物库、研究实验室和下一代测序设备。该平台跟踪数据和样品，试验和用户，结果和工作流程，从原始材料运输到实验室仪器和自动数据分析流程。Genohm还拥有一个应用程序市场，具有预配置的工作流程，可在各种行业和科学工作流程中快速实施系统。 /p p 　　客户希望获得更好的答案，于是需要集成的信息解决方案。此次收购扩充了安捷伦当前的软件产品组合，增加了LIMS和工作流程管理，同时扩展了ELN功能。这种组合将使安捷伦能够为分析数据带来更大的背景，使科学家能够更有效地产出结果。 /p p 　　安捷伦副总裁兼软件与信息学事业部总经理John Sadler表示：“Genohm的团队和技术给我们留下了深刻的印象。SLIMS的现代架构与安捷伦OpenLab产品的价值完美契合。通过将这一技术与我们广泛而多元化的仪器组合整合在一起，我们处于支持和加强现代化实验室运营的独特位置——真正帮助我们的客户在数据方面做得更多。” /p p 　　安捷伦副总裁兼基因组学事业部总经理Kamni Vijay博士说：“Genohm在基因组学领域占有很大的优势。这次收购支持了我们的战略，即提供完整的下一代测序工作流程，并改善我们基因组学客户的实验室管理。” /p p 　　Genohm创始人兼首席执行官Frederik Decouttere说：“我们非常高兴能加入安捷伦团队，相信我们可以一起加速数字化实验室的发展，帮助我们的客户推动科学进步并产生新发现，同时确保数据合规性和可追溯性。我们的实验室管理平台具有高度可配置性，易于部署并可在多种不同的工作流程中使用，这使得我们的技术非常适合安捷伦。” /p p 　　Genohm公司总部位于瑞士洛桑市，拥有40名员工。 /p p 　　该交易符合惯例成交条件，其财务条款尚未披露。 /p p 　　 strong 关于Genohm /strong /p p 　　Genohm最初于2002年作为一个小型的双人生物信息学商店在比利时根特创建，2011年作为EPFL初创公司在瑞士洛桑创新园区重新成立。公司专注于在高度复杂且不断变化的实验室环境中保证合规性，可追溯性和大型实验室数据管理。随着其主要实验室软件自动化套件SLIMS的成功推出，Genohm正式进入实验室信息学市场，为欧洲，中东，亚太地区和美国的众多研究和临床环境中快速增长的客户提供服务。如今，Genohm在洛桑，根特和达勒姆北卡罗来纳州设有办事处，拥有40多名训练有素的软件和生命科学工程师。 /p p 　　 strong 关于安捷伦科技公司 /strong /p p 　　安捷伦科技公司(纽约证交所：A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者，拥有 50多年的敏锐洞察与创新，我们的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。在2017财年，安捷伦的营业收入为44.7亿美元，全球员工数为14200人。 /p

2023年3月，布鲁克公司(纳斯达克股票代码：BRKR)在美国HUPO会议上宣布为基于timsTOF平台的4D-蛋白质组学推出十分重要的生物信息学工具：　　1. 与Rapid Novor公司合作开发了一种新型从头测序算法，使用超过170万个PASEF数据点来提高实时免疫肽组学分析的准确性和速度。timsTOF SCP系统无与伦比的灵敏度与新的PaSER Novor算法相结合带来免疫肽组学分析性能的全面提升，尤其是针对微量肿瘤活检样本 　　2. 用谱图库非依赖(Library-free)的TIMS DIA-NN软件进行dia-PASEF数据分析进一步提高了定量的准确性 　　3. Mass Dynamics图形可视化和统计云软件与4D-Proteomics的dia-PASEF数据可实现无缝集成。　　A. 应用于免疫肽测序的PaSER Novor　　凭借PaSER Novor，布鲁克推出在免疫肽组学分析的高级功能，它是由布鲁克与Rapid Novor(快序生物，一家加拿大软件和提供抗体测序服务的CRO公司)合作开发完成的。　　免疫肽组学在timsTOF SCP超高灵敏度平台上对微量肿瘤活检样品中非蛋白水解肽进行测序。基于蛋白质组学数据库算法可能由于搜索空间太大导致无法进行精确搜索，造成重复性低和搜索时间长等问题。PaSER Novor使用基于GPU的布鲁克PaSER蛋白质组学软件平台，在训练了超过170万个timsTOF数据点后，可以直接从碎片离子谱图中从头测序获得多肽序列，从而得到实时结果。　　莫纳什大学(Monash University)免疫蛋白质组学实验室主任Tony Purcell教授说："从头测序分析是我实验室多年来研究的一个重要方面。这种新的算法在实时采集数据条件下，以更快的速度提供准确的结果，实现了大规模和实时的免疫肽组学分析。这对我的团队如何快速地将科学研究向临床转化具有重要意义，这一工作流程提供的检测结果也会对临床患者产生深远影响。”　　　　　　图1：A 9-mer peptide sequenced by PaSER Novor　　图2：timsTOF SCP ultra-high sensitivity MS　　B. TIMS-DIA-NN 2.0 实现谱图库非依赖的dia-PASEF分析　　TIMS DIA-NN是以CCS为中心的DIA–NN [1] 新版本，与之前版本相比具有显著的改进。TIMS DIA-NN 2.0通过新的机器学习，可以实现library-free dia-PASEF数据分析流程，并进一步提高定量准确性。加州大学戴维斯分校蛋白质组学核心实验室主任Brett Phinney博士评论道：“蛋白质组学已经取得了长足的进步，但色谱和数据分析具有与质谱仪相同的重要性。大队列样本分析时稳定的色谱系统，与DDA和DIA的实时搜索相结合，使我的实验室效率达到了更高的水平，而这只有通过TIMS DIA-NN的library-free搜索功能才能达到更好的结果。”　　C. Mass Dynamics对4D-Proteomics的大规模图形知识可视化　　通过与澳大利亚Mass Dynamics软件公司的联合创始人、WEHI公司的Andrew Webb教授合作，布鲁克timsTOF 4D-Proteomics通过Mass Dynamics的统计分析、交互式和可视化技术，可以直观地提取蛋白质组学信息。除了蛋白质列表、火山图、蛋白质相互作用图、PCA图，其它一系列可视化视图都有助于研究者们了解生物学过程和疾病机理。　　Mass Dynamics联合创始人兼首席执行官Paula Burton表示：“PaSER的实时搜索功能和Mass Dynamics的发现服务相辅相成，形成强大的联盟。科学家们现在可以专注于生物学问题，借助蛋白质组学来寻求答案。”　　布鲁克生命科学质谱生物信息学总监Dennis Trede博士评论道："我们很高兴与Rapid Novor和Mass Dynamics的合作。本次合作将为蛋白质组学的发展带来意义非凡的影响。Rapid Novor与超高灵敏度timsTOF SCP相结合，现在可在活检小肿瘤样本中获得大规模的免疫肽组学数据。在美国HUPO发布的所有布鲁克软件解决方案适用于所有型号timsTOF平台：timsTOF Pro 2、timsTOF HT、timsTOF SCP和timsTOF fleX。在国际HUPO坎昆会议上发布的Biognosys Spectronaut® 17软件拥有全新的Direct DIA+功能，且完全支持timsTOF平台上的dia-PASEF数据。”　　　　图：Mass Dynamics visualization for TIMS DIA-NN data

全球权威调研机构Technavio最新报告显示，预计在2013到2018年全球基因组学和蛋白组学分析仪器市场将保持7.83%的复合年增长率。 　　基因组学研究的是基因及其功能，蛋白质组学研究的是蛋白质组或组蛋白的结构和功能，两者均使用分子生物学和生物信息学的工具和技术。基因组学通过绘制基因和DNA序列来了解基因组的结构和功能。一个蛋白质组是一个基因组在特定时间内表达的一整套蛋白质。蛋白质组学主要涉及的是使用分子生物学、生物化学和遗传学来分析蛋白质，这些蛋白质是通过基因编码而来。蛋白质是所有细胞的主要组分，而且控制细胞的不同功能特性。基因组和蛋白质组结构或功能的缺陷可能导致疾病，因此基因组学和蛋白组学技术在科研、新药研发、疾病诊断中发挥着重要作用。这些应用都需要基因和蛋白缺陷的识别和研究，而基因组和蛋白质组的蛋白质分离、净化、识别、量化和分析都需要仪器、试剂和软件。基因组学和蛋白质组学用到多种分析仪器，但应用最广泛的是色谱系统、质谱系统、PCR系统和下一代测序系统。 　　目前，基因组学和蛋白组学领域的主要供应商有安捷伦、Bio-Rad、罗氏集团、Illumina、PE和赛默飞，其他比较优秀的供应商还有BD、布鲁克、GE医疗、JASCO、日本电子、Luminex、Qiagen NV、Rigaku Corp.、岛津、西格玛、Spectrolab Systems、Waters等。 　　这个市场发展的主要推动力为基因组学和蛋白组学技术的完善，主要挑战在于基因组学和蛋白组学知识的缺乏，主要趋势为聚焦于药物研发和疾病诊断。

时间：2014年5月20-23日 　　地点：北京蛋白质组研究中心(北京市昌平区科学园路33号，中关村生命科学园内) 　　主办单位： 　　北京蛋白质组研究中心(BPRC) 　　蛋白质组学国家重点实验室(SKLP) 　　中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO) 　　北京蛋白质组研究中心是蛋白质组学国家重点实验室，国际联合研究中心，国际人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)执行总部。建立了世界上最大的人类蛋白质组数据库及数据管理平台，和国际领先的蛋白质相互作用网络构建和分析平台。对人类肝脏蛋白质组进行了系统的生物信息研究，包括蛋白质鉴定、修饰、定位、相互作用网络、代谢通路及肿瘤标志物发现等研究。讲师团队长期致力于蛋白质组数据分析及相关知识发现，为国际人类肝脏蛋白质组计划提供了全方位的生物信息支持。2012年，集体获中国电子学会电子信息科学技术奖一等奖：蛋白质组学计算方法的研究及其支撑平台的构建和应用 2007年，集体获北京市科学技术一等奖：蛋白质组支撑技术及其在人类重要疾病与生理过程研究中的应用。 　　前言 　　本课程为生命科学研究人员介绍如何合理利用和开发蛋白质生物信息学资源。课程着眼于实际数据库搜索、工具使用、大型数据库分析、生物学网络构建、可视化和数据分析等。采取小班授课，专人指导 理论课与实践课相结合，讲师与学员研讨的方式进行 精心挑选相应的上机软件，提供充足的实际操作机会 让每位学员学有所成。 　　培训对象 　　从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生 　　迫切希望提升生物信息分析能力的学者 　　培训内容 　　质谱数据深度分析、蛋白质注释及功能分析、蛋白质相互作用网络构建及分析、蛋白质组研究主题信息服务和专业数据库研发。 　　课程安排 时间 培训内容 2014年5月20日 9:00-10:00 蛋白质组信息学概论 10:00-12:00 质谱数据处理－搜库与质控 13:00-15:00 蛋白质组定量分析（以无标定量为主） 15:00-16:00 蛋白质翻译后修饰分析 16:00-17:00 蛋白质鉴定上机实习 2014年5月21日 9:00-11:00 质谱数据深度挖掘 11:00-12:00 蛋白质定量上机实习 13:00-15:00 蛋白质组数据分析/生物标志物发现 15:00-17:00 蛋白质组数据分析上机实习 2014年5月22日 9:00-10:30 蛋白质组数据库/数据提交 10:30-12:00 数据库及数据提交实习 13:00-15:00 蛋白质组软件包的使用（TPP等） 15:00-17:00 TPP安装及使用实习 2014年5月23日 9: 00-10:30 蛋白质相互作用网络和蛋白质组学知识挖掘的基础知识 10:30-12:00 蛋白质相互作用的生物信息学资源介绍 13:00-14:00 Cytoscape软件使用介绍 14:00-17:00 蛋白质相互作用数据分析上机 　　培训费 　　4月18日前注册：每人4200元，学生3900元。 　　4月19日至5月20日之间注册：每人4500元，学生4200元。 　　其他优惠：同一单位2人以上参加，每人优惠200元。 　　提前注册截止日期：2014年4月18日，以银行汇款凭证为准。 　　网上注册地址： http://61.50.138.116/training/cn/ 　　培训费用包含：培训资料、培训期间的午、晚餐。 　　可协助安排住宿，住宿费用自理。需住宿的学员请在网上注册时填写住宿信息。 　　报到时间和地点 　　报到：5月19日全天，北京扬子江药业海诺康会馆(北京市昌平区生命园路16号，中关村生命科学园内) 20日8:30-10:00，北京蛋白质组研究中心。 　　住宿：北京扬子江药业海诺康会馆，标准间298元/天(含早餐)。 　　学生报到时须持学生证。 　　学员自备笔记本电脑(具有WiFi无线网络功能)用以操作练习。 　　注意事项 　　培训结束后颁发北京蛋白质组研究中心和蛋白质组学国家重点实验室培训证书，需要中国生物化学与分子生物学会继续教育证书的学员报到时需要另交1张2寸免冠照片及20元工本费。 　　中心通过了ISO/IEC 17025实验室认可，为社会各界提供科研技术服务。参加本期培训班的学员可以享受中心提供的技术服务优惠政策。技术服务项目请看网站： http://www.bprc.ac.cn/guidance/list.php?catid=27 　　汇款信息 　　帐 号：0200004909200041055 　　账户名称：北京蛋白质组研究中心 　　开户银行：工商银行北京市永定路支行 　　注：汇款时请务必注明&ldquo 信息学培训班&rdquo 和学员姓名。汇款后将汇款凭据传真至中心，或将扫描电子版发送至邮箱bprctrain@163.com，以确保汇款安全到账。 　　如需发票请注明发票抬头，培训结束后统一开具发票(培训费、注册费、会议费、技术服务费等)，有其他特殊要求请声明。 　　联系方式 　　联系电话： 注册：周建平(010)80705277 　　咨询：史冬梅(010)80705888 　　传 真：(010)80705155 　　电子邮件：bprctrain@163.com 　　通信地址：北京市昌平区科学园路33号(102206)

日前，中国科学院植物研究所成立了“生物多样性信息学重点实验室”，并与地理信息系统(GIS)技术提供商ESRI公司联合成立“中国科学院植物研究所与ESRI中国(北京)有限公司联合GIS实验室”，双方拟从生态监测、植被制图、GIS生态模型开发、标本信息数据库与信息系统建设以及植物园管理与展示等方面开展合作研究。 　　中国科学院植物研究所马克平所长在出席揭牌仪式时指出，生物多样性信息学是正在兴起的一个新方向，其核心是将信息技术和生物多样性研究结合起来，开发具有互操作性与知识综合能力的信息系统，使相关领域的研究者能够充分利用生物多样性的研究成果，并促进生物多样性保护的发展。 　　植物研究所此次成立的实验室乃国内第一个生物多样性信息学重点实验室。其除了需进一步建立与完善相关数据库和共享平台以外，还将在物种濒危程度评估、物种保护、植物资源的野外调查和利用规划、海量数据挖掘、集成和可视化表达、生物多样性e-Science平台构建等方面发挥积极作用。 　　ESRI中国(北京)有限公司何宁总裁则指出，关注生态环境、关注社会发展是ESRI与生俱来的传统，作为地理信息系统技术提供商，这也是ESRI的“地理责任”。GIS作为一种新的语言，希望能为生物多样性的研究、保护和促进工作提供相关决策支持。

日前，Qiagen宣布已经收购生物信息学公司OmicSoft，该项交易的具体金额并未公开。　　OmicSoft推出了一套能够使研究人员分析和可视化数据的工具，并与其大型的、可公开获得的多组学数据集进行比较。Qiagen 表示，该收购将为其提供可扩展和灵活的软件架构解决方案，使其能够扩展生物信息学领域的产品。　　“通过收购OmicSoft，Qiagen现在将提供全面的数据管理和解释需求的解决方案，”该公司在一份声明中说。　　OmicSoft将作为Qiagen的子公司并入其位于北卡罗来纳州总部的研究三角，其联合创始人兼总裁Jack Liu将继续留在Qiagen。　　Qiagen表示，预计全年销售额将增长0.5%，而收购将对调整后的EPS保持正向影响。　　这是继2016年6月收购丹麦分子诊断公司Exiqon以来，Qiagen实现的最新收购。

全新的安捷伦实验室软件套装将仪器数据系统、电子实验室记录本和数据存档功能整合于一体 Agilent OpenLAB 套装简化了从原始数据到获得检测结果的过程 2010 年 3 月 1 日，佛罗里达州奥兰多市，Pittcon 2010&mdash 安捷伦科技公司（NYSE：A）日前发布了 OpenLAB实验室信息学套装，该套装专门为需要高效采集、共享、核查和存档科学数据的实验室设计。 &ldquo 客户都希望一个解决方案能够缩短新的化学物实体或生物实体从开发到交付的时间&rdquo ,安捷伦生命科学集团总裁 Nick Roelofs 博士说道，&ldquo OpenLAB 套装提供的解决方案支持对现有系统进行升级，并且只需要最少的培训，因而可以有效地保护实验室的投资和知识。客户将很快得益于新集成的协作和数据管理工具所带来的生产效率的提升。&rdquo &ldquo OpenLAB 采用可升级的开放式结构，以业内的开放式标准为基础，让客户能够在整个实验室乃至全公司范围内方便地获取、分析和共享科学数据，&rdquo 安捷伦软件和专业服务营销部高级经理 Tony Owen 说道，&ldquo 全新的 OpenLAB 套装解决了影响各种规模实验室的大量软件问题，这种开放式系统方法让客户能够根据自己的需要来设计实验室，而不必将工作局限在他们的软件系统内。&rdquo Agilent OpenLAB 由以下三套集成的解决方案组成：OpenLAB 色谱数据系统（CDS）、OpenLAB 电子实验室记录本（ELN）以及 OpenLAB 企业内容管理（ECM）。不论是小到一个独立的分析实验室，抑或是包括几百个分公司的全球网络，该系统都能不断升级以满足客户的需求。Agilent OpenLAB 是开放系统平台且无任何仪器供应商偏好，客户可将现有系统轻松升级，从而保护他们的投资。 OpenLAB CDS Agilent OpenLAB CDS 是基于广泛使用的 ChemStation 和 EZChrom Elite 仪器系统，意味着客户无需摒弃其现有熟悉的工作流程即可轻松体验到 OpenLAB 的强大优势。现在，许多供应商提供的仪器都可以连接到任意规模的网络，小到单个工作站和小型工作组服务器，大到全球级公司网络内。可通过任何一台电脑对仪器进行本地或远程控制。完全的仪器控制、中央式管理和简便易支持让用户可以降低操作成本，更好地利用仪器。 现有的 ChemStation 客户可以在 2010 年晚些时候将其系统扩展为全新的结构平台。EZChrom Elite 单机版/服务器版用户和 OpenLAB 仪器控制管理器（ICM）客户都可以通过简单升级后获得这一新功能。 OpenLAB CDS 集成了 OpenLAB ECM 智能报告功能，提供的全新报告方式可以帮助客户快速组织和查看结果。通过在系统内自动生成最终结果集，OpenLAB ECM 智能报告功能使信息的分析更加快速，其中包括来自多个来源和多个色谱数据系统的数据。OpenLAB ECM 智能报告还能使结果核查流程自动化，从而提高实验室的生产效率和质量。 OpenLAB ELN OpenLAB ELN 让科学家可以获取和管理每天的实验细节，并与交叉学科团队进行协作，同时保护知识产权。 通过 OpenLAB ELN，安捷伦正在让高效安全的实验室电子记录本到达更多的实验室，包括那些对诸如石化、环境分析、医药、食品安全以及法医学等领域进行常规分析的实验室。OpenLAB ELN 紧密集成在 Agilent OpenLAB 套装内，可以简化化学家的分析研发流程。 OpenLAB ECM Agilent OpenLAB ECM 是一个安全的中心数据库，它让客户能够对大多数文件格式的任何数据进行获取、管理、共享、存档和重复使用。其基于 Web 格式的用户界面简单易学，检索功能可以从分析文件和 Microsoft Office 文件提取元数据。 OpenLAB ECM 包含了遵从包括21 CFR part 11在内的所有主要法规准则的功能，并且业务流程管理（Business Process Manager，BPM）附加功能可以实现关键任务业务流程（如遵从萨班斯-奥克利斯法案SOX）的自动化和安全性。 Agilent OpenLAB正如其名，以开放式系统结构为基础，可以集成不同的软件系统。OpenLAB 在设计上可以从工作站扩展至企业级规模，让客户的实验室可以根据需求的变化和增长进行升级。有关详细信息，请访问 http://www.agilent.com/chem/openlab 。 关于安捷伦科技公司 安捷伦科技（纽约证交所代码：A）是全球领先的测量公司，是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者，公司的 17,000 名员工为110多个国家的客户提供服务。2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn 。

UNIFI科学信息系统是新型系统的核心，可实现单一软件平台中无缝的LC和MS数据处理，其产生的工作效率无与伦比 　　米尔福德, 马萨诸塞州 - 2011年1月10日 　　沃特世公司 (NYSE:WAT)今天在华盛顿召开的第15次WCBP研讨会上介绍了沃特世生物制药系统解决方案。该新型的生物制药系统将UPLC® /MS鉴定技术与UNIFI™ 科学信息系统融为一体，该信息系统为行业首个综合软件解决方案，它综合了生物治疗分析和质谱高分辨率分析法工作流程的方方面面并贯穿于整个开发过程。 　　超高效液相色谱法_ (UPLC® )、质谱(MS)和生物信息学(Bioinformatics)技术的结合促使高效的数据和信息流的产生，并符合生物制药质量指导方针和法规要求。 　　生物制药系统解决方案包括： 　　ACQUITY UPLC® H-Class生物系统以生物惰性流路和基于Auto• Blend Plus技术的四元溶剂管理为特色，可灵活进行高分辨率的生物分离 　　沃特世公司的多肽和蛋白质分离技术色谱柱，采用选择性改变生物分子的理化特性进行分离，并经过了质控测试，从而确保分析结果的一致性 　　Xevo® G2 Tof质谱仪，是具有最高灵敏度和最高精确度，能同时进行定性分析和定量分析的台式质谱仪，其工程精简(Engineered Simplicity™ )设计使其操作简便易行 　　UNIFI科学信息系统，作为一个交互式、工作流程驱动型数据平台，可进行灵活的仪器控制、先进的数据处理和挖掘，并提供全面的报告 它与GxP实验室兼容，可常规地部署于您整个组织内。 　　“沃特世如今已成为首家为生物制药科学家们提供蛋白鉴定综合系统的企业，该系统采用高端的质谱分析技术，符合生物制药企业均要求遵循的药品生产质量管理规范(GMP)，”沃特世生物制药业务运营总监Jeff Mazzeo称，“除了可在符合GxP的环境下操作，该新型生物制药系统还可使用户提取和共享最大的信息量。例如：当某位科学家在开发实验室开发多肽图谱时，所生成的全部方法和报告均可与质控(QC)实验室的同事完全共享，从而大大提供工作效率。UNIFI是一个公共平台，它使得客户实现高效的信息共享，共享效率远远胜过以往。” 　　该生物制药系统集中于任务特异性工作流程的设计，具有自动数据处理和简化结果验证的特点。利用UNIFI的架构，可在整个组织中根据科学家的作用和能力配置直观的用户界面。依靠支持GMP和流程稽核工具(如：电子签名和用户认证，均具备安全数据库技术)的分析系统，对于生物制药组织而言至关重要。最后，该生物制药系统还可扩展用作工作站，从而发展至工作组和企业部署。 　　凭借系统固有的扩展性和灵活性，客户可预期该生物制药系统具有以下特征： 　　采用经证实的超高效液相色谱(UPLC)、准确质量型飞行时间质谱和生物信息学技术，专为进行生物治疗分析而设计 既可满足当今蛋白质鉴定的需求，又能适应实验室的未来发展计划。 　　通过对实验室间的工作流程予以标准化从而精简分析方法，并借助信息的高效合成而加速药物开发决策的制定和法规文件的存档，最终提升工作效率。 　　因可广泛满足分析机构内职责各异的使用者需求，基于UNIFI的平台可在不同部门间更轻松地实现信息传递，这样治疗方法就可高效地从非监管型调研过渡到GxP依从性分析。 　　因为最终只有客户才最清楚如何满足法规符合性要求 生物制药系统可提供可配置的工具，使客户能够以最大的效率部署分析技术。 　　有关生物制药系统解决方案的更多详情，请登录：http://www.waters.com/waters/nav.htm?cid=10195515. 　　关于沃特世公司(www.waters.com) 　　沃特世通过提供实用、可持续的科学创新为那些基于实验室工作的机构建立了商业优势，能使他们在提供健康、环境保护、食品安全和水质量方面取得杰出成就。 　　五十年来，沃特世已帮助客户进行意义深远的研究探索、优化操作、提供产品性能、及保证法规遵从等。　　沃特世是上市公司(NYSE:WAT)，总部设在马萨诸塞州的米尔福德市。它还是标准普尔500指数成员单位之一。现有近4,700 名雇员人。其生产企业位于马萨诸塞州米尔福德和陶顿，以及爱尔兰的维克斯福德，新加坡和英国的曼彻斯特。 　　在大多数国家，沃特世采取直接销售的方式，以便能与使用其产品的客户保持最紧密的联系 　　### 　　Waters, ACQUITY, UPLC, UltraPerformance LC, Xevo, Auto• Blend Plus, Engineered Simplicity,UNIFI是沃特世公司的商标. 　　联系人： 　　张林海 　　沃特世公司市场部 　　86(21) 61562642 　　lin_hai__zhang@waters.com 　　周瑞琳(Grace Chow) 　　泰信策略(PMC) 　　020-83569288 　　grace.chow@pmc.com.cn

安捷伦科技公司金牌赞助第三届全国生命分析化学会议 2010年8月20-22日，第三届全国生命分析化学会议在美丽的北京大学未名湖畔隆重召开，作为大会的金牌赞助商，安捷伦科技公司以先进的创新技术、全面的应用解决方案再次打动并征服了广大专家用户，再次体现了安捷伦公司在分析仪器界及生命分析领域的行业领跑者地位。 2010年5月14日，安捷伦公司宣布完成对瓦里安公司的成功并购，意味着安捷伦从此将有更多的资源和人才为生命科学和化学分析用户提供更加完善的解决方案。本次会议中，安捷伦公司的展台设计以&ldquo 两个传奇与新的篇章&rdquo 为主题，让上千名与会用户直观地、更好地解读了两家公司的历史、现在与未来。同时展出了安捷伦公司2010年度推出的系列新产品，包括5975T车载式质谱仪、1200 Infinity 液相色谱系列和6540超高解析度四级杆飞行时间质谱。使得与会者可以近距离了解这些世界领先的分析仪器。 安捷伦公司全程积极参与了大会各项学术活动，其中&ldquo 组学分析&rdquo 论坛中，安捷伦公司液质应用工程师冉晓蓉博士进行了题为&ldquo 安捷伦最新生物信息学软件及其在代谢组学标志物发现中的应用&rdquo 的精彩报告，向与会专家系统介绍了安捷伦全新生物信息学软件Mass Profiler Professional (MPP)的强大功能及在系统生物学研究中独一无二的重要价值。安捷伦的MPP结合安捷伦优异性能的仪器硬件平台可以为代谢组学研究提供最全线的解决方案，能够通过对质谱数据的分析快速寻找代谢组学生物标志物。 MPP 数据还可以方便地与安捷伦Gene-Spring 分析平台其它仪器的实验结果进行交换和关联，在蛋白质组学、代谢组学、基因组学和标志物研究的交叉系统生物学领域提出极富价值的生物学见解。 在安捷伦技术交流专场活动中，冉晓蓉博士为广大用户带来了&ldquo 安捷伦食品安全及化学分析领域的全新解决方案&rdquo ，与会听众非常关注报告中有关复杂基质中未知残留化合物进行快速筛查、鉴定及对化合物残留量进行高灵敏度的定量的解决方案的内容。 冉晓蓉博士做技术报告 此外，针对前沿科学与热门应用领域，安捷伦公司在本次会议上有多篇高水准墙报展出，其中在未知化合物分析及滥用药筛查领域有薄涛博士的&ldquo High performance liquid chromatography tandem quadrupole-time of flight mass spectrometry as a robust tool for screening non-targeted compounds (abused drugs) in complex matrices&rdquo ；在高分子食品包材分析领域有张政祥博士的&ldquo 安捷伦Q-TOF质谱及其PCDL谱库在聚醚、聚酯类高分子定性鉴定中的应用&rdquo ；在生命科学与组学研究领域有冉小蓉博士的&ldquo Mass profiler professional生物信息学软件在代谢组学差异比较及pathway分析中的应用&rdquo 等。 8月22日上午，由安捷伦公司独家赞助的&ldquo 安捷伦杯优秀墙报奖&rdquo 颁奖活动顺利举行，来自海内外及全国各地共计41位各领域专家代表获此殊荣，安捷伦公司大中华区液质业务发展经理李平博士及安捷伦公司液质产品市场经理韩莹女士为获奖代表颁奖并表示祝贺。 李平博士为获奖者颁奖并表示祝贺 在大会闭幕典礼上，生命科学市场经理庄晨杰先生代表安捷伦公司进行了闭幕致词，庄晨杰先生在致辞中说到：&ldquo 本届大会上八位院士齐齐上阵北大百年纪念讲堂，可谓是分析仪器的一大盛事，安捷伦公司也积极参与到本次大会中，参加了墙报展、口头报告和厂商技术专场。安捷伦公司在今年完成对瓦里安公司的收购以后，将为广大用户提供更为广泛的生产线和更加完善的解决方案，安捷伦公司将一如既往地在新技术、新产品、新应用、新方案上不断开拓创新，也会一如既往服务于各位专家、老师，为中国的生命分析化学事业添砖加瓦。&rdquo 生命科学市场部经理庄晨杰先生致辞 关于安捷伦科技公司 安捷伦科技（NYSE: A）是全球领先的测试测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司18,500名员工为世界上100多个国家的客户提供服务。安捷伦2009财政年度的业务净收入为45亿美元。了解有关安捷伦科技的详细信息，请访问：www.agilent.com.cn 。

进入20世纪之后，分析化学已经发展成为一门拥有众多仪器分支的现代分析化学学科和化学信息学科。伴随着大量现代分析仪器出现带来的“数据爆炸时代”，化学计量学得以快速发展并已成为现代分析化学中非常活跃的研究领域。 　　近期，仪器信息网编辑采访了化学传感器专业委员会主任委员、湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室原主任吴海龙教授，希望借此机会能给大家介绍一下化学计量学的内涵，并同时探讨化学计量学在分析仪器研发方面有什么样的“指导思想”及指导作用。 湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室吴海龙教授 　　Chemometrics(化学计量学)一词于1971年由瑞典化学家在申请一项基金项目时首次提出，类比生物计量学与经济计量学，将研究从化学实验产生的数据中提取相关化学信息的学科分支称之为化学计量学。 　　吴海龙教授介绍，“化学计量学其任务是研究有关化学测量的理论与方法学，它应用数学、统计学、计算机科学等理论、方法和手段，科学地设计化学实验，选择最优的测量方法，最有效地获取体系有用的特征数据，并通过解析量测数据最大限度地从中提取有关物质的定性、定量、形态、结构等信息。其主要研究内容包括面向化学研究对象的统计学与统计方法、实验设计与优化方法、信号处理、模型构建和参数估计、化学多维多元校正、化学模式识别、多维定量构效关系、人工智能与专家系统、软件以及库检索等。目前，化学计量学的研究范畴包括两方面的内容：一方面指化学量测过程的基础理论和方法学；另一方面就是化学计量学在分析化学及其它相关领域中的应用基础研究”。 化学计量学是分析化学中的“高级医生” 　　谈到化学计量学在分析化学领域中的“功效”，吴海龙教授幽默地说：“化学计量学是有难度、有‘水平’的，专门解决较困难的问题，形象的比喻就是化学计量学是分析化学中的‘高级医生’，专门研究解决复杂对象定性、定量、定结构问题中遇到的‘疑难杂症’”。 　　化学世界是一个极为复杂的多维世界，随着越来越多新型分析仪器的问世，取得大量量测数据已不是最困难的一步，最难解决的“瓶颈”问题却是这些数据的解析以及如何从中提取所需的有用信息等。例如，经典分析化学方法，往往只利用仪器光谱中最大吸收波长处对应的吸光度来作定量分析，不仅丢失很多其它有用信息，而且应用很有限，因为它只利用了单点量测数据的信息。我们应该亦必须应用各类最优化的策略、方法及技术迅速而有效地从所获得的多维响应数据中提取尽可能多的有关被测物质的化学成分、结构和生物化学活性等方面的信息。化学计量学就是基于这种使命而发展起来的一门化学分支学科。 　　化学计量学看似深奥，其实其涉及的很多问题都是分析化学的基础性问题，可以说是复杂体系解析的强有力和有效的工具。例如，在药物混合物的分析中，主导药物及其衍生物以及基体背景和其它干扰物都可能有较灵敏的荧光等响应，但它们相互重叠，而在常规分析过程中样品分离又比较复杂。这种情况下如果采用化学计量学中化学多维多元校正的办法就可以获得较好的分析结果，甚至可以实现性质相似干扰物共存下的感兴趣多组分的直接快速同时定性定量分析；这样可使复杂体系的分析获得“绿色”、经济、在线、近实时等优势。 　　随着计算机技术及其应用的发展，作为化学计量学核心策略的主成分分析(PCA)方法在实际仪器分析中的应用越来越广泛。例如，PCA 与近红外光谱相结合的应用研究较多,在不丢失主要光谱信息的前提下选择为数较少的新变量来代替原来较多的变量，解决了由于谱带的重叠而无法分析的困难。另外，在生物科学方面，蛋白质的立体结构理论预测一直是生物信息学研究的难题，近来，应用化学计量学的氨基酸主成分分析法克服了原始数据中可能的实验误差和分类上的模糊性带来的不确定因素, 从而提高了预测的准确率。 　　吴海龙教授还特别提到，化学计量学擅长解决分析化学中有难度的问题，从简单体系到复杂体系都有其“用武之地”： 　　(1)复杂体系进样之后进行全谱扫描，仪器输出的是复合信号，然后用化学计量学按规律将其分成单个组分信号，进而实现对复杂体系感兴趣组分的定性定量分析，这以化学计量学方法结合三维荧光光谱用于系列复杂体系进行直接准确定量分析最为成功； 　　(2)复杂体系经过色谱柱等物理或化学分离系统后，如果分离还不完全，仪器输出的信号可通过化学计量学方法作进一步的数学分离，进而进行全谱定性定量分析； 　　(3)如果复杂体系所有的组分都被分成单一组分了，那就是化学计量学中相对简单的问题了。当然还可作进一步的后续分析，如开展化学模式识别进行聚类、判别等或作多维定量构效关系研究以指导定向合成等。 化学计量学对分析仪器研发的启示 　　吴海龙教授认为：分析方法的建立和分析仪器的发展是紧密相关的，分析仪器的研发过程，不仅仅是单个方法的建立，而是一个系统分析策略的构建过程。我们希望通过化学计量学研究，创新分析化学方法学，设计出“傻瓜”式实用分析仪器，让医学、环境、食品安全等用户得到最大的便利。 　　化学计量学中的“数学分离”思想可在一定程度、一定范围内代替“物理或化学分离” 　　分析化学的发展本身就和分析仪器紧密相连，吴海龙教授介绍到，分析化学如果只是单纯发展方法的话，不会有现在这么大的影响力。一个分析方法建立之后，可以用仪器的方式将其固定下来，并且可以将方法标准中的很多步骤简略掉，最终形成一个简便、完整的解决方案。如何完成这样一个过程，这里面就存在一个发展分析战略的问题，也就是方法学。 　　吴海龙教授介绍说：通俗地来讲，化学计量学的“功效”就是它可以解决长期以来传统仪器及分析方法难以解决的共存物质基体干扰及“分离”问题。物质分离的过程是从复杂体系到单一组分，但是复杂体系包含的物质成分往往很多，分离体系本身的容量又很有限，所以经常有相当一部分组分分不开，最后从仪器上获得的信号是重叠的、复杂的，化学计量学在怎样分开这些组分方面就表现出了很重要的应用价值。 　　化学计量学的一个基本功能是“数学分离”。所谓“数学分离”，是指利用数学方法处理复杂体系的复合响应信号，可以根据物质之间的相关性、相互作用或线性加和性等，将复杂体系通过计算机快速“数学分离”成单组分，然后进一步进行各组分定性和定量分析，从而达到与先分离后分析相同的效果。这一过程，又可称作“数学分离”过程。吴海龙教授指出，分析仪器的发展需要方法学上的思路创新，“数学分离”可以成为研发分析仪器的创新点。 　　“数学分离”一般需要基于三维及以上数阵分析，利用“数学分离”与现代多通道测试手段相结合，可以研发系列新型分析仪器。将化学计量学中多维数阵分析方法与高维分析仪器相结合可以为环境、生命等科学中的复杂问题提供有效的解决方法。吴海龙教授谈到：最近十多年来，我们综合利用现代分离分析技术，在化学计量学前沿基础研究中已经取得了较系统、深入的创新性成果，打开了现代分析科学中三维数阵分析理论及应用研究的新局面，拓展了化学计量学的研究及应用领域，实现了以“数学分离”部分甚至全部代替“物理和化学分离”，开发了相应仪器装置及软件，可用于复杂体系中干扰物共存下多组分同时定量分析(多维校正)和化学动力学过程解析等实际复杂分析难题的解决。这也是我们现阶段的努力目标。 　　化学计量学注重分析策略的研究，“傻瓜”式分析量测仪器有望面市 　　吴海龙教授介绍说，在分析仪器的研发设计时，获得单变量响应值的仪器相对简单些，获得多维响应数阵的分析仪器或联用仪器相对复杂些。威力强大的复杂仪器一方面要根据分析方法的思路来设计，另一方面，其产生的数据相对来说信息量丰富，当然同时也是很复杂的，要用化学计量学方法将其进一步细化，然后简单化、信息化。 　　化学计量学的侧重点在于分析策略的研究，如果分析策略没想明白，即使其中具体的个别环节很好解决了，最后整体来看还是没什么用的。采样、样品的预处理以及之后的分析检测等整个过程就是一个系统工程，所需的全程控制就涉及系统分析策略问题。 　　吴海龙教授介绍到：用化学计量学的思路来研发仪器，可以省钱、省劳力、提高效益，同时可以使用户得到最大的便利。仪器公司单靠生产传统的仪器获利毕竟有限，他们必须清晰地知道分析仪器的用途，仪器之间、仪器与方法之间如何紧密结合才能达到好的分析效果，了解这些之后研发的仪器才能得到用户的“青睐”。 所以，仪器研制人员都应该来了解一下化学计量学的原理及解决问题的思路。例如，通过化学计量学可以最大限度地获取光谱数据中的有用信息。在仪器的研发过程中将化学计量学和分析仪器如三维荧光等结合在一起，就可以解决很多实际问题，同时也可以使仪器本身迅速增值很多。 　　分析仪器的智能化将是21世纪分析化学发展的重要趋势。化学计量学方法是新一代分析仪器智能化的关键构件，应予充分重视。吴海龙教授特别提到，这是俞汝勤院士多年来的殷切企盼。我们的设想就是能设计出“傻瓜”式分析仪器，如同“傻瓜”相机一样。只要仪器足够方便、足够智能，作为用户不一定要知道其中的原理及数学分离过程，只要按照操作步骤操作就可以实现复杂分析对象直接快速的定量分析了。 　　吴海龙教授自信地说：我有一个梦想，就是分析仪器能获得一个什么样的复杂信号(电磁波)，我们就可以解决该体系相关的复杂分析问题。不过，要达成这样的目标，在仪器的研发方面就需要有很大的突破。首先，加快化学计量学的发展及应用可以带动分析仪器的研发。化学计量学的前沿研究需要多维响应信号，就必须改进量测仪器装置，完善仪器的配置；其次，分析仪器灵敏度是首先要解决的问题。由于灵敏度是整个仪器系统决定的，尤其是检测器。所以在仪器的研发时，对检测器灵敏度的要求是比较高的。 　　最后，吴海龙教授还特别强调化学计量学与分析仪器相结合在产业化方面目前也存在一定的困难： 　　一方面是国家标准的问题，目前，国家标准中指定的分析仪器往往很难改变；另一方面，仪器的生产厂商大都安于已有分析模式，对于新颖的分析仪器的应用前景往往“心有余悸”，所以仪器公司一般不太愿意去进行相应新颖分析仪器的研发。 　　“这样来说，作为开拓者，就要花很大的功夫去做，对于我自己来说，非常愿意为民族的分析仪器产业的振兴作出自己的应有贡献。所以在这些方面我们已做了很多的努力”。 　　采访编辑：叶 建 　　附录1：吴海龙教授个人简历 　　吴海龙，1961年生，浙江舟山定海人，理学博士、工学博士(日本)。湖南大学化学化工学院、化学生物传感与计量学国家重点实验室化学教授、博士生导师，分析化学国家重点学科建设责任人。任化学生物传感与计量学国家重点实验室(湖南大学)建设项目主要负责人、常务副主任(2001.10-2005.03, 正处级)、主任(2005.03-2009.12)、顾问(2010.01- )。兼任中国化学会有机分析专业委员会副主任委员、计算机化学专业委员会副主任委员、分析化学学科委员会委员(2006.01-2010.12)；中国仪器仪表学会分析仪器分会常务理事兼化学传感器专业委员会主任委员、近红外光谱专业委员会委员；中国机械工程学会理化检验分会副主任委员兼化学专业委员会主任委员、湖南省化学化工学会理事兼分析测试专业委员会主任委员等。任《分析化学》等八种学术期刊编委，任多个国家级、部省级重点实验室学术委员会委员。多次担任中国化学会年会化学信息学与化学计量学分会共同主席。 　　30年来，一直从事化学计量学、化学生物传感技术等方面的教学和科研工作，先后主持完成国家自然科学基金面上项目3项、国家973预研项目、教育部优秀青年教师资助计划项目等课题。目前主持国家教育部创新团队建设项目、国家自然科学基金面上项目，并协作主持国家973课题等。此外，还参研国家自然科学基金重点项目3项。在液膜pH化学传感器研制，稳健统计学新应用，多元校正基础理论及应用，三维数阵分析(秩估计、三线性分解、分解唯一性等)、二阶校正和二阶标准加入法、化学多维校正及多维标准加入分析法的基础理论及应用，三维图像处理、高维联用仪器数据预处理等方面，取得系列创新性成果。在Journal of Chromatography A、Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems、Journal of Chemometrics、Analytica Chimica Acta等期刊发表学术论文逾180篇，其中SCI论文逾130篇，被引用逾800篇次，正面他引逾600篇次。参编著学术书籍7本中8章节(约17万字)。指导培养博士研究生毕业11名、在学7名；指导培养硕士研究生毕业22名、在学22名。任俞汝勤院士学术小组组长逾10年。 　　曾应邀在清华大学、中科院长春应化所等单位作学术报告，应邀在IUPAC 2001年国际分析科学大会化学计量学分会(东京)、2004年亚洲化学计量学与生物信息学国际学术研讨会(上海)、2009 TRICAP(化学与心理学交叉领域三维数据分析方法国际前沿研讨会，西班牙)等国际会议作邀请报告。曾荣获2002年度湖南省科技进步一等奖和2003年度国家自然科学二等奖(均排名第三)、第四届湖南十大杰出青年科技创新奖(2006年)等，2007年被列入湖南省新世纪“121人才工程”第一层次人选。 　　附录2: 湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室 http://cbsc.hnu.cn/ 全国人大常委会副委员长路甬祥院士视察湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室

大家好，本周为大家分享一篇发表在Nature communications上的文章，FLASHIda enables intelligent data acquisition for top–down proteomics to boost proteoform identification counts [1]，文章的通讯作者是德国图宾根大学的Oliver Kohlbacher教授。自上而下蛋白质组学(TDP)能够对完整的proteoform进行全面和深入的分析，目前已广泛应用于生物医学研究领域。proteoform在不同的生物系统中具有高度异质性，proteoform水平的信息可以为了解生物生化功能或疾病表型提供重要的信息。近年来，随着TDP样品处理方法、分离技术、碎裂技术和生物信息学方法的进步，proteoform变得更容易被检测和表征。在复杂样本的大规模研究，如微生物或人类细胞裂解液中，proteoform的鉴定数量已达到4000-6000(对应500-1000个蛋白质)。在单次TDP实验中，在大肠杆菌裂解液中可以鉴定出约800种proteoform，在人脑样本中可以鉴定出约1800种proteoform。由于proteoform的多样性和复杂性，完整蛋白质的DDA采集是非常重要的。然而目前的仪器软件在DDA采集中实施的碎裂技术优化主要针对自下而上蛋白质组学(BUP)，而不是TDP。尽管这些方案在BUP研究中有效地捕获了各种高质量的肽段离子，但这些选择标准对于TDP中的proteoform离子选择并不是最优的。与BUP中的肽段离子相比，单个proteoform由于其高质量和高电荷会产生许多峰，Top-N采集往往会导致从一个丰度较高的proteoform中选择多个峰，而不是从多个不同的proteoform中进行选择，这会导致proteoform的覆盖率较低。此外，基于强度进行选择可能不会选到能产生多种独特片段的高质量前体。目前，大多数大规模TDP研究使用具有特定调优参数的DDA采集，例如，Top-N采用相对较低的N值(3-5)和相对较高的隔离窗口(1.2-15 Th，超宽隔离)。然而对所选前体离子的分析表明，对proteoform的选择依然不理想。因此，采用更智能的数据采集方式(Intelligent data acquisition，IDAs)是非常有必要的。本文中作者提出了一种用于TDP的基于机器学习的智能在线数据采集算法FLASHIda，该算法可以确保实时选择不同proteoform的高质量前体，最大化TDP中的proteoform覆盖。FLASHIda通过iAPI与tribrid Thermo Scientific质谱仪连接，允许对MS数据进行实时访问。在LC-MS运行期间，将实时去卷积算法和评估前体同位素质量的机器学习技术结合，非冗余选择高质量前体离子,从而提高蛋白质的覆盖率。FLASHIda流程如图1所示，该算法能在20毫秒内处理每个MS全扫描，并优化下一个采集周期，以最大限度地提高采集中的异型多样性。FLASHIda包括以下3个关键步骤，第一步是将输入的m/z-强度谱转换为mass-quality谱图，第二步是在转换谱图中选择前体离子，最大化唯一识别的proteoform离子数量，最后，动态确定每个选定质量的电荷态和隔离窗口大小，以尽量减少噪声或共洗脱的干扰。确定的隔离窗口m/z范围通过Thermo iAPI连接提供给仪器。　　图1.FLASHIda总览　　在对大肠杆菌裂解液的分析中，与标准DDA模式相比，FLASHIda在三分之一的仪器时间内将proteoform鉴定数量从800增加到1500，或产生几乎相同的鉴定数量。此外，FLASHIda能够灵敏地绘制翻译后修饰和检测化学加合物。作为仪器的软件扩展模块，FLASHIda可以方便地用于复杂样品的TDP研究，以提高proteoform的鉴定率。　　图2. Proteoform分析　　这项研究展示了IDA在TDP研究中的应用，目前作者依然在开发该算法的不同变体，用于靶向proteoform分析，深度表征，甚至从头测序。此外，由于FLASHIda能够选择无干扰的前体离子，因此它可以用于提高proteoform定量准确性。作者预计，未来在FLASHIda内开发的高级数据采集方法将有助于通过TDP探索proteoform的异质性。　　撰稿：张颖编辑：李惠琳　　原文：FLASHIda enables intelligent data acquisition for top–down proteomics to boost proteoform identification counts　　李惠琳课题组网址www.x-mol.com/groups/li_huilin 　　参考文献　　Jeong K, Babović M, Gorshkov V, Kim J, Jensen ON, Kohlbacher O. FLASHIda enables intelligent data acquisition for top-down proteomics to boost proteoform identification counts. Nat Commun. 2022 Jul 29 13(1):4407.

2024年9月9日上海 —— 布鲁克（北京）科技有限公司【以下简称“布鲁克”】与上海欧易生物医学科技有限公司旗下子公司上海鹿明生物科技有限公司【以下简称欧易生物质谱（鹿明生物）】在欧易生物上海总部举行战略合作签约仪式。布鲁克生命科学质谱全球商务副总裁Malte Dirks先生、布鲁克生命科学质谱亚太区商务副总裁 Shigeru Sakamoto先生、布鲁克中国区财务副总裁傅娆娆女士、布鲁克生命科学质谱中国区高级商务总监李剑峰先生、布鲁克中国区质谱服务总监史静伟先生、布鲁克生命科学质谱中国区销售总监陈姝含女士、布鲁克生命科学质谱中国区应用及战略市场经理刘先明先生。欧易生物质谱（鹿明生物）总经理舒烈波博士、欧易生物质谱（鹿明生物）运营总监付艳蕾博士、欧易生物质谱（鹿明生物）研发副总监陈晨博士、欧易生物企业发展部总监刘洋先生，共同出席本次签约仪式。签约仪式由欧易生物质谱（鹿明生物）运营总监付艳蕾博士主持。签约仪式开始前，双方公司高层进行亲切交谈，伴随欧易生物陆续引入timsTOF HT质谱仪，双方未来将进一步提升蛋白组学通量和服务。席间，欧易生物质谱（鹿明生物）总经理舒烈波博士就欧易生物质谱业务的情况展开介绍，双方就蛋白组学技术在行业的现状、长远发展，以及未来合作的方向进行深入探讨。布鲁克生命科学质谱全球商务副总裁Malte Dirks先生表示：“我们非常高兴这次与欧易生物的合作。布鲁克质谱一直秉承技术创新，持续开发满足客户和市场需求的质谱产品。timsTOF HT仪器全新的第四代TIMS-XR和更先进的数字转换技术，可以实现更宽的动态范围和更高的蛋白覆盖深度，结合timsTOF系列质谱久经市场考验的稳定性，完美贴合目前大队列样本分析需求。中国是布鲁克最重要的市场之一，客户对于仪器性能的挖掘给我留下了深刻印象。布鲁克将持续与欧易生物保持市场和技术方面的合作和沟通，提供先进的技术和优质的服务，助力欧易生物在科研领域取得更大的成就。”欧易生物质谱（鹿明生物）总经理舒烈波博士表示：“欧易生物秉持“硬数据、好服务”的理念，致力于创新多组学检测分析15年，并非常荣幸参与了以中国第一篇经典三组学论文和第一篇空间三组学论文为代表的众多创新研究工作。未来，随着研究转化时代的到来，稳定靠谱的高通量数据是组学检测的核心要求。因此我们也提出了“科学家都觉得靠谱”的口号并作为欧易人努力的方向。布鲁克公司作为全球知名的科学仪器供应商，为全球的多组学尤其是蛋白组研究提供了强劲动力。timsTOF HT质谱仪一如既往的稳定性和灵敏度，又极大地提高了检测通量。我们期待以此次双方建立“战略合作伙伴”关系为新的起点，未来与布鲁克公司协同创新，不断开发稳定靠谱，更适合队列研究和转化应用的蛋白组检测新方法，为中国乃至全球生命科学贡献靠谱力量。”会谈过后，布鲁克中国区财务副总裁傅娆娆女士与欧易生物质谱（鹿明生物）总经理舒烈波博士，代表双方进行签约仪式，欧易生物质谱（鹿明生物）总经理舒烈波博士与布鲁克生命科学质谱亚太区商务副总裁Shigeru Sakamoto先生进行揭牌仪式，并参观了欧易生物蛋白代谢平台实验室、以及高分辨质谱室。关于欧易欧易生物是一家致力于为生命科学研究提供多组学技术服务的检测机构，产品涵盖基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、生物信息学以及临床基因检测，秉承“以生物科技成就他人造福大众”的企业使命，用技术改变生活，用科技造福人类。关于布鲁克（Nasdaq: BRKR）布鲁克致力于让科学家能够取得突破性发现，并开发新的应用以提高人类生活质量。布鲁克的高性能科学仪器和高价值的分析和诊断解决方案使科学家能够探索分子、细胞和微观层面的生命和材料。凭借与客户的密切合作，布鲁克在生命科学分子研究、应用和制药应用以及显微镜、纳米分析和工业应用等领域实现了创新突破和生产力提升，并创造了诸多客户成功案例。近年来，布鲁克也成为细胞生物学、临床前成像、临床影像学和蛋白质组学研究、临床微生物学和分子病理学研究的高性能系统的提供者。

中国上海 - 2017年7月24日 - 由中国药学会主办、中国药学会生物药品与质量研究专业委员会承办、沃特世公司（Waters）协办的“第五届生物技术药物理化特性分析与质量研究技术研讨会”于2017年7月18 - 20日在辽宁本溪成功举办，这已是沃特世公司连续第五年支持该大会。来自中国食品药品检定研究院以及国内外生物医药行业的专家们带来了精彩的报告，吸引300余人参会。 研讨会现场 研讨会期间，沃特世美国总部应用科学家杜敏博士、亚太区总部应用科学家陈熙博士、沃特世中国信息学与法规遵从部门运营经理金勇先生、沃特世中国区解决方案中心王晖经理、信息学专家陈洪亮顾问与与会者围绕“生物制品药学研究及评价工作中所涉及的理化特性分析及质量控制”、“LC-MS检测技术在生物制药开发过程中的新应用”、“实验室信息化规划建设”等话题进行了深入探讨和交流，内容紧扣行业发展热点和实施限速点，并结合仪器现场演示实验呈现多关键质量属性同时监控策略的新颖培训，取得了与会代表的良好反响，并展示了沃特世务实的良好形象。 沃特世中国信息学与法规遵从部门运营经理金勇先生及美国总部应用科学家杜敏博士分享精彩报告 此外，美国TA仪器（沃特世公司全资子公司）也在大会上带来了其全新的Nano DSC差示扫描量热仪。该款产品可用于测定稀释溶液中蛋白质和其它大分子的热稳定性和热容，具有所需样品量少、低噪音、基线稳定的特点。 在7月18日下午同期举办的“第五届生物技术药物理化特性分析与质量研究技术研讨会会前应用培训班”上，来自沃特世的多位专家围绕“LC以及LC/MS分析工作中样品前处理”、“色谱柱选择和分析方法开发与优化”、“分析数据完整性法规要求与稽查热点”、“计算机化系统验证的要求”、“实验室数据管理的规划和设计方案”等话题与与会者进行了深度探讨。同时，多位沃特世资深应用科学家、信息学与法规遵从顾问还分享了最新研究成果和满足法规要求的最佳实践。 沃特世亚太区总部应用科学家陈熙博士及信息学专家陈洪亮顾问分享最新科研成果和法规实践 时值沃特世与大会并肩走过第五年，沃特世在会议期间还举办了包括“沃型沃秀”— 新型质谱ACQUITY QDa在生物制药中的特色应用现场演示、“汇聚分析先进技术”大型学术海报展示、打造领先应用培训平台 — 治疗性蛋白药物理化表征与质量研究联合培训中心课程咨询、“爱沃就跟沃走”幸运抽奖等纪念活动。 ACQUITY QDa是一款新型质谱检测器，可辅助高分辨质谱对蛋白药物分析表征，帮助提高生物制药分析工作效率、降低工艺监测成本、提高LC方法的灵敏度和数据结果的可靠性，在蛋白质、肽图分析、寡糖、吐温等定性定量分析工作中发挥了灵活互补的作用。 “沃型沃秀”— 新型质谱（ACQUITY QDa）在生物制药中的特色应用现场演示 沃特世中国生物制药市场高级经理宋兰坤女士在研讨会期间表示：“这是沃特世携手中国药学会、中国药学会生物药品与质量研究专业委员会共同走过的第五年，我们非常高兴可以见证新的历史机遇下中国生物技术药物蓬勃的发展势头。同时，我们也感到非常荣幸能够与中国药学会、中国药学会生物药品与质量研究专业委员一起共同为生物医药行业的同仁和专家们打造一个技术交流与学习平台，为中国生物医药行业带来全新的信息与视野，并推动学术交流繁荣发展。” 沃特世始终高度重视中国生物医药行业的发展，今年更是前所未有地将生物制药作为全球金牌项目加速驱动，全面增强了包括生物分离色谱产品、生物质谱解决方案、符合GxP法规要求的生物信息学软件方案及生物分离消耗品、全球服务系统在内的支持，获得了众多客户的认可和赞誉。同时，沃特世强大的应用支持团队也正在不断推出新的生物医药方案，引领行业创新与发展，并通过深入合作与技术交流，为中国生物医药行业的崛起和发展提供创新的技术和智力支持。 关于沃特世公司沃特世公司（纽约证券交易所代码：WAT）专注于为实验室相关机构开发和生产先进的分析和材料科学技术。50多年来，公司开发出一系列分离科学、实验室信息管理、质谱分析和热分析技术。

德国马普分子遗传学研究所和柏林夏洛蒂医科大学医学遗传学研究所的科学家们成功发明了一种新分析方法&mdash &mdash &ldquo 外显子组序列世系过滤法&rdquo (descent filtering of exome sequence)，该方法可以同时分析人类基因组的所有基因。 　　该方法首次应用于柏林一个家庭的三个孩子身上，他们患有罕见的智力缺陷遗传病&mdash &mdash 马布里综合症(Mabry Syndrome)。研究利用高通量测序方法从整个基因组找出了22000个基因，解码它们的序列并检查突变位点。最终，运用新的生物信息学分析方法，科学家将突变的数量限制到2个，而其中一个突变(PIGV突变)是最终导致马布里综合症发生的原因。马普分子遗传学研究所的Michal Ruth Schweiger形容这项工作就像&ldquo 大海捞针&rdquo 。PIGV基因发生了突变，导致某些蛋白质功能丧失，比如，使得碱性磷酸酶不能够与细胞膜表面结合。 　　相关论文发表在8月29日出版的《自然&mdash 遗传学》杂志上。这种新的基因组分析方法使得对极其罕见疾病中基因突变的鉴定成为可能，并向个性化的分子药物研发迈出了重要的一步。 　　相关方法：外显子组序列世系过滤法 　　完成人：斯蒂芬· 蒙德洛斯课题组 彼得· 罗宾逊课题组 　　实验室：德国马普分子遗传学研究所 柏林夏瑞蒂医科大学医学遗传学研究所 柏林-勃兰登堡再生疗法中心 荷兰圣&bull 瑞德邦德大学医学中心人类遗传学系 柏林夏瑞蒂医科大学医学免疫学研究所 日本大阪大学微生物疾病研究所免疫控制系 加拿大多伦多大学实验室医学与病理学系 澳大利亚悉尼大学分子与临床遗传学系

华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称&ldquo EMP&rdquo )，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 　　EMP将对来自全球的20万个样本进行环境DNA测序或者宏基因组测序，从而建立一个全球性的基因图谱，旨在全方位、系统性地研究全球范围内的微生物群落的功能及进化多样性，以便更好地造福社会及人类。参与该项目的主要单位有华大基因(BGI)、阿拉贡国立实验室、芝加哥大学、科罗拉多大学、劳伦斯· 伯克利国立实验室和美国基因能源联合研究所。 　　据介绍，与以往的微生物研究有所不同，该项目的研究对象不仅集中于海洋和人体环境中微生物群落，还包括土壤、空气、淡水生态系统等整个地球表面的绝大多数的微生物群落。 　　华大基因理事长、中国科学院院士杨焕明表示，&ldquo 我们非常荣幸能够作为主要参与者参加如此重要的研究项目。微生物对地球上所有的生命具有至关重要的作用，而我们对微生物的复杂性和多样性认识不足，征服这个未知的领域是非常有必要的。华大基因拥有国际先进水平的测序平台和强大的生物信息学分析能力，我们相信可以为促进人类对微生物群落重要性的了解贡献出价值和力量&rdquo 。 　　据悉，今年6月13日至15日，华大基因将联合EMP联盟在深圳共同举办第一届EMP大会。作为本次大会的主办方，华大基因将与来自各地的学者分享微生物学、微生物基因组学及相关生态、健康、医学、工业、农业等各领域最新的学术成果及应用前景。