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荧量基因分析仪

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荧量基因分析仪相关的论坛

  • ABI基因分析仪

    ABI基因分析仪是测什么的?它和[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]$$PCR[/color][/url]荧光定量有什么区别呢?

  • 食品分析仪器分析什么项目

    [font=-apple-system, BlinkMacSystemFont, &][color=#05073b][size=16px]  食品分析仪器分析什么项目,食品分析仪器主要用于对食品中的各种成分、添加剂、污染物等进行检测和分析,以确保食品的质量和安全。具体来说,食品分析仪器可以分析以下项目:  残留物质检测:  农药残留:检测蔬菜水果等食品中的农药残留量,确保食品中农药含量在安全范围内。  兽药残留:检测畜禽肉类食品中的兽药残留,如抗生素、激素等,以保障消费者健康。  重金属:检测食品中的重金属元素,如铅、汞、镉等,这些重金属对人体有害,需严格控制其含量。  营养成分分析:  分析食品中的蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素、矿物质等营养成分的含量,为消费者提供营养信息。  添加剂检测:  检测食品中是否添加了非法或过量的食品添加剂,如防腐剂、色素、香精等,以保障食品的合法性和安全性。  微生物检测:  检测食品中的细菌、霉菌、病毒等微生物的含量,确保食品在加工、储存、运输等过程中未受到微生物污染。  其他有害物质检测:  检测食品中的甲醛、二氧化硫、吊白块等有害化学物质,防止这些物质对人体造成危害。  物理性质分析:  分析食品的硬度、黏度、密度、水分含量等物理性质,以评估食品的品质和储存稳定性。  特定成分筛查:  如三聚氰胺、瘦肉精等特定成分的筛查,这些成分在食品中非法添加会对人体造成严重危害。  转基因成分检测:  检测食品中是否含有转基因成分,以满足消费者对转基因食品的知情权和选择权。  包装材料检测:  检测食品包装材料的成分、安全性以及是否符合相关标准,以确保包装材料不会对食品造成污染。  食品分析仪器在食品生产、加工、储存、运输、销售等各个环节中发挥着重要作用,通过快速、准确的检测和分析,可以及时发现并解决食品安全问题,保障消费者的饮食安全和健康。同时,食品分析仪器也是食品科学研究和技术创新的重要工具,为食品工业的发展提供了有力支持。  需要注意的是,不同类型的食品分析仪器具有不同的检测项目和应用范围,用户应根据实际需求选择合适的仪器进行检测。此外,随着科学技术的不断进步和食品安全标准的不断提高,食品分析仪器的检测项目和应用范围也在不断扩大和完善。[img=,690,690]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2024/07/202407101105331735_1341_6098850_3.jpg!w690x690.jpg[/img][/size][/color][/font]

  • 【求助】EN-500微量氧分析仪

    我公司有台上海英盛的EN-500微量氧分析仪,好像默认是测以氮为背景气的当中微量氧的分析,请问,可不可以用来测氩中氧的分析

  • 利用实时定量PCR分析基因相对表达量

    METHODS 25, 402–408 (2001)Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2-△△CT MethodKenneth J. Livak* and Thomas D. Schmittgen¶,1*Applied Biosystems, Foster City, California 94404; and ¶ Department of Pharmaceutical Sciences, College of Pharmacy,Washington State University, Pullman, Washington 99164-6534原文下载摘要:现在最常用的两种分析实时定量PCR 实验数据的方法是绝对定量和相对定量。绝对定量通过标准曲线计算起始模板的拷贝数;相对定量方法则是比较经过处理的样品和未经处理的样品目标转录本之间的表达差异。2-△△CT方法是实时定量PCR 实验中分析基因表达相对变化的一种简便方法,即相对定量的一种简便方法。本文介绍了该方法的推导,假设及其应用。另外,在本文中我们还介绍了两种2-△△CT衍生方法的推导和应用,它们在实时定量 PCR 数据分析中可能会被用到。关键词:反转录PCR 定量PCR 相对定量 实时PCR Taqman反转录 PCR (RT-PCR )是基因表达定量非常有用的一种方法(1 - 3 )。实时PCR 技术和RT-PCR 的结合产生了反转录定量 PCR 技术(4 ,5 )。实时定量 PCR 的数据分析方法有两种:绝对定量和相对定量。绝对定量一般通过定量标准曲线来确定我们所感兴趣的转录本的拷贝数;相对定量方法则是用来确定经过不同处理的样品目标转录本之间的表达差异或是目标转录本在不同时相的表达差异。绝对定量通常在需要确定转录本绝对拷贝数的条件下使用。通过实时 PCR 进行绝对定量已有多篇报道(6 - 9 ),包括已发表的两篇研究论文(10,11 )。在有些情况下,并不需要对转录本进行绝对定量,只需要给出相对基因表达差异即可。显然,我们说 X 基因在经过某种处理後表达量增加 2.5 倍比说该基因的表达从1000 拷贝/ 细胞增加到2500 拷贝/ 细胞更加直观。用实时PCR 对基因表达进行相对定量分析需要特殊的公式、假设以及对这些假设的验证。2-△△CT方法可用于定量PCR 实验来计算基因表达的相对变化:2-△△CT公式的推导,以及实验设计,有效性评估在Applied Biosystems User Bulletin No.2(P/N4303859)中有介绍。用2-△△CT方法分析基因表达数据在文献中也有报道(5,6)。本文介绍了该方法的推导、假设以及应用。另外,本文还介绍了2-△△CT两种衍生方法的推导和应用,它们在实时定量PCR 数据分析中都可能被用到。1. 2-△△CT方法1.1. 2-△△CT方法的推导PCR 指数扩增的公式是:http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054042.jpg这里,Xn 是第 n 个循环後目标分子数,X0 是初始目标分子数,Ex 是目标分子扩增效率,n 是循环数,C T 代表目标扩增产物达到设定阈值所经历的循环数。因此:http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054008.jpgX T 是目标分子达到设定的阈值时的分子数。C T,X 是目标分子扩增达到阈值时的循环数。Kx 是一个常数。对于内参反应而言,也有同样的公式:http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054009.jpg用XT 除以RT 得到:http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054010.jpg对于使用 Taqman 探针的实时扩增而言, XT 和 RT 的值由一系列因素决定:包括探针所带的荧光报导基团、探针序列对探针荧光特性的影响、探针的水解效率和纯度以及荧光阈值的设定。因此常数K 并不一定等于1 。假设目标序列与内参序列扩增效率相同:http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054011.jpg http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054018.jpg或:http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054019.jpgXN 代表经过均一化处理过的初始目标分子量;△CT表示目标基因和内标基因CT值的差异(CT,X-CT,R )整理上式得:http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054020.jpg最后用任一样本q 的XN 除以参照因子(calibrator, cb)的XN得到:http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054021.jpg在这里http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054023.jpg对于一个少于150bp 的扩增片断而言,如果 Mg2+ 浓度、引物都进行了适当的优化,扩增效率接近于1 。因此目标序列的量通过内均一化处理之后相对于参照因子而言就是http://tong.dxy.cn/upload/asset/2008/11/10/1226054022.jpg

  • 【分享】在线分析仪表应注意的问题

    在线分析仪表应注意的问题在线分析仪表分析滞后总时间一般不大于60s。在一些特殊场合或闭环回路,滞后要求更短;为了缩短滞后时间,管线敷设尽量走直线,避免直角、锐角。管内径增大一倍,滞后时间增大四倍,原则上管内径应在6—10mm之间。样品线速度不得低于1.5—2.5m/s。滞后时间和压头、样品属性、管长、管内壁粗糙度、预处理部件容积、死体积大小等有关。滞后时间达不到要求时,预处理部件的容积要尽量缩小,并尽可能减小死空间,在使用中可适当加大预处理系统旁路放空量。

  • 元素分析仪主要作用是什么?

    元素分析仪 守护您的爱“可怜天下父母心”,婴儿的大脑发育是由哪些要素决定的呢?是先天的?还是后天的?是按照固定的模式呢?还是有千差万别呢?父母们越来越关心孩子的智力发育,都希望自己的孩子聪明绝顶。但面对失望,父母大多归于没有遗传好的基因,其实大脑的发育是受很多因素影响的,遗传仅仅是一个侧面。我们应该用科学的态度来对待孩子的智力发育,要靠元素分析仪来解答。可以说,元素分析仪是一门高深的学科。而2009(第六届)中国通用分析仪器及实验室装备采购会(红方块科博会)就解开了人们心中的疑问并为广大需求者提供了平台,借此,参加过红方块科博会专业人士表示:微量元素与人体健康的密切关系是当今国际科学界引人瞩目的崭新领域。它们的摄入过量、不足、或缺乏都会不同程度地引起人体生理的异常或发生疾病。微量元素最突出的作用是与生命活力息息相关,仅仅像火柴头那样大小或更少的量就能发挥巨大的生理作用。所谓微量元素,在环境地球化学中,是指仅占地球组成部分的0.01%的60余种元素,它们的含量一般在1×10-8~1×10-88之间。在医学领域,从人体的结构来看,占人体总重量万分之一以下者即为微量元素。 而对这些细小的元素的分析无不依赖于元素分析仪。在红方块科博会上的展出的元素分析仪就备受瞩目,以KRX-BS系列元素分析仪为例,是由光源,光电转换器件,电信号微机处理.运算放大,数字显示,打印结果,几大部分组成。它是将每种元素经过化学试剂处理,发出特定的颜色,按比利定律在仪器上比色,形成信号电压而得出分析结果的,操作十分简单。 元素分析仪宇宙间一切物质都由化学元素组成,人体也不例外。化学元素不仅是组成人体的基本要素,而且在人体生长、发育、疾病、衰老、死亡中起着十分重要的作用。这个世纪是生命科学的世纪,作为医学,长期以来的任务是防病治病。所以元素分析仪是医院、妇幼保健院、卫生防疫站、质检所、环保、高校及科研部门的首选。 相关信息:中国通用分析仪器及实验室设备采购会http://www.hfk99.com/service/expo/detail/758.html中国科学仪器博览会唯一官方网站:www.hfkkj.com2012中国科学仪器博览会http://www.hongfangkuai.com/plus/view.php?aid=2702

  • 【资料】微量氧分析仪

    [center]微量氧气分析的理想选择 T10便携式/台式微量氧分析仪[/center]美国EXT公司的T10便携式微量氧分析仪采用最新技术的微量氧气分析技术,独特的一体化样品处理、调节、检测的气路设计,使您能够快速准确的得到您想要的氧气含量数据,有效控制您的产品品质!适合应用的气体领域氢气、氮气、氩气、氦气中微量氧气分析空分制氮、化工流程微量氧气热处理炉和电子行业中微量氧气分析各种工业气体、高纯气体及干燥压缩空气中的氧气含量分析独特优点传感器完全免维护传感器反应快速,寿命超长更换传感器非常方便校正简单,快速内置充电电池和外部220V电源供应,适合各种场合使用牢固的结构,结实耐用仪器提手,适合携带

  • 【求助】微量氧分析仪

    今天遇到一台SYSTECH 911微量氧分析仪这样的现象:通高纯氮半小时示值零点零三,通10ppm标准气四小时示值十七,且变化缓慢,电池寿命80%,才用半年,请大家帮忙分析分析,谢谢

  • 微量氧分析仪

    公司一个项目,试验一台微量氧传感器,(传感器型号美国Southland的TO2-1),量程为0~500ppm,有一个问题请教各位,分析仪通氮气,数值下降到零后,关闭传感器前端和后端的阀门,理论上将,传感器气室内还是氮气,分析仪应该维持在零点左右。但实际上数值是一直在上涨的。我已经检查过气路的气密性了,没有问题。我不要求数值一直维持在零点左右,至少要维持一段时间吧小弟以前没搞过微量氧,不知道这种情况是不是正常的。

  • 【求助】微量氢分析仪

    工作中常遇到微量氢(ppm级)的检测,是否有微量氢分析仪,还是其它色谱方法。如有了解的朋友请帮忙,谢谢!

  • 【盘点】:分析仪器行业的突破

    《科学》杂志盘点了2013年那些领跑科学的十大重要突破。分别为:癌症免疫疗法、大众基因显微手术、脑成像技术、人体胚胎克隆、迷你器官、宇宙射线的来源、太阳能新星、为什么睡觉、微生物与健康、疫苗设计那么各位常常在实验室中的朋友,你们认为2013分析仪器界的突破又有哪些呢?从新的仪器技术到新的试验方法,都可以说说欢迎大家讨论,一起来盘点一下分析仪器界都有哪些突破

  • 生化分析仪进样量问题

    我们实验室使用生化分析仪测量发酵液的参数,可是有时候进样量特别少,都不足0.5毫升,洗了也不大管用,有遇到过这样的问题的吗?

  • 请教碳硫分析仪检测铁水中痕量S的疑惑

    大家好,因实验需要,最近采用碳硫分析仪检测铁水中的S含量(铁水中的碳含量为4.2%),试样中的硫含量很低,只有1ppm到10ppm之间。另因试样太硬,因此在钻屑取样前进行了退火处理,然后采用不锈钢标样(C含量为0.08%,S含量为4ppm)进行分析,检测的结果为16个ppm。采用另外一台碳硫仪再次分析,同样的试样采用S含量为19ppm的标样(具体C含量不明)时,检测出的S含量只有2ppm,因此很迷惑,特请教(1)铁水样退火处理(空气,900℃,2h,去掉氧化层)后钻屑取样是否会影响最终S含量的分析结果(2)不同碳含量或不同S含量的标样是否会影响最终的检测结果,原因是什么(3)采用X荧光分析检测这个试样中的S含量是否可行(标样中的S含量为20ppm),采用X荧光分析主要是考虑容易制样和检测速度较快(生产中用)?由于本人对碳硫仪检测了解的较少,望大家不吝指教,谢谢。

  • 【求购】求购一台适合工业氢气和纯氢检验的微量氧分析仪

    本公司现因生产需要需要购置一台适合工业氢气和纯氢检验的微量氧分析仪。要求:1、适合2006年氢气标准中规定的微量氧分析仪。2、同时适合纯氢中微量氧分析。3、测量范围应包括:0-20PPm, 0-200PPM, 0-2000ppm多档次的测量范围。4、仪器可以是便携式。联系电话:020-85540680 生产技术部 黄经理邮箱:HGM1964@YAHOO.COM.CN公司名称:广州昊天化学(集团)有限公司

  • 矢量信号分析仪的工作原理和重要特点

    矢量信号分析仪是一台针对数字调制射频信号测试而设计的高性能信号分析仪,拥有频谱分析、时序测量、调制准确度测量等几方面的能力,并具有灵敏度高、动态范围大、解调剩余误差小等特点,矢量信号分析仪可以满足用户对各种复杂数字调制信号的测试,为数字无线通信设备提供完整的测量解决方案。 矢量信号分析仪具有高性能频谱分析;针对各种通用格式数字调制信号的矢量信号分析;灵活多样的数字解调参数设置;显示眼图、星座图、矢量图、相位轨迹图、码流表;全中文操作界面、中文提示信息;测量图形、轨迹、数据存储和打印;接口包括GPIB、USB、打印接口等特点。

  • 食品安全分析仪可以检测什么

    [size=16px]  山东云唐生产的食品安全综合分析仪,采用多功能集成、箱仪一体化设计,以高强度安全防护箱为载体,内部集成多个检测功能,适用于食药监局、卫生部门、高教院校、科研院所、农业农村局、食品深加工企业及检验检疫部门等单位。  食品安全分析仪是一种用于检测食品样品中各种化学、物理和微生物指标的仪器。它可以用于确保食品的质量和安全,防止食品中的有害物质、污染物和微生物对人体健康造成危害。以下是食品安全分析仪可以检测的一些方面:  化学成分分析: 食品安全分析仪可以分析食品样品中的营养成分、添加剂、残留农药、重金属、污染物、食品中的化学反应产物等。  微生物污染: 这类仪器可以检测食品中的细菌、霉菌、病毒等微生物污染。例如,检测食品中的致病菌(如大肠杆菌、沙门氏菌)、霉菌毒素等。  致敏物质: 食品安全分析仪可以检测食品中可能引起过敏反应的物质,如花生、坚果、鸡蛋、牛奶等过敏原。  食品质量评估: 分析仪还可以评估食品的质量特征,如口感、颜色、气味等,以确保食品在储存和运输过程中没有发生质量变化。  食品真实性鉴定: 食品安全分析仪可以用于检测食品的真实性,以防止食品的伪造和欺诈行为。例如,检测酒类、橄榄油等是否掺假。  新型食品成分: 对于新型食品(如基因改良食品、植物提取物等),分析仪可以帮助鉴定其成分和特性。  食品加工过程监控: 在食品生产过程中,分析仪可以监控和控制各种因素,确保产品符合质量和安全标准。[/size]

  • 【求购】求购适合工业氢气和纯氢检验的微量氧分析仪

    本公司现因生产需要需要购置一台适合工业氢气和纯氢检验的微量氧分析仪。要求:1、适合2006年氢气标准中规定的微量氧分析仪。 2、同时适合纯氢中微量氧分析。 3、测量范围应包括:0-20PPm, 0-200PPM, 0-2000ppm多档次的测量范围。 4、仪器可以是便携式。 联系电话:020-85540680 生产技术部 黄经理 邮箱:HGM1964@YAHOO.COM.CN 公司名称:广州昊天化学(集团)有限公司

  • 购买ONH分析仪、CS分析仪、ICP光谱仪的注意事项有哪些?

    公司因业务需要最近要组建一个测试中心,暂时计划买ONH分析仪、CS分析仪、ICP光谱仪三台仪器。请问各位前辈这些仪器比较有名靠谱的品牌有哪些?ONH分析仪、ICP光谱仪想购买进口的,CS分析仪想购买国内的。请大家分别推荐一下。另外,购买这些仪器时分别应注意哪些事项,比如一些技术参数,或者哪些部件容易出故障,还有售后什么的,请有经验的前辈们多多指教啊。我们公司还想检测钛粉里微量的氩气杂质,不知道有什么仪器可以检测,请大家帮帮忙哈。

  • 微量氮分析仪怎么校准

    各位老师, 现在有一台微量氮分析仪,是分析氩气中氮含量的,想请教一下有什么规范进行校准呢?

  • 煤气在线分析仪的工作原理图

    监测目的:冶炼产生的烟气中含CO,CO2,N2,O2等成分,通过煤气分析仪将烟气中的CO,CO2,O2等含量分析出来,再选择C0含量、02含量合格的烟气进行回收利用,将大大降低冶炼的成本。 分析仪组成:煤气分析仪系统一般由取样单元、气体处理单元、气体分析仪、标校单元、反吹单元、PLC控制单元组成。 工作原理:样气从采样探头进来后分2个支管,一支到放散管路,另一支经过采样泵、过滤器、冷却器,然后分两路分别进人氧气分析仪及红外分析仪,出来的气体经过缓冲罐后进行放散。 红外分析仪用来分析C0、C02的成分。氧分析仪采用磁力机械式原理。 煤气分析仪维护要点:1) 排水:每天检查冷凝器、汽水分离器、排水蠕动泵的状态,确保流量计内无积水,如有积水应查明原因并排除;2) 流量调整:进人分析仪的流量确保在1L/min,放散流量计的流量等于泵的额定流量减去进人分析仪的流量;3) 探头:每2个月对探头不锈钢烧结滤芯进行清洗,并对采集管进行清灰除尘;4) 滤芯、滤纸更换:雾过滤器滤芯应2月更换一次,高分子薄膜过滤器滤纸每周更换一次;5) 标定:每3个月对氧分析仪和红外线分析仪进行一次标定。

  • 购买ONH分析仪、CS分析仪、ICP光谱仪的注意事项有哪些?

    公司因业务需要最近要组建一个测试中心,暂时计划买ONH分析仪、CS分析仪、ICP光谱仪三台仪器。请问各位前辈这些仪器比较有名靠谱的品牌有哪些?ONH分析仪、ICP光谱仪想购买进口的,CS分析仪想购买国内的。请大家分别推荐一下。另外,购买这些仪器时分别应注意哪些事项,比如一些技术参数,或者哪些部件容易出故障,还有售后什么的,请有经验的前辈们多多指教啊。我们公司还想检测钛粉里微量的氩气杂质,不知道有什么仪器可以检测,请大家帮帮忙哈。

  • 【求助】关于英格海德产品 智能重量分析仪IGA产品

    各位老师:有谁用过英格海德智能重量分析仪IGA002,它的优点是什么,价格如何?好像美国也有一样的功能产品再实现高压和低压吸附。!(蒸气扩散系数和扩散的活化能)是哪个厂家的产品,价格又如何?二者比较一下,不盛感激

  • 空分停开车时,微量分析仪表的处理

    A;空分停车时,为了: 1;保护传感器,如微量氧的,要保护电池; 2;使开车时很快投入运行。 请问您对空分中的微量氧,微量水,微量氮分析仪表采取措施了吗? B;空分开车时,为了: 使微量分析仪表很快投入运行,并迅速反映当前工艺参数值。 请问您对空分中的微量氧,微量水,微量氮分析仪表采取措施了吗? 如果有,请大家说出自己的措施。最好包括仪表型号。

  • 远志bZIP基因家族的鉴定及表达分析

    远志系陕西道地药材,是“秦药”大宗道地药材品种之一[1]。《中国药典》2020年版所收载的远志为远志科(Polygalaceae)植物远志Polygala tenuifolia Willd.或卵叶远志P. sbirica L.的干燥根[2],具有镇静安神、祛痰开窍、解毒消肿等功效[3]。现代研究表明,远志的主要活性成分有皂苷类、寡糖酯类、酮类等,具有抗记忆障碍、保护中枢神经系统、抗抑郁、抗心肌缺血和抗肿瘤等作用[4]。目前,关于远志的研究多集中于含量研究[5]、活性测定[6]、遗传多样性分析等[7]。随着分子生药学的发展,对药用植物相关活性成分生物合成途径相关调控基因、转录因子的挖掘已成为研究热点,基因组学、转录组学等技术在远志上的成功应用,也为远志基因家族的筛选、鉴定与分析提供了技术支撑和数据基础[8]。 碱性亮氨酸拉链(bZIP)基因家族作为真核生物中转录网络的重要开关,是植物中最大的转录因子家族之一。bZIP结构域由两个区域组成,即DNA结合基本区和亮氨酸拉链区[9]。bZIP基因家族成员通过差异基因网络或生物过程,在调节植物发育、生长以及盐胁迫响应等方面发挥着重要作用[10]。研究表明,拟南芥Arabidopsis thaliana L.、番茄Solanum lycopersicum L.、黄瓜Cucumis sativus L.、李子Prunus salicina L.和蓖麻Ricinus communisL.等多种植物中的bZIP参与调控组织分化、细胞生长、糖代谢、生物和非生物胁迫等多个生物学过程[11-12]。bZIP基因家族成员还参与多种药用植物次生代谢产物合成调控,如丹参Salvia miltiorrhiza Bunge.的SmbZIP1基因可抑制丹参酮的积累,大豆Glycine max (Linn.) Merr.的GmbZIP123基因则参与大豆种子脂质积累的调控[13]。同时,bZIP表达受外源激素和胁迫诱导,壳聚糖处理葡萄Vitis vinifera L.12 h下,其VvLysM8和VvLysM9基因表达量显著提高[14],糜子Panicum miliaceum L.中的PmbZIP97不仅受到脱落酸(abscisic acid,ABA)、盐和干旱胁迫强烈诱导且参与调控萌发后的根系生长[15]。 本实验利用远志三代转录组数据,以bZIP基因家族为研究对象,对其基因家族进行成员鉴定和生物信息学分析,并确定其在远志中的结构特点与进化特征,进一步通过实时荧光定量分析其在不同组织、不同处理条件下的表达模式,为后续深入研究bZIP的生物学功能奠定基础,同时为bZIP家族可能参与远志次生代谢成分生物合成途径研究提供思路。 1 材料及仪器1.1 材料2021年10月于陕西中医药大学药用植物园(陕西咸阳)采集3年生远志Polygala tenuifolia Willd.及其成熟种子,经陕西中医药大学杨新杰副教授鉴定。选取5株三年生长势均匀的远志植株,将根、茎、叶等量混合后进行全长转录组测序分析。1.2 试剂及仪器ABA、壳聚糖(chitosan,CHT)均购自上海源叶生物科技有限公司,Trizol总RNA提取试剂盒、dd H2O均购自生工生物工程(上海)股份有限公司,TB Green® Premix ExTaqTM Ⅱ (TliRNaseH Plus)、PrimeScriptTM Ⅱ 1st strand cDNA Synthesis Kit购自TaKaRa公司(日本),所用引物由武汉金开瑞生物公司合成。StepOnePlusTM Real-Time PCR(qPCR)仪(美国Applied Biosystems公司),NanoDropTM 2000分光光度计(美国Thermo-fisher公司),K5800自动检测超微量分光光度计(凯奥公司),?80 ℃超低温冰箱(中科美菱公司)。 2 方法2.1 样品的处理选择大小均一,颗粒饱满的远志种子,用自来水冲洗1 d,10%双氧水消毒,播种于装有泥炭土的花盆中,在光周期16/8 h,光照强度9 000 Lx条件培养[16]。选取长势均一的2月幼苗,喷200 μmol/L ABA、200 μmol/L CTS,干旱(10% PEG 6000)、盐(100 mmol/L NaCl)20 mL,以无菌水作为对照组;以0 h为空白对照,重复3次,6、12、24和48 h取样处理(3株),于?80 ℃冰箱储存,采用PacBio Seque Ⅲ进行上机测序,获得远志全长转录组学文库[17]。2.2 远志bZIP家族基因鉴定及理化性质分析基于远志转录组数据库,筛选出注释结果为bZIP的序列,将序列gene id对应的fasta结果输入editseq软件,进一步获得具有完整开放阅读框(open reading frame,ORF)的基因,通过NCBI中的BlastX进行比对与鉴定。Protparam分析目标蛋白的理化性质,ProtScale预测不同氨基酸中的蛋白亲疏水性[18]。2.3 远志bZIP家族基因二级结构、信号肽、跨膜结构及亚细胞定位分析用ExPASy分析基因编码蛋白质的结构域,CDD验证;ProtParam和SOPMA分析远志bZIP转录因子的二级结构;SignalP-5.0和TMHMM预测信号肽和跨膜区域;WoLF PSORT预测亚细胞定位[19]。2.4 远志bZIP家族基因进化树构建从Tair网站下载拟南芥蛋白序列,通过MEGA软件对远志、拟南芥bZIP氨基酸序列进行多序列比对,利用MEGA的最大自然法构建系统发育树,重复次数设置为1 000次[20]。2.5 远志bZIP家族基因密码子偏好性分析及蛋白互作预测分析采用CodonW、CUSP和Chips分析密码子偏好性。蛋白互作预测分析利用STRING进行,并以拟南芥筛选其同源基因后,通过Cytoscape 3.9.0软件作图。2.6 远志bZIP家族基因蛋白特征、保守基序分析及不同组织表达量热图通过chiplot分析bZIP蛋白的结构域,MEME获得bZIP蛋白的保守氨基酸基序,并用TBtools进行可视化,Weblogo分析蛋白序列位点。利用诺禾云平台将转录组数据库中27个PtbZIP基因在远志根、茎、叶3个部位的差异表达数据进行层级聚类分析。2.7 远志bZIP家族基因表达模式验证与分析Trizol法提取各样品总RNA,凝胶电泳检测后测定总RNA浓度。使用Prime Script TM II 1st strand cDNA Synthesis Kit合成cDNA,检测浓度后于?20 ℃保存备用。设计荧光定量引物,并送生工生物工程(上海)股份有限公司合成。以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(F:5’-ACAGCAACGTGCTTCTCACC-3’,R:5’-CCCTTCATCCACCACCGACTA-3’)为内参基因,验证PtbZIP26(F:5’-GCACTGATGG- GAAGGCTGAA-3’,R:5’-GATTGCCCAACAC- TTGAGGG-3’)、PtbZIP27(F:5’-GTCGGATGGT- AGTGAACGGG-3’,R:5’-CACCATTTCCCGAAC- CCTGA-3’)在不同部位样本中的表达量。选择表达量较高的PtbZIP26进行不同激素、胁迫处理下的表达量分析。qRT-PCR反应体系为TB Green Premix Ex Taq Ⅱ(2×)5.0 μL;上下游引物各0.4 μL;50×ROX Reference Dye 0.2 μL,cDNA 1.0 μL;ddH2O 3.0 μL。PCR反应程序参照TB Green Premix Ex Taq Ⅱ试剂说明书进行,每个反应重复3次。基因相对表达量采用2?ΔΔCt法计算,SPSS 27.0统计分析。 3 结果与分析3.1 远志bZIP基因家族成员的鉴定和蛋白理化性质分析基于远志全长转录组数据库,共筛选得到63个注释为bZIP基因的序列ID,进一步分析后获得39个包含完整ORF的序列。整理ORF差异位点并合并重复,最终得到27个全长bZIP转录因子,编号PtbZIP1~PtbZIP27(表1)。该转录因子的氨基酸个数143~846,相对分子质量介于16 201.52~92 932.3,等电点4.59~9.69。除PtbZIP1和PtbZIP22的不稳定指数小于40,系稳定蛋白质外,其余PtbZIP均为不稳定蛋白。bZIP基因家族脂肪系数介于48.31~92.66,所有bZIP蛋白的平均亲水性数值是负值,为亲水性蛋白。图片3.2 远志bZIP基因家族成员的二级结构、信号肽、跨膜结构及亚细胞定位分析二级结构分析结果(表2)表明,远志bZIP家族蛋白均具有α螺旋、延伸链、β转角和无规卷曲,主要由α螺旋和无规卷曲构成,延伸链和β-折叠所占比例较小,散布于整个蛋白中。SignalP-5.0和TMHMM在线分析结果一致,所有远志bZIP蛋白信号肽分值都低于0.5,说明其均无信号肽,不属于分泌蛋白。跨膜结构域分析则显示,仅PtbZIP9和PtbZIP13有跨膜结构域。亚细胞定位结果表明,远志bZIP家族成员主要定位在细胞核。图片3.3 远志bZIP基因家族成员系统进化分析利用MEGA7.0构建远志与拟南芥bZIP转录因子家族系统进化树。结果表明,27个PtbZIP蛋白分为A、B、C、D、F、G、I、S 8个组,没有bZIP蛋白分到E和K组中。其中G是最大的1个亚组,含有PtbZIP家族成员共8个,占总数的29.63%;A、F、I和S组均含3个PtbZIP家族成员,B组含2个PtbZIP家族成员,C组含1个PtbZIP家族成员,D组含4个PtbZIP家族成员(图1)。图片3.4 远志bZIP基因家族成员蛋白结构域分析BRLZ、MFMR和DOG1为bZIP蛋白中的常见结构域,BRLZ参与调控果生炭疽菌的营养生长,MFMR涉及蛋白与蛋白之间的相互作用,DOG1则与种子休眠相关[21-22]。远志bZIP的结构域分析结果表明:10个蛋白存在BRLZ结构域,9个蛋白存在MFMR结构,6个蛋白存在DOG1结构域(图2)。PtbZIP3和PtbZIP13含有大小相近的CCDC 158 superfamily,PtbZIP26、PtbZIP21和PtbZIP5则均含有BRLZ、MFMR及homeobox结构,结合进化树结果可知PtbZIP3和PtbZIP13聚在一起,PtbZIP26、PtbZIP21和PtbZIP5三者亲缘关系较近。图片3.5 远志bZIP基因家族成员保守基序分析利用MEME对远志27个bZIP蛋白序列进行保守基序分析的结果显示,不同bZIP转录因子基因包含的保守元件数量及种类存在差异,其中bZIP14基因包含的保守元件数量最少(2个),bZIP18/25基因包含的保守元件数量最多(11个),说明bZIP成员具有功能冗余现象,也具有功能差异性(图3)。图片bZIP蛋白结合位点序列分析结果表明,bZIP转录因子的每个重复结构域约为65 aa,均含有1个保守的bZIP结构域,其中N端一般具有高度保守的N-X7-R蛋白基序和碱性亮氨酸区域(图4)。图片3.6 远志bZIP基因家族成员密码子偏好性分析密码子可用来推断基因组内部或基因组之间的进化关系,而不同种类或同一种类的基因对密码子使用有不同的偏好模式[23]。由bZIP基因家族中的27条核苷酸序列中密码子GC的总含量(GC)以及同义密码子第1位(GC1s)、第2位(GC2s)、第3位的(GC3s)的GC含量分析结果可知:27条PtbZIP基因序列的GC1s、GC2s和GC3s的均值分别为52.24%、44.90%和40.93%,不同位置的GC含量存在差异;它们的GC平均值为46.11%,小于50%,表明其更偏向于A或U结尾的密码子[24](表3)。图片有效密码子(effective number of codon,ENC)反映了密码子偏离随机选择的结果,它是对同义密码子非均衡使用偏好程度的一个重要指标[25],ENC数值一般在20~61范围内,当ENC>35则表示密码子偏好性较弱。密码子适应指数(codon adaption index,CAI)是指编码该蛋白的所有密码子相对于这条基因都使用最优密码子的情况下的适应系数[24]。由表3可知,远志bZIP家族成员的ENC数值为43.088~57.195个,平均值为51.13个,密码子偏好性较弱。CBI值较低说明其外源基因在目的宿主中表达较弱。CAI值较低,则说明其适应性较弱。3.7 远志bZIP基因家族成员蛋白互作网络分析为深入了解远志bZIP蛋白的潜在功能和家族成员之间的相互作用,利用STRING软件,基于拟南芥数据库,对远志的27个bZIPs蛋白进行了互作网络分析。由图5可知,调控网络中共有27个节点(代表bZIPs蛋白),104条边(代表蛋白质之间的相互作用),表明远志的bZIPs蛋白存在多种互作现象,且26个bZIPs成员之间存在潜在的互作关系,为进一步验证远志bZIP的功能提供了重要依据。图片3.8 远志bZIP基因家族成员不同组织表达量热图和验证根据远志转录组数据,对27个PtbZIP基因在远志根、茎、叶中的FPKM差异表达数据进行了双向聚类分析。通过表达量热图分析可知,绝大部分基因的表达不恒定,在不同组织具有相对较高的表达量,根、茎和叶中表达量较高的基因数分别为23、2和2。PtbZIP4/15在叶中的表达量最高,茎和根次之;PtbZIP8/24在茎中的表达量最高,叶和根次之;剩下23个除PtbZIP1/17的表达量为根>叶>茎,其余表达模式为根>茎>叶(图6-A)。基于RT-qPCR验证转录组数据结果显示,PtbZIP26、PtbZIP27在根中的表达量最高,茎、叶次之,与转录组结果一致(图6-B)。图片3.9 PtbZIP26不同处理下的表达模式为了探究bZIP家族基因在远志不同处理条件下的表达模式,以PtbZIP26为代表,对其进行了激素和干旱、盐胁迫处理条件下的表达模式分析。结果发现,以0 h为空白对照(CK),PtbZIP26的表达量在ABA处理6 h内迅速上升,在24 h达到峰值;CTS处理分别持续上调至峰值为CK的5.3倍(24 h)后逐渐下调(图7-A)。PEG处理6 h迅速下降后又随着处理时间增加缓慢恢复上调,NaCl处理6 h后上调明显(图7-B)。 图片4 讨论bZIP基因家族在植物中广泛分布,参与植物的多个生长过程,如生长发育、应激反应以及次生代谢物的生物合成[26]。现阶段,bZIP基因家族已在多个物种有过相关的鉴定和研究,使得对bZIP的生物功能了解更透彻。本实验基于远志三代全长转录组数据库,找到39个bZIP isoforms,通过完整开放阅读框与BlastX分析找出具有完整ORF的基因,去除重复的isoforms,筛选并鉴定得到27个PtbZIP基因家族成员。理化性质分析显示,27个成员均为亲水性蛋白,且除PtbZIP1和PtbZIP22外均为不稳定蛋白;理论等电点小于7的蛋白有16个,属酸性蛋白,其余均为碱性蛋白。PtbZIP蛋白信号肽分值都低于0.5,说明其均无信号肽,信号肽是分泌蛋白的决定因子,推测PtbZIP蛋白不属于分泌蛋白。亚细胞定位结果显示,远志bZIP蛋白主要定位于细胞核,这与转录因子主要在细胞核中发挥作用一致。PtbZIP家族成员的蛋白二级结构也有明显的特点,主要有α-螺旋、无规卷曲。系统进化分析显示,27个PtbZIP蛋白分为A、B、C、D、F、G、I、S 8个组,其中含有8个PtbZIP家族成员的G亚组系最大亚组。PtbZIP11/18/25与拟南芥At1g32150.1、At2g35530.1高度同源,且包含的保守元件数量最多,推测PtbZIP11/18/25可能在远志干旱应答的分子机制中起重要作用[27]。研究表明,A类别的大多数功能信息提示在ABA或应激信号中的作用,PtbZIP6/12/16被分在A组,推测该基因可能参与到远志ABA信号转导途径[28]。S类别是拟南芥最大的bZIP类别之一,在胁迫处理后也被转录激活或在花的特定部分特异表达。研究证实,拟南芥bZIP家族中的S类别的基因在响应干旱有重要作用,本研究中共有3个PtbZIP基因被分到S类别下,其中PtbZIP15在叶中表达量高,PtbZIP24在茎中表达量高,可能参与调控远志对干旱的响应。同时,27个PtbZIP基因家族成员的蛋白二级结构预测结果十分相似,但序列间同源性相对较低,表明PtbZIP基因可能在远志生长发育方面发挥广泛的生物功能。表达模式分析发现,大部分PtbZIP在根中表达最高,qPCR结果验证与转录组数据一致,推测它们主要在远志地下部分发挥作用。植物中转录因子的表达与激素密切相关,研究发现葡萄VvLysM8和VvLysM9在壳聚糖处理12 h、脱落酸处理3 h时相对表达量最高[14]。马铃薯StHXK家族基因在ABA诱导下表达均显著上调,且在10%PEG胁迫处理下也呈不同程度的上调表达[29]。陆地棉GhKIN基因家族的鉴定和分析发现,干旱和盐胁迫处理后GhKIN14和GhKIN27表达出现下调,而GhKIN18等在一定时间点表现为表达上调[30]。本研究选择一个在根中高表达的PtbZIP26基因,通过不同激素、胁迫处理探讨了其是否受到相关激素和胁迫调控,结表明激素处理(ABA和CTS)远志幼苗后,PtbZIP26表达水平显著提高;同时,盐胁迫和干旱胁迫处理也可诱导PtbZIP26基因的表达发生改变且随胁迫时间的变化呈现出差异性,说明PtbZIP26可能通过不同信号通路参与远志应对逆境胁迫的表达,具体作用机制有待深入研究。本实验基于远志三代转录组数据,以远志bZIP基因家族为研究对象,对其家族成员进行鉴定和生物信息学预测分析,明确了相关结构特点与进化特征,进一步通过qPCR分析其在不同组织、不同处理下的表达模式,为探究PtbZIP参与生长发育、代谢过程及非生物胁迫的调控机制提供参考依据,为后期的基因功能研究奠定了基础。

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