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台式测序仪

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台式测序仪相关的论坛

  • DNA测序仪原理和方法

    DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪,其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。【原理】ABI PRISM 310型基因分析仪(即DNA测序仪),采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法),因此通过单引物PCR测序反应,生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'''端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物,使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳,从而避免了泳道间迁移率差异的影响,大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同,在毛细管电泳中的迁移率也不同,当其通过毛细管读数窗口段时,激光检测器窗口中的CCD(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测,激发的荧光经光栅分光,以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光,并在CCD摄影机上同步成像,分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列,从而达到DNA测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。PE公司还提供凝胶高分子聚合物,包括DNA测序胶(POP 6)和GeneScan胶(POP 4)。这些凝胶颗粒孔径均一,避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。电脑中则包括资料收集,分析和仪器运行等软件。它使用最新的CCD摄影机检测器,使DNA测序缩短至2.5h,PCR片段大小分析和定量分析为10~40min。由于该仪器具有DNA测序,PCR片段大小分析和定量分析等功能,因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析(SSCP)、微卫星序列分析、长片段PCR、RT-PCR(定量PCR)等分析,临床上可除进行常规DNA测序外,还可进行单核苷酸多态性(SNP)分析、基因突变检测、HLA配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。【试剂与器材】1.BigDye测序反应试剂盒 主要试剂是BigDye Mix,内含PE专利四色荧光标记的ddNTP和普通dNTP,AmpliTaq DNA polymerase FS,反应缓冲液等。  2.pGEM-3Zf(+)双链DNA对照模板0.2g/L,试剂盒配套试剂。  3.M13(-21)引物TGTAAAACGACGGCCAGT,3.2μmol/L,即3.2pmol/μl,试剂盒配套试剂。  4.DNA测序模板 可以是PCR产物、单链DNA和质粒DNA等。模板浓度应调整在PCR反应时取量1μl为宜。本实验测定的质粒DNA,浓度为0.2g/L,即200ng/μl。  5.引物 需根据所要测定的DNA片段设计正向或反向引物,配制成3.2μmol/L,即3.2pmol/μl。如重组质粒中含通用引物序列也可用通用引物,如M13(-21)引物,T7引物等。  6.灭菌去离子水或三蒸水。  7.0.2ml或和0.5ml的PCR管,盖体分离,PE公司产品。  8.3mol/L 醋酸钠(pH5.2)称取40.8g NaAc·3H2O溶于70ml蒸馏水中,冰醋酸调pH至5.2,定容至100ml,高压灭菌后分装。  9.70%乙醇和无水乙醇。  10.NaAc/乙醇混合液 取37.5ml无水乙醇和2.5ml 3mol/L NaAc混匀,室温可保存1年。  11.POP 6测序胶 ABI产品。  12.模板抑制试剂(TSR)ABI产品。  13.10×电泳缓冲液 ABI产品。  14.ABI PRISM 310型全自动DNA测序仪。  15.2400型或9600型PCR仪。  16.台式冷冻高速离心机。  17.台式高速离心机或袖珍离心机。

  • 转让两台现货AB 3130XL 测序仪

    转让两台现货AB 3130XL 测序仪

    转让两台现货AB 3130XL DNA测序仪,仪器保养得很好,里面一尘不染,运行良好,欢迎来看货。软硬件齐全。一台四通道一台十六通道。有需要的朋友请联系http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2017/01/201701191701_669499_3157595_3.jpghttp://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2017/10/2016110711531083_01_3157595_3.jpg

  • 低价转让基因测序仪

    公司现有1台ABI3100 测序仪,成色较新,价格优惠,质量保证,可预约试机。电话:13717963569自动化程度高:提供连续,无监控的操作,自动灌胶,上样,电泳分离,检测及数据分析,可连续运行24小时无需人工干预。样品分析量大:可同时对16个样品进行全自动分析,一天可完成数百个样品的测序或片段分析工作先进的荧光检测系统:采光栅分光,CCD摄像机成像技术,实现多色荧光同时检测应用广泛:除了新基因测序或比较测序工作外,可进行多种片段分析,包括微卫星DNA分析,比较基因型分析,单核苷酸多态性(SNP)研究

  • 新一代测序仪前景广阔

    2010年2月,罗森伯格的Ion Torrent公司推出了世界上第一台半导体测序仪——PGM,这也是首台“桌面型”(benchtop)测序仪。PGM的测序原理不同于此前的测序技术。随着2011年三款新的测序平台的发布,此领域的变革步伐不断加快。这三款新平台分别为:Ion Torrent的PGM、Pacific Biosciences的RS和Illumina的MiSeq。研究人员发现,Ion Torrent、MiSeq和PacBio RS技术所产生的数据对富含GC、中性和富含AT的基因组都表现出近乎完美的覆盖,只是在利用PGM对富含AT的恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)基因组进行测序时,有大约30%的基因组无覆盖。这三台快速周转的测序仪都能够产生有用的序列。然而,就数据质量和应用而言,还存在很大差异。产量有限且每个碱基的费用高阻碍了大规模测序项目在PacBio仪器上的开展。从实用性和流程方便性来看,PGM和MiSeq相当接近。决定购买哪一台将取决于可利用的资源、现有设施和人员的经验,当然,资金和应用也要考虑.虽然目前个人化基因测序仪更多地还是用于科研,但对它在临床上的应用,是Life公司和IIIumina公司当下都在积极推进的最重要的方向。 Life在2011年7月就PGM的临床应用,向FDA提交了申请。IIIumina公司也紧随其后:“我们正在申请FDA对MiSeq的审批。MiSeq在设计过程中就考虑到了特定的临床应用环境,我们相信这个系统的许多特征会有助于它获得FDA的批准。

  • 【资料】自动多肽/蛋白质测序仪

    Edman降解法是测定蛋白质序列的经典方法,该方法由瑞士生物化学家佩尔维克托于1950年创立。Edman降解法通常是以周期的形式来表征。对于一个完整的周期,异硫氰酸苯酯标记上指定肽段的N末端,环化,之后被标记的氨基酸在酸性条件下从肽链中游离出来,进一步酸化后形成一个更加稳定的乙内酰苯硫脲-氨基酸(PTH-AA)衍生物。PTH-AA衍生物可以通过高效液相色谱鉴定。埃德曼降解周期就是通过反复地将多肽的氨基酸依次降解下来,从而鉴定氨基酸序列。  1982年,美国应用生物系统(ABI)公司了将第一台商用自动多肽测序仪推向市场,并被实践证明是可靠和耐用的。实际上,在过去几十年中,自动多肽测序仪只有屈指可数的一些改进,但此类自动肽测序仪仍是测定肽序列的黄金标准。然而,串联质谱的使用已经成为日益重要的肽序列测定工具。质谱,特别是串联飞行时间(TOF-TOF 和QTOF)质谱仪可以对少量样本进行更快速的分析。  与质谱相比,自动Edman降解测序的明显优势在于:已被化学验证的精确性、系统初始投资较小 然而,它的缺点是:分析时间较长、测得序列数有限,典型的测量长度范围是20~50个氨基酸序列。而对于低丰度的肽、无法获得N末端的肽,或者需要更短的分析时间,质谱则是理想的工具。但是,质谱价格高且无法区分同分异构的氨基酸。  虽然美国应用生物系统(ABI)公司主导了自动多肽测序仪的市场,但由于市场疲软,ABI于2008年6月停止生产自动多肽测序仪。然而岛津公司看准了机会,在2009年匹兹堡会议上将其PPSQ自动多肽测序仪推向北美市场,PPSQ已在日本广泛应用超过20年。另一方面,对用质谱测定蛋白质序列的方法改进的需求保持旺盛,布鲁克道尔顿公司最近推出了Edmass Micro MALDI-TOF和 Edmass Ultra TOF-TOF 系统,这是专门为没有质谱使用经验的多肽化学家们设计的。  自动多肽测序仪的市场主要来自于科研机构,但过去几年中自动多肽测序仪的市场需求增长处于某种停滞状态,尤其是质谱变得容易获得。但是,随着肽自动测序仪在连续使用过程中的老化,Edamn化学家们正在准备购买新设备。售后服务、附件、耗材及试剂有望在短期内对自动多肽测序仪市场产生推动作用。

  • 里程碑!新一代测序(NGS)首获FDA批准

    近日,美国 FDA 审批通过 Illumina 公司的 MiSeqDx 台式新一代测序仪及配套试剂盒,成为全球首个而且是目前唯一一个获得 FDA 临床认证的新一代测序(NGS)平台。通过认证的试剂盒除了针对囊性纤维化的检测之外,还包括通用试剂盒,让临床实验室能够开发他们自己的诊断检测。美国 FDA 医疗器械与辐射健康中心的官员 Alberto Gutierrez 博士认为:“NGS 正在改变我们了解基因组学的方式。在这之前,测序与特定疾病相关的基因是个漫长而昂贵的过程。今天,我们能够在单个检测中非常快速地读取和解释大的 DNA 片段,而这一信息丰富的技术日渐普及,能够被医生用于患者护理。”此次通过 FDA 认证的两项分析分别是 MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 和 MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay,它们可用于囊性纤维化的筛查和诊断。囊性纤维化是一种常见且致命的遗传疾病,在欧美人群中较为常见。在美国约有 1000 万名携带者,而患病人数超过 3 万名。此疾病由囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)基因的突变引起,有着广泛的临床表现,这取决于哪些CFTR基因突变存在。大部分CFTR突变是罕见的,其分布和频率随群体而异。MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 旨在同时检测CFTR基因中的 139 个临床相关的致病突变及变异,包括 ACMG 和 ACOG 建议筛查的那些。MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay 则凭借 Illumina 的靶向重测序技术,为 CFTR 基因的蛋白编码区域和内含子/外显子边界提供高度准确的数据。美国国立卫生研究院(NIH)的院长 Francis Collins 也是一名囊性纤维化的研究人员。他在一份声明中指出,这一具有里程碑意义的举措,将有助于实现个性化医疗的承诺。他认为,高通量 DNA 测序仪的出现让医生能够全面查看患者的基因组,以便搜索各种变异或突变,它们可能增加疾病风险,推动疾病进程,和/或影响药物反应。这些信息有可能在很多方面让患者受益。不过激动归激动,他认为目前还有很多工作要做。Francis Collins 博士和 FDA 局长 Margaret Hamburg 在《新英格兰医学杂志》上联名发文,称测序平台在临床应用中的批准将为医生在患者护理中更广泛地采用遗传信息铺平道路。不过,他们也指出,尽管目前已取得一些进展,但仍存在政策、法律和监管问题,而新发现也必须得到验证。此外,医生、医疗保健工作人员和患者仍需要支持和帮助,才能了解基因组数据。他们谈道:“新一代测序到达这一监管里程碑仅仅是个开始。我们需要共同努力,以确保研究进展和基因组信息的临床应用是基于严谨的证据。”原文检索:Francis S. Collins, and Margaret A. Hamburg. First FDA Authorization for Next-Generation Sequencer. NEJM, November 19, 2013; DOI: 10.1056/NEJMp1314561

  • 纳米孔测序仪开放试用 公布部分参数

    MinION试用计划于本周一(11月25日)启动,将延续到2014年初,具体截止日期未定。根据这项试用计划,参与者须支付1,000美元的押金以及运费,而后将收到一台MinION测序仪,包括测序USB装置、流动槽和软件。在上个月的美国人类遗传学协会年会上,英国Oxford Nanopore Technologies公司宣布将启动MinION测序仪的试用计划。这次,它果然没有食言。MinION试用计划于本周一(11月25日)启动,将延续到2014年初,具体截止日期未定。根据这项试用计划,参与者须支付1,000美元的押金以及运费,而后将收到一台MinION测序仪,包括测序USB装置、流动槽和软件。除了MinION测序仪,Oxford Nanopore还在开发GridION测序仪。之前,该公司一直没有公布这两款测序仪的具体性能参数,但鉴于许多客户有意了解,它最近在网站上回答了一些常见问题。GridION和MinION系统的通量如何?据介绍,GridION系统是可以扩展的。它既可以单独作为一台仪器工作,又可以多台连接,带来更快的结果。至于仪器的通量,它会受到各种因素的影响,包括DNA的处理速度以及芯片上同时开展的实验数量。第一代商业化的仪器每天可产生几十Gb。目前的cartridge每次可开展2000个纳米孔实验,而更高配置(每次开展8000个实验)正在开发中。MinION系统是个一次性的设备,每次可开展数百个纳米孔实验,运行时间为数小时。运行时间如何?Oxford Nanopore表示没有固定的运行时间,这要取决于实验需求。由于全长的读取数据是实时流出的,故也能实时分析。初步分析可在每台仪器(节点)上本地开展,而二次分析可在用户的网络上并行开展。因此,MinION和GridION节点可持续运行,直到收集了足够的数据来回答实验问题。系统的读长是多少?据介绍,纳米孔测序仪是处理提交给它的DNA,而不是“产生”读长。它能够处理非常长的读长,大约几十kb。GridION和MinION系统的费用如何?相信这也是大家最关心的问题。Oxford Nanopore表示,GridION技术的定价不同于传统的系统。它是一个套餐,包括节点和cartridge耗材。这些套餐可满足不同需求及不同预算的客户。例如,有些客户可能有比较多的经费,而另一些则在耗材花费上更为自由;定价将让这两种类型的客户都能使用。此外,GridION系统的定价将比目前市场上的其他系统都要低。此系统是模块化的,用户可不断添加。无需服务器,因为每个节点都包含了所需的计算硬件。而且,定价透明,可在线下单。大的套餐也会有透明的折扣。对于MinION系统,零售价预计在900美元以下。不过,目前还未开始接受订单。

  • 氨基酸分析仪和蛋白质测序仪的区别以及价格

    大家好,氨基酸分析仪与蛋白质测序仪有主要区别在什么地方呢?目前实验室需要进行氨基酸的测序分析,究竟买一台蛋白质测序仪好呢,还是氨基酸分析仪好呢?价格大概有多少呢?这些仪器有没有国产的呢 QQ:2392795357

  • SPT Labtech、罗氏联手,重磅推出下一代测序(NGS)文库制备方法

    近期,英国SPT Labtech —— 生命科学研究领域自动化仪器及耗材的制造商,宣布与Roche合作共同推出一种Illumina 兼容且简化的下一代测序(NGS)文库制备方法。通过与 SPT Labtech 的一体化自动液体处理平台 firefly的合作,为基因组学研究人员提供了 Roche 的 KAPA EvoPlus 和 KAPA EvoPlus [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]-Free Kits 的全自动化工作流程(仅用于科研)。[align=center][img]https://img1.17img.cn/17img/images/202403/uepic/18b81cd9-8eb8-474a-9d0b-a19cb1729808.jpg[/img][img=,180,131]https://img1.17img.cn/17img/images/202403/uepic/de5f7f96-b895-494b-a8ab-7b1b60cfc593.jpg[/img][/align]这些技术的结合为实验室的全基因组测序建库环节节省了大量时间。这种自动化使用户能够同时运行 96 个样品,与手动操作相比,通量显著增加。此外,该自动化方案不仅提高了生产力,还显著降低了重复性劳损伤害(RSI)的风险,这是在高通量测序任务中需要大量重复手动移液容易引发的常见问题。[color=#0070c0]KAPA EvoPlus Kits 的优势[/color]:适用于低至高通量应用所需要的多功能性和适应性。[color=#0070c0]firefly [/color][color=#0070c0]的优势[/color]:在紧凑的台式设计中结合了多种功能模块,包括移液、分液、孵育和震荡功能,简化了 NGS 文库构建流程。SPT Labtech 基因组学负责人 Paul Lomax 表示:“上述的合作预示了基因组学界在方法学上的提升,为下一代测序文库制备提供了一种经优化、更可靠和更高效的方法。通过显著减少手工劳动和降低时间成本,研究人员可以将注意力转移到工作的更关键环节,从而加速科学发现和创新的步伐。随着我们与 Roche 的合作的继续,我们正在努力实现自动化 KAPA 文库定量试剂盒,为基因组学实验室提供更多的即用型程序一键运行。”[来源:仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

  • 【分享】台式离心机保养

    台式离心机的维护: 1、台式离心机运转前要先切断电源,并先松开离心机刹车,手试转动转鼓,看有无咬煞情况。 2、检查离心机其他部位有无松动或不正常情况。 3、接通电源依顺时针方向开车启动(通常从静止状态到正常运转约需40-60秒左右)。 4、通常每台设备到厂后均须空车运转3小时左右,无异常情况即可工作。 5、物料尽可能要放置均匀。 6、必须专人操作,容量不得超过额定量。 7、严禁机器超速运转,以免影响机器的使用寿命。 8、机器开动后,若有异常情况必须停车检查,必要时需予以拆洗修理。 9、台式离心机工作时是高速运转,因此切不可用身体触及其转鼓,以防意外。 台式离心机保养: 为确保离心机正常运转,转动部件请每隔6个月后加油保养一次。同时查看轴承处运转润滑情况,有无磨损现象;制动装置中的部件是否有磨损情况,严重的予以更换;轴承盖有无漏油情况。 机器使用完毕,应作好清洁工作,保持机器整洁。 不要将非防腐型离心机与于高腐蚀性物料的分离;另外严格按照设备要求、规定操作,非防爆型离心机切不可用于易燃、易爆场合。 滤布的目数应根据所分离物料的固相颗粒的大小而定,否则影响分离效果。另外滤布安装时应将滤布密封圈嵌入转鼓密封槽内,以防物料跑入。

  • 台式浊度仪的特点

    浊度是一种质量特性,也是衡量水质的重要指标。浊度可以理解为衡量水体相对清澈度的指标。目前实验室常用的是[url=http://www.hach.com.cn/product/tl23]台式浊度仪[/url],精密度高,测量更加稳定和准确。台式浊度仪主要特点为有多种测量模式单次、连续、快速沉降模式,信号平均模式,比率模式等,识别稳定性后方才显示读数, 保证测量结果的稳定和准确,大大地避免人工判断读数变化产生的误判和误差。大部分台式浊度仪外观采用彩色触摸屏,简洁直观的操作界面和操作步骤,占用空间小且美观。

  • 国产新一代基因测序仪产品样机亮相

    科技日报讯 (记者王怡)中国科学院北京基因组研究所和吉林中科紫鑫科技有限公司4月18日在长春联合召开国产新一代基因测序仪样机观摩研讨会,向与会的国内基因测序领域专家和应用单位代表展示这一合作成果,同时向社会公开征集部分应用单位进行免费测试使用,测试工作将于今年下半年开展。 据了解,新一代基因测序仪样机是目前唯一技术性可以匹敌国际市场主流产品的国产基因测序系统,与国外第二代高通量测序系统相比,已经成功解决“读长较短”这一关键技术难题。该基因测序仪已经达到和部分超越国际主流设备技术指标,其成本低于进口设备1/3以上,应用成本低于进口设备1/5以上,使新一代测序技术真正达到进入广泛应用市场的经济条件,并将彻底解决我国基因测序仪完全依赖进口的局面。截至目前,该系统已获得7个发明专利和1个实用新型专利授权,还有多项专利正在申报。 中科院北京基因组研究所研究员于军介绍,新一代基因测序仪对传染性疾病的预防控制和诊疗,生物恐怖因子、食源性致病因子和转基因成分鉴定,口岸卫生和有害生物防御性检疫,以及针对人类遗传多样性而产生的疾病早期预警和个体化用药相关基因的检测分析等实践应用,提供强有力的技术支持。 据悉,测序仪今年下半年将在医疗、检验检疫、疾病防控、高校、研究院所等20家应用单位进行免费测试使用。已经确认参加测试应用的单位包括中国检验检疫科学研究院、北京出入境检验检疫局、青岛海洋大学等10余家单位。测试工作主要包括对系统性能的优化和改进,以及根据应用领域的不同进行应用产品的共同开发,即在基础试剂产品的平台上衍生出一系列专用型试剂产品,并开发相应的数据分析算法和数据库,实现测序技术实践应用的全面解决方案。来源:中国科技网-科技日报 2014年04月20日

  • 有用3100-A型测序仪的朋友请进

    [em29] 单位新进了一台3100-A型测序仪但用的次数比较少,而且培训过了好久,有朋友用过吗?能帮忙给份中文的操作手册吗?谢谢帮助!!![em29] [em04]

  • 硅谷聚集基因测序技术新产业

    美国加州的山景城是“硅谷”的重要组成部分。现在,一个与硅芯片相关的潜力大产业正在这里兴起,那就是基因组测序技术产业。这个产业的发展是随着多家大公司的激烈竞争开始的。不过,一家名为“整合基因”(Complete Genomics,CG)的公司不像别的公司一样研发和销售测序仪器,而是为科学家提供外包的测序服务,更绝的是,在这家公司里做测序的,并不是研究人员,而是一排排的机器人。近日,《新科学家》杂志探秘了这家充满科幻意味的公司。前台都是“机器人”走进CG公司,连前台都由计算机终端出任。它会主动向来客问好,询问姓名、身份和来访意图。旁边连接的一台打印机则自动打出访客挂牌。与此同时,一份电子邮件已经发送到内部接应人员的电脑上。这家公司的生产线更像科幻电影里的实验室,昏暗蓝色的房间里到处都是高级仪器,室内温度保持在28℃和相对较高的湿度,几名穿着实验服,带着发罩的工作人员在监视着电脑屏幕,查看着机器人的运作状态。这儿已经成为了世界上最大的人类基因组测序工厂。只是在这里工作的不是人类,而是机器人。在一个大约只有半个网球场大的房间里,“坐着”16台机器人,不间断地进行着人类基因组测序的工作。去年,它们完成800个人的DNA测序工作其中三分之一是后半年做出来的。到了今年,它们已经可以每个月生产出400个人的基因了。CG公司只是目前迅速形成产业的诸多基因组测序公司中的一家,但是它十分独特。公司市场总监图柯特(Jennifer Turcotte)对《新科学家》杂志解释说,通常而言,DNA测序是在一个密封的机器里进行的,但在这家公司的实验室里,机器人却是在一个开放暴露的环境下做基因组测序,这是为了便于维修。实验室特定的温度和湿度是为了符合测序中出现的生化反应,微弱的蓝光是为了避免荧光探测剂在探测基因代码符号时受到其他频率光波的破坏。这儿所进行的基因组测序,已是目前最新的第三代基因组测序技术,称为“DNA纳米球测序技术”。这种新方法是将DNA链放置在一小块硅芯片上进行调节,自我组装成所谓的“纳米球”。这样的测序所需要的试剂更少,得到的数据则更多。技术人员都穿着无尘室服装,因为任何一点灰尘都会干扰测序,除非哪儿出问题了,一般而言这些技术人员不会干预机器人的工作。机器人则会自动添加试剂,操作样本,每个DNA纳米球上携带着70个核苷酸,其排列顺序会通过光信号被拍摄记录下来。费用正在逐步降低这些机器人正在做的工作,是一个浩大庞杂的工程蓝图中的第一步,所有的人类基因组中有着30亿对碱基对,而CG计划将其全部组装出来。这需要非常大的计算量,公司为此也建了一个自动数据中心。不过,这个数据中心设在距离公司大约有20分钟车程的地方那儿的电费更便宜。目前CG公司只针对研究者和制药公司开放,个人还没法购买他们的服务。在这里,每对基因组测序要价9500美元,如果购买1000对以上,则每对价格降为5000美元。这个价格是随着基因组测序技术突飞猛进而急剧下降的,要知道,十年前,第一对人类基因组序列完成时,其价格是以十几亿美元计量的。而科学家现在已经预计几年后,基因组测序的价格可能会降到一般人都可能支付得起的程度。基因组测序的流水线完全是由机器人来做的,而职员做什么呢?公司共有185名职员,部分是科研人员,忙于改善公司的测序技术,另一部分则是做市场和联络,与各类客户打交道。基因组测序工程是一项既有非常光明的前途但又异常庞大的科学工程,而自动化则可能成为处理这项工作的最佳工具。基因学家们认为,通过一些基因扫描,是可以找到导致人类易感疾病的一些基因变异,人类基因谱上,有一些常见明显变异,但是就整个遗传问题来看,还有大量的混乱的遗传变异隐藏在DNA双螺旋体中,这些也导致了世界上千奇百怪的遗传疾病。如何去捕猎这些神秘莫测的错误基因代码呢?只剩下一个方法,那就是将整个人类基因谱测序,来捕捉一些可能和疾病有关的基因变异。这个方法虽然听上去如同“大海捞针”一样不靠谱,但目前一些迹象表明,今后或许基因组序列会成为医疗记录的一部分,或者科学家可以通过家庭的基因组测序来纠正基因错误。比如,去年西雅图系统生物学研究所的胡德(Leroy Hood)及其小组与CG公司进行了合作,在《科学》杂志上刊登了一篇论文。他们对一家四口的基因组进行了测序。这是个特殊的家庭,两个孩子都患有两种隐性遗传病米勒综合征和纤毛运动障碍,而父母则完全正常,在分别测出这家人的基因序列后,研究者将父母和子女基因组序列进行比较,验证了米勒综合征这种非常罕见遗传病的致病突变。提供测序外包的服务目前,站在基因组测序产业化起跑线上的企业包括了同样位于加州的生物科学公司Pacific Bio。这个公司创立了首次可以对单个DNA进行测序的仪器。和CG公司一样,目前,这家公司也只向研究者提供服务。有一些大型的、从事基因组测序产业的公司已经将基因组测序做到医院和个人普及的地步了,如研发制造大型测序分析仪器的Illumina公司。这个公司在2008年美国成长最快的科技公司评选中,风头甚至盖过了Google。它们提供的产品甚至可以直接给病人使用。而另一位基因创业企业家罗斯伯格(Jonathan Rothberg)甚至发明了可以放在桌子上的基因解码器,可以在2小时之内以很高的精度解读出1000万个基因代码符号。大部分的基因组测序企业都站在一个竞争线上,尽力提高DNA测序的速度,降低费用。而CG公司其实并非和它们是严格意义上的竞争对手他们计划组装出所有的人类基因序列,研发也是为此目的而进行。此外,他们并不如其他公司一样开发更高级更小巧的基因组测序仪,而是为科学家提供基因组测序的外包服务,也就是说,研究人员无需购买、安装、培训、运行和维修仪器,而只要将样品交给这家公司,等待结果到来就可以。虽然很多人不理解他们的做法,但这家公司始终坚持自己的观点,认为这样的服务最能让科学家将时间从捣腾仪器设备的工作中解放出来,专心放在生物学和假说验证上。从这几年CG公司取得的成绩来看,这种做法确实是有效的。2009年,CG公司宣布其测出了第一个人类基因序列,并移交给美国生物科技信息中心数据库。同一年,他们在《科学》上刊文,发布了三个完整人类基因组序列分析的结果,当时文章还宣布,测序的成本已经可以降到1726美元。这在生物界引起了轰动。到了那一年结束,他们已经做出了50个人的基因序列。此外,他们的名字也随着来自各地的科学家一起多次登上了权威学术杂志。除了去年帮助科学家解开了米勒综合征突变难题给科学界留下难忘的印象之外,美国的罗氏公司还曾经借助CG的基因组测序技术,完成了人类科学史上第一例肺癌患者的全基因组比较。相关研究结果刊登在《自然》杂志上。而美国癌症学会也开始和CG公司联手,希望通过其服务比较正常人和癌细胞基因组序列的差异。或许在不久的将来,解开癌症之谜的第一个贡献就属于这些蓝光照耀下的机器人。

  • 台式NMR谱仪60M-80M

    目前,市场上出现了台式NMR谱仪 60M-80M,(1)Oxford公司的Pulsar台式高分辨NMR谱仪 60M(2)热电公司的picoSpin 80 台式高分辨NMR谱仪 80M(3)Bruker台式FT-NMR系统FOURIER 60 60M(4)加拿大的NMReady 60P核磁共振波谱仪 60M有用过的或者熟悉的同志,给讲讲!

  • 【求助】采购台式PH仪

    我们想买一台台式的PH仪,主要测[b][color=#fd1289]工业废水[/color][/b]的,有一些有机物和颜色等,[b]国产[/b]的就行,唯一的要求就是[b][color=#ec0078]皮实[/color][/b]!我们已经买了好多便携式的,梅特勒和MYRONL的都坏了,也返修过,没用,因为长期在污水的环境中,用的也比较多,随处放很容易坏掉,所以想买台式的。一定要皮实,不要动不动就不能校正啊,或者电极坏掉啊,返修啊之类的。希望大家推荐一下~~~~如果带电导和温度测量功能就更好了。我看说明配置里总是出现一个:输入阻抗:不小于[color=black]1×10[sup]12[/sup]Ω 是什么意思啊?[/color]

  • 台式空气粒子计数器

    使用台式空气粒子计数器测试空气中的微粒时,有些数据总会把自己复制很多份,然后顶替其他数据,甚至有的数据不按测试顺序排序,比如一堆14点的时候测试的数据里面突然出现一个测试时间在16点的,这是为什么,有什么解决办法呢?

  • 利用MGI平台对大豆进行全基因组重测序分析

    [align=center][b][font=宋体]利用[/font][font='Times New Roman']MGI[/font][font=宋体]平台对大豆进行全基因组重测序分析[/font][/b][/align][b][font=宋体]摘要[/font][/b][font=宋体][font=宋体]:本研究建立了[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台全基因重测序的方法。[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆的全基因进行重测序结果显示,测序数据质量良好,且与参考基因组比对率较高,符合后续分析要求,对其进行[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的变异检测和注释,此结果说明今后可利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对其它样品进行全基因重测序分析。[/font][/font][b][font=宋体]关键词[/font][/b][font=宋体][font=宋体]:[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台;全基因重测序[/font][/font][align=center][font='Times New Roman']Whole genome resequencing analysis of soybeans using the MGI platform[/font][/align][b][font='Times New Roman']Abstract:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]In this study, a method for whole gene resequencing on the MGI platform was established. The results of resequencing the whole genes of soybean by MGI platform showed that the sequencing data was of good quality and had a high comparison rate with the reference genome, which met the requirements of subsequent analysis, and the variation detection and annotation of SNP and Indel were carried out, which indicated that the MGI platform could be used to perform whole gene resequencing analysis on other samples in the future.[/font][/font][b][font='Times New Roman']Keywords:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]MGI platform Whole gene resequencing[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font='Times New Roman']1 [font=宋体]研究背景[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]大豆是重要的粮食作物和油料作物,也是人类最主要的植物蛋白来源[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][1][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。我国是野生大豆的发源地,有着极其丰富的大豆种质资源基础,但是育种和产量较其他大豆主产国显得略有不足,究其原因是我国对大豆的研究和发掘力度存在不足,因此,对大豆育成品种的改良势在必行。自[/font][font=Times New Roman]2010[/font][font=宋体]年起,大豆群体水平的重测序也全面开展,在大豆的全基因组变异图谱上也得到了一定的研究进展[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][2][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。本研究利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆全基因组进行重测序分析,挖掘全基因组水平上的突变。[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]2 [/font][font=宋体]实验仪器[/font][/font][/b][font=宋体]主要实验仪器:[/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISP-960[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]MGIDL-T7[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]DNBSEQ-T7[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]3 [/font][font=宋体]实验结果[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.1 [/font][font=宋体]测序数据质量[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台的测序特点,使用双端测序的数据,要求[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]85%[/font][font=宋体]以上,可以看出大豆重测序数据[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]94.72%[/font][font=宋体]以上,说明大豆测序数据质量良好,满足分析要求。[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]测序数据统计表[/font][/font][/b][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Samples[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean reads[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean bases[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']GC Content[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q20[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q30[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169494922[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25424238300[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.18%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.49%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.27%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']166483906[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24972585900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.47%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.61%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.70%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']186127112[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27919066800[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']35.89%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.57%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.61%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']192397276[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28859591400[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.46%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.22%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']94.72%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']141636468[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21245470200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.11%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.67%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.84%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169468714[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25420307100[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.60%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.66%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']155078286[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23261742900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.90%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.77%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']96.14%[/font][/align][/td][/tr][/table][font=Calibri] [/font][font=宋体][font=宋体]样品原始数据碱基质量值可由图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]看出不存在异常碱基,[/font][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]个大豆碱基测序错误率分布均如图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps1.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]碱基测序错误率分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]碱基类型分布检查可用于检测有无[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]分离现象,若有碱基分离现象可能是测序或建库所带来的,并会影响后续分析。高通量所测序为基因组随即打断后的[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]片段,由于位点在基因组上的分布是近似均匀的,同时,[/font][font=Times New Roman]G/C[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]A/T[/font][font=宋体]含量也是近似均匀的。因此,根据大数定理,在每个测序循环上,[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量应当分别相等,且等于基因组的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量。同样因为重叠等的关系会导致样品前几个碱基[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]不等波动较大,高于其他测序区段,而其它区段的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量相等,且分布均匀无分离现象,如图[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体]所示。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps2.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]2 ATGC[/font][font=黑体]含量分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2 [/font][font=宋体]与参考基因组的序列比对[/font][/font][font='Times New Roman']3.2.1 [font=宋体]比对结果[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]将测序得到的大豆样品与参考基因进行序列比对,[/font][font=Times New Roman]bwa[/font][font=宋体]软件主要用于二代高通量测序得到的短序列与参考基因组进行比对,比对结果见表[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体],根据比对结果可评估测序数据是否满足后续分析。[/font][/font][align=center][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]2 [/font][font=黑体]比对效率统计表[/font][/font][/b][/align][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Sample_ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Properly_mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Averge_depth[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.53%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25.44[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24.9[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.63%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27.75[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.28%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28.58[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.58%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21.26[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.50%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.13%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23.13[/font][/align][/td][/tr][/table][font=宋体][font=宋体]将比对到不同染色体的[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=宋体]进行位置分布统计,绘制[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在参考基因组上的覆盖深度分布图,见图[/font][font=Times New Roman]3[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps3.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]3 Mapped Reads[/font][font=黑体]在参考基因组上的位置及覆盖深度分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]统计[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在指定的参考基因组不同区域的数目,绘制基因组不同区域样品[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]的分布图,见图[/font][font=Times New Roman]4[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps4.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]4 [/font][font=黑体]基因组不同区域[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=黑体]分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.2 [/font][font=宋体]插入片段长度检验[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]通过检测双端序列在参考基因组上的起止位置,可以得到样品[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]打断后得到的测序片段的实际大小,即插入片段大小([/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]),它是信息分析时的一个重要参数。插入片段大小的分布一般符合正态分布,且只有一个单峰,[/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]分布图可以展示各个样品的插入片段的长度分布情况。各样品的插入片段长度模拟分布图见图[/font][font=Times New Roman]5[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps5.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]5 [/font][font=黑体]插入片段长度模拟图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.3[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]深度分布统计图[/font][/font][/b][font='Times New Roman']Reads[font=宋体]定位到参考基因组后,可以统计参考基因组上碱基的覆盖情况。参考基因组上被[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]覆盖到的碱基数占基因组的百分比称为基因组覆盖度;碱基上覆盖的[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]数为覆盖深度。基因组覆盖度可以反映参考基因组上变异检测的完整性,覆盖到的区域越多,可以检测到的变异位点也越多。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]覆盖度主要受测序深度以及样品与参考基因组亲缘关系远近的影响。基因组的覆盖深度会影响变异检测的准确性,在覆盖深度较高的区域(非重复序列区),变异检测的准确性也越高。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]另外,若基因组上碱基的覆盖深度分布较均匀,也说明测序随机性较好。样品的碱基覆盖深度分布曲线和覆盖度分布曲线见图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps6.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]6 [/font][font=黑体]深度分布统计图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.3 [/font][font=宋体]变异检测[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.1 SNP[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]根据变异位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息,可以得到变异位点在基因组发生的区域(基因间区、基因区或[/font]CDS[font=宋体]区等),以及变异产生的影响(同义非同义突变等)。软件可以使用[/font][font=Times New Roman]vcf[/font][font=宋体]格式文件作为输入和输[/font][/font][font=宋体][font=宋体]出,见图[/font][font=Times New Roman]7[/font][font=宋体]和图[/font][font=Times New Roman]8[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps7.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]7 SNP[/font][font=黑体]突变类型分布图[/font][/font][/b][/align][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps8.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]8 SNP[/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.2 Indel[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据所有样品在[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区和全基因范围的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]长度进行统计,其长度分布如图[/font][font=Times New Roman]9[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,355,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps9.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]9 [/font][font=黑体]全基因和编码区[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=黑体]长度分布图[/font][/font][/b][/align][font='Times New Roman'][font=宋体]根据样品检测得到的[/font]Ind[/font][font=宋体][font=Times New Roman]el[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]位点在参考基因组上的位置信息,对比参考基因组的基因、[/font]CDS[font=宋体]位置等信息,可以注释[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]位点是否发生在基因间区、基因区或[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区、是否为移码突变等。发生移码突变的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]可能会导致基因功能的改变,具体注释结果见[/font][/font][font=宋体][font=宋体]图[/font][font=Times New Roman]10[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps10.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]10 Indel [/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]4 [/font][font=宋体]结论[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]本文基于[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]对大豆进行重基因测序,实验结果可看出,大豆样品测序产出数据良好,与参考基因组序列比对率较高,符合后续分析,对其进行变异检测可得到[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的结果。其它研究表明[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISEQ-2000[/font][font=宋体]全基因组重测序表现性能稳定、质量可靠,在实际应用上有明显的优势和应用价值[/font][font=Times New Roman][3][/font][font=宋体]。对[/font][/font][font=宋体][font=宋体]本次实验说明[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对样品进行重测序效果良好,后续可对其它植物进行重测序。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体] [/font][font=宋体]参考文献:[/font][font=宋体][font=Calibri][1] [/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]张永芳[/font],[font=宋体]钱肖娜[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]王润梅[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]等[/font][font=Times New Roman]. [/font][font=宋体]不同大豆材料的抗旱性鉴定及耐旱品种筛选[/font][font=Times New Roman][J].[/font][font=宋体]作物杂志[/font][font=Times New Roman],2019(5): 41-45.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][2] [/font][font=宋体]邬启帆[/font][font=Calibri]. [/font][font=宋体]基于基因组重测序黄淮海大豆育成品种遗传结构及重要家族遗传基础研究[/font][font=Calibri][D]. [/font][font=宋体]南昌[/font][/font][font=宋体][font=宋体]大学[/font][font=Times New Roman], 2023.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][3] [/font][/font][font=宋体][font=宋体]李伟宁[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]刘刚[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]周荣等[/font][font=Times New Roman]. MGISEQ-2000[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]HiSeq 2000[/font][font=宋体]与[/font][font=Times New Roman]NovaSeq 6000[/font][font=宋体]平台全基因组重测序数据的比较分析[/font][font=Times New Roman][J]. [/font][font=宋体]中国畜牧杂志[/font][font=Times New Roman],2021,57(11):156-162.[/font][/font]

  • 如何正确合理的操作台式循环水真空泵呢

    我们平该如何操作使用台式循环水真空泵呢?操作台式循环水真空泵的步骤是什么呢?下面就为大家带了台式循环水真空泵的操作使用方法。  台式循环水真空泵使用方法  1、准备工作。将台式循环水真空泵平放于工作台上,使用时,打开水箱上盖注入清洁的凉水(亦可经由放水软管加水),当水面即将升至水箱后面的溢水嘴下高度时停止加水,重复开机可不再加水。每星期至少更换一次水,如水质污染严重,使用率高,则须缩短更换水的时间,保持水箱中的水质清洁。  2、抽真空作业。将需要抽真空的设备的抽气套管紧密套接于本机抽气嘴上,检查循环水开关应关闭,接通电源,打开电源开关,即可开始抽真空作业,通过与抽气嘴对应的真空表可观察真空度。  3、当真空泵需长时间连续作业时,水箱内的水温将会升高,影响真空度,此时,可将放水软管与水源(自来水)接通,溢水嘴作排水出口,适当控制自来水流量,即可保持水箱内水温不升,使真空度稳定。  4、当需要为反应装置提供冷却循环水时,在第3条操作的基础上,将需要冷却的装置进水、出水管分别接到机器上,转动循环水开关至ON位置,即可实现循环冷却水供应。

  • 台式高速离心机在使用时注意哪些及如何维护

    1 .将台式高速离心机仪器摆放在坚固平稳的平台上,以免仪器运行时产生不必要的麻烦。2 .台式高速离心机使用前应检查转子是否有伤痕、腐蚀,离心管是否有裂纹老化现象,发现疑问应停止使用。3 .离心管内溶液必须等量灌注,切不可在转子不平衡状态下运转。4 .运转前应拧紧转头压紧螺母,盖好风罩,以免高速旋转时出现松动,影响正常工作。5 .不能再塑料盖上放置任何物品,以免影响仪器的使用效果。不能再机器运转过程中或转子未挺稳的情况下打开盖门,以免发生事故。6. 除了转速和时间外,不要随意更改机器的工作参数,以免影响机器的性能。台式高速离心机的维护和保养1. 若离心机长期不用,转子应该从离心室取出,然后应及时用中性洗涤液清洁,用干净布料擦干,防止化学腐蚀,存放在干燥通风处,不允许用非中性清洁剂擦洗转子,转子中心孔内应涂少许润滑脂。2 .转子安装盒取出应该轻捷,垂直向上取出转子,谨防转子跌落损伤驱动轴。

  • 台式低速大容量离心机使用说明及注意事项

    离心分离技术是根据颗粒在一个实用离心场合中的状态而发展起来的新技术。不同密度,大小或形状的颗粒在不同的离心场合中沉降,所以一个大体是球形非均一的混合物,可以用离心的方法加以分离,离心机是为了进一步研究生物化学,分离大量的物质。例如收集细胞,分离血浆,从这些预纯化的制剂中分离DNA和蛋白质分子,并可分离出病毒以及大规模大肠杆菌,严细胞成分,核蛋白微粒等。[url=http://www.hexiyiqi.com/hexi2012chanpinzhongxin/taishigaosulengdonglixinji/][b]台式低速离心机[/b][/url]广泛应用于医药卫生、环保、农业、畜牧业等教育科研和生产部门。适用于沉析,混合物分离等。本机采用无刷电机,微机控制,具有RCF自动计算与设定。设有多种程序保护,操作简便,免维护等优点。[b]台式低速大容量离心机使用方法:[/b]首先将本机所配离心管加入需分离的物资,分别插入离心头孔中,每支离心管所加物质的质量必须基本相等,合上盖板,接通电源,打开电源开关(仪器后面)。 1:按选择键根据显示屏的指示,再用▲▼键选择好所需要的转子号。 2:再按选择键根据显示屏的指示,再用▲▼键选择好所需要的速度。 3:再按选择键根据显示屏的指示,再用▲▼键选择好所需要工作时间 。 4:按认可键,再按启动键,此时离心机即开始工作。当到达设定的工作时间时会自动发出报警声。[align=center][img=台式低速离心机TD5A]http://www.hexiyiqi.com/d/file/hexi2012chanpinzhongxin/taishigaosulengdonglixinji/2012-10-17/0e080cd46b2ee061b55caabaaee8cbf2.jpg[/img][/align][align=center][b]台式低速离心机TD5A[/b][/align][b]台式低速大容量离心机注意事项: [/b]1:严禁各种液体或其他杂物进入离心工作室内。否则回损坏主机。 2:仪器外壳应妥善接地,以免整机受潮影响而发生意外。 3:离心头在高速运转时请不要随意打开上盖。台式低速大容量离心机维修及配件: 在使用该离心机时如发现离心头偏心,请专业维修人员进行查修,首先取下转子再打开底盖,查看电机支柱是否偏位,进行调整即可。[b][url=http://www.hexiyiqi.com/hexi2012chanpinzhongxin/disulengdonglixinji/]低速低温离心机[/url]使用说明及注意事项[/b]一、使用说明:1 此仪器无论何时使用,需经管理员同意 2 每次仪器使用都需登记 3 离心样品密度要相同,样品体积要求离试管口3mm处 4. 打开仪器电源开关,按下开盖键,打开离心机上盖.5.将配平、密度相同、管壁干燥的离心管对称放入转子里面 6.旋紧转头盖 7. 手按住指定位置将门盖压下去;8.设置离心参数:转头型号、转速、温度、时间,升降速度频率;9.参数设置确认无误,按ENTER,START;10.离心机达到设定转速5分钟后,使用者方可离开。离心中途需观察仪器运转是否正常;11.离心结束(或按STOP结束运行),转头停止运转后,打开门盖,旋松转头盖,将转头取 出放到专用架上;12.取出转子,旋松盖帽,将样品取出;13.关闭仪器电源;14.腔体内冷凝水擦净;15.腔体温度与室温相同时关闭门盖;16.冷冻离心需要预冷时,离心机在所需温度下每分钟2000转离心3-5分钟;[align=center][img=台式低速冷冻离心机TDL6M]http://www.hexiyiqi.com/d/file/hexi2012chanpinzhongxin/taishigaosulengdonglixinji/2012-10-26/7ac98cd01d7b0308221d2cffc3b06c8a.jpg[/img][/align][align=center][b]台式低速冷冻(低温)离心机TDL6M[/b][/align][b]二、低速低温离心机注意事项[/b]1.仪器使用前请详阅此说明书,以免误操作。2.将仪器安放在坚固平整的台面上,以免运转时产生不必要的麻烦。3.离心机盖板上面不能堆物,以免压坏或出现高低不平,影响仪器的使用效果。4.仪器在高速旋转时切不随意打开盖门。5.电源线的插头,一端插入仪器背面的插座内,另一端与外电网插座连接。注:仪器不用时,请将与外电网相连的一端卸下。6.仪器在操作时必须遵守操作程序中第5条的规定,否则会使电机烧坏,无法使用。7.使用前必须经常检查离心管是否有裂纹,老化等现象,如有应及时更换。8.使用完毕,将转头和仪器擦干净,以防试液沾污而产生腐蚀。9. 当电机碳刷长度小于6mm时必须及时更换。

  • 新型台式、便携式光谱仪类型及体积比较

    新型台式、便携式光谱仪类型及体积比较厂家及仪器型号光谱系统及仪器性能仪器大小及运行环境HILGER ASSURE Desktop Spectrometer(台式全谱光谱仪)全息光栅-CCD;焦距200mm波长范围:170—410nm火花光源-全谱直读,多基体分析体积:660×380×560(mm)重量:30kg运行环境:0~50℃SPECTRO SPECTROLAB JRCCD(全新台式金属分析仪)全息光栅—CCD波长范围:175—550nm火花光源-全谱直读,合金分析体积:380×600×440(mm)重量:~70kg运行环境:一般室温下SPECTROPORTCCDPortable Metals Analyser(便携式金属分析仪)全息光栅—CCD:焦距:150mm波长范围:278—560nm;火花光源;现场金属鉴别和成分分析体积:375×450×180(mm)重量:15kg运行环境:现场ARUNMetalscan 2500/2000#(台式金属分析仪)特制光栅—CCD;焦距:170mm波长范围:174—406nm(2500#)火花光源-全谱直读,多基体分析体积:544×160×465(mm)重量:20kg(仪器全封闭防尘保护)运行环境:0~35℃,钢铁炉前分析ARUN Metalscan 1650Portable Metals Analyser(便携式金属分析仪)特制光栅—CCD;焦距:170mm波长范围:185—410nm;电弧光源;微型光学系统装在探头内,不用光纤联接,无谱线通道限制。体积:460×210×480(mm

  • ABI一代测序仪专业维修

    天津金思德生物公司提供技术支持与相关服务 天津金思德生物技术有限公司,是一家具有权威核心技术的高科技公司。拥有雄厚的科研技术力量、精良的仪器设备、完善的项目管理、严格的质量管理体系以及专业的技术支持。在精湛的技术平台基础上,为广大客户提供最优质的服务和具有竞争力的价格。 金思德可以提供DNA鉴定人员培训、鉴定技术支持、DNA测序设备升级、设备维修包括:(ABI-310,3100,3130xl,3730xl,3500xl,及其它DAN检测设备)等服务。同时我们还可以帮您解决生物实验室淘汰和闲置的大型DAN测序设备。并可以帮您管理,维护,维修及旧设备回收等服务。解除您的后顾之忧,帮您节省时间,空间和资金等实际问题。是立足于生命科学技术领域的佼佼者,我们公司已成为全国诸多知名公司,生物院校,科研机构,鉴定中心的长期合作伙伴和供应商!使更多的广大客户得到最优质的产品、维修和技术支持服务。金思德一直在不断提升自身服务的竞争力,努力打造国际一流品牌和服务。我们因你们而存在! 公司名称:天津金思德生物技术有限公司联系人:李俊玲 QQ:2499291612电话:022-84901689 18920118658公司地址:天津市东丽区华明镇南坨工业园广源路13号

  • 台式电镜技术参数对比手册

    台式电镜技术参数对比手册

    台式电镜技术参数对比手册飞纳(FEI)、COXEM(库赛姆)、日立 随着科学技术飞速发展,电镜的创新也日新月异。很多朋友都听过台式电镜这种设备,那么你对台式电镜的了解又有多少呢?今天我们给大家介绍一下台式电镜。 首先我们来认识一下究竟什么是台式电镜?台式电镜是在2005年才出现在商业用途上的,它的发源地在韩国,您没看错确实是韩国——那个世界万物的创造者。虽然我不想承认“棒子”的思维,但是不得不佩服“棒子”的技术。韩国的国有机构纳米所拥有多项台式电镜的核心专利技术,世界上几乎全部的台式电镜厂家都要购买该机构的专利技术才能生产。日立台式电镜就是当年收购的韩国电镜厂家后搬回日本生产的,也可以说日立台式电镜跟日立大型电镜一毛钱关系都没有。背景介绍完了,我们该介绍什么是台式电镜了,(小编话唠,经常挨主编批,看官请见谅)台式扫描电镜具有体积小巧、操作简便、价格便宜,快速抽真空,制样简便等优势。此类新型仪器的出现填补了光学显微镜与传统大型扫描电子显微镜之间的间隙,可广泛应用于材料科学、纳米颗粒、生物医学、食品药品、纺织纤维、地质科学等诸多领域。那么接下来我要针对市场上主流的三个台式电镜品牌做一比较和介绍。飞纳(FEI)、COXEM(库赛姆)、日立。先看看这三款台式电镜的外观吧。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544842_3004185_3.jpg外观PK: 这项对决有一些鸡肋,关于外观的PK属于仁者见仁智者见智,凭借小编的审美COXEM无疑更“像”一台电镜,飞纳和日立更像一台PC机的机箱。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544843_3004185_3.jpg品牌知名度PK 此轮PK实为一场欧美品牌与日韩品牌的对决,飞纳(FEI)在市场上的推广活动比较频繁,从知名度讲无疑是排在第一名。日立凭借大型电镜的品牌知名度占据第二的位置,虽然日立电镜和日立台式电镜没有什么关系。此轮库赛姆排名第三。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544844_3004185_3.jpg发射源PK COXEM(库赛姆)和日立台式电镜选择传统的钨灯丝作为发射源,而飞纳(FEI)则采用六硼化铈作为发射源。就发射源本身而言,飞纳(FEI)采用了亮度更高的六硼化铈作为发射源,这一点是值得肯定的。但是,从理论上来讲,原本采用亮度更高发射源的飞纳(FEI)台式电镜应该在分辨率上至少优于高分辨率的COXEM(库赛姆)一倍,但实际从三家的分辨率和用户的使用体验上来看,飞纳(FEI)台式电镜的分辨率优于日立却远不及COXEM(库赛姆),在这一点上,小编认为还是各家的光学系统设计不尽相同所造成,分辨率的高低代表了此台式电镜光学系统的优越程度,这点大家可以多进行拍照对比考察。 接下来谈谈电镜发射源PK中三个最重要的参数比较——束流稳定性、易用性和性价比。飞纳(FEI)采用较为昂贵的六硼化铈作为发射源,但其在束流稳定性方面表现不佳,不稳定的束流会影响能谱分析的准确度,且一旦电镜意外关机,抽真空就需要10小时之久,这样的表现也让使用者有点伤不起,换一次六硼化铈灯丝的费用大约是钨灯丝的10倍且必须专业电镜工程师操作更换的时间成本也是让很多使用者头疼的事情,而飞纳(FEI)在使用了这么昂贵麻烦但高亮度的灯丝后,分辨率却仅仅压过了日立台式电镜而已,可见FEI在光学系统做的实在是不行。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544846_3004185_3.jpg分辨率PK 此轮PK也是台式电镜的核心数据PK,分辨率最高的是COXEM(库赛姆)(30kv下8nm),其次是飞纳(FEI)(30kv下17nm),而最令我们奇怪的是日立台式电镜没有公布他们的分辨率数据,据调查,日立台式电镜的验收分辨率大致在20nm—30nm之间。电镜的分辨率代表了电镜的制造水准,台式电镜是介于光学显微镜和大型电镜之间的分析设备,如果分辨率表现不佳,则不如购置一台分辨率较高的光学显微镜了。而COXEM(库赛姆)为什么能把分辨率做的那么高?经小编调研,COXEM(库赛姆)在光学系统设计方面确实有可圈可点之处。它打破了传统台式扫描电镜采用BSD探测器成像的局限性,利用创新的双聚光镜成像技术,采用大型扫描电镜成像方式,使用二次电子探测器作为基础成像单元,从而可以获得更高的分辨率(8nm),是真正意义上的高分辨率台式扫描电镜。这一轮的PK结果显而易见。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544846_3004185_3.jpg探测器PK 在探测器方面,飞纳(FEI)和日立是使用背散射电子探测器来同时观察表面形貌和成分图像,没有二次电子探测器,由于背散射电子的深度不及二次电子,因此分辨率表现不佳,表面形貌像立体感不强。COXEM(库赛姆)采用了特定探头观察特定形貌的方式来设计,标配了二次电子探测器和背散射电子探测器,二次电子探测器专门用来观察样品表面形貌,图像立体感较强,而背散射电子探测器则专门用来观察成分图像。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544847_3004185_3.jpg显示装置PK 在显示装置方面,飞纳(FEI)则是采用触摸屏作为显示器。这点要为飞纳(FEI)点个赞,但是电阻触摸屏灵敏度较差,不知道大家有没有用过老式电阻屏的手机,需要用非常大的力量去点击屏幕,如果触摸屏损坏整个电镜都将无法继续使用,这也是让人想骂娘的地方。日立和COXEM(库赛姆)都是采用独立的液晶显示器。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544848_3004185_3.jpg 载物台及样品台PK COXEM(库赛姆)和飞纳(FEI)都是标配的自动载物台,而日立的标配则是手动载物台。在样品台方面COXEM(库赛姆)和日立都是标准样品台,而飞纳(FEI)则是采用样品杯来放置样品,在这一点上标准样品台优势较为明显。标准样品台能够一次性放入多个样品,观察起来更为方便,而样品杯一次只能放置一个样品且样品大小也有一定局限性,在观察多个样品的情况下还需要频繁进行更换。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544849_3004185_3.jpg 性价比PK 性价比应该是大家最关心的,总体来说COXEM(库赛姆)价格比较合理,性价比也比较高!飞纳(FEI)的目前在市场上的价格卖到14、15美金左右,个人认为暴贵,飞纳(FEI)裸机的价格是6万美金左右,能谱3万美金,合起来价格也就在9美金左右,那些卖到14、15美金成交的企业不知道是否有什么内幕发生。日立的市场报价在16万美金到4万美金之间,跟低端的大型电镜的价格差不多,性价比不高!http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2015/05/201505051154_544850_3004185_3.jpg 说了这么多,相信大家对于台式电镜也应该有所了解了。台式电镜比较适用于中小型企业以及科研、高校,对于预算不足的企业,可以考虑考虑台式电镜。以上言论纯属个人见解,仅供参考!

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