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高通量基因测序仪

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高通量基因测序仪相关的论坛

  • 镁伽科技与迅识生物达成战略合作,助推高通量测序及CRISPR检测应用

    日前,[b][color=#ea5504]镁伽科技与迅识生物达成战略合作,双方将围绕高通量测序自动化检测整体解决方案及基于CRISPR检测技术的自动化应用开展合作[/color][/b],深度挖掘基因测序及CRISPR检测自动化应用场景和用户需求,聚焦提升核心产品能力,共同推动高通量测序技术和CRISPR检测技术在疾病机理研究、早期筛查诊断和病原检测等领域的创新应用。[img=图片]https://img1.17img.cn/17img/images/202401/uepic/34b1bb6c-5fbb-4275-8279-48bafe4c459f.jpg[/img][align=center]▲镁伽科技与迅识生物签署战略合作协议[/align]作为分子生物学领域的重要技术之一,高通量基因测序能够同时进行数百万个DNA序列检测,为测序技术带来了革命性的突破,在基因诊断、基因治疗、基因调控等领域发挥着重要作用。自动化技术的引入使得基因测序的实验通量得以迅速提升,并大幅降低了操作成本,有助于加速开拓多样本处理场景,带动高通量测序技术在体外诊断、生物医药、农业育种等行业的持续增长。迅识生物专注于NGS样本整体解决方案和以CRISPR为核心的即时诊断产品的开发和推广,其中NGS产品线覆盖自动化文库制备平台和配套试剂等,诊断产品线覆盖包括医疗、海关和疾控等多个领域的基因检测需求。镁伽作为专注于生命科学、临床诊断、应用化学等领域的智能及自动化专家,多款高通量基因组学、蛋白组学自动化解决方案已获得市场认可,能够满足多种规模和类型的高通量测序研究项目需求。此次合作依托迅识生物在高通量基因测序、CRISPR检测领域的先进技术和产品,结合镁伽成熟的开放性应用软件和自动化平台整合能力,双方将共同开发具备智能化、数字化、可扩展等优势的实验室整体解决方案,完善高通量测序产品组合,为生命科学领域提供更加精准、高效的核心自动化工具。[b][color=#ea5504]迅识生物创始人陈重建先生表示:[/color][/b][color=#ea5504][color=#000000]“[/color][/color]非常荣幸能和镁伽科技合作,迅识生物一直致力于实现‘触手可及的核酸检测’,无论是在NGS 样本处理全流程解决方案还是在基于 CRISPR 的检测领域,我们都践行着这个目标。迅识在这两个领域已经深耕多年,积累了很多开发和应用经验。镁伽科技在自动化和智能化领域有着非常丰富的积累和实践,希望双方加强在生命科学及相关应用领域的合作,发挥各自优势,互相赋能,携手向前!”[b][color=#ea5504]镁伽科技创始人兼首席执行官黄瑜清先生表示:[/color][/b][color=#ea5504][color=#000000]“[/color][/color]随着基因测序技术、高通量实验、AI等技术的发展,生命科学的智能化正在向着更精准、更经济、更安全的方向发展。镁伽期待与迅识生物携手并进,借助高通量测序自动化技术的优势,进一步拓展多组学自动化解决方案,构筑核心技术的护城河,丰富生命科学自动化技术和生态储备,驱动产业链上下游协同发展。”[img=图片]https://img1.17img.cn/17img/images/202401/uepic/1fddf3c2-e3d0-4b93-8c7c-defa66ec45ad.jpg[/img][align=center]▲镁伽科技与迅识生物签约仪式大合影[/align][来源:仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

  • Agencourt SPRI Reagents--高通量测序行业的应用方案

    [align=center][size=18px][b]Agencourt[/b][/size][size=18px][b] SPRI Reagents--高通量测序行业的应用方案[/b][/size][/align][align=center][size=14px]会议时间[/size][size=14px]:[/size][size=14px]2020年[/size][size=14px]6[/size][size=14px]月[/size][size=14px]1[/size][size=14px]9[/size][size=14px]日1[/size][size=14px]4[/size][size=14px]:00[/size][/align][size=16px][b]内容[/b][/size][size=16px][b]介绍:[/b][/size]Agencourt SPRI Reagents提供多种类型核酸提取及片段纯化筛选产品,以SPRI原理(Solid Phase Reverse lmmobilization)的核酸磁珠技术为基础 ,为生物技术公司 、制药公司 、政府部门和科研机构等客户提供完善的测序服务 ,帮助用户得到优良的实验结果。[size=16px][b]讲师[/b][/size][size=16px][b]介绍:[/b][/size] [size=14px][b]范盼盼[/b][/size][size=14px][b]:[/b][/size][size=14px]毕业于中国农业大学,多年高通量测序和医疗数据管理经验,带领完成NGS不同平台样本处理及流程优化,对实验自动化和试剂产品有深入使用和研究[/size][size=14px]。[/size]报名地址:[url]https://www.instrument.com.cn/webinar/meeting_14164.html[/url]

  • 中科院自主研发基因测序技术将实现产业化

    来源:中国科技网-科技日报 作者:王怡 2013年10月31日 原标题:我自主研发基因测序技术将实现产业化 科技日报讯(记者王怡)2013年国际基因组学大会10月29日在青岛举行。在开幕现场,中国科学院北京基因组研究所与吉林紫鑫药业股份有限公司就合作开发第二代高通量测序系统项目签订投资意向协议,这标志着由中科院自主研发的第二代测序仪项目即将进入市场转化和产业转化阶段。 基因测序技术,自人类基因组计划实施以来长期占据着国际生命科学技术研究的制高点,随着第二代基因测序技术的发展日趋成熟和成本急剧降低,该项技术被越来越多的科研和实践领域所应用,形成庞大市场。目前我国市场上所有高通量测序设备和试剂均来源于进口,据估计仅2013年我国在仪器和试剂上的投入就超过20亿元。 “我们的基因组学研究一直处于世界前列,源于我们最早参与人类基因组测序的工程,但是我们使用的设备一直都依靠国外的进口设备,中国科学院作为国立科研机构,我们有义务自主研制开发基因测序仪打破国外垄断。”中科院北京基因组研究所党委书记杨卫平说。 在中科院资助下,历时两年半时间完成第二代测序仪研发项目,于2011年实现原理样机和性能验收,部分性能指标超越同类进口产品。其后中科院北京基因组研究所自主投入完成该项目的工程化和产品化开发,并形成其自主知识产权群,目前已有9个专利获得授权。 “第二代高通量测序仪的产业化发展是我们的第一步,后面我们希望能有更多的进展,比如在试剂、数据库和后台都能实现国产化。”杨卫平说。

  • 国产新一代基因测序仪产品样机亮相

    科技日报讯 (记者王怡)中国科学院北京基因组研究所和吉林中科紫鑫科技有限公司4月18日在长春联合召开国产新一代基因测序仪样机观摩研讨会,向与会的国内基因测序领域专家和应用单位代表展示这一合作成果,同时向社会公开征集部分应用单位进行免费测试使用,测试工作将于今年下半年开展。 据了解,新一代基因测序仪样机是目前唯一技术性可以匹敌国际市场主流产品的国产基因测序系统,与国外第二代高通量测序系统相比,已经成功解决“读长较短”这一关键技术难题。该基因测序仪已经达到和部分超越国际主流设备技术指标,其成本低于进口设备1/3以上,应用成本低于进口设备1/5以上,使新一代测序技术真正达到进入广泛应用市场的经济条件,并将彻底解决我国基因测序仪完全依赖进口的局面。截至目前,该系统已获得7个发明专利和1个实用新型专利授权,还有多项专利正在申报。 中科院北京基因组研究所研究员于军介绍,新一代基因测序仪对传染性疾病的预防控制和诊疗,生物恐怖因子、食源性致病因子和转基因成分鉴定,口岸卫生和有害生物防御性检疫,以及针对人类遗传多样性而产生的疾病早期预警和个体化用药相关基因的检测分析等实践应用,提供强有力的技术支持。 据悉,测序仪今年下半年将在医疗、检验检疫、疾病防控、高校、研究院所等20家应用单位进行免费测试使用。已经确认参加测试应用的单位包括中国检验检疫科学研究院、北京出入境检验检疫局、青岛海洋大学等10余家单位。测试工作主要包括对系统性能的优化和改进,以及根据应用领域的不同进行应用产品的共同开发,即在基础试剂产品的平台上衍生出一系列专用型试剂产品,并开发相应的数据分析算法和数据库,实现测序技术实践应用的全面解决方案。来源:中国科技网-科技日报 2014年04月20日

  • 【“仪”起享奥运】基于高通量测序的6种甘肃道地药材中药饮片污染微生物群落特征研究

    [font=Arial, &][color=#333333]目的[/color][/font][font=Arial, &][color=#333333] 研究6 种甘肃道地药材中药饮片中污染微生物的群落特征,建立6种中药饮片负载微生物的种属及其丰度信息数据库,为6种中药饮片微生物限度标准制定提供依据。 [/color][/font][font=Arial, &][color=#333333]方法[/color][/font][font=Arial, &][color=#333333] 收集市售当归、党参、黄芪、甘草、板蓝根和半夏6种中药饮片各30批,合计180批,参照2020年版《中国药典》,检查180批中药饮片样品的需氧菌总数(total aerobic microbial count, TAMC)、霉菌和酵母菌总数(total combined yeasts and molds count, TYMC)、耐胆盐革兰阴性菌(bile-tolerant gram-negitive bacteria, BGB)及沙门菌,并基于16S rDNA高通量测序方法研究中药饮片中污染微生物的群落特征。 [/color][/font][font=Arial, &][color=#333333]结果[/color][/font][font=Arial, &][color=#333333] [color=#333333]本研究以当归、党参、黄芪、甘草、板蓝根和半夏6种共计180批中药饮片为研究对象,[/color]180批样品均检出需氧菌、酵母菌和霉菌。首先参照2020年版《中国药典》采用传统培养法对微生物污染情况进行分析,180批样品均检出需氧菌、酵母菌和霉菌。通过16S rDNA高通量测序对每种中药饮片进行了微生物多样性分析,建立了6种中药饮片负载微生物的种属及其丰度信息数据库,污染微生物分布于38个门、935个已鉴定属,不同类别中药饮片中的优势菌属具有明显差异。植株自身和加工储存环节引入是饮片微生物群落的两种重要来源。 [/color][/font][font=Arial, &][color=#333333]结论[/color][/font][font=Arial, &][color=#333333] 研究表明,16S rRNA高通量测序方法比传统培养法能够获得更加全面的中药饮片中污染微生物群落信息, 不同类别中药饮片中的优势菌属具有明显差异。中药饮片微生物污染具有一定的致病风险,饮片的微生物限度标准亟待完善,饮片生产加工过程控制亟待加强。[/color][/font]

  • 全球首发仪式|新星NOVA—MobiNova-100高通量单细胞测序建库系统,4月15日14:00等你来!

    全球首发仪式|新星NOVA—MobiNova-100高通量单细胞测序建库系统,4月15日14:00等你来!

    近年来,单细胞测序技术成为生命健康领域追逐的热点,可应用于肿瘤异质性研究、干细胞分化以及组织器官发育研究、神经系统发育研究、免疫方向研究、疾病分型和药物机制以及用药指导等方向。随着研究的深入和技术的不断发展进步,市场对单细胞产品提出了新的要求:从单组学到多组学、从基本到高通量、从哺乳动物到微生物。墨卓生物即将推出MobiNova-100高通量单细胞测序建库系统助力科学研究,MobiNova-100是墨卓团队过去数年磨一剑的结晶,是一个真正稳定、精准、可信赖的技术平台,在关键的性能指标上接近甚至部分超越了国际一流水平。一次可探索最多数十万单细胞,实现极高的细胞捕获率,精准捕获细胞信息;单次运行仅需十分钟,最大程度保证数据质量,给用户提供可信赖的解决方案。 “新星”升越 ,创新不止,创新是墨卓生物不断向前发展的内在引擎,新星NOVA—MobiNova-100高通量单细胞建库系统全球首发仪式将正式进行线上发布! [b] [color=#ff0000]2022年4月15日14:00[/color][/b]诚邀各位莅临MobiNova的世界,一同解锁细胞的无限可能! [img=,442,348]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141904574225_9730_2507958_3.png!w442x348.jpg[/img][img]file:///C:/Users/wangqy/AppData/Local/Temp/企业微信截图_16499342329421.png[/img] [b][size=18px] [img]https://simg.instrument.com.cn/bbs/images/brow/em20.gif[/img] 直达会场:[/size][/b][url=https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/mobinova20220415/][b][size=18px]https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/mobinova20220415/[/size][/b][/url][img=,480,1600]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141901011128_219_2507958_3.jpg!w480x1600.jpg[/img][font=&][size=16px][color=#333333]14:08--14:45[/color][/size][/font][font=&][size=16px][color=#333333]新星NOVA—MobiNova-100高通量单细胞测序建库系统 全球首发仪式[/color][/size][/font][font=&][size=16px][color=#333333]裴颢[/color][/size][/font][font=&][size=16px][color=#333333]墨卓生物 CEO[/color][/size][/font]

  • 全球首发仪式|新星NOVA—MobiNova-100高通量单细胞测序建库系统,4月15日14:00等你来!

    近年来,单细胞测序技术成为生命健康领域追逐的热点,可应用于肿瘤异质性研究、干细胞分化以及组织器官发育研究、神经系统发育研究、免疫方向研究、疾病分型和药物机制以及用药指导等方向。随着研究的深入和技术的不断发展进步,市场对单细胞产品提出了新的要求:从单组学到多组学、从基本到高通量、从哺乳动物到微生物。墨卓生物即将推出MobiNova-100高通量单细胞测序建库系统助力科学研究,MobiNova-100是墨卓团队过去数年磨一剑的结晶,是一个真正稳定、精准、可信赖的技术平台,在关键的性能指标上接近甚至部分超越了国际一流水平。一次可探索最多数十万单细胞,实现极高的细胞捕获率,精准捕获细胞信息;单次运行仅需十分钟,最大程度保证数据质量,给用户提供可信赖的解决方案。 “新星”升越 ,创新不止,创新是墨卓生物不断向前发展的内在引擎,新星NOVA—MobiNova-100高通量单细胞建库系统全球首发仪式将正式进行线上发布! [b] [color=#ff0000]2022年4月15日14:00[/color][/b]诚邀各位莅临MobiNova的世界,一同解锁细胞的无限可能! [img=,442,348]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141904574225_9730_2507958_3.png!w442x348.jpg[/img][img]file:///C:/Users/wangqy/AppData/Local/Temp/%E4%BC%81%E4%B8%9A%E5%BE%AE%E4%BF%A1%E6%88%AA%E5%9B%BE_16499342329421.png[/img] [b][size=18px] [img]https://simg.instrument.com.cn/bbs/images/brow/em20.gif[/img] 直达会场:[/size][/b][url=https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/mobinova20220415/][b][size=18px]https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/mobinova20220415/[/size][/b][/url][img=,480,1600]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141901011128_219_2507958_3.jpg!w480x1600.jpg[/img]

  • 全球首发仪式|新星NOVA—MobiNova-100高通量单细胞测序建库系统,4月15日14:00等你来!

    [font=&] 近年来,单细胞测序技术成为生命健康领域追逐的热点,可应用于肿瘤异质性研究、干细胞分化以及组织器官发育研究、神经系统发育研究、免疫方向研究、疾病分型和药物机制以及用药指导等方向。随着研究的深入和技术的不断发展进步,市场对单细胞产品提出了新的要求:从单组学到多组学、从基本到高通量、从哺乳动物到微生物。墨卓生物即将推出MobiNova-100高通量单细胞测序建库系统助力科学研究,MobiNova-100是墨卓团队过去数年磨一剑的结晶,是一个真正稳定、精准、可信赖的技术平台,在关键的性能指标上接近甚至部分超越了国际一流水平。一次可探索最多数十万单细胞,实现极高的细胞捕获率,精准捕获细胞信息;单次运行仅需十分钟,最大程度保证数据质量,给用户提供可信赖的解决方案。[/font][font=&] “新星”升越 ,创新不止,创新是墨卓生物不断向前发展的内在引擎,新星NOVA—MobiNova-100高通量单细胞建库系统全球首发仪式将正式进行线上发布![/font][font=&] [/font][b][color=#ff0000]2022年4月15日14:00[/color][/b][font=&]诚邀各位莅临MobiNova的世界,一同解锁细胞的无限可能![/font][font=&] [/font][img=,442,348]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141904574225_9730_2507958_3.png!w442x348.jpg[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2024/03/202403181711578855_8023_2507958_3.png[/img][b][size=18px][img]https://simg.instrument.com.cn/bbs/images/brow/em20.gif[/img] 直达会场:[/size][/b][url=https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/mobinova20220415/][b][size=18px]https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/mobinova20220415/[/size][/b][/url][img=,480,1600]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141901011128_219_2507958_3.jpg!w480x1600.jpg[/img]

  • 【全球首发仪式】星赛高通量流式拉曼分选仪,12月30日盛大开启!听报告!赏新品!拿奖品!

    【全球首发仪式】星赛高通量流式拉曼分选仪,12月30日盛大开启!听报告!赏新品!拿奖品!

    [url=https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/FlowRACS/][img=,690,350]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/12/202112281152512795_9049_2507958_3.jpg!w690x350.jpg[/img][/url] 世间生灵,均由单个细胞组合而成或者发育而来,因此,单个细胞,是生命的功能单元和进化单位。显然,在单个细胞精度的分析与操作,能够在最“深”的水平来理解、设计和改造各种生命体系。但是,面对瀚如星海的细胞世界,如何快速探测细胞的功能呢? 拉曼光谱是一种散射光谱,是化合物中分子键被激发到虚能态却尚未恢复到原始态所引起的、入射光被散射后频率发生变化的现象。我们提出,“拉曼组”(Ramanome)作为一种信息极为丰富的分子光谱,能够在单细胞精度,定量检测细胞代谢各种底物的速率、各种拉曼敏感产物之多样性及其含量、细胞的环境应激性、细胞之间的代谢互作、细胞内代谢物相互转化网络等广阔的细胞代谢表型,还可区分不同的物种。 因此,拉曼组是一种直接刻画“代谢功能”的单细胞表型组。而且,拉曼组手段具有广谱适用、活体、无损、非标记、全景式表型、可分辨复杂功能、快速、高通量、低成本、能耦合下游测序、质谱或培养等重要优势,与现有的单细胞基因组、转录组、蛋白组和代谢物组等手段具有互补性,共同形成一个完整的单细胞多组学方法学体系。 在[b]基金委国家重大科学仪器研制项目、科技部合成生物学重点研发计划[/b]等的支持下,我们研制成功基于拉曼组概念和拉曼分选(RACS)技术的“单细胞分析仪器系列”,包括临床单细胞拉曼药敏快检仪(CAST-R)、高通量流式拉曼分选仪(FlowRACS)、单细胞拉曼分选-测序耦合系统(RACS-Seq)、单细胞微液滴分选系统(EasySort Lego / Compact)等。利用这些原创仪器,我们打通了从单细胞代谢表型组表征到相对应高质量单细胞基因组测定的全流程,为单细胞多组学体系提供了一个全新的维度。 青岛星赛生物科技有限公司(www.singlecellbiotech.com),专注于单细胞维度医疗器械与科学仪器的研发、生产、销售及相关技术服务,基于上述单细胞分析仪器系列,竭诚为客户提供原创、定制化、一体化、全方位的“单细胞代谢表型组表征-分选-测序-培养”解决方案。[b][size=18px][color=#ff0000] 2021年12月30日[/color][/size][/b][size=18px],星赛生物将携年度重磅创新单品——[b]全球首台高通量流式拉曼分选仪FlowRACS[/b]来袭![/size] 立足拉曼组/元拉曼组,依赖于微流控与AI技术,FlowRACS将为合成生物学、精准医学等领域带来重大突破。[b]产品真容、技术细节、精彩报告、有奖竞答[/b]……惊喜多多,不容错过。[size=24px][color=#ff0000][b][url=https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/FlowRACS/][img]https://simg.instrument.com.cn/bbs/images/brow/em17.gif[/img]点击参会![/url][/b][/color][/size]

  • 义翘神州:高通量重组抗体生产的优势及常见问题解答

    [font=宋体][font=宋体]在生物医药领域,抗体的质量和生产效率对于科研和临床应用至关重要。义翘神州作为一家领先的生物技术公司,其高通量重组抗体生产技术备受瞩目。通过该技术,抗体生产周期最快仅需[/font][font=Calibri]10[/font][font=宋体]天,极大地提升了抗体研发的效率和速度。下面将详细介绍义翘神州的高通量抗体表达服务内容,并解答常见问题([/font][font=Calibri]FAQ[/font][font=宋体])。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]1[/font][font=宋体]、高通量抗体表达服务内容介绍:[/font][/font][font=宋体]①基因合成及密码子优化(可选)[/font][font=宋体]客户可提供抗体序列或质粒作为起始材料。[/font][font=宋体] [/font][font=宋体]②载体构建[/font][font=宋体]克隆至表达载体[/font][font=宋体]质粒测序[/font][font=宋体]质粒制备[/font][font=宋体] [/font][font=宋体] [/font][font=宋体]③高通量表达及纯化[/font][font=宋体][font=宋体]瞬时转染[/font][font=Calibri]HEK293/CHO[/font][font=宋体]细胞[/font][/font][font=宋体]纯化抗体[/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=宋体]④[/font][font=Calibri]QC[/font][font=宋体]分析[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]SDS-PAGE[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]UV[/font][/font][font=宋体][font=Calibri]SEC-HPLC ([/font][font=宋体]可选[/font][font=Calibri])[/font][/font][font=宋体]内毒素分析(可选)[/font][font=宋体] [/font][font=宋体]⑤交付内容[/font][font=宋体]纯化抗体[/font][font=宋体][font=宋体]质量检验报告[/font] [font=Calibri](CoA)[/font][/font][font=宋体][font=宋体]克隆于商业表达载体质粒[/font][font=Calibri]([/font][font=宋体]可选[/font][font=Calibri])[/font][/font][font=宋体][font=宋体]细胞培养液上清[/font] [font=Calibri]([/font][font=宋体]可选[/font][font=Calibri])[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]2[/font][font=宋体]、为什么选择义翘神州的高通量重组抗体表达服务?[/font][/font][font=宋体]义翘神州提供的高通量抗体表达服务具有以下优势:[/font][font=宋体]? 我们拥有北京和泰州双生产中心,近地化服务,更便捷,满足您生产的要求。[/font][font=宋体][font=宋体]? 速度快,从基因序列到纯化抗体最快[/font][font=Calibri]10[/font][font=宋体]天完成。[/font][/font][font=宋体][font=宋体]? 高通量适用范围广,可适用于常规[/font][font=Calibri]IgG[/font][font=宋体]型抗体的表达以及单链抗体的表达,[/font][font=Calibri]1000[/font][font=宋体]抗体[/font][font=Calibri]/[/font][font=宋体]项目生产能力。[/font][/font][font=宋体]? 自动化水平高,配备自动化构建平台,更准确高效。[/font][font=宋体]? 义翘神州成熟且先进的哺乳动物细胞表达平台,适用于各种类型抗体的表达。[/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]3[/font][font=宋体]、高通量抗体生产一般使用什么培养体系和纯化方法?[/font][/font][font=宋体][font=宋体]义翘神州的高通量抗体的培养主要以摇瓶为主,利用[/font][font=Calibri]HEK293[/font][font=宋体]或[/font][font=Calibri]CHO[/font][font=宋体]细胞培养实现抗体的高通量表达。原因有以下两点:该培养体系对比孔板,体积更大,获得抗体的收率较高;摇瓶培养体系获得的产品信息对后期放大更有相关性。通常使用[/font][font=Calibri]protein A/G[/font][font=宋体]纯化方式获取纯度相对较高的抗体,同时也会根据不同复杂抗体的类型应用离子交换、分子筛等方法进行纯化。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=Calibri]4[/font][font=宋体]、义翘神州的高通量抗体表达服务可以生产哪些抗体类型,具体流程是什么样的?[/font][/font][font=宋体][font=宋体]义翘神州可生产全长、[/font][font=Calibri]scFv[/font][font=宋体]、[/font][font=Calibri]VHH[/font][font=宋体]、嵌合抗体多种形式,我们可以根据客户的具体要求最快[/font][font=Calibri]10[/font][font=宋体]天时间实现定制化从基因到抗体的高通量生产,满足您的生产需求。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体] [/font][font=宋体][font=宋体]义翘的重组抗体[url=https://cn.sinobiological.com/services/high-throughput-antibody-production-service][b]高通量表达纯化服务[/b][/url]结合了专业的高通量基因合成、载体构建和优化的瞬时抗体表达技术,充分利用义翘优势[url=https://cn.sinobiological.com/services/platform/mammalian-cell-expression][b]哺乳动物细胞表达平台[/b][/url],能够提供在[/font][font=Calibri]HEK293/CHO[/font][font=宋体]细胞中快速生产重组抗体服务。详情关注:[/font][font=Calibri]https://cn.sinobiological.com/services/high-throughput-antibody-production-service[/font][/font]

  • 低价转让基因测序仪

    公司现有1台ABI3100 测序仪,成色较新,价格优惠,质量保证,可预约试机。电话:13717963569自动化程度高:提供连续,无监控的操作,自动灌胶,上样,电泳分离,检测及数据分析,可连续运行24小时无需人工干预。样品分析量大:可同时对16个样品进行全自动分析,一天可完成数百个样品的测序或片段分析工作先进的荧光检测系统:采光栅分光,CCD摄像机成像技术,实现多色荧光同时检测应用广泛:除了新基因测序或比较测序工作外,可进行多种片段分析,包括微卫星DNA分析,比较基因型分析,单核苷酸多态性(SNP)研究

  • 高通量重组蛋白表达技术在大肠杆菌中的应用

    [b][font=宋体]前言[/font][/b][font=宋体]在当今的生物技术领域,高通量重组蛋白表达技术在基础研究和商业应用中扮演着非常重要的角色。随着后基因组时代的到来,研究人员对大规模蛋白表达和纯化的需求日益增长,大肠杆菌因其易于遗传操作、低成本、生长迅速成为生产重组蛋白的首选微生物宿主。本文将综述大肠杆菌中高通量重组蛋白表达的现状和未来展望,探讨从目的基因获取到蛋白表达和纯化的先进技术,并讨论如何克服[/font][url=https://cn.sinobiological.com/resource/protein-review/protein-expression][u][font=宋体][color=#0000ff]重组蛋白表达[/color][/font][/u][/url][font=宋体]过程中的挑战。[/font][font=Calibri] [/font][b][font=宋体]高通量重组蛋白表达技术[/font][/b][font=宋体][font=宋体]高通量研究是一种能够同时检测数千个生物分子,使大规模重复成为可能的研究。[/font][font=Calibri]20[/font][font=宋体]世纪[/font][font=Calibri]90[/font][font=宋体]年代初,第一台[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]测序仪被开发出来,人类基因组计划随之开启,高通量技术在[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]、[/font][font=Calibri]RNA[/font][font=宋体]、蛋白质、脂质和代谢物检测的需求也急剧增加。自该技术提出以来,大肠杆菌中高通量重组蛋白表达和纯化已经得到了广泛的应用。[/font][/font][font=Calibri] [/font][font=Calibri]1. [/font][b][font=宋体]目的基因的制备[/font][/b][font=宋体][font=宋体]获取目的基因是重组蛋白表达的第一步。传统的方法是从[/font][font=Calibri]cDNA[/font][font=宋体]文库中直接克隆基因,但这种方法存在局限性,如从库中筛选基因较为费时以及难以添加融合标签等。高通量[/font][font=Calibri][url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url][/font][font=宋体]技术是目前获取目的基因最常用的技术,设计引物并调整好参数后,即可在[/font][font=Calibri][url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url][/font][font=宋体]仪中自动完成目的基因的制备。[/font][/font][font=Calibri] [/font][font=Calibri] [/font][font=Calibri]2. [/font][b][font=宋体]表达载体的高通量构建[/font][/b][font=宋体][font=宋体]研究人员开发了多种构建表达载体的克隆方法,包括基于限制性内切酶的克隆、重组克隆和不依赖于连接反应的克隆等。这些方法各有优势和局限性,但在近年来都有显著改进。例如,基于限制性内切酶的克隆因其简单、高效、通用和成本效益而备受关注。一个理想的大肠杆菌表达载体应具备选择标记、复制起点、转录启动子、[/font][font=Calibri]5'[/font][font=宋体]非翻译区([/font][font=Calibri]5'UTR[/font][font=宋体])和翻译起始位点。此外,融合标签的添加对于目的基因的转录和蛋白表达同样至关重要。[/font][/font][b][font=Calibri] [/font][/b][font=Calibri]3. [/font][b][font=宋体]大肠杆菌表达菌株的选择和细胞培养[/font][/b][font=宋体][font=宋体]为保证蛋白质表达成功及其表达质量,应选择合适的大肠杆菌菌株,如[/font][font=Calibri]BL21[/font][font=宋体]及其衍生菌株是较常用的重组蛋白生产菌株。培养大肠杆菌比较简单的方法是分批培养,但此方法对生长的控制比较有限。近年来,高通量培养技术使研究人员能够在一系列发酵条件下处理大量样品,大大加快了生产时间。[/font][/font][b][font=Calibri] [/font][/b][font=Calibri]4. [/font][b][font=宋体]高通量蛋白表达和纯化[/font][/b][font=宋体][font=宋体]高通量平台可以快速克隆基因、挑选菌落、分离质粒[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]、转化细菌、表达和纯化蛋白质。这些平台虽然成本高昂,但为复杂的分子生物学实验操作提供了极大的便利。[/font][/font][font=Calibri] [/font][b][font=宋体]结论与展望[/font][/b][font=宋体]大肠杆菌中的[/font][url=https://cn.sinobiological.com/services/high-throughput-antibody-production-service][u][font=宋体][color=#0000ff]高通量重组蛋白表达技术[/color][/font][/u][/url][font=宋体][font=宋体]极大的推进了重组蛋白的表达进程。尽管存在挑战,但通过不断优化和创新,研究人员正在朝着更高效可靠的蛋白质生产系统改进。未来的发展方向包括进一步优化克隆方法、开发新的融合标签、改进表达载体和菌株,以及利用高通量技术实现从[/font][font=Calibri]DNA[/font][font=宋体]到大规模蛋白质生产的快速转变等。[/font][/font][font=Calibri] [/font][font=宋体]参考文献:[/font][font=Calibri]Jia B, Jeon CO. High-throughput recombinant protein expression in Escherichia coli: current status and future perspectives. Open Biol. 2016 6(8):160196. doi:10.1098/rsob.160196[/font]

  • 基因检测行业的发展现状:国内外差距明显

    基因检测行业的发展现状:国内外差距明显此前著名影星安吉丽娜?朱莉切除乳腺一事使得基因检测成为全球关注热点,而近年来随着测序技术发展逐渐成熟和成本的不断下降,利用高通量测序技术开展基因检测项目已逐渐成为一种主流方式。特别是今年国家卫计委发布《关于产前诊断机构开展高通量基因测序产前筛查与诊断临床应用试点工作的通知》和《关于开展高通量基因测序技术临床应用试点工作的通知》后,该技术在基因检测临床应用中已得到国家认可。  基因检测是通过血液、其他体液或细胞对DNA进行检测的技术。通过基因检测,人们能了解自己的基因信息,预知疾病发生的风险,从而通过有效的干预措施避免或延缓疾病的发生。  基因检测可以用于疾病的预测,也可以用于疾病的诊断。疾病诊断是用基因检测技术检测导致遗传性疾病的突变基因。  目前应用最广泛的基因检测是通过高通量测序技术开展新生儿遗传性疾病的检测、遗传疾病的诊断和肿瘤疾病的辅助诊断。  国际基因检测行业规范现状  据统计,截至2015年12月3日,全球共有1068家临床机构和670家实验室提供的55125个基因检测项目,涉及4472种相关疾病。  国外基因检测服务开展较早,目前市场已经非常成熟,此外,国外基因检测行业已经相对规范,如美国病理学家协会(CAP)和美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)等都专门针对高通量基因测序的临床应用提出要求。  国内基因检测行业规范现状  同国外相比,国内基因检测的项目偏少,目前明确能在临床开展的基因检测项目只有不到200个,检测项目较多的主要集中在感染性疾病、肿瘤分子生物学检测以及遗传病诊断,也有些项目可应用于产前诊断、预防性诊断等。  早在2014年之前,我国还未对基因检测行业出台相应的准入标准和管理规范。2014年2月9日,国家食品药品监督管理总局与国家卫生和计划生育委员会叫停了基因检测的临床应用。2014年12月,国家卫计委先后发布了《关于开展高通量基因测序技术临床应用试点工作的通知》和《关于产前诊断机构开展高通量基因测序产前筛查与诊断临床应用试点工作的通知》,这意味着高通量基因测序技术在基因检测的临床应用获得国家的认可。  在国内,利用高通量测序技术开展较多的基因检测项目为无创产前筛查(NIPT),可开展的检测机构包含华大基因、达安基因、贝瑞和康、博奥生物、安诺优达等。

  • 硅谷聚集基因测序技术新产业

    美国加州的山景城是“硅谷”的重要组成部分。现在,一个与硅芯片相关的潜力大产业正在这里兴起,那就是基因组测序技术产业。这个产业的发展是随着多家大公司的激烈竞争开始的。不过,一家名为“整合基因”(Complete Genomics,CG)的公司不像别的公司一样研发和销售测序仪器,而是为科学家提供外包的测序服务,更绝的是,在这家公司里做测序的,并不是研究人员,而是一排排的机器人。近日,《新科学家》杂志探秘了这家充满科幻意味的公司。前台都是“机器人”走进CG公司,连前台都由计算机终端出任。它会主动向来客问好,询问姓名、身份和来访意图。旁边连接的一台打印机则自动打出访客挂牌。与此同时,一份电子邮件已经发送到内部接应人员的电脑上。这家公司的生产线更像科幻电影里的实验室,昏暗蓝色的房间里到处都是高级仪器,室内温度保持在28℃和相对较高的湿度,几名穿着实验服,带着发罩的工作人员在监视着电脑屏幕,查看着机器人的运作状态。这儿已经成为了世界上最大的人类基因组测序工厂。只是在这里工作的不是人类,而是机器人。在一个大约只有半个网球场大的房间里,“坐着”16台机器人,不间断地进行着人类基因组测序的工作。去年,它们完成800个人的DNA测序工作其中三分之一是后半年做出来的。到了今年,它们已经可以每个月生产出400个人的基因了。CG公司只是目前迅速形成产业的诸多基因组测序公司中的一家,但是它十分独特。公司市场总监图柯特(Jennifer Turcotte)对《新科学家》杂志解释说,通常而言,DNA测序是在一个密封的机器里进行的,但在这家公司的实验室里,机器人却是在一个开放暴露的环境下做基因组测序,这是为了便于维修。实验室特定的温度和湿度是为了符合测序中出现的生化反应,微弱的蓝光是为了避免荧光探测剂在探测基因代码符号时受到其他频率光波的破坏。这儿所进行的基因组测序,已是目前最新的第三代基因组测序技术,称为“DNA纳米球测序技术”。这种新方法是将DNA链放置在一小块硅芯片上进行调节,自我组装成所谓的“纳米球”。这样的测序所需要的试剂更少,得到的数据则更多。技术人员都穿着无尘室服装,因为任何一点灰尘都会干扰测序,除非哪儿出问题了,一般而言这些技术人员不会干预机器人的工作。机器人则会自动添加试剂,操作样本,每个DNA纳米球上携带着70个核苷酸,其排列顺序会通过光信号被拍摄记录下来。费用正在逐步降低这些机器人正在做的工作,是一个浩大庞杂的工程蓝图中的第一步,所有的人类基因组中有着30亿对碱基对,而CG计划将其全部组装出来。这需要非常大的计算量,公司为此也建了一个自动数据中心。不过,这个数据中心设在距离公司大约有20分钟车程的地方那儿的电费更便宜。目前CG公司只针对研究者和制药公司开放,个人还没法购买他们的服务。在这里,每对基因组测序要价9500美元,如果购买1000对以上,则每对价格降为5000美元。这个价格是随着基因组测序技术突飞猛进而急剧下降的,要知道,十年前,第一对人类基因组序列完成时,其价格是以十几亿美元计量的。而科学家现在已经预计几年后,基因组测序的价格可能会降到一般人都可能支付得起的程度。基因组测序的流水线完全是由机器人来做的,而职员做什么呢?公司共有185名职员,部分是科研人员,忙于改善公司的测序技术,另一部分则是做市场和联络,与各类客户打交道。基因组测序工程是一项既有非常光明的前途但又异常庞大的科学工程,而自动化则可能成为处理这项工作的最佳工具。基因学家们认为,通过一些基因扫描,是可以找到导致人类易感疾病的一些基因变异,人类基因谱上,有一些常见明显变异,但是就整个遗传问题来看,还有大量的混乱的遗传变异隐藏在DNA双螺旋体中,这些也导致了世界上千奇百怪的遗传疾病。如何去捕猎这些神秘莫测的错误基因代码呢?只剩下一个方法,那就是将整个人类基因谱测序,来捕捉一些可能和疾病有关的基因变异。这个方法虽然听上去如同“大海捞针”一样不靠谱,但目前一些迹象表明,今后或许基因组序列会成为医疗记录的一部分,或者科学家可以通过家庭的基因组测序来纠正基因错误。比如,去年西雅图系统生物学研究所的胡德(Leroy Hood)及其小组与CG公司进行了合作,在《科学》杂志上刊登了一篇论文。他们对一家四口的基因组进行了测序。这是个特殊的家庭,两个孩子都患有两种隐性遗传病米勒综合征和纤毛运动障碍,而父母则完全正常,在分别测出这家人的基因序列后,研究者将父母和子女基因组序列进行比较,验证了米勒综合征这种非常罕见遗传病的致病突变。提供测序外包的服务目前,站在基因组测序产业化起跑线上的企业包括了同样位于加州的生物科学公司Pacific Bio。这个公司创立了首次可以对单个DNA进行测序的仪器。和CG公司一样,目前,这家公司也只向研究者提供服务。有一些大型的、从事基因组测序产业的公司已经将基因组测序做到医院和个人普及的地步了,如研发制造大型测序分析仪器的Illumina公司。这个公司在2008年美国成长最快的科技公司评选中,风头甚至盖过了Google。它们提供的产品甚至可以直接给病人使用。而另一位基因创业企业家罗斯伯格(Jonathan Rothberg)甚至发明了可以放在桌子上的基因解码器,可以在2小时之内以很高的精度解读出1000万个基因代码符号。大部分的基因组测序企业都站在一个竞争线上,尽力提高DNA测序的速度,降低费用。而CG公司其实并非和它们是严格意义上的竞争对手他们计划组装出所有的人类基因序列,研发也是为此目的而进行。此外,他们并不如其他公司一样开发更高级更小巧的基因组测序仪,而是为科学家提供基因组测序的外包服务,也就是说,研究人员无需购买、安装、培训、运行和维修仪器,而只要将样品交给这家公司,等待结果到来就可以。虽然很多人不理解他们的做法,但这家公司始终坚持自己的观点,认为这样的服务最能让科学家将时间从捣腾仪器设备的工作中解放出来,专心放在生物学和假说验证上。从这几年CG公司取得的成绩来看,这种做法确实是有效的。2009年,CG公司宣布其测出了第一个人类基因序列,并移交给美国生物科技信息中心数据库。同一年,他们在《科学》上刊文,发布了三个完整人类基因组序列分析的结果,当时文章还宣布,测序的成本已经可以降到1726美元。这在生物界引起了轰动。到了那一年结束,他们已经做出了50个人的基因序列。此外,他们的名字也随着来自各地的科学家一起多次登上了权威学术杂志。除了去年帮助科学家解开了米勒综合征突变难题给科学界留下难忘的印象之外,美国的罗氏公司还曾经借助CG的基因组测序技术,完成了人类科学史上第一例肺癌患者的全基因组比较。相关研究结果刊登在《自然》杂志上。而美国癌症学会也开始和CG公司联手,希望通过其服务比较正常人和癌细胞基因组序列的差异。或许在不久的将来,解开癌症之谜的第一个贡献就属于这些蓝光照耀下的机器人。

  • 【“仪”起享奥运】下一代测序(NGS)技术在中药鉴定中的应用

    进入21世纪,自第一个植物基因组拟南芥被完整破解以来,有近300种植物的基因组被陆续破解,并在此基础上建立了相应的植物基因组数据库,中药材植物是其中重要的组成部分。中药材品种数量众多,一项市场调查发现,123种常用的中药材都有不同程度的掺假或混用的情况。传统的DNA条形码技术虽然具有很好的物种区分能力,但是一般是针对单一的物种进行鉴定,碍于桑格测序的技术局限性,其对多药味的中成药的鉴别存在困难。NGS测序则可以解决多药味处方的鉴别的问题,目前已有许多关于NGS技术应用于中药材产品的报道。Peng Zhang等尝试用Pacific Biosciences(PacBio)公司的单分子实时(Single-molecule Realtime,SMRT)测序技术对生脉散中各个药味进行检测,不同于传统的NGS测序,其开发了一种Full-lebgth Muiti-barcoding的策略,直接对ITS2和PsbA-trnH的片段进行了测序,并选择三味蒺藜散用于验证方法的可行性。最终通过不同通用DNA引物的组合可以实现对生脉散与三味蒺藜散中所有药味的鉴定,同时可以鉴定出外源性的物种,充分证明了此种方法用于中成药质量控制的可行性。由于龙胆泻肝丸中川木通的混用会引起马兜铃肾病,因此其质量检测要求比较严格,通过鸟枪法宏基因组测序技术使用Illumina HiSeq 2500平台对龙胆泻肝丸中的木通进行验证,从实验室制作的2个参考样本(RF01和RF02)中获得了ITS2、PsbA-trnH和MatK三个序列的共计129个有用的Contigs,实现了对木通及龙胆泻肝丸中其余药味样本的检测。将该方法应用于市场收集样本的检测,发现市场样品多存在产品投料缺失、伪品混用、川木通代替木通投料等情况,证明了该方法用于中药材尤其中成药质量控制方面具有可行性。Cheng等基于高通量测序方法开发了一种新的用于识别中药中生物成分的M-TCM方法,对六味地黄丸的生物成分进行分析。分析过程中选择了3批不同制造商的六味地黄丸的药材及自己实验室制备的参考样本,最终实现了对六味地黄丸中不同药味与外源性生物的检测,并通过该方法进一步验证了有些厂家以加工过的原材料进行投料生产的猜测。目前对于天南星的化学检测方法较少,且天南星根茎具有毒性,Li等通过高通量测序与实时[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]技术检测在传统如意金黄散处方中是否存在掺伪的情况,并通过是否能鉴别如意金黄散中有毒的天南星及其混伪品虎掌来确定此方法的可行性。结果显示,市场收集的如意金黄散样品中未检测到天南星与厚朴,却检测到了虎掌和当归,实时[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]方法与NGS测序的检测结果一致,进一步验证了结果的准确性。Xin等[44]利用PACBIO RSII SMRT平台对3份市场来源和2份实验室自制的九味羌活丸样品进行测序,通过对ITS2和PsbA-trnH两种DNA条形码的测序结果分析,发现实验室自制的样品中所有的药味均被检出,而市场购买的样品中黄芩、苍术、白芷、川芎等药味未被检测到,同时朝鲜苍术、白术等非处方药味和外源性的物种例如杜鹃属、牵牛属等却有检出。Williams A等[48]利用PacBio平台结合[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]DGGE(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)的方法检测当归补血方中处方药味的投料是否准确,并通过高效[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p][color=#3333ff]液相色谱[/color][/url]的方法检测当归和黄芪中的1338质量标志物,确定其剂量关系。

  • 微生物基因组测序的应用

    基因组测序和序列的组装,为快速研究该致病菌株的致病机理创造了条件。与此同时华大基因与德国汉堡-Eppendorf医疗中心合作,也宣布完成了对致病菌株的测序工作。Guenther说:"在有限的时间里完成了对微生物的全基因组测序,极大的方便了研究者从一个整体的水平上去研究微生物,进而揭示在这些目标微生物的基因组究竟发生了哪些改变。"事实上也的确如此,科学家根据从基因组测序的数据所获得的证据,将本次的致病型大肠杆菌鉴定为致病型大肠杆菌的一个新杂交品种,并且携带了一些抗性基因。"从宏观的基因组水平上来研究这类细菌,将在很大程度上革新我们对传染病暴发的认识,3-4天内完成对某种微生物的全基因组测序及基因标注,将会开启一个新的研究领域。"在新奥尔良召开的美国微生物学会年度会议上,一些研究者指出,分子鉴定的方法正被用来打造基因组传染病学这一领域,基因组传染病学致力于重构传染病暴发的过程,以求在将来能够对传染病能进行实时有效的监控和快速反应。

  • 英开发出简化的基因组测序新方法

    无需进行文库制备,所用DNA样本比标准方法更少2012年12月13日 来源: 中国科技网 作者: 陈丹 中国科技网讯 据物理学家组织网12月12日(北京时间)报道,英国研究人员简化了基因组测序的标准流程,首次无需进行文库制备便完成了DNA(脱氧核糖核酸)单分子测序,而且新方法只要很少量的DNA就能获得序列数据,用量可低至不到1纳克(10亿分之一克),仅为常规测序方法的500分之一到600分之一。 文库制备是指从测序前基因组样本中提取不同长度的DNA片段,这一过程不仅费力、费时,还会浪费DNA,而新技术能极大地减少DNA的损耗,并缩短测序时间。 该研究论文的第一作者、英国威康信托基金会桑格研究所的保罗·库普兰说:“我们用这种方法对病毒和细菌的基因组测序后发现,即使在相对较低的水平,我们也能够确定所检测的是何种有机物,不论样本中是否存在特定的基因或质粒(这对于确定抗生素耐药性很重要),或者其他信息,如对特定DNA碱基的修改等。”他表示,一旦技术得到优化,将在快速、高效地识别医院和其他医疗场所中的细菌和病毒方面具有很大的应用潜力。 研究小组利用第三代单分子测序系统PacBio RS演示了这种简化的直接测序方法。他们仅仅用800皮克(千分之一纳克)DNA来分析一个生物体的基因组,尽管测序仪只读取了基因组的70个序列片段,相对于常规测序方法获得的数据来说不过是很小的一部分,但这些信息足以让研究人员确定他们所检测的生物体的品种。 这项技术也使得科学家能够对此前无法识别的宏基因组(也称微生物环境基因组)样本中的生物体进行确认。“为微生物测序,首先需要能够在实验室中培养它们。”论文的主要作者、英国巴布拉汉研究所的塔米尔·钱德拉说,“这不仅耗费时间,而且有时候微生物不生长,为它们的基因组测序极其困难。”他表示,新方法可以直接对微生物测序,短时间内便可确定其“身份”。 论文的另一主要作者、威康信托基金会桑格研究所的哈罗德·斯维尔德洛说:“我们的技术可以在对所测序列没有任何先验知识、没有特定微生物试剂的条件下,在很短的时间内操作,这是一种很有前途的替代手段,可应用于控制感染等临床需要。”(记者陈丹) 总编辑圈点 长久以来,基因测序等围绕基因科学所展开的研究,都被人们贴上了从本源上解开人体生命奥秘、彻底解除遗传疾病威胁等殷切的标签。多国为提高社会健康水平,都开展了解码国民DNA的活动,有些甚至覆盖全基因组。然而,面对由30亿个碱基对构成的人类基因组,精确测序注定将是一场浩大而又漫长的工程。如何能快速、准确地将海量DNA数据转化为有帮助的实用信息,已经成为该领域科学家们面临的重大挑战之一。因而我们说,英国科学家此番取得的突破,不管是从整个学科研究的方法论层面,还是从临床应用的角度,都提高了基因研究服务于人类的速度。 《科技日报》(2012-12-13 一版)

  • SPT Labtech、罗氏联手,重磅推出下一代测序(NGS)文库制备方法

    近期,英国SPT Labtech —— 生命科学研究领域自动化仪器及耗材的制造商,宣布与Roche合作共同推出一种Illumina 兼容且简化的下一代测序(NGS)文库制备方法。通过与 SPT Labtech 的一体化自动液体处理平台 firefly的合作,为基因组学研究人员提供了 Roche 的 KAPA EvoPlus 和 KAPA EvoPlus [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]-Free Kits 的全自动化工作流程(仅用于科研)。[align=center][img]https://img1.17img.cn/17img/images/202403/uepic/18b81cd9-8eb8-474a-9d0b-a19cb1729808.jpg[/img][img=,180,131]https://img1.17img.cn/17img/images/202403/uepic/de5f7f96-b895-494b-a8ab-7b1b60cfc593.jpg[/img][/align]这些技术的结合为实验室的全基因组测序建库环节节省了大量时间。这种自动化使用户能够同时运行 96 个样品,与手动操作相比,通量显著增加。此外,该自动化方案不仅提高了生产力,还显著降低了重复性劳损伤害(RSI)的风险,这是在高通量测序任务中需要大量重复手动移液容易引发的常见问题。[color=#0070c0]KAPA EvoPlus Kits 的优势[/color]:适用于低至高通量应用所需要的多功能性和适应性。[color=#0070c0]firefly [/color][color=#0070c0]的优势[/color]:在紧凑的台式设计中结合了多种功能模块,包括移液、分液、孵育和震荡功能,简化了 NGS 文库构建流程。SPT Labtech 基因组学负责人 Paul Lomax 表示:“上述的合作预示了基因组学界在方法学上的提升,为下一代测序文库制备提供了一种经优化、更可靠和更高效的方法。通过显著减少手工劳动和降低时间成本,研究人员可以将注意力转移到工作的更关键环节,从而加速科学发现和创新的步伐。随着我们与 Roche 的合作的继续,我们正在努力实现自动化 KAPA 文库定量试剂盒,为基因组学实验室提供更多的即用型程序一键运行。”[来源:仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

  • 质谱技术也可以用来做基因测序,你听说过吗?

    不过短短数十年,基因测序的价格从近30亿美元步入千元时代,这让你有没有恍如隔世的感觉?如果全基因组测序的价格降到非常低,你会选择测自己的基因序列吗?商家说做基因测序可以预知孩子有哪些天赋,你相信吗?Illumina、Life Tech、罗氏、华大基因,基因测序仪器市场谁主沉浮?中科院北京基因组研究所、中科院半导体所、北京大学、东南大学,学院派能否挑起测序仪器国产化的大梁?质谱技术也可以用来做基因测序,你听说过吗?虽然基因测序越来越容易,但我们得到的却是一本生命天书,要完全读懂它我们还需要多少时间?更多关于基因测序的信息,请访问:http://www.instrument.com.cn/news/subject/s325/

  • 203万!哈尔滨市疾病预防控制中心新冠病毒变异株监测用基因测序试剂耗材采购项目

    [b][font=inherit]项目概况[/font][/b]新冠病毒变异株监测用基因测序试剂耗材项目招标项目的潜在投标人应在公告期内凭用户名和密码,登录黑龙江省政府采购管理平台(http://hljcg.hlj.gov.cn/),选择“交易执行-应标-项目投标”,在“未参与项目”列表中选择需要参与的项目,确认参与后即可获取招标文件,并于 2023年08月30日 13时00分 (北京时间)前递交投标文件。[b][font=inherit]一、项目基本情况[/font][/b]项目编号:[230101]zzgj[GK]20230014项目名称:新冠病毒变异株监测用基因测序试剂耗材项目采购方式:公开招标预算金额:2,033,823.00元采购需求:合同包1(高通量测序试剂套装等):合同包预算金额:424,233.00元[table=100%][tr][td]品目号[/td][td]品目名称[/td][td]采购标的[/td][td]数量(单位)[/td][td]技术规格、参数及要求[/td][td]品目预算(元)[/td][td]最高限价(元)[/td][/tr][tr][td]1-1[/td][td]其他非病人用诊断检验、实验用试剂[/td][td]高通量测序试剂套装[/td][td]15(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]219,000.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-2[/td][td]其他非病人用诊断检验、实验用试剂[/td][td]RNA多重[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]建库试剂盒套装[/td][td]3(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]156,918.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-3[/td][td]其他非病人用诊断检验、实验用试剂[/td][td]一步法制备试剂盒[/td][td]9(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]13,500.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-4[/td][td]其他非病人用诊断检验、实验用试剂[/td][td]条形码引物试剂盒[/td][td]15(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]9,000.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-5[/td][td]日用及医用橡胶制品[/td][td]带滤芯自动化吸头[/td][td]15(包)[/td][td]详见采购文件[/td][td]7,620.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-6[/td][td]日用及医用橡胶制品[/td][td]圆形孔U型底深孔板[/td][td]75(包)[/td][td]详见采购文件[/td][td]3,375.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-7[/td][td]日用及医用橡胶制品[/td][td]96孔全裙边[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]板[/td][td]12(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]3,360.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-8[/td][td]日用及医用橡胶制品[/td][td]可掰开[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]八连管及管盖[/td][td]6(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]6,000.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-9[/td][td]日用及医用橡胶制品[/td][td]冻存管,[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]级[/td][td]6(包)[/td][td]详见采购文件[/td][td]3,900.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]1-10[/td][td]日用及医用橡胶制品[/td][td]冻存管,[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]级[/td][td]3(包)[/td][td]详见采购文件[/td][td]1,560.00[/td][td]-[/td][/tr][/table]本合同包不接受联合体投标合同履行期限:自合同签订之日起一年合同包2(超灵敏度新型冠状病毒全基因组捕获试剂盒(低载量)等):合同包预算金额:1,609,590.00元[table=100%][tr][td]品目号[/td][td]品目名称[/td][td]采购标的[/td][td]数量(单位)[/td][td]技术规格、参数及要求[/td][td]品目预算(元)[/td][td]最高限价(元)[/td][/tr][tr][td]2-1[/td][td]其他非病人用诊断检验、实验用试剂[/td][td]超灵敏度新型冠状病毒全基因组捕获试剂盒(低载量)[/td][td]15(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]402,000.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]2-2[/td][td]日用及医用橡胶制品[/td][td]测序芯片[/td][td]90(张)[/td][td]详见采购文件[/td][td]765,270.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]2-3[/td][td]其他非病人用诊断检验、实验用试剂[/td][td]快速条码试剂盒[/td][td]60(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]379,920.00[/td][td]-[/td][/tr][tr][td]2-4[/td][td]其他非病人用诊断检验、实验用试剂[/td][td]清洗试剂盒[/td][td]60(盒)[/td][td]详见采购文件[/td][td]62,400.00[/td][td]-[/td][/tr][/table]本合同包不接受联合体投标合同履行期限:自合同签订之日起一年[b][font=inherit]二、申请人的资格要求:[/font][/b]1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定 2.落实政府采购政策需满足的资格要求: 无。3.本项目的特定资格要求:合同包1(高通量测序试剂套装等)特定资格要求如下:(1)所投产品需提供合法渠道来源证明合同包2(超灵敏度新型冠状病毒全基因组捕获试剂盒(低载量)等)特定资格要求如下:(1)所投产品需提供合法渠道来源证明[b][font=inherit]三、获取招标文件[/font][/b]时间: 2023年08月09日 至 2023年08月16日 ,每天上午 00:00:00 至 12:00:00 ,下午 12:00:00 至 23:59:59 (北京时间,法定节假日除外)地点:公告期内凭用户名和密码,登录黑龙江省政府采购管理平台(http://hljcg.hlj.gov.cn/),选择“交易执行-应标-项目投标”,在“未参与项目”列表中选择需要参与的项目,确认参与后即可方式:在线获取售价: 免费获取[b][font=inherit]四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点[/font][/b]2023年08月30日 13时00分00秒 (北京时间)地点:黑龙江省政府采购管理平台线上提交[b][font=inherit]五、公告期限[/font][/b]自本公告发布之日起5个工作日。[b][font=inherit]六、其他补充事宜[/font][/b]1、投标人应在黑龙江省政府采购网(http://hljcg.hlj.gov.cn)提前注册并办理电子签章CA,CA锁用于制作标书时盖章、加密和开标时解密(CA办理流程及驱动下载参考黑龙江省政府采购网(http://hljcg.hlj.gov.cn)办事指南-CA办理流程)具体操作步骤,供应商在黑龙江省政府采购网(http://hljcg.hlj.gov.cn/)下载政府采购供应商操作手册。 2、投标人制作电子投标文件及其他相关操作说明,详见黑龙江省政府采购网(http://hljcg.hlj.gov.cn)下载专区--系统操作手册--黑龙江省政府采购管理平台-供应商操作手册。3、投标人需在项目开标时间截止前半小时登陆开标大厅进行签到,在规定时间进行解密,签名确认。4、本次招标公告在黑龙江省政府采购网、中国政府采购网上发布,其他网址转载内容与我公司无关,也不具备法律效力。[b][font=inherit]七、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。[/font]1.采购人信息[/b]名称:哈尔滨市疾病预防控制中心地址:道外区卫星路30号联系方式:0451-85985465[b]2.采购代理机构信息[/b]名称:中资国际工程咨询集团有限责任公司地址:黑龙江省哈尔滨市市辖区经开区南岗集中区汉水路76-6号软件园二期A栋1-2层17号办公联系方式:0451-81888888 转 六部、邮箱:yw6@zzgj.net.cn[b]3.项目联系方式[/b]项目联系人:李女士、蒋女士电话:0451-81888888 转 六部、邮箱:yw6@zzgj.net.cn

  • 科普之基因测序原理讨论

    基因测序的基本原理是边合成边测序。在Sanger等测序方法的基础上,通过技术创新,用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP,当DNA聚合酶合成互补链时,每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光,根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理,从而获得待测DNA的序列信息。

  • 最新测序技术能用单个细胞分析基因组

    最近,来自美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校、克雷格·文特尔研究院和Illumina公司的科学家对现代基因测序算法进行了改良,只需从一个细菌细胞中提取的DNA(脱氧核糖核酸)就可组装成接近完整的基因组,准确率达到90%,而传统的测序方法至少需要10亿个相同的细胞才能完成。这一突破为那些无法培养的细菌提供了测序方法。研究发表在9月18日的《自然·生物技术》网络版上。  实验室无法培养的细菌范围极广,约占99.9%,从产生抗体和生物燃料的微生物,到人体内的寄生菌。它们的生存条件特殊,比如必须和其他菌种共生,或只能生存在动物皮肤上,因此很难进行人工培养。  论文合著者、文特尔研究院的罗杰·拉斯肯教授10年前曾开发出一种多重置换扩增(MDA)技术,可对实验室无法培养的细菌测序,能恢复70%的基因。其工作原理是对一个细胞的基因片断多次复制,直到其数量相当于10亿个细胞那么多。不过,这种技术却给测序软件带来很多麻烦,它在复制DNA时会出现各种错误,而且并非完全统一放大,有些基因组被复制数千次,有一些却只被复制一两次。但测序算法不能处理这些不一致,而是倾向于舍弃那些只复制了少数次的基因,即使它们对整个基因组来说很关键。  加州大学圣地亚哥分校雅各布工程学院计算机科学教授、现代基因测序技术算法创建人帕维尔·帕夫纳和同事改进了这一方法,保留了那些少量复制的基因片断,并用新方法对一个大肠杆菌测序以检验其精确性,发现它能恢复91%的基因,接近传统的培养细胞水平。这已足够解答许多重要的生物学问题,比如该细菌能产生什么抗体。  人体细菌占体重的约10%,它们有些会造成传染病,但也有的能帮助消化,最近研究还发现,它们能改变人的行为方式,比如引诱人吃更多的东西。新方法也有助于科学家理解细菌行为,研究人体内细菌能产生哪种蛋白质和多肽,这些蛋白质和多肽是细菌之间、细菌和宿主之间互相沟通的工具。  研究小组还用新方法对一种以前未曾测序过的海洋细菌进行了测序,获得了相当完整而且能解释的基因组,掌握了它是如何生存和运动的,该基因组将被存入美国国家卫生研究院的基因银行(GenBank)。研究人员表示还将对更多迄今未知的细菌进行测序。

  • 赛纳生物基因测序仪S100获批国家药监局医疗器械注册证

    2024年2月21日,赛纳生物基因测序仪S100获批国家药品监督管理局(NMPA)医疗器械注册证(国械注准20243220383),标志着国产全自主知识产权基因测序仪S100在中国获准临床应用。[align=center][img=,600,280]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/0e5f95d7-ce9a-480b-b0a2-6fddc6d11d8d.jpg[/img][/align][align=center]图片来源:国家药品监督管理局官网[/align]基因测序仪S100依托荧光发生(Fluorogenic)测序化学和纠错编码(ECC)测序策略两项核心技术,将发光基团修饰在磷酸键上,使用聚合酶及磷酸酶合成天然DNA,一步完成DNA聚合、标记切除、荧光转化,避免了分子疤痕和测序偏差,实现了长读长,速度更快。同时结合ECC纠错编码技术发现并矫正测序错误,通过奇偶校验和动态规划算法进行解码,实现错误信息的自校正,测序准确度实现了几何式提高,在靶向基因检测等应用方向具备独特优势。[align=center][img=,600,338]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/6fd2204c-c2f2-42a6-9671-93e1d5b25593.jpg[/img][/align][align=center]图:赛纳生物基因测序仪S100[/align]对于基因测序仪公司,临床市场是必争之地,“获证”则是这些公司这真正能够进入临床的标志。据了解,一款基因测序仪申报获得国家药监局医疗器械注册证并非易事,通常要长达数年时间。虽然近几年国产创新基因测序仪产品涌现,但真正获得医疗器械注册证的仪器却寥寥无几。此次赛纳生物全自主知识产权基因测序仪S100获得批准,也进一步证明了中国在基因测序领域的技术实力和创新能力。[来源:仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

  • 利用MGI平台对大豆进行全基因组重测序分析

    [align=center][b][font=宋体]利用[/font][font='Times New Roman']MGI[/font][font=宋体]平台对大豆进行全基因组重测序分析[/font][/b][/align][b][font=宋体]摘要[/font][/b][font=宋体][font=宋体]:本研究建立了[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台全基因重测序的方法。[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆的全基因进行重测序结果显示,测序数据质量良好,且与参考基因组比对率较高,符合后续分析要求,对其进行[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的变异检测和注释,此结果说明今后可利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对其它样品进行全基因重测序分析。[/font][/font][b][font=宋体]关键词[/font][/b][font=宋体][font=宋体]:[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台;全基因重测序[/font][/font][align=center][font='Times New Roman']Whole genome resequencing analysis of soybeans using the MGI platform[/font][/align][b][font='Times New Roman']Abstract:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]In this study, a method for whole gene resequencing on the MGI platform was established. The results of resequencing the whole genes of soybean by MGI platform showed that the sequencing data was of good quality and had a high comparison rate with the reference genome, which met the requirements of subsequent analysis, and the variation detection and annotation of SNP and Indel were carried out, which indicated that the MGI platform could be used to perform whole gene resequencing analysis on other samples in the future.[/font][/font][b][font='Times New Roman']Keywords:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]MGI platform Whole gene resequencing[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font='Times New Roman']1 [font=宋体]研究背景[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]大豆是重要的粮食作物和油料作物,也是人类最主要的植物蛋白来源[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][1][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。我国是野生大豆的发源地,有着极其丰富的大豆种质资源基础,但是育种和产量较其他大豆主产国显得略有不足,究其原因是我国对大豆的研究和发掘力度存在不足,因此,对大豆育成品种的改良势在必行。自[/font][font=Times New Roman]2010[/font][font=宋体]年起,大豆群体水平的重测序也全面开展,在大豆的全基因组变异图谱上也得到了一定的研究进展[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][2][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。本研究利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆全基因组进行重测序分析,挖掘全基因组水平上的突变。[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]2 [/font][font=宋体]实验仪器[/font][/font][/b][font=宋体]主要实验仪器:[/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISP-960[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]MGIDL-T7[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]DNBSEQ-T7[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]3 [/font][font=宋体]实验结果[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.1 [/font][font=宋体]测序数据质量[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台的测序特点,使用双端测序的数据,要求[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]85%[/font][font=宋体]以上,可以看出大豆重测序数据[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]94.72%[/font][font=宋体]以上,说明大豆测序数据质量良好,满足分析要求。[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]测序数据统计表[/font][/font][/b][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Samples[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean reads[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean bases[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']GC Content[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q20[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q30[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169494922[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25424238300[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.18%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.49%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.27%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']166483906[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24972585900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.47%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.61%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.70%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']186127112[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27919066800[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']35.89%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.57%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.61%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']192397276[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28859591400[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.46%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.22%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']94.72%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']141636468[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21245470200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.11%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.67%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.84%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169468714[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25420307100[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.60%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.66%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']155078286[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23261742900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.90%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.77%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']96.14%[/font][/align][/td][/tr][/table][font=Calibri] [/font][font=宋体][font=宋体]样品原始数据碱基质量值可由图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]看出不存在异常碱基,[/font][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]个大豆碱基测序错误率分布均如图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps1.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]碱基测序错误率分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]碱基类型分布检查可用于检测有无[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]分离现象,若有碱基分离现象可能是测序或建库所带来的,并会影响后续分析。高通量所测序为基因组随即打断后的[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]片段,由于位点在基因组上的分布是近似均匀的,同时,[/font][font=Times New Roman]G/C[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]A/T[/font][font=宋体]含量也是近似均匀的。因此,根据大数定理,在每个测序循环上,[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量应当分别相等,且等于基因组的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量。同样因为重叠等的关系会导致样品前几个碱基[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]不等波动较大,高于其他测序区段,而其它区段的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量相等,且分布均匀无分离现象,如图[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体]所示。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps2.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]2 ATGC[/font][font=黑体]含量分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2 [/font][font=宋体]与参考基因组的序列比对[/font][/font][font='Times New Roman']3.2.1 [font=宋体]比对结果[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]将测序得到的大豆样品与参考基因进行序列比对,[/font][font=Times New Roman]bwa[/font][font=宋体]软件主要用于二代高通量测序得到的短序列与参考基因组进行比对,比对结果见表[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体],根据比对结果可评估测序数据是否满足后续分析。[/font][/font][align=center][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]2 [/font][font=黑体]比对效率统计表[/font][/font][/b][/align][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Sample_ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Properly_mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Averge_depth[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.53%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25.44[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24.9[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.63%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27.75[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.28%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28.58[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.58%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21.26[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.50%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.13%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23.13[/font][/align][/td][/tr][/table][font=宋体][font=宋体]将比对到不同染色体的[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=宋体]进行位置分布统计,绘制[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在参考基因组上的覆盖深度分布图,见图[/font][font=Times New Roman]3[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps3.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]3 Mapped Reads[/font][font=黑体]在参考基因组上的位置及覆盖深度分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]统计[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在指定的参考基因组不同区域的数目,绘制基因组不同区域样品[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]的分布图,见图[/font][font=Times New Roman]4[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps4.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]4 [/font][font=黑体]基因组不同区域[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=黑体]分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.2 [/font][font=宋体]插入片段长度检验[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]通过检测双端序列在参考基因组上的起止位置,可以得到样品[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]打断后得到的测序片段的实际大小,即插入片段大小([/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]),它是信息分析时的一个重要参数。插入片段大小的分布一般符合正态分布,且只有一个单峰,[/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]分布图可以展示各个样品的插入片段的长度分布情况。各样品的插入片段长度模拟分布图见图[/font][font=Times New Roman]5[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps5.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]5 [/font][font=黑体]插入片段长度模拟图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.3[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]深度分布统计图[/font][/font][/b][font='Times New Roman']Reads[font=宋体]定位到参考基因组后,可以统计参考基因组上碱基的覆盖情况。参考基因组上被[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]覆盖到的碱基数占基因组的百分比称为基因组覆盖度;碱基上覆盖的[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]数为覆盖深度。基因组覆盖度可以反映参考基因组上变异检测的完整性,覆盖到的区域越多,可以检测到的变异位点也越多。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]覆盖度主要受测序深度以及样品与参考基因组亲缘关系远近的影响。基因组的覆盖深度会影响变异检测的准确性,在覆盖深度较高的区域(非重复序列区),变异检测的准确性也越高。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]另外,若基因组上碱基的覆盖深度分布较均匀,也说明测序随机性较好。样品的碱基覆盖深度分布曲线和覆盖度分布曲线见图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps6.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]6 [/font][font=黑体]深度分布统计图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.3 [/font][font=宋体]变异检测[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.1 SNP[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]根据变异位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息,可以得到变异位点在基因组发生的区域(基因间区、基因区或[/font]CDS[font=宋体]区等),以及变异产生的影响(同义非同义突变等)。软件可以使用[/font][font=Times New Roman]vcf[/font][font=宋体]格式文件作为输入和输[/font][/font][font=宋体][font=宋体]出,见图[/font][font=Times New Roman]7[/font][font=宋体]和图[/font][font=Times New Roman]8[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps7.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]7 SNP[/font][font=黑体]突变类型分布图[/font][/font][/b][/align][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps8.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]8 SNP[/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.2 Indel[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据所有样品在[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区和全基因范围的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]长度进行统计,其长度分布如图[/font][font=Times New Roman]9[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,355,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps9.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]9 [/font][font=黑体]全基因和编码区[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=黑体]长度分布图[/font][/font][/b][/align][font='Times New Roman'][font=宋体]根据样品检测得到的[/font]Ind[/font][font=宋体][font=Times New Roman]el[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]位点在参考基因组上的位置信息,对比参考基因组的基因、[/font]CDS[font=宋体]位置等信息,可以注释[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]位点是否发生在基因间区、基因区或[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区、是否为移码突变等。发生移码突变的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]可能会导致基因功能的改变,具体注释结果见[/font][/font][font=宋体][font=宋体]图[/font][font=Times New Roman]10[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps10.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]10 Indel [/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]4 [/font][font=宋体]结论[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]本文基于[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]对大豆进行重基因测序,实验结果可看出,大豆样品测序产出数据良好,与参考基因组序列比对率较高,符合后续分析,对其进行变异检测可得到[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的结果。其它研究表明[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISEQ-2000[/font][font=宋体]全基因组重测序表现性能稳定、质量可靠,在实际应用上有明显的优势和应用价值[/font][font=Times New Roman][3][/font][font=宋体]。对[/font][/font][font=宋体][font=宋体]本次实验说明[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对样品进行重测序效果良好,后续可对其它植物进行重测序。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体] [/font][font=宋体]参考文献:[/font][font=宋体][font=Calibri][1] [/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]张永芳[/font],[font=宋体]钱肖娜[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]王润梅[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]等[/font][font=Times New Roman]. [/font][font=宋体]不同大豆材料的抗旱性鉴定及耐旱品种筛选[/font][font=Times New Roman][J].[/font][font=宋体]作物杂志[/font][font=Times New Roman],2019(5): 41-45.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][2] [/font][font=宋体]邬启帆[/font][font=Calibri]. [/font][font=宋体]基于基因组重测序黄淮海大豆育成品种遗传结构及重要家族遗传基础研究[/font][font=Calibri][D]. [/font][font=宋体]南昌[/font][/font][font=宋体][font=宋体]大学[/font][font=Times New Roman], 2023.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][3] [/font][/font][font=宋体][font=宋体]李伟宁[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]刘刚[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]周荣等[/font][font=Times New Roman]. MGISEQ-2000[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]HiSeq 2000[/font][font=宋体]与[/font][font=Times New Roman]NovaSeq 6000[/font][font=宋体]平台全基因组重测序数据的比较分析[/font][font=Times New Roman][J]. [/font][font=宋体]中国畜牧杂志[/font][font=Times New Roman],2021,57(11):156-162.[/font][/font]

  • 里程碑!新一代测序(NGS)首获FDA批准

    近日,美国 FDA 审批通过 Illumina 公司的 MiSeqDx 台式新一代测序仪及配套试剂盒,成为全球首个而且是目前唯一一个获得 FDA 临床认证的新一代测序(NGS)平台。通过认证的试剂盒除了针对囊性纤维化的检测之外,还包括通用试剂盒,让临床实验室能够开发他们自己的诊断检测。美国 FDA 医疗器械与辐射健康中心的官员 Alberto Gutierrez 博士认为:“NGS 正在改变我们了解基因组学的方式。在这之前,测序与特定疾病相关的基因是个漫长而昂贵的过程。今天,我们能够在单个检测中非常快速地读取和解释大的 DNA 片段,而这一信息丰富的技术日渐普及,能够被医生用于患者护理。”此次通过 FDA 认证的两项分析分别是 MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 和 MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay,它们可用于囊性纤维化的筛查和诊断。囊性纤维化是一种常见且致命的遗传疾病,在欧美人群中较为常见。在美国约有 1000 万名携带者,而患病人数超过 3 万名。此疾病由囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)基因的突变引起,有着广泛的临床表现,这取决于哪些CFTR基因突变存在。大部分CFTR突变是罕见的,其分布和频率随群体而异。MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 旨在同时检测CFTR基因中的 139 个临床相关的致病突变及变异,包括 ACMG 和 ACOG 建议筛查的那些。MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay 则凭借 Illumina 的靶向重测序技术,为 CFTR 基因的蛋白编码区域和内含子/外显子边界提供高度准确的数据。美国国立卫生研究院(NIH)的院长 Francis Collins 也是一名囊性纤维化的研究人员。他在一份声明中指出,这一具有里程碑意义的举措,将有助于实现个性化医疗的承诺。他认为,高通量 DNA 测序仪的出现让医生能够全面查看患者的基因组,以便搜索各种变异或突变,它们可能增加疾病风险,推动疾病进程,和/或影响药物反应。这些信息有可能在很多方面让患者受益。不过激动归激动,他认为目前还有很多工作要做。Francis Collins 博士和 FDA 局长 Margaret Hamburg 在《新英格兰医学杂志》上联名发文,称测序平台在临床应用中的批准将为医生在患者护理中更广泛地采用遗传信息铺平道路。不过,他们也指出,尽管目前已取得一些进展,但仍存在政策、法律和监管问题,而新发现也必须得到验证。此外,医生、医疗保健工作人员和患者仍需要支持和帮助,才能了解基因组数据。他们谈道:“新一代测序到达这一监管里程碑仅仅是个开始。我们需要共同努力,以确保研究进展和基因组信息的临床应用是基于严谨的证据。”原文检索:Francis S. Collins, and Margaret A. Hamburg. First FDA Authorization for Next-Generation Sequencer. NEJM, November 19, 2013; DOI: 10.1056/NEJMp1314561

  • 【转帖】中国计量院高通量蛋白质检测技术研究取得重大突破

    “高通量蛋白质分离检测关键技术研究取得的突破给我们很大鼓舞,但这只是我们大规模系统集成研究的一部分,我们正在着力于系统后续的研究。相信,在不久的将来,这套集成系统将为蛋白质组的分析提供一个完整规范的平台。”谈起不久前通过项目鉴定的《高通量蛋白质分离检测关键技术研究》和取得的成果,中国计量科学研究院生物、能源与环境研究所科学仪器研究室主任刘新志显得踌躇满志。  随着全球性的国际人类基因组计划的初步完成,一个以蛋白质和基因调节为研究重点的后基因组时代已经拉开序幕。蛋白质是生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,对蛋白质结构和功能的研究将直接阐明生命在生理或病理条件下的变化机制。伴随人类基因组研究而发展的蛋白质组学则是研究细胞内各种蛋白质的组成及其活动规律的一门新兴学科。后基因组时代,蛋白质组将成为重点研究方向之一,并将有力推动生物产业的持续性高速发展。  “蛋白质组研究是一门极为年轻的科学,从诞生到蓬勃发展也不过七八年历史,我国的研究时间也只有六年而已。但其发展速度非常迅猛,应用范围也非常广泛。”刘新志说。  蛋白质组研究对生命科学、化学分析、食品安全、人类健康等诸多领域都有着重要意义。例如,几乎所有的药物都是通过蛋白质发挥作用,蛋白质组学在药学研究中的应用不仅可直接产生新的药物,更重要的是可减少对新药开发研制的盲目性,大大加速和简化新药研制的过程;通过对疾病不同阶段蛋白质组的研究,还可帮助诊断和防治疾病。目前,蛋白质组学已成功用于肿瘤、糖尿病、艾滋病、关节炎等多种疾病的诊断和治疗。  “蛋白质组研究的核心技术分为两个部分:蛋白质分离技术和蛋白质鉴定技术。实验数据表明,现阶段依赖质谱分析的蛋白质鉴定技术的发展水平远高于蛋白质分离技术的发展水平。但对大分子、复合物、细胞的分离纯化是进行更详尽的生物鉴定和工程化应用所必需的重要步骤,如果不能快速有效地进行蛋白质分离,后续的鉴定也无法进行。所以,蛋白质组研究的瓶颈来自于蛋白质分离技术的限制。”刘新志打了一个比喻:“蛋白质鉴定技术好比一条宽敞的高速路,但通往这条高速路的必经路——蛋白质分离技术就好比一条小胡同,这条小胡同严重影响了车辆的快速通行。”  据介绍,目前蛋白质分离技术主要有两种——双向电泳技术和高效液相色谱技术。“这两种传统技术与生俱来的缺点是很难分解出难溶性蛋白,而且不能分解出不溶性蛋白。要打通这条小胡同,就必须找到一种新的方法、研制一种新的装置,能够有效地分离出难溶性蛋白和不溶性蛋白,并且要实现高通量快速分离。”刘新志介绍。  由中国计量科学研究院完成的《高通量蛋白质检测关键技术的研究》课题在解决蛋白质的快速分离技术方面取得了重大突破。研究建立了以反向加样连续自由流电泳(FFE)分离方法为核心的高通量蛋白质分离检测技术中最为关键的高稳定度自由流电泳(HSFFE)装置。“该装置最显著的特点就是解决了两种传统的分离技术所不能解决的问题——从蛋白混合物中有效地分离出可溶性蛋白、难溶性蛋白、不溶性蛋白,实现了对这三种蛋白的完全分离;其次,装置的通量高,速度快,能够满足蛋白质快速分离鉴定的需要。”刘新志说。

  • 赛纳生物基因测序仪S100获批国家药监局医疗器械注册证

    2024年2月21日,赛纳生物基因测序仪S100获批国家药品监督管理局(NMPA)医疗器械注册证(国械注准20243220383),标志着国产全自主知识产权基因测序仪S100在中国获准临床应用。[align=center][img=,600,280]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/0e5f95d7-ce9a-480b-b0a2-6fddc6d11d8d.jpg[/img][/align][align=center]图片来源:国家药品监督管理局官网[/align]基因测序仪S100依托荧光发生(Fluorogenic)测序化学和纠错编码(ECC)测序策略两项核心技术,将发光基团修饰在磷酸键上,使用聚合酶及磷酸酶合成天然DNA,一步完成DNA聚合、标记切除、荧光转化,避免了分子疤痕和测序偏差,实现了长读长,速度更快。同时结合ECC纠错编码技术发现并矫正测序错误,通过奇偶校验和动态规划算法进行解码,实现错误信息的自校正,测序准确度实现了几何式提高,在靶向基因检测等应用方向具备独特优势。[align=center][img=,600,338]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/6fd2204c-c2f2-42a6-9671-93e1d5b25593.jpg[/img][/align][align=center]图:赛纳生物基因测序仪S100[/align]对于基因测序仪公司,临床市场是必争之地,“获证”则是这些公司这真正能够进入临床的标志。据了解,一款基因测序仪申报获得国家药监局医疗器械注册证并非易事,通常要长达数年时间。虽然近几年国产创新基因测序仪产品涌现,但真正获得医疗器械注册证的仪器却寥寥无几。此次赛纳生物全自主知识产权基因测序仪S100获得批准,也进一步证明了中国在基因测序领域的技术实力和创新能力。[来源:仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

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