六种不同文库制备试剂盒用于 FFPE 样品外显子序列捕获应用的比较
外显子组测序和靶向基因组合测序是常用的新一代测序 (NGS) 方法,用于鉴定和表征科研与临床样品(如癌症样本)中的不同基因突变。基因组合靶标设计、实验室处理操作和生物信息学分析等许多因素都会影响变异/畸变检测的灵敏度和准确性。本文展示相同 FFPE 样品在多个供应商的六种不同文库制备试剂盒中得到的对比结果。在 100X 原始测序深度下,Agilent SureSelectXT HS 文库制备试剂盒在四个关键指标上表现出最佳性能,即在靶率、平均读出序列深度、20X 读出序列深度下的靶标碱基覆盖率以及捕获前文库产率。供应商 A 试剂盒在 20X 读出序列深度下的靶标碱基覆盖率和捕获前文库产率两个指标中排名第二;供应商 E 在在靶率和平均读出序列深度两个指标中排名第二。总体来说,Agilent SureSelectXT HS 试剂盒的性能优于评估的其他 5 种试剂盒。