苦绳甙

随着新一代测序仪（NGS）的技术发展，其使用范围已扩展到de novo测序、变异、外显子组和基因表达分析等领域。因为可以对应高要求的分析处理能力，所以得以迅速普及。为了得到良好的测序结果，需要掌握NGS文库的大小分布和浓度，因此，在使用NGS 系统时质控文库的以上信息非常重要。 到目前为止，为了确认NGS文库的大小分布，使用琼脂糖凝胶电泳作为主要手段。为了确认浓度，还需要配备实时荧光定量PCR仪和荧光分光光度计。从文库制备到质量控制的操作是一系列复杂的手工作业，需要使用快速、简便且价格低廉的控制方法。而且，随着使用Index标签序列可同时对多个样品进行测序技术的成熟，进行质量控制的文库数量有所增加，需求会变得更多。 为解决上述需求，本文将向您介绍使用岛津全自动电泳仪MCE-202 MultiNA 在NGS文库的质量控制应用中，对小鼠的RNA序列进行分析的示例。 NGS流程和MultiNA文库质量控制的应用范围 了解详情，敬请点击《新一代测序仪（NGS）在文库质量控制（QC）中的应用》 关于岛津 岛津企业管理（中国）有限公司是（株）岛津制作所于1999年100%出资，在中国设立的现地法人公司，在中国全境拥有13个分公司，事业规模不断扩大。其下设有北京、上海、广州、沈阳、成都分析中心，并拥有覆盖全国30个省的销售代理商网络以及60多个技术服务站，已构筑起为广大用户提供良好服务的完整体系。本公司以“为了人类和地球的健康”为经营理念，始终致力于为用户提供更加先进的产品和更加满意的服务，为中国社会的进步贡献力量。 更多信息请关注岛津公司网站www.shimadzu.com.cn/an/ 。 岛津官方微博地址http://weibo.com/chinashimadzu。 岛津微信平台

对样本库（无论生物样本库还是化合物样本库）来说，样本是其重要的资产之一。这些样本除内部使用之外，还会以有偿的方式提供给外部进行商业化运营。因此一个成熟稳定运营的样本库，除了存有大量优质的样本外，无一例外都在样本利用率、样本出库量上处于领先。 当前除了少数采用全自动化挑管的大型样本库外，国内大多数样本库依然依靠人工出库，存在样本丢失、样本取错、取样效率低、操作时间过长影响样本质量的问题。这严重限制了样本的有效利用率和科研价值。如何能轻松检索样品？如何能确保海量样本高效挑管无忧出库？如何能让低效的 “死库”变成高效出库的“活库“？安升达Ziath Mohawk革 命性半自动挑管仪来帮您！产品特点可实现从SBS冻存盒中快速无误的挑管既可用于低温样品挑管也可用于解冻后的管子挑管清单支持Excel® ，csv，txt，xml 或 JSON 多种格式标配1D扫描仪，自动识别盒子编号，轻松实现大量样品的跨盒挑管挑管无忧Mohawk半自动挑管仪，可帮助实验人员轻松管理和领取SBS格式冻存盒中的样品。配备96个独立电磁阀，可一次性顶起1-16根存储管，无需担心手动取管导致的取样错误。选管时，既可以通过屏幕上的图形界面手动选择，也可以通过Excel表格导入。Excel可采用手动输入，也可以通过FreezerPro® 样本库管理软件，LIMS系统或其他样本跟踪软件生成。Mohawk配备1D扫码仪，可同时挑取多盒中的样品，减少了多盒同时操作时的挑错风险。处理速度快与传统机械臂相比，Mohawk大大节约时间，它能在几秒钟内完成单孔板的扫描，识别和拾取管子。在实际使用中，根据有经验的使用人员的反馈，从多个源冻存盒到新冻存盒的挑管转移场景，单个实验人员每分钟可完成20-25根样品转移。与全自动化冷库相比，具有成本低、快速、灵活的特点。由于挑管环节时间更短，配合加有液氮或干冰的保温容器，可最大程度防止不必要的解冻和升温，有利于保护珍贵样品。 双重纠错Mohawk除单独使用外，我们更推荐Mohawk 挑管仪与Mirage 扫码仪联合使用！通过Mirage 扫描冻管盒，可自动识别错取或漏取的样品管，实现双重纠错，生产挑管报告。Mohawk 设计紧凑，软件界面简单直观，可实现96孔ANSI/SBS 格式自动化冻存管的轻松挑取。作为一款生物样本库管理的创新工具来说，Mohawk半自动挑管仪对于需要频繁出库的生物银 行和商用化合物库来说，投入成本低，有利于将实验人员从低效的手工挑管中解放出来，实现高效、快速无误的样本出库，助力中国生物科技行业走向更加辉煌的未来。Azenta安升达耗材和设备(C&I)介绍Azenta安升达耗材和设备C&I由原FluidX,4titude,BioCision等多个子品牌的产品构成，包括三码合一冻存管、全自动/半自动/单管开关盖机、整版/单管扫码仪、除雾仪、打码机；PCR板、热封膜/胶膜、全自动/半自动热封机、全自动撕膜机；低温试验耗材和细胞程序性降温盒等产品。Azenta的耗材和设备规格样式多样，适配性广，容易集成到自动化设备或生物样本库中。如需了解更多信息，欢迎随时联系我们，我们将竭诚为您服务！

自2003年第一台二代测序仪诞生以来，NGS技术经历了近二十年的发展，文库制备技术也基本趋于成熟。虽然NGS建库技术一直在更新，但是文库制备流程依然需要大量的时间进行手工操作。繁琐的手工操作对实验人员的操作水平要求较高，且文库的一致性和可重复性差，是困扰很多实验室研究的一个难题。为解决相关问题，NGS自动化建库方案应运而生。目前，市面上常见的NGS自动化工作站主要以高通量为主，仪器占地面积较大，无法满足所有实验室的需求。Tecan拥有四十多年的自动化开发经验，已开发DreamPrep NGS、Fluent和EVO液体处理平台，可为大型的NGS实验室提供自动化工作站。近日，Tecan发布了专为小通量NGS建库实验室设计的MagicPrep NGS，能够满足从低通量到高通量的自动化文库制备需求。什么是MagicPrep NGS？Tecan的MagicPrep NGS是一个完整的自动化NGS文库制备解决方案，由一个简单的台式系统完成。基于墨盒设计的试剂和耗材使MagicPrep NGS可以在10分钟内启动。由于使用了预混试剂卡，用户添加样本后就可以开始运行该系统。据介绍，MagicPrep NGS系统结合了超高的易用性和经过验证的强大技术，可实现超过97%的可靠性，最大限度地减少了用户错误的可能性，提供一致和可重复的结果。MagicPrep NGS的主要优势99%平均成功率*MagicPrep NGS制备NGS文库操作简便，其预先优化的试剂、脚本和强大的自动化为文库制备提供了一个可靠的解决方案，并能将错误降至最低。*成功率基于平均内测数据得出。样本质量和可变性可能会影响成功率。更多信息，访问tecan.com/magicprep-ngs/reliability图1. MagicPrep NGS文库成功率。图1为MagicPrep NGS系统用于对照样本的Illumina测序文库制备。在10多种不同仪器上进行了共59次（472个样本）测试，包括mRNA-Seq和DNA-Seq测试。无论应用程序如何，都计算所有运行的平均库成功率。总的来说，MagicPrep NGS系统的平均成功率大于99%。什么是文库成功率？MagicPrep NGS系统旨在为自动化文库准备提供一个简单、可靠的解决方案。经过大量的测试，以优化的试剂配方、自动化脚本和耗材，最大限度地降低文库失败率。使用推荐的输入量和PCR循环数的对照样本测试MagicPrep NGS文库制备成功率。如果文库的总回收率大于或等于200ng，则认为文库是成功的。使用片段分析仪确认所有文库的预期文库片段分布。文库的质量与成功受到样本质量、输入量和样本潜在抑制剂的影响。质量较低的样本可能会看到不一样的成功率。10分钟的简单运行设置MagicPrep NGS可代替耗费数小时或数天时间的手动移液过程。使用MagicPrep NGS系统，所有文库制备所需的试剂和耗材都预先装在一个试剂盒中，可在10分钟内开始运行。用户只需要提供样本，无需预混试剂，也无需购买其他试剂。用户只需将样本加入样本板，再将试剂卡和样本板插入仪器，点击运行，即可开始建库。MagicPrep NGS试剂卡整合了帝肯专利技术和专门设计的新技术，提供简单的无人值守解决方案。该试剂卡包含DimerFree® 技术，可以最大限度地减少接头二聚体的形成。无论输入量或GC含量为多少，都能保持一致的DNA酶切片段化。同时，试剂卡还包含高保真文库扩增，可以实现文库的准确复制。免安装免校准免脚本编写MagicPrep NGS无需仪器安装，插电即可运行。其触摸屏的可视化图形界面在简化操作的同时也减少了错误的发生，对于实验室新手或者没有NGS建库背景的实验人员非常友好，简单的培训即可上手操作。此外，MagicPrep NGS软硬件一体机的设计也为实验室节省了空间。MagicPrep NGS系统提供了真正的一站式自动化建库系统，开始运行后无需额外的用户交互，节省时间，由MagicPrep NGS负责完成后续的文库制备工作。另外，MagicPrep NGS仪器可以保护文库不蒸发，存储文库长达65个小时，因此用户可以在任何时候开始文库制备。可靠性和可重复性MagicPrep NGS系统采用了一种新型的试剂分装技术与成熟的技术，提供可靠和可重复的解决方案，同时最大限度地减少了用户错误的可能性。MagicPrep NGS提供了一个完全自动化和可复制的实验流程，让实验人员不再局限于单纯的文库制备，而是寻求更多的突破。 图2.MagicPrep NGS系统不同运行的文库一致性。MagicPrep NGS系统在同一运行和不同运行均能制备一致的文库。在同一台仪器上使用Revelo mRNA-Seq试剂盒制备40个文库(5次运行)，以100 ng的K562总RNA文库为起始量。将每个文库的总量绘制成图表，以证明文库得率的一致性。数据显示，每个批次的CV在5.8% ~ 16.8%之间，表明每个批次的8个样本的产量一致。此外，在所有5次运行中生成的文库结果是相似的，证明MagicPrep NGS系统有较好的一致性。MagicPrep NGS系统提供一套完整且可靠的文库制备方案试剂卡汇集了帝肯手动试剂盒的全部优势，并经格式化后使用在MagicPrep NGS仪器上，因此可以节省数小时的操作时间。具有以下特点：• 宽泛的样本输入区间和体积，便于加样• DimerFree技术减少了接头二聚体的形成• 双端唯一分子标签（UDI）接头，可灵活应用于样本的多重组合以及index跳跃检测REVELO mRNA-SEQ FOR MAGICPREP NGS图3. 在宽泛的输入区间内保持一致的性能。使用Revelo mRNA-Seq试剂盒制备10 ng、100 ng和1000 ng的 K562总RNA文库。无论输入量多少，所有文库的指标相似。Revelo mRNA-Seq试剂盒提供了从总RNA样本中选择和构建mRNA-Seq文库所需的所有试剂和耗材，与MagicPrep NGS系统共同为自动化制备mRNA-Seq文库提供了一个简单的解决方案。REVELO DNA-SEQ ENZ FOR MAGICPREP NGS图4：可靠的酶切DNA片段化，不受CG含量的影响。使用Revelo DNA-Seq Enz试剂盒，用100ng不同GC含量的三种细菌基因组混合物（金黄色葡萄球菌（32%GC）、大肠杆菌（50%GC）和类球红细菌（68%GC））制备文库。所有基因组都在测序数据中得到了预期的体现。插入片段长度分析显示所有三个基因组的插入大小相似，表明DNA片段化不受GC含量的影响。Revelo DNA-Seq Enz试剂盒提供高质量DNA酶切构建文库所需的所有试剂和耗材，与MagicPrepNGS系统为自动化制备DNA-Seq文库提供了一个简单的解决方案，且DNA片段的一致性不受输入量与GC含量的影响。REVELO DNA-SEQ MECH FOR MAGICPREP NGS图5. 不同GC含量样本的结果一致性高。Revelo DNA-Seq Mech试剂盒被用于从100ng三种GC含量不同的细菌基因组（金黄色葡萄球菌（32%GC）、大肠杆菌（50%GC）和类球红细菌（68%GC））的预片段化混合物中制备文库。测序结果显示，三种细菌基因组的均一性和基因组覆盖率均达到99.9%。每个基因组的读长比例与手动得出的结果相似，表明自动化文库构建过程中的GC偏好低。Revelo DNA-Seq Mech试剂盒提供了预片段化的DNA构建DNA-Seq文库所需的所有试剂和耗材，与MagicPrep NGS系统为自动制备DNA-Seq文库提供了一个针对片段化的基因组DNA的高灵敏解决方案。