质谱测序分析

项目编号：QXZB-2022-1159B项目名称：四川大学华西第四医院核酸质谱分析仪+高通量二代基因测序仪采购项目预算金额：685.0000000 万元（人民币）采购需求：1.采购项目名称：四川大学华西第四医院核酸质谱分析仪+高通量二代基因测序仪采购项目；2.数量、简要技术需求或服务要求：具体详见招标文件第六章。合同履行期限：政府采购合同签订生效后90个日历天内，完成交货、安装调试、培训。本项目( 不接受 )联合体投标。

临床检验技术的发展可谓日新月异，作为检验技术的代表之一，质谱检测平台因其快速、准确、特异的优点，受到越来越多的重视。质谱作为诊断领域的一种新兴技术，由科研逐渐走向临床，业界很多专家认为其和基因测序技术有许多共同点，也意味着质谱很有可能复制基因测序的发展，拥有很大的发展潜力，而目前处于快速发展阶段。据调研报告显示，2021年全球质谱在临床检验应用的市场规模在150亿美元左右，未来行业增速将在20%左右。其中，美国临床质谱检验市场约为55亿美元，占据整体医学检验市场约15%；而中国质谱检验在医学检验市场占比仅为1-2%，渗透率较低，未来市场潜力巨大。根据不同的离子源及质量分析器搭配的不同，质谱分成多种类型，不同类型的分析特性不同，适用于不同的临床领域，比如液相色谱串联质谱（LC-MS）适用于小分子定量分析，包括新生儿筛查、微生物检测、药物浓度监测等；基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）常用于微生物鉴定；电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）适用于微量元素检测等。随着精准医学的发展、多组学研究上的突破，临床质谱迎来了发展机会。2004-2022年，我国陆续涌现出几十家临床质谱创新企业，从产业链角度来看，大致分为上游的仪器/试剂企业，中游的第三方医学检验中心，作为产业链下游的用户端，国内标杆的医院基本都有开展质谱项目，如解放军总医院、复旦大学附属中山医院等质谱检测平台从技术水平、仪器规模、开展项目等都处于领先水平，也发挥着非常大的示范作用，带动了一大批三甲、二甲医院开展质谱检测。此外，随着国产质谱仪器的陆续推出，仪器售价较进口品牌有较大优势，也降低了准入门槛，未来可以预见仪器的成本还将持续下降。不仅如此，质谱的临床应用也得到快速发展，从最初的新生儿筛查、维生素检测，已经扩展到激素、药物浓度监测、遗传性疾病检测以及痕量元素检测等诸多领域，可检测项目已扩展到几百项且，而且还在不断增加。在此背景下，仪器信息网组织召开“临床质谱技术及应用进展”主题网络研讨会（2022年5月19日），就质谱在临床领域的最新技术及应用进展等大家关心的话题共同探讨，为用户、专家和厂商搭建优质、有效的交流平台。本次会议汇集多位来自医院检验科、科研院校的著名质谱专家，聚焦质谱在临床中的热点应用，如质谱技术在激素检测、新生儿疾病筛查、维生素监测、药物浓度监测、微量元素、核酸检测、蛋白快速定量等方面的最新应用进展。点击链接，进入官网了解更多。会议日程：时间主题报告嘉宾9:30-10:00MALDI-TOF质谱在病原体检测领域的应用现状及前景中国医学科学院病原生物学研究所彭俊平 研究员10:00-10:30岛津临床质谱助力疾病早期诊断和精准治疗岛津企业管理（中国）有限公司沈晶晶 应用工程师10:30-11:00临床质谱实验室建设之我见四川大学华西医院CTC中心秦永平 教授11:00-11:30Waters在临床质谱检测中的整体解决方案介绍沃特世科技（北京）有限公司李倩倩 临床应用工程师11:30-12:00质谱技术在心血管疾病领域的应用与进展上海透景生命科技股份有限公司 詹红 高级工程师12:00-14:00午休14:00—14:30常压敞开式电离质谱新方法开发及其在癌症快速筛查与分子诊断中的应用研究复旦大学 宋肖炜 博士14:30—15:00液质联用系统如何实现真正的临床场景化-全自动临床质谱流水线系统成都珂睿科技有限公司 吕辉 市场营销总监15:00—15:30质谱在激素检测领域的应用现状及发展趋势中国医学科学院北京协和医院检验科 禹松林 助理研究员15:30—16:00标准物质及内标在临床质谱中的应用北京曼哈格生物科技有限公司 刘静文 临床质谱事业部工程师16:00-16:30质谱成像空间分辨代谢组学新技术及其临床应用研究进展中国医学科学院药物研究所 贺玖明 研究员16:30-17:00安捷伦LC-MS/MS技术助力临床体外精准诊断安捷伦科技（中国）有限公司 徐聪 LC/MS应用工程师17:00-17:30临床质谱实验室自建方法的过去、现在与未来国家卫生健康委员会临床检验中心张天娇 副研究员点击图片报名参会！

p 　　2018年1月10日，赛默飞世尔科技公司(Thermo Fisher Scientific)推出了两款基于其半导体测序技术的新型测序仪 - Ion GeneStudio S5 Prime和Ion GeneStudio S5 Plus。 /p p 　　此外，周二在摩根大通医疗会议上的发言中，首席执行官马克· 卡斯帕(Marc Casper)表示，该公司计划在今年晚些时候推出基于质谱的临床分析仪，这将成为首个采样-反馈系统质谱（sample-to-answer mass spec）。赛默飞世尔去年夏天介绍了该仪器的研发，卡斯帕表示，该仪器的开发是Thermo最大的研发项目之一。 /p p 　　根据新一代测序和肿瘤临床产品管理副总裁Andy Felton的说法，新型测序仪器使用与S5仪器相似的底层技术，除了升级的计算能力能够提高输出和分析速度。 /p p 　　GeneStudio S5 Plus的最大吞吐量为30千兆字节，即1.6亿次读取，而S5 Prime的最大输出量为50千兆字节，即2.6亿次读取。 /p p 　　该公司还推出了一种新型芯片Ion 550，其测序运行时间为2.5小时。分析时间取决于平台，芯片和应用程序，但是例如，使用S5 Plus，可以在10个小时内使用540芯片进行测序和分析，Felton说。 /p p 　　Thermo本周还宣布计划推出升级AmpliSeq化学品，名为AmpliSeq HD。费尔顿表示，这种新型化学品最初将启用定制液体活检和FFPE应用，允许客户随着相关生物标志物的变化添加或去除内容物。 Felton指出，它还能够检测0.1%及以下次要等位基因频率的变异，并具有比之前的AmpliSeq化学更高的准确性。 /p p 　　本周早些时候，Thermo和Illumina宣布他们将合作使AmpliSeq化学品与Illumina的测序仪兼容。不过，这笔交易不包括Thermo的AmpliSeq HD化学品。而且，在卡斯帕在本次会议上的发言之后的一个分会场上，他肯定地说，协议并没有表明该公司正在退出自己的测序技术，理由是这两个工具本周发布。他说，“Ion Torrent”测序技术的发展势头良好，特别是在肿瘤学，无创性产前检测和应用市场领域。 /p p 　　Casper补充说，与Illumina AmpliSeq化学品的许可交易对Thermo来说将是一个增长机会。 /p p 　　卡斯帕说，去年的另一个亮点是公司在新兴市场，尤其是中国，他希望继续增长。去年，该公司在中国广州开设了一家精准医疗客户体验中心，以占据该国约90亿美元的市场机会。 /p p 　　此外，他还表示，去年8月以72亿美元收购的合同开发和制造组织Patheon的整合“开局良好”，公司正在实现其一年的目标。 /p p 　　来年，卡斯珀说，该公司已经确定了几个关键的客户需求重点：更好地了解蛋白质的结构和功能，在实际应用中使用精准药物，从样品到解决方案，可以更准确和低成本地诊断，有效实现数据管理和分析。 /p

有投资者向迪安诊断(300244)提问， 质谱和基因测序技术有什么区别?哪个更有优势?　　回答表示，尊敬的投资者，您好!质谱和基因测序技术均为可应用于多个领域的平台化技术，质谱可以直接对体内各种代谢、蛋白等物质进行定量检测，从表型组学层面全程对疾病的诊断、治疗、预后进行监测 而基因检测通过对疾病的本质与起源进行检测分析，基于基因组学获得精确的诊断结果和合适的治疗方案 两者在特定场景下的优势各有不同。谢谢!

p 　　“生物过程是动态的，要想彻底了解生物过程需要用动态测量手段来观察。” Yehuda Brody说到。他是麻省理工学院和哈佛大学(剑桥，MA)博莱尼实验室的一位三年级博士后研究员，近几年他一直从事单细胞基因表达动力学的可视化测量研究。现在，他专注于诱变过程动力学研究，他和同事已经开发出一种新的DNA测序方法， span style=" color: rgb(255, 0, 0) " strong 能够分析单细胞在生命周期里的突变积累过程。 /strong /span 这种创新方法是Paul Blainey博士在SLAS2018报告的。 /p p 　　从我们出生的那一刻起，体细胞突变在我们的身体中就不断发生。大多数时候它们是无害的。但在人的一生中，它们会增加，并与许多年龄相关的疾病有关，包括神经变性、器官衰竭和癌症。据Brody说，科学家们长久以来研究了在功能基因组学中突变的影响，重点研究了突变的后果。这个领域已经得到长足的发展，人们已经开始探索突变诱变的起源：首先是什么机制引起突变，细胞是如何处理DNA中的损伤的。Brody说这是思维的一个重要转变。“通过观察突变的过程，而不仅仅是后果，我们可以专注于减少累积突变的数量，以防止它们和与它们相关的疾病。” /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201805/insimg/6a243885-15c3-490e-9461-7a4a9bed3750.jpg" title=" brody.jpg" width=" 150" height=" 179" border=" 0" hspace=" 0" vspace=" 0" style=" width: 150px height: 179px " / /p p style=" text-align: center " strong Yehuda Brody博士 /strong /p p 　　确定突变原因的一种方法是研究它们的模式。Blainey认为，这些模式越精确，就越有可能溯源，找出突变的原因。正如他所解释的，这是一个非常复杂的过程：“DNA的损伤可能来自体外，也可能来自体内。例如，环境中可能有破坏性的化学物质，但是突变还是会自然地发生。此外，还有不同的DNA修复机制，它可以消除一些突变和进化选择，这使得基于功能效应的不同突变更丰富或更少。因为有这么多的事情发生在一起，很难追溯。这需要对这些不同的生物和化学过程进行非常详细的分析和大量的理解，来看清整个过程的全貌。” /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201805/insimg/b73744ca-4578-438d-9672-97593a1fcac0.jpg" title=" Blainey.jpg" width=" 150" height=" 195" border=" 0" hspace=" 0" vspace=" 0" style=" width: 150px height: 195px " / /p p style=" text-align: center " strong Paul Blainey博士 /strong /p p 　　单细胞基因组测序的常规方法，如微流体，具有高错误率和高成本缺陷，限制了它们的广泛使用。2016，对于这些复杂的系统，徐和他的同事发布了一个简单、稳定的替代方案。但是，尽管增加了可用性，当用于体细胞突变分析时，下一代测序(NGS)还是有它的局限性。 /p p 　　首先，体细胞突变是比较罕见的。据Blainey介绍，典型的预期速率约为10-11至10-8个碱基多态性(SNP)，每个碱基对应每一个细胞分裂，而NGS普遍的错误率约为10-5SNP每碱基对。简单地说，NGS不够精确，无法检测体细胞突变。 /p p 　　Brody指出，目前的方法的另一个局限是，当我们使用单细胞测序时，我们对细胞的相互作用和时间没有任何了解。“我们的目标是开发一种方法来观察突变发生的时间和地点，以获得突变的一些上下文，并获得干净的定量和定性数据，以显示突变真正来自何处。” /p p 　　 span style=" color: rgb(79, 129, 189) " strong 更细致的观察 /strong /span /p p 　　研究人员解释说，单细胞DNA的全基因组测序通常有两种方式：要么从一个细胞开始，就有一个基因组拷贝，放大，然后测序。要么把这个细胞扩增成一个群，然后对细胞群进行测序。 /p p 　　Blainey说，Brody的工作代表了超越这些传统方法来提高数据质量和获得时间信息的努力。他说：“这和其他人做的非常不同，你必须仔细观察，甚至把它看成是单细胞方法。” /p p 　　这种新颖的方法从一个单一的创建细胞，允许生长几代的小群体开始。然后从种群中提取单个细胞并进行亚克隆，以产生代表原始种群中每一个谱系的细胞群。然后从亚克隆细胞的DNA测序。“然后，”Blainey说，“当我们进入数据集来调用新变体时，我们利用了样本之间的谱系关系的先验估计。因为我们知道细胞之间的关系，我们知道它的历史，我们可以取一个特定的细胞并追踪它，看看每一步在何处和何时发生变化。“布洛迪把它比作显微镜，观察单个细胞周期的特定时间点的突变。 /p p 　　 strong span style=" color: rgb(79, 129, 189) " 潜在应用 /span /strong /p p 　　Blainey认为，这种“谱系测序”不仅是基础诱变研究的基础工具，而且可能具有实际应用。他给出的一个例子是理解暴露于致癌物质如环境化学物质或吸烟引起的突变生物学。“我们真的试图在这些致癌物、突变、细胞生物学和最终的癌症发生率之间作出定量和详细的联系。” Brody希望利用这种方法，“25年或30年后，我们可以开发降低突变率的疗法，预防癌症等与年龄有关的疾病。” /p p 　　Blainey发现的另一个潜在应用是减少DNA损伤疗法如烷化剂、拓扑异构酶抑制剂和顺铂的有害作用。这些药物通过破坏肿瘤细胞DNA的速度比快速分裂的细胞更快修复细胞，最终杀死细胞。由于正常细胞不能像肿瘤细胞那样快速复制，所以它们的突变少，可以更容易地耐受治疗。真的可以吗?正如Blainey指出的，接受这种治疗的人通常会发展成继发性恶性肿瘤。“我不认为当你应用DNA损伤治疗方法时，对病人正常细胞的突变负担有很好的理解，部分原因是缺乏分析它的工具。我认为重要的是考虑这种疗法对未来癌症的风险。Brody的方法可以提供一个工具，以非常详细的方式研究突变的问题。” /p p 　　 strong span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 这种观察诱变的方法有助于预测谁将受益于DNA损伤的化疗，通过应用遗传操作来观察特定的遗传背景对顺铂等药物的反应。 /span /strong 根据Blainey的说法，“如果我们更清楚地知道，作为剂量的函数，你在给定的化疗中有多少突变，也许我们能找到一个你能获得很多疗效的甜点，但是你还没有达到最大的突变数量。” /p p 　　找到甜点可能需要个性化的方法。麻省理工学院的研究人员已经表明，修复DNA的能力在个体之间是不同的。“我们的方法可能有助于预测这一点。”Blainey说。 /p p 　　 strong span style=" color: rgb(79, 129, 189) " 下一步是什么? /span /strong /p p 　　Brody认为潜在应用的其他领域包括体外受精、干细胞研究、其他与年龄有关的疾病和环境暴露。他对未来的合作感到兴奋，但现在，他说，主要目标是分享他们的概念为这种类型的分析，希望通过了解效用，其他人会对应用该方法感兴趣。“我们不仅要展示如何做到这一点，而且要展示什么是可能的，并希望鼓励其他人开发更多的方法来使用它。” /p p 　　Blainey同意上述说法。“一切都必须从某处开始。对于技术开发来说，你通常会从一个初步的想法开始，然后在很长一段时间内，会有很多进一步的改进，真正提高了一种新方法的性能和适用性。” /p

p style=" text-align: left text-indent: 2em " 第37届摩根大通(JP Morgan)年度医疗大会拉开帷幕，几家生命科学工具和分子诊断公司在数千名投资者面前亮相。赛默飞负责人也在本次大会作了简要报告。 /p p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201901/uepic/646fe944-7764-456f-a5fa-4a0ba2069287.jpg" title=" 赛默飞.jpg" alt=" 赛默飞.jpg" width=" 427" height=" 283" style=" width: 427px height: 283px " / /p p style=" text-indent: 2em " 赛默飞首席执行官Marc Casper表示，该公司 strong 2019年会将研发重点放在电子显微镜、质谱仪和色谱以及临床测序上 /strong 。Casper说，电子显微镜在结构生物学领域有“巨大的增长机会”，这与该公司今年早些时候在美国质谱学会(American Society for Mass Spectrometry)会议上表达的观点一致。 /p p style=" text-indent: 2em " span style=" text-indent: 2em " Casper说，在2019年，“质谱仪方面有强劲的势头，我们希望保持这一势头”。他说，为了做到这一点，该公司计划继续像去年那样推出自动化质谱仪仪器，包括扩展运行的应用程序。 /span /p p style=" text-indent: 2em " 在临床测序方面，Casper说，重点将是使其测序仪器“更方便、更高效、更自动化”，以及扩大测序仪在肿瘤学方面的目标分析。 br/ /p p style=" text-indent: 2em " Casper表示，2018年赛默飞的营收超过230亿美元，其中52%来自耗材，26%来自仪器销售，22%来自相关服务。就增长地域来看，中国“仍是增长最快的终端市场”，中国地区的销售额约占总收入的10%。他说，即便在中美贸易战中，来自中国的需求并没有放缓。并且赛默飞的大多数产品不是在美国制造，因此它们不需要缴纳关税。 /p

来自德国及美国等处的研究人员针对基因组特别大，难以进行全基因组测序的动物，提出了以转录组测序与蛋白质组分析联合以解析功能基因的策略，并以蝾螈进行实验，开辟了组织及器官再生研究的新思路。该研究成果已发表近期的《Genome Biology》杂志上。 蝾螈是一种在侏罗纪中期演化的有尾两栖动物，目前存活的约有400种。红色斑点蝾螈虽然小，但其组织工程学技艺却令人惊叹。蝾螈在失去了组织，包括心肌、中枢神经系统元件甚至眼睛的晶状体后仍能再生。一般来讲，动物的再生组织的能力是所有多细胞动物所共有的古老程序，因此，医生们一直希望蝾螈的这种能力依赖于基础遗传学程序，而该程序潜伏在包括哺乳动物在内的所有动物中，这样他们就可以在再生医学中利用蝾螈的再生机制。 然而蝾螈的基因组十分庞大，比人类基因组大十倍，要从头获得蝾螈的全基因组序列不容易。因此研究者们将目光转向基因表达所产生的RNA，他们利用454新一代测序技术对蝾螈的转录组进行了研究。经过从头组装N. viridescens的转录组，获得了超过120,000个RNA转录本，约有15,000个转录本编码蛋白质，其中有826个转录本是蝾螈所特有的。这些转录本中包含了不同器官所有再生阶段的转录本，这些转录本中的一部分与其它生物相似。通过对蝾螈胚胎和幼体的心脏、四肢、眼睛、尾、肝脏、脾脏等组织中再生过程表达的蛋白的分离以及质谱分析方法，对这些蛋白进行分类及与转录本的比对。 通过454新一代测序结果与质谱技术的结合，发现了500多个其它生物中从未被发现的肽段，接下来会进一步探索这些蛋白是否与再生能力相关。这项研究不仅为目前科学家们提供了两栖类动物的基因数据，更为基因组测序困难的动物研究，提出了一种新思路。 参考文献： Genome Biol. 2013 Feb 20 14(2):R16. A de novo assembly of the newt transcriptome combined with proteomic validation identifies new protein families expressed during tissue regeneration.Looso M, Preussner J, Sousounis K, Bruckskotten M, Michel CS, Lignelli E, Reinhardt R, Hoeffner S, Krueger M, Tsonis PA, Borchardt T, Braun T.

9月19日，延边大学附属医院（延边医院）发布医疗设备采购项目公告，预算550万采购飞行时间质谱、测序仪。　　项目概况　　延边大学附属医院(延边医院)医疗设备采购项目的潜在供应商应自行登录吉林省公共资源交易中心(吉林省政府采购中心)网站获取招标文件，并于2022年10月18日10时00分(北京时间)前提交投标文件。　　1.项目基本情况　　1.1项目编号：2022ZHYX0913 　　1.2项目名称：延边大学附属医院(延边医院)医疗设备采购项目 　　1.3预算金额(最高限价)：第一标段：305万元 第二标段：245万元 　　1.4政府采购计划编号：项目采购X[20220817]-2309号　　1.5采购需求：　　第一标段：核酸飞行时间质谱，数量：1批，详见招标文件第四部分采购需求 　　第二标段：测序仪，数量：1批，详见招标文件第四部分采购需求

Nature上遴选的这七项技术就主要集中生物学和生物医学领域。它们分别是：热稳定疫苗、大脑中的全息图、构建更好的抗体、解决单细胞分化问题的三个技术、让细胞感受到力量、临床质谱分析法、嗅出疾病。研究人员描述了在他们的学科中令人兴奋的工具和技术。未来已来！01 热稳定疫苗成立于2017年的全球防疫创新联盟（CEPI）致力于开发疫苗对抗新兴的传染性疾病。疫苗开发速度、规模和最终能让人使用是非常重要的几个方面。具体来说，还包括证明疫苗安全和有效的速度，以及如何大规模生产疫苗并向弱势群体提供疫苗，以便人人都能获得。包裹在脂类纳米颗粒内的mRNA疫苗，已经从基因序列到临床概念验证，再到中期分析，在创纪录的时间内完成。莫德纳Moderna和辉瑞Pfizer公司，用了不到四个月的时间，就完成了第一阶段的试验。这在一般情况下是需要数年或者是数十年的时间才能完成的。其他创新也正在改善最终让人能用得上。比如运输的问题。有些技术利用糖分子进行有效的冷冻干燥，而不会破坏疫苗的精细结构，使其更易于储存和运输。另一个获取疫苗的途径，是开发便携式RNA打印技术。很少有国家拥有生产高质量疫苗的资本和专业知识，而且是大规模的。但在2019年2月，CEPI向生物制药公司CureVac投资了3400万美元，开发了一个完全可运输的单元，这样使得低资源地区也能够生产自己的mRNA疫苗。这种创新将使疫苗更容易获得，也让我们看到了未来：这意味着更多的国家将为不可避免的下一波疫情做更好的准备。生物制药公司CureVac的RNA打印机可以快速打印出mRNA疫苗的候选品02 大脑中的全息图光遗传学，一种控制特定脑细胞和电路活动的技术，在神经科学领域引起了极大的兴趣。到了2021年，这些工具将产生更大的影响。通过光遗传学，研究人员可以将光线照射到组织中，所有表达这种工具的神经元都会做出反应。然而在现实中，大脑活动更为微妙。神经元只对特定的刺激有反应。时机很重要；顺序也很重要；神经元很少一起放电的。从2005年开始，光遗传学可以让我们操纵特定类型的神经元，但仍然无法重现细胞之间相互交流的语言是什么。为了解决这一缺点，一些神经科学家开发了新的光响应蛋白。与此同时，其他人在光学方面也取得了进展。在过去的几年里，全息和其他光学方法已经成熟到可以被非专业实验室采用。一束激光可能需要10到20毫秒来刺激一个神经元，而全息技术可以让你在不到1毫秒的时间内刺激这个细胞，这比4-5毫秒要快得多，而从一个神经元向另一个神经元传递信号通常需要的4-5毫秒的时间。也可以同时生成多个全息图，或以特定的顺序生成多个全息图。这种类型的实验过去仅限于专门的实验室，需要这些实验室拥有制造定制显微镜的技术。现在，像Bruker和3i这样的显微镜公司，他们已经在双光子成像系统中加入了全息技术。神经科学家可以通过显微镜拍摄照片，标记他们想要激活的神经元，软件生成全息图来匹配这些激活模式。随着光遗传学工具和光学技术的融合发展，我们可以开始探索具有单神经元精度的神经编码。03 构建更好的抗体抗体从20世纪90年代中期就开始被用作治疗手段，当然这主要是指对病毒或肿瘤这些疾病的治疗。然而，直到最近几年，随着科学家们研究出抗体的结构如何影响其功能，我们才真正开始挖掘其潜力。在新冠持续流行中，抗体疗法已呈现出新的紧迫性。大多数抗体疗法只是常规的、未经修饰的抗体，它们与特定的靶点结合——例如，病毒或肿瘤细胞表面的一种蛋白质。然而，这许多抗体在使免疫细胞处理目标物方面是无效的，也就是说，并不是有抗体就一定能抗病毒了。随着分子生物学的进步，我们可以快速修改抗体，使其更好地利用免疫系统来对抗疾病。04 解决单细胞分化问题的三个技术人体中有许多功能各异的细胞。然而它们都来自单个细胞和基因组。从单个细胞如何产生不同的类型呢？三种新的单细胞测序技术可以帮助解决胚胎发育早期阶段的问题。第一个技术Hi-C，使用了一种研究基因组三维结构的方法；另一种技术被称为CUT&Tag，可以追踪基因组上特定的生化“标记”，帮助科学家研究这些化学修饰如何在单个活细胞中开关某个基因，第三个SHARE-seq，它结合了两种测序方法来识别基因组中可被转录激活分子访问的区域。05 让细胞感受到力量细胞除了生长因子和其他分子外，还能感受到物理的某种力量。而这种对力量的感觉可以调节基因的表达、增殖、发育，甚至可能是癌症。力量是很难研究的，当你推动某物体时，会发生变形或运动，只能看到它的效应。但现在，通过使用两种尖端工具来可视化和操纵活细胞中的力量，科学家们可以探索物理力量和细胞功能之间的因果关系。伦敦帝国理工学院开发的GenEPi技术，融合了两种分子，可以在生理相关的条件下研究完整的细胞，不会对生物的生理活动造成影响。第二个工具，是促动器ActuAtor。促动器是从ActA产生的，而ActA是一种来自致病细菌的蛋白质。当细菌感染哺乳动物的宿主细胞时，ActA就劫持宿主的机器，在微生物表面引发肌动蛋白聚合，产生了推动细菌通过细胞质的力量。通过改造ActA，使肌动蛋白在细胞内的特定部位聚合来重新利用这种劫持，比如给予光或化学刺激时。有了促动器，可以在细胞深处施加力量。例如，释放了线粒体表面的促动器，可以使细胞器在几分钟内被切碎。这些受损的线粒体更容易被有丝分裂吞噬而降解，但关键的线粒体功能如ATP合成没有受到影响。以前很难处理这样的过程，因为我们缺乏在活细胞中特异性和非侵入性地使细胞器变形的工具。促动器是最早能够做到这一点的工具之一。06 临床质谱分析法质谱法能快速分析复杂样品中的成百上千个分子，具有很高的灵敏度和化学特异性。生物医学研究用到的这些方法主要用于两个极端。一些科学家正在开发高性能的技术来更深入地探测生物组织。研究人员正在简化质谱分析工具，以便医生可以将其用于临床决策中。该技术是MALDI，一种用于生物组织分析的质谱成像技术。在临床方面，现在创造出了MasSpec笔，这是一种手持式质谱系统，帮助外科医生识别肿瘤组织及其边界。2021年，将继续对正在接受乳腺癌、卵巢癌和胰腺癌手术或机器人前列腺癌手术的患者使用MasSpec笔进行评估。两个外科医生用一个类似笔的电子设备对一个病人进行组织分析，这支笔用于检测肿瘤组织及其边界。07 嗅出疾病为了检测可能有环境风险或疾病的气体混合物，包括像是否含新冠病毒的疑似物，研究人员想模拟人类的嗅觉，知道我们在闻什么。然而，与视觉、听觉和触觉不同，嗅觉的化学传感器是很复杂的。它们包括检测几百种甚至几千种化学物质的混合物，通常是很微量的。现在正在采取几种方法来开发下一代人工嗅觉系统，还需要让传感器做出更快的反应。人工嗅觉技术可用于医学诊断，例如检测哮喘患者呼吸中较高浓度的一氧化氮。其他应用包括监测空气污染、评估食品质量和基于植物激素信号的智能农业。

p 　　2016年的十大创新产品包括了大胆的新平台，有望为基础生物学、药物研发和临床实验领域带来更多新发现。遗传学家们可能会陶醉于一台单分子长读长的测序新平台，而合成生物学家正渴望着CRISPR-Cas9技术的发展 这就如同生物学它本身，生物科学技术往往超过其各部分之和。 /p p style=" text-align: center" img style=" width: 248px height: 400px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/934e051e-cc16-46be-8a49-001c2d987d9e.jpg" title=" 1.jpg" hspace=" 0" height=" 400" width=" 248" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　值得一提的是，今年的十大创新产品名单中，出现了越来越多的临床相关技术，如合成人肾组织给培养皿里的组织赋予了器官特性。这些发明提醒着我们，创新和发展出现的时候，得益的不仅是生产商、开发商和学者，得益的还有人类。 /p p 　　从单细胞Western blotting机器，到简化质谱的微流控设备，今年的十大创新产品榜单是革命性的生物科学进步的颁奖礼。 /p p 　 strong 　ProteinSimple 》 Milo /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 450px height: 241px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/6f28e7d4-c5ba-4ee4-a60e-a9ceb966e9ad.jpg" title=" 2.jpg" hspace=" 0" height=" 241" width=" 450" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　Milo由加州大学的Amy Herr实验室研发，是一部单细胞Western blotting台式机器，研究者可以一次性在约1，000个单细胞找到特定的蛋白，他只需用移液枪加一滴细胞液到1x3英寸的玻片上，玻片上覆盖有30 um厚、点有6，400个微孔的凝胶层。细胞加到凝胶后，约有1，000个孔能够收集到单独的细胞，用于分析。然后实验人员加试剂，化学裂解细胞，让蛋白变性 用电荷把蛋白拉入孔间，再用UV灯激活凝胶里的化学药物，固定蛋白条带。 /p p 　　ProteinSimple的市场总监说：“传统Western不能体现异质性，而Milo可以鉴定亚单位。” Zephyrus Biosciences公司没有给出Milo的具体价格，只表明它与一部台式流式细胞仪的价格差不多。 /p p 　　 strong 评价员观点： /strong /p p 　　Unger(下称U)评价：价格降下来的话，Milo可以用于蛋白的高效检测，并得到单个细胞的应答信息，这是现今很重要的一个探究领域。 /p p 　　Fishman(下称F)评价：这是让已有的技术价格更低，所占空间更小的一个例子，同时还节约了研究者检测细胞样本中蛋白表达异质性的时间。 /p p 　　 strong Organovo 》 ExVive Human Kidney Tissue /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 600px height: 152px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/5dbf78f3-be5f-4b89-993b-af6a0f392846.jpg" title=" 3.jpg" hspace=" 0" height=" 152" width=" 600" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　药物开发的一个关键是检测药物是否会损害肾脏，但现有的细胞培养和动物模型只能近似于人类的肾脏。来自Organovo 公司的ExVive Human Kidney Tissue是一种使用3D生物打印的肾脏近端小管复制品，为药物开发人员提供了一种可靠的肾毒性测试方法。 /p p 　　目前，很少有临床前测试可以确定一个药物对人体是否有毒，投资临床测试对研发商来说是一项风险，如果在早期发现肾毒性，就能让风险降低，更重要的是知道你在做的事对将要进行临床实验的患者真的没有危害。 生物打印的工作原理类似于3D塑料打印，但放进打印机不是聚合物珠子，而是小的细胞聚体。这个肾组织复制品还可应用于毒理学意外的领域，作为一个肾组织实验平台。 /p p 　　“它似乎和天然的肾组织一样完整。”Caroline Lee说。她是Ardea Biosciences的代谢和药物动力学研究员，检测人工组织中的转运蛋白表达。她发现定向运输蛋白可以沿着膜准确定向。“你可以看到药物往正确的方向走，这非常了不起。” /p p 　　 strong 评价员观点： /strong /p p 　　U评价：用一个这么创新且大胆的方法，复制形态和功能都有的肾组织，这项产品远优于传统的细胞培养法，具备了组织水平的预测能力。 /p p 　　F评价：这项技术可替代临床前动物试验，减低我们对实验动物检测新化合物的依赖性，有望更好地模拟人类肾脏生物学、检测新药物的肾毒性，给药物研发带来一场变革。 /p p 　　 strong Pacific Biosciences 》 The Sequel System /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 318px height: 300px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/dda0f7b7-13e3-4fec-b759-1d2423e2c322.jpg" title=" 4.jpg" hspace=" 0" height=" 300" width=" 318" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　Pacific Biosciences最新推出的单分子实时(SMRT)测序仪Sequel System比它家原始的长读长测序仪尺寸和重量至少小了1/3，价格减少了一半。 /p p 　　Sequel在去年秋天推出，与称为PacBio RS II的老SMRT测序仪有着相同的长读长和单分子分辨率，但它是SMRT的高通量版本，产出更快，能应对更大的基因组和更高的分子深度需求，如宏基因组样本。 /p p 　　PacBio的员工Sebra在过去的6年将SMRT技术应用于多个实验，包括人类基因组从头测序，他说：“它能灵活应用于研发和生产测序，基本上没有系统误差，做到了高质量测序数据与长读长融合，帮助发现新的基因组特征。” /p p 　　Jonas Korlach，SMRT测序的发明人之一，说Sequel特别适用于宏基因组和传染病研究，最近用于韩国个体参考基因组的研究中(Nature， 538：243-47， 2016)。10月份，Genome 10K (G10K) 和Bird 10，000 Genomes (B10K)的领导人宣布选择SMRT测序作为主体技术。 /p p 　　PacBio测序仪在价格表上为US$350，000，将惠及更多的实验室。 /p p 　 strong 　评价员观点： /strong /p p 　　Str.mvik(下称S)评价：虽然小的实验室很难负担，但是高通量、长读长测序仪是任何团队研究大型和复杂的基因组、宏基因组和宏转录组所必需的。 /p p 　　 strong Axion BioSystems 》 Lumos /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 450px height: 262px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/c93382bd-5eea-4597-beb7-e63fea8e53e2.jpg" title=" 5 (2).jpg" hspace=" 0" height=" 262" width=" 450" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　Axion BioSystems在2015年12月首次发布的Lumos light-delivery system使体外光遗传学比以往更精确、重复性更好。这项设备上有48个孔，每个都有4个单独可控的LED，能闪烁不同波长的光：蓝、绿、橙、红，精确至微秒。把它放微阵列培养皿(microarray culture plate)上，recorder在下方固定，研究者就能刺激、操纵和测量各种细胞。 /p p 　　遗传学家David Goldstein已准备利用Lumos在他哥伦比亚大学的实验室里研究癫痫突变神经元网络的行为，他说：“我们已经花了很长时间找一个精准的癫痫药物环境，用于体外配培养基模型中，同时有足够高的通量可以筛选化合物。” /p p 　　培养神经元网络趋于与它们的突触发射(firing)同步，这样实验者从它们的行为中获得的信息数量就会变少。为了获得更多的复杂行为，揭示突变带来的影响，研究者想要在检测应答的时候优化网络里的活动，而Lumos有望帮助研究者达到这个效果。 /p p 　　Lumos价格为US$26，000。 /p p 　 strong 　评价员观点： /strong /p p 　　U评价：这个在多孔培养皿中的高通量光学刺激系统，是新兴的生物光子学领域出现的首台大范围的实用的仪器。 /p p 　　 strong Thermo Fisher Scientific 》 LentiArray CRISPR Libraries /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 450px height: 250px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/34f19386-91e0-4b6a-8e82-57f865af6d0e.jpg" title=" 5.jpg" hspace=" 0" height=" 250" width=" 450" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　CRISPR-Cas9技术因其易用性，被誉为让基因编辑大众化的技术。Thermo Fisher Scientific 九月推出的LentiArray CRISPR库，让筛选实验变得更简单。Thermo研发的试剂适用于多种人类细胞，从HeLa到诱导多能干细胞，都能使用CRISPR将基因逐个敲除。 /p p 　　来自美国西北大学的Simone Sredni正研究横纹肌样瘤(rhabdoid tumor)。她参与了这文库的优化测试，筛选患者肿瘤细胞中突变的160种激酶的作用，找出其中影响细胞增殖和生长的激酶。她在3个月后得到了原始数据，有几种酶的损伤确实使生长变慢。她说，这真的很快。她花费了一年多一点的时间，做到了体内动物模型这一步，检测抑制这几种酶之后的效果。她认为没有这个筛选实验的话，她无法找到这几种酶。 /p p 　　这个文库有不同的款。客户可以选择19个不同的基因集，定制化芯片，或者进行约18，000个基因的筛选。Thermo的合成生物学研发总监说：这不仅是市面上最高效的筛选技术，还为我们各种实验提供了更多选择。 /p p 　　Sredni认为，一个文库US$10，000起步有点贵，但是对实验室进行高通量筛选来说还是值得的。 /p p 　 strong 　评价员观点： /strong /p p 　　S评价：任何将CPISPR运用到高通量水平的技术，至少值得一看! /p p 　　 strong NanoString Technologies 》 nCounter Vantage 3D Panels /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 450px height: 385px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/80704840-5aa3-4ddd-b596-8f06954e90e9.jpg" title=" 6.jpg" hspace=" 0" height=" 385" width=" 450" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　在2008年，当NanoString首次推出它的nCounter分析系统：一台能计算与靶分子结合的彩色条码的自动显微镜，目的是让量化 mRNA和DNA序列、蛋白计数的技术更成熟。今年，NanoString达到了这个目的，发布了nCounter Vantage 3D Panels。 /p p 　　Vantag试验扩展到能数字计数mRNA、DNA、蛋白，甚至同时检测蛋白的磷酸化情况。4月份，NanoString发布了首个Vantag试验，用于数字计数肺癌白血病样本的RNA、实体瘤生物学和免疫细胞信号通路相关蛋白，以及DNA的单个核酸突变。 /p p 　　Gordon Mills是安德森癌症中心的系统生物学系主任，参与研发Vantage panels，并应用于安德森个性化癌症治疗研究所。他说：“有很多平台可以用于人类样本检测，但是它们中没有谁具有nCounter Vantage system的鲁棒性、易用性和同时处理DNA、RNA和蛋白的能力。” /p p 　　nCounter analysis system价格范围为US$149，000~$280，000，而nCounter Vantage 3D Panels每个样本的运行价格为US$275或以上。在不久的将来，NanoString 和Mills的实验室计划开展新的Vantage panels，添加单细胞范围的分子组成空间定向检测维度。 /p p 　　 strong 评价员观点： /strong /p p 　　Wiley评价：这项产品可能是同时检测一个小样本中的DNA、RNA和蛋白丰度的最大的技术突破。 /p p 　　 strong 908 Devices 》 ZipChip /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 450px height: 265px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/ffcec052-2324-4cf9-8ee5-2108826562b3.jpg" title=" 7.jpg" hspace=" 0" height=" 265" width=" 450" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　zipchip是一个微流控装置，彻底地加快质谱的速度，只需要最小的样本量，扩大了质谱仪能掌握的样本范围。这个小盒子，不到1英尺长，直接搭载到质谱仪，能在一个显微镜玻片大小的微流控芯片上处理样本。 /p p 　　一般来说，准备质谱样本十分耗时，且容易出错。ZipChip减少了这种情况的发生。ZipChip的创造者Petty说：“有了这个前端，我们可以几乎不用怎么处理样本就进行分析，即使含有盐、去垢剂或其他基质。ZipChip利用毛细管电泳能在2~3分钟内分离样本组分，而液相色谱柱起码需要1 个小时。这个设备能更好地分离样本，例如蛋白、抗体、抗体和药物的交联物，这些都是其他技术很难分离的。不仅如此，它只需要几纳升的样本量。”这个设备售价US$30，000，自动进样器另外需要US$20，000。 /p p 　　Michael Pacold在纽约大学研究代谢组学，他说实验室里有一台ZipChip能让他的课题范围更广阔，因为他能从更多的资源中更快地获得数据。“很多临床实验你只能从库里拿到几纳升的血浆，没有像ZipChip这样的设备，无法完成这些实验。” /p p 　　 strong 评价员观点： /strong /p p 　　Platt评价：毛细管电泳，分离样品，只需一点样本就能直接快速完成质谱，费用可能更低，减少样本准备时间还能提高实验的准确性。 /p p 　　 strong Horizon Discovery 》 Turbo GFP Tagged HAP1 Cells /strong /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/6d07e04b-06b1-4a05-b13a-89eda14b1347.jpg" title=" 8.jpg" / /p p 　　Horizon的HAP1细胞已经连续第3年赢得了The Scientist的十大创新产品称号了。在2014年，CRISPR基因敲除细胞系(由Haplogen发售)赢得了此称号 去年，Horizon的定制敲除细胞出现在十大榜单上 去年的10月，Horizon推出Turbo GFP Tagged HAP1细胞，不需要基因过表达就能让目标蛋白带上荧光标签，让Horizon又登上今年的榜单。 /p p 　　Horizon的细胞株产品经理说，使用这些细胞而不用抗体标记的其中一个主要原因就是简便。你不需要像使用抗体那样进行筛选和优化，你可以看到这些细胞活着的动态。 /p p 　　瑞典皇家理工学院的Emma Lundberg最近收到一批用于她的人类蛋白质图集计划(Human Protein Atlas project)工作的细胞。她负责使用共聚焦显微镜进行蛋白亚细胞定位，她说过表达有时会导致人工蛋白或蛋白的错误定位。而这些细胞产品的好处就是知道标签在哪里，且内源表达的时候它会在哪里。 /p p 　　 strong 评价员观点： /strong /p p 　　F评价：Turbo GFP使用CRISPR-Cas9 self-releasing tag，内源标签蛋白比外源模型更好，结果更可信，价格更低。 /p p 　　 strong Photometrics 》 Prime sCMOS Camera /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 450px height: 276px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/5cbf1917-067f-4981-a6c7-f5322f6ca89e.jpg" title=" 9.jpg" hspace=" 0" height=" 276" width=" 450" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　研究者利用现代显微镜的高性能相机捕获样本的图片。Photometrics的产品经理Mohindra说：“每一年这些相机都变得越来越好，接近完美。”他承认，做到完美是很难的，但是他认为他和同事的研发的4.2 megapixel Prime sCMOS camera做到了。在2016年初发布的这台相机有内置的算法，能减少快门噪音，而无需增加光强度导致样本损伤。Mohindra说：“你可以维持低的光度，让细胞存活得更久，获得更好的数据。”Prime camera将信噪比提高了3至5倍，等于让光下调至10分之1。 /p p 　　Prime sCMOS camera的内置算法还减少了研究者收集的数据总量，加快运行和分析的次数。脱机加工时每一帧费时30秒，如果你的相机每秒获得100帧，那就需要50分钟来处理1秒的有效数据。如果使用Prime camera，研究者就能马上完成数据处理。 /p p 　　Photometrics Prime sSMOS camera的实时过滤和高帧速率可以捕获更多的超像素显微镜数据，更好地鉴别出染色体结构的变化。它的售价为US$15，950。 /p p 　 strong 　评价员观点： /strong /p p 　　STR.MVIK评价：对高质量科学成像的需求同时增加了需要处理的信息。添加field-programmable gate array-technology到相机上，似乎可行。 /p p 　 strong 　Thermo Fisher Scientific 》 GeneArt Platinum Cas9 Nuclease /strong /p p style=" text-align: center" img style=" width: 450px height: 218px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/53fdc3ee-e56b-44cb-a9b0-abae4cbd464e.jpg" title=" 10.jpg" hspace=" 0" height=" 218" width=" 450" vspace=" 0" border=" 0" / /p p 　　除了LentiArray CRISPR Libraries，Thermo的另一个突出的CRISPR试剂同时获得了今年的十大创新产品——GeneArt Platinum Cas9 Nuclease。从E. coli提取的重组Streptococcus pyogenes Cas9 蛋白研发的GeneArt Platinum Cas9含有核定位信号，有助于靶细胞的核呈递。 /p p 　　Thermo的基因编辑研发经理Potter说：“我们知道这项产品最重要的是稳定的质量、活性和纯度，所以我们通过大量的试验确保提取的过程是高效的。”Potter的团队去年发表的文章表明GeneArt Cas9对多种细胞株的切割效率达到了85% (J Biotech， 208：44-53， 2015)。 /p p 　　Matthew Porteus是斯坦福大学的干细胞生物学家，他将GeneArt Platinum Cas9用于他的血液疾病活体外(ex vivo)基因编辑研究，目前使用的是小鼠细胞，已与Thermo合作进行临床试验。使用CRISPR/Cas9系统完成基因组编辑是高效而且具特异性的。他说：“我们的问题在于商用的Cas9蛋白前期准备，这对它们有毒性。GeneArt Platinum Cas9确实成为了金标准蛋白，我们获得了用其他试剂达不到的效果。” /p p 　　一管25g的GeneArt Platinum Cas9 Nuclease售价US$150，客户可以咨询Thermo的专家，进行实验设计和整个实验步骤的咨询。 /p p 　　 strong 评价员观点： /strong /p p 　　WILEY评价：这个试剂无需Cas9载体表达，至少能在特定的细胞株中极大的加快传统CRISPR-Cas9的工作流程。 /p p 　　 strong 评价员 /strong /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/71dbc5d9-75bf-4de7-9f7e-5dd2851b9981.jpg" title=" 11.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong JENNIFER FISHMAN /strong /p p 　　Associate Professor in the Biomedical Ethics Unit and the Department of the Social Studies of Medicine and an Associate Member of the Sociology Department and the Institute for Health and Social Policy at McGill University. Fishman holds a Ph.D. in Sociology from the University of California， San Francisco. /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/31de23f3-626c-4ec7-ba7b-da8189c9d3d9.jpg" title=" 12.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong BARRY UNGER /strong /p p 　　Associate Professor of Administrative Services at Boston University. Unger has founded and participated in numerous companies， including Kurzweil Computer Products， Inc.， which became Xerox Imaging Systems. He is also cofounder and chair emeritus of the MIT Enterprise Forum. /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/insimg/19173ecc-1744-4a12-aa50-2fae2e9ecb86.jpg" title=" 13.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong MARTINA STR.MVIK /strong /p p 　　Associate Professor and Chair of the Department of Plant Science at McGill University& #39 s McGill Centre for Bioinformatics. Str.mvik studies functional anatomy resulting from gene expression in crop and forest plants. /p

大家好，本周为大家分享一篇发表在mAbs上的综述，A perspective toward mass spectrometry-based de novo sequencing of endogenous antibodies1，通讯作者是来自荷兰乌得勒支大学Bijvoet生物分子研究中心的Albert J.R. Heck。　　据估计，人体可以产生的抗体理论序列超过1015种，这些序列是独一无二但又高度相似的，这使得它们的表征和测序非常复杂。抗体的结构从功能上分为Fab段和Fc段，其中Fab负责与抗原结合，具有高度变异性，这种突变主要集中在Fab段的互补决定区(CDR)，阐明这部分的序列对抗体的发现非常重要。 图1展示了用于抗体序列分析的三种组学策略。Bottom-up(BU)是最流行的测序方法，可以通过数据库匹配或完全的从头测序实现对抗体的序列分析，但主要用于高度纯化的重组抗体。第二种策略是通过将基于MS的技术与基因组学/转录组学相结合，例如全基因组测序或 BCR 测序，通过B细胞测序生成个性化序列数据库，将BU MS数据靶向该数据库搜索，是一个部分从头测序的流程。第三种策略是结合几种基于MS的de novo方法，如Top-down(TD)和Middle-down(MD)，旨在直接从临床样本中确定选定抗体克隆的完整序列，而无需其他组学数据的帮助。　　图1 基于MS的抗体测序的三种策略　　通过BU方法进行的从头测序需要高度的序列覆盖，理想情况下，抗体中的每个序列位置都由多个重叠的肽段支持。通过缩短酶的孵育时间、微波辅助水解，或使用具有协同序列特异性的多种酶，可以产生较长的肽段或较多的重叠序列。图2所示的工作使用总共9种蛋白酶(包括特异性和非特异性)成功地从头测序抗 FLAG-M2小鼠mAb全长。通过覆盖整个CDR的高分肽获得了高置信度的CDR序列，所选择的6条肽段来自5种不同蛋白酶的消化。　　图2 单克隆抗体Anti-FLAG M2的测序。　　对于抗体这种具有高度变异性的蛋白质，通常无法获得完整和准确的序列数据库来进行匹配。相反，可以使用来自基因组或转录组实验的同源序列。抗体种编码每个区域的基因可作为种系序列获得，基于序列对齐或序列标签提取的容错片段匹配算法可以使用同源数据库对实验确定的序列进行评分。同源序列数据库还可以作为种系模板来辅助从头测序肽段的组装。　　TD/MD策略虽存在对分子量较大蛋白的电离效率低、分辨率低等限制，但近年该领域的一些进展也报告了相对较高的序列覆盖率。Shaw 等人报道了使用现代仪器将完整的 mAb 在非变性状态下片段化(图3)。通过在单个串联 MS 实验中结合 ECD 和 HCD，获得了曲妥珠单抗 42% 的轻链序列覆盖率和 20% 的重链序列覆盖率。产生的碎片谱不仅包含多电荷主链碎片产物，还包含链间二硫键断裂产生的完整轻链。　　图3 轻链 (a) 和重链 (b) 片段图显示了曲妥珠单抗上 ECD 和 HCD 组合产生的序列覆盖率。二硫键用虚线表示，CDR3 区域以黄色高亮显示。(c)为完整曲妥珠单抗的 25+ 电荷态的相应碎片谱，插图显示了轻链的 9+ 电荷态和各种碎片离子。红色和蓝色碎片离子标签分别对应轻链和重链。星号表示质量选择的母离子。　　将抗体测序拓展到内源性抗体存在许多挑战。首先，血浆中单个克隆的中位浓度约为 1 µg/mL，比 mAb 低几个数量级，并且单个克隆的分离极具挑战性，使测序过程进一步复杂化 因为大多数软件工具专为组装单个抗体而设计，当数据代表几个相似的 Ig 序列时可能导致分析失败。此外，在复杂的内源性多克隆抗体混合物中，由于来自恒定区的序列信息被放大并抑制CDR的信号，因此通常无法检测到CDR区的关键序列。使用多组学方法，例如通过使用来自同一供体的基因组学或转录组学数据补充 BU MS 数据，可以绕过从头测序的一些具有挑战性的方面。　　Guthals等人报道了一个例子，使用糖蛋白B抗原从患者的血清中纯化抗体后，进行了完整质量和BU MS分析(图4c)。通过半自动软件PolyExtend用完整质量来检索抗体混合物中最丰富的物种的平均质量，并以此来约束BU MS数据导出的序列结果。在最近的一项研究中，Bondt等人从败血症患者的血清中制备IgG1的Fab亚基，成功地在不经过抗原特异性捕获的条件下，通过MD/BU结合和ETD活化的MS方法，在一个供体的血清中直接对一个高丰度的抗体克隆进行从头测序(图4d)。首先，从IMGT数据库中选择高度匹配的轻链和重链种系模板。然后用采集的从头测序数据来迭代和改进这些模板，产生最终的成熟序列。值得注意的是，确定的序列包含的突变比BCR测序研究报告的突变率所预期的要多，这表明蛋白质水平测序和基因水平测序之间存在潜在的差异。　　图4　　尽管从抗体混合物中重新组装序列仍然是艰巨的任务，但一些研究团队最近已经设法获得了令人兴奋的数据。随着现有方法的众多进步，很可能只需把这些碎片拼凑在一起，创建一个基于MS的方法，以更常规地用于抗体发现。所有近期发表的这些策略概念的验证为更高效的下一代方法铺平了道路。

p 　　近期迪安诊断牵手国际质谱龙头丹纳赫子公司SCIEX，安图生物发布新产品微生物质谱，质谱到底是什么?主要应用在什么领域?哪些企业将是优先布局者?哪些企业有望首先分享这个市场?本文作为市场首篇质谱行业报告，我们将和您一同探讨这个市场的潜力。我们认为质谱有望成为诊断市场中的下一个“基因测序”，是具有很大市场空间的平台型技术。2018年有望成为中国质谱行业发展元年，先布局的企业如迪安、安图、金域等有望率先成为吃螃蟹的人，分享这个潜在的大的新技术市场。 /p p strong 　　一、技术已经成熟，市场拓展在即 /strong /p p 　　临床质谱，诊断中的下一个“基因测序”，技术已经成熟，市场拓展在即。临床质谱检测高灵敏度、高特异性、重现性好，兼具高通量、高效率和低成本，可在临床多个领域对传统诊断方法学进行部分替代，我们认为目前临床质谱检测发展类似于基因测序的早期发展阶段，在诊断领域与其具有同等重要的地位：1、临床应用的探索与开发仅十年左右，主要由第三方检测服务推动 2、可应用于多个领域的平台化技术，且与大数据积累关联性强 3、设备技术壁垒高，操作专业性强，行业处于寡头垄断格局。 /p p strong 　　二、临床应用增速有望超20% /strong /p p 　　美国临床质谱占检验比重15%，中国潜在市场300亿。全球市场质谱产品临床应用有望实现20%以上增速 ，其中美国临床质谱市场占医学检测市场15%，且占比仍在持续扩大，中国临床质谱仅占医学检测市场不到1%，我们按15%占比预测，国内临床质谱中期潜在空间300亿元，长期市场有望继续扩容。考虑到国内临床质谱相关政策有望在短期完善出台，多家质谱仪及相关试剂盒有望于2018年陆续获批，我们预计2018年有望成为中国质谱行业快速发展的元年。 /p p strong 　　三、最先商业化的三大领域 /strong /p p 　　微生物鉴定、新生儿筛查和维生素检测是国内临床质谱最先商业化的三大领域。其中微生物鉴定由外企主导已经开始对传统方法学进行替代，质谱设备出厂口径市场规模大约 24亿元 新生儿筛查和维生素检测逐步开展，新生儿筛查在部分省市已有单独定价，终端口径潜在市场约30亿元，维生素检测暂无明确单独定价和管理办法。 /p p strong 　　四、投资建议 /strong /p p 　　国外临床质谱处于快速发展阶段，国内临床质谱还处于发展早期，不管是新增市场还是对传统方法学的替代，均存在大量的空白市场，综合目前国内政策背景和产品布局情况，我们认为2018年有望成为临床质谱发展元年，率先布局的企业有望分享行业的快速增长，重点推荐自主研发或合作开发进度较快的迪安诊断，安图生物和金域医学，同时建议关注积极布局质谱的华大基因、博晖创新。 /p p /p

p 　　近日，云南省人口和计划生育科学技术研究所采购多套仪器设备，包括：高档实时四维彩色多普勒超声波诊断仪，预算260万元； a title=" " style=" color: rgb(255, 0, 0) text-decoration: underline " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-1-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 基因分析仪 /span /a ，预算158万元；超高效液相-三重四级杆串联质谱仪，预算200万元；二代测序仪，预算260万元，预算共计878万元 。 /p p style=" text-align: center " strong 云南省人口和计划生育科学技术研究所实时四维彩色 /strong /p p style=" text-align: center " strong 多普勒超声波诊断仪等设备采购项目公开招标公告 /strong /p p 　　1、 招标项目编号：0653-164007020003 /p p 　　招标项目名称：云南省人口和计划生育科学技术研究所实时四维彩色多普勒超声波诊断仪等设备采购项目 /p p 　　项目实施地点：中国云南省 /p p 　　2、招标产品列表(主要设备)： /p p style=" text-align: center " img width=" 500" height=" 128" title=" QQ截图20160118103322.jpg" style=" width: 500px height: 128px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201601/insimg/1ad56c43-88fb-4857-8c67-941f19ea3e52.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p 　　3、招标文件的获取 /p p 　　招标文件领购开始时间：2016-01-14 /p p 　　招标文件领购结束时间：2016-01-21 /p p 　　获取招标文件方式：现场领购 /p p 　　招标文件领购地点：云南招标股份有限公司办公楼四楼招标五部416室 /p p 　　招标文件售价：￥600/$150 /p p 　　其他说明：购买招标文件请持投标人营业执照复印件加盖公章、单位负责人授权书原件、受委托人身份证复印件加盖公章(若为外地单位投标可提供上述资料的传真件)，每日上午9时00分至11时30分，下午14时00分至17时30分(北京时间)(法定公休日、法定节假日除外) /p p 　　4、投标文件的递交 /p p 　　投标截止时间(开标时间)：2016-02-04 09:00 /p p 　　投标文件送达地点：云南省昆明市高新区科发路269号(科发路与科高路交叉口)云南省公共资源交易中心开标厅 7 /p p 　　开标地点：云南省昆明市高新区科发路269号(科发路与科高路交叉口)云南省公共资源交易中心开标厅 7 /p p 　　5、联系方式 /p p 　　招标人：云南省人口和计划生育科学技术研究所 /p p 　　地址：昆明市青年路146号 /p p 　　联系人：李老师 /p p 　　联系方式 ：65135130 /p p 　　招标代理机构：云南招标股份有限公司 /p p 　　地址：昆明市人民西路328号 /p p 　　联系人：李倩茹 倪粒桑 张林秀 /p p 　　联系方式 ：0871- 65348090、65321232 /p p 　　8、汇款方式 /p p 　　招标代理机构开户银行(人民币): 中国工商银行股份有限公司昆明西市区支行 /p p 　　招标代理机构开户银行(美元): 中国建设银行股份有限公司昆明城西支行营业部 /p p 　　账号(人民币): 2502016009024543511 /p p 　　账号(美元): 53014003101220330849 /p

大家好，本周为大家分享一篇发表在Journal of Proteome Research上的文章，Template-Assisted De Novo Sequencing of SARS-CoV‑2 and Influenza Monoclonal Antibodies by Mass Spectrometry [1]，文章的通讯作者是德克萨斯大学生物医学研究支持中心的Maria D. Person。抗体在对病毒和其他病原微生物的适应性免疫反应中起着重要作用。对病毒中和抗体的详细表征对于开发能够有效预防病毒疾病的新疫苗和单克隆抗体疗法至关重要。目前，仅从蛋白质中获得抗体的完整氨基酸序列仍然具有挑战性，且许多用于氨基酸从头测序的软件对计算、硬件及操作人员知识和经验的要求较高。另一种蛋白基因组学方法是使用来自DNA序列的数据库作为起点，以数据库序列和实验数据之间的最佳匹配作为模板。这种方法在分析抗体时特别有用，因为大部分抗体序列（不包括CDR3区域）通常与种系序列非常相似。此外，准确区分Ile和Leu在抗体CDR区测序时尤为重要，而大多数蛋白质从头测序软件都没有解决这个问题。Supernovo是从种系序列模板开始的测序程序之一，该模板可以利用ETD和EThcD片段数据来自动区分Ile/Leu。在这项研究中，作者利用SARS-CoV-1人类抗体来开发模板辅助从头测序的方案，对两株SARS-CoV-2人类单克隆抗体进行了测定，最终优化的方案使用四种蛋白酶、双片段化方法、优化补充激活归一化碰撞能量和Supernovo获得99%准确的氨基酸序列，并以该方案对25株流感人单抗进行了测序。一、模板辅助从头测序方法的建立Supernovo的工作原理是，首先将MS/MS数据与种系数据库中的序列进行匹配，在初始种系序列选择之后，使用通配符搜索来确定接合（J）区域，以与可变区和恒定区候选最佳结合，然后进行in silico重组以生成模板。接下来，限制的从头测序和Byonic通配符搜索通过在迭代过程中改变单个氨基酸来改进模板，实现实验数据最佳匹配。最初由种系序列确定的Ile和Leu残基通过蛋白酶切割特异性和w离子的存在进行修正。利用多种蛋白酶从基因组数据库中选择种系支架序列，并通过通配符搜索获得从头测序所需的各种肽。胰蛋白酶和糜蛋白酶是根据其不同的切割特异性选择的，并选择特异性较低的弹性蛋白酶和胃蛋白酶提供额外的切割位点。由于Supernovo利用来自特异性和非特异性裂解肽的所有信息来构建序列，因此具有许多重叠的裂解位点对于序列测定至关重要。作者首先用序列已知的重组单抗CR3022制定和优化方案。CR3022用胰蛋白酶、糜蛋白酶、弹性蛋白酶和胃蛋白酶酶切，用HCD和EThcD LC-MS/MS分析酶切溶液。实验显示使用EThcD可以在不针对选定的单个z离子的情况下全局碎裂肽混合物，并且产生足够的w离子来区分Ile/Leu。b、c、y、z和w离子的产率取决于SA-NCE， 35%的SA-NCE值产生了最高数量的高置信度Ile/Leu分配，并被选择用于最终方案。图1显示了两种含有Leu和Ile的重链肽，其中检测到w离子z-43（Leu）和z-29（Ile），从而允许Supernovo区分Ile和Leu。虽然在碎裂谱中可以检测到w离子，但使用单一SA-NCE值的宽带碎裂，其丰度较低，这是该方法的主要限制。将多重断裂能量相结合，可以提高对w离子的检测，而使用额外的蛋白酶增加切割位点的数量，有助于分离位置相近的Ile/Leu。图1 使用EThcD对Ile/Leu进行MS/MS分配图2显示了用胰蛋白酶、糜蛋白酶、胃蛋白酶和弹性蛋白酶酶切的重链Fab区域在HCD碎裂下的序列覆盖图。由于四种蛋白酶的不同切割特异性以及Supernovo对非特异性切割肽的匹配，可以观察到肽在许多氨基酸残基上的切割。除脯氨酸外，大多数残基的MS/MS中都观察到对应碎片离子。图3显示了DNA确定的参考CR3022序列（DNA sq）、通过将IMGT数据库中的序列片段与MS数据（SNO-gm）进行数据库匹配而识别的种系模板，以及通过对抗体可变区Fab的MS数据（SNO-MS）进行Supernovo分析而生成的最终从头序列之间的比较。所有CDR区域均实现100%正确的氨基酸序列（灰色高亮）覆盖，具有正确的Ile/Leu分配。Supernovo的错误分配（蓝色高亮）主要发生在HC和LC上的N-末端残基以及LC上的C-末端序列。与DNA衍生序列不匹配的外来N和 C-末端残基均与初始种系支架存在偏差，如图3中重链末端的洋红高亮所示。末端氨基酸具有较少的裂解和片段数据，并且可能具有混杂的修饰。半胱氨酸残基可导致附近氨基酸的错误分配，因为半胱氨酸硫的氧化修饰。总的来说，99%的单克隆抗体序列是通过这种方法正确测定的。结合HCD和EThcD数据，68个Ile/Leu中有67个被正确分配。图2 用胰蛋白酶（黑色）、糜蛋白酶（蓝色）、弹性蛋白酶（红色）和胃蛋白酶（黄色）酶切并用HCD裂解的CR3022重链Fab的肽覆盖图。图3 对CR3022 DNA衍生序列（DNA sq）、MS Supernovo种系模板（SNO-gm）和Fab区域的实验结果（SNO-MS）进行比对接着，作者使用两种具有DNA衍生序列的SARS-CoV-2抗体CM66和CM67来测试该方案的最终版本（即四蛋白酶酶切，HCD和EThcD活化，SA-NCE 35%）。表1总结了该方法对已知序列的三种抗体CR3022、CM66和CM67的测试结果。CDR区氨基酸在HC和LC中的分配均正确，只有两个Ile错误分配给Leu。在高通量方法中，产生足够强度的诊断性w离子仍然不一致，但当与蛋白水解切割偏好和种系模板结合使用时，该方法是有效的，至少提供97%的正确Ile/Leu分配。因此，四酶酶切双活化法被确定足以对抗体进行高度准确的序列测定。表1 受试单抗的氨基酸序列和Ile/Leu分配置信水平以及正确匹配的总结二、基于质谱的25种流感抗体分析产生高置信度序列作者用最终确定的方案分析了另外25种序列信息不确定的抗体，以评估该方法在更大规模的实验下是否能产生与SARS-CoV-1和2抗体相同水平的高置信度结果，并最终确定生成的序列是否可用于产生克隆和表达功能性抗体的基因。对于25株流感单克隆抗体，平均97%的序列和76%的Ile/Leu分配可在高置信度下确定。大多数置信度较低的氨基酸分配位于N端和C端，因此不太可能影响抗体结合。与半胱氨酸残基相邻的序列也有较高的中低置信度分配和偏离种系序列的发生率。在25株单克隆抗体中的24株中，两条链上三个CDR区域的所有残基都得到了高度可信的鉴定。由于该方法不总是在可检测水平上产生可区分的w离子，CDR区域具有一些中低置信度Ile/Leu分配。因此，当大规模应用于各种IgG抗体时，该方案提供了高置信度氨基酸序列。获得的流感单克隆抗体序列随后用于通过克隆和在HEK293细胞中表达产生抗体。三、流感病毒HA特异性人单克隆抗体的生物学活性及序列分析在克隆、表达和纯化后，通过ELISA评估原始25种流感病毒和相应重组表达的HA特异性单克隆抗体的生物活性。图4显示了25种单克隆抗体与原始和重组单克隆抗体的HA抗原的结合曲线。通过评估单克隆抗体对相应HA抗原的结合活性，证实了单克隆抗体对H1N1、H3N2和B型流感病毒HA的特异性。如图4所示，流感特异性单克隆抗体表现出与季节性和大流行性流感病毒株的重组HA（rHA）的差异结合，与原始抗体显示的结合活性相当。图4 原始MS测序（左曲线）和重组表达（右曲线）流感HA特异性单克隆抗体的ELISA结合曲线总的来说，作者通过对25个未知序列单克隆抗体进行测序，确认所采用的方法在不同单克隆抗体上产生的残基测定置信度与已知序列或商业来源的单克隆抗体相同。蛋白质组学方法可以用来检查基于DNA的方法，这些方法被认为更准确，或者可以用来清除样本处理和标记中的错误。通过ELISA结合试验观察并验证了CDR序列的多样性。这些分析证实，当克隆和重组表达时，质谱模板辅助从头测序产生的高置信度序列会产生与特异性流感病毒rHA抗原结合的重组单克隆抗体，从而对该方法进行生物学验证。撰稿：夏淑君 编辑：李惠琳文章引用： Template-Assisted De Novo Sequencing of SARS-CoV-2 and Influenza Monoclonal Antibodies by Mass Spectrometry.

p 　　 span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 什么叫做单细胞基因测序(Single-Cell Sequencing)? /span /p p 　　一句话说，就是单个细胞水平上对基因组进行测序。2013年，自然杂志把年度技术授予了单细胞 a title=" " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-3-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 基因测序 /span /a (Single Cell Sequencing)，认为该技术将改变 a title=" " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-3-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 生物界和医学界 /span /a 的许多领域。 /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 我们为什么要进行单细胞基因测序? /span /p p 　　传统的测序方法，无论是基因芯片或者二代基因测序技术(Next Generation Sequencing，NGS)都需要从超过10万个细胞中提取一大堆(bulk)DNA或者RNA，而提供的信息是一大堆细胞的平均值。但是传统的方法，对于理解人体细胞的多样性有着明显的局限性。 /p p 　　在人体的每一个组织中，比如说，肾脏组织，拥有着大量不同的细胞类型，每一种细胞类型有着独特的起源和功能。每一个细胞的谱系和发展的状态又决定了每个细胞如何和周围的细胞和环境如何反应，把基因测序应用到单个细胞层面，对于我们理解细胞的起源，功能，变异等有着至关重要的作用。 /p p 　　关于二代基因测序已经详细在我们的前期两篇深度报告中进行了介绍，在本篇报告中，我们将详细解读单细胞基因测序，以及该技术对癌症，辅助生殖以及免疫学等领域带来的新的突破。 /p p 　　 strong 一、单细胞基因测序行业：刚启程，面临引爆点 /strong /p p 　　BCC Research的一项分析报告指出，2014年全球单细胞分析(Single-cell Analysis)的市场达5.4亿美金，预测将从2015年的6.3亿美金增长到2020年的16亿美金，复合增长率达21%。根据GENReports的报告，关于单细胞分析的文章发表在过去的几年也有着爆发性的增长。 /p p style=" text-align: center " 　　图2：单细胞分析的文章发表数量 /p p style=" text-align: center " img title=" 1.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/006c9fd7-a2cd-46b2-a028-18b51b5ea3cd.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：GEN，民生证券研究院 /p p 　　其中，传统的单细胞基因组学主要是由基因芯片和PCR主导的，随着二代基因测序的成本以超摩尔定律下降，目前单细胞基因组学逐渐由二代基因测序技术接棒。 /p p 　　和qPCR在90年代的发展一样，目前所有的刺激因素(高度的科研兴趣，生物医药巨头公司的关注等)正在解锁这个市场，单细胞基因测序行业正面临引爆点。 /p p 　 strong 　二、单细胞基因测序的基本流程：单细胞分离--基因组扩增--测序和分析 /strong /p p 　　单细胞测序，简单地说，主要经过如下的步骤：单细胞的分离--DNA/RNA的提取和扩增(全基因组扩增和全转录组扩增)---测序以及后续的分析和应用。 /p p style=" text-align: center " 　　图3：单细胞测序的步骤 /p p style=" text-align: center " img title=" 2.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/782ee757-3c06-4a1b-9103-4c7336ac2929.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Recent advances and current issues in single-cell /p p style=" text-align: center " sequencing of tumors，民生证券研究院 /p p 　　2.1 单细胞的捕捉和分离 /p p 　　单细胞测序的第一步是单细胞的分离和提取，目前的方法主要有如下几种方法：流式细胞术，激光捕获显微切割技术以及微流控技术。 /p p style=" text-align: center " 　　图4：单细胞分离的三种方式：流式细胞术，激光捕获显微切割以及微流控技术 /p p style=" text-align: center " img title=" 3.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/ea66e087-c9b2-4930-a4d3-50025543fe8b.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Technologies for Single-Cell Isolation，民生证券研究院 /p p 　　1)流式细胞术 (Flow Cytometry) /p p 　　是指通过对于悬浮于流体中的细胞或者其他颗粒进行定量分析和分选的技术。在各种流式细胞仪中，大家主要讨论的是荧光活化细胞分类计FACS(Fluorescence Activated Cell Sorting)系统分离单细胞。定量原理：待测细胞经特异性荧光染料染色后，加入样品管中，经过测量区，由染色后的细胞在激光照射下的荧光产生的电信号来进行定量分析 分选原理：通过流束形成含有细胞的带电液滴来实现的。 /p p 　　2)激光捕获显微切割技术Laser Capture Microdissection(LCM) /p p 　　LCM技术可以在显微镜直视下快速、准确获取所需的单一细胞亚群，甚至单个细胞，从而成功解决了组织中细胞异质性问题。其基本原理是通过一低能红外激光脉冲激活热塑模-乙烯乙酸乙烯酯(EVA)膜，在直视下选择性地将目标细胞或组织碎片粘到该膜上。 /p p 　　3)微流控技术(Microfluidics) /p p 　　微流控技术是一种用于精确控制微量液体的技术。微流控芯片是实施该技术的平台，通常通过细微的管道对液体实施操控，微流控对液体的操控尺度, 刚好适合于单细胞样品的处理操作。 /p p 　　2.2 全基因组扩增 (Whole Genome Amplification. WGA)/ 全转录组扩增 (Whole Transcriptome Amplification，WTA)：单细胞测序的难点 /p p 　　2.2.1 主要的三种全基因组扩增技术，各有优势 /p p 　　由于在单细胞中的DNA和RNA的数量非常小(几个pg)，用传统的测序仪无法检测，所以科学家们必须首先对这些分子进行扩增，同时尽量的减少错误。目前的全基因组扩增技术主要有三种：简并寡核苷酸引物PCR扩增(DOP-PCR)，多重置换扩增(MDA) 和基于多次退火和成环的扩增循环(MALBAC)。 /p p 　　1)基于PCR技术的全基因组扩增技术，例如DOP-PCR(简并寡核苷酸引物PCR扩增) /p p 　　DOP-PCR是一种部分随机引物法, 其引物构成为3& amp #8242 -ATGTGG-NNNNNN-CCGACTCGAG-5& amp #8242 ；主要 利用3& amp #8242 端ATGTGG这6个在人体中分布频率极高的碱基作为引导, 以6个碱基的随机序列来决定特异的扩增起始位点，从而达到扩增整个基因组的目的。 /p p 　　2)多重置换扩增(MDA) /p p 　　MDA是一种等温的链置换扩增反应, 其使用随机的6碱基引物在多位点和模板链结合, 接着利用 phi29DNA 聚合酶很强的模板结合和置换能力实现对全基因组的扩增。 /p p style=" text-align: center " 　　图5：DOP-PCR和MDA全基因组扩增技术简介 /p p style=" text-align: center " img title=" 4.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/d9b0aef0-e3b1-4c63-8313-c20796064bb3.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Single-cell genome sequencing: current state /p p style=" text-align: center " of the science，民生证券研究院 /p p 　　3)MALBAC(Multiple annealing and looping-based amplification cycles)基于多次退火和成环的扩增循环 /p p 　　通过采用特殊引物，使得扩增子的结尾互补而成环，从而达到近乎线性的扩增,该技术是哈佛大学谢晓亮教授团队发明的。 /p p style=" text-align: center " 　　图6：MALBAC全基因组扩增的示意图 /p p style=" text-align: center " img title=" 5.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/83e2f828-d990-4b9c-afd6-bd692fc52888.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Single-cell sequencing by Doug Brutlag，民生证券研究院 /p p 　　表1：三种类型的全基因组扩增方式比较 /p p style=" text-align: center " img width=" 600" height=" 302" title=" QQ截图20160302115018.jpg" style=" width: 600px height: 302px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/297e4e6e-a134-4101-a297-456cd703c3af.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Single-Cell Sequencing Technologies: Current and Future， /p p style=" text-align: center " 民生证券研究院 /p p 　　Navin 在研究报告中指出(来源：Cancer genomics: one cell at a time)，对于检测CNV(Copy Number Variation)的时候，DOP-PCR以及MALBAC较有优势，另一方面， MDA方法一般用来检测点突变。Gawad et al., (2015)更是指出，三种全基因组扩增技术并没有明显的胜者，具体方法的使用取决于研究的目的。 /p p 　　2.2.2 全转录组扩增 /p p 　　一个哺乳动物的单细胞大约含有10pg的RNA，其中mRNA大约在0.1-0.5pg，并不能满足目前测序平台的要求，所以需要进行全转录组扩增技术。 /p p 　　单细胞中提取的RNA首先经过逆转录出cDNA，然后对逆转录生成的cDNA进行扩增。目前主要的转录组扩增技术主要包括如下几种：传统的PCR，改进的PCR，T7-in vitro 体外转录组扩增以及Phi29聚合酶扩增。 /p p 　　三. 单细胞测序的主要应用：癌症，辅助生殖以及免疫学领域 /p p 　　当单细胞被分离，细胞内的DNA/RNA被提取和扩增后，二代基因测序(Next Generation Sequencing)可以用来进行后续的测序。当把基因测序应用于单个细胞层面，在下游应用领域有着先天独到的优势。 /p p 　　3.1单细胞基因测序技术有助研究癌症起因和治疗 /p p 　　首先谈一下癌症的异质性：中晚期的肿瘤或由一系列的肿瘤克隆组成，每一种克隆有着独立的变异，形态和药物反应。对于肿瘤克隆精准的诊断非常重要，因为一个占据原发性肿瘤5.1%的亚克隆种群在复发的时候可能成为主要的致病因素。 /p p style=" text-align: center " 　　图7：肿瘤的异质性 /p p style=" text-align: center " img title=" 6.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/88b49609-3a47-4577-ad2a-7e9b36b6a4dc.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Illumina，民生证券研究院 /p p 　　实体瘤由一系列不同的细胞组成，包括癌症纤维细胞，内皮细胞，淋巴细胞，巨噬细胞等。同时，实体瘤由多个肿瘤克隆亚种群构成，使得临床样本的分析更加复杂。当多个肿瘤克隆同时存在时，标准方法检测的要么是平均信号要么是主要的克隆群体(并不一定是最致病的)的信号。 /p p 　　而同时，肿瘤的异质性和癌症产生抗药性以及转移密切相关，所以，单细胞测序开始用来检测肿瘤内基因异质性，对于癌症起因以及后续治疗的研究非常关键和重要。 /p p 　　例如，Navin et al.(2011), 利用单细胞基因测序的方法(流式细胞术提取细胞-全基因组扩增-NGS)，在某个乳腺癌肿瘤组织中检测了100个乳腺癌细胞的CNVs，覆盖度大约6%，发现了三种完全不一样的克隆亚种群。 /p p 　　除了肿瘤细胞，单细胞基因测序同样可以应用于循环肿瘤细胞(Circulating tumor cells)和外周血播散肿瘤细胞DTC(disseminated tumor cells)，该部分内容将在后续的研究报告中深入讨论。 /p p 　　3.2 单细胞基因测序助力辅助生殖 /p p 　　PGS(Pre-implantation Genetic Screening)是胚胎注入前遗传学筛查，主要是通过检测胚胎的23对染色体结构、数目，来分析胚胎是否有遗传物质异常 PGD(Pre-implantation Genetic Diagnosis)，主要用于检测胚胎是否携带遗传缺陷的基因，关于PGS/PGD的介绍，请参考我们之前的行业深度《基因+大数据的颠覆：从癌症基因测序到辅助生殖》。 /p p 　　PGD过程中，目前主要有三种方式获得活检材料：1)卵子的第一极体和第二极体 2)培养至第3天胚胎卵裂期的卵裂球细胞(一般取1-2个细胞) 3)培养第5天左右的囊胚细胞。 /p p 　　例如，牛津大学的Dr.Dagan Wells团队，通过对囊胚细胞进行单细胞基因测序，选择健康的胚胎植入。另外，谢晓亮教授团队通过对女方卵细胞极体细胞进行测序，结合胚胎选择，选择正常的胚胎移植。 /p p style=" text-align: center " 　　图8：卵母细胞减数分裂产生极体的过程 /p p style=" text-align: center " img title=" 7.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/a1c2724b-0f2c-4b27-9eca-d304dccd613c.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Genome Analyses of Single Human Oocytes，民生证券研究院 /p p style=" text-align: center " 　　(注：其中PB1和PB2是第一极体和第二极体) /p p 　　3.3 单细胞基因测序打开免疫报多样性研究之门 /p p 　　用单细胞基因测序分析免疫细胞的原因是现存的多样的病原体导致了免疫细胞的高度异质性，传统的检测方法，取样来自一大堆细胞，低估了单个免疫细胞的多样性，所以我们需要更加精确检测单个免疫细胞的遗传物质，从而理解机体复杂的免疫机制。正如开篇提到的Juno收购的单细胞基因测序公司AbVitro致力于T细胞和B细胞的基因测序。 /p p 　　图9展示了对单个T细胞受体基因测序(TCR Sequencing)的流程。TCR & amp #945 和& amp #946 mRNA经过逆转录，扩增，重叠延伸，目的基因被选择性地进行PCR扩增以及后续的分析。 /p p style=" text-align: center " 　　图9：TCR Sequencing过程 /p p style=" text-align: center " img title=" 8.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/04e7c357-80bd-4709-89dc-92ee07a28fa9.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Pairing of T-cell receptor chains via emulsion PCR， /p p style=" text-align: center " Illumina，民生证券研究院 /p p 　　四. 单细胞基因测序未来的发展之路 /p p 　　在目前来看，单细胞基因测序还处在非常初级的阶段，也面临很多技术的挑战，包括：如何高效的分离细胞，全基因组无偏差的扩增，以及下游的数据分析等。但各大生物医药巨头都已经目光锁定了这个方向，除了今年初Juno收购AbVitro(单个T细胞和B细胞进行基因测序)，去年八月BD公司收购了单细胞测序公司Cellular Research。Illumina也通过和Clontech合作，推出了单细胞RNA测序服务。 /p p 　　我们认为，未来的基因测序一定朝着更精准，更微观的方向前进，如今，单细胞测序正面临着一场革命，在单个细胞层面让我们在前所未有的水平理解基因组学，表观基因组学和转录组学的多样性。 /p p 　　背景案例： /p p 　　2016年1月，肿瘤免疫疗法的领头羊公司Juno宣布以1.25亿美金的股票和现金收购波士顿的一家单细胞测序公司：AbVitro Inc.。 AbVitro公司的技术起源于哈佛大学George Church的实验室，AbVitro的技术包括对单个T细胞和B细胞进行基因测序，帮助科学家们理解T细胞受体(T cell receptor & amp #945 和& amp #946 链的基因的复杂性。 /p p 　　图：Juno收购AbVitro之后的布局 /p p style=" text-align: center " img title=" 9.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/6ef1eca1-dc46-4600-9c6d-d95f77a85f9e.jpg" / /p

2023年3月，布鲁克公司(纳斯达克股票代码：BRKR)在美国HUPO会议上宣布为基于timsTOF平台的4D-蛋白质组学推出十分重要的生物信息学工具：　　1. 与Rapid Novor公司合作开发了一种新型从头测序算法，使用超过170万个PASEF数据点来提高实时免疫肽组学分析的准确性和速度。timsTOF SCP系统无与伦比的灵敏度与新的PaSER Novor算法相结合带来免疫肽组学分析性能的全面提升，尤其是针对微量肿瘤活检样本 　　2. 用谱图库非依赖(Library-free)的TIMS DIA-NN软件进行dia-PASEF数据分析进一步提高了定量的准确性 　　3. Mass Dynamics图形可视化和统计云软件与4D-Proteomics的dia-PASEF数据可实现无缝集成。　　A. 应用于免疫肽测序的PaSER Novor　　凭借PaSER Novor，布鲁克推出在免疫肽组学分析的高级功能，它是由布鲁克与Rapid Novor(快序生物，一家加拿大软件和提供抗体测序服务的CRO公司)合作开发完成的。　　免疫肽组学在timsTOF SCP超高灵敏度平台上对微量肿瘤活检样品中非蛋白水解肽进行测序。基于蛋白质组学数据库算法可能由于搜索空间太大导致无法进行精确搜索，造成重复性低和搜索时间长等问题。PaSER Novor使用基于GPU的布鲁克PaSER蛋白质组学软件平台，在训练了超过170万个timsTOF数据点后，可以直接从碎片离子谱图中从头测序获得多肽序列，从而得到实时结果。　　莫纳什大学(Monash University)免疫蛋白质组学实验室主任Tony Purcell教授说："从头测序分析是我实验室多年来研究的一个重要方面。这种新的算法在实时采集数据条件下，以更快的速度提供准确的结果，实现了大规模和实时的免疫肽组学分析。这对我的团队如何快速地将科学研究向临床转化具有重要意义，这一工作流程提供的检测结果也会对临床患者产生深远影响。”　　　　　　图1：A 9-mer peptide sequenced by PaSER Novor　　图2：timsTOF SCP ultra-high sensitivity MS　　B. TIMS-DIA-NN 2.0 实现谱图库非依赖的dia-PASEF分析　　TIMS DIA-NN是以CCS为中心的DIA–NN [1] 新版本，与之前版本相比具有显著的改进。TIMS DIA-NN 2.0通过新的机器学习，可以实现library-free dia-PASEF数据分析流程，并进一步提高定量准确性。加州大学戴维斯分校蛋白质组学核心实验室主任Brett Phinney博士评论道：“蛋白质组学已经取得了长足的进步，但色谱和数据分析具有与质谱仪相同的重要性。大队列样本分析时稳定的色谱系统，与DDA和DIA的实时搜索相结合，使我的实验室效率达到了更高的水平，而这只有通过TIMS DIA-NN的library-free搜索功能才能达到更好的结果。”　　C. Mass Dynamics对4D-Proteomics的大规模图形知识可视化　　通过与澳大利亚Mass Dynamics软件公司的联合创始人、WEHI公司的Andrew Webb教授合作，布鲁克timsTOF 4D-Proteomics通过Mass Dynamics的统计分析、交互式和可视化技术，可以直观地提取蛋白质组学信息。除了蛋白质列表、火山图、蛋白质相互作用图、PCA图，其它一系列可视化视图都有助于研究者们了解生物学过程和疾病机理。　　Mass Dynamics联合创始人兼首席执行官Paula Burton表示：“PaSER的实时搜索功能和Mass Dynamics的发现服务相辅相成，形成强大的联盟。科学家们现在可以专注于生物学问题，借助蛋白质组学来寻求答案。”　　布鲁克生命科学质谱生物信息学总监Dennis Trede博士评论道："我们很高兴与Rapid Novor和Mass Dynamics的合作。本次合作将为蛋白质组学的发展带来意义非凡的影响。Rapid Novor与超高灵敏度timsTOF SCP相结合，现在可在活检小肿瘤样本中获得大规模的免疫肽组学数据。在美国HUPO发布的所有布鲁克软件解决方案适用于所有型号timsTOF平台：timsTOF Pro 2、timsTOF HT、timsTOF SCP和timsTOF fleX。在国际HUPO坎昆会议上发布的Biognosys Spectronaut® 17软件拥有全新的Direct DIA+功能，且完全支持timsTOF平台上的dia-PASEF数据。”　　　　图：Mass Dynamics visualization for TIMS DIA-NN data

近日发表在《自然方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不能提供足够的信息来进行准确映射时，研究人员可能会遇到问题，这被称为参照偏差。由UCSC生物分子工程副教授本尼迪克特帕特恩领导的一组科学家发布了一个工具包，允许研究人员将个人的RNA数据映射到一个更丰富的参照物上，解决参考信息的偏差，并带来更准确的映射。研究人员表示，泛基因组和转录组的结合在此前从未真正完成过，这是第一次有人尝试将泛基因组作为RNA测序图谱的标准特征。该工具将帮助世界各地致力于通过RNA测序分析了解基因表达的研究人员。“有了这个工具包，我们正在利用从泛基因组获得的更多样化的数据来改进基因表达数据的测量，这一点在个体之间可能会有很大的差异。”帕特恩说，“这样做的目的是让人们在关注基因表达的研究中感受到更多样化的数据的影响，从而更好地分析细胞模型、有机体模型和其他研究应用。”绘制RNA测序数据以了解基因表达可能很困难，因为RNA序列是由细胞机制拼接而成的，这意味着一组RNA数据可能来自基因组的非连接区域，这使得将它们正确地与参照物对齐成为一种挑战。这些剪接点在人类群体中因人而异并不统一，也很难知道RNA来自哪个单倍型。利用新的开源工具，研究人员可获取个体RNA的拼接片段，绘制它们在泛基因组上的排列位置，确定数据属于哪种单倍型，并分析基因表达。

2015年下一代测序技术(NGS)取得了长远的进步。技术的进步使研究人员可以获得更长读长的序列，配合生物信息学，将获得更丰富的基因组信息。　　根据最新的DeciBio市场报告显示，测序仪器市场规模已达24亿，预计到2019年将增长到45亿。临床客户是这一增长的主要推动力，科研市场则受单细胞测序、群体遗传学和NGS应用的驱动。本文回顾了几家主要的测序仪制造商在过去一段时间里的动向，并对2016年进行展望。　　PacBio的逆转：Sequel测序仪　　过去几年，PacBio公司对RSII测序系统读长、通量、生物信息分析和应用等方面做了大量的改进工作。然而，该仪器的价格高达69.5万美元，体积大也阻碍它的广泛采用。　　Sequel测序仪的推出标志着PacBio的逆转，与RS II系统相比，它的测序通量提高了7倍，价格下降到35万美元，体积只有约1/3。　　2015年PacBio预期售出10台Sequel测序仪，大部分卖给了罗氏公司，罗氏准备使用Sequel来开展临床测序。西奈山伊坎医学院的伊坎基因组学及多尺度生物学研究所(Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology)和贝勒医学院也都订购了Sequel。　　华盛顿大学基因组学教授Shendure说，如果Sequel性能继续提升，其低成本和长读长测序的优势，将有助于科研人员进行更全面的突变研究。Sequel将大有作为。该仪器甚至可提供“铂金品质的基因组”，他将此定义为接近人参考基因组的质量。　　英国癌症研究所基因组组长James Hadfield说，如果PacBio继续改善装载效率并降低测序成本，它会成为一个真正的竞争对手。“如果能用PacBio的仪器花费5000美元得到基因组，那真的很棒”，尽管这个价格仍然比Illumina公司基因组测序的价格贵，但它能提供更大的长度范围和结构信息。　　罗斯林研究所ARK基因组中心主任Mick Watson预测，未来一年Illumina公司的测序仪结合PacBio公司Sequel测序仪的使用，将会产生更多全基因组测序结果，可深度了解结构变异和短读长技术测不到的基因组区域，例如，HLA区域、重复元件和着丝粒。另外，他补充说，由于长读长在观察结构变异上的优势，“人们将开始使用Sequel测序癌症基因组。”　　然而，博德研究所的Chad Nussbaum说，Sequel的成功将取决于数据的质量，目前尚没有公开相关数据。　　Oxford Nanopore公司：MinIon试用　　Oxford Nanopore公司去年推出了MinIon纳米孔测序仪早期试用计划。自那时起，该计划已经扩大，几个团体发表了大量研究，证明了MinIon协助基因组装配，以及在标准实验室外快速测序微生物基因组和环境样本的潜力。　　美国NASA约翰逊太空中心的研究人员计划在2016年把MinIon带到太空，测序国际空间站的样本。一些研究者认为，MinIon可用于即时检测(POCT)，例如，快速检测以诊断一个未知感染，对疾病暴发如西非埃博拉暴发的实时分析。　　Oxford公司能否超越PacBio公司仍然有待观察。Watson说，PacBio公司有客户群和成熟的技术。MinIon和即将推出的PromethIon仍处于发展阶段，但Oxford公司的技术有巨大的潜力。　　华大基因的战略变化　　6月，华大基因基于CompleteGenomics的技术推出了一款高通量测序仪Revolocity。当时，Complete Genomics公司的CEO Cliff Reid介绍，Revolocity每年可测序1万个人类基因组，等同于Illumina公司的HiSeq X Ten。尽管华大基因计划2016年上半年才交付Revolocity测序仪，但它已经提前有了三个客户：荷兰奈梅亨大学医学中心、澳大利亚健康服务公司Mater和英国癫痫协会。　　但在11月，华大基因搁置了该测序系统的商业化。Reid将辞去Complete Genomics公司CEO的职务，华大基因把重心放在了桌面测序仪BGISEQ-500上，计划使其通过中国食品药品监督管理局的认证。这是继王俊离开后华大基因经历的另一次大变动。　　Watson推测，Revolocity可能过于复杂，不利于商业化。　　赛默飞：改善服务　　赛默飞(Thermo Fisher Scientific)公司基于其Ion Torrent技术，推出了一款新的NGS系统——Ion S5，专注于“即插即用”的靶向测序。该公司还根据其AmpliSeq技术开发了靶向panels，特别是针对癌症领域。展望未来，靶向测序可能成为赛默飞有利可图的方向，它正努力实现扩大Proton测序仪规模的目标。　　DeciBio的市场报告中写道，由于PII芯片面临的技术难关，赛默飞所占的市场份额有所滑落。随着公司将重心从增加通量转变为改善服务临床客户的工作流程，其发展将以每年约17%的速率增长。　　对2016年的预测　　展望2016年，单细胞测序技术的进展，10X Genomics公司的技术潜能，和大规模测序项目产生的基因组数据都让研究人员们兴奋。　　Shendure说：“捕获、区室化和标记的技术进步非常快速，可以告诉我们哪些序列来自同一个细胞”。这些技术包括10XGenomics的技术，可以快速分析上千个单细胞表达谱的Drop-Seq技术，Shendure实验室正在开发的可创造数千个标记的DNA池的CPT-seq技术。　　Hadfield谈到了单细胞基因组学、基因组定向和自动化。他说：“这些技术使我们能构思更复杂的实验，是我期待的下一次技术革命”。　　若干临床测序项目正在进行中。Shendure说：“监管方面的挑战已经越来越明显。最重要的找到最适合患者的方法，2016年这方面一定会有所进展”。　　另外，Illumina公司依然是NGS市场的主导者，但由于MiSeq和NextSeq测序仪的销售不佳，其第三季度的收益不如预期。专家预测2016年Illumina公司会有重大创新。

p 　　2015年将成为我国精准医疗的元年，基因测序作为精准医疗的前端，行业面临爆发性的增长机遇，同时在实际操作中也面临一定的挑战。 /p p 　　 strong 第一部分：基因测序被关注的原因 /strong /p p 　　测序技术和大数据分析能力的发展使得精准医学成为可能。精准医学是以患者的个人基因组信息为基础为病人量身设计出最佳治疗方案，和传统的循证医学相比，精准医学有望成为治疗效果最大化和副作用最小化的一门定制医疗模式。 /p p 　　1.1 基因测序的价格以超摩尔定律下降，使得基因测序经济性推广成为可能 /p p 　　现在人类全基因组测序成本已经降到1000 美元以下，未来这一数字还将继续下降 /p p 　　2008年，二代测序技术NGS的出现和推广，让测序成本开始加速下降，并明显超过摩尔定律的预测。 /p p 　　基因测序技术成本迅速下降(每兆碱基) /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 1.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/a6c641c7-d6db-431b-af6a-49af3e77a612.jpg" / /p p 　　1.2 大数据分析工具的出现和进步，使得基因测序能够进入现实应用领域 /p p 　　针对大量基因组数据，大数据处理能力提升也为分析和解读基因数据提供支持，测序技术及大数据分析能力的不断提升将会推动精准医学进入快速增长的轨道。 /p p 　　1.3 传统医学需要突破，精准医疗的政策风口助推基因测序发展 /p p 　　政策风口： 2015年2月，习近平总书记批示科技部和国家卫生计生委，要求国家成立中国精准医学战略专家组。 /p p 　　2015年3月11日，科技部召开国家首次精准医学战略专家会议，并决定在2030年前在精准医疗领域投入600亿元。2015年1月，国家公布了产前筛查与诊断高通量测序试点单位，4月公布了肿瘤诊断与治疗高通量基因测序试点单位，表明了政府推动精准医疗发展的决心。 /p p 　　5 月14 日，国务院颁布《关于取消非行政许可审批事项的决定》，再取消49项非行政许可审批事项，不再保留“非行政许可审批”这一审批类别。与医药相关的包括：第31 项：第三类医疗技术临床应用准入审批 第52 项：国家食品药品监督管理总局负责的药品行政保护证书的核发。取消非行政许可审批，松绑第三类医疗技术临床应用，变事前审批为事中事后监管。预计未来，由省级卫生计生行政部门负责的第二类医疗技术实施准入审批也将逐步取消。轻审批，重监管的趋势明确。 /p p 　　 strong 第二部分：基因测序的特点及发展趋势 /strong /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 2.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/d7321229-b7cb-441b-a964-03fe0312ea7b.jpg" / /p p 　　2.1、二代测序仍然是基因测序最主流的技术 /p p 　　目前基因测序技术已经发展到第三代(也有把纳米孔外切酶测序成为第四代)。 /p p 　　第一代DNA测序技术用的主要是1975年由桑格(Sanger)和考尔森(Coulson)开创的链终止法。 /p p 　　第二代DNA测序技术(NGS)目前使用最为广泛，以Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa，Hiseq技术和Life公司的Solid技术为标志。 /p p 　　第三代DNA技术(TGS)以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies的纳米孔单分子测序技术为代表，测序过程无需进行PCR扩增。 /p p 　　 strong 二代测序在5-10年内仍然是基因测序的主流方法 /strong /p p 　　二代测序技术凭借其高通量、低成本和高准确度取代第一代测序技术成为测序市场的主流。由于第三代DNA测序技术目前面临测序成本高和测序结果准确度相对较低的市场化瓶颈，因此TGS仪器大规模商业化仍然需要较长的时间。 /p p 　　NGS各环节对测序结果有重要影响：NGS测序流程包括样本收集、基因提取、文库构建、基因测序和数据分析，各环节的准确性对测序结果有重要影响，比对数据库的规模直接影响数据分析结果的准确性。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 3.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/3e5f1910-517c-4007-a608-4fa6ba4de265.jpg" / /p p 　　2.2、二代测序技术可能成为未来分子诊断的核心平台 /p p 　　二代测序技术兼具通量和准确度优势，有望引领分子诊断方法革新 /p p 　　常用的分子诊断技术包括聚合酶链式反应(PCR)、转录介导的扩增(TMA)、荧光原位杂交(FISH)、基因测序、以及基因芯片技术。 /p p 　　基因检测主要技术的细分市场增速概况(全球) /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 4.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/6ac0fc24-6e75-428a-b6eb-49ea5d6ed5df.jpg" / /p p 　　分子诊断仪器产品的研发，瓶颈不在于技术而在于政策对创新产品的鼓励，国家目前已开辟创新通道，受理审批周期也在大大的缩短。 /p p 　　不同发展阶段的分子诊断技术都有其特定的应用场景，随着NGS 成本的下降，商业模式的丰富，传统的分子诊断方法将受到挑战。二代测序技术兼具通量和准确度优势，更为快速、低廉，极大地拓宽了基因测序的应用范围，尤其促进了分子诊断方法的革新。 /p p 　　 strong 第三部分：基因测序产业格局 投资机会及挑战分析 /strong /p p 　　3.1 基因测序产业格局概览 /p p 　　基因测序市场的细分领域，包括了仪器、耗材、测序服务、数据处理、终端应用等多个方面，如下图所示。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 5.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/6b0b91b7-4cf6-4e1f-a7ca-0eab0a02b1af.jpg" / /p p 　　上游：仪器试剂耗材 /p p 　　中游：测序服务(样品制备、检测和分析)，信息分析(大数据存储、解读、共享) /p p 　　下游：终端用户(应用场景) /p p 　　3.2 上游：仪器技术壁垒最高且形成寡头垄断格局，试剂耗材国内企业有一定机会 /p p 　　二代测序市场主流测序平台主要是四大家：Illumina、Ion Torrent/Life Technologies (2014年被Thermo Fisher收购)、454 Life Sciences/Roche、 Pacific Biosciences。 /p p 　　Genomeweb 2013 度年全球测序仪器市场调查显示：Illumina 占据了全球测序仪器市场71%的份额，Life technologies 则排名第二分得16%的市场份额，罗氏和PacBio 则以10%和3%分列第三和第四位。前两家测序仪公司的全球市场占有率接近90%，基因测序仪行业已经形成寡头垄断的格局。 /p p 　　国内的三大家华大基因、达安基因、贝瑞和康和仪器供应商合作，已经在仪器和试剂层面均获得注册证。从盈利模式角度看，仪器未来不排除出现免费赠送，主要赢利点从试剂耗材及服务端获得，因此国内企业在试剂和服务端突破的可能性最大。 /p p 　　测序试剂、耗材、检测项目的开发，国内企业已经开始有所布局。 /p p 　　2014年7月，华大基因的新一代测序产品也获得了CFDA的批准，包括BGISEQ-100、BGISEQ-1000，以及胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)检测试剂盒。 /p p 　　2014年11月5日，国家食品药品监督管理总局批准了达安基因的基因测序仪和胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测试剂盒(半导体测序法)医疗器械注册。 /p p 　　2015年4月，贝瑞和康的基因测序仪(NextSeq CN500)，以及胎儿染色体非整倍体(T13/T18/T21)检测试剂盒已通过国家食品药品监督管理总局(CFDA)的批准。NextSeq CN500基因测序仪是贝瑞和康与Illumina公司合作，为满足中国临床需求而设计制造的一款新型高通量的基因测序仪。 /p p 　　3.3 中游：第三方测序服务机构和生物信息分析(数据分析)，数据分析是目前行业发展的瓶颈环节 /p p 　　Illumina推出HiSeq系列高通量测序仪后，终端的数据分析成为行业发展的瓶颈。由于数据库是决定检测比对结果准确度和精确度的重要因素之一，因此是数据分析软件提供商主要的竞争壁垒之一。 /p p 　　 strong 测序服务——中国成为全球“测序工厂” /strong /p p 　　测序服务技术壁垒较低，主要面向科研市场，国家缺乏准入标准和质量控制规范，众多碎片化的小企业呈现疯狂生长的状态，仅提供一代测序服务的企业就有上百家。 /p p 　　在二代测序方面，2010 年高通量测序平台中国拥有量仅次于美国，如今二者的差距很可能已经非常小。 /p p 　　全世界规模最大的基因组研究中心有多个在中国，其中华大基因(BGI)拥有世界上最多的新一代测序仪，产能约占全球的10%-20%(按illumina，Life 等销总量计算)。 /p p 　　国内主要第三方基因测序机构覆盖的基因检测相关服务 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 6.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/fa6f668d-23b5-4dc4-b135-344357da6730.jpg" / /p p 　　测序服务本身壁垒较低，未来会出现超大规模的第三方检测工厂，出现基因测序界的富士康，实现规模效应。 /p p 　　科技服务仅约10亿元的外包市场，企业未来转型的出口是健康管理、医院、独立体检中心。因此有越来越多的科技服务测序公司在转向做第三方医学检验所。 /p p 　　临床测序有三个主体，第三方医学检验所、医院和体检中心，前者更加市场化，未来发展空间较大。 /p p 　　 strong 生物信息分析——挑战与机遇并存 /strong /p p 　　基因测序所生成的原始数据并不能反映任何有价值的信息，必须通过专业人员进行分析和解读。现今的生物信息分析涉及的数据存储、解读、及共享是整个基因测序行业目前面临的最大难题，主要原因一是来自于数据量的庞大，二是源于数据的复杂性。 /p p 　　目前这一市场份额基数较小，蕴含着巨大的市场潜力。关注国内企业在这方面的的机会。 /p p 　　数据解读已被全球公认为是比测序还要重要的环节，分析和解读可能会成为中国企业的优势。但短期只能烧钱看不到回报，门槛是数据库，这是限制企业数量和规模的主要原因。 /p p 　　生物信息的所有权和应用领域，目前仍以科研为主，商业化应用瓶颈在于伦理和政策，但随着市场培育的加快，政府和保险的参与，基因组信息未来将归个人所有，政府负责建立数据中心和安全中心，授权个人对数据的使用权。 /p p 　　数据解读服务的市场格局将分为两大阵营：(1)、自行解读，有仪器研发和实力较强的大企业或科研机构会自己解读 (2)外包解读，中小企业、科研人员、医生个人则会交由第三方公司进行数据分析，因此市场对差异化的个性化的服务需求会增加，此类公司会越来越多。外包解读将催化产业不断涌现出各种创新服务模式。 /p p 　　至于数据库的建设，更看好通过市场化的竞争，由企业投资整合资源来积累数据的途径。 /p p 　　解读服务发展的催化剂在需求，落脚点在市场教育。数据库如果不用那就只是个数据库而已，没有附加价值。而医生和患者认识的基因越多，到更大平台去解读和挖掘数据的需求就越大，想要发现已知或未知疾病机理的欲望就越强烈，未来买单的将是保险公司。 /p p 　　3.4下游：二代基因测序的应用领域及其挑战 /p p 　　3.4.1 未来市场容量 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 8.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/efc92dca-dce1-4303-86e6-98083533e049.jpg" / /p p 　　根据Illumina的测算，基因测序的市场规模有200 亿美元左右。 /p p 　　其中，肿瘤学120 亿美元、生命科学50 亿美元(包括生命科学工具、复杂病症，农业基因以及影响因子和宏基因组)、生育和基因健康20 亿美元(孕妇和新生儿童的检测，以及基因健康)、其他应用10 亿美元。 /p p 　　目前，我国基因测序市场中，产前基因检测较为著名，如以国家规定的3500 元/次的费用计，按照我国每年2000 万左右的新生儿计算，产前基因检测市场能达到七百亿元人民币。 /p p 　　具体来看： /p p 　　 strong 生育健康领域(应用相对成熟) /strong /p p 　　新生儿出生缺陷不仅给家庭带来了沉重的复单，而且已经成为严重影响我国经济发展和人口素质的重要问题。一些特定的遗传性疾病往往在出生一定时间后才会表现出明显症状，因此初生儿早期的基因筛查能够帮助尽快在医学上进行早期干预，达到及早发现、及早治疗的效果。目前新一代测序技术在生育健康领域主要应用在以下方面。 /p p 　　●无创产前检测(NIPT) /p p 　　无创产前检测即胎儿染色体非整倍体无创基因检测，是一种基于大规模平行基因组测序技术的高科技检测手段。这种检测只需抽取孕妇少量静脉血，分离其中的胎儿游离DNA，通过高通量二代测序技术平台测序，并对测序结果进行生物信息学分析，即可判断胎儿是否换染色体非整倍体疾病。该技术是国际人类基因组学研究成果被成功孵化的应用技术之一，在欧美等发达国家普遍开展。该法操作简单，易行，安全，准确，孕妇早期就可进行，更具有无创的特点，不会导至流产、胎儿宫内感染等不良后果。 /p p 　　无创产前检查不仅可以筛查唐氏综合症(21三体)，还可以筛查爱德华氏综合症(18三体)、帕特氏综合症(13三体)以及提示其他非整倍体型遗传病。 /p p 　　●胚胎植入前遗传学诊断(PGD) /p p 　　也就是第三代“试管婴儿”，主要用于检查胚胎是否携带具有遗传缺陷的基因。它是在试管婴儿技术基础上出现的，精子卵子在体外结合形成受精卵并发育成胚胎后，在其植入子宫前进行基因检测，以便使试管婴儿避免一些遗传疾病。通过DNA检测技术对胚胎的染色体异常或者遗传性疾病进行诊断，选择无异常的胚胎植入母体，从根本上提高 “试管婴儿”的妊娠成功率，降低自然流产率，提高妊娠质量，并且可大大提高出生后婴儿的质量。 /p p 　　●新生儿单基因遗传病检测 /p p 　　单基因病是指由一对等位基因控制的疾病或病理性状。常见的单基因病有短指症、地中海贫血症、白化病、苯丙酮尿症、色盲、血友病、C6PD(葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)缺乏症等。已知的单基因病的致病基因及遗传方式大部分已经明确，早起单基因遗传病大部分通过染色体核型分析进行检测，染色体和性分析不可避免的缺点是分辨率低，对技术人员的经验依赖度高，对于微小缺失或者基因突变导至的遗传病不能进行检测。现在通过先进的二代高通量测序技术可以对上千种由于基因变异(基因突变、平衡异位、微缺失等)导至的遗传病进行检测，并且可以在早期通过胎儿的脱落细胞或者绒毛膜进行检测，在产前确认胎儿是否患有遗传病，为遗传病携带者或者已经生育遗传儿的家庭提供明确的遗传咨询和产前检测，从而做到优生，提高人口素质。 /p p 　　 strong 肿瘤的个体化治疗 /strong /p p 　　肿瘤的发生发展中，基因的改变在其中居于中心地位，致癌基因的异常表达和抑癌基因失活，是肿瘤细胞无限制生长的分子基础。肿瘤临床表现多种多样，且发病率逐年升高，迄今尚无简单的治疗方法或使用单一药物能治愈所有的肿瘤。询证医学、诊疗规范化和个体化已经成为肿瘤治疗的公认趋向。 /p p 　　基因测序技术对于肿瘤个体化治疗主要有两方面应用：一是检测患者携带的肿瘤基因，二是检测肿瘤靶向药的靶点。 /p p 　　 strong 药物研发领域应用(CRO及医药公司) /strong /p p 　　新一代测序技术早期主要应用在肿瘤和传染病治疗领域，现在越来越多的使用在新兴生物药的开发和疫苗生产。目前药物研发部门使用的各种高通量技术，例如基因芯片、代谢组学建模、酵母双杂、蛋白质组学、高通量化学筛选、电子杂交定位，有望被新一代测序技术替代或作为补充。 /p p 　　 strong 个人DNA信息咨询 /strong /p p 　　近几年兴起的直接面向用户(direct to consumer)的个人DNA信息咨询产业其实是基因检测市场化产物，基本模式是利用互联网和快递寄送，将检测试剂盒送至用户手中，再由其将采集的唾液及送回公司，并从中提取用户的DNA，检测结果也可直接从网上查询获取。 /p p 　　3.4.2 在应用领域主要趋势及挑战 /p p 　　业界认为，基因测序技术应用市场的先后顺序：无创产前筛查(NIPT)、癌症的个体化用药、癌症早筛、人人基因组、检测与筛查。 /p p 　　其中，植入前胚胎遗传学诊断(PGS/PGD)30 亿市场、产前筛查与诊断(NIPT)160 亿市场、肿瘤诊断与治疗千亿市场。此外，目前已经试点的方向，并不能说明技术已经很成熟，相反有些还很不成熟，需要通过很长时间的试点来积累样本和数据。未来可能的试点方向包括，免疫系统疾病、移植类疾病配型检测、传染病检测、公共卫生领域等都有可能。 /p p 　　 strong 生育健康领域 /strong /p p 　　NIPT 作为公认的第一个产业化项目，市场格局基本形成华大和贝瑞占90%的市场份额，包括108 家试点单位及其他中小医院。 /p p 　　NIPT进入壁垒目前只是渠道 /p p 　　1、测序成本和客户体验，如果成本降到目前的1/10，或客户体验有颠覆性改变，都能形成替代，但短期还看不到 /p p 　　2、测序服务上，主要是产科医院的渠道壁垒。 /p p 　　 strong 肿瘤诊断领域 /strong /p p 　　目前的第二大应用，未来有可能成为第一大应用领域，个性化用药、靶向治疗、早诊是必然的发展方向，空间很大，但短期内还达不到无创的市场高度。 /p p 　　(1)肿瘤是多基因病，没有标准的用药方案，需要个性化治疗，并且机理尚未厘清，医院更倾向于自己做，不容易商业化。 /p p 　　(2)从基于组织到基于血液的肿瘤诊断，对医生而言需要有至少五年的市场培育过程，病种的增加则受制于样本量的积累。 /p p 　　(3)肿瘤的早诊，技术上，血液循环肿瘤细胞DNA(ctDNA)和循环肿瘤细胞(CTC)目前通过测序的检出率还很低，需求取决于人们保健意识的发展程度，未来可能成为健康保险的一个重要产品。 /p p 　　其他 /p p 　　其他应用领域主要的挑战：耳聋基因的筛查(检出率低，假阴性高)、罕见病筛查(无有效干预手段)、地中海贫血、靶向药物伴随诊断(尚无标准)。 /p p 　　2C 端的应用的挑战，需要有一个较长的市场教育和科普过程，并且受限于伦理和法律。 /p

5月18日，Thermo Fisher召开了2022年投资者年会，会上对2021年的业绩表现，研发重心，中国业务，2022年业绩展望做了详细介绍。2021年业绩回顾2021年全球销售额392亿美元（Danaher约280亿美元），增长22%，其中有机增长也高达17%；据赛默飞估算，其在全球对应目标市场的市场份额达到17.4%。盈利方面，全年GAAP毛利率50.1%，GAAP营业利润率25.6%，GAAP净利率19.7%，修正后营业利润率31%，修正后净利率25.4%。高利润率得益于高利润业务Life Science Solutions业绩在2021年Q1的飞速增长细分市场层面，制药和生物技术市场占总业务58%（该比例与Danaher集团生物制药相关业务占比类似），2021年增长34%；科研市场业务占比15%。在2015年，制药和生物技术占比仅30%，而科研市场占比高达25%。整个生命科学行业的市场重心和业务形态在过去6年里发生了巨变。业务线维度，Life Science Solutions（生命科学解决方案）和Lab Products & Biopharma Services（实验室产品&生物制药服务）的业务占比均超过了35%，是另外两个业务单元Specialty Dx（专业诊断）和Analytical Instruments（分析仪器）的两倍多。Biosciences生命科学业务“放大镜”Biosciences属于Life Science Solutions（生命科学解决方案）业务板块，专注为实验室客户提供细胞生物学、分子生物学、蛋白&细胞分析、样品制备产品和解决方案，品牌涉及Invitrogen, Applied Biosystems, Gibco和Thermo Scientific。Biosciences业务规模达50亿美元，占Life Science Solutions的32%左右Biosciences业务中，试剂耗材占比高达89%，仪器9%，服务2%研发布局“三大方向”赛默飞2021年全年研发投入14亿美元，占全年销售额的3.6%。研发创新主攻三大方向：创新材料科学领域- 如创新扫描电子显微镜、X射线光电子能谱仪系统；精准医疗领域 - 如NGS测序仪、数字PCR技术；生命科学基础研究&创新生物制药领域 - 如细胞治疗相关设备和试剂、适用生物大分子药物QC的质谱仪。战略并购向生物制药服务倾斜自2017年收购Patheon开始，赛默飞便强势布局近千亿美元的CDMO市场和CRO市场，并在2019年和2021年先后收购细胞基因治疗CDMO公司BrammerBio和CRO公司PPD。并在2019-2021年区间，先后收购了GSK在爱尔兰的API生产基地、欧洲某病毒载体生产基地、以及瑞士的Lengnau biologics生产基地，以扩充其CDMO产能布局。反复提及的PPI管理体系在2022年赛默飞投资人年会上，PPI管理体系（Practical Process Improvement）在研发创新、财务&投资、公司战略等板块被提及11次。PPI之于赛默飞，约等同于DBS之于丹纳赫 ，DBS可能在深度和系统性上更胜一筹。浅浅理解一下，PPI体系关注三个方面：质量、生产力、客户忠诚度。中国业务2021年赛默飞中国业务增长19%，达到36亿美元左右，是2010年中国业务的近9倍。"So, the team in China is bullish about the outlook. There are clearly geopolitical tensions and we'll. Navigate those appropriately. And so that's part of it. And so, we feel good about what the outlook is there. ”- Thermo Fisher CEO Marc Casper @ 2021Q4 earnings call2022年业绩预期根据2022年4月预测，2022年全年销售额将达到425亿美元，增长8%。该预测在2021年9月预测的基础上高出20亿美元。其中COVID19相关业务将达到21亿美元，占总业务的5%修正后营业利润率有望达到25.4%

p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 201582472333800.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201508/noimg/48e9a836-4164-4399-adb4-25b37ca9be79.jpg" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" Loltun灰岩洞凉爽的气候可能保护动物骨头中的DNA免受尤卡坦半岛高温的侵袭。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 　　图片来源：RICHARD A. COOKE /p p 　　当2009年Tania Gutié rrez Garcí a将40块噬齿类动物的颌骨打包放入比鞋盒还小的包裹并带往加拿大时，她非常确信自己将失望透顶。当时，Gutié rrez是墨西哥国立自治大学生物学专业的博士生，收到在麦克马斯特大学一个著名古DNA实验室待上3个月的邀请。在那里，她会和当时正在测序猛犸象基因组的科学家并肩工作。Gutié rrez的目标是从约1.4万年前～1.2万年前的噬齿类动物骨头中提取DNA，并且由此重建它们的系谱图。 /p p 　　不过，即便是在这个曾经让各种稀奇梦想得以实现的实验室，她的项目看上去也不太可能成功。猛犸象的样本曾在北极永久冻土中被发现，而那里持续的寒冷、干燥条件被认为能最好地保存古DNA。Gutié rrez的噬齿类动物死于炎热潮湿的尤卡坦半岛。她甚至不确定它们的骨头中是否保留了任何DNA。不过，这些老鼠的颌骨最终送来了一份惊喜，并且让人们看到了曙光，即古DNA能回答那些曾经望尘莫及的问题。 /p p 　　全球大部分生物多样性都进化自热带。来自这些纬度的古DNA可以解决曾统治南美和澳大利亚的奇特巨型动物群起源问题，并且回应关于在印度尼西亚被称为哈比人的小型弗罗里斯人是原始人类的一个奇特物种还是不健全现代人类的争议。不过，当Gutié rre前往加拿大时，几乎所有从热带地区恢复古DNA的尝试均已失败告终。 /p p 　　掌管上述麦克马斯特大学实验室的进化遗传学家Hendrik Poinar介绍说，DNA是众所周知的脆弱分子。暴露在水或氧气中会将把双螺旋结合在一起的化学键扯断。当生物体活着时，细胞能快速修复此类损伤。但在死亡后，化学过程会带来严重破坏，将DNA切分成很多微小部分，有时只有几个碱基的长度。 /p p 　　几十年来，科学家一直假定发现可进行分析的古DNA的唯一场所是在寒冷干燥的环境中。冰冷的温度减缓了化学反应，并抑制能吞噬细胞且将里面脆弱的DNA暴露出来的微生物活动。干燥应该能减少水分对DNA分子键的攻击。 /p p 　　过往经历证实了这些假设。自本世纪初起，令人印象深刻且可证实的结果开始从寒冷的环境中涌入。一个团队成功测序了来自育空的70万年前的马基因组，这也是迄今最古老的基因组。其他人则恢复了来自西伯利亚丹尼索瓦洞一些小指骨的新型人类完整基因组。与此同时，诸如测序哈比人等备受瞩目的热带地区研究都以心碎收场。 /p p 　　Gutié rrez心里明白这一切。因此，当麦克马斯特大学实验室的学生嘲笑她关于微小噬齿类动物颌骨的计划时，Gutié rrez并不吃惊。这些颌骨在上世纪七八十年代出土自尤卡坦半岛一个名为Loltun的灰岩洞，并且自此被存放在墨西哥城。她知道，自己有90%的几率会两手空空地返回墨西哥。不过，这些骨头拥有一些使其将关注点放在10%成功几率上的特征。 /p p 　　首先，Gutié rrez发现，她能将这些易碎颌骨分解，以追溯“最有可能发现古DNA的地方”——噬齿类动物牙齿的根源。她还知道自己的样本有一个优势，因为噬齿类动物被保存在灰岩洞中。如果足够深，洞穴通常比地表凉爽，并且里面的温度往往能保持稳定。同时，作为缓冲介质，灰岩洞能阻止DNA被酸性土壤吞掉。 /p p 　　在麦克马斯特大学，Gutié rrez利用当时以聚合酶链反应(PCR)为中心的主流技术放大DNA序列。她成功地从12块颌骨中提取到古DNA的6个重叠片段共666个碱基对。将这些噬齿类动物的序列同来自现存近亲的DNA进行比对，Gutié rrez得以精细勾勒出尤卡坦半岛噬齿类动物的系谱图，并于去年夏天在《生物学快报》上发表了此项成果。她、Poinar及其共同研究者称该成果对于热带古DNA样本来说是“史无前例的成功”。 /p p 　　接二连三取得的类似成果正在说服一些科学家，Loltun可能并非侥幸。虽然在澳大利亚科廷大学古遗传学家Michael Bunce和其他人看来，在热带地区或许可能将永远不会获取到同在北极发现的一样古老的基因序列，因为DNA在温暖的气候下很容易分解得更快，但来自热带地区相对近期的DNA能回答足够多的有趣问题。丹麦哥本哈根大学古遗传学家Hannes Schroeder及其同事正试图从克里斯多弗· 哥伦布到达前生活在加勒比海地区的已灭绝泰诺人部落的一个成员中提取并测序古DNA。他们希望能阐明人们是如何以及何时到达人类最后居住的地区之一 ——加勒比海地区的。Schroeder的合作者、斯坦福大学博士后Marí a á vila则希望利用来自16世纪和17世纪骸骨的古DNA研究非洲奴隶贸易对墨西哥人口遗传学带来的影响。 /p p 　　如今，Gutié rrez最初的分析已经过时，因为以PCR为中心的方法已被下一代使科学家得以分析DNA更短片段并帮助其剔除现代序列污染的测序技术取代。因此，她在2011年带着噬齿类动物的样本返回麦克马斯特大学。迄今为止，Gutié rrez已利用更新的技术测序了2000多对未被污染的碱基对。而据Poinar预测，最终的结果“将令人印象深刻”。 /p

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p 　　2018年5月14日，深圳华大智造科技有限公司(以下简称“华大智造”)与深圳承启生物科技有限公司(以下简称“承启“)签订合作协议。双方将基于华大智造的开放性测序平台和承启生物的自主算法及其测序分析云平台，优势互补，共同构建中国基因测序领域崭新的全自主化生态环境。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201807/insimg/8abfdba7-c276-4dfe-bd9f-5dae5d08104c.jpg" title=" 02.jpg" / /p p 　　近年来，世界各国都把基于基因测序技术发展起来的“精准医疗”作为国家战略进行重点扶持。基因测序仪是整个基因测序产业链的上游关键，长期以来被国外少数公司垄断，因此价格居高不下。而如何对海量的测序数据进行准确高效的分析，底层算法又是核心技术。目前国内外公司几乎都无力自主研发，导致数据分析基本都是黑箱操作，造成分析结果不稳定，这在科研上会浪费人力财力，而在临床上则有可能对病人的生命安全造成威胁。同时，面对复杂的国际环境，中国的生物遗传资源和信息安全也需要行业内的企业携手共同维护和保护、共同打造自主创新的生物产业联盟，提升中国精准医学在全球的话语权。华大智造在收购美国Complete Genomics公司后，对其技术进行了优化和再创新，大大提升了原有的仪器性能。在过去的三年中，华大智造陆续推出了BGISEQ-500, MGISEQ-2000等高通量测序仪，测序能力已能比肩国际最先进水平，在部分技术指标上甚至更优。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201807/insimg/02144924-34c5-4b14-beb5-edd1d5de2858.jpg" title=" 02-2.jpg" / /p p 　　华大智造技术总监方晓接受媒体采访承启生物则长于海量测序数据的分析，自主研发了国内唯一大规模商用化的测序数据底层分析算法——FANSe系列，因其首屈一指的准确度和稳健性，早在2014年便被国际人类蛋白质组计划指定为其核心支柱的首选算法。2018年1月，承启生物的基因测序分析云平台实现了单机在1分钟内解析一个人全部2万个基因信息，大幅刷新了世界纪录，远超国外同类技术。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201807/insimg/0e8d681e-de94-4485-adac-f8e13c81ce75.jpg" title=" 02-3.jpg" / /p p 　　承启生物联合创始人张弓接受媒体采访两家公司优势互补，强强联合，实现了从测序实验到数据分析的全国产化完整解决方案。在前期的合作中，承启生物使用BGISEQ-500平台产出了高质量的测序数据，并使用自主研发的云平台对数据进行了高效处理，效果理想，这一全国产化的基因测序流程得到了双方的高度认可。此次双方签署全面深化合作协议后，承启生物将批量采购华大智造的测序仪，同时承启生物云平台也将全面向华大智造开放，共同携手建立全国产化基因检测方案示范基地，为用户提供简便快速的测序解决方案和服务。同时双方将紧密合作进行技术改进升级，不断降低成本，助力精准医学的普及，惠及千家万户，最终实现基因科技造福人类。 /p p br/ /p

html,body{-webkit-user-select:text }*{padding:0 margin:0 }.web-box{width:100% text-align:center }.wenshang{margin:0auto width:80% text-align:center padding:20px10px010px }.wenshangh2{display:block color:#900 text-align:center padding-bottom:10px border-bottom:1pxdashed#ccc font-size:16px }.sitea{text-decoration:none }.content-box{text-align:left margin:0auto width:80% margin-top:25px text-indent:2em font-size:14px line-height:25px }.biaoge{margin:0auto /*width:643px */width:100% margin-top:25px }.table_content{border-top:1pxsolid#e0e0e0 border-left:1pxsolid#e0e0e0 font-family:Arial /*width:643px */width:100% margin-top:10px margin-left:15px }.table_contenttrtd{line-height:29px }.table_content.bg{background-color:#f6f6f6 }.table_contenttrtd{border-right:1pxsolid#e0e0e0 border-bottom:1pxsolid#e0e0e0 }.table-left{text-align:left padding-left:20px }详细信息西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告陕西省-西安市状态：公告更新时间：2022-07-29招标文件:附件1西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告发布时间：2022072915:11:08西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告项目概况西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目招标项目的潜在投标人应在线上获取招标文件，并于2022年08月24日09时30分（北京时间）前递交投标文件。一、项目基本情况项目编号：XBMH2022152项目名称：西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目预算金额：576万元/年采购需求：西安交通大学第二附属医院采购分子组及大明宫院区医用试剂一批。本项目共分24个标段，各标标段具体采购的标的物及预算如下：标段号序号采购标的物名称检测方法采购预算（万元/年）中标家数参数要求招标最小单位第1标段（180万）1乙型肝炎病毒核酸定量检测PCR荧光探针法180万1家每测试2沙眼衣原体核酸检测每测试3淋球菌核酸测定每测试4解脲脲原体核酸检测每测试5单纯疱疹病毒II型核酸测定每测试7人巨细胞病毒核酸定量检测每测试8结核分枝杆菌核酸检测每测试9肺炎支原体核酸检测试剂盒每测试10EB病毒核酸检测每测试11幽门螺旋杆菌核酸检测每测试12肠道病毒71型核酸检测每测试13肠道病毒通用型核酸检测每测试14乙型肝炎病毒基因分型检测每测试15丙型肝炎病毒基因分型检测试剂盒每测试16人感染H7N9禽流感病毒RNA检测每测试17甲型H1N1流感病毒RNA检测每测试18季节性流感病毒H3亚型核酸检测每测试19季节性流感病毒H1亚型核酸检测每测试20Ⅰ群肠道沙门氏菌核酸检测每测试21发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒核酸检测每测试22柯萨奇病毒A16型核酸检测每测试23柯萨奇病毒A6型核酸检测每测试24柯萨奇病毒A10型核酸检测每测试25呼吸道合胞病毒核酸检测试剂盒每测试26登革病毒核酸检测每测试27HIV1核酸测定试剂盒每测试28中东呼吸综合征冠状病毒核酸检测每测试29寨卡病毒核酸检测每测试30B族链球菌核酸检测每测试31人博卡病毒核酸检测每测试32腺病毒核酸检测每测试33人鼻病毒核酸检测每测试34乙型肝炎病毒前C区/BCP区突变检测PCR反向点杂交法每测试35乙型肝炎病毒YMDD基因突变检测每测试36人乳头瘤病毒核酸检测及基因分型（至少标段含20种）PCR反向点杂交法每测试372019nCoV核酸快速检测试剂（标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管等耗材）荧光PCR法（快速扩增）1具备内源性内标；2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标；4检测最低下限小于等于500copy/L5快速核酸释放技术6扩增时间小于50分钟每测试382019nCoV核酸检测试剂（标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管等）荧光PCR法1具备内源性内标；2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标；4检测最低下限≤500copy/mL每测试39诺如病毒RNA荧光PCR法每测试40多瘤病毒(BKV、JCV)每测试41人偏肺病毒(HMPV)每测试42副流感病毒PIV每测试43甲型流感病毒每测试44乙型流感病毒每测试45呼吸道病毒核酸六重联检（甲、乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒1型、副流感病毒2型）每测试46白血病融合基因每测试47细小病毒（B19)胶体金法每测试第2标段（145万）1核酸提取或纯化试剂磁珠法145万1家每测试2丙型肝炎病毒核酸定量检测PCR荧光探针法每测试3丙型肝炎病毒基因分型检测每测试4HBVDNA/HCVRNA/HIVRNA(1+2)型三联检测每测试5乙型肝炎病毒核酸定量检测（高敏）检测下限≤10copies/mL每测试6乙型肝炎病毒基因分型检测每测试7丙型肝炎病毒核酸定量检测（高敏）检测下限≤25copies/mL每测试8丙型肝炎病毒核酸定量检测（超敏）检测下限≤15copies/mL每测试9EB病毒核酸定量检测检测下限≤400copies/mL每测试10人巨细胞病毒核酸定量检测检测下限≤400copies/mL每测试11沙眼衣原体核酸检测、解脲脲原体核酸检测、淋球菌核酸检测检测下限≤400copies/mL每测试12新型冠状病毒2019nCoV核酸检测，最低检测下限≤200copy/L（标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管）荧光PCR法1具备内源性内标；2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标；4最低检测下限≤200copy/mL每测试13高危型人乳头状瘤病毒DNA检测（15种）荧光PCR法（无需杂交）每测试132019nCoV、甲型流感病毒、乙型流感病毒核酸三联检荧光PCR法1具备内源性内标；2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL14腺病毒核酸检测荧光PCR法每测试第3标段（30万）新冠核酸快检试剂2019nCoV核酸快速检测试剂（标段含采样管及保存液、保存管、提取试剂、扩增试剂、吸头、八连管等）快速核酸检测30万1家1磁珠法提取；2.全检测流程≤80分钟3检测模式：核酸提取、扩增检测均在同一封闭；4独立模块，随来随测，独立检测。5.目的基因不少于双靶标（ORFlab基因、N基因）；6检测最低下限小于500copy/mL；7检测通量≥8；每测试第4标段（6万）（MTHFRC677T基因检测+高血压个体化治疗基因检测+HLAB27核酸检测等）MTHFRC677T基因检测（3个位点）PCR熔解曲线法6万1家每测试人类CYP2C19基因分型检测每测试CYP2D6*10、CYP2C9*3、ADRB1(1165GC)、AGTR1(116AC)、ACE（I/D）检测每测试人运动神经元存活基因1(SMN1)检测每测试测序反应通用试剂盒（高血压个体化治疗基因检测）聚合酶链杂交法每测试测序反应通用试剂盒（叶酸）每测试测序反应通用试剂盒（他汀类）每测试测序反应通用试剂盒（氯比格雷）每测试测序反应通用试剂盒（华法林）每测试测序反应通用试剂盒（硝酸甘油）每测试人类HLAB27核酸检测荧光PCR法每测试高血压个体化治疗基因检测试剂（5个位点）每测试人类HLAB*5801基因每测试B族链球菌核酸检测每测试结核分枝杆菌复合群核酸检测恒温扩增荧光法每测试MTHERC677基因检测PCR金磁微粒层析法每测试第5标段（20万）（免费按需提供检测的质控品、校准品、辅助试剂及一次性耗材）恒温扩增相关试剂（20万）结核TBRNA检测恒温扩增法20万1家每测试乙肝HBVRNA检测每测试泌尿生殖道病原体RNA检测(沙眼衣原体、解脲脲原体、淋病奈瑟菌、生殖支原体)每测试第6标段（5万）细菌耐药基因检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药基因检测荧光PCR法5万1家每测试碳青霉烯耐药基因KPC检测每测试鲍曼不动杆菌耐碳青霉烯类抗生素基因（OXA23）检测每测试耐万古霉素肠球菌基因（vanA,vanB）检测每测试第7标段（20万）呼吸道病原菌核酸检测呼吸道病原菌核酸检测(标段括常见细菌、特殊病原体如嗜肺军团菌、结核分枝杆菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、流感嗜血杆菌等）恒温扩增芯片法20万1家每测试第8标段（30万）维生素类检测脂溶维生素(VA,D2,D3,E,K)串联质谱30万1家每测试水溶维生素(维生素B1、维生素B2、维生素B3、维生素B5、维生素B6、维生素B7、维生素B9、维生素B12)每测试类固醇激素类类固醇激素18项(二氢睾酮、脱氢表雄酮硫酸酯、脱氢表雄酮、皮质醇（氢化可的松）、雌酮、17α羟孕酮、孕烯醇酮、皮质酮、11去氧皮质醇、脱氧皮质酮、雄烯二酮、17α羟孕烯醇酮、睾酮、醛固酮、雌二醇、雌三醇、可的松（皮质素）、孕酮)1.82.5ng串联质谱每测试原醛激素5项(醛固酮、血管紧张素I,皮质醇，脱氧皮质酮、可的松)每测试四种激素萃取液(醛固酮、皮质醇，脱氧皮质酮、可的松)每测试血儿茶酚胺代谢检测(肾上腺素、去甲肾上腺素、多巴胺、变肾上腺素、去甲变肾上腺素)每测试尿儿茶8项(DA,E,NE,MN,NMN,3MT,HVA,VMA)每测试高香草酸和香草扁桃酸萃取液每测试人体代谢物浓度胆汁酸谱15项(胆酸、牛磺胆酸、甘氨脱氧胆酸、石胆酸、甘氨胆酸、牛磺熊脱氧胆酸、脱氧胆酸、牛磺石胆酸、甘氨熊脱氧胆酸、熊脱氧胆酸、甘氨石胆酸、牛磺鹅脱氧胆酸、鹅脱氧胆酸、牛磺脱氧胆酸、甘氨鹅脱氧胆酸)串联质谱每测试药物浓度检测免疫抑制剂(他克莫司、环孢霉素A、西罗莫司)药物浓度检测串联质谱每测试抗癫痫药(卡马西平、卡马西平10，11环氧化物、奥卡西平、10羟基卡马西平、丙戊酸/苯巴比妥、苯妥英钠、拉莫三嗪、托吡酯、左乙拉西坦)药物浓度检测每测试抗菌药(万古霉素、伏立康唑、替考拉宁、利奈唑胺、美洛培南、替加环素、莫西沙星、氟康唑）药物浓度检测每测试抗肿瘤药（甲氨蝶呤、氟尿嘧啶、多西他赛、多柔比星）每测试镇静催眠药（阿普唑仑、氯硝西泮、咪达唑仑、劳拉西泮、奥沙西泮、唑吡坦、艾司唑仑、替马西泮、溴西泮）药物浓度检测每测试抗抑郁药（米氮平、帕罗西汀、舍曲林、西酞普兰、艾司西酞普兰、文拉法辛、O–去甲文拉法辛、曲唑酮、氟西汀+去甲氟西汀、氟伏沙明、度洛西汀、安非他酮、羟安非他酮）药物浓度检测每测试抗精神病药（氯氮平及去甲氯氮平、氯丙嗪、利培酮+9–羟基利培酮、喹硫平、阿立哌唑、脱氢阿立哌唑、奥氮平、齐拉西酮、氨磺必利、丙戊酸、舒必利、氟哌啶醇、奋乃静、氟奋乃静）药物浓度检测每测试第9标段（8万）阿司匹林耐药基因检测LTC4S一代测序技术8万1家为临床服用阿司匹林是否存在抵抗提供帮助每测试PTGS1每测试GP1BA高血糖个体化用药基因检测外周血液基因组中的CYP2C9、OCT2、SLCO1B1、PPARy基因多态性性为临床鉴别患者对降糖药物敏感性提供帮助每测试SLCO1B1ApoE检测SLCO1B1检测*1b和*5两个位点；ApoE检测E2和E4两个位点每测试个体化用药指导AGTR1/ACE/ADRB1CY2D6/CYP2C9/CYP3A5/NPPA检测高血压合理用药；总共检测7个基因，10位点每测试CYP2C19氯吡格雷用药每测试CYP2C9VKORC1华法林初始剂量每测试MTHFR检测评判叶酸代谢能力，指导合理补充叶酸每测试ALDH2检测判断硝酸甘油用药无效风险，评估酒精代谢能力每测试细胞因子联合检测试剂细胞因子六联检（IL2\IL4\IL6\IL10\IFNγ\TNFα）；流式细胞术（2类注册证）每测试细胞因子七联检（IL2\IL4\IL6\IL10\IL17A\IFNγ\TNFα） 每测试细胞因子八联检（IL2\IL4\IL6\IL10\IL12P70\IL17A\IFNγ、TNFα） 每测试PD1(程序性死亡蛋白1)每测试十二联检（IL1β\IL2\IL4\IL6\IL8\IL10\IL12P70\IL17A\IFNγ\TNFα\IFNα）维生素类检测脂溶维生素(VA,D2,D3,E,K)串联质谱每测试水溶维生素(维生素B1、维生素B2、维生素B3、维生素B5、维生素B6、维生素B7、维生素B9、维生素B12)每测试串联质谱检测3多种氨基酸检测试剂盒串联质谱每测试抗生素药物浓度检测试剂盒（阿米卡星、亚胺培南西司他丁、头孢哌酮舒巴坦、哌拉西林他唑巴坦、美罗培南、替加环素、利奈唑胺、万古霉素、去甲万古霉素、替考拉宁、氟康唑、伏立康唑、醋酸卡泊芬净）每测试第10标段（5万）1白色念珠菌核酸检测荧光PCR法5万1家每测试2光滑假丝酵母菌核酸检测每测试3热带假丝酵母菌菌核酸检测每测试4金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌核酸检测每测试5沙门氏菌和志贺氏菌核酸检测每测试6单纯疱疹病毒1型（HSV1）核酸检测每测试7单纯疱疹病毒2型（HSV2）核酸检测每测试8人感染H7N9禽流感病毒RNA检测每测试9麻疹病毒和风疹病毒核酸检测每测试10人乳头瘤病毒核酸检测及基因分型（至少标段含20种）荧光PCR定量法（无需杂交）每测试第11标段（大明宫）（60万）肝炎系列+新冠抗体+胃蛋白酶原乙型肝炎病毒表面抗体测定试剂盒磁微粒化学发光法60万1家每测试乙型肝炎病毒表面抗原测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒e抗原测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒e抗体测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒核心抗体测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒前S1抗原测定试剂盒每测试戊型肝炎病毒IgM测定试剂盒每测试丙型肝炎病毒抗体测定试剂盒每测试胃蛋白酶原Ⅰ测定试剂盒每测试胃蛋白酶原Ⅱ测定试剂盒每测试新型冠状病毒（2019nCoV）抗体检测试剂盒(磁微粒化学发光法)每测试抗HCV质控品每毫升HBcAb质控品每毫升HBeAb质控品每毫升HBeAg质控品每毫升HBsAb质控品每毫升HBsAg质控品每毫升抗HAVIgM质控每毫升抗HEVIgM质控品每毫升白介素6测定试剂盒（CMIA）每测试降钙素原测定每测试超敏C反应蛋白测定每测试肌酸激酶同工酶测定每测试心肌肌钙蛋白I测定每测试心肌肌钙蛋白T测定每测试肌红蛋白测定每测试心型脂肪酸结合蛋白测定每测试N端脑钠肽前体测定每测试白介素6质控品IL6免费提供胃蛋白酶原I质控品PGI免费提供胃蛋白酶原II质控品PGII免费提供人类免疫缺陷病毒抗原抗体测定试剂盒每测试梅毒螺旋体抗体测定试剂盒每测试甲型肝炎病毒IgM抗体测定试剂盒每测试激发液免费提供预激发液免费提供清洗液免费提供整装反应杯免费提供整装吸头免费提供样本稀释液免费提供FDP+DD纤维蛋白/原降解复合物胶乳免疫比浊法/颗粒增强免疫比浊法每测试D二聚体检测每测试FDP、D二聚体控制品每毫升D二聚体校准品每毫升FDP校准品每毫升生化类超敏C反应蛋白免疫比浊法每测试尿微量白蛋白测定每测试糖化白蛋白每测试糖化血红蛋白高压液相色谱法每测试第12标段（6万）多种心脑血管药物基因核酸样本预处理试剂心血管个性化用药指导11基因检测+核酸质谱法6万1家每测试心血管个性化用药指导21基因检测每测试高血压个性化用药指导9基因检测每测试冠心病个性化用药指导4基因检测每测试氯吡格雷+阿司匹林个性化用药基因检测每测试抗栓个性化用药9基因检测每测试儿童安全用药基因检测(核心板)每测试叶酸及营养每测试精神类药物基因核酸样本预处理试剂抑郁症个性化用药指导10基因检测每测试精神分裂症个性化用药10基因检测每测试癫痫个性化用药12基因检测每测试焦虑个性化用药9基因检测每测试肿瘤基因检测核酸样本预处理试剂化疗用药每测试男性18项高发肿瘤风险基因筛查（含BRCA基因）每测试女性21项高发肿瘤风险基因筛查（含BRCA基因）每测试核酸样本预处理试剂遗传性耳聋基因检测（20位点)每测试第13标段（5万）肝癌检测高尔基体蛋白73磁微粒化学发光免疫分析法5万1家每测试甲胎蛋白异质体比率（AFPL3%)每测试异常凝血酶原每测试感染三项1.全程C反应蛋白（CRP）上转发光免疫分析每测试2.血清淀粉样蛋白（SAA）每测试3.降钙素原（PCT）每测试第14标段（8万）ApoE基因型载脂蛋白EApoE基因型检测基因芯片法8万1家每测试第15标段（4万）SDC2基因甲基化检测人类SDC2基因甲基化检测荧光PCR法4万1家每测试第16标段（3万）S9甲基化Septin9基因甲基化检测荧光探针法3万1家每测试第17标段（25万）一次性加样枪头一次性加样枪头200微升迪肯酶免一体机专用25万1家每个一次性加样枪头1000微升每个核酸检测耗材盒装灭菌无酶吸头10微升核酸检测专用每个盒装灭菌无酶吸头100微升每个盒装灭菌无酶吸头200微升每个盒装灭菌无酶吸头1000微升每个加长型滤芯枪头(200ul)每个加长型滤芯枪头(10ul)每个HPV细胞保存液HPV细胞保存液（标段含采样器和保存管）5mlHPV分型专用每管采样管及保存管鼻拭子采样管、咽拭子采样管RNA检测标本采集每个第18标段（2万）六项呼吸道病毒核酸联合检测六项呼吸道核酸联合检测（甲、乙型流感病毒，呼吸道合胞病毒，腺病毒，肺炎支原体，人鼻病毒）荧光PCR法2万1家1具备内源性内标；2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL每测试六项呼吸道病原菌核酸检测六项呼吸道病原菌核酸检测（肺炎链球菌、肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、嗜肺军团菌、金黄色葡萄糖菌）荧光PCR法1具备内源性内标；2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL每测试第19标段（1万）传染病三项血液筛查核酸检测HBV+HCV+HIV血液筛查核酸检测荧光PCR法1万1家每测试第20标段（3万）心脑血管疾病风险预测MTHFRC677T基因检测（3个位点）PCR金磁微粒层析法2万1家每测试ALDH2(Glu504Lys)基因检测每测试氧化型低密度脂蛋白金磁微粒免疫层析法每测试S100β蛋白检测每测试早产早破预测胰岛素样生长因子结合蛋白1（IGFBP1）——胶体金与酶免方法1万胎膜早破诊断每测试胎儿纤维连接蛋白（fFN）——早产风险预测每测试第21标段（3万）颗粒酶B及穿孔素联合检测GranzymeB抗体试剂流式细胞计数法2万1家每测试穿孔素（Perforin）抗体试剂每测试CD45检测试剂(APCCy7）每测试CD3检测试剂（PerCP)每测试CD8检测试剂（APC)每测试CD16检测试剂（CD16PECy7）每测试CD56检测试剂（CD16PECy7）每测试HLAB27基因分型HLAB27基因分型检测荧光PCR法1万每测试百日咳杆菌核酸检测百日咳杆菌核酸检测荧光PCR法每测试第22标段（3万）耳聋基因检测遗传性耳聋易感基因检测（至少20种基因位点）PCR反向点杂交2万1家每测试艰难梭菌抗原及毒素快检艰难梭菌谷氨酸脱氢酶抗原GDH及毒素A/B酶联免疫层析法1万每测试第23标段（2万）SDC2和TFPI2基因甲基化联合检测SDC2和TFPI2基因甲基化联合检测试剂盒荧光PCR法2万1家每测试第24标段（2万）呼吸道病毒6项呼吸道合胞病毒、呼吸道腺病毒、人偏肺病毒、副流感病毒Ⅰ型、副流感病毒Ⅱ型、副流感病毒Ⅲ型荧光PCR法1万最低检测限：1000copies/mL每测试诺如病毒核酸检测诺如病毒RNA检测（粪标本）荧光PCR法0.5万每测试肠道病毒核酸检测试剂可检测肠道病毒，如柯萨奇病毒A组2型、4型、5型、6型、7型、9型、10型、12型、16型；柯萨奇病毒B组1型、2型、3型、4型、5型；肠道病毒C组；肠道病毒71型和埃可病毒。荧光PCR法0.5万（咽拭子）每测试合计共24个标段，总计576万元各供应商可选择参投一个或多个标段，可兼投兼中，但必须对所投标段内全部标的进行投标报价，不得缺项、漏项。本项目(不接受)联合体投标。二、申请人的资格要求：1、基本资格条件：符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商条件；1.1、提供在中华人民共和国境内注册的营业执照（或事业单位法人证书，或社会团体法人登记证书，或执业许可证）、组织机构代码证和税务登记证复印件【如已办理了多证合一，则仅需提供合证后的营业执照】，如供应商为自然人的需提供自然人身份证明。1.2、提供2021年度任意一个月的财务报表（至少标段括资产负债表、现金流量表和利润表）或具有财务审计资质的单位出具的2020年度财务会计报告或开标日前三个月内基本存款账户银行出具的资信证明（附开户许可证）；2021年以后新成立企业提供成立之日至开标前任意一个月的财务报表（至少标段括资产负债表、现金流量表和利润表）或开标日前三个月内基本存款账户银行出具的资信证明（附开户许可证）。1.3、提供2021年以来至少一个月的纳税证明或完税证明（提供增值税、企业所得税至少一种），纳税证明或完税证明上应有代收机构或税务机关的公章或业务专用章。依法免税的供应商应提供相关文件证明。1.4、提供2021年以来至少一个月的社会保障资金缴存单据或社保机构开具的社会保险参保缴费情况证明。依法不需要缴纳社会保障资金的供应商应提供相关文件证明。1.5、提供履行合同所必需的设备和专业技术能力的书面声明。1.6、提供参加政府采购活动前3年内在经营活动中没有重大违法记录的书面声明。2、落实政府采购政策需满足的资格要求：本项目非专门面向中小企业采购。3、特定资格条件：3.1、供应商应授权合法的人员参加投标全过程，其中法定代表人直接参加投标的，须出具法人身份证，并与营业执照上信息一致；法定代表人授权代表参加投标的，须出具法定代表人授权书及授权代表身份证。3.2、投标产品纳入医疗器械（或药品）管理的，须提供供应商有效的医疗器械（或药品）经营许可证或经营备案凭证。3.3、投标产品纳入医疗器械（或药品）管理的，须提供产品有效的医疗器械（或药品）注册证或备案凭证。3.4、若投标产品为进口，供应商须提供有效的完整授权链的产品授权书（授权期限不足2年的须附能够提供持续供货的声明材料，英文授权须提供中文翻译版；制造商直接参与投标的不提供此项）。若投标产品为国产且纳入医疗器械（或药品）管理的，供应商须提供投标产品制造商有效的营业执照和生产许可证。3.5、供应商未被列入“信用中国”网站(www.creditchina.gov.cn)以下情形之一：①记录失信被执行人；②重大税收违法案件当事人名单。同时，在中国政府采购网(www.ccgp.gov.cn)“政府采购严重违法失信行为信息记录”中查询没有处于禁止参加政府采购活动的记录名单。本项目(不接受)联合体投标。三、获取招标文件1、时间：2022年08月01日至2022年08月05日，法定工作日每天上午09:0012:00，法定工作日每天下午14:0017:00（北京时间，法定节假日除外）地点：线上发售方式：（1）根据陕西省人民政府《关于加强新型冠状病毒感染的肺炎防控工作的通告》要求，本次招标文件采用线上发售，供应商在文件发售期以内将单位介绍信（介绍信中必须注明项目名称、项目编号、标段号）、经办人身份证、联系电话及电子邮箱等资料，加盖投标单位公章的彩色扫描件发送至邮箱714884417@qq.com，并及时关注邮箱回复消息。（2）招标文件售价人民币￥7200.00元（本招标项目各标段招标文件之和，每单个标段300元），售后不退。（标书费交纳信息：账户名称：陕西西北民航招标咨询有限公司；开户银行：建行西安高新科技支行；账号：61001925700052502533；转帐事由：项目名称简称、编号、标段号，如以个人名义转入，须备注单位名称。财务电话：029883479258013），采购代理机构在收到邮件并确认文件收费到账后，通过邮箱向供应商发售招标文件，请及时查收。四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点提交投标文件截止时间：2022年08月24日09时30分（北京时间）开标时间：2022年08月24日09时30分（北京时间）地点：西安市唐延路3号唐延国际中心AB区8楼开标室五、公告期限自本公告发布之日起5个工作日。六、其他补充事宜：（1）招标文件售价为每标段300元。（2）本项目接受进口产品投标。（3）采购项目需要落实的政府采购政策：1、《财政部国家发展改革委关于印发〈节能产品政府采购实施意见〉的通知》（财库〔2004〕185号）；2、《国务院办公厅关于建立政府强制采购节能产品制度的通知》（国办发〔2007〕51号）；3、《财政部环保总局关于环境标志产品政府采购实施的意见》（财库〔2006〕90号）；4、《财政部司法部关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的通知》（财库〔2014〕68号）；5、《三部门联合发布关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》（财库〔2017〕141号）；6、《财政部发展改革委生态环境部市场监管总局关于调整优化节能产品、环境标志产品政府采购执行机制的通知》（财库〔2019〕9号）；7、《关于运用政府采购政策支持乡村产业振兴的通知》（财库〔2021〕19号）；8、《政府采购促进中小企业发展管理办法》（财库〔2020〕46号）；9、陕西省财政厅关于印发《陕西省中小企业政府采购信用融资办法》（陕财办采〔2018〕23号）。七、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。1.采购人信息名称：西安交通大学第二附属医院地址：西安市西五路157号联系方式：冯老师029876798612.采购代理机构信息名称：陕西西北民航招标咨询有限公司地址：西安市唐延路3号唐延国际中心AB区8楼联系方式：佘冰霞029883479878046/139912653493.项目联系方式项目联系人：佘冰霞电话：029883479878046/13991265349（2022.07.27）重新招标公告分子组及大明宫耗材项目.pdf×扫码打开掌上仪信通App查看联系方式$('.clickModel').click(function(){$('.modelDiv').show()})$('.closeModel').click(function(){$('.modelDiv').hide()})基本信息关键内容：基因测序仪,流式细胞仪,核酸蛋白分析,细胞计数器,核酸提取仪,液相色谱仪,PCR开标时间：2022-08-2409:30预算金额：576.00万元采购单位：西安交通大学第二附属医院采购联系人：点击查看采购联系方式：点击查看招标代理机构：陕西西北民航招标咨询有限公司代理联系人：点击查看代理联系方式：点击查看详细信息西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告陕西省-西安市状态：公告更新时间：2022-07-29招标文件:附件1西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告发布时间：2022072915:11:08西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告项目概况西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目招标项目的潜在投标人应在线上获取招标文件，并于2022年08月24日09时30分（北京时间）前递交投标文件。一、项目基本情况项目编号：XBMH2022152项目名称：西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目预算金额：576万元/年采购需求：西安交通大学第二附属医院采购分子组及大明宫院区医用试剂一批。本项目共分24个标段，各标标段具体采购的标的物及预算如下：标段号序号采购标的物名称检测方法采购预算（万元/年）中标家数参数要求招标最小单位第1标段（180万）1乙型肝炎病毒核酸定量检测PCR荧光探针法180万1家每测试2沙眼衣原体核酸检测每测试3淋球菌核酸测定每测试4解脲脲原体核酸检测每测试5单纯疱疹病毒II型核酸测定每测试7人巨细胞病毒核酸定量检测每测试8结核分枝杆菌核酸检测每测试9肺炎支原体核酸检测试剂盒每测试10EB病毒核酸检测每测试11幽门螺旋杆菌核酸检测每测试12肠道病毒71型核酸检测每测试13肠道病毒通用型核酸检测每测试14乙型肝炎病毒基因分型检测每测试15丙型肝炎病毒基因分型检测试剂盒每测试16人感染H7N9禽流感病毒RNA检测每测试17甲型H1N1流感病毒RNA检测每测试18季节性流感病毒H3亚型核酸检测每测试19季节性流感病毒H1亚型核酸检测每测试20Ⅰ群肠道沙门氏菌核酸检测每测试21发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒核酸检测每测试22柯萨奇病毒A16型核酸检测每测试23柯萨奇病毒A6型核酸检测每测试24柯萨奇病毒A10型核酸检测每测试25呼吸道合胞病毒核酸检测试剂盒每测试26登革病毒核酸检测每测试27HIV1核酸测定试剂盒每测试28中东呼吸综合征冠状病毒核酸检测每测试29寨卡病毒核酸检测每测试30B族链球菌核酸检测每测试31人博卡病毒核酸检测每测试32腺病毒核酸检测每测试33人鼻病毒核酸检测每测试34乙型肝炎病毒前C区/BCP区突变检测PCR反向点杂交法每测试35乙型肝炎病毒YMDD基因突变检测每测试36人乳头瘤病毒核酸检测及基因分型（至少标段含20种）PCR反向点杂交法每测试372019nCoV核酸快速检测试剂（标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管等耗材）荧光PCR法（快速扩增）1具备内源性内标；2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标；4检测最低下限小于等于500copy/L5快速核酸释放技术6扩增时间小于50分钟每测试382019nCoV核酸检测试剂（标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管等）荧光PCR法1具备内源性内标；2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标；4检测最低下限≤500copy/mL每测试39诺如病毒RNA荧光PCR法每测试40多瘤病毒(BKV、JCV)每测试41人偏肺病毒(HMPV)每测试42副流感病毒PIV每测试43甲型流感病毒每测试44乙型流感病毒每测试45呼吸道病毒核酸六重联检（甲、乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒1型、副流感病毒2型）每测试46白血病融合基因每测试47细小病毒（B19)胶体金法每测试第2标段（145万）1核酸提取或纯化试剂磁珠法145万1家每测试2丙型肝炎病毒核酸定量检测PCR荧光探针法每测试3丙型肝炎病毒基因分型检测每测试4HBVDNA/HCVRNA/HIVRNA(1+2)型三联检测每测试5乙型肝炎病毒核酸定量检测（高敏）检测下限≤10copies/mL每测试6乙型肝炎病毒基因分型检测每测试7丙型肝炎病毒核酸定量检测（高敏）检测下限≤25copies/mL每测试8丙型肝炎病毒核酸定量检测（超敏）检测下限≤15copies/mL每测试9EB病毒核酸定量检测检测下限≤400copies/mL每测试10人巨细胞病毒核酸定量检测检测下限≤400copies/mL每测试11沙眼衣原体核酸检测、解脲脲原体核酸检测、淋球菌核酸检测检测下限≤400copies/mL每测试12新型冠状病毒2019nCoV核酸检测，最低检测下限≤200copy/L（标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管）荧光PCR法1具备内源性内标；2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标；4最低检测下限≤200copy/mL每测试13高危型人乳头状瘤病毒DNA检测（15种）荧光PCR法（无需杂交）每测试132019nCoV、甲型流感病毒、乙型流感病毒核酸三联检荧光PCR法1具备内源性内标；2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL14腺病毒核酸检测荧光PCR法每测试第3标段（30万）新冠核酸快检试剂2019nCoV核酸快速检测试剂（标段含采样管及保存液、保存管、提取试剂、扩增试剂、吸头、八连管等）快速核酸检测30万1家1磁珠法提取；2.全检测流程≤80分钟3检测模式：核酸提取、扩增检测均在同一封闭；4独立模块，随来随测，独立检测。5.目的基因不少于双靶标（ORFlab基因、N基因）；6检测最低下限小于500copy/mL；7检测通量≥8；每测试第4标段（6万）（MTHFRC677T基因检测+高血压个体化治疗基因检测+HLAB27核酸检测等）MTHFRC677T基因检测（3个位点）PCR熔解曲线法6万1家每测试人类CYP2C19基因分型检测每测试CYP2D6*10、CYP2C9*3、ADRB1(1165GC)、AGTR1(116AC)、ACE（I/D）检测每测试人运动神经元存活基因1(SMN1)检测每测试测序反应通用试剂盒（高血压个体化治疗基因检测）聚合酶链杂交法每测试测序反应通用试剂盒（叶酸）每测试测序反应通用试剂盒（他汀类）每测试测序反应通用试剂盒（氯比格雷）每测试测序反应通用试剂盒（华法林）每测试测序反应通用试剂盒（硝酸甘油）每测试人类HLAB27核酸检测荧光PCR法每测试高血压个体化治疗基因检测试剂（5个位点）每测试人类HLAB*5801基因每测试B族链球菌核酸检测每测试结核分枝杆菌复合群核酸检测恒温扩增荧光法每测试MTHERC677基因检测PCR金磁微粒层析法每测试第5标段（20万）（免费按需提供检测的质控品、校准品、辅助试剂及一次性耗材）恒温扩增相关试剂（20万）结核TBRNA检测恒温扩增法20万1家每测试乙肝HBVRNA检测每测试泌尿生殖道病原体RNA检测(沙眼衣原体、解脲脲原体、淋病奈瑟菌、生殖支原体)每测试第6标段（5万）细菌耐药基因检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药基因检测荧光PCR法5万1家每测试碳青霉烯耐药基因KPC检测每测试鲍曼不动杆菌耐碳青霉烯类抗生素基因（OXA23）检测每测试耐万古霉素肠球菌基因（vanA,vanB）检测每测试第7标段（20万）呼吸道病原菌核酸检测呼吸道病原菌核酸检测(标段括常见细菌、特殊病原体如嗜肺军团菌、结核分枝杆菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、流感嗜血杆菌等）恒温扩增芯片法20万1家每测试第8标段（30万）维生素类检测脂溶维生素(VA,D2,D3,E,K)串联质谱30万1家每测试水溶维生素(维生素B1、维生素B2、维生素B3、维生素B5、维生素B6、维生素B7、维生素B9、维生素B12)每测试类固醇激素类类固醇激素18项(二氢睾酮、脱氢表雄酮硫酸酯、脱氢表雄酮、皮质醇（氢化可的松）、雌酮、17α羟孕酮、孕烯醇酮、皮质酮、11去氧皮质醇、脱氧皮质酮、雄烯二酮、17α羟孕烯醇酮、睾酮、醛固酮、雌二醇、雌三醇、可的松（皮质素）、孕酮)1.82.5ng串联质谱每测试原醛激素5项(醛固酮、血管紧张素I,皮质醇，脱氧皮质酮、可的松)每测试四种激素萃取液(醛固酮、皮质醇，脱氧皮质酮、可的松)每测试血儿茶酚胺代谢检测(肾上腺素、去甲肾上腺素、多巴胺、变肾上腺素、去甲变肾上腺素)每测试尿儿茶8项(DA,E,NE,MN,NMN,3MT,HVA,VMA)每测试高香草酸和香草扁桃酸萃取液每测试人体代谢物浓度胆汁酸谱15项(胆酸、牛磺胆酸、甘氨脱氧胆酸、石胆酸、甘氨胆酸、牛磺熊脱氧胆酸、脱氧胆酸、牛磺石胆酸、甘氨熊脱氧胆酸、熊脱氧胆酸、甘氨石胆酸、牛磺鹅脱氧胆酸、鹅脱氧胆酸、牛磺脱氧胆酸、甘氨鹅脱氧胆酸)串联质谱每测试药物浓度检测免疫抑制剂(他克莫司、环孢霉素A、西罗莫司)药物浓度检测串联质谱每测试抗癫痫药(卡马西平、卡马西平10，11环氧化物、奥卡西平、10羟基卡马西平、丙戊酸/苯巴比妥、苯妥英钠、拉莫三嗪、托吡酯、左乙拉西坦)药物浓度检测每测试抗菌药(万古霉素、伏立康唑、替考拉宁、利奈唑胺、美洛培南、替加环素、莫西沙星、氟康唑）药物浓度检测每测试抗肿瘤药（甲氨蝶呤、氟尿嘧啶、多西他赛、多柔比星）每测试镇静催眠药（阿普唑仑、氯硝西泮、咪达唑仑、劳拉西泮、奥沙西泮、唑吡坦、艾司唑仑、替马西泮、溴西泮）药物浓度检测每测试抗抑郁药（米氮平、帕罗西汀、舍曲林、西酞普兰、艾司西酞普兰、文拉法辛、O–去甲文拉法辛、曲唑酮、氟西汀+去甲氟西汀、氟伏沙明、度洛西汀、安非他酮、羟安非他酮）药物浓度检测每测试抗精神病药（氯氮平及去甲氯氮平、氯丙嗪、利培酮+9–羟基利培酮、喹硫平、阿立哌唑、脱氢阿立哌唑、奥氮平、齐拉西酮、氨磺必利、丙戊酸、舒必利、氟哌啶醇、奋乃静、氟奋乃静）药物浓度检测每测试第9标段（8万）阿司匹林耐药基因检测LTC4S一代测序技术8万1家为临床服用阿司匹林是否存在抵抗提供帮助每测试PTGS1每测试GP1BA高血糖个体化用药基因检测外周血液基因组中的CYP2C9、OCT2、SLCO1B1、PPARy基因多态性性为临床鉴别患者对降糖药物敏感性提供帮助每测试SLCO1B1ApoE检测SLCO1B1检测*1b和*5两个位点；ApoE检测E2和E4两个位点每测试个体化用药指导AGTR1/ACE/ADRB1CY2D6/CYP2C9/CYP3A5/NPPA检测高血压合理用药；总共检测7个基因，10位点每测试CYP2C19氯吡格雷用药每测试CYP2C9VKORC1华法林初始剂量每测试MTHFR检测评判叶酸代谢能力，指导合理补充叶酸每测试ALDH2检测判断硝酸甘油用药无效风险，评估酒精代谢能力每测试细胞因子联合检测试剂细胞因子六联检（IL2\IL4\IL6\IL10\IFNγ\TNFα）；流式细胞术（2类注册证）每测试细胞因子七联检（IL2\IL4\IL6\IL10\IL17A\IFNγ\TNFα） 每测试细胞因子八联检（IL2\IL4\IL6\IL10\IL12P70\IL17A\IFNγ、TNFα） 每测试PD1(程序性死亡蛋白1)每测试十二联检（IL1β\IL2\IL4\IL6\IL8\IL10\IL12P70\IL17A\IFNγ\TNFα\IFNα）维生素类检测脂溶维生素(VA,D2,D3,E,K)串联质谱每测试水溶维生素(维生素B1、维生素B2、维生素B3、维生素B5、维生素B6、维生素B7、维生素B9、维生素B12)每测试串联质谱检测3多种氨基酸检测试剂盒串联质谱每测试抗生素药物浓度检测试剂盒（阿米卡星、亚胺培南西司他丁、头孢哌酮舒巴坦、哌拉西林他唑巴坦、美罗培南、替加环素、利奈唑胺、万古霉素、去甲万古霉素、替考拉宁、氟康唑、伏立康唑、醋酸卡泊芬净）每测试第10标段（5万）1白色念珠菌核酸检测荧光PCR法5万1家每测试2光滑假丝酵母菌核酸检测每测试3热带假丝酵母菌菌核酸检测每测试4金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌核酸检测每测试5沙门氏菌和志贺氏菌核酸检测每测试6单纯疱疹病毒1型（HSV1）核酸检测每测试7单纯疱疹病毒2型（HSV2）核酸检测每测试8人感染H7N9禽流感病毒RNA检测每测试9麻疹病毒和风疹病毒核酸检测每测试10人乳头瘤病毒核酸检测及基因分型（至少标段含20种）荧光PCR定量法（无需杂交）每测试第11标段（大明宫）（60万）肝炎系列+新冠抗体+胃蛋白酶原乙型肝炎病毒表面抗体测定试剂盒磁微粒化学发光法60万1家每测试乙型肝炎病毒表面抗原测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒e抗原测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒e抗体测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒核心抗体测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒前S1抗原测定试剂盒每测试戊型肝炎病毒IgM测定试剂盒每测试丙型肝炎病毒抗体测定试剂盒每测试胃蛋白酶原Ⅰ测定试剂盒每测试胃蛋白酶原Ⅱ测定试剂盒每测试新型冠状病毒（2019nCoV）抗体检测试剂盒(磁微粒化学发光法)每测试抗HCV质控品每毫升HBcAb质控品每毫升HBeAb质控品每毫升HBeAg质控品每毫升HBsAb质控品每毫升HBsAg质控品每毫升抗HAVIgM质控每毫升抗HEVIgM质控品每毫升白介素6测定试剂盒（CMIA）每测试降钙素原测定每测试超敏C反应蛋白测定每测试肌酸激酶同工酶测定每测试心肌肌钙蛋白I测定每测试心肌肌钙蛋白T测定每测试肌红蛋白测定每测试心型脂肪酸结合蛋白测定每测试N端脑钠肽前体测定每测试白介素6质控品IL6免费提供胃蛋白酶原I质控品PGI免费提供胃蛋白酶原II质控品PGII免费提供人类免疫缺陷病毒抗原抗体测定试剂盒每测试梅毒螺旋体抗体测定试剂盒每测试甲型肝炎病毒IgM抗体测定试剂盒每测试激发液免费提供预激发液免费提供清洗液免费提供整装反应杯免费提供整装吸头免费提供样本稀释液免费提供FDP+DD纤维蛋白/原降解复合物胶乳免疫比浊法/颗粒增强免疫比浊法每测试D二聚体检测每测试FDP、D二聚体控制品每毫升D二聚体校准品每毫升FDP校准品每毫升生化类超敏C反应蛋白免疫比浊法每测试尿微量白蛋白测定每测试糖化白蛋白每测试糖化血红蛋白高压液相色谱法每测试第12标段（6万）多种心脑血管药物基因核酸样本预处理试剂心血管个性化用药指导11基因检测+核酸质谱法6万1家每测试心血管个性化用药指导21基因检测每测试高血压个性化用药指导9基因检测每测试冠心病个性化用药指导4基因检测每测试氯吡格雷+阿司匹林个性化用药基因检测每测试抗栓个性化用药9基因检测每测试儿童安全用药基因检测(核心板)每测试叶酸及营养每测试精神类药物基因核酸样本预处理试剂抑郁症个性化用药指导10基因检测每测试精神分裂症个性化用药10基因检测每测试癫痫个性化用药12基因检测每测试焦虑个性化用药9基因检测每测试肿瘤基因检测核酸样本预处理试剂化疗用药每测试男性18项高发肿瘤风险基因筛查（含BRCA基因）每测试女性21项高发肿瘤风险基因筛查（含BRCA基因）每测试核酸样本预处理试剂遗传性耳聋基因检测（20位点)每测试第13标段（5万）肝癌检测高尔基体蛋白73磁微粒化学发光免疫分析法5万1家每测试甲胎蛋白异质体比率（AFPL3%)每测试异常凝血酶原每测试感染三项1.全程C反应蛋白（CRP）上转发光免疫分析每测试2.血清淀粉样蛋白（SAA）每测试3.降钙素原（PCT）每测试第14标段（8万）ApoE基因型载脂蛋白EApoE基因型检测基因芯片法8万1家每测试第15标段（4万）SDC2基因甲基化检测人类SDC2基因甲基化检测荧光PCR法4万1家每测试第16标段（3万）S9甲基化Septin9基因甲基化检测荧光探针法3万1家每测试第17标段（25万）一次性加样枪头一次性加样枪头200微升迪肯酶免一体机专用25万1家每个一次性加样枪头1000微升每个核酸检测耗材盒装灭菌无酶吸头10微升核酸检测专用每个盒装灭菌无酶吸头100微升每个盒装灭菌无酶吸头200微升每个盒装灭菌无酶吸头1000微升每个加长型滤芯枪头(200ul)每个加长型滤芯枪头(10ul)每个HPV细胞保存液HPV细胞保存液（标段含采样器和保存管）5mlHPV分型专用每管采样管及保存管鼻拭子采样管、咽拭子采样管RNA检测标本采集每个第18标段（2万）六项呼吸道病毒核酸联合检测六项呼吸道核酸联合检测（甲、乙型流感病毒，呼吸道合胞病毒，腺病毒，肺炎支原体，人鼻病毒）荧光PCR法2万1家1具备内源性内标；2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL每测试六项呼吸道病原菌核酸检测六项呼吸道病原菌核酸检测（肺炎链球菌、肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、嗜肺军团菌、金黄色葡萄糖菌）荧光PCR法1具备内源性内标；2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL每测试第19标段（1万）传染病三项血液筛查核酸检测HBV+HCV+HIV血液筛查核酸检测荧光PCR法1万1家每测试第20标段（3万）心脑血管疾病风险预测MTHFRC677T基因检测（3个位点）PCR金磁微粒层析法2万1家每测试ALDH2(Glu504Lys)基因检测每测试氧化型低密度脂蛋白金磁微粒免疫层析法每测试S100β蛋白检测每测试早产早破预测胰岛素样生长因子结合蛋白1（IGFBP1）——胶体金与酶免方法1万胎膜早破诊断每测试胎儿纤维连接蛋白（fFN）——早产风险预测每测试第21标段（3万）颗粒酶B及穿孔素联合检测GranzymeB抗体试剂流式细胞计数法2万1家每测试穿孔素（Perforin）抗体试剂每测试CD45检测试剂(APCCy7）每测试CD3检测试剂（PerCP)每测试CD8检测试剂（APC)每测试CD16检测试剂（CD16PECy7）每测试CD56检测试剂（CD16PECy7）每测试HLAB27基因分型HLAB27基因分型检测荧光PCR法1万每测试百日咳杆菌核酸检测百日咳杆菌核酸检测荧光PCR法每测试第22标段（3万）耳聋基因检测遗传性耳聋易感基因检测（至少20种基因位点）PCR反向点杂交2万1家每测试艰难梭菌抗原及毒素快检艰难梭菌谷氨酸脱氢酶抗原GDH及毒素A/B酶联免疫层析法1万每测试第23标段（2万）SDC2和TFPI2基因甲基化联合检测SDC2和TFPI2基因甲基化联合检测试剂盒荧光PCR法2万1家每测试第24标段（2万）呼吸道病毒6项呼吸道合胞病毒、呼吸道腺病毒、人偏肺病毒、副流感病毒Ⅰ型、副流感病毒Ⅱ型、副流感病毒Ⅲ型荧光PCR法1万最低检测限：1000copies/mL每测试诺如病毒核酸检测诺如病毒RNA检测（粪标本）荧光PCR法0.5万每测试肠道病毒核酸检测试剂可检测肠道病毒，如柯萨奇病毒A组2型、4型、5型、6型、7型、9型、10型、12型、16型；柯萨奇病毒B组1型、2型、3型、4型、5型；肠道病毒C组；肠道病毒71型和埃可病毒。荧光PCR法0.5万（咽拭子）每测试合计共24个标段，总计576万元各供应商可选择参投一个或多个标段，可兼投兼中，但必须对所投标段内全部标的进行投标报价，不得缺项、漏项。本项目(不接受)联合体投标。二、申请人的资格要求：1、基本资格条件：符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商条件；1.1、提供在中华人民共和国境内注册的营业执照（或事业单位法人证书，或社会团体法人登记证书，或执业许可证）、组织机构代码证和税务登记证复印件【如已办理了多证合一，则仅需提供合证后的营业执照】，如供应商为自然人的需提供自然人身份证明。1.2、提供2021年度任意一个月的财务报表（至少标段括资产负债表、现金流量表和利润表）或具有财务审计资质的单位出具的2020年度财务会计报告或开标日前三个月内基本存款账户银行出具的资信证明（附开户许可证）；2021年以后新成立企业提供成立之日至开标前任意一个月的财务报表（至少标段括资产负债表、现金流量表和利润表）或开标日前三个月内基本存款账户银行出具的资信证明（附开户许可证）。1.3、提供2021年以来至少一个月的纳税证明或完税证明（提供增值税、企业所得税至少一种），纳税证明或完税证明上应有代收机构或税务机关的公章或业务专用章。依法免税的供应商应提供相关文件证明。1.4、提供2021年以来至少一个月的社会保障资金缴存单据或社保机构开具的社会保险参保缴费情况证明。依法不需要缴纳社会保障资金的供应商应提供相关文件证明。1.5、提供履行合同所必需的设备和专业技术能力的书面声明。1.6、提供参加政府采购活动前3年内在经营活动中没有重大违法记录的书面声明。2、落实政府采购政策需满足的资格要求：本项目非专门面向中小企业采购。3、特定资格条件：3.1、供应商应授权合法的人员参加投标全过程，其中法定代表人直接参加投标的，须出具法人身份证，并与营业执照上信息一致；法定代表人授权代表参加投标的，须出具法定代表人授权书及授权代表身份证。3.2、投标产品纳入医疗器械（或药品）管理的，须提供供应商有效的医疗器械（或药品）经营许可证或经营备案凭证。3.3、投标产品纳入医疗器械（或药品）管理的，须提供产品有效的医疗器械（或药品）注册证或备案凭证。3.4、若投标产品为进口，供应商须提供有效的完整授权链的产品授权书（授权期限不足2年的须附能够提供持续供货的声明材料，英文授权须提供中文翻译版；制造商直接参与投标的不提供此项）。若投标产品为国产且纳入医疗器械（或药品）管理的，供应商须提供投标产品制造商有效的营业执照和生产许可证。3.5、供应商未被列入“信用中国”网站(www.creditchina.gov.cn)以下情形之一：①记录失信被执行人；②重大税收违法案件当事人名单。同时，在中国政府采购网(www.ccgp.gov.cn)“政府采购严重违法失信行为信息记录”中查询没有处于禁止参加政府采购活动的记录名单。本项目(不接受)联合体投标。三、获取招标文件1、时间：2022年08月01日至2022年08月05日，法定工作日每天上午09:0012:00，法定工作日每天下午14:0017:00（北京时间，法定节假日除外）地点：线上发售方式：（1）根据陕西省人民政府《关于加强新型冠状病毒感染的肺炎防控工作的通告》要求，本次招标文件采用线上发售，供应商在文件发售期以内将单位介绍信（介绍信中必须注明项目名称、项目编号、标段号）、经办人身份证、联系电话及电子邮箱等资料，加盖投标单位公章的彩色扫描件发送至邮箱714884417@qq.com，并及时关注邮箱回复消息。（2）招标文件售价人民币￥7200.00元（本招标项目各标段招标文件之和，每单个标段300元），售后不退。（标书费交纳信息：账户名称：陕西西北民航招标咨询有限公司；开户银行：建行西安高新科技支行；账号：61001925700052502533；转帐事由：项目名称简称、编号、标段号，如以个人名义转入，须备注单位名称。财务电话：029883479258013），采购代理机构在收到邮件并确认文件收费到账后，通过邮箱向供应商发售招标文件，请及时查收。四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点提交投标文件截止时间：2022年08月24日09时30分（北京时间）开标时间：2022年08月24日09时30分（北京时间）地点：西安市唐延路3号唐延国际中心AB区8楼开标室五、公告期限自本公告发布之日起5个工作日。六、其他补充事宜：（1）招标文件售价为每标段300元。（2）本项目接受进口产品投标。（3）采购项目需要落实的政府采购政策：1、《财政部国家发展改革委关于印发〈节能产品政府采购实施意见〉的通知》（财库〔2004〕185号）；2、《国务院办公厅关于建立政府强制采购节能产品制度的通知》（国办发〔2007〕51号）；3、《财政部环保总局关于环境标志产品政府采购实施的意见》（财库〔2006〕90号）；4、《财政部司法部关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的通知》（财库〔2014〕68号）；5、《三部门联合发布关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》（财库〔2017〕141号）；6、《财政部发展改革委生态环境部市场监管总局关于调整优化节能产品、环境标志产品政府采购执行机制的通知》（财库〔2019〕9号）；7、《关于运用政府采购政策支持乡村产业振兴的通知》（财库〔2021〕19号）；8、《政府采购促进中小企业发展管理办法》（财库〔2020〕46号）；9、陕西省财政厅关于印发《陕西省中小企业政府采购信用融资办法》（陕财办采〔2018〕23号）。七、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。1.采购人信息名称：西安交通大学第二附属医院地址：西安市西五路157号联系方式：冯老师029876798612.采购代理机构信息名称：陕西西北民航招标咨询有限公司地址：西安市唐延路3号唐延国际中心AB区8楼联系方式：佘冰霞029883479878046/139912653493.项目联系方式项目联系人：佘冰霞电话：029883479878046/13991265349（2022.07.27）重新招标公告分子组及大明宫耗材项目.pdf

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质谱是一种被用于鉴别样品中各种化学成分的分析技术，同时也被用于样品中特定化学组分的定量。目前，质谱已成为分析实验室中研究化合物生物和化学性质的一种很常用技术，其中在生命科学领域，质谱主要用于蛋白质的测序和表征，如鉴定疾病中的关键蛋白并定量、改变表型及识别诊断标志物以便于治疗。 　　得益于临床诊断的广泛应用，MALDI-TOF发展最快 　　根据技术划分，目前的质谱技术包括气相色谱-质谱(GC-MS)、液相色谱-质谱(LC-MS)、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)、三重四极杆液相色谱-质谱，四极杆飞行时间液相色谱-质谱、电感耦合等离子体质谱等。其中，MALDI-TOF是全球质谱市场中发展速度最快的细分市场，这主要得益于该技术在临床诊断领域中日益广泛的应用。 　　使用频繁&成本降低，制药成为质谱最大应用领域 　　按照应用划分，质谱的应用领域包括制药、环境监测、食品和饮料检测、生物技术、工业化学等。其中，制药行业是全球质谱市场中最大的应用市场，这是因为质谱在药物安全方面使用日益频繁，同时还降低了药物发现相关过程中的成本。 　　北美市场规模最大，亚洲市场增速最快 　　从地理区域角度来看，北美地区占据了全球质谱市场的主导地位，这是因为该地区的生物技术和生物医学领域的政府投资不断增加，而且蛋白质组学领域研发力度加大也推动了该地区质谱技术的发展，美国是该地区最大的质谱技术市场，加拿大其次。法国、德国、意大利、西班牙和英国占据了欧洲地区的主要市场份额。然而，亚洲市场在未来五年预计将成为全球质谱市场中增速最高的地区，因为很多企业在该地区设立生产工厂和研究中心，并且质谱制造商为促进质谱技术参与发起的展会日渐增多，这也为亚洲质谱市场的快速发展做出了贡献；日本、中国和印度预计将成为亚洲地区增长最快的质谱市场。 　　剖析：全球质谱市场中驱动力、制约因素 　　近来，全球质谱市场的主要驱动力包括生命科学研究领域的政府投入加大、医药行业的研发投入提升，同时人们对食品和饮料安全问题的日益关注也推动了全球质谱市场的增长。此外，质谱技术不断进步也刺激了终端用户的采用。 　　然而，仪器的高成本成为了全球质谱市场增长的关键制约因素，同时质谱操作技术人员的缺失也妨碍了全球质谱市场的增速。 　　主流制造商兼并整合成全球质谱市场发展趋势 　　全球质谱市场中的主要参与者包括丹纳赫、安捷伦、沃特世、赛默飞、布鲁克、珀金埃尔默、岛津、日本电子、日本理学、Bio-Rad等，这些主流质谱制造商之间的兼并整合日渐频繁，这将成为全球质谱市场的主要发展趋势。 编译：刘玉兰

2013年2月28日，由Life Technologies主办的2013年大中华区测序与基因分析高峰论坛(Genetic Analysis Solution Summit)在深圳隆重召开。这次一年一度的会议，汇集了最尖端的基因测序仪器及技术，来自海内外各地相关领域的专家和学者汇聚一堂，在此次大会上各抒己见，对测序和基因分析的热点话题进行了分享和讨论。 　　2013年，既是DNA双螺旋结构被发现60周年，也是PCR被发明30周年。此次论坛便以这两个划时代的发现作为主题，纪念这些划时代的突破。Life Technologies旗下的Ion Torrent在此次会议上发布了最新Ion Torrent ProtonTM的数据。另外，不同领域的13位国内外嘉宾纷纷分享了使用Ion Torrent PGMTM(Personal Genome Machine，个人化操作基因组测序仪)在来自植物、细菌、心血管和肿瘤等领域的例子。而Ampliseq试剂盒在使用中显现出快速、准确、高效、定制等优势，受到研究人员的一致好评。PGM所具备的快速、精准、可定制的特点，也在科研领域显示出了不可估量的应用潜力。 　　除了Ion Torrent 以外，Life Technologies旗下Applied Biosystems另一款全新产品也在此次会议上闪亮登场。Life Technologies高级产品经理Giambattisa Selvaggi在此次会议上隆重推出今年将要推出的QuantStudioTM 3D。作为今年的全新产品，QuantStudio TM 3D在一次运转中可以读取多达2万个数据，满足了大多数数字PCR应用的需求。此外，以芯片为基础的平台也最大程度地避免了DNA的丢失和样品的污染，为科研的准确性和效率提供保障。 　　会议上，来自全球各地下一代测序领域的专家云集一堂，交流了在使用Ion Torrent和QuantStudio产品后的心得和成果。会上内容精彩，互动热烈，在场听众对Life Technologies的产品表现出了浓厚的兴趣和好感。　　 来自海内外的学者嘉宾欢聚一堂，合影留念 　　Life Technologies大中华区销售总监Dale Patterson先生在大会讲话 　　 　　会场内学者云集，全神贯注　　 　　Life Technologies大中华区市场部总监赵瑞林博士为大会开幕致辞　　 　　到会学者嘉宾在Ion Torrent 样机前合影

本期专家访谈Ben C Collins教授给我们讲述DIA方法的开发和应用，以及对蛋白质组学领域未来发展的看法。　　Ben C Collins　　英国贝尔法斯特女王大学生物科学学院教授　　主要从事定量蛋白质组学研究，研究方向主要集中在三个方面：数据非依赖采集的质谱方法(DIA)开发和应用；蛋白质相互作用网络和蛋白质复合物分析中的方法开发和应用；在宿主-病原体生物学、先天免疫、癌症生物学和药物发现中的应用。　　DIA的优势是什么，还有哪些问题亟待解决?　　在早期阶段，DIA获得认可面临的挑战之一是软件工作流程的复杂性。幸运的是，随着时间的推移，这一挑战已基本得到解决，DIA 数据分析也变得更加容易。数据采集过程本身变得更加简单，现在的方法也可以得到令人印象深刻的结果。特别是随着仪器的进步和新的分析采集方法的出现，许多基本问题已经得到解决。目前的重点应该是展示DIA的实际应用和优势，这包括进行广泛的基准测试和成功的示例展示。虽然持续的技术发展很有价值，但最紧迫的任务是有效利用现有技术。因此，应高度重视DIA技术的推广应用。DIA 最显著的优势是其已证明的有效性，它已被证明是一种可靠且稳健的蛋白质组学研究方法。在我目前的工作中，我对DIA在规模化蛋白质相互作用研究和化学蛋白质组学中的应用特别感兴趣，并启动了与参与药物发现的制药公司的合作。过去，这些公司在蛋白质组学方面投入了大量资金，但技术还不够先进，无法满足他们的需求。然而，我们现在正处于 DIA 可以为药物发现提供有价值线索的阶段。我们与这些行业合作很有前景，因为可以帮助他们识别有用的化合物、进行筛选并做出明智的决策。这是 DIA 如何为药物发现和其他领域的实际应用做出贡献的一个很好例子。　　您如何看待蛋白质组学领域学术界与工业界的关系?　　在考察蛋白质组学领域学术界和工业界的关系时，有必要分别考虑供应商和制药公司。从供应商看，我必须说学术研究人员和供应商之间的合作非常成功，双方都需要彼此的专业知识。我们一直与各种供应商合作，开发方法和应用的学术研究人员与开发仪器的供应商之间的协同作用是显而易见的。但与医药行业的关系却有些不同。近年来，药物发现领域发生了转变，开始认识到蛋白质组学可以为其工作带来价值。这种认识的转变在为制药公司提供服务的合同研究组织 (CRO) 数量不断增加中得到体现。这些 CRO 正在扩大并展示其对制药行业的作用。此外，有一种趋势是基于蛋白质组学技术建立药物研发公司。此类公司从风投获得大量资金的例子有很多。这些公司认为，他们独特的蛋白质组学技术可以显著帮助确定化合物的优先级、进行化合物筛选以及推进药物开发的各个阶段。这一趋势表明蛋白质组学技术在行业中变得越来越有价值。然而，在促进学术机构和制药公司之间的关系方面还有改进的空间。例如制药专业人士较少参与会议上的演讲报告。我们这样的组织提供了弥合鸿沟的机会，召开化学工程、蛋白质组学和药物发现领域的研讨会和活动等举措有助于提高知名度，加强学术界和制药界之间的联系。这种积极主动的方法可以进一步推动蛋白质组学技术与药物发现过程的整合。　　应该如何看待 AlphaFold 和 ChatGPT 等人工智能工具?蛋白质组学和人工智能如何共同激发更大的进步?　　从根本上讲，人工智能已经在质谱数据处理、信号预测、物理化学性质预测和分类任务等任务中展示了其实用性，这些应用已经显示出巨大的前景，并且已经为蛋白质组学领域做出了贡献。这种趋势可能会持续并扩大，进一步增强我们的数据分析和解释能力。然而，当涉及到揭示生物学机制等更复杂的问题时，人工智能的应用仍然是一个悬而未决的问题。例如，AlphaFold 在预测蛋白质结构方面的成功是一项重大成就，但将人工智能模型应用于深入理解生物学机制是一项更具挑战性的工作。一个关键挑战在于人工智能模型的“可理解性”。无论是在生物学还是在一般的人工智能应用中，了解人工智能系统如何得出结论和预测都是至关重要的。“可理解的智能”一词强调了这种需求。能够解释人工智能生成的见解背后的推理非常重要，尤其是在涉及复杂的生物系统时。从本质上讲，人工智能在蛋白质组学和生物学中具有多个层面的适用性。它已经在数据驱动的任务中证明了自己的价值，并且可能进一步扩展到预测药物敏感性或进行生物学预测等领域。然而，从人工智能模型中获得机械理解和真正的生物学见解是一项更具挑战性的工作。它需要解决与模型透明度和可解释性相关的问题。随着我们的前进，科学界应该将人工智能视为一种强大的工具，并共同努力，利用其潜力获得更深入的生物学见解。尽管还有一些挑战需要克服，但人工智能有能力在未来几十年内推动蛋白质组学和生物学的重大进步。　　您认为全球蛋白质组学研究人员应该如何合作实现“π-HuB”计划的目标?　　“π-HuB”计划无疑是一项具有全球影响力的开创性举措，科学界也渴望共同努力，为该项目做出积极的贡献。目前，该项目还处在讨论制定具体的合作机制和形式阶段。为了推进这种合作，科学家必须与政策制定者和政府联络沟通以获得必要的支持和资源。“π-HuB”计划国际合作将通过持续的讨论和规划继续完善。从本质上讲，虽然具体的合作结构尚未完全确定，但中国和国际科学界的共同承诺，使实现“π-HuB” 计划宏伟目标变得更有希望。　　您对蛋白质组学领域未来5-10年的发展有何预测?　　预测科学的未来总是充满挑战，但我可以对未来 5-10 年蛋白质组学领域的潜在发展提供一些见解。令人感兴趣的领域之一是基于质谱的方法和非质谱方法之间的平衡。我们正在见证基于亲和力的方法、纳米孔测序和单分子方法等技术的进步。关于哪种方法进展更快并有可能主导该领域的争论仍在继续。然而，重要的是不要教条地选择自己喜欢的方法，而是让数据来决定。在未来 5-7 年中，质谱分析可能会继续占据主导地位，但除此之外，其他方法也可能会占据主导地位，每项新技术都应根据其优点和缺点进行评估。另一个有进步空间的领域是研究蛋白质复合物和翻译后修饰的无偏性方法。目前，这方面的大规模检测方法还比较有限，需要进行创新。此外，蛋白质组学还有更广泛应用的潜力，特别是在药物发现和开发方面。在这方面，蛋白质组学可以成为宝贵的资源，并且其应用还有显著增长的空间。制药行业越来越认识到蛋白质组学在决策过程中的效用。在临床应用方面，蛋白质组学在发现工作方面具有巨大的潜力。然而，关于是否在临床环境中使用质谱或选择其他平台的争论仍将继续。这两种方法都应该探索，并根据实用性和有效性选择最合适的一种，常规且简单的技术可能更适合临床检测。值得注意的是，长期以来人们一直希望将高分辨率质谱技术整合到临床环境中。虽然这一目标过去设定为 10 年，但事实证明实现这一目标具有挑战性。供应商和研究人员一直在努力实现这一目标，但在临床实践中广泛采用的时间表仍不确定。总之，蛋白质组学领域是动态且不断发展的。未来 5-10 年，技术、应用领域和方法可能会取得进步, 灵活性、数据驱动的决策和创新对于塑造蛋白质组学研究的未来至关重要。

糖是一类具有重要生物学功能的大分子，具有高度复杂的化学结构。目前，糖的结构解析依赖于传统的色谱法、质谱法和核磁法等结构表征手段。虽然这些方法相对成熟，但存在检测步骤复杂、无法实时动态检测等局限性，无法满足糖基础和应用科研需求。与另一类生物大分子核酸已实现高通量测序相比，糖的结构解析技术滞后。生物纳米孔作为高度敏感的传感器，应用于核酸分子以及多肽测序，而在糖测序方向是否可行尚未被证实。　　近期，中国科学院上海药物研究所研究员高召兵/副研究员夏冰清（纳米孔方向）、研究员文留青（糖化学方向）与研究员程曦（计算生物学方向）等，设计并构建了一种工程改造的生物纳米孔，识别和捕捉到糖分子官能团乙酰氨基和羧基的特征电信号，描绘了含有这两种官能团不同聚合度糖的电信号指纹图谱，并运用于混合体系中不同糖分子的结构鉴定。该工作为以生物纳米孔为基础的糖测序技术打开一扇门。相关研究成果以Mapping the Acetylamino and Carboxyl Groups on Glycans by Engineered α-Hemolysin Nanopores为题，在线发表在《美国化学会志》（JACS）上，并被选为封面文章。　　科研团队将纳米孔α-溶血素（α-HL）的敏感位点113位的甲硫氨酸（M）作了基因工程改造，通过对极性、体积、电荷等氨基酸筛选，获得敏感性、特异性最佳的工程纳米孔M113R。该研究利用该纳米孔清晰地表征了单糖分子中乙酰氨基和羧基两种糖官能团的电流信号，并建立了两种糖官能团结构与电信号对应的指纹图谱。该团队利用分子动力学模拟和基因突变进一步剖析了糖分子进入该纳米孔中的动态过程，明确了纳米孔M113R识别两种官能团的分子机制。基于此，该研究利用两种官能团的特征电信号绘制了含有乙酰氨基和羧基寡糖的指纹图谱。该工作采用指纹图谱在糖混合体系中识别了含有两种基团的单糖、二糖和三糖。这一技术采用工程改造的纳米孔，无需对糖进行额外化学修饰或桥接。这一概念验证研究为高效建立糖分子指纹图谱库奠定了重要基础。　　糖类化学信息的高效表征是糖结构解析中的关键挑战。与其他根据化学位移或峰强度信息的技术不同，该研究依据特征电信号分析糖分子结构信息，获得糖分子中特定官能团的特征信号，将分子结构信息与传感事件产生的特征电信号直接联系。研究发现，特征电信号能表征单糖分子的特殊结构，并可同时精确解读寡糖链的聚合度的大小，从多个维度反映糖分子结构的多方面特征。该工作获得的糖电信号指纹图谱是基于纳米孔糖结构鉴定分析的重要一步。同时，该研究提出了基于纳米孔糖测序的可能路线。随着对糖分子更多官能团和其他特定结构的鉴定，该团队逐步完善糖分子指纹图谱的全方位绘制，建立了基于电信号的糖指纹图谱库，有望实现不同于现有技术路线的高效糖结构表征——纳米孔糖测序。

一、项目基本情况1.项目编号：HXJC2024HG/047项目名称：崖州湾国家实验室大型仪器设备采购项目2(第一部分)预算金额：896.000000 万元（人民币）采购需求：本次招标采购共分为2个包，每包遴选出1家符合要求的供应商，为采购人提供仪器设备的供货服务。具体分包情况如下表：包号设备名称单位数量是否可采购进口产品（是/否）是否需要授权函（是/否）核心产品（是/否）最高投标限价（万元）1步入式植物培养室套2是是是4662小麦小区收割机台2是是是430 注：符合条件的供应商可以投1包或多包，并分包编制投标文件。合同履行期限：第1包：合同签订后7个月内供货并安装完毕。第2包：合同签订后10个月内供货并安装完毕。本项目( 不接受 )联合体投标。2.项目编号：HXJC2024FG/041项目名称：崖州湾国家实验室油菜基因组三代测序及分析服务采购项目预算金额：400.000000 万元（人民币）采购需求：本次招标拟择优选择1家合格的供应商，根据采购人要求，为采购人提供油菜基因组三代测序及分析服务，具体服务内容如下：（1）Survey建库测序分析项目序号项目类型单价最高限价子项目1Survey提取建库100元/样子项目2Survey测序1100元/样子项目3Survey信息分析700元/样 （2）油菜样本的PacBio HiFi测序组装项目序号项目类型单价最高限价子项目1三代提取和建库1800元/库子项目2PacBio Revio测序12000元/样子项目3基因组组装和挂载8000元/样 （3）基因组注释及泛基因组构建项目序号项目类型单价最高限价子项目1基因组注释4000元/样子项目2泛基因组构建2000元/样 合同履行期限：自合同签订后两年。本项目( 不接受 )联合体投标。3.项目编号：HXJC2024FG/042项目名称：崖州湾国家实验室单细胞测序服务采购项目预算金额：340.000000 万元（人民币）采购需求：本次招标拟择优选择1家合格的供应商，根据采购人要求，为采购人提供单细胞测序分析技术服务。合同履行期限：自合同签订后360日内。本项目( 不接受 )联合体投标。二、获取招标文件时间：2024年06月13日 至 2024年06月20日，每天上午9:00至11:30，下午13:30至16:00。（北京时间，法定节假日除外）地点：中招联合招标采购平台（http://www.365trade.com.cn）。方式：线上购买电子版招标文件，详见“特别告知”。售价：￥600.0 元，本公告包含的招标文件售价总和三、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。1.采购人信息名 称：崖州湾国家实验室　　　　　地址：三亚市崖州区还金路8号　　　　　　　　联系方式：余老师 13301296867　　　　　　2.采购代理机构信息名 称：北京华夏京诚咨询有限公司　　　　　　　　　　　　地　址：北京市海淀区西直门北大街甲43号金运大厦B座802室　　　　　　　　　　　　联系方式：王建保、刘雅萌、高宏鹏、马建军010-82582703-805/816/809　　　　　　　　　　　　3.项目联系方式项目联系人：王建保、刘雅萌、高宏鹏、马建军电　话：　　010-82582703-805/816/809