天蓝色链霉菌

由中国微生物学会分子微生物学及生物工程专业委员会和上海市微生物学会共同主办，中科院上海生科院植物生理生态研究所中科院合成生物学重点实验室和上海医药工业研究院创新药物与制药工艺国家重点实验室（筹）联合承办的“首届全国合成微生物学学术研讨会”于2010年9月26日—9月27日在上海举行。　 　　出席研讨会的有中科院上海生科院杨胜利院士、赵国屏院士，中科院微生物研究所、中科院上海生科院植物生理生态研究所、中国科技大学、山东大学、天津大学、中科院天津工业生物技术研究所、中科院青岛生物能源与过程研究所、上海交通大学、华东理工大学、军事医学科学院和上海医药工业研究院等单位的近120余位专家学者、科研人员及研究生。　 　　会上，首先由中科院上海生科院杨胜利院士致辞。接着，20位我国合成微生物学不同领域方向的专家学者做了精彩报告，包括： 　　中科院上海生科院植生生态所赵国屏院士：“微生物合成生物学与‘人造生命’——科学内涵、工程实践、研究方向”； 　　中科院微生物所谭华荣研究员：“抗生素生物合成的分子调控”； 　　中科院微生物所刘双江研究员：“谷氨酸棒杆菌：合成生物学研究的理想模式生物”； 　　中科院上海生科院植生生态所王勇研究员：“基于系统—合成生物学的天然产物异源生物合成”； 　　天津大学赵学明教授：“‘合成细胞’JCVI－syn1.0发表四个月美英国家层面及一些学术刊物的反应”； 　　山东大学祁庆生教授：“合成生物学与微生物生物合成”； 　　中国科学技术大学郑浩然教授：“面向微生物代谢设计的计算机辅助系统”； 　　中国科学技术大学刘海燕教授：“分子间相互作用的再造与合成生物学元件”； 　　中科院上海生科院植生生态所覃重军研究员：“做为抗生素表达的“底盘生物”——天蓝色链霉菌的基因组改造工程”； 　　军事医学科学院的方宏清研究员：“改造基因组构建新型微生物工厂”； 　　上海交通大学白林泉教授：“微生物次级代谢：从组合生物合成到合成生物学”； 　　中科院上海有机所唐功利研究员：“复杂天然产物类药物的合成生物学研究”； 　　中科院上海生科院植生生态所姜卫红研究员：“微生物调控元件的合成生物学研究”； 　　中科院青岛生物能源与过程研究所呂雪峰研究员：“基因工程蓝细菌合成优质新型太阳能生物液体燃料”； 　　上海交通大学赵立平教授：“微生物群落的重构与合成？——基于肠道菌群研究的思考”； 　　中科院上海生科院植生生态所周志华研究员：“环境微生物元基因组的研究与生物元件的挖掘”； 　　中科院天津工业生物技术研究所孙际宾研究员：“网络生物学：从生命系统理解走向系统生物设计”； 　　军事医学科学院微生物流行病研究所杨瑞馥研究员：“鼠疫耶尔森氏菌的演化与传播”； 　　上海交通大学冯雁教授：“酶分子进化及模块组装”； 　　上海医药工业研究院胡又佳研究员：“发酵生产7－ACA基因工程菌的构建”。　 　　通过本次会议，增进了国内合成微生物学之间交流合作，对我国合成微生物学的发展起到了推动作用。

葱、姜、蒜，是每个家庭或餐厅必备的食材。其中，葱的香味最为迷人，也最受大众喜爱，是中菜里不可或缺的调味蔬菜。近日，贵阳多个农贸市场所销售的香葱出现掉色情况，只需用纸巾在香葱上轻轻擦拭，纸巾就会被染成蓝色。此情况引发大众关注，蓝色物质究竟是农药残留还是有毒有害物质？消费者纷纷表示担忧，甚至谈葱色变。据调查，“蓝色香葱”是从云南某地流入贵阳。随后，云南昆明市场监管部门总共排查4640个市场点位，发现一擦就掉色的“掉色葱”1479.735公斤，已全部下架封存。目前，昆明市市场监督管理局已经向大理州市场监督管理局、红河州市场监督管理局发出信息通报，并要求各县区市场监管部门对存在食品安全隐患的“掉色葱”进行无害化销毁，对相关市场方进行约谈，强化市场方主体责任，严禁感观异常的掉色问题葱进入市场。贵阳市场监管部门和农业部门对“染色香葱”展开调查，对20个香葱样品检测结果分析，6个样品（纸巾擦拭无色）检测出来的铜含量为0.456mg/kg至0.689mg/kg，含量值与香葱自身营养成分相当；其余14个样品（纸巾擦拭有蓝色物质）铜含量达1.23mg/kg至3.68mg/kg，含量值高于香葱自身营养成分（营养成分来源：《中国食物成分表》）。另外，此20个样品均未检出咯菌腈、四聚乙醛、果绿色（复配着色剂）等成分。根据检测报告，专家明确，香葱上的蓝色物质是波尔多液残留物，危害风险较低，市民不用谈“葱”色变。波尔多液是应用历史最长的一种保护性杀菌剂。其化学名称为“五水合硫酸铜”，一个分子的“无水硫酸铜（白色）”与五个“水分子”结合后就会形成“蓝色物质”。当“硫酸铜+生石灰+水”后，就会形成一种“天蓝色的胶状悬浮液”，即为“波尔多液”。其能促使作物叶色浓绿、生长健壮，且对人和畜低毒。专家表示，硫酸铜易溶于水，市民只要将香葱用自来水冲洗两三遍，就能去掉残留物，不会给健康带来问题。

11月18日凌晨，神舟八号飞船搭载的生物培养箱在神八落地后几乎是刻不容缓地被送回北京。据介绍，培养箱中装载样品33种，开展了17项空间生命科学实验。如今实验有了什么进展?我们就从中选取几项实验，介绍给您—— 　　神八实验揭秘 　　线虫的太空之旅 　　我是一条线虫,但不是你想象中的寄生虫，你可以叫我的英文名字：C.elegans。我坐着神八飞船，在太空进行了长达十六天半的旅行。 　　自然状态下，我生活在泥土中，以细菌为食。成年后身长约1毫米，人类在显微镜下才能看清。我通体透明，长得不好看。可大连海事大学环境系统生物学研究所孙野青教授和同事们，却常夸我是“可爱美丽的小天使”，还给我起了个好听的名字：秀丽隐杆线虫。 　　不是吹牛，我是天生的“航天员”。在空间生命科学领域，我的家族可谓声名远播。从1975年开始，我的同类就先后搭载美国国家航空航天局的航天飞机邀游太空。 　　为什么选择我们呢?一是因为我们在-80℃长期冻存后仍能恢复活力，是目前已知的唯一能低温冻存的多细胞真核动物。我在逆境时进入休眠期，像熊冬眠一样，不发育、不吃东西，时间可以长达2个月左右。二是我们基因组很小，仅为人类基因组的3%，但有约40%的基因与人类同源。据科学家们说，我们身上很多调控发育的基因和人类很相似，一旦研究清楚在空间辐射环境或空间辐射和微重力同时存在的环境下，我们的这些基因是如何变化的，将给航天医学及空间辐射损伤预警做出巨大贡献。 　　因此，我们在太空中要接受辐射，再把这些辐射损伤的印记带回来。所以我们在地面不能有任何损伤，坐飞机时都不能过安检，临上太空前还要在航天城“集训”两周，看我们能否顺利登舱。 　　这次上太空，我的“房子”是德国航空航天中心DLR研制的SIMBOX(生物支持系统实验盒)内的38个小盒子之一，大约18ml。这么小的空间，却住了十万伙伴。SIMBOX可不简单，它的里面安装了1g的离心装置，模拟地球的引力。我们分成两组，分别被装入在1g的离心机上和附近固定的房子里，有些伙伴只接受空间辐射，有的既接受空间辐射又感受微重力的。当返回地球后，我们就可以被比较分析变化的差别。我们屏住呼吸，停止发育，把空间环境影响的印记尽量留在身上。 　　接下来我们将继续配合孙教授课题组，给人类带来更多惊喜，大家拭目以待吧! 　　放线菌勇闯无重力空间 　　放线菌是“神八”的另一位旅客，它们比缝衣针尖还要小100倍，却是中科院微生物所黄英教授的心肝宝贝们。 　　别小瞧了放线菌!知道抗生素吧?70%是放线菌产生的。它们还是环境保卫者——难降解的塑料、化学除草剂、杀虫剂，可能都是放线菌的“美餐”，只要很短的时间，它们就能消灭这些顽固有机物。 　　黄英说，这次送上太空的有三种微生物，第一种是放线菌里的经典“美人”，它产生的色素像天空般蔚蓝，因此叫天蓝色链霉菌，正是出于颜色易于观察的原因，它是这次上太空的首选“模特” 第二种是放线菌里的“新人类”，它生命力旺盛，产生抗生素的能力又强又稳定，它有个暂定的名字叫卷须链霉菌C 第三种不是放线菌，叫枯草芽孢杆菌，有些洗衣粉里的酶，就是从它的分泌物中提取的。这次，它的命运是被两个同伴杀死，从而测试它们在太空环境下的抑菌能力。 　　放线菌被小心翼翼地放进通用生物培养箱，箱子保持23℃恒温和恒定的湿度，连空气成分都是照搬地球的，并且准备了充分的营养物。 　　送上太空，为什么又模拟地球环境呢?这叫微重力效应实验。地球引力对生物的影响，经常被人们忽视，但确实存在。比如，树木之所以能将根深深扎进土地里，就是因为地球引力的影响。对于放线菌而言，没有了地球引力，又会发生什么样的变化?这就是送放线菌上太空的原因所在。 　　此前科研人员曾在地面模拟微重力效应实验，结果发现它们产生抗生素的周期从1周缩短到4—5天，抗生素的产量也有所增加。 　　将它们送入太空，就是要看看在真实的微重力环境中，它们会发生什么变化。事实证明，在太空的微重力环境下，放线菌的生长和模拟微重力效应环境下相似，甚至效果更好一些。天蓝色链霉菌和卷须链霉菌C在太空中肆无忌惮的生长，杀死了更多的枯草芽孢杆菌，这说明它们释放出的抗生素浓度高于地球上的同类。 　　中科院微生物所接下来的工作，是进一步比对这些从太空中回来的“贵客”们的细微模样和抑菌能力，分析它们的基因性状，抓紧让它们“传宗接代”，看看下一代中会不会出现更美更壮的“佼佼者”。 　　太空中长出蛋白质 　　大约10厘米长、4厘米宽、5厘米厚——这个小黑盒就是由神八携带的、用于蛋白质晶体生长研究的“秘密武器”。打开这个“秘密武器”，可以看到120个排列整齐、大小一致的“小抽屉”，中科院生物物理所研究员仓怀兴解释说，每个“小抽屉”都装满了实验溶液，实验溶液中“漂浮”着一根内径1毫米、长12毫米的玻璃毛细管，毛细管里装着蛋白质溶液。“我们这个实验的主要目的，就是要在太空环境中让蛋白质溶液与实验溶液发生反应，看看能不能生长出质量更好的蛋白质晶体。” 　　蛋白质是生命的物质基础，没有蛋白质就没有生命。蛋白质分子是由氨基酸构成的，氨基酸的不同排列方式、也就是蛋白质分子的不同结构导致其产生不同的功能。 　　“要想知道哪种蛋白质有何功能，必须先了解它的结构。”仓怀兴说：“研究蛋白质分子的结构有两种方法，一是让其长出晶体，再用X射线照射 二是用核磁共振。”但当蛋白质分子比较大时，“比如一些病毒的蛋白质结构，核磁共振就看不到了。” 　　研究蛋白质分子结构是国际学界的热点。“近些年比较热门的应用是生物制药领域，因为很多病毒的外壳都是蛋白质。”仓怀兴介绍说，美、日、欧盟等发达国家早就将蛋白质分子送入太空，以便获得质量更好的蛋白质晶体，从而更加精细地了解蛋白质的结构。“据我了解，到目前为止，大概有25种蛋白质分子的高分辨率结构，是利用在空间实验中获得的蛋白质晶体取得的。我相信还有更多，不过很多制药公司都将其视为机密，在新药研制成功之前不会对外宣布。” 　　虽然有120个“小抽屉”，但此次实验只携带了14种蛋白质溶液。仓怀兴解释说：“蛋白质是种很奇怪的物质，不是说两种溶液相反应就必然能得到晶体，因此我们都做了充分的‘后备’。”仓怀兴说，得到的晶体已经被研究人员带到上海同步辐射光源进一步研究，“很快就会有结果了!” 空间微重力样品 　　神八里的绿色植物 　　“我们利用神八搭载水稻种子，进行高等植物在空间的代谢生物学研究。”中科院植物所的温晓刚说。水稻是空间生命支持系统中重要的食物来源，也是高等植物研究的模式植物，这是“神八”选择水稻种子的原因。 　　这些水稻种子被放置在植物生长容器中，以透光、透气、不透水的生物膜覆盖。“这些水稻种子在太空中萌发，生长成水稻幼苗。”温晓刚说，这些情况与地面上同一温度、湿度情况下生长的水稻种子进行对比，中科院植物所的研究人员就能够分析水稻幼苗在空间环境下的生长发育情况，考察空间飞行对植物代谢过程的影响。 　　温晓刚说：“经过空间飞行，水稻幼苗生长状态良好，发芽率达到91%以上，与地面实验一致。初步的光合生理实验结果显示，水稻幼苗在微重力等空间环境下，其光合系统的活性受到一定程度的影响，其中对光系统Ⅰ的影响大于对光系统Ⅱ的影响。”温晓刚解释，空间微重力会造成高等植物光合机构叶绿体中的类囊体膜结构发生改变，比如类囊体膜垛叠的基粒组分减少等，这种变化可能对植物光合系统的功能造成一定的影响。“实验结果正在进行进一步研究分析中。”接下来科学家们将深入分析得到的光合生理数据，并进行水稻幼苗叶片和根尖的亚显微结构分析，以及水稻叶片的蛋白质组学研究，同时研究空间飞行对水稻幼苗蛋白质组学的影响，特别是与光合作用相关的代谢过程以及与光合能量传递相关的蛋白的影响，分析空间环境下植物光合系统的变化规律。 　　神八中的“生物圈” 　　如果能在飞船密闭的空间里，建立这样一个“生物圈”：让食物产生、氧气供给、二氧化碳去除和废物再循环都变成现实，那宇航员们长期居住太空将不再是梦想。神八里就有一项空间简单密闭生态系统探索研究，我国科学家迈出了在太空自主建立受控生态生命保障系统(简称CELSS)的重要一步。 　　CELSS是生命科学、空间科学、环境科学、自动化和遥感科学诸多高新技术的集成。首先要在空间飞行器上进行模型实验，积累基本数据。神八飞船上，中科院水生生物研究所的科学家们构建了一个简单水生态系统，以纤细裸藻和小球藻作为主要生产者，澳洲水泡螺作为主要消费者，同时以自组织形式共培养细菌作为分解者。在硬件设计上，除了提供藻类生长与产氧所需的光源外，还增加了藻类生长密度检测装置，即时传送生长状态数据进行监控 并以特定的技术进行系统内的气体传质分布，增进气体在不同腔室的传递，以期在系统中实现气体、食物与废物处理的良性循环。中科院水生生物研究所的李小燕介绍，从目前得到的数据来看，藻与螺的生长都符合预期目标和已知规律，系统中的各要素基本实现自循环、自组织的功能。同时从神舟八号返回的样品中，可以在生物的空间飞行效应、空间共培养系统的物种相互关系，空间封闭生态系统的结构与功能三个方面剖析出重要的科学信息。