小孢根霉华变种

导 读10月26日，《科学》杂志及其子刊一口气发表了四篇关于新冠的论文，内容覆盖极广——从德尔塔变种为何感染性高，到新冠的长期免疫力，再到导致年轻人病情加重的基因… … 这些论文让我们从更全面的角度，加深了对新冠的认知。撰文 | 学术经纬图1 在第一篇发表于《科学》的论文中，哈佛医学院的陈冰教授课题组对德尔塔变种的感染性进行了深度分析。研究人员们指出，自出现以来，这种新冠变种很快就成为了全球的主流病毒株，背后与其特殊的变异不无关联。于是他们获得了德尔塔变种刺突蛋白三聚体（S trimer）的结构，并分析了它的功能和抗原性。作为比较，研究人员们也分析了来自其它新冠变种的数据。比较结果表明，德尔塔变种的刺突蛋白在入侵细胞上更有效。如果说普通新冠病毒的刺突蛋白就像是敲开细胞大门的破城槌，那么德尔塔变种的刺突蛋白就像是轰开大门的火箭炮。即便细胞表面让新冠病毒结合的ACE2受体水平较低，在其变异刺突蛋白的帮助下，德尔塔变种依旧可以与细胞膜进行融合，高效进入细胞，远胜其它变种。图2 德尔塔变种与细胞膜融合的活性要超过其它5种变种 | 图源[5]“细胞膜融合需要很多能量，也需要催化剂，”陈冰教授解释道，“在不同的变种里头，德尔塔变种因能催化细胞膜融合而脱颖而出。这也解释了为什么德尔塔变种传播更快，为什么人在短暂接触后就能感染病毒，以及为什么德尔塔变种能在身体里感染更多细胞，产生更高的病毒载量。”图3第二篇发表于《科学-免疫学》的论文中，研究人员们指出，随着新变种的不断出现，我们需要知道针对新冠病毒的免疫力究竟能持续多久，以及能带来怎样的保护。于是他们使用金仓鼠（golden hamster）为模型，评估了新冠感染和新冠再次感染过程中，动物免疫系统的变化。研究人员们发现在感染新冠后，先天免疫系统的启动虽然有所延迟，但后续的适应性免疫系统能做出有效应对。不仅T细胞能减少病毒水平，针对新冠病毒的B细胞也能被快速诱导起来，表明两类免疫淋巴细胞都能参与对抗新冠。图4 过去的新冠感染史只能保护仓鼠自己，但无助于防止新冠病毒的传播 | 图源[2]当这些动物重新感染新冠后，研究人员们发现它们体内的T细胞和B细胞依旧能有效控制感染。然而这种保护力不足以阻止新冠病毒的传播。因为先前感染过新冠的缘故，这些金仓鼠在二次感染时，本身几乎不会出现任何问题。但当它们与其它金仓鼠共处一室时，依旧可以将病毒传播出去。作者们在讨论环节提到，传播所需的病毒量，或许要低于研究人员们的检测阈值。这对疫情有着重要启示，因为这不仅表明接种疫苗可以最大程度上为自己带来保护，还表明不接种的疫苗的人依旧处于高风险之中——即便身边的人都接种了疫苗，疫苗接种者在自身安全的情况下，还是可能将病毒传播给没接种过的人。对于疫情，这个发现算是喜忧参半。 图5第三篇论文发表于《科学-转化医学》，关于新型疫苗的开发。作者们指出目前的疫苗虽然已经取得了很大的成功，但为了满足全球接种需求，可能还需要开发更多新的疫苗。基于大猩猩体内的一种腺病毒，研究人员们开发出了一类全新的腺病毒疫苗。在年轻和年长的健康志愿者中，他们测试了一针腺病毒疫苗的效果。在肌肉注射后，研究人员们指出疫苗的不良反应大多为轻度或中度，持续时间不长。接种的四周后，几乎所有的志愿者中都能检测到针对新冠刺突蛋白及受体结合域的血清转化。与之一致，在89名志愿者中，87人的体内能检测到中和抗体的存在。此外，绝大多数志愿者也出现了针对刺突蛋白的T细胞反应。研究人员们指出，这一新型疫苗表现出了良好的安全性和免疫原性，有望在未来得到进一步开发。图6最后一篇论文同样发表在《科学-转化医学》上。在这项研究里，科学家们关注年轻人在感染新冠后，为何会发展为危重症——住进ICU，需要接呼吸机。为了找到危重症背后的驱动因子，研究人员们做了多组学的分析，包含全基因组测序、全血RNA测序、血浆和血液单核细胞蛋白质组、细胞因子分析、以及高通量的免疫表型分析等。此外，他们也使用机器学习、深度学习、量子退火算法、以及结构因果模型来协助分析。研究指出危重症新冠患者的炎症有所加剧，淋巴和骨髓会出现扰乱，会更容易凝血，也有病毒相关的细胞生物学特征。而在众多表达不同的基因中，研究人员们观察到编码金属蛋白酶ADAM9的基因有明显上调。图7 ADAM9基因可能是危重症新冠的驱动因子| 图源：[4]在另一组独立的患者群体中，这一基因特征得到验证——无论是转录水平，还是蛋白水平，ADAM9都有所上升。后续实验发现，体外对ADAM9进行抑制，可以在人类肺部上皮细胞中减少新冠病毒的复制。基于这些结果，研究人员们对年轻人中出现的新冠危重症有了新的理解。他们指出这些年轻人平时虽然看似健康，但ADAM9基因的上调可能驱动了疾病朝危重方向发展。这也为我们带来了治疗新冠的潜在靶点，有助于未来的新药开发。在全球范围内，新冠累计病例数已接近2.5亿，死亡人数也趋近500万。尽管人类在对抗新冠的战斗中已经取得了很多成就，但距离疫情彻底平息，还有不短的距离。我们也期待这些科学研究能加快疫情平息的速度，早日让世界恢复正常。

近日，生态环境部发布《水质 灭菌生物指示物（枯草芽孢杆菌黑色变种）的鉴定 生物学检测法》（HJ 1190-2021）。该标准为首次发布，适用于微生物实验室废水灭菌效果的评价，其发布实施可支撑微生物实验室废水灭菌效果的生物学检测，该标准将于2022年4月1日实施。随着国家对生态环境保护要求的不断提升，水体微生物检测逐渐成为关注的重点。无论是环境领域，还是卫生健康领域，水环境质量标准中均有与微生物相关的控制要求。事实上，完善和提高相关水质标准中的微生物指标，控制水环境中微生物的污染源，提高微生物的检出能力十分关键。近几年，中国各大流域、海洋受到微生物污染日益严重，除此之外，藻毒素的危害也不可忽视。致病微生物和藻类是水体生物污染的两大来源，对人类及其他生物危害明显。致病微生物可存在于饮用水、地表水、城市污水、医院废水等各类水体中，经媒介传播引发多种疾病；以蓝藻为代表的的部分藻类会产生藻毒素，长期饮用受到藻毒素污染的水，会引起消化道、肠道等疾病，某些藻毒素甚至有“三致”作用。纵观我国各类水环境标准，微生物和藻毒素检测、监测方面相对欠缺，现有检测手段不能满足需求，相应控制标准体系也有待完善。基于此，仪器信息网将于12月21日举办“水环境生物污染检测与监测新技术”主题网络研讨会，届时邀请环境与卫生健康等方面的专家，结合我国水体生物污染现状，进行标准解读，分享生物污染检测研究进展、快速检测新技术和新方法，旨在共同推动我国水环境质量健康发展。欢迎参会！拟报告时间报告主题报告专家9:30-10:00基于微流控与纳米材料的液态样本中微生物快速检测技术研究与应用周蕾（中国科学院过程工程研究所 研究员）10:00-10:30水的消毒处理及其对微生物（大肠菌群）消毒效果的监测翟家骥（北京北排水环境发展有限公司水质检测中心 技术主任）10:30-11:00藻毒素的检测技术于仁成（中国科学院海洋研究所 研究员）报名点击此处，或点击下方图片（点击图片，免费报名）

近日，中国疾控中心周刊（China CDC Weekly）在最新一期刊登的文章中称，2020年12月14日，我国海关实验室监测到一名坐飞机从境外返回的23岁女性新冠感染者，通过检测发现，该病例感染了新变种的新冠毒株。值得一提的是，此次助力发现我国首例境外变种新冠毒株的测序平台是华大智造自主研发的一款小巧灵活、性能强劲的高通量测序仪——MGISEQ-200。中国疾控中心周刊根据近日多方披露的研究数据，从境外开始流行的这种新病毒株的传播能力预计比普通病毒株至少要高出50％。尽管目前尚无证据表明这种新的病毒株更加致命或者会引起更严重的疾病，但其仍被认为是对中国预控新冠疫情构成巨大的潜在威胁。据了解，中国疾控对所有病毒株都有系统监测，在检测到第一株VOC毒株后就已上报，并在中国疾控官方杂志China CDC Weekly（中国疾控周报）中向全球发布。据披露，疾控中心对该患者的核酸样本以多重PCR方案建库，并使用华大智造高通量测序平台MGISEQ-200对病毒核酸文库进行深度测序。通过对MGISEQ-200的测序数据进行生信分析，研究人员发现，该毒株与11月份监测到的毒株不同，显示32个核苷酸变异位点，通过进一步对比发现，该患者感染的毒株基因序列中包含了10月下旬开始在境外流行的VUI202012/01新病毒株中所有的28个变异点位，其中包括刺突蛋白中的3个氨基酸缺失和7个氨基酸突变。 基于MGISEQ-200的测序数据和流行病学调查结果，国家疾控将此境外输入性病例定义为中国监测到的首例英国变种VUI202012/01病毒株，并加强了对患者密切接触的调查和对相关场所的消杀。基于MGISEQ-200测序数据组装的COVID-19全基因组序列系统进化树。境外变异毒株种系VUI-202012/01变体以深绿色突出显示，上海首次检测到的VUI-202012/01变体以红点表示新冠病毒的不断变异是当前全球面对的一大挑战，华大智造自主研发的高通量测序仪以其高深度、高精度的特性，可以对病原全基因组序列进行深度测序，找到病毒突变位点，辨明病毒身份，从而找到病毒来源。华大智造MGISEQ-200是一款小巧灵活且性能强劲的高通量测序仪，它可以完美适配病原检测、组装以及溯源等应用，满足对疾病精准防控的需求。此外，该测序平台现已推出全新配置，支持更多极端文库测序，大幅提升测序速度。目前，MGISEQ-200已入驻全球多个国家海关实验室、疾病预防控制中心，为疫情一线提供了关键性支持。