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单细胞高通量基因检测

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单细胞高通量基因检测相关的资讯

  • Dolomite Bio成功举办高通量单细胞转录组测序和单细胞液滴包裹技术交流会
    随着科学的发展,科学家们发觉许多群体细胞,完整个体水平的研究只是研究多种类细胞,多个细胞共同作用的“平均值”,淹没了细胞个体之间的差异。因此,针对单个细胞的研究技术,单细胞基因组学研究(Single Cell Genomics Study)成为生物学研究迫切的方向,并成为再生医学,发育生物学,肿瘤研究,免疫学研究必不可少的关键研究手段。 Dolomite Bio公司基于其已有的单细胞RNA测序模块系统和μEncapsulator单细胞包裹模块系统取得良好的销售业绩及客户反馈。2017年11月,Dolomite Bio公司隆重推出Nadia高通量单细胞建库仪,可平行运行1/2/4/8个样品, 每个样品18min内可生成6000个单细胞库;专为DropSeq方案设计;使用一次性试剂盒,防止污染;自动检测试剂盒状态,触摸屏控制,全自动运行。同时,添加Innovate新方法开发平台,可以使用自己的试剂,开发新的方法,可调节液滴大小、频率、温度、搅拌和时间等参数,一旦条件摸索成功,可通过Nadia高通量单细胞建库仪在相同条件下平行运行2/4/8个样品。 2018年4月24日-27日, Dolomite Bio公司在北京、上海、深圳和澳门成功举办了Nadia高通量单细胞转录组测序技术交流会,会议现场Dolomite Bio公司CEO Mark Gilligan先生详细介绍了液滴微流控技术应用在单细胞研究的优势,高通量单细胞RNA测序实验中遇到的问题以及B细胞和T细胞、FACS分选等应用,并现场利用Nadia单细胞建库仪和Innovate新方法开发平台演示了单细胞库制备的整个实验过程。现场部分客户被邀请亲自体验了实验过程,客户对实验结果非常满意,并对Nadia通量高、操作简单、Innovate灵活开放的特点给予了极大的肯定。清华大学会场中科院学术会议中心会场华大基因会场澳门大学会场Mark给客户演示Nadia样机
  • 谢晓亮:从单细胞研究到高通量测序
    2011年7月第八期《自然&mdash 方法学》刊登了Monya Baker撰写的一篇人物特写,详细介绍了在当期发表的论文 &ldquo Fluorogenic DNA sequencing in PDMS microreactors&rdquo 的主要作者哈佛大学谢晓亮教授的高通量测序技术。全文翻译如下:   在科学界,合情合理的实验也可能会出现令人吃惊的结果。当谈到他的实验室时,谢晓亮把他的主要研究分成三个领域:活体细胞中的动态基因表达研究,单分子酶学和免标记显微成像技术,而现在,又多了一个由于意外而诞生的新领域&mdash &mdash 高通量测序。   目前常见的测序技术&ldquo 焦磷酸测序&rdquo 是通过边合成DNA边测序实现的,当加入新三磷酸核苷酸时,荧光素酶水解三磷酸键所产生的能量会以光的形式发出,然而光信号转瞬即逝,需要检测系统能够灵敏地捕捉到这一瞬间的光信号。 另一种常见的技术是基于荧光的测序,相比之下,它可以产生一个稳定的光信号,但需要很多额外的化学修饰步骤才能产生荧光。在这篇Nature Method的文章中(指Sims, P.A., Greenleaf, W.J., Duan, H. & Xie, X.S.. Nat. Methods 8, 575&ndash 580 (2011).),谢晓亮和他的同事们推出了一种新型的测序技术,这种技术兼顾焦磷酸测序的简单流程和荧光检测的稳定信号,这使得高精确度并循环周期短的测序成为可能。   单分子荧光酶学的开端要追溯到十多年前,当时谢晓亮作为美国太平洋西北国家实验室的一位研究员,正在研究表征单个酶分子活性的方法,为此,他和同事曾应用过一个含有可发荧光的吖啶黄素基团的酶。那时,诸如 Helicos和Pacific Bioscience等公司也刚刚宣布了他们的DNA单分子测序计划。谢晓亮对把单分子酶学应用于DNA测序领域很感兴趣,但由于他已经在哈佛就职,这个想法仅仅被搁置于专利层面。&ldquo 我需要学着做个教授&rdquo ,谢晓亮说。   谢晓亮偶尔会尝试把基于荧光基团测序的想法推荐给一些研究生或博士后,但是年轻的科学家们通常不大敢尝试这一想法。&ldquo 提些建议对我来说是很容易的,因为我有很多项目,总有一些会成功的&rdquo ,谢晓亮解释道,&ldquo 但是对学生来说这是个很大的赌注,并不是所有人都敢于接受这种挑战。&rdquo 一位四年级的研究生Peter Sims听说了这个想法,当即接受了这个挑战,尽管当时他完全可以由单分子马达在活细胞的研究来获得学位。 Sims表示这种潜在的高通量测序激发了他的浓厚兴趣,但是对于所需的在核酸上修饰荧光基团的化学工作,他还没有经验。&ldquo 他当时刚刚涉足于此,才开始学习&rdquo ,谢晓亮说。谢晓亮和Sims共同商定了一个期限,如果Sims在此之前还没有获得显著的成绩,他就退回到原来的课题上,开始写毕业论文。   捕捉荧光信号就像成功产生荧光一样重要。在博士后William Greenleaf帮助下,他们解决了这个难题。&ldquo 微反应容器和荧光化学二者的结合,便是这项测序新技术的精髓。&rdquo 谢晓亮说。Greenleaf设法加工出了这些含有微反应容器的芯片,它是由可以重复密封的聚二甲基硅氧烷(PDMS)聚合物制成。谢晓亮说,没有这种材料,他的实验室的研究人员不可能做出这种尝试。&ldquo 我想把推广PDMS的功劳归于George Whitesides(George也在哈佛大学工作)&rdquo ,他说,&ldquo 基于PDMS我们才能够制作出各式各样的芯片上的实验室,而且他们真的很好用。&rdquo   但是研究进展并非一帆风顺。在后来的实验中,含有荧光基团的分子总是会扩散到PDMS 中或是产生一些不可信的伪信号。实验室的另一位成员段海峰加入了他们的小组,负责合成新型的荧光分子。此时,Sims和谢晓亮定下的期限也快到了,但他们仍没有做出很好的结果。   Sims和Greenleaf制定了另外一项计划,但是仅仅是对多拷贝的DNA测序而并非单分子测序。当时谢晓亮正在苏格兰出差,一天深夜他和Sims进行了一次电话长谈,讨论Sims是否应该退回到原来的项目来写毕业论文。谢晓亮回忆道: &ldquo 那真费了我好大一笔电话费。我说,&lsquo Peter,请你再想想,我们再尽快地尝试一下,如果你真的做到了,学术界将对你的毕业论文产生极大的兴趣。&rsquo &rdquo 几周后,他们果真拿到了数据,并且Sims在他的答辩中成功地阐述了这种测序方法。谢晓亮富有哲理地说:&ldquo 你开始一直在对着一堵墙作战,后来你稍微改变了方向,这就大不一样了&rdquo 。Sims也有另外的动机,他曾和谢晓亮开玩笑说,&ldquo 我做这个只是想毕业。&rdquo   虽然这项测序技术本身还是基于DNA扩增的,但谢晓亮希望它能为通用单细胞基因组测序提供一条道路。谢晓亮说:&ldquo 尽管我们的技术并不是我最初希望的DNA单分子检测,但它依然为单细胞中DNA单分子测序提供了可能。&rdquo
  • 大连华微推出新产品:无极通量“阵列式单细胞超高通量柔性筛选系统”
    —“HW—TORNADO龙卷风”系列大连华微生命科技有限公司(Dalian Life Huawei Technology Co., Ltd.)(以下简称大连华微),是一家拥有自主知识产权,集研发、生产、销售及服务为一体的微流控系统一站式解决方案供应商。大连华微推出“HW—TORNADO龙卷风”系列单细胞液滴制备、混匀、检测、柔性操控与分选综合控制系统,引起业内客户高度关注。“HW—TORNADO龙卷风”系列产品,全球业内具有特色的“N×”阵列式并行模块单元结构,可积木式定制扩展,针对细胞、细菌、酶、病毒、蛋白、线虫等尺寸在0.1微米至2000微米范围的活性生物颗粒,实现高通量筛选:5亿×N个液滴/日(N=1,2,4,8,16…选用阵列数,理论上速度可任意增加);对尺寸在100纳米至2毫米米范围的生物颗粒进行液滴包裹、检测、分析及筛选,可删除空液滴,实现单个液滴只包含一个细胞、菌、酶(或其它生物颗粒);多频激光(405/488/532/561/638等)可根据用户需求配置,共聚焦实时协同作业,并可实现灵活的更换和快速升级;触摸屏软件,智能识别,实现自动化的操作处理;系统可根据客户需求定制生物芯片,实现液滴检测、混匀,以及无损操控与筛选。 大连华微成立伊始,就定位于世界前沿科技的研发与生产,其自主研发的“细胞、菌、酶液滴高通量制备、检测及柔性筛选系统”秉持民族品牌,已经发展5个系列数十种型号,成为业内知名、拥有完全自主知识产权的单细胞液滴自动化控制产品。公司本次重磅推出的:阵列式100%单细胞-巨高通量柔性筛选系统“HW—TORNADO龙卷风”系列,支持全面广泛的应用及科研需求,涵盖单细胞基因测序、基因编辑、细菌分选、药物筛选、疾病诊断、酶活筛选、基因文库构建等多个重要领域。 近一两年,国内出现很多仿制的实验室DIY型“分选系统”——依靠国外成型的功能组件、电源、信号控制部件搭接而成,智能程度低、可靠性差、误差不可控,分选过程对生物颗粒活性影响不可逆,且操作繁琐。最重要的:如果采购这种DIY型“产品”,一旦其进口电源、主控功率部件出现故障或损坏,DIY供应者无法修复,只有更换,且更换成本极高(至少需要RMB十万元以上,维修周期超过两个月,如西方限制进口则无法继续使用)。华微产品源于元器件级别的自主研发,客户众多,质量经过中科院、三甲医院、985高校等高端客户应用及检验,产品可靠性、柔性控制的性能远优于上述DIY型“产品”。华微产品除保修一年外,部件还终身享受成本价格换修(最贵的单个元件更换,不高于前述DIY供应者换修价格的三分之一),维修周期一般不超过一周,自主研发产品不存在受西方限制的核心组件,可大幅节省客户后续使用成本,这是拥有自主核心技术的底气。大连华微生命科技有限公司,依靠自有专利技术,立足独立研发民族品牌,致力于国际前沿领域的微流体控制科技产品的研发与生产,历经十年的探索磨砺,为中国乃至世界的业内客户带来全新的选择。未来公司将一如既往地重视创新科研,与广大华微客户一起携手进步,共同推动着中国生命科学的发展,做世界细分领域有话语权的中国高科技民族企业。关于华微生命科技:大连华微生命科技有限公司,坐落于素有中国“浪漫之都”之称的海滨城市大连高新区火炬路,是大连市第六批“海创工程”企业;成立伊始,就定位于世界最前沿科技的研发与生产,提供生物技术、生命科学、医疗健康、环境保护等领域的专业设备、耗材、服务,以及相关完整解决方案。
  • 集成"降噪"功能!德运康瑞自研创新高通量单细胞测序平台发布
    单细胞测序技术以前所未有的分辨率揭示了细胞组成和功能状态的异质性,已广泛应用在肿瘤、免疫、神经和发育生物学等研究领域。但现有的高通量单细胞测序平台还存在一定局限性,基于液滴捕获的方法依赖泊松分布实现细胞-微球配对,存在大量空液滴不可利用,导致试剂浪费和细胞损失;基于微孔捕获策略的平台利用细胞重力沉降随机捕获,存在有限稀释导致的微孔利用率低的问题,且存在微孔交叉污染的可能性;此外组织解离过程中细胞破裂产生游离的mRNA导致背景干扰,掩盖细胞之间真实的异质性。为克服上述问题,德运康瑞自主研发成功打造出一款创新性的高通量单细胞测序平台Well-Paired-Seq。该平台包括自动化单细胞测序文库构建系统DECODER, 芯片试剂盒、反转录与扩增试剂盒、文库构建试剂盒及相关生信分析工具。Well-Paired-Seq基于双孔嵌套式芯片,协同局部准静态流体力学和尺寸排阻原理,实现细胞和编码微球高效精准“配对”,利用准静态流体力学特性有效清洗背景,具有高效的细胞捕获率、细胞/微球配对效率以及游离RNA去除等优势,实现高通量细胞捕获、高灵敏基因检出和单细胞高保真分子解析。Well-Paired-Seq高通量单细胞测序解决方案平台技术优势(1)高通量,单张芯片即可完成1万个细胞捕获和单细胞测序分析;(2)高灵敏,基因检出数量优异,且有效检出稀有细胞类型;(3)高效率, 细胞捕获效率稳定在60%左右,提高样本细胞利用率;(4)高保真,在芯片上直接清洗游离RNA等杂质,降低背景干扰;(5)高质量,专利技术减少微孔交叉污染还原细胞真实分子表达信息。小结Well-Paired-Seq高通量单细胞测序技术基于双孔嵌套式芯片的创新设计,在细胞捕获、细胞/微球配对、游离mRNA去除等方面具有出色的效率,并显著地降低了细胞损失和背景噪音,以较低的双胞率实现了高通量单细胞测序分析,在细胞捕获效率和基因检出数量等多项指标表现稳定并领先行业。德运康瑞始终立足自主创新,此次重磅推出整合硬件设备、捕获芯片、配套试剂盒和生信工具的高通量单细胞测序整体解决方案,为单细胞测序技术推向精准医学应用奉献中国创新智慧。关于德运康瑞苏州德运康瑞生物科技有限公司(http://www.dynamic-biosystems.com/)是一家单细胞与空间多组学技术平台型企业,围绕单细胞富集与检测、单细胞测序、空间多组学技术,满足不同应用场景下的分析需求,公司聚焦挖掘在肿瘤精准医学、优生优育以及药物发现领域的巨大潜力,致力于推动精准医疗向单细胞与空间组学时代迈进,助力生命科学和临床医学,为人类健康事业贡献中国智慧。
  • 科学家提出抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析方法
    抗原特异性对T细胞功能至关重要,但由于技术局限,其在T细胞高通量多组学分析中常常被忽略。美国德克萨斯大学奥斯汀分校的研究团队揭示了一种用于抗原特异性CD8+T细胞的高通量、高维度单细胞分析方法。该研究成果于近日发表在《Nature Immunology》上,题为:High-throughput and high-dimensional single-cell analysis of antigen-specific CD8+ T cells。  研究人员提出了一种对T细胞抗原受体(TCR)高通量、高维度的测序方法(TetTCR-SeqHD),该方法可同时分析数万个单细胞的同源抗原特异性、TCR序列、靶向基因表达和表面蛋白表达。研究人员使用已知抗原特异性、TCR序列的人类多克隆CD8+T细胞,验证该方法对抗原特异性的检测准确度超过98%。研究还评估了抗原特异性的CD8+T细胞、带有病原体靶点表型特征的CD8+T细胞的基因表达水平和表型差异。  总之,TetTCR-SeqHD是一种分析人类和小鼠T细胞反应的有效方法,极大地提升了人们对多种疾病环境中 T 细胞免疫反应的认识。   论文链接:  https://www.nature.com/articles/s41590-021-01073-2  注:此研究成果摘自《Nature Immunology》期刊,文章内容不代表本网站观点和立场,仅供参考。
  • 新品发布!亲眼见证单克隆性——CloneSelect高通量单细胞分离系统
    众所周知,细胞株开发在单抗领域是一个至关重要的环节。现有的细胞株开发流程存在很多弊端,如单细胞分离效率低下、单细胞存活率低以及缺乏单克隆性证据等。近日,Molecular Devices推出了新品CloneSelect高通量单细胞分离系统c.sight及f.sight两款仪器,它们能提高单细胞分离的效率及活率,且增加单克隆性的可信度。系统采用一次性分离槽设计,省却清洗验证程序,降低交叉污染的风险。此外,系统具备除静电装置,保证高精度的接种,尤其是针对PCR孔板。CloneSelect高通量单细胞分离系统高效接种单个活细胞至微孔板后,用CloneSelect Imager细胞生长分析系统对孔板进行成像记录单个细胞及后续的细胞分离过程。结合单细胞接种前后的图像,以及单细胞在微孔内增殖最终形成细胞团的序列图像,可以为细胞株的单克隆性提供更高的可信度保证。CloneSelect高通量单细胞分离系统的高效率和高活率,可以在不增加工作量的前提下提升细胞筛选的通量,从而有助于发现更多更优质的细胞株或者稀有细胞。主要特点: • 单细胞分离、成像并接种至96或384孔板 • 克隆成活率提高至最多8倍 • 一次性无菌微流控分离槽确保细胞健康无污染 • 明场或荧光分离细胞 工作原理: 使用专有的喷墨式单向分离槽及微流控技术和智能图像分析技术将单个活细胞高效地接种至微孔板或PCR板,轻柔而高效地分离单个细胞。使用高分辨率的明场或荧光成像对细胞进行成像和分析,记录细胞分离过程的连续5张图像,用于增加单克隆性的可信度。应用领域:单细胞分离/分选,用于细胞株开发 单个B细胞技术,用于抗体发现 筛选稀有活细胞,如干细胞、基因编辑的细胞等 单细胞测序,尤其是转录组测序。 下载产品资料请联系美谷分子仪器
  • 天木生物DREM cell设备助力中国农大、清华大学完成蜜蜂肠道微生物单细胞高通量培养,实现菌株级别
    近日,天木生物DREM cell设备助力中国农大、清华大学完成蜜蜂肠道微生物单细胞高通量培养,实现菌株级别功能多样性研究。 各种不同的生态系统都存在微生物群落,典型的微生物群落包括土壤、海洋或江湖等环境微生物以及人体或动物肠道微生物等。其中,肠道微生物群越来越引起人类的重视,越来越多的证据表明人体肠道微生物群的组成和活性变化与多种疾病和生态表型有关,如糖尿病、肥胖、结肠炎和严重抑郁症等。因此,若研究肠道微生物与宿主的关系,则能够更好地了解肠道共生体对疾病的作用机制,指导从肠道微生物角度出发的新的治疗方法和策略的构建,以达到治疗或预防疾病的目的。 今年6月份,中国农业大学的郑浩团队和清华大学的张翀团队在 Microbiome 上发表了名为“Strain-level profiling with picodroplet microfluidic cultivation reveals host-specific adaption of honeybee gut symbionts”的研究论文,使用高通量皮升级液滴微流控细胞分选仪(DREM cell)开发基于液滴的微流控技术培养蜜蜂肠道微生物,验证了微流控液滴平台在肠道微生物培养组学中的可行性,为更复杂微生物群落的大规模研究铺平了道路。 (来源:Microbiome) 传统培养方式限制测序技术深入研究微生物的基因型和表型多样性复杂微生物群由多种微生物组成,这些微生物是多物种复合体的一部分。尽管属于同一属和种的微生物拥有一个共同的、且对于细胞功能和物种的生存至关重要的核心基因组,但它们仍然拥有相当数量的菌株特异性基因,导致它们在生理和毒性特性等方面的不同表型,这些差异菌株可能会在不同程度上改变肠道微生物群的功能,进而影响到宿主健康。 因此郑浩表示:仅在物种水平上研究微生物群落是不够的,需要深入调查基因型和表型的多样性。培养是微生物研究的基础方法之一,但实际上由于培养条件的不适合,或是缺少互利共生的个体,很少有微生物可以在实验室条件下轻松培养,对于复杂群落而言,往往也只能成功实现其中一部分占多数的,或快速生长菌株的有效表征,并且传统的培养方式通常是低通量的,丰富的菌株多样性往往会在这个过程中被掩盖。 幸运的是,越来越强大的测序技术出现了,该技术可更深入、更清楚地了解共生肠道微生物组的结构、功能和多样性。16S rRNA 基因测序(16S rRNA gene sequencing)和鸟枪法宏基因组测序(Shotgun metagenomic sequencing)是当前用于微生物群落分析的两种主要工具。 16S rRNA 基因测序一般用于通过选择性扩增和测序微生物 16S rRNA 基因的高变区来识别和分类微生物,可以通过相对少量的原始读长来获得有代表性的细菌分类学估计。其具有高通量,成本低的特点,并拥有相当多成熟的生物信息学工具。但这种方法的主要限制为分类群是根据基因组的单个区域的序列分配的,这导致了分辨率不足。此外,扩增引物的选择也影响很大,一些引物已被证明会导致特定分类群的代表性过高或过低,这可能导致对分类单元的表示存在潜在偏差。 鸟枪法宏基因组测序对从整个微生物群落中分离出来的所有微生物的基因组进行测序。它的优势在于通过收集有关广泛基因组区域的序列信息,能够支持在物种水平上进行更准确的定义,提供更高的分类分辨率。同时还能支持进一步进行菌株水平的重建,得到新的基因或基因组,并对它们进行功能注释和途径预测以产生微生物群落的详细描述。但这种方法成本较高,需要深度测序获得更高的覆盖度以达到令人满意的分辨率,以及更复杂的下游分析。“虽然基于测序的方法不限于可培养的微生物群,但 16S rRNA 基因测序方法在种内分析的分辨率上仍然极其有限,并且可能会被每个基因组的 16S rRNA 基因的多个不同拷贝混淆,这同样会造成对实际存在于环境中菌株功能的误判;鸟枪法宏基因组测序通过考虑更多标记基因或全基因组来提供更多信息,目前也已经开发了许多工具来分析宏基因组数据来解决这些问题,但来自取样时间的或空间的偏差往往需要更深的测序深度来弥补,但这也带来了急剧升高的成本。”郑浩说道。 液滴微流控平台可克服传统培养方式的缺陷因此,若有一种培养方法可突破传统培养方式的局限,则会大大减轻测序技术的压力。基于液滴的微流控平台或许是个不错的选择。液滴微流控微流控(Microfluidics)是指一种在微米尺度空间对流体进行操控的技术,在该技术下可以将化学、生物等实验室的基本功能微缩到一个几平方厘米芯片上,因此又被称为“芯片实验室”。作为微流控芯片研究中的重要分支,液滴微流控是一种在微尺度的通道内利用流动剪切力或表面张力的改变,将两种互不相溶流体中的离散相流体分割成纳升级及以下体积的微液滴,并驱动微液滴运动对其进行操控的技术。张翀表示:基于液滴微流控的特征,我们可以通过在直径为数十至数百微米并由不混溶的油和工程表面活性剂分割的介质液滴种划分微生物来消除群落培养中过度生长的快速增长种群的影响。由于微制造的物理孔或通道不会限制液滴,因此可以快速创建数百万个独立的培养系统实现单个肠道微生物体的高通量培养。这极大克服了传统培养方式的缺陷,为通过培养来表征来自肠道共生体的稀有类群提供了机会。为了证明微流控液滴平台在肠道微生物群研究中的可行性,郑浩和张翀团队将蜜蜂作为研究对象。原因是与其他动物相比,蜜蜂的肠道细菌简单且稳定,宏基因组分析也表明,虽然蜜蜂肠道由数量有限的细菌系统发育型组成,但仍然存在显著的菌株水平多样性,个别菌株具有独特的基因组潜力和关键能力,这些能力在功能上与宿主的营养代谢和健康相关,为在菌株水平分析肠道共生体与宿主关系提供了很好的模型。具体做法如下:首先,构建了一个微流体液滴平台,并产生了用蜜蜂肠道中的单个细菌细胞包裹的液滴;随后,收集液滴并进行孵育培养,确定了液滴中微生物的生长能力,宏基因组分析揭示了与常规测序方法相比蜜蜂肠道更高的菌株水平多样性,证明了微流体平台在分离和富集稀有微生物菌株方面的潜力。▲图丨微液滴生成(来源:郑浩)最后,结合分箱策略,得到了蜜蜂肠道微生物的大量基因组草图,并进行了功能预测和比较基因组分析。对双歧杆菌属的分析揭示了潜在分类单元的存在,它们在跨膜运输、肌醇利用以及多糖利用方面存在丰富的菌株多样性。研究人员还得到了来自 Lactobacillus panisapium 的新菌株,该菌种在以往的研究中被认为特异性来源于中华蜜蜂;通过进一步的基因组比较,发现来自西方蜜蜂的菌株中独特地含有一组与饮食阿拉伯糖利用相关的代谢基因簇,包括araf43A, rafB, abfA 和abfB,这可能与它对不同蜜蜂宿主的适应密切相关。 ▲图丨微流控液滴中蜜蜂肠道细菌的单细胞封装和培养(来源:研究论文)“总体而言,结果证明了基于液滴的培养在研究蜜蜂肠道微生物多样性方面的适应性,同时这种方法也有潜力适用于其他复杂群落,在稀有类群的获得以及功能鉴定方面发挥作用。”张翀说道。他补充道,对于肠道微生物,当前的研究主要集中在特定培养基质下的微流体液滴培养,结合 16s rRNA 扩增子测序以研究肠道微生物个体的膳食碳水化合物代谢或抗生素耐药性。我们的研究则着重于通过隔离培养以富集在常规状态下难以检测的稀有类群,结合宏基因组的测序和分析,以较高通量实现对肠道稀有微生物的发现,以及代谢途径和功能预测,提供关于宿主和肠道共生体关系的崭新理解。“未来,我们可能会通过调整液滴大小、改善培养条件和测序方法来研究肠道真核微生物,并实现对单胞的高通量识别,这将进一步扩大我们对肠道复杂成员的理解。同时,我们的流程也可以进一步应用于人类肠道共生体的研究,扩展对人类肠道稀有类群以及它们与健康关系的认知和了解。”相关产品 研究团队所使用的液滴微流控细胞分选仪(DREM cell)是天木生物基于液滴微流控技术开发的皮升级液滴微流控单细胞分选平台,可将待筛选细胞进行包被形成单细胞微液滴,结合荧光筛选模型,可以在细胞水平完成微生物的高通量分离、培养、检测、分选等。 ▲图丨液滴微流控细胞分选仪(来源:天木生物) ‍ 高通量皮升级液滴单细胞分选系统(DREM cell)相比于传统筛选方法,筛选效率可提升1万倍,试剂消耗量可下降至百万分之一,在筛选通量显著提升的同时,单克隆筛选成本大幅度降低。该仪器不仅可广泛应用于细菌、酵母、动物细胞等的高通量筛选,还可以应用于蛋白、核酸、抗体等生物大分子筛选等相关研究领域。 项目技术参数液滴体积1-1000pL荧光激发与检测可选波段:(1)激发波长488nm,检测波长525±15nm,灵敏度1μM荧光素/单液滴(2)激发波长532nm,检测波长578±11nm,灵敏度100nM试卤灵/单液滴液滴生产频率0-10000个/s液滴分选频率0-1000个/s微注入速度0-1000个/s样品低温控制系统4℃恒温控制,±0.5℃工作环境常压状态下,室温,30%≤湿度≤80%,洁净暗室整机功率600W应用范围细胞、酵母、细菌、蛋白、核酸等 参考资料:1.https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/125118043具有菌株分辨率的高通量、单微生物基因组学,应用于人类肠道微生物组|科学 (science.org)
  • 青岛能源所发明高通量光镊辅助静态池成像单细胞分选技术
    单细胞多组学技术已成为生命科学的有力工具,但一个精准、低损伤、广谱适用、简捷的目标表型单细胞获取手段,是靶向性单细胞基因组、转录组、蛋白质组或代谢物组分析的先决条件。近日,青岛能源所单细胞中心发明了光镊辅助静态池成像分选技术(OPSI),能“所见即所得”、保持细胞原位活性、高通量地分选明场、荧光、拉曼成像下的目标单细胞,支撑高质量的单细胞基因组/转录组测序。该技术对于细菌、古菌、真菌、动植物、人体等各种大小的细胞均广谱适用。相关工作发表于微流控领域国际权威期刊《芯片实验室》Lab on a Chip。OPSI技术服务单细胞多组学研究明场图像、荧光图像、拉曼光谱均可反映细胞丰富的表型信息,汇集上述信息并具备单细胞精度索引、所见即所得特点的单细胞分选技术,在单细胞分析工作中具有广泛的适用性。单细胞中心前期基于单细胞拉曼光谱技术,开发出液相环境中测量与分选菌群中目标微生物单细胞的拉曼分选-测序技术RAGE-Seq(Raman-activated Gravity-driven Encapsulation and Sequencing;Xu et al., Small, 2020)。该技术可在无需标记条件下,通过拉曼光谱获得整个单细胞的化学物质指纹图谱,从而迅速识别活体单细胞的生理特性和代谢产物变化等,更重要的是借助其小体积分离反应的特点,可从单个细胞中得到几乎完整的全基因组信息,对微生物的功能鉴定和资源开发具有重要意义。然而该技术操作过程稍显繁琐,分选通量较低,对于大批量的单细胞分选与分析存在一定的难度。为解决上述问题,单细胞中心徐腾博士、李远东博士带领的研究小组,基于青岛星赛生物的单细胞微液滴分选系统EasySort Compact,在RAGE-Seq技术的基础上开发了基于OPSI的新一代的单细胞分选耦合培养/测序策略。不同于流式分选技术中细胞逐个流过窄通道后成像筛选的原理,OPSI提出了一种静态池成像分选的思路,即在微流控芯片中构建流速为0的稳定静态流场,对样本细胞进行限域,并在该流场内进行平面明场、荧光成像或拉曼扫描,选取目标细胞。之后通过低细胞损伤的1064 nm光镊将目标单细胞移出静态流场,并进行单细胞液滴包裹导出完成分选。该系统使细胞能够以精确索引的方式进行分类,“所见即所得”,并广泛适用于从细菌、古菌到人体细胞等不同尺寸大小的单细胞(直径1 ~ 40 μm)。验证试验表明,OPSI的单细胞分选准确率 99.7%,保证10~20细胞/min的分选通量,并高度保持了细胞活性。此外,OPSI继承了RAGE小尺寸分离反应的特点,显著降低了传统单细胞基因扩增中存在的歧化现象。例如,使用该系统分选人体MCF-7单细胞进行RNA-seq,可获得高质量和高可重复性的单细胞转录组谱。OPSI的通用性、方便性、灵活性和低成本等优势,为其在单细胞多组学研究中提供了广阔的应用前景。基于OPSI的上述特色,单细胞中心和青岛星赛生物合作推出了自动化、智能化的单细胞微液滴分选系统(EasySort Lego/Compact)系列产品,并与国际显微镜和显微光谱仪领军产商(如赛默飞Thermo Fisher Scientific、堀场HORIBA等)合作,在全球科学仪器市场进行推广。该工作由单细胞中心马波研究员和徐健研究员主持,与青岛星赛生物合作完成,得到了国家重点研发计划、山东省自然科学基金委和国家自然科学基金委的资助。(文/图 徐腾 刘阳)原文链接:https://doi.org/10.1039/D2LC00888BTeng Xu#, Yuandong Li#, Xiao Han, Lingyan Kan, Jing Ren, Luyang Sun, Zhidian Diao, Yuetong Ji, Pengfei Zhu, Jian Xu*, Bo Ma*. Versatile, facile and low-cost single-cell isolation, culture and sequencing by optical tweezer-assisted pool-screening. Lab on a Chip 2022.
  • 《iScience》重磅丨LESA-MS 单细胞高通量脂质分析聚焦帕金森发病机理
    亮点1流式细胞荧光分选技术(facs)与液滴萃取表面分析质谱(lesa-ms)结合,建立高通量单细胞脂质分析平台,测量群体中大量单细胞的脂质。亮点2发现人类多巴胺神经元群体内和群体间的脂质差异,和细胞异质性在个体多巴胺神经元功能代谢中的重要性,提示a53t突变型α-突触核蛋白(snca)神经元的膜功能受损。亮点3方法学高度标准化和强质控,不需额外的成像分析,直接将非靶向脂质谱应用于单细胞,探索细胞群的功能异质性及对疾病病理学的影响,意义重大,必将在生物医学领域开创广泛应用。1简介单细胞基因组学和转录组学的研究表明,在组织水平上存在复杂的细胞异质性。欲了解细胞异质性对代谢的影响,需开发一种单细胞脂质分析方法,测量人群中大量单细胞脂质。英国剑桥大学代谢院核心代谢组学与脂质组学albertkoulman课题组和英国痴呆研究所、剑桥大学临床神经科学系emmanouilmetzakopian课题组利用基于“多通道纳喷源”的“液滴萃取表面分析”(lesa)技术与高分辨质谱(hrms)联用,成功搭建了高通量非靶向单细胞脂质分析平台,分析通量可达280个单细胞/天。2020年底,《iscience》在线发表了这一突破性重要成果。图1、本研究的lesa-hrms分析流程课题组利用三个独立群组的脂质分析验证了该平台的可靠性,并进一步将此平台应用于分析诱导多功能干细胞(ipscs)发育获得的人类多巴胺神经元细胞,2天内分析560个单细胞,发现snca-a53t基因突变会损伤神经元细胞膜功能,从而揭示了snca-a53t基因突变引致帕金森的致病机理。lesa-hrms分析平台突显了细胞异质性在个人多巴胺神经元功能代谢中的重要性,表明a53tα-突触核蛋白(snca)突变神经元具有受损的膜功能。该单细胞脂质分析平台可以提供可靠的数据,将扩展生物医学研究的前沿领域。2工作流程第一步对诱导多功能干细胞基因编辑,使其表达红色荧光蛋白,并进行多巴胺能分化;第二步将细胞送入流式细胞仪,通过流式细胞荧光分选技术(facs)进行单细胞分选;第三步分选出的单细胞以lesa-hrms进行脂质组学分析。lesa-hrms:萃取剂:含20mm乙酸铵的异丙醇、甲醇、氯仿混合溶液(体积比4:2:1)萃取体积:1μl萃取时间:7s直喷分析时间:90s纳喷电压:1.4kv质谱型号:exactiveorbitrap质谱采集模式:正离子模式,m/z650-850全扫3单细胞脂质分析与细胞总脂分析图2(a)细胞总脂pls-da分析图(c)单细胞脂质pls-da分析图(绿色表示野生型,蓝色表示突变型)本研究共使用了4个野生型snca样本(绿色)和4个snca-a53t突变样本(蓝色),每个样本各取70个单细胞进行分析,去除pc34:1和pc36:2两种脂质同时缺失的细胞(可能是细胞未成功进入流式细胞仪造成,详见参考文献),剩余细胞进行统计学分析。图2(c)中每个点表示一个单细胞,图2(a)中每个点表示样本中约70个单细胞的平均值。偏最小二乘回归分析图(pls-da图)显示,当样本进行总脂分析时,通过细胞脂质差异能够显著的区分野生型和突变样本;而当进行单细胞分析时,虽然两种基因型样本仍有一定的区分度,但由于细胞异质性较大,因而分布很广。另外,不同基因型脂质间差异主要是甘油磷酸胆碱pc36:2造成的。虽然作为细胞总体进行统计分析时,野生型和突变型的pc36:2含量具有显著性差异,但由于细胞异质性很强,组间差异变小。因此,搭建一个能够获取细胞异质性和细胞特异性特征的高通量单细胞分析平台是十分必要的。在这个平台的开发过程中,课题组尽可能多地自动化流程,以最大限度地增加在给定时间内可分析的样本数量,并使分析标准化,以减少误差来源。流程的标准化消除了细胞储存效应,结果也表明样品储存不会对细胞的脂质组成产生任何偏差。还发现lesa液滴萃取暨纳喷注射顺序和脂质组成之间没有关系(参见原文图s1),这表明从第一个和最后一个单细胞样本生成的数据是可比较的。因为lesa需要的溶剂体积比传统提取方法小得多(1-3微升),从而产生更高浓度的提取物。当然基于lesa-ms的方法进行单细胞脂质分析时,细胞定位是重大挑战。尽管其他方法借用成像定位细胞(ellis等人,2012;neumann等人,2019),但这那很冗繁耗时和降低效率。课题组通过校正流式细胞分选,可最大限度地提高细胞被分配到孔中央的几率,随后在该点进行lesa萃取;在某些情况下,lesa会遗漏某个细胞。通过搜索两种冗余(最丰富)脂质(pc34:1和pc36:2)产生的质谱信号来确定这些遗漏,若两种脂质都不在,则该样品被视为失败,并从随后的统计分析中剔除。识别和排除两个细胞错误地分配到同一个孔中也很重要,可通过寻找具有明显更高丰度的总脂质的样品来实现这一点(两个细胞的脂质相对于单个细胞的脂质丰度要高)。基于lesa-ms的单细胞脂质分析方法灵敏度已然很高。可以想象在这一方法的检测下限(llod)以下,仍有大量的超痕量的脂质。理论上,方法灵敏度的小幅度提高应可大幅增加测得的脂质数量。目前该领域仍然存在着局限性,未来随着质谱仪灵敏度的快速提升和改进,此lesa-ms平台将能扩展检测到更多的单细胞内超低丰度脂质。4snca-a53t多巴胺神经元的膜功能受损已有研究表明snca可能在脂质运输和突触膜生物合成中起到关键作用,因此,snca-a53t突变可能导致细胞膜组成变化,从而破坏突触的传递作用。课题组根据pc36:2的丰度高低,将11种脂质(包括pc36:2)各分为两组,发现其中4种在两种基因型的表达中有显著差异,可能操控细胞脂质组成。细胞膜中总pc和总pe比值影响双分子层流动性、囊泡形成和跨膜蛋白的组成和存在。研究发现snca-a53t神经元细胞中pc36:2高低丰度组间的pc:pe比值差异比野生型中更大。大部分突变组pc36:2较低,导致pc:pe值较低。健康细胞通常有一系列机制来应对生理刺激,并适应这种压力。课题组看到野生型(本文指健康细胞)的异质性更强,鉴于细胞膜是细胞脂质最大的来源,可能是这种细胞膜组成的异质性使细胞更好地做出反应机制,而突变型(本文指致病型)脂质的分布更狭窄,使它们损失了应激能力。总而言之,本研究介绍的lesa-hrms单细胞质谱分析方法为探索突变如何操控脂质代谢提供了解决方案。●参考文献snowdenetal.,developmentandapplicationofhigh-throughputsinglecelllipidprofiling:astudyofsnca-a53thumandopamineneurons.cellpress:iscience23,101703,november20,2020https://doi.org/10.1016/j.isci.2020.101703欲索取原文,请后台留言。关于液滴萃取表面分析lesalesa多通道纳喷离子源利用机器人抓取、转移和连接样品与刻蚀于芯片上的400个高度重现的独立喷针,进行全自动的纳升电喷雾质谱分析,实现其他纳喷质谱或常规液质不能实现的功能:(1)纳升级注射全自动电喷雾直接进样,无需清洗,自动分析达400个样品;零残留、高灵敏度。适于活性物质或代谢物及毒性成分的鉴定解析;对组学分析、adcs抗体药物偶联物、非共作用研究特效。(2)馏分收集,以信号累加方式鉴定复杂基质中的痕量未知物。(3)在线nanolc-ms接口,可自动感应喷雾电流和堵塞,3秒自动移换喷头,实现无人值守的连续分析,保障超长时间nanolc-ms分析的连贯性、重复性。(4)表面轮廓分析,以一滴溶剂在中药切片、生物体组织、培养皿、药材、薄层板、maldi板等特定表面进行1秒的微萃取,纳升电喷雾质谱检测,实现分子成像和或分布轮廓分析(0.4毫米空间分辨率)。(5)可升级为lesaplus,液滴萃取后,通过六通阀切换萃取液至纳升或微升柱,分离后再纳喷质谱检测。lesa兼容主流质谱厂商(agilent、sciex、thermofisher、waters、bruker、shimadzu)各类型质谱仪如ftms、orbi、飞行时间、离子阱、三重四极杆及混联质谱。文章来源:华质泰科服务平台微信公众号
  • 多宁生物与涛烜科学达成合作!共推高通量单细胞筛选技术
    5月7日,上海多宁生物科技股份有限公司(“多宁生物”)与上海涛烜科学仪器有限公司(“涛烜科学”)签署战略合作协议,双方就高通量单细胞筛选平台HypercellⓇ等系列产品的全球化销售达成合作,基于行业前沿的目标单细胞筛选技术,为抗体发现提供经济、高效的一站式解决方案。单克隆抗体是生命科学领域的重要工具,也是肿瘤及自身免疫疾病的核心疗法之一。在传统的单抗制备流程中,选择性培养、杂交瘤阳性克隆筛选等步骤的周期较长,对单抗的快速开发造成了限制。高通量单细胞筛选平台——HypercellⓇ是一套采用先进的微流控、人工智能视觉识别技术的平台,能在2小时内完成数十万个单细胞的筛选实验。基于其高通量、易操作,可在1天内完成细胞分选的产品优势,HypercellⓇ广泛应用于抗体、ADC、细胞疗法等领域的基础研究和商业化阶段,并可显著缩短抗体的开发周期。涛烜科学是一家专注于单细胞/单菌工具开发的公司,其研发上市的首款高通量单细胞筛选平台HypercellⓇ是基于明场单B细胞分选的平台。依托于HypercellⓇ和Smartculture XⓇ(单菌筛选平台)两大核心技术,涛烜科学可为客户提供端到端的解决方案。作为一站式生物工艺解决方案提供商,多宁生物的产品及服务涵盖了细胞培养、过滤纯化、制剂灌装及流体管理一整条生物工艺链路,并将服务范围拓展至美国、印度、日本、韩国等海外市场。此次合作,双方将协力支持海内外研发人员对单细胞的精准操控和高效筛选,从而加快抗体开发的速度,简化生物疗法的研制流程。顾红峰 多宁生物副总裁“很高兴能与涛烜科学成为合作伙伴,涛烜拥有行业一流的单细胞分选技术和强势的产品开发能力,而多宁具备完整的生物工艺解决方案和国际化的销售网络。双方的优势加成,将进一步满足客户对高端科学仪器以及一站式生物工艺解决方案的需求。此次合作,我们将以提高抗体开发效率为着力点,将优质的国产仪器逐步推向全球市场。” 孙建军 涛烜科学创始人“非常荣幸与多宁生物达成战略合作,多宁生物以其一站式生物工艺解决方案,确保药物研发及生产流程的高效、稳定、可控。我们则凭借高通量、快速的单细胞分选技术,以及操作便捷、广泛适用的设备,为客户提供卓越服务。双方强强联合,将为客户提供从细胞筛选到工艺优化的全面解决方案,共同推动生物医药领域的进步,期待共同创造更多价值。”关于多宁生物上海多宁生物科技股份有限公司是一家中国领先的一站式生物工艺解决方案提供商,致力于提供生物制药产品从研发到商业化生产的综合解决方案,包括试剂及耗材、仪器设备、服务。公司主要运营生物工艺解决方案、实验室产品及服务两大业务线,通过一站式生物工艺体系帮助合作伙伴实现高效、稳定、质量及成本可控的药物研发及生产流程。关于涛烜科学上海涛烜科学作为一家专注于单细胞/单菌工具开发的公司,一直致力于推动生物医药领域的技术进步和创新。通过不断研发和推广先进的单细胞筛选技术,涛烜科学为生物医药产业的发展注入了新的活力和动力。HypercellⓇ平台的推出,更是展现了涛烜科学在技术创新和市场应用方面的领先地位和实力。在未来,涛烜科学将继续秉承“创新、专业、高效、可靠”的理念,不断推出更多先进的单细胞筛选技术和产品,为生物医药产业的发展做出更大的贡献。
  • 大连华微推出阵列式单细胞超高通量柔性筛选新品—“HW—TORNADO龙卷风”系列
    p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 大连华微生命科技有限公司(Dalian Life Huawei Technology Co., Ltd.)(以下简称大连华微)在业内率先推出“HW—TORNADO龙卷风”系列单细胞液滴制备、混匀、检测、柔性操控与分选综合控制系统,引起业内客户高度关注。 /p p style=" text-align: center" a href=" https://www.instrument.com.cn/netshow/C378571.htm" target=" _blank" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 386px height: 210px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/db3d37f0-9eca-4460-bc35-a293604ec7cf.jpg" title=" 龙卷风 华微.jpg" alt=" 龙卷风 华微.jpg" width=" 386" height=" 210" / /a /p p style=" text-align: center " span style=" text-decoration: underline " strong a href=" https://www.instrument.com.cn/netshow/C378571.htm" target=" _blank" 单细胞分析_分选_滴内注液_龙卷风系列“HW-TORNADO /a (点击查看详情) /strong /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " “HW—TORNADO龙卷风”系列产品,全球业内独创的N× 阵列式并行模块单元结构,可积木式定制扩展,针对细胞、细菌、酶、病毒、蛋白、线虫等尺寸在0.1微米至2000微米范围的活性生物颗粒, strong 实现极高的筛选通量 /strong :5亿× N个液滴/日(N=1,2,4,8,16& #8230 选用阵列数,理论上速度无上限);对尺寸在100纳米至2毫米米范围的生物颗粒进行液滴包裹、检测、分析及筛选,可删除空液滴,实现单个液滴仅包含一个细胞、菌、酶(或其它生物颗粒);多频激光(405/488/532/561/638等)可根据用户需求配置,共聚焦实时协同作业,并可实现灵活的更换和快速升级;触摸屏软件,智能识别,实现自动化的操作处理;系统可根据客户需求定制生物芯片, strong 实现液滴检测、混匀,以及无损操控与筛选 /strong 。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 大连华微成立伊始,就定位于世界最前沿科技的研发与生产,其自主研发的“细胞、菌、酶液滴高通量制备、检测及柔性筛选系统”秉持民族品牌,已经发展5个系列数十种型号,成为国内唯一,国际领先的,拥有完全自主知识产权的单细胞液滴自动化控制产品。公司本次重磅推出全球领先的阵列式100%单细胞超高通量柔性筛选系统“HW—TORNADO龙卷风”系列,支持全面广泛的应用及科研需求,涵盖单细胞基因测序、基因编辑、细菌分选、药物筛选、疾病诊断、酶活筛选、基因文库构建等多个重要领域。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/855405f3-eec8-4fee-8d2e-85548ca7b48f.jpg" title=" 龙卷风 大连华微.jpg" alt=" 龙卷风 大连华微.jpg" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 近一两年,国内出现很多仿制的实验室DIY型“分选系统”——依靠国外成型的功能组件、电源、信号控制部件搭接而成,智能程度低、可靠性差、误差不可控,分选过程对生物颗粒活性影响不可逆,且操作繁琐。最重要的:如果采购这种DIY型“产品”,一旦其进口电源、主控功率部件出现故障或损坏,DIY供应者无法修复,只有更换,且更换成本极高(至少需要RMB十万元以上,维修周期超过两个月,如西方限制进口则无法继续使用)。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 华微产品源于元器件级别的自主研发,客户众多,质量经过中科院、三甲医院、985高校等高端客户应用及检验,产品可靠性、柔性控制的性能远优于上述DIY型“产品”。华微产品除保修一年外,部件还终身享受成本价格换修(最贵的单个元件更换,不高于前述DIY供应者换修价格的三分之一),维修周期一般不超过一周,自主研发产品不存在受西方限制的核心组件,可大幅节省客户后续使用成本,这是拥有自主核心技术的底气。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 关于大连华微生命科技有限公司 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 大连华微生命科技有限公司(Dalian Life Huawei Technology Co., Ltd.),国家级高新技术企业,是一家拥有自主知识产权,集研发、生产、销售及服务为一体的微流控系统一站式解决方案供应商。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 大连华微生命科技有限公司,依靠自有专利技术,立足独立研发民族品牌,致力于国际领先的微流体控制科技产品的研发与生产,历经十年的探索磨砺,为中国乃至世界的业内客户带来全新的选择。未来公司将一如既往地重视创新科研,与广大华微客户一起携手进步,共同推动着中国生命科学的发展,做世界细分领域有话语权的中国高科技民族企业。 /p
  • 国产单细胞柔性高通量分选技术历经“十年一剑”磨练后的发光发热——大连华微生命科技有限公司创始人李木
    单细胞柔性高通量分选——超越进口仪器的独门绝技!——大连华微生命科技微流控优势技术综述 在生命科学、生物制药、环保以及医疗等领域,针对细胞(肿瘤细胞)、细菌(工程菌)、病毒、细胞团、酶、线虫等活性生物颗粒,在保证活性前提下,根据参数进行单细胞级、高通量、柔性分选分离,即高效筛选出特异性个体,对于科研应用意义重大,也是当前最前沿的技术之一。历经近半个实际的科技迭代发展,单细胞操控技术日新月异,从最初的人工方式,到风靡半个世界的流式分选技术,以及近些年出现的拉曼检测分选、视觉捕捉、气动高压分选、光镊控制、液流瞬动等手段,都具有一定的进步性,不断推动整个产业的进步发展。2015年之前,生命科学中的单细胞分选应用,甚至包括细胞分析、捕获、操控等领域,均是进口仪器的天下,“单细胞”成为制约中国生命科学、生物技术等领域“卡脖子”技术之一,仪器与耗材严重依赖进口,国产仪器只能做一些边边角角的低附加值外围部件。图1 常见进口流式细胞仪直到2016年之后,在中科院大连化物所、大连理工大学以及大连医科大学附属医院等合作伙伴单位的支持下,历时6年研发,国产单细胞分选设备终于诞生——大连华微生命科技科研团队,成功绕开国外知识产权壁垒,开发出拥有中国人自己知识产权的单细胞分选分离系统,并在科研、教育、医疗、制药、环保等领域陆续实现应用。2018年之后,借助独有的柔性高通量操控、多通道级联等专利技术,大连华微生命科技(以下简称大连华微),在业内率先提出单细胞“柔性”高通量分选的概念,实现与西方进口设备的中西方分选技术的正面PK,除多次竞标中以性价比、独有特色技术脱颖而出外,更是多次以“单一来源”方式中标。那么,从2010年开始,历经“十年一剑”的磨练,大连华微,有哪些超越进口仪器的独门绝技呢?单细胞之删除空滴技术众所周知,皮升至微升级液滴型微反应器(以下简称液滴),是下一代生化分析工具,小小液滴,可以实现微米级尺寸的隔离空间,除了对单细胞、单细菌等生物颗粒起到保护作用外,还可以防止特定个体及其衍生物、排泄物、裂解物等单体相关物质,与其它个体实验的混淆,实现了细胞(或菌等)单体实验成果的可溯源性。实现比重99%的单细胞液滴,删除空滴与多核液滴,才是最严谨的“单细胞”技术。即,一个液滴里只包含一个细胞(或其它生物颗粒),删除空液滴、多细胞液滴(多核液滴),这样巨量规模、相互隔离的活性单细胞液滴群,对基因工程、筛菌、筛酶、定向进化、文库制备、制药、医疗等领域研究意义重大,是科学家最期望的活性样本处理形式之一。大连华微众多的独有特色技术中,包含单细胞液滴柔性高通量制备,可在液滴包裹时,根据实时监测删除空滴及多核液滴,实现液滴制备结果中,只包含“单核液滴”,为生物颗粒个体的隔离型大规模并行研究,以及海量样本中特异性个体的筛选、分离,提供了可行且高效的技术基础。大连华微推出的暴风系列产品,因为该特色技术,获得“2019年度中国科学仪器优秀新产品”荣誉称号,并进入多家国家重点实验室、三甲医院,以及985高校实验室。而很多进口设备,不具备上述空液滴、多核液滴的删除机制——其“单细胞液滴制备”,指的是“能够制备单细胞液滴”,而非“制备成果都是单细胞液滴”,即:单细胞包裹符合泊松分布的规律,更详细的数据:除5%—20%的单细胞液滴外,会伴生超过70%的空液滴、5-10%的多核液滴,在多环节的生命科学、生化实验中,大幅降低实验效率,造成耗材、人工的严重浪费,也被客户戏称“假单细胞”。图2 大连华微推出的国产单细胞柔性高通量分选分离设备单细胞之柔性分选技术在全球单细胞分选细分领域,大连华微生命科技率先提出“柔性”控制策略。半个世纪以来,单细胞分选技术日新月异,但基于流式技术的分选设备,占据较大比重。而流式技术最被客户诟病的——就是较差的活性!概述而言,下列技术手段对活性生物颗粒,尤其细胞既有不同程度的损害,影响到后续活性实验环节,包括:高压直流电、高压强鞘液或油相、采用高压气流的“气吹”技术、强负压的“抽吸”技术、高压交流电的介电分选技术、采用有毒有害液体试剂、采用施力接触式目标操控、采用过强激光产生“光毒效应”等上述技术,分别从电、液流、化学、光学等方面,对生物颗粒的活性有不同程度的伤害(尤其流式细胞仪,具有高压直流电、高压强鞘液等“双高”特质,尤为明显),除一些比较“坚强”的工程菌、细胞外,多数分选的单体成果,在后续的生殖、扩增、单亲克隆、PCR等活性实验环节中表现较差,甚至无法应用。大连华微在针对单细胞液滴控制中,基于“柔性”控制策略,的制备、检测、柔性分选分离、混匀、切分、定位、滴内再注液等过程环节,不采用高电压直流电场、高压强鞘液,并注重生物颗粒操控过程中的营养物质的供给,实现整个分选即操控过程,生物颗粒的活性影响很小,不影响后续的生殖、扩增等实验环节。单细胞之高通量操控技术一位微流控业内大牛曾言:在针对海洋样本分选分离环节,一切低于秒级的检测技术,都是耍流氓!这句话的严谨性值得商榷,但代表了单细胞分选技术的客户需求——高通量!众所周知,很多时候,我们国产设备与进口设备的最显著差距,就在通量速度这方面。一个反面实例——拉曼单细胞分选,因无需标记在应用中具有很多技术优势,但当前不能广泛应用的原因,就是通量太低,单个细胞的检测,就需要数十秒,甚至数分钟的过程,对于生物样本的海量个体,效率明显力不从心。大连华微为满足不同客户需求,推出系列化高中低档单细胞分选分离设备,单细胞分选具有高通量特质,每秒细胞分选数量范围:数十至数万个,典型应用为:50 drop/s,150drop/s,300drop/s,500drop/s,1000drop/s,2000-20000drop/s等多种规格。单细胞之无标记分选众所周知,针对活性生物颗粒进行荧光标记,是当前生命科学、生物技术等微观个体科研领域的主要手段,但荧光标记本身,对细胞活性、再生性、伦理等方面,产生很多负面影响。业内付诸期望的拉曼检测技术,还需要技术进一步迭代升级,目前因过低的通量,还不能广泛应用。因此,其它高通量的无标记单细胞分选技术,是业内急需。大连华微的专利技术之一:采用独有的无标记高通量单细胞分选技术,针对96/384孔板的单细胞保活性分选,速度可以达到96孔板/5分钟的水平,活性保持95%,单孔单细胞率95%,当前该技术已经获得全球排名前五的世界科仪巨头的认可与合作邀约。该技术已经得到大连市科技局评估、考察、论证,并获得“大连市2021年度重点科研计划项目”立项支持,项目合作伙伴包括多年哈佛医学院科研工作经验的海归教授、三甲医院肿瘤学主治专家等,该技术是大连华微近年来最重视的科研利器之一,前景广阔,未来可期。单细胞之样本多样性兼容大连华微的商业化系列产品,目前可针对尺寸0.1-2000um范围的活性生物颗粒,包括:细胞、细菌、酶、病毒、线虫、细胞团等,进行液滴包裹、捕获、分选、孵育等控制。而切换不同尺寸、种类的样本目标,只需更换一块生物芯片,即可快捷完成。单细胞之实验平台开放性对于科研、教育类客户,基于显微镜平台的全开放式结构设计,方便客户进行各环节的实验观测、功能增加与特定技术环节的DIY实现,如自行增加/更换:激光器、滤光片、光路、高速相机等,或可实现全场景视频、图像记录,可以非常少的成本、经济的实现,并更方便科技文献撰写需求。单细胞之精确数字化分选大连华微的分选技术之一,即逐粒串行检测,也就是针对生物颗粒,单个评估并操控,可以完成千万、数亿甚至更大样本容量中1个特异型(野生型)的鉴别并分选出来。精确数字化,是与“相对”、“概率”等对立的名词术语,因为中国广告法的规定,不能用另一个常用名词。单细胞之液滴混匀单细胞液滴(或多细胞液滴)中,多组分混匀。单细胞液滴之比例切分单细胞液滴(或多细胞液滴),按比例进行分割。单细胞液滴之再注液针对已经生成的单细胞液滴(或多细胞液滴),可按其参数进行特定目标液滴的滴内再次加样、加液,比如细菌分选后裂解液滴注、营养物质补充、后期反应药液加注等场合。单细胞液滴之大规模并行阵列针对海量样本的超高通量单细胞检测、分选需求,大连华微推出的Nx阵列式并行控制方案,检测、分选速度可以高达5亿×N drop/24h,其中N=1,2,4,8,16。。。自然数,为采用测控单元阵列数,理论上无上限。单细胞分选设备之高性价比外国科技界有句广为流传的话:技术,不能让中国人掌握!以进口设备1/2-1/5,进口耗材(芯片)1/5-1/10的价格,可与进口设备媲美的技术,助力中国科学家,挑战世界单细胞领域最前沿科技。综上,大连华微自主研发的单细胞设备,基于多激光技术,采用皮升至微升级液滴(微反应器,下一代生化分析工具),可针对尺寸0.1-2000um范围的活性生物颗粒(细胞、细菌、酶、病毒、线虫、细胞团等),进行单核液滴包裹、高通量绝对检测、柔性分选分离、单体捕获、滴内PCR、器官功能细胞培育等操作,实现单亲克隆、药物筛选、单细胞基因测序、基因编辑、文库制备、酶活筛选、马牛羊雌/雄选育等应用。图3 大连华微推出的:单细胞操控商业化产品及其主要参数基于元器件级别的研发技术,大连华微生命科技,还推出微流控芯片实验室,一站式解决方案(设备、软件、可定制生物/微流控芯片):对目标样本数无要求,保持活性前提,实现单细胞液滴高速制备、检测、柔性分选分离、混匀、切分、定位、滴内再注液等,液滴相互隔离,并可控制融合;生物芯片的片上温控系统,支持单细胞滴内PCR扩增、培养孵育。当然,最近几年,政治开始影响全球高端科技的融合与发展,前沿技术成为某些发达国家制约我国经济发展的手段,中国产业,如何从“卡脖子”的技术壁垒中突围?答案只有一个:自力更生!但生命科学等领域的新技术开发周期长、成本居高不下,企业希望国家能出台更多财政、税收、推广等层面支持,加速高新技术开发。大连华微生命科技有限公司(Dalian Life Huawei Technology Co., Ltd.),作为科技部评定的高新技术企业,已拥有国际先进水平的活性细胞控制技术,全球业内率先提出“单细胞柔性高通量分选(筛选)”概念,并成功研发、应用,获得市场广泛好评。但生命科学还有单细胞无标记柔性分选、高通量拉曼检测、微滴内生化反应等,更多的前沿未解课题,等待我们继续努力,攻坚克难,增强中国民族科技的市场话语权。而影响中国民族工业的核心技术,必须掌握在中国人自己手中!
  • 技术线上论坛|5月25日《如何实现自动化、高通量单细胞力谱测量?单细胞显微操作技术一步搞定!》
    [报告简介]单细胞粘附力作为生物机械学分支的重要组成部分,是细胞与外周相互作用的直观体现,能够有效的反映出细胞与基质或细胞之间相互作用能力。细胞与基质之间的作用力十分微小,一般都在nN别,过去通常使用原子力显微镜才能够进行测量。但是原子力显微镜方案往往具有通量低,操作繁琐等问题,使得单细胞力谱的研究非常繁琐。基于此,Cytosurge推出的全新多功能单细胞显微操作FluidFM技术给细胞力谱测量带来了新的希望。该技术结合了的原子力显微镜探测技术与微流体控制系统,能够直接通过使用中空的原子力探针将细胞通过负压抓取在探针表面,并不需要激活细胞的任何通路信号,为粘附力的测量带来了大的优势。一方面,这种方法能够提供远比蛋白结合牢固的多的粘附力,能够将细胞牢固的固定在探针上并且无需包被探针。另一方面,由于没有生物化学处理,这种方法不会改变任何细胞表面的通路,从而能够得到接近细胞原生的数据。该系统具备高度自动化,能够快速,全自动的完成力学的测定,让单细胞力谱研究变得十分容易。本报告将介绍FluidFM单细胞显微操作技术的原理和发展,并结合多篇发表在期刊Nature、Cell、Bioactive Materials等上的近科研成果,深入阐述这种技术在单细胞力谱测量方面的新进展。[直播入口]请扫描下方二维码进入FluidFM单细胞显微操作技术群,届时会在微信群中实时更新直播入口,无需注册!扫码进群,即刻获取直播链接,无需注册![报告时间]05月25日 下午15:00-16:00 [主讲人介绍]Tamás Gerecsei 亚太区席应用科学家,高FluidFM解决方案工程师,Cytosurge AGTamás是一位生物物理学家,毕业于Etvs Loránd(ELTE罗兰大学)。 在与FluidFM在学术环境中合作多年后,他加入了Cytosurge公司,成为了一名训练有素的微纳米系统工程师。在Cytosurge AG,Tamás不断推动并拓展FluidFM技术的应用边界,并使FluidFM技术应用于各地研究人员的课题中。您可以经常发现他在各种专业的学术会议上传播关于Cytosurge和FluidFM技术的信息。 郭亚茹 北京大学口腔医院,口腔医学中心,获中国博士后科学基金,并入选北京大学医学部 2021年博雅博士后项目,在Advanced functional materials、Bioactive Materials、Journal of dental research等杂志上以作者或共同作者的身份发表5篇。 2021年,在Bioactive Materials发表了题为:Matrix stiffness modulates tip cell formation through the p-PXN-Rac1-YAP signaling axis的研究文章,报道了基质硬度通过p-PXN-Rac1-YAP信号轴调节细胞形成,这项工作不仅有助于在组织工程和再生医学中寻找佳材料,也为肿瘤治疗和病理性血管再生提供了新的治疗策略。在生物材料设计和治疗一些病理情况方面具有特殊意义。本实验研究人员采用了多功能单细胞显微操作系统——FluidFM技术,实现了单个细胞的分离,单个细胞粘附力的测量。 [原理&应用简介]FluidFM技术如何测定细胞粘附力?众所周知,细胞在基质上进行单层培养时,吸附在基质表面时主要会产生两种不同类型的力,一种是细胞与基质之间的粘附力,另一种是细胞与细胞之间的粘附力。因此对于细胞粘附力来说,单个细胞的粘附力就是细胞与基质之间的作用力。而单层细胞的细胞粘附力则是细胞之间相互作用力和细胞基质与细胞之间作用力之和。如下图所示:因此只要同时测定单个细胞粘附力即可得到细胞与基质之间的相互作用力,而细胞间的相互作用力则可以通过同时测量单层细胞的细胞粘附力和单个细胞的粘附力做差得到,如下公式所示:Force cell-cell ≌ Force Monolayer – Force Indiv.cellFluidFM测量力学步骤与一般的原子力显微镜十分类似,但是操作却远比原子力显微镜简单,这得益于FluidFM有的中空探针。这种探针无需像普通原子力探针一样对探针进行修饰或者将细胞提前粘连在探针上,可以直接在液体中原位抓取细胞,完成粘附力测定,并且在测量后探针仍然可以继续进行测试,并且无需对探针进行更换或再修饰。FluidFM技术测量单细胞力谱的基本流程。仅需操作鼠标系统即可自动完成对细胞的抓取和粘附力的测量。此外FluidFM系统会自动记录探针运动轨迹和力学曲线,如上图中所示当探针开始靠近细胞后,探针表面开始出现压力变化,当系统达到设定力学值后系统会自动停止下降并开始施加负压抓住细胞。随着探针开始上升,细胞给予探针的拉力随之增高,并逐渐达到临界,随后细胞脱离基质,探针受力趋近于零,而这一过程中探针受力的大值即为细胞粘附力。FluidFM技术测量HeLa细胞核CHO细胞的粘附力。能够高通量测量单细胞粘附力谱FluidFM测量粘附力十分智能化,仅需5分钟即可完成单个细胞的粘附力测定,一天可完成上百个细胞的测量,能够大幅度提升单细胞力谱测量的通量,让单细胞力谱研究变得简单、快速、高通量。 应用举例一:FluidFM技术测定衰老内皮细胞的力谱内皮细胞衰老导致细胞表型的改变与心血管疾病有着密切关系。随着细胞的衰老,细胞的粘附力等机械属性会有很大改变,因此对于细胞粘附力的研究将有助于理解细胞衰老的变化。Nafsika Chala等人利用FluidFM技术对血管内皮细胞与基底之间的粘附力进行研究发现,衰老的细胞与正常细胞存在着nN别粘附力差异。如下图所示:FluidFM技术用于衰老与正常细胞的单细胞粘附力测定。对比衰老小、大和正常细胞的细胞尺寸(a)、细胞粘附力(b)和细胞周长(c)及单细胞粘附力/面积(e)和单细胞粘附力/周长(f)的变化。研究者认为,衰老内皮细胞的粘附力增加是与细胞的粘着斑增加有关,表明衰老细胞能够加强与基质的相互作用从而防止内皮剥脱,但是受制于血流的影响这种能力受到了很大限制。 应用举例二:FluidFM揭示应力依赖性酵母交配中的分子相互作用性凝集素是芽殖酵母酿酒酵母介导细胞聚集交配的关键蛋白。交配细胞表达的互补凝集素类“a”型和“α”型的结合是促进细胞的凝集和融合的关键。Marion Mathelié-Guinlet等通过测量“a”型和“α”型结合的单个特定键的强度(~100 pN),发现延长细胞间的接触能够大地增加了交配细胞间的粘附力,而这种增强可能是由于凝集素的表达。FluidFM技术用于酵母属间交配过程单细胞力谱测量。MATa与MATα相互作用的示意图(a)和Fluid测量细胞间相互作用示意图(b)及测量结果(c);用DTT和DEPC药物刺激研究二硫键和His273对粘附的影响(d)、其示机制意图(e)和无粘附、DTT和DEPC粘附发生的概率(f);以及物理应力增强MATa和MATα细胞之间的粘合力(g)、发生频率(h)及破裂长度(i)。此外,研究组发现凝集素二硫键在粘附过程中起到了关键作用,而这一作用主要来自于α-凝集素的组氨酸残基His273。更为有趣的是,作者发现机械张力增强了相互作用的强度,这可能是由于激诱导凝集素构象从弱结合折叠状态转换成强绑定伸展状态导致。这项研究很好地展现了一种理解控制酵母性别的复杂机制的可能方法。 总结 细胞粘附力测定在细胞生命科学研究中起着至关重要的作用,然而传统手段中有着各种各样的局限性,主要原因是缺乏一种能够有效抓取细胞并进行力学测定的手段。现如今FluidFM技术在细胞粘附力测定中的使用,使得研究者们有了一种能够有效、低损的方式抓取细胞,配合原子力显微镜的测量的特性,真正意义上做到、无损、快速的测量单细胞粘附力,帮助研究者寻找细胞粘附力与细胞生命发展、肿瘤细胞转移之间的关系。
  • 1400万!清华大学高通量超高分辨组学与单细胞质谱分析系统采购项目
    一、项目基本情况项目编号:清采招第20240124号项目名称:清华大学高通量超高分辨组学与单细胞质谱分析系统采购项目预算金额:1400.000000 万元(人民币)最高限价(如有):1400.000000 万元(人民币)采购需求:包号名称数量是否允许进口产品投标01高通量超高分辨组学与单细胞质谱分析系统1套是设备用途:主要用于蛋白质组学、临床蛋白组和单细胞蛋白组研究中的蛋白质鉴定、翻译后修饰、生物大分子相互作用、多肽和蛋白质的高通量分析。简要技术指标:支持静态和动态电喷雾实验,兼容50 nL/min至1.5 uL/ min的流动相流速;质量分析器采用四极杆与静电场轨道阱或飞行时间或非对称轨道高分辨质量分析器串联组合;纳流泵可设定流速范围:1 nL/min-100 µ L/min, 1 nL增量。合同履行期限:合同签订后120日内完成设备交货、安装及调试工作。本项目( 不接受 )联合体投标。二、获取招标文件时间:2024年08月20日 至 2024年08月27日,每天上午8:00至12:00,下午13:00至16:30。(北京时间,法定节假日除外)地点:登记报名网址:http://sbcgczxxfb.sysc.tsinghua.edu.cn方式:本项目招标文件网上登记报名,潜在投标人在线提供申请材料(营业执照复印件、法人代表授权书等),经审核通过后获取电子版招标文件售价:¥0.0 元,本公告包含的招标文件售价总和三、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。1.采购人信息名 称:清华大学     地址:清华大学华业大厦1区5层        联系方式:李春艳,62795196,lichunyan@tsinghua.edu.cn(为避免信息遗漏,请尽量邮件联系)      2.项目联系方式项目联系人:李春艳电 话:  62795196
  • 单细胞基因组学:通往个体化医疗之门
    图片来源:昵图网   随着第二代测序技术的普及,单细胞测序迎来了迅猛发展。   近日,南方科技大学生物学系副教授贺建奎在美国冷泉港参加了单细胞分析会议后,在科学网博客里写道:&ldquo 这是一个非常令人激动的前沿学术会议,我深深地体会到了单细胞基因组学时代的来临。&rdquo   他对《中国科学报》表示:&ldquo 单细胞基因测序技术的突破,只是开了一个很小的&lsquo 口&rsquo ,&lsquo 口&rsquo 的另外一边,就是一个非常漂亮的世界。&rdquo 他说,单细胞基因组学研究的强劲势头,昭示着人类正逐步迈进个体化医疗时代。   更重要的是,测序技术的发展使基因测序民用成为大势所趋,个人DNA测序咨询服务即是一例。美国路易斯维尔大学研究员徐鑫认为,基于个人基因组DNA信息的健康评估有潜在市场,有可能发展成为一个新兴的庞大产业。   高通量测序的推力   &ldquo 单细胞测序,就好像从太平洋里钓一条小鱼。这在以前是不可想象的,而现在我们技术上已经实现了单细胞测序,可以做很多以前不敢想象的事情。&rdquo 贺建奎表示。   耶鲁大学一篇发表在《遗传》杂志上的文章指出,单细胞基因组学研究,致力于从最小量的样品(终极目标是单细胞)获得全基因组的最大信息,即在全基因组范围内鉴定在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,单细胞测序技术将一展身手。   贺建奎介绍说:&ldquo 高通量测序技术的发展,使单个基因组测序价格降到5000美元。&rdquo   单细胞测序在技术上实现突破,应归功于高通量测序技术。&ldquo 新一代基因分析平台Ion Torrent巴掌大小的芯片上就有上千万个测序微孔&rdquo ,据深圳华因康基因科技有限公司研发部负责人金虹介绍,类似于半导体集成芯片,高通量测序芯片的密度非常高,这样就能实现一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,效率非常高。   微流控技术帮了单细胞测序一个大忙&mdash &mdash 减少甚至避免基因污染。贺建奎说,微流控平台提供了一个适于单细胞基因扩增、与反应物充分接触、基因测序的&ldquo 微试管&rdquo ,可以降低单细胞测序的噪声。   他打了个很有意思的比方:&ldquo 就好像我们把小鱼从太平洋赶到小池塘,只需要很少的鱼钩(反应物)就能把它抓到,而且大大减少了&lsquo 误捕&rsquo 的机会。&rdquo   徐鑫认为,基因测序日益便捷,成本不断下降,研究人员都在努力向1000美元即可实现测序单个人基因组的目标迈进,因此基因组DNA测序有可能逐步发展为民用。   目前我国在高通量测序技术上不甘落后。金虹表示,开展研发具有自主知识产权的高通量测序技术,对于我国在这一新兴领域的发展具有重要意义,尽管这个过程可能漫长而艰辛。   基因病变的曙光   测序技术目前已在癌症的诊疗中崭露头角。金虹指出,目前基因测序技术已经在癌症的诊疗中发挥作用,尤其是在靶向药物作用靶点的基因表达水平的检测,能给癌症患者实质性的帮助。   &ldquo 然而,基因测序作为一种工具,目前在民用方面的受惠面还很窄,远远没有发挥它的作用,现阶段主要的用途还是在科研方面。&rdquo 金虹话锋一转,说:&ldquo 不过我们有理由相信,基因测序将会越来越多地向临床应用方向发展。&rdquo   据了解,癌症基因组的最新研究进展表明,癌症本身是一种多基因相互作用和影响的疾病,这正是癌症难以治愈的原因。而了解癌细胞如何在肿瘤内变化以及每个细胞内&ldquo 定居&rdquo 着多少版本的基因,这将有助于癌症诊断。   &ldquo 肿瘤的演化过程是复杂的。&rdquo 贺建奎认为,单细胞基因组学的研究,使人们能够认识癌细胞进化过程的更多细节,&ldquo 比如我们有望通过研究从血液中分离出来的单个游离癌细胞,实现癌症的超早期诊断和治疗的实时监测。&rdquo 他说,借此了解癌症的形成、扩散,可以为癌症的治疗提供更多的借鉴。   例如,近日深圳华大基因的研究人员揭示了癌症并非由常见的突变基因导致,在病人群体中所鉴定的频发突变可能与肿瘤个体无关。因此,在癌症分析和诊断过程中进行个性化治疗十分重要。   不仅对癌症,许多基因病变也可为鉴。贺建奎说,单细胞基因组学的一个功能就是揭示基因病变的根本原因,解开基因治疗的密码,对不同患者对症下药。   2012年,美国科学院院士谢晓亮课题组与北京大学生物动态光学成像中心研究员李瑞强课题组等合作,首次实现了高覆盖度的单个精子的全基因组测序。谢晓亮表示,这项工作构建了迄今为止重组定位精度最高的个人遗传图谱,这一技术方法在男性不育症研究和肿瘤早期诊断及个体化治疗等生物医学领域有着广泛的应用前景。   重新审视生命   &ldquo 尽管单细胞基因组学前景广阔,但并不意味着我们要改造生命。&rdquo 贺建奎说,&ldquo 帮助人们更深刻地观察、重新审视生命的奥秘,是单细胞基因组学研究的要义。&rdquo   一直以来,人体干细胞都被认为是单向地从不成熟细胞发展为专门的成熟细胞,生长过程不可逆转。   而2012年诺贝尔生理学或医学奖获得者,日本科学家山中伸弥和英国发育生物学家约翰· 戈登关于细胞核重编程的研究,彻底改变了人们对细胞和器官生长的理解:他们发现,成熟的、专门的细胞可以重新编程,成为未成熟的细胞,并进而发育成人体的所有组织。   贺建奎认为,通过单细胞测序技术对每个细胞的测序,对比细胞间的差异,就有可能有新的发现,诸如&ldquo 为什么有的干细胞发育成了心脏,有的发育成了手足?&rdquo 此类命题,单细胞基因组学可能会给出不同的答案。   &ldquo 我们通过对人体不同部位的单细胞的测序和基因比对,就有可能解开发育之谜。&rdquo 贺建奎说,单细胞基因测序将取代基因组测序的平均法则,&ldquo 对于每一种疾病,也可以从单个细胞的水平重新认识,从而揭示病变的根本原因。&rdquo   《自然》杂志网站这样评价单细胞基因组学:测序技术的飞速发展和成本大大降低,使得基因组测序成为常规技术。然而,大多数的人类基因组、癌症等研究仍然通过多个细胞抽提DNA进行测序,其中所忽略的细胞间的差异对于控制基因表达、细胞行为和药物反应的问题却有可能是至关重要的。单细胞测序有望成为个体化医疗的重点领域。
  • 约稿|单细胞基因组测序技术及其在生物医学领域的应用
    人体组织器官由具有不同细胞类型的异质细胞群组成。传统批量测序(Bulk Sequencing)方法仅能捕获器官与组织群体细胞成分的平均水平,或者只代表其中占优势数量的细胞信息,单个细胞独有的特性常常被忽略。近年来,随着单细胞测序(Single-cell sequencing)技术的发展,实现了单个细胞水平上DNA或RNA的测序,从而能够特异和精准地探索单个细胞的基因变异水平,弥补了传统批量测序的不足[1]。图1. 单细胞测序与传统批量测序比较[1]单细胞基因组测序技术,是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项技术,广泛应用于癌症研究、胚胎发育、辅助生殖、细胞分化、免疫机制、微生物等生物医学方向的研究。本期主要对单细胞基因组测序的技术原理、技术流程、技术平台及其在生物医学领域的应用实例做简单介绍。技术原理单细胞基因组测序的原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增,获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序,揭示细胞间异质性的基因信息。技术流程单细胞基因组测序主要包括四个步骤,即单细胞分离→全基因组扩增→高通量测序→数据分析。目前单细胞基因组测序技术的发展依然面临两方面的技术挑战:一是易于分离和操作的单细胞分离工具(即第一步);二是能够稳定复制单个细胞中微小核酸的方法(即第二步)[2]。2.1 单细胞分离从组织中将单个细胞分离出来是单细胞基因组测序的第一步。目前常用的单细胞分离方法主要有:有限稀释法、显微操作法、流式细胞分选术、激光捕获显微切割技术(LCM)、微流控芯片技术等,表1总结了上述提到的单细胞分离方法的原理和优缺点,在使用时可根据不同的科研需求及样品情况综合考虑选择适宜的分离方法[3,4]。表1. 单细胞分离技术分离方法原理优点缺点有限稀释法对细胞进行一系列的倍比稀释,最终使细胞处于单个状态,理论上每μL约1个细胞,然后用移液器吸取相应容积的细胞悬液进行单细胞分离。操作简便;成本低,一般不需要特殊的设备。分离效率低;需要研究人员排除大量空白孔和多细胞孔,费时费力;细胞分离过程依赖梯度计算,容易出现错误。显微操作法在高倍倒置显微镜下,利用显微镜操作器(手动或自动)实现单细胞分离。能够准确地控制单细胞的吸取与释放;可以从不同的发育阶段或多样化的群体分离单个细胞。通量低,需要大量的起始量;细胞特异性由显微镜决定,并利用微量移液管分离,可能不够准确。流式细胞分选术通过流式细胞仪,根据细胞特异性分子标志物或细胞光散射特性,分选出单个细胞或特殊细胞群,实现单细胞分离。通量高;基于细胞表面标志物的特异标记,能够确保特定细胞的分离;利用荧光标记可分离亚群。无法扩展到大规模项目;且需要流式细胞仪,设备昂贵。激光捕获显微切割技术(LCM)在显微镜下,从冰冻/石蜡包埋组织切片(或细胞固定在装配有可以激光脉冲激活的热塑膜的涂片)中分离某一类型细胞群或单个细胞,实现单细胞分离。无需解离组织,制备细胞悬液;能够直观准确、快速地获取单个细胞或单一细胞亚群;能够保留所分离细胞的完整性。需要适当的组织处理(冷冻保存或固定);显微切割可能存在挑战;小的细胞可能难以分离;可能存在污染。微流控芯片技术通过微流控芯片隔离流动通道中的单个细胞从而达到单细胞分离的目的。通量高;上样体积小;周期短;可根据细胞表面标志物分离特定细胞。细胞大小必须均匀;消耗品昂贵。2.2 全基因组扩增(Whole-Genome Amplification , WGA)全基因组扩增是单细胞基因组测序的第二步。由于单个哺乳动物细胞中DNA的含量一般少于10pg,达不到测序仪的检测要求,因此在测序之前必须进行全基因组扩增(WGA)以获得足够的材料用于后续的文库制备。目前常用的全基因组扩增方法按原理可分为三类(见表2)[5-7]:基于聚合酶链式反应(PCR)的WGA方法{主要是简并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)}、多重链置换扩增法(Multiple Displacement Amplification , MDA)和多重退火环状循环扩增技术(Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles,MALBAC)等。表2. 全基因组扩增技术DOP-PCRMDAMALBAC原理基于PCR技术,通过加入部分简并的寡核苷酸引物与模板结合来实现扩增整个基因组的目的。基于恒温核酸扩增技术,恒温条件下,使用一条由6个随机碱基构成的随机引物与模板随机退火;紧接着在具有链置换活性的DNA聚合酶作用下发生链置换反应,并最终完成扩增。结合了MDA法和PCR扩增法的特点,即由一组随机引物启动扩增(每个引物具有通用引物序列和随机碱基),随机引物与模板均匀杂交,随后在具有链置换活性的DNA聚合酶作用下发生链置换反应,最终完成扩增示意图特点该方法实现了高度均匀的扩增,产物产量较高,操作较为简单;但仅产生基因组的稀疏覆盖,实验的条件需要较多优化。 MDA可以实现更好的基因组覆盖,产物片段长;但对模板质量要求高,可能产生非特异性产物。一种实现基因组广泛覆盖和均匀扩增的技术,灵敏度高,产物产量高。技术平台:目前,国内外研究机构使用的大规模单细胞测序技术平台主要有五种:Illumina® Bio-Rad® Single-Cell Sequencing Solution、BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System、10x Chromium Single Cell Gene Expression Solution、ICELL8 Single-Cell System和C1™ 单细胞全自动制备系统。国内也有多家企业进军单细胞测序领域,产品包括新格元自动化单细胞处理系统、万乘基因高通量单细胞测序平台、达普生物星海单细胞测序建库系统、墨卓生物高通量单细胞测序平台、德运康瑞痕量单细胞测序平台和原位测序平台等。各个平台各有特点,这里主要简单介绍一下两种应用较多的技术,即10X Genomics 公司的Chromium( 液滴法) 及 BD 公司的Rhapsody( 微孔法)。10x Genomics单细胞测序技术:10X Genomics单细胞测序起源自Drop-Seq技术,应用液滴微流体技术分选单细胞,将单个细胞与含有条形码(Barcode)和引物的凝胶珠一起包裹于油滴中;然后每个油滴中的凝胶珠溶解, 细胞裂解释放mRNA,通过反逆转录产生用于测序的带条形码的cDNA,cDNA在液体油层破坏后进行文库构建,使用测序平台对文库进行测序检测,即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据。该平台具有“三高(high)两低(low)”的特点:即通量高,细胞捕获效率高,细胞活性要求高(大于90%),分析时长低,成本低。 图2. 10X Genomics Chromium Controller技术原理示意图3.2 BD Rhapsody单细胞测序技术:BD公司推出的这款Rhapsod™单细胞分析系统采用了Cytoseq分子标签技术,能为单细胞中每个转录本标记特异性分子标签,实现单细胞水平上基因表达谱的绝对定量。同时,将每个细胞标记上特异性细胞标签,实现了高通量平行建库。该技术在基因扩增和后续的测序部分等整体流程与10x Genomics单细胞测序技术相近,主要区别在于起始的单细胞分离和捕获技术。该技术并非基于微流控芯片技术,而是基于蜂巢板技术,基于微孔来保证单细胞的捕获,避免了10x Genomics单细胞测序技术中存在的概率碰撞对捕获效率从影响。细胞悬液经注入孔注入后,自然沉降到反应孔中,随后, 将磁珠同样由注入孔注入,即可在单个反应孔中捕获其中的细胞。微孔和纳米孔方法允许稀释的细胞悬浮液在每孔一个珠子和一个细胞的条件下与寡聚结合珠一起沉降到皮升大小的孔中,从而保证了单孔中是单细胞捕获。 图3. BD Rhapsody技术原理示意图4、应用实例:目前,单细胞基因组测序技术的应用可以归纳为两大类,即应用于人类细胞图谱研究和非细胞图谱研究。单细胞基因组学的优势就在于能够揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。自2017年“人类细胞图谱计划”提出以来,单细胞测序技术已陆续揭示了多个组织器官的单细胞图谱,如通过对肾脏肿瘤进行单细胞测序,发现肾肿瘤细胞之间的突变频率和位置不尽相同,每个细胞的突变状态和转录情况也均不相同,表明肾肿瘤更加具有异质性,需要开发更加有效的细胞靶向疗法。2022年发表在Nature杂志上的研究,对人脑血管系统的单细胞图谱进行了分析,描绘出海马和皮质的脑血管细胞组成:内皮细胞、相邻的壁平滑肌细胞 (SMC) 和周细胞、血管周围的免疫细胞和星形胶质细胞等,这些细胞在大脑不同区域存在差异并沿动静脉轴变化,沿动静脉轴的细胞组成异质性产生了大脑健康所必需的功能分段的循环、代谢和渗透特性。揭示了人类大脑血管系统的细胞组成和分子特征,提示了阿尔茨海默病(AD)风险因素在人类中的进化转变,有助于对人类大脑健康基础的了解、疾病机制和治疗靶点的发现[8]。随着单细胞基因组覆盖范围扩大、通量提升以及多组学技术的不断进步,单细胞基因组学技术将为丰富发育谱系树、生殖细胞突变模式、癌症进化、基因组功能和微生物群落的分辨研究等提供策略[9]。参考文献:[1] Xia Y, Gawad C. Bringing precision oncology to cellular resolution with single-cell genomics[J]. Clinical and experimental metastasis, 2022(1):39.[2] Liang J, Cai W, Sun Z. Single-cell sequencing technologies: current and future. J Genet Genomics. 2014 Oct 20 41(10):513-28. doi: 10.1016/j.jgg.2014.09.005. Epub 2014 Oct 18. PMID: 25438696.[3] Wang Y, Navin N. Advances and Applications of Single-Cell Sequencing Technologies[J]. Molecular Cell, 2015, 58(4):598-609.[4] Gross A, Schoendube J, Zimmermann S, Steeb M, Zengerle R, Koltay P. Technologies for Single-Cell Isolation. Int J Mol Sci. 2015 Jul 24 16(8):16897-919. [5] Gawad C, Koh W , Quake S R. Single-cell genome sequencing: current state of the science[J]. Nature Reviews Genetics, 2016.[6] Grün D, van Oudenaarden A. Design and Analysis of Single-Cell Sequencing Experiments. Cell. 2015 Nov 5 163(4):799-810.[7] 徐晓丽 吴凌娟.单细胞全基因组扩增技术与应用.[J]生物化学与生物物理进展 .2019.46(4)[8] Yang A C , Vest R T , Kern F , et al. A human brain vascular atlas reveals diverse mediators of Alzheimer's risk[J]. Nature, 2022, 603.[9] Evrony G D, Hinch A G, Luo C. Applications of Single-Cell DNA Sequencing[J]. AnnualReview of Genomics and Human Genetics, 2021, 22(1).相关会议推荐:第六届基因测序网络会议来袭!六大会场,含单细胞和空间组学会场,点击下图免费报名!点击链接进入会议官网:https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/geneseq2023/
  • Cancer Cell | 通过单细胞基因组测序绘制肿瘤抗原图谱
    一个世纪之前,诺贝尔奖得主、德国化学家Paul Ehrlich 曾经说过:如果我们可以设计出特异性靶向某个病原体的化合物,那么,我们就可以在不伤害宿主的基础上杀死这一病原体【1】。多年过去了,尽管Ehrlich尝试了多种方法来寻找特异性肿瘤靶点,但精准抗癌,也就是在不伤害机体的情况下靶向杀伤肿瘤细胞这一概念,似乎仍停留在概念阶段【2】。时隔多年,以免疫细胞修饰为基础的免疫治疗,包括抗体-药物偶联物(antibody-drug conjugates,简称ADCs)、双特异性T细胞衔接器(bispecific T cell engagers,简称BiTEs)和嵌合抗原受体T细胞(chimeric antigen receptor T cells,简称CAR-T)似乎是现今的新方向。有报道指出,靶向CD19的CAR-T疗法,可以将一些B细胞淋巴瘤的治愈率提高至43%~71%【3】,但是,有40%患者出现一定程度的神经损伤。这一“脱靶效应”很可能是由其他表达CD19的细胞类型引起的【4】。事实上,作者通过提取数目稀少的血脑屏障壁细胞,并进行全基因组单细胞测序确定,上述CAR-T疗法靶向B细胞淋巴肿瘤的同时,也会靶向这些壁细胞。这也说明,单细胞全基因组测序这一方法,不但可以预测免疫治疗的脱靶效应,还可以以数据为基础分析出特异的靶标。2021年12月13日,来自美国斯坦福大学Caleb A. Lareau,Ansuman T. Satpathy和来自Cartography 公司的Kevin R. Parker 在Cancer cell上发表题为Charting the tumor antigen maps drawn by single-cell genomics的评论性文章,全面展示了这一研究方法。在概念上,作者认为,寻找和确定免疫治疗的靶点应该基于数据。下图展示了通过结合大尺度但细胞图谱和特定肿瘤分析来确定抗原靶点。高通量的单细胞全基因组测序数据库可以提供肿瘤细胞抗原的潜在靶点以及这些靶点是否存在于其他细胞上。接下来,作者阐述了目前精准抗癌的现状和存在的问题。首先,目前在临床上精准抗癌的靶点主要有三类:一是在肿瘤细胞和正常体细胞上同时表达的细胞特异性标签,比如上述针对B细胞的CD19。这一类目前应用最为广泛,并且,如果其对应的体细胞不算十分重要的话,这一诊疗方案可以说是行之有效;二是与正常体细胞相比,在肿瘤细胞上过表达的分子,比如HER2。靶向这类分子可以使得杀伤作用更为精准和强大,并且,其过表达程度,还可以表征肿瘤发展水平;三是特异性表达在肿瘤细胞上的分子,比如1997年发现的NY-ESO-1【5】。当然,高通量基因组学数据库显示这一分子还表达在免疫豁免器官和组织,比如睾丸和胎盘。这也就是说,仅通过传统手段来确定表达靶标分子的细胞类型不够精确,还需要高通量单细胞基因组数据库来进行有力补充。其次,上述数据库可以用来预测和减低免疫治疗的脱靶效应所带来的细胞毒性。如上述靶向CD19治疗B细胞淋巴瘤案例所示,免疫治疗常常会出现脱靶效应。虽然研究脱靶效应对病人的副作用这方面至关重要,但是从单细胞基因组学分析来确定特定免疫疗法对正常体细胞的影响也十分必要。接下来,作者表明,单细胞全基因组测序这一方法也适用于表达量十分稀少的细胞类型,比如CD4+T细胞,CD4的RNA水平很低,但是蛋白质水平却很高,这一类分子需要高通量数据库进行修正。最后,作者提出了单细胞全基因组测序所面临的挑战:一是如何界定某一类型细胞重要与否,并且,随年龄、性别等影响,其重要性是否有所区别。二是如何确定一标准,使得某分子在肿瘤细胞与体细胞的表达量超过这一标准,才可以认定为是潜在靶标。三是影响抗原表达水平的因素都有什么。最后,理论上可行的靶标在临床上也可能出现各类未知问题。综上所述,作者给出了有别于组织学水平和单一突变水平研究肿瘤以及肿瘤治疗的方法,也就是基于高通量单细胞全基因组测序和图谱数据分析方法。并预测,这一方法可以在预测免疫治疗靶标和临床精准抗癌方面发挥重要作用。原文链接:https://doi.org/10.1016/j.ccell.2021.11.005
  • 美国科学院院士谢晓亮:单细胞全基因组测序曙光初现
    谢晓亮   12月21日出版的美国《科学》杂志发表了题为《单细胞全基因组测序探索精子重组规律和遗传缺陷》的论文。同时,该期《科学》杂志也将单细胞全基因测序列为2013年六大值得关注的科学领域之一。   该论文由美国科学院院士、哈佛大学教授谢晓亮课题组与北京大学生物动态光学成像中心(BIOPIC)研究员李瑞强课题组等联合完成。谢晓亮在接受《中国科学报》记者采访时表示,这项工作首次实现了高覆盖度的单个精子全基因组测序,构建了迄今为止重组定位精度最高的个人遗传图谱,这一技术方法在男性不育症研究和肿瘤早期诊断及个体化治疗等生物医学领域有着广泛的应用前景。   谢晓亮指出,单细胞DNA扩增技术和高通量测序技术的发明,使得测序单个细胞(精子)的基因组成为可能,利用单细胞全基因组测序技术来研究人类的染色体重组规律,具有以往技术无法比拟的优势。   首先,精子是天然重组产生的单倍体,取材方便,而且一个人身上可取的精子数量几乎是无限的,可以很容易地研究个人水平的重组分布规律 其次,单细胞全基因组测序技术提供了最高的分子标记密度,减少了偏差,能够得到最为精确的片段交叉重组定位结果,可以非常清晰地揭示片段交叉重组的分布以及个人水平上重组率的分布规律 第三,测序技术本身具有高通量、自动化等特点,随着未来测序成本的进一步降低,可以对一个人更多的精子进行测序,从而获得精度更高的个体特异性的重组率分布图谱,也可以通过比较很多人的精子来研究重组率分布在不同个体之间的差异。   据谢晓亮介绍,以往对人类染色体重组的研究,由于受到实验技术的限制,分辨率一直都比较低,此外由于一个家庭内的孩子数目有限,以往的研究都是在群体水平上开展的,而无法开展个体水平的遗传重组规律研究。   需要注意的是,重组率在整个基因组中并非均匀分布,而是集中在一些散布的狭小区域内,且不同物种之间以及相同物种的不同个体之间都可能存在明显差别。其中,为什么基因区附近的重组率会降低,成为长期困扰学术界的一个难题。   研究人员使用新近发明的MALBAC扩增技术,对一个亚洲男性的99个精子进行了单细胞全基因组DNA扩增,并且利用HiSeq高通量测序技术对每个精子分别进行了一倍深度的测序,其定位精度远远超过几个月前斯坦福大学一个小组的报道。研究人员首次发现,基因区附近重组率的降低由分子机制所决定,而非自然选择的结果,从而一举解决了多年来困扰学术界的生物学难题。   谢晓亮强调,单细胞全基因组测序是一种先进的技术方法,在未来生物医学研究中大有“用武之地”。   例如,谢晓亮等人在此次精子测序结果中发现,有5%的精子基因组是非整倍体的,而非整倍体会造成严重的先天性出生缺陷。因此,利用单细胞全基因组测序技术,有望揭示更多的导致男性不育症的原因。   谢晓亮还指出,已有的研究表明,基因或基因组变异是肿瘤发生的根本原因,利用单细胞全基因组测序技术,可以对获取的肿瘤细胞进行更为精确和深入的分析,了解癌细胞的基因如何突变,以及肿瘤的来源、属于哪种基因型等,为早期检测和诊断肿瘤和肿瘤的个体化治疗提供指导。
  • 新芯片实验室技术让单细胞基因分析更高效
    据美国物理学家组织网近日报道,最近,加拿大英属哥伦比亚大学与英属哥伦比亚癌症研究所、转化与应用基因组学中心合作,开发出一种硅酮材料的芯片实验室技术,能让每个细胞像弹球机里的球一样各就各位,然后进行基因检测。这种“单细胞基因分析”技术使基因检测更加灵敏迅速,有助于肿瘤分析和临床疾病的诊断。本周出版的《美国国家科学院院刊》对该芯片实验室进行了详细介绍。   这种芯片实验室大小跟一个9伏电池相当,能同时分析300个细胞。研究人员设计了一种路线,用液体载运细胞通过显微管道和一个个小阀门,当细胞挨个进入各自的小空位时,它们的RNA就会被提取出来,经过复制用于进一步分析。   标准基因检测要求使用大量细胞,才能得出由上千万不同细胞平均化以后的“综合图像”,这会掩盖细胞的真实属性和它们之间的相互作用。“这就好比用混合水果慕丝来研究草莓和树莓为什么不一样。”领导该研究的高通量生物中心副教授卡尔汉森介绍说,而单细胞分析正在成为基因研究中的黄金手段,因为即使是从同一肿瘤组织中采集的样本,也包含了正常细胞和多种癌细胞类型,而单细胞分析显出极微小的差异。   此外,这种芯片实验室几乎将所有细胞分析过程整合在了一起,不仅能分离细胞,还能用化学试剂将细胞混合起来,通过检测反应过程中的荧光发射获得它们的基因编码。所有这些都能在芯片上完成,不仅操作简单,而且成本效益高。
  • 华测检测通过全国实体瘤体细胞突变高通量测序室间质评
    近日,国家卫生健康委临床检验中心(NCCL)公布了2022年全国实体肿瘤体细胞突变高通量测序室间质量评价统计结果。华测检测认证集团股份有限公司旗下子公司——华测艾普医学实验室再次满分通过此次NGS室间质评,持续体现着华测艾普医学在NGS检测方面扎实的实验能力、强大的生物信息分析能力以及可靠的质量管理体系运营。   全国肿瘤体细胞突变高通量测序检测室间质量评价计划,是保证各临床实验室检测质量的重要手段,主要旨在确定各个参评实验室实体肿瘤体细胞突变高通量测序检测的能力,发现在检测过程中存在的共性问题以及实验室存在的特殊问题,促进各实验室提高检测水平。   本次测评上报的检测范围包括:点突变、短片段插入/缺失突变等,涉及的所有基因突变类型均被华测艾普医学检出,无任何假阳性或假阴性结果,与公布的结果一致,满分通过!   华测艾普医学作为“CTI华测检测”的一份子,将继续保持检测的钻石品质,以高标准、高质量的专业技术,不断进取、精益求精,为广大客户提供医疗检测服务,守护大众健康,为品质生活传递信任。
  • 科研进展 ICP-TOF-MS:高通量单颗粒/单细胞-多元素分析的更优解
    人造纳米颗粒应用于各个领域,和天然纳米颗粒一并在环境中广泛分布。纳米颗粒在粒径、形貌、元素组成等物化性质上均存在异质性,这些异质性决定了不同颗粒在材料性能和生物效应上的差异。因此,单颗粒水平的分析在近年来广受关注。类似地,细胞异质性,包括元素和同位素组成的细胞间差异,使单细胞分析成为一个重要的研究主题。近二十年来,电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)因其高灵敏度和鲁棒性而成为检测和表征单个颗粒和细胞元素信息的常规技术,被称为单颗粒ICP-MS(spICP-MS)和单细胞ICP-MS(scICP-MS)分析。 多元素纳米颗粒(例如核壳颗粒和复合量子点等)在人造纳米颗粒中占相当大的比重。而在地球化学过程中形成的天然纳米颗粒的元素组成往往更为复杂。这些独特的多元素特征(类似于人体指纹)用途广泛,例如用于人造和天然颗粒的区分和溯源等。细胞的化学成分则更加复杂。细胞内的元素或同位素特征可用于研究细胞与元素/同位素特异性外源性物质的相互作用。简而言之,同时检测单个颗粒/细胞上的多种元素或同位素是相关技术发展的必然趋势。 目前的spICP-MS分析多借助配置四极杆质量分析器的仪器(ICP-Q-MS),难以同时检测单个颗粒/细胞上的多元素/同位素信息。常见的做法是分批次测定不同的元素(图1),然而如此得到的多元素信息无法匹配到同一颗粒/细胞上。已有研究使用“跳峰模式”调节四极杆在两个质量数通道间快速切换实现了单个颗粒/细胞上的双元素/同位素检测(图1)。但由于调整过程中存在不采集信号的稳定阶段,相当一部分的信息会丢失,这也导致了结果的不确定增高。此外,多接收-ICP-MS(MC-ICP-MS)也被用于纳米颗粒的同位素检测。然而法拉第杯检测器对离子云产生的瞬时信号并不敏感,目前难以实现高通量的检测。此外,扇形磁分析器的固有限制决定了只能同时检测质量数接近的元素/同位素,应用范围非常受限。图1:不同单颗粒/单细胞-多元素/同位素分析策略(分批测定、使用ICP-Q-MS“跳峰模式”测定,以及使用ICP-TOF-MS和MC-ICP-MS测定)的示意图。(引自论文1) 新兴的基于飞行时间质量分析器的ICP-MS(即ICP-TOF-MS)克服了上述问题,能够实现高通量、较高灵敏度的单颗粒全元素检测(原理见图2)。和传统的spICP-MS前端一样,合适浓度的纳米颗粒/细胞悬浮液通过雾化引入到ICP焰炬中,颗粒/细胞被完全气化并离子化。每个颗粒/细胞产生的离子云通过离子透镜系统等到达TOF质量分析器。在TOF质量分析器中,离子云中所有的离子被相同的加速电压加速,因此获得了相同的初始动能Ek。根据Ek=1/2(mv2),离子在飞行时间漂移管中的飞行速度的平方与其质量成反比。根据d=vt,在相同的飞行距离d下,离子飞行时间t的平方与质量成正比。因此,依据飞行时间的不同,离子云中的离子将依据质荷比(单电荷下即质量)从轻到重依次到达检测器,产生显著高于背景的峰信号,连同基线信号被仪器电脑完整记录。离子在加速后能够在数十微秒内到达微通道板检测器而产生响应,在如此小的时间尺度下可近似认为颗粒中的所有元素(6-280 Th)被同时检测。图2 单颗粒/单细胞-ICP-TOF-MS检测原理。(引自论文1) 为探究上述单颗粒/单细胞技术的多元素/多同位素分析能力,中科院生态环境研究中心阴永光研究员团队使用ICP-Q-MS、ICP-TOF-MS和MC-ICP-MS检测单个银纳米颗粒和经银暴露的蓝藻细胞上的107Ag和109Ag同位素,将所测同位素比值与天然丰度相比较来定量评估结果的准确性。结果表明,ICP-Q-MS的结果受颗粒/细胞所产生的离子云的持续时间以及驻留时间和稳定时间等多个条件的影响。MC-ICP-MS和ICP-TOF-MS所采集的几乎所有瞬时事件均能同时检测到两种同位素,并且比值的准确性较ICP-Q-MS高(图3A,所测同位素比值分布在天然丰度值109Ag:107Ag=0.929附近)。此外,ICP-TOF-MS的通量较高,每秒可检测10~20个颗粒/细胞。值得一提的是,ICP-TOF-MS能够同时检测全元素(6-280 Th),这在单细胞分析中优势尽显。以本研究为例,分析物为暴露于纳米银颗粒的蓝藻细胞,传统scICP-MS一般只能着眼于单一的Ag信号,无法区分该Ag信号到底是来自游离的纳米颗粒还是吸附或摄入颗粒的细胞。ICP-TOF-MS可在检测Ag的两种同位素的同时监测细胞内源元素,如生物膜和核酸的组成元素P。若检测到Ag峰信号的瞬间同时也检测到P的峰信号,则可认为该信号来自细胞,反之则为游离纳米颗粒。图3C和D为峰信号的强度分布图,可见待测悬浮液中除了含银量较高的细胞外,还存在一些较小的游离纳米颗粒。这一信号筛选方法无需任何的标记处理。除了区分细胞与纳米颗粒之外,基于细胞特征性元素指纹完整与否,该方法还可用于例如完整细胞与细胞碎片等的区分,可在很大程度上提高scICP-MS数据的有效性。图3 (A)单个颗粒/细胞上107Ag和109Ag信号强度之间的相关性。(B)单个颗粒/细胞上109Ag:107Ag比值相对于比值平均值相对偏差(SD)。虚线和实线曲线为基于泊松计数统计的±1SD和±2SD值。(C)和(B) 同时检测到和未检测到31P信号的107Ag峰信号强度分布。(均使用icpTOF 2R ICP-TOF-MS测定,分析物为80 nm 银纳米颗粒和暴露于10 nm银纳米颗粒的蓝藻细胞)。(引自论文2) ICP-MS的检测本质上是对待测分析物产生的离子的计数,在低计数下会受到泊松噪声的影响。简而言之,信号强度是影响结果准确性的一个重要因素。图3B显示,随着峰信号强度的增加,所测得的同位素比值偏差减小。文中研究所使用的TOFWERK公司的 icpTOF 2R ICP-TOF-MS具有高质量分辨率,而灵敏度相对较低。预计具有更高灵敏度的icpTOF S2 ICP-TOF-MS将在单细胞/单颗粒同位素比值结果准确性上拥有更好的表现,同时提供广谱的元素信息。 团队介绍: 中科院生态环境研究中心阴永光研究员团队已于TrAC Trends in Analytical Chemistry,Analytica Chimica Acta和Chemical Communications等著名学术期刊上发表关于单颗粒/单细胞-ICP-TOF-MS的原理、方法及应用的一系列研究成果。博士生田祥伟为第一作者,相关研究受到山东英盛生物技术有限公司崔文斌博士和中科院高能物理所王萌老师的合作支持。参考文献1 Tian et al., Simultaneous multi-element and multi-isotope detection in single-particle ICP-MS analysis: Principles and applications, TrAC Trends in Analytical Chemistry, Volume 157, 2022, 116746https://doi.org/10.1016/j.trac.2022.1167462 Tian et al., Exploring the performance of quadrupole, time-of-flight, and multi-collector ICP-MS for dual-isotope detection on single nanoparticles and cells, Analytica Chimica Acta Volume 1240, 2023, 340756https://doi.org/10.1016/j.aca.2022.3407563 Tian et al., Single-cell multi-element analysis reveals element distribution pattern in human sperm, Chemical communications, Issue 28, 2023https://doi.org/10.1039/D3CC01575K阴永光,中国科学院生态环境研究中心研究员、博士生导师。主要研究方向为有毒金属的形态分析与环境转化。以第一/通讯作者在Chemical Reviews、Nature Communications、ACS Nano、Environmental Science & Technology、 Water Research等杂志上发表论文100余篇。基金委优秀青年基金获得者,获中国分析测试协会一等奖、北京市科学技术奖二等奖、贵州省自然科学一等奖、中国化学会青年环境化学奖等。
  • 流式细胞仪大显身手 高通量纳米材料生物毒性检测技术取得进展
    随着纳米技术的快速发展,越来越多的新型纳米材料不断出现并迅速应用在实际生活中。因此,发展快速、高通量的生物检测手段对纳米毒性的快速安全评估极为重要。流式细胞术是毒理学检测的常用技术,具有高通量、快速、准确的特点。但由于团聚的纳米材料在尺寸上同细菌相近,严重干扰检测结果,使得流式细胞术难以运用于纳米材料对细菌的毒性评估。  近期,中国科学院合肥物质科学研究院技术生物与农业工程研究所吴李君、陈少鹏课题组建立了基于PI-GFP双荧光标记的纳米材料细菌毒性检测方法:GFP绿色荧光表征细菌的生长,碘化丙啶PI红色荧光标记区分死、活细胞,在流式细胞仪上准确区分细菌与纳米材料,通过绿色荧光和红色荧光细胞的相对比例,反应纳米材料的毒性。对比单荧光标记,双荧光标记可以更准确地检测纳米材料的毒性。运用上述建立的双荧光报告系统,他们研究了水环境中金属离子及表面活性剂对纳米银毒性的影响,揭示了不同环境因子对纳米银细菌毒性的影响和机制。结果表明,双荧光报告检测系统可以较准确地反应纳米材料的毒性,适用于环境纳米材料生物学效应的评估。该研究成果已被国际毒理学期刊Cheomsphere (DOI: 10.1016/j.chemosphere.2016.04.074)接收。  该研究受到国家重大研究计划、中科院先导专项B、国家自然科学基金以及研究院院长基金资助。  双荧光报告基因系统检测纳米银生物毒性
  • 广东省呼吸与健康学会征求《基于FFPE样本的非小细胞肺癌 相关基因突变高通量测序检测方法》 团体标准意见
    各有关单位、相关专家:由广东省呼吸与健康学会批准立项,相关企业、科研院所、医院等单位起草的《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》团体标准已形成标准征求意见稿和标准编制说明(见附件 1、附件2)。为保证标准内容的科学性、严谨性和适用性,现公开征求意见,欢迎有关单位及专家提出宝贵意见或建议,并于2024年8月25日之前将“意见反馈表”(见附件3)以邮件形式反馈至联系邮箱,逾期未回复按无异议处理。联系人:王沛电 话:13922188531邮 箱:342455183@qq.com附件:附件1. 征求意见稿《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》.pdf附件2. 编制说明(征求意见稿)《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》.pdf附件3:征求意见反馈表.docx广东省呼吸与健康学会关于征求《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》团体标准意见的通知.pdf
  • 单细胞测序,你这么火大家知道吗?---记2015基因组学前沿研讨会之单细胞组学
    最近几年,关于单细胞测序的报道日益增多。事实上,单细胞测序是一个新兴的领域。据了解,单细胞测序萌芽于2010年,13年左右才真正发展起来。2014年,单细胞测序的应用被列为《自然—方法学》(Nature Methods)年度最重要的方法学进展。2015基因组学前沿研讨会将单细胞组学单独列为一个单元,可见单细胞测序在当前基因组学前沿研究中的热度。  本次研讨会上,报告主题涉及单细胞组学领域的报告人,包括美国哈佛大学终身教授谢晓亮博士,美国德克萨斯大学达拉斯分校张奇伟博士,厦门大学杨朝勇博士,中国科学院重庆绿色智能技术研究院王德强博士,北京大学汤富酬博士,美国贝勒免疫研究所林巍博士,华中科技大学宁康博士,南方科技大学贺建奎博士,华中农业大学李响同学等。  事实上,即使是来源相同的单个细胞,由于随机生物过程和环境扰动的原因,彼此在许多方面也存在差异,即细胞的异质性。常见的基因组测序技术避免不了这一现象带来的影响,基于这一原因,研究人员开启了单细胞测序技术的探索之路。此次研讨会的单细胞组学单元中也有多个报告涉及了单细胞/单分子测序技术的最新进展。  其中,谢晓亮教授,于2012年在Science发表的论文中推出了一项新技术,多重退火和成环循环扩增技术(Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles, MALBAC)。这项技术能从一个细胞的基因组中,分离出DNA。据了解,这种技术能降低PCR扩增偏倚,使得单细胞中93%的基因组能够被测序。从而使得检测单细胞中较小的DNA序列变异变得更容易,也能够发现个别细胞之间的遗传差异。这样的差异可以帮助解释癌症恶化的机制,生殖细胞形成机制,甚至是个别神经元的差异机制。目前,这项技术已经应用到体外受精以及肿瘤的个性化治疗中。谢晓亮  来自厦门大学的杨朝勇教授,运用液滴微流控技术进行高通量的单细胞检测,包括分离,处理和分析DNA、RNA和蛋白质,这种技术是在微流控芯片上发展起来的一种操纵微小体积液体的全新技术。在传统的液滴微流控技术基础上,将“油包水”改成“油包琼脂糖”,同时杨教授提出了一种琼脂糖液滴微流控技术。这项技术已经成功应用到蛋白结晶、酶分析、化学合成、单分子/单细胞研究等分子与细胞生物学及分析化学研究领域中。杨朝勇  据了解,上世纪90年代已有关于利用纳米孔进行核酸序列识别的报道,该方法存在DNA易位速率过快的问题。中国科学院重庆绿色智能技术研究院王德强博士,正在研发新一代单分子测序技术,在直径小于双螺旋的固态纳米孔中,通过拉伸双链DNA,减慢单个分子的双链DNA的易位速度。王德强  目前,单细胞的RNA或DNA测序方法不允许同时分析转录组和基因组序列。来自深圳南方科技大学的贺建奎博士介绍到,他们利用基于新一代测序技术的策略解决了这一问题。以小鼠卵母细胞为例,这种将单个卵母细胞DNA和RNA测序合并的方法可以达到基因组的高覆盖率和低偏好性转录组的可重复性。这项技术将有助于实现生物学和医学的核目标,即将生理或病理条件下单个细胞的基因型和表型完美地联系起来。贺建奎  从此次研讨会上单细胞组学的热烈讨论中,我们可以感受到,现在是单细胞测序的蓬勃发展阶段,相信在不久的将来,科学工作者们能解释更多的诸如遗传性疾病的成因、癌症恶化机制等问题,为精准医学和个性化医疗等临床应用提供更坚实的理论基础。 编辑:史秀明
  • “三高”单细胞基因测序上游市场达5.19亿美元 各路玩家争相入场
    近年来,单细胞基因组学是十分热门的研究方向,以“三高”著名——高逼格、高门槛、高分文章。此外,对于下游测序公司来说,还存在高利润的优势。单细胞基因组学在免疫学、肿瘤学和神经学研究等各个科学领域发挥着关键作用。2013年,Nature杂志将年度技术授予了单细胞基因测序,认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。单细胞基因组研究主要技术单细胞基因测序主要步骤为:单细胞的分离--DNA/RNA的提取和扩增(全基因组扩增和全转录组扩增)---测序以及后续的分析和应用。其中,单细胞的捕捉和分离是第一步,具有一定挑战性,目前主要包括流式细胞术、激光捕获显微切割技术和微流控技术。全基因组和全转录组扩增是单细胞测序的难点,近几年也取得了较大突破,目前扩增技术已逐渐成熟。全基因组扩增技术主要有:简并寡核苷酸引物PCR扩增(DOP-PCR),多重置换扩增(MDA);和基于多次退火和成环的扩增循环(MALBAC)几种技术。全转录组扩增技术,从PCR扩增(SMART-SEQ2等)到IVT扩增(CEL-SEQ2等),到现在的高保真DNA聚合酶扩增(SPLIT-SEQ等)。单细胞测序上游市场及主要供应商由于单细胞基因测序技术的应用前景被广泛看好,多家上游科技企业纷纷投入研发单细胞基因测序产品,2017年以后,更多商业化单细胞测序平台陆续走向市场。目前,国外品牌在单细胞基因组学技术中占主导地位,包括10x Genomics、伯乐、富鲁达、Illumina和凯杰、BD、安捷伦等。2020年,全球单细胞基因组学产品的销售额为5.19亿美元,预计到2025年将以高个位数的年复合增长率增长。富鲁达的 C1平台,是世界上第一个商业化的用于基因组学研究的自动化单细胞样本制备系统。通过采用创新的微流控专利技术,能够快速可靠地分离、处理、并对单细胞进行基因组分析。利用微流控芯片(IFC),可快速捕获并实现96或800个单细胞的核酸样本制备。一步法完成从捕获、裂解到逆转录和预扩增的过程,进行各类单细胞测序建库。该平台的商业化开始让更多人涉足单细胞测序领域,但该技术成本较高,通量相对较低,目前一些非RNA类单细胞测序仍会采用该技术。Fluidigm C1平台10X Genomics是一家年轻的公司,于2012年成立,2019年9月在美国纳斯达克上市,同年营业收入为2.46亿美元,一开始就专注于单细胞测序。2016年2月10X Genomics推出主要产品Chromium单细胞转录组测序平台,该平台利用微流控、油滴包裹和baecode标记等技术来实现高通量的细胞捕获技术,能够一次性分离、并标记500–10000个单细胞,从而获得每个细胞的3’端的转录组信息。10X Genomics 近两年也多次陷入专利纠纷的官司中,2020年后,其单细胞测序产品 Chromium开始全部使用Next GE微流控芯片。为了解决常规测序系统读长限制所带来的的无法满足组装、结构变异、多态性等问题,10X Genomics推出了GemCode平台,通过条形码信息将Illumina短序列再次连接,获得更有研究价值的长片段信息。10X Genomics还推出了升级版的Chromium系统,在GemCode的基础上整合单细胞测序。每次实验可分析1000至10000个细胞,增加了检测稀有细胞的灵敏度和准确度。10X Genomics Chromium单细胞测序产品BD Rhapsod单细胞捕获系统比10X晚一年推出,2018年3月进入中国市场。BD Rhapsod平台采用分子标签技术,为单细胞中每个转录本标记特异性分子标签,实现单细胞水平上基因表达谱的绝对定量。平台源于Cytoseq蜂窝板技术,采用20万+个微孔(远超过细胞数量,目的就是为了一孔一个细胞),因此可以叫做“微孔捕获”,效率更高。捕获后也是裂解细胞,再进行mRNA抓取。结合Rhapsody特有的单细胞分离技术,单次实验可制备100-10000个单细胞文库,用户可根据需求定制引物,将检测范围集中在目标基因,大幅降低后续测序成本。BD Rhapsody单细胞分析平台2017年1月,Illumina和伯乐在JP摩根健康大会上发布了Illumina® Bio-Rad® Single-Cell Sequencing Solution。该综合解决方案是单细胞分析的第一个新一代测序(NGS)工作流程。解决方案包括ddSEQ™ Single-Cell Isolator和SureCell™ WTA 3’Library Prep Kit。伯乐最好的液滴分离技术,Droplet Digital™ 技术,可以对单细胞进行隔离和编制条形码,然后在Illumina的许多主要NGS仪器上进行下游测序。全面的工作流程解决方案包括使用BaseSpace® Informatics Suite,Illumina的云端基因组学计算环境进行初级和中级数据分析,使用流式细胞分析技术的领先公司FlowJo, LLC所开发的SeqGeq™ 进行高级数据分析和可视化处理。该测序系统可一次性检测8个样本,每个样本可以得到500~10000个细胞,研究单细胞在组织功能、病情进展和治疗反应方面的协同作用。与其他高通量捕获平台相比:Illumina® Bio-Rad® 捕获效率低,仅为3%,但测序成本相对较低。Illumina® Bio-Rad® Single-Cell Sequencing Solution包括全新的ddSEQ Single-Cell Isolato(与NextSeq 500合照)宝生物(Takara Bio),是一家集试剂、耗材、仪器和服务为一体的生物技术公司,旗下的Clontech品牌拥有单细胞RNA-Seq文库构建的核心专利——SMART技术,由此发展处单细胞全基因组扩增技术、高通量单细胞捕获分选技术等。2015年2月份,宝生物收购的Wafergen公司开发出ICELL8 Single-Cell System单细胞分选平台,平台基于微流控芯片的技术,ICELL8利用WaferGen SmartChip TE平台筛选细胞,平台拥有5184个反应孔,可进行单细胞RNA测序样本的制备、扩增、表达谱建库测序、生物信息分析,快速得到样本间的基因表达差异。该平台具有通量高,周期快等特点,解决了传统单细胞扩增中通量低,价格贵的问题,为需进行大量细胞捕获筛选的研究提供了高效单细胞分选平台。该平台的细胞捕获效率为30%,成本相对较低。ICELL8 Single-Cell System2017年11月,英国Dolomite Bio公司推出Nadia单细胞自动制备仪,可平行运行1,2,4,8个样品, 每个样品18min内可生成6000个单细胞库;专为DropSeq方案设计;使用一次性试剂盒,防止污染;自动检测试剂盒状态,触摸屏控制,全自动运行。Nadia创新平台,可以使用自己的试剂,开发新的方法,可调节液滴大小、频率、温度、搅拌和时间等参数,一旦条件摸索成功,可通过Nadia单细胞自动制备仪在相同条件下平行运行2,4,8个样品。此前,该公司已推出单细胞RNA测序系统和μEncapsulator细胞包裹系统。Nadia单细胞自动制备仪Namocell是专注于单细胞分离分选技术的生物仪器公司,其自主研发的微流体单细胞分离平台,在单细胞基因组产前基因筛查方面已有所应用。 单细胞分选分离仪是集流式细胞术和微流控技术于一体的新一代细胞分离技术,仪器能够通过光电检测系统,识别标有荧光抗体的目的细胞,在激光照射的后的微流体通道中,设有电子开关,能够将目的细胞所在液体捕获,并且单个分离出来。Namocell单细胞分选分离仪除了细胞分选、建库和测序的仪器产品,凯杰、安捷伦等公司也在单细胞基因组研究领域有所布局,凯杰公司有单细胞全基因组扩增试剂盒,安捷伦公司除了之前的高通量寡核苷酸微阵列芯片和试剂盒等产品外,就在今天(1月26日)还宣布与一家叫新格元的分子诊断公司合作,共同开发针对单细胞测序的一站式解决方案,其中安捷伦将提供质量控制产品仪确保获得高质量测序文库,同时可改进样品处理和文库制备流程。此外,还有众多初创公司瞄准单细胞基因组学市场,以下为来源于某网站的不完全统计名单:国内也有科研团队正在从事相关领域的研究。如2020年12月,厦门大学杨朝勇教授团队研发的Digital-WGS样品前处理平抬,可基于数字微流控的自动化处理功能来简化高性能单细胞的WGS。该平台集成了并行纳升体积多重置换扩增(MDA)的所有主要步骤,包括从单细胞分离到全基因组扩增(WGA)的自动处理。通过在DMF芯片上结合流体动力学和表面润湿性,无论细胞类型和输入如何,都可以通过液滴操作自动有效地(100%)分离单个细胞。Digital-WGS允许在所有步骤中对液滴进行可寻址的控制,以大大提高裂解效率和反应的均匀性。可寻址和非接触式工作流程减少了与污染物或内源性背景的竞争,从而提高了基因组模板的有效浓度,为执行单细胞测序提供了一种有效的途径,对于单细胞基因组测序有广阔的应用前景。小结总体来讲,单细胞基因组学市场的快速发展,主要得益于政府及科研单位的重视和资金投入、测序技术成本的降低以及RNA测序技术的进步。此外还有多组学分析的专门技术,涉及利用各种“组学”学科,如基因组学、蛋白质组学和转录组学来收集和分析复杂、大量的生物数据。虽前景大好,单细胞基因组学市场目前仍面临诸多挑战,如相较于群体细胞测序,单细胞样品的分离、获取难度会大幅度增加,由于管理大量测序数据输出而导致的潜在数据分析错误,相关企业卷入了各种涉及知识产权、并购和其他商业交易的诉讼案件,以及新冠疫情导致2020年初产品销售中断等可能存在的持续影响。目前,单细胞基因测序更多应用还处于基础科研阶段,预计到2025年,单细胞基因组学将在整个科学技术市场占有重要地位。
  • 评新而论Vol.01 达普Cytospark CSP高通量细胞筛选系统
    听用户真实评价,晓新品技术进展!【评新而论】第1期,本期主角是达普Cytospark CSP高通量功能性细胞筛选系统,分享3位来自高校及生物企业用户的真实评价。 仪器新品区 产品名称:Cytospark CSP 高通量功能性细胞筛选系统点击查看展位详情仪器特点:独特性:基于细胞表型的筛选,整合流式分选与ELISPOT 检测为一体,可依据细胞分泌产物(蛋白),并兼顾细胞表面及胞内标志物的单参数或多参数分选;高通量:单次实现106 B细胞的功能筛选;高效率:筛选速度相对传统 96 孔板法,提高 3-4 个数量级;低成本:减少试剂用量,试剂消耗降至传统方法的百万分之一;产品介绍:CSP高通量筛选系统改变了常规以微孔板为筛选体系的思路,利用液滴微流控技术,可实现单次百万级细胞包裹检测和分离。突破了常规高通量筛选的通量上限,为功能性细胞或困难靶点提供更多可能。在抗体发现工作流程中,使用 CSP 高通量筛选系统可将之前数周的筛选工作压缩到 1~ 2 天内完成, 精准且高效地完成对百万级单 B 细胞的筛选。为抗体药物的发现提供了更高效的解决方案。单 B 细胞抗体制备技术是最近十几年发展起来的一种可直接用原代 B 细胞制备全天然性抗体的技术,其原理是从免疫动物或患者的组织或外周血中分离抗原特异性 B 细胞,并筛选出分泌目标抗体分子的 B 细胞,结合单细胞 PCR 技术,扩增出 IgG 重链和轻链可变区基因,构建表达载体,之后进行表达、纯化、筛选和鉴定,以获取有效功能性抗体。该技术具有开发周期短,抗体保持重轻链天然配对,多样性丰富且亲和力高等优势。 用户评论区 用户1:“PL级反应体系,甚至可以实现基于稀少的原代细胞药物筛选”单位:上海某高校药学院评论:我们采购的达普基于微液滴高通量筛选系统,系统操作简单,且仪器免维护,系统使用PL级反应体系的功能性细胞筛选方式,不但节省了试剂用量,还可用稀少的原代细胞进行药物的筛选,以能更接近体内环境的方式筛选出有效的药物,系统不但能研究药物作用机制,在前期药物开发的过程中,还可用进行高通量化合物DEL库的筛选,是药物开发过程一个非常有用的先进工具!用户2:“一机多用!为我们节省大量试剂和时间,单B抗体筛选利器” 单位:上海抗体开发公司评论:我们因为抗体开发过程中高通量筛选的需求,采购了达普生物基于液滴微流控技术开发的CSP高通量功能性细胞筛选系统,该系统操作比较简单,并且通量很高,单次可以实现106B细胞的筛选,以帮助从大量的原代B细胞中筛出分泌高性能抗体的细胞,相比基于流式分选,培养,ELISA检测的方式,PL级的微液滴体系和1-2h的孵育时间,基于细胞外分泌抗体直接筛选高性能浆细胞,节省了大量的试剂和时间消耗。另外该系统可以根据不同的需求,基于磁珠法,报告细胞法等分别对可溶性抗原抗体或跨膜蛋白抗原抗体进行筛选, 一机多用,是单B抗体筛选不可缺少的先进工具。用户3:“解决了我们之前膜蛋白抗原获得难,跨膜蛋白抗体筛选难或无法进行的问题”单位:广州抗体开发公司评论:我们因为膜蛋白抗体筛选的需求购买了达普生物CSP高通量功能性细胞筛选系统;该系统基于微液滴技术,可将报告细胞与抗体表达细胞共包裹,基于报告细胞将阳性B细胞进行分选富集打印到96孔板,直接基于天然抗原筛选高性能抗体,解决了我们之前获得膜蛋白抗原难,跨膜蛋白抗体筛选难或无法进行的问题,目前我们已经基于该系统在跨膜蛋白抗体筛选上取得一些不错的进展,期待改系统未来在更多膜蛋白抗体筛选项目及我们真在规划的双特异性抗体筛选项目给我们带来更多惊喜!你还想看到哪款仪器新品的真实用户评价,请留言给我们。新品首发,尽在仪器信息网!相关服务欢迎垂询010-51654077-8215
  • 更高通量!10x Genomics推出新一代单细胞分析平台Chromium X
    单细胞分析已经成为生物学领域的一个变革性突破。了解细胞多样性有助于人们深入了解细胞内机制及其在健康和疾病中的应用。不过对许多研究人员而言,因为存在技术、成本和扩展性上的挑战,单细胞分析遥不可及。10x Genomics公司近日宣布推出新一代的单细胞分析平台——Chromium X系列。Chromium X单细胞分析平台由于其专有的Next GEM技术,使单细胞分析简单、可靠、可扩展。该技术的关键是能够生成数十万个单个单元分区,每个分区包含用于下游分析的识别条码。结合创新的试剂输送系统和软件分析工具,可以发现以前无法获取的生物信息。此外,Chromium X在10x Genomics Cloud中提供了完全集成的自动化系统支持,完整的温度控制,并改进了访问支持。总而言之这是一台强大而灵活的仪器,能够让百万级别的细胞研究变得常规。新系列Chromium X是10x Genomics单细胞分析平台的高通量版本,据10x Genomics公司介绍,其单个细胞实验仅需花费2美分。随着Chromium X系列的推出,单细胞测序在技术、成本和扩展性方面的挑战正在消失。Chromium X相当灵活,适合任何实验室,它能够在单次运行中分析数百个至数十万个细胞,让百万级的细胞研究变得常规。哈佛医学院单细胞核心实验室的科学主管Luciano Martelotto表示:“我们需要以更大的规模和尽可能高的分辨率来分析细胞,以便回答科学家的许多问题。大规模、高分辨率的时代即将到来,我们需要一些产品,让大规模转化实验变得常规,就像Chromium X承诺的那样。”10x Genomics的联合创始人兼首席科学官Ben Hindson表示:“新的Chromium X系列对我们来说是一个里程碑,也是我们迄今为止最雄心勃勃的项目。我们为科学家提供了一种先进的仪器,具有极大的灵活性,能够产生新的见解来促进人类健康。”Chromium X系列与10x Genomics现有的各种低通量和标准单细胞分析兼容,在数据管理、分析和协作上获得10x Genomics Cloud Analysis的支持。Chromium X系列现在接受预订,预计将在本季度晚些时候发货。
  • 回放视频集锦|基因测序仪新秀/单细胞和空间组学/临床分子诊断/宏基因组
    仪器信息网讯 2023年7月12日-14日,仪器信息网主办的“第六届基因测序网络大会”成功举办!会议共吸引近1400名来医院、高校、科研院所、海关系统、疾控系统、第三方测序服务商、工业领域等各界代表参会,盛夏酷暑,丝毫不减听众们的参会热情。本次会议发掘多家创新性企业分享最新技术和产品,并邀请到中国科学院微生物研究所、复旦大学等知名高校阜外医院等三甲医院、海关系统、第三方检验医学中心等多个单位的专家代表,内容覆盖临床分子诊断、单细胞空间组学、病原微生物宏基因组和靶向测序、海关检疫、分子育种等热门技术和应用会场。应广大用户要求,现将征得本人同意的报告视频整理如下。点击“回放”即可进入视频播放页面。2023/7/12 新仪器新技术RNA直接测序技术研究进展胡松年中国科学院微生物研究所 研究员回放单细胞时空组学测序杨朝勇厦门大学 教授回放Microbe-seq微生物单细胞基因组测序技术郑文山墨卓生物科技(浙江)有限公司 首席技术官/国产高通量基因测序仪孙雷深圳市真迈生物科技有限公司 CTO回放分层深度学习网络和异构计算进行高性能的NGS测序罗少波上海芯像生物科技有限公司高级系统总监/基于Bio-CMOS芯片的纳米孔测序技术的创新与突破涂浩波安序源生物科技(深圳)有限公司 产品总监回放2023/7/12 单细胞空间组学空间组学与新一代数字病理技术的开发与运用曹罡华中农业大学 教授回放单细胞诊疗生物芯片常凌乾北京航空航天大学 教授/IDH突变型影响肝内胆管癌异质性和免疫微环境IC)白凡北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC) 教授/单细胞测序技术在肿瘤诊断中的应用及探索何牮上海交通大学医学院单细胞组学与疾病研究中心 单细胞测序平台主任/2023/7/13 临床分子诊断NGS液体活检在肺癌复发监测和预后预测中的应用于津浦天津医科大学肿瘤医院研究员/心血管疾病分子诊断周洲中国医学科学院阜外医院实验诊断中心主任/毛细管电泳技术临床新应用顾晓璐赛默飞世尔科技基因科学事业部资深技术专家回放靶向测序(tNGS)在感染病原诊断中的价值与探索鲁炳怀中日友好医院 主任医师回放mNGS应用于感染性疾病中的探索及报告解读陈宏斌北京大学人民医院 副研究员/基于液体活检的肿瘤早筛研究进展及临床应用沈依帆重庆医科大学附属第一医院 中级检验技师/2023/7/13 病原微生物宏基因组&靶向测序mNGS与急危重诊疗:现状与展望宋振举复旦大学附属中山医院/病原体宏基因组分析:罕见及新发感染诊疗一体化解决方案陈力复旦大学回放宏基因组测序(mNGS)与靶向测序(tNGS)在感染病原诊断中的各自价值优势及技术探索谢名洲予果生物科技(北京)有限公司回放tNGS的实践和应用茆晨雪金域医学回放病原体宏基因组高通量测序的临床应用孙桂芹浙江中医药大学回放2023/7/14 海关检疫基因测序技术概述及在口岸食品检疫中的应用与展望王艺凯中国海关科学技术研究中心回放 1个月基因测序技术在口岸卫生检疫工作中的应用汪海波珠海国际旅行卫生保健中心(拱北海关口岸门诊部)回放高通量测序技术在进出境动物检疫及物种鉴定方面的应用和前景展望唐泰山南京海关动植物与食品检测中心回放基因测序技术在口岸检验鉴定中的应用杜智欣南宁海关技术中心回放 1个月2023/7/14 遗传育种油菜杂种优势的基因组设计育种蒋立希浙江大学/高通量测序在作物参考基因组和微生物组学的应用刘贵明北京市农林科学院生物技术研究所/高通量自动化分子育种技术与装备自主创新及应用实践徐大彬成都瀚辰光翼科技有限责任公司回放多维组学驱动的棉花功能非编码RNA挖掘赵汀浙江大学/豇豆分子育种技术研究与应用潘磊江汉大学/
  • Nature | 北大团队利用高通量单细胞测序技术揭示奥密克戎株免疫逃逸特征
    北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、昌平实验室谢晓亮/曹云龙课题组联合北京大学生命科学学院肖俊宇课题组、中国科学院生物物理所王祥喜课题组、中国食品药品检定研究院王佑春课题组、南开大学沈中阳课题组于2022年6月17日在《自然》杂志在线发表了题为BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection的研究论文,发现奥密克戎突变株BA.2.12.1、BA.4、BA.5新亚型呈现出更强的免疫逃逸能力,并且对奥密克戎BA.1感染者康复后血浆出现了显著的中和逃逸现象。研究人员通过高通量单细胞测序、分离并表征上千个新冠单克隆中和抗体后,发现奥密克戎BA.2.12.1、BA.4、BA.5进化出的新突变能够特异性逃逸BA.1感染所诱导产生的中和抗体。并且,奥密克戎BA.1感染存在“免疫原罪”现象,即BA.1感染主要唤起之前原始株疫苗所诱导的记忆B细胞,而很难产生特异性针对BA.1的中和抗体。这些发现提示,基于BA.1的奥密克戎疫苗可能已不适合作为现有免疫背景下的加强针,所诱导出的抗体对新变异株将不具有广谱保护效力。并且,由于新冠病毒存在“免疫原罪”现象并且可以快速进化出免疫逃逸突变位点,通过奥密克戎感染实现群体免疫是极难实现的。目前主要的奥密克戎变异株都具有较高的传播能力,为了研究其传播能力与刺突蛋白(Spike glycoprotein)构象和受体结合能力的关系,合作团队解析了奥密克戎变异株BA.2、BA.3、BA.2.12.1、BA.2.13以及BA.4/5刺突蛋白三聚体的冷冻电镜结构,并分别测定各突变体刺突蛋白或受体结合域(RBD)与hACE2的亲和力。结构分析表明,BA.4/5携带的F486V突变可能导致hACE2亲和力下降,但L452R和493Q回复突变降低了这一影响。研究结果显示BA.2.12.1、BA.2.13和 BA.4/5对hACE2的亲和力与BA.2相当。图1 奥密克戎各突变株Spike结构与RBD的hACE2亲和力研究发现,接种三针疫苗人群的血浆对BA.2.12.1和 BA.4/5的中和能力相比BA.2有大幅下降,且BA.1突破感染的康复者血浆对BA.2.12.1和BA.4/5的中和能力也有明显下降。流式细胞分析和单细胞VDJ测序结果说明,BA.1突破感染主要唤起人体内接种疫苗后产生的对原始株的体液免疫记忆,由此诱发的抗体可以同时中和原始株和BA.1,但对新变体的广谱中和活性不佳,这符合“免疫原罪”理论,提示基于BA.1的奥密克戎疫苗难以对新的突变体提供广谱有效的预防能力,可能并不适合作为现有人群免疫背景下的加强针(图2)。图2 疫苗接种者、BA.1突破感染康复者、接种疫苗的SARS康复者血浆对各毒株的中和活性对抗体药物的研究也印证了奥密克戎株新亚型高度的中和抗体逃逸能力,多数现存抗体药物对奥密克戎中和活性大大下降。BA.2、BA.4和BA.5携带的S371F、D405N和R408S位点突变导致大部分乙型冠状病毒广谱抗体(如S309)失活,而LY-CoV1404(Bebtelovimab)和COV2-2130(Cilgavimab)仍然对BA.2.12.1和BA.4/BA.5保持中和活性。此外,团队筛选出了一对表位不冲突的广谱乙型冠状病毒中和抗体组合SA58和SA55,该抗体对能高效中和包括奥密克戎株新亚型在内所有流行过的突变株,以及非典病毒,RaTG13,Pangolin-GD等Sarbecovirus病毒,有望成为兼具强效预防和治疗效果的药物(图3)。图3 现存抗体药物对各毒株的中和活性为了进一步探究奥密克戎突变株的中和抗体逃避机制,团队利用高通量深度突变扫描技术确定了1640 个与RBD结合的抗体的逃逸图谱、表位分布和对奥密克戎株中和功效,其中614个和411个分别来源于BA.1 康复者血浆和接种新冠疫苗的SARS康复者血浆。通过对逃逸图谱的无监督聚类,抗体分为A、B、C、D1、D2、E1、E2.1、E2.2、E3、F1、F2、F3 12类,数据表明属于同一类内的抗体有相似的结合抗原和中和特征,各类抗体的主要逃逸位点与该类代表性抗体在复合物结构中的结合表位一致(图4)。图4 原始株RBD抗体的表位分类及各类抗体特征614个来自BA.1突破感染康复者血浆的抗体中包括512个原始株/BA.1 RBD交叉结合的抗体,以及102个仅结合BA.1 RBD的抗体。交叉结合抗体主要富集于E2.1、E2.2、E3、F1等非ACE2竞争表位,其中E3和F1类抗体的中和活性普遍较差,E2.2类抗体中和活性一般,E2.1类抗体虽有较好的中和活性,但受携带L452Q 的BA.2.12.1和携带L452R的BA.4/5的影响,中和活性降低。仅结合BA.1的抗体则几乎都与ACE2竞争,具体的结合位点与结合原始株RBD的抗体大不相同,这表明BA.1 RBD的抗原性相比原始株RBD有很大变化。同时,这部分抗体被BA.2和BA.2.12.1的D405N及BA.4/5的F486V/L452R严重逃逸。这些结果单个抗体水平解释了为何BA.1突破感染的康复者血浆被奥密克戎株新亚型逃逸(图4、图5)。图5 BA.1 RBD特异性抗体的表位分类、中和活性及逃逸位点假病毒中和实验和结构分析表明,SARS-CoV-1/2 RBD交叉结合的广谱中和抗体集中分布的表位(E1、F2、F3)也都受到BA.2、BA.2.12.1、BA.2.13和BA.4/5所携带的S371F、D405N、R408S突变的影响。其中E1类抗体由于S371F引起的局部构象变化导致亲和力下降,F2/F3类抗体多数被D405N和R408S突变逃逸。这表明乙型冠状病毒B支系(sarbecovirus)的广谱中和抗体也在很大程度上被奥密克戎BA.2、BA.2.12.1、BA.2.13和BA.4/5变异株逃逸(图6)。图6 乙型冠状病毒B支系广谱中和抗体的中和活性、结构特征及逃逸位点本研究展示了联合高通量单细胞测序技术和高通量深度突变扫描技术在抗体筛选表征工作上的强大应用潜力,结合逃逸图谱聚类和各个表位代表性抗体的结构分析,成功在单个抗体水平上解析出奥密克戎BA.1株突破感染康复者血浆中抗体的表位分布,以及奥密克戎株新亚型逃逸各类中和抗体的物理化学机制,并构建出新冠病毒RBD抗体结合表位、逃逸图谱、中和活性的综合数据库,为后续抗体药物和广谱疫苗的研发提供数据支撑。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-022-04980-y
  • 高通量自动化成像及分析设备使用心得——中科院分子细胞科学卓越创新中心高级工程师韩帅
    为帮助广大实验室用户及时了解高内涵成像前沿技术、创新产品与解决方案,向用户传递准确、实用的技术干货和宝贵的实验经验,仪器信息网特别组织策划“高内涵成像技术”主题约稿活动(点击查看)。本期,特别邀请到中国科学院分子细胞科学卓越创新中心化学生物学平台技术主管韩帅博士谈一谈高通量自动化成像及分析设备方面的使用心得。中国科学院分子细胞科学卓越创新中心 韩帅 高级工程师韩帅,博士,高级工程师,中国科学院分子细胞科学卓越创新中心化学生物学平台技术主管,负责功能基因组筛选、高内涵筛选及单细胞转录组测序文库构建等技术体系搭建,为药物新靶标发现等高通量筛选项目提供技术咨询和服务。建立了多种基于高内涵的高通量筛选体系,作为主编组织编写了《高通量筛选技术实验手册》及《高内涵成像与分析实验手册》;利用自动化设备建立了基于384孔板模式的单细胞转录组自动化建库体系。所建立的技术体系帮助用户在Nature、Cell、Cancer Cell、Nature Genetics等知名期刊发表多篇研究论文。俗话说:“眼见为实”,显微成像技术是生命科学研究领域中至关重要的检测手段之一。随着自动化技术与显微成像技术的融合,以及图像分析技术的提升,涌现出了一大类高通量自动化成像及分析仪器。这类仪器不仅可以帮助我们在短时间内迅速获取大量图片,而且能够从中提取出多种参数的定量信息。这些特点使其能够最大程度上避免传统高通量筛选检测方式因检测指标相对单一而带来的假阳性和假阴性结果。目前,高通量自动化成像及分析设备在高通量药物筛选、功能基因组筛选及其他多样品检测项目中有了越来越广泛的应用,涉及的领域也涵盖了细胞信号通路、肿瘤、神经生物学、免疫学、传染病学、干细胞等多种生物学研究领域。中国科学院分子细胞科学卓越创新中心化学生物学技术平台是一个以高通量实验技术为手段,为功能基因组筛选及药物筛选等通量化实验提供服务的技术平台。显微成像是我们开展高通量筛选项目的重要检测手段之一。为了最大程度满足中心乃至全国用户在高通量成像及定量分析方面多元化的实验需求,平台目前配备了5台侧重点不同、各有优势的高通量自动化成像及分析设备。为了帮助用户获得最佳数据,我们对成像实验主要从以下三个方面进行综合考虑:实验标记体系选择、成像设备选择及图像分析方法设置。其中实验标记体系及图像分析方法设置在《高内涵成像及分析实验手册》中有详细描述,本文将结合我们在技术服务过程中的体会,重点就如何选择合适的高通量自动化成像及分析仪器进行讨论。我们参考平台现有的设备,将自动化成像分析仪按照性能特点大致分为三个类别,下文将分类探讨其特点及应用。1. 高内涵成像分析仪高内涵成像分析系统通常具备高分辨率、多通道成像、大样本容量和高通量的能力,配合强大的图像定量分析软件,适用于高度复杂的细胞和生物分子研究,如细胞表型分析、药物筛选等。具体来说,高分辨率的成像能力使研究者能够在微观水平上观察细胞和亚细胞结构的微观细节;其次,多通道成像使得研究者可以同时获得多个生物标记物的信息,为复杂生物学研究提供更全面的数据;高通量性能使得在相对短的时间内处理大量样本成为可能,支持高效的大规模实验和筛选。高内涵成像分析仪配备非常强大的图像分析软件,这是它区分于其他类别高通量成像分析仪的最主要方面。其软件可以自动识别、分割细胞及细胞亚结构,并在此基础上对数目、形态、强度、定位、运动轨迹、纹理等多种参数进行定量化分析。大多分析软件的界面呈现为可自由组合的多种分析模块,用户可以像使用命令语句编写程序一样,根据实际需求非常灵活地将模块按照特定逻辑进行个性化组装,最终获得所需参数。分析软件还可以提供单个细胞的数据,并可根据单细胞数据对整体细胞进行亚群分类,非常适合异质性培养体系的分析。对于动力学实验,分析过程中配合细胞追踪模块(cell tracking)可以拿到每个单细胞的动力学变化数据。很多高内涵的分析软件中还加入了机器自学习或人工智能,对于复杂的表型或高通量筛选过程中会出现的不可预测的多样化表型进行智能化分析。这种智能化的图像分析有助于从庞大的图像数据中提取有意义的信息,加速实验结果的分析和解释。根据光路设计的不同,高内涵又分为共聚焦高内涵及宽场高内涵两大类。共聚焦成像模式最大的优势在于去除了来自非焦面的信号,从而极大地提高图像的信噪比,使图像更清晰。但这并不意味着宽场成像在所有应用中都劣于共聚焦成像。在我们的实际运行过程中,宽场成像可以满足大部分日常需求,例如荧光强度、细胞形态、细胞迁移、周期、类器官大小和数目检测等等。在某些对信噪比要求较高的实验中,共聚焦表现出更大的优势。例如,对比较厚的样品(如类器官或多层生长的细胞)进行成像并需要对单个细胞进行精确定量时,共聚焦成像会去除大量来自非焦面的信号,从而给出更准确的数据;当关注的细胞亚结构尺寸较小(例如自噬小体、蛋白聚集体等呈现为点状的结构)时,共聚焦成像会获得信噪比更高的图像,使计数或荧光强度的分析更加准确;另外,对于信号较弱的样品,由于共聚焦成像一般使用能量强波长单一的激光作为激发光源,且通过pinhole过滤掉大部分来自培养基及板底的背景信号,图像信噪比会较宽场成像有非常显著地提升。高内涵成像分析仪在生命科学研究中的应用非常广泛。在细胞生物学中,它们被用于研究细胞形态学、细胞内信号传导、亚细胞结构等方面。在药物筛选和药物发现中,高内涵成像分析仪可以用于评估化合物对细胞的影响,加速新药物的发现和开发过程。此外,这些设备还在生物标记物研究、基因表达分析、蛋白质相互作用研究等方面发挥着关键作用。2. 分析功能相对简单而明确的自动化显微镜相比于分析功能丰富而灵活但操作门槛较高的高内涵成像分析仪,另外一类仪器应用场景明确且操作简单更易上手。这类仪器在成像方面具有高度自动化的功能,成像速度快,能够拍摄高质量的明场及荧光图像;用户友好的操作界面使得操作者能够轻松设置实验参数、调整显微镜设置,并进行图像采集;但物镜配置往往以低倍镜为主,这些特点决定了这类成像仪器的应用场景基本以细胞整体水平的观测和分析为主,不适用于对分辨率要求更高的细胞亚结构水平的检测;分析软件提供的分析功能相对简单而明确,界面大多以已开发好的分析流程呈现给用户,用户只需优化部分参数的设置即可。结合我们平台的实际运行情况,这类仪器较多的应用是细胞计数、细胞活死分析、病毒感染/质粒转染效率分析、细胞融合度分析/生长曲线绘制、基因表达/细胞整体荧光强度分析、克隆个数分析等。概括来讲,如果实验的定量需求基于细胞计数,或是整体荧光强度,或孔内特定区域的分析(如细胞克隆或细胞融合度),都可以考虑这类自动化显微成像仪器。由于这类仪器低倍镜成像速度快,在以酶标仪读值作为主要检测指标的高通量筛选体系中,我们会根据具体情况建议用户在实验结束之前利用自动化显微镜收集全孔图像,便于后续酶标数据分析过程中对阳性孔或数据异常的孔回溯图像,从而帮助筛选者有效减少传统高通量筛选体系中的假阳性和假阴性。例如,实验结束前,在不影响酶标检测体系的前提下,利用核染色或明场成像统计孔内细胞数,可辅助校正由孔间细胞数差异导致的酶标读值变化。总之,这类仪器虽然功能相对简单,但它们提供了快速而有效的图像获取及简便的定量分析解决方案。3. 自动化活细胞长时程监测设备若要对活细胞样品进行较长时间的跟踪拍摄,通常需要在拍摄过程中提供二氧化碳、温度及湿度控制。虽然大多数自动化成像仪器能够实现二氧化碳和温度的控制,然而对于需要长时间跟踪拍摄的实验,如细胞生长曲线监测和细胞迁移监测往往需要持续数天,湿度控制对于确保在观察期间细胞处于最适宜状态变得尤为关键。这种情况下,就需要使用自动化活细胞长时程监测设备。自动化活细胞监测设备的湿度控制有多种实现方式。一种是体积较小可直接放入细胞培养箱内使用的活细胞工作站,细胞培养箱为成像设备内的样品提供所有环境控制。这类仪器通常具备多个板位,能够实现对中等通量样本的同时监测。另一种方式是成像设备自身搭载自动湿度控制模块。另外,对于开放式的自动化显微镜,可通过在载物台上加装具有活细胞环境控制模块的腔室(chamber),来实现在拍摄过程中对活细胞环境的控制。然而,这类设备一次只能实现一块板的连续拍摄,更适用于低通量样本监测。此外,我们平台还采用了将高内涵成像设备通过机械臂与自动化培养箱整合的方式,实现活细胞长时程监测。当一块样品板完成拍摄后,机械臂将其送回自动化培养箱,继续下一块样品板的拍摄。这种运行方式也可实现中等通量的样品监测,但只适合拍照时间点间隔较长的实验。在某些研究项目中,还会出现对氧气浓度有要求的实验(例如研究低氧或高氧环境对细胞的影响)。这种情况对环境控制提出了更高的要求,需要成像设备或培养箱搭载氧气浓度控制模块。自动化活细胞长时程监测设备通过连续、实时的图像采集,使研究人员能够观察和记录细胞的实时变化。对于研究细胞的实时响应、细胞迁移、细胞周期、细胞增殖等过程至关重要,确保我们不会错过微观层面上的关键事件。综上所述,高通量自动化成像分析设备的不同类别在生命科学研究中各具特色,为科学家提供了多样化的工具,促进了研究的深入发展。高内涵成像分析仪通过高分辨率成像及丰富多样化的定量分析指标为生物学研究提供了深刻的洞察;分析功能相对简单而明确的自动化显微镜为分辨率要求不高的通量化检测提供了快速有效的图像获取及简便的定量分析解决方案;而活细胞长时程监测设备则使得细胞动态过程的观察更为全面和细致。这三类设备相互补充,共同推动了生命科学领域的进步,为科学家提供了更广阔的研究空间。在未来,随着这些设备技术的不断创新和进步,会更好地服务于生命科学研究。如有技术干货、科研成果、仪器使用心得、生命科学领域热点事件观点等内容,欢迎投稿,投稿邮箱:zhaoyw@instrument.com.cn,关于征稿内容要求也可邮件咨询或电话联系:13331136682(同微信)。
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