质谱代谢组定量

[color=#231815]色谱-质谱联用技术在代谢组学中的应用[/color][color=#231815][color=#333333]代谢组学是对生物体受外部刺激所产生的小分子代谢产物的变化或其随时间的变化进行研究的一门学科,以实现对体液、细胞以及组织提取物等复杂的生物样本中所有代谢产物的定性和定量分析为研究目标。色谱-质谱联用技术在代谢组学的研究中已显示出极大的发展潜力。本文主要综述近年来代谢组学研究中涉及的色谱-质谱联用技术及其数据处理方法,重点介绍各种分离技术的特点及其在应用中的关键问题,并对其在代谢组学应用中的未来发展给予展望。 [/color][/color]

waters质谱中代谢组学采集数据是不是选continuum，continuum是不是profile？

[size=16px]生物质谱用于中药代谢组学研究是通过比较不同剂量中药小分子对机体干预后代谢谱的异同，找到生物标志物( biomarker )或生物标志模式( biomarkerpatterns)，为中药对不同证候的作用提供系统的支持。戴伟东等用代谢组学方法评价了中药通心络和人参对过度疲劳大鼠的干预作用。通过构造大鼠过度疲劳模型，并分别用通心络和人参进行干预，采用快速[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p][color=#3333ff]液相色谱[/color][/url]-离子阱-飞行时间质谱(UPLC-IT-TOF-MS )获取大鼠血浆代谢轮廓，并用正交偏最小二乘法(OPLS)进行多变量统计分析，分别找出用于区分通心络和人参干预组大鼠同正常对照大鼠、过度疲劳大鼠的重要差异代谢物。结果显示过度疲劳大鼠体内的色氨酸、胆汁酸、溶血磷脂酰胆碱等代谢通路发生较大变化，经通心络或人参干预的大鼠整体代谢轮廓趋向正常水平，并能够部分调节上述发生变化的代谢通路使之往正常方向变化。[/size]

有没有代谢组学好的靶向方法推荐啊， 有质谱平台，可是方法开发太难了，最好有几类化合物可以一起绝对定量的方法或者试剂盒，请大神多指教??????

自代谢组学的概念1999年被首次提出以来，至今已经发展了20余年，已成为生命科学和医学等研究领域中不可或缺的部分。代谢组学是系统生物学的重要组成部分，通过对生物体内所有代谢物进行定性定量分析，寻找代谢物与机体生理病理变化的相关性。生物体作为有机的整体，各部分相互关联、相互制约。通过代谢组学的研究，可阐明分子调控机制、小分子物质的产生、变化规律、获取生物标志物和所参与的代谢通路等。基因与蛋白质的表达紧密相连，而代谢物则更多地反映细胞所处环境，与细胞的营养状态、药物和环境污染物作用，及其它外界因素密切相关。因此，与基因组数据相比，代谢组能够更加真实地反映出生物系统内正在发生的事件，更加真实地描绘出生命本质，故而代谢组背后的生物大数据具有更高的挖掘价值，是后基因组时代的研究焦点。质谱法因其较宽的动态范围、高灵敏度、高重现性、分析复杂生物样品的能力，已被广泛应用于代谢组学研究中。[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p][color=#3333ff]液相色谱[/color][/url]与高分辨质谱的联用技术发展较早，是目前代谢组学研究中应用最为广泛的分析手段。而后来出现的[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]与高分辨质谱联用技术，因其在挥发性代谢物分析方面的独特优势，近年来发展迅猛。GC-HRMS适合分析挥发性热稳定的小分子代谢物，如氨基酸、有机酸、脂肪酸、糖类等基础代谢物。因脂肪难以气化，无法被[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]分离，会对仪器造成污染，因此GC-HRMS不适合用以分析脂肪含量高的样品，很少被用来做脂质组学的分析。与LC-HRMS相比，GC-HRMS最大的优点在于标准化的70 eV电子轰击离子源（EI）生成的质谱图具有极高的重现性，不仅有NIST、Willey等标准化的质谱数据库，而且不同实验室间的结果也具有很好的可比性。经过质谱图比对和脂肪酸甲酯或正构烷烃保留指数校正，代谢物的定性确证相对简单，且有较高的可信度。相对而言，LC-HRMS由于分析仪器、电离能、碰撞能、洗脱溶剂的选择不同，不同实验室生成的质谱图可能相差很大，代谢物定性确证对于数据库的要求很高。而GC-HRMS相对于LC-HRMS的劣势主要在于样品前处理和数据处理的复杂程度。在使用GC-HRMS分析代谢组样品时，往往需要预先进行衍生化（常用的有甲酯化或硅烷化），降低待分析物的沸点，提高热稳定性，弱化极性，使之能够被[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]分离。而衍生化产物稳定存在的时间较短，往往需要在两天内完成一个批次样品的上机分析。在衍生化过程中，代谢物的衍生化程度不同，可能导致同一种代谢物在多个不同位置出峰，在后期数据处理时需要这些重复数据的去除与处理。此外，EI源生成的质谱图中往往不存在分子离子峰，无法得知待测物的分子量，必须与标准谱图或者已知谱图对比才能确证，因此只能用来分析那些已知的代谢物，无法对未知的或者新的代谢物进行定性分析。同时，用GC-HRMS相对定量时，只能选择碎片离子作为定量离子，容易被背景或杂质中的其他碎片离子干扰，影响定量结果。在选择定量离子时，需要特别注意避开那些背景或杂质中经常出现的碎片离子，最好人工检查每个定量离子的积分情况，最大程度地排除干扰。总之，在代谢组学分析中，选择GC-HRMS还是LC-HRMS主要根据样品情况和研究目标决定，分析基础代谢物、观察代谢组间的变化和差异建议选择GC-HRMS，而要分析极性大分子代谢物、筛选新的生物标志物，则建议选择LC-HRMS。

代谢组学研究代谢组学(metabonomics／metabolomics)是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。基因组学和蛋白质组学分别从基因和蛋白质层面探寻生命的活动，而实际上细胞内许多生命活动是发生在代谢物层面的，如细胞信号释放（cell signaling），能量传递，细胞间通信等都是受代谢物调控的。代谢组学正是研究代谢组（metabolome）——在某一时刻细胞内所有代谢物的集合——的一门学科。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。化学分析技术中最常用的是^1H核磁共振(^1HNMR)以及色谱(毛细管电泳)-质谱联用(X—MS)。代谢组学属于全局系统生物学（Global systems biology）研究方法，便于对复杂体系的整体进行认识．譬如，一个正常工作的人体包括“人体”本身和与之共同进化而来且共生的消化道微生物群体（或称菌群），孤立地研究“人体”本身的基因，转录子以及蛋白质当然可以为人们认识人体生物学提供重要信息，但无法提供使人体正常工作不可缺少的菌群的信息．人体血液和尿液的代谢组却携带着包括菌群在内的每一个细胞的信息，因此代谢组学方法对研究如人体这样复杂的进化杂合体十分有效．早在20世纪60年代，代谢物组学的核心技术——核磁共振技术（NMR），就已经被应用到代谢研究中。但直到20世纪90年代，随着模式识别分析技术的发展，代谢谱的定量分析才得以实现，并应用于药物和基因功能的研究。利用代谢物组学研究药物对整体的作用主要依赖于多参数检测外源物质攻击所导致的机体新陈代谢改变。这种方法也适合研究基因突变和转基因所产生的代谢改变以及疾病诊断和疗效评价。在药物发现阶段，它可以进行体内毒性研究、先导药物的筛选和目标化合物的优化及体内动物模型的药效筛选。在药物开发阶段，它可以在临床前安全性评价方面进行生物标志物的发现和毒性机制的研究，从而可有效地利用动物模型研究人类疾病的治疗，发现与临床安全性和有效性有关的生物标志物。代谢组学已经广泛地应用到了包括药物研发，分子生理学，分子病理学，基因功能组学，营养学，环境科学等重要领域．在代谢组学诞生的过去6年里，有关代谢组学的研究论文和专利以指数的形式逐年增长．可以预见，这门新兴学科将应用到更为广泛的领域．

1．前言 随着科学与技术的发展，新药研发的速度正在日益加快，使得新药安全性评价工作的压力也变得越来越大。在新药研究开发过程中，因为安全性问题而被淘汰的候选药物占相当大的比例。一旦潜在的药物分子通过了初步的生物学筛选过程，就应该尽量减少这些候选药物分子在产品研发过程中的流失，以免造成巨大的资金和时间的浪费。因此，人们努力寻找新的分析方法，以便从功效和安全性两方面使得先导化合物的筛选更有效，从而尽可能地减少这种浪费。目前的生物分析手段主要利用基因组和蛋白质组方法，分别从基因水平和细胞蛋白质表达水平上测量生物体系对药物的反应。这两种方法都较昂贵，且劳动强度较大，然而却可能是研究在不同水平上对生物异源物质的生物应答的有力工具。但是，基因组学和蛋白质组学都不能提供可以了解生物体中整体细胞功能的信息，因为两者都忽略了整体器官中动态的代谢状态。因此，Nicholson等人提出了一种基于核磁共振的新方法，叫做metabonomics，我们暂且称之为代谢组学，以便与由代谢物组（metabolome）衍生而来的metabolomics相区别。Metabolomics研究的是一个细胞或细胞类型中所有的小分子成分，而metabonomics则是通过分析生物体液和组织来对完整的生物体（而不是单个细胞）中随时间改变的代谢物进行检测、确定、定量和分类；然后将这些***代谢轨迹与病生理过程中的生物学事件关联起。从药物研究和毒理学评价的角度来看，基因组学方法是观察给药后基因表达的改变，主要采用基因芯片技术。然而，基因调节/表达与系统的整体功能之间的关系在目前还很不清楚，主要是因为决大部分DNA是非编码的，而编码蛋白质的基因不能孤立地发挥作用，而是需要与其邻近的基因和非编码DNA一起才能发挥其功能。正式由于这个原因，人们才发展了蛋白质组学。蛋白质组学方法可以对由给药或其它病生理过程引起的细胞蛋白质组成变化进行半定量的测量。蛋白质组方法所采用的技术主要包括双向凝胶电泳和质谱技术。与基因组方法相比，蛋白质组方法较慢，且劳动强度较大。需要强调的是，虽然这些方法能够在很大程度上揭示毒理学机理，并且给出与疾病相关的新的生物标记物，却很难将这些发现与经典的毒理学指标相关联。原因很简单，因为目前的技术和方法不能对给药后反应的整个进程进行测量，也不能对生物整体的应答进行测量。因此需要发展一种新的方法来实时给出多器官生物整体的在体信息。基于NMR的代谢组学（metabonomics）方法可以满足这样的要求。2．Metabonomics在药物毒理学研究中的应用 代谢组学的目的是要扩展和补充由基因组学和蛋白质组学方法得到的对生物异源物质应答的信息。其任务是定量测量生物体对病生理刺激或基因改变的动态多参数代谢反应，是研究药物毒性和基因功能的技术平台。这个概念是根据Nicholson小组近二十年来利用1H NMR技术研究生物体液、细胞和组织中多组分代谢组成的工作而提出的。在这些研究中，还利用了模式识别，专家系统和相关的生物信息学工具。在许多情况下，药物通过与遗传物质直接作用而产生毒性，或通过诱导系统合成与药物代谢有关的酶，从而产生有毒的产物。在这种情况下，用基因组和蛋白质组学方法来评价毒性是有用的。然而，在生物异源物质有可能只在药理学水平上产生作用，因而可能不会影响基因的调节和表达。再者，显著的毒理学效应可能与基因的改变和蛋白质的合成完全不相关。因此，在许多情况下，从基因组和蛋白质组角度考虑到的反应可能不能预测药物毒性。但是，所有的由药物引起的病生理紊乱都会由于直接的化学反应，或通过与控制代谢的酶或核酸相结合而引起内源生化物质在比例、浓度、代谢通量等方面的失调。如果这种变化足够大的话，就会影响整个生物体的功能。生物体液中的代谢物是与细胞和组织中的代谢物处于动态平衡，因此，生物体中由于中毒或代谢损害而引起的细胞功能异常一定会反映在生物体液成分的变化中。要检测血浆、尿液、胆汁等生物基质中的一些具有特殊意义的微量物质，选择合适的分析方法致关重要。高分辨1H NMR波谱就非常适合用来检测生物体液中的成分异常，因为该方法可以同时对所有的代谢物进行定量分析，而且不需要样品前期准备，对任何成分一样灵敏。虽然也可以采用如质谱等其它方法，但对不同成分离子化程度的差别会影响定量和检测的可靠性。NMR方法还可以有效地用来从组织萃取物或细胞悬液中找出异常的代谢物。还可以利用高分辨魔角旋转（HR-MAS）探头来检测完整组织中的代谢物组成。由1H NMR谱检测到的生物体液中的内源性代谢物模式完全依赖于动物体内的毒素的类型。每一种类型的毒物都会在生物体液中产生特征的内源代谢物浓度和模式变化，这种特征给我们提供了毒性作用的机理和毒性位置的信息。右图所示为一系列尿样的1H NMR谱图，是大鼠经不同的毒物处理后得到的。每一张谱图只需几分钟的时间，是非常有效的。可以看出，不同毒素引起的代谢物变化是有特征性的。因为几乎所有的代谢物都有其特征的NMR谱，因而可以作为毒物引起的代谢变化的指纹图谱。利用NMR方法，人们已经成功地发现了许多新的器官特异相关毒性的代谢标记物。作为分析生物化学技术，NMR正是在这种探索性的工作上具有优势。

http://img3.17img.cn/bbs/upfile/images/20100518/201005181701392921.gifiCMS2014 质谱网络会议——蛋白质组学/代谢组学专场会议时间：2014年11月20日 09:30—17:00【简介】 仪器信息网将于2014年11月18-21日举办"第五届质谱网络会议（iConference on Mass Spectrometry，iCMS2014）"，本届会议将与中国化学会质谱分析专业委员会合作举办，旨在通过网络会议平台给国内质谱科学家提供一个全新的沟通交流平台，提高质谱科学研究和应用水平。 本届网络会议为期四天，将开设质谱新技术专场、地质能源专场、药物分析专场(上)、药物分析专场(下)、蛋白质组学/代谢组学专场(上)、蛋白质组学/代谢组学专场(下)、环境专场、食品专场共8个主题，每个主题为1个分会场，时长为半天或一天，大会将提醒近30名著名质谱专家就不同的主题做精彩的报告并同期与大家进行交流。成功报名并准时参会的用户均可获得一份iCMS历届会议的精选光盘（2张），并有机会获赠100元手机充值卡和Kindle Paperwhite电子书阅读器（4GB）。 iCMS2014—蛋白质组学/代谢组学专场(上)1）蛋白质泛素化的定量蛋白质组学研究——李衍常 博士 北京蛋白质组研究中心2）Protein complex research approach based on protein immunoprecipitation in coupling with mass spectroemtry （基于蛋白免疫沉淀－质谱分析的蛋白质复合物研究） ——胡克平 教授 中国医学科学院药用植物研究所报名地址：http://www.instrument.com.cn/webinar/meeting/meetingInsidePage/1078 iCMS2014—蛋白质组学/代谢组学专场(下)1）细胞间信号传导的蛋白质组学方法探究——田瑞军 南方科技大学化学系2）Ion Mobility Derived Collision Cross Sections to Support Metabolomics and Lipidomics——Giuseppe Astarita Georgetown University Washington D.C. U.S.A.3）基于GC/Tof的代谢组学技术在基础及临床医学研究中的应用——王晓艳 上海交通大学系统生物医学研究院报名地址：http://www.instrument.com.cn/webinar/meeting/meetingInsidePage/1079-------------------------------------------------------------------------------1、报名条件：只要您是仪器网注册用户均可报名参加。2、报名及参会咨询：QQ群—231246773

【网络讲堂】：基于Orbitrap质谱的定量蛋白质组学技术新进展【讲座时间】：2015年01月29日 14:00【主讲人】：李静 （赛默飞世尔公司色谱质谱部应用研究中心质谱应用工程师，在赛默飞一直致力于蛋白质组学的技术支持，积累有丰富的分析经验。）【会议简介】1、 2015 CNHUPO生物质谱蛋白质定量高级研讨会新进展介绍2、 Thermo DIA(数据非依赖采集)定量技术新应用3、 Thermo TMT SPS MS3定量技术新应用-------------------------------------------------------------------------------1、报名条件：只要您是仪器网注册用户均可报名参加。2、报名并参会用户有机会获得100元手机充值卡一张哦~3、报名截止时间：2015年01月29日 13:304、报名参会： http://www.instrument.com.cn/webinar/meeting/meetingInsidePage/13225、报名及参会咨询：QQ群—231246773

随着代谢组学在医药生物各领域中的发展，[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]-质谱联用技术（GC/MS）成为组学分析平台中最为常见的技术手段之一。对于生物样本（如尿、血、组织、唾液以及细胞等）中氨基酸、有机酸、多糖、胆固醇、维生素、酰胺、多胺、多醇、脂肪酸、激素、核苷酸、磷酸酯、多肽等小分子代谢物而言，GC/MS具有灵敏度高、分辨率强、重现性好以及高通量的优点。在代谢组学的分析策略中，不同类型的样品通过不同的提取方法和衍生反应方法获得相应的GC/MS总离子流色谱图，然后经过数学转化得到不同生理或病理状态下的机体的代谢谱，并建立数学模型，获得体内内源性代谢物的变量，再利用MS中强大的谱库检索系统或谱图解析功能进行分析，最后解释这些代谢物变化的生物学意义。早在1971年GC/MS就被临床用于检测一些特征性标志的代谢物以诊断疾病，例如尿中胆固醇和有机酸代谢物的变化。1978年，Gates和Sweeley等曾采用代谢谱分析技术对临床患者血和尿等样品中化合物进行定性和定量分析。2000年，Fiehn研究小组采用GC/MS方法对模型植物拟南芥的叶子提取物进行了植物代谢网络的研究。此后，代谢物靶标分析、代谢轮廓（谱）分析代谢指纹分析、代谢组学研究已经逐渐地被广泛应用于生物样本的药物安全性评估、疾病机制分析和生物标志物探索，并且对于机体受到外界环境刺激或扰动后其代谢产物产生的动态响应提供了一种全面的理解。比如以血清为研究对象，基于GC/MS分析技术的代谢轮廓谱观察到尿毒症患者与正常人代谢物中氨基酸（缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸）和脂肪酸（肉豆蔻酸、亚油酸）的异常变化，且被测物质灵敏度、稳定性非常好。同时与临床生化指标一致。同样，在中药雷公藤的毒性学研究时，根据GC/MS分析给药前后不同时间点的老鼠尿样结果，对中药安全性及多靶点作用的机制研究提供了新的思路。今年，GC/TOF-MS和GC×GC/TOF-MS技术中TOF-MS的快速扫描和强大的反卷积功能为生物样本的分析提供了高分辨率和高灵敏度的保证，也逐渐被用于代谢组学中尿、血、组织的研究，如Underwood等采用GC/TOF-MS研究Huntington疾病患者与转基因老鼠模型的血清代谢轮廓谱，并讨论其发病机制。与单维色谱相比，两维的色谱信息更全面更广泛，族分离效应、分辨率和灵敏度明显提高，且相应时间缩短，得到的光谱纯度大大改善。Welthagen等应用GC×GC/TOF-MS技术探究NZO肥胖鼠与C57BL/6鼠组织提取物中的代谢物变化，研究结果表明配置四级杆质量分析器的MS对样品的分析一次仅获得五六百个色谱峰，而TOF-MS却能检测到一千多个色谱峰，从而反映GC×GC/TOF-MS的快速扫描和信息采集对于复杂体系的全组分分析具有重要的意义，对于未来生物样品的代谢组学研究提供了技术上的保证。随着生命科学的发展，分析样品越来越复杂，分子量范围也越来越大，[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]-串联质谱技术如离子阱质谱联用仪具有MSn多级质谱功能，作为分析混合物和分子结构鉴定的重要手段，也逐渐成为当今医学和生物分析等领域研究的热点之一。目前，代谢组学技术正日益受到科研工作者的关注，特别是GC/MS技术的不断革新，有助于人们更好地理解机体内复杂的代谢网络以及生命活动规律

2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动的是，2014年人类蛋白质组的草图也完成了。而蛋白质组学能够飞速发展的最大功臣非质谱莫属。质谱的应用范围非常广泛，但这里只讨论蛋白质组学中的质谱。简单地说，质谱法（mass spectrometry）就是对肽段离子的重量（质荷比，m/z）进行测量的分析方法。样品经质谱仪（mass spectrometer）检测得到质谱图（mass spectrum），通过对质谱图的分析就可以对样品中的蛋白进行鉴定、定量。亲，图1的这种典型的蛋白质组学流程都很熟悉吧。蛋白首先都要被特异性的酶（通常为Trypsin）切割为肽段，再进行后续分析，这在蛋白质组学中被称为“自下而上”的研究策略（Bottom-up proteomics）。我们平时见到的质谱分析基本都是这种类型。提到蛋白质组，即会联想到一系列高大上的名词，iTRAQ、SWATH、SILAC、Shotgun、Label-free等等。很多概念容易弄混淆，下面我们就来理理清楚。图1. 典型的蛋白质组学流程大体上，质谱研究蛋白主要是鉴定和定量。通过二级质谱图（MS2或者MS/MS）进行数据库搜索匹配鉴定蛋白。通过各种标记或非标记的手段对不同样品中的蛋白进行比较就是定量。蛋白定量比较是质谱最重要的用途，图2是对定量方法的一个简单总结。非标定量（Label-free）不需要标记，不同样品分别处理、分别进质谱检测；优点是处理简单、无需标记、价格便宜、可以比较很多组样品，缺点是对操作步骤、LC、质谱稳定性要求严格。SILAC是在细胞培养基中加入稳定同位素标记的氨基酸，在代谢水平标记蛋白，一级质谱图进行定量，可以做到三组样品混合后进行比较，定量准确，但是不能标记组织样本，养细胞成本也较贵。双甲基化标记是通过化学反应的办法在肽段水平进行标记，一级质谱定量，也可以三组对比，标记试剂都比较便宜，而且可以标记任何来源的样品。iTRAQ和TMT是商品化的试剂盒，肽段水平标记，二级质谱定量；分别可以做到最多8组和10组样品间蛋白质组的比较。图2. 质谱定量方法以上这几个是一家的，还有几个名词是属于另外一家，比如Shotgun (DDA)、SWATH/DIA、SRM (MRM)、MRMHR/PRM。质谱进行数据采集的方式大致分为三种：鸟枪法（Shotgun）、选择反应监控（SRM）和全景式的SWATH/DIA。下面对照图3再来简单介绍一下。图3. 质谱扫描方式DDA、IDA、Shotgun和鸟枪法说的是相同的东西，意思是质谱在每个循环的中从一级里挑选丰度高的TopN个肽段去打碎做二级扫描，得到的结果通过与已知数据库中的理论蛋白进行匹配。DDA简单有效，分析流程比较成熟，也是目前质谱分析的主流方式。DDA也有其固有的缺陷，即具有一定的随机性，偏向于检测丰度较高的肽段，而抑制了低丰度肽段的检测。靶向策略被称为质谱领域的Western blot。质谱只去采集目标肽段大小的离子信息，因而提高了灵敏度和特异性。这种方法用来研究感兴趣的特定蛋白，定量准确，但是通量很有限。SWATH/DIA这种全景式的数据采集方式在最近几年突然火了起来，被认为在不远的未来可能会取代DDA的主流位置。该方法采取的策略是将扫描范围内的所有肽段按照质荷比分为若干个窗口，再对每个窗口里所有的肽段一起打碎，采二级，数据分析时通过抽提蛋白的子离子信息进行定量。SWATH/DIA解决了DDA中随机性选择肽段的缺陷，所以重复性更好，定量的准确性基本达到了SRM的水平，而且可以实现大规模定量。借用听来的一个比喻来说明：DDA就像机关枪扫射，数量多、体积大的目标命中的概率要大一些。靶向扫描（SRM或PRM）就像精准狙击，排除干扰，目标明确，每一枪直指目标，但是难以大规模消灭敌人。SWATH/DIA就是地毯式轰炸，只要暴露在我方攻击范围内的敌人，不管三七二十一，全部炸完。图4. 定量方法与采集方式结合如果将上述的定量方法（图2）和质谱数据采集方式（图3）结合起来，就得到了现在基于质谱的蛋白质组学研究的各种策略（图4）。再打个比方，保证吃货们一听就懂：鸡、鱼、肉、蛋、蔬菜要通过炒锅、烤箱、高压锅、微波炉等烹调之后才能变为美食，填饱肚子。同样的，各种定量方法（非标的和标记的）处理的样品，要通过质谱各种采集方式变为电脑中的数据，才能分析并从中得到蛋白的信息。本次的介绍就先到这里了，如果其中有什么问题，欢迎您批评和建议，我们会努力变得更好；如果需要跟我们进行技术交流和讨论，欢迎大家联系武汉金开瑞。后续我们还会继续推出对质谱技术各方面进行解析的文章，敬请期待。ReferencesA draft map of the human proteome. Nature 509: 575–581 (2014)Mass-spectrometry-based draft of the human proteome. Nature 509: 582–587 (2014)A review: Annu. Rev. Biochem. 80: 273–99 (2011)SILAC: Molecular & Cellular Proteomics 1: 376-386 (2002)iTRAQ: Molecular & Cellular Proteomics 343: 91–99 (2010)SRM: Nature Methods 9: 555–566 (2012)SWATH: Molecular & Cellular Proteomics 11: 1–17 (2012)

[align=left][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]【序号】：[/back][/color][/font][font='Arial',sans-serif][color=black][back=white]4[/back][/color][/font][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]【作者】：[/back][/color][/font][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]吕王洁[/back][/color][/font][/align][align=left][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]【题名】：基于双[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p]液相色谱[/url][/back][/color][/font][font='Arial',sans-serif][color=black][back=white]--[/back][/color][/font][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]质谱联用的高覆盖代谢组学分析新方法研究[/back][/color][/font][/align][align=left][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]【期刊】：[/back][/color][/font][font='Arial',sans-serif][color=black][back=white][url=https://fx.wanfangdata.com.cn/orgtrends/detail?org_name=%E4%B8%AD%E5%9B%BD%E7%A7%91%E5%AD%A6%E9%99%A2%E5%A4%A7%E5%AD%A6]中国科学院大学[/url] [/back][/color][/font][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]博士论文[/back][/color][/font][/align][align=left][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]【年、卷、期、起止页码】：[/back][/color][/font][font='Arial',sans-serif][color=black][back=white]2022[/back][/color][/font][font='微软雅黑',sans-serif][color=black][back=white]【全文链接】：[/back][/color][/font][url=https://d.wanfangdata.com.cn/thesis/ChJUaGVzaXNOZXdTMjAyMzAxMTISCFkzOTc0ODIyGgh4aWF1ZW9uag%3D%3D]基于双液相色谱--质谱联用的高覆盖代谢组学分析新方法研究 (wanfangdata.com.cn)[/url][/align]

精准定量，代谢组学前沿技术介绍[img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141614098749_4252_5590941_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141614099772_8663_5590941_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2022/04/202204141614098983_6727_5590941_3.png[/img]

http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2017/01/201701191656_647924_2507958_3.gif快速高分辨质谱在中药物质组学研究中的新进展主讲人：张克荣 AB SCIEX药物市场技术专员 活动时间：2013年11月7日 下午 14:00http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2017/01/201701191656_647924_2507958_3.gif【简介】 本次讲座将介绍在中药物质组学研究面临各种分析技术挑战之时，快速高分辨质谱在中药成分分析流程：一次进样，同时定性、定量;TripleTOF系列质谱仪进行代谢物鉴定工作流程，IDA工作流程；同时获得MS和MS/MS，代谢物鉴定、MS/MS结构阐明以及代谢物相关性分析;代谢组学研究定性/定量工作流程。-------------------------------------------------------------------------------1、报名条件：只要您是仪器网注册用户均可报名参加。2、参加及审核人数限制：限制报名人数为120人，审核人数100人。3、报名截止时间：2013年11月7日4、报名参会：http://simg.instrument.com.cn/meeting/images/20100414/baoming.jpg5、参与互动： *参会期间您还可以将有疑问的数据通过上传的形式给老师予以展示，并寻求解答*6、环境配置：只要您有电脑、外加一个耳麦就能参加。建议使用IE浏览器进入会场。7、提问时间：现在就可以在此帖提问啦，截至2013年11月6日8、会议进入：2013年11月7日13:30点就可以进入会议室9、特别说明：报名并通过审核将会收到1 封电子邮件通知函(您已注册培训课程)，请注意查收，并按提示进入会议室!为了使您的报名申请顺利通过，请填写完整而正确的信息哦~http://simg.instrument.com.cn/webinar/20110223/images/zb_11.gif注意：由于参会名额有限，如您通过审核，请您珍惜宝贵的学习交流机会，按时参加会议。如您临时有事无法参会，请您进入报名页面请假。无故不参会将会影响您下一次的参会报名。快来参加吧：我要报名》》》

代谢组学的qc混样。为什么信号值越来越低？质谱是最近清洗过的。色谱柱和流动相都是新更换的。使用的是赛默飞qe系列

民以食为天，但随着社会发展，食品生产中以假乱真、以次充好的水平和手段却越来越高明，仿真度极高的伪劣产品给分析工作带来了巨大困难，使许多传统的鉴别方法失效，如何运用新型的技术手段来进行鉴定食品的真实性，已成为当下食品科技的研究前沿——食品组学。食品组学（Foodomics）将蛋白组学和代谢组学等组学的分析思路和方法，运用到食品分析和营养学分析范畴的一种研究方式，常用于鉴别食品的物种、产地和品质。通过本篇文章，我们一起了解一下广泛认可的质谱技术在食品组学分析中的应用。挂羊头，卖狗肉“挂羊头，卖狗肉”是日常用的一个熟语。自从2013年欧盟“马肉风波”之后，中国肉类掺假的现象也屡见报道，进一步加深了人们对肉类真实性的担忧。目前最常用检测的方法有：基于核酸的聚合酶链式反应技术（[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]），和基于抗体抗原结合的酶联免疫法（ELISA）。前者受DNA降解，复杂基质干扰和样品提取方法的影响，干扰了定性和定量的准确性。后者受制于抗体的制备，复杂的基质和同源干扰导致的假阳性的影响。随着生物质谱技术的成熟，大规模的定性和定量研究蛋白表达谱的技术已经成熟。我们通过超高分辨的 Thermo Scientific? Q Exactive? 质谱平台，研究了五种常见肉类。整个实验流程如下图：鉴定到各个物种相对于其他四种物种专属性的多肽条数为：鸡 339 条，鸭 125 条，猪 426 条，牛 337 条，羊 152 条。通过寻找不同种属肉类中的特征性多肽，并在不同样本中对该特征肽段进行监测，实现对肉类的掺假的分析。真假威士忌威士忌酒是一种常见的烈性酒。由于威士忌酒零售价格普遍较高，市面上充斥着大量伪劣商品。最普遍的一种方式是将威士忌酒的主要已知化学成分加入某种低价烈酒中，以“人造产品”冒充威士忌；另一种造假就是以次充好，夸大威士忌陈酿的年数。[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]-质谱联用技术（[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/bp][color=#3333ff]GC-MS[/color][/url]）在威士忌酒表征分析中的广泛应用，非常有效地帮助实现酒中挥发性和半挥发性化学成分的鉴定。同时，利用 Thermo Scientific? Q Exactive? GC质谱仪出色的分析表现来对不同产地、年份、和类型的威士忌酒进行轮廓描绘分析。下图总结了达成这些目标所需的工作流程。“名贵”植物油大豆油、菜籽油、花生油、亚麻籽油等十余种不同种类常见食物植物油是目前我们常食用的油类。鉴于油酸与多不饱和脂肪酸（PUFA）亚油酸、亚麻酸广泛而具有差异的生物功能。利用 Thermo Scientific? Q Exactive? 高分辨质谱与相关信息处理软件产品，开展了基于脂质轮廓谱的食用植物油分类研究，可为名贵食用植物油的掺假打假、油脂的功能营养学研究提供新的思路。

用超高效[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p][color=#3333ff]液相色谱[/color][/url]高分辨质谱非靶向代谢组学，内标物如何选择

营养与代谢质谱平台招聘技术人员1名2014-09-26 16:46:00 | 来源： | 【大 中 小】【打印】【关闭】　　中科院上海生科院营养科学研究所营养与代谢质谱平台诚聘技术人员1名。该平台的主要研究方向为利用质谱和色谱技术分析生物组织中营养素及其代谢产物，为所内所外研究人员提供技术支持服务，涉及到糖尿病，肥胖等代谢疾病和食品安全等方面的基础和应用研究。实验室拥有完善的仪器设备，丰富的科研资源。　　工作职责：　　主要负责Thermo TSQ Vantage LC-MS/MS液质联用仪的使用与维护，协助管理 GC-MS，ICP-MS等质谱仪器。负责实验室一些小型设备的管理和试剂、样品的存放与保管工作。　　应聘条件：　　1. 具有分析化学或者生物相关专业硕士学位的人员, 或具有多年科研经验和发表过高质量论文的学士学位人员也可考虑；　　2. 具有Thermo TSQ 系列液质联用仪的使用与维护经验者优先考虑。具有代谢组学，脂质组学或蛋白组学经验者优先考虑；　　3. 具备较强的文字表达能力，较好的英语表达和写作能力，能熟练使用office办公软件；　　4. 细致认真敬业；　　5. 具备团队合作精神，良好的沟通和社交能力。　　应聘者请将个人简历用E-mail发至邮箱inshr@sibs.ac.cn； zli@sibs.ac.cn邮件主题请写明“质谱中心应聘”。符合要求者将于近期安排面试。如未被要求，请勿电话联系。中心将对申请材料严格保密，招聘信息在职位满额前一直有效。

大家好： 想问一下大家有没有什么代谢组学的外文著作可以推荐的，最好是与液相质谱有关联的外文著作，小弟刚涉足代谢组领域，基础不扎实，想补充一下基础知识，希望大家介绍几本外文的书，谢谢~~~

离子阱质谱进行代谢产物的定性鉴识，在已经优化了色谱条件的情况下，质谱设定有没有什么特别的规定？问1：口服给药较高的剂量大鼠，收集尿液进行定性鉴识，采用固相萃取浓缩10倍，才可以检测到，浓缩5倍，2倍，检测的代谢产物较少，因此想知道在仪器设定上有什么特别的要求没有？就是质谱参数这一块，怎么能够提高检测灵敏度？问2：3级质谱扫描的结果往往都不好，很多的3级质谱都没有结果，也就是现在除了浓度特别高的以外，大多数的都是只有2级质谱的结果。请问是不是参数设定上有问题？因为实验对象是代谢产物，所以浓度低，但是也有在文献中看到别人尿液稀释后进样也有测定出结果的，因此想问问，代谢产物鉴识，离子阱质谱有什么特别的设定要求？

想开发一套自动化流程用于非靶代谢组数据的定性和定量，继而用于可能的小分子药物发现。计划全部采用开源工具外加自己写脚本来实现。其中定性部分需要做库搜索，想到了NIST库，不知道有没有便宜的途径可以购买，谢谢！

代谢组学是继基因组学、转录组学及蛋白质组学之后发展起来的一门新兴组学，是整合包括色谱联用质谱和核磁共振等现代分析技术、生物化学以及生物信息学等学科的一门交叉学科技术，用于研究生命活动链条下游的代谢物内稳态情况。相比于其他组学，代谢组学反映生命体已经发生的生物学事件，因此能够更准确直接地反映生命体终端和表型信息。目前，广泛应用于代谢组学数据采集的技术平台有氢/碳核磁共振技术、[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]气相色谱[/url]－质谱技术、液相色谱－质谱技术、毛细管电泳－质谱技术以及直接进样质谱技术等。鉴于代谢物种类多样且浓度差异大，代谢组学研究需要依托高灵敏度、高分辨率的分析技术。仪器信息网将于[color=#ff0000][b]2021年8月12日[/b][/color]举办[b][color=#ff0000]“2021年代谢组学技术及应用新进展”网络研讨会[/color][/b]，聚焦代谢组学的多个细分领域，如代谢组学基础研究、微生物代谢组学、代谢组学与中医药、药物开发代谢组学、疾病诊断与代谢组学等，从技术难点、数据分析到应用进行剖析，为业内专家与相关研究学者提供更灵活的交流机会，促进合作。[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/iQ][img=,690,503]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/08/202108031734138217_4950_2507958_3.png!w690x503.jpg[/img][/url][size=18px][color=#ff0000][b][url=https://insevent.instrument.com.cn/t/iQ]点击报名，免费参会：https://insevent.instrument.com.cn/t/iQ[/url][/b][/color][/size]

代谢组学是继基因组学、转录组学及蛋白质组学之后发展起来的一门新兴组学，是整合包括色谱联用质谱和核磁共振等现代分析技术、生物化学以及生物信息学等学科的一门交叉学科技术，用于研究生命活动链条下游的代谢物内稳态情况。 相比于其他组学，代谢组学反映生命体已经发生的生物学事件，因此能够更准确直接地反映生命体终端和表型信息。目前，广泛应用于代谢组学数据采集的技术平台有氢/碳核磁共振技术、[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]气相色谱[/url]－质谱技术、液相色谱－质谱技术、毛细管电泳－质谱技术以及直接进样质谱技术等。鉴于代谢物种类多样且浓度差异大，代谢组学研究需要依托高灵敏度、高分辨率的分析技术。 仪器信息网将于[color=#ff0000][b]2021年8月12日[/b][/color]举办[b][color=#ff0000]“2021年代谢组学技术及应用新进展”网络研讨会[/color][/b]，聚焦代谢组学的多个细分领域，如代谢组学基础研究、微生物代谢组学、代谢组学与中医药、药物开发代谢组学、疾病诊断与代谢组学等，从技术难点、数据分析到应用进行剖析，为业内专家与相关研究学者提供更灵活的交流机会，促进合作。[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/iQ][img=,690,503]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/08/202108031734138217_4950_2507958_3.png!w690x503.jpg[/img][/url][size=18px][color=#ff0000][b][url=https://insevent.instrument.com.cn/t/nk]点击报名，免费参会：https://insevent.instrument.com.cn/t/iQ[/url][/b][/color][/size]

需要检测II相代谢产物，质谱如何设置参数，做代谢产物的筛选。

我实验室质谱是LTQ orbitrap, 主要用来做蛋白组学，最近有客户要做氨基酸代谢物定量分析，我建立分析方法，采用一级MS全扫，提取离子定量，做标准曲线（不含基质）发现6个物质只有一个线性在99%以上，其余在96-99之间，标曲6个点最高2ug/ml，最低2ng/ml, 在高浓度区域的点（2ug,1ug）总是在线性下面，响应偏差，形成往上抛物线状，高中低浓度的精密度均很好。是不是浓度过高造成离子抑制，做了些改进，在样品和流动相中均提高甲酸浓度，并在离子源部分提高气流，电压等，线性并未改善。我的样品采用5%DMSO溶解（含甲酸， 不好溶解，所以用DMSO）, 流动相采取乙腈-水（含甲酸）。我看到很多文章在用此方法标曲线性均在99以上，可是我总是达不到。是不是离子阱不适合分析这类样品，或者确实是非线性，要用加权最小二乘进行处理。各位有什么建议，做哪些改进能提高线性呢？先行谢过。

[b]职位名称：[/b]北京生命科学研究所代谢组学中心招聘技术员1名[b]职位描述/要求：[/b]北京生命科学研究所代谢组学中心实验室利用[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]液质联用[/color][/url]技术对分子量1500以下的小分子代谢物进行定性和定量分析，目前拥有Agilent 6495 QqQ和6540 QTOF质谱仪，为所内科研人员提供靶向代谢组学分析，脂质组学分析，非靶向代谢组学分析和基于质谱的化合物结构鉴定等服务，现计划招聘技术员1名。职位要求：1. 具有生物，化学等相关专业本科学历。2. 具有较强的动手能力，有液相色谱仪，质谱仪操作或生物样品处理经验者优先考虑。3．具有良好的英文阅读能力和学习能力。4．具有认真负责的工作态度和团队精神，有长期工作计划者优先考虑。待遇：- 北京生命科学研究所科研条件国内一流，在此工作可以丰富个人履历及得到良好的职业技能培训。- 工资待遇面议，工资包括国家规定的五险一金，享受带薪年假。- 所内可申请公租房,有班车接送。[b]公司介绍：[/b] 仪器信息网仪器直聘栏目针对高校科研院所的免费职位发布平台，汇集了全国数十所高校科研院所的招聘信息。发布信息请联系010-51654077...[url=https://www.instrument.com.cn/job/user/job/position/59852]查看全部[/url]

如题，代谢组学相关文献中通常只给出了优化的代谢组学条件，然而具体是根据什么优化的并没有给出。纯品物质的条件优化通常根据标准对照品的谱图结果进行，但是代谢组学的样本中含有大量未知的成分，所以想请问大家，到底是如何优化色谱、质谱条件的呢？？？是根据峰面积、峰高、峰形？还是根据离子的丰度？