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质谱分子结构分析

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质谱分子结构分析相关的资讯

  • 唐科奇团队最新成果:蛋白分子结构精确表征重大突破,分辨率超1000的新型离子结构解析技术
    近期,宁波大学质谱技术与应用研究院唐科奇院长课题组创新地通过高分辨率FAIMS和IMS-QTOF MS联用,装置的结构分辨率较国际当前水平提升了近1个数量级,实现结构分辨率(R)超1000,为生物分子结构的精确表征提供了新的研究利器。该成果发表在Anal. Chem. 2022, 94, 16, 6363–6370(链接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.2c00805,Two Dimensional FAIMS-IMS Characterization of Peptide Conformers with Resolution Exceeding 1000),其中唐科奇教授、俞建成教授和高文清助理研究员为通讯作者,博士研究生李俊晖为第一作者,宁波大学质谱技术与应用研究院(高端质谱技术和临床应用浙江省工程研究中心)为第一署名单位。在研究过程中,课题组人员成功设计搭建了高分辨率的平板型高场非对称离子迁移谱(FAIMS)设备,并对FAIMS的分辨率、灵敏度、离子传输效率等重要特性进行研究,并将FAIMS平台与离子迁移谱-飞行时间质谱仪(IMS-QTOF MS)联用,搭建了超高分辨率的二维离子迁移谱质谱联用装置(FAIMS-IMS-QTOF MS)。通过一价的缓激肽离子测试表明,常规的IMS-QTOF MS仪器只能够发现4种离子异构体,而利用课题组搭建的FAIMS-IMS QTOF MS联用装置平台,结构分辨率则获得大幅度提升,可以分离20种以上的异构体。研究结果表明该装置成功获得了超1000的超高离子结构分辨率,较常规单一的FAIMS及IMS结构分辨技术提升了1-2个数量级,大幅度超过了当前国际商业化离子迁移谱质谱联用仪的结构分辨水平。该成果的成功将为生物分子结构的精确表征提供了新的利器。
  • 欧盟采用高精度质谱分析毒蛇毒液生物结构 开发各类新药
    以毒攻毒,充分利用自然界天然的复杂合成毒素,一直是世界医学界研制开发新药物的有效路径。为开发高效、负担得起的糖尿病或肥胖新药,欧盟第七研发框架计划(FP7)提供600万欧元资助,总研发投入940万欧元,由欧盟5个成员国法国(总协调)、西班牙、葡萄牙、比利时和丹麦,以及跨学科生物化学科研人员和联合制药工业组成了欧洲VENOMICS研发团队。从2011年11月开始,该团队致力于毒蛇毒素新药的研制开发,并取得了积极进展。  研发团队首先在全球范围内成功优化筛选出“高效毒素”的200余种毒蛇,进行人工培育。采用最新开发的高精度质谱仪技术和其它先进技术,对203种最具活力的毒蛇毒液样本、复杂的生物化合物分子结构开展研究分析,成功分类出4000余种毒素“微蛋白”。根据毒性的峰值,将其应用于各类新药的开发。  目前,该团队的大部分研发创新活动已转向糖尿病、肥胖症、心血管疾病、人体过敏和癌症等靶向药物开发,其中收集的各项研究数据已证实,毒蛇毒素对抑制和治疗糖尿病或肥胖具有明显疗效。新药物的发现和定性定量通常需要2-3年时间,尚需10年或15年时间进行临床试验、产品认证和商业开发,最终才能进入市场。
  • 厦大北大联手发Nature: 原位拉曼光谱揭示界面水分子结构及其解离过程 | 前沿用户报道
    (本文部分内容及图片来自公众号: 高分子科学前沿,顶刊动态)成果简介2021年12月1日,Nature刊发题为“In situ Raman spectroscopy reveals the structure and dissociation ofinterfacial water”(《原位拉曼光谱揭示界面水分子结构和其解离过程》)的研究论文。厦门大学化学化工学院李剑锋教授课题组与北京大学深圳研究生院潘锋教授课题组合作,利用原位表面增强拉曼光谱技术,共同揭示了钯单晶电极界面水分子构型及其在析氢反应中的核心机制,为提升电催化反应速率提供了一种新的策略,解开了界面水分子结构如何调控电催化反应这一科研难题。背景介绍电催化可加速由固液界面上的电势驱动的化学反应,这可能是全球经济可持续发展的关键因素,因为它可以将来自可再生能源的电能直接转化为绿色燃料,例如氢气。其中水分子直接参与到众多重要的电催化反应之中,了解水在固-液界面的结构和动态过程是表面科学、能源科学和催化领域的一个极其重要的课题。然而,处于电极/溶液界面的水分子,作为反应过程的重要研究对象,数目远远低于体相水分子,而电极电势的实时变化又将极大影响真实的反应进程,必须在电场控制的条件下进行原位研究才能如实获得相关信息。关于界面水分子在电催化反应过程中的结构变化与作用机制的研究可谓困难重重。图文导读厦门大学李剑锋教授课题组与北京大学深圳研究院潘锋教授课题组利用使用电化学、原位拉曼光谱和计算技术,在电催化析氢反应过程中,对钯单晶电极/溶液界面水分子的构型及其动态变化过程进行实时监测。图1. 探测Pd(hkl)表面上的界面水图2. 界面水的拉曼光谱作者发现,除了已知的含有氢键的水分子,界面上还有一类与阳离子键合的水分子。直接光谱证据表明界面水由氢键和水合Na+离子水组成。在HER电位下,由于偏置电位和Na+离子作用,无序的水分子排布成更为有序的特殊结构,这种结构可以加速电极与水分子间的电荷转移,进而极大提升电催化反应析氢的速率,为指导绿色制氢提供新的理论途径。本文还探讨了电解质和电极表面对界面水的影响,发现会影响水的结构。因此,通过局部阳离子调整策略,使有序界面水能够提高电催化反应速率。图3. 水分解图4. 界面水的HER曲线和拉曼光谱仪器推荐工欲善其事,必先利其器。本研究中,拉曼光谱的检测使用了HORIBA XploRA PLUS智能型全自动拉曼光谱仪。XploRA PLUS拥有高灵敏度、高分辨率,可实现激发波长全自动切换。除具备通常的拉曼光谱测量功能外,可实现超快速拉曼光谱成像、荧光成像、超快速PL光谱成像等。适合化学、纳米、材料、食品、药品、地质、考古、物证鉴定、珠宝鉴定等领域。HORIBA XploRA PLUS智能型全自动拉曼光谱仪扫码咨询产品课题组介绍李剑锋男,厦门大学化学化工学院教授。2003年本科毕业于浙江大学;2010年在厦门大学获得博士学位;2011-2014年分别在瑞士伯尔尼大学和瑞士苏黎世联邦理工学院从事博士后研究。主要研究领域为核壳纳米结构、表面等离激元、表面增强拉曼光谱、表面增强荧光光谱、电化学、界面光电催化、食品环境公共安全领域的拉曼光谱快速检测等。以第一作者或通讯作者身份在Nature、Nature Energy、Nature Mater.、Nature Protoc.、Nature Commun.、Science Adv.、J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed.、Chem. Rev.等国际高水平学术刊物上发表论文100余篇,被SCI他引6000余次,授权专利5项,撰写英语书章节4部。担任J. Phys. Chem.的高级编辑、Anal. Chem.、Adv. Opt. Mater.、ChemElectroChem等国际期刊编委。曾获基金委“杰出青年基金”、基金委“优秀青年基金”、国家自然科学二等奖(排名第三)、中国青年科技奖、入选中组部“万人计划”-科技创新领军人才、中组部高层次人才-青年项目、全国百篇优秀博士论文奖。潘锋北京大学教授,博士生导师,北京大学讲席教授、北京大学深圳研究生院新材料学院创院院长。潘锋教授已发表包括2篇《自然.纳米技术》在内的SCI代表性论文250余篇,其中影响因子10及以上和自然指数论文120余篇,3项国际发明专利和近80项国内专利申请,授权发明专利27项。潘锋教授目前聚焦探索基于图论的结构化学的新范式和新能源材料基因科学与工程,包括探索材料的结构“基因”、材料高通量的计算、合成与检测及数据库等“材料基因组”工程及用于加速“清洁能源及关键材料研发”,包括新型太阳能电池、热电发电、储能和动力电池及关键材料的跨学科的基础研究和应用,具有十多年在国际大公司从原创基础研究到创新产品产业化的经历 。荣誉及奖励:2015-18连续四年入选爱思唯尔中国高被引学者;2016年国际电动车电池协会(ABAA10)杰出研究奖;2018年获得美国电化学协会“ECS电池领域科技创新奖”。文献信息Wang, YH., Zheng, S., Yang, WM. et al. In situ Raman spectroscopy reveals the structure anddissociation of interfacial water. Nature 600, 81–85 (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04068-z扫码查看文献
  • 大咖领衔 共话前沿!首届中国结构质谱前沿论坛线上盛大开幕!
    2022年7月12日,由天津市色谱研究会主办,南开大学分析科学研究中心和中山大学药学院共同协办,仪器信息网承办的”首届中国结构质谱前沿论坛”在线上盛大开幕。会议旨在促进我国结构质谱领域科研人员的交流与合作,展示我国在结构质谱领域的最新研究成果,探讨为实现我国追赶全球发达国家结构质谱研究水平做出重点支持的方向。会议将举办5期分论坛,首日邀请了中国科学院大连化学物理研究所张玉奎院士、南开大学化学学院朱守非院长、南开大学邵学广教授、南开大学庞代文教授、威斯康星大学李灵军教授、清华大学瑕瑜教授、南开大学李功玉教授、香港理工大学姚钟平教授、中国科学院大连化学物理研究所李海洋研究员、中国科学技术大学黄光明教授、中山大学李惠琳教授、北京大学白玉副教授、宁波大学化学院唐科奇院长、南开大学张新星研究员等多位业内专家参与特邀讨论环节并进行学术进展报告分享。会议吸引了超过3000人次线上观看并参与互动。会议伊始,由中国科学院大连化学物理研究所张玉奎院士、南开大学化学学院朱守非院长分别致开幕辞,南开大学邵学广教授主持会议。学术报告分享前,威斯康星大学李灵军教授、清华大学瑕瑜教授主持了“中国结构质谱发展现状与未来探讨”的开放讨论环节。多位专家学者就“结构质谱定义”“仪器技术与结构质谱研究的关系”等前沿话题进行了热烈的讨论。接下来的学术报告环节,会议共邀请了香港理工大学姚钟平教授、中国科学院大连化学物理研究所李海洋研究员、中国科学技术大学黄光明教授、北京大学白玉副教授、宁波大学材料化学学院唐科奇教授等6位专家进行了精彩的报告分享。《Protein Mapping and Data Storage:When Peptides Meet Mass Spectrometry》香港理工大学 姚钟平教授人类文明的发展史同时也是信息或数据存储技术发展的历史。而现在的时代是一个大数据的时代,每天产生大量的数据,数据增长的速度也越来越快。这些数据通常以数字的形式存储于光电磁装置,不仅需要较大的物理空间,还不能保存很长时间,因此需要开发耐久而且高密度的数据存储新方法。使用分子来存储数据,是解决此问题的一个方案。比起现在广为报道的利用DNA分子结构进行数据存储的DNA存储技术,多肽可供选择的单体更多,包括20种天然氨基酸及其他非天然氨基酸,因而其产生的序列可提供更高的存储密度;而且多肽比现有的存储媒介及DNA耐久性更好,例如在有数百万年历史的古生物样本中,DNA已经完全降解,而多肽及蛋白质仍可被检测到进而进行科学研究。多肽合成工业也已很成熟,可以以较低价格合成各种各样的多肽;过去二十多年蛋白质组学的迅猛发展,带动了相关硬件和软件的日趋完善,现有质谱技术已可在短时间内对很低量的成千上万条多肽进行测序,这些为利用多肽序列存储数据创造了条件。报告主要介绍了姚钟平与合作团队共同开发的新方法,使用多肽和串联质谱(MS/MS)来存储和读取数据。《高分辨离子迁移谱技术及应用》中国科学院大连化学物理研究所 李海洋研究员近年来,随着大气压样品进样、离子源和离子操控等技术的发展,离子迁移谱已从化学战剂、爆炸物和毒品的专用检测技术迅速发展成为一种在分析领域广泛使用的技术。随着检测对象越来越复杂,对离子迁移谱的分析性能提出了更高要求,特别是对超高分辨能力的需求。报告围绕结构质谱学与离子迁移谱IMS、IMS仪器的研发及应用等方面的内容进行了深入介绍。《Direct Mass Technology 在超大分子结构分析中的应用》赛默飞 黄敏博士电荷检测质谱(CDMS)通过同时测量单个离子的质荷比和电荷数,进而计算获得离子质量m。因此,相较于其他类型质谱,CDMS技术的关键是如何准确地测量单个离子的电荷。目前,电荷检测质谱技术多是能够自行开发质谱仪器硬件,或自行改编FTMS软件的专家才能进行这样的实验。基于此2022年的ASMS会议上,赛默飞重磅推出了直接分析质谱技术(DMT),并将其结合在了Orbitrap上,这使得超大分子量的复杂蛋白的直接质谱检测成为了可能。报告重点介绍了赛默飞直接分析质谱技术在超大分子结构分析中的应用情况。《单细胞代谢组:原位质谱新技术及其应用》中国科学技术大学 黄光明教授近年随着分析手段的不断提高,人们越来越意识到细胞具有个体差异性。即使在相同条件下培养的同源细胞,其在形态、基因表达水平以及生长特性上都存在一定的差别。如果能够在细胞层面上对参与生理病理过程的一些关键生物化学成分进行描述,将有助于了解细胞实现可塑性和稳定性的特定机制。单细胞代谢组学为解答这些问题提供了很好的机会,但对于单细胞代谢组学来说,单细胞样品制备、鉴定细胞内代谢产物和数据分析都需要复杂的技术和模型来进行,相关分析方法也面临许多挑战。报告介绍了黄光明课题组针对分析方法面临的挑战,建立的单细胞质谱分析平台,具有可分析单细胞、高通量、可同时获得化学和生物信息等特点,并进一步介绍了其团队针对单细胞代谢物的质谱应用分析进展。《常压离子化质谱新技术及其生物检测新应用》北京大学 白玉副教授常压质谱由于其高通量、敞开环境下取样、基质的耐受性强等特点,为复杂体系高通量、原位分析提供了可能和机遇。报告介绍了白玉课题组基于常压电离质谱开展的研究进展,包括构建了多种新型常压离子源仪器部件,解决了小分子化合物分析的离子源通用性难题,为生物标志物分析奠定基础。不仅如此,其团队也构建了多维度有机质谱流式分析平台,实现了单细胞中蛋白质和代谢物多维分子信息的同时获取,为肿瘤细胞精准分型及肿瘤耐药等研究提供创新性工具。《高分辨离子迁移谱质谱与分子结构解析应用的探究》宁波大学材料化学学院 唐科奇院长/教授离子迁移谱根据其操作原理可分为弱电场离子迁移谱(IMS)和高场非对称离子迁移谱(FAIMS)两大类,它和质谱(MS)的联用有效的克服了单一质谱技术难以测定分子结构的问题。由于离子迁移谱质谱这项复合技术具有同时确定分子成分和结构的能力,目前已被各大国际质谱公司采用并开发出了相应的商用产品,在分析化学,生命科学等多个领域里得到了广泛应用。报告介绍了各类迁移谱技术的发展和机理,并探讨了如何实现超高分辨率离子迁移谱的技术和方法,包括将高场非对称离子迁移谱和弱电场离子迁移谱复合组成二维迁移谱的可行性。首届中国结构质谱系列线上会议的第一期分论坛成功举办,下一期分论坛将于7月19日(周二)13:30-17:30召开,届时敬请关注。点击下方链接报名参会!点击了解会议:https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/structuralmass2022.html
  • iCMR 2017特邀报告:核磁共振残留偶极耦合参数在有机分子结构鉴定中的应用
    p style=" TEXT-ALIGN: center" strong 第一届磁共振网络会议(iCMR 2017)特邀报告 /strong /p p style=" TEXT-ALIGN: center" strong 核磁共振残留偶极耦合参数在有机分子结构鉴定中的应用 /strong /p p style=" TEXT-ALIGN: center" strong img title=" QQ截图20171026164003.jpg" style=" HEIGHT: 299px WIDTH: 400px" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201710/insimg/e8577b4c-88b2-4b59-a0cc-09b1187ef006.jpg" width=" 400" height=" 299" / & nbsp /strong /p p style=" TEXT-ALIGN: center" strong 雷新响 教授 /strong /p p style=" TEXT-ALIGN: center" strong 中南民族大学药学院 /strong /p p strong   报告摘要: /strong /p p   残留偶极耦合(residual dipolar coupling, RDC)作为核磁共振各向异性参数在有机分子构型及优势构象等方面的应用具有强而有力的优势, 它反映分子中原子在磁场中的空间距离与角度信息, 实现分子三维空间的构建。 将针对残留偶极耦合在有机分子结构鉴定方面的进展进行介绍。首先,简要介绍残留偶极耦合的原理;其次,介绍定向介质和脉冲方法;再次,以若干实例展示RDC在天然产物, 合成药物,有机反应中间体络合物中的应用;最后,展望未来的发展趋势。 /p p strong   报告人简介: /strong /p p   雷新响,男,博士,毕业于中国科学院成都生物研究所,于2010-2011年在耶鲁大学从事研究工作1年。现为中南民族大学药学院教授,硕士研究生导师,从事有机及生物分析研究工作15年,讲授波谱分析,生物化学,化学生物学等课程,主持国家自然科学基金及国际合作等项目。目前已在JACS,《德国应用化学》,《核酸研究》,《欧洲化学》,Organic Letters,《磁共振化学》等期刊发表SCI文章30余篇,曾被美国化学会(Highlighted by ACS & quot Noteworthy Chemistry& quot )进行了专栏介绍点评。多次应邀在国际、全国或地区学术研讨会上做核磁共振在有机分子研究中的应用工作报告。2014年11月与德国科学院院士,磁共振主席Christian,Griesinger教授合作共同组织的,由中德科学研究中心资助的“中德核磁共振新方法在有机化学中的应用及前沿研讨会”,成功召开。2014年以“有机分子的立体化学及手性的核磁共振新分析方法”获得了中国分析测试协会科学技术奖(CAIA)“三等奖”1项。 /p p    strong 报名地址: /strong a title=" " href=" http://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/iCMR2017/" target=" _self" textvalue=" http://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/iCMR2017/" http://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/iCMR2017/ /a /p
  • 新型蛋白质结构分析手段-氢氘交换质谱技术进展
    贾伟、陈熙 沃特世科技(上海)有限公司实验中心 氢氘交换质谱法是一种研究蛋白质空间构象的质谱技术。它在蛋白质结构及动态变化研究、蛋白质相互作用位点发现、蛋白表位及活性位点鉴定方面有着广泛的应用。随着氢氘交换质谱技术的不断发展,它正在成为结构生物学家及生物药物研发的重要手段。 氢氘交换质谱(HDX MS,hydrogen deuterium exchange mass spectrometry)是一种研究蛋白质空间构象的质谱技术。其原理是将蛋白浸入重水溶液中,蛋白的氢原子将于重水的氘原子发生交换,而且蛋白质表面与重水密切接触的氢比位于蛋白质内部的或参与氢键形成的氢的交换速率快,进而通过质谱检测确定蛋白质不同序列片段的氢氘交换速率,从而得出蛋白质空间结构信息[1]。这个过程就像将握着的拳头浸入水中,然后提出水面并张开手掌。这时,湿润的手背表明它在&ldquo 拳头&rdquo 的结构中处于外表面,而较为干燥的手心表明它是&ldquo 拳头&rdquo 的内部。除样品制备外,氢氘交换质谱法的主要过程包括:交换反应、终止反应、将蛋白快速酶切为多肽、液相分离、质谱检测、数据解析。其中交换步骤需要在多个反应时长下进行,如0s、10s、1min、10min、60min等,以绘制交换率曲线,得到准确全面的信息。氢氘交换质谱技术在蛋白质结构及其动态变化研究[1]、蛋白质相互作用位点发现[2]、蛋白表位及活性位点鉴定方面有着广泛的应用[3]。 与经典的蛋白质结构研究方法相比,如X射线晶体衍射(X-Ray Crystallography)和核磁共振(NMR. Nuclear Magnetic Resonance)等方法,氢氘交换质谱不能够提供精确的蛋白空间结构,它直接提供的主要信息包括哪些氨基酸序列位于蛋白质空间结构的表面位置(包括动态变化中的)、可能的活性位点和蛋白-蛋白相互作用位点等。但是氢氘交换质谱技术有着其他经典方法不具备的优点:首先,可以进行蛋白质结构动态变化的研究是氢氘交换质谱的一个突出优点,包括变化中的活性位点及表位;其次,氢氘交换质谱在蛋白复合体构象的研究中也具有独到的优势;此外,氢氘交换质谱还具有对样品需求量小、纯度要求相对较低、研究对象为溶液环境下的蛋白质的天然构象而非晶体中构象等优势[1,4,5]。自1991年第一篇研究论文发表起,氢氘交换质谱技术不断发展,已经成为结构生物学及质谱技术中一个非常重要的应用领域[6]。但是氢氘交换质谱实验的复杂的实现过程在一定程度上影响了其应用的广泛度。主要的难点有:1、如何避免交换后氘代肽段的回交现象;2、实验控制的高精确性和重现性要求;3、交换后造成的叠加的质谱峰如何准确分辨;4、简易高效的分析软件需求;5、以氨基酸为单位的交换位点辨析。沃特世公司自2005年起,针对以上难点不断进行攻关,推出了目前唯一商业化的全自动氢氘交换质谱系统解决方案&mdash &mdash nanoACQUITY UPLC® HD-Exchange System(图1)。在全世界范围内,这套系统已经帮助科学家在包括Cell、Nature等顶级研究期刊中发表研究论文[7,8]。除科研需求外,沃特世氢氘交换质谱系统也受到众多国际领先制药公司的认可,并用于新药开发中蛋白药物活性位点及表位的研究工作中。 氢氘交换实验中的回交现象将严重影响实验数据的可信度,甚至导致错误结果的产生。要避免回交需要做到两点:尽量缩短液质分析时间和保证液质分析中的温度和pH为最低回交反应系数所要求的环境。沃特世UPLC® 系统采用亚二纳米色谱颗粒填料,较HPLC使用的大颗粒填料,UPLC具有无与伦比的分离度。因此UPLC可以做到在不损失色谱分离效果的要求下,极大缩短液相分析时间的要求[9]。对于对温度和pH控制问题,在多年的工程学改进中,nanoACQUITY UPLC HD-Exchange System已经实现了对酶切、液相分离等步骤的全程控制[10]。 对氢氘交换质谱实验精确性和重现性的要求是其应用的第二个主要难点。在实验中一般需要采集0s、10s、1min、10min、60min、240min等多个时间点的数据。如果进行人工手动实验,很难做到对10S-10min等几个时间点的精确操作。再考虑到重复实验的需求,人工手动操作会对最终数据可信度产生影响。而且实验过程重复繁琐,将给实验人员带来非常大的工作压力。nanoACQUITY UPLC HD-Exchange System完全通过智能机械臂,精确完成交换、终止交换、进样、酶切等一系列实验过程,而且始终保证各个步骤所需不同的温度环境。这些自动化过程不但保证了实验数据的可靠性,提高了实验效率,也将科学家从繁琐的重复实验中解放出来。 氢氘交换实验的质谱数据中,随着交换时间的延长,发生了交换反应的多肽,由于质量变大,其质谱信号将逐渐向高质荷比方向移动。因此,这些质谱峰可能与哪些未发生交换反应的多肽质谱峰逐渐叠加、相互覆盖。相互叠加的质谱信号,不但影响对峰归属的判断,更会增加交换率数据的误差。因为交换率判断需要通过对发生交换的多肽进行定量,毫无疑问因叠加的而混乱的质谱数据将极大的影响对质谱峰的准确定量。这点对于单纯通过质荷比进行分析的质谱仪来说完全无能为力。但是,这个看似不可能完成的任务却被沃特世 nanoACQUITY UPLC HD-Exchange System攻克了。这是因为,不同于其它常见质谱,沃特世的SYNAPT® 质谱平台还具备根据离子大小及形态进行分离的功能(行波离子淌度分离)。在数据处理时,除多肽离子的质荷比信息外,还可以通过离子迁移时间(离子淌度维度参数)将不同离子区分。因此这种SYNPAT独有的被命名为HDMSE的质谱分析技术可以将因质荷比相同而重叠的多肽分离开,轻而易举地解决了质谱信号叠加的问题,得到准确的交换率数据[11,12](图2)。SYNPAT质谱平台一经推出就夺得了2007年PITTCON金奖,目前已经推出了新一代的SYNAPT G2HDMS、SYNAPT G2-S HDMS等型号,并具备ESI、MALDI等多种离子源。除氢氘交换技术外,SYNAPT质谱系统在蛋白质复合体结构研究中也是独具特色,已有多篇高质量应用文献发表[13,14,15]。 实现氢氘交换质谱技术的第四个关键点,是如何高效分析实验产生的多时间点及多次重复带来的大量数据。人工完成如此巨大的信息处理工作,将消耗科学家大量的时间。沃特世氢氘交换质谱解决方案所提供的DynamX软件可以为科学家提供简便直观的分析结果,并包含多种呈现方式。 在某些特殊研究中,要求对蛋白氢氘交换位点做到精确到氨基酸的测量,这是氢氘交换质谱研究的又一个难点。在常规的研究中采用CID(碰撞诱导解离)碎裂模式,可能导致氘原子在多肽内重排,而致使不能对发生交换的具体氨基酸进行精确定位。SYNPAT质谱提供的ETD(电子转移解离)碎裂模式可以避免氘原子重排造成的信息混乱,并具有良好的碎裂信号[16]。 沃特世的nanoACQUITY UPLC HD-Exchange System为氢氘交换质谱实验提供了前所未有的简易的解决方案,强有力地推动了氢氘交换技术在蛋白质结构及动态变化研究、蛋白质相互作用位点发现、蛋白表位以及活性位点鉴定方面的应用,正在成为众多结构生物学科学家和生物制药企业必不可少的工作平台。 参考文献 (1) John R. Engen, Analysis of Protein Conformation and Dynamics by Hydrogen/Deuterium Exchange MS. Anal. Chem. 2009,81, 7870&ndash 7875 (2) Engen et al. probing protein interactions using HD exchange ms in ms of protein interactions. Edited by Downard, John Wiley & Sons, Inc. 2007, 45-61 (3) Tiyanont K, Wales TE, Aste-Amezaga M, et al. Evidence for increased exposure of the Notch1 metalloproteasecleavage site upon conversion to an activated conformation. Structure. 2011, 19, 546-554 (4) Heck AJ. Native mass spectrometry: a bridge between interactomics and structural biology. Nat Methods. 2008, 5, 927-933. (5) Esther van Duijn, Albert J.R. Heck. Mass spectrometric analysis of intact macromolecular chaperone complexes. Drug Discovery Today. Drug Discovery Today: Technologies Volume 3, 2006, 21-27 (6) Viswanat ham Katta, Brian T. C hait, Steven Ca r r. Conformational changes in proteins probed by hydrogen-exchange electrospray-ionization mass spectrometry. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 214&ndash 217 (7) Chakraborty K, Chatila M, Sinha J, et al. Chaperonin-catalyzed rescue of kinetically trapped states in protein folding. Cell. 2010 Jul 9 142(1):112-22. (8) Zhang J, Adriá n FJ, Jahnke W, et al. Targeting Bcr-Abl by combining allosteric with AT P-binding-site inhibitors. Nature. 2010,463, 501-506 (9) Wu Y, Engen JR, Hobbins WB. Ultra performance liquid chromatography (UPLC) further improves hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. J Am Soc Mass Spectrom. 2006 , 17, 163-167 (10) Wales T E, Fadgen KE, Gerhardt GC, Engen JR. High-speed and high-resolution UPLC separation at zero degrees Celsius. Anal Chem. 2008, 80, 6815-6820 (11) Giles K, Pringle SD, Worthington KR, et al. Applications of a travelling wave-based radio-frequency-only stacked ring ion guide. Rapid Commun Mass Spectrom. 2004, 18, 2401-2414 (12) Olivova P, C hen W, C ha kra borty AB, Gebler JC. Determination of N-glycosylation sites and site heterogeneity in a monoclonal antibody by electrospray quadrupole ion-mobility time-offlight mass spectrometry. Rapid Commun Mass Spectrom. 2008, 22,29-40 (13) Ruotolo BT, Benesch JL, Sandercock AM, et al. Ion mobilitymass spectrometry analysis of large protein complexes. Nat Protoc.2008, 3, 1139-52. (14) Uetrecht C, Barbu IM, Shoemaker GK, et al. Interrogatingviral capsid assembly with ion mobility-mass spectrometry. Nat Chem.2011, 3,126-132 (15) Bleiholder C, Dupuis NF, Wyttenbac h T, Bowers MT. Ion mobility-mass spectrometry reveals a conformational conversion from random assembly to &beta -sheet in amyloid fibril formation. Nat Chem. 2011, 3, 172-177 (16) Kasper D. Rand, Steven D. Pringle, Michael Morris, John R., et al. ETD in a Traveling Wave Ion Guide at Tuned Z-Spray Ion Source Conditions Allows for Site-Specific Hydrogen/Deuterium Exchange Measurements. J Am Soc Mass Spectrom. 2011, in press
  • 【赛纳斯】再发Nature!我司技术团队揭示界面水分子结构
    北京时间12月2日0时,Nature刊发厦门大学化学化工学院李剑锋教授课题组题为“In situ Raman spectroscopy reveals the structure and dissociation of interfacial water”(《原位拉曼光谱揭示界面水分子结构和其解离过程》)的研究论文。通过与北京大学深圳研究生院潘锋教授课题组合作,他们揭示了钯单晶电极界面水分子构型及其在析氢反应中的核心机制,为提升电催化反应速率提供了一种新的策略,解开了界面水分子结构如何调控电催化反应这一科研难题。水是我们赖以生存的生命源泉,也是科学发展各个领域的重要角色。在可再生能源科学领域,水分子更是直接参与到众多重要的电催化反应之中。可是,处于电极/溶液界面的水分子,作为反应过程的重要研究对象,数目远远低于体相水分子,而电极电势的实时变化又将极大影响真实的反应进程,必须在电场控制的条件下进行原位研究才能如实获得相关信息。因此,关于界面水分子在电催化反应过程中的结构变化与作用机制的研究变得困难重重。李剑锋课题组利用原位表面增强拉曼光谱技术,在电催化析氢反应过程中,对钯单晶电极/溶液界面水分子的构型及其动态变化过程进行实时监测。他们发现,除了已知的含有氢键的水分子,界面上还有一类与阳离子键合的水分子。正是在阳离子和电极电势协同作用下,无序的水分子排布成更为有序的特殊结构,这种结构可以加速电极与水分子间的电荷转移,进而极大提升电催化反应析氢的速率,为指导绿色制氢提供新的理论途径。厦门大学化学化工学院博士毕业生王耀辉(现为厦门大学博士后)和郑世胜(厦门大学能源学院本科毕业生,现北京大学深圳研究生院博士生)为该研究工作的共同第 一作者,李剑锋教授和北京大学深圳研究生院的潘锋教授为共同通讯作者。
  • 质谱怎么选?各类质谱仪质谱能力分析
    四极杆质谱仪QMSQMS是最常见的质谱仪器,定量能力突出,在GC-MS中QMS占绝大多数。优点: 结构简单、成本低、维护简单; SIM功能的定量能力强,是多数检测标准中采用的仪器设备。缺点: 无串极能力,定性能力不足; 分辨力较低(单位分辨),存在同位素和其他m/z近似的离子干扰; 速度慢,质量上限低(小于1200u)。飞行时间质谱仪TOFMSTOFMS是速度最快的质谱仪,适合于LC-MS方面的应用。优点: 分辨能力好,有助于定性和m/z近似离子的区别,能够很好的检测ESI电喷雾离子源产生多电荷离子; 速度快,每秒2~100张高分辨全扫描(如50~2000u)谱图,适合于快速LC系统(如UPLC); 质量上限高(6000~10000u)。缺点: 无串极功能,限制了进一步的定性能力; 售价高于QMS; 较精密,需要认真维护。三重四极杆质谱仪QQQQQQ质谱给四极杆质谱仪在保留QMS原有定量能力强的特点上,提供了串级功能,加强了质谱的定性能力,检测标准中常作为QMS的确认检测手段。优点: 有串极功能,定性能力强; 定量能力非常好,MRM信噪比高于QMS的SIM是常用的QMS结果确认仪器; 除一般子离子扫描功能外,QQQ还具有SRM、MRM、母离子扫描、中性丢失(Neutral loss)等功能(离子阱不行); 对特征基团的结构研究有很大帮助。缺点: 分辨力不足,容易受m/z近似的离子干扰; 售价较高; 需要认真维护。四极离子阱,QTrap 技术上而言,在传统QQQ的四极杆中加入了辅助射频,可以做选择性激发;或者就功能而言,为QQQ提供了多级串级的功能。优点: 同时具备MRM、SRM、中性丢失和多级串级功能,非常适合于未知样品的结构解析。缺点: 分辨力还是低了点。离子阱质谱仪ITMS离子阱质谱仪是最简单的串联质谱,常用于结构鉴定。优点: 成本比QQQ低廉,体积小巧; 具备多级串级能力,适合于分子结构方面的定性研究,能够给出分子局部的结构信息,比QQQ好; 有局部高分辨模式(Zoom Scan),分辨力比四极杆质谱高数倍,达到6000~9000,适合于确定离子质量数。缺点: 定量能力不如QMS和QQQ,所以大多数GCMS不采用离子阱质谱; 不能够像QQQ一样做母离子扫描和中性丢失,在筛选特征结构分子的时候能力不足。线性离子阱,Linear Ion Trap传统3D离子阱的增强版本。优势: 相对于传统3D离子阱,灵敏度高10倍以上多级串级质谱。缺点: 相对于QQQ,还是不能做MRM、中性丢失等特征基团筛选功能四极杆飞行时间串联质谱QTOFQTOF以QMS作为质量过滤器,以TOFMS作为质量分析器。优点: 能够提供高分辨谱图; 定性能力好于QQQ; 速度快,适合于生命科学的大分子量复杂样品分析。缺点: 成本高。离子阱-飞行时间质谱,Trap TOF 需要仔细维护; 以3D离子阱作为质量选择器和反应器,结合了离子阱的多级质谱能力和飞行时间质谱的高分辨能力。优点: 同时具有多级串级和高分辨能力,适合于未知样品的定性工作,如糖蛋白的定性。缺点: 由于离子阱容量限制,对于混合样品的灵敏度欠佳; 定量能力弱。线性离子阱-飞行时间质谱,LIT-TOF 以线性离子阱为质量选择器和反应器,结合了线性离子阱的高灵敏度多级串级能力和飞行时间质谱的高分辨能力。如直接耦合线性离子阱-飞行时间串联质谱。优点: 高灵敏度、高分辨、多级串级; 定量能力强。缺点: 功能复杂,维护复杂。磁质谱Sector MS磁质谱的定量能力是各种质谱中最强的。现在已较少使用,仅用于地质元素和痕量二恶英的检测。优点: 技术经典、成熟,NIST等MS库采用的仪器; 分辨力非常好(100k,m/&Delta m FWHM),干扰少; 灵敏度高,定量能力是各种质谱中最好的。缺点: 体积、重量大; 售价很高,速度慢; 维护复杂,很费电。傅立叶变换质谱仪FT-ICR-MSFourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer 傅立叶变换质谱仪的分辨能力最高,常作为高端科学研究的装备; 在蛋白组学和代谢组学起到了超强作用。优点: 能够做多级串级,定性能力极好; 分辨力极高,灵敏度很好; 可以有不同的电离源联用实现对不同极性的化合物进行检测。缺点: 体积重量大,售价极高,速度较慢; 维护费用非常昂贵。静电场傅立叶变换质谱,Orbitrap优点: 高分辨,60k~120kFWHM,质量精度高; 相对FT-ICR而言,价格稍低(~450kUSD)。缺点: 不能单独做串级; 分辨力、灵敏度、质量稳定性等离FT-ICR还有距离。
  • 探索界面相互作用:大连化物所发布结构质谱实验手册
    近日,中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组研究员王方军团队发布了表征蛋白质-纳米材料界面相互作用精细结构的赖氨酸反应性分析-质谱(LRP-MS)实验手册。  微/纳米材料在生命科学、医药健康、生物催化等领域广泛应用,探讨蛋白质与材料之间的界面相互作用分子机制对生物医用材料的安全性评价、纳米药物的毒性评估和理性设计、生物-无机功能杂合体的改性和催化活性提升等具有重要意义。然而,现有光谱学等方法只能表征材料引起的蛋白质结构整体变化情况,蛋白质-材料界面相互作用分子细节的探测面临挑战。  赖氨酸残基通常定位于亲水性蛋白质表面,其侧链伯氨基的化学标记反应性取决于其溶剂可及性和微环境非共价相互作用。当蛋白质表面与微/纳米材料结合时,结合界面上赖氨酸的溶剂可及性和反应性均随之降低。因此,王方军等提出了赖氨酸的反应性变化是探测蛋白质-微/纳米材料复合体中蛋白质定位方向、相互作用序列区域、关键结合位点、材料结合引起蛋白质结构变化的有效指标。该团队发展了在蛋白质—微/纳米材料复合体活性和变性条件下的两步同位素二甲基化标记的标准化策略,结合质谱定量分析实现蛋白质上赖氨酸反应性的全面分析,研究通过材料结合前后赖氨酸标记反应性的显著性差异确定蛋白质-材料的界面序列区域和关键位点。  王方军团队长期从事生物大分子结构质谱尖端仪器和创新方法研究,所发展的LRP-MS策略近年来已应用于蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子、蛋白质-微/纳米材料的界面相互作用分子机制解析,取得了系列研究进展。  近日,相关研究成果以Structural Characterization of the Protein-Material Interfacial Interactions Using Lysine Reactivity Profiling-Mass Spectrometry为题,发表在《自然-实验手册》(Nature Protocols)上。研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金和大连化物所创新基金等的支持。大连化物所发布蛋白质-纳米材料界面相互作用的结构质谱表征实验手册
  • 为质谱成像分析而生!这种新型离子基板的有啥不一样?
    质谱分析是通过对待测样品进行电子束、激光等方法照射,使待测样品的原子、分子发生离子化,通过测定质荷比,对待测样品中包含原子、分子的种类、数量、分子结构等进行精密分析的方法。 回顾质谱分析技术的发展历史,不难看到,新的离子化法不断创造着质谱发展的新趋势,让横跨100多年的质谱技术研究,一直充满着活力。具有跨时代意义的离子化方法的诞生,也与质谱分析飞跃性的进步,甚至是业界的繁荣息息相关。 例如基质辅助激光解吸电离法(Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization,即MALDI)自上世界80年代末问世以来,将质谱应用提升了一个新台阶,成为目前生物质谱领域研究必不可少的工具,也是当下的一个热门关注点。质谱分析结构示意MALDI法是将能吸收激光能量的低分子有机化合物(下称Matrix)与待测样品混合,通过激光照射,对待测样品进行离子化的方法。在质量分析的同时,可实现对待测样品的成分、分布状态进行图像化的质谱成像。 不过想利用MALDI法进行质谱成像,在与Matrix(有机化合物)的调和、涂布、干燥的前处理的阶段,大概要耗时30分钟,且需要将Matrix在待测样品上均匀涂布。前处理显得十分费时费力。 滨松在5月推出了新研的离子化辅助基板DIUTHAME(Desorption Ionization Using Through Hole Alumina Membrane,是的它的名字hin长̷叫它“丢森”好了~)。这个小东西是利用200nm左右多孔氧化铝(贯穿的、细小的孔呈规则状打开的氧化铝)开发的,面向质谱成像分析的离子化辅助基板。其最大的特点,就是能够大幅缩减质谱成像分析时,待测样品进行离子化所需的前处理时间(仅需3分钟左右),且操作简单。 将待测样品加载到DIUTHAME上,利用毛细血管现象(在细管内侧,液体从管子中上升的现象),使待测样品的分子上升到表面,通过激光照射使其离子化而不破坏分子结构,实现在不使用Matrix的情况下,进行质谱成像分析。MALDI法使用DIUTHAME进行离子化 DIUTHAME是由滨松与日本光产业创成大学院大学的内藤康秀副教授共同研制的。一经面世,就收到了较大关注,并常常被用于和MALDI以及SALDI法的比较。那到底是出于什么样的原因开发了这个产品?除了大大缩短前处理时间外, 相对于MALDI法DIUTHAME在质谱成像分析中还有哪些优势?为何说DIUTHAME是质谱成像分析离子化的新方法?内藤副教授从开发者的角度,为我们进行了解读。 内藤康秀副教授问:DIUTHAME在质谱成像分析中还有哪些优势?解决了MALDI法中的什么问题? 在开发DIUTHAME前,我一直致力于质谱成像分析分辨率的提高。虽然希望通过提高设备分辨率来实现高分辨率的目标,但这个方法也是有极限的。 为什么这么说呢?因为在质谱成像分析中,以往普遍采用的离子化方法为“基质辅助激光解吸电离法(Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization,即MALDI)”。而无论怎么提高设备的空间分辨率,分辨率都无法超过Matrix结晶的尺寸。若要实现质谱成像分析的高分辨率,必须要摆脱对使用Matirx的离子化方法的依赖。而DIUTHAME的诞生,就打破了这一点的限制。 DIUTHAME的开发一开始就是以质谱成像分析为目标应用,它并不需要与Matrix的调和、涂布、干燥的前处理。在提高操作便利性(3分钟左右可完成前处理)的同时,其高质量的数据,有望取得良好的重现性。 另外,使用MALDI法进行离子化时,也会出现因待测样品成分的性质原因,而难以与Matrix共同结晶的情况;以及待测样品中包含盐、添加剂等杂质的浓度过高时,阻碍Matrix结晶的情况。在这样的情况中,使用DIUTHAME则不会有这样的困扰,能够获得很好的效果。 DIUTHAME还可对工业材料、兴奋剂禁药等MALDI法无法测定的小分子进行高精度的测量。 问:明明和SALDI的原理类似, 为何说DIUTHAME是一种新的方法? 目前有一种叫表面辅助激光解吸电离(SALDI)的离子化方法,它与DIUTHAME作用原理相同,市场上也有多类SALDI基板的商品。但是,目前市场上的SALDI基板并没有通孔的结构,在质谱成像分析中并不适用。在此意义上,使用DIUTHAME可以说是不同于SALDI的新型离子化办法。 将在DIUTHAME的哪些性能上进行继续开发? 多数的生物分子是通过质子化来生成离子的,针对这些待测样品,DIUTHAME的灵敏度并不如MALDI法。这是因为,MALDI中的Matrix可以给样品分子提供质子,而DIUTHAME却没有该项作用。 想拥有更广泛的应用,这个小家伙就必须具备更高的灵敏度。因此,我们也会对它的性能进行持续的开发。此外,DIUTHAME的工作原理之谜仍未完全解开,而在继续研究摸索的同时,我们也希望能够不断地提高它的灵敏度。滨松致力于光电技术探索60余年,在质谱探测器的研究也已有40余年的历史,可为质谱应提供MCP、EM、离子化光源等产品。除了DIUTHAME,2018年滨松还推出了一系列应用于质谱的新品,并在2018年ASMS中有所展示(包括在研品),如可解决小质谱低真空问题的三级结构的GEN3 MCP、适用于TOF-MS的MCP+AD、适用于Q-MS\IT-MS的管道型EM等等。滨松希望通过探测技术的原始创新,从最底层技术出发,稳定而坚实地推动最终质谱应用的发展。
  • 共价标记质谱分析抗体药物高阶结构的细微变化
    单克隆抗体(mAb)是制药行业增长最快的治疗方法之一,mAb的高阶结构(HOS)影响药物与靶标的结合特异性,从而影响治疗效果和副作用。若储存而导致HOS发生变化,例如蛋白质错误折叠和聚集,会导致稳定性降低、功效丧失或可能的免疫原性。因此,监测HOS对保证mAb疗法的有效性和安全性至关重要。X射线晶体学和核磁共振(NMR)光谱可以提供原子级分辨率,但存在费时费样品的缺点;生物物理技术,如差示扫描量热法(DSC)、动态光散射(DLS)、荧光光谱、红外(IR)光谱和圆二色(CD)光谱只能提供低分辨率的整体构象。焦碳酸二乙酯(DEPC)作为亲电子试剂能够修饰溶剂可接近的亲核侧链(Cys、His、Lys、Thr、Tyr、Ser)和蛋白质的N末端,这些残基产生的羧基化产物具有+72.021Da的质量转移,经过蛋白水解消化、液相色谱分离和串联质谱分析后,可以识别和半定量特定的蛋白质修饰位点。将一种条件(例如天然)与另一种条件(例如加热)进行比较时,特定残基处共价标记程度的变化可用于探测蛋白质的HOS变化(图1)。在这篇文章中,作者使用DEPC共价标记联用质谱,以利妥昔单抗作为单抗药物的模型,以期在远低于mAb治疗药物熔点的温度下能够特异性检测细微HOS变化,并通过活性测定进行验证。图1. DEPC 标记与质谱联用分析单抗药物结构的流程在通过共价标记研究热应力(heat stressed)利妥昔单抗之前,作者使用CD光谱、荧光光谱和动态光散射(DLS)来识别加热对蛋白质结构的干扰。发现当在低于其熔点的温度下加热利妥昔单抗4小时时,这三种技术在45°C或55°C时无法检测到显著的结构变化,而在65°C时仅显示出轻微的变化。随后作者团队使用DEPC CL-MS探测利妥昔单抗的细微结构变化。在45°C压力下的利妥昔单抗样品中发现DEPC标记水平的变化较少,大多数变化是由于蛋白质受热去折叠导致的标记增加(图2),且可变区的变化远少于恒定区。超过70%的标记变化发生在Tyr、Ser和Thr残基处,而发生在His和Lys残基处的标记变化始终小于20%。标记变化表明,45°C时的结构变化主要是局部微环境的变化,而非溶剂可及性差异显著的大结构变化,也就是说修饰位点分散在整个蛋白质结构中,而不是集中在蛋白质的某些区域。图2. 45°C 热应力 4 h 后 DEPC修饰程度的变化。饼图表示在利妥昔单抗的每个结构域内标记变化显著的修饰残基比例。红色代表标记增加,而蓝色代表减少。条形图表示共价标记变化程度低 (L)、中 (M) 和高 (H)的残基数量。活性测定能反映一定程度的结构变化对利妥昔单抗活性的影响,从而验证DEPC标记结果。桥接ELISA的结果表明,在预热至45°C后,利妥昔单抗的Fc结合活性没有显著变化(图3a),Fc区域的CDC活性估计在45°C热应激后保持不变(图3b),利妥昔单抗的Fab结合活性估计与对照样品没有差异(图3c)。活性测定结果表明蛋白质在45°C时没有发生显著的结构变化。在Fab和Fc区域中标记变化的残基数量相对较少,主要标记对局部微环境变化更敏感的Tyr、Ser和Thr残基。修饰位点分散在整个蛋白质中,对Fab和Fc区域的构象几乎没有影响,与共价标记质谱联用的测定结果相吻合。图3.使用单抗活性测定验证CL-MS实验揭示的结构变化。Fc区的结构完整性通过(a)测量Fc与捕获抗体结合的利妥昔单抗桥接ELISA和(b)测量补体依赖性细胞毒性的Alamarblue测定来评估。Fab区域的结构完整性通过(c)Raji细胞下拉试验评估,测量Fab与B细胞CD20抗原的结合。55°C加热4h后利妥昔单抗所有结构域的残基修饰程度都发生了显著的变化,尤其是Fab区域的VH和VL结构域。(图4)加热至55°C时,His和Lys残基处发生的标记变化几乎是45°C的两倍,表明蛋白质在这些区域展开;Fab区域标记水平发生显著变化,特别是在VH、VL和CL域。这表明利妥昔单抗的Fab区域存在局部结构变化,据报道这也是IgG1分子中对热应激最敏感的区域。Fc区域中没有观察到类似的发生标记变化的残基聚集,Tyr、Ser和Thr处的大多数标记变化为中度或高度变化,这些结果表明蛋白质拓扑结构可能发生变化。图4. 55°C 热应力 4 h 后 DEPC修饰程度的变化。饼图表示在利妥昔单抗的每个结构域内标记变化显著的修饰残基比例。红色代表标记增加,而蓝色代表减少。条形图表示共价标记变化程度低 (L)、中 (M) 和高 (H)的残基数量。尺寸排阻色谱(SEC)测量表明在65°C加热条件下存在高分子量物质。将DEPC CL-MS方法应用于65°C热应力的利妥昔单抗后,发现所有利妥昔单抗结构域的标记发生显著变化(图5),主要体现为标记的减少,这可能是因为蛋白质聚集。利妥昔单抗的Fab和Fc区均发现标记减少的残基簇,活性测定结果显示Fc结合和CDC活性的降低(图3),说明了Fc区特别是CH3结构域的标记变化,与DEPC标记结果一致。图5. 65°C 热应力 4 h 后 DEPC修饰程度的变化。饼图表示在利妥昔单抗的每个结构域内标记变化显著的修饰残基比例。红色代表标记增加,而蓝色代表减少。条形图表示共价标记变化程度低 (L)、中 (M) 和高 (H)的残基数量。总结DEPC标记技术的结构分辨率和灵敏度足以探测细微的蛋白质构象变化,该技术与质谱联用可在低于Tm的温度下揭示利妥昔单抗中的细微HOS变化,与经典的生物物理技术互补。总体而言,鉴于CL-MS简便、灵敏的特点,该方法将适用其他抗体药物的结构研究。
  • 汇集结构质谱尖兵,开拓蛋白质结构生物学的新天地——第十四届质谱网络会议报告推荐
    随着生命科学研究的深入开展,科学界对解析复杂生物大分子结构以揭示生命现象的渴望日益增加。在各种结构生物学技术快速发展的背景下,结构质谱技术凭借其独特的优势,日益成为连接静态结构与动态功能、实现从分子到细胞的跨尺度研究的重要手段。在12月12-15日即将召开的“第十四届质谱网络会(iCMS 2023)”同期,特别新增了“结构质谱新方法”主题专场,来自全国的顶尖科学家团队将汇聚一堂,围绕氢/重氢交换质谱、化学交联质谱、原位质谱等前沿技术,报告他们在蛋白质结构生物学研究中的最新进展。本次主题会议的召开,恰逢结构质谱技术发展的重要机遇,必将推动该领域技术的重要突破及交叉创新,开启生命科学研究的新篇章。热忱欢迎质谱界的科技工作者报名参会交流、了解前沿动态、开拓合作视野。部分报告预告如下,点击报名  》》》会议主持人:中山大学 教授 李惠琳中山大学药学院教授,博士生导师。主要从事生物质谱新技术的开发及应用,侧重于(1)开发整合结构质谱技术(包括native top-down MS, HDX-MS, CX-MS等),用于药物作用分子机制及蛋白复合物结构研究;(2)Middle-down/top-down蛋白质组学新技术的开发及应用。共发表SCI收录论文40篇,其中第一作者或通讯作者15篇,主要发表在Nat. Chem.、Anal. Chem.等期刊;2014年获得American Society of Mass Spectrometry Postdoctoral Career Development Award;2019年入选“珠江人才计划”青年拔尖人才;主持国家自然科学基金项目3项。报告人:香港理工大学 教授 姚钟平报告题目:氢氘交换质谱揭示β-内酰胺酶与抑制剂相互作用的动态构象复旦大学学士及硕士,香港科技大学博士,香港理工大学应用生物及化学科技学系教授。长期从事质谱、分析化学、化学生物学、组学的交叉学科研究,主要发展和应用质谱技术解决化学、生物、食品安全、信息科学等领域的基础和应用问题,在Nature Communications, PNAS, JACS等期刊发表论文100多篇。现任香港研究资助局专家委员会委员、深圳市中药药学及分子药理学重点实验室副主任、中国化学会有机分析专业委员会委员、Frontiers in Chemistry副主编以及Analytica Chimica Acta, Rapid Communications in Mass Spectrometry,《中国质谱学报》,《分析测试学报》等期刊编委。会上,姚钟平教授将作主题为《氢氘交换质谱揭示β-内酰胺酶与抑制剂相互作用的动态构象》的报告。利用氢氘交换质谱(HDX-MS)并结合原态离子迁移质谱(Native IM-MS)以及分子动态(MD)模拟,发现不同亚型的A型β-内酰胺酶在几个主要的结构域存在显著的动态构象差异。进一步研究了A型β-内酰胺酶与抑制蛋白结合界面的动态结构变化,结果揭示了H10区域是一个可调节β-内酰胺酶抑制作用的别构部位。报告人:浙江大学 研究员 周默为报告题目:非变性质谱剖析异质性蛋白复合体结构和功能信息浙江大学首位“求是实验岗”研究员,分析化学专业,长期从事前沿生物质谱技术和仪器的开发工作。2008年本科毕业于武汉大学,2013年博士毕业于美国俄亥俄州立大学,之后两站博士后分别在美国FDA和西北太平洋国家实验室PNNL。2018年成为PNNL的研究员开展独立研究,培养多名博士后和学生。2023年加入浙江大学。截至目前共发表60余篇学术论文,代表作包括在Angewandte Chemie, Nature Communications, Analytical Chemistry等期刊的论文。现任自上而下蛋白组协会(Consortium for Top Down Proteomics)的青年委员会主席,曾担任美国质谱协会(ASMS)的出版委员会委员、短课程讲师、评审委员等学术任职,努力推动新分析测试技术的开发和跨学科领域的应用研究。本次会议中,周默为研究员将为介绍题为《非变性质谱剖析异质性蛋白复合体结构和功能信息》的报告。精准表征生物大分子的微观结构对各类生物工程、生物医药领域的研究至关重要。由于大部分质谱检测到的分子量范围有限,在分析之前生物大分子需要先被剪切为分子量更小的片段。但是剪切和碎片化的过程中会丢失一些关键的结构信息。前沿质谱技术提高了仪器的分子量上限,使非变性条件“自上而下”研究完整的生物大分子更加容易。我将以具体案例,阐述自上而下非变性质谱技术在异质性蛋白质复合体结构和功能解析中的贡献,以及与其他方法的互补性。报告人:北京大学 研究员 王冠博报告题目:生物样本中蛋白高级结构的质谱分析北京大学生物医学前沿创新中心研究员。北京大学学士,美国马萨诸塞大学博士,曾于荷兰乌特勒支大学暨荷兰蛋白组学中心从事博士后研究;曾任南京师范大学教授、博士生导师。主要从事免疫反应相关蛋白质的高级结构及相互作用研究,以生物质谱为核心工具,结合新型分析设备研发,应用于生物物理学、蛋白质药物分析等领域。长年与国际药企合作研发新型药物表征技术并应用于新药研发。获国际国内授权专利,出版《Mass Spectrometry in Biopharmaceutical Analysis》等专著、译著、合著多部。任中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业分会委员、国际学术组织Consortium for Top-Down Proteomics青委会委员。本次会议中,王冠博研究员将围绕生物样本中蛋白高级结构的质谱分析主题分享报告。生物质谱已成为蛋白质多次结构表征的重要工具。为将蛋白结构质谱技术的应用拓展至生物样本乃至临床样本中,我们针对背景基质复杂、糖基化等修饰异质性高、超大分子量颗粒结构层次多样等问题,以非变性质谱等质谱手段为核心工具开发了一系列组合策略,提供生物样本乃至临床样本中的蛋白高级结构和相互作用关系信息。报告人:中国科学院大连化学物理研究所 研究员 王方军报告题目:高能紫外激光解离-串联质谱仪器研发和应用2011年于中科院大连化物所获博士学位,师从邹汉法研究员。研究工作致力于生物大分子质谱新仪器、新方法及其在生命健康领域的应用研究,搭建了世界首台50-150 nm可调波长极紫外激光超快解离-串联质谱;提出了位点光解离碎片产率和原位化学标记效率定量表征蛋白质结构变化的两种质谱分析新原理,实现亚微克蛋白质复合物序列和结构变化单氨基酸位点分辨表征;发展了蛋白质-纳米材料界面相互作用精细结构的质谱分析新方法等。在Nat. Protoc.,J. Am. Chem. Soc.,Cell Chem. Biol.,Chem. Sci.,Anal. Chem.等期刊发表论文130余篇,他引5000余次。本次会议中,王方军研究员将分享题为《高能紫外激光解离-串联质谱仪器研发和应用》的报告。高能/真空紫外激光解离是表征生物大分子序列和动态结构的前沿结构质谱表征技术,但相关仪器和理论都亟待发展。报告人将介绍近年来自主研发的皮秒脉冲极紫外激光解离装置和蛋白质原位光化学标记仪器的原理、主要参数、与商品化质谱对比、及在蛋白质瞬态结构表征、蛋白-蛋白识别和相互作用机制分析等方面的应用情况。报告人:中国科学院大连化学物理研究所 研究员 赵群报告题目:活细胞内蛋白质原位构象和相互作用规模化解析新方法研究中国科学院大连化学物理研究所研究员,博士生导师。本科毕业于西北大学化学基地班。同年进入大连化学物理研究所攻读博士学位,师从张玉奎院士和张丽华研究员,2014年获得理学博士学位。毕业后留所工作至今,主要从事蛋白质组定性定量及相互作用分析新技术研究,共发表学术论文62篇,其中近五年以通讯/第一作者(含共同)在Nat. Commun., Angew. Chem. Int. Ed.,Anal. Chem.等SCI期刊发表论文23篇;已获20项发明专利授权。作为课题负责人承担国家重点研发计划,作为项目负责人承担国家自然科学基金面上基金等,2023年获国家自然科学基金优秀青年基金支持;2018年入选大连市科技之星,2020年入选中国科学院青年促进会会员,2023年获中国化学会菁青化学新锐奖;兼任《色谱》青年编委、中国化工学会理事、中国蛋白质组学会青年委员、中科院青促会沈阳分会委员等。本次会议中,赵群研究员将围绕题为《活细胞内蛋白质原位构象和相互作用规模化解析新方法研究》的报告。作为生命活动的执行者,蛋白质通过相互作用形成复合体等形式行使其特定的生物学功能。不同于细胞外的离体环境,细胞内的限域效应、拥挤效应和细胞器微环境等对于维持蛋白质复合体的结构和功能起着至关重要的作用。因此,实现细胞内蛋白质相互作用的精准解析对于深入研究其生物学功能,进而理解生命现象本质具有重要意义。近年来,化学交联质谱技术已逐渐成为蛋白质复合物解析的重要手段。它是利用化学交联剂将空间距离足够接近的蛋白质内/间的氨基酸以共价键连接起来,再利用质谱对交联肽段进行鉴定,进而实现蛋白质相互作用的组成、界面和位点的解析。现有化学交联技术主要用于解析体外表达纯化的或细胞裂解液中的蛋白质复合物,而在细胞内蛋白质复合物的原位构像解析方面仍处于起步阶段。 针对上述问题,我们团队发展了一系列新型高生物兼容性的可透膜多功能化学交联剂,实现了活细胞内蛋白质复合物构像的原位交联捕获;建立了多种高选择性的低丰度交联肽段的富集方法和高可信度的交联肽段鉴定方法,显著提高了原位交联信息的鉴定灵敏度、覆盖度和准确度;进而,通过靶向富集特定亚细胞器内的交联蛋白质复合物,实现了亚细胞器空间分辨的蛋白质相互作用精准解析;在上述基础上,利用基于化学交联距离约束的分子动力学技术获得了蛋白质复合物的动态系综构像,实现了活细胞微环境下蛋白质复合物组成、相互作用界面及作用位点的规模化精准解析,为规模化地揭示蛋白质复合物功能状态下的结构调控机制提供了重要的技术支撑。为了分享质谱技术及应用的最新进展,促进各相关单位的交流与合作, 仪器信息网与北美华人质谱学会(CASMS)将于2023年12月12-15日联合举办第十四届质谱网络会议(iCMS2023)  。以上仅是部分报告嘉宾的分享预告,更多精彩内容请参加会议页面:https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/iCMS2023/ (点击下图去报名)》》》
  • 免费报名NMR网络研讨会:Bruker FUSION-SV: 完全整合HRAM-MS和NMR数据实现无与伦比的分子结构验证软件
    p style=" text-align: center " strong span style=" font-size: 24px " Bruker Fusion-SV: 完全整合 HRAM-MS和 NMR 数据实现无与伦比的分子结构验证软件 /span /strong /p p style=" text-align: center " a free nuclear magnetic resonance educational webinar /p p style=" text-align: center " september 6-7, 2016 /p p & nbsp /p p span style=" color: rgb(84, 141, 212) " strong 第一期 9月6日 - 北京时间下午3点 /strong /span /p p a href=" https://mc.bruker.com/acton/form/5109/018e:d-0003/0/-/-/-/-/index.htm" https://mc.bruker.com/acton/form/5109/018e:d-0003/0/-/-/-/-/index.htm /a /p p span style=" color: rgb(255, 0, 0) " strong img style=" width: 37px height: 55px " title=" " border=" 0" hspace=" 0" vspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201608/insimg/7dc43ae2-afd3-433e-bfed-c66c8d23c2b7.jpg" width=" 37" height=" 55" / span style=" color: rgb(255, 0, 0) font-size: 18px " 将以上链接拷贝至浏览器进行注册报名 /span /strong /span /p p span style=" color: rgb(255, 0, 0) " /span & nbsp /p p span style=" color: rgb(84, 141, 212) " strong 第二期 9月7日 - 北京时间下午3点 /strong /span /p p a href=" https://mc.bruker.com/acton/form/5109/018f:d-0003/0/-/-/-/-/index.htm" https://mc.bruker.com/acton/form/5109/018f:d-0003/0/-/-/-/-/index.htm /a /p p style=" text-align: left " img style=" width: 37px height: 55px " title=" " border=" 0" hspace=" 0" vspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201608/insimg/5faacf5e-2d9f-4d3a-8a7d-4c5b57a1ee23.jpg" width=" 37" height=" 55" / span style=" color: rgb(255, 0, 0) font-size: 18px " strong 将以上链接拷贝至浏览器进行注册报名 /strong /span /p p & nbsp /p p span style=" color: rgb(84, 141, 212) " strong Seminar Overview /strong /span /p p span style=" color: rgb(84, 141, 212) " strong 研讨会概览 /strong /span /p p   这个独创的软件包能够使用户轻松地整合高分辨率精确质量质谱(hram-ms)和核磁(nmr)的互补数据,从而使有机小分子结构鉴定结果的特异性得以显著提升。在fusion-sv的帮助下, 对数据的完全解读只需化学家与谱学数据进行最小程度的互动, 就可直接获得清晰易懂的报告。bruker fusion-sv是为化学家的需求量身定制的,是学术和工业实验室的理想工具,对于制药工业领域的合成化学家尤为适用。 /p p span style=" color: rgb(84, 141, 212) " strong What you will discover? /strong /span /p p   此次教育性的网络研讨会将对fusion-sv进行总体介绍,着重展示其关键特性,演示分子结构验证的工作流程。请加入单璐博士和徐雯欣博士,他们将演示如何运用fusion-sv软件不折不扣的简单和自动化方法为谱学非专业人士提供解答。 /p p span style=" color: rgb(84, 141, 212) " strong Who should attend? /strong /span /p p   欢迎以下相关人士参加: /p p   在科研机构或工业领域,从事或专注于有机合成化学和工艺过程开发的经理、科研工作者和技术人员,包括:有机合成和工艺过程化学家、分析化学家、化学工程师、化学和制药科学的学生等。 /p p span style=" color: rgb(84, 141, 212) " strong Presenters /strong /span /p p style=" text-align: center " strong img title=" presenter_bruker_fusion_webinar.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201608/uepic/b584b3b8-525d-4982-a9db-6758544dc16a.jpg" / /strong /p p style=" text-align: center " strong Dr. lu shan (biography), application manager, bruker china /strong /p p style=" text-align: center " strong Dr. wenxin xu (biography) application specialist bruker china /strong /p
  • MALDImini-1数字离子阱质谱仪糖肽分析
    聚糖是蛋白质的一种翻译后修饰产物,是一类拥有高结构异质性的分子,由葡萄糖、甘露糖和其他单糖复合键形成。已知此类复杂结构与蛋白质调节功能相关,且可根据不同疾病和其他因素,产生各种不同现象。其中包括蛋白质主链出现异常聚糖结构,并且可能在认为应该发生此类键合的位点却不存在聚糖键。关于复杂聚糖结构和聚糖与蛋白质结合位点的信息并非直接编码于基因中,而是在蛋白质生物合成过程中起效的大量聚糖转移酶发生反应时产生的。因此,必须对目标糖蛋白实施直接分析,进而了解糖蛋白上聚糖的结构与结合位点。 从抗体中提取的糖肽组分质谱图 糖肽的MS/MS质谱图(前体离子m/z 2796.2) 糖肽的MS3质谱结果 顶部:肽主链(前体离子m/z 1189.7)底部:包含根GlcNAc部分结构的肽主链(前体离子m/z 1272.7) 糖肽结构预测 MALDImini-1基质辅助激光解吸/电离数字离子阱质谱 MALDImini-1数字离子阱(DIT)技术是岛津的原创技术,紧凑迷你的体积,即可实现MS多级的检测。宽范围的分子量范围提供更多新可能,应用范围广泛:糖肽分析、抗体化学修饰位点、未知生物分子结构分析,蛋白质、多肽、翻译后修饰肽、脂质等。
  • 王方军团队成果:发布蛋白质-纳米材料界面相互作用的结构质谱表征实验手册
    近日,中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组研究员王方军团队发布了表征蛋白质-纳米材料界面相互作用精细结构的赖氨酸反应性分析-质谱(LRP-MS)实验手册。  微/纳米材料在生命科学、医药健康、生物催化等领域广泛应用,探讨蛋白质与材料之间的界面相互作用分子机制对生物医用材料的安全性评价、纳米药物的毒性评估和理性设计、生物-无机功能杂合体的改性和催化活性提升等具有重要意义。然而,现有光谱学等方法只能表征材料引起的蛋白质结构整体变化情况,蛋白质-材料界面相互作用分子细节的探测面临挑战。  赖氨酸残基通常定位于亲水性蛋白质表面,其侧链伯氨基的化学标记反应性取决于其溶剂可及性和微环境非共价相互作用。当蛋白质表面与微/纳米材料结合时,结合界面上赖氨酸的溶剂可及性和反应性均随之降低。因此,王方军等提出了赖氨酸的反应性变化是探测蛋白质-微/纳米材料复合体中蛋白质定位方向、相互作用序列区域、关键结合位点、材料结合引起蛋白质结构变化的有效指标。该团队发展了在蛋白质—微/纳米材料复合体活性和变性条件下的两步同位素二甲基化标记的标准化策略,结合质谱定量分析实现蛋白质上赖氨酸反应性的全面分析,研究通过材料结合前后赖氨酸标记反应性的显著性差异确定蛋白质-材料的界面序列区域和关键位点。  王方军团队长期从事生物大分子结构质谱尖端仪器和创新方法研究,所发展的LRP-MS策略近年来已应用于蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子、蛋白质-微/纳米材料的界面相互作用分子机制解析,取得了系列研究进展。  近日,相关研究成果以Structural Characterization of the Protein-Material Interfacial Interactions Using Lysine Reactivity Profiling-Mass Spectrometry为题,发表在《自然-实验手册》(Nature Protocols)上。研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金和大连化物所创新基金等的支持。  论文链接:https://www.nature.com/articles/s41596-023-00849-0
  • 利用自上而下质谱对蛋白质高阶结构和动力学进行时间分辨表征的微流控平台
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Analytical Chemistry上的文章,Microfluidic Platform for Time-Resolved Characterization of Protein Higher-Order Structures and Dynamics Using Top-Down Mass Spectrometry [1],文章的通讯作者是北京大学生物医学前沿创新中心的王冠博教授和中国科学院深圳先进技术研究院的门涌帆副研究员。  蛋白质的高阶结构和动力学特性对理解蛋白质的生物学功能和揭示其潜在机制至关重要。自顶向下质谱法(Top-down MS)在完整蛋白水平和肽段碎片水平都能获得结构信息。非变性Top-down MS可以分析蛋白质复合体的结构以及完成亚基鉴定和修饰分析。自顶向下氢/氘交换质谱(Top-down HDX MS)为构象或结合界面分析提供了高空间分辨率,并实现了构象特异性表征。微流控芯片可以为这些质谱工作流程的前端反应提供优越的平台。然而,目前大多数质谱微芯片装置是为Bottom-up或Top-down蛋白质组学设计的。本文中,作者提出了一种用于蛋白质高阶结构和动态Top-down MS分析的芯片设计策略。它适用于时间分辨的非变性质谱和HDX质谱,该设计旨在有效电离完整的蛋白质复合物,灵活控制多种反应物流动,并在较大的流速范围内精确控制反应时间在亚微升/分钟。本文通过对单克隆抗体、抗体-抗原复合物和共存蛋白构象等体系的分析来验证该装置的性能。  TDK-MS(Top-down and kinetic MS)芯片的结构如图1A所示,该方法可以有效电离完整的蛋白质,包括单克隆抗体(mAb)和抗体-抗原复合物(图1 B, C)。  图1. 完整蛋白质和蛋白质复合体在非变性条件下的高效电离  虽然分析蛋白质组合化学计量学和监测构象变化需要保持蛋白质高阶结构和非共价相互作用的完整性,然而为了推导结构信息或在串联MS中展开蛋白质以提高碎裂效率,往往需要不同程度的变性来产生亚复合体,因此变性剂的浓度和变性的时间对变性程度至关重要。本文中,作者采用交错人字微结构(Herringbone microstructure, HM)(图2A, B),并对其性能进行了评估(图2C−E)。如此高的混合效率为进一步微型化芯片混合模块提供了可能。在监测Mb的变性时,作者使用TDK-MS芯片和商用混合三通管平行混合holo-Mb溶液(5 μM)与乙腈(ACN),并比较它们在混合比例变化时的响应(图2F)。TDK-MS芯片在非变性和变性条件之间切换的快速响应通过NIST mAb的变性得到了证明,在向NIST mAb溶液中添加甲酸后,响应时间小于5分钟(图2G)。  图2. 高效混合和快速响应的流体控制  微芯片的灵活通道设计允许引入独立控制的溶液。例如,尽管酸和有机溶剂都能诱导变性,但这两种变性剂同时存在时,对变性途径的影响是不同的。Mb和Hb是血红素蛋白,其中血红素基团分别非共价连接在1条多肽链和4条非共价组装链上,因此这是研究共存复合体解离动力学和亚基构象变化的理想模型。将5 μM holo蛋白溶液与ACN和FA按一定的混合比例依次混合,可以通过解离产物的出现和蛋白质离子电荷态分布的变化来表征复杂的解离和蛋白质的展开。在固定ACN浓度下,随着FA浓度从0.01增加到0.3% (v/v),依次观察到的主要现象是血红素丢失、apo-Mb展开以及折叠的holo-Mb转化为展开的apo-Mb(图3A)。相比之下,在FA浓度恒定的情况下,当ACN从1增加到50%时,Mb主要表现为血红素损失,只有中等程度的apo-Mb展开,这可能是由于展开的部分迅速聚集(图3B)。  图3. (A)增加FA浓度,固定ACN浓度和(B)增加ACN浓度,固定FA浓度时获得的Mb和Hb的质谱图。  在HDX MS检测中,TDK-MS芯片提供了快速和有效的氘代及淬灭,精确控制HDX反应时间,并在2H-标记形式下高效电离完整蛋白质(图4)。  图4. 2H标记完整的(A)Mb、(B)Hb α亚基和(C)Hb β亚基在不同反应时间下的HDX质谱图  由于过大的流速不利于电离效率,并且有可能会增加堵塞或流动中断的风险,因此流速应保持在最佳范围内,这又限制了混合通道中HDX时间的可调节范围,从而影响了HDX动力学分析的灵活性。为了解决这一问题,作者设计了一个具有多个不同长度反应通道的混合模块,在不更换芯片的情况下,除了改变流速外,还可以通过通道切换在更大范围内调整反应时间。在原型芯片中,5个不同长度的通道可以在对蛋白质电离和流动稳定性都最优的流速下,产生从几秒到几分钟不等有效的HDX时间(图5)。  图5. Top-Down HDX MS 分析  本文中作者开发的策略将有利于生物大分子结构的精细分析,并有助于质谱微芯片的方法开发。
  • Angew成果|离子淌度调制提升空间脂质组分析的结构解析能力
    离子淌度调制提升空间脂质组分析的结构解析能力空间脂质组分析可揭示脂质在生物组织或器官中的含量及空间分布,是基础生物学和疾病研究的重要技术。空间脂质组分析的底层技术一般为质谱成像,其具有免标记、高空间分辨率和高灵敏度等优势,可同时表征大量脂质分子在生物组织中的空间分布。然而,脂质和代谢物的质谱成像主要依赖于质量测定,对分子结构的表征能力不足,常由于脂质和代谢物异构体的存在而导致分析偏差乃至错误。在质谱成像过程中,单个像素点的样品量和分析时间极为有限,对逐个离子串联分析会导致分析时间长和灵敏度降低等问题,因此如何在质谱成像的同时实现分子的结构解析一直是分析科学的挑战。此外,在成像过程中丰度、离子化效率各异的待分析离子同时进入质谱,存在显著离子抑制等问题,给中低丰度离子的检测和结构鉴定造成困难。近日,清华大学精密仪器系的欧阳证、马潇潇教授团队开发了一种多目标脂质结构质谱成像技术,通过离子淌度技术对待分析离子的快速时空聚焦和分离,在不增加质谱成像时间的情况下,显著提升了空间脂质组分析的结构解析能力。该技术采用数据非依赖采集方法,利用离子淌度分离对单像素点的母离子强度进行“调制”,将淌度分离后的母离子不经质量隔离而完全碎裂 (Mobility modulated sequential dissociation, MMSD)。根据母离子及相应子离子组成随淌度时间不断变化的特点,发展了智能谱图解卷积算法,实现40多种脂质的结构解析和20种脂质在组织上的空间可视化,包括磷脂酰胆碱、磷脂酰乙醇胺等。具备结构解析功能的质谱成像可实现传统空间脂质组分析难以实现的脂质异构体结构鉴定和空间可视化。在鼠脑组织中,该技术揭示了多种脂质异构体的差异性乃至互补性空间分布,如 PE O-18:2_20:4、PE O-16:0_22:6 和 PE 16:1_22:4、PE 16:0_22:5等。在对人肝癌的组织切片分析中,该方法揭示了磷脂酰乙醇胺 PE 36:2的一组异构体(PE 18:1_18:1、PE 18:0_18:2)在癌组织和癌旁组织中的特异性分布,并且PE 18:1_18:1集中分布于癌组织,可用于精准划分肿瘤组织边界,表明该技术可在更深层结构维度上揭示脂质癌症生物标志物。这项工作所提出的多目标脂质结构解析及空间成像方法,从原理上同样适用于多肽、代谢物等生物分子的空间可视化及结构解析。结构解析赋能的脂质质谱成像,是空间脂质组学技术发展的题中之义,也是精准脂质组分析和功能脂质组研究必不可少的技术基础。该技术的提出,为空间结构脂质组分析提出了一种解决方案,也有望促进质谱成像实现从质量测定到结构鉴定的研究范式转换。 论文作者:论文第一作者是清华大学博士研究生钱耀,通讯作者是清华大学精密仪器系欧阳证、马潇潇教授。清华大学郭翔宇博士和清华大学长庚医院王韫芳研究员对技术建立和生物医学应用做出了重要贡献。清华大学精仪系、清华大学精密测试技术与仪器国家重点实验室为第一作者单位。本项目得到国家自然科学基金委重点、面上项目及重点研发计划(前沿生物技术)青年科学家项目(2022YFC3401900)资助。 论文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202312275
  • 色质谱分析及其新技术在石化中的应用
    石油化工行业在国民经济发展中具有重要意义,是我国的支柱产业之一。而石油化工产品的品质如何,就需要分析检测技术来把关。因此,分析检测技术成为石油化工行业高质量发展的重要支撑。石油、化工相关的产品种类丰富,各类指标参数复杂,涉及到名目繁多的检测方法,如色谱法、质谱法、光谱法等。因此,在即将召开的第七届石油化工分析技术及应用新进展网络会议,特别邀请了多位嘉宾分享色质谱分析及其新技术在石化中的应用。部分报告预告如下:中国石油大学(北京)教授 韩晔华报告题目:《面向石油分子工程的石油组学分析》点击报名韩晔华,教授,博士生导师。毕业于北京大学分析化学专业,美国加州大学伯克利分校联合培养博士。现就职于中国石油大学(北京)化学工程与环境学院,重质油国家重点实验室,校青年拔尖人才、青年骨干教师。专业领域为质谱分析、石油分子工程。作为负责人主持9项国家级、省部级自然科学基金。在分析化学、能源化学领域的国际知名期刊发表学术论文45篇,包括多篇TOP期刊论文及封面论文,撰写英文专著篇章2部,担任《Separation Science Plus》副主编、《石油科学通报》 副主编、《Petroleum Science》青年编委。报告摘要:本报告分析石油组学研究所遇到的研究瓶颈,并介绍通过分析方法的创新将石油化学、催化化学、地球化学在分子层面进行有效链接并获得新发现、新认知。石油组学的本质是分子表征与构效关系研究,报告人通过质谱离子化方法的创新,使得更多未知的重组分“被看见”;利用石油分子的序列性,创新性的提出复杂体系中分子结构的集总表征;开发多种数据统计及可视化模型,建立与反应网络的关联。在此基础上,报告人在不同成熟度及海、陆相原油中发现了新型生物标志物,为地质演化及油藏勘探提供新视角;依托新建立的分子表征方法设计分子离子反应、研究实际工艺体系的反应路径,揭示了石油催化加氢脱硫反应机理、催化剂失活机理等,为油品清洁生产及定向转化提供指导。中海油化工与新材料科学研究院高级工程师 黄少凯报告题目:《重油中杂原子化合物分子组成分析方法研究》点击报名黄少凯,博士,高级工程师,现任中海油化工与新材料科学研究院分析表征首席工程师,主要研究领域为原油分子水平表征、原油评价、重油组成与结构分析、重油结构与加工性能研究以及高酸原油腐蚀特性等。2005年3月至2017年1月,在中石化石油化工科学研究院第一研究室工作,历任工程师、高级工程师及课题组组长;2017年1月2022年6月,任中海油炼油化工科学研究院分析表征首席工程师;2022年7月至今,任中海油化工与新材料科学研究院分析表征首席工程师。工作期间,主持2项集团公司级科研项目、12项地级科研项目,参与2项国家自然科学基金科研项目、2项集团公司项目;发表论文12篇,获得软件著作权3项,参与1项石化行业标准(排名第5)和1项炼化公司标准制定等。报告摘要:介绍工作内容。采用酸/碱改性固相萃取柱分离重油中含氧、氮(中性氮与碱性氮)化合物,采用甲基衍生化方法将硫化物转化为强极性的甲基锍盐分离重油中含硫化合物;然后采用超高分辨率的傅里叶离子回旋共振质谱(FT-ICR MS)结合电喷雾电离源(ESI)得到杂原子化合物的精确分子量,进而获得化合物的分子式,由化合物的质谱峰强度归一化计算得到相对含量。试验结果表明,采用样品预处理技术结合超高分辨率的FT-ICR MS可以得到重油中杂原子化合物的分子组成数据;采用上述分离方法对含氧、氮和硫化合物进行分离富集,其回收率分别为90%以上、80%以上和80%以上;FT-CRT MS测试含氧、氮和硫化合物的相对标准差小于5%。中国石油石油化工研究院工程师 郑方报告题目:《基于色谱质谱技术的石油卟啉形态研究》点击报名郑方,工学博士、理学博士;中国石油石油化工研究院工程师;致力于从分子水平认识石油,尤其是重质油的分子组成,研究石油分子在分离过程中的走向及化学加工过程中的转化规律。在Fuel、Energy & Fuels、Petroleum Science、《燃料化学学报》等期刊发表论文10余篇。报告摘要: 全面认识石油中金属卟啉类化合物的结构形态可以为完善石油加工工艺提供科学依据,有助于认识石油沥青质的分子组成,也可以通过解析石油卟啉的演化过程更加深入了解石油成因等地球化学信息。岛津企业管理(中国)有限公司系统气相专员 李学伟报告题目:《岛津色谱特色技术助力石化高效分析》点击报名李学伟,岛津企业管理(中国)有限公司 系统气相专员,从事气相色谱相关工作十余年,在石油化工领域系统气相定制方案上有着丰富的工作经验。现主要负责岛津系统气相产品线技术支持和应用方案推广工作。报告摘要:主要介绍岛津气相色谱自动进样系统、检测器系统、数据处理软件等特色技术在石油化工领域的应用,以及超临界流体色谱(SFC)和GC-FID联用技术,实现各种油品中烃族组分的高效分析。北京莱伯泰科仪器股份有限公司应用工程师 刘石磊报告题目:《热裂解在石油化工分析中的应用》点击报名刘石磊,北京莱伯泰科仪器股份有限公司应用工程师,主要负责莱伯泰科旗下品牌CDS热裂解产品线的应用研究与技术支持。 从事分析仪器应用等相关工作15年,工作经历主要围绕GC、GCMS的应用支持。报告摘要: 主要介绍热裂解仪在石油化工材料分析中应用,和热裂解仪在石油化工催化裂解中应用。SCIEX中国首席应用专家 李立军报告题目:《SCIEX 液质技术在石油化工行业有效成分分析与表征的典型应用案例分享》点击报名李立军,毕业于北京大学医学部,作为国内最早一批技术专家进入质谱分析行业,在食品、环境、药物及法医毒物市场等小分子领域拥有超过35年应用技术工作经验。报告摘要:主要介绍SCIEX液质技术在石油化工行业有效成分分析与表征的典型应用: 1、SCIEX QTOF液质技术靶向、半靶向、非靶向化合物鉴定流程介绍;2、油田开采过程中钻井液聚合物有效成分的分析;3、石油钻井液样本中表面活性剂分析;4、PET(聚对苯二甲酸二乙醇酯)解聚反应产物定性分析。第七届石油化工分析技术及应用新进展网络会议为促进石油、化工企事业单位高质量发展,推动分析检测技术进步,促进科技成果转化,同时也给石油化工相关工作者提供一个学习交流的平台,仪器信息网将于2023年5月31日-6月1日举行第七届石油化工分析技术及应用新进展网络会议,力争把最新的政府决策、最前沿的行业信息、最新的技术进展与研究成果呈现给大家。会议主办方:仪器信息网参会指南:1、点击会议官方页面(https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/petrochemical2023)进行报名。扫描下方二维码,进入会议官网报名2、报名开放时间为即日起至2023年6月1日。3、报名并审核通过后,将以短信形式向报名手机号发送在线听会链接。4、本次会议不收取任何注册或报名费用。5、会议联系人:高老师(微信号:iamgaolingjuan 邮箱:gaolj@instrument.com.cn)6、赞助联系人:周老师(微信号:nulizuoxiegang 邮箱:zhouhh@instrument.com.cn)
  • 高分子表征技术专题——小角中子散射技术及其在大分子结构表征中的应用
    2021年,《高分子学报》邀请了国内擅长各种现代表征方法的一流高分子学者领衔撰写从基本原理出发的高分子现代表征方法综述并上线了虚拟专辑。仪器信息网在获《高分子学报》副主编胡文兵老师授权后,也将上线同名专题并转载专题文章,帮助广大研究生和年轻学者了解、学习并提升高分子表征技术。在此,向胡文兵老师和组织及参与撰写的各位专家学者表示感谢。更多专题内容详见:高分子表征技术专题高分子表征技术专题前言孔子曰:“工欲善其事,必先利其器”。 我们要做好高分子的科学研究工作,掌握基本的表征方法必不可少。每一位学者在自己的学术成长历程中,都或多或少地有幸获得过学术界前辈在实验表征方法方面的宝贵指导!随着科学技术的高速发展,传统的高分子实验表征方法及其应用也取得了长足的进步。目前,中国的高分子学术论文数已经位居世界领先地位,但国内关于高分子现代表征方法方面的系统知识介绍较为缺乏。为此,《高分子学报》主编张希教授委托副主编王笃金研究员和胡文兵教授,组织系列从基本原理出发的高分子现代表征方法综述,邀请国内擅长各种现代表征方法的一流高分子学者领衔撰写。每篇综述涵盖基本原理、实验技巧和典型应用三个方面,旨在给广大研究生和年轻学者提供做好高分子表征工作所必须掌握的基础知识训练。我们的邀请获得了本领域专家学者的热情反馈和大力支持,借此机会特表感谢!从2021年第3期开始,以上文章将陆续在《高分子学报》发表,并在网站上发布虚拟专辑,以方便大家浏览阅读. 期待这一系列的现代表征方法综述能成为高分子科学知识大厦的奠基石,支撑年轻高分子学者的茁壮成长!也期待未来有更多的学术界同行一起加入到这一工作中来.高分子表征技术的发展推动了我国高分子学科的持续进步,为提升我国高分子研究的国际地位作出了贡献. 借此虚拟专辑出版之际,让我们表达对高分子物理和表征学界的老一辈科学家的崇高敬意!小角中子散射技术及其在大分子结构表征中的应用The Basic Principle of Small Angle Neutron Scattering and Its Application in Macromolecules作者:左太森,马长利,韩泽华,李雨晴,李明涛,程贺作者机构:中国科学院高能物理研究所 中国散裂中子源 2.散裂中子源科学中心,东莞,523803 中国科学院大学,北京,100049作者简介:程贺,男,1978年生. 中国科学院高能物理研究所东莞研究部研究员. 1996年考取中国科学技术大学,2006年在吴奇教授课题组获得博士学位. 随后赴中国科学院化学研究所韩志超研究员课题组工作,建设我国第一台SANS(2012年国家验收). 2014年加入中国散裂中子源,中国科学院高能物理研究所东莞研究部,现正在主持建设世界上第二台基于散裂中子源的VSANS. 致力于使用和发展散射方法,研究软物质多相多尺度结构和动态学行为.摘要小角中子散射(SANS)是一种表征从纳米到微米尺寸物质特征结构的有力工具,配合中子的强穿透性和同位素辨识等特性,在软物质大分子结构表征方面发挥着独特的作用. 随着中国散裂中子源(CSNS)在2018年正式对外接受机时申请,国内SANS用户群逐年扩大. 本文首先简要介绍小角中子散射技术的基本原理、谱仪结构和实验技巧,然后紧扣小角谱仪的特点和方法学方面的最新进展,介绍小角中子散射在高分子溶液、高分子共混物和复合材料、高分子结晶、凝胶、多孔材料、生物大分子等研究领域的结构表征方面的典型应用. 小角中子散射和其他表征手段,如小角X射线散射(SAXS)相互紧密配合和补充,成为连接大分子内部多相多尺度的微观结构和宏观性的桥梁.AbstractSmall angle neutron scattering (SANS) is a powerful tool to characterize multi-scale structures in macromolecules. Deep penetration and H/D isotope labeling make it a unique scattering method. To make it more familiar to the users, basic principle of SANS, instrumentation and experimental skills were firstly demonstrated. Then typical applications in the fields of polymer solution, polymer blends, nanocomposites, crystallization, gels, porous materials and biomacromolecules were introduced. As for the data analysis of complex systems, such as biomacromolecules, in addition to the traditional data analysis methods, advanced methods such as the ab initial analysis and Reverse Monte-Carlo (RMC) simulations provide more detailed information. Combine with small angle X-ray scattering (SAXS), static light scattering (SLS), electron microscope (EM)et al., SANS enables us to solve the structure and interaction of more complicated systems such as interaction of biomacromolecues and solvation of polymers in mixed solutions. As the China Spallation Neutron Source (CSNS) was officially opened to the users around the world in 2018 and SANS instruments equipped with various sample environments are being built, more opportunities are opened to the SANS communities domestically and abroad.关键词小角中子散射  大分子  多相多尺度  结构表征  中国散裂中子源KeywordsSmall angle neutron scattering  Macromolecules  Multi-scale and multi-phase  Structure characterization  China spallation neutron source 小角散射,通常包括小角光散射(SLS)、小角X射线散射(SAXS)和小角中子散射(SANS),都是表征物质纳米到微米的多尺度特征结构的有力手段[1,2]. 它们的基本原理[3]和数据处理分析方法[4]十分类似,三者可以互补和互相验证. 3种散射方法有两点主要不同之处:一是光源与样品的作用机理不同,所以使用不同散射方法时样品的衬度不同;二是波长不同,所以研究的特征尺度范围不同. 首先,衬度直接决定了散射实验的可行性. 光散射衬度来自样品的微分折光指数;X射线与核外电子相互作用,衬度来自于电子云密度,所以原子序数高的元素衬度高;对于中子,由于中子直接作用于原子核,与核的性质有关而与原子序数无关,反而同一元素的各种同位素的中子衬度有很大不同. 小角中子散射的衬度等于样品与分散剂的相干散射长度密度之差,这里的相干散射长度密度(ρcoh,单位:Å-2)是散射体中所有的元素或同位素的相干散射长度(bcoh, 单位:Fermi,1 Fermi = 10-15 m)的加权平均与散射体的摩尔体积之比;同位素的散射截面相当于原子核与中子相互作用被散射的概率( σσ,单位barn, 1 barn = 10-24 cm 2),正比于散射长度的平方. 中子与原子核相互作用,除了被散射外,还会有一定的概率被吸收. 常见天然元素和同位素对于1.8 Å中子的相干散射长度、相干和非相干散射截面以及吸收截面的数据如表1所示[5]. 设计SANS实验的第一步需要估算样品的中子衬度和透光率,前者决定了SANS实验的可行性,后者决定了数据分析的可行性. 根据表1,已知大分子体系的元素、同位素组成和密度,可以计算中子衬度,溶液体系衬度为溶质和溶剂的中子相干散射长度密度差,二元共混体系衬度为二元组分大分子的中子相干散射长度密度差. 衬度低的样品无法进行SANS实验(比如一般的非晶碳氢化合物样品,化学组成一般为CH2,根据表1,bc+2bH≈0bc+2bH≈0,在不进行氘代的情况下无法进行SANS实验);而样品对中子的透过率可以通过式(1)所示的朗伯-比尔定律计算.其中:d为样品厚度.nini为样品中第ii种元素的原子比例,pij、σij(λ)σij(λ)和ρijρij分别为第i种元素的第j种同位素的丰度、全截面和数密度. 其中全截面包含相干、非相干和吸收截面,同位素截面相关数据可以参考ENDF数据库[6]. 传统的散射基本理论是建立在单次散射的基础上的,如果样品太厚,透光率较低,可能在实验中引入多次散射,造成数据无法用常规分析方法解析,所以一般的SANS实验要求 Ttrans85%,如果是溶液样品,尽量采用氘代溶剂.Table 1Coherent scattering length and coherent, incoherent and adsorption scattering cross section of common elements in macromolecules and commonly used isotopes in SANS experiments[5].一些吸收截面非常大的天然元素或者同位素通常用于中子吸收材料,如表1中的B-10,在实验样品中要尽量避免这类对热中子具有强吸收的同位素,除B-10外,还有Cd-113、Gd-155、Gd-157、Sm-149、Eu-151等同位素.对于结构表征的各类技术,能够覆盖的尺寸范围很大程度上决定了这一技术的应用范围. 用于光散射的激光波长在可见光范围,所以小角激光光散射观察尺度在微米的数量级,而静态激光散射的观察尺度在20~300 nm;由于X射线和中子的波长在埃的数量级,所以常规的SAXS和SANS可以测量1~300 nm的特征尺度.表2总结了3种小角散射方法的一些基本特征,可以看到每种方法都有其特点和不足. 小角光散射波长较长,需要样品透明并且容易受到灰尘的影响;小角X射线散射的优势是亮度非常高,特别是同步辐射X射线小角,缺点是穿透能力一般,容易被吸收(当然共振散射赋予了它另外的特点);小角中子散射的特点是穿透能力强,可以加载各类样品环境,同时还能够识别同位素,可以得到样品的绝对散射强度,缺点是中子源亮度太低. 所以实际使用中,用户需要依据自身样品的特点和需要观察的特征尺度范围,选择合适的散射手段,互相验证和补充.Table 2Comparison between SLS, SAXS and SANS.随着小角中子散射方法的应用越来越广泛,谱仪和方法学上出现了2种趋势,一方面通过中子束的聚焦或准直向更小散射矢量方向扩展1~2个量级,研究特征尺度更大的体系,典型的就是发展微小角(VSANS)[7]甚至超小角(USANS)中子散射谱仪[8];另一方面利用波长更短的中子的散射将散射矢量扩展到50 Å-1以上,研究无序体系在原子尺度上的结构,即所谓的无序大分子中子全散射方法[9]. 谱仪技术发展的驱动力在于实现通过一次散射实验来表征样品从原子到分子,再到组装体,甚至相区的多相多尺度结构的梦想. 虽然这些谱仪的设计思路和物理结构千差万别,但是它们的基本散射原理完全相同. 下文将着重介绍SANS谱仪.1小角中子散射谱仪、基本原理、实验技术和方法小角中子散射谱仪通常分为两类,一类是基于反应堆的固定波长小角谱仪[10],国内有绵阳研究堆的狻猊谱仪和中国先进研究堆的小角中子散射谱仪;另一类是基于强流脉冲中子源的飞行时间小角谱仪[11],国内有CSNS的小角中子散射谱仪. 固定波长小角谱仪,利用速度选择器将中子单色化后进行散射实验;而飞行时间小角谱仪则采用白光中子进行散射实验,利用脉冲中子从中子源运动到探测器的飞行时间标定中子波长. 两类SANS的基本原理完全一样,准直系统通常为如图1所示的小孔几何,源光阑和样品光阑用于中子准直,1个或者多个探测器接收散射中子[7].Fig. 1(a) Schematic diagram of the SANS instrument (b) The relationship between the characteristic length scaled and the scattering vector q⇀q⃑ (Bragg's Law). 运动的中子从量子力学的观点可以看成一种物质波,其波长λ = h/(mnv)(其中h为普朗克常数,mn为中子质量,v为中子速度),入射中子的波矢量记作k⇀i,其绝对值为2π/λ,中子被样品散射后,散射波矢量记作k⇀s,如果是弹性散射,中子波长不变,其绝对值仍为2π/λ.散射前后,入射波矢量和散射波矢量的差值k⇀s−k⇀i定义为散射矢量q⇀.图1是CSNS的VSANS谱仪在小角模式下的示意简图. 根据如图 1所示的几何关系和矢量加减规则得到布拉格公式:其中θ为散射角. 如果样品的特征长度为d,根据如图1几何关系和布拉格方程,两束被样品散射的中子的波程差为2dsin(θ/2),当波程差等于波长λ的整数倍时,散射中子相干增强,即:当n取1时,由公式(4)可知,正空间的样品特征长度与散射矢量q是倒易关系,即1/q是正空间的尺子,在计划实验时,需要对样品的特征尺寸范围有一个预判. 根据香农采样定理[12]:如果谱仪q范围为0.001~0.3 Å-1,其可表征的样品特征尺寸范围为300~1 nm. 如果能将中子聚焦,或者放弃一个方向的分辨率,将最小q向低q方向推进1~2个量级,从而能够表征的样品的特征尺度将增加1~2个量级. 我们将这类谱仪称为微小角中子散射谱仪(qmin=10-4 Å -1)[7]和超小角中子散射谱仪(qmin=10-5 Å -1)[13].考察一个由N个大分子链组成的链间有相互作用的体系,假设每根链聚合度为n,并粗粒化单体作为基本的散射单元. 为了方便表示,如图2所示,考察体系中的链α和链β. 链α和链β的质心距离坐标原点分别为Rα和Rβ,链α和第i个单体距离链α的质心为Sαi,链β的第j个单体距离链β的质心为Sβj,链α和链β之间的距离为Rαβ,i,j距离原点分别为rαi和rβj. 根据散射基本原理,中子入射到单个单体后形成球面波,其散射振幅:Fig. 2Schematic draw of the polymer chain and the vectors between atoms and polymers.一条链的散射振幅:考虑大分子与周围介质的散射长度密度差为Δρ,大分子单体的体积为υ,体系总体积为V.α和β遍历体系中的每一根链,i,j遍历链的每一个单体,得到体系的宏观散射截面可表示为公式(8).公式(8)右边第2项可以近似为倒易2根链的质心相互作用的相干散射得到公式(9).根据如图2所示的几何关系,代入(9)得到:其中F(q)为形状因子的散射振幅,定义单粒子的形状因子P(q),注意,这里的i,j位于同一个散射体或者同一条链上.散射体可近似视为连续介质,P(q)可改写为:其中,Vpart为散射体的体积,ρpart(r)为散射体内部的密度空间分布.定义散射体之间的结构因子SI(q),式(11)适用于所有散射体系对于密度分布均匀的散射体,∣∣F(q)2∣∣=|F(q)|2,而这里的dΣ(q)dΩ是散射矢量为q时的绝对散射强度(单位为cm-1). 小角中子散射实验中,经过样品散射进入立体角为ΔΩ的探测器的中子计数Is(q)(单位为count/s)与q的关系为:其中T(λ)为样品透过率,d为样品厚度,定义入射中子强度I0(λ):Φ(λ)为入射中子波长分布,ε(λ)为探测器效率,A为样品光阑面积,t为数据采集时间.所以对于典型的小角散射实验,如果实验的q值范围已经覆盖了样品的多相多尺度结构,通过一次SANS实验,可以得到Δρ(衬度),n(分子量),P(q) (基本形状)和SI(q) (相互作用),但需要注意的是SANS用了一个粗粒化的模型,所能观察的最小尺度是π/qmax,一般不小于1 nm.2小角中子散射实验一个完整的小角中子散射实验过程包括(1)计划实验:根据科学目标准备合适大小和数量的样品;(2)确定实验方案,并采集小角中子散射数据;(3)对散射数据进行处理和分析.2.1样品准备和要求在样品准备阶段需要注意几个问题,第一,衬度:样品中散射体与周围介质的散射长度密度的差异是否足够. 一般而言,如果衬度Δρ≥1×10-6 Å -2就完全没有问题,否则就需要与谱仪科学家进行沟通,依据谱仪本身的信噪比进行调整. 如果衬度不够就可能需要对溶剂或者散射体进行氘代. 第二,样品的特征尺寸是否在谱仪的测量范围内,通常谱仪的测量范围在π/qmax到π/qmin内;第三,做一些前置实验,如小角X射线散射、电镜等确定合成的样品状态是否由于聚集、结晶等过程的发生而改变. 此外,还需要注意样品的使用量和样品厚度. 根据样品内散射体的尺寸和与周围介质之间的衬度,样品量从300~1500 mg不等,样品厚度根据散射强度选择,通常为1和2 mm. 对于强散射样品,如果样品太厚会产生多重散射;对于溶液样品需要注意样品的结构与浓度有关,稀、亚浓和浓溶液结构会随着样品间相互作用而改变,为区分‍P(q)和‍SI(q)对‍I(q)的影响,除硬球体系之外,一般需要在稀溶液中先确定样品P(q),这时也许需要在0.1 wt%~5 wt%之间做多个样品,从而外推到无限稀溶液的情况.2.2实验数据处理实验数据处理是通过对原始实验数据进行一系列的物理校准和校正,最终得到与实验仪器和样品厚度等无关的,体现样品本质特征的绝对散射强度(dΣ(q)dΩ,cm-1)随着散射矢量(q,Å-1)变化的信息. 一个完整的实验通常包括5组数据的采集:空样品池透过率数据Tc(λ)、空样品池散射数据Iexpcb(q)、样品加样品池透过率数据Tsc(λ)、样品加样品池散射数据Iexpscb(q)、空背底测量Ibackground(下标s表示样品,下标c表示样品池,下标b表示背底). 小角中子散射实验中,散射信号Iexpscb(q)有以下来源:样品、样品池和各种背底(如天然背底、空气散射和电子学噪声等).各种散射信号之间的关系可以用式(1)和式(2)表示,其中I0(λ)代表零散射角度的散射强度. 扣除样品池的散射和其他各种背底,最终计算得到dΣ(q)dΩ. 式(1)和式(2)只是简化和近似,真实SANS数据处理还需要考虑探测器效率、死时间和入射中子波长分布等因素[14].2.3实验数据分析SANS数据分析方法多种多样. 一般来说,可分为不依赖于模型的分析方法和依赖于模型的分析方法. 不依赖于模型的分析方法植根于数学,是数据分析的起点. 具体来说,包括吉尼尔(Guiner)、Porod、Kratky等分析方法. Guiner分析方法是样品的散射强度的自然对数对散射矢量的平方作图,即1n(I(q))对q2作图,在qRgPorod分析方法是主要用于分析散射体尺寸的局部结构信息,要求qRg1. Porod作图即是将散射强度对散射矢量作图,即1g(I(q))对lgq作图,其斜率即为散射体的Porod因子n. 高q的散射数据通常可表示为或者对于长棒形散射体,n=1;对于二维光滑散射体,n=2;如果三维散射体拥有光滑表面,n=4; 否则,n为3~4之间. 对于大分子链,Porod因子与排斥体积参数ν有关,即n=1/v,对于稀溶液中的有排斥体积高斯链n=5/3(或者1/0.588),对于稀溶液中没有排斥体积的高斯链n=2,对于完全蹋缩的大分子链n=3.n为2~3之间可能是枝状大分子或者是形成网络结构.图3为半径为R=50 nm的硬球的散射模型,可以用贝塞尔方程拟合. 对曲线低q区域(qRg≤1)进行Guinier拟合,如图3中的小插图所示,得到均方旋转半径为38.94 nm,与理论值500 × (3/5)0.5 = 38.73 nm相符. 需要注意的是在得到 Rg之后需要进行一次验证,验证拟合区间确实满足qRg≤1.Fig. 3Guinier and Porod fit of the form factor of the hard sphere with a radius of 50 nm.对高q区域(qRg1)进行Porod拟合,得到斜率为-4.0,符合光滑球体表面分形维数. 更详细的关于Guiner、Porod和Kratky作图的图文解释和示例,读者可以参考Hammouda的SANS TOOLBox的第15章[15].常用的依赖于模型的分析方法是借助已知的样品信息,以有限多个初始参数建立正空间中散射体的几何模型,并根据公式(13)计算与之对应的倒空间的数学曲线,采用最小二乘法,不断迭代输入参数,直到模型的计算散射曲线与实验曲线的偏差在可接受范围内. 常用的分析软件有Igor[16]和SASView[17]等. Svergun和McGreevy等发展了新从头算起(ab initio)和逆蒙特卡罗模拟的分析方法[18~21],可以将正空间三维结构的傅里叶变换与散射曲线进行比较.对依赖模型的分析方法,初始模型的设计至关重要. 所以在SANS实验之前,需要进行一系列的前置散射、光谱或者成像实验,估计样品的初始结构. 根据不依赖于模型的Guinier和Porod等方法对一维散射曲线的分析结果,验证初始模型的选择是否正确. 需要注意的是,拟合参数或者基本假设越少,分析结果的准确性越高. 拟合参数多的方程可以拟合大多数SANS曲线,但必须通过结合其他研究手段固定大部分的参数.3大分子相关领域典型应用小角中子散射在物理学、化学、材料、生命科学和工业界等均有大量应用. 本文主要聚焦于大分子领域,即合成高分子、生物大分子和大分子材料领域的典型应用. 为方便讨论,依据样品的特点进行分类,分为高分子溶液、高分子共混物和复合材料、高分子结晶、凝胶、多孔材料、生物大分子. 以下就这些方面的一些经典案例和最新发现进行讨论. 由于小角中子散射应用领域众多,并且各个领域之间还会出现交叉和重叠,所以以下分类讨论并不一定严格和全面,本文只是抛砖引玉,旨在说明小角中子散射的特点和在各领域的典型应用.3.1高分子溶液体系大多数用户使用SANS研究溶液体系是为了得到溶质的多尺度形貌,所以高分子溶液体系的样品处理,实验方法,数据处理与分析具有普适性[22,23]. 大分子在溶液中的基本构象(confor-mation)的确定需要使用SANS进行证明,一般在稀溶液测定. 1974年,Cotton等使用SANS研究了线形聚苯乙烯(PS)在二硫化碳(良溶剂)和环乙烷(θ溶剂)中的构象,验证了高分子在良溶剂中是有排斥体系的高斯链,分形维数5/3,在θ溶剂中是无扰高斯链,分形维数是2[24]. 随着高分子化学的进步,科学家们合成了不同几何形状的单分散大分子. 2014年,Goossen等使用SANS研究了环形PS在氘代甲苯(良溶剂),氘代环乙烷(θ溶剂)和氘代线形PS(类θ本体)中的构象,如图4所示[25]. 环形PS在良溶剂中,Porod区间的表观分形维数1.56,小于线形PS在良溶剂中的5/3,作者解释是由于第2维利系数(A2)的影响,通过扣除A2,得到没有端基的环形PS在良溶剂中的分形维数;环形PS在θ溶剂和相同分子量的PS本体中,分形维数为2. 我们需要着重指出两点:一是对θ溶剂体系,或者高分子本体体系,图4的拟合区间在0.006~0.2 Å-1,对于低q区间,0.002 Å-1qP(q)的基本定义(公式(13))进行计算[15].Fig. 4Scattering functions and representative slopes for the overall and internal structure of ring polystyrene in good andθ solvents at different length scales. The linear polymeric matrix in the ring/linear blend is congruent with the θ‍-solvent. (Reprinted with permission from Ref.‍[25] Copyright (2015) American Chemical Society).相分离过程的研究是高分子溶液研究领域的重点之一. 大多数情形下,基于平均场理论的Ornstein-Zernike方程可以描述溶液中相分离过程的浓度涨落的变化[26,27]. Jia等使用SANS,研究了聚(N,N′-二乙基丙烯酰胺)(PDEA)在氧化三甲胺(TMAO)水溶液中的相分离发生前浓度涨落(concentration fluctuation)的变化,如图5所示[28]. 浓度涨落的强度和幅度都随温度升高而增大,随TMAO含量的增高而增大;通过外推零散射角度散射强度的倒数随着温度的倒数曲线,得到浓度涨落趋近无穷时的温度,就可以得到该共混体系的旋节线相图. 同样,这里需要注意两点:一是SANS是唯一的直接测量旋节线相图的研究手段,其他研究手段,例如浊度法,测量的都是双节线相图;二是越靠近相边界,浓度涨落的尺度越大(图5),这与温敏性高分子靠近最低共溶温度(LCST)时体积收缩[29]并不矛盾:由于图5的SANS实验的衬度来源于浓度涨落的微区,而不是单链高分子. 如果需要看到PDEA单分子链的LCST塌缩(就像使用动静态激光光散射观察PDEA极稀水溶液一样),需要使用衬度匹配技术. 典型的例子可以参考Hammouda等的实验,使用氘代和氢化聚(N-异丙基丙烯酰胺)(PNIPAM)在衬度匹配的重水/水混合溶剂中,用SANS观察PNIPAM单链的塌缩过程[30].Fig. 5SANS profiles of 4% mass fraction PDEA in TMAO-d9/D2O mixtures. (a) Temperature dependence of PDEA atcTMAO = 0.28 mol/L the arrow is used to guide the eye, indicating the increase of concentration fluctuations with temperature. (b) TMAO concentration dependence at 15 °C when TMAO concentrations are 0, 0.1, 0.28, 0.44, 0.58, 0.76, 0.90, 1.13 and 1.25 mol/L, respectively. (Reprinted with permission from Ref.[ 28] Copyright (2017) American Chemical Society).随着大分子在溶液中的浓度增加,分子之间相互作用(SI(q))逐渐变强,这时相互作用在散射曲线上将会表现为最小散射矢量附近的散射强度相对无相互作用时变小,中间q区间的散射强度相对无相互作用时变强. 如果体系中存在复杂的相互作用,如氢键相互作用、静电相互作用、憎水相互作用、π-π堆叠作用[31]等,在溶液中将形成亚稳的并且能够响应外界刺激的微相自组装结构,在污水净化、废油回收、药物输送等方面有着广泛的应用[32]. 小角中子散射是研究这类体系的非常有效的方法,既可以研究大分子或组装体在溶液中的结构(P(q))的变化[33],又可以研究组装体的结构在溶液中的相互作用(SI(q)).大分子组装结构是小角中子散射研究的一个热点. Sternhagen等合成了一系列的两亲性离子类肽嵌段共聚物,这些共聚物唯一不同的是肽链序列的离子单体的位置不同. SANS研究表明,这些肽嵌段共聚物组装成星形胶束结构,并且离子单体的位置越靠近星形胶束中心,胶束的均方旋转半径越小,并且二者呈现一定的指数关系[34]. 此项研究为利用肽键氨基酸序列调控组装胶束结构开辟了新的道路.3.2高分子共混物和复合材料通过将高分子共混、复合,石油化工工业只需要生产常见的几十种高分子材料,如聚乙烯、聚丙烯、聚酰胺等,就可以大致满足人们日常生活对高分子材料的硬度、弹性、机械强度、疲劳强度、导电性、透光性、耐热性、阻燃性、吸水性、耐酶性等多方面的需求. 这表明高分子共混物和复合材料的多相多尺度微观结构及其演化过程与宏观性能密切相关. 小角中子散射适用于实时追踪这类体系的微观结构的变化.通常非晶高分子本体或者共混物中,由于要观察的目标大分子与其周围环境的化学结构大致相同,对大部分研究手段而言衬度几乎都为0,无法看到单一高分子链或者选择性观察某一相高分子. 少部分的观察手段,包括单分子荧光或者核磁虽然有选择性地观察能力,但是前者引入了大尺寸的荧光基团,有可能影响体系的动力学和动态学行为;后者直接观察的是能量空间. 只有SANS可以通过衬度匹配具有选择性地观察单链结构的能力[35].高分子共混物在双节线相区,初级成核过程究竟是如何发生的?到现在仍然是一个非常具有挑战性的课题. Balsara课题组曾进行了深入的研究[36]. 他们使用时间分辨SANS,研究了氘代聚乙基丁烯(dPE)、聚甲基丁烯(PM)和聚(甲基乙烯-b-乙基丁烯)的三元共混物相分离初期的成核过程,如图6所示. SANS的中子束流强度低,需要较长时间(通常大于3 min,依赖于不同中子源或者SANS谱仪)才能得到满足统计误差的散射谱图. 嵌段共聚物hPM-hPE的加入是为了增强dPE/hPM的相容性,降低相分离温度并延长相分离时间,从而满足SANS采样所需时间.图6(a)表明,相分离未发生时,体系为均相,相对散射强度不随散射矢量q变化;随着相分离发生,低q散射曲线随相分离时间增长,不断向上倾斜,这说明有相分离成核的尺寸逐渐增大,零散射矢量处散射强度随之增长. 使用不依赖具体模型的Guinier方程对SANS数据进行拟合(图6(b)),可以得到零散射矢量处散射强度(In)随其均方旋转半径(Rg)变化的标度关系,分形维数1/0.54,说明初级成核也许并不是Gibbs成核过程(分形维数3),而是浓度涨落诱导过程(分形维数2).Fig. 6(a) Dependence of SANS profiles on time during the early stage of the sample with 50 vol% block copolymer. The solid lines in represent fits to the Guinier model. (b) A lg-lg plot ofRg at a given time versus In(In = I(Q=0,t)/I(Q=0,t=0)) at that time. The solid line represents the best power law fit. (Reprinted with permission from Ref.‍[36] Copyright (1996) The American Physical Society).复合大分子材料在工业界有着十分广泛的应用. Liu等利用小角中子散射和电子显微镜研究纳米二氧化硅球(20 nm左右)和橡胶复合体系,发现SiO2会形成24~97个硅球的聚集体,聚集体尺寸随着SiO2球体积分数增加线性变小,最佳的二氧化硅的体积分数在40%~50%之间[37,38].具有刺激响应的智能大分子材料,如自愈(self-healing)复合材料是目前研究的热点. Staropoli 等利用小角中子散射和流变实验研究靠氢键结合而成的瞬态枝化梳状大分子在熔融状态下的氢键形成机理[39]. 结果表明,瞬态链合结构对此类材料至关重要.3.3高分子结晶高分子结晶过程极为复杂,尽管科学家们进行了多年不间断地研究,一些基础性的问题仍有疑问. 1977年,Sadler等使用SANS研究了氘代聚乙烯经过溶液和熔融结晶生成的晶体内部的单链构象[40],在一系列假设下(氘代和氢化聚乙烯无相分离、同时结晶),证明了高分子单链在溶液中优先按照近邻折叠模型结晶;在熔融过程中,优先按照插线板模型结晶. 这个结果争议不大,已经写入了高分子物理的教科书. 而串晶(shish-kebab)中shish的生成机理则至今仍争议不休:究竟是高分子链的拉伸、缠结网络变形或者是壁滑导致了shish的产生?Kimata等的SANS研究使shish成核理论的研究向前迈出了关键的一步[41]. 实验观察结晶过程中分子链结构变化的关键难点还在于衬度:如何能够在shish的狭小范围内看到高分子链的结构. 如之前表2所示,X射线的衬度来源于电子云密度的差别,因此SAXS可以看到二维的大分子片晶结晶区与非晶区片层之间的电子云密度差别,从而得到片晶厚度,但是SAXS看不到一根结晶大分子链与其周围链段之间的任何差别;而常规的SANS均聚物氘代和氢化二元共混同样存在问题,它虽然提供了氘代分子与周围分子之间的衬度差别,但是也引入了结晶的氘代大分子与非晶的氘代大分子之间的衬度差别. 所以Kimata之前,科学家们没有设计出合适的可以在shish中提取分子链结构的实验方法. Kimata等使用了氘代短链(S),中等链(M)和长链(L)等规丙烯(iPP)与多分散非氘带iPP进行共混,在不同温度下进行剪切实验,用SANS观察散射图样的变化,如图7所示.图7(a)中S链的各向异性散射更加显著,温度升高到168 ℃时shish开始熔化,各向异性开始逐渐消失. Kimata等用166 ℃ 时shish刚刚开始取向的散射图样减去168 ℃或者180 ℃完全熔融的背景散射,如图7(b)所示,成功得到了d-iPP链在shish中的取向信息.图7证明了长链在shish中只起引发作用,但扩散较慢,不是shish的主体.Fig. 7(a) Temperature dependence of SANS profiles of deuterium labeled iPP during heating from 25 °C to 180 °C. The labeled fraction is denoted by S, M, and L for short D, medium D, and long D, respectively. (b) The change in SANS scattering intensity between 166 and 180 °‍C (left) and between 168 and 180 °‍C (right) for each of the three deuterium-labeled blends. (Reprinted with permission from Ref.[41] Copyright (2007) American Association for the Advancement of Science).3.4凝胶溶胶或者溶液中的胶体粒子或者大分子在合适条件下相互连接,形成空间网络结构,最后失去流动性,整个体系变成一种外观均匀,并保持一定形态的弹性半固体,这种弹性半固体称为凝胶. 凝胶在有机体的组成中占重要地位,人体内的肌肉、皮肤、细胞膜、血管壁,以及毛发、指甲、软骨等都可看作是凝胶. 相对于稀溶液,凝胶体系中的结构和相互作用更加复杂,小角中子散射方法,可用于研究此类体系的微观结构[42,43]、凝胶相的形成过程[44]和形成机理等[45].Endo等利用SANS研究不同浓度的间规聚丙烯(sPP)在氘代十氢萘溶剂中形成的物理凝胶的结构[46],散射曲线如图8(a)所示. 散射曲线在某一q范围的斜率表示在相应正空间尺度上散射体的分形维数. 浓度最低的sPP十氢萘溶液(2 wt%)的散射曲线低q区间分形维数1,说明在交联点之间有棒状结构,中等q值范围内分形维数4,类似光滑球形外表面. 所以假设sPP纳米晶为球形结构(用贝塞尔方程拟合),纳米晶之间存在的非晶sPP链形成的网络结构(用Ornstein-Zernike方程拟合),纳米晶球之间进行Percus-Yevick近似,就可以得到交联点形状、尺寸随sPP浓度和温度变化的定量关系(图8(b)).Fig. 8(a) SANS profiles of the nitrogen quenched gel with differentsPP concentrations (symbols) and corresponding fitting results (solid lines). The profiles are vertically shifted to avoid the overlap. (b) Schematic illustration of hierarchical structures in gel LN suggested by the SANS profiles. (Reprinted with permission from Ref.‍[46] Copyright (2019) The Royal Society of Chemistry)3.5多孔材料中子直接作用于原子核,具有很强的穿透性,可以轻松穿透较厚的多孔材料,从而在1~100 nm范围内研究其内部孔隙的孔隙率、尺寸分布、各向异性、孔的连接性和比表面积,并且可以追踪这些参数对其容纳和吸附性能的影响.Yang等利用小角中子散射研究我国四川盆地龙马溪页岩的多孔结构[47,48]. 用多分散球形孔模型和Porod方法分析中子散射数据得到的比表面积和孔隙率,都大于压汞法得到的结果,说明样品中存在盲孔. 随着样品埋藏深度的增加,盲孔数量也随之增加,并且与有机碳含量存在相关性. 这个例子需要注意样品多重散射对散射曲线的影响,通常页岩样品厚度在200 μm的情况下可以保证单次散射;具体实验中需要测量不同厚度样品散射曲线来避免多重散射.碳纤维是重要的工业材料,小角中子散射可以对碳纤维内的孔隙缺陷进行精确的表征. Jafta等利用小角中子和小角X射线对多孔碳纤维内的孔隙率和比表面积进行了精确的分析[49]. 同时还用弦长分布函数分析了体系中孔隙的空间分布,发现孔的分布相对无序. 如果多孔材料的孔隙分布比较窄,就可以用于研究液体在空间受限行为、各种气体在孔隙内的吸附和脱吸附. Melgar等利用多金属氧酸盐为水分子提供含有不同配体的孔隙,研究水分子在孔隙内的分布情况[50],研究表明,当孔隙小于1.1 nm,水分子将不能进入孔隙从而去润湿. Bahadur等利用小角中子散射研究二氧化碳在多孔碳材料内的高压吸附行为[51]. 观察到二氧化碳在微孔内随着压强的非线性吸附,微孔尺寸从约5 Å增加到7 Å. 但氩气在同样压强作用下的吸附并没有引起孔隙尺寸的变化. 说明吸附二氧化碳后,孔隙内的压强大于外界压强,推测孔内存在很强的吸附引起的溶解压.3.6生物大分子生物大分子种类丰富,多尺度结构复杂,其内部结构和作用原理的解析对解开生命的奥秘、开发新型药物等意义重大. Shi和Li对小角X射线在该领域的研究进展和一般分析方法进行了详细的阐释[52],介绍的分析方法和研究方向与本小节介绍的内容有一些类似和重叠,有兴趣的读者可以自行查阅. 中子凭借其特性和与X射线的互补在生物大分子方面的应用前景也十分广阔[53].生物大分子的小角中子散射表征难度相对较高,第一,氘代样品的制备难度大,需要利用氘水和氘带碳源培养特定的细菌,粉碎后再纯化需要的氘带样品;第二,小角中子散射是一种低空间分辨率的表征手段,对于复杂体系的散射,人们通常将小角中子散射与其他实验手段和分析方法如透射电镜、X射线晶体衍射、核磁共振以及模拟方法等结合起来对散射数据进行分析,如图9所示. David等综述了利用小角散射研究生物大分子[54]. 在生物大分子方面小角中子散射的研究内容包括但不限于:(1)肽链、核酸、蛋白质[55]、双层磷脂膜、淀粉、纤维素等生物大分子在不同环境下的结构;(2)肽链、核酸、蛋白质和双层磷脂膜等的相互作用和组合结构;(3)病毒、细胞器等.Fig. 9A scheme of an SAS experiment, structural tasks addressed and the joint use with other methods. The nominal resolution of the scattering data is indicated asd = 2 p/s. (Reprinted with permission from Ref.[56] Copyright (2007) Elsevier Ltd.).对于生物大分子这类复杂体系,在能够达成科学目标的前提下,模型设计需要尽可能地简单,将变量维持在可接受范围内. 如果散射体非常复杂,由多个具有不同结构、功能的部分组成,需要使用氘代对各个部分进行衬度匹配. 数据分析方面,第一步,对散射数据做定性或半定量的分析,例如稀溶液,可以通过Guinier作图分析散射体均方旋转半径,Porod作图分析体系拓扑结构或者分形维度;第二步,依据已知数据建立模型,分析数据. 数据分析模型通常有以下2种:第一种是依赖于散射数据的可迭代优化模型,依据模型的计算曲线和实验曲线的均方差对模型的一些变量进行迭代优化,如规则几何模型拟合、逆蒙特-卡洛(RMC)方法[21,57]、从头计算(ab initio)方法[20]等;第二种是不依赖于散射数据的独立模型(强烈依赖于所用力场),例如独立的分子动力学或者蒙特-卡洛模型,独立模型的计算SANS曲线可以与实验曲线对比,或者依据实验曲线与模型得到的可能结构进行筛选[58].限于篇幅,以下举几个有代表性的实例. 如图10为天冬氨酰-tRNA合成酶(Aspartyl-tRNA synthetase complexed)与tRNA复合物结构的小角X射线和小角中子散射联合研究图示[59]. Petoukhov和Svergun分别利用ab initial的串球模型分析复合体系的低分辨结构,如图10(A)和10(B)所示,然后利用复合物各个部分的X射线晶体学结构和刚体建模方法拟合X射线和中子散射数据,得到体系在溶液中的高分辨结构模型.Fig. 10(A) Aspartyl-tRNA synthetase complexed with tRNA. (a, b) Comparisons of the crystal structure with the ab initio bead models generated by the program MONSA. In the high resolution model, the protein and tRNA are shown as blue and magenta backbones, in the bead model corresponding phases are presented in gray and yellow, respectively. (c) Best rigid body model generated by SASREF. (d) A SASREF model with different orientations of tRNA. Right view is rotated by 90° about horizontal axis. (B) Scattering profiles from the Aspartyl-tRNA synthetase complex with tRNA. The simulated data are shown by dots, the fits obtained by the program MONSA and the program SASREF are displayed as red solid and blue dashed lines, respectively. 1 and 2 are X-ray scattering curves of the dimeric protein and the entire complex, respectively. 3-7 are neutron scattering patterns at 0, 40%, 55%, 70% and 100% D2O, respectively. The patterns are displaced in logarithmic scale for better visualization. (Reprinted with permission from Ref.[59] Copyright (2006) Springer European Biophysics Journal).同步辐射和X射线晶体学是研究生物大分子结构的利器,在得到蛋白质的晶体结构后,利用刚体建模方法,或者分子动力学模拟,结合小角X射线和小角中子散射,可以研究各类蛋白在溶液中的结构和相互作用. Shrestha等利用小角中子散射、小角X射线散和分子动力学模拟研究天然无规蛋白(intrinsically disordered protein)结构[60],发现Flory指数为0.54,介于理想链的0.5和自避行走链的0.588之间.4总结小角中子散射技术在基础、应用、产业化的各个领域中都有广泛的应用. 由于篇幅所限,本文只是首先从原理和实践两个方面对这一技术进行了简要的介绍,然后列举了小角中子散射在高分子溶液、高分子共混物和复合材料、高分子结晶、凝胶、多孔材料和生物大分子等体系结构表征方面的一些典型应用,希望能够进一步扩展我国的SANS用户群体. 如果需要更深一步了解SANS或者中子散射技术在高分子科学中的应用,可以参考一些专业书籍[12,61,62].参考文献1Borsali R,Pecora R.Soft-Mattter Characterization.Springer,2008.377-9522Cebe P,Hsiao B S,Lohse D J.Scattering from Polymers Characterization by X-rays, Neutrons, and Light.Washington DC:American Chemistry Society,2000.1-1163Roe R J.Methods of X-ray and Neutron Scattering in Polymer Science.Oxford:Oxford University Press,2000.1-804Feigin L A,Svergun D I.Structure Analysis by Small-Angle X-Ray and Neutron Scattering.New York and London:Plenum Press,1987.275-320.doi:10.1007/978-1-4757-6624-0_95Dianoux A J,Lander G.Neutron Data Booklet Second Edition (July 2003).2020-10-25.https://www.ill.eu/fileadmin/user_upload/ILL/1_About_ILL/Documentation/NeutronDataBooklet.pdf6National Nuclear Data Center.Evaluated Nuclear Data File (ENDF).2020-10-25.https://www.nndc.bnl.gov/exfor/endf00.jsp.doi:10.2172/9818137Zuo T S,Cheng H,Chen Y B,Wang F W.Chinese Phys C,2016,40(7):76204.doi:10.1088/1674-1137/40/7/0762048Carpenter J M, Agamalian M.J Phys:Conference Series,2010,251:012056.doi:10.1088/1742-6596/251/1/0120569Han Z,Zuo T,Ma C,Cheng H.Instrum Sci Technol,2019,47:448-465.doi:10.1080/10739149.2019.159773310Zhang H,Cheng H,Yuan G,Han C C,Zhang L,Li T,Wang H,Liu Y T,Chen D.Nucl Instrum Meth A2014,735:490-495.doi:10.1016/j.nima.2013.09.06511Anderson K.Reactor & Spallation Neutron Sources.Oxford:Oxford School of Neutron Scattering,2013.55-7612Higgins J S,Benoît H C.Polymers and Neutron Scattering.Oxford:Clarendon Press,1994.86-9513Rehm C,Barker J,Bouwman W G,Pynn R.J Appl Crystallogr,2013,46(2):354-364.doi:10.1107/s002188981205002914Du R,Tian H L,Zuo T S,Tang M,Yan L,Zhang J R.Instrum Sci Technol,2017,45(5):541-557.doi:10.1080/10739149.2016.127822915Hammouda B.Probing Nanoscale Structures-The SANS Toolbox.Gaithersburg:National Institute of Standards and Technology Center for Neutron Research,2010.31-19116Kline S.J Appl Crystallogr,2006,39(6):895-900.doi:10.1107/s002188980603505917Butler P,Doucet M,Jackson A,King S.SasView for Small Angle Scattering Analysis (July 2020).2020-10-25.https://www.sasview.org/18Konarev P V,Svergun D I.IUCrJ,2018,5(Pt 4):402-409.doi:10.1107/s205225251800590019Petoukhov M V,Svergun D I.Acta Crystallogr D Biol Crystallogr,2015,71(Pt 5):1051-1058.doi:10.1107/s139900471500257620Volkov V,Svergun D.J Appl Crystallogr,2003,36:860-864.doi:10.1107/s002188980300026821Gereben O,Pusztai L,McGreevy R L.J Phys Condens Matter,2010,22(40):404216.doi:10.1088/0953-8984/22/40/40421622Li Z,Cheng H,Li J,Hao J,Zhang L,Hammouda B,Han C C.J Phys Chem B,2011,115(24):7887-7895.doi:10.1021/jp203777g23Hu W T,Yang H,He C,Hu H Q.Chinese J Polym Sci,2017,35(9):1156-1164.doi:10.1007/s10118-017-1969-724Cotton J P,Decker D,Benoit H,Farnoux B,Higgins J,Jannink G,Ober R,Picot C,des Cloizeaux J.Macromolecules,1974,7(6):863-872.doi:10.1021/ma60042a03325Goossen S,Bras A R,Pyckhout-Hintzen W,Wischnewski A,Richter D,Rubinstein M,Roovers J,Lutz P J,Jeong Y,Chang T,Vlassopoulos D.Macromolecules,2015,48(5):1598-1605.doi:10.1021/ma502518p26Hao J,Cheng H,Butler P,Zhang L,Han C C.J Chem Phys,2010,132(15):154902.doi:10.1063/1.338117727Hore M J A,Hammouda B,Li Y,Cheng H.Macromolecules,2013,46(19):7894-7901.doi:10.1021/ma401665h28Jia D,Muthukumar M,Cheng H,Han C C,Hammouda B.Macromolecules,2017,50(18):7291-7298.doi:10.1021/acs.macromol.7b0150229Cheng H,Wu C,Winnik M A.Macromolecules,2004,37(13):5127-5129.doi:10.1021/ma049620130Hammouda B,Jia D,Cheng H. 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  • 赛默飞推出世界首款三种质量分析器杂交质谱
    2013年6月10日,赛默飞世尔科技公司在正在美国召开的ASMS 2013上推出融合三种类型质量分析器的创新&ldquo 三合一(Tribird)&rdquo 质谱系统Orbitrap Fusion LC-MS。该质谱系统集成了四极杆、轨道阱(Orbitrap)及线性离子阱(LIT),其可以为复杂生物样品分析提供前所未有的深度。 Orbitrap Fusion LC-MS系统   &ldquo 我们的使命是创造最高性能的商业化质谱仪&rdquo ,赛默飞世尔科技色谱质谱部首席技术官Ian Jardine博士如是说,&ldquo 此外,我们希望这一有力工具能够广泛应用到科学界且确保该仪器易于使用。在设计Orbitrap Fusion时,我们在一个灵活的研究级质谱系统中组合了四极杆、线性离子阱和Orbitrap技术并提高了其性能&mdash 以获得可能革新客户研究的新一代质谱仪。&rdquo   &ldquo 我们最大的挑战是灵敏度和分析通量,&rdquo 哈佛医学院细胞生物学教授Steven Gygi博士如是说,&ldquo Orbitrap Fusion仪器的革新性,允许我们以大大超过以往的定量准确度获得更宽广的蛋白质组学覆盖范围。&rdquo   Orbitrap Fusion系统解决通量问题的一个方法是通过串联质量标签(TMT)。该技术能够使质谱仪同时对多个样品中的蛋白质进行相对定量研究。与先前的工具相比,Orbitrap Fusion仪器显著改善了数据的深度和质量,从而获得更为出色的TMT结果。新平台借助 MS3 选择性的优势提高定量准确度,而且较之以往的分析系统,在单位时间内可获取两倍的MS3扫描次数,且灵敏度也获得显著提升。用户也可以从赛默飞世尔科技处订购全新TMT试剂,最多可同时对10个样品进行全面分析。   Orbitrap Fusion LC-MS的核心是配置三个不同的质量分析器,这些分析器共同协作,将分析性能提升至全新的高度,从而实现全新的实验方法:   (1)四极杆用于进行母离子选择,分辨率最低可达0.4amu,具有出色的灵敏度和选择性   (2) 超高场Orbitrap提供超过450,000的分辨率和高达15 Hz的扫描速率,具有无法逾越的分析选择性和速度   (3)多级杆离子回旋通道及双压线性离子阱提供 MSn HCD、CID 和 ETD 裂解,可在最高达20 Hz的扫描速度下进行快速、灵敏的质量数分析。同步的母离子选择增强了仪器的信噪比。   三合一配置使用户能够以比现有的商业化仪器更快的速度识别更多的低丰度蛋白质。其独特的结构能够在Orbitrap和线性离子阱质量分析器中实现同时的母离子隔离、裂解和数据采集。与已有仪器相比,所采集得到的数据质量更高,扩展了可能的实验范围。   可在任意MSn分析阶段选择不同裂解模式并以Orbitrap或线性离子阱分析器检测的能力使得一系列新型实验成为可能,从而能够获取来自代谢物、多聚糖、翻译后修饰和序列多态性方面的全新水平的结构信息。   在典型代谢组学实验中,科研人员经常会面临未知物和目标化合物。为了识别未知物,必须在LC-线性离子阱仪器上重新运行样品以获取MSn数据,但在第二次运行时匹配色谱保留时间会比较困难,进而导致了不确定性。利用其独特的三合一质量分析器配置,新型Orbitrap Fusion Tribrid LC-MS克服了这一问题,通过确凿的未知物鉴定结果为用户提供革新众多小分子实验方法的能力。   性能易于实现   Orbitrap Fusion LC-MS的新型智能软件提供了动态扫描管理(Dynamic Scan Management,DSM),具有随实验自动调整扫描参数以获得最佳结果的能力。   Orbitrap Fusion系统集成了一个新型、易于使用的拖放式方法编辑器,避免在创建复杂方法过程中需要花费大量时间进行参数的猜测和尝试。该编辑器是MS软件套件中的一部分,支持该平台无可比拟的适用性。其包括:   (1) Thermo Scientific Freestyle软件,一个新型数据可视化工具,也有助于进行快速方法开发和数据质量评估。   (2) Thermo Scientific Proteome Discoverer,一个用于蛋白质识别的综合性软件程序。   (3)Thermo Scientific Compound Discoverer软件,用于在大量应用中执行小分子结构识别。   (4) Thermo Scientific SIEVE软件用于蛋白质组学和小分子样品的差异定量分析。   (5)mzCloud软件,一个支持未知物识别和结构解析的新型质谱库。(编译:杨娟)
  • 葛瑛团队利用自上而下质谱法揭示新冠病毒刺突蛋白受体结合域的结构 O-糖型异质性
    仪器信息网讯 据WHO官网数据显示,截至2021年8月6日,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)已致全球2亿人感染,425万人死亡,这是本世纪最为严重的全球公共性卫生事件。  刺突蛋白(Spike, S)是病毒表面重要的标志蛋白,是一种三个相同亚基以非共价键结合成同源三聚体 同时刺突蛋白存在多个N-糖基化位点,糖基通过共价键与蛋白相连组成糖蛋白,而大量糖基的存在则可通过糖基化改变蛋白质分子的空间结构而封闭或破坏抗原表位,从而抑制机体产生免疫应答,对病毒起到保护作用。刺突蛋白的序列主要包括N端结构域(N-Terminal Domain,NTD)、受体结合结构域(Receptor Binding Domain,RBD)、融合肽段(Fusion peptide,FP)、2段七肽重复序列(Heptad Repeat,HR)、中央螺旋(Central Helix,CH)、连接域(Connector Domian,CD)、跨膜结构域(Transmembrane Domain,TD)等。  SARS-CoV-2通过高度糖基化的刺突蛋白(Spike, S)上的受体结合域(RBD)与人受体蛋白血管紧张素转换酶(ACE2)结合,进而入侵人体细胞,因此刺突蛋白糖基化在改变病毒结合/功能和感染性方面起着关键作用。然而由于传统自下而上糖蛋白组学方法分析完整糖型面临挑战,因此在刺突蛋白受体结合域(S-RBD) 上揭示新O-聚糖的分子结构和聚糖异质性仍是个难题。  基于此,2021年7月,威斯康星大学葛瑛教授团队在《美国化学会志》(Journal of the American Chemical Society, JACS)上发表了最新的成果,题为“Structural O‑Glycoform Heterogeneity of the SARS-CoV‑2 Spike Protein Receptor-Binding Domain Revealed by Top-Down Mass Spectrometry”。该研究利用自上而下蛋白质组学方法,提供了刺突糖蛋白不同O-糖型的高分辨率蛋白质解析图,为揭示其 O-聚糖的功能作用奠定了强大的分子基础。这种蛋白质解析方法可用于揭示新出现的 SARS-CoV-2 S-RBD 变体以及其他O-糖蛋白的结构O-糖型异质性。  该工作中,研究人员通过利用捕集离子淌度 (TIMS)-四极杆飞行时间质谱法和超高分辨率傅里叶变换离子回旋共振质谱法解析了完整的 O-聚糖蛋白型的完整结构。自上而下的 TIMS-MS/MS 分离 S-RBD 的蛋白质构象异构体以揭示其气相结构异质性,而自上而下的 FTICR-MS/MS 提供深入的糖型分析,以明确识别聚糖结构和他们的糖基。  该工作内容首次在结构上阐明了总共八种O-糖型及其相对分子丰度。该发现表明,这种自上而下的混合质谱分析方法可以提供S糖蛋白的不同 O-糖型的高分辨率蛋白质型解析图,这为揭示其 O-聚糖的功能作用奠定了强大的分子基础。这种蛋白质型解析方法可用于揭示新出现的 SARS-CoV-2 S-RBD 变体以及其他 O-糖蛋白的结构 O-糖型异质性。  研究团队: https://labs.wisc.edu/gelab/  葛瑛教授
  • 布鲁克在ASMS 2016推出蛋白质结构分析解决方案—HDX Solution
    布鲁克在第64届美国质谱年会(ASMS 2016)宣布推出布鲁克HDX Solution —氢氘交换解决方案。BHDX解决方案将LEAP H/D-X PAL自动样品处理系统与布鲁克maXis II ETD UHR-QTOF质谱系统以及HDExaminer软件相结合,提供了一套自动可靠的HDX-MS工作流。Bruker HDX解决方案通过H/D比值获得单一同位素精确定量分析结果,为深入了解生物分子结构提供可靠依据。  这些年来,生物制药表征分析需要对生物蛋白的空间构象有更加深入的了解,还要了解多种因素如pH值、温度和压力等对蛋白的影响。对于这一挑战,HDX-MS已经成为了一种有价值的分析技术。生物制药分析方法需要运用强大的分析统计工具,自动化的提供高质量数据。HDX-MS已成为生物制药领域的常规而可靠的分析方法。  关键结构的鉴定、药物/蛋白的解析以及蛋白之间相互作用、蛋白质构象变化等是目前生物治疗发展过程中面临的关键问题。Bruker HDX解决方案使得液相分离和MS/MS检测自动化,简化数据分析和解析工作,并能获得可靠的蛋白结构解析结果。  布鲁克道尔顿生物制药副总裁Bob Galvin博士评论说:“最新Bruker HDX解决方案的推出,进一步加强了布鲁克生物表征产品系列,使得生物制药领域的研究者能够更快、更准确的深入了解到蛋白质构象和相互作用。”关于HDX解决方案  Bruker HDX解决方案提供了完整的工作流程,将LEAP H / DX PAL自动进样器应用于预定标记实验,并结合了UHPLC系统与高分辨质谱系统。maXis II ETD UHR-QTOF质谱系统的质量准确度达到ppm级以下,高灵敏度与同位素保真度提高了系统获取准确H/D比值的能力。再加上HDX-MS解析软件Sierra Analytics HDExaminer的应用,创造了更大的应用空间与简便的应用环境。LEAP H / DX PAL自动进样器与maXis II ETD UHR-QTOF质谱系统  在市场处于领先的超高质量分辨率QTOF质谱与ETD(电子转移解离)能力结合,开创了布鲁克maXis II系统HDX-MS实验的新纪元。比起在肽段水平的研究,在更微量水平的探索能更容易的提供特异性识别位点。LEAP H/D-X PAL自动进样设备将稳健可靠的样品处理整合到布鲁克HDX 解决方案。革新的时间安排软件能够自动安排样品处理步骤,包括贴标签、培养、消化和灭活等,提高LC的效率与整个实验室效率。  用HDExaminer软件获得的信息可用于研究在干扰状态下蛋白质的构象变化。通过数据输出,有关这些变化的数据信息可被容易的可视化,也可通过导入如PyMol的晶体结构可视化程序更深入的了解这些变化。  海德堡大学分子生物学中心的Matthias P. Mayer教授表示:“通过布鲁克HDX解决方案,我们能够以高精度、高重复性和最小的动手时间测量氢交换反应动力学。系统的自动安排软件帮助我们充分利用仪器使用时间,从而提高我们的实验室效率”编译:郭浩楠
  • 质谱技术在靶向蛋白组学及脂质结构分析研究进展
    p style=" text-align: justify "   美国威斯康星大学麦迪逊分校的李灵军教授在《美国质谱学会杂志》上发表了题为& quot Faces of Mass Spectrometry”的文章。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 进展1: /strong /p p   本月,李教授的团队在分析化学杂志上发表了一篇文章“HOTMAQ: A Multiplexed Absolute Quantification Method for Targeted Proteomics”。 /p p style=" text-align: center " img title=" 1111111.webp.jpg" alt=" 1111111.webp.jpg" src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201902/uepic/04527389-10d7-4d2c-9392-40078abb0c71.jpg" / /p p style=" text-align: justify "   靶向蛋白组学中的绝对定量研究由于复杂背景下的低特异性、有限的分析通量及广泛的动态范围等诸多因素而具有挑战性。为解决这些问题,其课题组开发了一个混合offset-triggered多路复用绝对量化(HOTMAQ)方法。此方法结合了具有成本效益的质量差异和等压标签,能够在MS1前体扫描中同步构建内部标准曲线,在MS2水平上实时识别多肽,并在同步前体选择(SPS)-MS3光谱中对目标蛋白进行质量偏移触发的精确定量。这种方法将目标定量蛋白质组学的分析通量提高了12倍。采用HOTMAQ策略对临床前阿尔茨海默病候选蛋白生物标志物进行高精度验证。HOTMAQ的高通量和定量性能,加上样品的灵活性,使其广泛应用于靶向肽组学、蛋白质组学和磷蛋白组学的研究中。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 进展2: /strong /p p style=" text-align: justify "   清华大学欧阳证和瑕瑜教授与普渡大学学者共同在《自然通讯》上发表“Online photochemical derivatization enables comprehensive mass spectrometric analyses of unsaturated phospholipid isomers” 文章。 /p p style=" text-align: center " img width=" 600" height=" 304" title=" 22222222.webp.jpg" style=" width: 600px height: 304px " alt=" 22222222.webp.jpg" src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201902/uepic/f219c925-a096-478e-a956-d221f5b56fbd.jpg" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: justify "   质谱技术是脂质结构分析的主要工具,但如何在不饱和脂质中有效定位碳碳双键(C=C)以区分C=C位异构体仍是一个难题。本文通过Paterno-Buchi反应与液相色谱-串联质谱联用在线C=C衍生化,开发了大型的脂质分析平台。这为脂质C=C位异构体提供了丰富的信息,揭示了牛肝脏中200多种不饱和甘油磷脂的C=C位,鉴定出55组C=C位异构体。通过对乳腺癌患者和2型糖尿病患者血浆样本的分析,其课题组发现C=C同分异构体的比例受个体丰度的影响较小,这说明同分异构体比例可能用于脂类生物标志物的发现。 /p p & nbsp /p
  • MALDImini-1数字离子阱质谱仪分析化学修饰抗体的化学修饰位点
    21世纪初期,人类发现了抗体药物偶联物(ADC),该物质可作为一类新型抗癌药物,其抗体可与细胞毒性药物绑定结合。结合抗体的高底物特异性与低分子药物的药效,相比常规低分子药物,ADC有望成为更为有效的抗癌药物。通过人工手段将不同的化合物与蛋白质结合时(如ADC),化合物的结合程度以及结合位点将成为药物的重要的质量特性之一。通过人工结合低分子化合物与标准研究抗体,创建伪ADC,之后使用MALDImini-1紧凑型MALDI数字离子阱(DIT)质谱仪对其实施分析。 Me-荧光素-ABNO抗体修饰标准抗体质谱图对比(红色:未经修饰抗体,蓝色:经修饰抗体) MSn (n=2,3)质谱与Mascot MS/MS离子搜索结果重链和修饰位点的氨基酸序列(粗体:通过Mascot MS/MS离子搜索确认的肽氨基酸序列,红色:ME-荧光-ABNO的修饰位点) MALDImini-1基质辅助激光解吸/电离数字离子阱质谱 MALDImini-1数字离子阱(DIT)技术是岛津的原创技术,紧凑迷你的体积,即可实现MS多级的检测。宽范围的分子量范围提供更多新可能,适用于大量应用。抗体化学修饰位点、未知生物分子结构分析,蛋白质、多肽、翻译后修饰肽、脂质、糖链等。
  • 质谱大牛带你重新认识“有机质谱谱图解析”
    培训关键字:有机质谱谱图解析、面授、王光辉、苏焕华 授课专家 王光辉 中国科学院化学研究所质谱中心研究员,中国最早从事质谱研究的专家之一,参与了国内多项质谱仪器的研发工作,有丰富的理论知识、实践经验和培训教学经验。著有《有机质谱解析》等专著。 苏焕华 北京石油化工科学研究院高级工程师,70年代初开始有机质谱应用研究,参与了国内质谱仪器的研发工作,组织过多种质谱应用技术培训,有丰富的教学经验。著有《色谱-质谱联用技术及应用》等专著。 范国樑 天津大学材料科学与工程学院、副教授;天津市色谱研究会秘书长;天津市分析测试协会副理事长;中国色谱学会理事。专著"有机结构波谱分析"-质谱部分20万字,天津大学出版社出版。在chromatography A、分析化学(中国)、色谱(中国)等期刊发表论文40多篇。做为项目负责人完成973项目、天津市自然基金、科技部攻关项目十余项。获天津市技术发明奖二、三等奖两项。发明专利10项。 课程内容 一、谱图解析基础知识 二、离子的丰度 三、离子碎裂的基本机理 四、常见有机化合物的质谱图特征 五、由质谱图推测分子结构 六、NIST谱图库检索实用技术 注:学员可自带原始数据采集文件,讲师可采用学员的文件作为案例进行分析 更多课程内容请直接电话咨询010-51654077-8123。 其他信息: 培训机构: 信立方培训中心 适用对象: 使用有机质谱联用仪进行常规检测、科研或研发的技术人员。 费用:3800元/人 开班地点:北京市 开班时间:2015-05-26 培训天数: 共4天 地址:外国专家公寓(华严北里8号院外国专家大厦) 报名方式: 联系人: 安先生 Email: job@instrument.com.cn 联系电话: 010-51654077-8123 传真:010-82051730
  • 成果|利用氢氘交换质谱分析糖原磷酸化酶的瞬时态的结构动力学
    大家好,本周为大家介绍一篇发表在J. Am. Chem. Soc.上的文章,Transient Structural Dynamics of Glycogen Phosphorylase from Nonequilibrium Hydrogen/Deuterium-Exchange Mass Spectrometry,文章作者是英国埃克塞特大学的Jonathan J. Phillips。  变构调节指在蛋白质的正构位点上的变化通过蛋白质内部传递,最终影响到变构位点的结构,从而调整白质功能。理解蛋白质功能转换背后的特定结构动态变化对于分子生物学和药物发现领域至关重要。尽管变构现象自从提出以来已有广泛的研究,但是关于信号如何在蛋白质内部长距离传递的具体机制仍然不甚清楚。很大程度上是由于缺乏能够在时间和空间上高分辨率测量这些信号的生物物理方法。糖原磷酸化酶(glycogen phosphorylase,GlyP)是研究变构调节常用的标准蛋白,GlyP与II型糖尿病和转移性癌症的治疗密切相关。GlyP作为一种典型的变构酶,其活性受磷酸化修饰、多种天然配体和药物的调控。本文旨在通过开发和应用非平衡毫秒级氢/氘交换质谱(neHDX-MS)技术,来精确定位GlyP在变构激活和抑制期间的动态结构变化。这项技术能够提供蛋白质在毫秒时间尺度上的局部结构动态信息,有助于揭示变构调节过程中的瞬态结构特征,从而为理解蛋白质的动态行为和设计变构调节剂提供重要的结构信息。  作者首先确定了能够完全激活或抑制GlyP的条件。25 mM 的AMP能实现GlyPb的最大激活(图1A)。32 mM咖啡因足以完全抑制GlyPa(图1B)。并且观察到50ms内AMP和咖啡因能够达到最佳激活/抑制状态(图1C和1D)。  图1.糖原磷酸化酶b的变构激活和糖原磷酸化酶a的抑制。  随后作者通过neHDX-MS捕捉由AMP引起的GlyPb变构激活过程中的局部结构扰动。通过激活过渡态与未激活和激活状态之间的HDX差异,作者将这些肽段分成了七个类群。其中重点值得关注的类群是c、d(其他类群对应区域及趋势不在此详细介绍),因为他们的HDX行为与未激活和激活时的稳定态都有明显差异,这些局部区域的结构变化是过渡态的独特体现(图2A)。其中,c类群主要涵盖了tower helix区(图2B),说明该区域在从未激活到激活状态的过渡态中,表现出相较于前后二者皆较高的动态性。d类群涵盖活性位点,说明活性稳点结构在因结合发生了结构稳定化现象。为了从原子水平理解这些瞬态结构变化,研究人员使用了一种基于Energy Calculation and Dynamics(ENCAD)的方法,Climber,来模拟从非活性状态到活性状态转变过程中的过渡态内部作用变化。结果显示,tower helix在激活过程中经历了氢键先断裂后形成的变化,这与观察到的HDX增加相一致(图4A)。  图2.GlyPB中表现不同结构动力学行为的类群。  图3.局部区域HDX动力学。  图4.GlyP在活性和非活性状态之间的结构插值。  随后作者探讨了咖啡因如何通过变构抑制影响GlyPa的结构动态。同样作者也比较了抑制过渡态与未抑制和抑制状态之间的HDX差异,分成了七个类群。在这几组类群中,仅有m表现出较未抑制和抑制状态都较明显的氘代上升趋势(图2C、图3C&D)。m区域涵盖了tower helix区(图2D),说明该区域在未抑制状态到完全抑制状态的过渡阶段内,发生了局部去结构化现象。此外,在280s loop和250′ loop区域也表现出类似的瞬时去稳定化现象。结合AMP激活实验中的现象表明,尽管咖啡因和AMP作用于GlyP的不同位点,但它们都可能通过类似的变构路径(即tower helix的去稳定化)来引起GlyP的变构调节,从而实现对该蛋白功能的调控。同样在Climber分析中,可以观察到对应区域发生了氢键重排,与neHDX-MS结果呼应(图4B)。  本文讨论了GlyP的变构调节中间态涉及的局部结构动态变化,并通过毫秒级neHDX-MS揭示了这些变化。结果表明激活和抑制过渡态都涉及到tower helix的氢键断裂和局部结构重排,这是两个途径的共同特点。本研究的亮点在于开发了一种新的neHDX-MS方法,能够在毫秒时间尺度上观察蛋白质的变构结构动态。这种方法不仅对理解GlyP的变构机制具有重要意义,而且可以广泛应用于不同蛋白质的变构研究,为理解蛋白质的变构调节提供了新的视角和工具。  撰稿:罗宇翔  编辑:李惠琳  文章引用:Transient Structural Dynamics of Glycogen Phosphorylase from Nonequilibrium Hydrogen/Deuterium-Exchange Mass Spectrometry  参考文献  Kish, M. Ivory, D. P. Phillips, J. J., Transient Structural Dynamics of Glycogen Phosphorylase from Nonequilibrium Hydrogen/Deuterium-Exchange Mass Spectrometry. J. Am. Chem. Soc. 2023, 146 (1), 298-307.
  • 岛津质谱谱图解析高级培训班在京举办
    质谱分析是当今最重要的分析方法之一,已日益倍受分析工作者的推崇。具备高超的质谱解谱能力,是分析工作者能够充分发挥质谱技术特长高水平地完成分析检测工作的关键。 为帮助岛津的有机质谱(含GCMS和LCMS)用户提高质谱解谱能力,岛津分析中心秉承&ldquo 专业分析者教育服务&rdquo 的核心服务理念,于2013年6月19日至6月21日在岛津北京分析中心成功举办了首届质谱谱图解析高级培训班。 培训班特邀请有机质谱界享有盛名的专家王光辉老师和盛龙生老师讲授有机质谱解析基础知识、离子丰度和离子碎裂机理、如何从质谱图推导化合物结构和大气压离子化质谱的解析等内容。13位来自全国各地的质谱用户抱着真诚的学习态度参加了本次培训班。 培训班课堂场景 6月19、20日两天,王光辉老师深入浅出地讲解了有机质谱图与分子结构的关联、由质谱图推测分子结构、偶电子离子裂解规律等内容。6月21日,盛龙生老师详尽讲解了大气压离子化质谱的解析等内容。 王光辉老师讲课 盛龙生老师讲课 两位专家渊博的学识和丰富的实践经验折服了本次培训班的学员。学员们从中学到了大量的质谱知识,理清了概念,受益非浅。学员们还就自身开展的项目向两位专家请教。王光辉老师特地介绍了岛津GCMSsolution软件和NIST软件在解谱上的实用功能;盛龙生老师为此次培训班特地编写了&ldquo 大气压离子化质谱的解析&rdquo 培训教材,这是业内所见到的第一个系统地讲解大气压下离子化质谱解析的教材。可见两位专家对此次培训班的用心。 鉴于此次培训班的成功举办,今后,该培训班有望在各地分析中心轮流举办,以满足不同地区用户的需要,作为岛津公司&ldquo 全面应对用户需求,提升服务品质&rdquo 实践中的重要一环。 附件 本次培训班特邀授课专家简介: 专家姓名 专家简介 王光辉 中国科学院化学所质谱中心研究员。国内最早从事质谱研究的专家之一,国内质谱解析领域的知名专家,有数十年从事质谱技术研究与教学工作经验。编著《有机质谱解析》一书,该书为国内质谱技术丛书的经典著作,是从事质谱解析工作的必备书籍。 盛龙生 中国药科大学教授,长期从事药物分析方法学研究。主要研究方向:质谱法及其联用技术的方法学和应用研究,包括色谱 /质谱联用技术在中药、生物药物、合成药物及药物代谢和代谢组学中的应用研究。著有《色谱质谱联用技术》,《药物分析》等多本专著。 关于岛津 岛津企业管理(中国)有限公司是(株)岛津制作所为扩大中国事业的规模,于1999年100%出资,在中国设立的现地法人公司。 目前,岛津企业管理(中国)有限公司在中国全境拥有13个分公司,事业规模正在不断扩大。其下设有北京、上海、广州、沈阳、成都分析中心;覆盖全国30个省的销售代理商网络;60多个技术服务站,构筑起为广大用户提供良好服务的完整体系。 岛津作为全球化的生产基地,已构筑起了不仅面向中国客户,同时也面向全世界的产品生产、供应体系,并力图构建起一个符合中国市场要求的产品生产体制。 以&ldquo 为了人类和地球的健康&rdquo 为目标,岛津人将始终致力于为用户提供更加先进的产品和更加满意的服务。 更多信息请关注岛津公司网站www.shimadzu.com.cn/an/ 。
  • 天津分析测试新技术与前沿应用高端论坛,聚焦质谱新技术发展与应用!
    质谱分析技术因具有高灵敏度、样品用量少、分析速度快等特点,被广泛应用于多个领域。同时,质谱仪器可以根据不同样本,利用合理的前处理方法和灵活的仪器组合方式,实现不同标志物的精准检测,故质谱技术发展非常迅速。为促进质谱技术的应用与发展,助力科研院所、高校、生产企业分析能力的提升,天津分析测试协会与仪器信息网将于2023年5月11日组织召开“天津分析测试新技术与前沿应用高端论坛——质谱新技术发展与应用”主题网络研讨会,届时将邀请知名专家、学者围绕质谱技术研究进展及应用等方面,以线上报告的形式展开深度交流与学习。点击图片或扫码报名会议日程时间报告题目演讲嘉宾14:00主持人班睿(天津市色谱研究会书记 /天津大学化工学院副教授)14:00蛋白质赖氨酸修饰的质谱鉴定和应用张锴(天津医科大学 教授)14:30最新MALDI成像技术和生物医学应用王勇为(布鲁克(北京)科技有限公司 应用经理)15:00神经退行性疾病标志物构象分辨质谱解析李功玉(南开大学 研究员)15:30代谢组学的“前世今生” -从基础研究到临床转化李遇伯(天津中医药大学 教授)16:00质谱技术在医学研究领域的应用荀敬(天津市中西医结合医院 (天津市南开医院) 助理研究员)16:30磁性固相萃取前处理技术在电感耦合等离子体质谱中的应用王意(天津大学 高级工程师)赞助厂商专家阵容班睿 天津市色谱研究会 书记/天津大学化工学院 副教授主持人个人简介:1986年7月津大学化工学院任教,历任于天助教、讲师和副教授。主要从事生物化工领域的教学科研工作,主要研究方向为微生物遗传育种和发酵工程,发表研究论文20余篇,获得授权发明专利3项,有2项技术成果实现了产业化应用。张锴 天津医科大学 教授报告题目:《蛋白质赖氨酸修饰的质谱鉴定和应用》个人简介:天津医科大学基础医学院教授/博士生导师/PI。从事蛋白质组学和生物质谱研究。发展了基于色谱质谱技术鉴定蛋白质赖氨酸修饰和调控蛋白的系列高灵敏分析新方法;发现并系统揭示了细菌中新型赖氨酸修饰的组学、功能和调控机制;揭示了食管癌中赖氨酸修饰组学特征和功能。发表SCI论文100多篇,近年来,主要工作以通讯作者发表在Nature Chemical Biology、Nature Communications、Molecular Cell、Science Advances等国际主流学术期刊。目前兼任中国化学会色谱专业委员会委员、中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业分会委员、天津市色谱研究会理事长。王勇为 布鲁克(北京)科技有限公司 应用经理报告题目:《最新MALDI成像技术和生物医学应用》个人简介:2018年加入布鲁克(北京)科技有限公司,现任MALDI质谱成像应用经理,负责MALDI质谱成像产品的技术支持和在药物研发和临床医学的应用发展。王勇为1989年毕业于复旦大学化学系获硕士学位,1992年于中国科学院上海药物研究所获博士学位,随后从事色谱和质谱分析和药物代谢动力学研究。自2000起,先后在安捷伦科技和赛默飞世尔科技从事多种类型质谱仪的技术和应用支持,以及在蛋白质组学和药物研发等领域的市场推广。李功玉 南开大学 研究员报告题目:《神经退行性疾病标志物构象分辨质谱解析》个人简介:南开大学化学学院特聘研究员、博士生导师。入选国家高层次青年人才计划。2017年博士毕业于中科大化学系,随后在密西根大学和威斯康星大学麦迪逊分校开展博士后研究,2021年2月加入南开大学。研究方向为大分子结构质谱分析。迄今发表研究论文30余篇。曾获美国质谱学会博士后最高奖ASMS Postdoc Career Development Award。主持承担国家海外优青项目、科技部重点研发计划、基金委青年科学基金、基金委重大项目(骨干)等。担任天津市色谱研究会理事及JAT与Frontier in Chemistry等中英文杂志青年编委。针对人类疾病关联的低丰度蛋白修饰构效关系精准解析这一重大科学问题,李功玉课题组依托非变性离子淌度质谱平台,创造性搭建《高性能构象分辨质谱》多场景分析系统,成功应用于神经退行性疾病标志物蛋白手性修饰的构效关系研究,发现了疾病关联的新型蛋白结构亚型,为神经退行性疾病的精准诊断和治疗新思路提供了初步的完整蛋白水平上的分子基础。李遇伯 天津中医药大学 教授报告主题:《代谢组学的“前世今生” -从基础研究到临床转化》个人简介:天津中医药大学教授,博士生导师。全国首届青年岐黄学者,天津市特殊发展支持计划高层次创新团队负责人,天津市创新人才推进计划中青年领军人才。长期致力于基于液相色谱-质谱技术的代谢组学研究,构建了创新的代谢组学分离分析及应用技术平台,应用于中药安全性及有效性评价,并开展临床代谢组学研究。主持国家自然科学基金项目5项,主持及参与国家重点研发等课题28项;近五年以第一作者或通讯作者发表论文90余篇,其中SCI论文60篇;编写著作10部;获批授权专利6项,软件著作权2项;以负责人身份获省部级二等奖3项。荀敬 天津市中西医结合医院 (天津市南开医院) 助理研究员报告主题:《质谱技术在医学研究领域的应用》个人简介:现为天津市医院中西医结合急腹症研究所助理研究员,利用天津市急腹症器官损伤与中西医修复重点实验室平台,主要围绕消化系统肿瘤发生、复发转移的免疫调节及其中西医结合防治研究开展工作。作为项目负责人承担局级课题2项目,参与国家自然科学基金面上项目1项、天津市自然科学基金重点项目3项。近5年以第一作者发表学术论文6篇,其中SCI论文5篇,单篇最高影响因子11.6分,累计影响因子约30分。王意 天津大学 高级工程师报告主题:《磁性固相萃取前处理技术在电感耦合等离子体质谱中的应用》个人简介:高级工程师,天津大学分析测试中心光谱室负责人,沈志康奖教金获得者。主要从事无机质谱和原子光谱分析技术、固相萃取样品前处理技术的研究与开发。主持和参与完成多项科研项目、实验室教改项目及横向开发项目,指导天津市大学生创新创业项目1项;承担仪器分析教学课程3门,第一作者发表SCI及中文核心文章近20篇,完成2项教育部能力验证和实验室间比对项目,参与制定发布行业标准1项,参编1项教育部行业标准和分析技术丛书。欢迎扫码参会,共同探讨质谱技术!
  • 将质谱用于膜蛋白分析 英皇家学会院士Carol Robinson做客上海交大
    p   近日,英国皇家学会院士、美国科学院外籍院士、英国皇家化学会候任主席、牛津大学Doctor Lee冠名教授Carol Robinson教授在上海交通大学做客第95期大师讲坛,为交大师生带来题为“Mass spectrometry-from folding proteins to rotating motors”的精彩报告。 /p p style=" text-align: center " img width=" 350" height=" 473" title=" 001.jpg" style=" width: 350px height: 473px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201711/insimg/9c5b334e-bdec-4b44-ae4d-2e6ca2dbdf7e.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p   质谱分析是目前蛋白质研究的最重要工具之一。Carol Robinson教授介绍了质谱的原理和自己探寻质谱研究的历程,阐述了她领导的团队在 strong 质谱技术优化和应用质谱分析百万道尔顿级膜蛋白研究方面的进展 /strong 。关于质谱在生物领域的应用,她介绍了2002年诺贝尔化学奖获得者J. B. Fenn和K. Tanaka做出的贡献。在蛋白质的结构研究方面,她强调了对受体膜蛋白性质的研究在药物设计和研发领域的重要地位。 /p p    strong Carol Robinson教授介绍,她的研究团队将膜蛋白溶入洗涤剂溶液,并通过毫微电喷雾电离汽化质谱技术对膜蛋白与脂类小分子之间的相互作用及计量性质和其自身在小分子稳定作用下的折叠过程进行了探索和研究。 /strong 在结合诸如离子淌度法、核磁共振法等其它技术后,进一步提取出更多关于折叠膜蛋白的拓扑结构信息和性质。Carol Robinson教授团队从1993年开始应用质谱分析证实了蛋白质折叠与伴侣分子稳定效果的关系,并于2008年使用质谱分析研究疏水膜蛋白并取得突破。最近,她的团队对螺旋低聚膜蛋白在界面脂分子作用下的稳定效果进行量化,取得的成果发表在Nature及Science系列期刊上。她展示了原始的质谱分析例图,讲解了如何使用图谱判断样品蛋白是否折叠,并讲解了在旋转马达ATP合成膜蛋白内部的亚单位相互作用及折叠机制。 /p p   Carol Robinson教授总结,质谱分析对膜蛋白方面的研究意义重大,具有独特性和创新性。她指出,自己在最初决定进行这方面研究时遇到了很大困难和阻力,并因此鼓励年轻人不必拘泥形式,要敢于设计实验。 /p p   在提问环节中,Carol Robinson教授回答了研究中遇到的困难、质谱与冷冻电镜等分析方法在生物结构研究方面的应用和蛋白质在真空中折叠的机理与现实环境中的区别等问题。Carol Robinson教授还和同学们探讨了如何平衡家庭和学术事业等话题。 /p p   大师讲坛学生组委会向 Carol Robinson教授赠送了精心制作的泥塑人像作为纪念品,以表达交大学子对她到访由的衷感谢和诚挚祝福。 /p p   【嘉宾介绍】 /p p   Carol Robinson,英国皇家学会院士、美国科学院外籍院士、英国皇家化学会候任主席。现担任牛津大学化学系Doctor Lee冠名教授,牛津大学埃克塞特学院教授会员。她1982于剑桥大学获得博士学位,先后在基尔大学、牛津大学、剑桥大学工作。她2001年晋升为剑桥大学历史上第一位女教授,2011年被英国皇家学会授予跨领域奖,2013年在新年授勋中被授予大英帝国爵级司令勋章,2015年获得世界杰出女科学家成就奖。 /p p   【背景介绍】 /p p   质谱是一种通过ESI和MALDI等方法电离分子并根据其质荷比进行记录的分析方法,在化学及结构生物领域有着广泛的应用。使用质谱法分析膜蛋白质要求电离蛋白质分子,同时不破坏其分子结构。 /p p   Carol Robinson教授长期从事质谱相关领域的研究。她在对生物高分子配合物进行汽化以用于质谱法分析领域进行了大量突破性研究,并在使用质谱研究例如膜蛋白等大配合物结构方面做出了杰出贡献。Carol Robinson教授以第一作者或通讯作者在Nature和Science等杂志上发表了一系列文章,是质谱在化学、生物等领域研究方面的权威学者。 /p p & nbsp /p
  • 谱图大牛,教你重新认识有机质谱谱图解析!
    有机质谱分析基于不同质荷比(m/z)的带电离子在电场或磁场中的不同运动行为进行定性或定量分析,具有灵敏度高、样品用量少、分析速度快、同时进行多组份分析等优点。近年来在我国发展很快,广泛应用于食品安全、环境保护、化学化工、制药、生命科学、材料科学等各个领域,成为日常工作中非常重要的定性定量分析方法。质谱的定性分析基于对质谱谱图的解析而实现,但由于有机化合物种类繁多,繁杂的裂解规律不易记忆,又缺乏解析的思路和方法,很多质谱分析人员在拿到谱图后常感觉到无从下手。 为适应广大分析技术工作者的需求,信立方培训中心将于2015年8月18日-21日在北京举办第十二期有机质谱谱图解析专题培训班,欢迎有志提高有机质谱谱图解析水平的分析人员来参加。 培训时间:2015年8月18-21日 培训地点:外国专家大厦(华严北里8号院外国专家大厦(北四环) 适用对象: 各企事业单位、科研院所从事食品卫生、检验检测、石油化工有环境监测及等行业负责分析测试的技术人员,以及各大专院校相关专业在校研究生及分析中心等技术人员。 学习目标: 系统掌握有机质谱谱图解析的基本方法,了解有机化合物的裂解反应类型和基本裂解规律,结合实例讲解谱图解析的基本思路和方法,为有机质谱的定性分析打下坚实基础。 课程特色: p 讲师均为长期从事质谱分析研究的高职人员,具有丰富的理论知识和实践经验; p 有机质谱谱图解析的基础知识、基本规律和精选实例相结合,深入浅出,通俗易懂; p 独有的有机质谱谱图解析水平测试题,可清楚的对比学习前后的技术水平; p 学员可带问题参加学习班,在学习班和专家即时讨论交流,解决实际问题; 授课专家:   1、王光辉 中国科学院化学研究所质谱中心研究员,中国最早从事质谱研究的专家之一,参与了国内多项质谱仪器的研发工作,有丰富的理论知识、实践经验和培训教学经验。代表著作:《有机质谱解析》;   2、苏焕华 北京石油化工科学研究院高级工程师,70年代初开始有机质谱应用研究,参与了国内质谱仪器的研发工作,组织过多种质谱应用技术培训,有丰富的教学经验。代表著作:《色谱-质谱联用技术及应用》; 3、授课专家不宜公开; 授课大纲:  一、谱图解析基础知识   1、原子中电子的排布   2、奇电子离子与偶电子离子   3、氮规则   4、环加双键值   5、同位素峰   6、单分子反应 二、离子的丰度   1、质荷比与离子丰度包含的结构信息 2、影响碎片离子丰度的基本因素 三、离子碎裂的基本机理  1、断裂  2、环的开裂  3、重排反应  4、置换反应   5、消除反应 四、常见有机化合物的裂解及质谱图特征   1、碳氢化合物   2、醇、酮、醛、酸、酯、醚   3、胺类、酰胺类   4、卤代物、硝基化合物 5、腈 五、由质谱图推测分子结构   1、基本方法及思路 2、实例练习 六、NIST谱图库检索实用技术   1、NIST谱图库简介   2、NIST谱图库主要功能 3、NIST谱图库检索实例 培训费用 每人3800元,2人以上组团报名可每人优惠100元(含报名费、培训费、资料费、培训期间每日午餐费用)。 颁发证书 参加相关培训并通过考试的学员,可以获得: 由信立方培训中心颁发并有授课老师签字的结业证书。该证书可作为有关单位专业技术人员能力评价、考核和任职的重要依据。 报名咨询 联系人:李茹 电话:010-51654077-8119/15910410867 邮箱:liru@instrument.com.cn
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