高通量人蛋白质组定量分析
Q Exactive HF, DDA,DIA,293T,定量蛋白质组学数据非依赖性的扫描模式(data-independent acquisition, DIA)是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式(1)。DIA 扫描模式中,超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂,采集所有母离子的碎片离子,并快速地依次扫描相邻的母离子窗口内的所有碎片离子。DIA 的数据中包含了所有碎片离子的保留时间和强度信息。用非常小的质量偏差窗口(如 10 ppm)目标性地抽提同一肽段的多个子离子,计算子离子的强度,就能对该肽段进行鉴定和定量。 DIA 定量相比传统的基于母离子强度的 DDA 定量有选择性好,定量准确等优点,所以 DIA 成为定量蛋白组学新的热门发展方向 (2)。Q Exactive HF 是赛默飞世尔科技在 2014 年的 ASMS 上推出的全新静电场轨道阱超高分辨质谱仪(3, 4)。Q Exactive HF 采用了分段式四极杆技术(Advanced Quadrupole Technology,AQT)使离子传输效率至少提高了 2 倍;超高场 Orbitrap 技术,提高了 Orbitrap 扫描速度,在 15000 分辨率时,二级谱图的扫描速度是 18 Hz。这两项技术提高了 Q Exactive HF 进行 DDA、DIA 数据的采集能力。本文用 Q Exactive HF 质谱,170 min 色谱梯度对 293T 细胞蛋白质组进行 DIA 定量分析,考察 Q Exacive HF DIA 定量的能力。