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质谱阵列基因分析系统

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质谱阵列基因分析系统相关的资讯

  • 安捷伦科技公司推出新型人类基因表达谱微阵列芯片
    安捷伦科技公司推出新型人类基因表达谱微阵列芯片覆盖人类基因间长链非编码 RNA 区域 2012 年 5 月 22 日,安捷伦科技公司(纽约证交所: A)推出了 Agilent SurePrint G3 人类基因表达谱 v2 微阵列芯片,该芯片是唯一基于博德研究所最新公布的人类基因间长链非编码 RNAs (lincRNAs)参考目录进行设计的微阵列产品。 LincRNAs 是重要的基因表达调节子,在胚胎发育和众多细胞过程中具有重要作用。针对单个lincRNAs 的功能分析对研究者来说非常棘手,但是最近在测序和计算方法方面的技术进展改善了该领域的分析能力。 &ldquo 我们刚刚开始触及 lincRNAs 如何控制机体内许多过程(从脂肪发育到肿瘤生长)&rdquo ,博德研究所的研究人员、介绍人类 lincRNA 参考目录一文的共同作者 Moran N. Cabili 说, &ldquo 此次与安捷伦的合作,建立在迄今为止所创建的最全面的 lincRNAs 数据库,将有助于加快该领域的研发进程。&rdquo &ldquo SurePrint G3 人类基因表达谱微阵列芯片为新兴 lincRNA 研究领域带来了最新产品,&rdquo 安捷伦基因组学高级总监 Kathleen Shelton 说, &ldquo 我们很荣幸与著名的博德研究所共同合作开发此项尖端技术,有力推动 lincRNA 在基因表达中所起作用的研究。&rdquo Cabili 将参加一个由安捷伦主办的免费网络讨论会,题目为&ldquo 寻找转录组中丢失的 lincs&rdquo ,时间定在 6 月 6 日的早上 8 点(太平洋标准时间)。此次网络讨论所涉及的主题包括 lincRNAs 的鉴定、lincRNAs 相对于编码基因在特定组织中的表达模式以及具有不确定编码潜能的转录产物的功能。要了解详细信息或注册网络会议,请访问:agilenteseminar.webex.com。 SurePrint G3 人类基因表达谱v2 微阵列芯片具有最广的动态范围(超过五个数量级)和极高的灵敏度,可同时检测样本中的低表达子和高表达子。安捷伦微阵列系统具有卓越的灵活性,充分支持研究者设计与其实验相关的各种定制微阵列。 除针对lincRNAs的探针以外,SurePrint G3 人类基因表达 谱v2 微阵列芯片还包含对美国国家生物技术信息中心 RefSeq 基因数据库中最新 mRNA 的更新。 要了解更多信息,请访问:www.agilent.com/genomics/v2GExArray。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司(纽约证交所: A)是全球领先的测量公司,同时也是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18,700 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度,安捷伦的业务净收入为 66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息,请访问:www.agilent.com.cn。 编者注: 更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻,请访问安捷伦新闻网站:www.agilent.com.cn/go/news。
  • 基于流的分析微阵列 ——使用选择性生物探针进行定量和定性测定
    迈克尔塞德尔(Michael Seidel)• 如果要在一个样品中测定多种分析物,分析微阵列是理想的解决方案。基于流的分析系统的优势在于它们可以在现场以自动化的形式快速、定量地分析样品。• 近年来,基于流式化学发光 (CL) 微阵列的微阵列芯片读取器 (MCR) 分析平台不断优化,其在各种生物分析应用中的实用性得到了证明。• GWK Präzisionstechnik 公司以原型开发的形式进一步优化了最新一代设备。该设备提供了使用泵和阀门控制实现全自动测定性能的可能性,并通过集成的高灵敏度 CCD 相机进行后续测量图像采集,非常适合长达 2 分钟的采集时间。由于要建立各种生物分析试验进行研究,该仪器被命名为 MCR-Research (R)(图 1)。• 在下文中,将简要描述各个微阵列检测类型以及应用程序。图 1:用于 SARS-CoV-2 抗体检测的基于流式 CL 微阵列的 MCR-R 微阵列分析平台示例。 检测血液中针对 SARS-CoV-2 的抗体检测针对 SARS-CoV-2 的抗体的问题是在大流行开始时提出的,由巴伐利亚研究基金会资助。重组抗原(SARS-CoV-2 蛋白,包括刺突蛋白 (S1) 和核衣壳 (N) 蛋白以及受体结合结构域 (RBD))固定在微阵列芯片上。血液样本中的抗体可以与这些重组抗原结合。然后,带有辣根过氧化物酶 (HRP) 标记的抗人 IgG 抗体通过泵系统通过流通式微阵列芯片,在随后的步骤中通过添加鲁米诺和过氧化氢来观察结合的抗体。基于流动的微阵列免疫测定 (MIA) 原理的一个主要优点是使用间接非竞争性 MIA 非常快速和同时测定针对不同抗原的抗体(图 2)。因此,例如,可以将疫苗衍生抗体与 SARS-CoV-2 感染后的抗体区分开来。 图 2:血清和血液中 SARS-CoV-2 抗体的间接非竞争性 MIA 流程图。此外,可以确定针对不同 SARS-CoV-2 变体的抗体,或者可以通过其他呼吸道病原体扩展抗体组,例如,检测针对流感的抗体。此外,MCR 的多功能性与相关的流通微阵列芯片和程序选项也提供了建立的可能性,例如,通过竞争性 MIA 对中和抗体进行定量分析。在这里,可以确定哪些抗体实际上可以阻止病原体进入细胞,从而在预防感染方面特别有效。CL-MIA 只需不到 15 分钟,可用于现场分析,例如医疗实践。使用 CL-MIA 和 MCR 检测 SARS-CoV-2 抗体的第一个结果已经发表 [1,2]。 基于抗体的蒸发冷却系统嗜肺军团菌检测和亚型分析媒体多次报道军团菌爆发,通常可以追溯到蒸发冷却系统。这些系统可以产生含有军团菌的生物气溶胶,这取决于致病菌株,在吸入可吸入的嗜肺军团菌后,会在人体中引发轻度庞蒂亚克热或严重的肺炎,即军团病。为此,成立了第 42 届 BImSchV,负责规范蒸发冷却系统、冷却塔、湿式分离器的安全技术运行以及冷却水中军团菌的定期控制。如果超过测量值(冷却塔每 100 毫升 50,000 个军团菌,其他需要报告的系统每 100 毫升 10,000 个军团菌),则必须立即采取措施大幅降低病原体浓度。此外,必须进行血清分型。代替使用凝集试验(血清组 1 和血清组 1-15 之间的区别)对嗜肺军团菌进行常规血清分型,甚至使用大量 ELISA 微量滴定板对嗜肺军团菌血清组 1 进行亚型分型,也可以使用 MCR。根据该申请,原型设备被称为 Legiotyper。此外,在军团病爆发的情况下,尽快确定源头很重要。这也可以通过仪器实现。一组单克隆抗体固定在流通式微阵列芯片上。样品手动注入系统,然后是全自动 CL-SMIA(图 3)。单克隆抗体对L. pneumophila血清群 1的不同血清和亚群表现出不同的亲和力和选择性。图 3:CL-SMIA 示意图:(1) 样品注射,(2) L. pneumophila SG1 亚型与特异性捕获抗体的结合,(3) 抗 SG1 检测抗体与已经结合的军团菌的结合,(4 ) CL 反应和图像采集。细菌与流通式微阵列芯片上的相应单克隆抗体特异性结合。夹心是由对血清组 1 特异的生物素标记的多克隆抗体形成的。加入 CL 试剂后,进行 CL 吸收。通过将单个菌落悬浮在缓冲液中并在大约 30 分钟内使用该仪器执行 CL-SMIA,在培养后的所有情况下都可以进行血清分型和亚型分型。在由德国联邦经济和技术部资助的 WIPANO 项目 LegioRapid 中,首次建立了用于蒸发冷却系统快速卫生评估的独立培养方法的标准化方法,该方法在测量后定量确定治疗成功率值已超过。除了 qPCR 和与免疫磁分离 (IMS) 相结合的流式细胞术之外,Legiotyper 被用作第三种方法。定量测量结果通过qPCR和IMS流式细胞仪从100 mL中100军团菌的浓度获得,其中100 mL水样通过聚碳酸酯过滤器(孔径=0.22µm)过滤,洗脱液直接用于定量测定。只有在样本中发现最低浓度为106个细胞/100 mL时,才能使用Legiotyper进行血清或亚型。对于培养样本,这个最低浓度不是问题。对于不依赖培养的方法,样品体积必须增加到至少 10 L 才能达到至少 10 4的浓缩系数。正在对合适的过滤方法进行研究 [3]。对于气溶胶中嗜肺军团菌的分析,可以使用相同的 CL-SMIA,但在样品制备方面存在差异。必须首先使用气溶胶收集器对气溶胶进行采样,科里奥利 µ 旋风收集器适用于该收集器。在这里,细菌以液体形式分离,其中可以直接取样和测量。在 AIF 项目 LegioAir 中,首次表明在生物气溶胶中进行血清分型是可能的。 使用 haRPA对军团菌进行分子生物学检测微阵列芯片阅读器不仅可用于基于抗体的检测,还可用于分子生物学。课题组开发了异质不对称重组酶聚合酶扩增(简称haRPA,图4)[4,5],可用于军团菌属。通过在 39°C 下加热流通式微阵列芯片在系统上进行检测。对于 haRPA,军团 菌属特异性引物在空间上固定在 DNA 微阵列芯片上。图 4:可以在 MCR-R 上执行的 haRPA 原理。(1) 带有固定反向引物的 DNA 微阵列,(2) 添加 DNA 提取物后,重组酶打开双链靶 DNA,(3) 聚合酶延伸反向引物直到 (4) 单链结合蛋白分离, (5) 生物素化的正向引物与固定的双链结合,直到 (6) 第二条 DNA 链被聚合酶延伸。(7) 最后,固定化的扩增子通过链霉亲和素-HRP 进行标记,并使用 CL 进行可视化。 等温核酸扩增可扩增基因组 DNA 的靶序列。通过第二个生物素标记的引物,形成的扩增子被标记并用作链霉亲和素-HRP 的锚点,该链霉亲和素-HRP 通过流通式微阵列芯片。最后,与其他测定一样,通过使用集成 CCD 相机记录 CL 反应生成 CL 图像。信号的强度取决于样品中 DNA 的初始量。扩增允许对非常少量的初始 DNA 进行定量。haRPA 的原理还允许通过将不同的引物固定在微阵列表面上进行多重分析。这样,样品可以在 45 分钟内区分军团 菌。以及对人类最危险的军团菌属嗜肺军团菌,它可以更好地评估潜在的健康风险。 地表水中的藻类毒素的监测MCR-R 也用于环境监测。AIF-ZIM 项目 MARCA 关注为即将到来的藻华开发早期预警系统。它是基于云的监测系统的重要组成部分,可用于预测藻类大量繁殖和地表水中蓝藻毒素的形成等。由于水体富营养化和气候变化,被称为藻华的蓝藻大量繁殖变得越来越频繁。在这种现象期间,水变得非常浑浊,水中的蓝藻毒素含量急剧增加。其后果是水生大型植物的退化和对生物体、人类和动物的危害。为了预测藻华并在早期采取预防措施,正在开发一种预警系统,该系统能够使用 Triton 水传感器系统持续监测可能指示藻华的化学和物理参数。这些是温度、电导率、总溶解固体 (TDS) 和总悬浮固体 (TSS)、浊度、溶解氧、溶解硝酸盐和总硝酸盐。此外,该仪器还监测水中的蓝藻毒素浓度。这可以通过再生间接竞争 CL-MIA(图 5)实现,并且由系统在 7 分钟内完全自动执行。例如,微囊藻毒素-LR 的检测限为 4.8 µg/L,因此低于 WHO 的 10 µg/L(对于微囊藻毒素)的限值,低于该限值可假设对健康产生不利影响的可能性较低。图5:再生间接竞争性MIA的示意图:(1)样品(抗原)与一级抗体的孵育,(2)未结合的一级抗体与固定化毒素的结合,(3)检测抗体结合,(4)CL反应和图像采集,以及(5)下一次测量的再生。细菌亲和过滤用亲和粘结剂的筛选微阵列芯片阅读器可用于定量或定性检测,以及研究新的亲和性结合物及其对细菌的结合行为。例如,这些是抗菌多肽、酶或抗体。生物素化细菌通过流通微阵列芯片自动进入设备,在该芯片上固定待研究的亲和力粘合剂。随后,链霉亲和素HRP与结合的生物素结合并催化CL反应,这被捕获为图像。用适当的缓冲液洗脱细菌后,获得第二个CL图像。因此,细菌的结合和洗脱行为可以得到快速而全面的评估。与无标签生物传感器相比,生物素标签可以更精确地跟踪这种反应。这种筛选策略的另一个优点是可以同时固定多个亲和结合物。这为一次测试许多亲和结合物提供了一种快速的方法,也允许细菌、亲和结合剂和洗脱缓冲液之间的组合具有高度的多样性。总结这里描述的例子令人印象深刻地展示了MCR-R分析平台在仪器生物分析中的广泛应用。因此,各种高度相关的领域都可以受益于生物分析方法的使用,因此必须在未来继续推动其扩展。参考文献[1] Klüpfel, J. Koros, R.C. Dehne, K. Ungerer, M. Würstle, S. Mautner, J. Feuerherd, M. Protzer, U. Hayden, O. Elsner, M. Seidel, M. Automated, flow-based chemiluminescence microarray immunoassay for the rapid multiplex detection of IgG antibodies to SARS-CoV-2 in human serum and plasma (CoVRapid CL-MIA). Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, 413, 5619–5632. https://doi.org/10.1007/s00216-021-03315-6 .[2] Klüpfel, J Paßreiter, S. Weidlein, N. Knopp, M. Ungerer, M. Protzer, U. Knolle, P. Hayden, O. Elsner, M. Seidel, M. Fully automated chemiluminescence microarray analysis platform for rapid and multiplexed SARS-CoV-2 serodiagnostics. Analytical Chemistry, 2022, 94, 6, 2855-2864. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.1c04672 .[3] Wunderlich, A. Torggler, C. Elsaesser, D. Lück, C. Niessner, R. Seidel, M. Rapid quantification method for Legionella pneumophila in surface water. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2016, 408(9), 2203-2213. https://doi.org/10.1007/s00216-016-9362-x .[4] Kunze, A. Dilcher, M. Abd El Wahed, A. Hufert, F. Niessner, R. and Seidel, M. On-chip isothermal nucleic acid amplification on flow-based chemiluminescence microarray analysis platform for the detection of viruses and bacteria. Analytical Chemistry, 2016, 88, 898-905. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.5b03540 .[5] Kober, C. Niessner, R. Seidel, M. Quantification of viable and non-viable Legionella spp. by heterogeneous asymmetric recombinase polymerase amplification (haRPA) on a flow-based chemiluminescence microarray. Biosensors and Bioelectronics, 2018, 100, 49-55. https://doi.org/10.1016/j.bios.2017.08.053 . 关于作者Michael Seidel德国加钦慕尼黑工业大学水化学研究所分析化学和水化学系主任Michael Seidel在斯图加特大学学习技术生物学,并在图宾根大学获得物理化学博士学位。在Miltenyi Biotec GmbH担任项目负责人后,他在分析化学主席处成立了一个微阵列研究小组,由Reinhard Niessner教授领导。2014年,他以化学发光微阵列为主题,学习分析化学。直到现在,他还是由Martin Elsner教授领导的分析化学和水化学主席“生物分析和微分析系统”小组的负责人。他的研究兴趣在于建立创新的(生物)分析方法和仪器、生物传感器、分析微阵列、超顺磁性纳米颗粒、浓缩和分离方法,以快速或自动分析药物、毒素、生物标记物、蛋白质、病原菌和病毒,或在水质监测、食品分析或体外诊断领域的抗生素抗性基因。原文:Flow-based analytical microarraysQuantitative and qualitative determinations with selective biological probesWiley Analytical Science,2 September 2022供稿:符 斌
  • 安捷伦科技公司发布适用于人、小鼠和大鼠模型的新型基因表达微阵列芯片
    安捷伦科技公司发布适用于人、小鼠和大鼠模型的新型基因表达微阵列芯片 安捷伦公司与根特大学合作在芯片中整合入了 LNCipedia 内容2015 年 6月 10 日,北京 — 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)近日宣布更新其新型 SurePrint 基因表达微阵列芯片用于人、小鼠和大鼠模型的信使 RNA 分析应用。此次更新改进了编码和非编码内容,为研究人员提供在常用平台上研究表达模式的最新工具。安捷伦公司与根特大学合作开发了最新款旗舰版 SurePrint G3 人基因表达 v3 微阵列芯片,其中完整包含的 LNCipedia 2.1 数据库能够对长链非编码 RNA (lncRNA) 转录物进行可靠分析。LncRNA(长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA)能够通过直接作用于 DNA、RNA 和蛋白质而改变基因调控,从而实现靶标特异性或系统范围内的调控。 通过 lncRNA 与癌症、心血管疾病和神经退行性疾病的关联不难看出其广范却至关重要的作用。经重新设计的安捷伦基因表达微阵列芯片是高质量的特征捕获工具,可实现目标基因或通路的有效分析,涉及从协助疾病危险分层到阐明药物作用机制的各种应用。根特大学的 Jo Vandesompele 教授说:“我们与安捷伦密切合作设计了一流的 mRNA 和 lncRNA 表达分析方法。在单次分析中对这两种类型的RNA进行的同时测定有助于从相对基因表达水平深入探究mRNA与lncRNA之间的生物学联系。 其中的关键在于实现编码和长链非编码特征的良好平衡,而LNCipedia 2.1 则是与安捷伦基因表达内容配对的最佳数据源。微阵列芯片的最终设计经优化后可快速给出大量有价值的信息。”最新的微阵列芯片采用能够实现寡核苷酸精确合成的 SurePrint 技术制造。 SurePrint 微阵列芯片的灵敏度处于业内领先水平,具有5 个数量级以上的动态范围以及 5% 的阵列间变异系数中值,且在 R20.95 时与外部 RNA 对照联盟 (External RNA Controls Consortium) 的加标 RNA 对照品相比具有出色的定量一致性。“我们的 SurePrint 基因表达微阵列芯片不仅包含 LNCipedia 的 lncRNA 等严谨的专业内容,还能够为专家级用户提供灵活的定制服务。”安捷伦基因组学高级总监 Alessandro Borsatti 博士谈道, “凭借基因表达微阵列芯片的出色性能和定量一致性以及 RNA 测序和靶向序列捕获产品,我们能够使研究人员在微阵列芯片的筛查应用与更深度的二代测序的发现性应用之间实现完美转换。”SurePrint 基因表达微阵列芯片属于 SurePrint 产品系列,该系列包括 microRNA 与比较基因组杂交微阵列芯片。 安捷伦基因组学工作流程包括用于质量控制的 2100 生物分析仪和 2200 Tapestation、用于数据采集的SureScan 扫描仪、用于数据分析的 GeneSpring 软件,以及用于进行实时聚合酶链反应的 AriaMX 系统。如需了解有关 SurePrint 基因表达微阵列芯片的更多信息,请访问 www.agilent.com/genomics/v3。关于安捷伦科技公司安捷伦科技公司(纽约证交所:A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者,是致力打造美好世界的顶级实验室合作伙伴。安捷伦与全球 100 多个国家的客户进行合作,提供仪器、软件、服务和消耗品,产品可覆盖到整个实验室工作流程。在 2014 财年,安捷伦的净收入为 40 亿美元。全球员工数约为 12000 人。今年是安捷伦进军分析仪器领域的 50 周年纪念。如需了解安捷伦科技公司的详细信息,请访问 www.agilent.com.cn。编者注:更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻,请访问安捷伦新闻网站:www.agilent.com.cn/go/news。
  • “阵列”与“多维”的完美结合——访复旦大学化学系教授张祥民
    色谱仪作为复杂物质的分离工具,在日常化合物的分离分析中发挥了巨大的作用,多数色谱仪属于一维色谱,适合于含几十至几百个物质的样品分析。随着现代科技的进步,传统的一维色谱分离方式已经不能满足人们对诸如天然产物、中药药物和蛋白质组等的常规分离,迫切需要更高效的分离方式来完成复杂样品精细分离的需要。因此,能够提供更大峰容量和更高分辨率的多维色谱技术日益受到人们的关注。相对于一维色谱分离而言,多维色谱分离具有更高的峰容量。从本质上说,多维色谱就是简单的一维色谱加复杂的阀切换技术。  目前,发展速度较快的多维色谱技术包括:全二维气相色谱、多维高效液相色谱、高效液相—毛细管电泳多维色谱、高效液相—气相多维色谱和多维超临界流体色谱等。近年来,国内外有些仪器公司陆续推出了一些多维色谱仪,但主要是二维色谱仪。例如岛津、沃特世、SCIEX、安捷伦和赛默飞等,其中赛默飞和SCIEX推出的二维液相色谱仪主要应用于蛋白质组的分析。安捷伦和沃特世推出的二维液相色谱仪,其使用主要集中在药物小分子的筛选。在已商品化的全二维气相色谱中,LECO 全二维气相色谱结合chromaTOF 软件,一次可解析大于100000个峰,降低了研究领域的谱峰解析难度。同时,国内色谱专家在阵列多维色谱系统的设计和应用上也有了杰出的研究成果。  近期,仪器信息网编辑就多维色谱目前发展状况、技术优势及未来产业化前景等内容与国内较早开始研究多维色谱技术的复旦大学化学系张祥民教授进行了深入的交流。  多维色谱破解蛋白组学研究密码  多维色谱技术包括二维色谱、三维色谱等高维色谱,近年来其应用越来越广泛。张祥民介绍,多维色谱不是简单的将每个柱子接起来。多维色谱指的是第一维分离出来数十到上百个馏分后,第二维相当于把第一维做出来的每个馏分再重新做一遍,以此类推。例如汽油,一维色谱可以分出来三、四百个组分,两维色谱其组分可以达数千,有学者曾用三维色谱去分,其组分可达六千多个。起初,张祥民教授团队提出用多维色谱技术来做中药成分分析。由于中药成分较为复杂,其中活性成分较难确定。通过多维色谱和高效毛细管电泳的结合,可以将中药里上千个馏分分离出来,这样就可以很好的鉴别不同中药里组分的活性和差异。复旦大学是最早建立多维色谱仪器系统并作为新技术手段用于解决实际问题的单位之一,这主要得益于复旦大学良好的仪器研发基础。  20世纪90年代,作为功能基因组学的重要支柱——蛋白质组学的出现,使得多维色谱的研究成为新的研究的热点。蛋白质组传统的研究方法是采用双向凝胶电泳分析。在双相凝胶电泳分析中,一维用来跑等电聚焦,另一维用来跑分子量,两维组合起来就可以将蛋白点分离出来。蛋白质组刚出来时几乎都在用这个方法做。双相凝胶电泳虽然可以分离出来几千个蛋白组分,但其工作量较大,难以实现自动化。张祥民谈到,起初其复旦大学研究团队使用双向电泳凝胶技术鉴定人肝中的蛋白质,团队三十几个人需要花费一两个月才能鉴定两千多个蛋白出来,过程中耗费了大量的人力和物力。现在采用多维色谱技术对蛋白质组进行分离鉴定一个人仅需要几个小时可鉴定5000-8000个蛋白,而且花费仅为数千元。多维色谱技术的突破迅速推动了生物医学难题的解决,例如重大疾病和各种癌症中的重大技术瓶颈问题。通过采用多维色谱技术可以寻找到一些关键蛋白质分子、疾病标志物和药靶蛋白,从而实现临床上的疾病诊断和新的治疗药物的发现。  目前,多维液相色谱技术已广泛的运用到由小分子到大分子的分离分析中,其商品化的色谱仪器日益完善。同时,研制我国自主知识产权的关键设备,开发相应的分离分析方法已成为当下值得关注的焦点之一,也是提高我国科技能力的一个重要方面。现阶段,尽管新技术新方法不断涌现,但是还不能完全满足实际应用的需要,尤其是缺少蛋白质组学中核心技术设备和应用于临床疾病研究的创新技术方法。然而,随着多维色谱分离技术的提高,分离方法不断进步,具有高通量高分离能力的多维色谱必将在蛋白质组学等领域发挥更大的作用。  国内多维色谱研究的开创者  张祥民于1986年进入中科院大连化学物理研究所工作,师从卢佩章院士和张玉奎院士。1994年张祥民进入复旦大学,从事博士后研究工作,后留复旦大学化学系工作至今。目前,张祥民为复旦大学化学系和复旦生物医学研究院双聘教授。还历任中国化学学会理事、中国化学会色谱专业委员会委员、中国色谱学会常务理事、中国分析仪器学会常务理事、中国蛋白质组学会理事、上海市分析测试协会副理事长, 并担任Proteomics, Anal Bioanal Chem (ABC)和《色谱》杂志编委等。  张祥民课题组是国内最早开始研究多维色谱技术的团队之一,其多项有关多维色谱技术的论文发表在国内外高水平的期刊杂志上。目前,张祥民课题组主要依托于复旦大学化学系、生物医学研究院和教育部创新科学仪器工程研究中心,课题组实验室共有三十余名科研人员从事多维色谱技术的研究。迄今为止,张祥民课题组累计发表SCI论文230多篇,申请发明专利50多项,获得2项教育部自然科学奖。复旦大学化学系和复旦生物医学研究院双聘教授张祥民  从原理上对传统技术发起挑战  目前,国内分析仪器企业与国外公司相比体量还比较小,主要提供的是中低端仪器和量大面广的产品。因此,国内分析仪器生产企业对新型的仪器研发投入热情很高,但也存在心有余力不足的局面。上海市科委从“十五”到“十二五“一直对分析仪器行业有持续的资金投入,张祥民教授课题组参与承担了一系列仪器攻关项目研究,与企业开展产学研联合开发,先后与上海精科、舜宇恒平、上海天美等仪器公司合作,研发了十多种新型分析仪器,取得了一批创新技术成果。近年来国家开始逐步加大对国内分析仪器研发的支持力度,特别是“十二五“期间一些国家重大科学仪器开发专项资金的投入力度很大,一改研发资金不足的处境,这些资金的投入已经产出了大批先进的仪器和制造技术,相信国内分析仪器未来在仪器研发和创新上会有很大的发展和突破。张祥民谈到,“我们起初研发色谱仪器的想法很简单,主要是基于前沿研究课题需要和一些生产实际过程中的急需。因为商品仪器不能满足要求,在没有充足的购置经费时,创新便成为必要的选项。然而,创新色谱仪器的研制也不是想象的那么复杂,设计原理新、技术方案简单、成本低是前提,于是就根据需要自己搭建一套。“  发明的热膨胀泵就是典型的案例之一。色谱泵是色谱仪中运动部件最多,机械磨损最严重、较容易出故障的设备。色谱泵作为色谱仪的核心部件,其性能的好坏直接影响整个仪器和分离的可靠性。张祥民课题组研发的全新色谱泵——微流高压梯度热膨胀泵,采用一种全新的原理,其样机已成功应用于高效毛细管液相色谱与质谱联用仪器中,并得到安捷伦等国际企业研发机构的关注。由于液体具有热胀冷缩的特点,当温度升高时,毫升级密闭加热腔内液体体积就会有纳升到微升级的微小膨胀,从而溢出密闭加热腔,实现流量输出。热膨胀泵是以密闭腔体内液体受热体积膨胀为驱动力,从而实现流体定向输出。张祥民谈到,热膨胀泵的特别之处在于:从原理上还没有相关的商品化仪器。根据得到的理论方程,热膨胀泵只要精密控制好其温度和升温方式就可以保证过程中流量的恒流输出。热膨胀泵最大的优势是整机中几乎没有机械运动的部件,运行中听不到任何噪声,但其输出的压力却可以很高,可达到100 MPa。同时,热膨胀泵可以很好的避免传统泵中活塞杆、单向阀和密封环等部件在系统运行过程中损耗产生的费用,其成本比传统色谱仪低3~5倍。  “阵列”与“多维”的完美结合  阵列多维色谱仪研制的想法源于实验过程中的需要,是为实验而服务的。阵列多维色谱仪中的“阵列”代表着多通道和同时分离。2003年复旦大学蛋白质组研究团队购买了一台最快的TOF-TOF串联飞行时间质谱仪,其激光打谱的频率可以达到每秒两百张图,传统的多维色谱分离速度明显跟不上该仪器对蛋白质的鉴定需求。张祥民谈到,传统多维色谱遇到的最大问题是分析样品速度较慢,尽管目前已有超高压液相色谱,但总体来说分离速度还是受到限制。例如,从第一维色谱中分离出100个组分,如果每个组分分离需要1小时,那么第二维分离将达到100小时,时间太长。如果将多维色谱后一维做成阵列式,那么仪器运行过程就可以平行进行,从而使得效率成倍增加。基于此,张祥民课题组研制了一台18通道的阵列多维色谱仪,其分离速度提高18倍,可以与飞行时间质谱仪很好的进行匹配,大大缩短了实验过程中的分析时间。图1. 阵列式多维液相色谱分离系统工作原理图。详见Anal. Chem. 2016, 88,2440-2445和《分析化学》 2015, 43: 1472-1478。(1) HPLC梯度泵 ;(2)六通阀;(3)第一维分离柱;(4)紫外检测器;(5) 10通道顺序切换阀;(6)三通;(7)第二维阵列预柱;(8)8通道分流器;(9)第二维阵列分离柱;(10)96孔板。  目前,阵列多维色谱仪技术瓶颈问题已经得到解决。其中的关键技术已经在团队承担的国家973项目和国家863专项的实施过程中得到全面的发展、完善和实际应用。以刚刚完成开发工作的国际最先进的阵列式多维液相色谱仪器为例,张祥民教授的团队利用该仪器在人血浆高丰度蛋白去除方面取得了新的技术突破。这项成果于近日已发表在《Analytical Chemistry》上。 图2. 阵列多维液相色谱仪器系统。下图为阵列色谱系统照片,组件依次为第一维高效液相色谱泵,第二维高效液相色谱泵、阵列多维切换系统、阵列色谱柱组件,阵列馏分收集仪和系统自动化控制系统。上部分左边为阵列色谱捕集柱、分析柱及其连接流路,右边为阵列馏分收集系统结构图。  对于人血浆样品的蛋白组分析,一个重大挑战是大量高丰度蛋白存在掩盖了人们最感兴趣的低丰度蛋白的信号。为此,必须使用免疫亲和柱来处理血浆样品,利用抗体来捕获血浆中的高丰度蛋白,并将它们去除掉。但是,实验过程发现,去除高丰度蛋白的同时大量附着的低丰度的蛋白也一同被除掉。而且,目前这类商品化亲和柱最多只能去除20个高丰度蛋白质。为了解决这些问题,张祥民教授的团队研究开发了这台阵列式的多维色谱仪器,第一维采用阴离子交换色谱(SAX),第二维采用8支反相液相色谱(RPLC)柱和8支蛋白捕集柱,开展了多循环并行分离。血浆高丰度蛋白的去除时间,由以往的一个星期缩短到四个小时,鉴定蛋白的浓度范围达9个数量级,一次可去除84个高丰度蛋白。与免疫亲和柱的方法相比较,获得蛋白质鉴定数量有大幅提高。在实际样品分析中,可鉴定出1332到1955个蛋白,包括一些丰度极低的膜体趋化因子、雄激素受体和肌苷脱氢酶等含量低至0.01 ng/mL的蛋白质。已经能够满足临床常见的疾病标志物甲胎蛋白(AFP)等标志分子检测需要。  阵列多维色谱仪市场还需培育,其应用前景广阔  在产业化过程中,阵列多维色谱仪也遇到的不少问题主要是市场的培育。由于阵列多维色谱技术比较新颖,因此前期需要市场培育和宣传,投入资金较多。此外,阵列多维色谱不像传统二维色谱可在线与质谱仪连接,它需要和高通量质谱联用匹配。但是,随着分析样品越来越复杂,高通量的阵列多维色谱仪将迎来快速发展阶段。张祥民谈到,例如多维色谱技术,出现好多年一直没有多少人去使用,近些年随着生命科学发展,需要解决的问题越来越复杂,特别是各种组学研究如蛋白组、代谢组等复杂体系的分离问题解决不了,因此多维色谱技术被派上大用场。阵列多维色谱也是这样,它的普及尚需要一个过程,但最后肯定会商品化,同时被广大用户所广泛使用。 采访编辑:郭晓东
  • 《个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范》发布
    p  近日,国家卫计委发布《发感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南》和《个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范》,《指南》介绍了感染性疾病相关的个体化医学分子检测应注意的相关问题、技术方法、结果报告与解释、质量保证及临床应用等内容;《规范》旨在对个体化医学检测中采用微阵列基因芯片检测核酸序列以及基因表达进行一般性技术指导,不包括行政审批要求。具体通知如下:/pp style="text-align: center "span style="color: rgb(0, 176, 240) "strong国家卫生计生委办公厅关于印发感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南和个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范的通知/strong/spanbr//pp  各省、自治区、直辖市卫生计生委,新疆生产建设兵团卫生局:/pp  为进一步提高感染性疾病相关个体化医学检测,以及微阵列基因芯片技术的规范化水平,我委组织专家制定了《感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南》和《个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范》。现印发给你们(可从国家卫生计生委网站医政医管栏目下载),请参照执行。/pp style="text-align: right "  国家卫生计生委办公厅/pp style="text-align: right "  2017年12月1日/pp style="text-align: right "  (信息公开形式:主动公开)/pp  附件1:img src="/admincms/ueditor1/dialogs/attachment/fileTypeImages/icon_doc.gif"/a href="http://img1.17img.cn/17img/files/201712/ueattachment/2c01e790-eab0-4d65-9236-df827346c016.doc"感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南.doc/a/pp  附件2:img src="/admincms/ueditor1/dialogs/attachment/fileTypeImages/icon_doc.gif"/a href="http://img1.17img.cn/17img/files/201712/ueattachment/3cecb3ff-d95b-4dc8-be88-0b5211f53960.docx"个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范.docx/a/ppbr//p
  • 微阵列点样自动化产品与定制服务解决方案
    微阵列是指基于固体基质上的二维阵列,是高通量测定生物分子(如DNA、RNA、蛋白质等)的重要环节,目前将样品固定在靶板上的点样操作一般由人工来完成,这种工作方式不仅效率低而且点样的精度不高,甚至影响最后的分析结果。自动化方案的出现,彻底解决了传统手动过程耗时费力问题,实现高通量、微型化处理,提高实验效率,避免人为误差。产品介绍Vitae SPOTTER生物芯片点样系统Vitae SPOTTER生物芯片点样系统是一款高效、经济的桌面型微阵列点样设备,可以将脱氧核糖核酸(DNA)、蛋白质、微生物培养液或者其它基质等化学试剂按照指定的阵列方式快速、准确的施加点样在靶板或载玻片等固相承载体上。该点样仪基于微液滴发生系统,专为nL及μL量级高值反应试剂的精密点样(100nL)需求而设计,可实现高精度微阵列打印,亦可进行灵活的定制化点样。此款点样设备应科研实验室及企业研发部门的需求而生,以高性价比为原则进行设计,满足研发的同时还能够进行小批量生产,可协助研究人员在PCR检测、细菌鉴定、微流体分配、药物输送、单细胞分离等领域进行探索,并可实现各种生物芯片和生物传感器产品的研究及制造。产品特点快速高效多种点样方式:接触式点样或非接触式点样智能点样:具有跳点功能,软件自定义点样工艺,同种样品可一次点出,节省样品量和点样时间高精度精密点样定点定位:定位精度±0.1mm,液滴滴落精度<± 0.05μm定量准确:点样最小体积100nL,尺寸一致性误差率0.1%多基材适配点样基质不限:涵盖硅基底板、载玻片、柔性膜片(NC膜、PET膜等)以及孔板(96孔板等)等基材精巧灵活软件功能齐全,可执行任意点样目标,可按需定制钢针点样枪头点样应用方向生物芯片、抗体芯片、生物传感器、MALDI-TOF MS、Lab-On-A-Chip等DNA、RNA、多肽、蛋白质、多糖阵列、核酸质谱、微流体分配、单细胞分离等定制化解决方案
  • 阵列旋蒸:上海慕尼黑生化分析展掠影
    11月16日,慕尼黑上海分析生化展正式拉开帷幕,这次大会作为本年度全球规模最大的科学仪器展览会,吸引了众多专业人员的密切关注。 今天是大会第一天,北京澳维仪器的阵列旋转蒸发仪产品首当其冲赢得了头彩,第一时间引起了众多用户兴趣被团团围住,获得广泛关注。 阵列旋转蒸发仪的多样品浓缩处理功能是其受欢迎的亮点之一,创新性纵向旋转轴设计,产品宽度缩小到25CM,仅有传统旋转蒸发仪的1/3,1.8米标准通风橱最多可放置5台,充分节约了通风橱的宝贵空间。 当我们把每一个独立旋蒸单元均可以独立设置温度、转速、时间、独立升降操作、释放真空而互不影响的特点介绍给在场的各位老师后,均纷纷震惊于这款产品带来的工作效率大幅度提升。 而这款产品的防止液体回流功能,更是给其众多的亮点上再添一抹色,其搭载的防止液体回流接口,可有效阻止在释放真空时管路中的液体回流,避免污染样品,保证分析结果的准确性。
  • 案例解读|基于朊病毒的肽阵列绘制
    案例解读|基于朊病毒的肽阵列绘制背景解读大洋洲巴布亚新几内亚高原的一个叫Fore的部落还处在原始社会,他们一直沿袭着一种宗教性食尸习惯,所以我们也成功的入侵当地人的机体系统,几年后或者有的更久,食尸者中不少人会便出现了病症,抽搐,关节严重弯曲,后躯萎缩摇摆,而后发展成失语直至完全不能运动,不出一年被染者全部死亡。1996年那年春天,在英国迅速蔓延的“疯牛病”,一时间人们“谈牛色变“,英国的农场主将病死的牛制成“牛肉骨粉”(动物内脏制成的饲料)饲养原本吃植物的菜牛,也随着被变异而大范围的传播,而那些食用被疯牛病污染了的牛肉、牛脊髓的人,有可能染上致命的克罗伊茨费尔德—雅各布氏症(简称克-雅氏症),也就是所说的,人患上了“疯牛病”,其典型临床症状为出现痴呆或神经错乱,视觉模糊,平衡障碍,肌肉收缩等,病人便会“羊瘙痒症”:因精神错乱而死亡。其实,致病的原因便是因为我沿着脊椎潜入了大脑中,使脑部出现海绵状空洞,才引发了后来的一切。关于阮病毒朊病毒与常规病毒一样,有可滤过性、传染性、致病性、对宿主范围的特异性,但它比已知的小的常规病毒还小得多(约30~50nm);电镜下观察不到病毒粒子的结构,且不呈现免疫效应,不诱发干扰素产生,也不受干扰作用。朊病毒对人类的威胁是可以导致人类和家畜患中枢神经系统退化性病变,不治而亡。因此世界卫生组织将朊病毒病和艾滋病并立为危害人体健康的顽疾。朊病毒(prion virus)严格来说不是病毒,是一类不含核酸而仅由蛋白质构成的可自我复制并具感染性的因子。它的复制方式是(尚未明确):1.“模板学说”:在特殊情况下,SC型PrP可作为模板,在特定酶参与下,降低转化所需能量,并催化C型PrP转变为SCPrP2型,形成二聚体,二聚体又会解离。2.“种子学说”:朊病毒(SC型PrP型蛋白)接触到了生物体内正常的C型PrP蛋白,导致C型的变成了SC型。朊病毒蛋白PrPC空间结构螺旋为主,溶解度高,PrPSC空间结构折叠为主,溶解度低,肽链氨基酸排列顺序相同朊病毒蛋白(PRION)是生物体正常基因编码的产物,本不具有感染性和致病性,但是遗传突变可以产生传染型朊病毒,可以将正常的朊病毒异构为传染型朊病毒,其因为结构特殊,无法被细胞内溶酶体中的蛋白酶分解,而在溶酶体中大量积累,涨破溶酶体,使其中的蛋白酶流出而对细胞造成破坏,使神经细胞大量死亡而产生海绵状空洞。疯牛病、羊瘙痒症、库鲁病都是由朊病毒引起。归根结底,朊粒是正常寄主的PrP基因编码的正常蛋白质PrP^c的异构体PrP^sc,它不是遗传信息的载体,不能自我复制,只是感染动物体内正常的PrP^c,导致动物患病。中心法则的正确性无可置疑。方法原理蛋白质-蛋白质的相互作用是活细胞中大多数(不是全部)生物过程的基础。因此,采用现有技术或开发新技术来研究蛋白质之间的相互作用对于阐明哪些氨基酸序列对这些相互作用起着重要作用。这些新的见解反过来可能导致对疾病潜在过程的更好理解,并可能为新的治疗方法提供基础。在这里,我们描述了一种通常用于确定朊病毒特异性抗体表位的羊朊病毒蛋白基肽阵列的新用途,并展望这将产生关于其PrP部分与羊朊蛋白衍生线性肽之间相互作用位点的信息。肽阵列的这种适应性应用表明,通过培养绵羊(ARQ)PrPC与麦芽糖结合蛋白(MBP)融合的成熟部分,PrP部分与绵羊朊病毒衍生肽之间发生了结合,并表明单个PrP分子之间可能发生一些特定的自相互作用;在此说明肽阵列的这种适应性应用是进一步明确哪些不同的氨基酸序列参与蛋白质-蛋白质相互作用的可行方法。中心法则及其补充内容告诉了我们遗传信息的流动方向:DNA的复制,遗传信息流动方向由DNA→DNA;DNA的转录,遗传信息流动方向由DNA→RNA;翻译,遗传信息流动方向由RNA→蛋白质;RNA的复制,遗传信息流动方向由RNA→RNA;RNA的逆转录,遗传信息流动方向由RNA→DNA;蛋白质的复制,遗传信息流动方向由蛋白质→蛋白质。但是究竟在生物体中遗传信息的传递应该包含其6点内容中的几种呢?不同类型的生物,遗传信息的传递过程也有所差异。实验方法传染性海绵状脑病(TSEs)或朊病毒疾病的常见事件是宿主编码的蛋白酶敏感细胞朊病毒蛋白(PrPC)转化为朊病毒蛋白(PrP)的羊瘙痒相关蛋白酶抵抗亚型(PrPSc)的菌株依赖性等位型。PrPSc的形成是一个翻译后的过程,包括将宿主编码的朊病毒蛋白(PrPC)重新折叠(转换)为部分蛋白酶抗性形式(PrPSc)(1)。 这些过程由PrP结构的相似性和应变依赖性变化决定(2-11)。PrP分子之间的选择性自相互作用是这些过程发生的可能的基础,可能受到chaper-one分子的影响;然而,这些过程背后的机制还远未被了解。在这里,我们描述了一个肽阵列的利用,该肽阵列系统地覆盖了细胞朊病毒蛋白的整个成熟部分,以阐明涉及PrPC(12)自身相互作用的相互作用域。为此,利用重组羊PrPC与麦芽糖结合蛋白(MBP-PrP)构建了羊PrP肽阵列。朊病毒肽阵列的基本设置。成熟的PrP-ORF(不包括N-和C-端信号序列)被分成15个mer重叠肽,形成一个网格,每个孔中的氨基酸序列都移动了一个氨基酸。基于ELISA的肽阵列分析检测原理。(A)用于确定抗体表位的肽阵列的标准检测装置;(B)本研究中用于测定肽-蛋白质相互作用的替代装置。实验结果PrPC二级结构和抗体表位与肽阵列结合模式和Kyte–Doolight亲水性图的概述。PrPC示意图,显示信号序列、b-片(S1、S2)、a-螺旋(H1、H2、H3)、二硫桥位点(S-S)和糖基化位点(CHO)。PrP序列与Kyte-Doolittle亲水性图(折线图;阴性为疏水性,阳性为亲水性)以及与绵羊朊病毒肽阵列的相对结合模式(柱状图)。方法解读抗原表位定位是鉴定,表征抗体,抗原和其他蛋白质结合位点的关键过程。 该信息使科学家能够开发出针对各种病毒病原体的新型疗法和疫苗,同时也是了解抗体如何针对不同条件(包括细胞毒素,过敏原,神经元或炎性反应)产生的有效方法。 然而,由于蛋白质和肽结构的复杂性,抗原表位的鉴定和定位可能很困难。当前的抗原表位定位方法,包括X射线共晶体学,低温电子显微镜(cryo-EM)和定点诱变作图,可能会非常耗时且昂贵。 为了提高效率,Aurora开发了一种灵活的自动化肽微阵列工作站,以促进诸如抗原表位定位的过程。原文:欧罗拉公众号编辑:市场部图片来源:文献,网络(如有翻译疑问或咨询,留言联系。)参考文献:Marina Cretich, Marcella Chiari, Cretich,等. Peptide microarrays:methods and protocols[M]. Springer, 2009.
  • 安捷伦推出新型微阵列扫描仪 更高的灵敏度、简化的工作流程
    安捷伦推出新型微阵列扫描仪更高的灵敏度、简化的工作流程 北京,2011年8月15日&mdash &mdash 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)推出SureScan微阵列扫描仪,作为安捷伦微阵列扫描仪技术创新的最新成果,是实现以基因表达和比较基因组杂交(CGH)/细胞遗传学研究应用为代表的安捷伦微阵列完整解决方案的核心硬件。 这一新型SureScan系统拥有最高的灵敏度、最宽的动态范围和无与伦比的分辨率,可以为研究者提供最可靠的微阵列分析结果。 此外,SureScan微阵列扫描仪的生产工艺通过了ISO 13485质量体系认证,实现了安捷伦对严格质量标准的一贯承诺。 该SureScan系统提供简化的工作流程,允许研究者在仪器运行时不断地加载新的微阵列芯片。由于系统具有随机扫描功能,可以在运行期间随时变更扫描序列的顺序。 原始图片数据可以自动载入安捷伦Feature Extraction数据提取软件,无需手动数据转移。 安捷伦SureScan微阵列扫描仪紧凑的设计(长26英寸,宽17英寸,高16.5英寸)节省了台面空间。系统还配备了最新设计的芯片盖板和内置的臭氧屏蔽系统,从而在最大程度上减少了染料信号的衰减,保护珍贵样品。 独一无二的动态自动对焦系统和极低的检测限(低至0.01荧光团/平方微米)确保得到极其灵敏的检测结果,使用户能够从样品中同时获得高质量的高信号值以及低信号值的数据。 &ldquo 研究者可以相信这一新型SureScan系统能够在未来的许多年内始终如一地提供优异的微阵列检测结果&rdquo ,安捷伦基因组学部门副总载兼总经理Robert Schueren说,&ldquo 凭借我们市场领先的微阵列产品线、定制微阵列产品以及试剂和软件,客户只需投资一个平台,就能满足广泛的研究需求。&rdquo 了解更多信息,请访问www.agilent.com/genomics/surescan关于安捷伦科技 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)是全球领先的测量公司,同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的18500 名员工为100 多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度,安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息,请访问:www.agilent.com.cn。
  • 安光所在虚像相位阵列光谱仪研制及吸收光谱应用方面取得新进展
    近日,中国科学院合肥物质院安徽光机所张为俊研究员团队在虚像相位阵列光谱仪装置研制及其吸收光谱应用方面取得新进展,相关研究成果以《基于虚像相位阵列的可见光波段皮米分辨宽带CCD光谱仪》和《基于虚像相位阵列光谱仪的宽带高分辨CO2吸收光谱测量技术研究》为题分别发表在学术期刊Analyst(SCI二区, IF=4.20)上和光学学报(ESCI)上。   宽带、高分辨光谱可同时精准识别多种物质成分,获取相关的理化特性,在精密测量等众多科学研究与应用领域具有重要的应用价值。然而传统光谱仪难以兼顾高光谱分辨率与宽光谱检测范围,近年来发展的新型色散元件虚像相位阵列为解决该问题提供了新的紧凑型方案。   团队赵卫雄研究员和周昊博士设计并建立了可见光和近红外波段两台虚像相位阵列光谱仪(分别工作于可见光660 nm和近红外1.4 μm波段)。使用近红外光谱仪于1.42 ~ 1.45 μm波段测量了CO2气体的吸收光谱,并利用HITRAN数据库实现了一维光谱信息的高精度提取,测量结果与数据库模拟光谱吻合,证明了研制的虚像相位阵列光谱仪的测量准确性及相关光谱反演算法的可靠性。该装置在大气痕量探测、精密测量及基础物理化学研究等领域有着重要的应用前景。   本研究工作得到国家自然科学基金(42022051, U21A2028)、中国科学院青年创新促进会(Y202089)、中国科学院合肥物质科学研究院院长基金(YZJJ202101)项目的资助。VIPA 光谱仪示意图。(a)结构示意图;(b)二维光谱图像示意图宽带 CO2吸收光谱测量装置示意图
  • 美国开发“平面阵列红外线光谱仪”
    研究发现,高精度声谱仪能够早期检测疾病、化学武器和环境污染物。  美国PAIR技术公司开发一种新型传感器“平面阵列红外线光谱仪”,它可以在较低浓度下在液体和气体中识别生物和化学因子,检测时间低于1秒。新的光谱谱仪没有移动部件,依靠焦平面阵列(FPA)探测器。  “这是现有的技术的一个良好的替代技术,”该技术的创始人之一大通布鲁斯博士说,“该仪器没有移动部件,轻巧耐用,体积小,便于携带,可以随身携带它到牙医办公室。“  目前的检测技术是基于傅立叶变换红外(FT - IR光谱)光谱法,需要数十分钟的化学分子指纹识别。一傅立叶变换红外光谱法(FTIR)是一种重要的分析测试手段。近年来,仪器联用等新技术的不断发展,使FTIR的应用范围日益广泛,成为鉴别未知污染物和环境监测的重要工具。
  • 250万!山东大学数字式单分子免疫阵列分析仪采购项目
    项目编号:SDJDHF20220627-Z391项目名称:山东大学数字式单分子免疫阵列分析仪采购项目预算金额:250.0000000 万元(人民币)最高限价(如有):250.0000000 万元(人民币)采购需求:标包货物名称数量简要技术要求1数字式单分子免疫阵列分析仪 1套详见公告附件合同履行期限:详见招标文件要求。本项目( 不接受 )联合体投标。
  • 波通公司推出第三代二极管阵列近红外分析仪
    DA 7250提高了实验室和加工现场的分析准确度和效率。DA 7250的仪器可以更加准确地分析更多类型的产品,更多的参数以及在几乎所有的环境下都可以使用,它将无任何移动配件、内置温度校准的光学系统和稳定的固态硬盘集成到一个满足IP65(防尘/防水)安全级别的密闭室里,可以保证在任何需要的地方都能最大化地实现它的价值。DA 7250避免了很多其它近红外仪器可能发生的常见故障。采用大面积扫描,最大化地平均样品的检测,同时采用高能输出的二极管阵列技术,确保不均匀样品的准确分析。仪器可以自动校准波长和吸光度。采用非接触分析,很多类型的样品都可以得到准确的分析-基本不需要样品的制备或清理-排除掉交叉污染样品池的误差。仪器操作流程简单,确保操作者可以正确反复的操作,监控加工生产过程。仪器自带大量可转移的覆盖许多产品和参数的曲线和数据库,方便快速的分析。现有的应用包括:谷物、饲料、面粉、油脂、乳品、肉类、零食、宠物食品、淀粉和乙醇等加工领域。更多丰富的产品类型-整粒谷物、粉状样品、膏状样品、浆状样品、液体样品-还有样品量的多少-从几克到350克都可以检测。DA 7250结合最新更新的软件的特点和功能可以实现联网工作或远程监控,与第三方LIMS系统或加工过程软件衔接容易。通过WEB报告功能,分析结果可以随时在屏幕或者任何与网络连接的设备上啥看。DA 7250可以准确地满足提高质量和过程控制的需求,几乎可以分析任何产品,可以放置在任何地方,随时可以分析,在保证了简单的常规分析要求的同时也可以满足高级分析的需求。
  • 二维微机电(MEMS)阵列为移动光谱分析仪打下基础
    近日,德州仪器 (TI) DLP® 产品部的业务拓展经理 Mike Walker和 Optecks 的首席技术官 Hakki Refai 博士发表文章:二维微机电(MEMS)阵列为移动光谱分析仪打下基础,如下是文章全文。  在近红外 (NIR) 光谱分析领域中,一个将便携性与高性能实验室系统的准确性和功能性组合在一起的系统将极大地改进实时分析。由一块电池供电的小型手持式光谱分析仪的开发可以实现对工业过程、或食品成熟度的评估在现场进行更有效的监控。  大多数色散光谱分析测量在一开始采用的都是同样的方式。被分析的光通过一个小狭缝 这个狭缝与一个光栅组合在一起,共同控制这个仪器的分辨率。这个衍射光栅专门设计用于以已知的角度反射不同波长的光。这个波长的空间分离使得其它系统可以根据波长来测量光强度。  传统光谱测量架构的主要不同之处在于散射光的测量方式。两种常见的方法有(1)与散射光物理扫描组合在一起的单元素(或单点)探测器,以及(2)将散射光在一组探测器上成像。  使用 MEMS 技术的方法  使用具有一个单点探测器、基于光学微机电系统 (MEMS) 阵列技术的全新方法可以克服传统光谱分析方法中的很多限制。在基于单点探测器的系统中,一个固态光学 MEMS 阵列用简单、空间波长滤波器取代了传统的电动光栅。这个方法可以在消除精细控制电动系统中问题的同时,利用单点探测器的性能优势。近些年,此类系统已经投入生产,其中,扫描光栅被取代,并且 MEMS 器件过滤每一个特定波长进入单点探测器。这个方法在实现更加小巧和稳健耐用光谱分析仪的同时,也表现出很高的性能。  相对于线性阵列探测器架构,光学 MEMS 阵列的使用具有数个优势。首先,可以使用更大的单元素探测器,以提高采光量,并极大降低系统成本和复杂度,这对于红外系统更是如此。此外,由于不使用阵列探测器,像素到像素噪声被消除了,而这可以极大地提升信噪比 (SNR) 性能。SNR 性能的提高可以在更短时间内获得更加准确的测量结果。  在一个使用 MEMS 技术的光谱分析系统中,衍射光栅和聚焦元件的功能与之前一样,但来自聚焦元件的光在 MEMS 阵列上成像。要选择一个用于分析的波长,一个特定的光谱响应波段被激活,这样的话,就可以将光引入到单点探测器中进行采集和测量。  如果 MEMS 器件高度可靠,能够生成可预计的滤波器响应,并且在不同的时间和温度下保持恒定,那么这些优势就可以实现。  将一个 DLP® 芯片或数字微镜器件 (DMD) 用作一个空间光调制器,并且在一个光谱分析仪系统架构中将其用作 MEMS 器件的话,可以克服数个难题。首先,使用一组铝制微镜来接通和关闭进入单点探测器的光,这在广泛的波长范围内是光学有效的。其次,数字微镜的打开和关闭状态由机械止动装置和互补金属氧化物半导体 (CMOS) 静止随机访问存储器 (SRAM) 单元的锁存电路控制,从而提供固定的电压镜控制。这个固定电压、静止控制意味着这个系统不需要机械扫描或模拟控制环路,并且能够简化校准。它还使得光谱分析仪设计更能免受温度、老化或振动等错误源的影响。  DMD 的可编程属性具有很多优势。其中某项优势会在进行光谱分析仪架构设计时显现 -- 如果以被用作滤波器的微镜的寻址列为基础。由于 DMD 分辨率通常高于所需的光谱,DMD 区域会出现欠填充的情况,并且会对光谱过采样。这使得波长选择完全可编程,并且在光引擎出现极端机械位移的情况下,将额外微镜用作重新校准列。  此外,DMD 是一个二维可编程阵列,这为用户提供高度的灵活性。通过选择不同的列数量,可以调节分辨率和吞吐量。扫描时间可动态调整,如此一来,用户可对所需波长进行更长时间、更加详细的检查,从而更好地使用仪器时间和功能。此外,相对于固定滤波器器具1,诸如采用的 Hadamard 图形等高级孔径编码技术,可实现高度的灵活性和更高性能。  总之,与目前的光谱分析系统相比,使用 DMD 的光谱分析器件可实现更高分辨率、更高灵活性、更加稳健耐用、更小的外形尺寸和更低的成本,从而使得它们对于广泛的商业和工业应用更有吸引力。  单探测器架构消除噪声  目前基于线性阵列的光谱分析仪主要受到两个因素的限制。首先,探测器的波长选择受到像素孔径的限制。探测器的尺寸决定了采集到的光量,从而影响SNR。诸如Hamamatsu G9203-256的常见磷化砷镓铟 (InGaAs) 256像素线性阵列的尺寸为50微米 x 500微米。相反地,一个数字微镜阵列是一个完全可编程的矩阵,可以针对应用来配置列的数量和扫描技术。这可以将更大的信号呈现给通常与DMD一同使用的更大的1毫米或2毫米的单点探测器。将窄带光过滤到一个线性阵列中 -- 通常是50微米宽像素 -- 也许会出现串扰的问题。像素到像素干扰会成为读取过程中产生噪声的主要原因。这些干扰可通过单探测器架构消除。此外, 通过利用1kHz至4kHz的数字微镜扫描速度,单点探测器可以达到与平行多点采样相类似的驻留时间。对于基于MEMS -- 或基于DMD -- 的紧凑型光谱分析仪引擎,结果显示SNR的范围大于10000:1。  对于超级移动光谱分析仪十分关键的小型、高分辨率2D MEMS阵列  为了尽可能地提高性能,用户需要考虑可被用于将光线反射至探测器的MEMS总面积。然后,将这个面积与可用单点探测器孔径尺寸仔细匹配。  一个采用5.4微米微镜的DMD具有超过40万个可用像素,并且可以针对700纳米至2500纳米的波长进行优化。该款DMD是DLP2010NIR,它采用一个被称为TRP的全新像素架构。如图1中所见,这个像素提供17度的倾斜角。DLP2010NIR在一个评估模块中运行 这个评估模块提供针对光谱分析应用场景的独特光学架构。一个利用17度接通和关闭角度的光学路径可以用一个尽可能减少散射光的小巧引擎实现高性能感测分辨率。  图2中显示了这个针对光谱分析使用情况的独特光学引擎。这个系统优化了整个光路径中光学信号。来自样本的响应在DMD上成像,从而实现对每个波长的空间控制。这个评估模块的目的在于,通过将高效MEMS用作光谱分析中的高速2D滤波器,来获得设计优势。它是一款小巧、结实耐用且高度自适应系统,能够使光谱分析走出实验室,直接应用于现场测量或含光源测量。与传统光谱分析仪相比,同一个器件中的透射和反射测量头互换功能可以实现性能基准测试。  一个利用DLP2010NIR芯片的光谱分析光引擎有数个照明模块,并且每个模块的工作方式稍有不同。在一个传输模块中,光源、比色皿支架、高精度比色皿和和其它安装硬件被用于完成透射样本的吸收量和散射属性的测量。NIR透射测量值可用于液体样本,诸如果汁的水含量或出现的气体特征。这些数据能够提供与果汁原产地有关的很多信息。在固体样本中,NIR透射可以测量塑料管的不透光度,而这是观察气体和液体在传送线路中流动的重要参数。线路内的透射测量也被用于分析黄油在生产过程中的水含量,这样可以及时调整黄油制作工艺,从而节省了时间、尽可能降低成本,并且增加最终产品的质量。  或者,在样本无需与光谱分析仪窗口接触的测量中,反射模块是一个选择。它可以在几厘米的距离之外灵活地执行扫描操作,比如肉品被包装在塑料薄膜后监测肉品质量。诸如血糖预测等健康应用方面,也可以使用皮肤的漫反射来成为NIR区域内特色应用。  最后,在光纤耦合模块中,不论是透射测量,还是反射测量,它们都是通过光纤实现。这样可以在光谱分析仪与样本无法直接接触时实现测量。此类采样示例包括监视工业过程、测量导管中流动的液体、分析鸡肉、牛肉和猪肉中的湿度、脂肪和蛋白质含量。这些模块极大地扩展了应用范围,并且提供更高的测量性能。Optecks具有能够实现所有这些采样方法的照明模块解决方案。  正如之前讨论过的那样,使用DMD的光谱分析器件将功能拓展至对多个物质的分析、测试和测量。它们为实现更加准确的性能、更高分辨率、更大灵活性、更好的稳健耐用性和更小外形尺寸光感侧解决方案提供一个途径。此外,使用DMD的光谱分析仪还带来了更高的测量可靠性,而这在之前使用的传统光谱分析系统中,这也许是无法实现的。不论用户是打算用它测量农田中的庄稼需要的灌溉量,或是想要预测食物中的腐败程度,光谱分析都在不断成为准确、实时分析的强大方法。  参考书目  1 Pruett, E.,“德州仪器 (TI) DLP® 近红外光谱分析仪的最新发展可实现下一代嵌入式小巧、便携式系统”SPIE 9482-13 2015年4月  作者简介  Mike Walker先生是德州仪器 (TI) DLP® 产品部的业务拓展经理,负责这个部门的光谱分析业务。在过去几年中,Walker始终致力于将这项突破性架构引入到IR感测领域。在此之前30年间,Mike领导了TI的多个技术和业务团队。  Hakki Refai博士是Optecks的首席技术官。他在针对基于DLP系统的光学、电子和软件系统的设计和开发方面拥有10几年的经验。Refai博士在先进电子设备的设计、生产和分销方面具有5年多的领导经验。
  • 安捷伦科技公司微阵列 CGH 平台确保用于生物医学研究的癌细胞系质量
    安捷伦科技公司微阵列 CGH 平台确保用于生物医学研究的癌细胞系质量 2016年 7月28日,北京——安捷伦科技公司(纽约证交所:A)今日宣布,科学家已利用安捷伦的比较基因组杂交 (CGH) 技术证明,广泛应用于生物医学研究各个领域的癌细胞系即使在同批培养的情况下,其基因组成也可能存在巨大差异。因此,这些科学家建议细胞培养库采用微阵列 CGH 等先进的基因组技术,以确保其向研究界提供的细胞具有优良的一致性。研究人员很早就意识到,有些常用的细胞系并不稳定。 也就是说,它们的生物学特性和基因组成会随着培养物在实验室中的增殖而改变。 自然 (Nature) 出版集团旗下的在线期刊 Scientific Reports 于 7 月 26 日发表的一篇文章中提到,虽然采用了标准预防措施和质量保证方法来控制此类变化并验证细胞系的真实性,但可能远远不够。 由安捷伦、布朗大学、乔治城大学、哈姆纳研究院和约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院的科学家组成的联盟开展了一项为期多年的研究,致力于开发新一代环境毒性检测方法。 这项研究称为 Human Toxome Project(人类毒物组项目),结合了多种“组学”技术和生物信息学。 这一科学家联盟由约翰霍普金斯大学的 Thomas Hartung 博士领导,团队中的科学家们选择了易发生自发重排的已确定乳腺癌细胞系 MCF-7 作为模型系统。 为确保结果具有重现性,他们在两个不同地点采用相同实验室方案进行了细胞培养工作, 并获得了源自同一细胞库和批号(即同批培养)的 MCF-7 细胞。 细胞库以及项目实施地的细胞均经过了标准方法验证。 然而,尽管已做了大量努力使实验方案保持同步,但科学家们仍未能在两个地点获得相似结果。 他们积累了一些能证明细胞确实不同的细胞学/转录特性和表型证据。 尤其重要的是,他们发现这些细胞对天然人类雌激素诱导的响应差异极大: 两个细胞系中,一个对雌激素高度敏感,另一个则恰恰相反。 通过使用安捷伦的 CGH 技术,科学家们证实了两个细胞系的基因组成具有极大差异,在某些情况下这种差异甚至体现在整个人染色体上。这篇研究论文的作者得出的结论为,保证细胞培养物质量的现有方法仍存在一些不足。 他们建议细胞培养库广泛采用微阵列 CGH 等先进的基因组技术,以确保向研究界提供的细胞具有优良的一致性。 单就此项目而言,团队预计计划外实验和项目延迟所带来的额外成本共计将达到 100 万美元左右。安捷伦基因组学解决方案部和临床应用部副总裁兼总经理 Herman Verrelst 谈道:“安捷伦微阵列 CGH 平台是行业领先的技术,应用于全球数百所基因组学和细胞遗传学实验室。 我们很荣幸看到我们的技术能提高细胞培养研究的重现性。 令人震撼的是,只需向商业服务供应商支付不超过 1000 美元,这一简单的微阵列 CGH 实验就可避免 100 万美元的研究经费损失和数年的延迟。” 论文“Genetic Variability in a Frozen Batch of MCF-7 Cells Invisible in Routine Authentication Affecting Cell Function”的作者是 Andre Kleensang、Marguerite M. Vantangoli、Shelly Odwin-DaCosta、Melvin E. Andersen、Kim Boekelheide、Mounir Bouhifd、Albert J. Fornace Jr、Carolina B. Livi、Samantha Madnick、Alexandra Maertens、Michael Rosenberg、James D. Yager 和 Thomas Hartung。这项研究得到了美国国家健康研究所的资助。 关于安捷伦科技公司安捷伦科技公司(纽约证交所:A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者,是致力打造美好世界的顶级实验室合作伙伴。安捷伦与全球 100 多个国家的客户进行合作,提供仪器、软件、服务和消耗品,产品可覆盖到整个实验室工作流程。在 2015 财年,安捷伦的净收入为 40.4 亿美元,全球员工数约为 12000 人。如需了解安捷伦公司的详细信息,请访问www.agilent.com。 编者注:更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻,请访问安捷伦新闻网站:www.agilent.com/go/news
  • 安捷伦推出 Cary 620 焦平面阵列红外成像光谱仪
    红外显微成像技术是一种快速、无损、无污染的原位检测技术。该技术已经逐渐成为关注热点,并被广泛应用到材料学,生物学和生物医学研究,电子器件和半导体的缺陷和故障分析,以及制药,法医学和食品行业等领域。 满足从常规测定到前沿研究的全面应用需求,安捷伦Cary 620 焦平面阵列红外成像光谱仪采用高倍光学系统设计,能够实现与同步加速器相媲美的空间分辨率和数据质量。Cary 620具有全球最领先技术的焦平面阵列检测器,能够在数分钟内获得传统红外显微镜几个小时才能完成的谱图采集工作。空间分辨率可以达到1.1um,使得Cary 620可以轻松完成对传统红外显微镜不能测量的微小样品。 应用领域材料研究聚合物、涂层和薄膜的缺陷发现生产问题的根本原因改善产品开发过程 生物学和生物医学研究 通过对组织、细胞、牙齿和骨骼进行测定,推进癌症与疾病研究研究细胞过程和化学变化,实现疾病的早期识别测量水中的活细胞 电子器件和半导体分析LCD屏幕上的污染物鉴定半导体晶片和电子元件中的缺陷 以及制药、法医学和食品行业的应用。 请参考以下链接了解更多安捷伦 Cary 610/620 FTIR 显微镜http://www.instrument.com.cn/netshow/sh100320/C231884.htm您也可立即观看于7月14日举办的网络讲座的精彩视频回放,了解更多Cary 620焦平面阵列红外成像光谱仪的应用信息。http://www.instrument.com.cn/webinar/video/play/102708
  • 使用 ReacSight 增强生物反应器阵列以实现自动测量和反应控制(上)
    摘要本期推文,编译了François Bertaux等发表在 Nature Communications期刊上的研究论文《使用 ReacSight 增强生物反应器阵列以实现自动测量和反应控制》(Enhancing bioreactor arrays for automated measurements and reactive control with ReacSight),介绍了 ReacSight,一种用于自动测量和反应实验控制的增强生物反应器阵列的策略。ReacSight 利用低成本移液机器人进行样品采集、处理和装载,并提供灵活的仪器控制架构。作者展示了 ReacSight 在涉及酵母的三种实验应用中的能力,包括:基因表达的实时光遗传控制;营养缺乏对健康和细胞应激的影响;对双菌株混合群落的组成进行动态控制。引言小规模、低成本的生物反应器正在成为微生物系统和合成生物学研究的有力工具。它们允许在长时间(几天)内严格控制细胞培养参数(例如温度、细胞密度、培养基更新率)。这些独特的特点使研究人员能够进行复杂的实验,并实现实验的高度再现性。例如,当药物选择压力随着耐药性的发展而增加时,抗生素耐药性的表征,细胞间通信合成路径的细胞密度控制表征,以及使用组合敲除文库在动态变化温度下酵母适应度的全基因组表征。原位光密度测量只能提供总生物量浓度及其增长率的信息,而荧光测量的灵敏度低,背景高。通常还必须测量和跟踪培养细胞群体的关键特征,如基因表达水平、细胞应激水平、细胞大小和形态、细胞周期进程、不同基因型或表型的比例。研究人员通常需要手动提取、处理和测量培养样本,以便通过更灵敏和专业的仪器(如细胞仪、显微镜、测序仪)进行检测。手动干预通常繁琐、容易出错,并严重限制了可用的时间分辨率和范围(即夜间无时间点)。它还阻碍了培养条件对此类措施的动态适应。这种反应性实验控制目前正引起系统生物学和合成生物学的兴趣。它既可以用来维持种群的某种状态(外部反馈控制),也可以用来最大化实验的价值(反应性实验设计)。例如,外部反馈控制可用于解开复杂的细胞耦合和信号通路调控,控制微生物群落的组成,或优化工业生物生产。反应性实验设计在长时间不确定实验(如人工进化实验)的背景下特别有用。通过实现实时参数推断和优化实验设计,也有助于加速基于模型的生物系统表征。原则上,商业机器人设备和/或定制硬件可用于将生物反应器阵列连接到敏感的多样本(通常接受 96 孔板作为输入)测量设备。然而,这对设备采购、设备成本和软件集成提出了巨大挑战。当一个功能平台建立起来时,相应硬件和软件的升级和维护也极具挑战性。因此,迄今为止报告的例子很少。例如,只有两个小组展示了细菌或酵母培养物的自动细胞术和反应性光遗传学控制,设置仅限于单个连续培养物或具有有限连续培养能力的多个培养物。一组还展示了自动显微镜和反应性光遗传学控制单个酵母连续培养。ReacSight, 一种通用且灵活的策略,用于增强生物反应器阵列的自动化测量和反应实验控制。ReacSight 非常适合集成开放源代码、开放硬件组件,但也可以容纳封闭源代码、 仅限 GUI 的组件(如细胞仪)。首先,作者使用 ReacSight 组装一个平台,实现基于细胞术的特征描述和平行酵母连续培养的反应性光遗传学控制。重要的是,作者构建了两个版本的平台,要么使用定制的生物反应器阵列,要么使用最新的低成本、开放硬件、商业化的光遗传学 Chi.生物反应器。然后,作者在三个案例研究中证明了它的有用性。首先,作者在不同的生物反应器中用光实现基因表达的并行实时控制。第二,作者利用高度受控和信息丰富的竞争分析,探讨营养缺乏对健康和细胞应激的影响。第三,作者利用平台的养分稀缺性和反应性实验控制能力,实现对两个菌株混合群落的动态控制。最后,为了进一步证明 ReacSight 的通用性,作者使用它来增强具有吸液能力的平板阅读器,并对大肠杆菌临床分离物进行复杂的抗生素处理。结果测量自动化、平台软件集成和 ReacSight 的反应性实验控制ReacSight 战略旨在增强用于自动测量和反应实验控制的生物反应器阵列, 以灵活和标准化的方式将硬件和软件元素结合起来(图 1)。吸管机器人用于以通用方式在任何生物反应器阵列和任何基于平板的测量设备之间建立物理连接(图 1a)。生物反应器培养物样本通过连接在机械臂上的泵控取样管线发送至移液机器人(取样)。使用移液机器人的一个主要优点是,在测量(处理)之前,可以在培养样本上自动执行不同的处理步骤。然后,样品由移液机器人转移至测量装置(装载)。当然,这需要测量设备的物理定位,以便当其装载托盘打开时,机器人手臂可以接近设备输入板的孔。部分接近设备输入板通常不是问题,因为机器人可用于在测量之间清洗输入板孔,允许随着时间的推移重复使用相同的孔(清洗)。重要的是,如果不需要反应性实验控制,或者如果不是基于测量,机器人功能也可以用于处理和存储培养样本,以便在实验结束时进行一次性离线测量,从而实现具有灵活时间分辨率和范围的自动测量。ReacSight 还提供了一些软件挑战的解决方案,这些软件挑战应该解决,以解锁多生物反应器的自动测量和反应实验控制(图 1b)。首先,需要对平台的所有仪器(生物反应器、移液机器人、测量设备)进行程序控制。其次,一台计算机应该与所有仪器进行通信,以协调整个实验。ReacSight 将 Python 编程语言的多功能性和强大功能与 Flask web 应用程序框架的通用性和可伸缩性相结合,以应对这两个挑战。事实上,Python 非常适合轻松构建 API 来控制各种仪器:有完善的开源库用于控制微控制器(如 Arduinos),甚至用于基于“点击”的控制 GUI 专用软件驱动缺少 API 的封闭源代码仪器(pyautogui)。重要的是,开源、低成本的吸管机器人 OT-2(Opentrons)附带了本地 Python API。Hamilton 机器人也可以通过 Python API 进行控制。然后,Flask 可用于公开所有仪器 API,以便通过本地网络进行简单访问。然后,从一台计算机协调对多个仪器的控制的任务基本上简化为发送 HTTP 请求的简单任务,例如使用 Python 模块请求。HTTP 请求 还可以使用社区级数字分发平台Discord 实现从实验到远程用户的用户友好通信。这种多功能仪表控制结构是 ReacSight 的关键组件。ReacSight 的另外两个关键组件是(1)通用的面向对象的事件实现(如果发生这种情况,请这样做),以促进反应性实验控制;(2)将所有仪器操作详尽记录到单个日志文件中。ReacSight 软件以及硬件的源文件在 ReacSight-Git 存储库中公开提供。图1 ReacSight:用于自动测量和反应实验控制的增强生物反应器阵列的策略。a 在硬件方面,ReacSight 利用吸管机器人(如低成本、开源 Opentrons OT-2)在任何多生物反应器设置(eVOLVER、Chi.Bio、custom……)和任何基于平板的测量设备(平板阅读器、细胞仪、高通量显微镜、pH 计……)的输入之间建立物理链接。如有必要,可使用移液机器人对生物反应器样本进行处理(稀释、固定、提取、纯化……),然后再装入测量装置。如果不需要反应实验控制,处理过的样品也可以存储在机器人平台上进行离线测量(OT-2 温度模块可以帮助保存对温度敏感的样品)。b 在软件方面,ReacSight 通过基于Python 和PythonWeb 应用程序框架 Flask 的多功能仪器控制体系结构实现了全平台集成。ReacSight 软件还提供了一个通用事件系统,以实现反应性实验控制。显示了反应实验控制的简单用例的示例代码。实验控制还可以使用Discord webhooks 将实验状态通知远程用户,并生成详尽的日志文件。曼森自动化高通量发酵实验室曼森机器人自动化技术可根据客户实际需求进行定制化(可实现硬件+软件协同)完成复杂流程自动化。机器人自动化技术与平行反应器组合为生物领域科学研究助力,是实现生物技术biofoundry的重要技术基础;曼森生物致力于满足客户自动化、高通量的需求,推进合成生物技术产品快速产业化。曼森高通量发酵平台曼森实验室自动化系列曼森高通量自动样品检测机器人未完待续文章来源:本文由中科院上海生命科学信息中心与曼森生物合作供稿排版校对:刘娟娟编辑 内容审核:郝玉有博士
  • 使用ReacSight增强生物反应器阵列以实现自动测量和反应控制(中)
    本篇承接上文,《使用ReacSight增强生物反应器阵列以实现自动测量和反应控制(上)》(点击查看)。2.2反应性光遗传控制和酵母连续培养的单细胞解析特性作者首次应用ReacSight策略的动机是酵母合成生物学应用。在这种情况下,精确控制合成路径并在定义明确的环境条件下测量其输出,并具有足够的时间分辨率和范围是至关重要的。光遗传学为控制合成路径提供了一种极好的方法,生物反应器支持的连续培养是对环境条件进行长时间严格控制的理想方法。为了测量单个细胞的路径输出,细胞术提供了高灵敏度和高通量。因此,借助ReacSight策略,利用台式细胞仪作为测量设备,组装了一个完全自动化的实验平台,实现了对酵母连续培养物的反应性光遗传学控制和单细胞解析表征(图2a)。补充说明2提供了平台硬件和软件的详细信息,此处仅讨论关键要素。八个反应器与移液机器人相连,这意味着每个时间点都会填满一列取样板。虽然机器人可以接触到三列细胞仪输入板,但作者仅使用一列,由机器人进行广泛清洗,以实现小于0.2%的残留,使用免疫磁珠进行验证。通常在机器人平台上安装两个倾翻箱和两个取样板(2×96=192个样本),因此,在没有任何人为干预的情况下,八个反应器中的每一个都有24个时间点。为了实现基于细胞数据的反应性实验控制,作者开发并实施了算法,以在重叠荧光团之间执行自动选通和光谱反褶积(图2b)。作者首先通过对组成性表达来自染色体整合转录单位的各种荧光蛋白的酵母菌株进行长期恒浊培养来验证平台的性能(图2c)。荧光团水平的分布是单峰的,随着时间的推移是稳定的,正如在具有组成型启动子的稳定生长条件下所预期的那样。mNeonGreen和mScarlet-I在单色和三色菌株之间的分布完全重叠。这与从强pTDH3启动子表达一个或三个荧光蛋白对细胞生理学的影响可以忽略不计的假设是一致的,并且三色菌株中转录单位的相对位置(mCerulean第一,mNeonGreen第二,mCarlet-I)对基因表达的影响很小。与单色品系相比,三色品系中测得的mCerulean水平略高(~15%)。这可能是由于反褶积中的残余误差造成的,与自荧光和mNeonGreen相比,mCerulean的亮度较低加剧了这种误差。为了验证平台的光遗传学能力,作者构建了一个基于EL222系统17的光诱导基因表达路径并对其进行了表征(图2d)。正如预期的那样,应用不同的蓝光开-关时间模式导致荧光团水平的动态分布覆盖范围很广,从接近零水平(即几乎无法与自体荧光区分)到超过强组成启动子pTDH3获得的水平。高诱导表达水平的细胞间变异性也很低,变异系数(CV)值与pTDH3启动子相当(0.22vs0.20)。作者组装的第一个平台使用了一个预先存在的定制光生生物反应器阵列。这种设置有几个优点(可靠性、工作容量范围广),但其他实验室无法轻易复制。由于ReacSight架构的模块化,可以通过将这个定制的生物反应器阵列与最近描述的开放硬件、光遗传学就绪的商用Chi.生物反应器(图2a(右图))交换,快速构建具有类似功能的平台的第二个版本。为了验证该平台的另一版本的性能,作者使用图2d中相同的菌株进行了光诱导实验,并获得了各种光诱导曲线的极好的反应器到反应器再现性。图2基于ReacSight的自动化平台组装,实现对酵母连续培养物的反应性光遗传学控制和单细胞解析表征。a平台概述。OpentronsOT-2移液机器人用于将支持光基因的多生物反应器连接到台式细胞仪(GuavaEasyCyte14HT,Luminex)。机器人用于稀释细胞仪输入板中的新鲜培养样本,并在时间点之间清洗。“点击”Python库pyautogui用于创建细胞仪仪器控制API。定制算法是在Python中开发和实现的,用于实时自动选通和去卷积细胞数据。使用定制的生物反应器装置(左图)或Chi生物反应器(右图)组装了两个版本的平台。b选通和反褶积算法说明。例如,显示了重叠荧光团mCerulean和mNeonGreen之间的反褶积。c多代单细胞基因表达分布的稳定性。从pTDH3启动子驱动的转录单位中组成性表达mCerulean、mNeonGreen或mCarlet-I的菌株(“三色”菌株),整合到染色体中,在浊度调节器模式下生长(OD设定值=0.5,上限图),每小时采集一次细胞仪(垂直绿线)。所有时间点的荧光强度分布(通过高斯核密度估计进行平滑)(选通、反褶积和前向散射归一化后,FSC)用不同的颜色阴影绘制在一起(下图)。RPU:相对启动子单位(见方法)。为了简单起见,未显示“三色”的OD数据,与其他类似。d基于EL222系统的光驱动基因表达电路的特性。应用三种不同的开-关蓝光时间剖面图(底部),每45分钟采集一次细胞仪。门控、去卷积、FSC标准化数据的中位数如图所示(顶部)。此图中显示的所有生物反应器实验均在同一天与定制生物反应器平台版本并行进行。源数据作为源数据文件提供。2.3使用光实时控制基因表达为了展示平台的反应性光遗传控制能力,作者开始动态适应光刺激,以便将荧光团水平保持在不同的目标设定点。这种用于体内基因表达调控的电子反馈有助于在存在复杂细胞调控的情况下剖析内源性路径的功能,并有助于将合成系统用于生物技术应用。作者首先构建并验证了光诱导基因表达的简单数学模型(图3a)。将三个模型参数与图2d的表征数据进行联合拟合,得到了良好的定量一致性。考虑到模型假设的简单性,这一点值得注意:光激活下的mRNA生成速率恒定,每mRNA的翻译速率恒定,mRNA(大部分降解,半衰期为20分钟)和蛋白质(大部分稀释,半衰率为1.46小时)的一级衰变。因此,当实验条件得到很好的控制并且数据得到适当的处理时,人们可以希望用一小套简单的过程来定量地解释生物系统的行为。然后,作者将拟合模型合并到模型预测控制算法中(图3b)。该算法与ReacSight事件系统一起,实现了对不同反应器中不同目标的荧光水平的精确实时控制(图3c)。为了进一步证明平台的稳健性和再现性,作者在几个月后进行了另一个单8反应器实验,涉及两个荧光团目标水平的四个重复反应器运行。所有的重复都能很好地跟踪目标,并且控制算法决定的光分布在相同目标的重复之间非常相似,但并不完全相同。作者还研究了之前使用的诱导系统在更长时间尺度上的遗传稳定性。遗传稳定性是工业生物生产的一个重要因素。作者观察到,EL222驱动的mNeonGreen蛋白的诱导可以持续5天以上,并且具有很好的稳定性(图3d顶部)。更进一步,作者测试了同一蛋白的分泌版本是否表现出类似的表达稳定性。作者观察到,诱导约2天后细胞水平显著降低。细胞异质性也增加了(图3d右侧)。为了弥补细胞水平的下降,作者将表达盒整合成多个拷贝(三次,串联染色体插入)。诱导后,获得了非常高的荧光水平(图3d底部)。令人惊讶的是,这些水平比非分泌蛋白高一个数量级,并伴随着强烈的应激,正如未折叠蛋白应激报告所反映的那样(pUPRmScarletI)。诱导后,细胞内蛋白质水平逐渐下降。细胞内蛋白质水平显示出明显的双峰分布,强烈的遗传不稳定性迹象(图3d右侧)。最后,当以最大诱导水平的三分之一诱导时,相同的三重拷贝结构表现出非单调行为:高水平初始反应,随后细胞内水平缓慢下降,如完全诱导的三重结构,随后长期内部高蛋白水平的非预期缓慢恢复(图3d底部)。这种恢复可以通过细胞适应高生产需求来解释,或者更可能的是,通过选择高产亚群来解释,该亚群能够更好地保存HIS3选择标记,即使在完全培养基中也具有轻微的生长优势。这个实验证明了作者的平台能够执行长时间的实验,并以相对较高的时间分辨率提供单小区信息。此外,它促使探索和利用营养素可用性对健康和压力的影响。图3闭环:使用光实时控制基因表达。a光驱动基因表达电路的简单ODE模型拟合到图2d的表征数据。拟合参数为γm=2.09h−1,σ=0.64RPU小时−1,γFP=0.475小时−1km被任意设置为等于γm,以仅允许从蛋白质中值水平识别参数。b实时控制基因表达的策略。每小时进行一次细胞仪采集,在选通、反褶积和FSC归一化后,数据被送入模型预测控制(MPC)算法。该算法使用该模型搜索10个周期为30分钟的工作循环(即5小时的后退地平线)的最佳占空比序列,以跟踪目标水平。c四种不同目标水平的实时控制结果,在不同的生物反应器中并行执行(自定义设置)。左:单个单元格的中位数(控制值)。右:单细胞随时间的分布。请注意,所有绘图都使用线性比例。d表达系统的长期稳定性和蛋白质分泌的影响。表达EL222驱动的mNeonGreen荧光报告子的细胞,无论是否分泌,在浊度调节器中生长5天,每2小时进行一次细胞仪测量。表示整个实验期间的平均表达水平。荧光分布也显示在选定的时间点(诱导后0、6、48和120小时)。细胞也有分泌应激的荧光报告子(pUPRmScarlet-I)。还提供了三个拷贝中整合的mNeonGreen报告蛋白的分泌形式的结果。相关蛋白(mNeonGreen水平)和应激水平(mCarlet-I水平)分布的时间演变如补充图11和12所示。源数据作为源数据文件提供。曼森生物高通量菌株筛选平台技术上海曼森生物科技公司专注于高通量、自动化、智能化实验室技术产品开发,逐步形成了全自动化的高通量菌株筛选平台技术,可根据用户需求定制化高通量全自动菌株筛选平台。每天筛选通量可从几千到10万,是人工通量的几十倍上百;在传统生物技术上,加速工业化菌株的遗传进化,帮助提高底物转化率和产量提升;在合成生物技术上,可为选择的平台化合物表达菌株的遗传稳定性、表观遗传进化提升效率。此外高通量筛选必须有高通量的自动化分析检测技术支撑方能发挥最大价值。曼森高通量自动样品检测机器人文章来源:本文由中科院上海生命科学信息中心与曼森生物合作供稿排版校对:刘娟娟编辑内容审核:郝玉有博士
  • 安捷伦科技公司微阵列芯片扫描仪在中国被批准用于体外诊断
    安捷伦科技公司微阵列芯片扫描仪在中国被批准用于体外诊断 监管部门已批准 SureScan Dx 作为医疗器械应用 2015 年 1 月 27 日,北京 — 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)今日宣布中国国家食品药品监督管理总局已批准该公司的 SureScan Dx 微阵列芯片扫描仪作为体外诊断的医疗器械应用。 “把微阵列扫描技术带入到临床质量标准是将全基因组染色体分析的优势推广到临床领域的一个重要里程碑。”香港中文大学副教授 Richard Choy 博士说道,“安捷伦的 SureScan Dx 扫描仪具有高分辨率、高灵敏度以及能够校正载片厚度差异的动态自动对焦功能。这意味着可以产生高质量的数据用于分析。” 该产品在欧洲通过了 CE 认证,可用于体外诊断, 在韩国和新加坡也已经被批准用于体外诊断。 该 SureScan Dx 微阵列芯片扫描仪带有自动载片和安捷伦微阵列芯片扫描控制软件。该系统可以测量来自与微阵列杂交的 DNA 和 RNA 标记靶向的荧光信号,例如,比较两个 DNA 样品的差异。 安捷伦副总裁兼基因组学总经理 Peter Serpentino 表示:“安捷伦致力于为全球范围内的临床实验室提供优质、精密的测量仪器,我们很高兴能在中国推出用于临床实验室的 SureScan Dx 扫描仪。” 关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者,是致力打造美好世界的顶级实验室合作伙伴。安捷伦与全球 100 多个国家的客户进行合作,提供仪器、软件、服务和消耗品,产品可覆盖到整个实验室工作流程。在 2014 财年,安捷伦的净收入为 40 亿美元。全球员工数约为 12000 人。如需了解安捷伦科技公司的详细信息,请访问 www.agilent.com。 编者注:更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻,请访问安捷伦新闻网站:www.agilent.com.cn/go/news。
  • 安捷伦推出用于产前和产后研究的三款全新微阵列芯片
    2020 年 3 月 5 日,北京——安捷伦科技公司(纽约证交所:A)于近日推出三款全新 Agilent GenetiSure Cyto 微阵列芯片,用于满足细胞遗传学实验室进行产前和产后研究的需要。Cyto 微阵列芯片包含来自权威数据库的最新临床相关内容,芯片上的探针可实现拷贝数变异的高分辨率检测,以及与与发育迟缓、神经精神疾病、智力障碍、先天异常或遗传性 DNA 样品中不明原因畸形体征相关的拷贝数中性杂合性缺失的高分辨率检测。安捷伦基因组学解决方案事业部总经理 Kevin Meldrum 表示:“随着新一代测序的发展,新的基因-疾病关联不断被发现,数据库也需要随之迅速演进,不断将这些发现囊括在内。临床研究人员需要这样一个平台以满足检测这些相关基因突变的需求。”Meldrum 指出,安捷伦是高品质拷贝数分析微阵列芯片的领先制造商,可提供从样品前处理到解析的完整工作流程。此次发布的全新微阵列芯片专注于临床相关区域,提供不同规格芯片,根据不同应用(产前和产后研究),其分辨率可达到外显子级。Svetlana Yatsenko 博士是宾夕法尼亚州匹兹堡市匹兹堡大学医学中心 Magee-Women 医院细胞遗传学实验室的负责人,他对新款微阵列芯片发表了自己的看法:“作为一家高通量细胞遗传学实验室,我们的一项关键需求就是要有一个包含最新临床相关内容的微阵列芯片平台,而 Agilent GenetiSure Cyto 微阵列芯片恰好满足了我们的需求。这款微阵列芯片的靶向设计涵盖超过 3600 个基因,且兼容种类丰富的临床相关样品,力求满足或升级微阵列芯片检测需求的所有实验室均可将其作为首选解决方案。”关于安捷伦科技安捷伦科技公司(纽约证交所:A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者。安捷伦现已进入独立运营的第二十年,一直致力于为提高生活质量提供敏锐洞察和创新经验。安捷伦的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。2019财年,安捷伦营业收入为51.6亿美元,全球员工数约为16300人。如需了解安捷伦公司的详细信息,请访问 www.agilent.com。关注“安捷伦视界”公众号,获取更多资讯。
  • 应用案例 | 基于环形阵列永磁体的法拉第旋转光谱NO2传感器
    近日,来自中国科学院安徽光学精密机械研究所、中国科学院沈阳应用生态研究所、中国科学技术大学、法国蓝海岸大学法国滨海大学的联合研究团队发表了一种基于法拉第旋转光谱的、采用环形阵列永磁体NO2传感器。Recently, the joint research team from Anhui Institute of Optics and Fine Mechanics, HFIPS, Chinese Academy of Sciences, Institute of Applied Ecology, Chinese Academy of Sciences, University of Science and Technology of China, and Université du Littoral Cô te d’Opale published a NO2 Sensor Based on Faraday Rotation Spectroscopy Using Ring Array Permanent Magnets.法拉第旋转光谱(FRS)通过检测沉浸在外部纵向磁场中的气体介质所引起的线偏振光偏振状态的变化,从而实现对顺磁分子的高选择性和高灵敏度检测。该光谱检测方法对水汽、CO2等抗磁性分子具有天然的免疫力,这使得其表现出高度的样品特异性。同时,由于采用了一对相互接近正交的偏振器极大抑制了激光噪声,因此法拉第旋转光谱具有非常高的检测灵敏度。Farraday Rotational Spectroscopy (FRS) achieves highly selective and sensitive detection of paramagnetic molecules by detecting the changes in polarization state of linearly polarized light induced by the gas medium immersed in an external longitudinal magnetic field. This spectroscopic detection method exhibits inherent immunity to diamagnetic molecules such as water vapor and CO2, which results in a high degree of sample specificity. Additionally, the implementation of a pair of closely spaced orthogonal polarizers effectively suppresses laser noise, thus providing FRS with a very high detection sensitivity.通常情况下,使用螺线管提供纵向磁场来产生磁光效应。然而,这种方法存在功耗过大和易受电磁干扰的缺点。研究团队提出了一种基于钕铁硼永磁体环形阵列和Herriott多次通过吸收池相结合的新型FRS方法。根据磁场的空间分布特性,使用14个相同的钕铁硼永磁体环以非等距形式组合,产生纵向磁场。在长度为380毫米的范围内,平均磁场强度为346高斯。宁波海尔欣光电科技有限公司为该项目提供了前置放大制冷一体型碲镉汞红外探测器(HPPD-B-08-10-150 K),项目团队使用量子级联激光器以40毫瓦的光功率,针对最佳的441 ← 440 Q支氮氧化物跃迁(1613.25 cm–1,6.2 μm)。与Herriott多次通过吸收池耦合,积分时间为70秒,实现了0.4 ppb的最低检测限。实验结果也表明,低功耗FRS二氧化氮传感器有望发展成为一个稳健的现场可部署的环境监测系统。Usually, a solenoid coil is used to provide a longitudinal magnetic field to produce the magneto-optical effect. However, such a method has the disadvantages of excessive power consumption and susceptibility to electromagnetic interference. The research team proposed a novel FRS approach based on a combination of a neodymium iron boron permanent magnet ring array and a Herriott multipass absorption cell is proposed. A longitudinal magnetic field was generated by using 14 identical neodymium iron boron permanent magnet rings combined in a non-equidistant form according to their magnetic field’s spatial distribution characteristics. The average magnetic field strength within a length of 380 mm was 346 gauss. HealthyPhoton Co.,Ltd provided an integrated TE-cooled mercury cadmium telluride (MCT) infrared detector with front-end amplification(HPPD-B-08-10-150 K) for this project. A quantum cascade laser was used to target the optimum 441 ← 440 Q-branch nitrogen dioxide transition at 1613.25 cm–1 (6.2 μm) with an optical power of 40 mW. Coupling to a Herriott multipass absorption cell, a minimum detection limit of 0.4 ppb was achieved with an integration time of 70 s. The low-power FRS nitrogen dioxide sensor proposed in this work is expected to be developed into a robust field-deployable environment monitoring system.静态磁场法拉第旋转光谱传感装置Static magnetic field Faraday rotation spectral sensing device海尔欣前置放大制冷一体型碲镉汞红外探测器(HPPD-B-08-10-150 K)Integrated preamplifier and cryocooler type mercury cadmium telluride (MCT) infrared detector环形阵列永磁体及其纵向磁场分布特征Circular array permanent magnets and their longitudinal magnetic field distribution characteristics(a) 对于等距离的NdFeB永磁环阵列,模拟得到了中央纵向磁场的分布情况。(b) 对于非等距离的NdFeB永磁环阵列,模拟得到了中央纵向磁场的分布情况(黑线),并进行了实测(红线)。(c) 示意图显示了Herriott腔和非等距离的NdFeB永磁环阵列的配置。(a) Simulated distribution of the central longitudinal magnetic field for an equidistant NdFeB permanent magnet ring array (b) simulated (black line) and measured (red line) distributions of the central longitudinal magnetic field for a non-equidistant NdFeB permanent magnet ring array (c) schematic configuration of the Herriott cell and the non-equidistant NdFeB permanent magnet ring array.法拉第旋转光谱信号及其信噪比与检偏器偏转角度的变化关系The Relationship between FRS signal and its SNR and the Deflection Angle of the Polarizer(a) 法拉第旋转光谱信号幅度(b) SNR作为分析器角度α的函数(a) FRS signal amplitude and (b) SNR as a function of the analyzer angle α.Reference:Yuan Cao, Kun Liu, Ruifeng Wang, Xiaoming Gao, Ronghua Kang, Yunting Fang, Weidong Chen,NO2 Sensor Based on Faraday Rotation Spectroscopy Using Ring Array Permanent Magnets, Anal. Chem. 2023, 95, 2, 1680–1685https://doi.org/10.1021/acs.analchem.2c04821Copyright © 2023 American Chemical Society
  • 使用 ReacSight 增强生物反应器阵列以实现自动测量和反应控制(上)
    编者按跟踪智慧实验室的理论研究发展状况、产业发展动态、主要设备供应商产品研发动态、国内外智慧实验室建设成果现状等信息内容。本文由中科院上海生命科学信息中心与曼森生物合作供稿。 本期推文, 编 译 了 Franç ois Bertaux 等 发 表 在 Nature Communications 期刊上的研究论文《使用 ReacSight 增强生物反应器阵列以实现自动测量和反应控制》(Enhancing bioreactor arrays for automated measurements and reactive control with ReacSight),介绍了 ReacSight,一种用于自动测量和反应实验控制的增强生物反应器阵列的策略。ReacSight 利用低成本移液机器人进行样品采集、处理和装载,并提供灵活的仪器控制架构。作者展示了 ReacSight 在涉及酵母的三种实验应用中的能力,包括:基因表达的实时光遗传控制;营养缺乏对健康和细胞应激的影响;对双菌株混合群落的组成进行动态控制。因文章篇幅较长,将分为三期来讲述。感谢关注!目录/CONTENT01/引言02/结果 2.1 测量自动化、平台软件集成和 ReacSight 的反应性实验控制 2.2 反应性光遗传控制和酵母连续培养的单细胞解析特性 2.3 使用光实时控制基因表达 2.4 探索营养缺乏对健康和细胞压力的影响 2.5 ReacSight 是一种通用策略:通过吸液功能增强平板阅读器03/讨论01引言小规模、低成本的生物反应器正在成为微生物系统和合成生物学研究的有力工具。它们允许在长时间(几天)内严格控制细胞培养参数(例如温度、细胞密度、培养基更新率)。这些独特的特点使研究人员能够进行复杂的实验,并实现实验的高度再现性。例如,当药物选择压力随着耐药性的发展而增加时,抗生素耐药性的表征,细胞间通信合成路径的细胞密度控制表征,以及使用组合敲除文库在动态变化温度下酵母适应度的全基因组表征。原位光密度测量只能提供总生物量浓度及其增长率的信息,而荧光测量的灵敏度低,背景高。通常还必须测量和跟踪培养细胞群体的关键特征,如基因表达水平、细胞应激水平、细胞大小和形态、细胞周期进程、不同基因型或表型的比例。研究人员通常需要手动提取、处理和测量培养样本,以便通过更灵敏和专业的仪器(如细胞仪、显微镜、测序仪)进行检测。手动干预通常繁琐、容易出错,并严重限制了可用的时间分辨率和范围(即夜间无时间点)。它还阻碍了培养条件对此类措施的动态适应。这种反应性实验控制目前正引起系统生物学和合成生物学的兴趣。它既可以用来维持种群的某种状态(外部反馈控制),也可以用来最大化实验的价值(反应性实验设计)。例如,外部反馈控制可用于解开复杂的细胞耦合和信号通路调控,控制微生物群落的组成,或优化工业生物生产。反应性实验设计在长时间不确定实验(如人工进化实验)的背景下特别有用。通过实现实时参数推断和优化实验设计,也有助于加速基于模型的生物系统表征。原则上,商业机器人设备和/或定制硬件可用于将生物反应器阵列连接到敏感的多样本(通常接受 96 孔板作为输入)测量设备。然而,这对设备采购、设备成本和软件集成提出了巨大挑战。当一个功能平台建立起来时,相应硬件和软件的升级和维护也极具挑战性。因此,迄今为止报告的例子很少。例如,只有两个小组展示了细菌或酵母培养物的自动细胞术和反应性光遗传学控制,设置仅限于单个连续培养物或具有有限连续培养能力的多个培养物。一组还展示了自动显微镜和反应性光遗传学控制单个酵母连续培养。 ReacSight, 一种通用且灵活的策略,用于增强生物反应器阵列的自动化测量和反应实验控制。ReacSight 非常适合集成开放源代码、开放硬件组件,但也可以容纳封闭源代码、 仅限 GUI 的组件(如细胞仪)。首先,作者使用 ReacSight 组装一个平台,实现基于细胞术的特征描述和平行酵母连续培养的反应性光遗传学控制。重要的是,作者构建了两个版本的平台,要么使用定制的生物反应器阵列,要么使用最新的低成本、开放硬件、商业化的光遗传学 Chi.生物反应器。然后,作者在三个案例研究中证明了它的有用性。首先,作者在不同的生物反应器中用光实现基因表达的并行实时控制。第二,作者利用高度受控和信息丰富的竞争分析,探讨营养缺乏对健康和细胞应激的影响。第三,作者利用平台的养分稀缺性和反应性实验控制能力,实现对两个菌株混合群落的动态控制。最后,为了进一步证明 ReacSight 的通用性,作者使用它来增强具有吸液能力的平板阅读器,并对大肠杆菌临床分离物进行复杂的抗生素处理。02结果2.1 测量自动化、平台软件集成和 ReacSight 的反应性实验控制ReacSight 战略旨在增强用于自动测量和反应实验控制的生物反应器阵列, 以灵活和标准化的方式将硬件和软件元素结合起来(图 1)。吸管机器人用于以通用方式在任何生物反应器阵列和任何基于平板的测量设备之间建立物理连接(图 1a)。生物反应器培养物样本通过连接在机械臂上的泵控取样管线发送至移液机器人(取样)。使用移液机器人的一个主要优点是,在测量(处理)之前,可以在培养样本上自动执行不同的处理步骤。然后,样品由移液机器人转移至测量装置(装载)。当然,这需要测量设备的物理定位,以便当其装载托盘打开时,机器人手臂可以接近设备输入板的孔。部分接近设备输入板通常不是问题,因为机器人可用于在测量之间清洗输入板孔,允许随着时间的推移重复使用相同的孔(清洗)。重要的是,如果不需要反应性实验控制,或者如果不是基于测量,机器人功能也可以用于处理和存储培养样本,以便在实验结束时进行一次性离线测量,从而实现具有灵活时间分辨率和范围的自动测量。ReacSight 还提供了一些软件挑战的解决方案,这些软件挑战应该解决,以解锁多生物反应器的自动测量和反应实验控制(图 1b)。首先,需要对平台的所有仪器(生物反应器、移液机器人、测量设备)进行程序控制。其次,一台计算机应该与所有仪器进行通信,以协调整个实验。ReacSight 将 Python 编程语言的多功能性和强大功能与 Flask web 应用程序框架的通用性和可伸缩性相结合,以应对这两个挑战。事实上,Python 非常适合轻松构建 API 来控制各种仪器:有完善的开源库用于控制微控制器(如 Arduinos),甚至用于基于“点击”的控制 GUI 专用软件驱动缺少 API 的封闭源代码仪器(pyautogui)。重要的是,开源、低成本的吸管机器人 OT-2(Opentrons)附带了本地 Python API。Hamilton 机器人也可以通过 Python API 进行控制。然后,Flask 可用于公开所有仪器 API,以便通过本地网络进行简单访问。然后,从一台计算机协调对多个仪器的控制的任务基本上简化为发送 HTTP 请求的简单任务,例如使用 Python 模块请求。HTTP 请求 还可以使用社区级数字分发平台Discord 实现从实验到远程用户的用户友好通信。这种多功能仪表控制结构是 ReacSight 的关键组件。ReacSight 的另外两个关键组件是(1)通用的面向对象的事件实现(如果发生这种情况,请这样做),以促进反应性实验控制;(2)将所有仪器操作详尽记录到单个日志文件中。ReacSight 软件以及硬件的源文件在 ReacSight-Git 存储库中公开提供。图1 ReacSight:用于自动测量和反应实验控制的增强生物反应器阵列的策略。a 在硬件方面,ReacSight 利用吸管机器人(如低成本、开源 Opentrons OT-2)在任何多生物反应器设置(eVOLVER、Chi.Bio、custom……)和任何基于平板的测量设备(平板阅读器、细胞仪、高通量显微镜、pH 计……)的输入之间建立物理链接。如有必要,可使用移液机器人对生物反应器样本进行处理(稀释、固定、提取、纯化……),然后再装入测量装置。如果不需要反应实验控制,处理过的样品也可以存储在机器人平台上进行离线测量(OT-2 温度模块可以帮助保存对温度敏感的样品)。b 在软件方面,ReacSight 通过基于Python 和PythonWeb 应用程序框架 Flask 的多功能仪器控制体系结构实现了全平台集成。ReacSight 软件还提供了一个通用事件系统,以实现反应性实验控制。显示了反应实验控制的简单用例的示例代码。实验控制还可以使用Discord webhooks 将实验状态通知远程用户,并生成详尽的日志文件。03曼森自动化高通量发酵实验室曼森机器人自动化技术可根据客户实际需求进行定制化(可实现硬件+软件协同)完成复杂流程自动化。机器人自动化技术与平行反应器组合为生物领域科学研究助力,是实现生物技术biofoundry的重要技术基础;曼森生物致力于满足客户自动化、高通量的需求,推进合成生物技术产品快速产业化。曼森高通量发酵平台曼森实验室自动化系列曼森高通量自动样品检测机器人未完待续Mediacenter Editor | 曼森编辑文章来源:本文由中科院上海生命科学信息中心与曼森生物合作供稿排版校对:刘娟娟编辑 内容审核:郝玉有博士
  • Agilent GenetiSure Dx 产后微阵列芯片已获得美国 FDA 认证
    p style="text-align: center "strong该微阵列芯片可用于检测遗传异常并有助于更快确定对应治疗方案/strong/pp  2017年9月20日,北京——安捷伦科技公司(纽约证交所: A)宣布其首款用于诊断的比较基因组杂交 (CGH) 微阵列芯片 GenetiSure Dx 产后微阵列芯片,已获得美国食品和药品监督管理局 (FDA) 的 510(k) 认证。这款微阵列芯片使临床遗传学家能够比用传统方法更早、更准确地检测出与发育迟缓、智力障碍、先天性畸形和不明原因畸形体征相关的遗传变异。/pp  GenetiSure Dx 产后微阵列芯片是采用多个合作实验室的 900 个样品经过大量临床验证后得到的成果,并将 CGH 技术成功运用于诊断领域。此款微阵列芯片以安捷伦专有的比较基因杂交微阵列芯片为基础,可从基于临床表现而进行染色体检测的患者外周血样中获取基因组 DNA 的拷贝数变异与杂合性缺失数据。采用一种微阵列芯片检测两类变异的功能可提高诊断阳性率并缩短获得结果的时间。/pp  此款微阵列芯片以前仅在欧洲销售,而现在,美国的临床遗传科学家也可使用该微阵列芯片得出明确的遗传诊断,从而将医学研究的重心由找到病因快速转换到给予适当医疗与家庭支持。/pp  安捷伦基因组学解决方案部和临床应用部副总裁兼总经理 Kamni Vijay 表示:“GenetiSure Dx 产后微阵列芯片获得 FDA 认证对我们而言是一个重要的里程碑,坚定了安捷伦将完整诊断解决方案引入常规临床实验室的信念。 该微阵列芯片通过提供从 DNA 扩展到数据分析的验证工作流程,使传统的核型分析实验室能够轻松采用基于微阵列芯片的细胞遗传学检测方法,而无需进行大量高成本的验证。”/pp  该微阵列芯片适用于 Agilent SureScan Dx 微阵列扫描仪系统(II 类豁免医疗器械),并与 CytoDx 软件配合进行分析。/pp  关于安捷伦科技公司/pp  安捷伦科技公司(纽约证交所: A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者。 拥有 50 多年的敏锐洞察与创新,我们的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。在 2016 财年,安捷伦的净收入为 42 亿美元,全球员工数约为 13,000 人。/p
  • 基于低频振荡的微点阵阵列/图案化制备仪器系统研制成功
    生物芯片是生物分子相互作用研究的主要高通量手段,生物芯片技术具有高通量、样品消耗量少、灵敏度较高、自动化等优势。生物芯片仪器系统通常包括芯片制作单元和检测单元两个独立部分。目前商品用生物芯片制作系统大多采用基于机械手的合成后点样法,因制备工艺复杂,价格非常昂贵,使用成本较高。  中国科学院长春应用化学研究所王振新课题组聚焦这一研究方向,从科研实际需求出发,在国家自然科学基金委科学仪器研制项目的支持下,研制开发出基于低频振荡的微点阵阵列/图案化制备仪器系统。3月10日,该项目通过了国家自然科学基金委组织的专家现场验收。  该仪器基于非接触式压电振荡技术,采用点样针与压电驱动分离的点样方式实现点样;使用的毛细管点样针便于更换、清洗,制作成本较低;通过振荡频率和振幅等参数来调控点样体积,实现了单个样品点直径在几十微米至几百微米尺度内、点样量在几百皮升至几十纳升之间的微阵列点阵制作;不仅适用于液体点样,还可以推广到粉体及固液混合物的微量分配应用中;不仅可以应用于间断性的非连续微点阵阵列制备,还可以推广到连续的微图化制备中。  目前已研制工程样机3台,其中2台已在相关科研单位试用,效果良好。已申请和授权发明、实用新型专利6项。基于低频振荡的微点阵阵列/图案化制备仪器系统
  • 安捷伦科技庆祝CGH微阵列芯片创新技术推出10周年
    安捷伦科技庆祝CGH微阵列芯片创新技术推出10周年不断的创新,让一款全基因组CGH微阵列芯片发展成为多种临床研究应用的精密阵列 2014年10月15日,北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)近日隆重庆祝其SurePrint比较基因组杂交(CGH)微阵列芯片推出10周年。该产品为细胞遗传学研究应用领域的市场领导者。 微阵列芯片CGH是一种分子技术,能够在整个基因组中进行DNA拷贝数扩增和缺失的外显子水平的检测,可提供与传统染色体核型和BAC微阵列芯片分析同一数量级或更高的分辨率。 2004年,安捷伦首次推出了一款带有四万四千个探针的通用式单阵列。如今,公司提供多种类型的产品目录和定制CGH阵列,可用于多个应用领域,包括产后、生殖和癌症研究。安捷伦拥有业内最多的定制阵列类型可供选择,范围从六万个探针与八个样品到每个阵列多达一百万个探针。 2006年,安捷伦推出了全世界最大的带网络应用的计算机优化的寡核苷酸数据库,使客户能在几分钟之内创建定制化阵列设计。安捷伦以完全免费或最低订购的方式使这些工具得到了广泛普及。 安捷伦副总裁、诊断和基因组学事业部总经理Jacob Thaysen表示:&ldquo 通过消除定制化障碍,研究人员能够快速轻松地为几乎所有目标细胞遗传学研究应用创建CGH阵列,包括生殖、产后和癌症研究的专门阵列。&rdquo 安捷伦一直致力于合作和创新,并且促进了细胞遗传学领域的发展。2006年,安捷伦微阵列芯片入选NCI癌症基因组图谱研究项目,该项目耗时三年、投资3,500万美元,旨在鉴定出癌症发生和发展过程中重要的新基因。2008 年,安捷伦微阵列芯片入选威康信托基金会病例控制协会的一项研究,该研究共有19,000人参与,是世界上最大的人类基因组拷贝数变异(CNV)研究。此外,临床基因组学国际合作数据库中出现的大多数样品均采用安捷伦CGH阵列,且有一万多种出版物引用了此阵列。 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)是首批采用安捷伦定制设计功能的客户之一,它阐述了体质疾病和癌症应用的创新性设计如何在细胞遗传学研究中实现重大突破。 贝勒医学院分子与人类遗传学系教授Art Beaudet医学博士表示:&ldquo 作为安捷伦的长期合作伙伴,我们衷心祝贺安捷伦迎来CGH微阵列芯片创新技术推出 10 周年,这是安捷伦发展的重要里程碑。&rdquo Beaudet博士补充道:&ldquo 安捷伦与贝勒医学院在CGH创新领域的阵列 CGH 合作方面已有十年辉煌历史。我们最新的阵列设计可为1,700个基因实现单个外显子覆盖,能最大程度检测与疾病相关的CNV。安捷伦阵列的信噪比质量一直备受青睐。在过去十年中,我们已经使用了成千上万个阵列CGH进行分析。&rdquo 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)是全球领先的测试测量公司,同时也是化学分析、生命科学、诊断、电子和通信领域的技术领导者。公司拥有20,600名员工,遍及全球100多个国家,为客户提供卓越服务。在2013财年,安捷伦的净收入达到68亿美元。了解关于安捷伦的详细信息,请访问www.agilent.com.cn。 安捷伦于2013年9月19日正式宣布拆分为两家上市公司,并通过免税剥离方式拆分出电子测量公司。新的电子测量公司名称为Keysight Technologies(是德科技)。2014 年 8 月 1 日,是德科技作为安捷伦的全资子公司开始运营。预计整个拆分将于2014年11月初完成。前瞻性陈述 此新闻内容包括1934年《证券交易法》中规定的前瞻性陈述,并受由此创建的安全港规则约束。此处的前瞻性陈述包括但不限于:安捷伦的电子测量业务分离的相关信息、未来收入、利润和盈利能力,未来对公司产品和服务的需求,以及客户预期。这些前瞻性陈述包括可能导致安捷伦的业绩与管理层当前预期产生巨大差异的风险和不确定因素。这些风险和不确定因素包括但不限于:客户业务实力不可预见的变化;对当前以及新产品、技术和服务的需求不可预见的变化;客户的购买决策和时机,以及我们不能实现由于整合和重组活动所带来的预期节省的风险。 此外,安捷伦面临的其他风险包括安捷伦向证监会提交的文件中详细说明的风险,包括我们最近提交的Form 10-K和Form 10-Q。前瞻性陈述是以对安捷伦管理层的信念和假设以及现有的信息为基础。安捷伦概不承担向公众更新或修改前瞻性陈述的义务。 编者注:更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻,请访问安捷伦新闻网站:www.agilent.com.cn/go/news。
  • Agilent GenetiSure Dx产后微阵列芯片获得欧洲IVDR C类认证
    2024年4月16日,安捷伦宣布旗下GenetiSure Dx 产后微阵列芯片 已获得欧洲IVDR C类认证。此认证充分证明,该微阵列芯片符合IVDR设立的更高标准。未来,整个欧盟的临床遗传学家及其他专业医疗工作者都能持续使用这款值得信赖的定性分析微阵列芯片。据估计,包括妊娠测试、COVID-19 检测、尿液检测试纸在内的体外诊断器械将在70%的诊断决策中发挥作用。为确保此类器械的安全性和性能,欧盟特引入IVDR监管框架。根据新规,体外诊断器械将受到更严格的监管审查,以确保符合严格的临床证据标准,并践行更高的透明度和更严格的标准化。GenetiSure Dx产后微阵列芯片使用安捷伦专有的比较基因组杂交微阵列芯片(aCGH)来识别整个基因组中的拷贝数和拷贝中性变化,帮助细胞遗传学家准确评估与发育迟缓、智力障碍、先天异常和畸形体征有关的遗传异常。此微阵列芯片基于染色体微阵列技术,其诊断准确性和易用性已得到证明。安捷伦诊断和基因组学事业部裁(暂任)Bob McMahon 表示:“GenetiSure Dx产后微阵列芯片可在单一检测中兼顾高分辨率、准确性和速度,必将推进染色体异常的产后诊断。该微阵列芯片已通过欧洲IVDR C类认证,我们深信,该产品将持续满足整个欧盟内专业医疗工作者及其患者的需求。”安捷伦首席质量与监管官Jenipher Dalton总结道:“IVDR认证足以证明我们产品的安全性和质量,兑现了我们作为细胞遗传学市场可靠解决方案提供商的承诺。”GenetiSure Dx产后微阵列芯片适用于SureScan Dx微阵列芯片扫描仪系统,通过CytoDx软件进行分析,作为“DNA到结果”完整工作流程的一部分。该器械预期不单独用于诊断目的、植入前或产前检测或筛查、群体筛查,以及检测或筛查获得性或体细胞基因突变。
  • 二极管阵列检测器——从现象到本质看木犀草素
    二极管阵列检测器——从现象到本质看木犀草素沈国滨 施磊 金燕 01紫外检测器的进阶版本——二极管阵列检测器(Diode Array Detector, DAD)紫外检测器(Ultraviolet Detector, UV)是目前HPLC应用最广泛的检测器,其工作原理是朗伯-比尔定律。紫外检测要求被检测样品组分具有紫外吸收,通常选择在被分析物有最大吸收的波长处进行检测,以获得最大灵敏度和抗干扰能力。可惜这会导致其它组分在该通道下的吸收变弱甚至无紫外吸收。因此,单通道紫外检测器在对目标化合物,特别是未知化合物进行纯度及定量分析时,结果可能会产生严重的偏差。图1 朗伯-比尔定律(A=lg(1/T)=Klc) 二极管阵列检测器(Diode Array Detector, DAD)是一种新型的光吸收检测器,它采用光电二极管阵列作为检测元件,形成多通道并行工作,可对光栅分离的所有波长的光信号进行检测,从而迅速决定具有最佳选择性和灵敏度的波长。可得任意波长的色谱图及任意时间的光谱图,具有色谱峰纯度鉴定、光谱图检索等功能,为定性、定量分析提供更丰富的信息。图2 二极管阵列检测器 02 DAD在天然产物构型变化监测时的妙用独一味(学名:Lamiophlomis rotata)是唇形科独一味属植物,有活血祛瘀,消肿止痛的功效,是青藏高原特有的一种重要药用植物。木犀草素是独一味叶中的主要成分 (Luteolin, CAS No. 491-70-3 ),是一种天然弱酸性的黄酮类化合物。木犀草素具有抗炎、抗过敏等作用,可用于治疗COPD、支气管哮喘以及慢性咽炎、变应性鼻炎等引起的慢性咳嗽。图3 木犀草素结构式本文基于赛默飞液相色谱系统和二极管阵列检测器,开发了一种可用于检测中药独一味胶囊提取液中木犀草素含量的方法。通过DAD检测器不仅可以实现定量分析,也可以用于色谱峰的定性分析。同时利用DAD全波长扫描的结果以证实木犀草素在流动相pH变化时会发生最大吸收波长红移,从而影响其在C18色谱中的保留等现象进行解释。 03 实验部分色谱条件流动相pH值对色谱行为的影响图4 流动相不同pH对于保留时间和吸收波长的影响 实验结合文献表明木犀草素对于流动相的pH敏感,依据计算模拟表明木犀草素的pKa 为 6.5±0.4。即在中性时,部分木犀草素可能以极性较强的离子形式存在,保留较弱;当调节pH为酸性时,抑制了电离,使得该分子以分子形式存在。借助二极管阵列检测器(DAD),可以实现全波长扫描,可以获得更全面的紫外光谱信息。木犀草素的紫外吸收波谱也对流动相的pH敏感,不仅保留时间产生了较大的差异,且随着碱性增强,最大吸收波长产生红移。表明该物质会在不同pH条件下产生不同的构象,且构象的变化会引起共轭结构的变化。 样品分析结果图5 标准品与样品对照色谱图(蓝色:标准品,黑色:样品) 图6 样品DAD三维色谱图(插图:8.640分钟的紫外吸收光谱图) 木犀草素保留良好,色谱峰形对称,无杂质干扰,可用于定性和定量分析。在0.3~100 μM 的范围内线性良好,相关系数R2达0.9999。进样精密度良好,标准品和样品的保留时间RSD均小于为0.2 %,峰面积RSD均小于为0.9 %。根据分析标准品保留时间的紫外吸收光谱,可见样品中对应色谱峰的最大吸收波长与木犀草素一致,推断该物质为木犀草素。根据校正曲线计算可得独一味胶囊提取液中木犀草素的摩尔浓度为27.4 μM。通过在样品中加入已知浓度的标准品来判断方法的准确性,该方法的回收率在95.9~103.0%之间。 04 结论本文基于赛默飞液相系统和二极管阵列检测器,开发了一种可用于检测中药独一味胶囊提取液中木犀草素含量的方法。通过DAD检测器不仅可以实现定量分析,也可以用于色谱峰的定性分析。利用DAD全波长扫描结合其它有关计算,验证了木犀草素在不同pH条件下最大吸收波长产生了红移,从而影响其在C18色谱中的保留。本文报道的方法能为极性小分子检测方法的开发提供定性和定量分析实验基础,为阐明色谱柱中的保留机理提供了理论依据,凸出了全波长扫描DAD检测器在分析物质变化过程和监测反应过程时的优势。
  • 集成化微阵列系统用于多类型贵金属@Cu-MOF制备及其拉曼增强性能筛选
    微流体合成作为一种绿色的合成方法,进一步实现了最小消耗、最少污染以及按需精准合成的目标。高通量液滴阵列合成平台不仅可以实现多种材料的批量绿色合成,还可以通过多个并行的微液滴反应器完成多合成参数的分析和优化。然而,微流体合成系统也面临一些挑战。特别是在这种微系统中如何实现多种反应物的快速和可控混合。不均匀混合会影响材料的成核、生长,进而影响材料的形貌及其一系列性质。将超声波与微流体合成系统相结合,可以实现多种反应物的快速高效的混合。由于更快的传质过程,集成化的合成系统有助于实现材料形貌的精确调控,同时具有消耗少、污染小、易于调节、效率高等优势。最近,超声辅助微流体系统的材料合成的研究大多停留在单组分材料形貌或者尺寸分布等方面。然而通过成本和污染更低的集成化平台进行自动化复合材料合成和高通量性能筛选的报道较少,特别是将贵金属纳米粒子与金属有机框架材料相结合。高效准确地负载可以显著降低应用成本,同时可以有效避免纯纳米粒子的自团聚和氧化,从而显著提高稳定性,进一步扩大应用范围。深圳大学张学记、许太林团队报道了一种将超声与高通量液滴阵列相结合的微流体合成平台实现了绿色、低成本、高通量的多种类型复合材料制备及其拉曼增强性能筛选。集成超声模块可以很好地解决液滴合成系统中的快速微混合的问题,而且可以加速材料的形成并提高Cu-MOF对多种贵金属纳米粒子的封装效果。上述制备的多种复合材料的拉曼增强性能可以一次性地通过微柱基阵列进行高通量、低消耗和低污染的筛选和评估。该平台未来有潜力可以通过与机器人平台和人工智能技术相结合扩展到多个应用领域。图1 集成化微阵列系统复合材料合成与拉曼增强性能筛选示意图图2 探究超声对材料形成速度及形貌的影响。A图是没有超声存在的情况下,记录了Cu-MOF的生长情况;B图是存在超声的情况下,记录了Cu-MOF的生长速度;C图是存在超声的情况下,AgNPs@Cu-MOF的生长情况分析。D-F分别对应三种材料在不同时间点下沉淀物颜色分析。G-I分别对应最后沉淀物的SEM结果及其产物照片。图3 材料表征及超声对封装效果的探究。A-C分别是AuNPs,AgNPs和PtNPs纳米颗粒的TEM表征。D-F是AuNPs@Cu-MOF的TEM,元素分布及其紫外表征。G-I是AgNPs@Cu-MOF的TEM,元素分布及其紫外表征。J-L是PtNPs@Cu-MOF的TEM,元素分布及其紫外表征。M-O对比了有无超声的情况下,相同面积内Cu-MOF对不同纳米颗粒封装数量的统计对比结果。图4 超声存在下,材料生长演化过程示意图及其时间序列TEM图像。B1-B3是Cu-MOF;C1-C3是AuNPs@Cu-MOF;D1-D3是AgNPs@Cu-MOF;E1-E3是PtNPs@Cu-MOF。图5 材料吸收性能考察以及多类型材料的拉曼增强性能的评估和筛选
  • 用于柔性成像的宽带 pbs 量子点石墨烯光电探测器阵列的研制
    胶体量子点(QD)/石墨烯纳米杂化异质结构为量子传感器提供了一种有前途的方案,因为它们利用了量子点中的强量子限制,具有增强的光-物质相互作用、光谱可调性、抑制的声子散射和室温下石墨烯中非凡的电荷迁移率。在这里,我们报告了一个灵活的,九通道的 PbS 量子点/石墨烯纳米混合成像阵列在聚对苯二甲酸乙二酯上的开发,使用了一个简单的工艺,用于器件制造,信号采集和处理。PbS 量子点/石墨烯成像阵列具有高度均匀的光响应特性。在1.0 V 偏置下,400-1000nm 入射光[紫外-可见-近红外(UV-vis-NIR)]的最高响应度为9.56 × 103-3.24 × 103A/W,功率为900pW。此外,该阵列具有一致的光谱响应,弯曲到几毫米的曲率半径。在紫外-可见-近红外(UV-vis-NIR)范围内的宽波长成像表明,量子点/石墨烯纳米杂化体为柔性光探测器和成像器提供了一种可行的方法。图1.(a-c)九通道 PbS 量子点/石墨烯传感器阵列的器件制作方法。(b)石墨烯通道上的 PbS QD 涂层 以及(c) MPA 配体交换。(d,e)是分别在刚性硅和柔性 PET 衬底上制作的9通道 PbS 量子点/石墨烯传感器阵列的示意图。(f)用短链导电 MPA 配体封装 PbS 量子点以促进从量子点到石墨烯的电荷转移的替换长链绝缘 OLA 和 OA 配体的示意图。(g)九通道 PbS 量子点/石墨烯传感器阵列中像素的结构示意图和 PbS 量子点/石墨烯界面上的内置电场。(h)使用 Arduino 读出器在九通道 PbS 量子点/石墨烯光电探测器阵列上进行传输成像的光学设置。图2。(a)在量子点沉积之前,在九通道 PbS 量子点/石墨烯传感器阵列上的石墨烯或“ Gr”通道的光学图像。(b)石墨烯/Si 和 Si 之间边界处的 G 峰(左上)和2D 峰(右上)的拉曼图,以及石墨烯上随机选择的点的拉曼光谱。单层石墨烯的 I2D/IG 2。(c)在1200nm 附近显示吸收峰的 PbS 量子密度吸收光谱。插图显示了 PbS 量子点的 TEM 图像,表明了 PbS 量子点的大小和均匀性。(d) PbS 量子点直径大小的分布。(e) PbS 量子点的高分辨透射电镜图像。条纹间距约为0.3 nm,相当于 PbS 的(200)晶格面。图3。(a)在硅衬底上的九通道 PbS 量子点/石墨烯传感器阵列上的选定像素在制作后的少数选定次数上的动态光响应。入射光功率为230nW,波长为500nm。整个像素的偏置电压为1.0 V (b)三个光开/关周期,显示重现性以及上升和下降时间定义。(c)相同的九通道 PbS 量子点/石墨烯传感器阵列对400-1000nm 范围内几个选定波长的入射光功率的光响应性。(d)相同的九通道 PbS QD/石墨烯传感器阵列对入射光功率为900pW 和偏置电压为1.0 V 的波长的检测率显示相同的九通道 PbSQD/石墨烯传感器阵列对入射光功率为900pW 和波长为500nm 的偏置电压的归一化响应性。数据在6783A/W 的1V 响应下进行了归一化处理。图4。(a)硅基板上的九通道 PbS QD/石墨烯传感器阵列对2.5 μW 的入射光功率和1V 的偏置电压的波长和通道(像素)的响应度(b)在500nm 的波长下9个像素的归一化响应度。(c)在黑暗中使用带有“ X”的阴影掩模显示五个中心通道和四个角通道的透射成像示意图。(d)使用(b)中的归一化方法对9个像素进行归一化响应,显示“ X”阴影掩模成像的结果。图5。(a)显示阴影掩模位置的图像扫描系统,透过线性致动器水平和垂直扫描,以取得安装在“样本”位置的九通道 PbSQD/石墨烯传感器阵列上的传输图像。(b)透过光束扫描以在阵列上产生传输图像的阴影掩模的光学图像。(c-e)通过在(c)400,(d)500和(e)1000nm 的波长的衬底上的九通道 PbS QD/石墨烯传感器阵列获得的图像。图6。(a)在 PET 基板上安装在弯曲虎钳上的九通道 PbS QD/石墨烯传感器阵列。转动图中所示的螺丝,将虎钳的两边连接在一起产生弯曲。(b) PET 阵列对几个选定波长的入射光功率的归一化响应率和1V 的偏置电压(c)柔性 PET 阵列的响应率作为入射光波长的函数以及刚性 Si 阵列,两者都在400nm 处归一化以进行比较。在这种情况下,入射光功率约为120nW,偏置电压为1 V (d)对于具有500nm 照明的 PET 阵列,响应率与曲率半径之比。这种情况下的光功率为2.5 μW,偏置电压为1 V。插图展示了在弯曲条件下的阵列,并用500nm 光照明。图7.在 PET 上分别以(a)400,(b)500和(c)1000nm 的波长用9通道 PbS QD/石墨烯混合传感器阵列拍摄的图像。图8.在 PET 上用9通道 PbS QD/石墨烯混合传感器阵列拍摄的图像,阵列(a)平坦,(b)弯曲半径为5厘米。相关科研成果由堪萨斯大学Andrew Shultz、Bo Liu和Judy Z. Wu等人于2022年发表在ACS Applied Nano Materials上。
  • Bruel & Kjaer成功举办2015阵列技术研讨会
    世界声学与振动测量专家Bruel & Kjaer于11月2日和4日分别在上海和北京各举办了一场阵列技术研讨会,总共吸引了近200名用户到场。 11月2日Bruel & Kjaer阵列技术研讨会(上海场) 来自Bruel & Kjaer丹麦总部的讲师向与会者介绍了噪声源识别技术概览;平面波束形成、优化波束形成和球面波束形成、移动声源波束形成;声全息,宽带声全息,保形绘图;手持阵列应用等方面的知识。 11月4日Bruel & Kjaer阵列技术研讨会(北京场) 讲师还在会议现场介绍和演示了Bruel & Kjaer近期推出的PULSE Reflex声学照相机的功能与应用,这款功能强大的产品能够在20秒内显示噪声源彩图,使得定位飞机舱、驾驶舱和其他区域的噪声变得前所未有的简单。 根据会后反馈,与会者均表示讲师的讲解非常清晰,对各种阵列技术覆盖全面,内容对实际工作有实用价值。 了解更多关于Bruel & Kjaer阵列产品与技术的信息,请访问如下网页: http://www.bksv.cn/Products/transducers/acoustic/acoustical-arrays 关于Bruel & Kjaer Bruel & Kjaer是先进的声学与振动测量系统制造商和供应商。 我们帮助客户测量和管理其产品与环境中的声音与振动质量。我们关注的领域包括航空航天、太空、国防、汽车、地面交通、机场环境、城市环境、电信和音频。 我们的声学与振动设备系列包括声级计、传声器、加速度计、适调放大器、校准器、噪声与振动分析仪和PULSE软件。 我们还设计和制造LDS系列振动测试系统,以及完整的机场和环境监测系统:WebTrak,ANOMS,NoiseOffice和Noise Sentinel。 全面了解我们的解决方案、系统和产品,请访问我们的网站:www.bksv.cn。 Bruel & Kjaer是总部位于英国的思百吉集团(www.spectris.com)旗下的子公司。思百吉集团2013年销售额达12亿英镑,集团的4个业务板块在全球共有大约7,500名员工。 媒体联系朱立市场传播经理Bruel & Kjaer 中国电话:+86 21 61133678邮箱:julie.zhu@bksv.com.cn网站:www.bksv.cn
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