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质谱技术细菌聚类分析

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质谱技术细菌聚类分析相关的资讯

  • Ebio Reader TM 3700M飞行时间质谱系统鉴别大肠埃希菌和志贺菌应用
    大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)和志贺菌(Shigella Castellani)都是具有高度传染性、危害严重的革兰阴性肠道致病菌, 病人感染后的临床表现相似,如发热、水样腹泻、剧烈腹痛等,严重可致死亡。临床上大肠埃希菌和志贺菌的正确鉴定对临床治疗非常关键,因为不同的菌株间有毒力和耐药性的差异,感染不同的致病菌,需要采用不同的治疗方案。从全基因组角度上,大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)和志贺菌(Shigella Castellani)的平均核苷酸一致率>95% ,保守DNA>69%,符合同一个种的定义,它们在菌落形态及生物学特性方面都非常相似,因此在临床实验室的常规工作中很容易被混淆,影响疾病的准确治疗。即使是通过16S rRNA 测序也只能鉴定到志贺菌-大肠埃希菌,并不能将其准确区分,进一步的鉴定需要依赖生化反应及血清学试验,但是这两种鉴定手段的实验步骤复杂、耗时很长,根本无法满足临床上对时效性的要求。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱( matrixassistedlaser desorption / ionization time of flight massspectrometry,MALDI-TOF MS) 是近年发展起来的一种新型软电离质谱技术,具有快速、准确、操作简便、高通量、低成本等优势,已经被广泛应用于微生物的分型鉴定。由于大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)和志贺菌(Shigella Castellani)基因水平上同属于一个种,特征性质谱图高度相似,如果仅仅使用目前常用的微生物分型算法进行数据库检索,仍然会有错误鉴定的情况存在。我公司基于自主知识产权的Ebio ReaderTM 3700M飞行时间质谱系统平台,开发出了一套功能强大的人工智能算法,准确区分基因型相近的难辨菌的解决方案,如大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)和志贺菌(Shigella Castellani),准确度达到95%以上。我们利用Ebio ReaderTM 3700M 分别对福氏志贺菌(Sh.flexneri)、大肠埃希菌(E.coli)以及两种菌株的混合菌进行质谱鉴定以及蛋白质谱图比较分析。激光频率20 Hz,每个样本进行200次激光采集,采集相对分子质量 2000Da~15000Da的蛋白质图谱,通过数据分析软件对采集到的3个样品图谱进行比对分析。3种样品均在 2691、3737、4869、5381、6255、7274、9067、9743、10300 m /z 处出现相似的特征峰,其蛋白质谱图极为相似(图1),如果单纯通过数据库检索的话,极大可能会造成错误鉴定。 图1:大肠埃希菌、福氏志贺菌以及混合菌的质谱图之后,我们分别选取福氏志贺菌51例,大肠埃希菌56例,利用Ebio ReaderTM 3700M飞行时间质谱系统进行质谱分析,通过神经网络软件比对观察两组细菌蛋白峰的差异,并运用强大的人工智能算法将采集到的谱图数据建立分类模型,然后利用此模型进行了盲样鉴定。结果可以将大肠埃希菌和福氏志贺菌完美地区分开,分离度分别达到99.5%和95.4%,混合菌的分类结果显示大肠埃希菌和福氏志贺菌分别为76.2%和23.8%,也说明了此样品为混合样本,且有一定的定量效果(如下表)。 通过软件的聚类分析功能,更加直观地显示我们建立的这套方案可以将大肠埃希菌和福氏志贺菌以及二者的混合菌有效的分离(图2)。 图2:大肠埃希菌、福氏志贺菌以及混合菌的聚类分析在此MALDI-TOF微生物自动鉴定检测系统中,公司使用了自主研发、具有深度学习分析功能的神经网络人工智能软件。通过上述案例证明此套人工智能算法可实现对大肠埃希菌和志贺菌的准确区分鉴定,弥补了质谱技术在鉴定亲缘关系相近菌种能力的不足,达到了精准医疗的目的,对临床诊断及治疗方面具有重要意义。
  • 质谱追“凶” | 夏日清凉,谨防细菌感染!
    炎炎夏日,舒适又健康的运动莫过于游泳,然而游泳之后有人会出现眼部、耳朵或者皮肤的一些不适症状,这些有可能是泳池水中的微生物所导致的感染。目前,国内对外开放的正规游泳池池水都会用氯进行消毒处理,因为氯溶于水中时能分解成次氯酸和次氯酸盐这两种化学成分,这些化学成分会破解微生物的保护层。有些微生物是能够在氯的威力下被杀灭的,如容易引发淋病的淋病奈瑟菌、容易引发梅毒的梅毒螺旋体、容易引发腹泻的志贺氏杆菌、容易引发肺炎的军团杆菌,以及大肠杆菌、艾滋病毒,都是不能在消毒环境中存活的。但是,有些微生物是不能被消毒剂杀灭的,例如绿脓杆菌,又称铜绿假单胞菌(学名:Pseudomonas aeruginosa),它会引发炎症和脓肿。绿脓杆菌,1882年首先由Gersard从伤口脓液中分离到,是一种革兰氏阴性菌、好氧、呈长棒形的细菌,只有单向的运动性。它是一种机会性感染细菌,且对植物亦是机会性感染的,感染后因脓汁和渗出液等病料呈绿色,故得名。绿脓杆菌的分离培养及电镜照片(图片来源:中国科学院微生物研究所)绿脓杆菌感染可发生在人体任何部位和组织,严重时会引起心内膜炎、胃肠炎、脓胸甚至败血症。所以,当游泳后出现炎症和脓肿就医时,临床能否更快、更准确地鉴定是否为绿脓杆菌感染、或是其它微生物感染,就变得更加的重要了。精准医疗源于精准诊断全自动微生物质谱检测系统,是广州禾信康源医疗科技有限公司(以下简称“禾信康源”)在全面掌握核心技术和先进制造工艺下,历时5年,完全自主、正向开发的一款基于基质辅助激光解吸电离法(MALDI)的质谱检测系统,主要应用于微生物菌株鉴定、病毒核酸检测、蛋白多肽分析等方面,具有检测通量大、准确可靠、经济快速、样品耗费量少与操作简单等优势。质谱技术应用于细菌等微生物的快速鉴定分析,是利用标准菌株绘制微生物的蛋白质指纹图谱存储形成数据库。再将待检微生物的质谱数据图与数据库中的标准蛋白指纹图谱数据进行比对,从而实现细菌、真菌、分枝杆菌、厌氧菌等微生物的快速鉴定和分型,相比于表型鉴定、生理生化法、化学发光法等传统的微生物鉴定技术,质谱技术在鉴定速度、结果准确率、技术成本、质量控制、操作便捷等各方面都具有明显优势,是微生物检验技术史上一次里程碑式的革新。Figure 1禾信全自动微生物质谱检测系统实测铜绿假单胞菌硬件系统一体化免清洗离子源,集成独创的微小角度激光入射,有效提高灵敏度;智能化、高抽速真空泵系统,进靶即可采样,无需等待;超高频、长寿命固体激光器,信号采集及寿命均优于传统氮气激光器,使得样品分析速度更快,终身免维护;高稳定性信号采集系统,极大提升了仪器的重复性;模块化设计,内置前级泵,整机结构更加紧凑,维护简单。软件系统拥有自主知识产权的自动化控制采集软件,全过程智能化监控仪器状态,可自由切换多个数据库;提供专业的菌种中文名称,无需另外翻译,国内客户使用更便捷;多台云服务器同时执行鉴定,全面提升鉴定效率,可及时完成软件升级与数据库更新。数据库源于中国疾控中心(CDC)多年研究积累,品质保证,包含3500余种、60000余株菌种谱图,满足多应用领域的检测需求;数据库存于云服务器,可随时更新,客户也可根据自身需求建立自己的专属数据库。小贴士:如何找干净的泳池呢?1、看池水;要看水面有无颗粒漂浮,池底有无沉淀,池水的泡沫能否在15秒内消散。以8道泳池为例,站到泳池侧面穿过水面看第四、五泳道线,如果看不到说明水质不好。2、看证件;看看卫生许可证,员工健康证、卫生知识培训合格证等信息是否公示在游泳池旁,是否公示了当日水质情况,包括水温、PH值、余氯浓度、投放消毒药情况、循环水次数或新注入水量等。3、看池底;看看泳池底部,或泳池旁边的出水口,看是否有水源源不断进出的现象。如果有,则说明其水循环消毒装置在正常运作,可放心戏水游泳。4、看设施;正规的游泳池更衣后必须通过强制性淋浴和含有较高余氯的浸脚消毒池可以进入游泳池。
  • FDA批准质谱仪系统VITEK MS用于鉴定193种不同致病细菌和真菌
    2013.8.21,FDA批准美国第一个质谱仪检测系统用于自动识别已知能导致人体严重疾病的细菌和酵母的上市。该质谱仪系统VITEK MS能鉴定出193不同微生物,可在一系列自动化测试过程中进行192种不同的测试,而且每个测试只需要大约一分钟。   谱仪系统VITEK MS可以鉴别诸如念珠菌、隐球菌和马拉色氏霉菌属组的酵母茵和葡萄球菌科、链球菌科、肠杆菌科、假单胞菌科和类杆属组的细菌,这些酵母茵和细菌跟皮肤感染、肺炎、脑膜炎和血液感染有关。HIV或AIDS、癌症治疗或器官移植后的抗排斥治疗损害或削弱免疫系统的患者特别容易受到这些细菌感染。   VITEK MS采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术,该技术利用激光打破酵母和细菌标本成小颗粒,形成一个独特的微生物模型。VITEK MS在检测系统数据库自动将这些微生物模型与193种已知的酵母和细菌进行比对,从而鉴别微生物。   此与其他要求大量微生物繁殖来检测的鉴别方法相比,质谱分析方法只需要少量的酵母或细菌繁殖,所以只要微生物生长到可视程度后就可以马上开始检测,通常在在18到24小时内。传统的方法需要五天才能得出相同的鉴别结果。   FDA通过新型分类程序审查了VITEK MS,这是对一些新型低中度风险且不完全等同于已知合法市售的医疗设备的调控途径。   VITEK MS再临床上用于鉴别由人体标本培养得到的微生物,它与联合其它临床和实验室发现相互结合,从而辅助诊断细菌和真菌感染。   VITEK MS的制造商为北卡罗来纳州达勒姆的生物梅里埃公司。
  • 国产首个细菌检验质谱仪进入临床应用
    中国科技网讯(记者 张克 通讯员 陈捷)近日,我国自主研发的首款飞行时间质谱仪(Clin-ToF)通过北京协和医院的论证,已正式进入该医院检验科开始临床使用。根据北京协和医院检验科的实验对比,这款国产质谱仪在革兰阴性菌方面的检测与国际领先的布鲁克质谱系统鉴定效能相当。对此,北京协和医院检验科主任徐英春表示,这说明在一些特定的细菌检测领域,拥有自主知识产权的国产质谱仪已达到国际领先水平。据了解,这款可对细菌蛋白质组、基因组进行全方位研究的先进质谱仪由毅新博创公司研发,于2012年通过了欧盟CEIVD认证,2014年通过中国食品药品监督管理总局认证。它能够快速检测识别革兰氏阴性菌,而这类细菌是常见的引发人体腹泻、肺炎、伤口感染等病症的病原微生物。北京协和医院检验科大夫表示,呼吸科、皮肤科、消化科、骨科、妇科等诸多科室有超过40%的疾病与细菌有关,而医院的重症监护病房(ICU)由于其接收病人的特殊性,也成为医院感染的高危科室之一,而快速准确检测细菌可以正确指导医生用药,避免使用无效抗生素引发的药物滥用问题,同时也能提高救治因细菌感染导致病情加重的患者的效率。据协和医院检验科专家介绍说,北京协和医院本次使用这款国产质谱仪评估了该院1999年—2000年、2014年—2016年间所保存的1025株革兰氏阴性菌,包括大肠埃希菌、流感嗜血杆菌及铜绿假单胞菌等,同时利用国外先进的布鲁克质谱系统进行对比。检测结果显示,这款国产质谱仪(Clin-ToF)鉴定的准确率达98.05%,在革兰氏阴性菌方面的鉴定能力和效率方面,与国际领先技术相当。根据该评估实验所撰写的论文已于近日发表在《中华检验医学杂志》上。据介绍,革兰氏阴性菌是多种细菌的统称,包括痢疾杆菌、肺炎杆菌、流感(嗜血)杆菌、百日咳杆菌等致病细菌,而运用质谱仪来检验细菌是检验医学领域的新技术。这种检测设备能够准确、快速地鉴定患者体内致病细菌的耐药性。通过对质谱分析,可以判断对细菌的蛋白质进行鉴定,准确判断出其对哪一种抗生素具有耐药性,从而帮助医生拟定更精确的治疗方案,避免不能准确判断时,可能要尝试多种抗生素才能找到有效药物的情况出现,从而实现个体化精准治疗,并遏制治疗过程中的抗生素滥用。然而,此前很多临床微生物实验室都面临着标本检测周期过长的问题,运用质谱检测技术则可缩短至少1天的鉴定时间,而有研究证实,在重症监护室(ICU)临床治疗中,抗生素如果晚一小时准确治疗,病人存活率下降8%。因此,这种技术也被认为是临床微生物实验室的革命,而我国此前在该领域尚无自主产品。此次检测可以说是国产医学检验质谱仪的一大突破,北京协和医院已将该仪器应用于临床检测。实际上, 除了在医疗领域之外,微生物检测在食品安全、生物安全等领域都有着极为重要的意义。而毅新博创公司在国家重大科学仪器设备开发专项项目的支持下,与军事医学科学院等机构合作,已经建立了包含2200种微生物蛋白指纹图谱的数据库,可以实现以蛋白指纹图谱对微生物进行管理。据介绍,蛋白指纹图谱是每种微生物的标志物,类似于人类的指纹一样,建立这个数据库就如同给细菌一个身份证,据此可以准确辨别它们,从而为防止微生物危害人体健康筑好屏障。
  • 首台国产细菌检验质谱仪进入临床应用
    近日,我国自主研发的首款飞行时间质谱仪(Clin-ToF)通过北京协和医院的论证,已正式进入该医院检验科开始临床使用。根据北京协和医院检验科的实验对比,这款国产质谱仪在革兰阴性菌方面的检测与国际领先的布鲁克质谱系统鉴定效能相当。对此,北京协和医院检验科主任徐英春表示,这说明在一些特定的细菌检测领域,拥有自主知识产权的国产质谱仪已达到国际领先水平。  据了解,这款可对细菌蛋白质组、基因组进行全方位研究的先进质谱仪由毅新博创公司研发,于2012年通过了欧盟CEIVD认证,2014年通过中国食品药品监督管理总局认证。它能够快速检测识别革兰氏阴性菌,而这类细菌是常见的引发人体腹泻、肺炎、伤口感染等病症的病原微生物。  北京协和医院检验科大夫表示,呼吸科、皮肤科、消化科、骨科、妇科等诸多科室有超过40%的疾病与细菌有关,而医院的重症监护病房(ICU)由于其接收病人的特殊性,也成为医院感染的高危科室之一,而快速准确检测细菌可以正确指导医生用药,避免使用无效抗生素引发的药物滥用问题,同时也能提高救治因细菌感染导致病情加重的患者的效率。据协和医院检验科专家介绍说,北京协和医院本次使用这款国产质谱仪评估了该院1999年—2000年、2014年—2016年间所保存的1025株革兰氏阴性菌,包括大肠埃希菌、流感嗜血杆菌及铜绿假单胞菌等,同时利用国外先进的布鲁克质谱系统进行对比。检测结果显示,这款国产质谱仪(Clin-ToF)鉴定的准确率达98.05%,在革兰氏阴性菌方面的鉴定能力和效率方面,与国际领先技术相当。  根据该评估实验所撰写的论文已于近日发表在《中华检验医学杂志》上。  据介绍,革兰氏阴性菌是多种细菌的统称,包括痢疾杆菌、肺炎杆菌、流感(嗜血)杆菌、百日咳杆菌等致病细菌,而运用质谱仪来检验细菌是检验医学领域的新技术。这种检测设备能够准确、快速地鉴定患者体内致病细菌的耐药性。通过对质谱分析,可以判断对细菌的蛋白质进行鉴定,准确判断出其对哪一种抗生素具有耐药性,从而帮助医生拟定更精确的治疗方案,避免不能准确判断时,可能要尝试多种抗生素才能找到有效药物的情况出现,从而实现个体化精准治疗,并遏制治疗过程中的抗生素滥用。  然而,此前很多临床微生物实验室都面临着标本检测周期过长的问题,运用质谱检测技术则可缩短至少1天的鉴定时间,而有研究证实,在重症监护室(ICU)临床治疗中,抗生素如果晚一小时准确治疗,病人存活率下降8%。因此,这种技术也被认为是临床微生物实验室的革命,而我国此前在该领域尚无自主产品。此次检测可以说是国产医学检验质谱仪的一大突破,北京协和医院已将该仪器应用于临床检测。  实际上, 除了在医疗领域之外,微生物检测在食品安全、生物安全等领域都有着极为重要的意义。而毅新博创公司在国家重大科学仪器设备开发专项项目的支持下,与军事医学科学院等机构合作,已经建立了包含2200种微生物蛋白指纹图谱的数据库,可以实现以蛋白指纹图谱对微生物进行管理。据介绍,蛋白指纹图谱是每种微生物的标志物,类似于人类的指纹一样,建立这个数据库就如同给细菌一个身份证,据此可以准确辨别它们,从而为防止微生物危害人体健康筑好屏障。
  • 华山医院与SCIEX中国共建“细菌感染诊疗质谱合作实验室”
    2月1日上午,复旦大学附属华山医院与SCIEX中国共建“细菌感染诊疗质谱合作实验室”揭牌仪式暨学术研讨会在花园大厅举办。“细菌感染诊疗质谱合作实验室”的建立本着“优势互补、资源共享、平等互利”原则,旨在共同推动临床质谱在细菌感染诊治、抗菌药物临床合理应用领域的发展,重点在临床质谱的前沿项目开发、技术交流与行业推广、新技术评估与合作等领域开展合作。华山医院副院长伍蓉,科研处处长陈澍,抗生素研究所副所长胡付品教授、张菁教授,郭蓓宁教授、刘笑芬副教授等,SCIEX公司副总裁、中国区总经理蔡俊松,SCIEX中国战略市场总监江峥等共同见证了实验室揭牌。仪式由陈澍主持。张菁和蔡俊松共同签署合作协议,伍蓉和蔡俊松共同为实验室揭牌。“细菌感染诊疗质谱合作实验室”签约揭牌华山医院抗生素研究所是教育部首批传染病学科博士点、重点学科,长期致力于感染性疾病诊治、抗感染药物临床药理学研究和细菌耐药性防治,临床实践与科学研究密切结合,对提高我国的细菌、真菌感染诊疗及抗菌药物临床应用水平作出了重要贡献。SCIEX中国是临床质谱应用领域的先行者之一,拥有前沿及合规的硬件系统及一系列成熟的经过临床验证的完善的检测流程和方法,通过提供完整的、可靠的分析工具来促进科学的发展,保护生命的健康。张菁回顾了抗生素研究所与SCIEX中国长期以来的密切联系与合作,以及新冠疫情期间华山医院宝山院区建立生物安全二级治疗药物监测(TDM)实验室期间SCIEX提供的帮助,为新冠感染患者提供抗感染药物的个体化精准治疗。张菁介绍了建立细菌感染诊疗质谱合作实验室的初衷、合作模式、发展方向及考核指标等,双方共建的“细菌感染诊疗质谱合作实验室”以抗感染药物合理用药、遏制耐药发展为宗旨,围绕细菌耐药机制、治疗药物监测、感染诊断展开深入研究,推进质谱相关技术临床应用转化,共同进行新技术、新课题、新应用研究与开发。伍蓉表示,华山医院一直鼓励和支持院企合作,希望通过共建实现强强联合,造福患者,提高医院诊疗水平的同时,推动医学研究创新发展。蔡俊松表示,通过合作实验室的建设,不仅希望帮助华山医院的病患,也希望利用华山医院专家的影响力共同建立全国性临床质谱相关的共识指南或标准,造福更多病患。签约揭牌仪式后,郭蓓宁主持学术活动。SCIEX售前应用经理方晶晶博士、刘笑芬副教授作学术报告,分别从疾病和细菌的角度分享了代谢组学在临床诊疗中的前沿进展。方晶晶介绍了经典临床代谢组学工作流程、拟靶向代谢组学工作流程和临床应用、高覆盖靶向代谢组学工作流程和临床应用。刘笑芬分享了基于微生物代谢组学进行抗生素的作用及耐药新机制研究和感染疾病诊断等的相关研究进展,并提出拟通过微生物代谢组学聚焦研究新型抗菌药物的作用机制,对已上市抗菌药物联合用药的协同机制研究以及感染疾病的诊断标志物发现,为抗菌药物的合理应用提供依据。与会双方共同讨论了“细菌感染诊疗质谱合作实验室”的未来建设发展和工作方向,标志着两方合作的正式启动。在院企合作的框架下,双方将有望开发出新的诊断工具和治疗方法,为临床医生提供更准确、快速和个体化的治疗方案。合作实验室的成立还将推动临床质谱技术的发展和应用,通过开展前瞻性研究项目,推动质谱技术在临床诊断和治疗中的应用,为患者提供更好的医疗服务。
  • 质谱仪“电子鼻”可快速嗅出超级细菌
    科技日报讯 抗生素的广泛应用,是现代医学进步的重要标志之一。但抗生素的滥用也催生了一系列&ldquo 超级细菌&rdquo ,它们因异常强大的耐药性而著称,常常令医务工作者们束手无策。然而最近传来了好消息,一种通过电子鼻嗅辨难于检测的超级细菌&mdash &mdash 艰难梭菌的技术已经出现。   据物理学家组织网近日报道,英国莱斯特大学的研究小组研制出一款能够通过嗅探方式快速检测艰难梭菌的&ldquo 电子鼻&rdquo :通过质谱仪来识别艰难梭菌独特的&ldquo 气味&rdquo ,从而快速诊断出患者是否感染艰难梭菌。更重要的是,该团队声称,未来医务工作者们可以通过气味轻易地辨别不同种类的菌株。该项研究成果发表在《代谢组学》杂志网站上。   艰难梭菌又称难辨棱状芽孢杆菌,因难于分离观测而得名,通常寄生在人的肠道内,具有强传染性和抗药性,发病后通常会导致腹泻、发热以及胃痉挛。在不当服用某些抗生素后容易大量繁殖,难以治疗,因此也有超级细菌之称。   莱斯特大学化学部的保尔· 芒克斯教授表示,快速检测并鉴别艰难梭菌是医疗工作者们最迫切需要的技术之一,这项技术将有助于尽快发现感染者,使医护者们能够尽快采取针对性措施,抑制病情的进一步发展。   鉴于艰难梭菌的特殊性,错过最佳治疗时机后,不当治疗和盲目使用抗生素,将会导致患者的高病发率和死亡率,同时造成医疗资源的大量浪费。   麻烦的是,不同菌株的艰难梭菌会在感染者身上产生不同的症状,并且可能需要针对性的不同疗法。而这项鉴别方法不仅能够检测出艰难梭菌的感染者,还能协助医务工作者采取针对性的有效治疗。   不同菌株的艰难梭菌都有着独一无二的&ldquo 气味&rdquo 。研究者称,基于大量的细菌样本的研究发现,不同品系的细菌在质谱仪下会显现出各不相同的&ldquo 化学指纹&rdquo 。现在,他们已经能够通过&ldquo 电子鼻&rdquo 鉴别挥发性有机物(VOCs),从而快速&ldquo 闻&rdquo 出艰难梭菌,这项成果将会大大增强检测的速度和精确度,并可以协助进行不同菌株生长过程的研究。   芒克斯教授说,粪便样本检测是识别该类感染者的重要途径,在临床诊断中借助这项技术,可以利用粪便样本快速筛选出艰难梭菌的感染者。   来自莱斯特大学化学部的安迪· 艾利斯教授说:&ldquo 这项成果为我们带来了新希望。在掌握鉴别不同菌株艰难梭菌鉴别方法的基础上,未来可能会发展出基于少量样本进行快速甚至是瞬间检测的方法,从而推动艰难梭菌感染治疗技术的发展。&rdquo
  • AI辅助拉曼光谱+生物打印技术,用于血液中细菌的高通量检测
    美国斯坦福大学(Stanford University)开发了用于分析血液和废水的人工智能(AI)辅助方法。微生物的可靠检测和鉴别对于医学诊断、环境监测、食品生产、生物防御、生物制造和药物开发至关重要。虽然病原体检测通常使用体外液体培养方法,但据估计,使用目前的实验室方法,可以轻松培养的细菌种类不到所有细菌种类的2%。此外,在这2%中,根据细菌种类的不同,培养过程可能需要数小时到数天不等。因而由于诊断进程缓慢,在等待细菌培养结果时通常使用广谱抗生素,导致抗生素耐药细菌数量惊人地增加。拉曼光谱是一种无标记振动光谱技术,最近已成为一种有前途的细菌种类鉴别平台。由于每个细胞种类和菌株都有独特的分子结构,因而它们具有可用于鉴别的独特的光谱指纹。与基于核酸的检测方法(如聚合酶链式反应(PCR))和基于蛋白质的检测方法(如基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)和酶联免疫分析(ELISA))相比,拉曼光谱检测技术只需很少或不需要使用试剂或标记,设备成本相对较低,并具有无扩增检测的潜力。此外,拉曼光谱检测技术是一种无损技术,首先,其激发激光功率很低,使细胞可以保持活性;其次,测量结果基本不受细胞中水分的干扰;最后,检测只需非常小的样本量。与等离子体或米式共振纳米颗粒结合,拉曼光谱信号平均可以增强10⁵-10⁶倍,最高可增强10¹⁰倍,从而实现对细胞的快速检测。由于这些优势,拉曼光谱检测技术已经成功地应用于基因分析、蛋白质检测,甚至单分子检测。最近的工作也显示了拉曼光谱检测技术在细胞鉴别方面的令人兴奋的进展,包括细菌鉴别、免疫分析和活体活检。然而,为了提高拉曼光谱检测技术的临床和工业实用性,它必须与简便的样本制备方法相结合。据悉,近期,美国斯坦福大学的一个研究项目开发了一种细菌鉴别技术,该技术结合了表面增强拉曼光谱(SERS)、机器学习和用于样本制备的生物打印方法。这项研究近期以“Combining Acoustic Bioprinting with AI-Assisted Raman Spectroscopy for High-Throughput Identification of Bacteria in Blood”为题发表在Nano Letters期刊上。拉曼光谱技术用于细菌鉴别原理示意图据参与该项目的研究人员称,传统培养方法可能需要数小时或数天,作为传统培养方法的替代方法,这种新方法可以快速、廉价、更准确地对许多不同液体进行微生物分析。斯坦福大学Fareeha Safir说:“不仅每种细菌都表现出独特的光谱特征,而且给定样本中几乎所有其他分子或细胞都是如此。样本中的红细胞、白细胞和其他成分都在发送自己的信号,因此很难从其他细胞的噪音中区分微生物的光谱信号。”要解决这个问题,研究小组需要考虑的是如何利用极少量的样本达到最好的细胞分离效果,尽可能多地去除不必要的光谱信号。为了解决这一挑战,该研究借鉴了喷墨打印技术的原理,使用了一种被称为声学微滴喷射(ADE)的技术。在使用声学微滴喷射技术时,超声波将聚焦在流体-空气界面,产生辐射压力,从而使液体表面喷射出液滴,其液滴大小与换能器的频率成反比。从细胞原液中喷射出的图案化液滴未来的即时检测技术该平台的拉曼面利用金纳米棒(GNRs)进行表面增强,将金纳米棒引入样本液体中,通过声学打印操作将细菌和金纳米棒都沉积到镀金载玻片上。声学打印平台和共聚焦拉曼装置示意图该研究团队在其发表的论文中评论道:“这项试验首次展示了利用微观生物实体和纳米颗粒进行的多组分样本的稳定而精确的高频声波打印。”此外,在该项试验中,基于拉曼光谱的分析被应用于大肠杆菌、葡萄球菌,以及小鼠红细胞样本,并使用之前从均匀细胞样本中训练的机器学习算法来鉴别不同类别样本的拉曼光谱特征。利用拉曼光谱信号鉴别用金纳米棒(GNRs)打印的细胞样本基于机器学习算法和拉曼光谱技术鉴别大肠杆菌、葡萄球菌,以及小鼠红细胞样本结果显示,该系统对细胞纯样本的分类准确率超过99%,对细胞混合样本的分类准确率为87%。此外,使用金纳米棒和不使用金纳米棒的检测结果证实,拉曼光谱信号在生物打印样本中会发生表面增强,其放大倍数高达1500倍。根据该研究团队的说法,该方法可以帮助推进基于拉曼光谱的研究、临床诊断和疾病管理,为未来的即时检测系统提供基于流体的生物标志物微创检测。该平台也可以应用于其他液体的检测,比如公共卫生监测领域的饮用水检测。研究团队成员Amr Saleh说:“这是一种创新的解决方案,有可能挽救生命。我们对该方法潜在的商业化机会感到兴奋,这可以帮助重新定义细菌检测和单细胞表征的标准。”
  • 卫生部提名6类药物治疗“抗击”超级细菌
    国际上“叫嚣”了3个月的“超级细菌”终于在中国内地现身。   10月26日,中国疾病预防控制中心称,目前该中心已检出三株DNM-1基因阳性细菌。这也是中国内地首次公布发现了“超级细菌”的感染病例。此前,我国香港地区曾公布发现相关感染病例。据了解,2010年,我国“细菌耐药监测网”已覆盖170余家三级甲等医院。   而据记者获悉,卫生部最近下发了《产NDM-1泛耐药肠杆菌科细菌感染诊疗指南(试行版)》,推荐了替加环素、多粘菌素、碳青霉烯类、氨基糖苷类和氟喹诺酮类、磷霉素等6类药物。相关行业研究员分析,这将利好于一些和抗生素相关的药企,如安科生物、海王生物、莱美药业等。   两名患儿没出国记录   自今年8月起,带有NDM-1耐药基因的“超级细菌”在英、美、加等近20个国家和地区传播,造成数百人感染。   10月27日,中国疾病预防控制中心首次发布消息称,近期该中心和中国军事医学科学院的实验室,在对既往收集保存的菌株进行DNM-1耐药基因检测中,共检出三株DNM-1基因阳性细菌。其中,2株细菌为屎肠球菌由宁夏自治区疾病预防控制中心送检,菌株分离自该区某医院的两名新生儿粪便标本。   这两个病例分别为3月8日与3月11日于宁夏回族自治区某县级医院出生的婴儿,均为低体重儿。两名患儿均于出生后2~3日出现腹泻和呼吸道感染症状,其中一名患儿还伴有缺氧表现,分别在住院治疗9天和14天后痊愈出院,目前两患儿健康状况良好。中国疾控中心指出,这两名患者并没有出国记录。   此外,中国军事医学科学院实验室还检出了一例鲍曼不动杆菌,由福建省某医院送检,菌株分离自该医院的一名83岁的住院老年患者标本。该患者已经于6月11日死于肺癌晚期,而鲍曼不动杆菌感染在该患者病程发展中的作用尚不明确。   不会在普通人群中传播   中国药理学会化疗药理专业委员会秘书长周黎明告诉 《每日经济新闻》,“超级细菌”主要在住院病人中引起感染,不会在社区的普通人群中广泛传播,无需恐慌。她同时表示,“细菌耐药性并不是新问题,在我国医院中,以往也曾发生过类似的现象,相关的防控工作,其实医院的传染科一直在做。”   据新华社的报道,卫生部全国细菌耐药监测网负责人肖永红介绍,国外相关研究资料显示,某些临床疾病已经治愈的出院患者仍可携带DNM-1耐药基因细菌,但由于这类耐药菌多为条件致病菌或人体正常菌群细菌,它们通常不会在社区环境内普通人群中传播。   目前,各国通常不建议对这类已出院的“健康”带菌者进行“积极的”抗菌治疗,防止应用高级别抗生素引起病例体内菌群失调,甚至由于高级别抗生素的选择性压力,演变出耐药性更强的菌株。   专家表示,对这类带菌者,主要是在治愈原有疾病基础上,提高机体抵抗力。   官方推荐6类药物   为了防控耐药细菌,卫生部在全国建立耐药细菌监控网络,要求各地发现“超级细菌”要在12小时内报告。   此外,在近日下发的《产NDM-1泛耐药肠杆菌科细菌感染诊疗指南(试行版)》中,卫生部还推荐了替加环素、多粘菌素、碳青霉烯类、氨基糖苷类和氟喹诺酮类、磷霉素这6类药物。   具体推荐的治疗方案包括:对于轻、中度感染,敏感药物单用即可,如氨基糖苷类、氟喹诺酮类、磷霉素等,也可以联合用药,无效患者可以选用替加环素、多粘菌素 对于重度感染,根据药物敏感性测定结果,选择敏感或相对敏感抗菌药物联合用药。   周黎明表示,卫生部推荐的药,是对细菌耐药性相对较低的药物,但对每一个病例来说,还需要医院根据个体差异来决定用药。   在分析“超级细菌”现身国内这一事件对国内企业的影响时,中投顾问医药行业研究员郭凡礼表示,将利好于一些和抗生素相关的药企,如安科生物、海王生物、莱美药业等。   “另外,受到利好影响的公司还包括双鹭药业及华神集团等基因抗体药物公司,科华生物、达安基因等基因检测服务公司,新华医疗等消毒医疗器械公司,以及海正药业及华海药业等原料药公司。”郭凡礼指出。   中国攻关“超级细菌”   国家卫生部在近日发布的 “专家解读耐药细菌知识”中称,抗菌药物替代产品,如抗菌多肽、噬菌体等,大多仍停留在实验研究阶段,离临床应用还很遥远。   “之所以称其‘超级’,正是因为在临床应用上暂时还没有特效药。”周黎明说。   中国科学院上海药物研究所办公室徐小姐指出,上海药物研究所已经成立了“抗NDM-1药物研究联合攻关小组”,重点开展“超级细菌靶标确证及感染机制研究”、“抗超级细菌药物筛选模型的建立”、“抗超级细菌化合物的设计与筛选”和“大规模化合物样品的合成”的研究。   徐小姐告诉记者“但是这个研究也刚刚启动不久,具体什么时候会有成果尚不清楚。”
  • 质谱应用“金字塔”如何破局?|第八届质谱产业化发展论坛纪实
    仪器信息网讯2024年4月17日-19日,由仪器信息网主办,中国仪器仪表学会分析仪器分会、南京市产品质量监督检验院、我要测网、中国科学院高端光学显微成像技术联盟、江苏省分析测试协会协办的2024第十七届中国科学仪器发展年会(ACCSI 2024)在江苏苏州狮山会议中心隆重召开。为促进中国质谱事业的发展,4月19日,本届年会专程召开了第八届质谱产业化发展论坛。本次论坛由仪器信息网、宁波大学材料科学与化学工程学院共同主办。质谱产业化发展论坛聚焦质谱技术在制药、食品、环境、医疗、生命科学等五大不同领域的应用现状、需求及发展趋势。通过探讨质谱应用的发展趋势,来帮助行业各方更好地把握市场机遇,推动质谱仪器市场朝着更加健康、可持续的方向发展。特邀宁波大学材料科学与化学工程学院院长丁传凡教授、北京大学刘虎威教授、苏州大学李晓旭教授主持会议,吸引了质谱产业各方专家学者、质谱厂商以及零部件供应商等200多位代表共同参与。大会现场宁波大学材料科学与化学工程学院院长丁传凡教授(左)、北京大学刘虎威教授(中)、苏州大学李晓旭教授(右)主持会议报告题目:MEMS质谱与深海质谱报告人:中国科学院合肥智能机械研究所 陈池来研究员陈池来表示,受限于传统机加工在加工和装配精度上的限制,常规小型质谱难以进一步小型化,但凭借高集成、平行制造和微加工等方面的优势,MEMS质谱有望成为下一代小型质谱技术。陈池来从质量分析器、微型真空进样接口、微型真空泵、质谱整机等方面详细的介绍了MEMS质谱研究现状。他表示,各关键技术已日渐成熟,但MEMS质谱整机尚未完全突破。陈池来团队长期致力于新型MEMS质谱关键技术及应用研究,先后突破质谱小型化设计集成、质谱关键器件MEMS制造、水下膜进样快速定量标定等关键技术,经过多年攻关,成功研制出深海质谱仪。该仪器可在原位实现深海中氮气、氧气、氩、二氧化碳、甲烷等小分子溶解气以及烷烃、芳香烃等挥发性有机物溶解气的定性及定量检测。报告题目:基质辅助激光解吸离子化质谱的潜力和应用报告人:吉林大学化学学院 国新华教授MALDI质谱技术因其操作简便、样品需求量少、灵敏度高、耐盐性强,尤其适用于复杂体系中多组分的高通量分析,而展现出巨大的应用前景。国新华提到,随着基质、反应性基质、探针以及MALDI表面材料的不断发展,MALDI质谱的定性和定量分析能力得到了进一步的提升。她进一步指出,在临床、环境和食品等领域,MALDI质谱的精准分析和拓展应用对试剂和材料的发展提出了更高的需求,并期待着MALDI质谱能在更多领域得到广泛的应用。报告题目:药品质量研究对质谱技术的需求及未来热点展望报告人:江苏艾苏莱生物科技有限公司 首席科学家张益质谱技术主要用于小分子定量、大分子药物结构表征、化学成分鉴定、重金属元素分析等,在化工、医药、生命科学、材料等方面都有非常广泛的应用。张益介绍了药物质量研究对质谱要求:①符合法规要求,软件具有审计追踪功能;②耐用性和稳定性,能够长期不停地使用;③对于有关物质定量,灵敏度更高;④对于有关物质定性,分辨率和准确度更高;⑤对于大分子药物,离子源和碎裂模式多样化。张益表示,中国医药研发投入不断增加,质谱在该领域将会有更大的发展,尤其是高分辨质谱在生物药大分子领域将会有更大的发展。报告题目:检测技术在国家食品安全检验方法标准中的应用报告人:国家食品安全风险评估中心研究员 肖晶肖晶介绍到,近年来,按照“最严谨的标准”要求,国家卫生健康委员会完善了以风险监测评估为基础的标准研制制度。目前我国的食品安全标准体系分为通用标准、产品标准、生产经营规范和检验方法四大类,覆盖从原料到餐桌全过程。四类标准相互衔接,从不同角度管控食品安全风险。现行的食品安全检验方法标准共538项涉及理化、毒理、微生物、寄生虫等多个方面。食品检测技术有很多种,包括质谱、色谱、光谱、生物技术、电化学、免疫学等技术。而质谱分析由于具有灵敏度高、样品用量少、分析速度快、可同时进行分离和鉴定等优点,目前已经应用于食品中农兽药残留、生物毒素、持久性有机污染物、重金属、添加剂及非法添加物质的检测。报告题目:质谱在药物研发中的应用现状及需求报告人:西交利物浦大学 程恳助理教授随着科学技术的不断进步,药学领域也不断涌现出新的技术和方法。其中,质谱技术成为了药学研究中不可或缺的重要手段。质谱技术可以对药物分子的结构、质量以及组成进行分析和检测,可以广泛应用在药物研发、毒理学研究、药物代谢动力学研究等领域。程恳指出,尽管质谱技术在生命科学和药物研发中发挥着重要作用,但仍面临着众多挑战,如探索疾病相关的新型内源性风险因子及其调控机制、分析天然产物的活性成分,以及开发基于质谱的非靶向代谢组学数据处理流程等。报告题目:摩擦起电驱动化学反应的质谱研究报告人:南开大学 化学学院杰出教授 张新星在初中课本里,我们了解到化学反应的本质在于电子的流动,因此摩擦起电现象必然伴随着化学反应的发生。然而,在日常生活中,我们是否留意过撕胶带时摩擦产生的电场呢?张新星从细微之处出发,利用质谱技术对撕胶带过程中伴随的摩擦起电现象进行了深入研究。他发现,撕胶带的瞬间会促进电子的转移和偶极变化,其背后的驱动力是自发产生的极高电场,其强度达到了10的9次方伏每米这一数量级。报告题目:国产质谱软件现状与质谱领域人工智能技术发展趋势展望报告人:科迈恩(北京)科技有限公司 总经理/创始人田润涛近年来,质谱技术取得了显著的进步,包括检测器的性能提升、软件算法的优化以及多级质谱技术的发展等。软件算法的进步使得质谱仪在药物研发、环境监测、食品安全、临床诊断等领域的应用更加广泛。田润涛介绍了质谱数据兼容性、质量轴漂移校正、强度校正、保留时间校正、定性解析、质谱解卷积、含量测定等质谱数据分析关键技术,也分享了10大质谱创新与前沿数据分析场景。报告题目:小仪器,大舞台:如何用质谱实现超高分辨的分子结构分析?报告人:清华大学 周晓煜副教授在生物分子结构解析领域,质谱技术的发展在过去几十年里经历了巨大的进展。其中,离子迁移质谱技术/离子淌度质谱(IM-MS)独特的分辨能力可以区分质谱技术无法区分的异构体或同重素,成为了生物分子结构解析重要的技术工具。周晓煜分享了近期团队在IM-MS领域研究新进展:①分辨率1万的超高场分析新方法,超出现有IM技术接近两个数量级;②定向旋转打破手性对称性,实现手性化合物的超高分辨IM分析;③蛋白聚集于电喷雾液滴中间,解决冷冻制样的蛋白取向和高分辨重构问题。报告题目:国产ICP-Q-TOF研制及其前沿应用进展报告人:杭州谱育科技发展有限公司 质谱分析研究部副经理吴智威吴智威详细阐述了谱育科技ICP-MS的发展历程,自2008年起谱育科技便开始了ICP-MS的研制工作,并在2013年成功推出了第一代产品。经过数年的不断优化和升级,2021年,谱育科技推出了领先的第五代产品——EXPEC 7910型-ICP-Q-TOF-MS。吴智威还分享了一系列ICP-TOF的应用案例,包括微塑料对重金属吸附行为的表征、单颗粒模式下对城市道路表层纳米颗粒的ICP-Q-TOF表征、藻类微生物对重金属吸附行为的表征、地表水中Ce纳米颗粒的表征,以及工程/天然纳米颗粒的TOF指纹图谱鉴别等。他坚信,随着技术的不断进步和应用领域的拓展,ICP-Q-TOF将在临床/IVD、第三方检测以及科研市场等多个行业展现出更多应用潜力。报告题目:革命性创新--从消解到ICPMS全自动元素分析报告人:衡昇质谱(北京)仪器有限公司 市场总监冯旭冯旭介绍到衡昇质谱以“衡昇”命名,是将“张衡”“毕昇”两位我国古代科技创新的杰出代表作为榜样,希望继承先贤之创新精神,立足科学研究,促进创新发明,为我国科学仪器事业做贡献。近年来,衡昇质谱在无机分析仪器领域取得了显著进展,相继推出了iQuad 2300系列电感耦合等离子体质谱和P3智能微波机器人等一系列创新产品。这些产品在安全性、专业性、效率、自动化和可拓展性等多个方面均取得了显著提升。报告题目:串联质谱在临床质谱市场发展趋势与展望报告人:北京华大吉比爱生物技术有限公司 营销中心副总经理崔相华临床质谱检测是指质谱技术在临床检验的应用,质谱技术在临床检验中的应用,主要涉及临床生化检验、临床免疫学检验、临床微生物检验以及临床分子生物诊断等多方面。崔相华为我们详细解析了串联临床质谱上下游的产业链、仪器及试剂厂家的现状,以及国内当前的发展态势。他提到,尽管液相色谱串联质谱技术在临床应用中展现出巨大潜力,但仍面临通量、自动化、收费、标准化、人才培养等挑战。未来的发展方向包括提升质谱技术的效率、自动化水平、小型化以及拓宽可应用场景。报告题目:微生物质谱应用进展及研发探讨报告人:中元汇吉生物技术股份有限公司 仪器研发中心副主任/高级工程师林志敏林志敏首先介绍了MALDI-TOF质谱仪原理和微生物质谱技术特点,之后分享了微生物质谱发现新菌种/自建数据库、聚类分析/菌种溯源/疑难菌鉴定、神经元智能分型/疑难菌及亚种区分、多种技术综合应用/复合菌群、形态学、细菌耐药、代谢区分大肠/志贺、核酸质谱、水中微塑料检测等领域的应用案例。报告题目:临床质谱在蛋白质生物标志物检测中的挑战与应用报告人:上海千麦医疗集团/杭州海基生物技术有限公司 总经理谢永明谢永明介绍到,相比化学发光、免疫、光谱等传统诊断方法,质谱在临床检测中拥有无法取代的优势。临床质谱在微生物诊断、遗传代谢病筛查、药物浓度检测、维生素检测、微量元素检测等领域市场规模已超百亿人民币,潜在空间值得期待。但当前临床质谱技术应用集中于小分子代谢物,相比于小分子代谢物,多肽、蛋白质的质谱定量检测难度成倍增加。谢永明分享了质谱法应用于蛋白质生物标志物(甲状旁腺激素、类胰岛素生长因子1IGF-1、淀粉样蛋白-β、甲状腺球蛋白、单克隆抗体药物)的临床检测,同时他指出,在蛋白质生物标志物检测中,临床质谱面临着方法开发难度大、仪器要求高、成熟项目相对较少以及缺乏参考物质等多重挑战。质谱上下游展区交流现场嘉宾合影  关于ACCSI:  “中国科学仪器发展年会(Annual Conference of China Scientific Instruments,ACCSI)”始于2006年,已成功举办十七届。每年一届的“中国科学仪器发展年会”旨在促进中国科学仪器行业“政、产、学、研、用、资”等各方的有效交流,力求对中国科学仪器的最新进展进行较为全面的总结,力争把最新的有关政策、最前沿的行业市场信息、最新的技术发展趋势在最短的时间内呈现给各位参会代表。  更多第十七届中国科学仪器发展年会精彩内容,请点击链接:ACCSI2024现场直击
  • “嗜血”的质谱——关于流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌的鉴定问题
    p   卫生部临检中心组织的2018年第一次临床微生物室间质评已经结束,但关于流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌的鉴定问题,在微信朋友圈里谈得正热烈 (见文《溶血 or 流感?傻傻分不清?》)[1]。主要是因为在这次质评中,生化鉴定仪和有些品牌的质谱仪的鉴定结果出错了。令小布自豪的是,布鲁克MALDI Biotyper质谱的鉴定结果与标准答案完全相符!所以小布在这里来一段点评。 /p p   流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌虽然同属,但属于两个不同的种,致病性和临床意义也大不相同,前者是上呼吸道感染的常见致病菌,而后者是上呼吸道的正常定植菌。小布认为要认真、仔细地把它们区分开,千万不要混淆! /p p   可是这两种菌的亲缘关系很近,用传统的形态学和生化方法难以区分。虽然产荚膜的流感嗜血杆菌可以通过荚膜肿胀实验区别于溶血嗜血杆菌,但有些流感嗜血杆菌是不产荚膜的,通常被认为是无法分型的。同样,虽然有的溶血嗜血杆菌能够通过卫星试验观察到溶血环,但不是所有的溶血嗜血杆菌都能观察到明显的溶血环。 /p p   难道就没有好办法了吗?当然不是! /p p    span style=" color: rgb(31, 73, 125) " strong 质谱是区分流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌的好方法 /strong /span /p p   早在2013年中国CDC的研究人员就通过质谱图的聚类分析,发现质谱可以把流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌清楚地分成两类,甚至可以把不同地区来源的菌株进一步细分(见图1)[2]。 /p p style=" text-align: center" strong img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201805/insimg/dfbc448c-6829-4363-bbc8-eb80e5161d6e.jpg" title=" 1.jpg" width=" 450" height=" 409" border=" 0" hspace=" 0" vspace=" 0" style=" width: 450px height: 409px " / /strong /p p strong   ▲图1. 流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌的聚类分析树状图(MALDI Biotyper结果) /strong /p p   2014年荷兰公共卫生区域实验室、荷兰医学中心与布鲁克微生物研发中心共同发表了MALDI Biotyper能够正确鉴定流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌的文章 [2],专家们通过分析不同来源的277个菌株,发现质谱法与测序法鉴定流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌的结果几乎完全一致(见表1)。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201805/insimg/5e7cf664-5cee-4464-b1b3-ac63e6d76a51.jpg" title=" 2.jpg" / /p p    strong ▼表1.流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌的MALDI Biotyper质谱法与测序法鉴定结果比较 /strong /p p   另外,布鲁克公司在美国FDA注册进行临床试验的结果显示:通过对74个流感嗜血杆菌和31个溶血嗜血杆菌的检测MALDI Biotyper质谱法鉴定100%正确!(结果摘自布鲁克公司提交美国FDA的报告) /p p   可见,质谱是区分流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌可以信赖的方法!有些老师不免心生疑问:既然布鲁克质谱的鉴定结果都是正确的,那为什么其它品牌的质谱鉴定错了呢? /p p    strong span style=" color: rgb(31, 73, 125) " 质谱法的数据库和鉴定结果的算法非常重要 /span /strong /p p   原来呀,质谱鉴定微生物时,需要通过软件拿采集到的样品“蛋白指纹图”到数据库里进行逐个比对,因此,数据库建立与比对时所采用的理念与算法,以及数据库的容量,是影响鉴定结果非常重要的因素。 /p p   布鲁克MALDI Biotyper的建库理念是以菌株为单位,数据库中每个条目都是一个独立的菌株。它的比对算法是采用指纹识别中的“模式识别”算法,就是把样品的“蛋白指纹图”与数据库中所有菌株的“蛋白指纹图”快速自动地进行逐个图逐个峰的比较,看看每对比对的“蛋白指纹图”之间有哪些峰是匹配的,哪些峰是不匹配的,以及匹配的谱峰之间相对强度的相关性,从而得到一个综合的匹配分数,并根据分数值告诉我们鉴定的可信程度。 /p p   MALDI Biotyper的算法看上去通俗、简单,正可谓“大道至简”吧,不仅非常实用!而且最大程度上避免了误判!就像警察通过指纹比对来识别罪犯一样,只要数据库里有罪犯的指纹,它就能正确地识别出罪犯 即使数据库里没有罪犯的指纹,它也不会找错,只是告诉我们当前数据库里没有匹配的指纹,只要扩大搜索数据库的范围,定会让罪犯无以循形,不会造成冤假错案! /p p   有些老师可能会问:我们是做菌种鉴定,MALDI Biotyper的数据库为什么不以菌种为单位,而是以菌株为单位建立的呢?难道它能鉴定到菌株吗? /p p   大家知道,微生物种类繁多,每种微生物又包含丰富多样的不同菌株,而同一菌种内不同菌株之间的差异是天然存在的,并和微生物的种类有关,有的种内差异大,有的种内差异小。所以,布鲁克决定在菌株水平上建库,并在选择每个菌种的建库菌株时,尽可能包含差异大的菌株,而剔除差异小的菌株。MALDI Biotyper在菌株水平建库,具有以下优势: /p p    span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 给代表性菌株预留了充分的覆盖范围 /span /p p span style=" color: rgb(255, 0, 0) "   避免了数据库不必要的冗余 /span /p p span style=" color: rgb(255, 0, 0) "   容易实现数据库的扩充和更新 /span /p p span style=" color: rgb(255, 0, 0) "   能快速适应分类学的改变 /span /p p   充分发挥了质谱技术分辨能力远远高于传统方法(如生 span style=" color: rgb(255, 0, 0) " /span 化方法)的特点,不丢失种水平之内菌株之间的差异。 /p p   正是由于上述优势,美国CDC、加拿大国家微生物实验室和美国NIH等多家机构也在采用布鲁克的仪器和理念建立数据库并对外开放。 /p p   通过以上对布鲁克MALDI Biotyper质谱的数据库与软件算法的简单介绍,相信各位老师就能理解为什么这次卫生部的质评中,布鲁克质谱的鉴定结果是正确的,也就很好理解为什么美国FDA批准Bruker MALDI Biotyper CA系统作为首个鉴定新型致病菌耳念珠菌(C. auris) 的新方法了[4-6]。 /p p   参考文献 /p p   1. 溶血 or 流感?傻傻分不清? /p p   2. B. Q. Zhu, D Xiao et al. MALDI-TOF MS Distinctly Differentiates Nontypable Haemophilus influenzae from Haemophilus haemolyticus.PLoS One. 2013 8(2): e56139 /p p   3. J. P. Bruin, M. Kostrzewa et al. Identification of Haemophilus influenzae and Haemophilus haemolyticus by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2014, 33:279–284 /p p   4. https://www.fda.gov/NewsEvents/Newsroom/PressAnnouncements/ucm605336.htm /p p   5. FDA首次批准质谱方法鉴定新型致病菌耳念珠菌 (Candida auris) /p p   6. “布”下天罗地网,防止“耳念”侵袭 /p
  • 揭秘公安司法行业毒品分析检测技术!几类质谱关键原理方法及技术要求!
    当下,在毒品问题全球化的大背景下,毒情形势日益严峻,芬太尼类、合成大麻素类、卡西酮类等新型毒品更新换代速度极快,毒品毒物的检测判定作为执法依据变得尤为关键,加之毒品成瘾机理领域还有很多亟待科学解答的内容,也对分析方法提出了更高要求。仅2021-2022年我国发布并实施的毒品检测国家标准、行业标准已超二十项,可见我国毒品检测国家标准、行业标准发布进入快车道,国家对禁毒工作的关注度不断提升。就行业标准而言有分为公安类检测标准和司法类检测标准。司法类检测标准对于毒品类型鉴定有更加清晰的分类,如:苯丙胺类、色胺类、合成大麻素类、芬太尼类等。公安类检测标准更加注重检测样品的类型:毛发中毒品检测、污水中毒品检测、血液、尿液等生物样品中毒品检测以及疑似物中毒品检测等。与发达国家相比,我国毒品检验技术研究起步较晚,但近年来发展迅速。20 世纪 80 年代前,我国毒品检验多采用薄层色谱检验(TCL)结晶法、 红外光谱 法(IR)、 紫外线(UV) 检验及化学显色法;80年代后,气相色谱(GC)法开始应用,90年代开始普及;1990-2009年气相色谱串联质谱(GCMS)技术成为毒品检测的主力军;2010-2022年液相色谱串联质谱(LCMS/MS)类分析技术开始布局公安司法行业毒品检测领域。此外,近年国内外禁毒形势愈发严峻,现场快速便携的稽查技术和检测设备亟待发展,幸运的是,不少仪器企业和科研团队也已推出了相应的便携式现场快速筛查质谱仪。公安及司法行业在实际应用场景中,如何选择适合的毒品分析技术手段?不同质谱技术的原理差异性如何?如果超出各类毒物数据库的检索范围,未知物的识别该选择何种技术手段?便携式质谱技术如何持续助力毒品快筛?毒情监测体系是否建立?……2022年12月13-16日,仪器信息网策划举办年度一次的“质谱网络会议(iCMS)”,每年的会议内容设置都会将当年度最新、最重磅的技术应用进展带给听众,十二年来,质谱网络会议受到广大用户的热烈好评。去年年底的直播间,我们共同约定在2022年末,再次为大家呈现关于质谱领域的最新技术成果和进展。带着这份承诺,3i讲堂将于12月14日举办“第十三届质谱网络会议”的“质谱在禁毒/司法领域毒品分析的新进展”专场,与4位重量嘉宾,在直播间共同寻找答案:(福利:点击此处,快速免费报名,优先审核)嘉宾一:王学虎 江苏省公安厅物证鉴定中心 正高级警务报告:未知药毒物的高分辨液质筛查与识别检验在法庭科学实验室对投(中)毒、缴获毒品,多采用GC-MS、LC-MS技术,配合各类毒药物数据库,如果超出这几个常见的数据库检索范围,就会变成难题——未知物,就需要更多手段进行甄别。本次报告且听王老师通过案例形式介绍使用高分辨液质联用进行未知毒药物的识别技巧。嘉宾二:刘冰洁 SCIEX FEF领域全国应用支持经理报告:QTRAP液质系统在公安司法领域的应用报告将介绍应用QTRAP质谱的EPI模式进行复杂基质样本中的假阳性判定,以及应用QTRAP质谱进行代谢产物的鉴定和新型结构衍生物的分析。嘉宾三:花磊 中国科学院大连化学物理研究所 研究员 报告:基于原位质谱的毒品快速检测技术及应用花磊研究员深耕开发在线质谱关键技术和质谱联用技术的研究多年,目前基于原位质谱的毒品快速检测技术和最新应用有哪些?且听花老师娓娓道来。嘉宾四:金洁 公安部第三研究所 副研究员报告:便携式质谱在现场毒品检测中的应用报告将介绍当前便携式质谱用于毒品检测存在的困难,以及当前EI电离源便携式质谱合成大麻素数据库标准化和操作规程。(点击图片,免费报名,优先审核)
  • BCEIA 新品奖,原位电离助力前沿质谱分析!
    在 BCEIA 盛会上,华质泰科以“原位检测”为主题,携 7 款产品亮相,并有 5 款产品获得“BCEIA2017 新品奖”。先来感受下展会盛况:展出产品现场交流BCEIA 分析测试仪器与 技术评议注重应用开发,搭建原位检测应用平台“我们引进国外先进的质谱技术,通过和国内不同市场的整合,刺激客户的需求。在与客户的不断交流中发现新的问题,从而开发具有中国特色的新部件和下一代产品,迎合一带一路的策略,走向全球各地。”—— 华质泰科总裁兼首席技术官刘博士“我们不只是担任仪器的销售代理,更希望能够从仪器的技术应用到生产制造,都发挥特殊的价值和作用。国家的发展带来了对分析仪器、分析技术的强烈需求,因此我认为新应用平台的搭建大有可为。”—— 华质泰科运营总监汤总前沿原位质谱部件,荣获五项“BCEIA2017 新产品奖”在 BCEIA 的颁奖晚会上,华质泰科有五款产品喜获“BCEIA2017 新产品奖”。这是华质泰科第二次荣获中国分析仪器行业新品奖,原位电离质谱技术能够再次得到专家和同行的肯定,令产品厂商及相关研究人员备受鼓舞。传播前沿质谱理念,共谋实时科学发展,是华质泰科一直坚持不懈的追求。我们致力于引领行业领域中先进的原位质谱技术潮流,为国内质谱行业的发展做出贡献。相关产品信息:HM4 或 Pearl 为第四代“超”高分子量 MALDI 质谱检测系统,基于独特的转换打拿极技术,扩展 MALDI 质谱检测质量上限到 250 万 Da 以上,实现 nM 浓度的超痕量、大分子抗体药物和蛋白质复合物的高灵敏度分析。在诸如蛋白质复合物测定、蛋白质相互作用、抗原抗体相互作用、蛋白质聚集分析、高分子量 MALDI 质谱成像、临床转化医学、生物制药,等领域的应用卓有成效。实时直接分析离子源(DART),兼容各主流质谱厂家的液质(LC-MS)质谱仪,用于快速、无损、原位分析固体、液体、气体、及异型样品中的极性、弱极性甚至非极性有机分子。适于食品、材料、体液、商品、农副产品、水产品、药品、理化、物证、化纤、玩具、临床、环境等等活性成分、功能组分或有毒有害化合物的快速定性、定量分析及快筛和确认。该技术不需要(像 ESI 那样)引入其他溶剂来影响离子的形成过程,真正实现直接、快速或无损、无接触分析。由于溶剂、基质(如蛋白质)、盐类对 DART 离子化过程不产生抑制效应,因而该技术对样品基质不需要进行特殊的前处理。DART 能充分实现几秒钟内的快速、高通量的样品分析,大大提高大批量样品的瞬时定量和定性分析能力。如某地商检用 6545 飞行时间质谱接 DART 源快速筛查并定量鸡蛋中氟虫腈,每个样本检测时间 6 秒(内)。而常规分析接色谱柱至少要 5 分钟才能完成每次检测,该(DART-QTOF)方法极大地提高了效率,真正意义上实现高通量。DESI (解析电喷雾电离) 为常压离子化技术,可直接原位分析固相或凝固相样品,用于药物代谢物分布、肽、脂质、和蛋白质分析,实现分子成像而不需(像 MALDI 那样)采用基质,保持样品的形态和特征无损,快捷获取器官、材料、和组织切片中的关键物质信息及分布信息。其独特的高分辨率成像功能可实现器官组织等基体中关键物质的快速分析,并能在多个质谱厂家(如 Bruker、SCIEX、Thermo、Agilent 和 Waters)的各型质谱仪上使用。flowprobe 流动微萃取探针离子源, 是一种实时的原位动态微萃取技术,是美国橡树岭国家实验室的 Gary Van Berkel 博士发明了静态液滴萃取表面分析(LESA)之后的又一创新发明。该技术基于液相微临界表面取样探针 (LMJ-SSP) 原理,其萃取效率在商品化的原位电离技术中首屈一指,适用于细胞、组织、聚合物等平面类样品的药物分布研究、癌症分析、微生物聚类分析等方面,并与主流质谱兼容(如 Thermo、Bruker 和 SCIEX 等)。多通道纳喷离子源 (TriVersa NanoMate,简称 TVNM) ,是基于芯片的多通道纳升电喷雾离子化(Chip-based nanoESI) 技术,集液相色谱 (LC)、质谱 (MS)、芯片纳升注射 (Chip-based Infusion)、馏分收集 (Fraction Collection) 和液滴萃取表面分析 (LESA) 等众多优异功能于一身的新型高端质谱产品。LESA 能够实现极小量样品的多次重复测量,准确度高,重复性好,实现生物样品如组织切片、食品、材料表面等的原位、灵敏、直接、和高通量分析,可帮助解决围绕食品中的蛋白质、脂质、抗体、代谢物、药物残留、小分子质谱成像、药物在组织中的分布等生命科学中的问题。LESAPlus 添加了第五种功能 -- 用于液滴萃取表面分析后的进一步分离,对复杂体系、抗体分析、蛋白分析等等添加了新的第四维度的分离。AP-MALDI (常压基质辅助激光解析电离源)基于独特的脉冲动态聚焦技术,采用高效的固态 Nd:YAG 激光器,离子化更加连续稳定。调谐优化简便,可质谱成像,最高成像分辨率达10 μm。与各种质谱分析器相联,适于多肽、蛋白质、核酸、唾液酸神经节苷酯、低聚木糖、表面活性剂、聚合物等大分子以及氨基酸、寡肽、中性寡糖、植物皂苷等小分子化合物的原位、直接分析。
  • 东西分析Ebio Reader 3700 Plus飞行时间质谱仪通过NMPA认证
    重磅!近日,由北京东西分析仪器有限公司全资子公司东西分析仪器(天津)有限公司注册的Ebio Reader 3700 Plus飞行时间质谱仪通过NMPA认证,获得第二类医疗器械注册证(证书号:津械注准20222220402)。 飞行时间质谱仪为填补天津市此领域技术空白的医疗器械产品,落地伊始,天津市各级政府特别是东丽经济技术开发区管委会和东丽区科技局给予了高度重视并大力支持;同时东西分析(天津)做为被孵化企业,也受到了中科院苏州医工所下属天津国科医工科技发展有限公司全方位的精准对接和鼎力相助。 Ebio Reader 3700 Plus飞行时间质谱仪基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术原理,具有高灵敏度、高精度、检测时间短、应用范围广等特点,目前在临床上用于微生物的鉴定。 同时基于此多功能质谱技术平台,紧贴市场需求,东西分析又开发出多种疾病蛋白标志物和核酸基因分型检测的应用方案:如建立的蛋白指纹图谱模型,可用于对新冠肺炎病毒的早期和精准检测;对严重威胁人类健康的阿尔茨海默病(AD)&帕金森(PD)中相关蛋白组标志物进行检测,可用于AD及PD的早期和预后监测;采用核酸质谱技术实现了对混合致病菌的快速鉴定等。因此,东西分析拥有的多种应用方向的质谱技术,未来将为包括癌症、老年痴呆症、脑卒中等常见病和疑难病的精准检测提供坚实基础。Ebio Reader 3700 Plus飞行时间质谱仪操作简单无需复杂的样品前处理。性能稳定长寿命固体激光器,波长355nm,频率1-1000Hz可调;飞行管随环境温度、湿度的变化小,保证检测的稳定 ;高效网筛离子源,提高仪器的灵敏度 ;PIE高压脉冲电源控制,实现离子的延迟推斥,提高整体仪器的分辨能力。 仪器分辨率测试软件智能基于神经网络聚合分类法的人工智能软件;拥有强大数据库,实现对菌种的实时鉴定;具备聚类分析功能,可进行T-test等数据分析;具有自建库功能,可根据用户实际情况建立自有菌种库 ;可根据用户具体需求,进行相应升级,用于疾病蛋白标志物和核酸基因分型的检测。 难分辨菌群大肠埃希菌与福氏质贺菌分析 应用范围广广泛用于临床、疾控、食品安全、农业、工业、出入境检疫等领域。 东西分析仪器(天津)有限公司东西分析仪器(天津)有限公司坐落于天津东丽开发区国际医疗器械产业园,具有分析仪器研发、生产及销售一体化能力,为北京东西分析仪器有限公司全资子公司。东西分析仪器(天津)有限公司成立以来已成为天津市多个行业联盟成员天津市生命科学及医疗器械产业技术创新战略联盟天津市生物医药人才创新创业联盟天津市东丽区医疗器械产业知识产权联盟同时为:天津市分析测试协会共建合作单位天津市色谱协会理事单位东西分析仪器(天津)有限公司专注于医疗卫生、生命科学、食品安全等领域,不断推出高端精准医疗产品,为人类健康事业做出自己的贡献。完美分析,辉映东西!
  • 220万!复旦大学附属儿科医院细菌质谱鉴定仪公开招标
    项目概况复旦大学附属儿科医院细菌质谱鉴定仪 招标项目的潜在投标人应在上海市普陀区长寿路285号恒达大厦16楼1606室获取招标文件,并于2021年12月28日 09点30分(北京时间)前递交投标文件。一、项目基本情况项目编号:0613-217123116212项目名称:复旦大学附属儿科医院细菌质谱鉴定仪预算金额:220.0000000 万元(人民币)采购需求:本项目拟采购1套细菌质谱鉴定仪用于微生物的鉴定与分类。 本项目不划分包件,投标人应对所有招标产品进行投标,不接受仅对其中部分产品进行投标。合同履行期限:合同签订后90日内指定地点交货本项目( 不接受 )联合体投标。二、申请人的资格要求:1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定;2.落实政府采购政策需满足的资格要求:/3.本项目的特定资格要求:3.1投标人未被“信用中国网站”(www.creditchina.gov.cn)列入失信被执行人、重大税收违法案件当事人名单或政府采购严重违法失信名单。3.2在投标截止时间前三年内投标人或其单位负责人、拟委任的项目负责人无行贿犯罪行为的。3.3与本项目招标代理机构的负责人为同一人或者存在直接控股和管理关系的供应商不得参加本次政府采购活动。3.4单位负责人为同一人或者存在直接控股、管理关系的不同投标人,不得同时参加同一包件的投标或者未划分包件的同一招标项目的投标。3.5为本项目提供整体设计、规范编制或者项目管理、监理、检测等服务的供应商不得参加本次政府采购活动。3.6资质要求:(1)投标产品具备国家相关行业主管部门颁发的有效期内的医疗器械注册证(备案证)。(2)投标人具备与本次招标内容相适应的医疗器械经营许可证(备案表)3.7本项目非专门面向中小企业采购。3.8本项目仅接受源产地来自中华人民共和国境内的产品。三、获取招标文件时间:2021年12月07日 至 2021年12月14日,每天上午9:00至11:30,下午13:00至16:30。(北京时间,法定节假日除外)地点:上海市普陀区长寿路285号恒达大厦16楼1606室方式:现场购买或汇款购买,如汇款购买,请在汇款附言中注明:“217123116212标书款”售价:¥500.0 元,本公告包含的招标文件售价总和四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点提交投标文件截止时间:2021年12月28日 09点30分(北京时间)开标时间:2021年12月28日 09点30分(北京时间)地点:上海市普陀区长寿路285号恒达大厦10楼多功能厅五、公告期限自本公告发布之日起5个工作日。六、其他补充事宜1.收款人账户信息如下:开 户 名:上海机电设备招标有限公司开 户 行:建行上海市分行营业部帐 号:31001550400055646341行 号:105290036005注意:建议汇款购买。请购标人汇款后及时将汇款凭证、word版开票信息、联系方式,通过电子邮件方式提交给招标代理机构。电子邮箱:ltt@shbid.com。投标人须保证获得招标文件需提交的资料和所填写内容真实、完整、有效、一致,如因投标人递交虚假材料或填写信息错误导致的与本项目有关的任何损失由投标人承担。七、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。1.采购人信息名 称:复旦大学附属儿科医院     地址:上海市万源路399号        联系方式:朱宏敏 021-64932646      2.采购代理机构信息名 称:上海机电设备招标有限公司            地 址:上海市普陀区长寿路285号恒达大厦16楼            联系方式:李婷婷、陈安杰、孙瑞强,021-32557732、32557715,电子邮箱:Ltt@shbid.com            3.项目联系方式项目联系人:李婷婷电 话:  32557732
  • 高效分离新方法 可加速MALDI-TOF MS细菌鉴定
    炎炎夏日里,能来上一杯清凉的啤酒,简直是无比畅爽!但是,你知道吗?为了保持啤酒的高品质,啤酒厂需要进行生物质量控制。由于乙醇含量高、酸度高、溶氧含量低、二氧化碳含量高,啤酒看起来似乎不太适合腐败和病原微生物生长,煮沸、巴氏杀菌、无菌过滤和冷却等生产流程也进一步降低了微生物生长的可能性。但是,事实上细菌和野生酵母等可以在这样恶劣的条件下茁壮成长,从而形成不良味道、气味、烟雾和沉积物,这一过程可能会发生在酿造的任何阶段,影响啤酒的最终感官特征。啤酒厂的微生物爆发会给企业带来很大的风险,轻则花费大成本召回不合格产品,重则对品牌声誉带来致命损害。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法,是一种快速、高通量、高准确度鉴定微生物的技术,目前已经被应用于啤酒厂中,进行质量控制中啤酒腐败微生物的鉴定。然而,MALDI-TOF MS法的适用性受到混合培养物相关问题的阻碍,使得技术人员在鉴定之前需要耗费很长时间去做微生物选择性培养。南澳大利亚大学未来工业研究所进行了一项研究,提出了一种新型的低成本方法,将惯性微流体和螺旋微通道中二次流相结合,从啤酒腐败微生物(短乳杆菌和啤酒片球菌)中高通量和高效地分离酵母(巴氏酵母和酿酒酵母),然后使用MALDI-TOF MS平台进行微生物物种鉴定。 图1 巴氏酵母和短乳杆菌分离的实验装置示意图。在入口处(即A-A),巴氏酵母和短乳杆菌随机分散。在惯性分馏(即B-B)之后,巴氏酵母沿着通道的内壁聚焦,并且通过在分叉点处放置适当的出口,可以分离这些细胞。 在梯形截面的螺旋通道中,通过惯性升力和迪恩阻力的联合作用,内壁受力大于外壁,酵母细胞向出口内壁迁移。研究人员通过评估,选择1.5 mL/min的流速作为最佳流速,对巴氏酵母可以实现超过90%的分离效率。此外,为了提高短乳杆菌的分离效率,将其通过螺旋微通道再循环三次,分离效率可达90%以上。该研究证明,微流体分离与MALDI-TOF MS鉴定相结合,可以提高MALDI-TOF MS物种水平鉴定的检测限,而无需在选择性培养基上进行耗时的培养,为啤酒腐败微生物的检测提供一种新的、快速、灵敏的方法,可用于啤酒厂的质量控制。 虽然啤酒中条件艰苦,“菌”生艰难,但是总有那么一小撮细菌可以顽强生长,而MALDI-TOF MS微生物鉴定质谱可以快速帮助把这些微生物“揪”出来。融智生物基于新一代宽谱定量飞行时间质谱平台QuanTOF推出的微生物鉴定质谱系统,配备了自主研发的基于生物组学信息建立的全新微生物质谱数据库,该数据库拥有超过1,400属,4,500余种微生物,更针对传统MALDI-TOF MS难以鉴定的基因相近菌属建立了二级数据库,可实现难检菌的鉴定。QuanTOF微生物鉴定质谱系统检测效率高,10分钟内可完成超100个样本的检测;鉴定重现性好,RSD<2%;不仅可鉴定出微生物,还能详细地提供质谱峰与蛋白的对应信息,为科研提供有力工具。另外,QuanTOF有别于友商最强大的功能,是可用一台仪器进行微生物鉴定、核酸分析、质谱成像以及糖化血红蛋白全血直接定量。
  • 天津分析测试新技术与前沿应用高端论坛,聚焦质谱新技术发展与应用!
    质谱分析技术因具有高灵敏度、样品用量少、分析速度快等特点,被广泛应用于多个领域。同时,质谱仪器可以根据不同样本,利用合理的前处理方法和灵活的仪器组合方式,实现不同标志物的精准检测,故质谱技术发展非常迅速。为促进质谱技术的应用与发展,助力科研院所、高校、生产企业分析能力的提升,天津分析测试协会与仪器信息网将于2023年5月11日组织召开“天津分析测试新技术与前沿应用高端论坛——质谱新技术发展与应用”主题网络研讨会,届时将邀请知名专家、学者围绕质谱技术研究进展及应用等方面,以线上报告的形式展开深度交流与学习。点击图片或扫码报名会议日程时间报告题目演讲嘉宾14:00主持人班睿(天津市色谱研究会书记 /天津大学化工学院副教授)14:00蛋白质赖氨酸修饰的质谱鉴定和应用张锴(天津医科大学 教授)14:30最新MALDI成像技术和生物医学应用王勇为(布鲁克(北京)科技有限公司 应用经理)15:00神经退行性疾病标志物构象分辨质谱解析李功玉(南开大学 研究员)15:30代谢组学的“前世今生” -从基础研究到临床转化李遇伯(天津中医药大学 教授)16:00质谱技术在医学研究领域的应用荀敬(天津市中西医结合医院 (天津市南开医院) 助理研究员)16:30磁性固相萃取前处理技术在电感耦合等离子体质谱中的应用王意(天津大学 高级工程师)赞助厂商专家阵容班睿 天津市色谱研究会 书记/天津大学化工学院 副教授主持人个人简介:1986年7月津大学化工学院任教,历任于天助教、讲师和副教授。主要从事生物化工领域的教学科研工作,主要研究方向为微生物遗传育种和发酵工程,发表研究论文20余篇,获得授权发明专利3项,有2项技术成果实现了产业化应用。张锴 天津医科大学 教授报告题目:《蛋白质赖氨酸修饰的质谱鉴定和应用》个人简介:天津医科大学基础医学院教授/博士生导师/PI。从事蛋白质组学和生物质谱研究。发展了基于色谱质谱技术鉴定蛋白质赖氨酸修饰和调控蛋白的系列高灵敏分析新方法;发现并系统揭示了细菌中新型赖氨酸修饰的组学、功能和调控机制;揭示了食管癌中赖氨酸修饰组学特征和功能。发表SCI论文100多篇,近年来,主要工作以通讯作者发表在Nature Chemical Biology、Nature Communications、Molecular Cell、Science Advances等国际主流学术期刊。目前兼任中国化学会色谱专业委员会委员、中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业分会委员、天津市色谱研究会理事长。王勇为 布鲁克(北京)科技有限公司 应用经理报告题目:《最新MALDI成像技术和生物医学应用》个人简介:2018年加入布鲁克(北京)科技有限公司,现任MALDI质谱成像应用经理,负责MALDI质谱成像产品的技术支持和在药物研发和临床医学的应用发展。王勇为1989年毕业于复旦大学化学系获硕士学位,1992年于中国科学院上海药物研究所获博士学位,随后从事色谱和质谱分析和药物代谢动力学研究。自2000起,先后在安捷伦科技和赛默飞世尔科技从事多种类型质谱仪的技术和应用支持,以及在蛋白质组学和药物研发等领域的市场推广。李功玉 南开大学 研究员报告题目:《神经退行性疾病标志物构象分辨质谱解析》个人简介:南开大学化学学院特聘研究员、博士生导师。入选国家高层次青年人才计划。2017年博士毕业于中科大化学系,随后在密西根大学和威斯康星大学麦迪逊分校开展博士后研究,2021年2月加入南开大学。研究方向为大分子结构质谱分析。迄今发表研究论文30余篇。曾获美国质谱学会博士后最高奖ASMS Postdoc Career Development Award。主持承担国家海外优青项目、科技部重点研发计划、基金委青年科学基金、基金委重大项目(骨干)等。担任天津市色谱研究会理事及JAT与Frontier in Chemistry等中英文杂志青年编委。针对人类疾病关联的低丰度蛋白修饰构效关系精准解析这一重大科学问题,李功玉课题组依托非变性离子淌度质谱平台,创造性搭建《高性能构象分辨质谱》多场景分析系统,成功应用于神经退行性疾病标志物蛋白手性修饰的构效关系研究,发现了疾病关联的新型蛋白结构亚型,为神经退行性疾病的精准诊断和治疗新思路提供了初步的完整蛋白水平上的分子基础。李遇伯 天津中医药大学 教授报告主题:《代谢组学的“前世今生” -从基础研究到临床转化》个人简介:天津中医药大学教授,博士生导师。全国首届青年岐黄学者,天津市特殊发展支持计划高层次创新团队负责人,天津市创新人才推进计划中青年领军人才。长期致力于基于液相色谱-质谱技术的代谢组学研究,构建了创新的代谢组学分离分析及应用技术平台,应用于中药安全性及有效性评价,并开展临床代谢组学研究。主持国家自然科学基金项目5项,主持及参与国家重点研发等课题28项;近五年以第一作者或通讯作者发表论文90余篇,其中SCI论文60篇;编写著作10部;获批授权专利6项,软件著作权2项;以负责人身份获省部级二等奖3项。荀敬 天津市中西医结合医院 (天津市南开医院) 助理研究员报告主题:《质谱技术在医学研究领域的应用》个人简介:现为天津市医院中西医结合急腹症研究所助理研究员,利用天津市急腹症器官损伤与中西医修复重点实验室平台,主要围绕消化系统肿瘤发生、复发转移的免疫调节及其中西医结合防治研究开展工作。作为项目负责人承担局级课题2项目,参与国家自然科学基金面上项目1项、天津市自然科学基金重点项目3项。近5年以第一作者发表学术论文6篇,其中SCI论文5篇,单篇最高影响因子11.6分,累计影响因子约30分。王意 天津大学 高级工程师报告主题:《磁性固相萃取前处理技术在电感耦合等离子体质谱中的应用》个人简介:高级工程师,天津大学分析测试中心光谱室负责人,沈志康奖教金获得者。主要从事无机质谱和原子光谱分析技术、固相萃取样品前处理技术的研究与开发。主持和参与完成多项科研项目、实验室教改项目及横向开发项目,指导天津市大学生创新创业项目1项;承担仪器分析教学课程3门,第一作者发表SCI及中文核心文章近20篇,完成2项教育部能力验证和实验室间比对项目,参与制定发布行业标准1项,参编1项教育部行业标准和分析技术丛书。欢迎扫码参会,共同探讨质谱技术!
  • MALDI-TOF助力华南农大孙坚团队,细菌耐药性研究取得重要新进展!
    导读细菌耐药性的出现严重威胁到全球人类和动物的健康,研究细菌耐药性是微生物研究的重点领域。近年来,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)已成为微生物鉴定的常规技术,但其在微生物耐药性研究中的应用尚处于起步阶段。替加环素是一种新型四环素类抗生素,被世界卫生组织列为治疗临床多重耐药菌感染极其重要的抗菌药物,被认为是治疗产碳青霉烯酶多重耐药肠杆菌感染的“最后一道防线”。然而,质粒介导的新型高水平替加环素耐药基因Tet(X3/X4)的出现,威胁到替加环素在临床多重耐药菌感染中的疗效,但其潜在机制尚不清楚。使用MALDI-TOF快速地对替加环素耐药基因Tet(X)不同突变体的单加氧产物进行定性分析的方法,大大地拓展了MALDI-TOF在细菌耐药性检测中的应用。细菌耐药性的出现威胁抗生素的疗效 近期,华南农业大学兽医学院孙坚教授团队在微生物领域知名刊物《mSystems》上发表题为《Evolutionary Trajectory of the Tet(X) Family: Critical Residue Changes towards High-Level Tigecycline Resistance》的研究成果。该研究探索了导致Tet(X)功能增强的关键氨基酸变化,并据此阐明了Tet(X)的结构特征和进化路径。通过结构域互换和位点定向突变实验,成功识别了5个导致Tet(X)活性增强的残基突变(L282S、A339T、D340N、V350I和K351E)。结构分析表明突变残基不直接参与底物结合或催化,而是通过间接改变构象动力学影响酶的活性。该研究扩展了对Tet(X)同系物的结构特征和功能演变的认识,为后续特异性抑制剂的筛选和新型四环素类抗生素的开发提供了依据。mSystems,May/June 2021 Volume 6 Issue 3 e00050-21 MALDI-TOF/TOF对不同Tet(X)突变体进行功能验证在BL21(DE3)-pET28大肠埃希菌表达系统中引入Tet(X2)、Tet(X4)和3个定点诱变突变体(L282S、A339T-D340N和V350l-K351E)。将体外纯化后的蛋白(酶)依次加入含Mg2+和NADPH的伊拉瓦环素缓冲液中,反应15分钟后,用质谱法检测药物的单加氧产物峰(图1)。取1 μL的上清溶液点到靶板上,待干燥后,覆盖1 μL CHCA( α-氰基-4-羟基肉桂酸)基质溶液,待自然干燥后,将靶板送入质谱分析(岛津AXIMA-Performance)。 图1. AXIMA Performance – MALDI TOF/TOF上机流程图 结果显示,在反应15分钟后,所有突变体在m/z 574处都出现了额外的峰,与伊拉瓦环素分子量增加16Da后的单加氧产物的分子量相对应(图2)。结合紫外全波长扫描结果,证明了这几个位点的氨基酸变化仅增加酶的活性而未改变Tet(X)的单加氧特性。图2. 不同Tet(X)突变体的功能验证(a) Tet(X)降解伊拉瓦环素的模型图 (b)基于MALDI-TOF的单加氧产物的质谱测定 AXIMA Performance – MALDI-TOF/TOF 质谱仪AXIMA Performance 作为岛津功能强大的科学研究级MALDI-TOF/TOF仪器,可用于常规分子量检测、微生物的快速鉴定、聚合物分析。还可以多方位的开展高通量蛋白质组学研究,包括多肽、蛋白分子量测定,蛋白鉴定,多肽序列分析,翻译后修饰研究,如磷酸化,糖基化研究等。高通量自动化蛋白鉴定,高分辨双离子门,高能CID技术进行MS/MS,新型曲线场反射器等前沿技术使该仪器成为蛋白质组学研究的有力工具。 图3. 岛津AXIMA-Performance质谱仪 l 真正的高能MS/MS—实验室参考系的碰撞能量为20keV的CID。l 采用革新的离子门技术达到理想的母离子选择分辨率。l 出色的灵敏度-无损失技术保证无MS/MS信号丢失。 专家心声华南农业大学兽医学院孙坚教授在开展细菌耐药性相关的课题研究中,常使用岛津MALDI-TOF质谱仪进行样品检测。孙老师表示,在细菌耐药性研究过程中,岛津公司生产的AXIMA Performance质谱仪能够帮助他们快速地对不同Tet(X)突变体的单加氧产物进行定性分析,该仪器具备操作简单,高通量和准确性高等优点,为该团队的研究提供了有力的帮助,提高了研究效率。 华南农业大学兽医学院孙坚教授 参考文献1.Cui C-Y, He Q, Jia Q-L, et al. 2021. Evolutionary trajectory of the Tet(X) family: critical residue changes towards high-level tigecycline resistance. mSystems 6:e00050-21. https://doi.org/10.1128/mSystems.00050-21.2.Cui Z-H, Zheng Z-J, Tang T, et al. (2020) Rapid Detection of High-Level Tigecycline Resistance in Tet(X)-Producing Escherichia coli and Acinetobacter spp. Based on MALDI-TOF MS. Front. Cell. Infect. Microbiol. 10:583341. doi: 10.3389/fcimb.2020.583341. 本文内容非商业广告,仅供专业人士参考。
  • 基于“拉曼组”的最快“细菌耐药性”快检技术诞生
    p   日前,中科院青岛生物能源与过程研究所对外发布,该所单细胞中心提出了基于“拉曼组”的耐药性快检技术,通常能够在一个小时内完成细菌耐药性测量和机制区分,相对于原先需要24至48小时的检测方法大为提速。 /p p   众所周知,抗生素的滥用导致了耐药性的广泛传播。据青能所单细胞中心功能基因组团队徐健研究员介绍,自细菌发现至今,培养法仍是病原菌药敏试验的主流通用标准,但对于临床常见致病菌,培养法耗时长达24至48小时,难以揭示耐药机制,且对于难培养或生长缓慢的细菌无能为力。临床实践上为了指导“精准用药”,急需细菌耐药性及其耐药机制的直接、快速测量技术。 /p p   青能所单细胞中心提出了基于“拉曼组”的耐药性快检技术,证明通过高通量单细胞拉曼成像,能够不经培养、快速、定性、定量地表征细菌的药物应激性并区分其应激机制。据徐健介绍,“拉曼组”是特定条件和时间点下,一个细菌细胞群体之单细胞拉曼光谱的集合。对于任一细菌群体,一个拉曼组的变化可直接反映和表征其针对特定抗生素的敏感性和耐受性。研究人员以大肠杆菌为模式,通过单细胞拉曼光谱的高通量采集,结合多变量分析方法的创新,定量考察了抗生素、醇类、重金属等三类共六种不同类型化学药物在多个剂量、给药时间、细胞抗性条件下的拉曼组变化,证明了拉曼组能够快速区分抗性细菌与非抗性细菌,因此它在抑菌药物筛选或耐药细菌筛选这两方面均具备成为一种新式平台技术的潜力。由于拉曼组基于单细胞成像,不依赖于细菌的繁殖,因此通常能够在一个小时内完成细菌耐药性测量和机制区分。通过系统构建各种主要病原菌和常用抗生素的拉曼组参照数据库,将能建立一个新型细菌耐药性表型组学技术平台,以服务耐药性快检,支撑临床精准用药。 /p p   据了解,上述工作由单细胞中心徐健实验室和英国牛津大学黄巍等合作完成,获得了科技部、基金委、中科院生物高通量检测分析服务网络(STS)项目的支持。 /p
  • 李金华研究员与潘永信院士团队等:环境趋磁细菌单细胞鉴定和综合研究技术路线图
    摘要:微生物是地球上最古老且延续至今的生命形式。它们种类繁多、功能多样、分布极广、数量庞大,扮演着生产者、消费者和分解者的角色,参与近40亿年的地球演化,并且还在持续影响地球的物质元素循环和气候环境变迁等。开展现代环境中微生物多样性和地质记录中微生物化石综合研究,是理解微生物参与地球和生命演化过程和机制的关键所在。尽管微生物的研究已有三百多年的历史,然而目前成功分离培养的微生物仅占0.1%-1.0%,自然界中仍有大量不可培养微生物资源有待挖掘和开发利用。近日,中国科学院地质与地球物理研究所李金华研究员与潘永信院士生物地磁学团队联合法国巴黎第六大学、澳大利亚国立大学等国内外多个单位科研人员,将微生物分子生态学与电子显微学技术相结合,在单细胞水平上,实现了环境样品中脱硫菌门趋磁细菌的特异性鉴定和生物矿化研究。针对环境中大量的未培养趋磁细菌,该项研究还提出了单细胞鉴定和综合研究技术路线图,为地质微生物的种类鉴定及生物地球化学关联研究提供了新思路。本研究提出的环境趋磁细菌单细胞鉴定和综合研究技术路线图:第①步:趋磁细菌分离或收集(A-E)。A.野外采集含趋磁细菌的沉积物或水体样品。B.实验室建立有氧-无氧过渡区(OATZ)微环境,富集培养环境趋磁细菌。C.通过过滤或其他非磁性方法从分层水柱或沉积物中浓缩细菌(包括趋磁细菌)。D.单细胞显微操作分选目标趋磁细菌细胞。E.利用各种磁分离装置收集活的趋磁细菌细胞。第②步:单细胞水平细菌种类和磁小体结构关联鉴定(F-I)。F.利用通用或类群特异性引物扩增趋磁细菌细胞的16S rRNA基因测序。G.基于目标16S rRNA基因序列设计类群/物种特异性寡核苷酸探针。H.利用荧光标记的类群/物种特异性探针对目标趋磁细菌细胞进行荧光原位杂交实验。I.在单细胞水平上对经荧光标记的细胞开展“荧光显微镜—扫描/透射电镜”或“荧光显微镜—聚焦离子束—扫描电镜”关联分析。第③-⑤步:趋磁细菌单细胞水平综合显微学关联研究(J-L)。J.同步辐射扫描透射X-射线显微镜对趋磁细菌细胞开展化学组成和磁学性质分析(纳米尺度)。K.综合透射电镜对趋磁细菌和磁小体进行结构、形貌、磁性和化学成分分析(原子尺度)。L.纳米二次离子质谱对趋磁细菌细胞进行化学元素和同位素分析(纳米尺度)。   一、硫酸盐还原趋磁细菌趋磁细菌是经典的地磁微生物和地质微生物功能群,它们广泛分布于各种水体环境中,在细胞内合成膜包被的纳米磁铁矿(Fe3O4)或(Fe3S4)晶体颗粒,也叫磁小体。趋磁细菌可以感知地磁场,并在地质记录中形成磁小体化石,因而是生物矿化、生物地磁学和古地磁学研究的理想模式系统。趋磁细菌种类和形貌极其多样,但对生长条件要求极其苛刻,因而实验室纯培养非常困难。建立不依赖纯培养的综合研究体系,在单细胞水平上实现趋磁细菌的生物学、矿物学和磁学综合研究,是全面且深入认识趋磁细菌多样性和磁小体生物矿化机制的关键所在。在众多类群中,隶属于脱硫菌门的硫酸盐还原趋磁细菌尤为独特。已知的变形菌门、硝化螺菌门和暂定杂食菌门趋磁细菌只能合成磁铁矿成分的磁小体,且都是单细胞原核生物。与它们不同,脱硫菌门趋磁细菌中,除了能合成磁铁矿型磁小体,也能合成胶黄铁矿型磁小体,除了有单细胞型,还有多细胞型。从生态学上讲,脱硫菌门微生物主要以硫酸盐为电子最终受体,进行厌氧呼吸,因此在自然界的硫-碳循环中起关键作用。二、西安未央湖硫酸盐还原趋磁细菌的发现和鉴定自上世纪八十年代以来,国内外多个研究团队陆续在海洋和盐碱湖等环境中发现并鉴定了多种硫酸盐还原趋磁细菌。然而,对淡水环境中的硫酸盐还原细菌鲜有报道和缺乏深入研究。2013年,中国科学院地质与地球物理研究所生物地磁学研究团队在西安未央湖和护城河中,通过16S rRNA基因序列检测和透射电镜观测,首次在淡水环境中发现了多种硫酸盐还原趋磁细菌(Wang et al., 2013 陈海涛等,2013)。随后,研究团队通过建立的“荧光显微镜-扫描电镜”联用技术(Li et al., 2017),从西安未央湖中鉴定了一株新的淡水硫酸盐还原趋磁杆菌WYHR-1,在细胞内合成“子弹头形”磁铁矿晶体颗粒,沿[001]方向拉长,具有典型的“多阶段晶体生长”模式,在细胞内组装成2-3条紧密排列的磁小体链束结构 (Li et al., 2019, 2020)。然而,由于丰度低,且与其它门类趋磁细菌混合存在,其它种类硫酸盐还原趋磁细菌的鉴定和生物矿化研究并未成功。在本研究中,研究团队设计了特异性上游引物390F,与下游引物1492R配合使用,特异性地检测环境样品中硫酸盐还原趋磁细菌。实验结果表明,利用细菌通用引物对27F/1492R对环境趋磁细菌样品的16S rRNA基因序列进行扩增,只能得到相对丰度高的α-变形菌纲趋磁螺旋菌WYHS-1的基因序列。然而,利用390F/1492R引物对,对同一个环境趋磁细菌样品的16S rRNA基因序列进行扩增,成功地获得了三条新的硫酸盐还原趋磁细菌16S rRNA基因序列,分别命名为菌株WYHR-2,WYHR-3和WYHR-4(图1)。生物信息学分析证实,尽管390F/1492R引物对,对脱硫菌门微生物的覆盖度低于27F/1492R引物对(前者20.6%,后者为32.2%),然而对其它细菌门类的覆盖度仅有0.5%,远远低于27F/1492R的26.0%,因此可以作为类群特异性引物对,从环境样品中特异性地检测脱硫菌门细菌。图1 未央湖淡水硫酸盐还原趋磁细菌WYHR-2、WYHR-3和WYHR-4的系统发育树他们进一步采用三种不同策略,在单细胞水平上分别对这三种新的趋磁细菌开展生物学种类与磁小体结构的关联鉴定和研究。(1)荧光—扫描电镜联用(FISH-SEM)鉴定WYHR-2(图2)。结果显示,菌株WYHR-2为平均长度为2.9±0.6μm,平均宽度为1.5±0.3μm (n=29)的杆状细胞,合成58±16个平均长度为77.9±22.3nm,平均宽度为31.4±5.8nm (n=681 共分析29个细胞)的排列成一条链束状结构的直子弹头形磁铁矿成分的磁小体。(2)荧光—透射电镜联用(FISH-TEM)鉴定WYHR-3(图3)。结果显示,WYHR-3除了合成 33±13个平均长度为71.0±18.7 nm,平均宽度为30.3±4.9nm (n=846 共分析31个细胞)的直子弹头形磁铁矿成分的磁小体外,还合成18±11个平均长度53.7±13.1nm,平均宽度44.0±9.7nm的立方体或棱柱形胶黄铁矿成分的磁小体。(3)荧光—聚焦离子束-扫描电镜(FISH-FIB-SEM)鉴定WYHR-4(图4)。结果显示,WYHR-4也能在细胞内同时合成磁铁矿型和胶黄铁矿型磁小体。图2 趋磁细菌WYHR-2的FISH-SEM关联分析图3 趋磁细菌WYHR-3的FISH-TEM关联分析。使用TEM是因为,WYHR-3细胞相对较大较厚, SEM不能获得相对清晰的磁小体图像图4 趋磁细菌WYHR-4的FISH-FIB-SEM关联分析。使用FIB-SEM是因为,WYHR-4细胞相对较大较厚,单纯的SEM并不能获得相对清晰的磁小体图像,同时由于WYHR-4丰度太低,并不适合FISH-TEM关联分析。因此,在本研究中采用FISH-SEM将目标细菌共定位后,采用聚焦离子束技术(FIB)将目标细菌逐层切开,然后使用SEM对细胞内的磁小体进行形貌和成分分析  三、硫酸盐还原趋磁细菌磁小体晶型和矿化机制完成了三株新的未培养硫酸盐还原趋磁细菌的种类鉴定后,他们进一步采用先进的透射电镜技术对其磁小体晶型和矿化机制开展研究(图5-图6),并与前人以及他们前期的研究结果进行对比。结果表明:(1)脱硫菌门趋磁细菌合成的磁铁矿型磁小体,通常不弯曲,颗粒多沿[001]拉长,底端可保留一个大且平整的{001}面(如WYHR-1和WYHR-2)。然而,硝化螺菌门趋磁细菌合成的磁铁矿型磁小体,通常为弯曲形状,颗粒底端多保留为一个大且平整的{111}面,最终沿[001]拉长。这表明,磁小体的形状与趋磁细菌门类相关,地质记录中直的和弯曲形子弹头形磁小体化石可以用来指示上述两类趋磁细菌及其古环境。(2)与磁铁矿磁小体的结晶度高且通常至少保留一个可明显识别的晶面相比,胶黄铁矿磁小体的结晶度相对较差,形状多变,颗粒外围晶面欠发育且难识别。与棱柱形磁铁矿磁小体(变形菌门趋磁细菌合成)多沿磁铁矿晶体的[111]晶面拉长不同,棱柱形胶黄铁矿磁小体沿胶黄铁矿的晶体[001]方向拉长,其生长机制和磁学性质值得进一步深入研究。图5 趋磁细菌WYHR-2及其磁小体的形貌、尺寸和链束结构特征图6 趋磁细菌WYHR-3的磁铁矿(A-C)和胶黄铁矿(D-F)磁小体的形貌和晶型研究成果发表于国际学术期刊Environmental Microbiology(李金华*, 刘沛余, Menguy Nicolas,Benzerara Karim,白金伶,赵翔,Leroy Eric,张朝群,张衡,刘嘉玮,张荣荣,朱珂磊,Roberts Andrew,潘永信. Identification of sulfate-reducing magnetotactic bacteria via a group-specific 16S rDNA primer and correlative fluorescence and electron microscopy: Strategy for culture-independent study[J]. Environmental Microbiology, 2022. DOI: 10.1111/1462-2920.16109)。研究受中国国家自然科学基金重点国际(地区)合作研究项(41920104009)、国家自然科学基金重大项目课题(41890843)和国家自然科学基金创新研究群体项目(41621004)资助。
  • 近红外光谱智能餐具 可扫描食物中细菌
    温哥华两名华裔少年发明了一种智能餐具,可扫描食物中的细菌、过敏原和营养成分。  智能餐具由16岁的马德琳刘和安吉拉王设计,可用于叉子、勺子和筷子等多种形式,使用“近红外光谱”技术分析食物中的分子。  马德琳刘称,不同种类食物的分子以不同方式振动,由此创造出其独特的“光学签名”,智能餐具据此与数据库进行比对,从而识别和确定食物中的特定分子。  马德琳刘在其朋友和亲属遭受幽门螺旋杆菌引起的过敏和感染后萌发了设计智能餐具的灵感。幽门螺旋杆菌可经口口相传,进而感染胃部并导致溃疡。幽门螺旋杆菌在不实行分餐的亚洲国家较为常见,常常通过餐具扩散。  马德琳刘表示,除了检测幽门螺旋杆菌,智能餐具附带的微型光谱仪还能检测过敏原和营养成分。而且,光谱仪在餐后可从叉子、勺子和筷子上取下,以便于清洗。  两位华裔少年设计的智能餐具曾获得去年11月举办的“温哥华创业周末”大奖,目前她们正在对产品进行最终定型以尽快推向市场。
  • 技术线上论坛|1月21日《亚微米尺度下的胶原蛋白分析及其在单细胞、细菌层面的生物学应用》
    [报告简介]在本次网络研讨会中,我们将讲述亚微米同步光热红外(O-PTIR)光谱和拉曼显微镜(IR+Raman)是如何在生命科学领域中应用和文章发表的,从组织到细胞,甚至单个细菌细胞。Kathy Gough教授(加拿大马尼托巴大学)将展示她近期发表的关于O-PTIR在胶原蛋白、肌腱和纤维分析上的新研究成果。在该研究中,偏振光被用于深入了解分子层次取向,从完整定向肌腱切片(在CaF2和玻璃上)和直径约500 nm的单个纤维中获得红外光谱和图像,以获得生物聚合物的次经过验证的互补化数据。原纤维红外光谱中酰胺I和酰胺II条带相比于完整肌腱较窄,且相对强度和条带形状均发生了改变。这些红外光谱代表了正常I型胶原原纤维在偏振光下的可信赖红外谱图,可作为未来胶原组织研究的基准来进行使用。[注册链接]PC端用户点击https://www.photothermal.com/webinars/报名 ,手机用户请扫描上方二维码进入报名[主讲人介绍]Prof. Kathy Gough,Department of Chemistry, University of Manitoba, Canada (加拿大曼尼托巴大学, 化学系)Kathleen M. Gough是加拿大曼尼托巴大学化学系教授、地理与环境系兼职教授,也是生物医学工程研究项目的核心成员。她是远场FTIR和O-PTIR振动光谱以及近场红外成像和拉曼显微镜的专家。她的研究领域从生物/生物医学研究(细胞和细胞核、脑组织、正常和损伤的心脏组织、正常和机械损伤的肌腱、真菌、酵母细胞、北海冰硅藻)到新材料(合成蜘蛛丝、用于伤口敷料的聚丙烯酸水凝胶、自消毒材料)。Kathy Gough教授开创了使用远场红外光谱层析成象技术并用于3 D可视化微观目标的先驱工作,立体像素分辨率可达1.1 µm3,并和其前博士生CFindlay (2017)共同拥有该。2017年,她被选为应用光谱学学会会员,同时也是临床光谱学和应用光谱学编辑顾问委员会成员。Dr. Mustafa Kansiz, Director of Product Management and Marketing, Photothermal Spectroscopy Corp. (PSC公司产品运营和市场总监)[报告时间]开始: 2021年1月21日 10:00 AM结束: 2021年1月21日 11:00 AM请点击注册报名链接,预约参加在线讲座[技术线上论坛]http://www.qd-china.com/zh/n/2004111065734
  • ​基于HOOKE单细胞分选平台的嗜冷电活性微生物的mini-metagenome分析研究
    2020年11月,哈尔滨工业大学城市水资源与环境国家重点实验室邢德峰教授团队应用辰英核心产品——拉曼单细胞分选仪HOOKE PRECI SCS-R300,在期刊《Science of the Total Environment》上发表文章“Mini-metagenome analysis of psychrophilic electroactive biofilms based on single cell sorting”。相关文章链接一、研究背景微生物群落的活性对生物电化学系统(BES)中的细胞外电子转移(EET)过程具有重要影响,而了解这些复杂的微生物代谢相互作用是一个巨大的挑战。温度是影响细菌活性和胞外电子转移效率的主要环境因素之一。嗜冷电活性细菌的代谢功能对于研究低温(4-15℃)下细胞外电子转移(EET)机制具有重要意义。本研究采用拉曼细胞分选耦合高通量测序技术,准确获得嗜冷细菌群落的基因信息。首次通过拉曼光谱聚类分析,精准识别出杆菌属目标类群,并通过mini-metagenome测序分析,获知生物膜群落中膜运输功能基因ftsEX的相对丰度较高,说明其对低温的适应有助于电活性细菌在低温下生存;基础代谢如柠檬酸循环和糖酵解途径为胞外电子转移过程提供电子,高丰度铁(iii)转运系统基因的鉴定表明它们存在于电子转移过程的主动代谢反应中,细胞色素c(coxA和cox1)可能参与胞外电子转移。本研究揭示了嗜冷地杆菌在低温下具有细胞色素c介导的有效EET。二、实验设计mini-metagenome具有单细胞分辨率、低复杂度和高通量等优点,非常适合环境样本。在本研究中,作者通过单细胞拉曼分选获得了嗜冷微生物Geobacter,通过MDA扩增获得mini-metagenome。通过结合SCS和宏基因组测序,进而对嗜冷EABs的代谢功能有了更深入的了解。三、结果与讨论1. 单细胞分选和分类鉴定嗜冷微生物燃料电池(MFC)的电压持续时间曲线如图1A所示,峰值电压达到0.419~0.448 V。对运行至300天的嗜冷MFC中的微生物群落进行了基于16S rRNA基因的扩增子高通量测序,分析了嗜冷阳极生物膜的细菌群落结构。分析表明,大多数优势种群属于地杆菌属 Geobacter(相对丰度为68.29%)(图1B)。Fig.1 嗜冷MFC的电压持续时间曲线(A)和原始生物膜的群落结构(B)。结合拉曼光谱对35个具有短杆状形态的细菌细胞进行了检测,并通过依照其拉曼图谱进行的聚类分析将它们分为3个聚类组别(图2A和B)。单细胞拉曼分选后,目标菌从分选芯片上调入接收器中,其他菌保持不变(图2C和D)。Fig.2 基于拉曼光谱的嗜冷微生物单细胞聚类分析。不同簇的拉曼光谱(A)和聚类分析图(B),分选前(C)和分选后(D)。分离菌成功获得基因组DNA,并通过16S rRNA基因扩增验证(图3)。Fig.3 分选细胞的基因组扩增(A)和PCR验证(B)。通过16S rRNA基因测序确定了mini-metagenome(聚类组别)的群落组成。从三个拉曼聚类组别样本中获得了超过100,000个高质量的16S rRNA基因有效reads。 Chao1以及Shannon和Simpson多样性指数表明,Cluster2的丰富度和物种均匀度比其他簇最低(Table 1)。Table 1. 16S rRNA基因测序分析不同类群的群落多样性在纲水平上确定的主要菌群是Cluster1中的Alphaproteobacteria(94.41%)和Cluster2中的Deltaproteobacteria(99.97%),而在Cluster3中,GammaProteobacteria(53.16%)和Deltaproteobacteria(46.56%)占主导地位(图4A)。此外,在属水平上,不同簇之间的微生物群落组成存在实质性差异(图4B和C)。在Cluster1和Cluster2中,主要属为Sphingomonae(94.41%)和Geobacter(99.97%),而在Cluster3中,Geobacter(46.56%)和Polaromonas(44.25%)是两种主导菌属。在Cluster1和Cluster3中,本研究感兴趣的Geobacter的相对丰度分别为5.43%和46.56%。这些结果表明,Cluster2是目标细菌的准确选择,因为Geobacter的相对丰度为99.97%。随后,对Cluster2进行了宏基因组测序,以生成微型宏基因组,以研究嗜冷细菌的潜在代谢活性。Fig.4 (A)和(B)不同簇的微生物群落结构,基于OTU(C)的PCA和基于微型宏基因组(D)中代表性回收细菌的基于16S rRNA基因的系统树。2. 嗜冷微生物的mini-metagenome分析基于16S rRNA基因的系统发育研究表明,基于单细胞分选回收得到的mini-metagenome与Geobacter thiogenes 和 Geobacter lovleyi的基因组相似(图4D)。 与KEGG数据库匹配的mini-metagenome序列显示了嗜冷细菌的代谢网络和功能的概述。这表明,膜运输(membrane transport)功能在mini-metagenome中占主导地位(图5A)。Fig.5 mini-metagenome中KEGG注释基因的数量(A)和特定基因的相对丰度(B)。此外,有大量的基因参与细胞运动(cell motility)、信号转导(signal transduction)、转运(translation)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism),也有很多占比的未知功能基因。为了进一步表征嗜冷EAB的潜在代谢途径,列举了一些重要代谢途径(翻译、膜运输、电子转移和能量代谢物)的功能基因(图5B)。其中,与膜转运相关的基因afuAB和ftsEX的丰度相对较高(12%)。其他相对丰度较高的基因序列包括核糖体蛋白编码基因rpsDEKM(0.33%)和rplFTOQR(2.10%),编码cox1的细胞色素c氧化酶亚基1(1.36%),柠檬酸循环(TCA循环)或与糖酵解相关的korABD (0.51%) icd(0.50%)和pckA(1.31%)。此外,鞭毛蛋白(fliEOZ)、电子转移黄蛋白β亚基(fixA)和细胞色素c氧化酶亚基I (coxA)相关基因的相对丰度也较低。四、结论采用单细胞分选、层次聚类分析和群落结构高通量测序、宏基因组测序相结合的方法,深入研究了嗜冷EAB的代谢功能。成功地表征了地杆菌属Geobacter的生理信息和胞外电子传递的潜在代谢途径,并实现了准确的分离。mini-metagenome表现出嗜冷MFC群落结构对低温的适应和对电位电子转移过程的主动代谢反应。细胞色素c等关键基因在低温嗜冷EAB的EET中起重要作用。文章中提到的相关仪器:辰英科仪自主研制的单细胞分选仪PRECI SCS具有独特的可视化分选功能,所见即所得,精准实现目标细胞的逐一分离。采用独特的激光与物质相互作用原理,对于复杂生物样本中形态各异的细胞,可实现非标记状态下的精准分离。对于百纳米级的单个微生物细胞也同样适用。单细胞分选仪HOOKE PRECI SCSPRECI SCS具有可视化、精准、广泛适用等特点。分选过程不依赖标记,可与形态、拉曼、荧光等多种识别方式结合,多种机型可选,满足不同应用需求。搭载潜心研制的HOOKE IntP智能软件,实现单细胞图像智能识别、一键自动分选、全自动细胞获取等。设备操作流程简易,为单细胞测序、未培养微生物开发、工程细胞筛选、细胞图谱绘制等研究提供完美解决方案,助力前沿科学研究。拉曼单细胞分选仪HOOKE PRECI SCS-R300PRECI SCS具有可视化、精准、广泛适用等特点。分选过程不依赖标记,可与形态、拉曼、荧光等多种识别方式结合,多种机型可选,满足不同应用需求。搭载潜心研制的HOOKE IntP智能软件,实现单细胞图像智能识别、一键自动分选、全自动细胞获取等。设备操作流程简易,为单细胞测序、未培养微生物开发、工程细胞筛选、细胞图谱绘制等研究提供完美解决方案,助力前沿科学研究。
  • 实时直接分析质谱技术在临床检验领域的应用前景如何?
    仪器信息网讯 原位电离质谱技术是指在大气压条件下,无需或只需极少样品预处理即可对复杂基质样品中的待测物质直接电离和分析,具有微量、快速、灵敏、原位、实时、在线的特点。待测样品中的待测物主要是在大气压下通过与初级电荷/能量载体(如带电液滴、激发态等离子体、光子等)发生能量和电荷交换被离子化,然后引入质谱仪检测。  自2004年美国普渡大学的Cooks教授和2005年日本电子美国公司的Chip Cody博士分别提出解吸电喷雾(DESI)和实时直接分析(DART)两种原位电离质谱技术以来,已经有几十种新方法、新技术被提出,在国际上出现了一股基于原位离子化技术的快速质谱分析研究热潮。  目前,质谱技术不仅在化学分析领域发挥重要作用,在生命科学领域的重要性更是日益凸显,甚至被称为科学家们探索生命奥秘的”最佳拍档”。同时,原位电离质谱技术至今已出现近17年,业界专家和国内外研究新秀也在不断拓展该类技术的应用领域,从分析测试行业到生命科学甚至临床检验等领域。而当下更多的人更想要了解,原位电离质谱技术未来在临床检验领域的前景究竟如何?  在“2021年原位质谱主题网络研讨会”期间,DART-MS(实时直接分析质谱)技术的发明人Chip Cody博士给出了他的答案。  众所周知,关于DART离子源的主要优势主要有:1)直接分析,基本不需要样品制备,样品分析时间很短,满足快速分析的需求 2)操作简便,操作人员仅需要调节DART离子源的温度和正负极 3)绿色、低碳,分析过程几乎不需要化学溶剂,仅以氮气或氦气等做载气,耗能少 4)可在常压条件下分析样品 5)最后也是很重要的优势即,DART可以和众多主流的质谱仪器联用。  (图片整理自报告PPT)  报告伊始Cody博士便表示,当前DART-MS技术没有任何临床认证的产品。但早在该技术出现后的两年,即2007年,DART-MS(实时直接分析质谱)就已用于细菌全细胞鉴定(相关论文发表于Chemical Communications)。  (图片整理自报告PPT)  紧接着,Cody博士在报告中还介绍了DART技术在病原微生物学和临床化学领域的最新应用进展,其中包括DART-病原学对细菌完整细胞的脂肪酸(无需衍生化)信号的 PCA 分析以区分10种病原菌和17种酵母菌、DART-毒化对体液样品中的毒品和代谢物进行快检、DART-TDM 用于唾液、血尿、人发等的临床治疗药物监测、DART-DBS 干血斑法用于新生儿筛查、DART-HRMS 乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌的早筛和诊疗、pDART用于微生物组研究等各种案例。  (图片整理自报告PPT)  不仅如此,Cody 博士还进一步介绍了专为处理高通量原位质谱数据而开发的 AnalyzerPro 新软件、高通量全自动 DART 设备的开发和场景应用、及密闭式 DART 的商业化进程。  (图片整理自报告PPT)  据了解,DART最早期的应用开始于化学战剂、爆炸物检测和药物滥用控制,之后其在全球各地的应用百花齐放,涵盖传统的物证分析、药物鉴定、化学化工分析、新颖的药物研发和食品安全检测等等。  可以看出,从原位电离技术发明至今,该类技术已发展较为成熟,转化的产品已有10余种,其也迅速应用在诸如食品、药品、材料、物证、环境、卫生等领域的安全检测与品质控制。而当前原位电离质谱技术在组学分析、新药研发、中药及天然产物分析和生物分子成像等领域的应用也有着十分广泛的应用,相信未来该类技术在临床检验领域大有可为。关于“2021年原位质谱”网络研讨会的部分回放视频链接如下:点击观看
  • BCEIA期间质谱类仪器评议活动圆满完成
    p    strong 仪器信息网讯 /strong 2015年10月27日,第十六届北京分析测试学术报告会及展览会(BCEIA 2015)在北京国家会议中心隆重召开。作为展会同期活动由中国分析测试协会仪器评议组组织的质谱类仪器现场评议活动顺利进行。会议由北京蛋白质组中心研究员魏开华主持。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center"    img title=" IMG_8206wei.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201510/insimg/3ad4c516-264f-4fad-9783-218dc2ca128d.jpg" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 北京蛋白质组中心研究员 魏开华 /p p   此次评议活动的内容安排分两个部分进行,上午进行“国产GCXGC-TOFMS现场测试评议”情况汇报、质谱仪器指标与质谱仪器验收标准现状与建议、聚焦质谱灵敏度(由安捷伦工程师作报告)、质谱仪器专项成果交流等内容。下午聚焦质谱技术快速检测微生物。评议组特别邀请了国家生物医学分析中心教授杨松成作了题为“ 微生物质谱检测方法与应用综述”的报告。同时活动邀请了毅新博创、布鲁克和岛津工程师作报告。 /p p   魏开华向参会人员介绍了中国分析测试协会质谱仪器评议组近期举办的“3300型全二维气相色谱--飞行时间质谱仪(GC× GC-TOF MS)” 现场测试和评议活动概况。该仪器由北京东西分析仪器有限公司(以下简称“东西分析”)与广州禾信仪器有限公司(以下简称“广州禾信”)联合研制。其中,气相色谱及调制器由东西分析负责研制,TOF-MS由广州禾信负责完成。双方领导及技术人员均全程参加仪器测评。 /p p   现场评议专家首先听取了研制单位所做的技术报告,对核心技术和已有数据进行了交流和讨论,并对测试方案进行了优化和细化,主要内容是技术指标(灵敏度,准确度,分辨率,定量能力,定性能力(简单混合物)和复杂样本分析(柴油)。 /p p   研制单位东西分析提供了2台仪器进行现场同步测试。其中一台负责市售柴油的全组分分析,另外一台开展技术指标测试。由于时间的关系,该仪器更多的技术指标由研制单位随后继续进行,主要包括: 质量范围,定量范围,质量稳定性及仪器整机其它性能。专家们对上述测试内容提出了关键性技术要求。 /p p   评议组认为,复杂组分的高通量、快速、准确鉴定,是当前质谱分析中的热点和难点,全二维气相色谱-飞行时间质谱是当前广受关注的分析系统之一,国外仅两家有商业化产品。北京东西分析与广州禾信联合研制的3300型全二维气相色谱-飞行时间质谱仪,自主研制了环形四喷口调制器这一核心部件,采用独立控温的双柱温箱结构,克服了二维色谱之间的温度干扰。自主研发的飞行时间质谱系统技术较成熟,性能较优异。该仪器预计在石油、食品、环境等领域具有良好的应用前景。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" QQ截图20151027224938苏.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201510/insimg/ac18e436-139f-4a43-b72e-130268bb51e6.jpg" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 中石化石油化工研究院高级工程师 苏焕华 /p p   在讨论环节,中石化石油化工研究院高级工程师苏焕华认为,目前国产仪器的主要瓶颈已经不是关键部件的问题了,在一些选题方向上应该认真思考。全二维技术是色谱技术发展的最前沿,相对于一维色谱,其峰容量呈几何级数增加 而飞行时间质谱是上个世纪90年代开始换发青春的质谱技术,全二维色谱技术与飞行时间质谱技术的有机结合,必有发展前途。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center"    img title=" IMG_8208.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201510/insimg/71ef33db-d110-4465-ab71-044c0d6b828c.jpg" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 国家生物医学分析中心教授 杨松成 /p p   国家生物医学分析中心教授杨松成作了题为“微生物质谱检测方法与应用综述”的报告。MALDI-TOF-MS在微生物检测方面主要应用在细菌学、病毒学和真菌学方面,在细菌学领域的应用较多。细菌学主要涉及临床细菌学、抗药性细菌的检测、细菌的归属和分类、食品和水中细菌的检测、环境中的细菌学和军事生物战剂相关的细菌学。MALDI-TOF-MS在微生物检测方面相对于常规标准方法成本要低很多。基于MALDI-TOF-MS微生物鉴别的系统Bruker MALDI-Biotyper CA和Vitek MS及其软件在世界有广泛应用。这两个系统分析原理相似,但是其数据系统的构成和检索是有差别的。另外,MALDI-TOF-MS病毒学方面,主要涉及临床病毒诊断和病毒的分类、病毒的流行病和耐药性研究 在真菌方面,主要涉及临床真菌学、真菌抗药性研究和分类。 /p p   杨松成在报告中对用于微生物检测的各种方法如:传统的细菌培养法、免疫法、DNA测序法和MALDI-TOF-MS法各自的优缺点进行了对比分析,认为MALDI-TOF-MS是微生物实验室很有价值的工具,将来很有可能取代目前的分子检测技术。 /p p   来自安捷伦、毅新博创、布鲁克和岛津工程师分别作了涉及质谱检测的灵敏度、MALDI-TOF质谱检测微生物最新技术与应用的精彩报告。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" QQ截图20151028005851-1.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201510/insimg/f0b4a691-dbc4-4664-ac04-5f970682b5b0.jpg" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 安捷伦、毅新博创、布鲁克和岛津工程师作报告 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" IMG_8211.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201510/insimg/f036ff1b-3224-4822-b072-6ad776b1aa6f.jpg" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 评议现场 /p
  • 津津有“卫”丨食品中米酵菌酸质谱分析技术
    自然界中广泛存在的椰毒假单胞菌很容易在食品表面生长,在26摄氏度、中性偏酸的条件下能产生大量米酵菌酸(Bongkrekic acid),分子量486.605。发酵玉米面制品、河粉、肠粉、粿条、米粉等湿米粉,以及银耳和木耳等食物,受椰毒假单胞菌污染而产生米酵菌酸毒的风险比较大。米酵菌酸具有很好的耐热性,正常的烹饪加热无法让其失活,食品一旦产生了米酵菌酸毒素,加热后食用仍可引起中毒。 目前我国仅对银耳中米酵菌酸的最高含量规定为250 μg/KG,其它食品中尚未有具体规定。米酵菌酸结构式 液相色谱质谱联用技术分析食品中米酵菌酸 样品前处理:称取2 g试样(精确至0.01 g)于50mL离心管中,加入25 mL 1%氨水80%甲醇水溶液,充分混匀,超声提取30 min(干样超声前需要暗处放置1 h),10000r/min离心5 min,取上清液5 mL于PAX小柱(阴离子固相萃取小柱,60mg/3 mL,预先用3 mL甲醇和2 mL水活化),待流干后依次用2 mL水和3 mL甲醇淋洗除杂,并弃去所有流出液。最后用5 mL 1%甲酸甲醇溶液洗脱,洗脱液于50℃氮吹浓缩近干,用50%乙腈水定容到1 mL,过滤膜后测定。 液相色谱条件:BEH C18色谱柱(100 mm× 2.1 mm,2.5 μm);柱温:30 ℃;进样体积:5.0 μL;流动相:(A)0.1 %甲酸水溶液和(B)乙腈;流速:0.35 mL/min;梯度洗脱程序:0 ~ 3.0 min,30 % B~90 % B;3.0 ~ 5.0 min,90 % B;5.0 ~ 5.5 min,90 % B~30 % B;5.5 ~ 9.0 min,30 % B。质谱条件:仪器型号:LCMS-8045/50/60系列 ESI—:离子源接口电压:4.5 kV;干燥气:氮气,10 L/min;加热气:空气,10 L/min;碰撞气:氩气;脱溶剂管温度:250 ℃;接口温度:250 ℃;ESI负离子多反应监测模式(MRM):m/z 485.2441.2 (CE 14V,定量离子对),485.2397.2 (CE 18V)。米酵菌酸标准溶液1ng/mL 某阳性米粉样品中检测到米酵菌酸 不管是在餐馆还是在自家厨房,只要这些食物的外观气味出现异常,就应立即停止食用。如果吃了之后身体出现不适,疑似中毒,需尽快催吐,排出胃内容物,以减少毒素的吸收,同时保存好可疑食品,及时就医。 其它相关内容请向岛津索取:1、鱼贝类毒素之质谱分析2、蘑菇毒素之质谱分析3、真菌毒素分析4、生物毒素分析质谱数据库5、食品安全应用文集
  • 新成果:5小时可创建脂类串联质谱谱库
    通过部分脂类成员的化学结构建立谱库   来自美国和日本的科学家仅仅耗时五个小时就建立了一类新发现的脂质的串联质谱(MS/MS)谱库。一般而言,建立这样一个谱库需要更长的时间,科学家使用了一款新研发的软件缩短了研究时间。这是一款从化学结构推测质谱图的软件工具。   该软件被称为LipidBlast,是由Oliver Fiehn和他的同事们在加州大学研发的。Davis去年在《Nature Methods》杂志发表了一篇论文将此软件首次公开。LipidBlast创建一个特定类别脂质的质谱库的步骤是:首先,分析这类脂质中已知成员的化学结构。然后,使用这些信息来推测具有相似结构的此类物质的其它可能成员。接下来,此软件将部分已知成员的化学结构与之前研究得到的已知成员的串联质谱数据相关联。最后,它利用这些关系来确定含有已推测成员在内的所有其余成员的MS/MS谱图,包括母离子和子离子。一经验证,通过对比实验数据和检索MS/MS谱库,得到的谱库就可以用于鉴别LC-MS/MS分析的生物样品中的这些物质。 此软件灵活性很强   由于脂类在串联质谱中容易形成可预知的碎片,所以尤其适合此软件电脑谱库的创建。而且,LipidBlast非常灵活,足以应付推测正、负离子下或不同的外加电压下的MS/MS谱图。在建立谱库时,这种灵活性使得它能够利用40种高或低分辨率质谱仪的谱图,包括三重四极杆质谱仪和傅里叶变换质谱仪。   Fiehn和他的同事利用LipidBlast 建立了一个基本演示MS/MS谱库,包含212,516张谱图,覆盖26种脂类物质的119,200种化合物。这些化合物包括磷脂类、甘油脂类、细菌脂聚糖类和植物糖脂类。他们已经使用这个库来识别了藻类、有鞭毛的原生生物和哺乳动物干细胞中的脂质。 能应对低磷水平的脂类家族   最近,Fiehn已将注意力转移到了一类特殊的脂类&minus 葡萄糖醛酸糖脂(glucuronosyldiacylglycerol,GlcADG)。它是近期日本科学家从植物中发现的一种脂类。由于GlcADG可以代替植物细胞膜上的磷脂,所以可以帮助植物应对低磷水平。虽然这种脂类首先在植物中发现,但它也可能出现在细菌、真菌和藻类等其他生物中。   为了与最初发现这类脂质的日本科学家们一起在其它有机体中寻找这类脂质,Fiehn和他的一位同事使用LipidBlast创建了一个GlcADG类的MS/MS质谱库。照例,这需要利用日本科学家先前得到的MS/MS谱图和植物中GlcADG类物质的化学结构,以及相似脂类成员的化学结构。最终的谱库包含15,000 张MS/MS谱图,建成仅耗时5小时。   &ldquo 这项工作不仅有希望通过GlcADG来扩展已知有机体的范围,而且也从另一个方面体现了LipidBlast快速创建MS/MS谱库的能力&rdquo ,Fiehn说。他们还开发了应用于新型脂类的免费模板,用来鼓励其他研究人员使用这款软件。   编译:郭浩楠
  • 西北区食药局近期拟采购大量色谱、光谱、质谱类分析仪器
    新疆食品药品监督管理局和青海省食品药品检验所近期发布采购招标公告,招标编号:XJZFCG(GK)2014-213、诚德采公招字(CDZB)2014-260;招标采购方式为:公开招标;涉及到的招标品目包括:色谱、质谱、光谱和微生物培养分析系统等仪器;招标共计采购:液相色谱仪13台,液质联用仪5台,气质联用仪6台,气象色谱仪3台,离子色谱仪1台等,详细内容如下: 新疆食品药品监督管理局实验室设备招标公告 新疆维吾尔自治区政府采购中心对下列货物(工程、服务)进行国内公开招标,现邀请合格供应商提交密封投标。 一、 招标文件编号:XJZFCG(GK)2014- 213 二、招标项目名称:自治区政府采购实验室设备 三、采购单位名称:新疆食品药品监督管理局 四、采购机构名称:新疆维吾尔自治区政府采购中心 五、采购内容及数量: 第一包 液质联用仪 2台 第二包 液质联用仪 2台 第三包 气质联用仪 3台,气相色谱仪2台 第四包 气质联用仪 2台,气相色谱仪1台 第五包 液相色谱仪 7台 第六包 液相色谱仪 6台 第七包 原子吸收光谱仪1台,原子荧光光谱3台,脂肪酸分析仪4台等 第八包 微生物实时检测系统4台,智能微生物培养系统4台,超声波清洗器8台等 第九包 微量分光光度计1台,微量离心机1台,全自动微生物基因指纹鉴定系统1台,微需氧与厌氧培养系统1台等。 六、项目实施地点、供货时间、技术要求等详见招标文件。 七、投标人基本资格要求:合法经营,具备工商营业执照、税务登记证和社保资金缴纳证明。 八、招标文件取得方式:凡满足上述投标资质要求拟参加本次招标项目的投标人,请携带工商营业执照副本原件或同等法律效力的证明文件直接到我中心计划监审部拷贝招标文件(须自带U盘,免费拷贝。不提供邮递及电子版发送服务)。 九、招标文件取得时间:自招标公告发布之日起15日内每周一至周五上午。 十、投标截止时间:投标书应于当日开标时间之前提交到开标现场或指定地点进行现场登记,逾期不收。投标文件一律不予退还。 十一、开标时间:2015年 2月3 日上午11:00(北京时间) 十二、开标地点:新疆维吾尔自治区政府采购中心 十三、采购机构地址:乌鲁木齐市中山路462号广场联合办公大厦(人民广场南侧)A座14楼 十四、拷贝招标文件联系人:米日古丽 电话:0991-2828668 采购单位联系人:夏小维 电话:0991-6386036 新疆维吾尔自治区政府采购中心 二○一五年十二月二十三日 青海省食品药品检验所&ldquo 检验设备采购项目&rdquo 公开招标公告   青海诚德招标代理有限公司(以下均简称&ldquo 采购代理机构&rdquo )受青海省食品药品检验所(以下均简称&ldquo 采购单位&rdquo )委托,拟对&ldquo 药品、化妆品、医疗器械检验设备采购项目&rdquo 进行国内公开招标,现予以公告,欢迎符合条件的供应商前来参加投标。 1、采购项目名称药品、化妆品、医疗器械检验设备采购项目 2、采购项目编号诚德采公招字(CDZB)2014-260   3、采购方式公开招标   4、采购预算控制额度包号招标内容套数招标控制价   包1液相色谱-三重四极杆质谱联用仪(原装进口)1278万元   包2气相色谱-三重四极杆质谱联用仪(原装进口)1215万元   全自动溶出仪(原装进口)1   包3离子色谱仪(原装进口)1163万元   药品稳定性试验箱1  拉曼光谱仪(原装进口)1   包4导尿管测试装置189.6万元   医疗器械流量测试、加压流量测试仪装置1   血压表耐变压试验仪1   输液泵测试装置(10个头)1   电阻式微粒计数器2   电子天平(千分分之一)1   便携式双流量尘埃粒子计数器(原装进口)2   5、项目分包个数4个   6、各包要求具体内容详见《招标文件》(点击此处阅读)   7、各包供应商资格条件1、符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条要求   2、在中华人民共和国境内合法注册的,具有独立法人资格   3、投标人若为非生产厂家须提供投标产品(液相色谱-三重四极杆质谱联用仪、气相色谱-三重四极杆质谱联用仪、全自动溶出仪、离子色谱仪、拉曼光谱仪、便携式双流量尘埃粒子计数器、电阻式微粒计数器)的生产厂家对该产品的授权文件   4、投标人所投原装进口设备需提供进出口许可证或对外贸易经营相关手续,并提供产品注册证及产品技术白皮书   5、包4投标人需提供医疗器械生产(经营)企业许可证   6、投标人的投标产品应符合国家有关部门规定的相应技术、节能、安全和环保标准 如国家有关部门对投标人的投标产品有强制性规定或要求的,则投标人的投标产品必须符合相应规定或要求   7、本次招标不接受联合体投标   8、投标人必须向采购代理机构购买招标文件并登记备案,未经向采购代理机构购买招标文件并登记备案的潜在投标人均无资格参加本次投标。   8、公告发布时间2014年12月22日   9、招标文件发售起止时间自2014年12月23日-12月29日,每天上午8:30-12:00,下午2:30-6:00(午休、节假日除外)。   10、招标文件发售方式现场发售   11、招标文件售价300元/包。标书售后一概不退,投标资格不能转让。   12、招标文件发售地点青海诚德招标代理有限公司(西宁市五四大街28-2号市交通局1楼)   13、购买招标文件时应提供材料投标人的营业执照副本原件及复印件、组织机构代码证副本原件及复印件、税务登记证副本原件及复印件、医疗器械生产(经营)企业许可证原件及复印件(包4)、法人授权委托书(附被授权人身份证复印件)。以上资料均需加盖公章。(已在我公司备案的只需提供资质的复印件)   14、投标截止时间2015年1月12日上午9:30   15、开标时间2015年1月12日上午9:30   16、投标及开标地点青海省公共资源交易中心二楼5号开标厅(西宁市西川南路53号)   17、采购单位及联系人电话采购单位:青海省食品药品检验所   联系人:张先生   联系电话:0971-8215404   18、采购代理机构及联系人电话采购代理机构:青海诚德招标代理有限公司   联系人:杨先生   联系电话:0971-6184771/6184331转8001   联系邮箱:qhcdzbgy@163.com   19、采购代理机构开户银行开户名称:青海诚德招标代理有限公司   开户银行:中国银行青海省分行西宁市商业巷支行   20、收款人青海诚德招标代理有限公司   21、银行账号105017161341   22、其他事项1、投标人所投项目必须完全响应招标文件所列内容。   2、报价范围、采购范围及所应达到的要求,以招标文件中商务、技术和服务的相应要求为准。   3、招标内容如有变动,以招标文件及澄清文件为准。   4、本公告同时在青海政府采购信息网(http://www.ccgp-qinghai.gov.cn/)、青海经济信息网(http://www.qhei.gov.cn/zbycg/cggg/default.shtml)、青海省招标投标网(http://125.72.14.82/qhweb/)发布。   23、财政部门监督电话0971-6145505   青海诚德招标代理有限公司   2014年12月22日
  • 质谱进行微生物鉴定的优劣分析
    伴随着医学技术的迅猛发展,质谱技术快速走进人们的生活,特别是在医学中的应用越来越广泛,质谱技术在临床中快速鉴定细菌的成果颇为显著。近年来,全国各大检验室大力引进前沿的检测技术,主要针对微生物领域进行精准检测,质谱技术检测具有操作步骤简单、程序自动化和结果准确率高的优点,能够有效对微生物进行鉴定,此外,质谱技术具有高通量、高灵敏度和高特异性,基于此特点,该技术应用在临床微生物检测上,取得了惊人的效果。总而言之,质谱时代已经到来,打破了传统的微生物鉴定局限,为我国的医疗临床事业作出了巨大的贡献。一、质谱技术的应用原理及优势大量实验研究结果显示,质谱技术的工作原理很复杂,主要是对被检测的标本离子质荷比进行详细测定,采用标本与激光辐射基质混合点相结合形成结晶的方式,力争将标本通过基质分子吸附的方式将其电离,形成完全不相同的带电离子。同时,在带电离子的动能加速下,快速形成聚焦,从而进入质谱技术分析仪器科学分析。在微生物的检验中,质谱技术在一定程度上具有明显的优势,其主要优点在于检验时对标本的要求很低,不像传统的检验需要将标本进行分离甚至是提纯,质谱技术可以直接进行点样。与此同时,质谱技术检验微生物的准确性非常高且操作方便快捷。二、质谱技术在鉴定检测中的具体应用(一)细菌鉴定检测质谱技术应用于临床检验时可以对原始的样本进行检测,也可以对已经分离的纯菌落进行检测。实践证明,临床检验标本时采用质谱技术进行检测,其标本可以是原始样本,还可以是通过相关技术已经分离的纯菌落。临床上,质谱技术在对革兰氏阳性、阴性细菌进行检验鉴定时,其检验结果的准备性很高,但是,同样的标本采用原始检验方法进行对比,其结果相差很明显。在用原始方法与质谱检验方法检验革兰氏细菌的结果对比中,质谱技术检验结果明显比原始技术检验结果准确度高,同时采用质谱技术检验获取结果的时间更短,二者检验结果的差值在统计学上具有一定的存在意义。除此之外,质谱技术在细菌鉴定检测中还有一个特殊的优势,即能够将相同或相近的菌株准确区分开,从而快速鉴定出多种细菌的不同类型、各自的属性及种类等,最主要的是其准确率相当高,能够达到90%-95%左右,此外,在细菌鉴定中还有发现新型病原菌的可能。(二)真菌鉴定检测针对于真菌鉴定检验,质谱技术检验结果对比传统技术具有很高的精准率。在二者的真菌鉴定检测结果中,质谱技术检验结果要明显比传统检验方法更准确,且检测时常较短,其检验结果存在较大的差异性,在统计学上具有重要的存在意义。分析结果表明,因为真菌本身很干燥,不轻易挑选菌落,这种情形能够导致靶点涂菌分布不均匀,再加上检验人员如果在涂菌时涂得过薄,最后影响结晶不能完好形成,基于此特点,原始方法鉴定真菌,其鉴定检测结果与真实结果差异是非常大的。(三)药物敏感性检测临床上,质谱技术还可以对药物的敏感性进行检测,其检测结果具有极高的准确率,而且针对于药物敏感性的检测,质谱技术检验结果用时要比传统技术短很多,可以大幅度降低技术人员的劳动成本。质谱技术与传统技术在药物敏感性的检测中,除了在检测时间和检测结果上有很大的差异性外,在检测范围上也有所不同。传统技术检验范围具有一定的局限性,能够检测极少数的细菌,而质谱技术恰恰相反,可检测的范围十分广泛,且具有检测人工成本低和资源节约的作用。三、质谱技术的发展前景临床上,血液感染时一种十分严重且常见的感染性疾病,该疾病经常需要使用抗生素来治疗,但是由于抗生素使用的不规范,加上不间断的侵入性治疗方案陆续实施,导致每年因血液感染的发病机率持续升高,引起了医学界的高度关注。在过去应用传统的方法检验临床数据时,血培养鉴定结果经常需要很长的时间,进而严重影响治疗的最佳时间,因此,质谱技术应用在微生物检验上,解决了以往医疗上的大难题。大量的临床数据研究结果指出,根据目前的医疗科学技术能够把血液中的致病细菌大量提取出来,然后应用质谱技术检验细菌,对比之前的平板培养技术,其结果更加精准且耗时短。专家指出,有相关学者利用常规技术和质谱技术鉴定血培养结果,得出针对于血培养结果的鉴定还是质谱技术更准确、更快速,且具有明显的统计学意义。四、质谱技术存在的缺陷目前,在现代微生物检验技术中,质谱技术有着诸多优势,对比传统的检测技术,最明显的优势就是检验结果精准且用时很短,同时具有操作简单便捷、程序自动化的特点,但是在临床大量的实际检验中,质谱技术还是存在一定的缺陷,值得相关人员去大力研究。临床上,质谱技术是无法精准检验结构较为特殊的微生物菌种,例如罕见的菌种、新出现的菌种、复杂混合的菌种或与图谱极为相似的菌种,在检验结果上存在着一定误差。质谱技术检验细菌出现这种结果的原因是目前已有的数据库并不完善,现有数据库中已有的标准菌株图谱是有限的,质谱技术的数据库还需要持续不断的完善,因此在微生物鉴定的结果中会产生一定的差异,更无法对新型菌种和特殊菌种进行准确鉴定。除此之外,由于质谱技术刚刚在国内兴起,是一项新型高新技术,在微生物鉴定过程中要求技术人员的操作能力比较强,因技术员的相关知识匮乏、器械不充足或检验手法不熟练等因素都有可能对检验结果形成一定的差异,导致结果不准确。同时,质谱技术检验微生物是一种新型的技术方法,检验时需要采购相应的仪器,价格高昂的检验仪器导致市场推广难以进行。近年来,科学技术的高速发展有效推动了我国社会的进步,其中,作为重要的鉴定技术之一,微生物鉴定技术可以帮助医疗人员进一步实现对于病原微生物的合理理解与充分认识,基于此,医疗工作者在临床过程中可以进一步结合相关结果对于患者的健康情况进行全面分析,对于后续治疗方案的合理制定具有良好的促进意义。近年来,在科学技术的引导下,质谱技术在我国临床微生物鉴定工作中展现出了良好的应用价值,从而受到了广大医疗行业从业者的高度关注。总的来看,与传统微生物鉴定技术相比,质谱技术具有良好的应用优势,可以进一步提升微生物鉴定工作的效率与准确性,然而,该技术仍存在一定的发展空间,因此,为了更好地应用该技术为医疗行业服务,相关研究人员仍需结合大量临床实践合理做好对于质谱技术的探索与改良。
  • 广西已具"超级细菌"检测能力
    中国疾病预防控制中心通报,我国发现3例超级细菌携带者。10月27日,记者从自治区疾控中心了解到,目前广西尚未发现此种细菌,同时,广西已具备检测超级细菌的能力,疾控部门将立即开展搜集病人样本、实验室检测等一系列工作。卫生部门也要求全区医疗机构切实遵守无菌操作规程,减少院内感染。   疾控部门:试剂、人员均已到位   自治区疾控中心副主任林玫介绍,超级细菌具有超强抗药性,源于它带有一个强悍的基因,检测耐药菌是否带有这种特殊的基因,就能识别出它的“超级”身份。   近日,自治区疾控中心已从国家疾控中心领回了检测所需的试剂,人员技术也已到位,将马上开展相关的监测工作。医疗机构将保留临床诊疗中发现的耐多药病人标本,交由疾控部门做进一步检测。疾控部门也将对既往收集保存的样本进行筛查。   据介绍,超级细菌对青霉素类、头孢菌素类和碳青霉烯类的抗菌药物已经广泛耐药。易感人群包括疾病危重、入住重症监护室、长期使用抗菌药物、插管、机械通气等患者。   医疗机构:严格落实无菌操作   记者从自治区卫生厅医政处了解到,卫生部印发的超级细菌诊疗指南——《产NDM-1泛耐药肠杆菌科细菌感染诊疗指南(试行版)》,已经发放到全区的医疗机构,并要求各医疗机构做好可能出现的感染患者的诊疗工作。   根据卫生部的指导,广西的医疗机构将根据临床微生物检测结果合理选择抗菌药物,扩大抗菌药物敏感性测定范围,减少对患者的侵袭性操作,积极治疗原发疾病,根据临床特征进行中医辨证治疗。   由于超级细菌主要侵犯的是住院病人,因此,自治区卫生厅要求各级医疗机构加强医务人员手卫生、严格实施隔离措施、切实遵守无菌操作规程、加强医院环境卫生管理,减少院内感染发生几率。   药学专家:多数感冒无需抗生素   超级细菌是如何产生的?公众滥用抗生素的坏毛病难辞其咎。自治区人民医院药剂科主任药师危华玲说,其实在超级细菌出现以前,医院就碰到过不少泛耐药的病例。   泛耐药是指细菌对大多数抗生素都耐药,这给临床治疗带来了很大的困难。随着细菌的耐药性像滚雪球一样越滚越大,最终就出现了超级细菌。危华玲说,当老的抗生素不起作用时,要对付这些难缠的细菌,就越来越依靠新研制出来的抗生素。可是,新药研制的速度远远比不上细菌耐药的速度,新药也就变得越来越“短命”。   如何远离超级细菌的威胁?危华玲给公众提了四点建议:   1.使用抗生素必须诊断明确,只有细菌感染的情况才适宜使用   2.不要一感冒就用抗生素。感冒初期多数是病毒感染,只有合并细菌感染的时候,如咽喉发炎等,才应考虑用抗生素。服用抗生素来预防感冒更不可取,因为抗生素根本起不到预防作用   3.抗生素必须在医生的指导下服用,尤其是新生儿、老人、孕产妇等特殊人群,切忌不要自行服药。   4.如果必须吃抗生素,一定要遵医嘱按时按量服用,不要自己随便停药,这样很容易使身体产生耐药性。
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