对于重组蛋白的分离纯化,一般都会在进行载体构建时,选择N端或C端加上一个标签,如GST,HIS6,FLAG和MBP等,带了这些标签的蛋白就可以通过亲和吸收的填料来到达初步纯化的目的,亲和纯化相对简单,带有标签的蛋白就会吸附到相应的填料上,而不带标签的蛋白会直接流出,简单的清洗杂蛋白后,只需要再把吸附在上面的蛋白洗脱下来即可,几乎不需要摸索分离纯化的条件。含有所需蛋白的分泌液或者裂解液一般体积都相对比较大,最好使用蛋白存化系统(Clear First 2000)的上样泵上样;进完样后,进行杂蛋白的清洗,再用特异的洗脱液将蛋白洗脱,通过自动接收器接收分离后样品即可,整个过程基本可以实现自动化操作。