一代测序仪

科技日报讯 （记者王怡）中国科学院北京基因组研究所和吉林中科紫鑫科技有限公司4月18日在长春联合召开国产新一代基因测序仪样机观摩研讨会，向与会的国内基因测序领域专家和应用单位代表展示这一合作成果，同时向社会公开征集部分应用单位进行免费测试使用，测试工作将于今年下半年开展。 据了解，新一代基因测序仪样机是目前唯一技术性可以匹敌国际市场主流产品的国产基因测序系统，与国外第二代高通量测序系统相比，已经成功解决“读长较短”这一关键技术难题。该基因测序仪已经达到和部分超越国际主流设备技术指标，其成本低于进口设备1/3以上，应用成本低于进口设备1/5以上，使新一代测序技术真正达到进入广泛应用市场的经济条件，并将彻底解决我国基因测序仪完全依赖进口的局面。截至目前，该系统已获得7个发明专利和1个实用新型专利授权，还有多项专利正在申报。 中科院北京基因组研究所研究员于军介绍，新一代基因测序仪对传染性疾病的预防控制和诊疗，生物恐怖因子、食源性致病因子和转基因成分鉴定，口岸卫生和有害生物防御性检疫，以及针对人类遗传多样性而产生的疾病早期预警和个体化用药相关基因的检测分析等实践应用，提供强有力的技术支持。 据悉，测序仪今年下半年将在医疗、检验检疫、疾病防控、高校、研究院所等20家应用单位进行免费测试使用。已经确认参加测试应用的单位包括中国检验检疫科学研究院、北京出入境检验检疫局、青岛海洋大学等10余家单位。测试工作主要包括对系统性能的优化和改进，以及根据应用领域的不同进行应用产品的共同开发，即在基础试剂产品的平台上衍生出一系列专用型试剂产品，并开发相应的数据分析算法和数据库，实现测序技术实践应用的全面解决方案。来源：中国科技网-科技日报 2014年04月20日

“在未来五年，全球基因组学生命科学研究工具市场预计每年增长6%，而新一代测序仪市场预计每年增长16%，”一家生命科学市场研究公司DeciBio在2012年4月12日发表的一份报告中说。　　在这份报告中，位于洛杉矶基的DeciBio估计生命科学研究工具的市场规模将从2011年的374亿美元增长至到458亿美元，年复合增长率为4%。DeciBio说，在新一代测序仪持续被采用的推动下，2016年基因组学市场规模预计增长到89亿美元，而2011年是68亿美元。　　DeciBio的合作伙伴Stéphane Budel,在一封给GenomeWeb的电子邮件中说，基因组学“有望成为生命科学研究工具市场增长最快的部分，”并且补充说，新一代测序技术“正在真正改变这次比赛。”更多内容：http://www.instrument.com.cn/news/20120413/076792.shtml

近日，美国 FDA 审批通过 Illumina 公司的 MiSeqDx 台式新一代测序仪及配套试剂盒，成为全球首个而且是目前唯一一个获得 FDA 临床认证的新一代测序（NGS）平台。通过认证的试剂盒除了针对囊性纤维化的检测之外，还包括通用试剂盒，让临床实验室能够开发他们自己的诊断检测。美国 FDA 医疗器械与辐射健康中心的官员 Alberto Gutierrez 博士认为：“NGS 正在改变我们了解基因组学的方式。在这之前，测序与特定疾病相关的基因是个漫长而昂贵的过程。今天，我们能够在单个检测中非常快速地读取和解释大的 DNA 片段，而这一信息丰富的技术日渐普及，能够被医生用于患者护理。”此次通过 FDA 认证的两项分析分别是 MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 和 MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay，它们可用于囊性纤维化的筛查和诊断。囊性纤维化是一种常见且致命的遗传疾病，在欧美人群中较为常见。在美国约有 1000 万名携带者，而患病人数超过 3 万名。此疾病由囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）基因的突变引起，有着广泛的临床表现，这取决于哪些CFTR基因突变存在。大部分CFTR突变是罕见的，其分布和频率随群体而异。MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 旨在同时检测CFTR基因中的 139 个临床相关的致病突变及变异，包括 ACMG 和 ACOG 建议筛查的那些。MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay 则凭借 Illumina 的靶向重测序技术，为 CFTR 基因的蛋白编码区域和内含子/外显子边界提供高度准确的数据。美国国立卫生研究院（NIH）的院长 Francis Collins 也是一名囊性纤维化的研究人员。他在一份声明中指出，这一具有里程碑意义的举措，将有助于实现个性化医疗的承诺。他认为，高通量 DNA 测序仪的出现让医生能够全面查看患者的基因组，以便搜索各种变异或突变，它们可能增加疾病风险，推动疾病进程，和/或影响药物反应。这些信息有可能在很多方面让患者受益。不过激动归激动，他认为目前还有很多工作要做。Francis Collins 博士和 FDA 局长 Margaret Hamburg 在《新英格兰医学杂志》上联名发文，称测序平台在临床应用中的批准将为医生在患者护理中更广泛地采用遗传信息铺平道路。不过，他们也指出，尽管目前已取得一些进展，但仍存在政策、法律和监管问题，而新发现也必须得到验证。此外，医生、医疗保健工作人员和患者仍需要支持和帮助，才能了解基因组数据。他们谈道：“新一代测序到达这一监管里程碑仅仅是个开始。我们需要共同努力，以确保研究进展和基因组信息的临床应用是基于严谨的证据。”原文检索：Francis S. Collins, and Margaret A. Hamburg. First FDA Authorization for Next-Generation Sequencer. NEJM, November 19, 2013; DOI: 10.1056/NEJMp1314561

2010年2月，罗森伯格的Ion Torrent公司推出了世界上第一台半导体测序仪——PGM，这也是首台“桌面型”（benchtop）测序仪。PGM的测序原理不同于此前的测序技术。随着2011年三款新的测序平台的发布，此领域的变革步伐不断加快。这三款新平台分别为：Ion Torrent的PGM、Pacific Biosciences的RS和Illumina的MiSeq。研究人员发现，Ion Torrent、MiSeq和PacBio RS技术所产生的数据对富含GC、中性和富含AT的基因组都表现出近乎完美的覆盖，只是在利用PGM对富含AT的恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）基因组进行测序时，有大约30%的基因组无覆盖。这三台快速周转的测序仪都能够产生有用的序列。然而，就数据质量和应用而言，还存在很大差异。产量有限且每个碱基的费用高阻碍了大规模测序项目在PacBio仪器上的开展。从实用性和流程方便性来看，PGM和MiSeq相当接近。决定购买哪一台将取决于可利用的资源、现有设施和人员的经验，当然，资金和应用也要考虑.虽然目前个人化基因测序仪更多地还是用于科研，但对它在临床上的应用，是Life公司和IIIumina公司当下都在积极推进的最重要的方向。 Life在2011年7月就PGM的临床应用，向FDA提交了申请。IIIumina公司也紧随其后：“我们正在申请FDA对MiSeq的审批。MiSeq在设计过程中就考虑到了特定的临床应用环境，我们相信这个系统的许多特征会有助于它获得FDA的批准。

[color=black] 历来，任何人为或者意外导致的食品掺假与污染都是不可接受的。[/color][color=black]21世纪的今天，食品加工和生产中的上述风险都是可识别和可预防的。[/color][color=black] 食品行业每年需耗费约100-150亿美元应对欺诈。各种食品危机、食物过敏和食品欺诈的发生，提高了消费者对全球食品供应链潜在风险的警觉意识[/color][color=black][color=black] 新一代测序（[/color][color=black]NGS[/color][color=black]）基因分析，是目前食品行业中是最新、最强大的工具。[/color]NGS分析是鉴定食品欺诈和验证真伪的一种新型、快速的解决方案，可有效提高食品的可追溯性与安全性。基于庞大的物种数据库信息（15000种哺乳动物类、鸟类、水产动物类、鱼类、植物类、微生物和过敏原类），NGS仅需一天，就能识别食品样本中含有的所有物种。[/color][color=black][/color][color=black] 产品供应链通常采用多种质量和食品安全方案，以确保政策和流程落实到位，并确保使用的原材料符合质量要求。食品样本测试可验证这些方案是否成功。NGS基因诊断服务可以识别食品样品中的生物量，包括加工或未加工的食品，包括:[/color][color=black]畜禽肉类, 鱼类,水产品类（双壳类、头足类、甲壳类）,植物和蔬菜类,茶叶,咖啡,调味料,细菌,霉菌,过敏原.[/color][color=black] 食品可能含有一种或多种成分，[color=black]NGS[/color][color=black][/color]测试分析适用于各种食品原材料、加工食品（包括罐装食品），或直接用微生物生长的培养皿进行微生物测试。食品在送样过程中不需要进行温度控制。对于微生物测试， NGS分析可以提供微生物快速鉴定（活的或死的）。[/color][color=black] 例如，若一个汉堡声称“100%牛肉”，NGS分析可迅速给出该产品含有的所有肉类品种信息。而目前市场上的服务仅对该汉堡已知肉类品种进行测试。使用NGS基因分析可以经济高效地及时解决肉类和海产品掺假，以及过敏原污染.[/color][color=black][/color][color=black][/color][list][*][/list][color=black][/color]

近期，英国SPT Labtech —— 生命科学研究领域自动化仪器及耗材的制造商，宣布与Roche合作共同推出一种Illumina 兼容且简化的下一代测序（NGS）文库制备方法。通过与 SPT Labtech 的一体化自动液体处理平台 firefly的合作，为基因组学研究人员提供了 Roche 的 KAPA EvoPlus 和 KAPA EvoPlus [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]-Free Kits 的全自动化工作流程（仅用于科研）。[align=center][img]https://img1.17img.cn/17img/images/202403/uepic/18b81cd9-8eb8-474a-9d0b-a19cb1729808.jpg[/img][img=,180,131]https://img1.17img.cn/17img/images/202403/uepic/de5f7f96-b895-494b-a8ab-7b1b60cfc593.jpg[/img][/align]这些技术的结合为实验室的全基因组测序建库环节节省了大量时间。这种自动化使用户能够同时运行 96 个样品，与手动操作相比，通量显著增加。此外，该自动化方案不仅提高了生产力，还显著降低了重复性劳损伤害（RSI）的风险，这是在高通量测序任务中需要大量重复手动移液容易引发的常见问题。[color=#0070c0]KAPA EvoPlus Kits 的优势[/color]：适用于低至高通量应用所需要的多功能性和适应性。[color=#0070c0]firefly [/color][color=#0070c0]的优势[/color]：在紧凑的台式设计中结合了多种功能模块，包括移液、分液、孵育和震荡功能，简化了 NGS 文库构建流程。SPT Labtech 基因组学负责人 Paul Lomax 表示：“上述的合作预示了基因组学界在方法学上的提升，为下一代测序文库制备提供了一种经优化、更可靠和更高效的方法。通过显著减少手工劳动和降低时间成本，研究人员可以将注意力转移到工作的更关键环节，从而加速科学发现和创新的步伐。随着我们与 Roche 的合作的继续，我们正在努力实现自动化 KAPA 文库定量试剂盒，为基因组学实验室提供更多的即用型程序一键运行。”[来源：仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

天津金思德生物公司提供技术支持与相关服务 天津金思德生物技术有限公司，是一家具有权威核心技术的高科技公司。拥有雄厚的科研技术力量、精良的仪器设备、完善的项目管理、严格的质量管理体系以及专业的技术支持。在精湛的技术平台基础上，为广大客户提供最优质的服务和具有竞争力的价格。 金思德可以提供DNA鉴定人员培训、鉴定技术支持、DNA测序设备升级、设备维修包括：（ABI-310，3100，3130xl，3730xl，3500xl，及其它DAN检测设备）等服务。同时我们还可以帮您解决生物实验室淘汰和闲置的大型DAN测序设备。并可以帮您管理，维护，维修及旧设备回收等服务。解除您的后顾之忧，帮您节省时间，空间和资金等实际问题。是立足于生命科学技术领域的佼佼者，我们公司已成为全国诸多知名公司，生物院校，科研机构，鉴定中心的长期合作伙伴和供应商！使更多的广大客户得到最优质的产品、维修和技术支持服务。金思德一直在不断提升自身服务的竞争力，努力打造国际一流品牌和服务。我们因你们而存在！ 公司名称：天津金思德生物技术有限公司联系人：李俊玲 QQ：2499291612电话：022-84901689 18920118658公司地址：天津市东丽区华明镇南坨工业园广源路13号

高通量测序如果用于临床，或者是为临床行业所服务，那么需要哪些资质呢？

进入21世纪，自第一个植物基因组拟南芥被完整破解以来，有近300种植物的基因组被陆续破解，并在此基础上建立了相应的植物基因组数据库，中药材植物是其中重要的组成部分。中药材品种数量众多，一项市场调查发现，123种常用的中药材都有不同程度的掺假或混用的情况。传统的DNA条形码技术虽然具有很好的物种区分能力，但是一般是针对单一的物种进行鉴定，碍于桑格测序的技术局限性，其对多药味的中成药的鉴别存在困难。NGS测序则可以解决多药味处方的鉴别的问题，目前已有许多关于NGS技术应用于中药材产品的报道。Peng Zhang等尝试用Pacific Biosciences（PacBio）公司的单分子实时（Single-molecule Realtime，SMRT）测序技术对生脉散中各个药味进行检测，不同于传统的NGS测序，其开发了一种Full-lebgth Muiti-barcoding的策略，直接对ITS2和PsbA-trnH的片段进行了测序，并选择三味蒺藜散用于验证方法的可行性。最终通过不同通用DNA引物的组合可以实现对生脉散与三味蒺藜散中所有药味的鉴定，同时可以鉴定出外源性的物种，充分证明了此种方法用于中成药质量控制的可行性。由于龙胆泻肝丸中川木通的混用会引起马兜铃肾病，因此其质量检测要求比较严格，通过鸟枪法宏基因组测序技术使用Illumina HiSeq 2500平台对龙胆泻肝丸中的木通进行验证，从实验室制作的2个参考样本（RF01和RF02）中获得了ITS2、PsbA-trnH和MatK三个序列的共计129个有用的Contigs，实现了对木通及龙胆泻肝丸中其余药味样本的检测。将该方法应用于市场收集样本的检测，发现市场样品多存在产品投料缺失、伪品混用、川木通代替木通投料等情况，证明了该方法用于中药材尤其中成药质量控制方面具有可行性。Cheng等基于高通量测序方法开发了一种新的用于识别中药中生物成分的M-TCM方法，对六味地黄丸的生物成分进行分析。分析过程中选择了3批不同制造商的六味地黄丸的药材及自己实验室制备的参考样本，最终实现了对六味地黄丸中不同药味与外源性生物的检测，并通过该方法进一步验证了有些厂家以加工过的原材料进行投料生产的猜测。目前对于天南星的化学检测方法较少，且天南星根茎具有毒性，Li等通过高通量测序与实时[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]技术检测在传统如意金黄散处方中是否存在掺伪的情况，并通过是否能鉴别如意金黄散中有毒的天南星及其混伪品虎掌来确定此方法的可行性。结果显示，市场收集的如意金黄散样品中未检测到天南星与厚朴，却检测到了虎掌和当归，实时[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]方法与NGS测序的检测结果一致，进一步验证了结果的准确性。Xin等[44]利用PACBIO RSII SMRT平台对3份市场来源和2份实验室自制的九味羌活丸样品进行测序，通过对ITS2和PsbA-trnH两种DNA条形码的测序结果分析，发现实验室自制的样品中所有的药味均被检出，而市场购买的样品中黄芩、苍术、白芷、川芎等药味未被检测到，同时朝鲜苍术、白术等非处方药味和外源性的物种例如杜鹃属、牵牛属等却有检出。Williams A等[48]利用PacBio平台结合[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]DGGE（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis）的方法检测当归补血方中处方药味的投料是否准确，并通过高效[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p][color=#3333ff]液相色谱[/color][/url]的方法检测当归和黄芪中的1338质量标志物，确定其剂量关系。

MinION试用计划于本周一（11月25日）启动，将延续到2014年初，具体截止日期未定。根据这项试用计划，参与者须支付1,000美元的押金以及运费，而后将收到一台MinION测序仪，包括测序USB装置、流动槽和软件。在上个月的美国人类遗传学协会年会上，英国Oxford Nanopore Technologies公司宣布将启动MinION测序仪的试用计划。这次，它果然没有食言。MinION试用计划于本周一（11月25日）启动，将延续到2014年初，具体截止日期未定。根据这项试用计划，参与者须支付1,000美元的押金以及运费，而后将收到一台MinION测序仪，包括测序USB装置、流动槽和软件。除了MinION测序仪，Oxford Nanopore还在开发GridION测序仪。之前，该公司一直没有公布这两款测序仪的具体性能参数，但鉴于许多客户有意了解，它最近在网站上回答了一些常见问题。GridION和MinION系统的通量如何？据介绍，GridION系统是可以扩展的。它既可以单独作为一台仪器工作，又可以多台连接，带来更快的结果。至于仪器的通量，它会受到各种因素的影响，包括DNA的处理速度以及芯片上同时开展的实验数量。第一代商业化的仪器每天可产生几十Gb。目前的cartridge每次可开展2000个纳米孔实验，而更高配置（每次开展8000个实验）正在开发中。MinION系统是个一次性的设备，每次可开展数百个纳米孔实验，运行时间为数小时。运行时间如何？Oxford Nanopore表示没有固定的运行时间，这要取决于实验需求。由于全长的读取数据是实时流出的，故也能实时分析。初步分析可在每台仪器（节点）上本地开展，而二次分析可在用户的网络上并行开展。因此，MinION和GridION节点可持续运行，直到收集了足够的数据来回答实验问题。系统的读长是多少？据介绍，纳米孔测序仪是处理提交给它的DNA，而不是“产生”读长。它能够处理非常长的读长，大约几十kb。GridION和MinION系统的费用如何？相信这也是大家最关心的问题。Oxford Nanopore表示，GridION技术的定价不同于传统的系统。它是一个套餐，包括节点和cartridge耗材。这些套餐可满足不同需求及不同预算的客户。例如，有些客户可能有比较多的经费，而另一些则在耗材花费上更为自由；定价将让这两种类型的客户都能使用。此外，GridION系统的定价将比目前市场上的其他系统都要低。此系统是模块化的，用户可不断添加。无需服务器，因为每个节点都包含了所需的计算硬件。而且，定价透明，可在线下单。大的套餐也会有透明的折扣。对于MinION系统，零售价预计在900美元以下。不过，目前还未开始接受订单。

2010年10月4日，Life Technologies宣布，公司以3.75亿美元现金和股票完成对测序公司Ion Torrent的收购。此外，如Ion Torrent在2012年之前实现了某些具有里程碑意义的技术，Life Technologies将追加3.5亿美元的投资额。链接：http://www.instrument.com.cn/news/20101009/048724.shtmlIon Torren是新一代测序仪制造商，其核心技术是使用半导体技术在化学和数字信息之间建立直接的联系。与其他测序技术相比，使用该项技术的测序系统更简单、更快速、更便宜及更易升级。第一款使用该技术的产品将于今年第四季度推出，命名为PGM测序仪。生命科技公司(Life Technologies)是一家致力于改善人类环境的全球生物技术公司。我们的仪器、耗材和服务可协助研究者加速科学探索与开发，从而让生命变得更加美好。我们的客户遍及生物学各个领域，努力加速推进个性化药物、再生科学、分子诊断、农业和环境的研究以及21世纪的法医鉴定。生命科技公司2009年的销售额33亿美元，全球雇员接近9000人，遍及160多个国家，并拥有3900多项知识产权专利及专有许可证。生命科技公司由Invitrogen公司和Applied Biosystems公司合并而成。讨论：1.仪器公司间的收购动辄就是数亿美元，难道如此大的投入会有更高的回报吗？2.收购对两者是互赢还是单赢呢？3.仅对以上例子来看，你看好收购后的公司前景吗？

请问第三代溶出分析仪已出来，第一代能否修理继续使用？

紫外检测器毛细管电泳做二代测序建库质控可行吗？

1月22日一代大侠 梁羽生 破碎虚空，得道成仙金庸特地委托代表为梁羽生献上花圈，挽联上写着：悼梁羽生兄逝世同行同事同年大先辈亦狂亦侠亦文好朋友自愧不如者：同年弟金庸敬挽

公司现有1台ABI3100 测序仪，成色较新，价格优惠，质量保证，可预约试机。电话：13717963569自动化程度高：提供连续，无监控的操作，自动灌胶,上样，电泳分离，检测及数据分析，可连续运行24小时无需人工干预。样品分析量大：可同时对16个样品进行全自动分析，一天可完成数百个样品的测序或片段分析工作先进的荧光检测系统：采光栅分光，CCD摄像机成像技术，实现多色荧光同时检测应用广泛：除了新基因测序或比较测序工作外，可进行多种片段分析，包括微卫星DNA分析，比较基因型分析，单核苷酸多态性（SNP）研究

DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。【原理】ABI PRISM 310型基因分析仪（即DNA测序仪），采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP（标记终止物法），因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'''端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳，从而避免了泳道间迁移率差异的影响，大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同，在毛细管电泳中的迁移率也不同，当其通过毛细管读数窗口段时，激光检测器窗口中的CCD（charge-coupled device）摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测，激发的荧光经光栅分光，以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光，并在CCD摄影机上同步成像，分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列，从而达到DNA测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。PE公司还提供凝胶高分子聚合物，包括DNA测序胶（POP 6）和GeneScan胶（POP 4）。这些凝胶颗粒孔径均一，避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。电脑中则包括资料收集，分析和仪器运行等软件。它使用最新的CCD摄影机检测器，使DNA测序缩短至2.5h，PCR片段大小分析和定量分析为10～40min。由于该仪器具有DNA测序，PCR片段大小分析和定量分析等功能，因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析（SSCP）、微卫星序列分析、长片段PCR、RT-PCR(定量PCR)等分析，临床上可除进行常规DNA测序外，还可进行单核苷酸多态性（SNP）分析、基因突变检测、HLA配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。【试剂与器材】1．BigDye测序反应试剂盒 主要试剂是BigDye Mix，内含PE专利四色荧光标记的ddNTP和普通dNTP，AmpliTaq DNA polymerase FS，反应缓冲液等。　　2．pGEM-3Zf（+）双链DNA对照模板0.2g/L，试剂盒配套试剂。　　3．M13（-21）引物TGTAAAACGACGGCCAGT，3.2μmol/L，即3.2pmol/μl，试剂盒配套试剂。　　4．DNA测序模板 可以是PCR产物、单链DNA和质粒DNA等。模板浓度应调整在PCR反应时取量1μl为宜。本实验测定的质粒DNA，浓度为0.2g/L，即200ng/μl。　　5．引物 需根据所要测定的DNA片段设计正向或反向引物，配制成3.2μmol/L，即3.2pmol/μl。如重组质粒中含通用引物序列也可用通用引物，如M13（-21）引物，T7引物等。　　6．灭菌去离子水或三蒸水。　　7．0.2ml或和0.5ml的PCR管，盖体分离，PE公司产品。　　8．3mol/L 醋酸钠（pH5.2）称取40.8g NaAc·3H2O溶于70ml蒸馏水中，冰醋酸调pH至5.2，定容至100ml，高压灭菌后分装。　　9．70%乙醇和无水乙醇。　　10．NaAc/乙醇混合液 取37.5ml无水乙醇和2.5ml 3mol/L NaAc混匀，室温可保存1年。　　11．POP 6测序胶 ABI产品。　　12．模板抑制试剂（TSR）ABI产品。　　13．10×电泳缓冲液 ABI产品。　　14．ABI PRISM 310型全自动DNA测序仪。　　15．2400型或9600型PCR仪。　　16．台式冷冻高速离心机。　　17．台式高速离心机或袖珍离心机。

Edman降解法是测定蛋白质序列的经典方法，该方法由瑞士生物化学家佩尔维克托于1950年创立。Edman降解法通常是以周期的形式来表征。对于一个完整的周期，异硫氰酸苯酯标记上指定肽段的N末端，环化，之后被标记的氨基酸在酸性条件下从肽链中游离出来，进一步酸化后形成一个更加稳定的乙内酰苯硫脲-氨基酸(PTH-AA)衍生物。PTH-AA衍生物可以通过高效液相色谱鉴定。埃德曼降解周期就是通过反复地将多肽的氨基酸依次降解下来，从而鉴定氨基酸序列。　　1982年，美国应用生物系统(ABI)公司了将第一台商用自动多肽测序仪推向市场，并被实践证明是可靠和耐用的。实际上，在过去几十年中，自动多肽测序仪只有屈指可数的一些改进，但此类自动肽测序仪仍是测定肽序列的黄金标准。然而，串联质谱的使用已经成为日益重要的肽序列测定工具。质谱，特别是串联飞行时间(TOF-TOF 和QTOF)质谱仪可以对少量样本进行更快速的分析。　　与质谱相比，自动Edman降解测序的明显优势在于：已被化学验证的精确性、系统初始投资较小 然而，它的缺点是：分析时间较长、测得序列数有限，典型的测量长度范围是20~50个氨基酸序列。而对于低丰度的肽、无法获得N末端的肽，或者需要更短的分析时间，质谱则是理想的工具。但是，质谱价格高且无法区分同分异构的氨基酸。　　虽然美国应用生物系统(ABI)公司主导了自动多肽测序仪的市场，但由于市场疲软，ABI于2008年6月停止生产自动多肽测序仪。然而岛津公司看准了机会，在2009年匹兹堡会议上将其PPSQ自动多肽测序仪推向北美市场，PPSQ已在日本广泛应用超过20年。另一方面，对用质谱测定蛋白质序列的方法改进的需求保持旺盛，布鲁克道尔顿公司最近推出了Edmass Micro MALDI-TOF和 Edmass Ultra TOF-TOF 系统，这是专门为没有质谱使用经验的多肽化学家们设计的。　　自动多肽测序仪的市场主要来自于科研机构，但过去几年中自动多肽测序仪的市场需求增长处于某种停滞状态，尤其是质谱变得容易获得。但是，随着肽自动测序仪在连续使用过程中的老化，Edamn化学家们正在准备购买新设备。售后服务、附件、耗材及试剂有望在短期内对自动多肽测序仪市场产生推动作用。

最近在检测一个产品的相关物质时发现一个问题，安捷伦1260一代检测的结果比二代检测的结果偏大，所有条件都是从一代平移到二代上，期间试过两台一代和三台二代，都是一代偏大，二代偏小。包括杂质前后的基线，两代仪器表现的也不大一致，有没有大神遇到过类似情况？

如何正确选择REACH“唯一代表”　　 ----Fit4REACH欧洲专家团队访谈录五　　随着REACH法规预注册和注册日的一天天逼近，相关的战略部署和准备工作逐渐明朗化和细节化，如何正确选择REACH的“唯一代表”，如何考察和审核 REACH“唯一代表”的身份和能力，如何擦亮眼睛选对有资格有能力的“唯一代表”，成为中国企业越来越重要的关注焦点之一。的确，除部分打算通过欧盟子公司或进口商注册的企业，大多数中国企业应对REACH要面临的首要问题便是选择“唯一代表”，而这个“唯一代表”将必须承担REACH法规规定下的所有义务和责任，在预注册和注册准备期、预注册和注册进行期及预注册和注册完成期行使不同的任务和作用，将是合法和顺利进行对欧贸易的最有效和最重要的保护及维护者。　　那么，究竟怎么才能正确地选择到好的“唯一代表”呢，带着这个疑问，我们又一次走访了为德国经济能源部及德国官方REACH咨询平台推荐的Fit4REACH欧洲专家团队，希望专家能为中国企业指引方向。　　欧盟REACH法规中关于“唯一代表”的明确规定为：　　“不在欧盟国家内定居的制造商，将制造的物质、配制品或物品出口到欧盟国家内，经双方协议可指定欧盟内的自然人或法人为“唯一代表人”，承担作为进口商在注册方面的义务。该代表人在实践处置该物质方面应具有足够的背景和信息，能承担作为本法规中的进口商的其他义务。按照第31条规定能提供及更新进口的数量与销售给顾客的信息，以及按照第36条规定能提供安全数据表(SDS)的最新更新信息。 非欧盟出口商应通知相同供应链中的其他进口商谁是他的“唯一代表人”，这些进口商可被视为下游用户对待。　　非欧盟的制造商通过指定在欧盟定居的第三方作为“唯一代表人”来进行注册，这样制造商可以对注册过程获得更多的控制，避免与进口商讨论有可能是敏感的信息。同时对欧盟进口商而言，可以避免作为注册人承担RACH法规的义务，他可被认为是下游用户。”　　从法规的原文中我们可以看出，REACH法规是明确规定和要求了“唯一代表”人的物质处理背景及能力、物质信息掌握和掌控能力及情况的。可以这样理解， REACH法规的制定者及管理者认为，只有有资格且具备相当的专业背景和能力及处理经验的人，才有能力担任“唯一代表”，才能达到履行法规规定和市场要求的“唯一代表”的要求。那么，什么样的“唯一代表”是有注册资格的呢？怎么样能审查其专业背景和处理能力呢？如何知道其是否有办理经验呢？如何考察其欧盟认可性呢？Fit4REACH欧洲专家团对针对中国企业，特别指出了以下的方法，企业可以从以下方面考察和审核中国企业可选择的“唯一代表”的综合情况，避免受骗和被蒙蔽的情况出现。　　第一步：考察待选的“唯一代表”是否已经是欧盟的法人或自然人。我们建议，选择专业的企业法人作为“唯一代表” 可以更好地保护企业的基本利益。对此，请要求其出示欧盟范围内国家的合法营业执照和企业登记证明，如果必要的，还可要求其出示开户银行出具的资信证明。这些也是预计到明年6月REACH预注册和注册开始时，欧盟管理局ECHA会要求申请的“唯一代表”出示的基本材料。仅有在拥有以上一个或全部材料的基础上，欧盟管理局才会最后确认其“唯一代表”资格并发放“唯一代表”号及接受由其代理的预注册和注册申请。　　对于不能明确给出欧盟内法人证明材料并明确告知该法人具体情况，或目前尚不具备欧盟法人资格的代理者，我们建议企业慎重考虑和抉择。同样，以保障企业最大利益的角度出发，请不要轻易选择和相信由某一自然人担任企业的REACH“唯一代表”，因为其可能缺乏的专业能力及相对企业经营而言并不正规的模式可能会埋下一些贸易隐患。　　第二步：考察待选的“唯一代表”的专业能力和从业背景。因为REACH法规涉及到的大量化工及各类产品物质的专业问题，因此，一个好的“唯一代表”必须能有必需的专业理解能力、物质物性分析能力及专业处理能力。相信企业也不希望，在指定了“唯一代表”之后，由于该“唯一代表”缺乏专业处理和分析的能力，还不得不再额外花钱花精力去找有能力的专家进行分析和处理。如此成本不但大大增加，而且还不能最大程度地保证分析处理的可靠性及企业机密的保密性。所以， Fit4REACH认为，“唯一代表“决不仅是一个中介或者中间转手商，而应该是有能力对REACH全面负责的专业法人，如此才能对企业最大程度地负责，同时保障企业REACH下的合法利益及由此带来的贸易利益。

来源：中国科技网-科技日报 作者：王怡 2013年10月31日 原标题：我自主研发基因测序技术将实现产业化 科技日报讯（记者王怡）2013年国际基因组学大会10月29日在青岛举行。在开幕现场，中国科学院北京基因组研究所与吉林紫鑫药业股份有限公司就合作开发第二代高通量测序系统项目签订投资意向协议，这标志着由中科院自主研发的第二代测序仪项目即将进入市场转化和产业转化阶段。 基因测序技术，自人类基因组计划实施以来长期占据着国际生命科学技术研究的制高点，随着第二代基因测序技术的发展日趋成熟和成本急剧降低，该项技术被越来越多的科研和实践领域所应用，形成庞大市场。目前我国市场上所有高通量测序设备和试剂均来源于进口，据估计仅2013年我国在仪器和试剂上的投入就超过20亿元。 “我们的基因组学研究一直处于世界前列，源于我们最早参与人类基因组测序的工程，但是我们使用的设备一直都依靠国外的进口设备，中国科学院作为国立科研机构，我们有义务自主研制开发基因测序仪打破国外垄断。”中科院北京基因组研究所党委书记杨卫平说。 在中科院资助下，历时两年半时间完成第二代测序仪研发项目，于2011年实现原理样机和性能验收，部分性能指标超越同类进口产品。其后中科院北京基因组研究所自主投入完成该项目的工程化和产品化开发，并形成其自主知识产权群，目前已有9个专利获得授权。 “第二代高通量测序仪的产业化发展是我们的第一步，后面我们希望能有更多的进展，比如在试剂、数据库和后台都能实现国产化。”杨卫平说。

以下问题是我摘抄的，当时记在我的记录本上，所以没有记下名字，很是抱歉。但是我想拿出来这是对大家的一种共享，所以祈求大家原谅。Q:我将PCR产物纯化后送测，结果说是双模板，测序峰重叠，请问是模板不纯吗？A:应该指的是模板不纯。可能是割胶纯化时，范围偏大，非目的基因片断亦混入其中。该非目的片断的大小与目的片断也类似。如果片断长度大的话，可以先连一下克隆载体，这样测序应该没有问题。 测序峰重叠不知道你讲的时双峰类型的还是指比较杂乱的而且无序的重叠： 如果是双峰（TP）,有可能是标本来源是杂合子的缘故，如果是后者，原因很多，一般看打印出的测许结果大致可以判断。原因：1。有时候PCR产物可能就是失败的产物或者浓度很低。2．提纯不好，非目的片段保留。3．测序时Matrix等条件的错误。Q:测序结果不好，测序峰比较乱，基线不平，测许公司说含有复杂结构，现急需要该序列，请问高手这种情况该怎么办？有什么测许方法？A；我自己曾经亲自做过测序，对于这种情况，一般是有解决的方法的。不过公司不愿意为了你自己的一个样品去专门摸索条件。1． 最大可能是提取的质粒不纯，可以将质粒再次转化后挑单克隆重做（很奏效）。2． 直接在测序前的模板热变性使用86度，5分钟而不是大多数的96度3分钟3． 实在不行切后分别放到T载体上，一般都可以保证顺利读出序列。最后值得一提的是如果能自己根据理论序列给设计几个比较合理的测序引物可能一切就OK了。Q:上星期将我的PCR纯化产物拿到TAKARA测序，结果今天公司打电话来说测了100多个bp就读不下去了，建议我克隆后再测，我的PCR产物纯化只有很亮的一条带，不知道为什么测不出来。答：测不下去的原因主要是序列里面有困难序列，二级结构或短序列重复，比如发卡结构和AT长重复等，甲基化的影响不大清楚，本人认为不会影响测序。所以，PCR产物测不下去的话，克隆后也很难保证测过去。其实就测序来说，PCR产物还是质粒都无所谓，只要样品纯可以了。正向测不通反向再测也可能会测通，因为DNA中正链和反链二级结构不是完全一样的，正链中遇到困难序列在反链中可能相对简单，测序酶可能可以急需合成DNA。另外，还可以改一下测序PCR的反映条件等等，也可以测通。

DNA 序列分析技术是现代生命科学研究的核心技术之一，而双脱氧核苷酸链终止法(Sanger法)是目前使用最普遍的DNA 序列分析技术。在基于Sanger法的全自动DNA 测序技术中，测序反应产生的DNA 片段是荧光标记的，这些片段经过平板胶电泳或毛细管电泳得到分离，荧光分子被激发而发光，发出的光信号被检测系统检测。Sanger法的优势在于可以分析未知DNA 的序列，且单向反应的读序能力较长，目前的技术可以达到1000bp以上。 在实际工作中，很多情况需要对已知序列的DNA 片段进行序列验证，而这种分析往往测几十bp就可以满足需要.在这种情况下，Sanger法未必是最合适的ＤＮＡ序列分析技术。新发展的Pyrosequencing(焦磷酸测序)技术应该是目前最适合这些应用的ＤＮＡ序列分析技术。Pyrosequencing技术是新一代DNA 序列分析技术，该技术对DNA 的序列分析无须进行电泳，DNA 片段无须荧光标记，因此相应的仪器系统无须荧光分子的激发和检测装置.本文将就Pyrosequencing技术的原理和应用进行介绍和讨论．一、Pyrosequencing技术的原理首先通过PCR制备待测序的DNA模板，PCR的引物之一是用生物素标记的。PCR产物和偶连avidin的Sepharose微珠孵育，DNA双链经碱变性分开；纯化得到含生物素标记引物的待测序单链，并和测序引物结合成杂交体。Pyrosequencing技术是由四种酶催化的同一反应体系中的酶级连反应，四种酶是：DNA聚合酶（DNA polymerase）、硫酸化酶(ATP sulfurylase)、荧光素酶(luciferase)和双磷酸酶(apyrase).反应底物为adenosine 5´ phosphosulfate (APS)、荧光素(luciferin)。反应体系还包括待测序DNA单链和测序引物。反应体系配置好后就可以加入底物dNTP进行序列分析了。测序反应是这样进行的：在每一轮测序反应中，只能加入四种dNTP（dATP S，dTTP，dCTP，dGTP）之一，如该dNTP与模扳配对，聚合酶就可以催化该dNTP掺入到引物链中并释放焦磷酸基团（PPi）。掺入的dNTP和释放的焦磷酸是等摩尔数目的.注意：反应时deoxyadenosine alfa-thio triphosphate (dATP S)是dATP的替代物，因为DNA聚合酶对dATP S的催化效率比对dATP的催化效率高，且dATP S不是荧光素酶的底物。硫酸化酶催化APS和PPi形成ATP，ATP和焦磷酸的摩尔数目是一致的。ATP驱动荧光素酶介导的荧光素向氧化荧光素(oxyluciferin)的转化，氧化荧光素发出与ATP量成正比的可见光信号。光信号由CCD摄像机检测并由pyrogram™反应为峰。每个峰的高度(光信号)与反应中掺入的核苷酸数目成正比。ATP和未掺入的dNTP由双磷酸酶降解，淬灭光信号，并再生反应体系。然后就可以加入下一种dNTP。 Pyrosequencing技术的原理： 随着以上过程的循环进行，互补DNA链合成，DNA序列由Pyrogram的信号峰确定。商品化的Pyrosequncing试剂盒通过以下几点来保证反应的有效进行:底物浓度已最佳化，高质量的三磷酸腺苷双磷酸酶保证了所有的dNTP被降解，包括ATP和dATPαS；dNTP降解速率慢于掺入速率，有利于dNTP充分掺入；ATP合成速率快于ATP水解速率，使的ATP浓度和光产生正比于掺入的dNTP数目。有必要指出的是:Pyrosequencing技术可以确定一个模板的20-30bp的序列。有的研究者经过改进而使该技术的读序长度增加一倍以上。为了增加信噪比，在Pyrosequencing技术中，用dATPαS取代dATP，因为dATPαS可以比dATP被DNA聚合酶更有效利用，也更有利于阅读富含T的区域，且dATPαS不是荧光素酶的底物。但dATPαS是两种异构体SpdATPαS和RpdATPαS的混合物，聚合酶只能利用SpdATPαS。因此，为了得到最佳反应效率，必需使反应体系中保持最佳浓度的SpdATPαS，但同时增加了相应浓度的无用的RpdATPαS。dATPαS被双磷酸酶降解后的产物是双磷酸酶的抑制剂，所以随着反应进行，被双磷酸酶降解的dATPαS的降解产物浓度越来越大，双磷酸酶的活性越来越低。这可能是Pyrosequencing技术测序长度很短（20-30bp）的主要原因之一。新的革新就在于在反应体系中只加入SpdATPαS，这样一来可以大大降低dATPαS降解产物的浓度，维持双磷酸酶较长时间的活性。目前这个革新可以使Pyrosequencing技术的测序长度增加最少一倍，达到50至上百bp。

无需进行文库制备，所用DNA样本比标准方法更少2012年12月13日 来源： 中国科技网 作者： 陈丹 中国科技网讯 据物理学家组织网12月12日（北京时间）报道，英国研究人员简化了基因组测序的标准流程，首次无需进行文库制备便完成了DNA（脱氧核糖核酸）单分子测序，而且新方法只要很少量的DNA就能获得序列数据，用量可低至不到1纳克（10亿分之一克），仅为常规测序方法的500分之一到600分之一。 文库制备是指从测序前基因组样本中提取不同长度的DNA片段，这一过程不仅费力、费时，还会浪费DNA，而新技术能极大地减少DNA的损耗，并缩短测序时间。 该研究论文的第一作者、英国威康信托基金会桑格研究所的保罗·库普兰说：“我们用这种方法对病毒和细菌的基因组测序后发现，即使在相对较低的水平，我们也能够确定所检测的是何种有机物，不论样本中是否存在特定的基因或质粒（这对于确定抗生素耐药性很重要），或者其他信息，如对特定DNA碱基的修改等。”他表示，一旦技术得到优化，将在快速、高效地识别医院和其他医疗场所中的细菌和病毒方面具有很大的应用潜力。 研究小组利用第三代单分子测序系统PacBio RS演示了这种简化的直接测序方法。他们仅仅用800皮克（千分之一纳克）DNA来分析一个生物体的基因组，尽管测序仪只读取了基因组的70个序列片段，相对于常规测序方法获得的数据来说不过是很小的一部分，但这些信息足以让研究人员确定他们所检测的生物体的品种。 这项技术也使得科学家能够对此前无法识别的宏基因组（也称微生物环境基因组）样本中的生物体进行确认。“为微生物测序，首先需要能够在实验室中培养它们。”论文的主要作者、英国巴布拉汉研究所的塔米尔·钱德拉说，“这不仅耗费时间，而且有时候微生物不生长，为它们的基因组测序极其困难。”他表示，新方法可以直接对微生物测序，短时间内便可确定其“身份”。 论文的另一主要作者、威康信托基金会桑格研究所的哈罗德·斯维尔德洛说：“我们的技术可以在对所测序列没有任何先验知识、没有特定微生物试剂的条件下，在很短的时间内操作，这是一种很有前途的替代手段，可应用于控制感染等临床需要。”（记者陈丹） 总编辑圈点 长久以来，基因测序等围绕基因科学所展开的研究，都被人们贴上了从本源上解开人体生命奥秘、彻底解除遗传疾病威胁等殷切的标签。多国为提高社会健康水平，都开展了解码国民DNA的活动，有些甚至覆盖全基因组。然而，面对由30亿个碱基对构成的人类基因组，精确测序注定将是一场浩大而又漫长的工程。如何能快速、准确地将海量DNA数据转化为有帮助的实用信息，已经成为该领域科学家们面临的重大挑战之一。因而我们说，英国科学家此番取得的突破，不管是从整个学科研究的方法论层面，还是从临床应用的角度，都提高了基因研究服务于人类的速度。 《科技日报》（2012-12-13 一版）

基因测序的基本原理是边合成边测序。在Sanger等测序方法的基础上，通过技术创新，用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，从而获得待测DNA的序列信息。

AB 3500基因测序仪出售，二手测序仪[img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/03/202103312244553999_9049_3330173_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/03/202103312244553230_1599_3330173_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/03/202103312244554585_463_3330173_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/03/202103312244554995_2406_3330173_3.png[/img]

2011年《福布斯》杂志刊登了一篇名为“下一个千亿科技产业”的文章如是说：DNA测序是一种破解基因密码（即碱基序列）的技术，它将构成一个千亿产值市场的基础。多么让人心潮澎湃啊，呵呵！ 刚过去的1月，测序市场的领头羊Illumina公司宣布推出一款新的测序仪——HiSeq 2500系统。能够在大约24小时内完成整个基因组的测序，即“一天一个基因组”。同一天，Life Technologis公司也宣布推出了Ion Proton测序仪，旨在一天内完成人类基因组的测序，耗资约为1000美元。业内人士认为，此前三家测序巨头的竞争，自此，来到两大巨头的升级版测序竞赛！ 同样是一天一个基因组，HiSeq 2500在SBS测序原理上继续提升，而Ion Proton则运用半导体技术，不管怎么说，相信二者在数据质量、测序速度上差别不会太大，本次一个很大竞争点在价格方面。据Illumina公司介绍，HiSeq 2500的价格将是74万美元（美国报价），也可从现有的HiSeq 2000升级，费用是5万美元。Life Tech网站上介绍Ion Proton只需要15万美元（2012年1月Life Tech网站新闻公布, 美国报价。另有网友补充，15万美金是主机不带附属设备的，全部买齐大概要40万美金。）。不知在高端测序市场占尽先机的Illumina公司，本次如何面对Ion Proton的强势出击呢！Life Tech将从Illumina手中到底夺取多少市场份额，咱们拭目以待吧。————————————————————内容分割线——————————————————型号时间价格测序原理HiSeq 2500一天 74万美元（美国报价）SBSIon Proton一天 15—40万美金（美国报价）半导体————————————————————内容分割线—————————————————— 以上消息从Life Tech、Illumina网站、福布斯中文网等处整理总结，抛砖引玉，大家来讨论讨论2012年测序市场会不会有什么不一样吧，坐等回复！ 没人回复呀！

如题：第一个直读光谱试验（实验）是谁发现的？第一代直读光谱仪是何时发明的？第一代商用直读光谱仪是哪个国家生产的？

我公司现有一台ABI基因测序仪需要维修，请对测序仪维修保养有经验的工程师给予联系。。。。联系方式：13560329096，莫先生

[em29] 单位新进了一台3100-A型测序仪但用的次数比较少，而且培训过了好久，有朋友用过吗？能帮忙给份中文的操作手册吗？谢谢帮助！！！[em29] [em04]