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乙酰赖氨酸

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乙酰赖氨酸相关的资讯

  • 科研人员利用红外和拉曼光谱识别赖氨酸乙酰化特征
    近期,中科院合肥研究院智能所黄青研究员课题组利用红外和拉曼光谱识别赖氨酸乙酰化特征,为生物系统中蛋白质乙酰化结构分析提供了理论和实验基础。相关研究成果发表在国际光谱专业期刊Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy上。 乙酰化是生物学中常见且极其重要的蛋白质修饰,在细胞代谢中都起着关键性的调节作用。蛋白质乙酰化有两种方式,一是赖氨酸残基特有的乙酰化,二是多种氨基酸残基都可发生的N-末端乙酰化。目前一般用N-末端乙酰转移酶来标记判断赖氨酸残基是否发生乙酰化,但该方法的准确性仍存在争议。在分子水平识别蛋白质乙酰化是目前研究挑战之一,其关键是对赖氨酸的乙酰化进行准确定位表征,由此获得清晰和系统的认识。 针对这种情况,研究团队通过红外和拉曼光谱实验以及密度函数理论(DFT)计算,系统地研究L-赖氨酸三种乙酰化类型(、和)的结构变化及相应的振动光谱特征,发现酰胺基、羧基等基团的红外和拉曼特征谱带能用于有效识别不同的乙酰化类型。换言之,从红外和拉曼光谱特征即可判断赖氨酸是否乙酰化,也可判断赖氨酸发生了 乙酰化,还是 乙酰化,或者同时乙酰化。同时,研究团队对乙酰化的振动光谱识别策略在多肽模型中也得到验证。基于此,该项研究工作提供乙酰化赖氨酸的振动模式解析,并提出赖氨酸乙酰化的光谱识别和新的表征方法,为生物系统中蛋白质乙酰化结构分析提供了理论和实验基础。   该研究工作得到了国家自然科学基金和安徽省自然科学基金的资助。赖氨酸和三种乙酰化赖氨酸的分子结构Lys-G4多肽及其赖氨酸残基乙酰化的理论计算红外光谱(红色为乙酰基,蓝色为乙酰基)
  • 一种可用于3D生物打印的抗菌ε -聚赖氨酸衍生生物墨水
    凭借其个性化定制的优势,3D生物打印受到了组织工程研究人员的广泛关注。生物墨水在打印过程中起着保护细胞,并在打印后提供促进细胞生长和组织再生的支架的作用。此外,不同的3D生物打印方法需要具有不同特性的生物墨水。然而目前用于3D生物打印的生物墨水是不足的,这限制了3D生物打印在组织工程中的应用。另一方面,细菌感染严重威胁着3D生物打印及后续组织工程技术的实现,并可能导致移植物植入失败和术后严重并发症。因此,引入一种具有固有抗菌特性的新型生物墨水用于组织工程,将促进3D生物打印在组织工程中的发展。近日,湖南大学刘海蓉教授课题组提出了一种新型可用于3D生物打印的抗菌ε-聚赖氨酸衍生生物墨水。体外抗菌实验表明,基于ε-聚赖氨酸的水凝胶对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌均具有较强抗菌性能。通过使用面投影微立体光刻技术(nanoArch S140, 摩方精密),该研究成功打印了不同形状的高保真载软骨细胞水凝胶。在体内异位成软骨实验中,载细胞水凝胶经过4周培养形成了软骨样组织。总的来说,此项研究提出了一种很有前景的3D生物打印抗菌生物墨水,为3D生物打印在组织工程中的应用提供了一个新的选择。相关论文在线发表在《Journal of Materials Chemistry B》,湖南大学何亚辉为本文第一作者,刘海蓉、周征为通讯作者,韩晓筱课题组为本文3D生物打印提供了支持。图1 (a)EPLGMA-H水凝胶制备工艺示意图。(b)EPLGMA-1、EPLGMA-2和EPLGMA-3在D2O中的1H NMR谱。(c)蓝光照射后的EPLGMAs凝胶化照片。(d)EPLGMA-H凝胶过程的动态实时流变学分析。图2 大肠杆菌和金黄色葡萄球菌分别与PBS、EPLGMA-1H、EPLGMA-2H、EPLGMA-3H共混后的(a)生长情况,(b)细菌存活率,(c)活/死细菌染色照片。图3 (a-c)3D生物打印制备的细胞负载EPLGMA-3H的3种不同形状的俯视图。(d-i)3D生物打印载细胞EPLGMA-3H培养3天后的活细胞照片,(g-i)分别为(d-f)的放大照片。 原文链接:https://doi.org/10.1039/D1TB02800F
  • 全国饲料工业标准化技术委员会发布国家标准《饲料中水分、粗蛋白质、粗纤维、粗脂肪、赖氨酸、蛋氨酸快速测定 近红外光谱法》征求意见稿
    国家标准计划《饲料中水分、粗蛋白质、粗纤维、粗脂肪、赖氨酸、蛋氨酸快速测定 近红外光谱法》由 TC76(全国饲料工业标准化技术委员会)归口 ,主管部门为国家标准化管理委员会。主要起草单位 四川威尔检测技术股份有限公司 、中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所[国家饲料质量监督检验中心(北京)] 、通威股份有限公司 。附件:国家标准《饲料中水分、粗蛋白质、粗纤维、粗脂肪、赖氨酸、蛋氨酸快速测定 近红外光谱法》编制说明.pdf国家标准《饲料中水分、粗蛋白质、粗纤维、粗脂肪、赖氨酸、蛋氨酸快速测定 近红外光谱法》征求意见稿.pdf
  • 国家市场监督管理总局批准发布《氨基酸产品和添加剂预混合饲料中赖氨酸、蛋氨酸和苏氨酸含量的测定》等431项推荐性国家标准和2项国家标准修改单
    国家市场监督管理总局(国家标准化管理委员会)批准《液压传动连接 金属管接头 第1部分:24°锥形》等431项推荐性国家标准和2项国家标准修改单,现予以公告。国家市场监督管理总局 国家标准化管理委员会2023-08-06附件相关标准如下:序号标准编号及标准名称代替标准号实施日期1GB/T 20706-2023 可可粉质量要求GB/T 20706-20062024-03-012GB/T 20705-2023 可可液块及可可饼块质量要求GB/T 20705-20062024-03-013GB/T 22427.7-2023 淀粉黏度测定GB/T 22427.7-20082024-03-014GB/T 26174-2023 厨房纸巾GB/T 26174-20102024-09-015GB/T 42957-2023氨基酸产品和添加剂预混合饲料中赖氨酸、蛋氨酸和苏氨酸含量的测定2024-03-016GB/T 42762-2023 杯壶类产品通用技术要求2024-03-017GB/T 42821-2023 贝类包纳米虫病诊断方法2024-03-018GB/T 15000.5-2023 标准样品工作导则 第5部分:质量控制样品的内部研制2023-08-069GB/Z 42962-2023 产业帮扶 猪产业项目运营管理指南2023-08-0610GB/Z 42963-2023 产业帮扶 竹产业项目运营管理指南2023-08-0611GB/T 42893-2023 电子商务交易产品质量监测实施指南2023-12-0112GB/T 41247-2023 电子商务直播售货质量管理规范2023-10-0113GB/T 42958-2023 肥料产品使用说明编写指南2024-03-0114GB/T 42954-2023 肥料中植物生长调节剂的测定 气相色谱-质谱联用法2024-03-0115GB/T 42955-2023 肥料中总氮含量的测定 杜马斯燃烧法2024-03-0116GB/T 27021.12-2023 合格评定 管理体系审核认证机构要求第12部分:协作业务关系管理体系审核与认证能力要求2023-08-0617GB/T 27000-2023 合格评定 词汇和通用原则GB/T 27000-20062023-08-0618GB/T 1270-2023 化学试剂 六水合氯化钴(氯化钴)GB/T 1270-19962024-03-0119GB/T 667-2023 化学试剂 六水合硝酸锌(硝酸锌)GB/T 667-19952024-03-0120GB/T 669-2023 化学试剂 硝酸锶GB/T 669-19942024-03-0121GB/T 686-2023 化学试剂 丙酮GB/T 686-20082024-03-0122GB/T 684-2023 化学试剂 甲苯GB/T 684-19992024-03-0123GB/T 9722-2023 化学试剂 气相色谱法通则GB/T 9722-20062024-03-0124GB/T 603-2023 化学试剂 试验方法中所用制剂及制品的制备GB/T 603-20022024-03-0125GB/T 649-2023 化学试剂 溴化钾GB/T 649-19992024-03-0126GB/T 678-2023 化学试剂 乙醇(无水乙醇)GB/T 678-20022024-03-0127GB/T 26176-2023 家用和类似用途豆浆机GB/T 26176-20102024-03-0128GB/T 42812-2023 连作障碍土壤改良通用技术规范2024-03-0129GB/T 29344-2023 灵芝孢子粉采收及加工技术规范GB/T 29344-20122024-03-0130GB/T 22638.11-2023 铝箔试验方法 第11部分:力学性能的测试2024-03-0131GB/T 42916-2023 铝及铝合金产品标识2024-03-0132GB/T 22648-2023 铝塑复合软管、电池软包用铝箔GB/T 22648-20082024-03-0133GB/T 42817-2023 农产品产地土壤改良剂使用技术规范2024-03-0134GB/T 42819-2023 农产品产地重金属污染土壤钝化通用技术规程2024-03-0135GB/T 29490-2023 企业知识产权合规管理体系 要求GB/T 29490-20132024-01-0136GB/T 42936-2023 设施管理 过程管理指南2023-08-0637GB/T 42931-2023 设施管理 基准比较分析指南2023-08-0638GB/T 42935-2023 设施管理 信息化管理指南2023-08-0639GB/T 14699-2023 饲料 采样GB/T 14699.1-20052024-03-0140GB/T 42959-2023 饲料微生物检验 采样2024-03-0141GB/T 22260-2023 饲料中蛋白质同化激素的测定 液相色谱-串联质谱法GB/T 22260-20082024-03-0142GB/T 13882-2023 饲料中碘的测定GB/T 13882-20102024-03-0143GB/T 8381.3-2023 饲料中林可胺类药物的测定 液相色谱-串联质谱法GB/T 8381.3-20052024-03-0144GB/T 42956-2023饲料中泰乐菌素、泰万菌素、替米考星的测定 液相色谱-串联质谱法2024-03-0145GB/T 13883-2023 饲料中硒的测定GB/T 13883-20082024-03-0146GB/T 13093-2023 饲料中细菌总数的测定GB/T 13093-20062024-03-0147GB/T 12956-2023 卫生间配套设备要求GB/T 12956-20082024-03-0148GB/T 10510-2023 硝酸磷肥、硝酸磷钾肥GB/T 10510-20072024-03-0149GB/T 42828.1-2023 盐碱地改良通用技术 第1部分:铁尾砂改良2024-03-0150GB/T 42828.2-2023 盐碱地改良通用技术 第2部分:稻田池塘渔农改良2024-03-0151GB/T 42828.3-2023 盐碱地改良通用技术 第3部分:生物改良2024-03-0152GB/T 13217.7-2023 油墨附着力检验方法GB/T 13217.7-20092024-03-0153GB/T 42944-2023 纸、纸板和纸制品 有效回收组分的测定2024-03-0154GB/T 42945-2023 纸浆 细小纤维质量分数的测定2024-03-0155GB/T 42943-2023 纸浆模塑制品技术通则2024-03-0156GB/T 42748-2023 专利评估指引2023-09-0157GB/T 22461.1-2023 表面化学分析 词汇 第1部分:通用术语及谱学术语GB/T 22461-20082024-03-0158GB/T 27921-2023 风险管理 风险评估技术GB/T 27921-20112023-08-0659GB/T 27914-2023 风险管理 法律风险管理指南GB/T 27914-20112023-08-0660GB/T 7139-2023 塑料 氯乙烯均聚物和共聚物 氯含量的测定GB/T 7139-20022024-03-01
  • 中国生化制药工业协会发布《重组双碱性氨基酸内肽酶质量标准》、《重组赖氨酸内肽酶质量标准》团体标准
    各会员单位、相关单位:根据《中国生化制药工业协会团体标准制定工作程序(试行)》规定,中国生化制药工业协会批准并发布团体标准T/CBPIA 0004-2023 《重组双碱性氨基酸内肽酶质量标准》、团体标准T/CBPIA 0005-2023 《重组赖氨酸内肽酶质量标准》。标准发布日期2023年5月23日,自2023年5月23日起实施。现予公告。中国生化制药工业协会2023年5月23日
  • Cell:无丝氨酸饮食,也许是对抗最致命胰腺癌的法宝
    一项研究发现,胰腺癌细胞通过向神经发出信号来避免饥饿,信号传递给神经,就会分泌营养,促进肿瘤生长。这是一项针对癌细胞,小鼠和人体组织样品进行的实验结果,相关论文发表在11月2日的Cell杂志上。胰腺导管腺癌(PDAC),也就是最致命的胰腺癌,五年生存率低于10%。此类肿瘤会促进压迫血管的致密组织的生长,从而减少诸如丝氨酸之类的血源性营养物质的供应。这种氨基酸是蛋白质的基本组成部分,也是癌细胞增殖所必需的。纽约大学格罗斯曼医学院等处的研究人员发现,饥饿的胰腺癌细胞会分泌一种叫做神经生长因子的蛋白质,该蛋白质向神经细胞发送信号,指导它们进入肿瘤,进一步发现这些轴突能分泌丝氨酸,帮助胰腺癌细胞避免,饥饿并恢复其生长。文章通讯作者,纽约大学Alec Kimmelman博士说,“神经将营养从血液中转移到胰腺肿瘤微环境中,这是一种一种令人着迷的适应能力,也许可以通过干扰这种特性来研发治疗方法。”研究发现,饥饿的丝氨酸胰腺癌细胞利用了将mRNA链(DNA指令的副本)翻译成蛋白质的过程。密码子将mRNA分子链的骨架解码为氨基酸,核糖体会读取每个密码子,让它们以正确的顺序将氨基酸连接在一起,但是如果缺少可用的氨基酸,核糖体就会失速。出乎意料的是,研究小组发现,丝氨酸饥饿的胰腺癌细胞显著降低了六个丝氨酸密码子中的两个(TCC和TCT)被翻译成氨基酸链的速度。在丝氨酸饥饿的情况下,这种变异性使癌细胞将某些蛋白质的产生减至最少(以保持饥饿时的能量储存),但继续建立诸如神经生长因子(NGF)之类的压力适应性蛋白质,而这种蛋白质恰好由少数TCC编码和TCT密码子。之前的研究NGF和其他因素会刺激神经生长成胰腺肿瘤,促进肿瘤生长。而最新研究是第一个表明轴突,即传递信号的神经元细胞的延伸,能通过在营养缺乏的区域分泌丝氨酸来为癌细胞提供代谢支持。一项2016年的研究表明,此类细胞向附近的星状细胞发送信号,导致它们将自己的细胞部分分解为可被肿瘤利用的构件。然后2019年12月进行的一项研究发现,胰腺癌细胞还劫持了一个称为巨胞饮作用的过程,正常细胞利用该过程通过其外膜吸收营养。有趣的是,这项新研究发现星状细胞和巨胞饮作用不能为这些癌细胞提供足够的丝氨酸生长,还是需要轴突递送。这项研究指出,喂食无丝氨酸饮食的PDAC肿瘤小鼠的肿瘤生长速度降低了50%。为了超越单纯饮食所能达到的效果,研究人员还使用美国FDA已经批准的一种名为LOXO-101的药物来阻止轴突进入PDAC肿瘤。该药物阻断与神经生长因子(也称为TRK-A)相互作用的神经元表面受体蛋白的活化,从而抑制神经元将其轴突送入肿瘤的能力。这组作者说,仅使用这种药物并不能减慢小鼠中PDAC肿瘤的生长,但是与单独使用饮食相比,与无丝氨酸饮食结合时,它可以使PDAC的生长速度进一步降低50%。研究人员说,这表明神经对于支持丝氨酸剥夺的肿瘤区域中的PDAC细胞生长是必要的。文章一作Robert Banh说:“由于TRK抑制剂已被批准用于某些癌症的治疗,因此在手术后大约40%不能产生丝氨酸的PDAC肿瘤患者中,它们可能与低丝氨酸饮食联合,这种方法是否可以通过限制营养供应来减少肿瘤复发,还需要在临床试验中证实。”
  • Cell主刊 | MST助力人体抑癌基因研究取得新发现!
    01研究背景在正常血氧水平的典型细胞中,大多数丙酮酸进入线粒体,并由三羧酸循环氧化生成 ATP 来满足细胞的能量需求。然而,在癌细胞或其他高度增殖的细胞类型中,糖酵解产生的大部分丙酮酸离开线粒体并通过乳酸脱氢酶 (LDH/LDHA) 的作用产生乳酸, 这一过程通常是在低氧状态时才会出现。有氧情况下产生乳酸称为“有氧糖酵解”或 Warburg 效应,它是肿瘤代谢改变的最早证据之一。p53基因,人体抑癌基因。该基因编码一种分子量为43.7KDa的蛋白质,但因蛋白条带出现在Marker所示 53 kDa处,命名为p53蛋白。该蛋白的失活对肿瘤形成起重要作用,是一个关键的肿瘤抑制蛋白。p53作为转录因子,它通过激活控制DNA修复、细胞周期进程靶基因来保护细胞免受恶性转化。在肿瘤发生过程中,p53的活性会受到磷酸化、乙酰化和泛素化等翻译后修饰的调控。癌细胞的代谢改变导致乳酸等糖酵解中间体的积累,这些乳酸不仅支持细胞增殖,还参与调节免疫细胞分化、肿瘤免疫监视等多种生物学过程。尽管目前已知乳酸可以共价修饰蛋白质,但是其乳酸化的具体机制尚不清楚,同样目前对于p53与乳酸化之间的关联也知之甚少。02研究内容2024年4月22日,苏州大学生物医学研究院周芳芳教授团队在 Cell 发表题为“Alanyl-tRNA synthetase, AARS1, is a lactate sensor and lactyltransferase that lactylates p53 and contributes to tumorigenesis” 的研究论文。DOI: 10.1016/j.cell.2024.04.002IF: 45.5 Q1 在这篇研究中,课题组发现肿瘤源性乳酸是p53的天然抑制剂,可促进p53乳酸化,全基因组CRISPR筛选确定了AARS1是肿瘤细胞中全局赖氨酸乳酸化的介质。AARS1耗竭的肿瘤细胞中增殖、集落形成能力显著降低,并且AARS1的耗竭抑制了乳酸诱导的赖氨酸乳酸化。另外,β-丙氨酸在结构上类似于乳酸,研究者发现用其预处理的细胞赖氨酸乳酸化减少。这些生理表象背后的分子机制,研究者仍需要进行进一步探究。借助NanoTemper公司的MST技术,研究者验证证实了AARS1蛋白(EcAlaRS细菌酶、HsAlaRS人源酶)在分子层面上与乳酸的结合,乳酸与EcAlaRS、乳酸与HsAlaRS的Kd值分别为13 μM和35 μM(图1A),表明EcAlaRS和HsAlaRS可以使用乳酸作为底物直接催化乳酸化。同时,通过MST实验,研究了β-丙氨酸与AARS1的互作,Kd值为2.7 μM(β-alanine与EcAlaRS) 和4.0 μM(β-alanine与HsAlaRS)(图1B), β-丙氨酸有着更强的亲和力。MST的结果在分子层面上非常直观地给出了β-丙氨酸可以抑制乳酸化的结果,从而阐明了生理上β-丙氨酸的拮抗乳酸化的机制(图1C、D)。图1.AASR1与乳酸互作(A),AASR1与β-丙氨酸互作(B), β-丙氨酸与乳酸竞争结合机制(C), β-丙氨酸抑制乳酸结合AASR1(D)但是,AARS1结合了乳酸其后续是如何靶向到p53上的呢? 为了寻找答案,研究人员进行了分子对接模拟及关键位点突变pull-down实验,采用质谱分析结合MST实验的方式,发现AARS1 通过 ATP 依赖的方式催化形成乳酸-AMP 中间体,随后将乳酸转移至目标蛋白的赖氨酸残基上,可实现共价结合。这一过程不仅在人类中,也在大肠杆菌中观察到,表明 AARS1 在物种间具有催化赖氨酸乳酸化的古老功能。 通过MST实验,研究者们得到了验证,HsAlaRS和EcAlaRS在体外直接与p53结合,p53与HsAlaRS和p53与EcAlaRS的Kd分别达到39 μM和21 μM,定量确认了pull-down实验的结果(图2A、B)。结合其他生化实验提出描述AlaRS介导的乳酸化的工作模型(图2C):AlaRS首先与乳酸结合,在ATP存在下形成乳酸AMP和PPi;在底物蛋白存在的情况下,AlaRS将丙酰基转移到底物蛋白上的赖氨酸残基上。图2.p53与HsAlaRS和p53与EcAlaRS定性pull-down结果(A), p53与HsAlaRS和p53与EcAlaRS互作(B), AlaRS介导的乳酸化的工作模型(C)后续进一步通过质谱分析和抗体识别确认了p53上乳酸化的残基是K120和K139。通过MST实验直接比较了乳酸化p53(p53Lac)与非乳酸化p53(p53Non-Lac)对含有p53应答元件的DNA(p53RE-DNA)的亲和力,乳酸化p53(p53K120-Lac、p53K139Lac和p53-Dual-Lac)对p53RE-DNA的亲和力分别降低了约100倍、10倍和1000倍(图3)。之后的生化生理实验进一步表明p53的位点特异性乳酸化减弱了它们的DNA结合和液-液相分离(LLPS),从而降低了p53的抑瘤作用。图3.p53乳酸化减弱了其与DNA结合另外,对于p53上的位点K120和K139, 各种研究表明,p53-K120N可能是无功能的,这些乳酸化模拟变体可能有助于肿瘤发生。研究者通过借助MST实验给出了有力的数据支持(图4),纯化的K120N/Q/E和K139 N/T/Q/E突变体对p53RE-DNA的结合亲和力降低。K120E和K139E的减少更为明显,表明K-to-E突变导致电荷减少更强。在进一步的生化活性实验中发现,K120N/Q和K139N/T/Q部分丧失了刺激p53反应基因表达的能力,而K120E和K139E几乎完全丧失了这种能力。K120、K139上的病理性突变(肿瘤发生)与p53乳酸化(肿瘤发展)都会导致其与DNA结合能力降低,从而活性丧失(图4)。图4.Cy5-p53RE-DNA与p53 WT及其突变蛋白互作(左), p53中乳酸化与模拟突变(右)本项研究中进行了大量的MST实验,通过MST技术,来验证测定AARS1蛋白与肿瘤代谢产物(乳酸)的互作,确认AARS1与p53(蛋白与蛋白)互作的行为, 表征蛋白突变体功能上改变。结合其他生理生化实验完整详细地阐述了关键酶AARS1与肿瘤代谢物(乳酸)在肿瘤发生和发展中重要作用,揭示了p53乳酸化失活机制,提供了一种利用β-丙氨酸阻止p53乳酸化的方法,β-丙氨酸与乳酸竞争结合AARS1,从而加强癌症治疗(图5)。图5.AARS1在赖氨酸乳酸化组和p53乳酸化在肿瘤发生中的作用以及β-丙氨酸的抑制作用03技术优势NanoTemper公司的专利MST技术不依赖于分子量的改变,蛋白用量少,可以轻松进行蛋白与小分子代谢产物实验。MST实验是在溶液中,无需固定蛋白的实验体系,可以便捷地设计多组分的实验方案,验证类似小分子的功能。在这篇研究中,除了采用标记蛋白的方式,在检测多种突变体蛋白与p53RE-DNA互作(蛋白与DNA)时,还选择了标记DNA的方式,使得实验内容设计更加简洁且高效。Monolith系列分子互作平台可以更好的帮助科研人员简便地设计互作方案,在分子层面上直观验证生理机制上的互作结果,为您的实验研究提供强大助力。Monolith 分子互作检测仪 直接在溶液中检测亲和力,无需固定 无惧分子量的变化,轻松检测各种类型小分子 检测一个Kd仅需10min 无微流控系统,无需清洗维护
  • 代谢组学进展|多团队成果揭示肠道调控中枢神经自身免疫性疾病易感新机制
    中枢神经系统的自身免疫性疾病,如多发性硬化、视神经脊髓炎谱系障碍,以慢性、进行性神经炎症、脱髓鞘和神经变性为特征。这些疾病在发病率和临床特征上都表现出强烈的女性倾向,其患者多为中青年女性。随着疾病的进展逐渐失去自主活动能力。已有的治疗药物多为对症治疗,选择品种有限且价格昂贵,无法得到根治,给家庭和社会带来巨大的负担。因此,迫切需要开发能够有效延缓这类疾病进展的药物,而目前对这类疾病认识有待更新,拓展研究思路是建立新的治疗方法的重要基础。  2023年11月21日,中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、神经科学国家重点实验室周嘉伟研究组、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心宋昕阳研究组、中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心朱正江研究组与上海交通大学医学院附属瑞金医院神经内科陈晟团队合作在Immunity上发表了文章Intestinal epithelial dopamine receptor signaling drives sex-specific disease exacerbation in a mouse model of multiple sclerosis(肠道上皮细胞多巴胺受体信号驱动雌性多发性硬化小鼠疾病进展),利用基因修饰小鼠和药理学实验方法以及多组学联合分析,他们发现,肠道上皮细胞多巴胺D2受体(IEC DRD2)过度激活可以选择性地在雌性小鼠中改变肠道菌群的组成及其代谢物水平,从而促进多发性硬化的发病。此研究聚焦中枢神经系统自身免疫性疾病研究前沿,独辟蹊径,通过跨系统研究,揭示了肠道远程调控中枢神经系统自身免疫性疾病易感性的新机制,为建立具有性别选择性的中枢神经系统自身免疫性疾病干预手段开辟了一条新途径。    已知,肠道微生物群失调促进多发性硬化的发展。在多发性硬化动物模型中,肠道微生物群在疾病的起始阶段、效应阶段和调节阶段以及个体对药物治疗的反应中都起着关键作用。然而,由于个体之间,肠道微生物群组成的差异很大,迄今,国内外医学界未能建立起具有广泛代表性的“核心微生物群表型”。肠道上皮细胞为胃肠道构筑了一条防线,不仅可以隔绝肠腔及其内容物,还可以整合肠腔内的多种菌群信号,以维持胃肠道正常生理功能。据报道,有多种与多发性硬化相关的肠道细菌可以产生多巴胺受体激动剂,因此,作者设想,肠道上皮细胞多巴胺受体介导了菌群和宿主相互联系,并且这种联系在多发性硬化发病过程中发挥重要作用。  为对上述设想予以验证,作者分别构建了在肠道上皮细胞分别特异性敲除多巴胺D2、D3、D4受体的小鼠,同时根据文献提供的肠道细菌产生大量的多巴胺受体激动剂苯乙胺这一线索,利用实验性自身免疫性脑脊髓炎作为多发性硬化动物模型,观察在上述基因缺失的情况下,小鼠行为学、病理学的变化,并作多组学分析,之后,使用小胶质细胞系和野生型小鼠对所发现的差异代谢物进行筛选,寻找和鉴定可以减轻动物模型发病严重程度的代谢物。同时收集多发性硬化患者和健康对照的粪便样品用于靶向代谢物检测,验证苯乙胺含量与多发性硬化发病之间的相关性及性别差异。  首先,通过代谢组学检测,作者发现,多发性硬化患者粪便中苯乙胺含量显著高于健康对照,且存在性别差异。通过条件性基因敲除等实验方法,观察到只有肠道上皮细胞多巴胺受体D2,而不是D3和D4基因缺失,可显著缓解多发性硬化小鼠模型发病的严重程度。通过与野生型对照组转录组的对比,发现DRD2敲除的多发性硬化小鼠模型中,肠道溶菌酶等抗菌肽表达量显著减少 同时通过16s rRNA测序,发现在造模前和发病高峰期肠道菌群组成出现显著差异 通过同笼饲养和抗生素处理,发现DRD2在多发性硬化小鼠模型的作用是肠道菌群依赖的 通过非靶向代谢学检测和代谢精准分析术 MetDNA,鉴定了47种只在雌性小鼠脊髓中存在差异的代谢物。之后,利用小胶质细胞细胞系BV2细胞和野生型小鼠对这些差异代谢物进行筛选,确定了N-乙酰赖氨酸可以在整体动物和体外培养细胞水平显著抑制炎症反应,从而缓解自身免疫性脑脊髓炎的发病。  为了进一步探究N-乙酰赖氨酸抑制炎症的分子机制,利用磁珠分选、流式细胞分选等方法,将脊髓中的小胶质细胞分离并进行转录组测序及单细胞测序。发现N-乙酰赖氨酸显著降低了多发性硬化相关小胶质细胞的比例,提高了增殖性小胶质细胞和稳态小胶质细胞的比例。表明N-乙酰赖氨酸有利于恢复多发性硬化小鼠模型失衡的中枢神经系统免疫稳态。  传统观点认为,性激素等在中枢神经系统自身免疫性疾病发病过程中发挥重要作用。本研究显示,肠道的苯乙胺-多巴胺D2受体-溶菌酶信号轴是决定雌性动物或中青年女性群体对多发性硬化发病易感性的重要因素,这是对传统观点的新的延伸和拓展。作者还揭示了肠道—微生物群——脑的相互作用是如何调控中枢神经系统免疫稳态,这一调控方式突出了宿主肠道细胞本身对肠道菌群的核心作用,为发展基于肠道上皮细胞活动调控的脑疾病干预方法提供了新的分子和细胞基础。N-乙酰赖氨酸的抑炎作用的发现为研发适用于女性多发性硬化患者的神经炎症治疗方法提供了新的机会。  该项工作由彭海蓉博士、邱佳倩、周勤明博士和博士研究生张彧锴在周嘉伟研究员、宋昕阳研究员、朱正江研究员和陈晟教授的指导下完成,课题组的其他成员积极参与,并得到了中国科学院上海营养与健康研究所肖意传、邱菊研究员的大力协助,因此,是众多课题组通力合作的结果。  在雌性小鼠中,粪便中较高的苯乙胺浓度会引起肠道上皮细胞中的DRD2过度激活,促进溶菌酶和防御素表达量增加。这些过量的抗菌肽,对细菌的杀伤力增强,因此,乳酸杆菌等对溶菌酶敏感的菌种在雌性小鼠体内减少。而乳酸杆菌产生的N-乙酰赖氨酸对小胶质细胞介导的炎症具有很强的抑制作用,是缓解中枢神经系统自身免疫性疾病,如多发性硬化的物质基础之一。  原文链接:https://doi.org/10.1016/j.immuni.2023.10.016
  • 《科学》聚焦中国生物医学新成果
    《科学》聚焦中国生物医学新成果   研究在一个全新的层面上呈现出广阔前景   美国当地时间2月19日,最新出版的《科学》杂志,罕见地同时发表两篇复旦大学生物医学研究院的最新成果。其中关于蛋白质向能量转化过程中“乙酰化修饰”的重要发现,对肝病、肿瘤等代谢疾病的药物研发提供了开拓性的思路,生物医学研究在一个全新的层面上呈现出广阔的前景。   2月19日,该项目的课题组负责人介绍了此项研究在药物研发等方面的意义。两篇分别题为《代谢酶的乙酰化协调碳源的利用和代谢流》和《蛋白赖氨酸的乙酰化调控》的文章,分别研究了乙酰化对蛋白质进行修饰以及对代谢通路进行调控的问题。   据介绍,人体好比一个“战场”,细胞就是士兵,维持着人体的基本功能 “赤手空拳”的蛋白质被乙酰“武装”起来后,才可以变成为人体“作战”的士兵。嫁接上一个乙酰基分子,修饰后的蛋白质就可以对细胞内的各类通路进行精确调节与控制。   乙酰调控蛋白质活性变化,使其中活跃、不活跃的部分相互平衡。而当平衡出现问题,就会导致代谢疾病。据了解,人类疾病中与代谢相关的占80%,包括肝病、肿瘤等。如果研制出一种药物能使乙酰“改邪归正”,对细胞进行正确调控,将成为一种全新的治疗方案。   “教科书中关于代谢调控内容将有可能被改写,乙酰化修饰的概念将可能成为代谢调控新内容”,相关负责人赵世民介绍说,细胞蛋白、代谢酶等大量非细胞核蛋白的乙酰化修饰,都是在研究中首次得到确认。   《科学》杂志以如此大的篇幅聚焦一个科研成果,实为罕见,充分显示了该研究的开拓性意义。《科学》的评论文章称:“了解赖氨酸乙酰化是如何调控,以及改变蛋白质乙酰化对特定细胞通路的影响,对人类疾病的意义不言而喻”。   更多阅读   《科学》杂志发表《蛋白赖氨酸的乙酰化调控》论文摘要(英文)   《科学》杂志发表《代谢酶的乙酰化协调碳源的利用和代谢流》论文摘要(英文)
  • 李灵军合作成果:mNeuCode支持精氨酸二甲基化的靶向蛋白质组分析
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Analytical Chemistry上的文章,mNeuCode Empowers Targeted Proteome Analysis of Arginine Dimethylation1,文章的通讯作者是威斯康星大学麦迪逊分校的李灵军教授和国家蛋白质科学中心的常乘、贾辰熙教授。  蛋白质精氨酸甲基化是一种广泛存在于真核生物中且相对保守的翻译后修饰,参与包括RNA加工、DNA修复、染色体组织、蛋白质折叠和基因表达在内的多种生物学过程。蛋白质精氨酸二甲基化在生物过程和人类疾病中发挥着重要作用,但与此同时,精氨酸二甲基化的相对丰度和化学计量通常很低,并且表现出较宽的动态变化范围,这些问题都给分析带来了巨大的挑战。在这篇文章中,作者设计了一种用于二甲基精氨酸代谢标记的mNeuCode标签,并开发了一个名为NeuCodeFinder的软件工具,用于在MS全扫描中筛选NeuCode信号,从而能够在蛋白质组范围内对蛋白质二甲基化进行靶向LC-MS/MS分析。作者将该方法应用到HeLa细胞精氨酸二甲基化的全蛋白质组分析中,证实了该方法的有效性:在70种蛋白质上鉴定到176个精氨酸二甲基化位点,其中38%是新位点。  图1 用于细胞培养代谢标记的mNeuCode的化学设计。含有由稳定同位素标记的甲硫氨酸和精氨酸的不同组合的mNeuCode-I(红色)和mNeuCode-II(蓝色)分别用于两组细胞培养。同位素标记的甲硫氨酸经过代谢转化为甲基供体S-腺苷甲硫氨酸(AdoMet ),随后由蛋白质精氨酸甲基转移酶(PRMT)催化转移到精氨酸侧链的甲基上。细胞裂解后,将两种样品混合并制备用于高分辨率LC-MS分析。含有二甲基精氨酸的肽的NeuCode同源物被解析后,将显示出43 mDa的质量差异并作为诊断峰。  图2 基于mNeuCode的精氨酸二甲基化靶向蛋白质组分析。(A)NeuCodeFinder从高分辨率质谱数据中筛选NeuCode同位素峰对的工作流程。从原始数据文件中提取全扫描质谱。单峰被配对以形成NeuCode等值线簇。最终的NeuCode对列表与提取的离子色谱(XIC)值一起导出。(B)靶向LC-MS/MS分析的工作流程,包括样品制备、富集以及MS1和MS2分析。  在mNeuCode-I标记组中,使用含有正常L-精氨酸和同位素标记L-蛋氨酸[D3]的培养基 在mNeuCode-Ⅱ标记组中,则使用同位素标记的L-精氨酸[15N4]和L-甲硫氨酸[13C]进行培养(图1)。收集两组全细胞蛋白提取物并等量混合,蛋白经还原烷基化与酶切后,得到的肽段通过StageTip分级分离和HILIC tip富集,以提高样品肽段的识别率。处理的样品先进行LC-MS全扫描,通过作者的自制软件NeuCodeFinder生成包含列表,此包含列表用于辅助进一步的平行反应监测(PRM)模式分析(图2)。    图3 已鉴定的精氨酸甲基化位点的生物信息学分析。(A)鉴定的精氨酸二甲基化位点和(B)精氨酸二甲基化蛋白质。橙色柱表示未报道的精氨酸二甲基化位点或蛋白质。绿色柱表示只有单甲基化是已知的,但是二甲基化还没有报道。(C)韦恩图显示,通过使用胰蛋白酶和镜像胰蛋白酶作为消化试剂,从两组实验中鉴定的精氨酸二甲基化位点。(D)蛋白质上位点数目的分布。每个蛋白质上精氨酸二甲基化位点的数量显示在饼图周围,蛋白质的数量列在饼图中。鉴定的精氨酸-二甲基化蛋白质的(E) GO富集和(F)KEGG途径分析。(G)使用STRING数据库将二甲基化蛋白质映射到蛋白质相互作用网络上。综合得分 0.4。(H)已鉴定的精氨酸二甲基化位点中-6和+6氨基酸残基的序列标志。  通过对数据结果的分析,最终共鉴定到70种蛋白质上的176个精氨酸二甲基化位点,其中37-38%的精氨酸二甲基化位点是新的修饰位点,29%的精氨酸二甲基化蛋白没有被报道过,这证明了mNeuCode方法的有效性。与常规的鸟枪法蛋白质组学策略所获得的数据相比,mNeuCode方法在鉴定低丰度精氨酸二甲基化肽方面具有独特的优势,并且能够补充许多传统鸟枪法蛋白质组学所无法鉴定到的精氨酸二甲基化位点。对mNeuCode方法鉴定到的精氨酸二甲基化蛋白进行生物信息学分析后,发现这些蛋白质主要与RNA的加工、剪接和稳定性相关,参与了RNA的代谢过程。  图4 FAM98A上精氨酸二甲基化位点的突变抑制了细胞迁移。(A)通过蛋白质印迹检测FAM98A在HeLa细胞中敲除和重建的效果。用siFAM98A-1和siFAM98-2沉默HeLa细胞,然后用Flag标记的WT或突变的FAM98A质粒重建。Anti-FAM98A显示内源性FAM98A的干扰。Anti-Flag显示外源FAM98A的重建。(B)图像和(C)柱状图显示了HeLa细胞的细胞迁移。  FAM98A是一种微管相关蛋白,与结直肠癌和非小细胞肺癌的增殖有关。有研究者发现FAM98A是PRMT1的底物,但未能确定确切的甲基化位点。而在作者的研究结果中,成功鉴定到FAM98A上五个新的精氨酸二甲基化位点。为了验证这些二甲基化位点是否参与细胞迁移的调节,作者使用FAM98A敲除和FAM98A WT或突变重建细胞系进行了伤口愈合试验。将HeLa细胞的FAM98A基因敲除后,分别用WT或突变的flag-FAM98A重建FAM98A沉默细胞,其中突变的flag-FAM98A将二甲基化位点R351、R360、R363、R371和R375突变为赖氨酸以抑制甲基化。实验结果显示,当FAM98A基因被敲除时,细胞的迁移能力受到抑制,WT FAM98A的重建挽救了FAM98A敲除导致的细胞迁移缺陷,但是突变型FAM98A的重建却不能挽救。该结果证实了FAM98A上的二甲基化位点在细胞迁移中起到的作用。  总之,在这篇文章中作者发明了一种mNeuCode方法,并开发了NeuCodeFinder软件,使得能够以全蛋白质组的方式进行精氨酸二甲基化的靶向MS/MS分析。实验结果证明了mNeuCode技术对于精氨酸二甲基化的靶向蛋白质组分析的能力和有效性,并证实HeLa细胞FAM98A上新的精氨酸二甲基化位点在细胞迁移调节中的功能,有助于更好地理解癌症发展的潜在机制,为蛋白质组分析的方法学提供了新的思路。  撰稿:梁梓欣  编辑:李惠琳  文章引用:mNeuCode Empowers Targeted Proteome Analysis of Arginine Dimethylation  李惠琳课题组网址www.x-mol.com/groups/li_huilin  参考文献  Wang, Q., Yan, X., Fu, B., Xu, Y., Li, L., Chang, C., & Jia, C. (2023). mNeuCode Empowers Targeted Proteome Analysis of Arginine Dimethylation. Analytical chemistry
  • 郝海平/叶慧团队联合王南溪揭示人类蛋白组乳酰化修饰
    细胞中的信号转导在很大程度上依赖于蛋白质氨基酸侧链的翻译后修饰状态。当翻译后修饰发生在不同位点、占据不同比例和产生多样的修饰组合,这会使得同一个底物蛋白被“装扮”成了构象、功能、结合伴侣、定位存在巨大差异的蛋白质变体。这激发了研究者们研究蛋白质翻译后修饰的热情。近年来,人们对经典的翻译后修饰如磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化、甲基化等已经有了深入了解。然而,有趣的是在赖氨酸残基上仍旧不断有新的酰化修饰如巴豆酰化、丁酰化、丙二酰化、琥珀酰化被发现。同样在赖氨酸残基上,2019年芝加哥大学赵英明教授课题组首次报道了在组蛋白上发现了乳酰化,并且证明组蛋白乳酰化修饰是由乳酸衍生而来的,该修饰在不同的生物学场景中具有和组蛋白乙酰化不重叠的转录调控功能。这无疑是解答了细胞是如何感知代谢变化、启动转录调节机制的一项重要发现。但是有趣的问题尚待解答:乳酰化是一种广泛存在于人类细胞、组织中的翻译后修饰吗?乳酰化可能发生在人类非组蛋白的赖氨酸残基上吗?非组蛋白的乳酰化修饰水平如何,是否具有生物学调控作用?为了解答这些问题,中国药科大学郝海平/叶慧团队联合南京中医药大学王南溪教授进行了探索。他们的最新研究成果Cyclic immonium ion of lactyllysine reveals widespread lactylation in the human proteome于2022年6月27日发表在Nature Methods。该工作首次鉴定并确证了携带乳酰化修饰赖氨酸的多肽所产生的特征环状亚胺离子,应用该离子从现有的非富集、大规模的人类蛋白质组数据资源中挖掘出全新的乳酰化修饰底物蛋白和位点的信息,并通过向代谢酶定点引入乳酰化修饰,初步确证了乳酰化发生在人类的非组蛋白底物上同样具有重要的调控功能。该研究的灵感来自于对蛋白组翻译后修饰研究的规律总结:磷酸化、乙酰化等翻译后修饰均可产生具有诊断意义的特征离子。乳酰化修饰是否也会产生诊断离子?为了验证此猜想,该团队提出在共享的海量人类蛋白质组数据库中探究乳酰化修饰是否存在新的底物。然而,从非富集的蛋白质组数据中检索修饰位点的假阳性率极高,若能发现修饰特异性的特征离子则能通过谱图筛选,显著降低赖氨酸位点存在修饰的假阳性率,揭示真实的修饰靶标,指导后续的生物学功能探索。基于此需求,该团队通过合成和研究模型乳酰化肽段的谱图,首次发现了携带乳酰化修饰赖氨酸的多肽在质谱碰撞室中经过二级断裂会形成链状亚胺离子,该离子经过脱氨环化再形成次生碎片——环状亚胺离子。该团队通过分析化学修饰和生物样本中富集出的阳性乳酰化肽段,再以近十万条人类蛋白质组的非修饰合成肽段谱图作为阴性对照,确证了环状亚胺离子指征乳酰化修饰的灵敏度和特异性,能作为判定数据库搜索获得的乳酰化修饰新位点的金标准。基于该诊断离子策略,研究者从现有的非富集、大规模人类蛋白质组数据资源中挖掘了大量全新的乳酰化修饰底物蛋白及其位点的信息,特别是从2020年Nature Methods[7]发表的多种人类细胞系的蛋白质组热稳定性Meltome Atlas数据资源里发现乳酰化修饰高度富集在糖酵解通路代谢酶这一现象。其中,乳酰化修饰的代谢酶ALDOA在多种人类肿瘤细胞系中具有保守性且修饰占位比高,引发了乳酰化修饰能调节代谢酶活性等功能,进而调控糖酵解通路的猜想。郝海平、叶慧团队进一步联合王南溪课题组,利用先进的化学生物学技术——基因密码子扩展技术,首次实现向靶蛋白ALDOA定点引入乳酰化修饰,发现修饰后酶活性显著降低,揭示了乳酸蓄积后,通过共价修饰糖酵解通路中上游代谢酶,抑制糖酵解活跃度的反馈调节机制,对生物化学领域现有的“终产物抑制”的调控模式进行了补充。综上,该研究表明乳酰化是广泛存在于人类组织、细胞中的一种非组蛋白特异性的翻译后修饰,对非组蛋白的底物蛋白也具有调控功能。该分析策略可为揭示乳酸更多的共价修饰靶标,阐释乳酰化修饰的动态变化与乳酸紊乱在炎症、肿瘤等重大慢性疾病发生发展中的重要作用之间的因果关系,进而发现新的疾病治疗靶点提供线索。2019级博士研究生皖宁和2018级硕士研究生王念为本论文的共同第一作者,叶慧研究员、郝海平教授、王南溪教授为本文的共同通讯作者。该工作获得了王广基院士和江苏省药物代谢动力学重点实验室以及谭仁祥教授和中药品质与效能国家重点实验室(培育)的大力支持。示意图 环状亚胺离子示踪技术揭示保守的乳酰化修饰人醛缩酶,该修饰具有酶活抑制作用作者简介:郝海平教授主要从事代谢调控与靶标发现/确证研究、中药及天然药物体内过程及作用机理研究。提出了“反向药代动力学”、代谢处置导向的作用靶标与机理研究的学术思想;在胆汁酸、色氨酸等内源活性代谢调控研究中取得重要研究成果。在Cell Metab, Nat Commun, Trends Pharmacol Sci等发表代表性工作。叶慧研究员致力于组学技术驱动的小分子靶标发现研究。旨在通过发现疾病状态下紊乱的内源性代谢物的结合靶标蛋白,阐明其调控模式,发现具有转化价值的治疗靶点。代表性工作发表于APSB, Redox Biol, Anal Chem, Mol Cell Proteomics等。王南溪教授的研究兴趣集中在通过基因密码子扩展等技术开发新的蛋白质研究工具,从而探索生命过程和开发生物技术药物。代表性工作发表于JACS, Angew等。郝海平/叶慧团队长期招收具有生物信息学、代谢调控、靶标发现等背景的博士生/硕士生,简历投递邮箱:haipinghao@cpu.edu.cn和cpuyehui@cpu.edu.cn;欢迎报考王南溪教授的博士生/硕士生,简历投递邮箱:nanxi.wang@njucm.edu.cn。文章发表链接: https://www.nature.com/articles/s41592-022-01523-1
  • 胰蛋白酶,组织解离、细胞消化的小帮手
    胰蛋白酶(胰酶,Trypsin),CAS:9002-07-7,为蛋白酶的一种,EC3.4.4.4,是从牛、羊、猪的胰脏提取的一种丝氨酸蛋白水解酶。来源于胰腺的一种丝氨酸蛋白酶,由223个氨基酸残基组成的单链多肽,底物特异性是带正电荷的赖氨酸和精氨酸侧链。胰酶主要切割赖氨酸和精氨酸羧基端,当两者之一紧随为脯氨酸的情况除外。另外,当切割位点任一边紧邻酸性残基,胰酶水解速率也会减缓。在组织细胞的体外培养和原代细胞培养中的组织细胞分散(将组织块制备成单个细胞悬液)以及传代细胞培养中,贴壁生长细胞的消化分散均要使用组织细胞消化液。常用的消化液为胰蛋白酶,EDTA等,其功能主要是使细胞间的蛋白质(如细胞外基质)水解,使组织或贴壁细胞分散成单个细胞,制成细胞悬液用于进一步的实验。以下是absin胰酶部分产品,全部现货供应哦~胰蛋白酶(猪源)1:250 abs47014936本品是由猪胰提取而得的一种肽链内切酶,白色至淡黄色粉末。可用于制备单细胞悬浮液,胰蛋白酶在用于细胞培养时,可用PBS溶解成浓度为0.25%,也可以加入0.02%EDTA ,过滤除菌后使用。溶于水≥10mg/ml,不溶于乙醇、甘油、氯仿和乙醚。本品具有以下特点:1、对电点pI 10.5。Ca2+对酶活性有稳定作用。 2、重金属离子、有机磷化合物、DFP、天然胰蛋白酶抑制剂对其活性有强烈抑制。 3、可用于制备单细胞悬浮液或贴壁细胞的消化、分离。货号名称abs47014936猪源胰蛋白酶1:250胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%) abs47014938本产品含0.25%胰酶,溶于无钙镁平衡盐溶液中,经过滤除菌,可以直接用于培养细胞和组织的消化。货号名称abs47014938胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%)胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%) 不含酚红 abs47047375本品含 0.25%胰酶和 0.02%EDTA(0.53mM),溶于无钙镁平衡盐溶液中,经过滤除菌,可以直接用于培养细胞和组织的消化。本产品具有方便快速、稳定安全、细胞状态好等特点。货号名称abs47047375胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%) 不含酚红胰蛋白酶(牛胰) 1:2500 abs9154本品是由牛胰提取而得的一种肽链内切酶,白色或类白色粉末。溶于水,不溶于乙醇、甘油、氯仿和乙醚。其广泛应用于分子生物学,药理学等科研方面。是一种专一性催化水解赖氨酸、精氨酸羧基形成的肽键,可用于蛋白质化学研究。货号名称abs9154胰蛋白酶(牛胰) 1:2500更多absin胰蛋白酶相关产品 :货号名称abs47014938胰蛋白酶-EDTA溶液abs9154胰蛋白酶(牛胰腺)abs47047375胰蛋白酶-EDTA消化液(0.25%) 不含酚红abs44073474重组牛胰蛋白酶abs47014937Trypsin (0.25%), Phenol Redabs47014936猪源胰蛋白酶1:250abs47014940胰蛋白酶,蛋白测序级abs47014939胰蛋白酶,组织培养级Absin特色产品线(全部现货):WB相关:ECL发光液、预染marker、预制胶;IHC相关:二抗试剂盒、组化笔;IP/CoIP试剂盒;激动剂/抑制剂;血清、BSA、蛋白酶K、CTB、TTX、CEE;凋亡试剂盒;呼吸爆发试剂盒;ELISA试剂盒;重组蛋白;抗体: 二抗、标签抗体、对照抗体;定制服务(抗体/多肽/蛋白/标记/检测)...
  • 优化规模生产iPSC衍生的胰岛素合成的β细胞关键工艺参数
    一、摘要:1型糖尿病是一种会导致胰腺β细胞破坏的自身免疫性疾病,需要终身胰岛素治疗。胰岛移植提供了一个很有前途的解决方案,但也面临着诸如可用性有限和需要免疫抑制等挑战。诱导多能干细胞(iPSCs)为功能性β细胞提供了一个潜在的替代来源,并具有大规模生产的能力。然而,目前的分化方案,主要是在混合或2D环境中进行的,缺乏可延展性和悬浮培养的最佳条件。我们研究了一系列可能影响分化过程的生物反应器放大过程参数。该研究采用了一种优化的HD-DoE协议,该协议设计具有可扩展性,并在0.5L(PBS-0.5 Mini)垂直轮式生物反应器中实现。我们开发了一种三阶段的悬浮生长过程,从贴壁培养过渡到悬浮培养,TB2培养基在规模化过程中支持iPSC的生长。阶段性优化方法和延长分化时间用于增强iPSC衍生的胰岛样簇的标记物表达和成熟。连续的生物反应器运行被用于研究营养和生长的限制以及对分化的影响。将连续生物反应器与对照培养基变化生物反应器进行比较,显示出代谢变化和更类似b细胞的分化谱。从试验中收集的低温保存的聚集物被恢复,恢复后显示出活力和胰岛素分泌能力得到维持,这表明它们具有存储和未来移植治疗的潜力。本研究表明,阶段时间的增加或限制培养基补充以减少乳酸积累可以增加在大规模悬浮环境中培养的胰岛素合成细胞的分化能力。二、实验内容节选:营养消耗和代谢物的分析 为了检测细胞潜在的替代碳源和氮源,我们分析了对照组和连续生物反应器在整个培养过程中的氨基酸代谢(图S5A-B)。使用快速培养基氨基酸维生素分析仪Rebel(908 Devices)来分析氨基酸浓度。必需氨基酸,如组氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、苏氨酸、色氨酸和缬氨酸在整个培养期间都保持不变。然而,一些氨基酸在两种培养基中都完全耗尽,包括5天后的L-天冬氨酸和16天后的L-谷氨酸。氨基酸代谢对正常的胰腺β细胞功能至关重要,丙氨酸和谷氨酰胺以其调节β细胞功能和胰岛素分泌的作用而闻名。在培养结束时,谷氨酰胺和丙氨酸的浓度高于新鲜培养基,表明它们不限制生长(图S5A-B)。然而,它们增加的来源仍然未知,不像之前的观察而将它们的增加归因于GlutaMAX&trade 添加剂。与起始培养基相比,丙氨酸和谷氨酰胺水平的升高在对照组生物反应器中没有观察到,后者在不同阶段之间和整个延长的内分泌诱导阶段都有频繁的培养基变化。两种生物反应器之间无其他显著性差异。如前所述,限制培养基补充的生物反应器比对照培养基变化的生物反应器具有更好的分化能力。氨基酸浓度调节和血清缺乏与促进来自人类干细胞的胰腺β细胞的发育有关。 此外,使用FLEX2(Nova Biomedical)对两种培养结果进行评估,分析两种反应器的整个培养期间Gln、Glu、NH4+、Na+、K+、Ca++、pH、PCO2和PO2(图S6A-B)。在连续生物反应器中,培养基的渗透压稳定增加,但保持在280-320mOsm/kg范围内。这种增加可以归因于由营养物质代谢和其他废物产生的溶质的积累。相比之下,对照培养基的渗透压变化的生物反应器随着培养基在细胞分化过程的不同阶段被补充而波动。谷氨酰胺和谷氨酸水平也进行了评估,两者都显示随着时间的推移而消耗。这与使用Rebel分析仪进行的测量结果一致。两种生物反应器在生物分化上具有可比性,除了在连续生物反应器中pH的持续下降和预期的耗氧速率方面的主要差异。在反应液中测量的气体可能会受到收集和测量之间时间的影响,但是,对所有样品的总体影响是相同的。总体数据显示,在培养10天或PP诱导分化阶段后,PO2水平开始稳步下降。尽管反应液与两个生物反应器顶空内的气体体积相同(500毫升),但与控制培养基补充变化生物反应器相比,进入反应液的氧气通量可能不足以补充0.5L连续容器中增加的耗氧量。文献来源:doi.org/10.21203
  • 北大王初与芝加哥大学赵英明课题组合作开发深度组蛋白修饰鉴定分析方法
    近日,北京大学王初课题组与芝加哥大学Ben May癌症研究所赵英明课题组合作,在Science Advances杂志上发表题为“Identification of 113 new histone marks by CHiMA, a tailored database search strategy”的研究文章。在这项工作中,作者详细探索了传统数据分析方法应用于组蛋白修饰组鉴定修饰肽段存在的问题,并进行了针对性优化发展了一种名为“Comprehensive Histone Mark Analysis (CHiMA)”的数据分析方法。应用CHiMA对此前的组蛋白修饰组数据进行重分析发现了113个新的组蛋白修饰位点(histone mark)。  组蛋白翻译后修饰是细胞对DNA转录调控的重要手段之一。蛋白质组作为一种高通量全局性分析蛋白质翻译后修饰的技术,在组蛋白修饰的发现和功能研究中发挥了重要作用。如赵英明课题组在2019年利用蛋白质组手段首次鉴定到了组蛋白上来源于L型乳酸(L-lactate)的赖氨酸乳酰化修饰,并揭示了其在调控基因表达中的重要作用。组蛋白修饰组相对于全蛋白质组数据有着显著的区别,譬如:1)组蛋白修饰组中包含的肽段数目远少于全蛋白质组中的肽段数目 2) 组蛋白由于富含赖氨酸和精氨酸,经过胰蛋白酶切后,氨基酸数目小于或等于6个的短肽占比远超全蛋白质组中比例。尽管如此,目前还没有研究探索传统蛋白质组数据分析策略是否适用于组蛋白修饰组中修饰位点的鉴定,以及针对组蛋白修饰组优化开发的搜库方法。为了验证传统蛋白质组数据分析策略应用于组蛋白修饰位点鉴定是否会产生漏报的情况,作者首先准备了四组组蛋白乳酰化修饰组数据。这些数据使用同样色谱条件和质谱条件采集,因此同一条修饰肽段在四组数据中应在相似时间被色谱洗脱并送入质谱鉴定,从而可以利用在其他三组数据中的鉴定肽段来检查漏报。作者使用ProLuCID+DTASelect2.0作为搜库软件并使用传统分析策略进行搜库,发现在这四组数据中均存在着不同比例(12.5%-36.4%)的修饰位点漏报。为了验证这一结果不是由特定搜库引擎的算法所导致,作者使用另一种常用的搜库引擎Andromeda(内置于MaxQuant)进行了同样的测试并得到了相似的结果。  搜库分析首先将实验产生的二级谱图与蛋白质数据库中模拟酶切产生肽段的理论谱图进行比对,以得到每个二级谱图潜在的匹配肽段。随后需要对所有的肽段-谱图匹配(peptide-spectrum matches, PSMs)进行过滤以筛选出高置信度的鉴定结果。传统的搜库方法通常使用target-decoy策略来进行PSM筛选[3]。这一策略首先在蛋白质数据库中产生与正确蛋白质序列(target)同样数目的诱饵序列(decoy,通常为正确序列的反向序列)。诱饵序列不存在于细胞中,所以匹配于诱饵序列的鉴定结果均为假阳性。同时由于数据库中正确序列与诱饵序列数目相同,可以通过decoy PSMs的数目估算出同等打分筛选条件下的target PSMs数目,从而估算出假阳性率(false discovery rate, FDR)。由于组蛋白修饰组通常只含有数十条或最多上百条修饰肽段,作者猜测使用 target-decoy-based FDR进行PSM过滤会导致打分线完全取决于打分最高的1-2个decoy PSM,从而丧失统计效力。为了验证这一猜测,作者对数据A搜库过程每一步的结果进行了仔细检查,发现所有漏报的修饰肽段均被搜库软件正确匹配到了相应的二级谱上,而漏报确实产生于后续的PSM过滤过程。作者随后绘制了测试数据中target PSM和decoy PSM的打分分布曲线,发现两者也几乎完全重合,只有65个target PSMs的打分高于打分最高的decoy PSM,因此在该数据中打分线仅由这一个decoy PSM决定,导致其他正确修饰肽段被漏报。作者随后对搜库策略进行优化以解决这一问题。谱图匹配的质量是最重要的衡量肽段鉴定可靠性的标准。因此,对于组蛋白修饰组这样的小数据集来说,完全可以根据谱图质量来筛选高置信度的PSM。由于数据中仅含有少量阳性肽段,筛选出的鉴定结果可以在随后很方便地进行手动验证。通常来说,一个正确的PSM中肽段的碎片离子(fragment ion)应该尽可能多地被匹配到谱图中的离子。因而,我们选择碎片离子覆盖率(fragment ion coverage,FIC)作为筛选高质量PSM的标准。经过一系列的评测,作者证明基于FIC的筛选策略在测试数据集中显著优于基于FDR的筛选策略,而50% 的FIC可以在不引入过多假阳性鉴定的情况下鉴定到所有的正确修饰肽段。  作者随后对组蛋白修饰组数据更进一步探索发现组蛋白赖氨酸乙酰化(Kac)和一甲酰化(Kme1)和精氨酸一甲基化(Rme1)在测试数据集中被广泛发现共存于目标修饰的肽段上。这些赖氨酸和精氨酸上的背景修饰(尤其是Kac)可以导致酶切效率的降低,产生更长的含目标修饰的肽段,从而使得短肽上的修饰位点被鉴定到。因此考虑这些高丰度的背景修饰可以促进对目标修饰位点的鉴定,同时也有助于对组蛋白修饰crosstalk的研究。在两个测试数据集中,作者证明在搜库时考虑Kac,Kme1和Rme1帮助多鉴定到了45%和75%的组蛋白乳酰化修饰位点。基于以上对搜库分析流程的优化,作者建立了深度组蛋白修饰鉴定分析方法CHiMA (Comprehensive Histone Mark Analysis)。作者在两个测试数据集中对CHiMA进行详细地测试证明其相对传统搜库方法能够多鉴定到近一倍的组蛋白修饰位点。在以上方法开发过程中,所有鉴定结果作者均进行了手动验证以确保准确性。  作者最后使用CHiMA对组蛋白赖氨酸乳酰化、2 -羟基异丁酰化、巴豆酰化和苯甲酰化的数据进行重分析,发现了113个新的组蛋白修饰位点(histone mark),将此前的数目提高了几乎一倍。作者手动检查了所有新鉴定位点肽段的PSM质量,并将其分为了高置信度和中等置信度两类,其中后者的PSM可能有如下瑕疵:1) 肽段碎片离子的信号强度过低 2)谱图中高质核比区间(大于母离子质核比)有无法被解释的高强度离子。为了确保这些新鉴定的组蛋白修饰位点的可靠性,作者合成了所有中等置信度的乳酰化和巴豆酰化新鉴定位点的肽段。所有合成肽段的二级谱图均与鉴定肽段的谱图一致,证明了这些新鉴定位点的正确性。除了这些新鉴定位点之外,作者还总结了所有共存于同一条肽段上的修饰组合,并人工合成了其中部分肽段以验证其正确性。  综上所述,CHiMA提供了第一个专为组蛋白修饰鉴定量身定做的数据分析方法,为组蛋白修饰参与的表观遗传学研究提供了重要工具。在本工作中新发现的组蛋白修饰位点也将为未来表观遗传学的机制研究提供重要的基础。本文的通讯作者为芝加哥大学Ben May癌症研究所的赵英明教授和北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命联合中心、北京大学合成与功能生物分子中心的王初教授。赵英明课题组博士后高晋君(王初课题组2019届毕业生)为本文第一作者,明尼苏达大学陈悦教授、北京大学张迪教授、赵英明课题组盛心磊博士等合作者为本课题做出了贡献。该工作得到了国家自然科学基金委、科技部重点研发计划、北京市杰出青年科学家等项目的经费支持。  文章链接:https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adf1416  原文引用:DOI: 10.1126/sciadv.adf1416
  • 北京大学王初课题组发展硫辛酰化修饰的组学鉴定新方法
    近日,北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命联合中心王初课题组在Journal of American Chemical Society杂志上发表题为“Quantitative Site-Specific Chemoproteomic Profiling of Protein Lipoylation”的研究文章。在这项工作中,作者发展了新型的用于捕获硫辛酰化修饰的化学探针,并结合定量化学蛋白质组学的技术,首次实现在大肠杆菌和哺乳动物细胞中的硫辛酰化修饰位点全局性鉴定与定量,并对大肠杆菌中特定底物蛋白中三个硫辛酰化修饰位点的调控和硫辛酰化修饰合成酶的功能进行了研究。 硫辛酰化修饰是一种通过酰胺键将硫辛酸共价连接到蛋白质赖氨酸残基上的翻译后修饰。硫辛酰化修饰在进化中高度保守,并且位于细菌和哺乳细胞核心代谢途径几种重要蛋白质复合物(丙酮酸脱氢酶复合物,酮戊二酸脱氢酶复合物和支链酮酸脱氢酶复合物)的活性口袋中,作为关键辅因子发挥着重要的催化作用。硫辛酰化修饰的失调与人类代谢紊乱、癌症等疾病相关。因此,加深对硫辛酰化修饰调节的理解对于研究与这些疾病相关分子机制具有重要的意义。 早期工作主要通过结构生物学和生物化学的方法对单个蛋白硫辛酰化修饰进行研究。近些年来,科学家们通过将基于抗体或化学连接的方法与基于质谱的蛋白质组学技术结合,实现了不同细胞类型和组织中硫辛酰化修饰的检测。然而,硫辛酰化抗体的结合亲和力不足,无法实现对所有硫辛酰化修饰蛋白进行鉴定。最近,北京大学陈兴课题组发展了一种化学连接策略用于硫辛酰化修饰蛋白的鉴定(Angew. Chem. | 蛋白质硫辛酰化修饰的化学标记),但未能实现在组学层面对硫辛酰化修饰位点的定量分析和检测。而使用选择反应检测扫描(SRM)的方法则可以实现对特定的底物蛋白二氢硫辛酰胺乙酰转移酶(DLAT)中硫辛酰化修饰位点进行相对定量,但很难实现对所有的硫辛酰化修饰位点进行全覆盖。因此,到目前为止,仍然缺乏一种用于全局分析蛋白质组中蛋白质硫辛酰化修饰的位点特异性鉴定和定量的方法。本论文发展了一种标记硫辛酰化修饰的探针和一套具有位点分辨率的定量化学蛋白质组技术。作者受醛基基团保护策略中常用的基于硫缩醛的方法启发,设计了丁醛探针BAP。该探针中含有醛基,可与硫辛酰化修饰发生缩合反应,并结合生物正交基团炔基,通过铜催化的点击化学反应引入可切割的富集标签。作者结合底物序列分析结果,使用V8蛋白内切酶Glu-C代替常规的胰蛋白酶Trypsin,实现了对大肠杆菌中所有已知硫辛酰化修饰位点的鉴定。在大肠杆菌中,其中一个蛋白底物二氢硫辛酰赖氨酸乙酰转移酶ODP2上含有三个修饰位点,在Glu-C进行酶切后会产生完全一致的肽段序列。为了能够对ODP2中三个硫辛酰化修饰位点进行区分,作者巧妙地利用修饰肽段下游的序列来代表三个硫辛酰化修饰位点,结合稳定同位素二甲基化定量的方法,开发出一种能够将ODP2上三个硫辛酰化位点进行区分定量的流程。利用发展的大肠杆菌硫辛酰化修饰位点定量策略,本研究对ODP2中三个硫辛酰化修饰任意的单突变和双突变组合菌株中硫辛酰化修饰状态进行分析。实验结果显示,ODP2中三个硫辛酰化修饰位点在体内的调控是相对独立的,并且当体内感受到整体的硫辛酰化修饰降低到一定限度时,会启动一定的补偿调控机制。作者进一步在大肠杆菌中探究了硫辛酰化修饰从头合成途径(由辛酸转移酶LipB和硫辛酰化合成酶LipA级联介导调控)和硫辛酰化修饰直接合成途径(由硫辛酸蛋白连接酶LplA调控)在硫辛酰化修饰合成过程的重要性。作者对三个硫辛酰化修饰合成酶LplA、LipB和LipA进行敲除,利用开发的位点定量流程对大肠杆菌中所有已知硫辛酰化修饰位点进行定量。实验结果显示,在营养充足的情况下,从头合成途径比直接合成途径起了更重要的作用。同时LplA在辛酸充足的条件下能够发挥与LipB类似的辛酸转移酶的功能。但是相比之下,LipB是体内更为重要的辛酸转移酶。作者接下来将该定量化学蛋白质组学流程运用到哺乳细胞体系中。作者发现,在人源细胞大多数的硫辛酰化修饰肽段都含有两个酸性氨基酸,这严重影响了质谱正离子检测模式下肽段的检测效率。为了解决这个问题,作者在常规的酸切标签DADPS的结构中引入了一个额外的氨基,发展了新一代酸切割的生物素叠氮标签CY58。利用新型的电离辅助亲和标签CY58,结合二甲基化标记定量策略,作者成功地实现了对人源细胞中所有已知的六个硫辛酰化修饰位点进行定量。最后,作者利用BAP探针结合质量标签的方法,成功地实现对甘氨酸裂解系统 H 蛋白(GCSH)中硫辛酰化修饰的修饰率进行测量,未来有望进一步在蛋白质组水平上直接检测所有蛋白中硫辛酰化修饰的修饰率。总之,本工作为组学层面的硫辛酰化修饰位点定量分析提供了强有力的工具,极大地助力了硫辛酰化修饰位点的功能研究。本文的通讯作者为北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命联合中心的王初教授。其指导的化学与分子工程学院2016级博士研究生赖书畅和博士后陈颖博士为本文的共同第一作者。王初课题组杨帆博士,肖伟弟博士和刘源博士等合作者为本课题做出了突出的贡献。该工作得到了科技部、基金委、北京分子科学国家研究中心、教育部生物有机和分子工程重点实验室的经费支持。
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    戴安公司除向中国市场推广高技术产品外,更加重视新技术的推广,戴安的每项产品都有大量的技术文献做支持,现利用网上仪器展向广大仪器界公布戴安部分产品的技术文献目录,如您对某文献感兴趣,请按目录前的号码向我们索要。联系方式:beijing@dionex.com.cn 或 shanghai@dionex.com.cn 戴安(DIONEX)公司应用技术资料目录 用离子色谱检测阴离子 AN2 空气采样膜上的NO3-、SO42-的测定 AN21 葡萄酒中的有机酸 AN25 非酒精类碳酸饮料中无机阴离子和有机酸的测定 AN36 离子色谱法测定尿液中的草酸盐 AN37 奶制品中I-的测定 AN45 脂肪酸的分析 AN51 测定氢氧化钠溶液中阴离子的方法 AN54 利用离子排斥色谱和脉冲积分安培检测器测定食品和饮料中的SO3- AN56 测定火电厂的高纯、氨化、硼酸化循环水中的痕量阴离子 AN65 肌醇磷酸盐的检测 AN70 胆碱和乙酰胆碱 AN71 用离子色谱结合抑制型电导检测的方法测定多聚磷酸盐 AN78 高浓度氢氟酸中痕量阴离子的测定 AN81 直接进样---离子色谱法测定饮用水中的卤氧化物和Br- AN85 有机溶剂中痕量阴离子的检测 AN93 使用自动中和A预处理/离子色谱法测定浓碱中的痕量阴离子 AN101 离子色谱法测定臭氧消毒水中的痕量BrO3- AN104 离子色谱法在个人保护品检测中的应用 AN112 高效阴离子交换色谱法测定肉制品中的NO3-、NO2- AN113 大体积/直接进样离子色谱法测定高纯水中的痕量阴离子 AN115 蛋白中三氟乙酸(TFA)的测定 AN116 药物中阴离子的测定 AN119 半导体腐蚀槽中离子化的含氟表面活性剂的测定 AN121 离子色谱法分析饮用水和地表水中低浓度的ClO4- AN123 发酵肉汤中无机阴离子和有机酸的测定 AN133 离子色谱法测定饮用水中的无机阴离子 AN134 用离子色谱法测定饮用水和地表水中低浓度的次氯酸 AN135 离子色谱法测定废水中的无机阴离子 AN136饮用水消毒副产物中的无机卤素含氧酸,阴离子和溴化物的离子色谱法测定,溴酸盐的柱后衍生离子色谱法测定 AN137 离子色谱法测定高浓度硝酸盐基体中的痕量阴离子 AN138 炼油厂废水和其他废水中硫代硫酸盐的测定 AN140 离子色谱法快速分析饮用水中的阴离子 AU102 电厂高纯水和硼酸化水中的痕量阴离子 AU103 电厂高纯水中痕量阴离子的测定 AU107 强碱溶液中氢化物的直接测定 AU122 海水中I-的测定 AU132 化学抑制离子色谱法测定饮用水中的NO3-、NO2- AU139 钢槽中离子化表面活性剂(FC-95)的测定 AU140 尿液中I-的测定 AU142 用EG40通过加大进样体积提高高纯水中痕量阴离子的测定 AU143酸性铜电镀槽中氯化物的测定 TN44 高浓度磷酸中痕量阴离子的测定 TN45 高浓度氢氟酸中痕量阴离子的测定 TN46 高浓度乙醇酸中痕量阴离子的测定 TN47 抑制电导检测器测定阴离子时使用碳酸盐做淋洗液可以获得低的基线噪音 用离子色谱检测阳离子、过渡金属 AN72 离子色谱/氩等离子体电感耦合光谱(ICAP)测定水溶性的有机溶液中痕量金属离子 AN73 离子色谱/氩等离子体电感耦合光谱(ICAP)测定试剂纯的酸、碱、盐中的痕量过渡金属离子 AN75 螯合离子色谱法测定试剂纯的酸、碱、盐中的痕量过渡金属离子 AN76 离子色谱/氩等离子体电感耦合光谱(ICAP)消除样品基体中的铁和铝 AN77 螯合离子色谱法测定过渡金属时基体干扰因素铁和铝的消除 AN80 离子色谱法测定饮用水、地表水和工业废水中可溶性的六价铬 AN86 含吗啉电厂水中痕量阳离子的测定 AN94 使用自动中和A预处理/离子色谱法测定浓酸中的痕量离阳子 AN108 血清和全血中的过渡金属的测定 AN109 柱后衍生----阳离子交换法测定镇草宁 AN120 海水中的测定Ca2+、Mg2+ AN124 牛奶和婴儿奶粉中胆碱的测定 AN131 高纯水和SC2(D-CLEAN)槽中PPT级过渡金属的测定 AU106 测定海水中痕量Ca2+、Mg2+ AU121R 炸药中的单价阳离子 AU137 工业过程水中痕量锂的测定 AU138 阳离子交换色谱法测定工业用水中乙醇胺 TN10 离子色谱法测定过渡金属 TN26 水、废水及固体废物提取液中Cr(VI)的测定 TN27 螯合离子色谱法测定消解的岩石样品中的镧系金属 用离子色谱检测核酸 AN100 DNAPac-100柱高度分离和纯化低聚核苷酸 用离子色谱检测蛋白质、缩氨酸 AN88 使用DX-500 HPLC 的中压凝胶渗透色谱 AN99 使用反向高效液相色谱测定缩氨酸 AN102 用DX-500 测定微孔缩氨酸 AN125 阳离子交换色谱法监控蛋白质脱酰氨基的过程 AN126 阳离子交换色谱法测定血红蛋白的变化 AN127 阳离子交换法对单细胞系抗体不均匀性的分析:C-终点赖氨酸变化的分离 AN128 阳离子交换色谱法监测单细胞系抗体的稳定性 AN129 色氨酸和甲硫氨酸氧化态和非氧化态的分离 TN50 AAA直接氨基酸分析仪直接测定蛋白质中氨基酸的含量 用离子色谱检测糖 AN66 洗涤剂中的新霉素 AN67 多糖的分析: 麦芽糖糊精、葡萄糖、菊糖和其他低聚糖 AN87 高效阴离子交换色谱---脉冲安培检测器测定糖果和果汁中的糖醇 AN92 高效阴离子交换色谱---脉冲安培检测器测定糖浆中的糖 AN105 薄层阴离子交换离子色谱分析人血清中的糖 AN117 药物中糖、乙醇和乙二醇的测定 AN141 用四重位波----A波检测可改善N-乙酰神经氨酸和N-羟乙酰神经氨酸峰面积响应值 AU125 血浆中的单糖分析 TN20 高效阴离子交换色谱---脉冲安培检测器分析碳水化合物 TN21 Dionex 脉冲安培检测器测定糖时脉冲安培检测器的优化设置 TN36 用HPAE-PAD对连接的低聚糖的外切糖苷酸的消化作用的分析 TN40 用HPAE-PAD分析糖蛋白中的单糖 TN41 高效阴离子色谱法分析唾液糖 TN42 高效阴离子色谱法分析寡糖 用快速溶剂萃取仪ASE 作样品前处理 TN206 加速溶剂萃取(ASE)过程中热降问题的研究 TN207 对使用DIONEX ASE200过程中样品夹带和交叉污染的研究 TN208 加速溶剂萃取(ASE)方法的优化 AN313 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取环境样品的多环芳烃(PAHs) AN316 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取环境样品中的多氯联苯(PCBs) AN317 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取碱、中性物质和酸(BNA) AN318 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取含氯杀虫剂 AN319 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取有机磷农药 AN320 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取有机氯农药 AN321 用加速溶剂萃取(ASE)测定各种食品中游离脂肪 AN322 用加速溶剂萃取(ASE)技术有选择的提取鱼肉中的多氯联苯(PCBs) AN323 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取环境样品中的多氯二苯二噁英和多氯二苯呋喃 AN324 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取土壤中的烃类污染物(BTEX,Diesel 和TPH) AN325 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取含油种子中的油 AN326 用加速溶剂萃取(ASE)技术对动物饲料进行提取 AN327 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取膏药中的硝酸甘油 AN328 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取土壤中的炸药 AN329 用加速溶剂萃取(ASE)技术测定婴儿奶粉中的总脂肪 AN330 用加速溶剂萃取(ASE)技术测定粒状和液体清洁剂中的有机成分 AN331 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取聚合材料中的添加剂 AN332 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取食物中农药和除草剂的残留 AN333 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取聚氨基甲酸酯泡沫吸附盒上的PCBs AN334 用加速溶剂萃取(ASE)技术测定快速测定肉中的脂肪 AN335 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取天然产物中的活性成分 AN336 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取多(乙烯基氯)聚合物中的增塑剂 AN337 用加速溶剂萃取(ASE)技术一次提取鱼组织中的油脂和PCBs AN338 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取土壤中石油总烃污染物(柴油和废油) AN339 用加速溶剂萃取(ASE)技术测定沉积物中的有机化合物 AN340 用加速溶剂萃取(ASE)技术测定干的奶制品中的脂肪 AN341 用加速溶剂萃取(ASE)技术从大体积样品中提取碱、中性物质和酸(BNA) AN342 用加速溶剂萃取(ASE)技术对大体积的鱼肉样品进行PCBs的测定 AN343 用加速溶剂萃取(ASE)技术测定大体积食品样品中的杀虫剂 AN344 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取巧克力中的脂肪 AN345 用加速溶剂萃取(ASE)技术提取乳制品(奶酪、黄油和鲜奶)中的脂肪 LC Packings毛细管/毫微级液相技术 AN01LCP 用毛细管液相/质谱/质谱对药物代谢产物的快速确定 AN02LCP 用超高流速的毛细管液相/质谱/质谱对血浆中的药物进行直接分析 AN03LCP 其他应用 AN46 离子色谱:一种分析啤酒的通用技术 AN83尺寸排斥色谱法中使用分离脉冲积分安培(PDA)检测器测定多糖 AN95 反向高效液相色谱测定多环芳烃 AN96 反向高效液相色谱测定N-甲基氨基甲酸酯 AN97 反向高效液相色谱测定羰基化合物 AN106离子色谱在制药行业中的应用 AN107生理液中的离子 AN132积分脉冲安培法(IPAD)测定含硫抗体 AN139液相色谱法测定酸性铜电镀槽中的添加剂和副产物 AU111电镀铜使用的LeaRonal酸中微量PCM和PC的检测 AU119酚 AU133镀镍的硫酸电镀槽中邻磺酰苯甲酰亚胺的测定 TN8 离子色谱中浓缩柱的使用 TN9 电导检测、电导率定律和电离平衡 TN12 抑制电导检测——离子对色谱测定方法的发展 TN16 第一代Dionex色谱柱淋洗液的配制 TN43 采用平滑算法减少基线噪音
  • 【安捷伦】单抗药物电荷异质性分析的新时代现已来临!
    2018 年,关于肿瘤免疫的那些事儿6 月:国内首款 PD-1 单克隆抗体药物获批,中国跨入肿瘤免疫时代10 月:诺贝尔生理学或医学奖授予美国科学家詹姆斯艾利森 (James Allison) 与日本科学家本庶佑 (Tasuku Honjo) ,以表彰他们在癌症免疫治疗方面所做出的贡献12 月:国内首款国产 PD-1 单克隆抗体药物获批,开启肿瘤免疫治疗“亲民”时代肿瘤免疫治疗的火爆让单克隆抗体药物(下文简称单抗)的研究越来越受到关注,今天我们就来聊聊单抗的一大特性——电荷异质性。抗体是指能与相应抗原特异结合的具有免疫活性的球蛋白,而单抗是由单一 B 细胞克隆产生的高度均一、仅针对某一特定抗原表位的抗体。同其它蛋白一样,单抗常常存在广泛的翻译后修饰和降解,如糖基化、碳端赖氨酸丢失、脱酰胺化、二硫键错配、糖化和氧化等。几乎这些所有的翻译后修饰都会直接或间接的引起单抗表面电荷的变化,这就是单抗的电荷异质性。电荷异质性影响单抗的体外及体内的活性、安全性、可行性和质量,在新药研发和生物类似药的开发中都非常重要。电荷异质性的检测通常采用基于电荷分离的技术手段,如离子交换色谱、毛细管等电聚焦(CIEF),以及成像毛细管等电聚焦(iCIEF)等。与主峰 (Main peak) 相比,这些变异体峰通常被称为酸性峰 (Acidic variants) 和碱性峰 (Basic variants) 。大部分的人源 IgGs 具有碱性的等电点,因此,阳离子交换色谱通常被用于分离。在主峰前面的峰通常称为酸性峰,因为其带有的正电荷较少,洗脱较快;在主峰后面的峰称为碱性峰。酸碱峰的鉴定采用离线收集鉴定或多维液相-质谱联机在线鉴定。图 1. 阳离子交换色谱分离酸碱峰示例图毛细管等电聚焦(CIEF)是电荷异质性表征的主要手段,但采用 CIEF 分离时收集馏分用于鉴定非常困难,所以 CIEF 通常用于监控电荷异质性而不能用于表征。质谱检测虽然广泛应用于单抗的表征,但是将 CIEF 和 MS 联机一直是非常大的挑战。质谱在线检测的缺失也限制了 CIEF 在蛋白电荷异质性的表征上的应用。将 CIEF 分离的高分辨特性和质谱的表征能力结合起来是电荷异质性表征迫切需要的技术。Agilent 7100 CE-QTOF 联机的特点无与伦比的毛细管分离的分辨率:甘油改性剂降低非 CIEF 电泳迁移和区带展宽两性电解质:兼顾电泳分辨率和质谱灵敏度质谱友好的阳极液和阴极液优化的鞘流液组成:有效的聚焦、迁移和电喷雾离子化纳流级别的鞘流液流速:基于电渗流技术的纳流鞘流液最大限度提高检测灵敏度优化的 CIEF 运行参数:进样量、电场强度、压力灵敏度高、抗污染的质谱:Agilent 6200 系列 TOF,6500 系列 Q-TOF图 2. Agilent 7100 CE-QTOF 联机图CIEF-MS 的方法可行性及卓越表现采用等电点标记物(pI markers)进行验证,等电点和迁移时间之间具有良好的线性相关性 (R^2=0.99)。此外,CIEF-MS 方法采集的四种单抗的电荷变异体分离的轮廓图也通过成像毛细管等电聚焦紫外方法比对验证一致。pI markers 的绝对迁移时间的相对标准偏差小于 5%(n=4)。贝伐单抗三次进样的相对迁移时间 RSD 小于 1%,绝对迁移时间小于 2.3%,峰面积的 RSD 小于 7%。并且,单抗的电荷变异体可通过质谱直接测得其分子量。CIEF-MS 采集的电荷变异体轮廓分布和 iCIEF-UV 检测具有高度的一致性。iCIEF-UV 通过全柱成像检测去除了等电聚焦后分析物迁移到检测器端的步骤,CIEF-MS 和 iCIEF-UV 检测结果的高度一致性证明了在线 CIEF-MS 分析单抗电荷变异体史无前例的高分辨率。除了高分辨率之外,该方法具有非常好的重现性。CIEF-MS 电荷异质性分析的应用实例大集结贝伐珠单抗的分析CIEF-MS 和 iCIEF-UV 分析得到的酸碱峰比例接近,分别为酸性峰: 主峰: 碱性峰= 23% : 72% : 5% 和 27% : 68% : 5%。除了 CE 的高分离度之外,质谱数据优异的原始谱图是实验分析制胜的关键,尤其是在鉴定跟主峰质量差别很小的变异体时,如在分析一个脱酰胺 (+1Da) 质量差时,一款性能优异的质谱是 CIEF-MS 分析的必备之选。贝伐珠单抗的主峰分子量为 149 202 Da,碱性峰 B1 和主峰之间的质量差为 +128 Da,和碳端赖氨酸 (+128 Da, +1K) 异质性匹配;碱性峰 B2 (?=-17Da) 和氮端焦谷氨酸环化修饰 (-17Da) 匹配;酸性峰 A1 (?= 1Da) 和脱酰胺修饰匹配。酸性峰 A1 和主峰只有 1 Da 的质量差别,虽然我们会担心质谱准确度因素带来的不确定性,但酸性峰的位置和正好 1 Da 的质量差让我们有理由相信酸性峰 A1 是脱酰胺的修饰峰。A2 峰的信号非常弱,可能是高糖基化修饰的峰。图 3. 贝伐珠单抗 CIEF-MS 分析结果图曲妥珠单抗的分析曲妥珠单抗和贝伐珠单抗的电荷异质性分布的差异较大。iCIEF-UV 测得的低含量碱峰在CIEF-MS上未检出,同时其对酸峰的分离效果也优于 CIEF-MS 分离。质谱检测结果清晰的展示了酸性峰中四种主要的糖型变异体。曲妥珠单抗的主峰分子量为148 224 Da,酸性峰 A1 (?m = +1Da) 和酸性峰 A2 (?m = +2Da) 和脱酰胺修饰匹配,并且和 2D CZE-MS 的结果一致。图 4. 曲妥珠单抗 CIEF-MS 分析结果图英夫利昔单抗的分析英夫利昔单抗的三个电荷变异体峰在 CIEF-MS 上有良好的分离。解卷积结果显示两个碱峰为碳端赖氨酸变异体,碱性峰 B1 (?m = +258 Da) 和两个赖氨酸匹配;碱性峰 B2 (?m = +129 Da) 和一个赖氨酸匹配;酸性峰 A (?m = +5Da) 小的质量偏差显示其可能为脱酰胺的修饰。图 5. 英夫利昔单抗 CIEF-MS 分析结果图西妥昔单抗的分析西妥昔单抗是人鼠嵌合的 IgG-1 单抗,具有高度的微观不均一性,该特性主要源于高度复杂的糖基化修饰。西妥昔单抗重链的 Fab 和 Fc 上各有一个糖基化位点,同时有碳端赖氨酸的不完全剪切,这些高度的异质性会造成分离上的困难。采用 CIEF-MS 实现了八个电荷变异体的良好分离,不仅和 iCIEF-UV 的结果一致,同时也和文献报道一致。但是由于西妥昔单抗复杂的糖基化修饰,通过质谱获得的分子量信息不足以反应修饰的情况。图 6. 西妥昔单抗 CIEF-MS 分析结果图西妥昔单抗亚基水平的分析针对西妥昔单抗这类具有复杂异质性的抗体,通过 IdeS 酶切和 DTT 还原降低其复杂程度,更利于质谱检测。通过高分辨质谱检测,IdeS 酶切后的八个变异体峰及 IdeS 酶切同时 DTT 还原后得到的 11 个变异体都得以检测。研究发现,西妥昔单抗的电荷异质性主要源于 Fc 区末端赖氨酸的异质性、Fd’ 区 N-羟乙酰神经氨酸和可能存在的脱酰胺修饰。轻链上未发现有电荷异质性。图 7. 亚基水平 CIEF-MS 分析流程图安捷伦 CE-QTOF 解决方案不仅兼顾了毛细管电泳的高效分离,离子源接口的高灵敏度和高分离度,也实现了质谱的高灵敏高分辨检测。在完整蛋白分析的层次上增加亚基水平的解决方案,即使是具有高度复杂异质性的抗体分析也能轻松应对。访问安捷伦药典系列文章,了解更多信息。参考文献:1. 安捷伦应用文献 5994-0672EN2. Jun Dai,*,? Jared Lamp,? QiangweiXia,? and Yingru Zhang?, Capillary Isoelectric Focusing-Mass SpectrometryMethod for the Separation and Online characterization of Intact Monoclonal AntibodyCharge Variants. Anal Chem. 2018 Feb 6 90(3):2246-22543. Jun Dai, and Yingru Zhang, AMiddle-Up Approach with Online Capillary Isoelectric Focusing-Mass Spectrometryfor In-depth Characterization of Cetuximab Charge Heterogeneity. Anal. Chem.,2018, 90 (24), pp 14527–14534扫描下方二维码,关注“安捷伦视界”公众号,获取更多资讯。
  • 基于镜像酶正交酶切的蛋白质复合物规模化精准分析新方法
    蛋白质作为生命活动的执行者,通过自身结构的动态改变,以及与其他蛋白质相互作用组装为蛋白质复合物,调控各种生物学过程。因此,如何实现蛋白质复合物的精准解析已成为当前生命科学的研究热点。化学交联结合质谱(CXMS)技术作为蛋白质复合物解析的新兴技术,利用化学交联剂将空间距离足够接近的蛋白质分子内或分子间的氨基酸残基以共价键连接起来,再利用液相色谱-质谱联用对交联肽段进行鉴定,实现蛋白质复合物的组成、界面和相互作用位点的解析。该技术具有分析通量高、灵敏度高、可提供蛋白质间相互作用的界面信息、普遍适用于不同种类和复杂程度的生物样品等优势,已成为X射线晶体衍射、低温冷冻电镜、免疫共沉淀等蛋白质复合物研究技术的重要补充。化学交联位点的鉴定覆盖度和准确度决定着该技术对于蛋白质复合物结构的解析能力。目前,为了实现蛋白质复合物的高覆盖度交联,研究人员发展了可用于共价交联赖氨酸(K)的氨基、谷氨酸(E)/天冬氨酸(N)的羧基、精氨酸(R)的胍基以及半胱氨酸(C)的巯基等多种活性基团的新型交联剂。进而,为了提高低丰度交联肽段的鉴定灵敏度,体积排阻色谱法、强阳离子交换色谱法,及亲和基团富集策略被提出用于交联肽段的高选择性富集,如可富集型化学可断裂交联剂——Leiker,与不具备富集功能的交联剂相比,通过亲和富集可以将交联位点鉴定数目提高4倍以上。胰蛋白酶镜像酶(LysargiNase)的酶切位点与胰蛋白酶互为镜像,可特异地切割赖氨酸和精氨酸的N端。由于LysargiNase的N端酶切特点,电荷主要分布在交联肽段的N端,在碰撞诱导裂解(CID)和高能诱导裂解(HCD)模式下产生以b离子为主的碎片离子,与胰蛋白酶酶切肽段以y离子为主的碎片离子互为镜像补充,为胰蛋白酶酶解肽段在质谱鉴定中b离子缺失严重的问题提供了很好的解决办法。由于具有较高的酶切特异性和酶活性,镜像酶已经成功地应用于蛋白质C末端蛋白质组鉴定、磷酸化蛋白质组研究、甲基化蛋白质组鉴定等方面,然而在CXMS中的应用仍未见报道。为进一步提高对蛋白质复合物结构及相互作用位点的解析能力,本文发展了LysargiNase与胰蛋白酶联合酶切的方法,基于镜像酶正交切割的互补特性,通过产生赖氨酸及精氨酸镜像分布的交联肽段,以增加特征碎片离子数量和肽段匹配连续性,从而提升交联肽段的谱图鉴定质量,达到提高交联位点的鉴定覆盖度和准确度的目的。通过分别对牛血清白蛋白及大肠杆菌全蛋白样品的交联位点鉴定结果的考察,评价该策略对单一蛋白样品和复杂细胞裂解液样品蛋白质复合物表征的应用潜力。蛋白质样品制备称取牛血清白蛋白粉末,以20 mmol/L 4-(2-羟乙基)-1-哌嗪乙磺酸(HEPES, pH 7.5)作为缓冲体系,配制0.1 mmol/L牛血清白蛋白溶液。大肠杆菌细胞(种属K12)在37 ℃下采用Luria-Bertani(LB)培养基培养24 h,然后于4 ℃以4000 g离心2 min,收集细胞沉淀。细胞沉淀采用磷酸盐缓冲液(PBS)清洗3遍后,悬浮于细胞裂解液(含20 mmol/L HEPES和1%(v/v)蛋白酶抑制剂)中,冰浴超声破碎180 s(30%能量,10 s开,10 s关)。匀浆液于4 ℃以20000 g离心40 min,收集上清,采用BCA试剂盒测定所得蛋白质含量。稀释大肠杆菌蛋白裂解液至蛋白质含量为0.5 mg/mL。化学交联样品制备以20 mmol/L HEPES(pH 7.5)为溶剂配制浓度为20 mmol/L 的BS3交联剂母液 将交联剂母液加入牛血清白蛋白的缓冲溶液及大肠杆菌蛋白裂解液中,使交联剂的终浓度为1 mmol/L,在室温条件下反应15 min 通过添加终浓度为50 mmol/L的淬灭溶液NH4HCO3进行交联反应淬灭,并在室温下孵育15 min 在冰浴条件下,将交联样品逐渐滴入8倍体积的预冷丙酮中,于-20 ℃静置过夜 在4 ℃条件下,以16000 g转速离心,去除丙酮,然后将交联蛋白用预冷丙酮清洗2次,去除上清液后,于室温挥发掉残余的丙酮 以8 mol/L尿素溶液复溶蛋白质沉淀 将牛血清白蛋白交联样品以5 mmol/LTCEP作为还原剂,于25 ℃下反应1 h进行变性和还原 将大肠杆菌样品以5 mmol/LDTT作为还原剂,于25 ℃下反应1 h进行变性和还原,避免大肠杆菌蛋白在酸性条件下发生变性 添加终浓度为10 mmol/L的碘乙酰胺(IAA),在黑暗中,于室温下反应30 min 以50 mmol/LNH4HCO3稀释样品至尿素浓度为0.8 mol/L后,将样品均分为两份,一份以蛋白样品与蛋白酶的质量比呈50:1的比例加入胰蛋白酶,于37 ℃酶解过夜,另一份加入终浓度为20 mmol/L的CaCl2,以蛋白样品与蛋白酶的质量比呈20:1的比例加入LysargiNase,并在37 ℃温度下酶解过夜。液相色谱-质谱鉴定及数据搜索上述所有样品经过除盐,使用0.1%甲酸(FA)溶液复溶,用超微量分光光度计测定肽段浓度,进行反相高效色谱分离和质谱分析。牛血清白蛋白样品采用Easy-nano LC 1000系统偶联Q-Exactive质谱仪平台进行质谱分析。流动相A: 2%(v/v)乙腈水溶液(含0.1%(v/v)FA) 流动相B: 98%(v/v)乙腈水溶液(含0.1%(v/v)FA)。梯度洗脱程序:0~10 min, 2%B~7%B 10~60 min, 7%B~23%B 60~80 min, 23%B~40%B 80~82 min, 40%B~80%B 82~95 min, 80%B。Q-Exactive质谱仪采用数据依赖性模式,Full MS扫描在Orbitrap上实现,扫描范围为m/z 300~1800,分辨率为70000(m/z=200),自动增益控制(AGC)为3×106,最大注入时间(IT)为60 ms,母离子分离窗口为m/z 2。MS/MS扫描的分辨率为17500(m/z=200),碎裂模式为HCD,归一化碰撞能量(NCE)为35%, MS2从m/z 110开始采集,MS2的AGC为5×104, IT为60 ms,仅选择电荷值为3~7且强度高于1000的母离子进行碎裂,并将动态排除时间设置为20 s。每个样品分析3遍。大肠杆菌样品采用EASY-nano LC 1200系统偶联Orbitrap Fusion Lumos三合一质谱仪平台进行质谱分析。流动相A: 0.1%(v/v)甲酸水溶液 流动相B: 80%(v/v)乙腈水溶液(含0.1%(v/v)FA)。梯度洗脱程序:0~28 min, 5%B~16%B 28~58 min, 16%B~34%B 58~77 min, 34%B~48%B 77~78 min, 48%B~95%B 78~85 min, 95%B。Orbitrap Fusion Lumos三合一质谱仪采用数据依赖性模式,Full MS扫描在Orbitrap上实现,扫描范围为m/z 350~1500,分辨率为60000(m/z=200), AGC为4×105, IT为50 ms,母离子分离窗口为m/z 1.6。MS2扫描的分辨率为15000(m/z=200),碎裂模式为HCD, NCE为30%, MS2从m/z 110开始采集,MS2的AGC为5×104, IT为60 ms。仅选择电荷值为3~7且强度高于2×104的母离子进行碎裂,并将动态排除时间设置为20 s。每个样品分析3遍。质谱数据文件(*.raw)采用pLink 2软件(2.3.9)对交联信息进行检索和鉴定。使用从UniProt于2019年4月27日下载的牛血清白蛋白序列和大肠杆菌序列,搜索参数如下:酶切方式为胰蛋白酶(酶切位置:K/R的C端)、LysargiNase(酶切位置:K/R的N端) 漏切位点个数为3 一级扫描容忍(precursor tolerance)2.00×10-5 二级扫描容忍(fragment tolerance)2.00×10-5 每条肽段的质量范围为500~1000 Da 肽段长度的范围为5~100个氨基酸 固定修饰为半胱氨酸还原烷基化(carbamidomethyl [C]) 可变修饰为甲硫氨酸氧化(oxidation [M])、蛋白质N端乙酰化(acetyl [protein N-term]) 肽段谱图匹配错误发现率(FDR)≤5%。映射胰蛋白酶与LysargiNase酶解样品的交联位点在牛血清 白蛋白晶体结构(PDB: 3V03)的映射 LysargiNase与胰蛋白酶酶解样品的交联位点对及单一交联位点的互补性LysargiNase与胰蛋白酶酶解样品共同得到的交联位点鉴定打分比较b+/++与y+/++离子碎片分别在α/β-肽段的碎片覆盖度LysargiNase与胰蛋白酶酶解的交联肽段质谱图大肠杆菌样品中LysargiNase与胰蛋白酶酶切鉴定蛋白质复合物信息互补性带点击了解原文:https://www.chrom-china.com/article/2022/1000-8713/1000-8713-40-3-224.shtml
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  • 莱伯泰科公司生产一线员工石林峡郊游
    在端午节来临之际,莱伯泰科公司职工委员会组织生产一线的员工前往平谷郊区的石林峡游玩。6月7日上午8点,参加此次活动的员工在公司集合,乘坐两辆大客车准时出发,上午10点半,到达石林峡。石林峡景区风景优美,气候宜人,在游玩的路上,大家倾心交谈,欢声笑语不断。 莱伯泰科公司生产一线的员工大多来自北京以外的地区,他们大多数为80后,平时工作繁忙,工作和生活压力大,娱乐的机会较少,莱伯泰科职工委员会为了活跃生产一线员工的生活,增进员工之间的相互了解,提高员工的工作和生活乐趣,特意在端午节前一天组织了此次活动,让大家体验到远离家乡在北京过节的好心情。公司主要领导和人事部负责人参加了此次活动,与大家一同体验活动带来的欢乐。
  • 【解决方案】马尔文帕纳科为药物筛选按下快进键!
    Hot马尔文帕纳科为药物筛选按下快进键!利用生物物理片段筛选“甜蜜点”发现抑制BRPF1 的新化学型马尔文帕纳科为药物筛选按下快进键!基于化合物库的有效采样是片段筛选命中 (fragment screening hit) 识别范式的核心。通常片段分子越小,采样效率越高。对于小分子和靶蛋白之间弱结合力的检测能力决定了片段分子可以设计的大小。 CLS独特的片段筛选平台马尔文帕纳科旗下 Concept Life Sciences 和 Creoptix 联手开发了一个独特的片段筛选平台。该平台将专门构建的片段分子库与尖端的光栅耦合干涉 (GCI) 技术相结合,通过在生物物理“甜蜜点” (Sweet Spot) 进行筛选操作,可在几天内确定最有效的片段命中 (fragment hits),从而为片段命中优化提供理想的起点,并为候选药物提名提供了更快的途径。本文报告了使用该平台进行片段分子筛选,并识别了能有效结合 BRPF1 溴结构域的新片段。BRPF1Bromodomains 溴结构域是进化上保守的蛋白质-蛋白质相互作用模块,可识别组蛋白乙酰化赖氨酸。溴结构域和 PHD 指蛋白 1 (BRPF1) 是单核细胞白血病锌指 (MOZ) 组蛋白乙酰转移酶的亚基。它通过多个表观遗传阅读器结构域调节基因转录,包括独特的双 PHD 和锌指组装、溴结构域和 C 末端 PWWP 结构域(如图 1所示)。BRPF1 被认为是肝细胞癌[1]和急性髓细胞白血病[2]的治疗靶点,目前这种侵袭性癌症的成人 5 年生存率不到 30%[3]。图 1. MOZ/MORF 组蛋白乙酰转移酶复合物介导 H3K9、H3K14 和 H3K23 乙酰化以激活基因。BRPF1 包含两个植物同源域 (PHD) 手指的乙酰阅读器结构域,它们由一个锌指节 (PZP 结构域)、一个溴结构域和一个脯氨酸-色氨酸-色氨酸-脯氨酸 (PWWP) 结构域隔开。近年来报道了一系列 BRPF1 抑制剂,包括 GSK6853[4]和 NI-57 [5](图 2)。高通量片段对接 [6] 和基于配体的筛选 [7] 也被用于鉴定其他化学型 ,并在 X 射线结构的辅助下对其进行优化(图 2)。但是目前尚未有选择性的 BRPF1 抑制剂进入临床研究,所以能抑制这一靶点的新化学型仍是研究热点。图 2. 左:选择性 BRPF1 抑制剂的化学结构。右图:BRPF1与片段分子结合的 X 射线结构 (pdb = 5EQ1)。BRPF1 以绿色带状表示,其表面由位于酰基结合域的残基侧链构成碳原子为绿色,氧原子为红色,氮原子为蓝色。片段分子以棒状表示。生物物理“甜蜜点” Sweet Spot据最新文献估计,化学宇宙已经由多达 11 个重原子、1420 万个化合物增长到了多达 17 个重原子、超过 1660 亿个化合物[8]。这种指数增长体现了片段分子大小的增加对化学领域的影响,而片段库的过分庞杂并不利于基于片段的药物设计 (FBDD) (图 3)。伴随着FBDD的发展,涌现出了多种生物物理技术能够检测到片段分子与靶点之间微弱的结合。因此,一个有效的筛选活动应能在筛选化合物时,可以最大限度的在生物物理技术可以检测到的极限范围内进行采样,即片段分子的生物物理“甜蜜点”(图 3)。图 3. 化学宇宙的演变(橙色)、找到筛选命中的机会(灰色)和典型的亲和力(蓝色)与重原子数量的关系。虽然典型的商业片段库(紫色)倾向于集合较大的化合物,但通过高灵敏的生物物理技术,在生物物理“甜蜜点”(绿色)范围内,可以对更小的片段分子进行更有效的筛选。生物物理片段库构建图 4. 片段库构建流程:从 55,000 个 CLS 化合物集合到最终 1,133 个选定片段。该过程包括一个生物物理 MPO 对匹配生物物理“甜蜜点”的片段进行分类,以最大限度地提高多样性,并基于溶解度和纯度对化合物质量进行严格过滤和筛选。最大化的化合物多样性图 5.(A)CLS化合物库的主要成分分析。散点之间间隔越远,相应片段的结构越多样化(颜色对应于簇 #),(B)惯性矩阵图表示 CLS 片段分子的杆状、片状和球形形状(颜色对应于簇 #),(C ) 结构多样性由在不同 Tanimoto 指数下属于 1 到 5 个簇的化合物数量表示,(D) 1,133 个 CLS 片段的每个主要chemical handles的百分比。片段命中类库Fragment Hit-LikeLibrary在过去 20 年的 FBDD 研究中,已报告的片段命中 [9] 和商业片段集合的物理化学特征之间出现了明显的二分法,这通常由 3 规则 (Ro3) [10] (图 6) 支持 。通过瞄准生物物理“甜蜜点”,CLS 生物物理片段集合(图 6)不仅可以有效地对可用的化合物库进行采样,而且还显示了与报告的片段命中非常匹配的物理化学特征。图 6. Giordanetto 等人报道的 486 个片段命中的物理化学特征[9](绿色)、典型的商业片段集合(橙色,从 11 家供应商的 120,000 多个片段中收集)和Concept Life Sciences构建的生物物理片段集合(蓝色)。生物物理筛选图 7. SPR 和 GCI 筛选工作流程。GCI 技术使用Creoptix WAVE delta 系统(图片),该系统可实现简单且省时的片段筛选。使用 waveRAPID® 进行动力学筛选
  • 心相印五月花等品牌湿巾含禁用防腐剂CIT
    上海消保委近日公布:抽检50件湿巾样品,21件检出国际禁用防腐剂CIT,25件婴幼儿用湿巾中12件检出CIT。心相印、五月花、妮飘、启初婴儿洁肤湿巾等均榜上有名。CIT对肌肤与粘膜有刺激性,浓度过高还可能造成化学灼伤。上海齐明生物科技有限公司安全提醒,我司现货供应常规毒素检测ELISA试剂盒。产品物美价廉,欢迎咨询。角鲨烯环氧化酶(SE)ELISA试剂盒金黄色葡萄球菌A型肠毒素(SEA)ELISA试剂盒金黄色葡萄球菌B型肠毒素(SEB)ELISA试剂盒羧甲基赖氨酸(CML)ELISA试剂盒摇蚊金属硫蛋白(MT)ELISA试剂盒摇蚊热休克蛋白70(HSP-70)ELISA试剂盒摇蚊乙酰胆碱酯酶(AchE)ELISA试剂盒摇蚊谷胱甘肽转移酶(GST)ELISA试剂盒摇蚊过氧化物酶(POD)ELISA试剂盒摇蚊细胞色素P4501A1(CYP4501A1)ELISA试剂盒摇蚊羧酸酯酶(CES)ELISA试剂盒大菱鲆Turbot热休克蛋白70(HSP70)ELISA试剂盒苯甲酸(carboxybenzene)ELISA试剂盒河豚毒素(TTX)ELISA试剂盒螃蟹几丁质酶(chitinase)ELISA试剂盒展青酶素ELISA试剂盒莱克多巴胺(Ractopamine)ELISA试剂盒螃蟹雌二醇(E2)ELISA试剂盒螃蟹睾酮(T)ELISA试剂盒虾溶菌酶(LYS)ELISA试剂盒真菌1-3-β-D葡聚糖(1-3-β-D glucosidase)ELISA试剂盒喹乙醇原药ELISA试剂盒猫胰腺脂肪酶(PL)ELISA试剂盒
  • 赖奕坚:在分析测试第一线为创建一流大学添砖加瓦
    他希望能用好手中的仪器设备,发挥它们的特 点,使仪器为科学家们解读出更多的科学奥秘,为学校科研上水平出一份力。他希望在一线测试工作中做个发光的螺丝钉,在自己的岗位上找到成就感、归属感,实 现自身的价值。他就是上海交通大学分析测试中心技术人员赖奕坚。自2002年留校工作以来,赖奕坚全心投入教学科研服务第一线,努力在平凡的岗位上做出不 平凡的贡献,为学校创建一流添砖加瓦。 美国DISCOVERY频道报道材料学院张荻教授团队成果,赖奕坚现场操作扫描电镜,展示纳米显微结构 &ldquo 一流仪器一流技术一流服务&rdquo 分析测试中心作为学校的公共服务平台,一直以&ldquo 一流仪器,一流技术,一流服务&rdquo 为服务理念,促进大型仪器的开放与共享。赖奕坚进入分析测试中心后就 一直从事大型仪器的管理、测试服务工作。2002年刚留校时,他在液质联用室认真做好仪器的维护工作,克服仪器状态不佳维修率高的困难,协助并参与到校内 各院系的科研工作中,在代谢组学刚兴起之初,即与药学院老师一起在代谢组学方向作了大量的基础研究,取得了很好的研究成果,液质联用室在2004年度全校 文明岗评选中获得文明岗称号。 2005年,测试中心购入了全校唯一一台场发射扫描电镜,由于工作的需要,赖奕坚被调动到扫描电镜室,负责协调扫描电镜室的日常工作。赖奕坚克服了 跨专业的困难,认真学习扫描电镜的复杂知识,积极参与培训、学习,在较短时间里掌握了扫描电镜的相关知识与实验技巧,服务水平得到了广大教师、学生的认 可。为满足师生对该扫描电镜的使用需求,赖奕坚与实验室其他老师一起,加强实验室管理,克服困难,推出了每天12小时工作制,并通过培训研究生、博士生自 助操作、发放上岗证的方式,使学生可以利用夜间时间操作仪器,提高了仪器的利用率,大大缩短了试验周期,使多项科研项目以较高的质量完成。 2008年,环境科学与工程学院托管到分析测试中心一台电感耦合等离子体质谱仪器,由于这台设备是校内唯一一台能够提供高灵敏度元素分析的设备,赖 奕坚主动请缨,从阅读说明书开始,逐步建立起仪器档案、基本实验条件,同时进一步开发方法,充分仪器的作用,为校内科研提供了有力的支持,该仪器至今仍在 使用,保障、维持学校在痕迹量元素分析领域的能力。 &ldquo 服务大家、成为杂家、争当专家&rdquo 作为众多工作在学校教学、科研辅助第一线岗位中的普通一员,赖奕坚认为每一个党员就是这庞大党组织中一颗螺丝钉,螺丝钉虽小,作用却不可低估,也能成为一颗&ldquo 发光的螺丝钉&rdquo 。&ldquo 服务大家、成为杂家、争当专家&rdquo ,赖奕坚这样描述自己的职业规划。 赖奕坚在分析测试中心多年的工作中,根据组织需要,有过多次的仪器岗位变更,他都能在不同的岗位上都做到客户满意、领导放心,做到了&ldquo 服务大家&rdquo 的承诺。 赖奕坚本科就读于上海交通大学化学化工学院,工作期间在职攻读了材料科学与工程学院硕士学位,在测试中心管理过色谱质谱等有机分析设备、扫描电子显 微镜等材料分析设备、电感耦合等离子体质谱仪等元素分析设备,并能熟练掌握多种色谱、光谱、波谱设备的操作和谱图解析,在金属材料分析、药物分析、工程塑 料检测、复杂样品剖析方面都有一定的实际分析经验,他的理想就是发挥自己涉猎多的优势,努力做到为客户梳理复杂问题、解决测试过程中的疑难杂症,成为分析 测试领域的&ldquo 杂家&rdquo 。 在多年的分析测试工作中,赖奕坚结合分析测试中心工作需要,逐渐凝练了自己在元素分析领域的兴趣,期望成为元素分析领域的&ldquo 专家&rdquo ,挖掘出目前中心 元素分析设备的优势,形成了药物中痕迹量金属残留、动植物中微量元素检测等业务专长,为多个重点科研项目提供支撑,并调研出现有仪器的不足,形成调研报告 供领导决策,有望使上海交通大学在元素分析领域形成优势。 在平凡的岗位上,赖奕坚培养了自己的兴趣爱好,十年磨一剑,找到了自己成就感、归属感和幸福感。同时,他也开始了材料学院在职博士的研究历程,在努力成为&ldquo 专家&rdquo 的征程上又更进了一步。 服务党员、服务群众、发挥先锋模范作用 除了在分析测试岗的工作,赖奕坚还担任分析测试中心&ldquo 化学-生命党小组&rdquo 负责人的工作,通过组织党员参观、学习、讨论等形式,服务党员、提升团队凝聚力。 小组的党员同志们形成一个共识,每个党员在本职工作岗位上发挥表率作用,兢兢业业地创造一流的工作业绩,在学校绩效评估改革、中心工作调整等关键时刻,在群众思想有困惑、日常工作遇苦难的时候,积极提供引导和帮助。 赖奕坚还担任中心学生工作负责人的工作,保障了中心多届硕士研究生的正常学习和研究,让所有的学生怀着对学校、对中心感激感恩之情走向社会。同时,他还承担了现代分析测试课程、教材编制、本科PRP项目、本科毕业设计、研究生培养等工作。 在自己的努力和全体同事的支持下,赖奕坚在仪器上积极探索,利用探索仪器的使用技巧,通过自制简易 试验装置,解决多项疑难问题;赖奕坚每年的测试业绩都有稳步的增长,发表、参与发表中文核心期刊20余篇,SCI论文50余篇,申请专利近20项、参加各 类项目10余个,并获得上海交通大学晨星计划B教学辅助类资助,发挥了党员的先锋模范作用。
  • 青年才俊上演计算蛋白质组学头脑风暴——记CNCP 2016新技术
    记第四届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP-2016)新技术  仪器信息网讯 2016年8月10日-11日,第四届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP-2016)在中国科学院大连化学物理研究所盛大召开。(相关新闻:第四届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP-2016)在大连开幕)。本届研讨会邀请了26个大会报告,报告嘉宾是来自国内外的计算蛋白组学领域专家和奋战在第一线的青年科研工作者,嘉宾中的绝大多数是首次登上CNCP讲坛。报名参加本届会议的人员首次超过了200人。CNCP2016C参会代表合影张丽华研究员为研讨会致开幕辞  本届会议的开幕式只有简短的5分钟,没有领导讲话,没有任何仪式,充分体现了会议的简洁办会特色。开幕式由中国科学院大连化学物理研究所的张丽华研究员致欢迎词,她提到:“中国计算蛋白质组学研讨会在业界享有很高盛誉。每次会议的演讲嘉宾都是由会议发起者和主办方——中国科学院计算技术研究所贺思敏研究员、北京蛋白质组研究中心徐平研究员、北京生命科学研究所董梦秋研究员等资深学者以及往届会议报告人鼎力推荐的。本次研讨会的26个报告将由来自国内外相关领域的顶级专家和奋战在科研第一线的青年才俊精彩呈现。相信在这两天的会议中,大家不仅能够收获知识,也能收获友谊。”研讨现场  CNCP-2016会议邀请的26个报告多数都是最近一两年的研究成果,部分还没有发表,新技术频繁现身,特别是在交联质谱技术与蛋白质复合体,蛋白质相互作用、翻译后修饰技术、蛋白质鉴定数据处理、定量蛋白质组技术等领域报告较多,下面对这26个报告的内容逐一进行简介总结。  UCI(美国加利福尼亚大学尔湾分校)黄岚博士 报告题目《Developing Cross-Linking Mass Spectrometry (XL-MS) Strategies to Define Interaction and Structural Dynamics of Protein Complexes》  了解蛋白质复合物的相互作用和结构动力学对于揭示病理的分子学细节非常有帮助。交联质谱(XL-MS) 是目前研究大量多亚基蛋白复合物PPIs的重要技术,而精确的肽段鉴别是XL-MS分析一直以来面临的挑战。为了促进这方面的研究,黄岚博士研究组研发了DSSO 及一系列含亚砜(sulfoxide-containing)可分裂质谱交联剂以揭示蛋白质复合物表面相互作用机理。研究者通过这些(MS-cleavable reagents)质谱可分裂试剂在多级串联质谱上建立了实用的XL-MS工作流,快速、准确的鉴别交联肽段去研究体内和体外的PPIs。同时,研究者也研发了新的定量XL-MS途径,用以分析多种生理条件下蛋白质间的相互作用和蛋白质复合体的结构动态变化。据介绍,该课题组最近研发了新的羧基交联剂DHSO主要用来与酸性氨基酸反应,反应中需要DMTMM共同作用。 这样可以得到更广的蛋白相互作用信息。北京生命科学研究所 谭丹博士 报告题目《Trifunctional Cross-Linker for Mapping Protein-Protein Interaction Networks and Comparing Protein Conformational States》  该研究组最近有一项研究工作围绕一种含生物素标签的赖氨酸富集交剂Leiker,谭丹博士在报告中详细展示了课题组的相关研究,研究表明Leiker能够有效改进蛋白质化学交联质谱技术(CXMS)。研究组将以Leiker为交联剂的CXMS用于E.coli全细胞裂解液的分析,发现了3656种相互作用,是之前已有研究方法的10倍。Leiker CXMS比BS3得到的信息要立体很多,能得到更全面的蛋白质相互作用网络。研究者还将Leiker为基础的CXMS用于RNA结合位点鉴定与定量,该方法能够深入揭示蛋白质构象变化。在将Leiker CXMS用于大肠杆菌和秀丽线虫裂解液中的研究中,分别鉴定出3130和893个互补赖氨酸对,并各自发现了677和121种PPIs。Utrecht University (荷兰乌德勒支大学) 刘凡博士 报告题目《Charting the Cellular Interactome by Proteome-Wide Cross-Linking Mass Spectrometry》  据刘凡博士介绍,针对交联数据分析的n-square和交联肽段低效裂解这两大难题,该研究组建立了一种新XL-MS工作流-质谱可分裂交联剂法。该法是一种混合MS2-MS3裂解途径与专用的交联搜索数据库结合的方法。研究者将质谱裂解交联剂DSSO应用于测定每个交联肽段的前体质量,解决了n-square问题。交联裂解前体离子可通过质量差异确定数据的MS3采集方向,这些工作都可以在Oribitrap Fusion 和 Lumos Tribrid质谱上完成。这种采集途径提高了MS3实验的成功率,能够解决低效裂解问题和显著改善数据质量。与先前方法相比,报告中介绍的新方法包含以下三个优势。1)能够完成整体蛋白组数据库的交联鉴别 2)包括多种翻译后修饰的交联鉴别 3)在MS2和 MS3水平都有高质量范围。该研究组将此新XL-MS方法用于多种复杂样本,包括大肠杆菌裂解物、HeLa裂解物、排阻色谱分馏的HeLa细胞核提取物与细胞器。采用这种方法能够从每种样本得到成千上万个交联点。中国科学院计算技术研究所 刘超博士 报告题目《Development of the Cross-Linked Peptides Identificationin Large Scales》  由于检索空间过于庞大,蛋白组范围内交联肽段(双肽)的鉴定一直都是一项挑战。刘超博士和其团队考察了用于大范围交联肽段鉴定的普通搜索工具的应用效果,并开发了一种新的计算软件技术pLink 2.0。此技术比先前技术有三方面的改进:1)提高了双肽中单同位素鉴定的精度 2)由肽段索引升级为离子索引 3)引入机器学习(SVM在线训练)。该团队研究表明,通过使用离子索引pLink2.0检索人类数据库,在一小时以内可以完成5000张谱图的检索。干湿结合方法在人库检索1万张二级谱图仅用时不到2分钟。将pLink 2.0与美国西雅图研究人员研发的Kojak相比较,pLink2.0的分析速度约为Kojak的6倍,在精度方面也有一定优势。pLink2.0支持可碎裂交联,可减少可搜索空间和减少谱图数目。华中师范大学 万翠红博士 报告题目《Mapping Conserved Metazoan Protein Complexes with Biochemical Fractionationand LC/MS/MS》  对多蛋白复合物的了解对于生理进程探索非常重要。然而,对多蛋白复合物种类的分布特别是大规模网状图的发现比较困难。万翠红博士研究组通过高分辨生化分离与定量质谱直接分析了可溶性多蛋白复合物的组成,分析C.elegans、D.melanogaster、M.musculus、S.purpuratus和人类的可溶性细胞提取物。研究组采用以人类为中心的综合计算分析,鉴别出2153种蛋白,并新鉴定出7699种成对相互作用和981种共复合作用。这些相互作用能够反映后生动物生理过程相关的核心生理基础。重建的生理作用网有助于深入了解特殊的分子生物机理以及动物细胞的进化。国家蛋白质科学中心 郑勇博士 报告题目《Scaffold Protein-Mediated Dynamic Assembly of Protein Complexes in Normal and Cancer Cells》  很多细胞表面受体通过催化多组分蛋白复合物的形成开始信号传导过程。这个过程通过与受体结合的scaffold蛋白来传导。然而,目前这种scaffold的生物学基本原理仍不明晰。针对这个问题,郑勇博士研究组通过以IP-MRM为基础的方法,根据Shc1复合信号跟踪其空间和实时变化。研究人员进一步将这种方法与生化和基因技术结合,研究组发现Shc1以特殊的方式对EGF有即时的反应,包括明显的磷酸化和蛋白质相互作用。研究人员成功发现Shc1与一种抑制蛋白产生相互作用,是一种快速绑定蛋白基团能够激活促有丝分裂/存活通路,蛋白复合物围绕Shc1的装配变化在细胞间非常显著。对EGFR/Shc1复合物蛋白组分析能为以pTyr为基础的致肿瘤信号导致的乳腺癌提供诊断依据。暨南大学 张弓博士 报告题目《High-Throughput De Novo Proteome Identification Aided by Translatome Sequencing》  De novo肽段序列鉴定能够避免依赖数据库的检索法的缺点,但由于由于没有背景库,无法评估FDR,且极易受到干扰信号误导,因此长期以来无法应用于复杂样品的大规模鉴定。张弓教授介绍了研究团队研发的利用翻译组测序数据作为蛋白质de novo鉴定质量控制新方法,使肽段de novo鉴定能首次应用在蛋白质组复杂样品的实用化鉴定。研究人员在HCD质谱上应用此方法检测三种肝癌细胞(Hep3B, MHCC97H, MHCCLM3),单次实验鉴定出12000-13000种蛋白质,其灵敏度几乎达到了翻译组测序的水平 而用6种搜库软件鉴定到的真阳性蛋白并集也才7000-8000种。只能用新策略鉴定的4000余蛋白中随机挑选几十个进行MRM验证,几乎都能验证成功。这证明翻译组指导的de novo鉴定效能很高,能鉴定到大量搜索库法无法鉴定到的肽段和蛋白。De novo鉴定的大规模化可引致一系列新的蛋白质组应用。上海生命科学院 李辰博士 报告题目《De Novo Identification and Quantification of Single Amino-Acid Variants in Human Hepatocellular Carcinoma Tissues》  肿瘤蛋白质组-基因组学研究非常关注变异的发现。单核苷酸的多变性(SNPs) 数据库能够给单个氨基酸变体(SAVs)的检测提供依据。李辰博士在报告中介绍了一种在蛋白组水平发现SAVs的新方法。该法基于de novo算法,肽段的可能候选者可被鉴别并与理论蛋白数据库比较。在人类肝癌(HCC)组织中,研究者成功的应用此方法鉴别和定量已知和新的突变蛋白。在肝组织当中,在细胞核内的突变比较低,突变在内质网和线粒体的富集比例较高。这种新方法为病人提供了高通量的定制检测途径,可能为潜在临床生物标志物发现和机理研究提供帮助。中山大学 肖传乐博士 报告题目《Improving Peptide Identification for Tandem Mass Spectrometry by Incorporating Translatomics Informatio》  目前很多数据库检索方法是利用谱学数据而忽略能用于肽段鉴定的生物系统的其他信息。最近,转录物组RNA-seq的界面信息能提高肽段鉴别的灵敏度已经证实。与转录物组信息相比,翻译物组体现出与蛋白质的关系更为紧密,所以其可能对肽段鉴别更有效。在此报告中,肖传乐博士介绍了该研究组设计的高灵敏度肽段鉴定手段IPomics,其以翻译组学信息为主要蛋白鉴定参考。方法得到的推荐蛋白质优先性整合进了新的评分功能。与Mascot和pFind相比,IPomics方法蛋白质鉴定准确度更高,并能够增加整体肽段的鉴定率、谱学信息利用率,并已经利用LC-MS/MS数据集在人类和小鼠蛋白鉴定取得了显著效果。华大基因(BGI-Shenzhen) 闻博 报告题目《Protein Identification and Quantification based on Multiple Search Engines》  闻博在报告中介绍了团队有关以多搜索引擎为基础的蛋白鉴定和定量软件的研究进展。目前,串联质谱技术产生的质谱数据解析率往往不高,不同蛋白质鉴定软件由于谱图预处理、打分算法不同等原因导致对同一个数据的解析结果往往存在一定的互补性。虽然有一些开源的软件可以通过精巧的运算将多个鉴定引擎的鉴定结果整合起来取得与单引擎相比更好的鉴定效果,但由于操作往往较为复杂、下游软件比较缺乏等原因,故没有在蛋白鉴定与定量中推广开来。为了促进多引擎整合方法在蛋白鉴定和定量中的应用,该研究组研发了一种多引擎综合鉴定的开源软件IPeak和同重同位素(如iTRAQ、TMT)标记定量软件IQuant,并将IQuant升级到IQuant2。IQuant2采用精妙的算法和mzIdentML标准,整合多引擎搜索结果进行蛋白质定量。在分析水稻蛋白样品(用Q-Exactive分析)和人细胞系蛋白(用TripleTOF 5600分析)样本时,与单个引擎定量结果相比,IQuant2定量的蛋白能提高28.8%,检测的差异蛋白数量能提高多大40%。多引擎搜索不但能够提高蛋白鉴定效果,也能提高蛋白定量效果。中国科学院水生生物研究所 葛峰博士 报告题目《GAPP: a Proteogenomic Software for Genome Annotation and Global Profiling of Posttranslational Modifications in Prokaryotes》  葛峰博士在前期蓝细菌的蛋白基因组学研究工作的基础上,开发了一种用于原核生物的基因组注释和翻译后修饰全局发现的蛋白基因组分析软件GAPP。该软件最大的特点就是简单高效,具备初步生物信息学知识的研究者就能应用该软件进行原核生物的蛋白基因组数据的深度分析,利用该软件可以高效完成原核生物的全蛋白质组解析和翻译后修饰的全局发现的工作,该软件的开发和应用将有助于原核生物的基因组的精准鉴定,并有望成为原核生物基因组注释的一项标准流程。今后研究组还将根据用户的要求和体验继续对该软件进一步升级。复旦大学 周峰博士 报告题目《Genome-Wide Quantitative Proteomic and Transcriptomic Analysis Reveals Post-Transcriptional Regulation of Mitochondrial Biogenesis in Human Hematopoiesis》  蛋白质组学样品分析需要高分辨分离平台,周峰博士研究组搭建了一种长色谱柱三维蛋白组学定量分析平台(GWPQ), 整套系统完全在线和实现操作自动化。研究者将在此平台建立的蛋白质组学方法与Ribosome profiling相比较,水平相当,在分析模型样品时有80%的重叠。研究者还用此方法开展了人体造血相关细胞的研究,二代测序与应用该平台的蛋白质组方法重叠率达到92%。研究团队利用此方法比较了人体最重要的造血干细胞和红细胞发育中14502个基因蛋白表达变化和17127个基因mRNA表达变化。mTORC1信号极大的促进了红细胞进化中线粒体蛋白的翻译,线粒体和mTORC1的遗传和药理学干扰削弱了体内和体外的红细胞生成。该研究支持了线粒体理论机理,可能与线粒体疾病和老化相关的血液缺陷有关。研究者用模式生物小鼠实验验证了线粒体在血红细胞发育中起到关键作用,找到了全新控制血红细胞发育的通路。Johns Hopkins University(美国约翰霍普金斯大学) 张会博士 报告题目《Comprehensive Analyses of Glycoproteins》  已有不少实验证明,糖蛋白的变化与很多疾病相关。张会博士介绍了糖蛋白的生物合成、结构和功能以及分析糖蛋白的最新方法。糖蛋白的分析是蛋白质分析中最复杂的一种。研究者常把糖和蛋白分开分析,如已有的SPEG(固相提取糖基位点肽)法。该研究组建立了N-糖蛋白数据库,该库可用于检索已鉴定蛋白、通过精确质量数检索候选肽段、鉴定糖蛋白源等。该研究组最近还建立了分析N-linked糖链,糖基化位点,糖基化位点特异糖链,及O-linked糖链分析方法和软件,并探索了用糖基化酶推测多糖的方法。中国科学院大连化学物理研究所 于龙博士 报告题目《Isolation and Structural Analysisof N-Linked Glycansby Using Two-dimensional Chromatography, Mass Spectrometry and Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy》  糖蛋白糖链的纯化合物对糖链的结构分析、精准检测以及功能研究都具有十分重要的意义。然而,目前糖链纯化合物仍处于严重匮乏的状态。来自大连化物所的于龙博士介绍了该团队根据自身优势,采用纯化制备方法来获取N-糖链纯化合物并对其结构进行解析的相关研究进展。研究者首先介绍了糖链的结构特点并对其分离分析中存在的难点问题进行了阐述。针对这些难点问题,研究者结合课题组的材料优势,构建了以二维亲水作用色谱分离体系为核心的糖链纯化制备流程,该流程包括糖蛋白糖链的释放、富集、二维分离、质谱表征以及核磁结构分析等技术单元。在二维色谱分离体系中,第一维度主要根据糖链的羟基数量而实现不同聚合度糖链的分离,第二维度主要用于同分异构体的分离。由于串联质谱技术并不能得到糖链准确的结构信息,因此,研究者目前正在探索核磁共振技术进行准确结构的分析。以现有的糖链纯化合物为基础,研究者接下来将分别在功能、结构和定量三方面开展相关研究以拓展糖链样品库的应用。青岛大学 李磊博士 报告题目《Ultra-Deep Tyrosine Phosphoproteomics Enabled by a Phosphotyrosine Superbinder》  酪氨酸磷酸化网络应用在蛋白组学中不容忽视,如何找到pY尤为重要,但之前方法需要大量抗体才能富集pY。为解决业内这一问题,李磊博士研究组做了不少相关研究,团队研发的Superbinder(超亲体)易于制备,能够有效减轻实验室经济负担。研究者合成了pTyr1和pTyr2两个肽段,比较了SH2 superbinder法与其他几种方法的效果,又增加了Ti4+IMAX的去噪功能,证明其能有效富集pY。与抗体相比,src和grb2超亲体都能有效发现更多pTyr位点。研究者还应用superbinder富集方法进行了Tyr 磷酸化蛋白组学研究。如探索人细胞磷酸化蛋白不同功能分类和Tyrosine kinase (TK)的生物活性等。该项研究是与中科院大连化学物理研究所邹汉法团队、加拿大西安大略大学李顺成团队多方合作完成的。University of Minnesota (美国明尼苏达大学) 陈悦博士 报告题目《Discovery and Characterization of Short-chain Lysine Acylations with Mass Spectrometry and Quantitative Proteomics》  赖氨酸是细胞内蛋白质翻译后修饰的重要靶点。最近,除了赖氨酸乙酰化以外还有一些短链酰基化修饰逐渐被发现。在陈悦博士的早期研究工作中,他从细致的质谱分析中发现了组蛋白赖氨酸丙酰化和丁酰化,两种新的短链酰基化修饰。进一步的研究表明,这两类短链酰基化修饰都是广泛存在的,并可以被特定的酶所调控。最近最新的研究表明赖氨酸丁酰化在Bromo domain识别和精子发育过程中起到重要的调控作用。为了进一步探索质谱信息中隐藏的其他新的修饰,研究者设计了PTMap软件,用来分析非限定性搜索,得到了一些可靠的新蛋白质修饰鉴定,包括琥珀酰化,巴豆酰化,羟基丁酰化等。在定量研究方面,该团队比较关心蛋白质修饰丰度,因为普遍使用的相对定量的分析方法对解释蛋白质修饰的生物学意义有一定的局限性,但是质谱分析得到的离子峰强度并不能直接比较来计算蛋白质修饰的丰度。研究者针对此问题开发了稳定同位素标记为主的新的蛋白质修饰丰度定量方法,可以直接比较离子峰强度,通缩计算得到每个位点上赖氨酸位点丰度,准确性和重现性都很好。中国科学院昆明动物研究所 赖仞博士 报告题目《Mite Allergen Diversity Identification by Proteomics Coupling with Pharmacological Testing》  螨虫、马蜂、牛虻和蟑螂等带有很多种过敏原,一些过敏甚至会导致死亡。过敏的标准治疗方式就是利用过敏原进行脱敏治疗,现在很多机构希望把过敏原纯化出来进行过敏治疗,因此对过敏原发现和提取纯化都有更多要求。屋尘螨(HDM) 是最常见的室内过敏原。赖仞博士希望结合蛋白质组学、药理和病理学手段来进行过敏原的多样性研究。过敏原蛋白组学研究一般是将分离提取出的过敏原与病人血清进行IgE反应。赖仞研究组将蛋白组学技术和二维免疫印迹法结合,从粉尘螨提取物中鉴定出分属于12个组群的17种过敏原,由Edman降解、质谱分析和cDNA克隆等技术鉴定出其一级结构。通过酶联免疫吸附试验抑制测试、免疫印迹、粒细胞活化试验、皮肤点刺试验测定,该研究组发现了8种新的尘螨过敏原。中国医学科学院基础医学研究所 邵晨博士 报告题目《Opportunities and Challenges for Urinary Biomarker Discovery Using Proteomic Approaches》  邵晨博士对业内目前围绕尿蛋白质组生物标志物的发现研究进展进行了综述。据介绍,现在很多科研和医疗开始倾向于做尿液,因其具有易得性和稳定性,且含有丰富蛋白信息。邵晨博士研究组曾通过二维液相与串联质谱鉴定做了一些尿中蛋白质组的研究,尿液蛋白质组可以包括其他体液70%的蛋白质。研究组也通过3DLC-MS/MS鉴定出尿液中的6400多种蛋白,并发现与尿蛋白重合率最高的是脑组织中的高表达蛋白。尿蛋白能够反映很多远端的变化,如帕金森症和脑肿瘤等脑部疾病。在肾脏病中,肾小球损伤病人的肾小球会失去过滤功能而造成尿蛋白显著上升。目前很多研究发现尿蛋白中的生物标记物与一些疾病相关,主要集中在泌尿系统疾病的发现,如膀胱癌和急性肾损伤的标志物已获FDA批准,也有在消化系统疾病、肿瘤等疾病中的相关发现。其中,肺癌的研究比较成熟且已进入临床阶段。
  • 建议收藏!参考这些稳定性因素可大大降低ADCs开发过程的风险
    01 / 热点解析什么是ADCs ?抗体-药物偶联物(Antibody-drug conjugates,ADCs)是一种GE MING性的治疗方法,在生物制剂市场中所占的比例越来越大。ADC结合了单克隆抗体的靶向能力(对给定抗原具有高度特异性)和小分子的药物性,这对癌症治疗可产生最大的影响。许多用于治疗癌症的小分子药物通过中止细胞转录或代谢的某些方面来发挥作用,从而杀死癌细胞。然而,细胞毒性小分子的作用遵循一个共同的原则——它们必须在杀死健康细胞之前杀死癌细胞,化疗的副作用通常是对健康细胞也有负面影响。然而,ADCs为高毒性化疗提供了另一种选择。单克隆抗体具有高特异性,仅靶向其预期抗原。由于许多癌症类型都表达癌细胞特有的受体,因此有可能将化疗小分子与癌症靶向抗体连接在一起,这种抗体直接作用于癌细胞,而且只作用于癌细胞,为下一代癌症治疗提供了真正惊人的潜力。与任何生物制剂一样,ADCs的稳定性、有效性和毒性有许多考虑因素。接下来我们来了解ADCs是如何构建的,哪些因素对其研发至关重要,以及它们如何影响其稳定性特性。02 / 组成部分ADCs是高度复杂的治疗分子 ADCs由三个部分组成。当涉及到可开发性时,需要对三部分组成进行单独考虑分析:单克隆抗体: 可能是已经存在的抗体,其相互作用的抗原已知且特征明确。或者,您可能正在开发针对新靶标抗原的抗体,或者与原始抗体具有不同的特性的抗体。小分子药物: 与单抗一样,这种小分子药物可能已经被用作独立的治疗药物,或者可能是从合成药物库中提取出来的。它也可以从片段库构建。可能需要对药物进行额外的修饰,以防止与抗体的干扰,或为Linker提供空间。Linker: Linker必须将小分子连接到抗体上,使小分子的活性部分能够接触到目标蛋白质。在构建最终ADCs时,Linker的长度、与抗体的连接方法以及释放小分子的能力是关键考虑因素。03 / 开发方法ADCs 稳定性的影响因素ADCs 开发的许多方面最终会影响其稳定性特性。可开发性分析包括评估许多关键质量属性(CQAs),以找到具有最优属性的候选药物。这次将讨论的重点是ADCs的可开发性特征,特别是构象和胶体稳定性,但值得注意的是,ADCs还有许多其他特征需要考虑。偶联过程有许多偶联的方法,这取决于linker连接的位置。偶联反应通常需要孵育30分钟到几个小时,偶联缓冲液可能对作为蛋白质的单抗来说是“苛刻”。但是,长时间的孵育会增加小分子的连接。药物引起的化学环境变化偶联程度的影响。这里有一个具体的例子可以让你更容易理解为什么这是一个重要的考虑因素:对于通过赖氨酸末端氨基连接的药物,偶联反应将发生在任何暴露在溶液中的赖氨酸和linker的活性端之间。单克隆抗体每个分子含有多达80个赖氨酸,其中许多是溶液暴露的。这意味着每个ADC分子可能是多个药物偶联一个抗体。存在药物与抗原结合区域的赖氨酸结合的风险,从而使抗体的靶向功能降低或丧失。小分子靠近抗体会改变其化学环境,从而影响其稳定性。如果小分子对抗体结构的影响太大,ADC就会展开或聚集。确保充分去除偶联后的游离药物分子。自由移动的小分子会影响ADC的构象稳定性。Linkers降低药物对抗体结构影响的一种方法是改变linker长度。Linker必须对单克隆抗体没有任何结构上的影响;此外,将其与单克隆抗体和小分子连接所需的化学物质不得破坏两者的结构或构象完整性。Linker有许多化学方面的考虑,包括确保它最终将药物释放到靶细胞中。制剂处方一旦确定了偶联方法、linker和与抗体偶联的药物,您还需要优化其缓冲制剂配方,能够稳定单克隆抗体的缓冲液用于ADC时,可能不会使单克隆抗体保持相同的稳定性。总的来说,ADCs的前景是使用两种已知的、众所周知的治疗方法——单克隆抗体和小分子药物——并将它们结合起来形成更好的治疗方法。然而,这意味着在构建治疗方法和优化其稳定性特性时,会有更多的复杂性,以便最终制造出更好的治疗方法。04/ 总结构建ADCs时要考虑什么? 在开始构建ADCs时,请考虑:偶联方法:确定您将使用的偶联方法是否具有灵活性,并对替代方法进行实验单抗的稳定性:在与所需偶联反应兼容的缓冲液中配制或测试其稳定性,以确保其在偶联过程中保持活性单抗暴露于偶联条件下:如果无法优化偶联缓冲液,并且您知道缓冲液不稳定,则需要减少单抗暴露于偶联条件下Liner长度:测试linker长度 药物会改变单抗的化学环境,这将影响其稳定性05 / 相关推荐ADCs研究必备利器PR Panta蛋白稳定性分析仪(点击图片查看更多)精准检测,数据质量非常高无标记检测检测浓度范围广低样品消耗量
  • 中科院上海药物所合作发现小分子抑制剂诱导的CDK-Cyclin K变构激活解离新机制
    近日,中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心罗成研究员团队与大连化物所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组王方军研究员团队合作,通过整合赖氨酸反应性分析质谱(LRP-MS)和非变性质谱(nMS)的结构质谱策略,发现了小分子抑制剂SR-4835诱导细胞周期蛋白依赖性激酶12/13-细胞周期蛋白K复合物(CDK12/CDK13-Cyclin K)变构激活解离的抑制新机制,为CDK12/CDK13小分子抑制剂的理性设计开拓了新思路。2023年5月19日,该工作以“Structural Mass Spectrometry Probes the Inhibitor-Induced Allosteric Activation of CDK12/CDK13-Cyclin K Dissociation”为题,发表在《美国化学会志》(Journal of the American Chemical Society)上。CDK12和CDK13在转录和mRNA加工中发挥重要的调节作用,靶向抑制CDK12和CDK13已在体外模型中被证明是多种癌症治疗的有效手段。但是还没有CDK12/CDK13的小分子抑制剂被批准在临床使用。目前仍然缺乏对小分子抑制动态相互作用分子机制进行高通量表征的方法,极大限制了CDK12/CDK13抑制剂的理性设计和相关药物研发。在本工作中,合作团队发展了整合LRP-MS和nMS的结构质谱策略,系统研究了多种小分子抑制剂调控下CDK12/CDK13-Cyclin K复合物的动态构象变化和整体蛋白组装。研究团队通过前期发展的LRP-MS策略获得了包括抑制剂结合口袋、结合强度、界面分子细节和动态构象变化在内的分子作用结构信息;发现SR-4835能够使CDK12/CDK13-Cyclin K相互作用界面赖氨酸标记反应性(溶剂可及性)显著增大,推测其诱导了CDK12/CDK13-Cyclin K复合物的解离。进一步,利用自主研发的高灵敏度静态电喷雾离子源和nMS分析证明了SR-4835能够有效减弱CDK12/CDK13-Cyclin K的相互作用,并通过免疫共沉淀试验在活体细胞水平进行了验证。相关研究结果展示了LRP-MS整合nMS在分子水平评估和理性设计激酶抑制剂的巨大潜力。 图1.赖氨酸反应性分析质谱研究CDK12/CDK13-Cyclin K变构机制王方军团队致力于发展生物大分子质谱新仪器和新方法,在大连相干光源搭建了高能紫外激光解离—串联质谱仪器,已在蛋白质及其复合物动态结构和相互作用的质谱分析中取得了系列研究进展(J.Am.Chem.Soc.,2023;Cell Chem.Biol.,2022;CCS Chem.,2022;Chem.Sci.,2021)。罗成团队基于药物设计和化学生物学技术,在蛋白质动态调控与创新药物早期发现取得系列研究进展(Nature,2021 Cancer Cell,2023 Nature Communi,2022等)。该工作的共同第一作者为大连化物所1822组联合培养硕士研究生白玉、刘哲益副研究员以及南京中医药大学/上海药物研究所联合培养博士研究生李元卿。该工作的通讯作者为王方军研究员与罗成研究员。项目获得科技部前沿生物重点专项、基金委、中科院和临港实验室等项目的资助。
  • 未来已来:ADC药物精准制导癌症治疗
    抗体药物偶联物(ADC)作为一类新型靶向抗癌药物,近年来在抗癌药物研发领域备受关注。ADC药物由单克隆抗体、细胞毒素、连接子和偶联位点组成。单克隆抗体能够特异性识别并结合癌细胞表面的抗原,连接子则起到将抗体和细胞毒素结合在一起的作用。当ADC药物进入体内并结合靶细胞后,通过内吞作用进入细胞内,连接子在细胞内被降解,从而释放出细胞毒素,最终导致靶细胞的死亡,从而实现高效杀伤肿瘤细胞并减少对正常组织的损伤。据统计截止到今年5月底,全球有超过800款ADC药物处于不同的研发阶段,其中国产ADC新药研发项目占到了519项,充分体现了我国在ADC药物研发领域的强劲实力。一般的,用于ADC生产的偶联方法可分为三类。第一类是天然赖氨酸偶联或半胱氨酸偶联;第二类是通过半胱氨酸残基进行抗体工程和修饰,或结合非天然氨基酸残基作为有效载荷偶联的反应标签;第三类是使用酶催化偶联;目前,商业市场上所有的ADC都是通过化学偶联进行生产的,化学定点偶联的方法有高DAR值偶联、天然半胱氨酸重桥接、Fc亲和肽结合三种。高DAR值偶联在工艺稳健性和跟踪记录方面具有显著优势,天然半胱氨酸重桥接在偶联反应条件方面具有很高的灵活性,Fc亲和肽结合则能够应用于各种抗体和药物接头,该方法能提供位点特异性DAR2的ADC。从ADC药物的发展可以看出,随着技术的变革,ADC药物的开发逐渐从初期的探索性阶段进入到临床应用与优化阶段。以下是目前研究中ADC药物的研究热点内容:新型连接子的开发与优化ADC药物的疗效与安全性在很大程度上取决于连接子的设计。传统的连接子设计较为简单,但在体内稳定性和靶细胞内的释放效率方面存在不足。为了提高ADC药物的疗效,研究者们正在开发更加智能和高效的连接子,例如酸敏感连接子和酶敏感连接子。这些新型连接子能够在肿瘤微环境中或特定酶的作用下被特异性降解,从而提高药物的靶向性与毒性释放效率。抗体工程技术的发展抗体工程是ADC药物开发中的另一项关键技术。通过抗体工程技术,研究人员可以优化抗体的结构,以提高其与目标抗原的结合力,同时减少免疫原性。目前,双特异性抗体和抗体片段等新型抗体形式正逐渐进入ADC药物开发的视野,靶向同一抗原上不同位点的双特异性ADC可以改善受体聚集并导致靶标的快速内化。此外,抗体片段由于其较小的分子量,可以更容易地渗透到肿瘤组织中,增加药物的治疗效果。高效细胞毒素的筛选细胞毒素是ADC药物的核心杀伤成分,其毒性和选择性直接影响药物的疗效与安全性。传统的细胞毒素如卡瑞里霉素和美登素虽然毒性强,但对正常细胞也具有较大的杀伤作用。为了提高ADC药物的安全性与降低耐药性,研究者们使用两种不同的细胞毒性药物作为有效载荷的双有效载荷ADC,通过精确控制两种药物的比例,通过将两种协同有效载荷递送入癌细胞,可以达到更有效的治疗效果。并且随着两种不同机制的有效载荷的应用,耐药性的发生率将大大降低。质谱技术在ADC药物研发中的应用质谱技术是当前ADC药物研究中的重要工具,主要用于分析和表征ADC药物的化学结构及其代谢产物。在ADC药物的研发过程中,研究者将LC-MS/MS技术用于深入表征ADC药物的偶联位点异质性,评估药物抗体比(DAR)和偶联位点的载荷分布,从而保证药物的安全性和有效性。将高分辨质谱技术用于ADC药物的分子量及DAR值检测、肽图分析、HCP的鉴别和定量等方面,为药物的质量控制和表征提供了重要信息。同时,基于高分辨质谱的完整蛋白质谱分析技术,可以在不进行酶解或碎片化的情况下,直接对蛋白类药物进行表征。另外,质谱成像技术还可以用于分析ADC药物在肿瘤组织中的分布情况,从而帮助优化药物的设计和给药方案。单细胞分析技术的引入单细胞分析技术近年来逐渐在ADC药物研究中崭露头角。通过单细胞分析,可以更精确地识别和选择在肿瘤细胞表面高表达、而在正常组织低表达或不表达的靶点,这对于提高ADC药物的特异性和减少副作用非常重要。这项技术有助于更准确地理解药物在肿瘤组织中单个细胞水平上的作用,这对于优化ADC药物的设计和效果至关重要。目前,越来越多的ADC药物进入临床试验,并展现出良好的治疗前景。随着ADC药物技术的不断进步以及研究人员的努力,未来ADC药物在癌症靶向治疗中会展现出更多的惊喜。
  • 南方医科大学研究团队成果:人参皂苷Rg1通过调节肠道菌群、色氨酸代谢和血清素能系统功能减轻吗啡依赖
    南方医科大学研究团队发表相关论文,英文题目:GinsenosideRg1 mitigates morphine dependence via regulation of gut microbiota,tryptophan metabolism, and serotonergic system function。中文题目:人参皂苷Rg1通过调节肠道菌群、色氨酸代谢和血清素能系统功能减轻吗啡依赖研究背景吗啡依赖是一种毁灭性的神经精神疾病,可能与肠道菌群失调密切相关。人参皂苷Rg1(Rg1)是从人参根中提取的活性成分,对神经系统具有潜在的保健作用。然而,它在物质使用障碍中的作用仍不清楚。该文探索了Rg1在对抗吗啡依赖中的潜在调节作用。研究结果1.人参皂甙 Rg1 抑制吗啡诱导的小鼠的条件位置偏好(CPP)调理训练后各组小鼠体重略有增加,但是未观察到显著差异(图1C)。使用Smart3.0软件在15分钟内跟踪小鼠头部并记录它们的轨迹和停留时间。对照组和其他组之间的轨迹或CPP分数没有显着差异。在吗啡注射后在白室中花费的时间与基线相比以及在盐水处理后在白室中花费的时间显着增加(图1C,D),表明吗啡成功诱导CPP在实验小鼠中。MRH和MRL组与模型组相比,MRL和MRH小鼠在药物配对隔室的停留时间和轨迹显着减少。然而,在单独用人参皂甙Rg1治疗的小鼠中,没有观察到CPP评分和活动途径的变化。2.人参皂甙Rg1改善CPP小鼠肠道菌群失调阿片类药物成瘾通常与肠道菌群失调有关。为了进一步探索Rg1介导的抗成瘾机制,对粪便进行了16S rRNA 基因扩增子测序,以评估有或没有Rg1处理的CPP小鼠肠道微生物群的组成。维恩图显示了对照组和其他组小鼠共有476个OTU(图2A)。然而,对照组有1108个OTU,M组有1304个,MM组有19个,MRL组有548个,MRH组有1702个,CR组有195个。这些数据暗示了吗啡治疗诱导的肠道微生物群紊乱和人参皂苷Rg1给药后的部分恢复。值得注意的是,使用Chao1指数进行的α多样性分析显示,Rg1阻止了吗啡引起的细菌丰富度下降(图2B);然而,各组之间的香农指数没有差异(图2C)。通过Bray-Curtis主坐标分析(PCoA)研究肠道菌群的整体结构表明,吗啡组的细菌组成发生了变化,与对照组不同,表明肠道菌群失调吗啡处理诱导了微生物群(图2D)。然而,MRL、MRH、MM和CR组显示了四种不同的细菌组成簇。值得注意的是,MRL中的微生物群与MRH组中的微生物群更紧密地聚集在一起。我们在门水平上进一步分析了每组的肠道细菌组成。人参皂甙Rg1显着增加吗啡诱导的拟杆菌门和厚壁菌门相对丰度的降低(图2E),并显着降低吗啡诱导的蓝藻和变形杆菌的相对丰度增加。在家族水平上的进一步分析显示,吗啡处理导致随着叶绿体和线粒体的增加,拟杆菌属、Sutterellaceae和Tannerellaceae的相对丰度急剧下降。在MRL和MRH组中,吗啡诱导的丰度变化不同程度地逆转(图2F,G)。此外,Kruskal-WallisH检验用于评估指定组之间在物种水平上的差异的显着性,并观察到15个优势物种(图2H)。考虑到报告显示吗啡依赖模型中拟杆菌属的丰度低于对照,我们专注于拟杆菌属物种B.vulgatus、B.xylanisolvens和B.acidifaciens。吗啡显着降低了B.acidifaciens、B.vulgatus和B.xylanisolvens 的丰度。值得注意的是,B.vulgatus的相对丰度在Rg1给药后显着增加(图2I)。除了16SrRNA 测序外,我们还用B.vulgatus特异性引物进行了定量PCR,证实吗啡显着降低了丰度,人参皂苷Rg1处理后丰度显着增加(图2J)。图片图片图23.人参皂甙 Rg1抑制肠道微生物群衍生的水平和CPP小鼠血清色氨酸代谢物在药物依赖期间,肠道代谢谱发生变化,宿主代谢途径可能发生改变。我们假设人参皂苷Rg1可能通过肠道微生物发酵过程中产生的代谢物影响CPP。基于这一理论,我们使用非靶向代谢组学来识别可能在小鼠血清和肠道中改变的关键代谢物和代谢途径。MRL组和MRH组对吗啡诱导的CPP的疗效没有观察到统计学差异;然而,行为分析数据显示,MRH组的疗效优于MRL组。因此,我们选择MRH组作为非靶向代谢组学分析的代表性药物干预组。在血清和粪便中分别鉴定出1955和559种代谢物。偏最小二乘判别分析(PLS-DA)模型分别在血清和粪便中的CONTROL、MODEL和MRH组中显示出显着的聚类分离(图3A、G)。热图分析显示,CPP导致代谢物发生显着变化,小鼠粪便和血清中共有177种代谢物(96种上调和81种下调)和69种代谢物(44种上调和25种下调)分别显着改变(图3D和J)。此外,对代谢物途径的分析表明,与对照组相比,CPP小鼠的以下途径发生了显着变化:色氨酸、α-亚麻酸、甘油磷脂、精氨酸和脯氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸代谢。值得注意的是,色氨酸代谢受到粪便和血清中吗啡的显着影响(图3B和H)。将MRH与MODEL组进行比较,在人参皂苷Rg1处理后,粪便和血清中的195种代谢物(94种上调和101种下调)和115种代谢物(60种上调和55种下调)分别显着改变(图3E和K)。代谢组学图显示色氨酸代谢受到Rg1补充的显着影响(图3C和I)。色氨酸代谢在微生物组-肠-脑轴中起关键作用。在这种情况下,我们专注于色氨酸代谢相关的代谢物。具体而言,色氨酸代谢相关代谢物的热图分析表明,参与色氨酸代谢的四种主要中间代谢物L-色氨酸、吲哚、N' -甲酰基犬尿氨酸和血清素是对吗啡的反应最显着增加的代谢物,它们的水平在Rg1处理后,粪便或血清中的含量降低。具体来说,我们发现与模型组相比,Rg1处理的肠道色氨酸和血浆血清素水平下调(图3F和L)。4.人参皂甙 Rg1 改善 CPP 小鼠海马 5-羟色胺能系统的变化血清色氨酸浓度会影响大脑的血清素系统。我们推测宿主色氨酸代谢物的变化可能与CPP小鼠的海马血清素能系统和其他神经递质有关。为了验证这一假设,使用酶联免疫吸附法检测海马和外周血清中谷氨酸、多巴胺、γ-GABA和5-HT的表达水平。在海马中,相对于对照组,CPP小鼠表现出显着升高的多巴胺水平和降低的γ-GABA水平(图4C)。然而,组间谷氨酸和血清素的浓度没有差异(图4A)。与M组相比,MRH组海马中GABA含量增加。此外,在MRL和MRH小鼠中观察到多巴胺水平显着下降。注射吗啡后血清中血清素和多巴胺水平升高,γ-GABA水平降低。所有CPP诱导的变化都被Rg1处理逆转(图4B、D、S2B)。为了进一步探索Rg1介导的抗成瘾机制,我们使用qPCR检测了小鼠海马中奖赏相关基因mRNA的相对转录水平,包括脑源性神经营养因子(BDNF)、神经营养酪氨酸激酶受体2型(TrkB)和血清素受体。与Rg1治疗组的转录水平相比,吗啡组中5-羟色胺受体(5-HTR1B和5-HTR2A)、BDNF和TrkB的转录水平因人参皂苷Rg1给药而下调(图4E、F)。这些数据表明人参皂甙Rg1可能通过抑制血清素系统来改善吗啡依赖。5.肠道微生物组的调控影响人参皂甙 Rg1 对吗啡诱导的小鼠 CPP 的抑制作用为了研究肠道菌群失调对吗啡诱导的小鼠行为的影响,我们在进行吗啡依赖性CPP训练之前,给BALB/cSPF 小鼠施用了不可吸收的抗菌剂或无菌水的混合物7天,然后进行CPP测试(图5A)。ATM治疗后各组小鼠体重下降,调理训练后略有增加;然而,各组之间没有观察到差异(图5B)。ABX与对照组相比,同时给予多种抗生素后,所有抗生素治疗小鼠在药箱中的停留时间均增加。此外,与ABX组相比,AM组在药物配对隔室中的停留时间明显增加。令人惊讶的是,小鼠在AMRL、AMRH和AMM组的药物配对隔室中的停留时间与AM组没有显着差异(图5D)。我们在鼠标头部轨迹中观察到相同的现象(图5C)。为了评估抗生素暴露后小鼠肠道微生物群发生的变化,通过16SrRNA 基因测序测定了粪便细菌组成。抗生素治疗极大地改变了微生物组并减少了细菌负荷(图5E)。为了研究肠道菌群失调对吗啡诱导的小鼠行为的影响,我们使用了维恩图显示了对照组和其他抗生素治疗小鼠共享的476个OTU;然而,1606个OTU是对照组独有的,48-68个OTU是其他六个抗生素治疗组独有的。随后用抗生素混合物治疗导致肠道微生物群显着消耗,细菌多样性显着降低。PCoA显示抗生素治疗的小鼠与对照小鼠相比具有显着不同的微生物群落(图5F)。但ABX、AM、AMRL、AMRH、AMM和AR组的细菌多样性没有显着变化,说明抗生素治疗根除大部分共生菌,吗啡和人参皂苷Rg1治疗后没有显着变化.我们在ABX小鼠的粪便中发现了几种细菌门,这些细菌门相对于对照组的粪便发生了改变(图5G)。优势门不同,伴随着Proteobacteria的丰度显着增加,而Verrucomicrobiota、Cyanobacteria、Firmicutes和Deferribacterota的丰度在抗生素处理后下降。然而,用抗生素治疗小鼠并没有改变拟杆菌的相对丰度,尽管抗生素治疗耗尽了肠道微生物组成。最后,我们用B.vulgatus特异性引物进行了定量PCR,并证实与对照组相比,抗生素治疗组的细菌显着减少了数百至数千倍(图5H)。此外,吗啡和人参皂甙Rg1并没有改变B.vulgatus对抗生素的反应。6.肠道微生物组的消耗影响色氨酸代谢并抑制 Rg1 诱导的基因表达接下来检测了抗生素混合物治疗对吗啡诱导的CPP小鼠代谢物和代谢途径的影响。偏最小二乘判别分析(PLS-DA)模型显示,在粪便中的代谢物方面,对照组和ABX组之间的簇显着分离(图6A)。值得注意的是,抗生素治疗后ABX、AM和AMRH组之间没有明显的代谢物聚集。我们专注于色氨酸代谢途径,并观察到参与色氨酸代谢的代谢物被ATM显着改变。然而,在ABX、AM和AMRH中未观察到显着变化。因此,这些数据表明抗生素治疗强烈降低了粪便中色氨酸代谢物的水平(图6C),并且由吗啡和Rg1引起的代谢改变被消除。此外,在血清中,PLS-DA结果显示四组(对照组、ABX、AM和AMRH)的代谢物谱不同(图6B)。ATM显着改变了色氨酸代谢物。值得注意的是,与 ABX小鼠相比,注射吗啡的小鼠的代谢物发生了相当大的变化。具体而言,与 AM组相比,色氨酸代谢物在Rg1处理后没有显示出显着变化(图6D)。我们发现 Rg1治疗组和模型组在ABX治疗后肠道色氨酸和血浆血清素水平没有差异(图6E和F)。随后,我们发现微生物组消耗抵消了 Rg1在CPP小鼠海马体中诱导的变化(图6G-L)。Rg1治疗未能逆转5-HT、多巴胺、5-HTR1B/5-HTR2A 和BDNF-TrkB信号通路。7.B.vulgatus 协同增强人参皂苷 Rg1 抑制吗啡诱导的小鼠 CPP因为肠道B.vulgatus 减少和增加与吗啡诱导的CPP增加和Rg1降低CPP一致,并且在抗生素处理的小鼠中消除了人参皂苷Rg1对CPP的改善,我们探讨了B.vulgatus 是否在吗啡中起作用依赖。作为典型的拟杆菌属物种,普通拟杆菌是小鼠肠道中的主要细菌物种,我们试图确定普通拟杆菌是否会影响CPP进展。我们首先使用抗生素治疗来消耗肠道微生物群,然后再用B.vulgatus 定植。在吗啡诱导的CPP小鼠模型中检查B.vulgatus 对吗啡成瘾的影响(图7A)。抗生素治疗或B.vulgatus 移植没有显着改变体重(图7B)。单独使用B.vulgatus (AMBV) 进行灌胃显着降低了白框中的停留时间和轨迹百分比,而吗啡则增加了该百分比(图7C、7D)。值得注意的是,与B.vulgatus 和人参皂苷Rg1(AMBVR)共同治疗的小鼠在药物配对隔室中的停留时间和轨迹百分比显着降低。这些数据清楚地表明AMBVR在抑制CPP方面比AMBV取得了更好的功效。值得注意的是,在我们的研究中,用“吗啡”微生物组(AMF)进行肠道再定殖并没有诱导CPP行为。8.B.vulgatus 可以改变肠道微生物组成小鼠粪便样本的16SrRNA 基因测序揭示了用活的B.vulgatus灌胃肠道微生物群组成的变化。拟杆菌门的相对丰度从AM组的不到20%增加到AMBV组的40%和AMBVR组的60%(图7E)。定量PCR证实,与对照组相比,AMBV和AMBVR组灌胃后肠道中的细菌显着过度生长数百至数万倍(图7F)。这些数据表明,人参皂甙Rg1提高了CPP小鼠中普通双歧杆菌的丰度。9.B.vulgatus 改变了肠道微生物群衍生和宿主色氨酸代谢物对小鼠的粪便和血清进行了代谢组学分析。偏最小二乘判别分析(PLS-DA)显示AM、AMBV和AMBVR组之间完全分离(图8A和D)。热图分析显示,仅用B.vulgatus灌胃导致CPP小鼠代谢物发生显着变化,粪便中有332种代谢物(211种上调和121种下调),血清中有82种代谢物(58种上调和24种下调)。我们对具有已知KEGGID 的332和82种显着不同的代谢物进行了KEGG途径富集分析,并分别鉴定了14和11种富含色氨酸代谢的代谢物。同时,将AMBVR与AM组进行比较,粪便中的313种代谢物(237种上调和76种下调)和血清中的82种代谢物(44种上调和38种下调)在与普通芽孢杆菌和人参皂甙Rg1共同处理后显着改变。在粪便中发现了13种代谢物,血清中发现了11种代谢物富集到色氨酸代谢,AMBV和AMBVR都改变了肠道微生物群衍生和宿主色氨酸代谢。我们随后检查了粪便和血清中由AMBV和AMBVR改变的色氨酸代谢物的相对丰度(图8B,C)。用B.vulgatus 灌胃下调色氨酸和血清素水平(图8E-I和9B)。10.B.vulgatus 协同增强人参皂甙-Rg1 诱导的吗啡诱导的海马 5-羟色胺能变化的抑制作用最后,为了证实人参皂甙Rg1通过影响肠道微生物群衍生的色氨酸代谢-血清素途径来减轻吗啡依赖,我们测定了海马和血清中5-HT、多巴胺和GABA的水平。CPP小鼠中血清素和多巴胺的血浆浓度较低,而GABA的血浆浓度高于单独用普通双歧杆菌灌胃或与Rg1共同治疗的小鼠(图9A-D)。值得注意的是,AMBVR小鼠的海马5-HT浓度显着低于AM小鼠。qPCR进一步证实了血清素受体和BDNF-TrkB的mRNA水平升高。我们观察到5-HTR1B、5-HTR2A和BDNF-TrkB的表达被B.vulgatus 定植和Rg1处理有效抑制(图9E、F)。研究结论该研究表明人参皂苷Rg1对吗啡依赖的改善作用与肠道微生物群有关。此外,我们发现微生物组的消耗和拟杆菌的补充可以影响吗啡依赖性并影响Rg1的功效,伴随着色氨酸代谢和5-羟色胺的变化。该研究结果提供了一个新的框架来理解中药通过肠道微生物群-色氨酸代谢和血清素能系统拮抗吗啡成瘾的机制,可能会带来新的诊断和治疗策略。
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1%DVB,Substitution 0.3-0.85g,25gN-保护试剂氨基保护是合成化学和肽合成中必须部分,有效的保护基团可以从合成的化合物易于添加和除去。货号品名规格cas号包装 B105737氯甲酸苄酯 96%,含约 0.1% 碳酸钠稳定剂501-53-125g,100g,500g,2.5kg D106158二碳酸二叔丁酯 98%24424-99-525g,100g,500g,1kg D106159二碳酸二叔丁酯 99%24424-99-525g,100g,1kg D106160二碳酸二叔丁酯 96%24424-99-5100g,500g F1061739-芴甲基-N-琥珀酰亚胺基碳酸酯 98%82911-69-15g,25g,100g F113338芴甲氧羰酰胺 99%84418-43-95g,25g,100g I105738氯甲酸异丁酯 98%543-27-125g,100g,500g耦合试剂由于肽合成中较低的消旋化是固相肽合成的一个关键指标,阿拉丁为你提供各种高质量偶联试剂,包括碳化二亚胺、脲类和磷型的偶联试剂,可以快速、有效和无消旋的缩合货号品名规格cas号包装 A1133452-(7-氮杂苯并三氮唑)-N,N,N' ,N' -四甲基脲四氟硼酸盐 98%873798-09-55g,25g,100g B106161卡特缩合剂 98%56602-33-65g,25g,100g,500g B1093122-溴-1-乙基吡啶四氟硼酸盐 98%878-23-95g,25g B113336溴代三(二甲基氨基)磷鎓六氟磷酸盐 98%50296-37-21g,5g,25g B113343三吡咯烷基溴化鏻六氟磷酸盐 98%132705-51-21g C109314N,N' -羰基二咪唑 &ge 97.0% (T)530-62-12.5kg,25g,100g,500g C109315N,N' -羰基二咪唑 99%530-62-11kg C113337N,N' -羰基二(1,2,4-三氮唑) 96%41864-22-65g,25g,100g H1061761-羟基苯并三唑一水合物 &ge 97.0%123333-53-925g,100g,250g,500g H1061773-羟基-1,2,3-苯并三嗪-4(3H)-酮 98%28230-32-25g,25g,100g H106354N-羟基邻苯二甲酰亚胺 98%524-38-92.5kg,25g,100g,500g H1093281-羟基-7-偶氮苯并三氮唑 99%39968-33-75g,25g,100g,500g H109329N-羟基-5-降冰片稀-2,3-二酰亚胺 99%21715-90-210g,50g,250gH109330N-羟基琥珀酰亚胺 98%6066-82-62.5kg,25g,100g,500g H109337N-羟基硫代琥珀酰亚胺 钠盐 98%106627-54-71g,5g,25g N102772N-琥珀酰亚胺基-N-甲基氨基甲酸酯 97%18342-66-05g,25g N113351TNTU 98%125700-73-41g,5g,25g,100g C113347多肽试剂TCTU 98%330641-16-25g,25g,100g C1171602-氯-1,3-二甲基咪唑六氟磷酸盐 98%101385-69-71g,5g,25g D1028482-(2-吡啶酮-1-基)-1,1,3,3-四甲基脲四氟硼酸盐 99%125700-71-21g,5g,25g D106162N,N' -二异丙基碳二酰亚胺(DIC) 98%693-13-010ml,25ml,100ml,500ml D106171N,N' -琥珀酰亚胺基碳酸酯 98%74124-79-15g,25g,100g D106284N,N-二甲基丙烯基脲(DMPU) 99%7226-23-525g,100g,500g D109331二吡咯烷基(N-琥珀酰亚氨氧基)碳六氟磷酸盐 98%207683-26-91g,5g,25g O113352TOTT 98%255825-38-85g,25g,100g P1091051-苯基-3-甲基-5-吡唑啉酮 99%89-25-82.5kg,100g,500g W111795伍德沃德氏试剂K 98%4156-16-51gFmoc修饰的氨基酸及氨基酸衍生物列表货号品名规格cas号包装 A107817Fmoc-L-天冬氨酸 4-烯丙酯 98%146982-24-31g,5g,25g A140203N-Fmoc-8-氨基辛酸 &ge 98.0%(HPLC)126631-93-41g,5g B116715N-Boc-N' -Fmoc-D-赖氨酸 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  • 美国康塔仪器公司在世界碳科学年度大会的基调报告获得各方好评
    2011年7月24日-29日,世界碳科学年度大会(Carbon 2011)在上海华东理工大学成功举行,800多名中外科学工作者出席会议。7月27日上午,美国康塔仪器公司首席科学家,国际纯粹及应用化学会(IUPAC)物理吸附新项目部的主席Dr. Matthias Thommes在多孔材料分会场做了基调报告(Key note)。其报告题目《用高分辨吸附和迟滞扫描实验结合最新QSDFT方法表征有序球形介孔碳材料》受到各方赞誉。 该研究致力于可裁剪孔径的三维有序介孔(3Dom)碳材料高级物理吸附表征。这种碳材料可以从赖氨酸-氧化硅纳米粒子形成的三维胶体晶体模板剂中获得。利用这个胶体晶体结合各种一级粒子(如10nm、20nm、40nm),可以制成各种相应孔径的3DOm介孔碳材料。为了获得准确和全面的孔径和孔结构信息,进行了系统的吸附研究,包括1. 从相对压力(P/P0)10-7到1的高分辨氮吸附(77.4K)和氩吸附(87.3K)实验; 2. 高分辨吸附/脱附迟滞扫描实验; 3. 用新兴的QSDFT(Quenched Solid Density Functional theory )方法对球形碳孔的氮吸附和氩吸附进行进行准确的孔径分析。 QSDFT模型方法已经专门发展用于具有球形孔的碳材料分析。与以裂隙孔和筒形孔为代表的孔径模型相比,QSDFT具有无可比拟的优点,因为裂隙孔或筒形孔不足以代表3DOm类的碳材料。令人感兴趣的是,所测吸/脱附等温线属于IV类等温线H1型迟滞环,这是具有筒形孔或蠕虫状孔的典型图形,虽然已知这种碳材料是主要以气穴为主的球形孔。但是高分辨吸附/脱附迟滞扫描实验清晰地指出蒸发/脱附受到了孔道阻塞/渗流的影响(说明球形孔网结构确实存在)。这一点令人非常感兴趣是因为与这一现象有关的通常是H2型迟滞环(而不是这里出现的H1型)。 基于球形孔碳材料的氮吸附和氩吸附分析的QSDFT新方法可用于吸附曲线的吸附分支分析,因为它们正确考虑了孔凝聚因亚稳态吸附膜的存在和液桥成核受阻而延迟的。有关孔径分布的结果与电镜和SAXD等孔网形态学分析结果高度一致。该研究工作解决了由球形孔组成的有序碳孔径分析的问题,并且强调了孔网结构分析中孔凝聚迟滞环扫描的重要性。这个结果进一步表明,需要对IUPAC(1985)的迟滞环分类进行修正。 *新的QSDFT方法和迟滞环扫描功能已经内置在Autosorb-iQ V2.0应用软件中。美国康塔仪器公司首席代表和北海道大学名誉教授、日本碳材料研究界的杰出代表人物稻垣道夫(Michio Inagaki)在一起。
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