变异库克菌

p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/a5f95c5e-2114-41fa-8848-d2e740b0541d.jpg" title=" cooks.jpg" alt=" cooks.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　罗伯特· 格雷厄姆· 库克斯教授 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em text-indent: 2em " 美国分析化学专家罗伯特· 格雷厄姆· 库克斯教授荣获2019年度中华人民共和国国际科学技术合作奖，这是对他多年努力与贡献的最好认可。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　库克斯于1941年生于南非，目前是美国普渡大学教授、美国国家科学院院士、美国艺术与科学院院士及美国国家发明家学院院士。库克斯教授在质谱的基础研究、仪器开发及应用方面取得了丰硕的成果，如亚稳态离子裂解现象的发现，推动了串联质谱技术的开发，为当今新药研发及生物分析提供了必不可少的分析手段。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　早在中国改革开放初期，库克斯教授就接纳了多位来自北京工业学院(现北京理工大学)、中国医学科学院药物研究和中国科技大学的访问学者，帮助中国培养了第一代有机质谱人才。同时，库克斯还积极参与推动中国质谱学科的发展。1985年，他第一次来到中国，帮助北京工业学院建设了质谱实验室，担任名誉主任。从1986年起，库克斯教授成为中国质谱学会的名誉会员。过去的30多年里，库克斯教授曾任清华大学、中国科学院长春应用化学所、吉林大学、东华理工大学等多个高校院所的客座教授，为质谱在中国的推广与发展作出了贡献。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　库克斯教授从多方面帮助中国在分析化学领域的发展。1985年，他参加了第一届北京分析测试学术报告会暨展览会(BCEIA)，此后又多次参会做报告，积极引荐海外学者参会。30年后，BCEIA已成为国际分析化学领域最具规模的会议之一。2010年及2012年，受中国自然科学基金委员会委托，库克斯教授两次组织中美分析化学双边论坛，增强了双方学者的相互了解，提高了中国学者在国际分析化学界的参与度。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　库克斯与清华大学和中国计量科学研究院有着十几年的深度合作。他与计量院的质谱团队合作期间，为研究方向提供建议、帮助设计研发平台、培养研究人员。该团队成长迅速，成为国内首个具有质谱仪器研发能力的研究团队，承担国家仪器研发重大项目，为质谱仪研发及产业化培养众多人才。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　2003年，当中国学术和产业界就“十五”二期科技攻关计划是否应重启质谱仪器研发项目进行探讨时，库克斯教授提出，“中国应关注小型质谱技术发展”，并表示“将把支持中国发展小型质谱仪作为今后工作中重要的一部分”。时至今日，小型质谱在食品安全及未来生物医疗领域的重要地位已经凸显。在过去十几年里，库克斯教授积极与清华大学、中国计量科学研究院等研究团队合作，极大地推动了质谱小型化在中国的基础研究以及技术发展过程中的中美合作。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　自库克斯教授44岁时第一次访问中国以来，时间已过去30多年，通过为中国培养人才和广泛建立并深度参与交流合作，他为质谱在中国的发展以及国际合作促进技术发展做出了有目共睹的巨大贡献。我还记得，2011年7月，库克斯在中国与多年合作过的同事一起，度过了他的70岁生日，生日会上回顾了他30年来和中国学者合作的历程，场面颇为感人。中国的同行都说，虽然岁月已留下深深的印记，但库克斯教授的微笑从来没变过。时至今日，他仍然活跃在技术研究、技术创新、国际合作的大舞台。 /p p style=" text-align: justify line-height: 1.75em " 　　(作者系清华大学精密仪器系主任 欧阳证教授) /p p br/ /p

p 　　近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发了国际领先、国内首个规模最大的基因组序列变异库——GVM(Genome Variation Map)。该库基于人工审编整合了多个物种的大量基因组序列单核苷酸多态位点和小的插入与删除变异信息，是基因组序列变异信息汇交、管理与检索的资源库。研究成果以Genome Variation Map: a data repository of genome variations in BIG Data Center为题，在线发表在Nucleic Acids Research上。 /p p 　　基因组序列变异是基因组DNA水平发生的可遗传变异，是生物多样性的基础，是物种进化、分子育种、优良性状选育、人类疾病等研究最为宝贵的遗传资源。近年来，随着测序技术发展，越来越多物种的基因组被精细解析 物种内遗传多态变异位点也通过大规模的群体测序获得，并广泛应用于复杂性状的关联解析。国际两大数据中心NCBI和EBI旗下的dbSNP和EVA是主要的基因组序列变异资源库。今年5月，NCBI宣布自2017年9月1日起，dbSNP和dbVar两大数据库停止接收非人物种的SNP提交信息，自2017年11月1日起停止非人物种的SNP在线查询与提交。这对基于序列变异研究的科研人员造成了不便。 /p p 　　为此，GVM作为生命与健康大数据中心的核心数据资源库之一，搜集了以二代测序和芯片技术为主要检测手段的全基因组序列变异检测的原始数据，通过标准化的变异位点鉴定与注释，获得包括人、畜牧动物、主要农作物和其他资源物种在内的19个物种共约50亿的变异信息，8,884个个体的基因型数据，并通过人工审编收录了13,262条高质量非人物种的基因型与表型知识数据，整合了180,911条人变异位点的知识信息。其中，大熊猫、虎鲸、毛竹、橡胶、小麦是GVM数据库所特有的物种。 /p p 　　GVM开发了友好的数据提交、浏览、搜索和可视化功能。用户可通过基因组位置、变异影响、基因名称和基因功能等检索变异位点信息，并下载数据 可通过ftp服务下载VCF和FASTA文件格式的全基因变异信息 可在线或离线方式向系统提交数据，这方便了科研人员的数据共享。 /p p 　　研究工作得到了中科院战略性先导科技专项、中科院国际大科学计划、国家科技攻关计划、国家高技术研究发展计划(863计划)、国家自然基金项目、中科院百人计划、中科院青年创新促进会等的资助。 /p p 论文标题：Genome Variation Map: a data repository of genome variations in BIG Data Center /p p style=" text-align: center " img title=" W020171027507396378092.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201710/insimg/a8ee4d25-d8cb-4e86-a1de-06e90d767ff5.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong GVM数据库物种变异信息统计表 /strong /p

变异链球菌的菌落特征与使用范围及培养方法！ 变异链球菌属于甲型溶血性链球菌类，菌体较小，呈圆形或卵圆形，常成双或以短链状排列，革兰染色呈阳性。它在胰蛋白胨培养基中和含有95％氮气及5％二氧化碳混合气体的环境下生长良好。 一、菌种简介平台编号：Bio-53150规格：冻干物拉丁属名：Streptococcus Mutans菌株名称：变异链球菌其他编号：ATCC700610培养基编号：116或114,5% CO2 or 厌氧培养温度：37培养时间：48 小时用途：对红霉素、利福平、利福霉素AMP、壮观霉素、链霉素敏感。血清型C。注意事项：仅用于科学研究或者工业应用等非医疗目的不可用于人类或动物的临床诊断或治疗，非药用，非食用（产品信息以出库为准）保藏条件：斜面菌种和安瓿瓶冻干菌种应在 2-8°C 保存。西林瓶菌种请置于-20°C 保存。甘油请置于-80°C。 二、培养基TSA+5%脱纤维蛋白羊血（血琼脂平板） 三、菌落特征变异链球菌在血平板培养基上呈旺溶血，菌落较小，呈灰白色、圆形，表面突起，菌落质地较硬，有嵌入培养基内生长的趋势。 四、菌种的培养1、菌种是指食用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料。菌种分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。工业发酵的有用菌种，其筛选步骤包括菌种分离、初筛和复筛。2、挑选具有某种能力的有用菌种，也称种子制备，是指菌种在一定条件下，经过扩大培养成为具有一定数量和质量的纯生产菌种的制备过程。以作接入发酵罐中进一步扩大菌体量及合成产物之用。3、种子制备包括孢子制备和菌丝体制备 菌种制备。4、保存在沙土管或冷冻管中的生产菌种，用无菌手续挑取少许，接入琼脂斜面培养基上，在25℃（或较高温度）下培养5～7天（或较长时间。所得孢子还需进一步用较大表面积的固体培养基以获得更多孢子（对于霉菌类孢子制备，多数采用大米、小米之类的天然培养基）。5、将培养成熟的斜面孢子制成悬浮液，接种到扁瓶固体培养基上，于25～28℃培养14天。将成熟的扁瓶孢子于真空中抽干，使水分降至10%以下，并放入 4℃冰箱中备用。一次制得的孢子瓶可在生产上延续使用半年左右。6、如果有些生产菌种不产孢子，如赤霉素产生菌或产孢子不多的，则可采用摇瓶液体培养制得菌丝体，作种子罐的种子。种子罐的目的是使接入有限的孢子或菌丝体迅速发芽、生长、繁殖成大量菌体。其中的培养基组分应是易于被菌体利用的碳源（如葡萄糖）和氮源（如玉米浆），及无机盐(如磷酸盐)等。作为发酵罐的种子应生命力旺盛、染色深、菌丝粗壮，无杂菌及异常菌体。接种量一般在10%～20%。 五、使用范围（1）合成培养基。合成培养基的各种成分完全是已知的各种化学物质。这种培养基的化学成分清楚，组成成分精确，重复性强，而且微生物在这类培养基中生长较慢。如高氏一号合成培养基、察氏（Czapek）培养基等。 （2）天然培养基。由天然物质制成，如蒸熟的马铃薯和普通牛肉汤，前者用于培养霉菌，后者用于培养细菌。这类培养基的化学成分很不恒定，也难以确定，但配制方便，营养丰富，培养效果好，所以常被采用。 （3）半合成培养基。在天然有机物的基础上适当加入已知成分的无机盐类，或在合成培养基的基础上添加某些天然成分，如培养霉菌用的马铃薯葡萄糖琼脂培养基。这类培养基能更有效地满足微生物对营养物质的需要。 六、注意事项1）冻干首次活化，干粉要全部用完，不能预留，用无菌吸管吸取 0.3ml 的培养液（即以上建议的培养基配方，不加琼脂）或者无菌水，滴入冻干管中，轻轻振荡至其溶解。吸取全部菌悬液，接种在培养基上（建议不超过 2 支平板）；2）经过冷冻干燥保藏，菌种处于休眠状态，复苏培养时可能会延迟生长，这时需较长的培养时间； 若您收到的是已复苏的培养物（非冻干菌），则可以直接用于您的实验，或根需要转接培养；如有不明白之处，请务必先咨询我单位技术人员，避免不必要的损失；二次接种量要多，固体斜面培养基水分要少才能让菌体长得比较明显，液体培养要静止培养；3）微生物菌种应保藏于低温、清洁干燥的地方，室温放置时间过长会导致菌种衰退；4）菌种操作应在无菌条件下进行；转种完毕，应经灭菌再做丢弃处理；5）应根据菌种状况及时转接，冻干菌种保藏时间通常为2-25 年；6）菌种使用过程中如出现杂菌污染或菌种生产性能下降，应及时和微生物菌种查询网联系；7）如若有菌种复苏不活或者污染等情况，请在收到菌钟后 2 个月内联系，逾期不予受理；8）打管操作需由专业微生物技术人员在相应的防护设备中进行，生物危害程度为三类的菌种应在生物安全柜中操作，打管时冻干管应远离面部，保护眼睛；9）安瓿瓶开封：用浸过 75％酒精的脱脂棉擦净安瓿管，用火焰加热其顶端，滴少量（2-3滴）无菌水至加热顶端使之破裂，用锉刀或者镊子敲下已破裂的安瓿管顶端并将冻干管开口处在火焰上过一遍，并保持在火焰旁操作；10）甘油管使用：使用本甘油菌时可以不用完全融解，在甘油菌表面蘸取少量涂板或进行液体培养即可。也可以完全融解后使用，但随着冻融次数的增加，细菌的活力会逐渐下降。 欢迎访问微生物菌种查询网，本站隶属于北京百欧博伟生物技术有限公司，单位现提供微生物菌种及其细胞等相关产品查询、咨询、订购、售后服务！与国内外多家研制单位，生物医药，第三方检测机构，科研院所有着良好稳定的长期合作关系！欢迎广大客户来询！

据近日发表在《自然》杂志上的论文，美国加州大学圣地亚哥分校和斯克利普斯研究所联合开发了一种名为“Freyja”的算法，用于在早期检测废水中的新冠病毒变异株，只需两茶匙未经处理的污水，就可准确测定新冠病毒变异株。加州大学圣地亚哥分校在数十个地点通过自动采样机器人收集了废水样本，加州大学圣地亚哥分校的实验室分析了这些样本中的新冠病毒RNA水平，并在斯克利普斯研究所实验室做进一步的计算分析。图片来源：埃里克杰普森/加州大学公共艺术委员会 斯克利普斯研究所研究人员开发了一个“条形码”库，可根据每个变异株特有的短RNA片段来识别新冠病毒变异株，并编写了一种新算法，通过筛选废水中的大量遗传信息来匹配这些条形码。由此生成的免费程序Freyja，已经被美国公共卫生机构广泛用于废水监测。　　研究人员表示，在实验室对废水样本进行测序后，只需运行Freyja，20秒就可得到结果。当研究人员将Freyja应用于废水样本并将结果与圣地亚哥市的临床数据进行比较时，他们发现该工具在临床报告前14天就在废水中检测出了“值得关切的变异株”，包括阿尔法、德尔塔和奥密克戎变异株。　　2021年7月27日，研究人员在加州大学圣地亚哥分校的废水中检测到缪变异株9（B.1.621），这是在校园首次临床检测的4周前检测出来的。同年11月27日，该团队还在圣地亚哥首次临床报告前11天检测到废水中的奥密克戎变异株。

我是Omicron，中文名奥密克戎病毒，来自南非的新变种，都听说了吧，如果你没听过我的名号，你可能就有点out了。图源：网络，侵删全球各地都有我的身影，国内呢，我正在香港、深圳、苏州等地晃悠，人类给我总结的特点就是快，传播快呀~图源：网络，侵删听说新冠自2019年末被发现至今已累计感染超4亿人，新冠达到1亿确诊时是在2021年1月，之后只用了7个月就达到2亿，而翻倍达到4亿则只用了6个月，特别是3亿到4亿只用了1个多月的时间。这主要归因于我奥密克戎变异株的高传染性和快速传播性。图源：网络，侵删根据新冠病毒数据库GISAID目前共享的信息显示，我奥密克戎变异株的突变位点数量明显多于近2年流行的所有新冠病毒变异株，而最近的感染分析发现，奥密克戎毒株现有感染中也出现了进一步变异的分支亚型，带R346K变异的BA.1和BA.2。BA.1+ R346K亚型占现今全球奥密克戎序列的约40%，在新西兰、英国和美国这一比例则为35-60%。BA.2亚型占全球奥密克戎序列的约10%，其流行率正在上升，并且在丹麦、印度和南非已占主导地位。我和之前的新冠病毒相比已经改变得面目全非。图源：网络，侵删通过人们的研究，对不同分支亚型的治疗分析发现，同属奥密克戎的不同亚型对不同中和抗体的反应也并不相同。谢晓亮团队在《nature》的文章表明，奥密克戎RBD上的单个突变会影响不同类别抗体的有效性（该文章筛选了247种人类抗体，且将其分为6类）。例如，奥密克戎可利用突变K417N、G446S、E484A和Q439R逃逸A类至D类的抗体，这些抗体的表位与ACE2结合基序有重叠。Davide Corti团队在《nature》发表的文章也表明奥密克戎免疫逃逸能力或强于之前新冠病毒谱系，研究中测试的8种治疗性单克隆抗体中，大部分完全失去了对奥密克戎的中和活性，扩大筛选范围后，入选的36种中和抗体，只有6种对奥密克戎依然具有强效的中和活性，而在29种靶向RBD特定区域（受体结合基序）的单克隆抗体中，有26种对奥密克戎的中和活性出现了显著下降。这些结果都提示我们，未来对新冠病毒的分型将是一个非常重要的工作，不但会影响我们的疫情防控工作，也会影响到我们针对新冠肺炎治疗药物的研发和不同患者的针对性治疗。我的秘密被暴露了，好像找到了方法对付我。图源：网络，侵删让我看看是啥方法~原来是naica® 微滴芯片数字PCR一次快速鉴别Omicron新冠病毒变异株刺突（Spike）蛋白6个突变位点，并实现绝对定量，获得鉴定和监控。应用亮点：▶ 6个核心突变位点快速检测。▶ 可视化微滴溯源单个阳性微滴，确保结果真实可靠。▶ 阳性微滴定性分析，同时给出定值，便于监测监控。(翻译成中国话就是：检测位点多、灵敏、还能监控我~）方法描述：试剂：Omicron（奥密克戎）新冠病毒变异株鉴定试剂盒（珠海辉睿公司）仪器：naica® 微滴芯片数字PCR系统（北京深蓝云生物科技有限公司）数据分析：数字PCR通过阳性微滴直接判读阳性结果。▲ 图1：阈值判读直观阳性位点扩增明确这样奥密克戎很容易就分型了。图源：网络，侵删新冠病毒已在全球肆虐了2年多的时间，且仍处于不断变异过程中，随着人们对其认识更加深入，人们对其危害的认知也越来越清晰，各种后遗症的发现，各种新出现亚型不断挑战疫苗和治疗手段组成的防线。我们是否应该针对病毒不同亚型展开更有针对性的治疗方案研究？我们是否应该针对病毒不同亚型的感染特点采取更加有效的防控措施？我们是否应该针对感染进行更精细化，更个人化的分析和治疗？

创新发布｜moku:pro云编译实现用户自定义仪器测量功能！liquid instruments推出创新功能云编译, 用户可通过此功能对moku:pro的fpga进行编程，编写自己的vhdl代码在moku:pro 平台上实现自定义数字信号处理。与基于cpu和特定应用集成电路（asic）相比，fpga提供了接近asic水平的延迟和性能，并具备可编程性。通常fpga编程需要大量的专业知识和技术，耗费成本和精力。但是通过moku:pro预先配置好的输入、输出及控制寄存器，用户无需耗费精力为adc编写驱动程序、配置接口和维护额外硬件。liquid instruments提供基于云端的编译器可直接从浏览器访问，允许用户快速灵活地开发、编译和部署自定义算法到moku:pro，无需下载任何软件。云编译目前支持vhdl代码（即将支持verilog）。由于hdl编译入门相对较难，用户也可以通过matlab或simulink 用hdl coder生成云编译兼容的vhdl代码，从而降低应用设计的门槛。moku:pro云编译是为需要更多额外功能和定制需求的专业用户开发的，用户可以自己设计出du一无二的测试测量设备。云编译可以结合moku:pro“多仪器模式”模式使用，将定制代码与moku:pro的任何专业级仪器一起工作实现高速无损信号传输，极大地增强了moku:pro的灵活性，满足了对具有研究级硬件的高性能实验室仪器的需求。将来，用户还可以将自己编写的代码上传到云端，分享给同事在moku:pro上运行。更多内容moku:pro 产品介绍如想进一步了解moku:pro云编译或相关产品详情，请联系我们客户支持团队：昊 量 官 方 微 信 客 服

中国科学院上海高等研究院与美国麦克仪器公司于2014年1月7日在上海浦东新区举行了隆重的仪式，签署了双方共建麦克仪器实验室的合作备忘录。上海高研院院长封松林，副院长孙予罕，麦克仪器公司副总裁汤玛斯?库克，中国区总经理许人良以及双方有关人员共70多人参加了签字仪式。孙予罕首先代表上海高研院欢迎麦克仪器公司一行来访，回顾了与麦克仪器公司的合作经历，并希望此次签约能更好地推动双方合作。汤玛斯?库克感谢上海高研院的热情接待，介绍了麦克仪器的发展历程，并期待与上海高研院开展更多合作。封松林和汤玛斯?库克分别代表双方签署合作备忘录。根据协议，麦克仪器将与上海高研院在相关科研仪器设备方面开展深入合作。签字仪式后，麦克仪器公司人员参观了上海高研院低碳转化科学与工程中心，与科研人员进行了广泛交流，回访了众多麦克仪器的用户，并在即将动工的联合实验室内共商大计。签字仪式后双方亲切握手贺喜致谢（从左至右）：刘建周副处长，钱文国主任，王茂华院长助理，封松林院长，孙予罕副院长，汤玛斯?库克副总裁，许人良总经理，肖恩?佩维斯专员，赵铁钧副主任

2016 年 10 月 31 日，北京——安捷伦科技公司(纽约证交所：A)今日发布了一款用于功能基因组学 CRISPR 文库制备的全面产品。SureGuide 利用安捷伦行业领先的寡核苷酸合成平台创建 CRISPR 向导文库，此文库是 CRISPR/Cas 基因编辑系统的核心组件。Agilent SureGuide 平台的灵活性使基于CRISPR 的功能筛选能够用于从全基因组敲除 (GeCKO) 到全定制用户设计文库的任何应用。　　基于 CRISPR 的基因编辑工具的推出大大推动了与复杂疾病和药物研发功能研究相关的研究。使用混合文库进行基因筛选通常是为在信号传导通路等过程中定位和鉴定参与细胞应答的基因，或用于了解新基因的功能。基于CRISPR 工具的推出可以帮助用户克服以前功能筛选中所用技术的限制。　　作为所有 CRISPR 实验中的重要组成部分，向导文库的质量和构成能够影响工作流程的所有下游环节，包括筛选效果、测序成本和假阳性/阴性鉴定结果。SureGuide 提供的高保真 CRISPR 向导与 SureVector 克隆技术即使在最复杂的文库中也能保持向导的最佳分布。　　SureGuide CRISPR 文库提供三种格式：　　可直接包装的质粒文库由 GeCKO 文库组成，用于靶向人和小鼠基因组中的所有外显子，它在组学级别上研究功能基因相互作用的用途已得到研究人员的验证。　　可直接克隆的自定义文库可靶向哺乳动物细胞中的用户自定义 CRISPR。这些自定义文库经过制备后可与 Agilent SureVector 文库克隆试剂盒一同交付，这使质粒文库创建过程变得简单快速。　　可直接扩增的自定义文库允许研究人员对 CRISPR 文库的每个方面进行设计，可使用替代传递系统、克隆方法，也可以开发靶向任意生物体中任一组基因区域的 CRISPR 文库。　　安捷伦基因组学解决方案部和临床应用部副总裁兼总经理 Herman Verrelst 谈道：“Agilent SureGuide CRISPR 文库以众所周知的安捷伦高保真度寡核苷酸合成平台为基础。独特的技术让我们能够为研究人员提供与 GeCKO 产品品质同样卓越的全定制向导文库。”　　Verrelst指出，安捷伦提供的大量仪器和试剂可帮助实验室在 CRISPR 筛选中获得最出色的结果。　　他说：“这款新文库是 CRISPR 专属产品组合中首批计划产品的代表，在分析和匹配结果验证的整个过程中为 CRISPR 筛选工作流程提供全方位支持。”　　安捷伦今日将于温哥华的 2016 ASHG 会议上举办研讨会，主题为“获得最佳定制 sgRNA 文库的 CRISPR 向导”，会上将重点讨论 SureGuide 技术和工作流程。此外，客户还将介绍使用 SureGuide CRISPR 文库开展的新研究应用。　　关于安捷伦科技公司　　安捷伦科技公司(纽约证交所：A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者，是致力打造美好世界的顶级实验室合作伙伴。安捷伦与全球 100 多个国家的客户进行合作，提供仪器、软件、服务和消耗品，产品可覆盖到整个实验室工作流程。在 2015 财年，安捷伦的净收入为 40.4 亿美元，全球员工数约为 12000 人。如需了解安捷伦公司的详细信息，请访问www.agilent.com。　　# # #　　编者注：更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com/go/news。

据俄罗斯《消息报》12日报道，俄罗斯学者们在一位免疫力低下的女子体内发现了18种变异新冠病毒，部分变种与英国出现的新型变异病毒相同，还有2种同丹麦水貂所携带的变异新冠病毒相吻合。西伯利亚联邦大学基因组学与生物信息学系教授康斯坦丁克鲁托夫斯基指出，这项研究工作首次确认了一个事实，即“新冠病毒在一个生物体内长期存在即会导致大量突变的出现”。同时，他指出，现在判定“俄罗斯”菌株的传播速度为时尚早，因为只出现了这一个案例。新型冠状病毒感染肺炎（COVID-19）疫情已成为全球突发公共卫生事件。目前，疫情发展呈现出长期化、复杂化态势，我国保持疫情防控成果、防止疫情反弹的任务十分艰巨。自新冠疫情爆发以来，国内外抗疫的经验和教训已充分说明，快速、准确的诊断病情对疫情防控有重要作用。目前，新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的检测主要基于实时荧光聚合酶链反应（RT-PCR）核酸检测法，上机检测与结果分析约需5小时。已报道的快速检测方法主要基于免疫色谱试纸，利用胶体金标记生物大分子，制成检测试纸，可检测病毒抗原或患者血液里的IgM抗体，该方法可将检测时间缩短至约20分钟，但准确度和灵敏度有限，误判率较高。奥谱天成科研级显微拉曼光谱仪系列表面增强拉曼光谱（SERS）技术是一种新兴的表面光谱分析技术，它能将分析物的拉曼信号放大百万倍以上。这种放大作用主要源自金属纳米结构的局域表面等离激元共振所造成的局部电磁场的增强。SERS技术具有高灵敏度、高指纹识别性、高分辨率以及无损、快速等诸多优点，非常适合以分子识别和探测为基础的研究领域。目前，国内外已经成功运用SERS技术实现了对登革热病毒（DENV），流感病毒H1N1等的直接非标记检测，表明SERS技术可成为一种非常有前景的病毒检测手段。刺突蛋白（S蛋白）是新型冠状病毒感染人体的关键蛋白，因此可将S蛋白作为新型冠状病毒检测的标志物之一。近期中国工程物理研究院激光聚变研究中心利用SERS技术对人体唾液中的痕量新型冠状病毒S蛋白进行了检测。新冠病毒S蛋白拉曼光谱检测结果实验结果表明，将等体积的浓度为 10*10﹣9 g/mL的S蛋白混入人体唾液中后，可清晰地从SERS拉曼光谱中分辨出10根S蛋白的拉曼谱线，SERS技术可快速准确地识别人体唾液中的痕量SARS-CoV-2病毒S蛋白，检测限可低至10﹣9 g/mL量级。该结果为后续SERS技术在SARS-CoV-2病毒快速检测方面的应用奠定了坚实基础。

8月19日，记者从中科院微生物研究所获悉，来自该所等单位的研究人员合作研发出一种能够靶向多种冠状病毒入侵受体ACE2的阻断型单克隆抗体h11B11。该抗体能够有效预防和治疗新型冠状病毒及其突变株感染宿主细胞及模式动物，并在非人灵长类动物中展现出良好安全性。同时，作为新冠肺炎病毒入侵宿主的受体的拮抗剂，该抗体表现出优越的广谱性和中和活性，可应对目前流行的各种变异株。相关成果在线发表于《自然通讯》杂志。新型冠状病毒变异株不断出现，且传播速度越来越快。这给新冠病毒的预防控制带来了巨大挑战，亟需研发出可以应对病毒各种变异株的有效疗法。中和抗体疗法已被证明有效，但变异株的出现，则单一位点的单抗必然失效，广谱中和抗体的研发必须提上日程。幸运的是，近日我国科学家已经成果分离出一株人源化的基因工程单克隆抗体（h11B11），该抗体针对人血管紧张素转化酶 2 (ACE2) 受体。所谓单克隆抗体，是一种免疫球蛋白分子，属于生物药物。新冠肺炎疫情暴发后，靶向病毒表面蛋白的单克隆中和抗体成为潜在的有效治疗新冠肺炎的手段，它通过与新冠病毒结合，抑制病毒的活性，保护细胞免受侵害。相比小分子药物，单抗药物机理清晰，对靶点的选择性高、特异性强。好的单抗药物可以高效率击中靶点，减少副作用。该研究成果对新冠肺炎病毒的抗体治疗，尤其针对目前多种变异株具有重大临床应用价值。经过多种冠状病毒的假病毒和真病毒中和评价，该抗体被证实对新冠病毒及其突变株病毒均具很好的抑制活性。同时，该抗体与微生物研究所早期开发的新冠治疗性抗体CB6联合使用能协同提高中和活性。CB6治疗性抗体是一款靶向新冠肺炎病毒S蛋白RBD的抗体，由微生物研究所高福院士团队和严景华研究员团队联合研发，目前已在美国、欧盟、印度等国家获得紧急使用授权。华中科技大学生命学院杜艳芸博士、中国科学院微生物研究所博士后史瑞、北京大学张莹博士为论文的共同第一作者；中国疾病预防控制中心谭文杰研究员、中国食品药品检定研究院王佑春研究员、华中科技大学生命学院王晨辉教授和中国科学院微生物研究所严景华为本文共同通讯作者。

2018年，由北京普瑞亿科科技有限公司研发的PRI-8800全自动变温培养土壤温室气体在线测量系统，一经推出便得到了广泛关注。该系统在土壤有机质分解速率、Q10及其调控机制方面提供了一整套高效的解决方案，为科研人员提供室内变温培养模拟野外环境的条件，让科研可以更广、更深层次地开展。目前以PRI-8800为关键设备发表的相关文章已达27篇。 今天与大家分享的是何念鹏、潘俊等研究人员在森林-农田长期转化对土壤微生物呼吸温度敏感性及空间变异的影响方面取得的进展。在该项研究中，研究团队利用PRI-8800测定土壤样品的Rs和Q10，为研究结果提供了有力的数据支撑。 土壤是陆地生态系统中最大的碳库，所含碳量相当于大气和植被的总和。土壤微生物呼吸（Rs）是重要的碳循环过程，控制着陆地生态系统向大气的碳释放。此外，全球变暖会加速土壤中碳的分解，增加大气二氧化碳（CO2）浓度，从而导致土壤碳循环与气候变暖之间的正反馈。这种反馈的方向和强度在很大程度上取决于Rs的温度敏感性（Temperature sensitivity, Q10）。 土地利用变化是当前生物圈碳循环的主要人为驱动因素之一（也是全球变化的重要组成要素），土地利用变化将促进/抑制土壤碳释放到大气中，被认为是仅次于化石燃烧的第二大人为碳源，累计约占人为二氧化碳排放量的12.5%。由于人口的增长和对农产品需求的增加，全球范围内大量森林生态系统已被转化为农业生态系统。这些与农业相关的森林砍伐，不仅会导致生物多样性丧失，改变土壤碳循环过程，还可能削弱生态系统应对气候变化的能力。由于土壤微生物呼吸对温度变化的响应异常敏感，土壤Q10对土地利用变化的潜在响应（提升或压制），可能会对未来气候产生重大影响。因此，为了提高人们关于土地利用变化对土壤碳循环的影响及其对气候变化反馈的认识，确定Q10对土地利用变化响应的生物地理格局及其调控因素至关重要（图1）。图1 不同区域森林转变为农田对土壤微生物呼吸温度敏感性（Q10）潜在影响 为了更好地阐明土地利用变化对土壤Q10的影响及其空间变异机制，研究人员收集了中国东部从热带到温带的19个“森林转变为农田”配对地块的土壤样品，采用由普瑞亿科研发的PRI-8800全自动变温土壤培养温室气体分析系统，在5~30 °C进行室内培养，并测量Rs和计算了Q10，此数据的获取为该项研究提供了有力的数据支撑。 图 2 中国东部土壤微生物呼吸Q10的空间变异模式 研究结果表明: 森林土壤Q10的纬度模式主要受到气候因素的驱动。类似的，农田土壤Q10随纬度而升高，气候因素、pH、粘粒和SOC共同调节了耕地土壤Q10的空间变化（图2）。总体而言，森林和耕地之间的Q10值随着纬度的增加趋于一致；DQ10从热带地区（9.23~3.58%）到亚热带地区（0.58~1.93%）和温带地区（–0.97~1.11%）显著下降。DQ10的空间变化受到气候因子、DpH、DMBC及其相互作用的影响。此外，研究还发现森林转变为农田土壤Q10呈现了明显的阈值现象（约1.5），受到pH和MBC的共同调控（图3）。图3 长期的森林转化为农田导致Q10出现不同方向的偏离（阈值约1.5） 预计全球气温升高2.0 °C的情景下，与生物地理可变的Q10相比，使用固定的Q10平均值将导致土壤CO2排放量估算产生偏差：森林为–0.93%~3.66%，农田为–0.71%~2.05%，森林-农田转换的偏差范围为–5.97~2.14%（表1）。表1 中国东部不同生物群落在2.0°C升温情景下表土（0-20 cm）CO2排放预测 总的来说，相关研究结果凸显了与长期土地利用变化相关的生物地理变化对土壤微生物呼吸温度响应的潜在影响，并强调了将长期土地利用对土壤温度敏感性的影响纳入陆地碳循环模型以改进未来碳-气候反馈预测的重要性。 研究论文近期在线发表于土壤学著名期刊《Soil Biology and Biochemistry》。第一作者为北京林业大学博士研究生潘俊、通讯作者为东北林业大学何念鹏教授和北京林业大学的孙建新教授；其他重要的合作作者还包括密歇根州立大学刘远博士、中央民族大学李超博士、中国科学院地理资源所李明旭博士和徐丽博士。该研究受到国家自然科学基金项目（32171544，42141004, 31988102）、中国科学院稳定支持基础研究领域青年团队计划（YSBR-037）等资助。原文链接：Pan J, He NP, Li C, Li MX, Xu L, Osbert Sun JX. 2024. The influence of forest-to-cropland conversion on temperature sensitivity of soil microbial respiration across tropical to temperate zones. Soil Biology and Biochemistry, doi:10.1016/j. soilbio.2024.109322. 截至目前，以PRI-8800为关键设备发表的相关文章已达26篇，分别发表在10余种影响因子较高的国际期刊上——数据来源：https://sci.justscience.cn/ 很荣幸PRI-8800可以为这些高质量学术研究贡献一份力量，感谢各位老师对普瑞亿科产品的支持和信任。即日起，如果您成功发表文章，并且在研究过程中使用了普瑞亿科的国产仪器设备，请与我们公司联络，我们为您准备了一份小礼物，以感谢您对国产设备以及普瑞亿科的信任和支持！ 为响应国家“双碳”目标，针对国内“双碳”行动有效性评估，普瑞亿科全新升级了PRI-8800 全自动变温培养土壤温室气体在线测量系统，结合了连续变温培养和高频土壤呼吸在线测量的优势，模式的培养与测试过程非常简单高效，这极大方便了大量样品的测试或大尺度联网的研究，可以有效服务科学研究和生态观测。PRI-8800的成功推出，为“双碳”目标研究和评价提供了强有力的工具。 土壤有机质分解速率（R）对温度变化的响应非常敏感。温度敏感性参数（Q10）可以刻画土壤有机质分解对温度变化的响应程度。Q10是指温度每升高10℃，Ｒ所增加的倍数；Q10值越大，表明土壤有机质分解对温度变化就越敏感。Q10不仅取决于有机质分子的固有动力学属性，也受到环境条件的限制。Q10能抽象地描述土壤有机质分解对温度变化的响应，在不同生态类型系统、不同研究间架起了一个规范的和可比较的参数，因此其研究意义重大。 以往Q10研究通过选取较少的温度梯度（3-5个点）进行测量，从而导致不同土壤的呼吸对温度变化拟合相似度高的问题无法被克服。Robinson最近的研究（2017）指出，最低20个温度梯度拟合土壤呼吸对温度的响应曲线可以有效解决上述问题。PRI-8800全自动变温土壤温室气体在线测量系统为Q10的研究提供了强有力的工具，不仅能用于测量Q10对环境变量主控温度因子的响应，也能用于测量其对土壤含水量、酶促反应、有机底物、土壤生物及时空变异等的响应。PRI-8800为Q10对关联影响因子的研究，提供了一套快捷、高效、准确的整体解决方案。可设定恒温或变温培养模式；温度控制波动优于±0.05℃；平均升降温速率不小于1°C/min；307 mL样品瓶，25位样品盘；一体化设计，内置CO2 H2O模块；可外接高精度浓度或同位素分析仪。 为了更好地助力科学研究，拓展设备应用场景，普瑞亿科重磅推出「加强版」PRI-8800——PRI-8800 Plus全自动变温培养土壤温室气体在线测量系统。 1）原状土冻融过程模拟：气候变化改变了土壤干湿循环和冻融循环的频率和强度。这些波动影响了土壤微生物活动的关键驱动力，即土壤水分利用率。虽然这些波动使土壤微生物结构有少许改变，但一种气候波动的影响（例如干湿交替）是否影响了对另一种气候（例如冻融交替）的反应，其温室气体排放是如何响应的？通过PRI-8800 Plus 的冻融模拟，我们可以找出清晰答案。 2）湿地淹水深度模拟：在全球尺度上湿地甲烷（CH4）排放的温度敏感性大小主要取决于水位变化，而二氧化碳（CO2）排放的温度敏感性不受水位影响。复杂多样的湿地生态系统不同水位的变化及不同温度的变化如何影响和调控着湿地温室气体的排放？我们该如何量化不同水位的变化及不同温度的变化下湿地的温室气体排放？借助PRI-8800 Plus，通过淹水深度和温度变化的组合测试，可以查出真相。 3）温度依赖性的研究：既然温度的变化会极大影响土壤呼吸，基于温度变化的Q10研究成为科学家研究中重中之重。2017年Robinson提出的最低20个温度梯度拟合土壤呼吸对温度响应曲线的建议，将纠正以往研究人员只设置3-5个温度点(大约相隔5-10℃)进行呼吸测量的做法，该建议能解决传统方法因温度梯度少而导致的不同土壤的呼吸对温度变化拟合相似度高的问题，更能提升不同的理论模型或随后模型推算结果的准确性。而上述至少20个温度点的设置和对应的土壤呼吸测量，仅仅需要在PRI-8800 Plus程序中预设几个温度梯度即可完成多个样品在不同温度下的自动测量，这将极大提高科学家的工作效率。 除了上述变温应用案例外，科学家还可以依据自己的实验设计进行诸如日变化、月变化、季节变化、甚至年度温度变化的模拟培养，通过PRI-8800 Plus的“傻瓜式”操作测量，将极大减少科学家实验实施的周期和工作量，并提高了工作效率。 PRI-8800 Plus除了具有上述变温培养的特色，还可以进行恒温培养，抑或是恒温/变温交替培养，这些组合无疑拓展了系统在不同温度组合条件下的应用场景。 4）水分依赖性的研究：多数研究表明，在温度恒定的情况下，Q10很容易受土壤含水量的影响，表现出一定的水分依赖特性。PRI-8800 Plus可以通过手动调整土壤含水量的做法，并在PRI-8800 Plus快速连续测量模式下，实现不同水分梯度条件下土壤呼吸的精准测量，而PRI-8800 Plus的逻辑设计，为短期、中期和长期湿度控制条件下的土壤呼吸的连续、高品质测量提供了可能。 5）底物依赖性的研究：底物物质量与Q10密切相关，这里的底物包含不限于自然态的土壤，如含碳量，含氮量，易分解/难分解的碳比例、土壤粘粒含量、酸碱盐度等；也可能包含了某些外源底物，如外源的生物质碳、微生物种群、各种肥料、呼吸促进/抑制剂、同位素试剂等。通过PRI-8800快速在线变温培养测量，能加速某些研究进程并获得可靠结果，如生物质炭在土壤改良过程中的土壤呼吸研究、缓释肥缓释不同阶段对土壤呼吸的持续影响、盐碱土壤不同改良措施下的土壤呼吸的变化响应等等。 6）生物依赖性的研究：土壤呼吸包含土壤微生物呼吸（90%）和土壤动物呼吸（1-10%），土壤微生物群落对Q10影响重大。通过温度响应了解培养前后的微生物种群和数量的变化以及对应的土壤呼吸速率的变化有重要意义。外源微生物种群的添加，或许帮助科学家找出更好的Q10对土壤生物依赖性的响应解析。1.Li C, Xiao C, Li M, et al. The quality and quantity of SOM determines the mineralization of recently added labile C and priming of native SOM in grazed grasslands[J]. Geoderma, 2023, 432: 116385.2.Ma X, Jiang S, Zhang Z, et al. Long‐term collar deployment leads to bias in soil respiration measurements[J]. Methods in Ecology and Evolution, 2023, 14(3): 981-990.3.He Y, Zhou X, Jia Z, et al. Apparent thermal acclimation of soil heterotrophic respiration mainly mediated by substrate availability[J]. Global Change Biology, 2023, 29(4): 1178-1187.4.Mao X, Zheng J, Yu W, et al. Climate-induced shifts in composition and protection regulate temperature sensitivity of carbon decomposition through soil profile[J]. Soil Biology and Biochemistry, 2022, 172: 108743.5.Pan J, He N, Liu Y, et al. Growing season average temperature range is the optimal choice for Q10 incubation experiments of SOM decomposition[J]. Ecological Indicators, 2022, 145: 109749.6.Li C, Xiao C, Guenet B, et al. Short-term effects of labile organic C addition on soil microbial response to temperature in a temperate steppe[J]. Soil Biologyand Biochemistry, 2022, 167: 108589.7.Jiang ZX, Bian HF, Xu L, He NP. 2021. Pulse effect of precipitation: spatial patterns and mechanisms of soil carbon emissions. Frontiers in Ecology and Evolution, 9: 673310.8.Liu Y, Xu L, Zheng S, Chen Z, Cao YQ, Wen XF, He NP. 2021. Temperature sensitivity of soil microbial respiration in soils with lower substrate availability is enhanced more by labile carbon input. Soil Biology and Biochemistry, 154: 108148.9.Bian HF, Zheng S, Liu Y, Xu L, Chen Z, He NP. 2020. Changes in soil organic matter decomposition rate and its temperature sensitivity along water table gradients in cold-temperate forest swamps. Catena, 194: 104684.10.Xu M, Wu SS, Jiang ZX, Xu L, Li MX, Bian HF, He NP. 2020. Effect of pulse precipitation on soil CO2 release in different grassland types on the Tibetan Plateau. European Journal of Soil Biology, 101: 103250.11.Liu Y, He NP, Xu L, Tian J, Gao Y, Zheng S, Wang Q, Wen XF, Xu XL, Yakov K. 2019. A new incubation and measurement approach to estimate the temperature response of soil organic matter decomposition. Soil Biology & Biochemistry, 138, 107596.12.Yingqiu C, Zhen Z, Li X, et al. Temperature Affects new Carbon Input Utilization By Soil Microbes: Evidence Based on a Rapid δ13C Measurement Technology[J]. Journal of Resources and Ecology, 2019, 10(2): 202-212.13.Cao Y, Xu L, Zhang Z, et al. Soil microbial metabolic quotient in inner mongolian grasslands: Patterns and influence factors[J]. Chinese Geographical Science, 2019, 29: 1001-1010.14.Liu Y, He NP, Wen XF, Xu L, Sun XM, Yu GR, Liang LY, Schipper LA. 2018. The optimum temperature of soil microbial respi

连日来，变异病毒迅速扩散，据英国媒体称，已有70余个国家出现变异病毒。近日，非洲流行病学专家宣布南非境内首次发现新冠变异病毒，并已于2020年底鉴定为501Y.V2变异病毒，传染力比此前发现的集中更强。1月6日，广东省疾控中心成功从一例京外输入南非籍新冠肺炎病例的咽拭子中分离出501Y.V2南非突变株。中国疾病预防控制中心网站消息，日前，在国家卫生健康委科教司大力推动和具体指导下，中国疾控中心迅速启动了由广东省疾控中心分离的501Y.V2南非突变株（下称突变株）国家保藏与共享工作。通过国家病原微生物保藏中心（国家病原微生物资源库）与广东省疾控中心密切合作，经复核，并给予国家保藏唯一标号NPRC 2.062100001入库后，中国疾控中心随即向中国医学科学院、中国科学院等相关科研单位，以及国家病毒资源库、国家人类疾病动物模型资源库等国家科技资源共享服务平台共享毒株。相关单位在最短时间内获得突变株，为迅速启动全国科研联合攻关，评价现有诊断试剂、疫苗研发、动物模型，并为调整疫情防控策略可能性提供了支撑。“十三五”期间，在国家卫生健康委部署规划下，我国病原微生物保藏网络基本形成，国家病原微生物保藏中心建立健全了国家保藏和对外提供共享协议、国家保藏编号规则等国家保藏制度。2020年1月24日，国家病原微生物保藏中心（国家病原微生物资源库）发布全球首株新冠病毒保藏信息后，这次组织协调任务再次发挥了国家病原微生物保藏中心职能作用，使得国家保藏与共享工作又向前迈出了坚实一步，促进了国家保藏与共享工作更加规范、有序。《中华人民共和国生物安全法》将于2021年4月15日正式实施。做好菌（毒）种等生物安全国家战略资源平台建设，建立共享利用机制，是贯彻落实生物安全法的重要任务。下一步，国家病原微生物保藏中心将通过“十四五”规划等顶层设计，进一步加强设施设备条件建设，健全完善国家病原微生物保藏中心制度体系和工作机制，不断增强我国病原微生物资源质量和自我保藏能力、夯实国家生物安全基础，为生物安全科技创新提供战略保障和支撑。

“战疫”是一场人类与病毒的较量，也是一场科研与时间的赛跑。新冠病毒出现至今，截至北京时间2021年1月26日7时，全球新冠肺炎累计确诊病例已经超过1亿例，达到100203700例。累计死亡病例超过214万例，达到2147411例（worldometer）。在疫苗研发与新冠病毒争分夺秒“赛跑”的过程中，病毒变异株的出现，更有雪上加霜之势。目前，在英国、南非、美国、澳大利亚、日本、中国等几十个国家都相继发现了新冠病毒变异株所引发的感染。那么，新冠病毒变异株是否会影响病毒的传播？是否会导致感染后的病情加重？是否会影响疫苗的效力、导致阻碍抗疫进程？下面我们通过新冠病毒的进化历程、病毒变异株的研究情况及疫苗的防控情况来解答这些疑惑。1、新冠病毒的进化历程2020年2月，欧洲出现新的变异毒株（D614G）。7月，美国洛斯阿拉莫斯国家实验室研究表明，这种第614位氨基酸发生点突变的新冠病毒突变株正在成为全球主要新冠病毒毒株。2020年8月，非洲尼日利亚出现了新的变异毒株（B.1.1.207），研究表明，这种变异毒株和新冠原毒株比没有明显的变化。2020年10月，英国的病毒专家们对之前保存的一份新冠病毒样本进行检测后，惊讶地发现，这个样本的多处基因片段都发生了突变。研究表明，这种毒株就是后来12月份在英国蔓延传染开的“新冠英国变异毒株”（B.1.1.7）。同月，又一种新的的新冠变异毒株（501.V2）在南非被发现，2020年11月初起成为当地流行的主要毒株。2020年11月，丹麦的日德兰半岛上发现了变异毒株，代号为“Cluster 5”，专家们研究后认定，它是从养殖场的水貂传播到人类身上的。2021年1月，日本国家传染病机构（NIID）从巴西亚马逊州飞抵东京后被隔离的乘客身上，检测出了一种新的的新冠变异毒株（P.1）。研究认为，新冠病毒每月平均发生1-2次突变，这些新突变，可能使新毒株的危险系数直线上升。目前，主要在全球传染的变异毒株为欧洲D614G变异株、英国B.1.1.7变异株，南非501.V2变异株。2、病毒变异株的研究情况D614G变异株D614G突变指的是新冠病毒的第614氨基酸位点 D（天冬氨酸）到 G（甘氨酸）的突变，位于S蛋白。D614G突变的病毒株常伴有5' UTR中的C到T突变（相对于MN908947.3基因组的241位），3037位的C到T突变；在14408位的C到T突变。包含这4个遗传连锁突变的单倍型现已成为全球优势形式，根据GISAID数据库公布的新冠病毒测序结果，发现携带该突变的病毒株主要归类于G型、GR型和GH型。D614G变异株基因突变位点有研究结果表明，携带S蛋白D614G的SARS-CoV-2突变株已成为全球大流行中最普遍的形式，变异后的病毒被证明更具有传染性。D614G变异毒株感染细胞实验不过，目前许多疫苗和疗法重点针对刺突蛋白的受体结合区域(RBD)，D614G并不位于RBD区域。同时，自然感染含有D614或G614的病毒产生的抗体可以交叉中和，因此，D614G突变不太可能对目前正在研制的疫苗疗效产生重大影响。B.1.1.7变异株B.1.1.7变异株在D614G突变毒株基础上又多了17个突变，包括14个氨基酸置换突变和3个框内缺失突变。B.1.1.7变异株有8个突变发生在刺突蛋白（S蛋白）上，其中两个值得高度关注。一个是N501Y突变，它会增强新冠病毒与人体细胞ACE2受体的亲和力。另一个则是69-70氨基酸删除突变，会导致两个氨基酸缺失，可能有助于病毒免疫逃逸。B.1.1.7变异株在S蛋白上的突变位点1月21日，《自然》杂志对从英国传播开的新冠病毒变异毒株B.1.1.7进行了探讨。文章称，关于一种新变种的早期数据表明，与病毒的其他谱系相比，它对儿童的传染力相对更强。22日，英国首相约翰逊表示，目前有证据表明，英国的变异病毒株比普通新冠病毒，至少增加了30%的致死率。BioNTech公布的研究显示，对模拟B.1.1.7毒株的“假病毒”进行测试，疫苗接种后的抗血清能够阻止病毒感染细胞，疫苗仍对其有效。501Y.V2变异株501.V2变异株的刺突蛋白上，出现了9个新突变，分为两组，一组突变在NTD区域（(L18F, D80A, D215G, Δ242-244, R246I)，另外一组在受体结合区（RBD）（K417N，E484K，N501Y）。受体结合区（RBD）是病毒刺突蛋白与人细胞表明的受体ACE2结合的关键部位，这3个关键位点在发生突变之后，可能导致病毒结合受体的能力增强，更容易侵入人体细胞。疫苗介导产生的多抗体在新冠病毒受体结合域上的作用位点1月19日，南非国家传染病研究所（NICD）发表研究， 501Y.V2变异株不但让三类抗新冠病毒单克隆抗体失效，还能躲过新冠康复者血清中的中和抗体。也就是说，其可能会让血浆治疗失效，甚至会降低疫苗效力，接种疫苗可能会再次感染。3、疫苗的防控情况面对病毒不断进化的严峻局势，现有新冠疫苗对新的变异毒株能否起效，决定着全球疫情防控局势的走向。据公开资料显示，新冠病毒通过其表面的刺突蛋白（Spike蛋白，S蛋白）与宿主细胞表面的ACE2受体结合，进而入侵细胞。目前主要的mRNA疫苗能够诱导产生中和抗体，进而抑制新冠病毒的刺突蛋白与人类细胞表面的ACE2受体的结合，从而阻断新冠病毒感染。新冠病毒感染机理有明确数据表明，疫苗对各种变异株都有一定的预防作用。灭活疫苗免疫以后，对包括英国突变的毒株和以往全球分离到的大概八九株的不同的变异株都有中和效果。因此，我国的新冠病毒灭活疫苗是广谱保护的，对来自全球不同地区的毒株都有很好的交叉中和。虽然南非毒株在核心位点E484K发生关键突变，导致mRNA疫苗产生的部分中和抗体效力大打折扣，但影响是有限的。因此，疫苗接种依然对于南非毒株有效果，扩大疫苗接种至关重要。关于人们最关注的疫苗升级问题，日前邵一鸣接受环球时报采访时表示，如未来真的出现需升级疫苗应对病毒的逃逸，我国企业在拿到变异毒株后，只需要更换病毒发酵罐中的种子病毒即可，其他工序不需要做任何调整，预计2个月即可完成升级更新。所以，面对新冠病毒的不断进化，我们不必感到恐慌，国家研发机构在最早开始设计新冠疫苗，就已经为可能发生的最坏结果做了充足的准备！

中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所所长许文波30日在北京表示，中国主流的核酸检测试剂可以应对奥密克戎变异株的输入。　　中国国务院联防联控机制当日就进一步做好新冠病毒疫苗接种有关情况举行新闻发布会。许文波在发布会上作上述表示。　　针对目前使用核酸检测试剂是否可以有效检测出奥密克戎变异株，许文波指出，奥密克戎变异株突变位点主要集中在新冠病毒刺突蛋白上，中国主流的核酸检测试剂引物和探针靶标是在ORF1ab基因和N基因，这两个靶标区域是比较稳定的。“因此中国主流的核酸检测试剂敏感性和特异性没有变化，可以应对奥密克戎变异株的输入。”　　许文波进一步介绍说，中国第八版《新型冠状病毒肺炎防控方案》公布的核酸检测试剂盒的引物和探针靶标区域，也是中国疾控中心病毒病预防控制所于2020年1月21日在网站向全球公布共享的，在新冠病毒流行的两年来都是有效的，“很多试剂盒都应用这个靶标”。　　与此同时，关于奥密克戎变异株是否会影响现有抗新冠病毒药物的有效性，中国医学科学院病原生物学研究所研究员钱朝晖在发布会上表示，药物是否受到影响，仍需要进一步研究和确认。　　钱朝晖指出，现有新冠病毒的抗病毒治疗药物主要包括中和抗体药物和小分子药物。中和抗体药物主要通过阻断刺突蛋白跟其受体ACE2的结合或者阻断刺突蛋白的构象变化来抑制病毒入侵，而奥密克戎突变株在病毒刺突蛋白上存在大量突变。　　“基于已发表文献和新冠S蛋白和不同中和抗体的结构，其中一些突变可能会对相当一部分中和抗体药物的治疗效果带来影响，但具体到某个抗体的影响程度，还需要通过实验进行验证。”　　钱朝晖介绍说，现有小分子药物主要靶标是病毒复制酶和蛋白酶，而相关药物结合靶标蛋白的关键位点在奥密克戎上并没有发生突变，因而对这些小分子药物的影响可能不大，“但考虑到病毒复制酶和蛋白酶仍然存在突变，药物是否受到影响，仍需要进一步研究和确认”。　　此外，许文波表示，中国针对奥密克戎变异株已经做好了包括灭活疫苗、蛋白疫苗、载体疫苗等多条技术路线的前期技术储备和研究，部分企业相关前期设计已经开始。

中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所所长许文波30日在北京表示，中国主流的核酸检测试剂可以应对奥密克戎变异株的输入。　　中国国务院联防联控机制当日就进一步做好新冠病毒疫苗接种有关情况举行新闻发布会。许文波在发布会上作上述表示。　　针对目前使用核酸检测试剂是否可以有效检测出奥密克戎变异株，许文波指出，奥密克戎变异株突变位点主要集中在新冠病毒刺突蛋白上，中国主流的核酸检测试剂引物和探针靶标是在ORF1ab基因和N基因，这两个靶标区域是比较稳定的。“因此中国主流的核酸检测试剂敏感性和特异性没有变化，可以应对奥密克戎变异株的输入。”　　许文波进一步介绍说，中国第八版《新型冠状病毒肺炎防控方案》公布的核酸检测试剂盒的引物和探针靶标区域，也是中国疾控中心病毒病预防控制所于2020年1月21日在网站向全球公布共享的，在新冠病毒流行的两年来都是有效的，“很多试剂盒都应用这个靶标”。　　与此同时，关于奥密克戎变异株是否会影响现有抗新冠病毒药物的有效性，中国医学科学院病原生物学研究所研究员钱朝晖在发布会上表示，药物是否受到影响，仍需要进一步研究和确认。　　钱朝晖指出，现有新冠病毒的抗病毒治疗药物主要包括中和抗体药物和小分子药物。中和抗体药物主要通过阻断刺突蛋白跟其受体ACE2的结合或者阻断刺突蛋白的构象变化来抑制病毒入侵，而奥密克戎突变株在病毒刺突蛋白上存在大量突变。　　“基于已发表文献和新冠S蛋白和不同中和抗体的结构，其中一些突变可能会对相当一部分中和抗体药物的治疗效果带来影响，但具体到某个抗体的影响程度，还需要通过实验进行验证。”　　钱朝晖介绍说，现有小分子药物主要靶标是病毒复制酶和蛋白酶，而相关药物结合靶标蛋白的关键位点在奥密克戎上并没有发生突变，因而对这些小分子药物的影响可能不大，“但考虑到病毒复制酶和蛋白酶仍然存在突变，药物是否受到影响，仍需要进一步研究和确认”。　　此外，许文波表示，中国针对奥密克戎变异株已经做好了包括灭活疫苗、蛋白疫苗、载体疫苗等多条技术路线的前期技术储备和研究，部分企业相关前期设计已经开始。

11月1日，记者从山西省忻州市繁峙县宣传部门获悉，10月30日繁峙县新增3例确诊阳性病例，该县累计确诊阳性病例20例(均为轻型)、无症状感染者74例。据山西省疾控中心技术分析确定，此轮繁峙县砂河镇疫情病毒基因测序为奥密克戎BF.7变异株，与内蒙古自治区9月28日以来暴发疫情的病毒基因为同一系列，在山西首次发现。10月30日7时，繁峙县启动第二轮全员核酸检测，全县共设置采样点267个、采样台450个，配备614名医护人员、860名服务保障人员、37名检验人员，投入3辆移动P2+核酸检测车、17辆样本转运车，确保快速、高效、安全持续推进采样、送达、检测、报告工作。针对繁峙县砂河镇由18个高风险区调整为全镇高风险区的实际，应急处置指挥部派出采样小分队进行上门采样。疫情发生后，繁峙县运用“大数据+网格化”排查手段，组织流调队伍，对所有可能与新冠病毒初筛阳性感染者有过时间、空间交集的人员进行排查。截至10月30日24时，共排查出密接1102人，均第一时间落实隔离管控措施。

香港科技大学（科大）的结构生物学家联同香港大学艾滋病研究所、香港大学李嘉诚医学院（港大医学院）临床医学学院微生物学系与香港大学新发传染病国家重点实验室的研究人员已证明，源自本地 mRNA 疫苗接种者、针对SARS-CoV-2 Omicron变异株的广谱中和抗体ZCB11，对所有受关注变异株（variants of concern, VOCs）包括当前主要流行的Omicron BA.1、BA.1.1 和 BA.2，均显示出有效的抗病毒活性。更重要的是，使用ZCB11预防或治疗Omicron病毒，可保护叙利亚仓鼠的肺部免受攻击。相关研究论文已在《自然通讯》在线发表（按此浏览期刊文章）。研究背景SARS-CoV-2 Omicron变异株惊人的高传播力和抗体逃避特性，给当前疫苗和抗体免疫疗法的功效带来了巨大挑战。为了应对不断出现、具有不可预测致病特性的 SARS-CoV-2 Omicron变异株，不得不维持全民戴口罩政策、隔离和无休止的病毒检测，并导致社会普遍焦虑和重大经济损失。因此，研究宿主免疫反应是否可以产生广谱中和抗体就显得非常重要。这不仅对应于抗体的免疫疗法，而且对改良疫苗以激发同样广泛的免疫保护也至关重要。研究方法及发现在这项研究中，港大医学院团队建立了一个高效的抗体克隆技术平台。该平台可以从单一的记忆B细胞中克隆出天然配对的人体抗体基因。利用这项技术，该研究团队筛选了香港地区34位BNT162b2疫苗接种者的样本，从中成功发现了抗体ZCB11，并通过假病毒和活病毒测试，证明ZCB11能够中和所有VOCs，包括Alpha变异株（B.1.1.7）、Beta变异株（B.1.351）、Gamma变异株（P1）、Delta变异株（B.1.617.2）和Omicron变异株 （B.1.1.529）。重要的是，在预防或治疗情况下用药，ZCB11可分别保护叙利亚仓鼠的肺部免受Omicron和Delta病毒变异株的攻击。此外，科大合作团队利用单颗粒冷动电镜技术，在原子分辨率水平上解析了ZCB11和病毒刺突蛋白的复合结构，揭示了ZCB11独特的分子作用模式，为接下来结构导向的抗体及改良疫苗奠定了坚实的基础。研究意义领导这项研究的香港大学艾滋病研究所所长、临床医学学院微生物学系教授陈志伟教授表示：「研究结果表示ZCB11 是一种很有医用潜力的抗体药物，可通过生物医学干预，以应对大流行的SARS-CoV-2 关注变异株。」他补充：「尽管研究结果表明港大医学团队在针对 COVID-19 的人类抗体药物和疫苗的研发方面处于世界前沿，但我们仍迫切需要在香港建立大规模生产基地和临床转化中心，以达成晋身国际创新中心的目标。」科大理学院生命科学部助理教授党尚宇教授表示：「高分辨率的结构信息能够使我们了解在众多SARS-CoV-2 关注变异株中，ZCB11具有广谱中和作用的分子机制。」党教授进一步补充：「这项研究依赖科大最先进的冷冻电镜设备，这证明了它不仅有能力支持结构生物学研究，还支持许多其他研究领域，例如本研究中的抗体开发。」研究团队是次研究由香港大学艾滋病研究所所长兼港大医学院临床医学学院微生物学系陈志伟教授领导，微生物学系博士生周标主力进行。微生物学系周润宏博士、临床副教授陈福和医生、罗梦晓、彭巧丽、助理教授袁硕峰博士，香港科技大学生命科学部硕士研究生唐冰洁和刘航为论文共同第一作者。合作团队还包括微生物学系科学主任莫颕儿博士、陈勃浩、科学主任王培博士、潘国文、助理教授朱轩博士、陈颂声、曾蔼玲博士、陈骏耀、欧家杰、文晓安、卢璐、系主任及临床副教授杜启泓医生、陈鸿霖教授及港大医学院临床医学学院微生物学系传染病讲座教授、港大新发传染病国家重点实验室总监、霍英东基金(传染病学)教授袁国勇教授。党尚宇教授和陈志伟教授为该论文的共同通讯作者。鸣谢本研究得到香港研究资助局合作研究基金（C7156-20GF、C1134-20GF 和 C5110-20GF）、香港特别行政区政府食物及卫生局健康及医学研究基金（19181012）、深圳市科技计划（JSGG20200225151410198和JCYJ20210324131610027）、香港特别行政区政府创新科技署香港卫生@InnoHK、国家重点研究计划项目（2020YFC0860600、2020YFA0707500和2020YFA0707504）的支持，以及来自香港希望之友教育基金的捐款。陈志伟教授的团队也得到了香港研究资助局主题研究计划（T11-706/18-N）及英国惠康基金会P86433的部分支持。所有冷冻电镜数据均由科大生物冷冻电镜中心收集，该中心得到罗桂祥基金会的慷慨资助。党尚宇教授团队亦得到香港研究资助局（ECS26101919、GRF16103321、C7009-20GF、C6001-21EF）、南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）（SMSEGL20SC01-L）、广东省基础与应用基础研究基金（2021A1515012460）、深圳市中央引导地方科技发展专项资金资助项目（2021Szvup140）及科大启动基金的支持。关于香港科技大学生物冷冻电镜中心香港科技大学生物冷冻电镜中心（//cryoem.hkust.edu.hk/）得到罗桂祥基金会的慷慨捐助，让本地科学家能够在原子分辨率水平上研究生物大分子。目前，中心拥有现代最先进的显微镜，包括Titan Krios、K3直接电子探测器等多台高端设备，为单颗粒分析和冷冻电子断层扫描提供专业的技术支持。关于港大医学院微生物学系微生物学系学术人员积极参与临床服务和基础研究。研究生可以从事微生物学和传染病各个方面的研究，从而获得硕士学位或博士学位。医学科学硕士课程为对临床微生物学和传染病感兴趣的并且想进行更深入研究的学生提供了学习机会。此外，系内临床人员还参加了香港和深圳的临床微生物学家培训。传染病课程和研究生文凭课程为符合条件的医疗从业者在传染病方面的培训提供了独特的途径。

日前,中国计量科学研究院(以下简称“中国计量院”)联合北京科兴中维生物技术有限公司成功研制了新冠病毒奥密克戎变异株基因组RNA标准物质。项目组以新冠病毒奥密克戎变异株为候选物，对其灭活后进行基因组RNA纯化、序列表征和量值测定。该标准物质可用于验证现有核酸检测试剂盒是否会对奥密克戎变异株漏检，以及新冠病毒检测分型试剂盒的开发。此次开发的标准物质涵盖新冠病毒奥密克戎变异株的全部序列，高通量测序和数字PCR结果表明不存在其他病毒和新冠变异序列。采用经国际比对验证的数字PCR方法，对开放阅读框（ORF1ab）基因、核衣壳蛋白N基因、包膜蛋白E基因和刺突蛋白S基因进行了准确定值。特性量值为每管溶液中含有的新冠病毒奥密克戎变异株的ORF1ab、N、E和S基因的拷贝数浓度。具体量值见表1。表1. 新冠病毒奥密克戎变异株基因组RNA标准物质特性量值新冠病毒奥密克戎变异株基因组RNA标准物质S基因的序列中单核苷酸变异位点包括A67V、T95I、Y145D等30多个变异位点，主要变异位点见图1。图1. 新冠病毒奥密克戎变异株基因组RNA标准物质S基因变异位点据了解，此次为中国计量院继德尔塔（Delta，B.1.617.2）、阿尔法（Alpha，B.1.1.7）、贝塔（Beta，B.1.351）、伽马（Gamma，P.1）变异株等标准物质之后的又一突破。截至2022年1月底，中国计量院已成功研制了核酸、抗原和抗体等30种新冠病毒相关的标准物质，该系列标准物质可应用于方法建立、方法验证、质量控制、试剂性能评估、验证与评价等多方面。上述标准物质已广泛应用于全国31个省市的700余家单位，为保障新冠病毒检测结果准确、可比、可溯源提供了技术支撑。

近十年来，肠道微生物组已成为生命科学研究领域的热点，但目前大部分研究都集中在使用二代测序技术进行物种和功能的解析，宏基因组的拼接质量不高并且很难实现菌株水平的功能差异分析。有鉴于此，中科院微生物研究所王军课题组和动物研究所宋默识课题组合作，建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装和后续分析流程。在mock community上的验证表明，三代和二代测序数据的混合组装从完整度、准确程度以及编码密度方面均比单纯二代或者三代测序组装更有优势。图1本研究的技术路线（a）,利用三代测序进行SV的深度解析，以及横断面/时间序列中SV的组成、动态分析，最终进行SV对代谢功能的影响判定。(b)混合组装能够有效提高N50，并组装出大量的基因组（c），其中发现更多的insertion、deletion和inversion。图2肠道微生物中与SVs相关的功能研究结果。(a,b,c) SV影响基因富集结果 (d-i) SV影响单菌种内不同菌株与代谢产物以及血糖的关联。图3肠道菌群汇中与病毒和CRISPR相关的研究结果该研究基于三代ONT序列，提高了宏基因组装的质量、SV的发现能力，发现了大量包括插入突变和基因倒位在内的结构变异对于菌株水平上基因功能的影响，以及噬菌体、CRISPR-spacer等系统的深度挖掘。这项研究是课题组利用三代Nanopore测序技术解析肠道病毒组（Cao et al., Medicine in Microecology, 2020,4:100012 Cao et al. Gut Microbes, 2021, 13），近期发表的真菌组分析方法（Lu et al, Molecular Ecology, doi:10.1111/mec.16534）和靶向RNA检测病原微生物（Zhao et al., Advanced Science, 2021, 8, 2102593）之后，在利用三代Nanopore测序技术探索肠道微生物研究领域的新进展。这一发现，对未来更精细的精准医学领域的发展提供了理论启发。中国科学院微生物研究所王军研究员、中科院动物研究所宋默识研究员为本文的共同通讯作者。中国微生物研究所助理研究员陈亮、赵娜、博士生曹佳宝、硕士研究生刘小林、助理研究员徐嘉悦为该论文的共同第一作者。该研究得到了国家重点研发计划项目、国家自然科学基金项目、中国科学院战略性先导科技专项、北京市自然科学基金项目等多项资金的资助。文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-022-30857-9

昊量光电代理的liquid instruments即将发布2.4.0版升级，除了moku:go新增多个功能模块外，此次更新还将进一步提升moku:pro的性能。作为软件定义精密测试测量仪器创新者，liquid instruments 利用平台可拓展优势满足用户全方位的需求。继4月份moku: go新增锁相放大器及数字滤波器功能后，此次更新将为moku:go新增3个先进仪器功能，进一步缩小了教学仪器和专业科研设备之间的差距，助力于培养学生的创新和科研思维能力。 协议分析仪 此次更新，moku:go将协议分析功能集成到了逻辑分析仪中，支持spi、i2c和uart通信协议。与码型发生器相结合，moku:go将成为市面上蕞具竞争力和性价比的数字激励和系统表征高度集成的仪器之一。 多仪器并行模moku:go将支持同时运行两个仪器功能，无需增加额外硬件成本，就能满足用户多元化的系统定制需求。比如，在多仪器并行模式下同时运行pid控制器和频率响应分析仪功能，可以协助用户更轻松地设计和表征控制系统。将频率响应分析仪和数字滤波器或fir滤波器生成器并行，可以用于深入研究滤波器的传递函数。多仪器并行模式使得用户能将单个强大的仪器功能结合使用，解锁了更多系统应用的可能性。moku云编译高端平台moku:pro上的云编译功能这次也集成到了moku:go上，用户可以将自己编写的hdl代码部署到moku:go的 fpga上，直接通过moku:go的模拟和数字i/o通道完成数据采集和数字信号处理，让用户真正实现自定义测试测量仪器。在多仪器并行模式下，还可以与其他既有仪器互联，满足更复杂的系统应用需求。moku云编译无疑是这次moku:go一系列更新中蕞令人激动的新功能之一。高校无需采购额外定制设备，就能引入实时数字信号处理等实践内容教学，推动实验教学改革创新。 moku:pro 的改进与提升moku:pro的现有仪器功能也在持续增强。在此次更新中，相位表的蕞大跟踪带宽从10khz提升到了1mhz，以满足高动态控制和锁相应用需求。锁相放大器和激光锁频/稳频在低频pll锁定性能也得到显著提升。 频率响应分析仪的蕞高扫频点数增加到8192个点，在更大的频率范围能够实现更高分辨率的扫频。此外，在全新的动态参考模式中可以将输入1作为归一化参考轨迹，从而可以实现实时动态归一。用户可以通过此模式实时测量比较多个系统。频率响应分析仪也可以通过多仪器并行模式与数字滤波器结合使用，可以对正弦扫频进行实时调整，以跟踪大型系统响应并有效去噪。 除了ipad外，现在用户也可以在电脑端通过moku:pro的桌面应用程序（windows app）使用多仪器并行模式，根据自己的需求灵活拓展工作台。 7月7日起，moku:go及moku:pro的用户可以通过升级软件即可获取以上更新。liquid instruments将始终围绕用户的需求，为用户不断完善优化产品和服务体验。关于昊量光电：上海昊量光电设备有限公司是目前国内知名光电产品专业代理商，也是近年来发展迅速的光电产品代理企业。除了拥有一批专业技术销售工程师之外，还有拥有一支强大技术支持队伍。我们的技术支持团队可以为客户提供完整的设备安装，培训，硬件开发，软件开发，系统集成等工作。秉承诚信、高效、创新、共赢的核心价值观，昊量光电坚持以诚信为基石，凭借高效的运营机制和勇于创新的探索精神为我们的客户与与合作伙伴不断创造价值，实现各方共赢！昊量光电作为liquid instruments的主要代理商，可以为您提供个性化的咨询和购买服务。对于moku产品有兴趣或者任何问题，都欢迎通过电话、电子邮件或者微信与我们联系

受访专家： 　　欧阳学农，南京军区福州总医院肿瘤科主任、主任医师，国家中西医结合肿瘤重点学科主任、国家药物临床试验机构(肿瘤专业)主任、全军中医药学会副会长、全军肿瘤专业委员会常委，《临床肿瘤学杂志 》编委、《肿瘤学杂志 》编委，从事肿瘤临床工作近30年。 　　牵头或参与国际和国内药物临床试验项目20项，与美国 M.d. Anderson 癌症研究中心、加拿大UBC 大学、日本爱知癌症中心、中国医科院肿瘤医院、军事医学科学院等国内外著名肿瘤研究机构保持广泛合作。 　　“40%—50%的淋巴癌患者病因是病毒感染，但现在九成食品中含有添加剂，这也可能是淋巴瘤发病的重要原因之一。”国家中西医结合肿瘤重点学科主任欧阳学农主任医师日前告诉记者，加工食品中滥用的非法食品添加剂已经成为导致淋巴癌发病重要因素之一。 　　食品添加剂或可导致淋巴细胞变异 　　“在长期过量食用食品添加剂的不良影响下，有可能促使淋巴细胞在生长过程中发生变异，增加患上淋巴瘤的风险。”欧阳学农说。 　　据了解，淋巴癌是发生于淋巴结的恶性肿瘤，除了我们平时所知道的颈部、腋窝、腹股沟等处会长肿块之外，还可能存在于全身各处，比如脑淋巴瘤、肺淋巴瘤、胃淋巴瘤、口腔淋巴瘤等。 　　“人越年轻，淋巴细胞就越有活力，也就越容易得淋巴癌。恶性淋巴瘤多发生在20岁到40岁的青壮年。”欧阳学农说，淋巴癌的产生原因仍然不明确，与人自身免疫防御系统缺陷、病毒感染、化学物质、射线、基因突变等有关，如今，当人类的食物97%都含有添加剂时，几千种添加剂充斥我们的生活时，对于癌症的重新认识，应当谨慎考虑添加剂这一风险因素。 　　食品添加剂是人为添加到食品中的天然物质或人工合成的化学物质，在使用标准范围以下，人体的代谢能力可以降解出去，是相对安全的，但是一旦超过标准，过量的添加剂就会沉积在体内伤害各个器官，造成病变甚至致癌。尽管尚未有人类肿瘤的发生和食品添加剂有关的直接证据，但许多动物实验已证实大剂量的食品添加剂能诱使动物发生肿瘤。 　　“淋巴系统是身体重要的防御系统，就像人体的‘军队’，它可以帮助身体抵抗各种病原体，像细菌、霉菌等，让我们免于疾病的侵害。和这新病原体‘作战’的淋巴细胞容易在食品添加剂的不良影响下，有可能发生变异，直接或间接影响淋巴瘤的形成。”欧阳学农说。 　　动物实验多证实添加剂有致淋巴瘤作用 　　“许多动物实验已证实大剂量的食品添加剂能诱使动物发生淋巴瘤。”欧阳学农说。 　　如亚硝酸钠是食品添加剂亚硝酸盐的一种，国外试验证实，同时服用乙胺丁醇和亚硝酸钠，小鼠淋巴瘤的发生率提高，而单用乙胺丁醇对淋巴瘤发生率无影响。 　　作为人造甜味剂之一的蔗糖素，常用于食物和饮料。然而，美国食品药品管理局(FDA)在批准蔗糖素的报告中明确指出：在一个老鼠淋巴瘤突变试验中，科学家发现蔗糖素具有轻微的诱变性，根据检测致癌物的一种标准方法——艾姆斯试验结果，蔗糖素被消化时分解的物质也有“轻微的诱变性”。 　　“一些非法的添加剂致癌作用就更不用说了。”欧阳学农告诉记者，苏丹红作为一种非法食品添加物，对人体具有潜在致癌性，国际癌症研究机构将苏丹红一号归为三类致癌物，主要基于体外和动物试验的研究结果：苏丹红一号在特定存在的条件下，对小鼠淋巴细胞具有致突变作用。 　　此外，有的食品添加剂本身即可致癌，作为牛奶酸化剂的花楸酸、淀粉变性剂的琥珀酐、面包防硬剂的聚氧化乙烯乙醇硬脂酸等，在动物实验中都具有致癌活性 有的添加剂可在使用过程中，与食品中的存在成分发生作用转化为致癌物质，如能保持肉色鲜嫩的亚硝酸盐，会与蛋白质代谢后产生的胺类物质结合，形成亚硝胺，具有很强的致癌性。其他种类的防腐剂如苯甲酸、苯甲酸钠、山梨酸等，经毒理研证，较多剂量的摄入，也会影响人体的正常机能，削减人的免疫力，这就为人体细胞的变异提供了前提。 　　加工食品多含添加剂 自己动手最健康 　　“食品添加剂最主要的作用是为了让快速生产出的食品，看起来更鲜亮、闻起来更香，吃起来可口、保质期更长，同时由于它大多来自边角边料，所以有可能价格更便宜。”欧阳学农说，食品加工商为了让食品在经历漫长的运输和保存之后仍旧色彩诱人、香气扑鼻，绞尽脑汁的合成和添加各种食品添加剂。 　　如加入次亚氯酸钠可以给切过的蔬菜杀菌，让蔬菜更鲜亮 加入苯甲酸钠可以让碳酸饮料保持新鲜口感 加入碳酸氢钠可以使曲奇饼干膨松可口 加入环己基氨基磺酸钠(甜蜜素)能增加蛋糕和饮料的甜度 加入胭脂红，可以让食物的颜色红亮诱人。 　　“一个三餐都通过这些食品解决的成年人，每天添加剂摄入量约为10克左右，种类高达六七十种。”欧阳学农说，“要想远离他们，最好自己购买新鲜食品原料，亲自烹饪。” 　　“购买的食物加工度越高，使用的添加剂也越多。如果一味追求方便快捷，必然要牺牲健康，甚至是生命。”欧阳学农说。 　　———————— ■相关链接 —————————— 　　发热、消瘦、盗汗 或是淋巴瘤症状 　　淋巴癌临床早期症状不痛不痒、隐匿不易察觉，很多患者会将发烧等症状与感冒病症混淆。因此，有三种常见并发症要注意： 　　发热，体温长期徘徊在38℃—39℃之间，有持续高热，也有间歇低热，少数有周期热。消瘦，多数病人有体重减轻的表现，在短时期内减少原体重的10%以上。盗汗，夜间或入睡后出汗。 　　欧阳学农强调，并不是所有的淋巴结肿大都是癌，其中不少是炎症或良性病变等正常反应。此外，直径超过一厘米大小的肿块才有临床检查的意义，所以，发现异常时要警惕，及时就医，但不要过分紧张。 　　早期的淋巴瘤，通过以放疗为主的治疗手段就能治愈，到了中晚期的时候，需要用化疗为主的手段。欧阳学农主任指出，确诊患了淋巴瘤不必害怕，大量临床实验证实，50%—60%早期患者使用免疫化疗可以被治愈，晚期也有30%—40%的治愈率，疾病能否治愈的关键是首次治疗是否成功。 　　他提醒，工作压力大的白领、经常熬夜的人、长期过度疲劳者、经常处于电子辐射或射线环境者，都需要定期自查，触摸身体表层是否有肿大的淋巴结。平时，多接受日照，生活规律 尽量不要在新房装修好后即入住 购买新车后，进行甲醛测试，并保持较长时间开窗通风。此外，常吃葡萄、茶叶、海带、大豆、红萝卜、番茄、香蕉、橘子、菠菜等碱性食物，防止酸性废物的累积。

世界卫生组织已将甲型H1N1流感警告级别提到5级，强烈显示即将发生的大流行。据世卫组织公布，截止于2009年5月13日11点，全球确认甲型H1N1流感5,969例并蔓延28个国家，给各国在紧急预警和疫情控制方面提出了严峻的挑战。继香港首例甲型H1N1确诊后，5月11日，四川一例甲型H1N1流感疑似病例被确诊，5月12日17时，山东报告1例甲型H1N1型流感疑似病例，当日香港发现一名甲型H1N1流感疑似个案。由于病毒引起的感染症状多比较相似，采用常规方法很难确认感染类型，因此对于甲型H1N1流感的早期快速确诊对于有效控制疫情至关重要。 　　美国贝克曼库尔特公司在病毒核酸提取，实验室自动化和病毒核酸检测领域有着丰富的经验和完整的解决方案。针对本次甲型H1N1流感疫情，公司已与国家CDC开展合作，根据世界卫生组织最新发布的H1N1流感病毒序列信息和双方技术基础联合开发甲型H1N1型流感病毒快速诊断方案，并同时开发包括人流感，禽流感，猪流感，SARS等多种上呼吸道病毒检测和变异分析标准方案，该方案具有快速、准确、安全、低成本等特点，并可用于流感病毒快速筛查、病毒分型、突变检测和流行病学研究。 　　• 病毒核酸安全提取 　　美国贝克曼库尔特公司的SPRI-TETM Viral NA提取试剂盒结合SPRI-TETM自动核酸提取仪，为甲型H1N1流感病毒核酸的提取提供了快速安全的解决方案。SPRI-TETM采用固相载体可逆式磁珠对病毒RNA进行高效抽提，从样品的裂解到核酸的洗脱都无需人工干预，将操作者危险性降到最低。SPRI-TETM系统可以一批次提取1-10个样品，每批次提取时间约30分钟。 　　• 特异性引物设计 　　根据WHO已公布甲型H1N1流感序列，美国贝克曼库尔特公司与国家CDC合作设计出高特异性PCR扩增引物组。该引物组采用GeXP系统的 eXpress ProfilerTM模块设计，包括5对特异性引物，分别为A型流感，H1N1型流感，季节性流感，甲型H1N1流感和质控序列。与常规PCR引物不同，每对引物5’端均带有通用引物，5组扩增产物长度范围在100- 600碱基。 　　• 甲型H1N1病毒快速检测 　　利用贝克曼公司专利的XP-PCR技术，对5对引物(5对流感病毒特异引物和一对内质控引物)进行多重扩增( 整个流程由BiomekTM系列自动化工作站完成)。多重PCR产物因长度不同，可经过毛细管电泳分离检测。电泳原始数据、样本信息和基因信息输入GeXP软件系统进行分析， 即可得到样本的病毒检测报告。 　　• 病毒分型和变异检测 　　在多重病毒监测基础上，利用标准甲型H1N1病毒引物扩增病毒基因组序列，利用GeXP系统的序列分析功能分析病毒变异位点和可能的蛋白质序列变异。 　　该方法可以将常见流感症状的可能病原体一次性扫描，确定检测样本的感染类型，具有样本需求低，检测速度块，同时可以监测病毒的变异状况。

App可从Google Play、iTunes Store或www.commodityregs.com下载 沃特世公司（纽约证券交易所代码：WAT）今日宣布，VICAM® （Waters® 旗下业务）推出一款全新的移动应用程序，可即时访问全球霉菌毒素法规。该应用程序可从Google Play、iTunes Store或www.commodityregs.com下载，它可以在数秒钟内根据地理位置和商品或食品种类搜索出真菌毒素法规限量标准。 凭借全球真菌毒素法规在线数据库（Global Mycotoxin Regulations Tool&trade ）移动应用程序，食品制造商和出口商无需进行网页搜索即可获得关键的法规数据，从而有效节约时间和资源。此外，客户还可以使用商品和成品图片来搜索产品，简化搜索过程的同时确保全球食品和农业市场相关人员可获取清晰且可追溯的结果。 &ldquo 全球真菌毒素法规在线数据库的移动应用程序进一步拓展了此工具的功能性，让农场、加工厂和出口商都能获得他们所需的数据。使用者可通过此工具从容应对不断变化的全球市场的需求，同时将真菌毒素对人体和动物健康的影响降到最低。&rdquo VICAM总经理兼运营总监Marjorie Radlo如是说。 无处不在的真菌是作物土壤的&ldquo 原住民&rdquo ，而真菌毒素则是真菌代谢产生的化学副产物。大量降水或严重干旱会促进真菌毒素的生成，真菌毒素一旦释放到环境中就很难进行处理，且几乎无法消灭。USDA（美国农业部）、FDA（美国食品和药物管理局）、EU（欧盟）和其他国际政府机构针对真菌毒素的可接受水平制定了特定的法规和指导方针。生产者和出口商通常采用现场和实验室测试确保符合法规要求，避免人类和动物健康受到真菌毒素引起的相关疾病影响，包括癌症、呕吐和动物厌食。 查看详细信息或下载全球真菌毒素法规在线数据库移动应用程序，请访问commodityregs.com。 关于VICAM，沃特世公司旗下业务（www.vicam.com） VICAM是真菌毒素测试解决方案的世界领先供应商。自1985年以来，VICAM一直致力于开发可获得USDA和AOAC（美国分析化学家协会）批准的快速真菌毒素检测技术。VICAM的真菌毒素检测包为各种真菌毒素的快速定性筛查和定量检测提供了更多的方法选择。在世界各地，我们通过无与伦比的服务质量和技术支持为产品提供着更多的价值，赢得了大量VICAM产品使用者们的信赖。此外，我们建立了完善的全球化科学和销售网络，可为100多个国家的客户提供产品开发、销售和服务，承诺为您带来专家级的技术支持和顶尖的客户关怀服务。有关更多信息，请访问www.vicam.com或致电+1.508.482.4935。 关于沃特世公司（www.waters.com） 50多年来，沃特世公司（纽约证券交易所代码：WAT）通过提供实用、可持续的创新，使医疗服务、环境管理、食品安全和全球水质监测领域有了显著进步，从而为实验室相关机构创造了业务优势。 作为一系列分离科学、实验室信息管理、质谱分析和热分析技术的开创者，沃特世技术的重大突破和实验室解决方案为客户的成功创造了持久的平台。 2012年沃特世公司拥有18.4亿美元的收入，它将继续带领全世界的客户探索科学并取得卓越成就。 ### Waters和VICAM 是沃特世公司的注册商标。Myco6in1+ 是沃特世公司的商标。

Hello，各位读者大家好!　　欢迎来到仪器信息网“2022年上市仪器公司财报盘点”系列。　　最近天气炎热，各地气温爆表，我们来给大家降降暑，一起聊点儿“清凉”的话题。　　又到了一年一度披露高管薪酬的时候，　　不同的是，今年我们还拿到了外企“打工人”的工资单。　　来~拿起手边的计算器，算下你和外企员工之间的薪资差距。　　看完之后，你是更心潮澎湃了，还是有点“薪尽自然凉”呢?2022全球上市仪器公司薪酬排行榜　　特别说明：部分美企、日企薪酬数据未披露，所以不在榜单中。　　思百吉薪酬由2023年7月5日汇率计算得出，存在小范围误差。　　表中高管薪酬包含：薪资(salary)、奖金(bonus)、股票奖励(stock awards)、期权奖励(option awards) 、其他补偿(other compensation) 等　　说几个数据，大家简单感受下：　　1、按照7月5日人民币兑美元7.24的汇率计算，表中年薪过亿(元)的科学仪器CEO共有4位，分别来自赛默飞、Illumina、丹纳赫、安捷伦。赛默飞 Marc N. Casper已经连续第八年排在榜首，去年涨了接近700万美元，看了眼，股票和期权奖励又涨了。　　2、外企员工薪酬中位数集中在6~8万美元区间，折合成人民币年薪大约42~55万元。仪器信息网之前统计，国内上市仪器公司2022人均薪酬(研发22.87万元/年，销售33.91万元/年)，最高薪酬(研发52.30万元/年，销售75.56万元/年)。　　3、赛默飞、丹纳赫营收TOP3、利润TOP3、高管薪酬TOP3，但这个员工薪酬中位数，emmmmmm，这很难评...　　4、Ilumina：虽然我输了专利战、收购被罚、股东互掐、利润还亏损，但我CEO和员工的待遇最好，CEO的年薪甚至还涨了1241万美元。什么概念？涨的部分比第6名Patrick K. Decker全年的工资还高，他真的，我哭死。　　不过这种情况大概率昙花一现，Francis deSouza已经辞职，Ilumina如今正风雨飘摇。　　5、顺便查了下其他科技大佬们的工资单，苹果库克年薪9873万美元，微软CEO纳德拉年薪4985万美元，同为科技型公司，赛默飞和他们差距be like：　　看完之后，你有何感受？欢迎留言

通过部分脂类成员的化学结构建立谱库 　　来自美国和日本的科学家仅仅耗时五个小时就建立了一类新发现的脂质的串联质谱(MS/MS)谱库。一般而言，建立这样一个谱库需要更长的时间，科学家使用了一款新研发的软件缩短了研究时间。这是一款从化学结构推测质谱图的软件工具。 　　该软件被称为LipidBlast，是由Oliver Fiehn和他的同事们在加州大学研发的。Davis去年在《Nature Methods》杂志发表了一篇论文将此软件首次公开。LipidBlast创建一个特定类别脂质的质谱库的步骤是：首先，分析这类脂质中已知成员的化学结构。然后，使用这些信息来推测具有相似结构的此类物质的其它可能成员。接下来，此软件将部分已知成员的化学结构与之前研究得到的已知成员的串联质谱数据相关联。最后，它利用这些关系来确定含有已推测成员在内的所有其余成员的MS/MS谱图，包括母离子和子离子。一经验证，通过对比实验数据和检索MS/MS谱库，得到的谱库就可以用于鉴别LC-MS/MS分析的生物样品中的这些物质。 此软件灵活性很强 　　由于脂类在串联质谱中容易形成可预知的碎片，所以尤其适合此软件电脑谱库的创建。而且，LipidBlast非常灵活，足以应付推测正、负离子下或不同的外加电压下的MS/MS谱图。在建立谱库时，这种灵活性使得它能够利用40种高或低分辨率质谱仪的谱图，包括三重四极杆质谱仪和傅里叶变换质谱仪。 　　Fiehn和他的同事利用LipidBlast 建立了一个基本演示MS/MS谱库，包含212,516张谱图，覆盖26种脂类物质的119,200种化合物。这些化合物包括磷脂类、甘油脂类、细菌脂聚糖类和植物糖脂类。他们已经使用这个库来识别了藻类、有鞭毛的原生生物和哺乳动物干细胞中的脂质。 能应对低磷水平的脂类家族 　　最近，Fiehn已将注意力转移到了一类特殊的脂类&minus 葡萄糖醛酸糖脂(glucuronosyldiacylglycerol，GlcADG)。它是近期日本科学家从植物中发现的一种脂类。由于GlcADG可以代替植物细胞膜上的磷脂，所以可以帮助植物应对低磷水平。虽然这种脂类首先在植物中发现，但它也可能出现在细菌、真菌和藻类等其他生物中。 　　为了与最初发现这类脂质的日本科学家们一起在其它有机体中寻找这类脂质，Fiehn和他的一位同事使用LipidBlast创建了一个GlcADG类的MS/MS质谱库。照例，这需要利用日本科学家先前得到的MS/MS谱图和植物中GlcADG类物质的化学结构，以及相似脂类成员的化学结构。最终的谱库包含15,000 张MS/MS谱图，建成仅耗时5小时。 　　&ldquo 这项工作不仅有希望通过GlcADG来扩展已知有机体的范围，而且也从另一个方面体现了LipidBlast快速创建MS/MS谱库的能力&rdquo ，Fiehn说。他们还开发了应用于新型脂类的免费模板，用来鼓励其他研究人员使用这款软件。 　　编译：郭浩楠

近日，Select Science公布了&ldquo 第六届科学家选择奖(2013 Scientists&rsquo Choice Awards)最佳药物发现产品获奖者&mdash &mdash 贝克曼库尔特Biomek 4000 实验室自动工作站。此前，Select Science已经公布了最佳通用实验室产品、最佳分离产品及最佳光谱产品(含质谱)、最佳生命科学产品、最佳临床实验室产品的获奖名单。 　　最佳药物发现产品： 　　产品：Biomek 4000 实验室自动工作站 　　制造商：贝克曼库尔特 　　其他获奖产品详见：http://www.instrument.com.cn/news/20140807/138406.shtml 　　(编译：杨娟)

MD Anderson癌症中心的研究人员利用HiSeq& reg 2500系统正在研究胰腺癌患者血液中exosomal DNA中的遗传变异，并深入探究液体活检诊断和监控这种疾病的潜力。 p 　　 span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong 简介 /strong /span /p p 　　在2000多年前的罗马和希腊，当一个人患上癌症，医生会检查他们的体液，包括血液。彼时检查的重点是看看体液是否过量或不足。当时，医学是非常个性化的，据说每位患者都有其独特的体液组成。今天的医学研究，特别是癌症研究，似乎又回到了这些起点。至少，Hector Alvarez博士这样的科学家是这样认为的。Alvarez博士是负责MD Anderson癌症中心胰腺癌研究中心液体活检平台的内科医学家。他正在探索侵入性较小的创新方法来诊断和监控胰腺癌。 /p p 　　据世界癌症研究基金会统计，胰腺癌在全球最常见癌症中位列第12位， 2012年全世界诊断出30多万个新增病例 1。在过去几十年，只有少数几种癌症的生存率没有得到改善，胰腺癌便是其中之一 2。死亡率持续居高不下，可能是因为无法在最早期的阶段有效检测到疾病的缘故 2。 /p p 　　Alvarez博士正在开发用于液体活检的实验室方案、设备和软件，以便从血液或其他体液中找到早期的生物标志物。利用新一代测序(NGS)和HiSeq 2500系统，他和他的团队正在对胰腺癌患者的血液样本进行深度分析，以分辨出与疾病及其进展相关的不易察觉的肿瘤事件。他的重点是找到有助于胰腺癌诊断的生物标志物。 /p p 　　 span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong 血液中的信息 /strong /span /p p 　　一直以来，大多数癌症是在组织活检后才得以确诊的。首先，医生从可疑的病变或肿块上切下一小块组织。然后，病理学家更加仔细地观察组织中的细胞，以确定它们是否癌变。若有问题的器官在腹部，比如胰腺，那么这样的操作就需要图像引导的细针穿刺活检，其风险在于错过肿瘤中其他部位的重要组织异常 3。 /p p 　　“胰腺肿瘤的位置很难到达，因此很难取样组织，”Alvarez博士说。“这意味着我们往往无法获得重要信息来帮助治疗和改善生存率。当肿瘤到达可以取样的位置，且由活检证实了癌症时，大约只有20%的患者适合手术。通常来说已经太晚了，肿瘤发展得太大，患者已经不适合手术了。” /p p 　　这使得许多临床医生呼唤液体活检 —— 其中一管血就可以提供所有必要的临床信息，让医生做出可靠的诊断和确定靶向干预措施。液体活检依赖于在血液或其他体液中循环的肿瘤的遗传信息。 /p p 　　“当肿瘤细胞死亡时，其细胞和周围组织将DNA内含物释放到循环系统中，”Alvarez博士说。“这种DNA的遗传改变也许能帮助医生了解肿瘤内发生的情况，或者它是否从原发性肿瘤部位转移或扩散到身体的其他部位。” /p p 　　2016年6月，一项覆盖15,000多名癌症受试者的大规模研究成果在2016年美国临床肿瘤学会(ASCO)年会上展示。它发现Guardant360 —— 一种可检测70种不同突变的液体活检 4 —— 是准确的，也许能可靠替代传统的活检方法。 /p p 　　Alvarez博士对此结果并不感到惊讶，但他认为需要更多的研究，才能创建一个医生可信赖的真正临床级别的检测。“在MD Anderson癌症中心，我们致力于开发一个对医生具有综合意义的平台，”Alvarez博士说。“我们正在开发一种周转时间较短的临床级别检测，。我们的工作表明，通过胞外囊泡释放的遗传物质有望提供这类信息。” 5 /p p 　　 span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong NGS，可行的情报和外泌体 /strong /span /p p 　　三年前，科学家还处于证明液体活检可行的早期研究阶段。今天，Alvarez博士强调，“我们所做的不仅仅是基础研究。我们正尝试寻找正确的检测方案，它们不仅能带来准确、与临床相关的结果，还能支持医生决定需要什么样的治疗。” /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201705/insimg/8cdf3f90-91f2-4352-929b-d27e57a9f8af.jpg" title=" 1.jpg" / /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 176, 240) " Hector Alvarez博士是一名医学家，他领导了德克萨斯州休斯顿MD Anderson癌症中心下胰腺癌研究中心的液体活检平台。 /span /p p 　　他相信，这些信息可以从特殊的胞外囊泡释放的DNA中获得，这些囊泡被称为外泌体(exosomes)，而来自其他细胞区室的遗传信息可能也有助于了解肿瘤的发展和转移。“目前有50多种胞外囊泡，最为人熟知的是凋亡小体。此外还有较小的微囊泡和更小的外泌体，”他解释说，“我们是第一批证明外泌体中存在足量的双链DNA的团队，可以通过高分辨率的肿瘤图谱分析来鉴定它们。” 5 /p p 　　他和同事研究了2名胰腺癌受试者和1名壶腹部癌受试者的脱落外泌体 5。他们利用HiSeq 2500系统来开展exoDNA和exoRNA的全基因组、全外显子组和转录组测序。他们发现，肿瘤DNA在脱落的外泌体中稳定存在，表明基于外泌体的液体活检很可能具有临床诊断以及治疗监控的潜力。虽然Alvarez博士最早证明了基于外泌体的液体活检是可行和有效，他表示可能还有更重要的遗传信息需要发现。 /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 176, 240) " “我们是第一批证明外泌体中存在足量双链DNA，并可以通过高分辨率肿瘤图谱分析来鉴定它们的团队。” /span /p p 　　“所有的胞外囊泡也许都很重要，”Alvarez博士说。“第一，我们认为不同的囊泡是异质性的，可能在疾病进展的过程中发生改变。它们有不同的生物标志物，来自不同的区室，这些可能反映了不同的生物学状态。第二，不仅仅是肿瘤细胞能产生颗粒或胞外囊泡。囊泡DNA的变化可能反映了身体其他部位的情况，也许癌症刚开始发生，肿瘤还很小，在常规成像中还不明显。 /p p 　　在未来，他相信这些结果可以辅助诊断那些不适合常规手术活检的癌症患者。Alvarez博士补充说：“对这些患者而言，非侵入性诊断程序的任何进步都是一种好消息。” /p p 　　他在MD Anderson的液体活检团队也同样关注查找游离DNA中的标志物，特别当其涉及到治疗反应时。游离DNA中的不同变异和突变可能提供遗传数据，说明特定的干预或治疗是否有效。 /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 176, 240) " “我们利用HiSeq 2500系统来开展全基因组、全外显子组和RNA-Seq研究，以鉴定可能存在的各种生物标志物。” /span /p p 　　“当细胞死亡，核DNA变得片段化，并分解成小片段的双链DNA，释放到循环系统中，”Alvarez博士说，“这些小片段的DNA也许包含了预示临床反应的改变。在癌症晚期，往往有更高浓度的游离DNA。这可以让我们更全面地了解癌症在做什么。” /p p span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong 　　NGS技术的创新 /strong /span /p p 　　Alvarez博士的测序经历要追溯到他在约翰霍普金斯大学研究胆囊癌时。“当时我正在做我的博士论文，有人向我介绍了一种称为基因表达连续分析(SAGE)的新技术。这是癌症基因剖析计划(CGAP)所用的技术。它本质上是一种RNA测序技术。” /p p 　　事实上，SAGE的数据采集就是NGS的前身。不过，与任何早期的平台一样，它并不是一帆风顺的。“我们需要手工构建基因组文库，”Alvarez博士说。“当时没有任何的文库制备试剂盒，因此构建一个测序运行所需的巨大文库需要很长时间。尽管有困难，但这是遗传学力量的伟大开端。” /p p 　　 span style=" color: rgb(255, 192, 0) " “我们很高兴选择了HiSeq 2500系统。它提供了高质量的数据，对于这种类型的工作来说，数据质量是十分重要的。” /span /p p 　　在Alvarez博士和他的团队为他们的研究选择NGS系统时，数据质量是关键的考量。 “我们研究了几个竞争系统，并决定我们要使用数据质量最佳的那个系统，”Alvarez博士表示，“我们很高兴选择了HiSeq 2500系统。它提供了高质量的数据，对于这种类型的工作来说，数据质量是十分重要的。我们用它来查看和追踪各种生物标志物。” /p p 　　除了简单易用，Alvarez博士认为使用NGS和HiSeq 2500系统以及最新的NextSeq 500系统的好处还在于，这两个系统都采用一种集成的基因组学方法来研究细胞外的生物标志物。 /p p 　　“我们利用HiSeq和NextSeq系统来开展全基因组、全外显子组和RNA-Seq研究，以鉴定可能存在的各种生物标志物，”Alvarez博士说。“一项液体活检检测若要有价值，它需要能检测多种生物标志物。如果我们能够鉴定那些来自胞外囊泡、循环肿瘤细胞和游离DNA的生物标志物，那么我们就能了解这种疾病在整个身体中的总体情况。” /p p 　　从Alvarez博士的角度考虑，既然癌症研究人员了解到肿瘤本身是异质性的，那么同时研究DNA和RNA信息就更为重要。 /p p span style=" color: rgb(0, 176, 240) " 　　“来自各个不同区室的所有高分辨率信息可能指示一种更好的方式来确定具体在一个特定胰腺癌病例中真正发生了什么。” /span /p p 　　“即使你可以通过髓芯活检或细针穿刺活检来有效地采集组织，但你的样本可能无法代表整个肿瘤，”Alvarez博士说，“我们相信，在液体活检背景下开展的NGS让我们能够全面了解整个肿瘤内发生了什么。这真是太厉害了。来自各个不同区室的所有高分辨率信息可以更好地确定在特定的胰腺癌病例中到底发生了什么。” /p p strong span style=" color: rgb(255, 192, 0) " 　　迈向未来 /span /strong /p p 　　Alvarez博士的目标仍然是开发一个全面的临床级别的液体活检平台。他相信，这将为每位患者制定个性化治疗计划发挥关键作用，特别是针对那些难以诊断或难以治疗的癌症，如胰腺癌。 /p p 　　“我们认为，拥有一个个性化的遗传改变集合是很重要的，”Alvarez博士表示，“在治疗开始时可确定特定的基因图谱，然后随着时间的推移，医生可以追踪图谱的变化，从而帮助他们了解疾病的进程。” /p p 　　他和他的团队正在跟踪100多名胰腺癌受试者，比较exoDNA和游离DNA以衡量不同疗法的效果。他们希望很快能公布这些结果。他也很兴奋，因为NGS提供的不同的鉴定标志物有望为肿瘤耐药机制提供一些信息，并为将来设计新的免疫疗法提供一些线索。 /p p 　　“未来，液体活检有望在精准医疗上发挥广泛的作用，包括在疾病预防、早期检测和疾病管理中体现价值，”Alvarez博士说。“举个例子，免疫治疗也许能从液体活检中受益良多。通过核酸如DNA和RNA的同时分离，我们可以鉴定并追踪新抗原 —— 在这种前景广阔的治疗策略中，这正是个性化的分子靶点。我们正在开发肿瘤来源的外泌体富集过程，以提高我们液体活检中的肿瘤信号。如果没有液体活检和NGS，对实体瘤中遗传改变的连续监控是无法实现的。” /p p 　　尽管他对液体活检的未来保持乐观，但Alvarez博士也告诫说，目前仍有许多工作要做。他和他的团队将继续跟踪受试者，并测定游离DNA、外泌体DNA及其他生物标志物中的遗传变化如何改变。他期望这些生物标志物能够揭示关于胰腺癌性质的秘密，以及他和他的团队如何将这些秘密转化成对抗疾病的工具。 /p p 　　“胰腺癌很复杂，因为它不是经典的实体瘤，如肺癌、结肠癌或乳腺癌那样在治疗上更具可行性，”Alvarez博士补充说，“我们的研究也需要发展演变，这样我们才能了解如何干预和影响结果。我们必须收集足够的数据，来证明液体活检在临床上是可靠的、并与医疗保健相关。这需要一些时间，但我们终将实现。” /p p 　　参考文献 /p p 　　1. Pancreatic cancer statistics. World Cancer Research Fund International, www.wcrf.org/int/cancer-facts-figures/data-specific-cancers/pancreaticcancer-statistics. Assessed July 13, 2016. /p p 　　2. Pancreatic Cancer Facts. Hirshberg Foundation for Pancreatic Cancer Research. www.pancreatic.org/site/c.htJYJ8MPIwE/b.5050503/k.40C9/Pancreatic_Cancer_Facts.htm. Assessed July 13, 2016 /p p 　　3. Hé bert-Magee S. Is there a role for endoscopic ultrasound-guided fineneedle biopsy in pancreatic cancer? Endoscopy. 2015 47(04): 291—292. /p p 　　4. McGinley L. Liquid Biopsy study offers hope for a blood test to find cancer. The Washington Post. June 4, 2016. /p p 　　5. San Lucas FA, Allenson K, Bernard V, et al. Minimally invasive genomic and transcriptomic profiling of visceral cancers by next-generation sequencing of circulating exosomes. Ann Oncol.. 2016 27(4): 635—641. /p

随着重组DNA技术的迅猛发展，外源基因在不同宿主中的表达使得各种重组蛋白的工业生物生产成为可能。选择合适的宿主是生物工艺设计中的关键步骤之一，具体取决于：1.上游培养效率2.易于基因编辑和分子工具的可用性3.翻译后修饰的能力，如糖基化4.蛋白质（用于下游加工和作为生物制药成分等）的分泌能力目前，多种生物已被应用于重组蛋白的生产，尤其是大肠杆菌，易于基因改造，具有在酵母水解物等多种基质上快速生长并产生高蛋白滴度的优势。已成为迄今为止业界追捧的主力军。典型的生物工艺优化通常需要进行一些初步试验，以发现适用于宿主菌株并提高目的重组蛋白表达的培养基成分（特别是氮基营养素）。对于此类应用需求，能够提高实验效率和参数准确度的高通量筛选平台成为热门工具。贝克曼库尔特BioLector通过在线测量关键培养参数提供可放大的高通量分析。本案例为通过BioLector对多种酵母营养素就生物量生长和重组蛋白的形成进行评估和比较，筛选出了适合大肠杆菌重组蛋白生产和诱导时间的理想培养基。方法培养菌株：大肠杆菌BL21(DE3)pET-28a(+)EcFbFP。培养基：以标准TB培养基（Carl Roth）为参照物，对多个TB 样（Terrific 液）培养基进行比较。不同的TB 样培养基使用不同的酵母提取物。BioLector培养条件：在接种至微孔板之前，先在250 mL摇瓶中进行预培养， 37°C培养6小时。然后使用48孔梅花板（MTP-BOH2）在 BioLector中进行培养。温度 37°C ，振摇速度：1400 rpm。分别在每个培养孔中填充800μL培养液用于非诱导实验，填充790μL用于诱导实验。诱导实验中，在诱导时间点上添加 10μL 50μM 的 IPTG。环境氧气浓度保持在35%，避免培养物缺氧。BioLector在线测量：培养过程中对生物量、EcFbFP(黄素荧光蛋白)、pH以及 DO进行在线测量。结果不同TB样培养基的生物量生长情况：培养实验中，不同酵母营养素的培养基中生物量的生长情况如上图所示：培养基不同，最终的光密度和生长速率也会不同。ProCel 6 中的大肠杆菌OD最高，培养基 ProCel 3 中的大肠杆菌的OD低。ProCel 6为本特定工艺的最高生长速率。上图为培养过程的DO值。培养基 ProCel 3 和 ProCel 4 中的培养物未达到0%的氧饱和度，这表明由于耗氧量有限，该培养基中的菌株代谢活性较低。相反，其他培养物包括TB标准培养基，均在短时间内达到0%的氧饱和度，表明菌株代谢活性高。不同酵母营养素TB样培养基的产物生成：通过将IPTG 添加到培养物中来诱导 T7 聚合酶的表达促进黄素荧光蛋白的生成。BioLector使用梅花板为48个培养物提供了独立的培养空间，因此可测试不同的诱导时间点。使用自动化工作站整合BioLector后的 RoboLector 系统还可以自动进行培养诱导。首先选择一个固定的诱导时间点。分别为培养启动后的3小时、3.75小时和4.5小时。下图所示为每种TB样培养基在诱导时间下所测荧光的平均值。荧光动力学清晰地表明不同培养基有不同的EcFbFP（黄素荧光蛋白）表达水平。表现出最强荧光信号的两个样本为：ProCel 2，诱导点为3.75小时；ProCel 5，诱导点为 3 小时。经过 7.7 小时的培养，ProCel 5 的荧光值达到102.94a.u.，而ProCel 2 的荧光值达到 101.82 a.u.。本方法的不足之处在于未比较不同样本的生物量对蛋白质产量的影响。经过3小时的培养，一些培养物的OD已达到6，而其他培养物仅达到3。当诱导具有不同光密度的培养物时，可能会对在每种酵母营养素上生长的实验大肠杆菌的蛋白质生产性能造成误解。鉴于此，我们采用了一种新方法，将诱导点与生物量信号耦合。使用BioLector的信号驱动RoboLector，依赖于特定生物量的诱导对于每个单独的孔都是可行的。为自动化工作站设置3、6或8的OD目标值，以根据孔内培养物的生长动力学自动添加IPTG以诱导蛋白质生产。如下图所示，ProCel 2表现最佳，最终值为 146.23 a.u.，培养时间是 12.3 小时；ProCel 5表现次之，最终值为138.1 a.u.。与之前进行的一系列实验相比，本实验中的排名与在特定时间点进行诱导的实验不同。这一观察证明了最佳工艺条件的重要性，并使这些条件具有可比性。此处数据表明：与之前的实验相比，本实验中的荧光值更高。正如该领域诸多论文中所强调的那样，诱导时间确实是一个关键参数。同样，在优化大肠杆菌重组蛋白生产的过程中，也必须评估诱导剂的浓度。另外，与对照TB培养基相比，这里测试的一些酵母氮源产生了更高的重组蛋白产量。这些结果凸显了选择培养基成分的重要性，这些成分能够在特定的生物工艺中实现高而稳定的产量。结论通过BioLector系统，贝克曼库尔特可为用户提供适用于各种应用领域的高通量筛选平台。其独特的梅花形微孔板尤其适用于好氧培养，如同实验室生物反应器，BioLector系统通过非侵入式传感器使客户能够获取更多的在线测量参数。正如本应用，通过BioLector系统可轻松实现培养基的筛选，整合自动化工作站的RoboLector，还可实现更多功能。补料、pH调控以及文中所述的诱导功能，所有这些均可在小规模实验中实现，帮助客户同时兼顾成本和效率。RoboLector高通量自动化微型生物培养平台欲了解该应用详情，请扫描下方二维码下载应用指南《利用BioLector进行大肠杆菌重组蛋白生产用酵母营养素的筛选》

安捷伦科技公司将数据处理业务拓展至分子病理学Cartagenia Bench 有力解决了体细胞变异评估的固有挑战 2016 年 11 月 10 日，北京 安捷伦科技公司（纽约证交所： A）今日发布了一款新版实验室软件 Cartagenia Bench Lab 5.0，具有用于体细胞变异分类和报告的新功能。 Cartagenia Bench Lab 旨在帮助那些进行临床遗传学和分子病理学研究的实验室对基因组变异进行高效地解读和报告。 此临床级软件平台在美国获得了 I 类医疗器械注册证，已成为高通量诊断实验室的首选平台，帮助科研人员验证变异评估和报告流程，并使这二者实现自动化。 此软件使临床遗传学家和分子病理学家通过一次分析就能获得单核苷酸多态性、小的重复和缺失 (INDEL) 以及拷贝数变异的相关信息。 变异精选工具使他们能够检查变体、协作建立证据并安全地与同行和其他组员分享信息。 Cartagenia Bench Lab 5.0 具有体细胞变异分类、检查和精选等一系列新功能检查和处理等一系列新功能，它的发布代表了分子病理学实验室在数据处理能力上的重大飞跃。 通过 Bench 软件平台可直接访问 100 多种专业数据库和公开数据库，囊括了可用药变异、试验、药物和治疗选择的信息，例如 CIViC、COSMIC、N-of-One、OncoMD 以及 CollabRx。 该软件的变异精选工具有助于实验室建立一个内部知识库，收录之前被精选的变异的预前、预后、诊断性以及功能性的证据。 通过访问精选数据库和公开数据库中有关肿瘤类型本体和变异的信息，实验室能够有效地执行其变异评估标准操作程序，从而更有效地过滤变异，了解肿瘤组织类型的相关信息。 安捷伦基因组学解决方案部和临床应用部副总裁兼总经理 Herman Verrelst 谈道：“我们始终与客户保持密切合作，准确了解他们的需求，继而开发出能够解决问题的新型软件。 将基因组学数据转化成有用信息极具挑战性。 今天发布的这款产品能够表明我们始终致力于为临床诊断提供顶尖的解决方案。 5.0 版软件的发布为分子病理学实验室提供了获取临床级分析工具和知识的途径，成功解决了常规肿瘤学检测中实施新一代测序的其中一个关键难点，帮助实验室有效地解读肿瘤样本的测序数据，此外，通过访问含有同行对于诊断性、预后以及治疗性变体评审证据的公开数据库和专业数据库，为实验室提供有用信息。” 来自荷兰阿姆斯特丹的荷兰癌症研究所分子诊断学科负责人 Petra Nederlof 讲道：“自从我们在安捷伦 Bench 软件平台上执行常规诊断流程以来，安捷伦公司的团队与我们密切合作，并且将我们的需求及时准确地加入到新版本中，我们十分满意。” 来自密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院 McDonnell 基因研究所的 Malachi Griffith 博士谈道：“我们非常高兴能够与安捷伦合作，我们的视野被带到了全球分子病理学界。 如今，通过安捷伦 Bench 软件平台中现有的 CIViC 知识库，所有用户都可以直接获取由 CIViC 领域专家整理的预前、预后以及诊断性证据。” 安捷伦将于 11 月 30 日至 12 月 2 日在荷兰癌症研究所的 NGS 分子病理学研讨会上展示 Cartagenia Bench Lab 5.0 和其他解决方案。 荷兰癌症研究所分子诊断学科负责人 Nederlof 讲道：“我们很高兴与安捷伦共同组织这次活动。我们计划了含金量非常高的国际专家议程，他们将会分享临床诊断实践中的专业知识。” 研讨会的讨论内容将包括临床变异评估和实验室报告、自动化、体细胞变异分类、NGS 试剂盒组成以及数据共享计划。关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者，是致力打造美好世界的顶级实验室合作伙伴。 安捷伦与全球 100 多个国家和地区的客户进行合作，提供仪器、软件、服务和消耗品，产品可覆盖到整个实验室工作流程。 在 2015 财年，安捷伦的净收入为 40.4 亿美元，全球员工数约为 12000 人。如需了解安捷伦公司的详细信息，请访问 www.agilent.com。

全球最大的基因组学研发机构华大基因与澳大利亚昆士兰州多家前沿机构签署合作协议，这将进一步推动华大基因在亚太地区的发展。澳洲华大今天正式落户位于布里斯班的QIMR Berghofer医学研究院，并与联邦科学与工业研究组织（CSIRO）、格里菲斯大学以及詹姆斯库克大学签署了合作协议。据协议，华大基因将携手当地科研人员在医疗健康、运动健康、海洋科学、生物多样性、农业和水产领域开展合作。华大基因联合创始人、董事长汪建表示，昆士兰州在生命科学研究、产业应用和合作网络展现出来的具大优势，使之成为华大基因亚太地区科研和产业化中心的不二选择。华大基因的目标是用生命科技造福人类，将人类的平均寿命提高5年，使全球粮食产量增长10%，解读50%的疾病机制。华大基因全球精准医学联盟也在为癌症、出生缺陷、心血管、退行性疾病和传染病寻求治疗方案。为了实现所有这些目标，我们必须携手世界上最顶尖的研究团队，更好地开展植物、动物和人类组学研究。汪建指出，华大基因选择落户昆士兰，表明我们非常有信心昆士兰会成为生命科学的主要研究中心，涵盖癌症研究、生物医学、基因组学、生物技术以及农业科学。华大基因在生物多样性、作物改良、环境和疾病的基因组学研究方面已经和昆士兰的研究机构建立了密切的联系。今天签署的协议进一步深化了我们之间的合作，我们期待共同改善人类的未来和生活。华大基因会继续探索在昆士兰和澳大利亚的合作机会。目前，我们已经与阳光海岸、图文巴和汤斯维尔等地区的政府和机构进行过交流。联邦科学与工业研究组织农业与食品研究所科研主管Graham Bonnett博士表示，CSIRO希望小米成为农民种植的新选择。CSIRO在农作制度和作物改良方面颇有建树，有众多成功的合作项目。此次联手华大基因，我们期待这个联合研究项目可以培育出高质的小米品种，形成经济高效的生产系统，造福澳大利亚农户。格里菲斯大学高级副校长Ned Pankhurst教授表示，与像华大基因这样的全球性机构合作是我们转化研究成果的关键。格里菲斯大学期待与华大基因在多个领域展开合作。格里菲斯大学在运动健康、免疫学、药物研发和慢性疲劳综合征等方面的研究能力是众所周知的。与华大基因的合作将弥补我们在基因组测序方面的不足，推动我们在基因检测和治疗方法的发展。詹姆斯库克大学高级副校长Chris Cocklin教授表示，对于与华大基因的合作，我们非常兴奋。很期待与华大基因携手开展热带卫生与医学、环境科学和海洋水产等科学研究。华大基因是全球最大的基因组学研发机构之一。成立于1999的华大基因，在全球建立了47家实验室（包括联合实验室），员工人数超过5000人。除了在人类基因组计划和国际千人基因组计划等多个国际项目中做出重大贡献外，华大基因还是全球首个测序关键植物（如大米、高粱和小米）、动物（如大熊猫、蚕和北极熊）、细菌和病毒的机构。关于联邦科学与工业研究组织联邦科学与工业研究组织(CSIRO)是澳大利亚联邦最大的国家级科研机构，其主要作用是通过科学研究发展，提高工业的经济效益和社会效益,造福于澳大利亚社会。CSIRO与全球前沿科研机构展开广泛合作，其出版发行的CSIRO期刊涵盖各个学科领域顶尖科学家的最新研究成果。http://www.csiro.au/en关于格里菲斯大学格里菲斯大学是澳大利亚联邦政府投资承建的一所公立高等学府，亚洲研究、环境科学是其教学研究强项，多年来也致力于社会工业领域的科学研究。其愿景是成为澳大利亚和亚太地区最具影响力的大学之一。https://www.griffith.edu.au/关于詹姆斯库克大学詹姆斯库克大学是世界顶尖的热带雨林研究中心。该大学受到全球认可的学科包括海洋科学、生物多样性、热带生态和环境、全球变暖、旅游、热带医学和公共卫生保健等。