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伊马替尼二聚体

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伊马替尼二聚体相关的资讯

  • 斯坦福医学院案例cell分享 | MST技术检测蛋白的二聚体亲和力
    Part 1研究背景在生物化学中,蛋白质二聚体是由两个蛋白质单体或单个蛋白质形成的大分子复合物,它们通常是非共价结合的。蛋白质二聚体是一种蛋白质四级结构。有些蛋白需形成同源或者异源二聚体才能发挥其特定的功能,且不同聚集体的亚型与不同靶蛋白特异性结合,如14-3-3蛋白。对聚集体的状态维持和解离研究能更加清楚的了解生物学过程,并且开发特异性的靶标药物,用于疾病的治疗。由于聚集体是蛋白的四级结构组成部分,因此,一般来检测聚集体的亲和力需要先形成蛋白单体,也就是极低的蛋白浓度,对于很多互作方法来说无法实现检测。下方这篇Cell文献介绍了MST成功检测蛋白的二聚体亲和力以及小分子对聚集过程的影响。Part 2研究内容美国斯坦福大学Paul A. Khavari小组使用葡萄糖解聚DDX21二聚体来调节mRNA剪接和组织分化。2023年1月出版的《Cell》杂志发表了这项成果。https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.12.004IF: 64.5 Q1葡萄糖是一种普遍的生物能量来源,此外,研究发现,葡萄糖可能重塑分化所需蛋白质的功能,使分化过程得以实现。DDX21是一种DEAD-box RNA解旋酶,为同源二聚体状态,DDX21调节黑素细胞干细胞的分化。然而,DDX21在表皮分化中的功能尚未不清晰。在该研究中,作者发现,葡萄糖结合DDX21的ATP结合域,改变其构象,进而造成DDX21解离。在分化过程中,DDX21以葡萄糖依赖的方式定位于mRNA内含子中特定的模体,并促进关键的促分化基因的剪接。为了更清楚地了解葡萄糖对DDX21二聚化的影响,作者需检测(不)结合葡萄糖时DDX21二聚体亲和力。MST技术上机检测的浓度可以低至pM-nM,保证DDX21为单体状态,进而获得准确的二聚体亲和力结果。此外,MST对缓冲成分没有要求,并且是检测达到平衡状态时的亲和力。因此,可以将葡萄糖作为缓冲成分加入到体系中,并且使葡萄糖和DDX21达到平衡后再进行检测。MST亲和力结果表明,葡萄糖显著抑制DDX21二聚化(降低了近7倍)。图1:微量热泳动(MST)检测DDX21的二聚化(黑色)以及存在350uM葡萄糖(红色)或者半乳糖(蓝色)时亲和力。Part 3技术优势在这篇工作中,通过MST技术确定了DDX21形成二聚体的亲和力,以及葡萄糖与DDX21的作用。对于分子互作亲和力的检测,MST上机浓度极低,保证蛋白的单一状态,同时节省样本。当检测多个分子互作时,可以孵育达到平衡,获得准确的多元的亲和力。
  • 1.1类乳腺癌新药吡咯替尼获批,凭借2期研究获SDA优先审批上市
    p   今日,业内传来重磅新药上市消息,江苏恒瑞医药宣布,其自主研发的1.1类新药吡咯替尼(商品名:艾瑞妮& reg )凭借2期临床研究获国家药品监督管理局(下称“SDA”)优先审批上市,目前状态为审批完成,待制证。吡咯替尼是一种泛-ErbB受体酪氨酸激酶抑制剂,用于人表皮生长因子受体 2(HER2)阳性晚期乳腺癌的靶向治疗。值得注意的是,该药物凭借1期研究结果登上全球顶级期刊《JCO》,又凭借2期临床获得SDA的优先审评上市,回顾整个过程可谓是中国自主研发创新药物优先审批的典范之一。 /p p style=" text-align: center " img width=" 276" height=" 184" title=" 2018.8.14 2-1.jpg" style=" width: 329px height: 152px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201808/insimg/e6cc6de8-0bf7-44f9-a99f-9a447161c25c.jpg" / /p p   吡咯替尼是获得国家“重大新药创制科技重大专项”资助,作为泛-ErbB受体酪氨酸激酶抑制剂,可同时靶向作用于人表皮生长因子受体2(HER2)、表皮生长因子受体(EGFR)和人表皮生长因子受体4(HER4),其疗效显著优于多个小分子抗HER2药物。 /p p   · 2017年5月,《JCO》杂志首次全文发表了吡咯替尼的1期研究结果,中国自主研发抗肿瘤药物仅凭1期研究就登上全球知名期刊十分难得。 /p p   · 2017年8月,吡咯替尼凭借2期研究结果中极为出色的疗效被国家食品药品监督管理局药品审评中心(下称:CDE)列为优先审评创新药物。同年12月,2期临床研究结果在美国圣安东尼奥乳腺癌大会上报道,并被列入2017年乳腺癌重大事件年度回顾。 /p p   · 2018年8月, SDA正式批准吡咯替尼用于HER2阳性晚期乳腺癌治疗。吡咯替尼凭借2期临床研究的结果即获得优先审批,且从递交临床数据报告及上市申请到正式获得上市批准仅历时10个月。 /p p   吡咯替尼是一款不可逆的泛-ErbB受体酪氨酸激酶抑制剂,靶点包括HER2、EGFR和HER4。吡咯替尼与EGFR、HER2和HER4的胞内激酶区ATP结合位点共价结合,阻止同/异源二聚体形成,不可逆的抑制自身磷酸化,阻断下游信号通路的激活,抑制肿瘤细胞生长。 /p p   据了解,吡咯替尼单药治疗晚期乳腺癌1b期临床研究旨在确定最大耐受剂量,评估药代动力学和初步疗效。研究结果显示出其极为出色的抗肿瘤疗效及较好的安全性。值得一提的是,1b期研究结果全文发表在全球顶级期刊《JCO》,中国自主研发抗肿瘤药物仅仅凭借I期研究就登上全球知名期刊十分难得。同期,另一肿瘤领域顶级期刊《Lancet Oncology》杂志也对吡咯替尼的1b期研究发表点评,对该新药出色疗效和较好的安全性做出了高度评价。 /p p   基于1b期研究的疗效和安全性,恒瑞迅速开展了2期临床研究,评估吡咯替尼联合卡培他滨方案对比拉帕替尼联合卡培他滨方案治疗HER2阳性转移性乳腺癌的有效性和安全性。研究结果表明,其临床获益,且较现有治疗手段具有明显优势,这一结果首次在2017年美国圣安东尼奥乳腺癌大会上报告。 /p p   由于研究结果与现有治疗相比存在重大突破,吡咯替尼仅凭2期临床研究结果即被CDE列入优先审评。由于其临床获益且较现有治疗手段具有明显优势,符合国家对临床急需药品(指对用于治疗严重危及生命且尚无有效治疗手段的疾病的创新药)有条件批准上市的相关要求。 /p p style=" text-align: center " img width=" 600" height=" 416" title=" 2018.8.14 2-2.jpg" style=" width: 445px height: 238px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201808/insimg/074fb1a4-8553-4941-950d-0fd1e9f386aa.jpg" / /p p style=" text-align: center "   span style=" font-size: 14px "  恒瑞吡咯替尼获批状态 /span /p p   2018年8月,吡咯替尼已经进入审批完毕,待制证状态。这是自1998年抗HER2治疗开始以来,中国首个自主研发的抗HER2靶向药物。 /p p & nbsp /p
  • 雷尼替丁啊,雷尼替丁,都是NDMA惹得祸
    Breaking News美国FDA继2019年9月13日发出警示在雷尼替丁样品中检出NDMA后,于2020年4月1日发布公告要求制药商立即从市场上撤回所有处方和非处方(OTC)雷尼替丁产品。这是正在进行对雷尼替丁(商品名 Zantac,善胃得)中N-亚硝基二甲胺(NDMA)污染物管控的最新举措。FDA已经确定,某些雷尼替丁产品中的杂质会随着时间的推移以及在高于室温条件下存储而增加,并可能导致消费者暴露于不可接受的杂质水平中。NDMA是个什么鬼?NDMA全名N-二甲基亚硝胺又称二甲基亚硝基胺,分子式C2H6N2O,分子量74.08,黄色液体,可溶于水、乙醇、乙醚、二氯甲烷,属于亚硝胺类化合物。NDMA的合成通常由二甲胺与亚硝酸盐在酸性条件下反应生成。根据ICH M7通则对基因毒性杂质的分类原则,NDMA应属于第一类已知诱变性和致癌性的物质。在世界卫生组织国际癌症研究机构公布的致癌物清单中NDMA被列为2A类致癌物。 NDMA大事记12018年7月5日欧盟医药管理局(EMA)公告宣布,中国某药企原料药缬沙坦含有杂质NDMA。 22018年7月13日FDA发布通告,提醒医生和患者关于几种含有缬沙坦活性成分的高血压和心力衰竭治疗药的自愿召回。召回原因是缬沙坦原料药中含有基因毒性杂质NDMA。 32018年9月28日FDA对中国某药企部分产品发布进口禁令,意大利官方要求欧盟国家停止进口该公司缬沙坦原料药及中间体。欧盟官方也在其官方网站发布类似公告。42019年9月13日FDA警示在雷尼替丁样品中检出亚硝基二甲胺(NDMA)。 52019年12月5日美国FDA宣布开始检测一线降糖药二甲双胍的样品是否含有超过限度的致癌物NDMA,如果发现二甲双胍药品中存在高含量的NDMA,将酌情建议召回。 NDMA从哪来?遗传毒性杂质主要来源于原料药合成过程中的起始物料、中间体、试剂和反应副产物。此外,药物在合成、储存或者制剂生产过程中也可能会降解产生遗传毒性杂质。药物中NDMA的可能来源包含以下方面: 1. 硝酸环境下与体系中的二甲胺发生反应得到 2. 药物本身发生降解产生二甲胺,然后继续与硝酸盐反应得到 3. 生产工艺过程中使用了二甲胺前体试剂,由其发生降解得到 4. 药物含有二甲胺或者类似结构,通过氯胺化或者氧化等途径降解产生NDMA,如雷尼替丁、二甲双胍等 5. 药物合成过程中使用了叠氮试剂或亚硝酸盐,在有二甲胺供体的情况下反应生成NDMA,如四氮唑类药物缬沙坦、厄贝沙坦、氯沙坦等 6. 其他途径引入,如制药用水、辅料等 NDMA限度值?根据WHO的数据,NDMA的可接受限度AI值为0.005~0.016 μg/kg,换算后为0.375~1.2 μg/天。根据不同药物的用药特点,对NDMA的限度做了不同要求。2018年12月FDA发布了血管紧张素II受体拮抗剂(ARB)药物中NDMA的可接受摄入量为96 ng/天。NMPA对缬沙坦的生产要求中规定了NDMA的限度不得过千万分之三(相当于EMA的暂定参考限定值0.3 ppm)。此外,在FDA的公告信中也提到二甲双胍中NDMA的可接受日摄入水平为96 ng/天,根据该值及最大日剂量则可计算出二甲双胍药品中NDMA的限度控制水平。如盐酸二甲双胍片最大日剂量为2 g,则该产品中NDMA的可接受摄入水平是0.048 ppm。 对于雷尼替丁,FDA在公告信中提到,建议制药公司如检测发现NDMA超出可接受日摄入水平(雷尼替丁96 ng/天或0.32 ppm)则因召回其产品。此次全面撤回是发现杂质NDMA会随着时间的推移以及在高于室温条件下存储而增加,从而导致严重的用药安全问题。 NDMA如何测?药品中遗传毒性杂质NDMA的含量极微,控制限度比较低,对检测方法灵敏度提出了很高的要求。目前中国NMPA、美国FDA、欧洲药典委员会EDQM及加拿大卫生部等机构公布的NDMA检测方法主要有GCMS、GC-MS/MS、LC、LC-HRMS、LC-MS/MS法等。随着美国雷尼替丁的退市,今后雷尼替丁中的NDMA测定需求尚未可知,但其他药品如沙坦类药物、替丁类药物、二甲双胍等这些药物中的基因毒性杂质地测定仍将继续。LCMS-8050同时测定沙坦类药物中NDMA、NDEA和NMBA5.0 ng/mL标准样品MRM色谱图 岛津版完整解决方案在经历全球范围内对基因毒性杂质致癌的恐慌之后,药品监管机构越来越警惕其他药物可能受到污染的风险。从缬沙坦到雷尼替丁,再到二甲双胍,由遗传毒性杂质NDMA引起的风波接连不断,NDMA控制的重要性不言而喻。为规范和指导化学药物中亚硝胺类杂质研究和审评,2020年1月6日国家药品监督管理局组织起草了《化学药物中亚硝胺类杂质研究技术指导原则(征求意见稿)》,面向社会公开征求意见。为了更好地对该类药物中的遗传毒性杂质进行质量控制,岛津公司开发了基于GCMS、GCMS/MS、LC、LCMS/MS以及Q-TOF平台的相关药物中NDMA检测方法,精心汇编了《化学药中遗传毒性杂质NDMA的检测方案》。此外,为了应对制药行业相关用户的需求,岛津分析中心还编写了《药品中基因毒性杂质检测整体解决方案》,收入了药品中磺酸酯类、亚硝胺类、残留溶剂等基因毒性杂质的应用方案。希望我们的工作能够为您带来帮助。
  • 软体家具遭遇富马酸二甲酯污染风险
    软体家具遭遇DMF(富马酸二甲酯)污染风险   前不久,国家质检总局在对全国85家木质家具制造企业进行检测后发现,甲醛超标的企业占76.9%,最高超标116倍。在板式家具尚未能摆脱甲醛阴影的此时,软体家具又蒙上DMF的新罪。   板式家具必须使用的板材、油漆、胶水等材料大多含有甲醛成分,虽然市面上有达到E1级和E0级甚至零甲醛的板材以及环保漆,但成本高昂,令很多企业望而却步。有业内人士透露,市场上标有“零甲醛”的产品基本都是在忽悠消费者。   欧美的板式家具也有很大的市场份额,记者了解发现,美国加州的CARB(California Air Resources Board,加州空气资源委员会)法规最为严厉。它不仅严格规定了各类板材的甲醛含量,还要求工厂必须建立质量管理体系和品质控制实验室,并必须强制第三方认证,产品必须贴上合格标签。而国内的板式家具,很多连规范的使用说明书都没有。   记者在了解欧盟对家具的相关环保要求时,发现其不仅对甲醛有相应规定,还对REACH(化学品注册、评估、许可和限制,影响化工、纺织、机电、玩具、家具等行业)有严格的规定,DMF(Dimethyl fumarate,富马酸二甲酯)更是在禁止之列。   据悉,DMF主要存在于沙发、床等软体家具之中,用于皮革和纺织品的生产、储存、运输等过程的杀菌和防霉,它虽然能抑制30多种霉菌、酵母菌和细菌,特别对肉毒梭菌和黄曲霉菌有很好的抑制作用,但根据相关专家论证,该物质在常温下升华具有熏蒸性,对眼睛、呼吸系统、皮肤和黏膜具有一定的刺激作用,与皮肤接触后易发生过敏、可引起皮肤湿疹和灼伤。
  • 有望减缓温室气体增加,科学家用冷冻电镜全面解析微生物一氧化二氮还原酶组装过程
    无味无毒的气体一氧化二氮(N2O,nitrous oxide)可以通过生物和非生物两类过程形成,这导致大气中 N2O 浓度每年稳定增加 0.2-0.3 %。一氧化二氮是一种消耗臭氧的物质;它的全球变暖潜力超过了二氧化碳的 300 倍,因此已经被认为是 21 世纪最关键的人为排放物。微生物可以将 N2O 转化为 N2,这是反硝化过程的最后一步,这一反应完全由一氧化二氮还原酶(N2OR 酶)催化。大气中 N2O 释放和不断积累的一个主要因素是,在高流量氮的环境下,微生物还原 N2O 的能力有限。因此,利用 N2OR 酶的性能进行农业或生物修复应用是相当有意义的,这需要对该酶及其反应过程有一个详细的了解。除了 [ 4Cu:2S ] CuZ 簇,它还含有混合价的双铜电子转移中心 CuA,这使其成为目前已知最复杂的含铜酶。各种真核生物和原核生物酶在涉及氧运输、电子转移或氧化还原催化的过程中都会使用过渡金属铜,但其巨大的细胞毒性、对铁硫簇代谢的不利影响以及产生活性氧的倾向性,使得细胞内必须进行严格的平衡和调节。N2O 还原剂通过完全在细胞质外组装 CuA 和 CuZ 来规避与细胞内铜有关的风险,尽管 apo-N2OR 已经以折叠状态通过 Tat 途径被输出。然而,这种策略导致了新的复杂情况,特别是包括在周质中没有还原当量和高能化合物,如核苷三磷酸酯。I 族 N2O 还 原催化剂的共同结构包括两个核苷酸结合结构域(NosF)和两个跨膜结构域(NosY)。一些细菌输出体进一步与附属蛋白相互作用,以建立复杂的运输系统,NosD 蛋白被认为是与 NosFY 一起发挥这种作用。由于 NosDFY 的实际货物分子尚未被确定,不能排除 CuZ 成熟所需的周质硫源。为了了解 N2OR 成熟的分子基础,这项研究制作并表征了 NosDFY 复合物,并通过冷冻电子显微镜(cryo-EM)研究了它与 NosL 和 N2OR 的相互作用,揭示了由细胞质中 ATP 水解驱动的周质酶铜位点的顺序组装线。2022 年 7 月 27 日,德国弗莱堡大学生物物化学研究所所长奥利弗 艾因斯(Oliver Einsle)与美国范 安德尔(Van Andel)研究所首席研究员杜娟合作,在 Nature 发表其最新论文,题为《一氧化二氮还原酶的组装机制中的分子相互作用》(Molecular interplay of an assembly machinery for nitrous oxide reductase ) [ 1 ] 。该工作详细地解析了 N2OR 酶的三维结构和组装机理。▲图 | 相关论文(来源:Nature)p. stutzeri (施氏假单胞,一种革兰氏阴性细菌)在大肠杆菌中被生产为稳定的五亚基复合物 NosDF2Y2,并在膜部分溶解后通过色谱方法分离出来。NosF2Y2 异源四聚体形成了复合物的核心,45kDa 的 NosD 蛋白从其中突出到周质中,成为一个细长的 β 螺旋,与糖类结合的蛋白质以及糖水解酶家族具有结构相似性。NosD 的主轴从与 NosFY 对相关的双轴上倾斜,打破了分子的对称性。在 NosD-NosY 界面,NosD 的 C 端折叠成三个 α - 螺旋(hI-III),部分位于膜内,紧紧楔入 NosY 二聚体。▲图 | 无核苷酸状态下 P.stutzeri NosDFY 的三维结构(来源:Nature)为了描述 NosDFY 的 ATP 结合状态,研究者们产生了一个 NosF(E154Q)变体。在这一变体中,非活性谷氨酰胺取代了催化性谷氨酸残基 154,且该单点变体的 ATP 水解活性降低得十分明显。当在特定的背景下表达时,它会使得 N2OR 酶缺乏活性位点 CuZ 簇,从而导致功能失调。无效的 E154Q 变体使 NosF 处于 ATP 结合状态,正如其他 ABC 蛋白(ATP 结合盒式蛋白,ATP-binding cassette transporter)已经报道的那样。具体来说,ATP 的结合使得 NosF2 二聚体大幅度闭合,这一动作将直接传导到 NosY 二聚体,从而实现关闭跨膜间隙,最终诱导 NosD 在周质中发生复杂的构象变化。这一过程可以用三种主要的旋转模式来描述。▲图 | NosDFY 及铜与 NosD 的结合的构型动力学(来源:Nature)据悉,NosDFYL 在正十二烷基 β -D- 麦芽糖苷(DDM)中会被分离出来,并被重组到糖二醇胶束(GDN)和膜支架蛋白(MSP)纳米盘中,以 3.3- (纳米盘)或 3.04- (GDN 胶束)的分辨率进行冷冻电镜观察。NosL 在复合物中的位置立即变得清楚,其 N 端被解析到 NosL ( C24 ) 的脂质附着点,该位点正好位于膜界面,而脂质附着点本身并没有被解析。这种排列明晰了 NosL 实际上并不像以前提出的那样位于外膜中,而是位于细胞质膜的外叶中。▲图 | 无核苷酸的 NosDFY 接受来自 NosL 的 Cu+(来源:Nature)在三个组成部分的相互作用中,ATP 驱动的 NosD 的旋转运动控制着与其伙伴 NosL 和 N2OR 的相互作用,其具体相互作用模式见下图。负载铜的 NosL 只能在无核苷酸状态下与 NosDFY 结合,在这种状态下,NosD 上的铜结合点朝向膜,允许 Cu+ 从 NosL 转移到 NosD。随后 ATP 与 NosF 的结合引发了 NosD 的旋转,而与膜相连的 NosL 无法跟随,导致其释放。在这种构象中,NosD 现在可以通过相同的界面与 N2OR 相互作用,将其 " 含铜货物 " 转移到该酶的金属位点。然后 NosF 中的 ATP 水解使 NosDFY 回到其无核苷酸的开放构象,而 N2OR 二聚体向膜的移动最终将迫使其释放,并释放出 NosD 上 HMM 三联体的铜结合位点,以装载 NosL 的另一个金属阳离子。在任何一个方向,各自的相互作用伙伴的释放都是通过 NosD 的旋转运动机械地触发的,NosDFY 及其伙伴的复合物的结构十分详细地显示了 ATP 驱动的 NosD 的变形如何使单核伴侣 NosL 的单个铜离子逐步转移,最终组装成四核 CuZ 簇。因此,ABC 运体 NosDFY 作为一个跨膜能量转换器,动态地促进新生酶与 NosD 的铜供体的结合和分离,将一个主要的活性转运蛋白重新利用为 ATP 驱动的杠杆,跨越分隔两个非常不同的细胞区间的边界。▲图 | 铜从 NosL 经 NosDFY 到 N2OR 的运输模型(来源:Nature)总之,该研究以 NosDFY 与 NosL 和 N2OR 酶组成的复合结构为解析对象,这一结构中含有高度复杂的铜位点,利用冷冻电镜,复合结构的组装途径被完全展示。在这一途径中,NosDFY 作充当机械能量转换器的角色,而并不直接起到转运作用。这项工作是科学家首次解析如此复杂的 N2O 还原酶结构,将为微生物 N2O 降解提供完整的理论支撑,并有望推动 N2O 还原降解的技术研究。
  • 二维液相色谱丨含碘造影剂,你的微量手性杂质我来查
    导读最近看到一则新闻,某患者因为肺部感染、哮喘,到医院放射科做了CT平扫,发现有一肺部肿块,医生建议再做个增强CT来进一步确定疾病的性质。那么,新闻中所说的增强CT究竟是什么呢?其实,增强CT就是指在CT平扫基础上,对发现的可疑部位,在经静脉注入含碘造影剂后,进行有重点的检查。也许您有疑问,为什么要注入含碘造影剂呢?它的安全性又如何控制呢? 为什么要注入含碘造影剂呢?含碘造影剂具有密度大的特点,经静脉注射进入体内后,因为病变组织内或血管丰富或血流缓慢而在病理组织中停滞、积蓄,使病变组织与邻近正常组织间的密度对比增加(即影像上黑白对比增加),CT图像能够更加清楚地显示组织血流和病变情况,以帮助鉴别疾病的良、恶性,提高病灶的定性能力,从而提高诊断准确率。 含碘造影剂小科普l 含碘造影剂的变迁自20世纪50年代被发现后,含碘造影剂经历了第一代的离子型造影剂飞跃到非离子型单体造影剂,再次飞跃到非离子型二聚体造影剂的过程。 图1 4种碘化CT造影剂的化学结构:离子单体、离子二聚体、非离子单体和非离子二聚体 目前被广泛用于临床的非离子型造影剂,如碘帕醇、碘海醇、碘普罗胺、碘曲轮、碘克沙醇等,具有毒性低、性能稳定、低渗等渗、耐受性好等优点。 l 碘帕醇的手性构型碘帕醇是一种非离子型水溶性碘造影剂,具有良好的显影作用,对血管壁及神经组织毒性低,化学性质稳定,不良反应较少,适应范围广。 碘帕醇(CAS号:66166-93-0)有1个手性中心,两个异构体(S-构型、R-构型),结构式见图2。碘帕醇中的R-碘帕醇含量增加会使碘帕醇注射液黏度升高,进而导致碘帕醇注射液的不良反应增加。因此控制不良构型的含量是碘帕醇及其他含碘造影剂质量控制的关键步骤。 图2 碘帕醇的S构型(左)和R构型(右) l 碘帕醇的一维手性分离探索利用色谱柱中手性固定相对异构体的吸附速度不同实现的色谱分离是常用手段。以Chiralpak MA(+)色谱柱和硫酸铜溶液为流动相建立碘帕醇的分离,R/S-碘帕醇分离结果如图3所示。 图3 250 mg/L浓度的R-碘帕醇样品溶液 (1)和S-碘帕醇样品溶液(2) 的1stD LC色谱图 通过分离结果可以看到,该手性分离体系能在20 min内实现碘帕醇两种构型的手性分离,但和多数液相手性分离的色谱行为相似,存在柱效较低的问题,因此在定量分析中对于含量较低的待测物的检出存在不足。 岛津解决方案对于类似碘帕醇这样的分子结构提示其可在反相色谱上有良好保留,因此考虑构建手性色谱体系和反相色谱体系的二维液相色谱系统,对已获分离的异构体杂质再次进行反相色谱分离以提高检测的灵敏度。 l 手性构型的二维分离 l 分离结果解析R-碘帕醇溶液(0.5 mg/L)2D LC 分析色谱图 5-10min间为R碘帕醇在1维液相上的保留,可以看到该浓度下无明显色谱峰,无法进行定量分析。经过阀切换将R碘帕醇在1维液相上的组分切入二维后,通过反相色谱作用,可以在16.5min左右发现明显的色谱峰同手性分离的 1 stD LC 结果相比,经过二维液相色谱分离的 R-碘帕醇灵敏度较之有 10 倍的提升。 结语药物杂质的高灵敏检查是控制药物纯度,提高药品质量的一个非常重要的环节。为了让含碘造影剂更加安全的为患者服务,岛津的二维液相色谱系统可发挥作用,弥补手性色谱柱效不足的缺点,既获得两种异构体的有效分离,又在经过反相色谱分离中获得良好响应。 撰稿人:李月琪 本文内容非商业广告,仅供专业人士参考。
  • 双特异性抗体解析新方法:离子迁移质谱结合碰撞诱导去折叠
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Analytical Chemistry上的文章,Ion Mobility-Mass Spectrometry and Collision-Induced Unfolding of Designed Bispecific Antibody Therapeutics1,文章的通讯作者是密歇根大学的Brandon副教授。  双特异性抗体(bispecific antibodies, bsAbs)是一类重要的新兴疗法,能够同时靶向两种不同的抗原,已被开发作为对某些单克隆抗体疗效有限疾病的治疗手段。尽管bsAbs具有独特的优势,但它的结构较为复杂,需要特殊的制备工艺,“knobs-into-holes”(KiH)是其中一种可以用于制备bsAbs的技术,这种技术通过将knob链CH3结构域表面的特定氨基酸突变为较大氨基酸,将hole链上的突变为较小氨基酸,从而实现“knobs-into-holes”的配对形式,提高不同轻重链在配对时的正确配对率,产生正确的bsAbs。然而,由于抗体治疗药物分子量较大,通常比传统的小分子药物表现出更大的结构复杂性和异质性,对KiH bsAb 高级结构的完整表征对定义bsAb的结构功能关系,以及确保最终治疗的稳定性、有效性和安全性都至关重要。目前已开发的分析方法有很多,但是普遍存在样品消耗量大、数据采集和解析时间较长等缺点。近年来,非变性离子迁移质谱(ion mobility-mass spectrometry, IM-MS)和碰撞诱导去折叠(collision-induced unfolding,CIU)逐渐被证实是用于分析单克隆抗体高级结构的有效方法,能够从存在结构异质性和杂质的几微克样品中表征单抗治疗药物的高级结构。IM可以根据气相蛋白离子的电荷和旋转平均碰撞截面(collision cross sections,CCSs)在毫秒时间尺度上对蛋白进行分离。当与质谱耦合时,可以很容易地将质荷比相同但CCS不同的离子区分开来,而CIU可以使IM-MS同步提供蛋白质结构和构象稳定性信息。CIU根据二硫键、糖基化水平、结构域交换特性等信息来区分差异。  在这篇文章中,作者描述了定量CIU在bsAbs中的首次应用,扩展了非变性IM-MS和CIU的能力,用于稳定表征KiH bsAb及其亲本knob和hole同型二聚体单抗的高级结构。  图1 Native、未修饰的knob(蓝色)和hole(橙色)同型二聚体,以及KiH bsAb异型二聚体(绿色)的CIU实验。(A)24+电荷态(左)及其相应重复RMSD基线(右)的平均CIU指纹图谱(n=3)。所有的指纹图谱都显示了白色虚线框所示的三个主要特征。在(B) 5 V、(C) 65 V、(D) 110 V时的标准化TWCCSN2分布。在较低的激活电位下,所有抗体均具有相似的CCS,在较高的加速电位下则存在显著差异。(E)两两的RMSD分析显示,与重复的RMSD基线(虚线)相比,抗体之间的整体高级结构差异。(F)CIU50分析说明了KiH bsAb模型的稳定性如何保持在knob和hole的同型二聚体之间。  如图1所示,bsAb的稳定性似乎与本文研究的KiH模型的两个亲本同型二聚体单克隆抗体相关。在电压为65V时,KiH bsAb的TWCCSN2分布与亲本knob同型二聚体单抗的分布相似 而在110V时,则与亲本hole同型二聚体单抗的分布相似。并且KiH bsAb的稳定性介于两种亲本同型二聚体单抗的稳定性之间。与指纹图谱中记录的第一次CIU转换相对应的是CIU50-1值,第二次的则是CIU50-2值,从3组样本的数据分析推测,CIU50-1和CIU50-2很可能代表了KiH bsAb和mAb结构中不同结构域的局部稳定性。  图2 knob和hole的半体CIU数据。(A)16+电荷态的平均CIU指纹图谱(n=3).(B)两两RMSD分析显示,半体之间的高级结构存在显著差异。(C)CIU50分析显示,蛋白质稳定性存在显著差异。  为了更好地展示KiH bsAb不同结构域的CIU特征,作者记录了同型二聚体单抗IM-MS光谱中16+电荷态的knob和hole半体的CIU数据。从图2A的指纹图谱可以看出,每种结构都包含4种主要的CIU特征,但是图2B的RMSD分析显示两种半体的高级结构之间存在显著差异。CIU50分析进一步表明,在观察到的两次展开过渡中,knob半体明显比hole半体更稳定。作者推测造成这种CIU主要差距的原因可能是Fab结构域的差异。  图3 Fab和Fc片段的CIU数据。(A)13+电荷态的平均CIU指纹图谱(n=3).(B)两两RMSD分析显示,knob和hole的Fab片段之间存在显著差异。(C)CIU50分析显示,不同片段之间稳定性存在显著差异。  为了进一步将CIU特征联系到KiH bsAb的结构域当中,作者对木瓜蛋白酶消化后产生的Fab和Fc片段进行了CIU分析。从图3A可以看出,knob和hole的Fab片段都具有3种CIU特征,但是嵌合的Fc片段则具有4种CIU特征。尽管knob和hole的Fab片段具有相似的CIU指纹图谱,但是RMSD分析显示它们之间的高级结构仍然存在较大差异,并且knob的Fab片段稳定性明显高于hole的。至于Fc片段的稳定性则远高于两种Fab片段,可能的原因是重链CH3结构域的强非共价作用以及knobs-into-holes配对的影响。  图4 去糖基化后的knob、hole同型二聚体和KiH bsAb异型二聚体24+离子(n=3)。(A)比较对照组和去糖基化抗体的RMSD分析显示,高级结构有显著差异。CIU50-1(B)和CIU50-2(C)分析显示抗体去糖基化后表现出显著的不稳定性。(D)对照组和去糖基化抗体之间的CIU50值差异图。  先前的研究已经证明,CIU对不同水平的单抗糖基化很敏感,其中去糖基化会导致单抗高级结构的不稳定。作者利用高分辨率非变性轨道阱质谱分辨添加PNGaseF前后同型二聚体mAb和KiH bsAb糖型的变化。实验结果显示,KiH bsAb表现出高度糖异质性,包含至少12种不同的糖型。这很可能归因于组装的KiH bsAb中每个独立的knob和hole重链上存在独特的糖基化,进一步增加了其复杂性。  总而言之,这篇文章展示了IM-MS结合CIU用于建立KiH bsAb及其亲本同型二聚体之间高级结构联系的能力。单独的CCS不足以解决此研究中抗体之间细微的高级结构差异。相比之下,CIU指纹图谱则可以分辨和区分每一个等截面的抗体。这一解释bsAb CIU细节的能力,加上对KiH bsAb稳定性的更深入理解,有可能提供支持KiH bsAb发现和发展的关键信息。  撰稿:梁梓欣  编辑:李惠琳  文章引用:Ion Mobility-Mass Spectrometry and Collision-Induced Unfolding of Designed Bispecific Antibody Therapeutics  李惠琳课题组网址www.x-mol.com/groups/li_huilin  参考文献  Villafuerte-Vega, R. C., Li, H. W., Slaney, T. R., Chennamsetty, N., Chen, G., Tao, L., & Ruotolo, B. T. (2023). Ion Mobility-Mass Spectrometry and Collision-Induced Unfolding of Designed Bispecific Antibody Therapeutics. Analytical Chemistry.
  • 基于小球藻细胞的磁性复合多聚体微机器人用于高效靶向给药
    微纳机器人在低雷诺数流体中可将能量转化为有效运动,因此在生物医学领域具有巨大的应用前景。近年来,磁性微纳机器人作为一种有发展前景的靶向给药平台而受到了特别的关注。科研工作者设计了不同的磁性微纳机器人用于高效递送抗癌药物至靶向肿瘤部位并取得了较好的效果。研究发现,作为体内给药的平台或载体,一方面,微纳机器人的生物相容性是至关重要;另一方面,微纳机器人的重构对于其在复杂变化环境中高度灵活地完成给药具有重要意义。然而,目前来说,微纳机器人的研究在同时满足这两方面的要求上仍具有一定的挑战性。 天然生物模板具有良好的生物相容性和精致结构的固有优势,有望为磁性微纳机器人的制备提供新的机遇。小球藻是一种具有良好的生物相容性和生物降解性的单细胞微藻。它们具有均匀的球状结构,直径约为3-5μm。这些特性使它们具有作为理想天然生物材料用于生物医学领域的优越性。然而,由于扇贝定理的限制,在低雷诺数流体中采用动态磁场有效地驱动具有简单对称球体形状的单一微球是不可行的,这限制了微藻细胞在微机器人领域的应用潜力。近日,北京航空航天大学蔡军课题组制备了一种基于小球藻细胞的磁性复合多聚体微机器人,实现了高效的靶向给药。研究者将小球藻(Chlorella,Ch.)细胞作为一种生物模板,依次进行Fe3O4沉积、抗癌药物阿霉素(DOX)装载,实现磁性复合微机器人单元的制备。利用磁偶极作用,微机器人单元通过诱导自组装作用重构成链状的复合多聚体微机器人(BMMs),如微小的二聚体、三聚体等。基于面投影微立体光刻(PμSL)技术设计了哑铃形的微流控通道,用于进行BMMs的体外靶向给药试验(图1)。图1,BMMs的制备和靶向给药示意图。图2,自组装BMMs的驱动性能。图3,BMMs的生物相容性和化疗性能。图4,BMMs的体外靶向给药试验。BMMs具有两种不同的运动模式,包括动态磁场下的旋转和垂直旋转磁场下的翻滚;运动速度的测量以及精确定位的实现表明BMMs具有优异的驱动能力(图2)。BMMs还表现出良好的生物相容性、高效的DOX装载能力、pH触发释药能力以及显著的化疗效果(图3)。另外,采用PμSL(nanoArch S140, 摩方精密)技术结合PDMS倒模技术制备了哑铃形微流控通道,在该通道内,利用磁场驱动实现了BMMs对HeLa癌细胞的靶向给药。结果表明BMMs可以实现精准靶向给药,并对抗肿瘤治疗具有良好的疗效。此研究在靶向抗癌治疗方面具有巨大的应用潜力。该研究成果,以“Magnetic Biohybrid Microrobot Multimers Based on Chlorella Cells for Enhanced Targeted Drug Delivery”为题发表在ACS Applied Materials & Interfaces上。
  • 二维液相色谱-高分辨质谱检测平台SEC-RPLC-QTOF轻松鉴定抗生素中聚合物杂质
    目前,在抗生素新药申报日益严格的大背景下,聚合物杂质的研究常常是药品审评中心(Center for Drug Evaluation, CDE)发补及退审的理由。抗生素中聚合物杂质是引起临床不良反应的主要过敏原,严格控制其含量具有重要的意义。传统的聚合物杂质检测通常采用排阻色谱法,该方法检测时间长、分离度和专属性不足,对聚合物杂质进行笼统的总量控制,定量不准确,且无法鉴定聚合物杂质的结构。 为了解决这些难题,岛津公司与北京新领先医药科技发展有限公司合作搭建了SEC-RPLC-QTOF二维液相色谱-高分辨质谱检测平台。基于该平台二维杂质动态上样、在线脱盐等技术,以及岛津高分辨质谱仪的高质量准确度和高质量稳定性等性能特点,目前双方的研发人员共同参与完成了十四种β-内酰胺类抗生素的聚合物杂质的全面解析,并建立质谱数据库。 二维液相色谱-高分辨质谱检测平台SEC-RPLC-QTOF 参考2020年版《中国药典》头孢米诺和头孢地嗪有关物质Ⅱ检测方法,一维采用岛津Shimpack Bio Diol-60高效凝胶色谱柱进行分离,将聚合物杂质指针性地导入样品环;然后采用中心切割在线除盐进行二维反相色谱分离目标杂质,并通过LCMS-9030四极杆飞行时间高分辨质谱采集,获得准确的一级和二级质谱数据来达到鉴定杂质的目的。 SEC-RPLC-QTOF二维液相色谱-高分辨质谱检测平台流路图 抗生素杂质数字化标准品数据库 创新中心开发的《抗生素杂质数字化标准品数据库》已收录《欧洲药典》β-内酰胺类抗生素相关杂质标准品基于岛津液相色谱-高分辨质谱仪LCMS-9030采集的ESI正/负双模式,7个不同碰撞能量下的二级质谱图,同时数据库已登录化合物信息、可能的结构式、分析方法的色谱条件和《中国药典》流动相条件对应的保留时间等。此外,为方便使用者从高分辨质谱方法向低分辨质谱方法的转化,本数据库还登录了14种抗生素品种相关杂质的MRM方法文件,适用于液相色谱-三重四极杆质谱产品的检测。 目前数据库包含头孢甲肟、拉氧头孢、氟氧头孢钠、头孢呋辛、头孢曲松、头孢他碇、头孢吡肟、头孢唑啉钠、阿莫西林、头孢呋辛酯、头孢哌酮钠舒巴坦钠、头孢克肟、头孢泊肟酯和头孢地尼等14种β-内酰胺类抗生素品种,153种杂质和主成分对照品,以及50余种高分子聚合物杂质的共计1483张二级质谱图。 应用案例:阿莫西林聚合物杂质的鉴定 采用SEC-RPLC-QTOF二维液相色谱-高分辨质谱检测平台共检出阿莫西林热降解溶液中14种杂质成分,成功分离出阿莫西林二聚体,三聚体,四聚体及其异构体。下图为阿莫西林二聚体在数据库中的检索结果。 阿莫西林二聚体鉴定结果 详细信息请参考:《阿莫西林胶囊热降解聚合物杂质的2D-HPLC分析及质谱裂解机理探讨》《药物分析杂志》中图分类号:R917 文献标识码:A 文章编号:0254-1793(2021)07doi: 10.16155/j.0254-1793.2021.07。 总结 创新中心搭载的专属性中心切割二维反相色质谱联用分析平台SEC-RPLC-QTOF,采用中心切割技术,在线除盐分离出目标杂质,利用LCMS-QTOF配合自主开发的质谱库进行鉴定。该分析平台不仅为企业客户大大降低了企业研发成本,同时也为企业的工艺改进、剂型研发、品质提升等方面提供技术参考。
  • 东曹再次亮相2012慕尼黑上海分析生化展
    2012年10月16-18日,慕尼黑上海分析生化展(Analytica China 2012)在上海新国际博览中心N1、N2馆顺利召开。东曹(上海)生物科技有限公司顺利参展,并推出若干色谱柱新品,受到新老客户的驻足关注。 此次展会上东曹公司推出了三款新上市的,针对抗体药物的多聚体、蛋白质片段分离分析的SEC色谱柱。新色谱柱将进一步提高对抗体药物前段多聚体、后端片段蛋白的分离效果,以满足生物制药的科研人员对于HPLC色谱柱的分辨率和分离选择性的更高要求。 色谱柱 特点和主要用途 TSKgel SuperSW mAb HR (4&mu m,7.8mmID X 30cm) 抗体二聚体、单体和片段的高分率分离分析 抗体药物的R&D物性评价及最终产品的品质管理 TSKgel SuperSW mAb HTP (4&mu m,4.6mmID X 15cm) 抗体二聚体和单体含量的超高速、短时间分离分析 抗体药物的筛选及最终产品的品质管理 TSKgel UltraSW Aggregate (3&mu m,7.8mmID X 30cm) 抗体多聚体(二聚体以上)的高分辨率分离分析 抗体原料药的R&D物性评价 东曹公司展台掠影
  • 西安交通大学第二附属医院576.00万元采购基因测序仪,流式细胞仪,核酸蛋白分析,细胞计数器,核酸提...
    html,body{-webkit-user-select:text }*{padding:0 margin:0 }.web-box{width:100% text-align:center }.wenshang{margin:0auto width:80% text-align:center padding:20px10px010px }.wenshangh2{display:block color:#900 text-align:center padding-bottom:10px border-bottom:1pxdashed#ccc font-size:16px }.sitea{text-decoration:none }.content-box{text-align:left margin:0auto width:80% margin-top:25px text-indent:2em font-size:14px line-height:25px }.biaoge{margin:0auto /*width:643px */width:100% margin-top:25px }.table_content{border-top:1pxsolid#e0e0e0 border-left:1pxsolid#e0e0e0 font-family:Arial /*width:643px */width:100% margin-top:10px margin-left:15px }.table_contenttrtd{line-height:29px }.table_content.bg{background-color:#f6f6f6 }.table_contenttrtd{border-right:1pxsolid#e0e0e0 border-bottom:1pxsolid#e0e0e0 }.table-left{text-align:left padding-left:20px }详细信息西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告陕西省-西安市状态:公告更新时间:2022-07-29招标文件:附件1西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告发布时间:2022072915:11:08西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告项目概况西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目招标项目的潜在投标人应在线上获取招标文件,并于2022年08月24日09时30分(北京时间)前递交投标文件。一、项目基本情况项目编号:XBMH2022152项目名称:西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目预算金额:576万元/年采购需求:西安交通大学第二附属医院采购分子组及大明宫院区医用试剂一批。本项目共分24个标段,各标标段具体采购的标的物及预算如下:标段号序号采购标的物名称检测方法采购预算(万元/年)中标家数参数要求招标最小单位第1标段(180万)1乙型肝炎病毒核酸定量检测PCR荧光探针法180万1家每测试2沙眼衣原体核酸检测每测试3淋球菌核酸测定每测试4解脲脲原体核酸检测每测试5单纯疱疹病毒II型核酸测定每测试7人巨细胞病毒核酸定量检测每测试8结核分枝杆菌核酸检测每测试9肺炎支原体核酸检测试剂盒每测试10EB病毒核酸检测每测试11幽门螺旋杆菌核酸检测每测试12肠道病毒71型核酸检测每测试13肠道病毒通用型核酸检测每测试14乙型肝炎病毒基因分型检测每测试15丙型肝炎病毒基因分型检测试剂盒每测试16人感染H7N9禽流感病毒RNA检测每测试17甲型H1N1流感病毒RNA检测每测试18季节性流感病毒H3亚型核酸检测每测试19季节性流感病毒H1亚型核酸检测每测试20Ⅰ群肠道沙门氏菌核酸检测每测试21发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒核酸检测每测试22柯萨奇病毒A16型核酸检测每测试23柯萨奇病毒A6型核酸检测每测试24柯萨奇病毒A10型核酸检测每测试25呼吸道合胞病毒核酸检测试剂盒每测试26登革病毒核酸检测每测试27HIV1核酸测定试剂盒每测试28中东呼吸综合征冠状病毒核酸检测每测试29寨卡病毒核酸检测每测试30B族链球菌核酸检测每测试31人博卡病毒核酸检测每测试32腺病毒核酸检测每测试33人鼻病毒核酸检测每测试34乙型肝炎病毒前C区/BCP区突变检测PCR反向点杂交法每测试35乙型肝炎病毒YMDD基因突变检测每测试36人乳头瘤病毒核酸检测及基因分型(至少标段含20种)PCR反向点杂交法每测试372019nCoV核酸快速检测试剂(标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管等耗材)荧光PCR法(快速扩增)1具备内源性内标;2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标;4检测最低下限小于等于500copy/L5快速核酸释放技术6扩增时间小于50分钟每测试382019nCoV核酸检测试剂(标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管等)荧光PCR法1具备内源性内标;2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标;4检测最低下限≤500copy/mL每测试39诺如病毒RNA荧光PCR法每测试40多瘤病毒(BKV、JCV)每测试41人偏肺病毒(HMPV)每测试42副流感病毒PIV每测试43甲型流感病毒每测试44乙型流感病毒每测试45呼吸道病毒核酸六重联检(甲、乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒1型、副流感病毒2型)每测试46白血病融合基因每测试47细小病毒(B19)胶体金法每测试第2标段(145万)1核酸提取或纯化试剂磁珠法145万1家每测试2丙型肝炎病毒核酸定量检测PCR荧光探针法每测试3丙型肝炎病毒基因分型检测每测试4HBVDNA/HCVRNA/HIVRNA(1+2)型三联检测每测试5乙型肝炎病毒核酸定量检测(高敏)检测下限≤10copies/mL每测试6乙型肝炎病毒基因分型检测每测试7丙型肝炎病毒核酸定量检测(高敏)检测下限≤25copies/mL每测试8丙型肝炎病毒核酸定量检测(超敏)检测下限≤15copies/mL每测试9EB病毒核酸定量检测检测下限≤400copies/mL每测试10人巨细胞病毒核酸定量检测检测下限≤400copies/mL每测试11沙眼衣原体核酸检测、解脲脲原体核酸检测、淋球菌核酸检测检测下限≤400copies/mL每测试12新型冠状病毒2019nCoV核酸检测,最低检测下限≤200copy/L(标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管)荧光PCR法1具备内源性内标;2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标;4最低检测下限≤200copy/mL每测试13高危型人乳头状瘤病毒DNA检测(15种)荧光PCR法(无需杂交)每测试132019nCoV、甲型流感病毒、乙型流感病毒核酸三联检荧光PCR法1具备内源性内标;2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL14腺病毒核酸检测荧光PCR法每测试第3标段(30万)新冠核酸快检试剂2019nCoV核酸快速检测试剂(标段含采样管及保存液、保存管、提取试剂、扩增试剂、吸头、八连管等)快速核酸检测30万1家1磁珠法提取;2.全检测流程≤80分钟3检测模式:核酸提取、扩增检测均在同一封闭;4独立模块,随来随测,独立检测。5.目的基因不少于双靶标(ORFlab基因、N基因);6检测最低下限小于500copy/mL;7检测通量≥8;每测试第4标段(6万)(MTHFRC677T基因检测+高血压个体化治疗基因检测+HLAB27核酸检测等)MTHFRC677T基因检测(3个位点)PCR熔解曲线法6万1家每测试人类CYP2C19基因分型检测每测试CYP2D6*10、CYP2C9*3、ADRB1(1165GC)、AGTR1(116AC)、ACE(I/D)检测每测试人运动神经元存活基因1(SMN1)检测每测试测序反应通用试剂盒(高血压个体化治疗基因检测)聚合酶链杂交法每测试测序反应通用试剂盒(叶酸)每测试测序反应通用试剂盒(他汀类)每测试测序反应通用试剂盒(氯比格雷)每测试测序反应通用试剂盒(华法林)每测试测序反应通用试剂盒(硝酸甘油)每测试人类HLAB27核酸检测荧光PCR法每测试高血压个体化治疗基因检测试剂(5个位点)每测试人类HLAB*5801基因每测试B族链球菌核酸检测每测试结核分枝杆菌复合群核酸检测恒温扩增荧光法每测试MTHERC677基因检测PCR金磁微粒层析法每测试第5标段(20万)(免费按需提供检测的质控品、校准品、辅助试剂及一次性耗材)恒温扩增相关试剂(20万)结核TBRNA检测恒温扩增法20万1家每测试乙肝HBVRNA检测每测试泌尿生殖道病原体RNA检测(沙眼衣原体、解脲脲原体、淋病奈瑟菌、生殖支原体)每测试第6标段(5万)细菌耐药基因检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药基因检测荧光PCR法5万1家每测试碳青霉烯耐药基因KPC检测每测试鲍曼不动杆菌耐碳青霉烯类抗生素基因(OXA23)检测每测试耐万古霉素肠球菌基因(vanA,vanB)检测每测试第7标段(20万)呼吸道病原菌核酸检测呼吸道病原菌核酸检测(标段括常见细菌、特殊病原体如嗜肺军团菌、结核分枝杆菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、流感嗜血杆菌等)恒温扩增芯片法20万1家每测试第8标段(30万)维生素类检测脂溶维生素(VA,D2,D3,E,K)串联质谱30万1家每测试水溶维生素(维生素B1、维生素B2、维生素B3、维生素B5、维生素B6、维生素B7、维生素B9、维生素B12)每测试类固醇激素类类固醇激素18项(二氢睾酮、脱氢表雄酮硫酸酯、脱氢表雄酮、皮质醇(氢化可的松)、雌酮、17α羟孕酮、孕烯醇酮、皮质酮、11去氧皮质醇、脱氧皮质酮、雄烯二酮、17α羟孕烯醇酮、睾酮、醛固酮、雌二醇、雌三醇、可的松(皮质素)、孕酮)1.82.5ng串联质谱每测试原醛激素5项(醛固酮、血管紧张素I,皮质醇,脱氧皮质酮、可的松)每测试四种激素萃取液(醛固酮、皮质醇,脱氧皮质酮、可的松)每测试血儿茶酚胺代谢检测(肾上腺素、去甲肾上腺素、多巴胺、变肾上腺素、去甲变肾上腺素)每测试尿儿茶8项(DA,E,NE,MN,NMN,3MT,HVA,VMA)每测试高香草酸和香草扁桃酸萃取液每测试人体代谢物浓度胆汁酸谱15项(胆酸、牛磺胆酸、甘氨脱氧胆酸、石胆酸、甘氨胆酸、牛磺熊脱氧胆酸、脱氧胆酸、牛磺石胆酸、甘氨熊脱氧胆酸、熊脱氧胆酸、甘氨石胆酸、牛磺鹅脱氧胆酸、鹅脱氧胆酸、牛磺脱氧胆酸、甘氨鹅脱氧胆酸)串联质谱每测试药物浓度检测免疫抑制剂(他克莫司、环孢霉素A、西罗莫司)药物浓度检测串联质谱每测试抗癫痫药(卡马西平、卡马西平10,11环氧化物、奥卡西平、10羟基卡马西平、丙戊酸/苯巴比妥、苯妥英钠、拉莫三嗪、托吡酯、左乙拉西坦)药物浓度检测每测试抗菌药(万古霉素、伏立康唑、替考拉宁、利奈唑胺、美洛培南、替加环素、莫西沙星、氟康唑)药物浓度检测每测试抗肿瘤药(甲氨蝶呤、氟尿嘧啶、多西他赛、多柔比星)每测试镇静催眠药(阿普唑仑、氯硝西泮、咪达唑仑、劳拉西泮、奥沙西泮、唑吡坦、艾司唑仑、替马西泮、溴西泮)药物浓度检测每测试抗抑郁药(米氮平、帕罗西汀、舍曲林、西酞普兰、艾司西酞普兰、文拉法辛、O–去甲文拉法辛、曲唑酮、氟西汀+去甲氟西汀、氟伏沙明、度洛西汀、安非他酮、羟安非他酮)药物浓度检测每测试抗精神病药(氯氮平及去甲氯氮平、氯丙嗪、利培酮+9–羟基利培酮、喹硫平、阿立哌唑、脱氢阿立哌唑、奥氮平、齐拉西酮、氨磺必利、丙戊酸、舒必利、氟哌啶醇、奋乃静、氟奋乃静)药物浓度检测每测试第9标段(8万)阿司匹林耐药基因检测LTC4S一代测序技术8万1家为临床服用阿司匹林是否存在抵抗提供帮助每测试PTGS1每测试GP1BA高血糖个体化用药基因检测外周血液基因组中的CYP2C9、OCT2、SLCO1B1、PPARy基因多态性性为临床鉴别患者对降糖药物敏感性提供帮助每测试SLCO1B1ApoE检测SLCO1B1检测*1b和*5两个位点;ApoE检测E2和E4两个位点每测试个体化用药指导AGTR1/ACE/ADRB1CY2D6/CYP2C9/CYP3A5/NPPA检测高血压合理用药;总共检测7个基因,10位点每测试CYP2C19氯吡格雷用药每测试CYP2C9VKORC1华法林初始剂量每测试MTHFR检测评判叶酸代谢能力,指导合理补充叶酸每测试ALDH2检测判断硝酸甘油用药无效风险,评估酒精代谢能力每测试细胞因子联合检测试剂细胞因子六联检(IL2\IL4\IL6\IL10\IFNγ\TNFα);流式细胞术(2类注册证)每测试细胞因子七联检(IL2\IL4\IL6\IL10\IL17A\IFNγ\TNFα) 每测试细胞因子八联检(IL2\IL4\IL6\IL10\IL12P70\IL17A\IFNγ、TNFα) 每测试PD1(程序性死亡蛋白1)每测试十二联检(IL1β\IL2\IL4\IL6\IL8\IL10\IL12P70\IL17A\IFNγ\TNFα\IFNα)维生素类检测脂溶维生素(VA,D2,D3,E,K)串联质谱每测试水溶维生素(维生素B1、维生素B2、维生素B3、维生素B5、维生素B6、维生素B7、维生素B9、维生素B12)每测试串联质谱检测3多种氨基酸检测试剂盒串联质谱每测试抗生素药物浓度检测试剂盒(阿米卡星、亚胺培南西司他丁、头孢哌酮舒巴坦、哌拉西林他唑巴坦、美罗培南、替加环素、利奈唑胺、万古霉素、去甲万古霉素、替考拉宁、氟康唑、伏立康唑、醋酸卡泊芬净)每测试第10标段(5万)1白色念珠菌核酸检测荧光PCR法5万1家每测试2光滑假丝酵母菌核酸检测每测试3热带假丝酵母菌菌核酸检测每测试4金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌核酸检测每测试5沙门氏菌和志贺氏菌核酸检测每测试6单纯疱疹病毒1型(HSV1)核酸检测每测试7单纯疱疹病毒2型(HSV2)核酸检测每测试8人感染H7N9禽流感病毒RNA检测每测试9麻疹病毒和风疹病毒核酸检测每测试10人乳头瘤病毒核酸检测及基因分型(至少标段含20种)荧光PCR定量法(无需杂交)每测试第11标段(大明宫)(60万)肝炎系列+新冠抗体+胃蛋白酶原乙型肝炎病毒表面抗体测定试剂盒磁微粒化学发光法60万1家每测试乙型肝炎病毒表面抗原测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒e抗原测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒e抗体测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒核心抗体测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒前S1抗原测定试剂盒每测试戊型肝炎病毒IgM测定试剂盒每测试丙型肝炎病毒抗体测定试剂盒每测试胃蛋白酶原Ⅰ测定试剂盒每测试胃蛋白酶原Ⅱ测定试剂盒每测试新型冠状病毒(2019nCoV)抗体检测试剂盒(磁微粒化学发光法)每测试抗HCV质控品每毫升HBcAb质控品每毫升HBeAb质控品每毫升HBeAg质控品每毫升HBsAb质控品每毫升HBsAg质控品每毫升抗HAVIgM质控每毫升抗HEVIgM质控品每毫升白介素6测定试剂盒(CMIA)每测试降钙素原测定每测试超敏C反应蛋白测定每测试肌酸激酶同工酶测定每测试心肌肌钙蛋白I测定每测试心肌肌钙蛋白T测定每测试肌红蛋白测定每测试心型脂肪酸结合蛋白测定每测试N端脑钠肽前体测定每测试白介素6质控品IL6免费提供胃蛋白酶原I质控品PGI免费提供胃蛋白酶原II质控品PGII免费提供人类免疫缺陷病毒抗原抗体测定试剂盒每测试梅毒螺旋体抗体测定试剂盒每测试甲型肝炎病毒IgM抗体测定试剂盒每测试激发液免费提供预激发液免费提供清洗液免费提供整装反应杯免费提供整装吸头免费提供样本稀释液免费提供FDP+DD纤维蛋白/原降解复合物胶乳免疫比浊法/颗粒增强免疫比浊法每测试D二聚体检测每测试FDP、D二聚体控制品每毫升D二聚体校准品每毫升FDP校准品每毫升生化类超敏C反应蛋白免疫比浊法每测试尿微量白蛋白测定每测试糖化白蛋白每测试糖化血红蛋白高压液相色谱法每测试第12标段(6万)多种心脑血管药物基因核酸样本预处理试剂心血管个性化用药指导11基因检测+核酸质谱法6万1家每测试心血管个性化用药指导21基因检测每测试高血压个性化用药指导9基因检测每测试冠心病个性化用药指导4基因检测每测试氯吡格雷+阿司匹林个性化用药基因检测每测试抗栓个性化用药9基因检测每测试儿童安全用药基因检测(核心板)每测试叶酸及营养每测试精神类药物基因核酸样本预处理试剂抑郁症个性化用药指导10基因检测每测试精神分裂症个性化用药10基因检测每测试癫痫个性化用药12基因检测每测试焦虑个性化用药9基因检测每测试肿瘤基因检测核酸样本预处理试剂化疗用药每测试男性18项高发肿瘤风险基因筛查(含BRCA基因)每测试女性21项高发肿瘤风险基因筛查(含BRCA基因)每测试核酸样本预处理试剂遗传性耳聋基因检测(20位点)每测试第13标段(5万)肝癌检测高尔基体蛋白73磁微粒化学发光免疫分析法5万1家每测试甲胎蛋白异质体比率(AFPL3%)每测试异常凝血酶原每测试感染三项1.全程C反应蛋白(CRP)上转发光免疫分析每测试2.血清淀粉样蛋白(SAA)每测试3.降钙素原(PCT)每测试第14标段(8万)ApoE基因型载脂蛋白EApoE基因型检测基因芯片法8万1家每测试第15标段(4万)SDC2基因甲基化检测人类SDC2基因甲基化检测荧光PCR法4万1家每测试第16标段(3万)S9甲基化Septin9基因甲基化检测荧光探针法3万1家每测试第17标段(25万)一次性加样枪头一次性加样枪头200微升迪肯酶免一体机专用25万1家每个一次性加样枪头1000微升每个核酸检测耗材盒装灭菌无酶吸头10微升核酸检测专用每个盒装灭菌无酶吸头100微升每个盒装灭菌无酶吸头200微升每个盒装灭菌无酶吸头1000微升每个加长型滤芯枪头(200ul)每个加长型滤芯枪头(10ul)每个HPV细胞保存液HPV细胞保存液(标段含采样器和保存管)5mlHPV分型专用每管采样管及保存管鼻拭子采样管、咽拭子采样管RNA检测标本采集每个第18标段(2万)六项呼吸道病毒核酸联合检测六项呼吸道核酸联合检测(甲、乙型流感病毒,呼吸道合胞病毒,腺病毒,肺炎支原体,人鼻病毒)荧光PCR法2万1家1具备内源性内标;2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL每测试六项呼吸道病原菌核酸检测六项呼吸道病原菌核酸检测(肺炎链球菌、肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、嗜肺军团菌、金黄色葡萄糖菌)荧光PCR法1具备内源性内标;2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL每测试第19标段(1万)传染病三项血液筛查核酸检测HBV+HCV+HIV血液筛查核酸检测荧光PCR法1万1家每测试第20标段(3万)心脑血管疾病风险预测MTHFRC677T基因检测(3个位点)PCR金磁微粒层析法2万1家每测试ALDH2(Glu504Lys)基因检测每测试氧化型低密度脂蛋白金磁微粒免疫层析法每测试S100β蛋白检测每测试早产早破预测胰岛素样生长因子结合蛋白1(IGFBP1)——胶体金与酶免方法1万胎膜早破诊断每测试胎儿纤维连接蛋白(fFN)——早产风险预测每测试第21标段(3万)颗粒酶B及穿孔素联合检测GranzymeB抗体试剂流式细胞计数法2万1家每测试穿孔素(Perforin)抗体试剂每测试CD45检测试剂(APCCy7)每测试CD3检测试剂(PerCP)每测试CD8检测试剂(APC)每测试CD16检测试剂(CD16PECy7)每测试CD56检测试剂(CD16PECy7)每测试HLAB27基因分型HLAB27基因分型检测荧光PCR法1万每测试百日咳杆菌核酸检测百日咳杆菌核酸检测荧光PCR法每测试第22标段(3万)耳聋基因检测遗传性耳聋易感基因检测(至少20种基因位点)PCR反向点杂交2万1家每测试艰难梭菌抗原及毒素快检艰难梭菌谷氨酸脱氢酶抗原GDH及毒素A/B酶联免疫层析法1万每测试第23标段(2万)SDC2和TFPI2基因甲基化联合检测SDC2和TFPI2基因甲基化联合检测试剂盒荧光PCR法2万1家每测试第24标段(2万)呼吸道病毒6项呼吸道合胞病毒、呼吸道腺病毒、人偏肺病毒、副流感病毒Ⅰ型、副流感病毒Ⅱ型、副流感病毒Ⅲ型荧光PCR法1万最低检测限:1000copies/mL每测试诺如病毒核酸检测诺如病毒RNA检测(粪标本)荧光PCR法0.5万每测试肠道病毒核酸检测试剂可检测肠道病毒,如柯萨奇病毒A组2型、4型、5型、6型、7型、9型、10型、12型、16型;柯萨奇病毒B组1型、2型、3型、4型、5型;肠道病毒C组;肠道病毒71型和埃可病毒。荧光PCR法0.5万(咽拭子)每测试合计共24个标段,总计576万元各供应商可选择参投一个或多个标段,可兼投兼中,但必须对所投标段内全部标的进行投标报价,不得缺项、漏项。本项目(不接受)联合体投标。二、申请人的资格要求:1、基本资格条件:符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商条件;1.1、提供在中华人民共和国境内注册的营业执照(或事业单位法人证书,或社会团体法人登记证书,或执业许可证)、组织机构代码证和税务登记证复印件【如已办理了多证合一,则仅需提供合证后的营业执照】,如供应商为自然人的需提供自然人身份证明。1.2、提供2021年度任意一个月的财务报表(至少标段括资产负债表、现金流量表和利润表)或具有财务审计资质的单位出具的2020年度财务会计报告或开标日前三个月内基本存款账户银行出具的资信证明(附开户许可证);2021年以后新成立企业提供成立之日至开标前任意一个月的财务报表(至少标段括资产负债表、现金流量表和利润表)或开标日前三个月内基本存款账户银行出具的资信证明(附开户许可证)。1.3、提供2021年以来至少一个月的纳税证明或完税证明(提供增值税、企业所得税至少一种),纳税证明或完税证明上应有代收机构或税务机关的公章或业务专用章。依法免税的供应商应提供相关文件证明。1.4、提供2021年以来至少一个月的社会保障资金缴存单据或社保机构开具的社会保险参保缴费情况证明。依法不需要缴纳社会保障资金的供应商应提供相关文件证明。1.5、提供履行合同所必需的设备和专业技术能力的书面声明。1.6、提供参加政府采购活动前3年内在经营活动中没有重大违法记录的书面声明。2、落实政府采购政策需满足的资格要求:本项目非专门面向中小企业采购。3、特定资格条件:3.1、供应商应授权合法的人员参加投标全过程,其中法定代表人直接参加投标的,须出具法人身份证,并与营业执照上信息一致;法定代表人授权代表参加投标的,须出具法定代表人授权书及授权代表身份证。3.2、投标产品纳入医疗器械(或药品)管理的,须提供供应商有效的医疗器械(或药品)经营许可证或经营备案凭证。3.3、投标产品纳入医疗器械(或药品)管理的,须提供产品有效的医疗器械(或药品)注册证或备案凭证。3.4、若投标产品为进口,供应商须提供有效的完整授权链的产品授权书(授权期限不足2年的须附能够提供持续供货的声明材料,英文授权须提供中文翻译版;制造商直接参与投标的不提供此项)。若投标产品为国产且纳入医疗器械(或药品)管理的,供应商须提供投标产品制造商有效的营业执照和生产许可证。3.5、供应商未被列入“信用中国”网站(www.creditchina.gov.cn)以下情形之一:①记录失信被执行人;②重大税收违法案件当事人名单。同时,在中国政府采购网(www.ccgp.gov.cn)“政府采购严重违法失信行为信息记录”中查询没有处于禁止参加政府采购活动的记录名单。本项目(不接受)联合体投标。三、获取招标文件1、时间:2022年08月01日至2022年08月05日,法定工作日每天上午09:0012:00,法定工作日每天下午14:0017:00(北京时间,法定节假日除外)地点:线上发售方式:(1)根据陕西省人民政府《关于加强新型冠状病毒感染的肺炎防控工作的通告》要求,本次招标文件采用线上发售,供应商在文件发售期以内将单位介绍信(介绍信中必须注明项目名称、项目编号、标段号)、经办人身份证、联系电话及电子邮箱等资料,加盖投标单位公章的彩色扫描件发送至邮箱714884417@qq.com,并及时关注邮箱回复消息。(2)招标文件售价人民币¥7200.00元(本招标项目各标段招标文件之和,每单个标段300元),售后不退。(标书费交纳信息:账户名称:陕西西北民航招标咨询有限公司;开户银行:建行西安高新科技支行;账号:61001925700052502533;转帐事由:项目名称简称、编号、标段号,如以个人名义转入,须备注单位名称。财务电话:029883479258013),采购代理机构在收到邮件并确认文件收费到账后,通过邮箱向供应商发售招标文件,请及时查收。四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点提交投标文件截止时间:2022年08月24日09时30分(北京时间)开标时间:2022年08月24日09时30分(北京时间)地点:西安市唐延路3号唐延国际中心AB区8楼开标室五、公告期限自本公告发布之日起5个工作日。六、其他补充事宜:(1)招标文件售价为每标段300元。(2)本项目接受进口产品投标。(3)采购项目需要落实的政府采购政策:1、《财政部国家发展改革委关于印发〈节能产品政府采购实施意见〉的通知》(财库〔2004〕185号);2、《国务院办公厅关于建立政府强制采购节能产品制度的通知》(国办发〔2007〕51号);3、《财政部环保总局关于环境标志产品政府采购实施的意见》(财库〔2006〕90号);4、《财政部司法部关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的通知》(财库〔2014〕68号);5、《三部门联合发布关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》(财库〔2017〕141号);6、《财政部发展改革委生态环境部市场监管总局关于调整优化节能产品、环境标志产品政府采购执行机制的通知》(财库〔2019〕9号);7、《关于运用政府采购政策支持乡村产业振兴的通知》(财库〔2021〕19号);8、《政府采购促进中小企业发展管理办法》(财库〔2020〕46号);9、陕西省财政厅关于印发《陕西省中小企业政府采购信用融资办法》(陕财办采〔2018〕23号)。七、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。1.采购人信息名称:西安交通大学第二附属医院地址:西安市西五路157号联系方式:冯老师029876798612.采购代理机构信息名称:陕西西北民航招标咨询有限公司地址:西安市唐延路3号唐延国际中心AB区8楼联系方式:佘冰霞029883479878046/139912653493.项目联系方式项目联系人:佘冰霞电话:029883479878046/13991265349(2022.07.27)重新招标公告分子组及大明宫耗材项目.pdf×扫码打开掌上仪信通App查看联系方式$('.clickModel').click(function(){$('.modelDiv').show()})$('.closeModel').click(function(){$('.modelDiv').hide()})基本信息关键内容:基因测序仪,流式细胞仪,核酸蛋白分析,细胞计数器,核酸提取仪,液相色谱仪,PCR开标时间:2022-08-2409:30预算金额:576.00万元采购单位:西安交通大学第二附属医院采购联系人:点击查看采购联系方式:点击查看招标代理机构:陕西西北民航招标咨询有限公司代理联系人:点击查看代理联系方式:点击查看详细信息西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告陕西省-西安市状态:公告更新时间:2022-07-29招标文件:附件1西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告发布时间:2022072915:11:08西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目公开招标公告项目概况西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目招标项目的潜在投标人应在线上获取招标文件,并于2022年08月24日09时30分(北京时间)前递交投标文件。一、项目基本情况项目编号:XBMH2022152项目名称:西安交通大学第二附属医院分子组及大明宫院区医用试剂采购项目预算金额:576万元/年采购需求:西安交通大学第二附属医院采购分子组及大明宫院区医用试剂一批。本项目共分24个标段,各标标段具体采购的标的物及预算如下:标段号序号采购标的物名称检测方法采购预算(万元/年)中标家数参数要求招标最小单位第1标段(180万)1乙型肝炎病毒核酸定量检测PCR荧光探针法180万1家每测试2沙眼衣原体核酸检测每测试3淋球菌核酸测定每测试4解脲脲原体核酸检测每测试5单纯疱疹病毒II型核酸测定每测试7人巨细胞病毒核酸定量检测每测试8结核分枝杆菌核酸检测每测试9肺炎支原体核酸检测试剂盒每测试10EB病毒核酸检测每测试11幽门螺旋杆菌核酸检测每测试12肠道病毒71型核酸检测每测试13肠道病毒通用型核酸检测每测试14乙型肝炎病毒基因分型检测每测试15丙型肝炎病毒基因分型检测试剂盒每测试16人感染H7N9禽流感病毒RNA检测每测试17甲型H1N1流感病毒RNA检测每测试18季节性流感病毒H3亚型核酸检测每测试19季节性流感病毒H1亚型核酸检测每测试20Ⅰ群肠道沙门氏菌核酸检测每测试21发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒核酸检测每测试22柯萨奇病毒A16型核酸检测每测试23柯萨奇病毒A6型核酸检测每测试24柯萨奇病毒A10型核酸检测每测试25呼吸道合胞病毒核酸检测试剂盒每测试26登革病毒核酸检测每测试27HIV1核酸测定试剂盒每测试28中东呼吸综合征冠状病毒核酸检测每测试29寨卡病毒核酸检测每测试30B族链球菌核酸检测每测试31人博卡病毒核酸检测每测试32腺病毒核酸检测每测试33人鼻病毒核酸检测每测试34乙型肝炎病毒前C区/BCP区突变检测PCR反向点杂交法每测试35乙型肝炎病毒YMDD基因突变检测每测试36人乳头瘤病毒核酸检测及基因分型(至少标段含20种)PCR反向点杂交法每测试372019nCoV核酸快速检测试剂(标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管等耗材)荧光PCR法(快速扩增)1具备内源性内标;2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标;4检测最低下限小于等于500copy/L5快速核酸释放技术6扩增时间小于50分钟每测试382019nCoV核酸检测试剂(标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管等)荧光PCR法1具备内源性内标;2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标;4检测最低下限≤500copy/mL每测试39诺如病毒RNA荧光PCR法每测试40多瘤病毒(BKV、JCV)每测试41人偏肺病毒(HMPV)每测试42副流感病毒PIV每测试43甲型流感病毒每测试44乙型流感病毒每测试45呼吸道病毒核酸六重联检(甲、乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒1型、副流感病毒2型)每测试46白血病融合基因每测试47细小病毒(B19)胶体金法每测试第2标段(145万)1核酸提取或纯化试剂磁珠法145万1家每测试2丙型肝炎病毒核酸定量检测PCR荧光探针法每测试3丙型肝炎病毒基因分型检测每测试4HBVDNA/HCVRNA/HIVRNA(1+2)型三联检测每测试5乙型肝炎病毒核酸定量检测(高敏)检测下限≤10copies/mL每测试6乙型肝炎病毒基因分型检测每测试7丙型肝炎病毒核酸定量检测(高敏)检测下限≤25copies/mL每测试8丙型肝炎病毒核酸定量检测(超敏)检测下限≤15copies/mL每测试9EB病毒核酸定量检测检测下限≤400copies/mL每测试10人巨细胞病毒核酸定量检测检测下限≤400copies/mL每测试11沙眼衣原体核酸检测、解脲脲原体核酸检测、淋球菌核酸检测检测下限≤400copies/mL每测试12新型冠状病毒2019nCoV核酸检测,最低检测下限≤200copy/L(标段含采样管及保存液、提取试剂、扩增试剂、八连管)荧光PCR法1具备内源性内标;2.防污染系统。3.目的基因不少于双靶标;4最低检测下限≤200copy/mL每测试13高危型人乳头状瘤病毒DNA检测(15种)荧光PCR法(无需杂交)每测试132019nCoV、甲型流感病毒、乙型流感病毒核酸三联检荧光PCR法1具备内源性内标;2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL14腺病毒核酸检测荧光PCR法每测试第3标段(30万)新冠核酸快检试剂2019nCoV核酸快速检测试剂(标段含采样管及保存液、保存管、提取试剂、扩增试剂、吸头、八连管等)快速核酸检测30万1家1磁珠法提取;2.全检测流程≤80分钟3检测模式:核酸提取、扩增检测均在同一封闭;4独立模块,随来随测,独立检测。5.目的基因不少于双靶标(ORFlab基因、N基因);6检测最低下限小于500copy/mL;7检测通量≥8;每测试第4标段(6万)(MTHFRC677T基因检测+高血压个体化治疗基因检测+HLAB27核酸检测等)MTHFRC677T基因检测(3个位点)PCR熔解曲线法6万1家每测试人类CYP2C19基因分型检测每测试CYP2D6*10、CYP2C9*3、ADRB1(1165GC)、AGTR1(116AC)、ACE(I/D)检测每测试人运动神经元存活基因1(SMN1)检测每测试测序反应通用试剂盒(高血压个体化治疗基因检测)聚合酶链杂交法每测试测序反应通用试剂盒(叶酸)每测试测序反应通用试剂盒(他汀类)每测试测序反应通用试剂盒(氯比格雷)每测试测序反应通用试剂盒(华法林)每测试测序反应通用试剂盒(硝酸甘油)每测试人类HLAB27核酸检测荧光PCR法每测试高血压个体化治疗基因检测试剂(5个位点)每测试人类HLAB*5801基因每测试B族链球菌核酸检测每测试结核分枝杆菌复合群核酸检测恒温扩增荧光法每测试MTHERC677基因检测PCR金磁微粒层析法每测试第5标段(20万)(免费按需提供检测的质控品、校准品、辅助试剂及一次性耗材)恒温扩增相关试剂(20万)结核TBRNA检测恒温扩增法20万1家每测试乙肝HBVRNA检测每测试泌尿生殖道病原体RNA检测(沙眼衣原体、解脲脲原体、淋病奈瑟菌、生殖支原体)每测试第6标段(5万)细菌耐药基因检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药基因检测荧光PCR法5万1家每测试碳青霉烯耐药基因KPC检测每测试鲍曼不动杆菌耐碳青霉烯类抗生素基因(OXA23)检测每测试耐万古霉素肠球菌基因(vanA,vanB)检测每测试第7标段(20万)呼吸道病原菌核酸检测呼吸道病原菌核酸检测(标段括常见细菌、特殊病原体如嗜肺军团菌、结核分枝杆菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、流感嗜血杆菌等)恒温扩增芯片法20万1家每测试第8标段(30万)维生素类检测脂溶维生素(VA,D2,D3,E,K)串联质谱30万1家每测试水溶维生素(维生素B1、维生素B2、维生素B3、维生素B5、维生素B6、维生素B7、维生素B9、维生素B12)每测试类固醇激素类类固醇激素18项(二氢睾酮、脱氢表雄酮硫酸酯、脱氢表雄酮、皮质醇(氢化可的松)、雌酮、17α羟孕酮、孕烯醇酮、皮质酮、11去氧皮质醇、脱氧皮质酮、雄烯二酮、17α羟孕烯醇酮、睾酮、醛固酮、雌二醇、雌三醇、可的松(皮质素)、孕酮)1.82.5ng串联质谱每测试原醛激素5项(醛固酮、血管紧张素I,皮质醇,脱氧皮质酮、可的松)每测试四种激素萃取液(醛固酮、皮质醇,脱氧皮质酮、可的松)每测试血儿茶酚胺代谢检测(肾上腺素、去甲肾上腺素、多巴胺、变肾上腺素、去甲变肾上腺素)每测试尿儿茶8项(DA,E,NE,MN,NMN,3MT,HVA,VMA)每测试高香草酸和香草扁桃酸萃取液每测试人体代谢物浓度胆汁酸谱15项(胆酸、牛磺胆酸、甘氨脱氧胆酸、石胆酸、甘氨胆酸、牛磺熊脱氧胆酸、脱氧胆酸、牛磺石胆酸、甘氨熊脱氧胆酸、熊脱氧胆酸、甘氨石胆酸、牛磺鹅脱氧胆酸、鹅脱氧胆酸、牛磺脱氧胆酸、甘氨鹅脱氧胆酸)串联质谱每测试药物浓度检测免疫抑制剂(他克莫司、环孢霉素A、西罗莫司)药物浓度检测串联质谱每测试抗癫痫药(卡马西平、卡马西平10,11环氧化物、奥卡西平、10羟基卡马西平、丙戊酸/苯巴比妥、苯妥英钠、拉莫三嗪、托吡酯、左乙拉西坦)药物浓度检测每测试抗菌药(万古霉素、伏立康唑、替考拉宁、利奈唑胺、美洛培南、替加环素、莫西沙星、氟康唑)药物浓度检测每测试抗肿瘤药(甲氨蝶呤、氟尿嘧啶、多西他赛、多柔比星)每测试镇静催眠药(阿普唑仑、氯硝西泮、咪达唑仑、劳拉西泮、奥沙西泮、唑吡坦、艾司唑仑、替马西泮、溴西泮)药物浓度检测每测试抗抑郁药(米氮平、帕罗西汀、舍曲林、西酞普兰、艾司西酞普兰、文拉法辛、O–去甲文拉法辛、曲唑酮、氟西汀+去甲氟西汀、氟伏沙明、度洛西汀、安非他酮、羟安非他酮)药物浓度检测每测试抗精神病药(氯氮平及去甲氯氮平、氯丙嗪、利培酮+9–羟基利培酮、喹硫平、阿立哌唑、脱氢阿立哌唑、奥氮平、齐拉西酮、氨磺必利、丙戊酸、舒必利、氟哌啶醇、奋乃静、氟奋乃静)药物浓度检测每测试第9标段(8万)阿司匹林耐药基因检测LTC4S一代测序技术8万1家为临床服用阿司匹林是否存在抵抗提供帮助每测试PTGS1每测试GP1BA高血糖个体化用药基因检测外周血液基因组中的CYP2C9、OCT2、SLCO1B1、PPARy基因多态性性为临床鉴别患者对降糖药物敏感性提供帮助每测试SLCO1B1ApoE检测SLCO1B1检测*1b和*5两个位点;ApoE检测E2和E4两个位点每测试个体化用药指导AGTR1/ACE/ADRB1CY2D6/CYP2C9/CYP3A5/NPPA检测高血压合理用药;总共检测7个基因,10位点每测试CYP2C19氯吡格雷用药每测试CYP2C9VKORC1华法林初始剂量每测试MTHFR检测评判叶酸代谢能力,指导合理补充叶酸每测试ALDH2检测判断硝酸甘油用药无效风险,评估酒精代谢能力每测试细胞因子联合检测试剂细胞因子六联检(IL2\IL4\IL6\IL10\IFNγ\TNFα);流式细胞术(2类注册证)每测试细胞因子七联检(IL2\IL4\IL6\IL10\IL17A\IFNγ\TNFα) 每测试细胞因子八联检(IL2\IL4\IL6\IL10\IL12P70\IL17A\IFNγ、TNFα) 每测试PD1(程序性死亡蛋白1)每测试十二联检(IL1β\IL2\IL4\IL6\IL8\IL10\IL12P70\IL17A\IFNγ\TNFα\IFNα)维生素类检测脂溶维生素(VA,D2,D3,E,K)串联质谱每测试水溶维生素(维生素B1、维生素B2、维生素B3、维生素B5、维生素B6、维生素B7、维生素B9、维生素B12)每测试串联质谱检测3多种氨基酸检测试剂盒串联质谱每测试抗生素药物浓度检测试剂盒(阿米卡星、亚胺培南西司他丁、头孢哌酮舒巴坦、哌拉西林他唑巴坦、美罗培南、替加环素、利奈唑胺、万古霉素、去甲万古霉素、替考拉宁、氟康唑、伏立康唑、醋酸卡泊芬净)每测试第10标段(5万)1白色念珠菌核酸检测荧光PCR法5万1家每测试2光滑假丝酵母菌核酸检测每测试3热带假丝酵母菌菌核酸检测每测试4金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌核酸检测每测试5沙门氏菌和志贺氏菌核酸检测每测试6单纯疱疹病毒1型(HSV1)核酸检测每测试7单纯疱疹病毒2型(HSV2)核酸检测每测试8人感染H7N9禽流感病毒RNA检测每测试9麻疹病毒和风疹病毒核酸检测每测试10人乳头瘤病毒核酸检测及基因分型(至少标段含20种)荧光PCR定量法(无需杂交)每测试第11标段(大明宫)(60万)肝炎系列+新冠抗体+胃蛋白酶原乙型肝炎病毒表面抗体测定试剂盒磁微粒化学发光法60万1家每测试乙型肝炎病毒表面抗原测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒e抗原测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒e抗体测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒核心抗体测定试剂盒每测试乙型肝炎病毒前S1抗原测定试剂盒每测试戊型肝炎病毒IgM测定试剂盒每测试丙型肝炎病毒抗体测定试剂盒每测试胃蛋白酶原Ⅰ测定试剂盒每测试胃蛋白酶原Ⅱ测定试剂盒每测试新型冠状病毒(2019nCoV)抗体检测试剂盒(磁微粒化学发光法)每测试抗HCV质控品每毫升HBcAb质控品每毫升HBeAb质控品每毫升HBeAg质控品每毫升HBsAb质控品每毫升HBsAg质控品每毫升抗HAVIgM质控每毫升抗HEVIgM质控品每毫升白介素6测定试剂盒(CMIA)每测试降钙素原测定每测试超敏C反应蛋白测定每测试肌酸激酶同工酶测定每测试心肌肌钙蛋白I测定每测试心肌肌钙蛋白T测定每测试肌红蛋白测定每测试心型脂肪酸结合蛋白测定每测试N端脑钠肽前体测定每测试白介素6质控品IL6免费提供胃蛋白酶原I质控品PGI免费提供胃蛋白酶原II质控品PGII免费提供人类免疫缺陷病毒抗原抗体测定试剂盒每测试梅毒螺旋体抗体测定试剂盒每测试甲型肝炎病毒IgM抗体测定试剂盒每测试激发液免费提供预激发液免费提供清洗液免费提供整装反应杯免费提供整装吸头免费提供样本稀释液免费提供FDP+DD纤维蛋白/原降解复合物胶乳免疫比浊法/颗粒增强免疫比浊法每测试D二聚体检测每测试FDP、D二聚体控制品每毫升D二聚体校准品每毫升FDP校准品每毫升生化类超敏C反应蛋白免疫比浊法每测试尿微量白蛋白测定每测试糖化白蛋白每测试糖化血红蛋白高压液相色谱法每测试第12标段(6万)多种心脑血管药物基因核酸样本预处理试剂心血管个性化用药指导11基因检测+核酸质谱法6万1家每测试心血管个性化用药指导21基因检测每测试高血压个性化用药指导9基因检测每测试冠心病个性化用药指导4基因检测每测试氯吡格雷+阿司匹林个性化用药基因检测每测试抗栓个性化用药9基因检测每测试儿童安全用药基因检测(核心板)每测试叶酸及营养每测试精神类药物基因核酸样本预处理试剂抑郁症个性化用药指导10基因检测每测试精神分裂症个性化用药10基因检测每测试癫痫个性化用药12基因检测每测试焦虑个性化用药9基因检测每测试肿瘤基因检测核酸样本预处理试剂化疗用药每测试男性18项高发肿瘤风险基因筛查(含BRCA基因)每测试女性21项高发肿瘤风险基因筛查(含BRCA基因)每测试核酸样本预处理试剂遗传性耳聋基因检测(20位点)每测试第13标段(5万)肝癌检测高尔基体蛋白73磁微粒化学发光免疫分析法5万1家每测试甲胎蛋白异质体比率(AFPL3%)每测试异常凝血酶原每测试感染三项1.全程C反应蛋白(CRP)上转发光免疫分析每测试2.血清淀粉样蛋白(SAA)每测试3.降钙素原(PCT)每测试第14标段(8万)ApoE基因型载脂蛋白EApoE基因型检测基因芯片法8万1家每测试第15标段(4万)SDC2基因甲基化检测人类SDC2基因甲基化检测荧光PCR法4万1家每测试第16标段(3万)S9甲基化Septin9基因甲基化检测荧光探针法3万1家每测试第17标段(25万)一次性加样枪头一次性加样枪头200微升迪肯酶免一体机专用25万1家每个一次性加样枪头1000微升每个核酸检测耗材盒装灭菌无酶吸头10微升核酸检测专用每个盒装灭菌无酶吸头100微升每个盒装灭菌无酶吸头200微升每个盒装灭菌无酶吸头1000微升每个加长型滤芯枪头(200ul)每个加长型滤芯枪头(10ul)每个HPV细胞保存液HPV细胞保存液(标段含采样器和保存管)5mlHPV分型专用每管采样管及保存管鼻拭子采样管、咽拭子采样管RNA检测标本采集每个第18标段(2万)六项呼吸道病毒核酸联合检测六项呼吸道核酸联合检测(甲、乙型流感病毒,呼吸道合胞病毒,腺病毒,肺炎支原体,人鼻病毒)荧光PCR法2万1家1具备内源性内标;2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL每测试六项呼吸道病原菌核酸检测六项呼吸道病原菌核酸检测(肺炎链球菌、肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、嗜肺军团菌、金黄色葡萄糖菌)荧光PCR法1具备内源性内标;2.防污染系统。3检测最低下限小于等于500copy/mL每测试第19标段(1万)传染病三项血液筛查核酸检测HBV+HCV+HIV血液筛查核酸检测荧光PCR法1万1家每测试第20标段(3万)心脑血管疾病风险预测MTHFRC677T基因检测(3个位点)PCR金磁微粒层析法2万1家每测试ALDH2(Glu504Lys)基因检测每测试氧化型低密度脂蛋白金磁微粒免疫层析法每测试S100β蛋白检测每测试早产早破预测胰岛素样生长因子结合蛋白1(IGFBP1)——胶体金与酶免方法1万胎膜早破诊断每测试胎儿纤维连接蛋白(fFN)——早产风险预测每测试第21标段(3万)颗粒酶B及穿孔素联合检测GranzymeB抗体试剂流式细胞计数法2万1家每测试穿孔素(Perforin)抗体试剂每测试CD45检测试剂(APCCy7)每测试CD3检测试剂(PerCP)每测试CD8检测试剂(APC)每测试CD16检测试剂(CD16PECy7)每测试CD56检测试剂(CD16PECy7)每测试HLAB27基因分型HLAB27基因分型检测荧光PCR法1万每测试百日咳杆菌核酸检测百日咳杆菌核酸检测荧光PCR法每测试第22标段(3万)耳聋基因检测遗传性耳聋易感基因检测(至少20种基因位点)PCR反向点杂交2万1家每测试艰难梭菌抗原及毒素快检艰难梭菌谷氨酸脱氢酶抗原GDH及毒素A/B酶联免疫层析法1万每测试第23标段(2万)SDC2和TFPI2基因甲基化联合检测SDC2和TFPI2基因甲基化联合检测试剂盒荧光PCR法2万1家每测试第24标段(2万)呼吸道病毒6项呼吸道合胞病毒、呼吸道腺病毒、人偏肺病毒、副流感病毒Ⅰ型、副流感病毒Ⅱ型、副流感病毒Ⅲ型荧光PCR法1万最低检测限:1000copies/mL每测试诺如病毒核酸检测诺如病毒RNA检测(粪标本)荧光PCR法0.5万每测试肠道病毒核酸检测试剂可检测肠道病毒,如柯萨奇病毒A组2型、4型、5型、6型、7型、9型、10型、12型、16型;柯萨奇病毒B组1型、2型、3型、4型、5型;肠道病毒C组;肠道病毒71型和埃可病毒。荧光PCR法0.5万(咽拭子)每测试合计共24个标段,总计576万元各供应商可选择参投一个或多个标段,可兼投兼中,但必须对所投标段内全部标的进行投标报价,不得缺项、漏项。本项目(不接受)联合体投标。二、申请人的资格要求:1、基本资格条件:符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商条件;1.1、提供在中华人民共和国境内注册的营业执照(或事业单位法人证书,或社会团体法人登记证书,或执业许可证)、组织机构代码证和税务登记证复印件【如已办理了多证合一,则仅需提供合证后的营业执照】,如供应商为自然人的需提供自然人身份证明。1.2、提供2021年度任意一个月的财务报表(至少标段括资产负债表、现金流量表和利润表)或具有财务审计资质的单位出具的2020年度财务会计报告或开标日前三个月内基本存款账户银行出具的资信证明(附开户许可证);2021年以后新成立企业提供成立之日至开标前任意一个月的财务报表(至少标段括资产负债表、现金流量表和利润表)或开标日前三个月内基本存款账户银行出具的资信证明(附开户许可证)。1.3、提供2021年以来至少一个月的纳税证明或完税证明(提供增值税、企业所得税至少一种),纳税证明或完税证明上应有代收机构或税务机关的公章或业务专用章。依法免税的供应商应提供相关文件证明。1.4、提供2021年以来至少一个月的社会保障资金缴存单据或社保机构开具的社会保险参保缴费情况证明。依法不需要缴纳社会保障资金的供应商应提供相关文件证明。1.5、提供履行合同所必需的设备和专业技术能力的书面声明。1.6、提供参加政府采购活动前3年内在经营活动中没有重大违法记录的书面声明。2、落实政府采购政策需满足的资格要求:本项目非专门面向中小企业采购。3、特定资格条件:3.1、供应商应授权合法的人员参加投标全过程,其中法定代表人直接参加投标的,须出具法人身份证,并与营业执照上信息一致;法定代表人授权代表参加投标的,须出具法定代表人授权书及授权代表身份证。3.2、投标产品纳入医疗器械(或药品)管理的,须提供供应商有效的医疗器械(或药品)经营许可证或经营备案凭证。3.3、投标产品纳入医疗器械(或药品)管理的,须提供产品有效的医疗器械(或药品)注册证或备案凭证。3.4、若投标产品为进口,供应商须提供有效的完整授权链的产品授权书(授权期限不足2年的须附能够提供持续供货的声明材料,英文授权须提供中文翻译版;制造商直接参与投标的不提供此项)。若投标产品为国产且纳入医疗器械(或药品)管理的,供应商须提供投标产品制造商有效的营业执照和生产许可证。3.5、供应商未被列入“信用中国”网站(www.creditchina.gov.cn)以下情形之一:①记录失信被执行人;②重大税收违法案件当事人名单。同时,在中国政府采购网(www.ccgp.gov.cn)“政府采购严重违法失信行为信息记录”中查询没有处于禁止参加政府采购活动的记录名单。本项目(不接受)联合体投标。三、获取招标文件1、时间:2022年08月01日至2022年08月05日,法定工作日每天上午09:0012:00,法定工作日每天下午14:0017:00(北京时间,法定节假日除外)地点:线上发售方式:(1)根据陕西省人民政府《关于加强新型冠状病毒感染的肺炎防控工作的通告》要求,本次招标文件采用线上发售,供应商在文件发售期以内将单位介绍信(介绍信中必须注明项目名称、项目编号、标段号)、经办人身份证、联系电话及电子邮箱等资料,加盖投标单位公章的彩色扫描件发送至邮箱714884417@qq.com,并及时关注邮箱回复消息。(2)招标文件售价人民币¥7200.00元(本招标项目各标段招标文件之和,每单个标段300元),售后不退。(标书费交纳信息:账户名称:陕西西北民航招标咨询有限公司;开户银行:建行西安高新科技支行;账号:61001925700052502533;转帐事由:项目名称简称、编号、标段号,如以个人名义转入,须备注单位名称。财务电话:029883479258013),采购代理机构在收到邮件并确认文件收费到账后,通过邮箱向供应商发售招标文件,请及时查收。四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点提交投标文件截止时间:2022年08月24日09时30分(北京时间)开标时间:2022年08月24日09时30分(北京时间)地点:西安市唐延路3号唐延国际中心AB区8楼开标室五、公告期限自本公告发布之日起5个工作日。六、其他补充事宜:(1)招标文件售价为每标段300元。(2)本项目接受进口产品投标。(3)采购项目需要落实的政府采购政策:1、《财政部国家发展改革委关于印发〈节能产品政府采购实施意见〉的通知》(财库〔2004〕185号);2、《国务院办公厅关于建立政府强制采购节能产品制度的通知》(国办发〔2007〕51号);3、《财政部环保总局关于环境标志产品政府采购实施的意见》(财库〔2006〕90号);4、《财政部司法部关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的通知》(财库〔2014〕68号);5、《三部门联合发布关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》(财库〔2017〕141号);6、《财政部发展改革委生态环境部市场监管总局关于调整优化节能产品、环境标志产品政府采购执行机制的通知》(财库〔2019〕9号);7、《关于运用政府采购政策支持乡村产业振兴的通知》(财库〔2021〕19号);8、《政府采购促进中小企业发展管理办法》(财库〔2020〕46号);9、陕西省财政厅关于印发《陕西省中小企业政府采购信用融资办法》(陕财办采〔2018〕23号)。七、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。1.采购人信息名称:西安交通大学第二附属医院地址:西安市西五路157号联系方式:冯老师029876798612.采购代理机构信息名称:陕西西北民航招标咨询有限公司地址:西安市唐延路3号唐延国际中心AB区8楼联系方式:佘冰霞029883479878046/139912653493.项目联系方式项目联系人:佘冰霞电话:029883479878046/13991265349(2022.07.27)重新招标公告分子组及大明宫耗材项目.pdf
  • qPCR体系优化和常见问题分析
    前言聚合酶链式反应(PCR)是用于扩增特定DNA片段的分子生物学实验技术。实时荧光定量PCR(以下简称qPCR)作为第二代PCR技术,自1996年推出以来,已经广泛应用于基因表达分析、病原微生物检测、动植物育种等许多研究领域,为了获得最理想的检测结果,qPCR从样本采集、核酸提取、cDNA合成到上机检测的流程有许多可以优化的参数。qPCR实验的工作流程首先需要确定研究的目的,根据实验设计规划好实验分组、重复次数等细节。接下来分为样本准备和引物探针验证两个重要的步骤。样本准备主要是核酸提取逆转录等步骤,引物探针需要去测试特异性和效率。接下来需要使用qPCR仪来对样品中的目的核酸进行扩增qPCR结束后根据实验目的对目的核酸进行相对或者绝对定量。接下来讲的qPCR体系优化会围绕着这个流程展开。1.样本的采集与处理首先,提前做好功课,了解样本的不同分型,或者了解详细的细胞分群。如果条件允许尽可能覆盖所有的组织类型或者细胞类型。其次,尽可能增加样本数量,也就是生物学重复,从而更客观地反映生物变异程度。另外,qPCR实验也需要有技术重复来降低误差。采样是需要严格规划的过程,比如材料的时效性、珍贵程度等,都要纳入考量范围。样品要尽量新鲜,取样尽可能快速。戴手套操作,防止污染。如果不马上提取核酸,需要-80°C保存,并尽快处理。2.核酸的提取和检测模板的质量直接影响到检测性能。核酸提取需要有效地将RNA或DNA从其他混合物中分离。RNA样本中的污染物——基因组DNA、DNA结合蛋白、酚类化合物或在提取RNA过程中引入的外源杂质(如手套中的粉末)——都已被证明会抑制下游实验,如逆转录和PCR扩增。核酸提取需要使用无菌无酶的试剂耗材,避免RNase或DNase污染,并对内源RNAse或DNAse进行有效抑制;多糖多酚样品要考虑多糖多酚杂质的有效去除。低温保存防止RNA或DNA降解。降解或不纯的RNA会限制逆转录反应的效率,降低产量。部分降解的RNA可能不能给出准确的基因表达结果。对于基因的定量,必须使用高质量的RNA,这意味着需要非常仔细地检查RNA的浓度和质量。可采用高分辨率琼脂糖凝胶检测核酸质量和分光光度法(A260/A280=1.8和A260/A230=2.0)检测核酸纯度和浓度。3.cDNA合成RNA 质量对 cDNA 合成结果会产生重要影响。并且RNA 很脆弱,容易降解。为了保证 RNA 的完整性,我们需要非常注意,比如在冰上操作,用 RNase-free 的枪头和离心管,减少操作时间等。在反应体系中加入 RNase 抑制剂也能有效防止 RNA 降解。如何评价样品中的杂质对逆转录的影响呢?可以梯度稀释后绘制标准曲线,如果低浓度的样品点数值偏大比较明显,基本可以判定杂质影响显著。不同厂家的反转录试剂会有差异,对RNA中的杂质耐受程度也不同。逆转录酶在整个反转录体系中具有关键性影响。除了活性以外,逆转录酶的热稳定性同样很重要,在较高温度下进行逆转录,能够减少 RNA 的二级结构,增加逆转录的效率。除了掌握 RNA 的完整性之外,反转录之前还需要对 RNA 浓度进行测定。一般反转录试剂盒会对上样量有要求,建议 total RNA 上样量小于 5 μg。超过这个范围,会使反转录产物产生偏好性 (表达丰度高的基因优先被反转录) 而造成定量结果不准确。逆转录出来的cDNA可以直接放在4°C保存,若长期不用,可分装,然后-20°C保存。4.qPCR方法的建立① 定量方法绝对定量:检测起始模板数的精确拷贝数,需要标准品构建标准曲线。标准品可以是纯化的基因组DNA、质粒DNA或者体外转录RNA(cDNA),其作用是生成标准曲线,建立Ct值与浓度之间的线性关系。标准品与待测样品的PCR效率一致,且接近100%,与样品的性质尽可能接近,与样品相同的扩增条件(PCR体系、耗材、同一次扩增),大于或等于5个梯度稀释的标准品。相对定量:在一个样本中,目的基因相对于内参基因的量的变化。内参基因选择建议筛选不少于三个内参基因来归一化RT-qPCR数据。目的是消除外部样品偏差,例如总RNA含量,RNA稳定性,酶效率或样品装载量的变化。对候选的内参基因进行qPCR 实验,得出Ct平均值以及 Ct值的标准偏差,选择SD最小的基因作为实验内参。可通过geNorm 、 BestKeeper 、 NormFinder、RefGenes 等工具来评估您的内参基因。② 荧光标记方法染料法:利用能与DNA双链结合的染料来实现,如SYBR Green I。该染料在游离状态下呈现微弱的荧光,一旦与双链DNA的双螺旋小沟结合,其绿色荧光增强约1000倍。因此其总的荧光强度与双链DNA含量成正比,利用这一关系可以反映生成的PCR产物的量。TaqMan荧光探针:是一种寡核苷酸探针,荧光基团连接在探针的5' 末端,而淬灭剂则在3' 末端。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收 PCR扩增时, Tag酶的5' -3' 外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。常用的荧光基团是FAM,TET,VIC,HEX。引物探针设计可以参考Gene π网站:https://www.gene-pi.com/item/primers-and-probes-2/③ 引物扩增效率验证标准曲线是评估PCR扩增效率最可靠和稳定的一种方法,该方法涉及到制作一系列的样品来控制目标模板的相对数量。最常用的是10倍梯度稀释样品,采用标准qPCR程序进行扩增获得Cq值,最后根据各样品浓度及相应的Cq值绘制标准曲线,得到线性方程Cq= -klgX0+b,扩增效率E=10(-1/k)-1。利用qPCR进行定量分析时,要求扩增效率范围在90%-110%(3.6>k>3.1)。④ 反应体系优化▶ 根据仪器类型,选择合适的耗材和qPCR试剂。▶ 每对引物先进行预实验,确定特异性以及最适浓度。▶ 配置不同的PCR反应体系,选择每个组分合适的浓度。▶ 设置温度梯度测试引物最合适的退火温度。▶ 实验设置NTC、NRT、 NEG和POS等对照组,来监控实验体系或污染。实时荧光定量PCR常见问题分析1.可疑的扩增曲线真正的扩增曲线,有特征的形状:首先背景信号,然后是三个增长阶段(指数增长期、线性增长期和平台期)。如果不是同时具有特征性的三个增长阶段,没有典型的指数增长期,那就不存在扩增。平台期很低也是常见的异常扩增曲线。可能是模板的浓度太低。通常如果模板的起始浓度太低, 反应体系中会形成大量的引物二聚体。大量引物二聚体的形成使得引物很快消耗完,从而造成扩增曲线的平台期很低。这种情况可通过调整引物和模板的比例。2.异常的荧光信号NTC出现荧光信号---引物二聚体形成或气溶胶污染,查看熔解曲线是否为单一峰。3.扩增效率过高或过低过低的扩增效率( 110%)可能存在的原因:▶ 移液器校准不良或移液技术差。▶ 不正确的稀释导致标准曲线出现错误。▶ 引物二聚体或非特异性扩增。▶ 标准曲线动态范围太小。▶ 基因组DNA污染。4.重复性差为精确定量,对每个样品都要做重复实验,复孔之间的Ct值不应超过0.5,标准偏差不大于0.2,这样,实验结果就有很好的精确度。造成重复性差的原因:▶ 加样误差(操作或者加样器导致)。▶ 没有将试剂和样品充分混匀。▶ 低拷贝的目的片段→泊松分布。▶ 基线阈值设定不合理。Cielo™ 实时荧光定量PCR系统Harness of the power of qPCR☑ 数据可靠性:连续1000次实验后,结果高度一致。☑ 应用灵活性:提供多种qPCR应用分析。☑ 流程智能化:中英文用户界面,触控操作,可多机联用。☑ 在线便捷性:主机可独立运行qPCR程序,数据可USB、Wi-Fi等网络传输。
  • 我国科学家利用聚集体调控探针实现多种细胞器动态超分辨成像
    近日,中科院大连化学物理研究所研究员徐兆超团队发展了聚集体调控探针,解决了以往蛋白标签荧光探针在超分辨成像应用中缺乏对多种细胞器通用性标记的问题。相关研究成果已发表于《聚集体》。  纳米尺度下细胞器与亚细胞器动态行为的监测与解析对于生命进程的解密至关重要。徐兆超团队前期针对溶酶体内酸性微环境设计合成了溶酶体自闪染料,并借助单分子定位显微镜(SMLM)实时监测了溶酶体运动并发现4种溶酶体间相互作用模式,针对脂滴内部高度疏水环境设计了缓冲脂滴探针,实现了脂滴的稳定超分辨成像并发现脂滴融合的新模式。该团队构建的SNAP蛋白标签探针还克服了传统线粒体探针易受电位波动而脱靶的问题,实现了对线粒体的稳定标记和动态超分辨成像。  然而,蛋白标签荧光探针依然面临细胞渗透性差的问题,特别是探针在细胞内局域分布使得单一探针难以具有对多种细胞器广谱性标记的性能。对此,该团队发展了具有“单体—二聚体—聚集体”多体系动态调控的SNAP蛋白标签探针BGAN-Aze,该探针在细胞外形成荧光淬灭的纳米聚集体而具有快速穿透细胞膜和在细胞内广泛分布的能力,在细胞内以单体的形式与目标蛋白共价连接,并伴随荧光的恢复,最终实现细胞内多种细胞器选择性荧光识别与细胞器亚结构的动态超分辨成像。  此外,研究发现BGAN-Aze为不带电荷的中性分子,可保持高度的细胞渗透性与生物相容性,能够实现纳米尺度下对细胞膜、线粒体、细胞核等多种细胞器亚结构的长时间追踪。  该探针基于遗传编码技术,实现了细胞内多种细胞器选择性荧光识别的广谱应用性,并且实现了细胞器亚结构的动态超分辨成像,进而揭示了多种未见报道的细胞器结构动态变化,为进一步研究不同细胞器的功能提供工具。
  • 原生环境质谱直接从组织中分析高达145kDa的完整内源性蛋白质组装体
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Anal Chem上的文章,Native Ambient Mass Spectrometry Enables Analysis of Intact Endogenous Protein Assemblies up to 145 kDa Directly from Tissue [1]。该文章的通讯作者是来自英国伯明翰大学的Helen J. Cooper教授。非变性原位质谱(native ambient mass spectrometry, NAMS)是一种新型的自上而下质谱分析方法。它结合非变性质谱和原位质谱的优势,可直接在蛋白质及其复合物的生理环境中进行对其进行无标记表征。NAMS可提供蛋白质结构、空间及瞬时相互作用的信息,具有直接从组织中分析内源性蛋白质组装体的巨大潜力。但是,目前,NAMS仅成功应用于直接检测低分子量 (图 1. 离子图像和 HCD MS2光谱表明大鼠脑中蛋白质复合物的亚基解离。(a) H&E染色的连续组织切片的光学图像。标签:Ce,小脑;C,大脑皮层;CC,胼胝体;F,穹窿;V,侧脑室区;Mb,中脑;Me,髓质和脑桥;H,海马;Th,丘脑;Ht,下丘脑;BG,基底神经节;OR,嗅觉区域。(b) Nano-DESI 全扫描质谱,代表光学图像中标记为“(b)”的像素。(c,d)巨噬细胞抑制因子同源三聚体显示均匀分布。(e,f)PGAM1同型二聚体分布。(g,h)MDH2同型二聚体分布。此外,作者在大鼠肾脏中鉴定了四种同源二聚体蛋白组件(61.2-94.2kDa),包括ω-酰胺酶 (61.2kDa)、MDH2 (66.4kDa)、苹果酸脱氢酶1 (MDH1, 72.8kDa) 和α-烯醇化酶 (94.2kDa),并将其成像(图2)。其中观察到的α-烯醇化酶为金属结合形式,每个亚基上结合了2个Mg 2+离子。图 2. (a)大鼠肾脏的H&E染色连续切片显示皮质(C)和髓质(M)组织。(b)在MSI期间获得的大鼠肾皮质组织中单个nano-DESI 像素的示例全扫描质谱。(c, d)α-烯醇化酶同型二聚体。(e, f)苹果酸脱氢酶1。(g, h) MDH2同型二聚体。(i, j) ω-酰胺酶。研究还从大鼠肝组织中鉴定出同型三聚体鸟氨酸转氨甲酰酶(OTC,108.8kDa)和同型四聚体乳酸脱氢酶A(LDHA,145.4kDa)(图3)。其中,在全扫描模式下,nano-DESI可以检测到145.4kDa的LDHA的较弱信号。通过nano-DESI-PTCR MS2的进一步确认,检测到的物质确实为LDHA。图3. (a) 直接来自大鼠肝组织的完整OTC同源三聚体的nano-DESI-PTCR MS 2。(b) 完整OTC同源三聚体的nano-DESI-HCD MS2显示亚基质量为36.2kDa。(c)完整LDHA同源四聚体 (145.4kDa)的nanoESI-PTCR MS2。(d)完整LDHA 同源四聚体的nanoESI-HCDMS2。在此研究中,作者成功利用NAMS质谱分析方法,直接从组织中检测并鉴定出内源性蛋白质组装体,分子范围为37.0-145.4kDa,包括二聚体、三聚体以及四聚体。其中检测到的上限(145.4kDa)超出LESA MS报道的质量上限的两倍,比nano-DESI 报道过的质量上限高出100kDa。通过调整离子光学和高m /z的气体压力,或者后续仪器和方法的开发,NAMS有可能进一步突破145.4kDa的上限,检测到分子量更大的蛋白组装体。[1]Hale OJ, Hughes JW, Sisley EK, Cooper HJ. Native Ambient Mass Spectrometry Enables Analysis of Intact Endogenous Protein Assemblies up to 145 kDa Directly from Tissue. Anal Chem. 2022 Apr 12 94(14):5608-5614.[2]Hale OJ, Cooper HJ. Native Mass Spectrometry Imaging and In Situ Top-Down Identification of Intact Proteins Directly from Tissue. J Am Soc Mass Spectrom. 2020 Dec 2 31(12):2531-2537.
  • 【热点应用】高级多检测器SEC表征腺相关病毒载体的方法
    #本文由马尔文帕纳科应用专家冯慧庆供稿# 基因治疗是生物制药行业中一个快速增长的领域,通过基因治疗可实现疾病的治疗或预防。其中,重组腺相关病毒(rAAV)是目前基因治疗领域研究较多的一类病毒载体。腺相关病毒(adeno-associated virus, AAV)是微小病毒科(Parvoviridae)家族的成员之一,一般,研究中采用的重组腺相关病毒载体(Recombination adeno-associated virus, rAAV)是在非致病的野生型AAV基础上改造而成的基因载体,由于其种类多样、免疫原性极低、安全性高、宿主细胞范围广、扩散能力强、体内表达基因时间长等,rAAV被视为最有前途的基因研究和基因治疗载体之一。目前,rAAV的准确定量分析和表征的难度是阻碍基因治疗快速发展的关键因素。我们常常需要对rAAV进行综合全面表征,比如衣壳数量、实心率、颗粒尺寸、聚集体比例等。传统情况,rAAV滴度和病毒载量采用ELISA、ddPCR、AUC和EM等技术进行测量。但这些方法通常费时费力,而且精确度不高。本文通过GPC/SEC和多角度动态光散射(MADLS)两种分析技术分析rAAV5样品,展示了快速、准确和可靠地定量测量AAV的病毒滴度(AAV Titer)和实心率(% full AAV)的方法。 01仪器参数OMNISEC GPC/SEC多检测器系统非常适合于生物医药行业,可用于全面表征rAAV样品。OMNISEC包含一个示差折光检测器(RI),紫外线全波长阵列检测器(UV-Vis 190-900 nm)和光散射检测器,仅需一次进样,可精确测量绝对分子量、聚集体比例、病毒滴度和实心率。与传统HPLC不同,测量过程不依赖柱保留体积,也不需要一系列标样进行色谱柱校正。图1显示了使用OMNISEC测量的CQA关键质量参数。02检测方法我们采用Empty和Full rAAV5两个样品作为分析案例。Full rAAV5 载有已知分子量为785 kg/mol的PFB-GFP ssDNA。经qPCR和ELISA测量方式可知,该样本的病毒滴度为2.5x1013。采用色谱柱P4000和P3000串联,对rAAV样品的进行色谱分离。由OMNISEC软件采集分析测试结果,其中硬件系统包含OMNISEC RESOLVE(包含泵、自动进样器和柱温箱)和OMNISEC REVEAL(包含示差、UV/PDA和直角90°/小角7°光散射检测器)。样品经过分离洗脱后,使用共聚物分析方法确定样品两种不同组分的浓度和分子量。计算方法如下:其中,ConcCapsid是衣壳浓度(mg/mL),NA是阿伏伽德罗数,Mwcapsid是衣壳的分子量(g/mol),ConcDNA是DNA浓度(mg/mL),MwSeqDNA是来自序列的ssDNA的分子量。因此,通过计算出的颗粒浓度,可以很容易地得出样品实心率的百分比。 03检测结果案例一:图2显示了Empty rAAV5的三检测色谱图。RI信号由红色曲线表示,260 nm紫外信号由紫色曲线表示,直角光散射(RALS)信号由绿色曲线表示。样品包含四个部分:单体峰保留体积(RV)在12.5ml,碎片在16ml ,二聚体在10.5ml ,聚集体在8.5ml 。使用共聚物分析方法,可以得到表1结果。单体的分子量为3.84×106g/mol。衣壳的理论分子量为3.8×106g/mol,证实分析结果与预期相符。MW/Mn为分子量分布,描述了样品的分散性,单体和二聚体的值接近1,而聚集体和片段均显着高于1,表明在同一峰内有多个不同分子量的组分。Fraction of Sample表示样品组分百分含量,单体所占百分比为84.7%。Fraction of Protein显示了样品中衣壳的百分比,单体包含99.8%的衣壳。这证实了样本确实是Empty rAAV5。最后Empty rAAV5样品总滴度为5.91x1013Vp/ml。 案例二:第二个样品Full rAAV5的三检测器色谱图如图3所示。图中显示了与Empty rAAV5截然不同的色谱峰。分析色谱图可以看出,只包含两个不同的组分,其中单体峰,大概12.5ml RV处,包含Full 和Empty rAAV5的混合物,而聚集体出现在8ml RV处。测试结果见表2。对于主体的单体峰,计算出其混合物分子量为4.49×106g/mol,其中86%为衣壳。rAAV5的蛋白质组分的分子量为3.89×106g/mol,这与表1中Empty rAAV5 的数据一致。单体是总体的93.2%,样本的总滴度为7.48x1013VP/ml。其中单体包含78% Full rAAV5,22% Empty rAAV5。需要注意的是,这种分析方法假设样品要么是Full ,要么是Empty ,忽略部分装载或过度装载情况。Zetasizer Ultra纳米粒度及电位仪可以使用MADLS方式快速确定病毒滴度。从OMNISEC获得的数据与Zetasizer Ultra的粒子滴度进行了比较,两种技术之间有很好的相关性,见图4。另外,本文将Full rAAV5和Empty rAAV5以确定比例混合,来对Full rAAV5样品进行分析。表3显示了每个样品的预期值和实际值Full rAAV百分比。图5显示了期望值和实际值之间有很强的相关性,证实了OMNISEC确定样品实心率结果的可靠性。为了进一步评估OMNISEC对rAAV样品准确表征能力,我们进行了rAAV5样品的热应力稳定性研究,同时,基于ZS Ultra对聚集体的极高灵敏度,我们利用了ZS Ultra表征rAAV5聚集体的微小变化。测试条件是将rAAV5样品置于25oC到80oC之间进行测试。在不断加热过程中,在每个温度下测量rAAV5样品的粒径。在25oC和35oC之间,没有观察到粒径的变化。从35oC开始,可以观察到粒径开始增大,这表明样品开始发生变化(图6A)。30oC和45oC下的数据比较清楚地显示了这些样品之间的大小差异(图6B)。我们选择45oC条件,对OMNISEC进行进一步稳定性研究。将rAAV5样品在稳定在45oC,分别在2min 、5min、10min和15min后,取样品到OMNISEC上测试。图7色谱叠加图显示样品发生了明显的变化,聚集体百分含量增加,单体浓度含量降低。表4显示MW在此潜伏期内保持稳定,单体峰中的AAV百分比也保持稳定。结论:在这项研究中,我们展示了OMNISEC和Zetasizer Ultra在综合分析表征rAAV5样品的能力,以及将两者联合使用的应用价值。 OMNISEC多检测SEC系统将示差折光检测器、紫外全波长检测器、光散射检测器集成一体化设计,具有更高的灵敏度和准确度,通过一次进样分析,可提供各种血清型AAV样品的绝对分子量、衣壳大小、滴度、实心率、聚集体、片段和样品稳定性等关键质量属性。虽然这些参数中很多都可以使用传统的生物化学方法来确定,但OMNISEC提供了更为简单、可靠的方法,正逐渐成为一种表征分析AAV通用的技术工具。
  • Emax体验日| 各显神通,弗尔德仪器与你切磋技艺
    4月25-27日,Emax体验日如期进行,来自全国各地的Emax用户如约而至,开始了为期3天的交流与体验之旅。国际惯例,先上图。4月25日,十余名各大研究院所的老师和同学参加了Emax体验日。本着更好地使用Emax的初衷,大家来到了弗尔德仪器上海总部,与我们交流了Emax使用心得,探讨了解决方案。 我们说25日下午,在弗尔德(上海)仪器设备有限公司科学仪器事业部总经理董亮先生的欢迎下,Emax体验日正式开启。首先,董亮先生介绍了公司的发展历程、品牌收购和旗下产品概况。弗尔德仪器陆续收购了六个子品牌:金相分析品牌ATM、热处理品牌CarboliteGero(卡博莱特盖罗)、元素分析专家Eltra(埃尔特)、前处理领头羊Retsch(莱驰)、粒度粒形开拓者Retsch Technology(莱驰科技)、硬度计领跑者Qness,六个子品牌相辅相成组成了一支实验室英雄联盟,专门为实验室打造全方位的解决方案。弗尔德仪器总经理董亮先生随后,弗尔德仪器技术部经理张军宇先生重点介绍了Emax精细研磨的原理和优势,分享了实际应用案例。日新月异的科技开展推动了纳米技术的发展,纳米研磨成为亟待解决的重要难题。不管是纳米材料制备还是机械合金化都需要高能输入,通常伴随着能量输入,引起巨大的发热量,因此高效控温是个非常关键的运行参数。高能水冷球磨仪Emax应运而生,引起了超精细研磨的革新,最高运行转速可达2000转/分,特有的水冷功能,使得Emax成为高能机械研磨的最佳实验室设备。弗尔德仪器技术部经理张军宇先生高能水冷球磨仪Emax他们说使用者黄先生分享了高能水冷球磨仪Emax在无机材料研磨中的应用案例和解决方案。与普通行星球磨仪相比,Emax效率更高,用时更短,能在10-15分钟就能达到普通球磨仪研磨2个小时的效果。高能水冷球磨仪Emax应用广泛,拥有众多的用户基础。使用者滕同学重点分享了陶瓷制备和机械合金中Emax的应用案例。使用者魏先生则介绍了高能水冷球磨仪Emax在电池材料中的应用,也向我们分享了独到的Emax维护心得。 最后,来自天津的徐老师分享了Emax在地质行业的应用实例。基于地质样品的粉碎要求(无污染、经济成本和时间成本),高能水冷球磨仪Emax完全能够满足地质样品的前处理要求。 在轻松有趣的讨论环境下,Emax用户畅所欲言,分享了各自真实的仪器使用体验和心得,并对弗尔德仪器提出了切实可行的宝贵意见,这些都将鞭策着弗尔德仪器奋勇前行、精益求精。动手做纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行。听到过众多材料的Emax研磨案例,不如亲自来一次热火朝天的研磨实验。在应用工程师肖婧文女士的指导下,Emax用户撸起袖子通过实验探索高能水冷球磨仪Emax针对不同样品的研磨方案。带着仪器日常维护问题,用户们专心聆听维修部总监秦琦先生介绍的Emax日常维护知识。在秦琦先生手把手的教学下,众多用户已经掌握了基础的Emax日常维护小窍门,收获了满满的仪器维护干货。Emax日常维护演示现场
  • 突破!西湖大学冷冻电镜成功解析新冠病毒细胞受体空间结构
    p style=" text-indent: 2em text-align: left " strong span style=" text-indent: 2em " 仪器信息网讯 /span /strong span style=" text-indent: 2em " 2月19日凌晨,西湖大学浙江省结构生物学研究重点实验室(施一公任主任)研究团队的鄢仁鸿(一作)、周强(通讯作者)等在预印版平台bioRxiv上线最新研究成果:利用冷冻电镜技术,成功解析新冠病毒受体血管紧张素转换酶2(ACE2)的全长结构。 span style=" text-indent: 2em color: rgb(0, 112, 192) " 成果对抗疫特效药研发具有重大指导意义,这也是全球首次成功解析ACE2的全长结构。 /span /span /p p style=" text-indent: 2em " span style=" text-indent: 2em " img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 342px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202002/uepic/4b257d5c-8236-478c-93f3-907498318ef9.jpg" title=" 00.png" alt=" 00.png" width=" 600" height=" 342" border=" 0" vspace=" 0" / /span /p p style=" text-indent: 2em " span style=" text-indent: 2em color: rgb(127, 127, 127) " (注:预印本网站bioRxiv的所有论文未经同行评议) /span /p p style=" text-indent: 2em " span style=" text-indent: 2em color: rgb(127, 127, 127) " 几天前,2月15日 /span span style=" text-indent: 2em color: rgb(0, 0, 0) " , /span a href=" https://www.instrument.com.cn/news/20200217/522050.shtml" target=" _blank" style=" color: rgb(84, 141, 212) text-decoration: underline " span style=" color: rgb(84, 141, 212) " 美国卫生总署(NIH)与美国得克萨斯大学奥斯汀分校Jason S. McLellan研究组合作在预印本平台bioRxiv上发表论文,报道了新冠病毒(2019-nCoV)S蛋白的首个冷冻电镜结构。 /span /a /p p style=" text-indent: 2em " 血管紧张素转换酶2(ACE2)是SARS冠状病毒(SARS-CoV)的表面受体,与刺突糖蛋白(S蛋白)直接相互作用。 ACE2也被认为是新冠状病毒(2019-nCoV)的受体,表现为严重的呼吸综合征。 B0AT1(SLC6A19)是中性氨基酸转运蛋白,其在肠道细胞中的表面表达需要ACE2。 发表成果中,西湖大学研究团队成功解析了与B0AT1结合的全长人ACE2的2.9埃分辨率冷冻电镜结构。 该复合物组装成ACE2-B0AT1异二聚体的二聚体,由于ACE2的肽酶结构域(PDs)转移,显示出开放和封闭的构象。 ACE2上新解析的类集合域(CLD)介导了同源二聚化。 结构建模表明ACE2-B0AT1复合物可以同时结合两个S蛋白,为冠状病毒识别和感染的分子基础提供了重要线索。 /p p style=" text-indent: 2em " strong ACE2 /strong 主要生理作用是促进血管紧张素的成熟,在肺、心脏、肾脏和肠道广泛存在。但当病毒入侵时,ACE2就被病毒“绑架”了。ACE2是SARS冠状病毒和人类冠状病毒NL63的受体,可以说是多数冠状病毒侵入人体的关键。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 西湖大学研究团队称 /strong :“在SARS病毒和‘新冠病毒’侵入人体的过程中,ACE2就像是‘门把手’,病毒抓住它,从而打开了进入细胞的大门。” /p p style=" text-indent: 2em " ACE2全长结构的解析,对于后续疫苗和抗病毒药物的研发,无疑提供了重要的结构生物学数据支撑。 /p p style=" text-indent: 2em " 根据西湖大学公布的资料,ACE2的全貌如下: /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202002/noimg/8d748624-c69c-46dc-8357-e206d6d1b33a.gif" title=" bf26资料图.gif" alt=" bf26资料图.gif" / /p p style=" text-indent: 2em " 上面的蓝色和灰白色部分,是ACE2的两个结构PD(肽酶结构域)和CLD(样域),但ACE2很难在体外稳定获得,常常是与肠道内的一个氨基酸转运蛋白B0AT1打包一同出现。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 西湖大学研究团队给出假设 /strong :这个复合物极有可能稳定住ACE2,并通过共表达的方法,能够获得优质稳定的复合物,就构成了上面这种X形状。 /p p style=" text-indent: 2em " 在确定了ACE2的这种特殊存在形态后,就在冷冻电镜下解析了它的三维结构: /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 450px height: 538px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202002/uepic/892b1c38-aa26-4f48-a8a5-9009ef1ddfad.jpg" title=" 1.png" alt=" 1.png" width=" 450" height=" 538" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 0em text-align: center " span style=" color: rgb(0, 176, 240) " 分辨率为2.9埃的ACE2三维结构图 /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 450px height: 315px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202002/uepic/6193d14b-1fc4-455a-8b2e-28927a0b1189.jpg" title=" 2.png" alt=" 2.png" width=" 450" height=" 315" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 0em text-align: center " span style=" color: rgb(0, 176, 240) text-indent: 2em " 整 /span span style=" color: rgb(0, 176, 240) text-indent: 2em " 个ACE2的结构图 /span /p p style=" text-indent: 2em " 研究团队称,这一研究揭示了二聚体组装中全长ACE2的高分辨率结构。 建模分析表明,冠状病毒的两个S蛋白三聚体同时与ACE2二聚体结合。本研究的结构为阐明2019-nCoV感染的机制提供了一个重要的框架,并可能促进潜在疗法的发展。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 450px height: 300px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202002/uepic/5098d370-0dd0-44d9-a878-7b7120e1e300.jpg" title=" 3.jpg" alt=" 3.jpg" width=" 450" height=" 300" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 0em text-align: center " span style=" color: rgb(0, 176, 240) " 第一作者鄢仁鸿(左)与通讯作者周强(右) /span /p p style=" text-indent: 2em " 这项研究中,西湖大学的冷冻电镜和超级计算机中心分别提供了冷冻电镜和计算支持。并获得国家自然科学基金(项目31971123,81920108015, span style=" text-indent: 2em " 31930059)和浙江省重点研发计划(2020C04001)的资助。 /span /p p style=" text-indent: 2em margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) font-size: 18px " strong ▊关于浙江省结构生物学研究重点实验室 /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 450px height: 333px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202002/uepic/c1dc0fa7-335f-48e8-9d1a-4addcb741fec.jpg" title=" 4.jpg" alt=" 4.jpg" width=" 450" height=" 333" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em " 浙江省结构生物学研究重点实验室是西湖大学第一批获准成立的浙江省重点实验室之一。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 研究内容和方向 /strong :旨在建设一个能够引领世界结构生物学研究方法和技术发展的重点实验室。实验室将围绕重要的生物学问题和技术需求,以冷冻电子显微学为核心(包括单颗粒冷冻电子显微镜三维重构、冷冻电子显微镜断层成像、冷冻电子显微镜交叉学科发展三个研究方向),以X-射线晶体学、化学生物学、蛋白质设计、分子动力模拟等相关学科为助力,充分发挥各前沿学科的优势,探索出一套高效的多学科人才合作研究新机制,开发出若干具有我国自主知识产权的革新技术与软件算法,取得一系列具有里程碑意义的结构生物学原创成果,促进浙江省乃至我国在相关领域内基础研究力量和创新能力的提升,以及相关研究成果的转化。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 人员构成 /strong :国际著名结构生物学家、中国科学院院士、西湖大学校长施一公教授任实验室主任。中科院上海生科院植物生理生态研究所研究员张鹏教授任学术委员会主任。全球范围内遴选的多名优秀青年科学家担任重点实验室骨干。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 发展方向 /strong :实验室将整合多学科优势,积极推进基础科研应用和后期成果转化,在未来5-10年开发一系列具有深远影响的结构生物学新成果新技术,促进浙江省生物技术、生物制药等相关产业的发展。 /p p style=" text-indent: 2em " & nbsp /p p style=" text-indent: 2em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 论文链接 /span : a href=" https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.17.951848v1" target=" _blank" style=" color: rgb(127, 127, 127) text-decoration: underline " span style=" color: rgb(127, 127, 127) " https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.17.951848v1 /span /a /p
  • 奶瓶中化学物迁移的阶梯检测法
    p span style=" FONT-FAMILY: times new roman"    /span span style=" FONT-FAMILY: times new roman" 科学家正在开发一种新的质谱方法用以检测从塑料奶瓶迁移到奶液中的未知物质。 /span /p p span style=" FONT-FAMILY: times new roman"   尽管全世界有不计其数的塑料奶瓶在使用中,但对从奶瓶迁移至婴儿食品中化学物质的研究非常有限。从双酚A被禁用后,聚碳酸酯瓶销量出现下降。这些塑料奶瓶中的有害物质有可能诱发人体的一系列疾病,特别是可能带来生殖系统不调或基因毒性。 /span /p p span style=" FONT-FAMILY: times new roman"   这种塑料奶瓶的代替品是用聚丙烯和聚酰胺制造而成的奶瓶。但是,欧洲科学家认为并没有充分的调查结果说明新奶瓶的潜在化学物质迁移情况。也许这种奶瓶中的其它有害物质会造成健康影响,特别是对小宝宝。 /span /p p span style=" FONT-FAMILY: times new roman"   新的方法发表在Journal of Mass Spectrometry(质谱杂志),这种阶梯式的步骤也适用于其它食物容器。这种方法非常实用,用六个市售婴儿奶瓶的案例试验来阐释,不依赖于之前的化学物相关知识。方法中食物模拟物是乙醇溶液。 /span /p p span style=" FONT-FAMILY: times new roman"   .第一个步骤是GC/MS,首先用四极杆质谱和离子库来查找配对质量。如果有的峰不能确定,那么再使用更高分辨率的质谱来得到碎片离子的精确值,并从其它的数据库来查找化学元素组成。然后用软电离和飞行时间质谱来测定分子离子。 /span /p p span style=" FONT-FAMILY: times new roman"   当然,并不是所有的潜在迁移物质都具有挥发性的或者都适合使用GC/MS。所以,在待测物不适合GC/MS时可以使用LC/MS Q-TOF检测。这些检测发现将用以建立塑料生产中化学物和添加剂的数据库。 /span /p p span style=" FONT-FAMILY: times new roman"   这个方法可以检测出很多潜在迁移物,如二环戊基二甲氧基硅烷、十二内酰胺二聚体、棕榈酸酯和十八碳烯酸等。 /span /p p span style=" FONT-FAMILY: times new roman"   虽然研究人员在方法研究上取得了一定的成功,但他们强调这个试验“需要具有一定的分析经验和洞察力,是一个具有挑战而又相当单调的工作。” /span /p p style=" TEXT-ALIGN: right" span style=" FONT-FAMILY: times new roman" 编译:郭浩楠 /span /p
  • N-聚糖唾液酸结合异构体鉴定——SialoCapper™ -ID试剂盒+MALDI-8020
    唾液酸(SA)是酸性单糖的家族名称,包括 N-乙酰神经氨酸 (NeuAc) 和 N-羟乙酰神经氨酸 (NeuGc),主要存在于聚糖的非还原末端。是一种天然存在的碳水化合物,最初由颌下腺粘蛋白分离出,因此而得名。唾液酸通常以低聚糖,糖脂,糖蛋白的形式存在。唾液酸可以以 α2,3- 或 α2,6- 键类型存在。这样的连接异构体在生物学上很重要,因为不同连锁类型可能与各种疾病有关,例如病毒感染和癌症。 近年来,质谱技术已被广泛应用于分析聚糖。然而,鉴定含有多个唾液酸残基的复杂聚糖的唾液酸键类型仍然具有挑战性。本研究工作通过使用“SialoCapper-ID 试剂盒”进行独特的衍生化,然后进行 MALDI-8020 MS分析,从而鉴定2-氨基吡啶(PA)标记的聚糖上的酸谱系类型。 SialoCapper-ID 试剂盒是一种用于聚糖预处理的新型试剂盒,可简化获得专利的唾液酸键特异性烷基酰胺化 (SALSA 方法)步骤。SALSA通过中和残留物来防止在聚糖预处理和 MS 分析过程中唾液酸残留物的损失。此外,它允许通过以特定键的方式衍生残基来基于 MS 区分唾液酸键异构体。 SALSA法的衍生方案 本实验中,N-连接聚糖通过肼解作用从51只大鼠102只耳蜗血管纹衍生的糖蛋白中释放出来的。N-聚糖的还原端用PA标记。然后根据唾液酸的数量通过 DEAE 阴离子交换 HPLC 对 PA 标记的聚糖进行分离,并在 ODS 柱上使用反相 (RP) HPLC 进一步分离。使用酰胺柱和 LC-MS 通过正相 (NP) HPLC 分析分级的 N-聚糖,并根据二维 (2-D) HPLC 分析 (RP/NP) 的结果确定 N-聚糖的结构 和 LC/MS 分析。最后,使用 SialoCapper-ID Kit 进行唾液酸键特异性衍生化,用于未确定唾液酸键类型的分离。 在用碳芯片对 14 份 PA 标记的聚糖进行脱盐后,使用 SialoCapper-ID 试剂盒在试管中以液相反应的形式进行唾液酸键特异性衍生化。除了通过 2-D HPLC 和 LC/MS 进行结构测定外,研究者另辟蹊径,使用MALDI-8020+ SialoCapper-ID 试剂盒根据唾液酸键特异性衍生化产生的质量变化来区分唾液酸键类型。相对于LC/MS,MALDI-MS有利于轻松快速鉴定唾液酸键类型,特别是在分析多个样品时。 A1-14 组分的质谱图和唾液酸键型鉴定结果A2-16 组分的质谱图和唾液酸键型鉴定结果 MALDI-8020+SialoCapper-ID 试剂盒唾液酸结合异构体鉴定优势1 无需与标准聚糖样品的分析结果进行比较,即可识别复杂聚糖的唾液酸键类型。2 SialoCapper-ID Kit可应用于标记糖链,无需改变常规分析流程即可进行唾液酸键联分析。3 无需 LC 分离, MALDI-MS 直接鉴定唾液酸键类型。 MALDI-8020是岛津MALDI家族一款体积小巧,性能卓越的特色产品。荣获2018 IBO工业设计大奖银奖。 主要特点:● 线性台式MALDI-TOF● 200Hz固态激光器,355nm波长● 进样速度快● TrueClean™ 自动源清洁功能。配备大口径离子光学系统,使仪器长期使用中源的污染风险降到最低。配备基于紫外激光器的源清洁功能,可自动快速实现源自清洁。● 静音(55dB)● 可视化工作状态 参考文献:岛津应用新闻:Sialic Acid Linkage Isomer Discrimination of N-glycansderived from Rat Cochlea using SialoCapper-ID KitM. Inuzuka, T. Nishikaze 本文内容非商业广告,仅供专业人士参考。
  • 又一篇nature!Panta助力精子特异性溶质载体SLC9C1的结构解析
    01研究背景SLC9C1是精子中特异的溶质载体,属于阳离子/质子逆向转运蛋白SLC9超家族,其表达与精子数量和活力直接相关。SLC9C1包含运输结构域(TD),电压感应结构域 (VSD)和环核苷酸结合结构域 (CNBD)。VSD感知的膜电压如何激活转运体中的离子交换机制一直不清楚。来自海德堡大学的Cristina Paulino课题组在Nature上发表了题为“Structures of a sperm-specific solute carrier gated by voltage and cAMP”的文章,解析海胆SLC9C1的结构,并揭示了三个功能域是如何耦合。文中使用NanoTemper Panta分析配体对SLC9C1的构象的影响。02案例解读https://doi.org/10.1038/s41586-023-06629-wSpSLC9C1以同二聚体的形式组装,通过结构解析,作者明确识别SpSLC9C1不同的结构域:TD、VSD和CTD(包括CNBS和CH1-9)。图1:SpSLC9C1在序列水平上的结构域排列环核苷酸可以使得SLC9C1在静息电位激活,cAMP的激活效果比cGMP高。作者又解析了SLC9C1在cAMP与cGMP存在的情况下的结构(图2A)。发现结合cAMP的SLC9C1结构有很高的构象异质性,特别是CTD。分析发现cAMP破坏了β-CTD之间的二聚体相互作用,导致CTD偏离对称轴。为了进一步表征cGMP和cAMP结合对SpSLC9C1的影响,作者分析分离的CTD (S946-E1193, CNBD和β-CTD) 在加入cAMP和cGMP后Tm的变化。从结构信息来看,cGMP的加入未引起SLC9C1构象上明显改变,对应的ΔTm变化可能很小。因此,需要一种高精度和重复性的方法进行检测。nanoDSF技术检测Tm精度为±0.1℃,避免重复性差造成的假阴性问题。实验时,无需加入染料,也不存在染料分子造成的不兼容或者对蛋白的其他影响。nanoDSF检测显示,环核苷酸诱导CTD的热稳定性增加,其中cAMP产生6°C的位移,而cGMP仅观察到2°C,结果证实了cAMP对SpSLC9C1有较高的增强作用。图2:A.加入cGMP和cAMP后SpSLC9C1 -CTD结构;B.Panta nanoDSF模块检测SpSLC9C1 -CTD(蓝色)以及加入cGMP(紫色)和cAMP(橙色)后Tm综上,cAMP结合在CNBD结构域后也可以破坏β-CTD的相互作用,使其可以在更接近静息电位下被激活,进而进行钠/氢交换,揭示了SLC9C1电压调节与cAMP调节的钠/氢交换机制。03产品技术优势Panta nanoDSF模块具有极高数据重复性和准确性,确保您获得准确的Tm值。实验时无需加入染料,操作简单的同时,保证了实验结果。此外,Panta整合了DLS、SLS、背反射和nanoDSF四大检测模块,只需一份样品,便可以获得多种稳定性参数。PR Panta蛋白稳定性分析仪
  • ​整合结构质谱法和计算模拟法探究糖原磷酸化酶中磷酸化介导的蛋白变构调控和构象动态性
    大家好,本周为大家介绍一篇本课题组发表在ACS Chem. Biol.上的文章,Insights into Phosphorylation-Induced Protein Allostery and Conformational Dynamics of Glycogen Phosphorylase via Integrative Structural Mass Spectrometry and In Silico Modeling1。变构调节在自然界中广泛存在,可以用于调控细胞过程。糖原磷酸化酶(GP)是第一个被鉴定出的与变构调节相关的磷酸化蛋白。GP是一个分子量约196kD的同源二聚体蛋白,是糖代谢中重要的组分,也是2型糖尿病及癌症的靶点。AMP结合以及Ser14的磷酸化介导了GP的变构调节,使其构象从非活化的T-state GPb(未磷酸化状态)转变为活化的R-state GPa(磷酸化状态)。即使目前X-射线晶体学法解析出了GP的原子级蛋白结构,但受限于较大分子量,其结构动态性的检测较为困难,因此与GP变构调节相关的结构动态变化过程仍较为模糊。核磁共振(NMR)谱及分子动力学(MD)模拟等是探究蛋白质结构动态性的常用方法,但NMR分析存在分子量上限,且样品消耗量大,MD模拟的时间尺度和力场准确度有限。质谱(MS)法具有快速、灵敏的特点,是蛋白质结构、动态性以及构象变化分析中强有力的一款技术。氢氘交换质谱(HDX-MS)通过监测蛋白骨架酰胺氢原子与溶液中氘的交换来反映蛋白质构象动态性,因此适用于探究由配体、蛋白结合或共价修饰引起的蛋白质构象变化。同时,多个软件实现了由HDX-MS数据计算保护因子(PFs)和吉布斯自由能,从而提取残基水平的蛋白动态性信息。此外,在先前的工作中2, 3,我们整合了native MS和top-down方法(native top-down,nTD-MS技术),成功实现了多个蛋白复合物的一级序列到高阶结构等多方面信息的检测(包括测序、翻译后修饰、配体结合、结构稳定性、朝向等)。整合多种结构质谱法(整合结构质谱法)可以有效填补传统生物物理法中结构到动态性联系中的空缺,更好地表征变构调控现象。本文整合了HDX-MS、nTD-MS、PF分析、MD模拟以及变构信号分析检测了磷酸化介导的GP变构调控的结构和动态性基础,为GP的变构调控过程提供了见解。根据X-射线晶体学结构报道(图1a),T-state GPb转变为R-state GPa时,二聚体界面中N-末端尾部、α2、cap’(图1b)以及tower-tower helices区(图1c)发生了明显的结构重排,导致催化位点开放,从而底物磷酸吡哆醛(PLP)可以结合。尽管有晶体学报道,但与变构调控关联的构象动态性仍有待探寻。图1.(a)磷酸化介导T-state GPb(PDB:8GPB)向R-state GPa(PDB:1GPA)的构象转变;亚基相互作用界面:(b)C端区域和(c)tower-tower helices,GPb为蓝色,GPa为绿色。首先我们通过nTD-MS进行了检测。如图2a、b,谱图中观察到了GPb的单体和二聚体信号,其中二聚体为主要形式;GPa除了单体和二聚体外,谱图中还存在少量四聚体,但仍以二聚体为主要形式。当增加sampling cone(SC)电压时,GPb、GPa保留了其二聚体形式(图2c、d)。随后我们选择离子(29+)并在trap池中进行了碎裂(图2e、f、g、h),谱图低质荷比区GPa的碎片相对峰强度较GPb高,说明GP的二聚体互作界面较为稳定,且GPb亚基结构较GPa稳定。nTD-MS不仅能够探究GPb、GPa的结构差异,也能够为接下来的HDX-MS实验做好前期样品质量检查工作。图2.不同活化条件下GPb、GPa的nTD-MS谱图。(a、b)SC=40V;(c、d)SC=150V;(e、f)SC=150V、trap=100eV;(g,h)SC=150V、trap=200eV。左侧为GPb,右侧为GPa。随后我们进行了HDX-MS实验。图3a中展示了五个时间点的HDX heat map。图3b为通过PyHDX软件计算产生的PF值。其中N-端(1-22)以及tower helix前的loop区域(256-261)的氘代值较高、PF值较低,说明这些区域较为柔性或是结构较为无序。此外我们发现,tower-tower helices(262-276)区域的氘代值较低、PF值较高,表明helices的旋转可能是由前端可塑性铰链区触发的,而非helices本身的变形和重塑引起的,这些发现在晶体结构数据中均有吻合之处。除这两个区域外,GPa和GPb基本保持了稳定的整体结构。而从1μs原子级MD模拟计算得到的均方根波动(RMSF)和溶剂可及表面(SASA)中我们也发现(图3c),这两个区域数据与HDX-MS信息有所吻合,但MD模拟中部分区域未和HDX-MS相吻合的区域可能跟序列覆盖不足相关。图3. (a、d)GPb和GPa在不同标记时间下的氘代热图并映射到结构中(PDB: 1GPA)。(b、e)基于HDX-MS数据计算得到的PF值并映射到晶体结构中。(c、f)MD模拟中RMSF和SASA值并映射到结构中。从氘代差异图(图4a)中可以看出,4个区域呈氘代降低趋势(红色方框),多个区域呈氘代上升趋势(蓝色方框)(GPa-GPb)。而PF差的变化趋势与氘代变化趋势基本一致(图4b)。由数据可知,N-端和tower-tower helices的变化说明磷酸化介导的变构稳定了这两个区域,α1-cap-α2区域的动态性轻微下降。除此之外多个区域(尤其是tower-tower helices序列后的区域)均表现为PF值下降,说明相比于GPb,GPa催化位点附近的区域动态性增强了。接下来我们根据HDX kinetic plot特征将其进行了分类,并详细讨论了所属区域的变化。图4.(a)GPa-GPb HDX-MS的氘代差异图。(b)GPb到GPa PF的变化。 首先是N-端和C-端的变化(图5)。N-端残基1-22表现氘代下降,这说明N-端具有一定可塑性。受N-端区域磷酸化和结构变化影响,C-端区域也产生了一定的变化。此外,残基30-50(cap区)和残基111-117(α4back-loop)区表现氘代下降,而103-109(α4front)表现氘代上升。根据晶体结构推测,cap区和α4back-loop的氘代变化受N-末端变化影响,原有的残基相互作用被打破,形成新的残基间相互作用,同时这两个区域也经历了结构重排,因此表现出较明显的氘代变化。残基88-99(β2-α3)和残基125-141(β3-L-α6)氘代上升。总的来说,磷酸化使得cap′/α2界面互作增强了,同时磷酸化基团和精氨酸残基的静电相互作用是cap区产生变化的主要原因,而α1和α2起到锚定作用,其相对位置基本保持不变。图5.GPb(a)和GPa(b)的N-端和C-端区域的局部结构和HDX动力学曲线(c)。 此外,tower-tower helices(α7,残基262-278)区的变化同样值得关注(图6)。250s loop是表面暴露区域,未与其他区域发生接触,其氘代下降可能是因为自身结构的收缩。而肽段262-267和268-274氘代下降提示该区域可能发生了低周转率或强互作的结合反应。280s loop区氘代值上升。这些变化均说明,tower-tower helix的角度的改变不仅影响了二聚体界面结构,而且还影响了其靠近催化位点的周围区域。因此我们结合晶体结构推测,磷酸化和N-端相对位置的改变,使250s loop自身结构收缩,从而打破了Tyr262' -Pro281和Tyr262-Tyr280′之间的相互作用,导致两个亚基的tower helices发生相对滑动,倾斜角度增加。图6.GPb(a)和GPa(b)tower helix区域的局部结构和HDX动力学曲线(c)。 最后是催化位点、PLP结合位点和糖原存储位点的变化情况(图7)。催化位点周围多数区域均表现氘代上升趋势。我们推测,随着Pro281、Ile165和Asn133间的相互作用被打破,Arg569与Ile165、Pro281、Asn133间的互作也随之打破,因此催化位点和PLP结合位点周围的残基溶剂可及性上升,局部区域结构变得更为灵活,催化位点开放并转变为活化构象。糖原储存位点位于GP表面,距离催化位点30Å,除了α23(残基699−708)外,HDX-MS在糖原存储区没有观察到明显的变化。图7.GPb(a)和GPa(b)的催化位点和PLP(橙色)结合位点的局部结构和HDX动力学曲线(c)。结合以上所有数据,我们对磷酸化调节的动态机制进行了推测(流程图1)。磷酸化后,N-端尾部残基与acidic patch的互作被打破,也导致N-端尾部的有序化以及C-端尾部的无序化以及伴随的其他结构变化。通过在pSer14和Arg69和Arg43′之间形成新的盐桥,N-端残基被重定位,随之带来的是Asp838和His36′间的盐桥断裂。随着三级和四级结构的转变,250s loop收缩并发挥类似“门环”的作用,当其收缩时,Tyr262′-Pro281与Tyr262-Tyr280′之间的相互作用、276-279区与162-164区之间的氢键也被打破,导致tower helix发生相对滑动,tower-tower helices之间的作用被打破,同时将结构变化传递到催化位点。最后,280s loop和催化位点以及PLP结合位点附近的残基松动,通往催化位点和底物磷酸盐识别位点的通道打开,酶得以活化。流程图1.GP变构调节过程中,被打破(蓝色)或新形成的(红色)关键残基相互作用。 本文整合nTD-MS、HDX-MS、PF分析和MD模拟检测了GP磷酸化变构调节过程的结构和动态基础,通过该整合结构手段揭示了GP构象柔性、局部动态性以及长程变构调控构象变化中值得关注的信息。各个方法具有各自的优势,但也在一定层面存在局限,我们期待将HDX-MS信息与计算模拟信息进行更深度的整合以实现二者对蛋白质结构更精确的分析。撰稿:罗宇翔编辑:李惠琳原文:Insights into Phosphorylation-Induced Protein Allostery and Conformational Dynamics of Glycogen Phosphorylase via Integrative Structural Mass Spectrometry and In Silico Modeling李惠琳课题组网址:https://www.x-mol.com/groups/li_huilin参考文献1. Huang, J. Chu, X. Luo, Y. Wang, Y. Zhang, Y. Zhang, Y. Li, H., Insights into Phosphorylation-Induced Protein Allostery and Conformational Dynamics ofGlycogen Phosphorylase via Integrative Structural Mass Spectrometry and In Silico Modeling. ACS Chem. Biol. 2022.2. Li, H. Nguyen, H. H. Ogorzalek Loo, R. R. Campuzano, I. D. G. Loo, J. A., An integrated native mass spectrometry and top-down proteomics method that connects sequence to structure and function of macromolecular complexes. Nat. Chem. 2018, 10 (2), 139-148.3. Li, H. Wongkongkathep, P. Van Orden, S. L. Ogorzalek Loo, R. R. Loo, J. A., Revealing ligand binding sites and quantifying subunit variants of noncovalent protein complexes in a single native top-down FTICR MS experiment. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25 (12), 2060-8.
  • Elma 新款Elmasonic P 系列产品使用初体验,德祥发布
    Elma P 超声波清洗器,*次零距离接触 看&mdash &mdash *眼就爱上他 听&mdash &mdash 马上就想拥有他 Elma 新款Elmasonic P 系列产品使用初体验,德祥发布 产品外观 Elmasonic P(Elma P)系列产品是德国Elma公司在近期隆重推出的新型超声波清洗器。作为国际知名清洗器生产专家Elma公司在中国虎年力推的新星,本款产品从内到外均散发着大气、严谨与*气息。 在外观上,蔚蓝和银白的主题色带给大家清爽一新的感觉,这也是Elma P所要为用户彰显的产品理念。具体从三个方面表现: 1. 清洗效果。Elma P能达到卓越的清洗效果,清洗过的崭新物件让使用者耳目一新。 2. 操作方式。Elma P 使用方法非常简洁,所有功能均在控制面板上得于完美体现,此外,自动温控开机、自动关机模式和自动脱气功能让Elma P赢得自动化工作的美誉。 3. 噪音方面。 Elma P有着异常优越的噪音控制能力。工作过程中音量非常之小,特别是在80kHz的工作频率下,几乎可以达到忘我的境界。 工作部件 完美的德国风设计,不仅仅只表现在外观方面,严谨的德国作风更加注重的是超声波内在的优美品质。 让我们从部件方面开始了解。Elma P系列产品都标配有一个主机①、一个排水孔接口部件组②和一根电源线③;选配有一个吊篮④和一个降音盖⑤。 Elma P主机结合以前的产品线技术,将数字显示功能和30/80kHz双频率可调功能有机结合在一起。在已有的Sweep(清洗)、Degas(脱气)和Normal(萃取、分离)功能上,还增加了功率调节、Pulse、暂停等功能。 为了实现清洗后快速排水,以及更好的连接排水管道,Elma P为使用人员特别添置了一组接口组件,非常方便直接排水。 在吊篮方面,除了特制不锈钢用材外,Elma P吊篮手柄处还外包了防震垫圈,可以*化的保证清洗安全和清洗效果的卓越超群。 选配的降音盖可以非常有效的降低超声波清洗器的工作音量,将本身已极其微量的噪音压到*。此外该降音盖翻转后可作滴水盘,对于沥干吊篮内清洗物件上的清洗液非常适用。 德祥作为德国Elma系列产品在中国的总代理,将为您提供最*的产品和最完美的价格!请密切关注德祥集团网页www.tegent.com.cn和仪器信息网www.instrument.com.cn相关更多报导。 具体参数和价格请联系: 客服热线:4008 822 822 德祥集团TEL : 021-52610159/52610099 Email: marketing@tegent.com.cn info@tegent.com.cn
  • 精彩聚焦——迪马2016慕尼黑上海分析生化展
    金秋十月,秋风送爽,两年一届的慕尼黑上海分析生化展(analytica china)即将拉开帷幕。迪马科技作为全球领先的色谱消耗品供应商,将在此次展会上为您奉上技术性与实用性兼具的技术交流会报告、技术创新的hplc及spe新产品、更有赏心悦目的特色展台和丰富的奖品等着您的光临!下面我来为您“剧透”一下迪马科技的2016年“慕尼黑上海分析生化展”……一、技术交流会——技术性、实用性兼具2014年慕尼黑上海分析生化展迪马科技技术交流会受到参会观众的一致好评,今年的技术交流会迪马科技更加用心,请出技术部资历最深并且有多年实验室研发经验的经理来为大家讲解,而且还准备了诸多丰富的奖品,力求做到技术性、实用性兼具。我们的诚心可见一斑! 时间:2016年10月10日13:30-16:30地址:上海新国际博览中心n2-b1会议室(位置示意图见页底)报名方式 1. 手机扫描右侧二维码报名2. 点击https://www.wenjuan.com/s/zae2ei/报名时间报告名称主讲人13:30-14:152015药典检测常见问题解决方案陈治春14:15-15:00液相色谱柱的选择和维护保养李文斌15:00-15:45固相萃取技术创新应用陈治春15:45-16:30固相萃取方法的建立与常见问题解决方案李文斌二、hplc、spe新品发布——技术创新hplc色谱柱新产品——inspiretm苯基系列色谱柱inspiretm 苯基系列色谱柱包括inspiretm pfp、inspiretm dp、inspiretm phenyl 和inspiretm phenyl-hexyl四个键合相。该系列色谱柱采用迪马科技专有的键合和封端技术,使其具有独特的选择性,适用于芳环类化合物、含不饱和键化合物、极性化合物和异构体的分离。spe固相萃取柱新产品——多款创新型专用柱牛奶中有机氯农药检测专用quechers净化管:proelut que 2 ml tube腐乳中二甲基黄、二乙基黄检测专用柱:proelut dmy油脂中塑化剂检测专用柱:proelut paes glass尿中对硝基酚检测专用柱:proelut pxl葡萄酒中白藜芦醇检测专用柱:proelut blc化妆品中硫柳汞检测专用柱:proelut llg……三、丰富多彩的互动活动——奖品诱人莅临迪马科技展台(展位号:n2.2262),即可参加以下两个活动,赢取双重大礼大礼一:展台签到,幸运大抽奖 展会结束后,我们将对所有参会签到者进行抽奖活动,精彩大奖等你拿! 大礼二:“眼明手快抢大奖”互动游戏 四、赏心悦目的展台——等您莅临迪马科技技术交流会位置示意图迪马科技展台效果图
  • AUTOMATICA 2014将于6月在慕尼黑展览中心举行
    AUTOMATICA Automatica2014将于2014年6月3-6日在慕尼黑展览中心举行(新馆: 东入口)。此展览作为该领域的一个国际盛会,同时也是世界最大的机器人展览。AUTOMATICA为机器人技术、自动加工和装卸工艺以及工业机器视觉技术的用户和厂商提供难得的会面机会。展会共使用5座展厅,700多家展商会在5个展厅中为客户呈现从自动化组件、机器人和相关系统到全套设备的完整产业价值链。   AUTOMATICA每两年举办一次,由德国慕尼黑国际博览集团主办,德国机械设备制造业联合会机器人和自动化专业分会(VDMA Robotik + Automation)提供行业支持,专注服务于AUTOMATICA行业理念。   同期展览:Intersolar Europe和MAINTAIN   AUTOMATICA和世界领先太阳能板行业展览Intersolar Europe及工业维护技术展MAINTAIN同期举办。三大展会相辅相成,让展商和观众都有机会探索跨界应用的潜力。在展会&ldquo 三展同辉,一站齐全&rdquo 的口号下,展商们将带来自动化、机电仪一体化和工业维护以及太阳能行业的最新技术和产品。   生产优化   AUTOMATICA 2014响应&ldquo 生产优化&rdquo 的新口号,将目光放及未来。展览将全面展示如何利用现代机器人、自动加工和装卸工艺以及工业机器视觉技术在降低产品成本的同时提高产品质量。   A4展厅新设专业服务机器人展区   AUTOMATICA 2014将首次就专业服务机器人开辟专门展区。除已经开展的特别展和研究活动外,展会还为可直接作为于生产资料的畅销产品和组件提供平台,主要包括移动平台、物流、医疗保健、检测与维护等方面的产品。AUTOMATICA正努力将展会打造成为工业机器人和专业服务机器人并重的领先国际性展览。   AUTOMATICA 2014亮点   - 为期四天的AUTOMATICA论坛将为听众带来众多关于应用型自动化领域的会议,包括生产可持续性、轻量化设计、专业服务机器人和智能工厂。   - "智能工厂"特别展 / A5展厅: AUTOMATICA将会从学术讲座和真实案例来说明智能工厂的可操作性解决方案,主要话题包括供应链管理、物流优化、信息技术和车间管理等。   - "自动化合成材料生产" / A5展厅: 轻量组件生产的自动化也是展会焦点之一,其中合成材料生产尤为重要。因此,AUTOMATICA 2014将举办"自动化合成材料生产"特别展,并同时召开为期2天的研讨会,展示和讨论提升生产速度、降低生产成本方面的顶尖技术。同期召开的"工业合成材料生产研讨会" (ICPC)将于2014年6月5-6日在东区媒体中心举行,会议由行业领先企业集群MAI Carbon筹备,着重讨论当前轻量化组件和加强纤维塑料(合成)的自动化解决方案和生产理念。   - 德国最大的机器人研讨会(第八届德国机器人研讨会)和第45届国际机器人研讨会(ISR)将于2014年6月2-4日在东区媒体中心举行。研讨会由德国弗劳恩霍夫工业研究院制造工程和自动化研究所(Fraunhofer IPA)及德国机器人学会 (DGR)共同举办。会上,来自科研和行业的专家将呈现该领域有关于服务类机器人的最新成果,以及相关的技术难题,解决办法和自动化行业前景。   - Blue Competence可持续性倡议: 展商及同期活动专注的另一主题是由VDMA提出的Blue Competence可持续性倡议。演讲者们将讨论如果通过低资源消耗、可持续的生产技术取得经济收益。活动的主要议题包括:节能、减排、原材料消耗、生命周期成本、回收产业和未来流动性。该倡议联合了机械和工厂建设方面的众多专业协会、机构、研究所和企业。   AUTOMATICA新闻稿: http://automatica-munich.com/de/Home/cn/Journalisten/prcn/presseinfo   更多AUTOMATICA相关信息: http://automatica-munich.com   上届展会图片:   http://media.messe-muenchen.de/AUTOMATICA/#1384851344701_29   点击观看AUTOMATICA服务机器人短片: http://www.youtube.com/watch?v=dzrLNbCLluo   媒体联系:   AUTOMATICA   Ivanka Stefanova-Achter &ndash Press Contact, Messe Mü nchen International   Tel. (+49 89) 949 - 21488   Email: ivanka.stefanova-achter@messe-muenchen.de
  • 岛津特色质谱技术丨多维液相色谱质谱解决复杂体系分离难点
    药物分析方法开发共性难点岛津技术团队在与行业用户专家和用户交流中,收集以下共性难点反馈:1、基质化合物组成极性范围宽,色谱峰容量不够。2、中药基质复杂,在对特征峰鉴定时可能受到目标物附近其他峰干扰,影响鉴定准确度。3、聚合物杂质检测通常采用排阻色谱法,对聚合物杂质进行笼统的总量控制,定量不准确,且无法鉴定聚合物杂质的结构。4、采用HPLC-UV法进行杂质测定,但该方法无法将HPLC中使用的不挥发性流动相直接应用到LC/MS分析中,或者流动相与质谱不匹配。针对以上行业分析难点,岛津多年来持续致力于多维色谱质谱联用解决方案开发,将多类型色谱分离优势和质谱分析优势进行结合。岛津多维液相色谱质谱解决方案全二维液质联用系统&中心切割1二维液质联用系统Nexera-e 全二维液相色谱仪《中国药典》0512高效液相色谱法通则:二维液相色谱可以分为差异显著的两种主要类型:中心切割式二维色谱和全二维色谱。中心切割式二维色谱是通过接口将前一级色谱中某一(些)组分传递到后一级色谱中继续分离,面对复杂基质环境时,将一维目标峰切到二维进行更好的分析。全二维色谱是通过接口将前一级色谱中的全部组分连续地传递到后一级色谱中进行分离,如此两个独立的分离模式正交组合可实现尽可能高的峰容量。二维色谱可以是相同的分离模式和类型,也可以是不同的分离模式和类型,二维色谱可以和质谱联用。详情参考:https://www.shimadzu.com/an/products/liquid-chromatography/hplc-system/nexera-e/index.html2全谱二维液质联用系统极性覆盖范围宽:可一针实现宽极性多目标物的同时分析,可以胜任绝大多数分析项目中宽极性、多组分分析的要求。该系统和岛津最新推出的LCMS-9050高分辨质谱正负极离子同时采集功能结合,能得到4in1技术优势--相比岛津前一代方案,可以节省3/4的样品、分析时间,并减少3/4的质谱污染。3 SEC-RPLC-QTOF二维液相色谱-高分辨质谱为了解决前述聚合物杂质鉴定难题,岛津与北京新领先医药科技发展有限公司合作搭建了SEC-RPLC-QTOF二维液相色谱-高分辨质谱检测平台。基于该平台二维杂质动态上样、在线脱盐等技术,以及岛津高分辨质谱仪的高质量准确度和高质量稳定性等性能特点,目前双方的研发人员共同参与完成了十四种β-内酰胺类抗生素的聚合物杂质的全面解析,并建立质谱数据库。详情参考:https://mp.weixin.qq.com/s/etytDIXLjrICzsNfHOKgAw。4 Trap-Free 二维液质联用系统Trap-Free 2DLC系统是一套支持在线流动相转换的二维液相与色谱-质谱联用仪的组合系统,系统结构示意图见图 1。本系统的第一维液相色谱系统,可使用非挥发性流动相或者与质谱分析不匹配的流动相体系,通过系统中切换阀、程序命令的组合,对第一维液相色谱系统分离的组分进行分馏。本系统的第二维液相色谱系统,可以采用适合 LCMS 分析的液相色谱条件,针对分馏的组分,进行针对性的质量分析。详情参考:https://support.shimadzu.com.cn/pdfweb/web/viewer.html?file=https://support.shimadzu.com.cn/an/downa/AP_News_LCMS-QTOF-053.pdf全谱二维液相色谱与四极杆飞行时间质谱联用分析不同产地当归的活性成分a) 正模式火山图结果 b)负模式火山图结果根据多元统计分析OPLS-DA 结果的 VP 值,可以初步筛选出甘肃产当归和云南产当归的差异活性物质,进一步筛选则通过结合单变量统计火山图结果(P-value 与Fold change) 进行。最终正模式下筛选得到 1351 个差异物质,负模式下筛选得到1716 个差异物质。通过 MSDIAL软件,对化合物进行鉴定,共鉴定出 43种差异性化合物,包括藁苯内酯类有机酸类等天然活性物质,下表为部分差异性化合物鉴定结果表。详情参考:https://support.shimadzu.com.cn/pdfweb/web/viewer.html?file=https://support.shimadzu.com.cn/an/downa/AP_News_LCMS-QTOF-073.pdf岛津携手阳光诺和揭示头孢西丁钠新颖聚合方式图1 头孢西丁钠破坏样品检测色谱图本方案一维采用HPSEC系统,磷酸盐流动相定位头孢西丁钠中的聚合物杂质,然后采用阀切换技术,使用500 μL定量环将聚合物峰全部转移至二维反相色谱,脱盐、分离并质谱鉴定。其中聚合物C1分子量较2分子头孢西丁少2个H(Mr. 852.09),根据其同位素比例和特征碎片离子信息,推断其为一分子头孢西丁7-位侧链与另一分子头孢西丁7-位噻吩环联结形成的,该新颖聚合方式尚未见文献报道。本研究建立了注射用头孢西丁钠聚合物检测的反相色谱方法,并探索其用于日常检验的可能性。C1一级质谱图(A)和母离子m/z 870的二级质谱图(B)(ESI+)详情参考:《Characterization of polymerized impurities in cefoxitin sodium for injection by two-dimensional chromatography coupled with time-of-flight mass spectrometry》.https://doi.org/10.1016/j.talanta.2023.125378二维液相色谱联用四极杆飞行时间质谱仪对赤芍配方颗粒特征图谱2号峰鉴定配方颗粒特征图谱(1D) 配方颗粒特征图谱(2D)一维液相特征图谱中的2号特征峰切入至 50 μL定量环进行收集,再由二维流动相进行洗脱,该组分在二维液相上的保留时间为 35.267 min。采用岛津 2DLC+LCMS-QTOF对赤芍配方颗粒特征图谱中2号特征峰进行了高分辨质谱定性研究。经 MS1、MS2质谱图信息、相关文献信息以及标准品确认,最终鉴定2号特征峰为原花青素 B1。本研究为中药配方颗粒特征成分研究提供了思路,为赤芍中药配方颗粒特征图谱标准制定提供参考依据。Trap-Free 2D LC Q-TOF 定性分析宫缩抑制剂阿托西班中的多聚体杂质阿托西班二聚体的[M+3H]3+峰分子式预测结果 阿托西班二聚体解卷积分析结果阿托西班三聚体的[M+2H]2+峰分子式预测结果 阿托西班三聚体解卷积分析结果针对多肽药物中的由两个或多个多肽组成的稳定的多聚体杂质,可利用体积排阻色谱法(SEC)分离相关杂质。本案例采用岛津Trap-free 2DLC+LCMS-9030,既能避免SEC的色谱条件与质谱离子源不匹配,也能有效解决液相色谱分析浓度过高而导致的质谱信号饱的问题。结果显示阿托西班二聚体和三聚体的 MS1的离子质荷比同理论值均小于1mDa。使用 Insight Explore 软件中解卷积功能预测目标物的分子量,预测分子量和理论分子量的误差小于3ppm。详情参考:https://support.shimadzu.com.cn/pdfweb/web/viewer.html?file=https://support.shimadzu.com.cn/an/downa/AP_News_LCMS-QTOF-053.pdf注:本文中所用数据均为岛津实验室特定条件下的测试数据,结果可能随实际情况变动文中涉及最佳、最低类描述,限于实验组别对比结果。本文内容非商业广告,仅供专业人士参考。
  • 彩虹糖可致人体DNA改变?美国玛氏被指控二氧化钛过量
    图源网络据外媒18日报道,美国消费者日前向美加利福尼亚州法院提起针对玛氏公司(mars)的诉讼,称其生产的彩虹糖中二氧化钛(e171)含量过高。图源网络据悉,二氧化钛是一种用于颜料、黏合剂和塑料的添加剂,可导致人体DNA发生改变,还可对大脑等器官造成损伤,并会伤及肝脏和肾脏。起诉书显示,欧洲食品安全监管机构已认定二氧化钛不安全,并计划从下月起在欧盟禁止使用二氧化钛。报道称,玛氏公司2016年10月曾表示,将在未来几年逐步放弃在食品生产中使用二氧化钛。不少美国消费者认为,这只不过是玛氏公司的说辞而已。而且他们指出,彩虹糖标签上的配料清单很难看清。公开资料显示,玛氏诞生于1911年,如今是全球最大的糖果制造商,还是美国最大的私有化企业之一,旗下业务涵盖食品、宠物护理和糖果三大领域,拥有11个市值超过10亿美元的品牌,包括绿箭、益达、德芙、士力架、M&M' s、脆香米等很多人耳熟能详的名字。
  • Markes International亮相2018慕尼黑上海分析生化展
    2018年10月31日,第九届慕尼黑上海分析生化展在上海新国际博览中心拉开序幕。作为是亚洲重要的分析和生化技术领域的顶级盛会,云集了来自全球26个国家和地区950家国内外参展企业,观众来自化学、环境、食品、医药,工业以及政府研究部门的用户和业内人士汇聚一堂。 全球著名的VOCs专业监测方案的领导者Markes International(玛珂思国际)携其主要产品强势亮相此次盛会。在展会上,Markes带来了针对环境空气和液态中,以及材料中VOC和SVOC等挥发性有机物的多种监测方案,包括在线、苏码罐、吸附管等采样方式,并针对不同挥发性范围,提供不同的热脱附管与冷阱;新推出的xr系列,挥发性范围覆盖至C2-C44的VVOCs,VOCs, OVOCs等有机物。Kori-xr是近年来针对潮湿环境中、使用在线和罐采样方法,检测超挥发物和极性物种技术的突破,在不同环境湿度条件下,都能应对自如,同时保留C2碳氢化合物,极性和非极性物种,OVOCs, NMHCs等广受关注的化合物,助力用户解决行业难点。 会议期间,位于安捷伦展台的Air Server-xr作为Markes在本届展会展出的仪器之一,吸引了众多行业专家和用户前来参观咨询;在展会上,Markes的工作人员与用户就仪器使用、配套设施、结果展示等方面进行深入交流。采用模块式设计,小身材的Air Server-xr便于满足不同实验室的需求;而其多功能性将在线监测、罐采样、管采样等采样方式集于一身,三种采样手段互相结合,互为补充,为VOCs监测提供有力的数据支撑,获得莅临展会的专家及观众的认可。 Markes International成立于1997年,工厂、技术中心及总部坐落于英国卡迪夫,在德国法兰克福、美国加州萨克拉门托以及中国上海(玛珂思中国分公司)都有分公司。在过去20年里,玛珂思逐渐发展为热脱附仪器领域的全球领导者,通过气相色谱法(gas chromatography),加强对痕量挥发性及半挥发性有机物的检测和分析。玛珂思致力于通过一系列创新、高效的仪器,帮助客户解决在分析化学中遇到的疑难问题,还为客户提供来自专业应用团队的使用建议。Markes产品广泛用于挥发性及半挥发性有机物的检测,包括环境监测、国土安全、消费品气体排放、及食品分析。此外,还应用于深度研究,如化学指纹图谱、疾病诊断中的呼吸采样、及化学生态学调查。 Markes将继续不懈地努力,致力于使VOCs的监测数据更加精准,为实验室的建设发展提供可靠的数据支持!
  • Magnetic Imaging Conference 磁学成像会议
    Magnetic Imaging Conference 磁学成像会议 2021年2月9号 | 线上会议 挑战,技术 & 磁学成像科研动态 纳米磁学是很活跃的科研领域之一。这是由于纳米磁性材料总是展现出许多有趣的和新兴的现象,存在着巨大的应用前景。人们对新型磁性材料的探索在很大程度上是受人类社会和日常生活发展的影响所驱动的。引人注目的例子是磁存储容量的大幅增长,甚至超过了摩尔定律的预测。基于扫描探针的磁学成像技术在解决纳米磁性材料的实际应用问题中起着至关重要的作用。解决这些问题的关键是提高测量设备的分辨率和灵敏度。二十多年来,德国attocube公司一直与各地的科学家紧密合作,利用其研究设备促进科学突破。值得注意的是,德国attocube公司通过提供特的低振动低温恒温器、扫描探针显微镜平台、低温光学和超精密纳米定位单元,促进了磁学成像前沿的研究。参与此次免费线上会议,您将了解固体物理各个领域的进展:通过不同的磁学成像技术取得的令人印象深刻的成果。磁学成像技术包含:磁力显微成像(MFM)、氮空位显微成像(NVM)和扫描SQUID成像。 注册报名您可通过扫描下方二维码或点击此处报名注册参与两部分的学术报告会(报告之后含问答环节)。后还有关于磁学成像未来的小组讨论,领域的人士将会参与讨论。扫描扫描上方二维码,即刻报名参与本次讲座 会议程序册(详见下表) 以下为CST时间(北京) 部分一:3:40 - 3:55 p.m. Mirko Bacani (attocube systems AG, Haar, Germany) | attocube systems as your partner in low-temperature magnetic imaging4:00 - 4:25 p.m. Jan Seidel (University of New South Wales, Sydney, Australia) | Variable temperature MFM measurements of magnetic oxide materials4:30 - 4:55 p.m. Jian Shen (Fudan University, Shanghai, China) | Physical origin of complex magnetic domain structures in manganites5:00 - 5:25 p.m. Eli Zeldov (Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel) | topological currents and twist-angle disorder in magic-angle graphene5:25 - 5:45 p.m. Virtual Coffee Break5:45 - 6:15 p.m. Jörg Wrachtrup (University of Stuttgart, Stuttgart, Germany) | Nanoscale probing of functional 2D materials6:20 - 6:45 p.m. Vincent Jacques (University of Montpellier, Montpellier, France) | antiferromagnetic order with a single spin microscope6:50 - 7:15 p.m. Christian Degen (ETH Zurich, Zurich, Switzerland) | Towards mK magnetometry of electronic transport in condensed matter systems 部分二:9:10 - 9:40 p.m. Stuart Parkin (Max Planck Institute for Microstructure Physics & Martin Luther University Halle-Wittenberg, Halle Germany) | Chiral non-collinear spin textures imaged using magnetic force microscopy and lorentz transmission electron microscopy9:45 - 10:00 p.m. Samuel Seddon (University of Warwick, Coventry, UK) | Real-space Observation of Ferroelectrically Induced Magnetic Spin Crystal in SrRuO310:05 - 10:30 p.m. Patrick Maletinsky (University of Basel, Basel, Switzerland) | Single-spin nanoscale imaging of atomically thin magnets10:30 - 10:45 p.m. Virtual Coffee Break10:45 - 11:10 p.m. Ruslan Prozorov (Iowa State University & Ames Laboratory, Ames, USA) | Probing quantum criticality using optical NV magnetometry11:15 - 11:40 p.m. John Kirtley (Kirtleyscientific.com, Stanford,USA) | Determining the vibrations between sensor and sample in SQUID microscopy 小组讨论:12:00 - 1:00 a.m. future of magnetic imaging: What are key challenges in applications, and which techniques are going to solve these best?Host: Khaled Karraï (attocube systems AG, Haar, Germany)Participants:Thierry Debuisschert (Thales Research & Technology, Palaiseau, France)Hans Josef Hug (Empa - Swiss Federal Labs for Materials Science and Technology, Dübendorf, Switzerland)Kathryn Ann Moler (Stanford University, Stanford, USA)Stuart Parkin (Max Planck Institute for Microstructure Physics & Martin Luther University Halle-Wittenberg, Halle, Germany)Jörg Wrachtrup (University of Stuttgart, Stuttgart, Germany) 持续产生科学影响德国attocube公司产品助力您的磁学成像研究
  • 【解决方案】如何高效表征基因治疗中腺相关病毒载体?
    基因治疗是通过将修饰的基因传递至靶细胞中,从而把患者体内的突变基因替换为相对应的健康基因拷贝来实现治疗或者预防疾病的目的。与传统的药物治疗相比,基因治疗是从根本上对疾病进行控制,所以有着非常好的发展前景,在世界范围内得到越来越多医药行业的关注和投入。 将正常基因(外源)导入生物细胞内必须借助一定的技术方法或载体,基因转移的方法分为生物学方法、物理方法和化学方法。 病毒越来越多的用作载体,用于传递基因治疗的遗传物质和疫苗应用。重组腺相关病毒(recombinant Adeno-Associated Viruses, rAAV)是基因治疗最为常用的病毒载体之一。 一、如何开发高效安全的 rAAV 疗法?为了开发通过受控和经济的制造工艺生产的高效的 rAAV 疗法,需要解决从病毒衣壳设计到确定最佳工艺和配方条件,再到全面质量控制的多重挑战。应对这些挑战,需要针对 rAAV 样品下列属性进行量身定制的分析表征: Ø 测定衣壳蛋白或者颗粒滴度(capsidor particle titer)Ø 完整 rAAV 颗粒的百分比Ø 空-载比(Full-empty ratio)Ø 颗粒的粒径Ø 聚集体形成(aggregate formation)Ø 热稳定性(Thermal stability)Ø 基因组释放(genome release)Ø 衣壳电荷(capsid charge)等 而所有这些都可能影响最终产品的关键质量属性(CQA)。 通常,rAAV 滴度和病毒载量是使用酶联免疫吸附试验(ELISA)、定量聚合酶链式反应(qPCR)、液滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)、分析超速离心(AUC)和电子显微镜(EM)的技术组合测定的。这些方法通常既费时又费力,而且其准确性和精确性也值得怀疑[1]。因此,业内越来越需求一种不依赖于使用专用试剂和昂贵的参考标准品的快速分析解决方案。 动态光散射(DLS)、多角度动态光散射(MADLS)、电泳光散射(ELS)、尺寸排阻色谱-多角度光散射(SEC-MALS)、纳米颗粒跟踪技术(NTA)、等温滴定量热法(ITC)和差式扫描量热法(DSC)可以提供有关病毒载体的关键分析和质量属性的重要信息,从而能够对多种参数进行表征、比较和优化。 样品关键参数马尔文帕纳科的技术方案衣壳蛋白尺寸DLS、NTA衣壳蛋白及转基因的绝对分子量SEC-MALS (OMNISEC)衣壳滴度或颗粒计数MADLS, SEC-MALS(OMNISEC), NTA含基因病毒颗粒百分比分析SEC-MALS (OMNISEC)聚集形成分析DLS, MADLS, SEC-MALS (OMNISEC), NTA碎片化分析SEC-MALS (OMNISEC)热稳定性分析DLS, DSC高级结构分析DSC血清型鉴定DSC衣壳解聚及基因组注入DLS, DSC衣壳蛋白尺寸ITC电荷分析ELS表1 总结了病毒载体研究中各种重要的关键属性(CQA),以及马尔文帕纳科可以对应提供表征此类信息的各项技术。 DLS、MADLS、SEC-MALS、NTA、ITC和DSC属于无标记的生物物理技术,需要最少程度的方法开发,并且可以很容易的应用于各个阶段,强化了基因治疗开发的分析工作流程。 二、高效的表征技术概念解读动态光散射(DLS)动态光散射(DLS)是一种非侵入式技术,可以测量由颗粒分散体系或分子溶液引起的散射光强度随时间的波动。由于进行布朗运动的颗粒或者分子的随机运动,散射光的强度会随之发生波动。使用自相关算法分析这些强度波动可以确定平移扩散系数,随后根据斯托克斯-爱因斯坦方程确定流体力学尺寸。多角度动态光散射(MADLS)多角度动态光散射(MADLS)通过使用三个不同的检测角度(背面、侧面和正面)并将获取的光散射信息组合成一个与角度无关(Angular-Independent)的粒径分布,从而可以对多模态的样品进行更高分辨率的尺寸测定。应用MADLS技术的扩展还可以测量出颗粒浓度(Concentration)。电泳光散射(ELS)电泳光散射(ELS)测定来自在电场中进行电泳的颗粒或者分子的散射光的频移(Frequency Shift),并能够计算出Zeta电位。颗粒的Zeta电位是颗粒在特定介质中获得的总电荷,可用于预测分散体系的稳定性并深入了解所研究的颗粒的表面化学。尺寸排阻色谱(SEC)尺寸排阻色谱(SEC)是一种分离技术,可根据分子进出柱中多孔凝胶基质的流体力学半径来分离分子。搭配一系列先进的检测器,如光散射(LS)、UV、RI和粘度,可以测量绝对分子量、分子大小、特征粘度、支化和其他参数。差式扫描量热法(DSC)差式扫描量热法(DSC)是一种直接分析天然蛋白质或其他生物分子热稳定性的技术,无需外在荧光素或者内源荧光,它通过测定在恒定的升温速率下使生物分子发生热变性过程中的热容变化来实现。 案例研究 | 综合使用多种技术表征 rAAV性状:衣壳分子量、聚集状态、滴度、稳定性… … 1,空 rAAV5 衣壳分析SEC-MALS (OMNI-SEC)测量产生的关键数据是绝对分子量,与柱保留时间或用于校准系统的任何标准无关。在空rAAV的情况下(Fig.1 和表2),主要单体的Mw为3.84 x 106 g/mol。空衣壳蛋白的理论分子量为3.8 x 106 g/mol,证实该分析结果符合预期。 图1 rAAV5 空壳三重色谱图表2 rAAV5空壳的定量参数 Mw/Mn 描述样品的分散性,接近1的值表示峰中有单个群体,远高于1的值表示峰内有多个群体。在空 rAAV 的情况下,单体和二聚体的 Mw/Mn 值接近1,表明是单一群体。聚集体和碎片 Mw/Mn 值显著高于1,表明单个峰内具有不同分子量的多个群体(表2)。 样品的分数(Fraction of Sample)描述了样本在群体之间的分布情况,在这种情况下,84.7% 的样品是单体。蛋白质分数(Fraction of Protein)表示样品中衣壳的百分比;在这种情况下,单体是99.8%的衣壳。这证实样品是空的 rAAV5 。从这种单一分析方法中获得的另一个关键信息是样品滴度;在这种情况下,对于空的 rAAV5,测得的滴度为 5.91x1013 vp/mL。 2,完整 rAAV5 衣壳分析完整 rAAV5衣壳的SEC-MALS (OMNISEC) 分析如图2和表3所示。对于主要的单体峰,计算出的符合Mw为4.49 x 106 g/mol,其中86%为衣壳。这样,完整的rAAV5的蛋白质组分的Mw为3.86 x 106 g/mol,与表2中的空rAAV5衣壳生成的数据一致。单体部分占比93%,样品具有总滴度7.48 x 1013 vp/mL。 图2 完整 rAAV5 的三重色谱图表3 完整 rAAV5 的定量参数 3,rAAV5 稳定性研究病毒衣壳的稳定性和功能是一种平衡行为。病毒衣壳必须足够稳定以包含和保护其中的基因组,与宿主细胞表面结合,它们必须提供足够的构象稳定性以在复制位点释放基因货物。 AAV载体脱壳的机制仍然知之甚少。衣壳脱壳和基因组释放似乎需要结构变化。基于差示扫描荧光法和差示扫描量热法(DSC)收集的AAV热稳定性已发表数据,AAV热转变的Tm值与衣壳解聚过程有关,可作为AAV血清型的鉴定指标;一种血清型的空AAV衣壳和完整AAV衣壳的Tm值通常非常相似,并且它们与衣壳动力学、衣壳脱壳和基因组释放没有明显的相关性。 图3 空rAAV5 和完整 rAAV5的DSC数据比较,扣除空白和基线的DSC数据。垂直方向标记的区域具有明显不同的热转变过程。表4 从DSC获得的空 rAAV5 和完整 rAAV5 样品的热稳定性结果 文章中记录的完整和空 rAAV5 样品的DSC曲线叠加(图3),根据空 rAAV5 和完整rAAV5 样品的整体 DSC 图谱差异以及热稳定性参数(如 Tonset 和 Tm2,表 4),可以在图 3 中 DSC 曲线上识别出四个不同的区域,它们可以暂且归因于以下几点:#1■ 仅在完整的 rAAV5 中出现的区域,从50℃一直延展至 75℃,这个过程大约 30 分钟。这可能归因于热应激下衣壳蛋白结构和稳定性变化导致的 ssDNA 的动力学控制下的注射;#2■在空 rAAV5 中出现的最明显的预转变过程;#3■ 主要转变过程,即协同的 rAAV5 衣壳蛋白发生解组装,这由具有血清型特异性的 Tm 值所决定;#4■ 仅在完整 rAAV5 中出现的另外的转变过程,很可能归因于 ssDNA 的解链。结论:以上几例是综合应用马尔文帕纳科多种互补技术对基因治疗常用的AAV载体一些关键属性的表征,这些无标记生物物理技术需要最少的方法开发,可以从衣壳设计阶段到开发、配方开发和药物原料和产品进行深入表征,加强体内基因治疗开发的分析工作流程。 详细内容可参文献 (Pharmaceutics 2021, 13(4), 586 https://doi.org/10.3390/pharmaceutics13040586)[1] Burnham, B. Nass, S. Kong, E. Mattingly, M. Woodcock, D. Song, A. Wadsworth, S. Cheng, S.H. Scaria, A. O’Riordan, C.R. Analytical ultracentrifugation as an approach to characterize recombinant adeno-associated viral vectors. Hum. Gene Ther. Methods 2015, 26, 228–242 三、纳米粒度及电位分析仪:DLS/ ELS/ MADLS 马尔文帕纳科 Zetasizer Ultra 纳米粒度及Zeta电位分析仪具有真正的多角度动态光散射技术(MADLS® ),提供更高的粒度测量分辨率,及与角度无关的粒度结果,并能够测量颗粒浓度。图4 Zetasizer Ultra纳米粒度及Zeta电位分析仪 四、OMNISEC 凝胶渗透色谱仪:GPC/SEC马尔文帕纳科OMNISEC凝胶渗透色谱仪是一套完整的凝胶渗透/尺寸排阻色谱(GPC)/(SEC),有前端色谱分离系统、检测器和软件组成,是灵敏准确的多检测器GPC/SEC 系统,可以准确测定:Ø 绝对分子量和分子量分布Ø 特性粘度和分子结构Ø 样品浓度Ø 以及其他多种关键参数图5 OMNISEC凝胶渗透色谱仪 五、PEAQ-DSC 微量热差示扫描量热仪:DSC 马尔文帕纳科 MICROCLA PEAQ-DSC 微量热差示扫描量热仪能够帮助用户快速确认维持高级结构稳定性的最佳条件,提供简洁、无缝的工作流程和自动化批量数据分析,其所提供的热稳定性信息被业内视为“金标准”技术,是一种非标记、全局性的数据。图6 MicroCal PEAQ-DSC 微量热差示扫描量热仪 关于马尔文帕纳科马尔文帕纳科的使命是通过对材料进行化学、物性和结构分析,打造出更胜一筹的客户导向型创新解决方案和服务,从而提高效率和产生可观的经济效益。通过利用包括人工智能和预测分析在内的技术发展,我们能够逐步实现这一目标。这将让各个行业和组织的科学家和工程师可解决一系列难题,如提高生产率、开发更高质量的产品,并缩短产品上市时间。 联系我们:马尔文帕纳科销售热线: +86 400 630 6902售后热线: +86 400 820 6902联系邮箱:info@malvern.com.cn官方网址:www.malvernpanalytical.com.cn
  • 李昂 雷晓光获四面体青年科学家奖
    p   近日,国际出版集团爱思唯尔(Elsevier)宣布,中国科学院上海有机化学研究所李昂研究员、北京大学雷晓光教授获得2017年“四面体青年科学家奖(Tetrahedron Young Investigator Award)”。这是除美国外,四面体青年科学家奖首次授予同一个国家的两名学者。两位获奖者将应邀出席2017年6月27日-30日在匈牙利布达佩斯举办的第18届四面体会议并作大会报告。 br/ /p p   四面体青年科学家奖由《四面体》系列杂志2005年设立,是有机化学领域的重要国际奖项。该奖分“有机合成”、“生物有机与药物化学”两个领域单独评审,每年仅分别评出一名获奖者,旨在奖励40岁以下的杰出青年有机化学家。该奖的获奖者包括普林斯顿大学戴维· 麦克米兰(David MacMillan)、斯坦福大学卡罗琳· 贝尔托齐(Carolyn R. Bertozzi)等国际著名的有机合成或生物有机化学家。作为之前唯一获奖的中国学者,北京大学施章杰教授曾于2012年获得有机合成领域的四面体青年科学家奖。 /p p   李昂研究员主要从事天然产物全合成研究。他发展了6p电环化-芳构化和Prins环化等高效构建多取代六元环的创新策略,完成了虎皮楠生物碱、五味子降三萜、台湾杉醌二萜二聚体、噁唑二萜、吲哚单萜生物碱、吡咯并吲哚生物碱、吲哚萜类等10多个家族天然产物的全合成。电环化-芳构化策略打破了从苯环起始原料出发逐级取代的传统思路,提高了立体化学环境复杂的多取代苯环的合成效率。李昂研究员曾获得2012年优秀青年科学基金项目和2015年国家杰出青年科学基金项目资助(项目编号:21222202,21525209)。 /p p   雷晓光教授主要从事分子探针导向的化学生物学研究。他系统地利用小分子探针,揭示出一系列新颖的程序性细胞死亡生物作用机制和化学调控方法 高效构建了一系列倍半萜多聚体类、石松生物碱天然产物分子探针,阐明了它们的生物作用靶点和全新的分子作用机制,进而开发出对肿瘤、感染性疾病与自身免疫性疾病有良好治疗前景的、基于天然产物的药物先导。雷晓光教授曾获得2012年优秀青年科学基金项目和2016年国家杰出青年科学基金项目资助(项目编号:21222209,21625201)。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201612/noimg/8400429e-755f-4b41-883a-3de1f7ad7245.jpg" title=" 未标题-1.jpg" / /p
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