肽图分析是蛋白质鉴定,特别是重组蛋白鉴定的最常用的方法。它通过酶解(一般使用胰蛋白酶)将蛋白质打碎形成肽段,然后以可重现的方式进行肽段的分离和鉴定。肽图分析是一种非常有用的方法,已成为生物技术领域中最有价值的工具之一,它能检测和监控单个氨基酸改变、氧化、去酰胺化,以及其它降解形式。它还能直接检测常见的单克隆抗体修饰变异,如 N 端环化,C 端赖氨酸处理,N- 糖基化,以及内含子表达等非预期的变异。肽图是蛋白质及其酶解产物的指纹图谱,它能提供待测蛋白质的全面信息。肽图分析包含四个主要步骤,蛋白质的分离和纯化;肽键的选择性酶切;多肽的色谱分离;多肽的分析和鉴定。对测试样品与参考标准品或对照样品进行同步的酶解和分析。肽图应该包括足够数量的肽段以进行有效的分析;它不仅要提供蛋白质鉴定所需的必要信息,还应尽可能地涵盖完整的蛋白质序列。
对于重组蛋白的分离纯化,一般都会在进行载体构建时,选择N端或C端加上一个标签,如GST,HIS6,FLAG和MBP等,带了这些标签的蛋白就可以通过亲和吸收的填料来到达初步纯化的目的,亲和纯化相对简单,带有标签的蛋白就会吸附到相应的填料上,而不带标签的蛋白会直接流出,简单的清洗杂蛋白后,只需要再把吸附在上面的蛋白洗脱下来即可,几乎不需要摸索分离纯化的条件。含有所需蛋白的分泌液或者裂解液一般体积都相对比较大,最好使用蛋白存化系统(Clear First 2000)的上样泵上样;进完样后,进行杂蛋白的清洗,再用特异的洗脱液将蛋白洗脱,通过自动接收器接收分离后样品即可,整个过程基本可以实现自动化操作。