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爱基因相关的资讯

  • 华大基因与亚洲癌症研究组织合作研究治癌
    记者从深圳华大基因研究院获悉,2月17日,该院与亚洲癌症研究组织签署合作协议,共建伙伴关系。双方将合作开展亚洲最常见的两种癌症&mdash &mdash 肺癌和肝癌的基因组学研究,共同创建药物基因组癌症数据库,以加速药物发现进程及癌症新型治疗方法的研究。 据介绍,肺癌和肝癌是亚洲最常见的两种癌症。根据协议,亚洲癌症研究组织将为华大基因提供完整医疗记录的肺癌及肝癌样本;而华大基因将会在最短的时间内提供高质量的数据及信息分析结果,以期能够共同为肺癌和肝癌研究做出贡献。 亚洲癌症研究组织主席茅矛表示:&ldquo 此次合作将有助于加快药物基因组肺癌及肝癌数据库的构建,希望此次合作及产生的信息可以为全球的癌症研究人员提供支持,以推动癌症诊断和治疗方法的进程。&rdquo
  • 发现98%基因组中的隐藏癌基因
    《Nature Genetics》杂志详细介绍了这种称为Cis表达或cis-X的方法,这是一种创新的分析方法,在患者肿瘤的调控非编码DNA中识别新的致病性变体和由这种变体激活的癌基因。cis-X通过识别肿瘤RNA的异常表达发挥作用。研究人员分析了白血病和实体瘤,并证明了这种方法的有效性。不编码基因的非编码DNA占人类基因组的98%。越来越多的证据表明,超过80%的非编码基因组是功能性的,可能调节基因表达。大量人群研究已经确定了非编码DNA中与癌症风险升高相关的变异。但是,在肿瘤基因组中,只有少量的非编码变异导致了肿瘤的发生。发现这些变异需要对大量肿瘤样本进行全基因组测序分析。“cis-X是一个根本性的改变,现有的方法需要数千个肿瘤样本,只识别反复发生的非编码变体,”St.Jude计算生物学系主任Jinghui Zhang博士说。她和上海儿童医学中心的Yu Liu博士是本文的通讯作者。刘博士也是第1作者。“通过使用异常的基因转录来揭示非编码变体的功能,我们开发了cis-X,从而能够在单个肿瘤基因组中发现驱动癌症的非编码变体,”张博士说。“识别导致癌基因失调的变异可以将精-确医学的范围扩大到非编码区域,以确定抑制肿瘤中异常激活癌基因的治疗方案。”cis-X的灵感来源于2014年Dana Farber癌症研究所的Thomas Look医学博士及其同事的一篇科学论文。Look也是这篇论文的合著者。Look的研究小组在细胞系中发现了导致癌基因(TAL1)异常激活导致T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)的非编码DNA变体。这项研究促使张博士继续她长期以来的兴趣,即研究基因每个拷贝的表达变化。cis-X通过两种方式寻找表达改变的基因。研究人员利用全基因组和RNA测序来寻找只在一条染色体上表达并在异常高水平表达的基因。“当分析等位基因之间基因表达的不平衡时,可能会产生噪音,”刘博士说。“这项分析使用了一种新颖的数学模型,使cis-X成为一种强大的发现工具。”然后cis-X通过在3D基因组结构中寻找非编码DNA调控区域的变化来寻找异常表达的原因。“这种方法模仿了变种在活细胞中的工作方式。这些变化包括染色体重排和点突变等变化。“如果不确定非编码变体,我们可能无法全面了解导致癌症的原因。”研究人员使用cis-X分析了13例T-ALL患者的癌症基因组,这些数据是由圣裘德和上海儿童医学中心合作收集的。该算法识别已知和新的癌基因激活非编码变体,以及可能的新的T-ALL癌基因PRLR。研究人员还表明,这种方法在成人和儿童实体瘤中有效,包括神经母细胞瘤。实体瘤对分析提出了更大的挑战。与白血病不同的是,实体瘤分布在肿瘤内的染色体数目往往不均匀。“cis-X为研究非编码变体在癌症中的功能作用提供了一种强有力的新方法,这可能会扩大精-确药物治疗由此类变体引起的癌症的范围,”张博士说。
  • 美国癌症全基因检测成功治疗原发灶不明的转移癌
    p   2015年7月10日,美国国家癌症研究院(NCI)宣布史上最大精准医学临床试验开始招募病人,这个实验将招募1000名癌症患者,将同时研究20多个靶向药物(包括已上市和尚在临床研究阶段的药物)在癌症基因突变或过度表达人群的疗效。这将进一步巩固和提高美国在癌症基因研究、检测和癌症靶向治疗水平的领先地位。 /p p   美国是癌症基因检测和靶向治疗最发达的国家,拥有最先进的基因检测公司和技术,全球领先的癌症治疗中心和专家和最新研发的抗癌靶向药物。癌症患者通过癌症全基因检测(不是国内的部分基因检测)和大数据分析,会帮助大约82%的患者找到靶向治疗药物或临床试验药物。 /p p    strong 现病史: /strong /p p   59岁女性,每年抽烟60包。2012年5月出现癫痫。磁共振显示病人大脑的前额叶中有一个实性2.6X1.9厘米的肿物,周围有水肿物包围。进一步的18F-FDG-PET成像及CT发现在左腹部有一个2X4厘米的肿块,标准吸收指数为6。脑部肿瘤标本经病理分析,发现癌变病灶,免疫组化表明CK7及表皮膜抗原呈阳性,甲状腺转录因子-1染色有较弱反应,但是S100,P63及CK20染色均呈阴性。即时定量PCR对特殊编译子的分析(热点测试‘hotspot testing’)表明有一个KRAS G12V突变,EGFR正常。分离免疫荧光原位杂交表明ALK重组呈阴性。 /p p   患者初始被诊断为原发灶不明的腺癌,并接受了4个周期的卡铂(carboplatin)和多西他赛(docetaxel)治疗。2012年9月,18F-FDG-PET成像检测发现左腹肿块没有明显改变,同时还检测出4.2X2.2厘米大小新的肿块。这个肿块就在原先肿块的边缘,和小肠袢紧密相连无法分离,表明肿瘤已经扩散。 /p p    strong 基因检测及治疗方案: /strong /p p   美国顶尖基因检测公司平台是进行肿瘤标本检测的靶点分析的新一代测序技术平台。它可以同时分析182个肿瘤相关等位基因的整个编译序列,和14个在肿瘤病人中高频重组基因中的37个内含子的序列,最小覆盖深度为250X。这种分析可以检测到所有类别的基因重组现象(碱基置换,插入或删除,基因拷贝数目变化及重组)。样本组织经过福尔马林固定,石蜡包埋。检测样本组织可小至0.6立方毫米。 /p p    strong 基因检测结果及药物治疗: /strong /p p   石蜡包埋组织切片送至基因检测公司进行基因检测。纯化的肿瘤DNA先被整个编译序列的杂交捕捉(HYBRID CAPTURE),然后对182个肿瘤相关基因的整个编译序列,以及14个在肿瘤中高频重组的基因中37个内含子的序列进行检测。结果表明:该肿瘤组织中MET基因共有16份拷贝,CCND1有8拷贝,MYC有9拷贝。KRAS G12V, TP53 R273L及CARD11 N184S高频出现(突变频率分别为27,46,71)。曾经有报道表明MET-扩增的非小细胞肺癌病人(NSCLC)对克唑替尼(crizotinib)有抗肿瘤反应。基于这个证据,该患者接受了克唑替尼(crizotinib)的治疗(250毫克,口服,每天两次)。 /p p    strong 疗效: /strong /p p   随后每三个月进行的扫描表明,在能够承受的剂量范围内,肿瘤组织的反应期超过了19个月。PET-CT扫描表明FDG-高亲和性的腹部肿块完全消失。 /p p   先进完善的基因检测手段使得我们能够检测到预料之外的基因组变化,并采取有效的针对性治疗手段。部分KRAS突变的肿瘤病人无法用针对RTK靶点的方法来治疗。本例患者肿瘤存在MET扩增和KRAS突变,在卡铂(carboplatin)和多西他赛(docetaxel)治疗无效的情况下,对克唑替尼(crizotinib)却有明显的抗肿瘤反应。因此,检测基因突变将是治疗原发灶不明的转移癌的有效手段。 /p p    strong 癌症全基因检测: /strong /p p   研究表明,罹患癌症时发生的基因改变不同,对药物的反应也不同。靶向药物能够特异地作用于引起肿瘤生长的基因,因而有更好的疗效。在已经发现的数百个致癌基因中,每个基因又有可能发生很多种不同的改变,所以每个癌症患者的基因改变都是独特的。基因检测可以帮助患者和医生指导治疗和发现新的治疗方法。 /p p   在癌症基因检测患者中,有82%的检测结果后来被用于实际的治疗中,包括:1.找到一个已经批准的、针对患者肿瘤基因改变的治疗措施 2.找到一种已经批准用于相同基因改变的其它类型癌症的新药,这样的药物很可能对患者的肿瘤也有显著疗效 3.找到一个临床试验,所使用的试验药物尽管不直接作用于患者肿瘤发生改变的那些基因,但作用于相关的信号通路,因而也可能会有很好的疗效。 /p
  • 儿童癌症基因检测 任重而道远
    p   两项独立的先驱性临床研究同时发现了四成儿科癌症患者肿瘤或生殖系的共有突变,这些共有突变位点在癌症的诊断和治疗方面具有潜在的临床意义。 /p p   发现该成果的科研团队由得克萨斯儿童癌症中心和贝勒医学院领衔,两个团队共同致力于开发疾病确诊初期的癌症干预手段。另外,波士顿儿童医院达纳法博癌症中心与布莱根妇女医院也参与了此次研究,共同寻找晚期和高风险癌症的治疗方法。 /p p   通过肿瘤患者的全基因组测序,来自贝勒医学院的科学家们在121位肿瘤患者中发现48例潜在的临床相关突变,这些医学上已被证明可操作的突变可能会为癌症疗法的开发打开一扇新的大门。 /p p   “研究中发现的大量病历所显示的突变序列是我们尚未发现的,我们尚未发现它们与儿科癌症之间的具体联系,这些研究结果表明仅对寥寥几种基因进行检测确实难以满足早期肿瘤患者的健康需要。”文章的第二作者,贝勒医学院分子和人类遗传学教授Sharon Plon在声明中表示。 /p p   达纳法博癌症中心Katherine Janeway教授领导了另一项名为个性化癌症诊疗“iCat”的科研项目,该项目致力于晚期实体肿瘤的个性化疗法开发,以找到癌症患者的基因组可操纵位点为最终目的。 /p p   除了上述的两项研究之外,美国国家癌症研究所(NCI)的Javed Khan和Lee Helman认为与全基因组测序相结合的癌症疗法虽然仍处于初步阶段,但正以前所未有的高速增长,Sharon Plon和Katherine Janeway教授的研究在某种程度上体现了结合基因组测序的癌症疗法所具有的局限性。 /p p   Sharon Plon的研究展示了全基因组测序可以为癌症研究带来大量的有效数据,但是现阶段大部分测序所得数据并不能转化为一个有效的治疗方案或临床建议。Katherine Janeway所领导的iCat项目在另一方面体现了基于全基因组测序的癌症疗法所面临的巨大问题与系列挑战,该项目中的89位癌症测序患者中只有31位能得到有效的临床治疗建议。 /p p   然而,结合测序技术的癌症疗法仍然拥有光明前景。随着测序成本的下降,测序分析将成为常规诊断测试,测序技术将帮助研究人员更好地理解肿瘤异质性与肿瘤突变。在高风险、难治性以及复发性癌症的诊断与治疗领域,日益成长的测序技术正逐渐成为临床医生诊疗病人所进行的第一步也是必须的一步,对于精准医疗与个性化医疗来说测序技术更成为了临床医生的基本工具。 /p p   “测序技术将迎来一个前所未有的新时代。”文章的作者们最后总结道。 /p
  • 科学家发现癌基因STAT3竟也可抑癌?!
    近日,来自奥地利维也纳医科大学的研究人员发现,通常在癌症中发挥癌基因作用的IL-6和STAT3信号途径在前列腺癌中发挥着不同的作用。相关研究结果发表在国际学术期刊nature communication上。 IL-6是一种重要的细胞因子,它在调控细胞存活和肿瘤生长方面发挥着重要作用。高活性的IL-6会促进肿瘤生长,而STAT3是其下游一个重要的效应因子,在许多类型的癌症中扮演着癌基因的作用。目前已经有许多靶向抑制IL-6和STAT3的治疗方法用于癌症治疗。 但根据这项研究的结果来看,IL-6和STAT3在前列腺癌中发挥的作用与人们以往的认识有些不同,研究人员发现,在前列腺癌细胞中,激活的STAT3能够激活ARF基因,阻断细胞分裂进而抑制细胞生长。 在这项研究中,研究人员在Pten缺失的前列腺癌小鼠模型中,在基因水平抑制了STAT3或IL-6信号途径,结果发现该信号途径失活可以加速癌症进展并导致癌转移。他们发现p19ARF是STAT3的一个直接靶向目标,STAT3信号途径缺失会扰乱ARF-Mdm2-p53这条肿瘤抑制因子轴,但不会影响细胞衰老。除此之外,研究人员还在人类前列腺癌细胞中发现了STAT3和CDKN2A突变,并且STAT3和CDKN2A缺失突变在转移性前列腺癌细胞中共发生频率非常高。 研究人员还发现,STAT3和p14ARF在病人前列腺肿瘤中缺失与前列腺癌复发和转移风险增加存在显著相关性。因此STAT3和ARF表达水平或可用作区分前列腺癌发生风险高低的诊断标记。 总的来说,这项研究发现在其它类型的癌症中发挥癌基因作用的STAT3在前列腺癌中发挥抑癌作用,并且这种抑癌作用是通过调节ARF的表达影响ARF-Mdm2-p53肿瘤抑制因子轴的作用实现的。STAT3以及ARF的表达水平或可用于预测前列腺癌风险,可以得到进一步开发应用yb-7640R XKR1膜转运蛋白XK抗体yb-5590R phospho-YWHAE(Thr232)磷酸化14-3-3E蛋白抗体yb-2340R 14-3-3 epsilon14-3-3E蛋白抗体yb-12358R CHI3L2软骨细胞蛋白39抗体yb-6754R YY1AP1肝癌相关蛋白2抗体(转录因子YY1结合蛋白1抗体)yb-5921R YBX-1核酸敏感元件结合蛋白1yb-1943R YB1y-盒结合蛋白1抗体yb-3605R YAP1原癌基因Yes相关蛋白1抗体yb-3477R Phospho-YB1(Ser102)磷酸化DNA结合蛋白B抗体yb-3476R Phospho-YAP1(Tyr407)磷酸化原癌基因Yes相关蛋白1抗体yb-1415R YY1核转录调节因子YY1抗体yb-3475R Phospho-YAP1(Ser127)磷酸化原癌基因Yes相关蛋白1抗体yb-4166R YES1原癌基因酪氨酸蛋白激酶Yes1抗体yb-5591R phospho-YES1 (Tyr426)磷酸化原癌基因酪氨酸蛋白激酶Yes1抗体yb-5592R phospho-YES1(Tyr537)磷酸化原癌基因酪氨酸蛋白激酶Yes1抗体yb-3478R Phospho-ZAP70 (Tyr315 + Tyr319)磷酸化zeta相关蛋白70抗体yb-3479R Phospho-ZAP70 (Tyr493)磷酸化zeta相关蛋白70抗体yb-3620R Phospho-Zyxin (Ser142+Ser143)磷酸化斑联蛋白抗体yb-13576R ZBTB41锌指蛋白924抗体yb-11608R ZIC3内脏异位相关蛋白/锌指蛋白203抗体yb-13564R zbtb11锌指蛋白913抗体yb-13557R ZBT24锌指蛋白450抗体yb-13560R ZA20D3锌指蛋白20D3抗体yb-13553R ZBED3锌指蛋白BED3抗体yb-13572R ZBTB38锌指蛋白ZBTB38抗体yb-13562R ZADH2锌结合乙醇脱氢酶结构域蛋白2抗体yb-13567R ZBTB3锌指蛋白ZBTB3抗体yb-13551R ZBBX锌指蛋白ZBBX抗体yb-12253R ZFP219锌指蛋白219抗体yb-12254R ZFP36L1EGF应答因子1抗体抗体yb-12255R phospho-ZFP36L1(Ser334)磷酸化锌指蛋白36抗体yb-12240R ZNF347锌指蛋白347抗体yb-13555R ZBED5锌指蛋白BED5抗体yb-12241R ZNF704锌指蛋白704抗体yb-13586R ZNF434宫颈癌抑癌蛋白5/锌指蛋白434抗体yb-0354R ZCWCC1ZCWCC1抗体yb-0628R ZNF300锌指蛋白300抗体yb-13573R ZBTB39锌指蛋白ZBTB39抗体yb-11609R Zic1锌指蛋白201抗体yb-11610R Zic2锌指蛋白Zic2抗体yb-8641R ZDHHC-18锌指蛋白Zdhhc18抗体yb-6958R ZDHHC-12锌指蛋白Zdhhc12抗体yb-7852R ZWINT着丝粒ZW10相互作用蛋白1抗体yb-9139R ZNRF1锌指/环指蛋白1抗体yb-9140R ZNRF2锌指/环指蛋白2抗体
  • 基因测序如何推动癌症研究进展
    一项新技术或产品的问世,在给人们带来欣喜的同时,也必然会引起一定的担忧,当然基因测序技术便是其中之一。近年来,基因测序技术被看作自疫苗问世以来进行疾病预防及诊断治疗最为重要的科学技术突破,该技术不仅可以大大降低遗传相关的疾病发生率,减少婴儿出生缺陷,还能够实现对疾病预测、预防、预警及个体化诊疗 但目前,国内的基因测序市场却并不让人满意,甚至乱得已无章可循。  基因测序是一种新型的基因检测技术,能够从血液或唾液中分析测定基因全序列,预测罹患多种疾病的可能性,个体的行为特征及行为合理,如癌症或白血病等疾病。自上世纪90年代初开始,科学家们就开始涉足“人类基因组计划” 传统的测序方式是利用光学测序技术,用不同颜色的荧光标记四种不同的基因,然后用激光光源去捕捉荧光信号从而获得待测基因的序列信息。虽然这种方法检测可靠,但是价格不菲,一台仪器的价格大约在50万到75万美元,而检测一次的费用也高达5千到1万美元。  而利用新型的基因测序技术可以使研究人员在短短2小时内获取基因信息,相比传统的光学测序技术而言得到结果的速度提高了很多 同时检测一次的费用也降到了最低1千美元。  有研究表明,人体内总共约有3万多个基因,人类的疾病大多与基因相关,基因异常、基因受损都会引起对应的蛋白质或酶的功能变化,从而引起疾病。基因检测就是通过血液以及其他体液或细胞中的DNA或RNA进行检测的技术,从而使人们能了解自己的基因信息,预知身体患疾病的风险,通过改善生活环境和生活习惯,避免或延缓疾病的发生。而基因测序是基因检测的方法之一。  相关统计数据显示:目前约有2500多种疾病已经有了对应的基因检测方法,并在美国临床合法应用,甚至基因检测已成为美国疾病预防的常规手段之一。在我国,基因测序被人们广为熟知,应该归功于无创产前筛查高通量测序这一项目,即通过化验孕妇的血液,结合其他临床信息,来综合判断胎儿患有唐氏症的危险程度。  本文中盘点了基因测序与癌症的关联性研究。  【1】澳发明新基因测序技术“捕获测序”有助快速诊断血癌  澳大利亚科学家发明了一种新的基因测序技术,其精度大大高于现有方法。它就像一台倍数更高的显微镜,可用于对基因组进行精细研究,并帮助快速诊断血癌(即白血病)。  这项技术被称为“捕获测序”,由新南威尔士大学和加文医学研究所的科研人员开发,发表在新一期英国《自然方法学》杂志上。  新南威尔士大学日前发布的公告称,该技术可以精确测量样本中多个特定基因的活跃程度,即使活跃程度非常低也能检测出来。这种敏感性使它在生物医学研究方面很有应用前景。  人体基因组中除了约2万个负责制造蛋白质的基因,还有大量不制造蛋白质的“非编码基因”,它们在人体发育、大脑功能等许多方面起到重要的调控作用。但很多这类基因的活跃程度很低,往往只在少数细胞里发挥作用,很难对其进行详细研究。  “捕获测序”技术能以更高精度分析基因组,类似于用像素更高的数码相机去拍照片,可以更好地呈现当前测序技术难以探查到的细节,帮助深入了解非编码基因。  【2】肿瘤愈后监控:一个可能被忽略的基因测序刚需市场  2015年被业内称为基因测序临床应用的元年。  4月8日,浙江迪安诊断技术股份有限公司(下称“迪安诊断”)发布公告称,其全资子公司杭州迪安医学检验中心有限公司取得了第一批“肿瘤诊断与治疗项目高通量基因测序技术临床应用试点”资格。  “公司将积极研究肿瘤筛查与靶向药物伴随诊断技术等,为肿瘤病人设计个性化治疗方案。”迪安诊断在公告中写道。迪安诊断是一家为各级医疗机构提供医学诊断服务的医学的公司。  与迪安诊断一同获得临床应用试点的基因公司还包括华大基因、达安基因和博奥生物,华大基因是中国规模最大的基因公司,达安基因是上市公司中唯一以基因为主业的公司,博奥生物获得了基因产业的全部试点牌照和产品证书。此外,北京、上海、天津、湖南、广东、浙江等省市的多家医疗机构和第三方检验室入选临床试点。  博奥医学检验所总裁张治位称,“2015年是中国高通量基因测序临床应用真正的元年,对产业发展和行业监管可能具有历史性意义,影响巨大。”  “发放临床试点牌照意味着商业化步伐的临近,”北京知因科技有限公司董事长陆凤林表示:“按照中国生物制药的监管惯例,试点牌照之后即是产品证书,肿瘤基因测序或将成为继无创产前检测(NIPT)之后的又一个基因测序商业化项目。”  【3】贝瑞和康:用基因测序技术开启液体活检新纪元  二代测序技术的迅猛发展给临床医学不断带来革命式的发展,最为人们所熟知的无创DNA产前检测让临床医生用前所未有的方式实现了胎儿遗传病的精准检测。而在刚刚结束的CSCO学术年会上,将无创DNA产前检测引入中国的第一人--贝瑞和康周代星博士,又一次给临床医学带来惊喜,这次是全新的肿瘤分子诊断技术--液体活检。  作为高通量测序技术临床转化的先驱,贝瑞和康在CSCO的首次亮相引发众多专家的高度关注,而“ctDNA(循环肿瘤DNA)检测”这个名词则成为肿瘤分子检测领域的热议话题。昂科益肿瘤分子诊断是贝瑞和康推出的基于高通量测序平台,以cSMART技术和目标区域捕获测序技术为核心的肿瘤基因检测项目,包括靶向用药检测、化疗用药检测、疗效监测、肿瘤遗传易感基因检测和个体化医疗全方位检测等多项检测服务,其中拥有独立知识产权的cSMART技术为临床开创了真正意义上的“液体活检”,为临床肿瘤分子诊断提供了一条全新的思路。  cSMART--环化单分子扩增与重测序技术,是贝瑞和康独立研发、拥有国际知识产权的核心技术之一。cSMART技术通过对肿瘤患者外周血中游离DNA片段进行标记、环化、反向PCR扩增和高通量测序,以独特的方式进行计数,能够实现对血浆中ctDNA的绝对定量检测,灵敏度达1/10000,可以满足片段化、低含量、低比例ctDNA检测的要求,在扩增过程中通过使用多组引物进行多重反向PCR扩增,又可同时检测多基因、多位点突变。以cSMART技术为核心的昂科益肿瘤分子检测,可以实现无创式肿瘤分子诊断,克服传统方法中存在的取样困难、无法进行动态实时检测及肿瘤异质性问题等弊端。  【4】基因测序的发展趋势与商业模式——探讨精准医疗  随着人类基因组测序技术的飞速提升、生物医学分析技术的快速发展和大数据分析工具的日益完善,我们正进入全新的医疗健康时代——精准医疗。  精准医疗是一种基于“个人”的定制医疗模式,其以个体的组学信息和遗传信息为基础,以环境、生活方式、既往病史及诊疗方式等为跟踪对象,搜集全方位、可量化、有前瞻性和时效性的个体数据,通过数据的综合分析、挖掘形成有价值的医学信息,最终设计出针对个体的最优解决方案。基因测序为个体提供连续基因大数据,是精准医疗的基础和重要实现途径,制药、器械、IT 等行业巨头纷纷布局该领域。  基因测序技术凭借灵敏度高、精度和通量高、价格低廉等优势,成为基因检测技术中获取人体基因组数据的主流技术,通过将基因组数据与无线生物传感器获取的生命体征信息(如血压、心跳、脑电波、体温等),成像设备中的个体信息(如 CT、MRI、超声等)以及传统医学数据相结合,精准医疗为个体提供全新的定制医疗。  【5】肿瘤基因测序帮住针对性治疗癌症  “让我们测序你的肿瘤,或许我们能将其同击败这种恶性疾病的药物匹配。”不过,现实是基因组分析仍然仅为癌症病人提供了一小部分帮助。“我们多半时候不知道如何处理这些信息。”美国纽约斯隆凯特林癌症中心(MSKCC)研究人员Charles Sawyers表示。  如今,美国和欧洲的一些大型医学科学研究中心正期望通过汇集关于患者肿瘤基因组及其临床结果的数据改变这一切。近日,美国癌症研究协会(AACR)在一次于波士顿举办的会议上宣布了此项计划。它的名字叫GENIE,是一个很绕口的首字母缩略词,分别代表着基因组、证据、肿瘤形成、信息和交流。  Sawyers表示,GENIE源自和其他癌症中心同行的谈话。他们正在以“令人难以置信”的速度积累肿瘤基因数据。截至目前,已有7家研究中心加入进来,包括MSKCC、波士顿达纳—法伯癌症研究所、巴尔的摩约翰斯霍普金斯大学以及加拿大和欧洲的3家机构。AACR已提供200万美元,用于在为期两年的试点阶段协调和储存数据。  这些中心一般向癌症已经扩散的晚期癌症病人提供测序。通常,它们不会测序全部的肿瘤基因组。相反,测序的是一系列已知癌症基因,比如经常在黑色素瘤中出现变异的BRAF,以及驱动很多肺部肿瘤生长的EGFR。随后,测序报告通常交给一个决定其是否指向某种特定疗法的专家委员会。不过,尽管BRAF和 EGFR突变能被药物靶向,但肿瘤通常仅含有在癌症中所起作用尚未被充分了解的罕见突变。  【6】肿瘤基因测序可能误导癌症治疗  近日,来自约翰霍普金斯大学的科学家们研究发现,肿瘤基因组测序所获得的遗传变化线索,如果不先与癌旁组织的遗传信息进行比较,可能会误导近一半癌症患者的治疗。  约翰霍普金斯大学Kimmel癌症中心的研究人员称,他们分析了超过800名癌症患者的测序数据——由Personal Genome Diagnostics公司产生,表明如果没有这种比较,在某些情况下试图个性化癌症治疗可能是不合适的,患者可能会得到错误的靶向治疗。相关研究结果发表在国际杂志Science Translational Medicine上。  约翰霍普金斯大学医学院癌症生物学项目副主任、肿瘤学和病理学教授Victor Velculescu博士说:“越来越多的医院和企业都开始对患者肿瘤进行测序,试图制定个性化疗法。然而,许多机构并没有测定每名患者的正常组织,以过滤掉非癌症相关的变化,并真正了解肿瘤中发生的是什么。”  Velculescu解释说,个性化的治疗越来越多地靶定驱动一个人肿瘤的独特遗传变化,这取决于肿瘤基因的准确评估,但并不是所有的癌症基因改变与肿瘤直接相关。他解释说,一些基因改变是所谓的生殖细胞变化,它们是从正常组织中遗传的基因变化,在人与人之间有所不同。  【7】Lancet Oncology:个性化抗癌药疗效与传统治疗无差异,但专家仍看好  随着基因组测序成本的下降,肿瘤学家开始研发以病人基因为靶标的昂贵新药。然而近日发表在《 Lancet Oncology》的研究表明,个性化抗癌药物的疗效与比传统治疗相比,并无多大差异。  芝加哥大学肿瘤学家Daniel Catenacci认为对个性化抗癌药物疗效的验证很重要,因为目前越来越多的肿瘤学家专注这领域。本研究第一作者,巴黎居里研究所肿瘤学家Christophe Le Tourneau表示,在现实生活中,未经过临床验证的试验很常见。同时他对此现象表示理解,因为病人想要存活而医生也想提供帮助。然而,给肿瘤基因突变患者以未获批的个性化药物治疗可使研究进入更好的临床阶段。  如今越来越多的个性化药物获批准用于治疗特定的癌症,但肿瘤学家希望这些药物对其他类型癌症也起作用。然而,超过30%的癌症药物未经过临床试验验证。  为了验证这些个性化药物的疗效,法国八个医院的研究人员分析患者肿瘤遗传或分子的异常状态。研究人员随机选出195名患者,其中部分患者接受针对性治疗,部分接受传统的化疗。调查结果发现,两种疗效没有显著差异。  休斯顿德克萨斯大学MD安德癌症研究中心的肿瘤学家Apostolia Tsimberidou表示,该研究证明了个性化医疗试验随机性的可行性。但在她看来,这次试验的设计比较糟糕,因为晚期疾病患者可能从个性化医疗中受益。同时她还表示,该试验没有选择最好的药物作为评估对象,并依赖于一个简单的方法来与癌症突变匹配。  【8】基因测序,揭示为何只有一部分乳腺癌复发  虽然大多数乳腺癌可治愈,但有20%左右的病例会复发。日前,剑桥大学研究人员通过乳腺癌组织的基因检测,揭示了乳腺癌复发的遗传差异性。研究结果显示乳腺癌复发病例有不同的基因图谱,并建议研制靶向乳腺癌复发驱动基因的药物。  该研究由英国剑桥大学Wellcome Trust Sanger 研究所临床肿瘤学家Lucy Yates博士引领,Yates博士说:“我们的研究揭示了复发性肿瘤与非复发性肿瘤的驱动差异,该差异可能与乳腺癌复发有关。”  本研究给存在乳腺癌复发风险的患者带来新希望。此外,根据新发现的乳腺癌复发驱动基因研制靶向药物,被诊断为高风险复发的患者可采用此类药物来预防疾病复发。该研究结果将在2015年的欧洲癌症大会(ECC)公布,但具体数据已在ECC新闻发布会上公布。  该研究比较了836个患者乳腺组织的基因组成,其中161名患者被确诊复发或转移。研究人员表示无论从复发乳腺癌样本数量角度还是从基因测序的广度,该研究是目前最大且最全面的研究,其关注与乳腺癌有关的365个基因。  【9】Cancer cell:揭示肿瘤诊断新方法,基于血小板的RNA测序  近日,来自阿姆斯特丹自由大学研究者在Cancer cell杂志上发表的一篇文章提出,基于肿瘤血小板(Tumor-educated blood platelets,TEPs)的RNA测序可用于泛癌症分析、癌症类型的区分和肿瘤基因突变诊断。  结果表明,血小板的RNA测序可以区分癌症患者与健康人,其准确率达到96%,也能区分六种原发肿瘤类型,其准确度达到71%,并能识别几种肿瘤中发现的基因改变。领先于其他的液体活检,基于TEPs的RNA测序可以通过查明原发肿瘤的部位对癌症进行精确的诊断。  癌症的诊断主要有通过临床症状、放射学、生化检测、肿瘤组织病理分析,以及越来越受欢迎的分子诊断。肿瘤组织样本的分子分析已经成为一种潜在的癌症分类方法。因为局部组织活检,需要手术从肿瘤样本取样切片,这给患者带来很大的痛苦,也不能频繁进行。因此基于血液的“液体活检”,渐渐取代创伤性的组织活检,被搬上了癌症诊断的舞台,如目前大热的液体活检:基于细胞游离DNA和血液循环肿瘤DNA的检测等。  【10】英国推进基因测序治癌症 化疗或退历史舞台  英国政府近日推出了一个名叫“十万基因组计划”的医学科研项目,拟通过对基因组进行测序,以有效确定引发癌症和其他疑难疾病的基因。当地媒体评论称,如果这一计划顺利实施并获得成功,将是医学领域的重大突破,今后对癌症的治疗将不必再通过化疗来进行。  据了解,“十万基因组计划”需投入资金3亿英镑,将把科研得出的大量数据整合进英国公共医疗体系当中。英国将参与总共10万个基因组中的7万个基因组的有关测序工作。可以说,此次“十万基因组计划”是此前英国推出的“千人基因组计划”的“升级版”。新的“十万基因组计划”并非只对癌症患者特定的“癌症基因”进行测序,而是要对其进行“全基因组测序”。从今年5月起,英国已在伦敦、剑桥等地医院开始研究,英国各地的高校、科研机构等也在协助英国卫生部推进这一计划。报道说,英国目前已完成了100个基因组测序,年内将达1000多个,2015年达到1万个,2017年将全部完成。  英国伦敦克拉福德诊所医生伯恩斯对本报记者说,迄今为止,化疗仍是治疗癌症的主要途径,但副作用较大,因此有必要找到对人体伤害较小的替代疗法。绘制基因组图谱有助于将来顺利找到癌症的替代疗法,而正确掌握基因组图谱也有利于癌症以及其他疑难病症的诊断、预防和治疗。
  • 基因组研究发现结肠癌发病机理
    p style=" text-align: center " img width=" 450" height=" 300" title=" 001.jpg" style=" width: 450px height: 300px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/39a8a653-7aa4-45f8-9539-a9aa0880935a.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p   日本理化学研究所基因组序列分析项目负责人中川英刀和兵库县医科大学教授池内浩基的联合研究小组,对炎症性肠疾病转化结肠癌患者的全基因组进行解析,发现了结肠癌发病机理。该研究成果将于近日发表在美国《Oncotarget》科学杂志上。 /p p   在日本,溃疡性大肠炎和克罗恩病等炎症性肠疾病患者近年来数量激增,目前有20多万患者接受长期治疗。而长期患有肠道慢性炎症,导致大肠癌发病风险极高。一旦患上大肠癌,就需接受大肠全部切除手术。常见的大肠癌发生机理已被详细阐明,但结肠癌的发生机理尚未发现,需要对全基因组进行详细研究。 /p p   研究小组对90位炎症性肠疾病转化为结肠癌患者的全基因组进行了详细分析。通常在大肠癌中,APC基因变异最多,60%至90%出现APC基因变异。此次全基因组分析发现,结肠癌的APC基因变异仅为15%,TP53和RNF43基因变异分别为66%和11%,这意味着结肠癌有与大肠癌不同的发病机理。特别是RNF43基因,其与APC基因一样具有Wnt信号通路功能,在通常的大肠癌中变异较为少见,因此研究人员认为,该基因在炎症性肠疾病转为癌症的发病过程中具有重要功能。研究还发现,RNF43基因变异与炎症性肠疾病发病和严重程度正相关,而APC基因变异与炎症肠疾病发病和严重程度呈相反关系。结肠癌多呈现黏液癌等非典型病理症状,在RNF43基因变异的结肠癌中,多具有黏液癌和低分化型的病理症状倾向,而APC基因变异的结肠癌多具有典型大肠癌的高分化型病理倾向。 /p p   该研究成果从全基因组视角解读了结肠癌发病机理。结肠癌有与大肠癌不同的发病类型以及类似的发病类型,可根据变异基因进行分类。 /p p /p
  • 浅谈肺癌的靶向治疗和基因检测
    肺癌是全球和我国癌症发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,据世界卫生组织统计,全球每年约有180万人死于肺癌,我国肺癌死亡病例约占全球的40%。数十年来,手术治疗,放射治疗及化疗一直是肺癌治疗的三驾马车,虽然药物和技术有所进步,但对生存率的改善有限。然而近年来随着各种靶向药物和免疫治疗药物的相继问世,各种治疗模式的综合应用,使得肺癌治疗取得了突破性进展,肺癌的总体生存率获得了很大的提升,很多肺癌从绝症变成了慢性病。  所谓靶向治疗,顾名思义即是专门针对癌细胞上的驱动基因作为靶点,来抑制肿瘤的生长和扩散的治疗方法。驱动基因是指癌细胞上存在的一种特定类型的基因,其突变或异常活性可以导致细胞异常增殖、生存和扩散。靶向治疗相较传统的化疗更为精准,起效快,可减少对健康组织的伤害,通常不会产生传统化疗药物导致的骨髓抑制,肾功能损害等严重毒副作用。靶向药物常见的副作用主要表现为皮疹、腹泻及肝功能损害等,但一般都比较轻微,通过对症治疗基本都能缓解和耐受,一般都无须停药或减量。而且靶向药物基本都是口服的,给药方便,无须住院。约有一半的晚期肺癌患者在其病程中会合并脑转移,传统化疗药物通常不能入脑,而靶向药物则能在脑内达到一定的血药浓度,对脑转移有效。因此,靶向治疗已成为失去手术机会的患者最主要的治疗手段之一,也越来越多的应用于围手术期的患者。  随着靶向治疗在临床上的广泛应用,如何正确的服用靶向药物需要患者及家属充分知晓。首先服用靶向药物需要定时定量,即每天服药固定在某个时间点;定量是指必须根据医生指导服用相应的剂量,切忌随意增减。但饭前亦或饭后服用引起的疗效差异可以忽略不计,患者可以根据自身胃肠道反应情况灵活选择。靶向治疗究竟需要持续多长时间,也经常困扰患者。晚期肺癌患者,只要靶向药物仍然有效,且无严重不良反应,就需要长期服用,直至耐药的出现。另外对于术后辅助靶向治疗的患者,一般推荐服用吃1-2年,可考虑停药。另外,服用靶向药物期间,需要避免同服某些药物和食物。因为多数靶向药都是通过肝内一种主要的药物代谢酶(CYP3A4酶)进行代谢的,某些药物,如利福平、异烟肼、苯妥英、糖皮质激素、卡马西平、巴比妥类等会诱导CYP3A4酶的产生,导致其含量过高,从而加快靶向药代谢,从而降低药物疗效;而某些食物,如柑橘类水果、石榴、杨桃等,能抑制CYP3A4酶的活性,也会影响靶向药的药效。  然而需要强调的是,靶向治疗并不适用于所有肺癌患者,通常只适用于特定的肺癌亚型和分子特征。  肺癌从病理上主要分为两大类型,即小细胞肺癌(SCLC)和非小细胞肺癌(NSCLC),NSCLC占肺癌的大多数,包括腺癌、鳞癌和大细胞癌等。随着肺癌系列致癌驱动基因的相继确定,肺癌的分型也由过去单纯的病理组织学分类,进一步细分为基于驱动基因的分子亚型,而其中EGFR突变是亚洲NSCLC患者最常见的驱动基因,中国EGFR突变阳性患者约占50%,在女性非吸烟患者中EGFR突变比率则更高。ALK突变的阳性率较低,肺腺癌患者中ALK阳性发病率为6.6%-9.6%,肺鳞癌患者中ALK阳性发病率为3.7%。然而ALK突变是公认的“钻石突变”,其靶向药物的治疗效果尤其好。多项研究表明靶向治疗对比化疗,能够改善和延长驱动基因阳性NSCLC患者的预后和生存。图:驱动基因阳性患者使用靶向治疗疗效好。  然而以上靶向治疗相较传统化疗更好的疗效,是在明确了驱动基因,选择了合适的靶向药物后取得的。众多研究表明,突变状态未知,盲试靶向药物,耽误治疗时机,无法取得良好疗效,切不可取。因此,为了给给患者提供个体化精准治疗,需要在选择合适的靶向治疗药物之前,进行基因检测。所谓基因检测(也称为分子诊断或分子生物学检测)是一种通过分析肿瘤组织、胸腹腔积液或血液中的DNA来检测驱动基因突变和其他分子标志物的方法。  那么哪些患者应该做基因检测呢?权威指南推荐首次接受治疗的晚期NSCLC患者接受基因检测,指南推荐初治患者确定EGFR、ALK、ROS1、HER2、BRAF和KRAS等驱动基因突变情况,早期NSCLC患者演变为IV期也应进行基因检测。手术、经皮肺穿刺、气管镜活检等取得的肿瘤组织样品是基因检测首选的样品,检测结果可靠,是首选推荐的分子检测金标准。但有些患者无法通过上述有创的手术或操作获得肿瘤组织标本,这时胸腔积液或腹腔积液等中的细胞学样品,以及血液检查可作为一种补充,但存在假阴性结果。  基因检测技术及检测基因选择众多,须听取正规医院临床医师的建议,科学、精准地选择检测方案。ARMS和super ARMS适用于组织样品,cobas和微滴式数字PCR适用于组织、细胞学样品和血液样品,FISH、IHC适用于ALK突变检测,荧光-PCR适用于ROS1检测;而二代测序NGS适用于组织样本,可同时检测多个基因,目前临床应用较广泛。  进行靶向治疗的患者,短则数月,长者数年终将出现耐药,这是目前临床尚无法克服的难题。当一线靶向治疗发生耐药、出现疾病进展后,应该再次取得样本进行基因检测,明确耐药基因突变状态,精准指导后续治疗方案的确立,此即二次基因检测。例如一代靶向药EGFR-TKI耐药后,二次基因检测T790M突变阳性可达到60%左右,这部分患者使用三代EGFR-TKI靶向药物仍可获得临床缓解,延长患者的总生存期。当然经由二次基因检测还会发现其他一些罕见的耐药突变,从而有机会选择针对性的靶向药物。靶向药物耐药后的治疗非常棘手,争议颇多,亟待突破。对于靶向耐药后出现缓慢进展或寡转移的患者,继续原靶向药物治疗的同时辅以局部治疗(放射治疗或手术切除),同时加用抗血管药物(如贝伐珠单抗等)是已被广泛接受的治疗选择。对于靶向耐药后出现快速进展的患者,如果二次基因检测没有靶点或没有进行二次基因检测,化疗仍是主要治疗手段,近来有研究发现,这部分患者化疗同时联用抗血管药物及免疫治疗,能获得总生存率的改善。  总之,肺癌靶向治疗的本质是将治疗焦点放在特定的分子异常上,以提高治疗的精准性和有效性,同时减少对患者健康的不必要损害,极大地改善了某些肺癌患者的生存率和生活质量。未来,如何克服靶向药物的耐药仍是亟需解决的难题;对于某些难以成药的靶点,如KRAS突变等,找到有效、低毒的相应靶向药物仍是我们需要面对的挑战。
  • 基因检测如何改变癌症预防?
    p   安吉丽娜.茱丽切除双侧乳腺的行动在全球引起轰动,也促使更多女性去进行基因检测。然而,相当一部分妇女有乳腺癌或卵巢癌的个人或家族史,但她们又没有携带BRCA1或BRCA2基因的突变。她们该如何进行癌症预防呢? /p p   一项新的研究表明,对于这些妇女,基因集合(gene panel)的测序可能会改变癌症预防和管理。这项研究于8月13日在线发表于《JAMA Oncology》上。 /p p   在这项研究中,麻省总医院、斯坦福大学及其他机构的研究人员利用基因集合测序,来搜索1000多名妇女的临床可操作风险突变,这些妇女的BRCA1/2突变呈阴性,但有着乳腺癌/卵巢癌的个人或家族史。后续分析主要集中在40名检测发现有害突变的参与者,以及另外23名检测结果为阳性的妇女。 /p p   作者发现,利用基因集合鉴定出基因突变的存在,可能会改变筛查、预防或其他管理策略。此外,几乎四分之三的患者亲属也需要考虑检测。 /p p   研究小组一开始招募了1,046名妇女,她们有着乳腺癌或卵巢癌的个人或家族史,被认为是基因检测癌症风险的适当候选。之后,研究人员对她们的样本开展了基因集合的检测,分别采用Myriad Genetics的MyRisk检测(25个基因),或Invitae的Hereditary Cancer Syndromes检测(29个基因)。 /p p   在BRCA1/2突变呈阴性的妇女中,研究人员发现40名参与者的中等癌症风险基因中存在可疑的改变,这几乎占了所有参与者的4%。一些有害突变落在乳腺癌高风险基因CDH1内,但大部分都是影响低或中等风险的乳腺癌和卵巢癌基因。8名个体携带了Lynch综合征相关的突变,还有一些存在其他类型癌症相关的突变。 /p p   为了弄清楚这些改变的临床意义,研究小组又增加了23名研究对象,她们同样为BRCA1/2突变阴性,但基因集合的检测结果为阳性。在这63名参与者中,大约有92%的突变与她们之前所患的疾病或家族史匹配。 /p p   作者的分析表明,本组中超过一半的妇女需要进行疾病特异的筛查及其他预防性措施。例如,对于那些有Lynch综合征突变的个体,她们应该更积极地进行结肠直肠癌的筛查,而对于那些PALB2基因存在有害突变的个体,她们应接受更频繁的乳腺检查。 /p p   Ellisen认为,这样的结果也有望影响到参与者的家庭成员,这些近亲可能携带相同的风险突变。“我们计算过,大约72%的时间会建议其他家庭成员进行检测,”他说。 /p p   由于目前的研究是通过研究协议完成的,参与者同意参与研究检测,并声明他们是否想接受检测的临床相关结果。目前,研究小组正在接触那些选择接受临床结果的参与者,并希望对这些个体进行后续追踪。 /p
  • NCCN增加新的女性癌症基因检测
    p   第21届美国国家综合癌症网络(National Comprehensive Cancer Network,NCCN)年会于2016年3月31日至4月2日在好莱坞召开,会议增加了几个针对乳腺癌和卵巢癌遗传风险管理的新基因突变检测。 /p p   最近的研究发现PALB2基因突变与乳腺癌侵袭性相关,而RAD51C、RAD51D、BRIP1基因突变增加卵巢癌的终生危险。美国莫非特癌症研究中心的Tuya Pal博士表示:“在过去一年中,越来越多的数据表明这些新基因与卵巢癌风险相关。以往NCCN指南中推荐或考虑采用降低风险的输卵管卵巢切除术受到BRCA1、BRCA2和林奇综合症的很大限制。” /p p   她说:“当存在BRCA1基因突变时,卵巢癌终生危险达到44% 当BRCA2基因突变时,这一危险达到27% 当存在林奇综合征时,估计该危险在10%左右。基于目前的多个研究,我们认为,和BRCA1、BRCA2相似等级的证据表明 BRIP1、RAD51C和RAD51D基金突变会增加罹患卵巢癌的风险。” /p p   Pal博士注意到,NCCN指南并未将这些新突变作为输卵管卵巢切除的推荐指征。她表示:“这是一个可以考虑的推荐,但我们还可以再讨论。我并不会因此强烈推荐输卵管卵巢切除术,但应该将这一情况与患者进行沟通。如果他们身体有这些突变,那么预防性卵巢切除也是合理的选择。”有卵巢癌家族史的人群也应该了解这一信息,Pal博士补充到:“家族史是重要的参考,如果我们发现了家族内卵巢癌病史的强烈风险,就应该基于新的基因突变推荐预防性的癌症风险管控。”鉴于目前卵巢癌还没有比较好的筛查方法,基因突变检测就显得尤为重要。 /p p   PALB2现已成为乳腺癌高风险基因突变的一员,其他与乳腺癌风险相关基因还有BRCA1、BRCA2、PTEN和PT53。为降低患癌风险而预防性切除乳腺时,要参考这些基因变化情况。 /p p   PALB2突变的女性一生中发生乳腺癌的风险约为35-40%。有研究显示伴PALB2基因突变的乳腺癌侵袭性较强。“如果携带BRCA1突变的个体发展成乳腺癌,或许没什么大不了的,因为绝大多数患者都在早期确诊。但当伴随PALB2突变时,鉴于此类患者肿瘤较强侵袭力,因此需要认真考虑是否采取预防性乳腺切除。” Pal博士说。 /p p   乳腺癌基因检测对治疗有重要的意义。一旦确诊为乳腺癌,患者可以通过检测了解自己的基因易感性,并据此决定采用什么样的治疗方式。如果在肿瘤发生前检测到乳腺癌或卵巢癌的遗传风险,就可以主动预防并阻止这些癌症。 /p p   随着多基因检测的推广应用,乳腺癌基因 a title=" " style=" color: rgb(0, 112, 192) text-decoration: underline " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-1-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 诊断 /strong /span /a 领域发生了许多变化。但技术的发展不能改变医师的作用,对检测结果合理、适当的解释至关重要,无论是阴性结果还是阳性结果都应充分告知患者,讲解这些结果对癌症管理的意义。 /p
  • 趋势:未来癌症研究将走向全基因组测序
    癌症是由遗传因素、环境因素等多因素导致的复杂疾病。因其个性化的特点-每个人/甚至不同细胞都具有独特的遗传突变,从而加大了癌症治疗及监测的难度。而高通量测序技术的发展为我们带来了契机,不仅可以加速揭开癌症的病因及机制,更进一步使个性化医疗成为现实。   2014年之前由于全基因组重测序价格仍然高昂,科研人员不得不舍弃部分遗传信息(如基因融合、染色体重排等),而选择外显子组测序&mdash &mdash 仅针对编码区的SNP/InDel进行检测。随着全基因组测序成本不断下降,尤其是诺禾致源公司引进的X-Ten平台,率先推出&ldquo 万元基因组&rdquo 测序活动,使得国内的全基因组测序变得更便宜更快捷,因此,全基因组重测序已成为癌症研究的最佳选择。   全基因组重测序的必要性   2011年,Chapman等人在Nature上利用多发性骨髓瘤样本对全基因组与全外显子组测序进行了比较,结果表明多发性骨髓瘤中一半的蛋白质编码突变都是通过染色体畸变(如易位)发生的,故大部分突变都无法通过外显子组测序发现。相对于全外显子组测序,人类基因组重测序已在检测基因融合,基因组突变,染色体碎裂和染色体重排等研究中屡建奇功。   癌症研究中重要的遗传信息   基因组突变   所有癌症在发展过程中都会积累大量体细胞突变,其中司机突变(Driver mutations)是对癌症发展很关键的体细胞突变,而剩下的就被称为乘客突变(Passenger mutations)。2011年Berger等人在Nature上发表了原发性人类前列腺癌及其配对正常组织的完整基因组序列研究。一些肿瘤包含复杂的平衡重排链(拷贝数中性),它们通常发生在已知癌症基因中或附近。而一些断裂点发生在基因间区域,可能会因外显子组测序错过,因此,这篇文章例证了有些突变(如文章中类似于基因间区域的非编码区)只有也只能通过全基因组测序才能检测出来。   基因融合   基因融合在基因组中非常普遍,也是一些类型癌症的标志。基因融合是由两个不相关的基因发生融合形成的一种基因产物,该产物具有全新的功能或与两个融合基因不同的功能。配合末端配对(Paired end, PE)测序技术使用的全基因组测序是目前检测所有基因融合的最准确、最全面的工具,对这些基因融合的检测包括了重复、倒位、覆盖和单碱基插入缺失各种类型。2014年,癌症基因组图谱(TCGA)联盟采用全基因组重测序和全外显子组测序结合的方式对131例膀胱泌尿上皮癌进行了研究,研究者发现了FGFR3与TACC3的融合现象,7例肿瘤样本中检测到病毒整合位点,相关研究结果发表在Nature上。而类似这样的基因融合和病毒整合位点是全外显子组测序做不到的,仍然只能通过全基因组测序的方式进行研究。   染色体碎裂   该现象是一个一次性的细胞危机,该过程中成百上千个基因组重排在单次事件中发生。这种灾难性事件的后果是复杂的局部重排和拷贝数变异,其范围限制在0-2个拷贝。据估计,染色体碎裂发生在2-3%的癌症的多个亚型中,以及约25%的骨髓中。染色体重排需借助DNA双链断裂和一定方式的排列连接,这种重排破坏了基因组的完整性,继而参与形成白血病、淋巴瘤和肉瘤。它的复杂性和随机性使得它成为一种很难研究的现象,目前的解决策略是使用末端配对和长距离末端配对(mate-pair)技术建库的全基因组深度测序方法进行研究。   基因组改变和拷贝数变异(CNV)   目前的研究结果告诉我们,若分析中只关注SNP势必将错过大部分重要的基因组重排。据估计,每个人类基因组中&ldquo 非SNP变异&rdquo 总共约有50Mb。Morrison等人选用膀胱移行细胞癌(TCC-UB)的5例样本进行全基因组重测序,结果发现,其中3例样本具有较多SNP和SV变异,并且都具有P53基因的突变 在另外2例肿瘤样本中,研究者发现谷氨酸受体N-methyl-D-aspertate receptor基因发生易位和扩增,该研究结果对后期的肿瘤药物靶点鉴定与疾病治疗具有重要作用。由于覆盖深度变化太大,导致对原拷贝数的变异不敏感,全外显子组测序不容易检测到CNV,对于大片段的基因组改变更是无能为力。   全基因组测序与全外显子组测序比较   正是基于以上的优势,近年来采用全基因组重测序作为研究手段发表的高水平文章越来越多,这也会是将来人类基因组学研究的趋势,预测相关科研成果将呈现井喷式增长。
  • Grail9亿美元领衔又一波基因领域重磅融资
    国内投融资  恒特基因获千万元天使轮融资  深圳恒特基因有限公司创办于2016年5月,主要基于新一代高通量测序技术平台,为肿瘤早期筛查和癌症精准治疗提供灵敏可靠的基因检测产品和服务。公司的PANO-Seq全景测序技术产品在ctDNA检测领域居国际领先地位。  3月4日,公司宣布于2016年10月获得来自深圳前景投资的千万元人民币天使融资,同时披露下一轮融资正在进行中。  臻络科技(GYENNO)获数千万A轮融资  深圳市臻络科技有限公司成立于2013年,是一家基于康复机器人的精准医疗服务提供商。自2014年起,公司专注于帕金森领域,为患者提供系统性解决功能性障碍的方案。  公司推出的GYENNO睿餐智能餐勺已正式量产销往10多个国家与地区。本次数千万金额的A轮融资由约印医疗基金领投,武汉光谷人才基金跟投。此前公司还曾获得中国风险投资、阿米巴的天使与Pre-A轮融资。  艾吉泰康(iGeneTech)获5000万元B轮融资  艾吉泰康生物科技(北京)有限公司是一家专注于高通量测序(NGS)靶向捕获及建库技术的基因检测公司,具有两套自主开发的基因捕获技术,分别是液相芯片捕获技术(TargetSeq)和多重PCR捕获技术(MultipSeq)。  公司此次获得5000万元新一轮的融资由中关村发展集团投资。此前公司还对外宣布获得数千万元A轮融资,由普华固周健康产业基金、联想之星、贝壳社基金共同投资。  国外投融资  Freenome获6500万美元A轮融资  Freenome是一家初创的液体活检诊断公司,用无细胞DNA测序做癌症筛查。相比同类公司,Freenome的优势在于检测血液中的所有基因材料,而非仅跟踪几个已确定的癌症突变基因。公司在前列腺癌、乳腺癌、结直肠癌、肺癌等癌症筛查上已处于领先地位。  本次6500万美元的A轮融资由种子轮投资机构Andreessen Horowitz领投,谷歌旗下的风险投资部门Google Ventures、Polaris Ventures、Innovation Endeavors等投资机构跟投。  Arrakis Therapeutics获3800万美元A轮融资  Arrakis Therapeutics是一家致力于研发RNA靶向小分子药物的生物制药初创公司,专注于神经内科、癌症以及罕见遗传性疾病的治疗。  本轮3800万美元A轮融资由Canaan Partners领投,Advent Life Sciences、Pfizer、Celgene Corporation、Osage University Partners以及生物科技领域的著名投资人Henri Termeer参投,所募资金将用于开发公司旗下两个专有的发现平台Tryst和Pearl-Seq。  Congenica获1000万美元B轮融资  Congenica是一家来自英国的生物信息学公司,自主开发了一个临床基因数据分析平台Sapienta,可为用户提供基因诊断报告,提高罕见遗传疾病的诊断效率,目前已与多家英国医院展开了基因分析与诊断合作。  公司成立于2013年,由惠康信托基金会投资成立,并依托桑格研究所(Sanger Institute)进行开创性研究。  MediSafe获1450万美元B轮融资  MediSafe是一家以色列的药物依从性公司,创建于2012年。公司的核心产品是基于云的APP,拥有Android和iOS版本。该产品帮助创建个性化干预措施,解决各种原因导致的药物依从性,可以提醒患者在正确的时间服药,并对服药情况进行追踪。  本次B轮融资由英国风险投资公司Octopus Ventures和默克制药的风险投资部门领投,现有投资者Pitango Venture Capital、7wire Ventures、lool Ventures、TriVentures和Qualcomm Ventures跟投。1450万美元的融资金额将用于欧洲市场的扩展,设置伦敦办事处。  Muse Bio获2300万美元B轮融资  Muse Bio成立于2015年,是一家基因编辑技术公司。公司自主开发的ForgeCraft基因编辑技术结合了CREATE技术以及先进的分析软件和专有的试剂及算法,为用户提供了一种高通量的高效基因编辑方式。  此次2300万美元B轮融资,由Venrock领投,Foresite Capital、Paladin Capital、NanoDimension以及Spruce/MLS参投。据悉,该轮融资所募得的资金将用来加速ForgeCraft基因编辑技术的商业化进程。  Grail获9亿美元B轮融资癌症早筛公司  Grail是2016年初从Illumina剥离的子公司,也是该领域中首家提供无症状液体活检筛查的公司。2017年1月,公司就已融资1亿美元来发展血液测试技术的初始研究。  此次9亿美元融资是B轮第一波融资,由Arch Venture Partners和Johnson & Johnson Innovation联合领投。目前,B轮第二波融资正在计划中,公司打算至少完成10亿美元融资。  Pharma Two B获3000万美元C轮融资  以色列生物制药公司Pharma Two B,是一家专注于帕金森疾病和癌症药物研发的初创型公司。公司基于获批药物,提供具有互补和协同效应的两种或更多种药物的固定剂量组合。  本轮3000万美元的融资是公司第三轮融资,由Israel Biotech Fund (IBF)领投,现有投资人JK&B、Generali Financial Holdings FCP-FIS SF2参投。所募资金将用于公司旗下候选药物P2B001的3期临床试验。
  • 美制定癌症全基因测序图
    美国加州大学洛杉矶分校琼森综合癌症研究中心的科学家在1月29日的《公共科学图书馆· 遗传学》专刊上发表论文指出,他们首次完成了脑癌细胞系全基因组测序,这也是截至目前对单个癌症细胞系所做的最为彻底的测序分析。通过使用最新技术,此项测序工作得以在一个月内完成,测序成本大约为3.5万美元。   此项研究成果在朝向基于单个癌症之独特生物学签名的个性化治疗方面迈出了新的一步,其所揭示的新分子靶标将有助于开发出更具效力和更少毒性的药物。此项研究对于更好地找到监测脑癌复发的新方法也大有助益,便于医生更早地对脑癌的复发做出诊断和治疗。借助此项发现,临床医生还可测定脑癌细胞被灭活的准确时间,以防止过度使用药物对人体健康造成的损害。   测序工作是在名为U87的成胶质瘤细胞系上完成的,在全世界范围内有超过1000个实验室正在使用U87细胞系开展研究。之所以选择该细胞系,是因为目前对其的研究最为充分。此项测序工作将使那些从事细胞系研究的科学家们对他们的研究发现重新进行阐述,并促使他们提出新的前进方向。   此次测序工作揭示了几乎所有潜在的致癌染色体易位及导致该癌症发展的基因缺失和突变。研究人员从细胞系中取出遗传物质的长链,然后随机地将其截断。该癌症的数十亿个不同的DNA片段可由新一代测序技术同时进行读取,遗传物质经由10亿次以上的分析后就可确保结果具有高灵敏度和精确度。   研究人员表示,此一特殊的信息化工具使用了目前最为先进的技术,将大大提高基因分析工作的成效。以前,科学家无法了解发生在一个癌症中的大部分突变,因为它们是看不见的,而现在,这项新技术将允许科学家们监视每一种癌症,并对其基因组进行完全解码,如此科学家们就不会错失任何一个致癌突变。   知道了是哪些基因发生了突变并驱动了癌症的发展,临床医生就能选择最适于攻击癌症特定分子签名的疗法,从而给患者提供更有效的治疗。该测序工作还可展现出驱动癌症发展的分子异常,揭示出的靶标或将有助于开发出只针对癌细胞进行攻击同时又不损害健康细胞的新疗法。   研究人员还指出,有了癌症全基因测序图,科学家们就能开发出灵敏的分子检测仪,寻找仅可在癌细胞内发现的一个独特的基因突变。只要检测到此一突变即可判定癌症已复发,由此,患者就能在癌症复发的最早阶段得到积极治疗。反过来,这种检测方法也可用以判定癌症是否已被有效消除,从而及时中止有害人体的治疗手段。
  • 艾滋病基因疗法动物实验获成效
    在“世界艾滋病日”到来之际,英国《自然》杂志网站11月30日刊登研究报告说,美国研究人员探索出的一种艾滋病基因疗法在动物实验中取得成效。实验证明感染大剂量艾滋病病毒的实验鼠也可受到保护。   美国加州理工学院等机构的研究人员报告说,通过使用一种经过改造的腺病毒,可以在实验鼠肌肉细胞的基因序列中加入一段代码,使得肌肉细胞能够生成和分泌一些抗体。这些抗体具有帮助机体抑制艾滋病病毒的作用,最初是在一些对艾滋病有抵抗力的患者体内分离得到的。   研究人员用这种基因疗法测试了5种不同抗体的效果,结果发现,两种代号为B12和VRC01的抗体效果尤其良好。即使对实验鼠施加比天然感染艾滋病所需病毒量高出100倍的病毒剂量,这两种抗体也能起到完全且持续的保护效果,实验鼠在接受治疗一年后仍能避免发病。这是因为实验鼠的肌肉细胞在基因序列被改变后,会持续生成相关抗体并释放到血液中。   参与研究的戴维巴尔的摩说,动物实验的成功为接下来开展人类临床试验铺平了道路。虽然通常只用基因疗法治疗遗传病,但目前在与艾滋病的斗争中还没找到完全有效的疗法,因此基因治疗艾滋病值得一试。   据介绍,这种疗法可能导致相关细胞的基因序列永久性改变,或许会带来副作用。研究人员希望能在临床试验中确定该基因疗法是否有副作用并找到规避方法。(来源:新华网 黄堃)
  • 免费基因检测乳腺癌风险 建立中国女性特有的基因图谱
    p    strong 我国正研究女性乳腺癌基因图谱 /strong /p p   唾液取样进行基因检测,可发现自己有无携带乳腺癌易感基因——BRCA1和BRCA2,并结合生活方式和饮食习惯等评估乳腺癌风险。中国妇女发展基金会女性肿瘤预防基金正与全国30多家三甲医院合作,为全国万名女性免费测试与乳腺癌发生最为相关的基因突变点,希望建立中国女性特有的乳腺癌基因图谱。 /p p    strong 易感基因突变更易患乳腺癌 /strong /p p   近年来中国乳腺癌发病愈演愈烈,数据显示,全球每18秒就有一位女性被确诊为乳腺癌。而在中国,近十年来乳腺癌发病率增长37%,乳腺癌事实上已经成为城市中死亡率最高、增长最快的癌症。 /p p   上世纪90年代,科学家发现了两种直接与遗传性乳腺癌相关的易感基因,简称为BRCA1和BRCA2。BRCA1和BRCA2有害突变可以通过父亲或母亲遗传下来。父母一方携带突变,任一子女都有50%的可能性遗传突变。在整体人群中,女性一生患乳腺癌的风险为12%,而携带BRCA1突变的女性的患癌风险高出5~6倍以上,携带BRCA2比例为4倍以上。 /p p   如何知道自己有没有发生这些基因突变呢?吐口水就可检测出来。专家介绍,只需采集2毫升的唾液细胞,就可以对BRCA1、BRCA2这两个基因进行多达1.6万个位点的全长检测,获得准确度99.95%以上的检测结果。 /p p   而这样的基因检测和我们常见的乳腺癌体检又是什么关系呢? /p p   根据美国NCCN肿瘤临床指引,普通人群建议从40岁开始进行一年一次的乳腺钼靶检查,而检测出基因突变的高危人群则完全不一样,从25岁开始就要进行乳腺核磁共振或者钼靶,到30岁开始每年进行钼靶+核磁共振联合检查。 /p p   近日成立的乳腺癌防治联盟提出了“精准预防”的四部曲:第一是基因检测,准确解析遗传风险;二是评估问卷,全面测评生活和环境风险包括家族因素、过往病史、药物因素、饮食因素等;三是体检建议,根据基因检测和风险评估的结果,给出个性化的影像检查和专科检查建议 四是健康指导,由专科医生给出日常生活健康指导。 /p p    strong 建立万名女性参与的基因图谱 /strong /p p   中国妇女发展基金会女性肿瘤预防基金主任沈天宇介绍,该基金正牵头开展中国女性特有的乳腺癌基因图谱科研项目。项目将在全国30多家三甲医院展开,这些医院分布在全国不同地区,包括东北、西北、华南、华中、东南沿线,计划收集万名女性的基因检测样本,通过大数据分析和样本研究,最后得到整个中国女性特有的基因图谱完善计划。项目预计两到三年完成,参与的女性都可免费进行基因检测。 /p
  • 澳新基因测序技术可快速诊断血癌
    澳新基因测序技术可快速诊断血癌   新华社悉尼3月16日电 (记者万思琦)澳大利亚科学家发明了一种新的基因测序技术,其精度大大高于现有方法。它就像一台倍数更高的显微镜,可用于对基因组进行精细研究,并帮助快速诊断血癌(即白血病)。   这项技术被称为&ldquo 捕获测序&rdquo ,由新南威尔士大学和加文医学研究所的科研人员开发,发表在新一期英国《自然· 方法学》杂志上。   新南威尔士大学日前发布的公告称,该技术可以精确测量样本中多个特定基因的活跃程度,即使活跃程度非常低也能检测出来。这种敏感性使它在生物医学研究方面很有应用前景。   人体基因组中除了约2万个负责制造蛋白质的基因,还有大量不制造蛋白质的&ldquo 非编码基因&rdquo ,它们在人体发育、大脑功能等许多方面起到重要的调控作用。但很多这类基因的活跃程度很低,往往只在少数细胞里发挥作用,很难对其进行详细研究。   &ldquo 捕获测序&rdquo 技术能以更高精度分析基因组,类似于用像素更高的数码相机去拍照片,可以更好地呈现当前测序技术难以探查到的细节,帮助深入了解非编码基因。   该技术还能用于血癌等疾病的快速检测。不同基因结合而成的&ldquo 融合基因&rdquo 被认为与部分癌症有关,已知与血癌有关的融合基因就有约200个。当前检查技术只能一个个地检测融合基因,而&ldquo 捕获测序&rdquo 能同时寻找上述全部200个基因,大大加快诊断速度,为救治患者争取时间。
  • 最新研究证实癌症存在基因“开关”
    最新研究证实癌症存在基因“开关” 瑞典和芬兰ELISA试剂盒研究人员最新研究发现,基因组区域中一种特定核苷酸变异与大肠癌和前列腺癌患病风险有着重要联系,是引发这两种癌症的“开关”。 瑞典卡罗林斯卡医学院和芬兰赫尔辛基大学研究人员在ELISA试剂盒上报告说,他们在动物实验中移除了实验鼠体内存在核苷酸变异风险的基因区域“Myc335”,结果发现,其体内“MYC”的基因表达受到强烈抑制,而老鼠的健康状况并未受到负面影响。此前研究发现,“MYC”的过度表达与癌变有重要关联,许多癌症患者体内的MYC基因都过度活跃。 研究人员说,虽然ELISA试剂盒研究表明这段基因组区域的特定核苷酸变异只将患癌风险增加了20%,但和其他已知的遗传变异或基因突变相比,它与遗传性癌症的基因联系更为密切。 研究人员认为,新发现有助于未来的癌症防治,但距离相应药物的问世还需要很多年的深入研究。Mouse Macrophage Inflammatory Protein 2,MIP-2 ELISA Kit 小鼠巨噬细胞炎性蛋白2(MIP-2)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse Macrophage Inflammatory Protein 3α,MIP-3α ELISA Kit 小鼠巨噬细胞炎性蛋白3α(MIP-3α/CCL20)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse Macrophage-Derived Chemokine,MDC ELISA Kit 小鼠巨噬细胞来源的趋化因子(MDC/CCL22)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse major histocompatibility complexⅠ,MHCⅠ/H-2Ⅰ ELISA Kit 小鼠主要组织相容性复合体Ⅰ类(MHCⅠ/H-2Ⅰ)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse major histocompatibility complex-Ⅱ,MHC-Ⅱ/H-2Ⅱ ELISA Kit 小鼠主要组织相容性复合体Ⅱ类(MHC-Ⅱ/H-2ⅡELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse major histocompatibility complex-Ⅲ,MHC-Ⅲ/H-2Ⅲ ELISA Kit 小鼠主要组织相容性复合体Ⅲ类(MHC-Ⅲ/H-2Ⅲ)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse malondialchehyche,MDA ELISA Kit 小鼠丙二醛(MDA)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse mammary carcinoma Marker-CA153 ELISA Kit 小鼠乳腺癌标志物-CA153ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse matrix metalloproteinase 2/Gelatinase A,MMP-2 ELISA Kit 小鼠基质金属蛋白酶2/明胶酶A(MMP-2/Gelatinase A)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse melanocyte antibody,MC Ab ELISA Kit 小鼠黑色素细胞抗体(MC Ab)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse Melatonin,MT ELISA Kit 小鼠褪黑素(MT)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse Methemoglobin,MHB ELISA Kit 小鼠高铁血红蛋白(MHB)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse Methylase ELISA Kit   小鼠甲基化酶(Methylase)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse monocyte chemotactic protein 4,MCP-4 ELISA Kit 小鼠单核细胞趋化蛋白4(MCP-4/CCL13)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse Motilin,MTL ELISA Kit 小鼠胃动素(MTL)ELISA试剂盒 规格: 96T/48TMouse Mucin-5 subtype AC,MUC5AC ELISA Kit 小鼠粘蛋白/粘液素5AC(MUC5AC) ELISA试剂盒 规格: 96T/48T
  • 迈景基因自研肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒获批上市
    2022年12月29日,广州迈景基因医学科技有限公司(简称“迈景基因”)完成数亿元C轮融资!本轮融资由倚锋资本领投,盎谷赋歌、久友资本、犇驰资本、鸿途润达跟投。所募集的资金将用于研发投入与IVD产品注册。同期,迈景基因自研产品肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒(商品名:迈菲捷™)也获得国家药品监督管理局(NMPA)批准上市(国械注准20223401432),成为国内首个获得NMPA批准的具有伴随诊断功能的非小细胞肺癌PCR多基因检测试剂盒。2022年12月29日,广州迈景基因医学科技有限公司(简称“迈景基因”)完成数亿元C轮融资!本轮融资由倚锋资本领投,盎谷赋歌、久友资本、犇驰资本、鸿途润达跟投。所募集的资金将用于研发投入与IVD产品注册。同期,迈景基因自研产品肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒(商品名:迈菲捷™)也获得国家药品监督管理局(NMPA)批准上市(国械注准20223401432),成为国内首个获得NMPA批准的具有伴随诊断功能的非小细胞肺癌PCR多基因检测试剂盒。七年磨一剑,打造国内首个肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒 迈景基因的肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒“迈菲捷”本次获批上市的产品“迈菲捷”覆盖了肺癌诊疗指南要求的核心基因,可检测EGFR、ALK、ROS1等多个非小细胞肺癌中的核心驱动基因,并对靶向药物的伴随诊断功能进行了充分的临床有效性验证。该产品还兼具操作简单、易于开展、报告时间短等优势,可以有效解决我国晚期NSCLC患者一线治疗检测既要快又要全的临床需求。在肿瘤伴随诊断领域,虽然PCR技术已应用多年,获证产品众多,但由于高投入、高技术的门槛和漫长严格的审批流程,造成了市面上多联检产品稀缺的问题。据迈景基因联合创始人李梦真介绍,公司对中国肿瘤分子诊断市场有自己的理解和判断,会按照自己的逻辑来进行产品研发和市场推广。企业成立1年时便开始着手肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒的立项,并于2018年启动注册准备工作。期间虽然困难重重,但迈景基因始终坚定地按照战略规划稳步推进。整个申报过程近4年,全国启动了7家中心,且全都是大型三甲医院和肿瘤专科医院,入组近2000例样本,最终才迎来“迈菲捷”获批上市。随着基因检测行业的合规化,院内开展相关基因检测成为重要的发展方向。迈景基因的肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒“迈菲捷”也将大展拳脚,成为助力医院便捷、合规开展院内肿瘤基因检测的利器。迈景基因基于其他癌种的NGS和PCR试剂盒也都在注册申报和临床试验的过程中。新老股东持续加码,助推迈景基因释放新动能满足中国肿瘤患者的临床需求与符合国内监管要求是迈景基因产品布局的基础要求。自2015年建立以来,迈景基因起于毫末,渐成合抱之木。公司以创新的科研精神,沿袭行业创新科技,秉承着以客户需求为导向的服务理念,力求为肿瘤患者提供最新最专业的个体化精准治疗指导,成为肿瘤精准医学整体解决方案提供商。对于本次融资,迈景基因创始人杨冬成表示:“感谢投资人对迈景基因的认可和支持。随着国家医改政策不断深化,国家对国产医疗设备及试剂高度支持,资本市场对体外诊断行业发展格外关注。迈景基因一直深耕肿瘤分子诊断,专注多技术平台的技术研发和产品申报。经过团队多年打磨,我们重磅产品迈菲捷终于获批上市。初心不忘来时路,砥砺奋进再出发。接下来我们将持续创新,用更先进的技术、更可靠的检测产品服务中国患者。”倚锋资本管理合伙人朱湃表示:“祝贺迈景基因研发的肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒(商品名:迈菲捷)获得NMPA批准上市。分子诊断行业处于快速成长期,尤其是伴随诊断板块。PCR在中短期内仍将是伴随诊断的主流技术,单检市场萎缩,联检市场增速快且竞争不充分;NGS是长期发展的趋势,整体呈增长态势,但大panel报批受阻、临床意义有待考证,小panel实际上更符合临床需求。迈景基因长期深耕PCR+NGS双技术平台,致力于打造肿瘤分子诊断整体解决方案,真正满足客户不同层面的需求,并连续5年满分通过NCCL全国实体肿瘤体细胞突变高通量测序检测室间质评。我们期待迈景基因有序推进后续的管线,为更多患者提供优质的伴随诊断产品。”盎谷赋歌合伙人周洋表示:“迈景基因七年磨一剑,在行业形势复杂多变、市场竞争日趋激烈的大环境下,仍然坚守初心,克服难关,打磨出独具差异化竞争力的核心产品!也借此实现了迈景从传统基因检测服务型公司向创新测序技术产品型公司的成功转型。行稳致远,久久为功,我们相信迈景依托成熟的产品服务和阶梯性储备项目,必将立足自身优势,精准市场对标,百尺竿头,更进一步!”久友资本管理合伙人孙毅表示:“迈景基因团队兼顾了诊断研发和销售管理能力,在医学诊断服务领域有着丰富的经验和广阔的视野。我们也可喜地看到,凭借对趋势的预判和高效的执行能力,在公司团队的共同努力下,迈景在国内率先获批了肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒,希望在未来迈景能更好地服务于患者,实现肿瘤精准医学的更多临床价值。”犇驰资本管理合伙人平杰表示:“首先热烈祝贺公司在近期顺利获批上市‘肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒’,七年磨一剑,成为国内首个获批的肺癌PCR多基因伴随诊断试剂盒。在如此复杂多变之内外部环境下,能够取得如此好的进展非常不容易。我们把‘迈景基因’评定为‘五好学生’:赛道好、技术好、团队好、股东好、业绩好。我们非常有幸能够在公司取得突破性进展的前期成为股东之一,相信公司未来将以更高的市场定位,更加远大的目标,提供更多的创新产品,满足临床需求服务广大患者,创造更大价值。”关于倚锋资本医药专业投资机构,投资团队由一批来自国内外顶尖院校的生物医药专业博士组成,专注于全球生物医药VC/PE投资,深度投资了微芯生物、前沿生物、亚盛医药、普门科技、亚虹医药、和元生物、真实生物、凯实生物、华昊中天、思路迪医药、因明生物等八十余家境内外优质企业。凭借出色的投资业绩和投研实力,倚锋资本荣获了清科中国医疗健康领域投资机构30强、最佳生物医药领域退出案例TOP10、中国最具活力的原创药投资机构等荣誉,曾受到世界权威科学杂志《自然》的专访。倚锋资本旨在以资本推动生物科技成果产业化,为生命科学奋斗。经过数年的积累,倚锋资本形成了“以创业者为中心,以价值创造者为本”的理念,打造出一支经验丰富、特色鲜明的专业化投资团队,并坚持投资、融资、风控、管理、服务“五位一体”系统化运营,致力于成为以人为本、值得信赖、基业长青的卓越投资机构。关于久友资本久友资本由业内投资经验丰富的精英团队于2015年创立,具有国际视野、坚持以生命科技、创新科技为核心投资赛道。久友资本丰富的平台资源、专业的研判能力、全面的投后服务,支持覆盖天使轮至Pre-IPO轮多阶段股权投资。投资标的企业天宜上佳(688033)、寒武纪(688256)、天秦装备(300922)已成功上市。久友资本荣获36氪“2021年中国医疗大健康领域投资机构TOP20”、36氪“2021年中国最受创业者欢迎创业投资机构TOP100”、投中“2020年度中国最佳创业投资机构TOP100”、卓悦榜“2020年度生物医药最佳投资机构”等奖项。关于犇驰资本犇驰资本是一家专注投资潜在顶级科技独角兽的精品投资机构,追求少而精。公司成立于2015年5月,凭借深刻的行业洞察力和顶级资源人脉圈,重点关注新一代信息技术、高端制造、生物科技等高科技赛道,投资阶段以快速成长期为先,截至目前已成功捕获了多个明星项目(奇安信、特斯联、蓝箭航天等独角兽企业),投资理念为“在追求相对安全的条件下创造超额收益”,稳中求进为原则。同时,犇驰资本以“投资+赋能”双轮驱动模式,整合地方政府和产业上下游资源赋能被投企业,
  • 癌症基因扰乱细胞正常生物钟和代谢
    近日 Cell旗下Cell metabolism杂志上发表宾夕法尼亚大学的Chi V. Dang研究团队发现癌基因Myc会扰乱细胞的生物钟和代谢的相关论文。这项研究表明,MYC能结合到关键基因的启动子区域,改变细胞的代谢和昼夜节律。这种蛋白具有双重功能,不仅在代谢通路中起作用,还能抑制BMAL1的抑癌效果。这项研究有助于更好的理解癌细胞如何有效维持快速复制。文章第一作者Brian Altman博士说“MYC癌细胞的节律性振荡发生改变,是因为蛋白REV-ERBα的表达水平被上调,这类癌症应该很适合采取时间疗法(chronotherapy)”。“我们的工作将癌细胞代谢与癌症时间疗法关联起来。”癌症时间疗法的理论基础是,在正确的时间进行治疗,可以有效杀死癌细胞,同时减少对正常细胞的副作用。已知CLOCK-BMAL1二聚体是生物钟的重要调控子,而MYC在基因组中的结合位点与CLOCK-BMAL1相同。因此研究人员推测,癌细胞中的MYC异常表达可能会影响到生物钟。研究中发现,MYC异常表达会提高REV-ERBα的表达,进而影响BMAL1和生物钟。降低REV-ERBα的表达水平,可以部分恢复这些癌细胞中的节律性振荡。此外,在神经母细胞瘤患者中,高水平REV-ERBα和低水平BMAL1都与预后差有关。在神经母细胞瘤中重新表达BMAL1,能够抑制这些癌细胞的复制能力。研究显示,MYC对葡萄糖代谢的振荡和谷氨酰胺的消耗也有很大的影响。葡萄糖和谷氨酰胺都是细胞中的基础代谢分子。研究人员建立了骨肉瘤细胞系,并且在其中分析了MYC和代谢的互作。细胞系的葡萄糖通路原本存在正常的节律性振荡,但MYC增多之后这种振荡就消失了,细胞的葡萄糖摄取速度大大增加。Hsieh说。癌细胞独特的代谢谱为人们提供了癌症治疗的重要线索:当正常细胞休息而癌细胞还在没日没夜地工作时,癌症治疗可以起到事半功倍的效果,对正常细胞的毒性也大大降低。
  • 基因测序:治癌的故事 资本涌入 还不是投资泡沫
    截至2016年9月,共有32家精准医疗公司完成融资,其中A轮20家、B轮11家、C轮1家 共有9家公司得到亿元以上的融资。这当中绝大部分是基因测序公司,缺乏核心技术与较好的营业模式。围绕着基因测序是否存在“泡沫”,近期在业界掀起激烈讨论。  基因测序领域是否真的已经过热?  分享投资享投就投投资经理张耀洋对基因测序领域有深刻理解,他将在以下分享中回答几个关键问题:  基因测序是什么?主要应用在哪些方面?  行业里什么公司能够建立自己的竞争壁垒?  基因测序行业是否过热?  近几年,尽管国家卫计委和CFDA对基因检测临床应用市场加强了监管,但目前国内市场上已有超过200家企业和机构从事基因检测相关业务。以下是网上统计的部分现有的基因检测服务机构:  华大基因、博奥生物、贝瑞和康、诺禾致源、碳云智能、世和基因、泛生子、吉因加、百迈客生物、圣谷同创、康普森、嘉宝仁和、源宜基因、博淼生物、圣庭集团、中美泰和、斯克尔基因、华牛生物、微旋基因、安诺优达、基云惠康、爱普益、麦基诺基因、量化健康、诺赛基因、毅新兴业、博恒生物、百麦华康、华生恒业、路思达、鑫诺美迪、中科紫鑫、海克维尔、瑞德百奥、英木和、溯源精微、华弈生物、奥维森、布斯坦、信诺佰世、银河基因、华诺时代、药明康德、云健康、派森诺生物、晶能生物、美吉生物、宝腾生物、凡迪生物、佰真生物、南方基因、烈冰科技、生工生物、鼎晶生物、锐翌基因、欧易生物、翰宇生物、泛亚基因、尤尼曼、联合基因、吉玛生物、康成生物、赛安生物、吉凯基因、上海敏芯、阿趣生物、博苑生物、丰核信息、生咨生物、英拜生物、凌科生物、泉脉生物、卓立生物、达迈生物、基因科技、基龙生物、源奇生物、赛优生物、湘雅医学检验所、希匹吉生物、吉凯基因、百世嘉、派航生物、思路迪、锐翌生物、惠研生物、嘉因生物、允英医疗、虹舜生物、捷易生物、祥音生物、伯豪生物、千年基因、博大威康、易基因、海普洛斯、瀚海基因、裕策生物、蓝图基因、普元科技、早知道科技、英马诺生物、恒创基因、瑞奥康晨、华因康、达安基因、拓普基因、基准医疗、锐博生物、燃石科技、基迪奥生物、永诺生物、坤图生物、美格生物、金域检验、瑞科基因、赛哲生物、洪祥生物、贝达药业、谷禾生物、浙江天科、中翰金诺、杭州英睿、壹基金、然钠生物、晶佰生物、联川生物、奥拓生物、艾迪康医学、迪安诊断、博圣生物、菲沙基因、康圣环球、贝纳基因、生命之美、数桥科技、锦奥生物、大众源生、帕诺米克生物、金唯智生物、贝斯派生物、天昊生物、苏州生物医药创新中心、 Qiagen、赛业生物、中宜金大、亿康基因、所罗门兄弟医学、迪康金诺、广而生物、苏博生物、锐创生物、健海生物、盘古基因、天津生物芯片、国信凯尔、先导药物̷̷  基因测序,或称DNA测序,是指分析特定DNA片段的碱基序列,也就是测定DNA上的腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)与鸟嘌呤的(G)的排列方式。这里说基因测序主要是为了区分两个概念,基因检测和基因测序。这两个概念比较容易搞混。  基因检测包括:PCR,FISH,芯片技术,基因测序。基因测序技术是基因检测的一种。基因测序目前主要有一代测序 (Sanger测序)、二代测序 (illumina/Life Tech)、三代测序 (单分子测序)等。  PCR、FISH和芯片技术,主要是通过已知序列去调查特定确定的片段序列或位点的有或无,重点在“检”,而基因测序技术是把基因序列上的核苷酸一个一个的测出来,重点在“测”。相比较而言,基因测序的精准度最高,随着基因测序的成本下降,最终测序技术将取代前三种技术。目前应用最广的是二代测序,即NGS。  整个基因测序行业,上游的仪器制造已经被illumina、life tech等少数几个公司垄断,中上游的试剂盒产品大部分并不具备技术壁垒,所以主要的机会都在中下游的服务应用。  基因测序应用的分类  基因测序的应用主要可以分成两部分:一部分是非人类基因组应用,另一部分可以归为与人类基因组及健康疾病相关应用。  (一)非人类基因组应用包括:科学研究、农业应用、环境污染监测等。  科学研究主要包括:基础科学研究、生物多样性保护。农业应用主要包括:遗传育种、食品及药材鉴定。环境监测主要包括微生物测序。这部分业务多来自政府的政策性投入。  (二)与人类基因组及健康疾病相关的应用主要包括:司法鉴定、消费级应用、医疗级应用三大类。精准医疗中的基因测序属于这里的医疗级应用。  1、司法鉴定  司法鉴定的需求主要来自于政府法务部门的刚需,这是一块稳定的市场,且高毛利,可以带来稳定的现金流。 司法鉴定对基因检测技术要求相对于消费和医疗级应用并不高,壁垒在于政府渠道并与政府部门形成稳定的合作关系。这种类型的公司有一定的投资价值。  2、消费级应用  消费级应用的测序公司在市场上有一些,主要涉及人类的一些个性特征性基因检测如天赋基因,酒精耐受,家族起源分析等,再就是根据相关基因营养学提供保健、健身、体重控制等保健服务,还有基于相关基因的易感或慢性疾病预防。由于目前这些检测主要的依据来自于科学研究文献,但相关知识、数据积累不够,检测分析结果跟事实并没有百分百的对应关系,参考意义有限,因此消费者对相关产品的购买有非常大的弹性和不确定性,非刚性需求。  个人消费端市场目前比较混乱,没有形成规范。其中,早期开展的普通人个人基因组疾病风险预测,目前被FDA归为医疗设备进行管理,停止不具备医疗资质的公司开展相关的业务,表明了FDA对疾病风险预测业务的严谨态度。  这类公司中,代表性的如google旗下的23andMe。  消费级的应用,目前的问题在于产品不成熟和需求的不确定。这种类型的公司,如果盈利模式单单只是通过对消费者提供这种服务,很难实现盈利,投资存在一定的风险性。  但随着研究的深入,数据、知识的积累,基因与环境作用的机理的发现,在保健市场和疾病防治、慢病防治领域,有一定的市场空间。美国保健品市场在 100-300亿美元,中国保健品市场规模在2000亿元,预计到2020年将达到4000亿元,在保健品服务市场上,以基因检测作为保健养生的前导服务,与传统保健服务相结合,可以对保健服务进行优化。  另外,如果这种公司,在给消费者提供消费级服务的同时,跟消费者签订协议,要求可以将其的基因组检测结果免费用于科学研究用途,那么,这类公司就会变为数据公司,后面的估值逻辑可能就变得不一样了。例如23andMe公司,这几年通过在网上销售个人基因检测服务,已经收集了超过一百万例标本数据,当然这个过程是烧了不少钱的。这一百多万例人的基因组标本是个宝库,很多药厂、医疗机构和科研院所都可能是潜在的服务客户。  如23andMe与Genentech公司合作,就向其提供部分数据库,以帮助其对3000多名帕金森患者做全基因组测序,以进行后续的相关治疗药物研发。  ▲23andMe的产品资料  3、医疗级应用  医疗级应用是基因测序行业的主要应用发展方向,也是本文的讨论重点。 根据市场反馈的情况以及咨询机构的测算,未来其在基因测序所有应用中所占比例会越来越大,最终将超过70%。  目前,医疗级应用主要有:生殖健康 (NIPT、植入前胚胎遗传学诊断)、遗传性疾病检测、心血管疾病、感染性疾病、药物基因组学及新药研发、体检及疾病筛查、医学基础研究、肠道微生物宏基因组、肿瘤诊断及治疗等。医疗级应用的基因测序技术,是精准医疗重要的组成部分,是基因测序技术应用的热点。  这些应用,从技术上来说,可以大致分成两类,一类是验证性的检测,一类是探索性的检测。  验证性的检测已经有比较完整的知识依据和对疾病诊断的标准,如生殖健康领域的NIPT检测,有明确的诊断标准和检测SOP,主要针对13、 18、21号染色体的三体检查,这类公司对技术团队的要求不高,因此市场以营销和普及为导向,尽管有一定的市场空间,但由于没有竞争壁垒,目前基本上已经没有什么再投资的价值。  而带有探索性的复杂的检测,例如肿瘤诊断及治疗,需要高通量测序,检测出的突变结果可能没有明确的标准,需要探索和研究,对团队技术要求高。  ▲NIPT检测  以市场规模最大的肿瘤检测方向为例:  根据illumina的测算,在所有这些应用中,目前针对人类第一大杀手疾病——肿瘤的基因测序将会占比最高,市场需求最大。  关于国内的肿瘤测序市场规模方面,可以做个简单的测算,目前每年新增癌症患者300万人左右,且发病率呈上涨趋势。每个病人的诊疗花费大约在10万,整个市场规模大约在3000亿,而根据医疗过程中,药、检、诊所占的比例,肿瘤的基因诊断市场规模可达百亿级别。  肿瘤本身是一种基因病,肿瘤细胞的基因在不断的发生突变,肿瘤组织是动态变化的,每个时期所检测出来的基因组可能都有发生变化,目前相关的知识和数据均处在摸索和积累阶段,仍然需要不断的临床实践和研究投入。  关于肿瘤的NGS基因检测,目前主要有两类,一类是实体瘤的突变基因组panel测序,一类是外周血的ctDNA检测。ctDNA是液体活检的一部分,液体活检还包括CTC和外泌体的检测。  开发实体瘤NGS panel的代表公司有Foundation Medicine (FMI),该公司的主要产品 FoundationOne检测315个癌症相关基因的编码区和28个基因内含子的重排区,其检测方法2013年在Nature Biotechnology上发表。但正如MD-anderson癌症中心的病理专家指出,实体瘤NGS panel只是测量实体肿瘤的某一时刻的状态,而不能追踪到肿瘤发生的全过程,人体内肿瘤的状态是会随着时间不断变化的。如对于已经发生转移的癌症患者,如果仅仅取某个部位的癌组织,并不能反应患者的整体情况,但对所有癌组织都取样又不好操作。并且,实体瘤组织活检的相对滞后性对患者的治疗也不利。  ▲FoundationOne的主要检测项目  ctDNA的监测则只需要外周血标本,可以实时开展。外周血中的ctDNA的含量与肿瘤负荷及肿瘤进展相关,通过NGS对ctDNA进行定量分析,可以更早的发现肿瘤的变化。  ▲ctDNA检测  ctDNA另一个应用是肿瘤的早期筛查。最新的研究证明ctDNA在肿瘤早期已存在于外周血中,如果开发出高灵敏的检测方法,可以作为很好的先导指标,较影像学及其他检测更早的发现肿瘤的发生。  另外,在肿瘤的治疗过程中,ctDNA也能较好的监测肿瘤的复发及状态变化,对残留的微病灶进行 (MDR)进行监控。  ctDNA的检测相对于实体瘤的NGS panel检测要求更高一些。较早进入ctDNA检测领域的代表公司如约翰霍普金斯大学创立的PGDx公司,该公司在2014年获得了无细胞DNA分析的许可,目前其在ctDNA领域有多项领先技术。    ▲PGDx公司的ctDNA检测产品:PlasmaSELECT 64  目前,Illumina、塞默飞、FMI等公司均在研发ctDNA检测。如Illumina公司在2015年投资4000万美元的Grail 公司,据FastCompany报道,近期有望完成一笔17亿美元的融资该公司计划,以在英国开展涉及50万人的大型ctDNA临床试验,目的正是为了划定正常人的ctDNA基线,从而开发设计出肿瘤早筛产品。  行业里什么公司能够建立自己的竞争壁垒?  实际上,基因测序服务并非大家通常所理解的仅仅是测序,这只是其中的一步。整个过程实际上包括: 样本处理(提取、建库及捕获),上机测序,架构算法及数据处理,医学注释对应解读及问题解决。  在这四个步骤中,除了上机测序只需要买illumina等公司的测序仪直接测,没有什么壁垒之外,其他三个步骤各公司之间差异大,均可形成壁垒。  以肿瘤的ctDNA检测为例,因为血液中的ctDNA含量低,捕获技术显得尤为重要。目前主要的方法有罗氏旗下的NimbleGen在2014 年发布的CAPP-seq技术,以及约翰霍普金斯PGDx的Bert教授发明的Safe-SeqS技术,文后附参考文献。目前市场上做ctDNA的公司基本都是采用这两种技术。另外,贝瑞和康的cSMART捕获技术仅用于NIPT,还没有应用于肿瘤的文献及报道。上面两种技术虽然已经公开报道,但是每个公司的实验室掌握情况可能并不相同。 据我们调研的一家公司,他们在做ctDNA检测时,捕获技术的实验摸索就花了一年多的时间,对分子实验团队的要求比较高。  架构算法方面,虽然有传统的开源算法可以模仿,但这些算法最开始主要应用于科研领域,准确度方面还有很大的提升空间,因此需要专业的生物信息团队进行优化提升。因为在测序的医疗应用方面,精准的要求是首要的,即患者基因有什么样的变化,数据必须百分百的准确得到。从测序仪测序得到的原始数据,需要后期经过基因组的比对,数据的过滤筛选等多个步骤才能得到基因组上的变异信息,从而为疾病的诊断和治疗提供参考。基因数据分析和解读也是基因测序服务的关键环节。  最后是医学注释和解读,拿到了准确的患者基因情况,需要根据最新的临床医学研究进展,对患者的基因情况进行医学解读,这就对医学解读团队提出了很高的要求,需要既懂得生物信息学的临床医学研究生来完成工作。因为目前对肿瘤的认知还在不断进步中,因此,这部分工作还带有一定的探索性,除了对既有的知识的认知,还需要一定的研究分析能力,以发现新的突变和药物靶点。  另外,标本数据的积累,数据库的构建也十分重要,这需要生物信息团队和医学解读团队协作来完成,对硬件和软件都有较高的要求。这类公司通常都有自己的数据库,并且都在不断的收集数据。  高水平的医疗级基因测序服务公司仍然是投资市场上的稀缺标的  因此,一家完善的医疗类基因测序公司,至少包括完整的分子实验团队、生物信息团队和医学解读团队。按照这个能力的标准要求,实际上,国内市场上的能有这样水平的基因测序公司不超过十家,即使是卫计委发放试点牌照的一些LDT试点单位也未必能做到。  另外,还有一个比较标准是国家卫计委临检中心组织的临床医学实验室的室间质评,符合一定标准的实验室参与评比,由卫计委打分给出最终的评判结果。  基因测序重点在诊,而对于患者而言,诊断之后,重点在治。因此,行业内一些优秀的公司,除了在肿瘤DNA的测序上不断改进升级,也像 23andMe一样,向下游的疾病治疗进行延伸,与制药公司及生物技术公司合作开展治疗方法的研发和药物的研发,如细胞免疫治疗、靶向药物研发。  除了肿瘤之外,遗传性疾病的NGS检测,植入前胚胎遗传诊断,目前行业增速也非常快。在药物基因组学、感染性疾病、心血管疾病、肠道微生物宏基因组学领域,NGS都有非常好的应用前景。  ▲肠道微生物宏基因组检测应用  最后回到开头,基因测序是否过热?根据上面的分析,基因测序的应用领域广泛,行业内的公司并非全部都扎堆在精准医疗的诊断领域,并且实际上,高水平的医疗级基因测序服务公司仍然是稀缺标的。  前段时间,礼来公司的轻度阿尔茨海默病药物Solanezumab倒在了三期临床,上十亿美金的研发打了水漂。 在医疗行业中,相比起制药来说,基因测序行业的沉没成本要小得多。再从整个资本市场来看,钱多而优质资产少,这种现象并非医疗领域独有。  因此,目前资本在优质的基因测序公司的投入上,仍然是不够的。
  • 基因测序揭示12种癌症的遗传易感性(含具体数据)
    p   12月22日《Nature Communications》杂志上的一项研究阐述了12种癌症的遗传性,意外发现胃癌遗传概率与乳腺癌等同,同时还揭示了乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突变对其他癌症的影响。 /p p    strong 12种癌症的遗传性(遗传性易感性) /strong /p p   长期以来,众所周知癌症的部分风险因素为遗传,且遗传突变在不同肿瘤中的重要性也不一致。华盛顿大学医学院研究人员析了4000多个癌症病例的基因信息,以研究癌症的遗传性。这些4000多个病例均来自美国国立卫生研究院(NIH)组织的癌症基因组图谱项目。 /p p   过去的癌症基因组研究主要是比较健康组织与癌变组织的测序结果,帮助研究人员确定哪些基因在癌症的发展过程中扮演重要的角色,但这种分析不能区分遗传突变是天生的还是后天形成的。 /p p   为了梳理癌症的遗传分量,研究人员在该研究中加入了包含患者胚胎信息的正常细胞相关测序数据的分析。患者生殖细胞系来自于父母,可揭示先天性的遗传信息,判断与癌症相关的突变是否与生俱来。 /p p   本文资深作者,华盛顿大学McDonnell基因研究所医学教授Li Ding博士说,“总体而言,我们已经知道卵巢癌和乳腺癌有一个重要的遗传因素,但其他类型的癌症,如急性髓系白血病、肺癌等的遗传性小一些。” /p p   研究人员在所有的分析病例中寻找已知的与癌症相关的罕见生殖系突变。若出生时其中一个亲本的一个基因中的一个拷贝发生了突变,来自另一个亲本的正常拷贝通常可将该缺陷掩盖,但携带这种突变的个体更容易受到“第二次攻击”,随着年龄的增长,正常拷贝的基因发生突变的风险值越高。 /p p   在与癌症相关的已知的114个基因中,研究人员发现了12种癌症的种系突变,但突变频率取决于癌症的类型。研究人员专注于一种称为“截断(truncation)”的突变类型,因为大部分的截短基因(truncated gene)是不发挥功能的。这12种癌症的遗传性如下表所示: /p p style=" text-align: center " img width=" 600" height=" 400" title=" 201512231615324365.jpg" style=" width: 600px height: 400px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201512/noimg/adc72687-e812-4bef-99f5-8a4b4285ae2e.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p style=" text-align: center "    strong LUNG1为肺鳞状细胞癌,LUNG2为肺腺癌 /strong /p p   在本次调查中,19%的卵巢癌病例携带罕见的生殖系“截断”突变,相比之下,仅有4%的急性髓系白血病患者携带这种突变,同时研究人员发现胃癌患者携带这种突变的概率为11%,与乳腺癌患者相当。该研究结果可提高癌症风险基因检测的准确性。 /p p    strong 乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2可能影响其他癌症的形成 /strong /p p   BRCA1和BRCA2基因对DNA修复很重要,且一直以来被认为与乳腺癌风险相关,但该研究揭示了这两个基因可能有更广泛的影响。 /p p   “我们发现大量的BRCA1和BRCA2基因生殖系’截断’突变发生于乳腺癌以外的肿瘤,包括胃癌和前列腺癌”,Ding说,“这表明我们应注意这两个基因可能潜在地参与了其他类型癌症的发展。BRCA1基因发生生殖系截断突变的患者,90%的BRCA1截断突变在肿瘤组织中扩增,且与癌症类型无关。” /p p   对已知乳腺癌风险高的女性进行BRCA1和BRCA2基因检测可提供重要的预防信息。例如,当基因型正常时乳腺癌遗传风险值不会升高,但如果其中一个基因发生了一些可使另外一个基因失效的突变,那么乳腺癌风险会大大增加。 /p p   突变的类型多种多样,基因测序还可揭示这些基因突变的许多未知结果,且目前这些突变对癌症风险的影响也是无法预测的。为了弄清临床实践中的灰色地带,Ding及其同事俄亥俄州立大学计算机生物学和生物信息学家Jeffrey Parvin博士和华盛顿大学医学教授Feng Chen博士研究了BRAC1基因中意义不明确的68个种系非截断突变体。对于每一种突变,研究人员均测试了BRAC1蛋白如何执行其DNA修复的功能,结果发现其中6个突变体表现出了完全截断效应——使基因完全失效,且这些突变在肿瘤中含量非常丰富,在癌症发展中可能扮演着不同的角色。 /p p   Ding表示,“揭示这六个未知突变的临床意义非常重要(实际上它们是导致基因功能丧失的突变)。但同时我想强调结果的对比性,许多类型的突变(至少在我们的研究中)是中性的,我们想将其识别出来使卫生保健提供者能给患者提出更好的建议。但将此研究结果纳入临床之前还需更多的研究来证实。” /p
  • 15000例样本为癌症血液基因检测是否靠谱来说话
    这组数据公布在2016年的ASCO大会上,研究人员通过一万五千多个样本的研究表明,癌症血液基因检测的临床灵敏度达90%左右,这也是迄今为止规模最大的液态活检研究。  规模最大的液态活检研究  血液循环肿瘤DNA(ctDNA)基因组分析为实体肿瘤提供了一种非侵入性的检测手段,迄今为止,液态活检仅应用在适度规模的研究或案例分析中。在本研究中,研究人员利用高精度及深度ctDNA测序技术对15191名50种不同肿瘤的晚期患者进行体细胞基因组分析,共靶向70种基因。  这些样本中,肺癌占37%,乳腺癌占14%,大肠癌占10%,其他癌症占39%,研究人员共收集了17628个血液样本用于ctDNA 基因检测,还对386名患者的病变组织进行基因组分析。  研究人员将所检测到的ctDNA突变频率与癌症基因图谱中的数据比对,并通过与相对应的组织DNA检测结果进行比较,从而评估出ctDNA测序的精准度。  用数据说话,ctDNA的临床灵敏度达90%左右  本次研究充分证实了癌症血液基因检测的临床效用性。检测结果发现,对于肺癌、乳腺癌、大肠癌及其他癌症,ctDNA的临床灵敏度分别为86%、83%、85%和78%,ctDNA测序精准度为87%。  研究人员通过比较发现,ctDNA检测到的基因突变率与癌症基因图谱中的结果吻合度在92%和99%之间。例如,与癌症基因图谱中的数据相比,EGFR基因的 ctDNA检测结果吻合度为92% 对于肿瘤样本,EGFR、BRAF、KRAS、ALK、RET和ROS1的突变率吻合度在94%到100%之间。  此外,本研究中血液基因检测在低ctDNA水平中也能检测到突变,大约一半的突变在ctDNA水平不超过0.4%的情况下被检测到,总体来说,血液样本中ctDNA突变的检测率为83%。  解决临床样本不足的问题  ctDNA不仅提供了一种无创的检测手段,还能解决组织样本量不足的障碍。研究人员表示,液态活检对肺癌患者特别有帮助,在本研究中,共有362例肺癌患者,但63%的患者没有足够的可用于分析的病变组织,但可通过ctDNA进行检测。  然而,并不是所有的患者都拥有足量的血液ctDNA,尤其是胶质母细胞瘤患者,研究人员认为这可能是由于DNA不能穿越血脑屏障所致。因此,研究人员正致力于提高低水平ctDNA的检测灵敏度。  研究人员说,“组织样本基因检测仍然是黄金标准,但组织样本往往不能满足定性及定量分析,而液态活检对评估患者的疾病过程特别有用。”
  • 基因测序揭示乳腺癌患者是否复发
    p    strong 乳腺癌复发病例有不同的基因图谱 /strong /p p   虽然大多数乳腺癌可治愈,但有20%左右的病例会复发。日前,剑桥大学研究人员通过乳腺癌组织的基因检测,揭示了乳腺癌复发的遗传差异性。研究结果显示乳腺癌复发病例有不同的基因图谱,并建议研制靶向乳腺癌复发驱动基因的药物。 /p p   该研究由英国剑桥大学Wellcome Trust Sanger 研究所临床肿瘤学家Lucy Yates博士引领,Yates博士说:“我们的研究揭示了复发性肿瘤与非复发性肿瘤的驱动差异,该差异可能与乳腺癌复发有关。” /p p   本研究给存在乳腺癌复发风险的患者带来新希望。此外,根据新发现的乳腺癌复发驱动基因研制靶向药物,被诊断为高风险复发的患者可采用此类药物来预防疾病复发。该研究结果将在2015年的欧洲癌症大会(ECC)公布,但具体数据已在ECC新闻发布会上公布。 /p p   该研究比较了836个患者乳腺组织的基因组成,其中161名患者被确诊复发或转移。研究人员表示无论从复发乳腺癌样本数量角度还是从基因测序的广度,该研究是目前最大且最全面的研究,其关注与乳腺癌有关的365个基因。 /p p   研究人员进行了驱动突变大搜索,并根据已有的数据对每个突变进行变异注释。使用Fisher精确检验法来比较每个复发病例的驱动基因,并使用Benjamini–Hochberg来校正多重检测。对66个样本进行了多重检测,这些样本包括所有的局部或远处复发性样本以及21例原发肿瘤样本。 /p p   Yates博士表示,与非复发性乳腺癌相比,复发性乳腺癌的驱动基因突变较少见。研究人员相信他们发现的差异反应了导致乳腺癌复发的遗传差异。 /p p   来自纽约Memorial Sloan Kettering 癌症中心的Jorge Reis-Filho博士说,这项研究强调了原发性乳腺癌与复发性及转移性乳腺癌的遗传突变差异,为治疗决策提供新思路。然而,Reis-Filho博士提醒说,不同患者不同转移部位的突变差异程度还有待确定。我们仍需要探讨是否可以借此分析单个或多个转移部位。 /p p   瑞典哥德堡萨霍琳斯加大学附属医院(Sahlgrenska University Hospitalin Gothenburg Sweden),欧洲癌症组织科学执行官Peter Naredi博士说,该研究对精准医疗非常重要,同时也揭示了一个事实——我们应该将癌症复发当一种新事物来看待,并谨慎选择正确的方法治疗复发性肿瘤。 /p p    strong 乳腺癌中的JAK抑制剂 /strong /p p   研究人员发现在癌症复发晚期的复发性/转移性乳腺样本中,基因发生了一些变化,而这些变化在早期样本中并未发现。在后期突变中,研究人员发现了JAK2 和 STAT3两个基因抑制肿瘤活性的有力证据,这两个基因有相同的信号通路。 /p p   Yates博士说,在一些乳腺癌病例中,信号通路的中断有利于癌症患者的生存。有趣的是,在一些癌症中JAK2基因的过度表达驱动肿瘤的恶化而不是抑制其活性。JAK酶(JAK1与JAK2)参与血液调节和免疫调节,这些酶的异常调节被认为是骨髓纤维变性的驱动者。第一个JAK抑制剂ruxolitinib(络氨酸蛋白激酶抑制剂)于2011年获批用于治疗骨髓纤维化。 /p p   Yates博士及其同事注意到,增强JAK-STAT信号在乳腺癌干细胞的发展和癌细胞的存活中发挥重要的作用,临床证据似乎表明抑制该基因的表达对治疗有利。这些研究发现将JAK抑制剂带到临床试验并促进乳腺癌的临床发展。然而,Yates博士表示,在本次研究表明,在一个癌症团体中,抑制这个通路可能会有相反的结果,这需要进一步调查。 /p
  • Nature:儿童癌症基因组研究迎来大突破
    p   Hopp-Children癌症中心的Gr?bner等人对961名癌症患者进行泛癌症基因组分析,这些患患有24种不同的肿瘤。另外,St.Jude儿童研究医院的Ma教授等人在1699名儿童癌症患者中取得了肿瘤样本与健康组织的样本,并使用了多种下一代测序技术,寻找两者基因组中存在的不同。这些儿童患者患有6种不同的癌症,具有很好的代表性。这两项研究详细地指出了儿童和成人癌症基因组间的关键性差异。 /p p style=" text-align: center " img title=" 1.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201803/insimg/8ce5ff8c-b17f-40be-9620-65f896c82b51.jpg" / /p p style=" text-align: center " img title=" 2.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201803/insimg/c490b828-3089-4a23-958b-f7dc41209dc0.jpg" / /p p style=" text-align: left text-indent: 2em " strong 儿童癌症突变率少于成人 /strong /p p   首先,研究人员发现儿童癌症的基因突变和结构变异少于成人癌症。Gr?bner等人的报告中指出了未成年的突变率比成人癌症低14倍。Gr?bner等人与Ma等人均发现儿童癌症基因组中的突变总数与年龄有显著相关性,这与细胞会随着年龄增长而积累突变的观点一致。 /p p style=" text-align: center " img title=" 3.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201803/insimg/5b3772e7-72d1-49fd-b335-3b73831ebd93.jpg" / /p p style=" text-align: center " Ma等人的研究中儿童癌症体细胞的突变率 /p p style=" text-align: center " img title=" 4.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201803/insimg/b1687dd9-179a-4e51-95da-4d23d87c07d9.jpg" / /p p style=" text-align: center " Grö bner等人的研究中儿童癌症体细胞的突变率 /p p    strong 儿童癌症由单个驱动基因引起 /strong /p p   其次,研究人员指出儿童通常由单个驱动基因引起。Gr?bner及其同事分析的癌症基因组中57%携带单个驱动突变,而且,父母遗传并存在于身体所有细胞中的种系突变是儿童癌症的致病因素,7.6%的癌症与可检测的种系突变相关。 /p p   此外,儿童癌症基因组中多含有突变或结构变体之一,而非二者的混合物。Ma和他的同事从结果中也注意到,儿童患者的主要致癌因素是拷贝数异常,或是DNA结构的改变。这些因素占到了62%,高于大家普遍认为的DNA点突变。从机理上看,拷贝数异常会让患者产生过多或过少的特定基因,而DNA结构改变则会造成基因的重排。 /p p   在针对结构变体表征的癌症研究中,研究人员还观察到了DNA修复途径的种系突变。这些差异突出了儿童与成人不同的癌症发生的潜在机制。 /p p style=" text-align: center " img title=" 5.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201803/insimg/c436bdf5-0883-4d0a-a3a2-07e223d0768b.jpg" / /p p style=" text-align: center " Grö bner等人的研究中儿童癌症的种系突变 /p p    strong 儿童癌症基因更易突变 /strong /p p   再者,与成人癌症基因相比,儿童基因更容易发生突变。Gr?bner及其同事发现成人癌细胞内只有30%与成人癌症重叠的突变基因,Ma和他的同事在癌细胞中也只发现了45%。这就提示,儿童癌症基因组中存在驱动突变的因子,导致儿童基因更易发生突变。 /p p style=" text-align: center " img title=" 6.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201803/insimg/594b6295-7b52-4e48-be39-d162dbb9b132.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong Grö bner等人的研究中儿童癌症与成人癌症类型相比显着突变的基因 /strong /p p   从这些分析中收集到的数据对儿童癌症精确医学的发展具有启示意义。 /p p   另外,Gr?bner等人发现约50%的肿瘤可以通过临床或正在开发的药物进行靶向基因组改变,同时还提供了特异性改变儿童肿瘤的设计方案。此外,这些研究还提高了儿科肿瘤学家对生殖突变的重视。尽管这些研究提供了有价值的见解,但仍需大量工作才能有更精确更令人满意的结果诞生。 /p p   目前,Gr?bner及其同事还无法确定其研究的部分肿瘤是否存在驱动突变,而且也没有足够的样本来检测罕见突变,因此需要持续的协作和数据共享来收集足够的肿瘤信息。此外,两各研究组都鉴定出了结构变异,因而需要全基因组测序来检测编码区域外的驱动,才能为大型儿童肿瘤的进一步分析工作铺平道路。 /p p   参考资料: /p p   1.Susanne N. Gr?bner,et al.The landscape of genomic alterations across childhood cancers.Nature.28 February 2018 /p p   2. Xiaotu Ma, et al.Pan-cancer genome and transcriptome analyses of 1,699 paediatric leukaemias and solid tumours..Nature.28 February 2018 /p p   3. Landscapes of childhood tumours /p p   4.Genome studies unlock childhood-cancer clues /p
  • 23andMe癌症风险基因检测获FDA审批
    p   近日,美国食品和药品监督管理局(FDA)批准了有史以来第一款直接面向消费者的癌症风险基因检测项目。此次审批后,23andMe公司可以向其客户推销癌症风险检测项目,主要针对与乳腺癌、卵巢癌和前列腺癌风险相关特定变异基因的监测。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201803/insimg/c395f188-1f06-4680-b611-aee1aa99c91f.jpg" title=" NewsDataAction.jpeg" / /p p   值得注意的是,此次通过审批的基因检测项目并不是一款不需要医生处方就可以使用的基因筛查测试。主要检测包括德系犹太人血统患者中最常见的BRCA1和BRCA2基因三种变异。在这类群中,40个人就有1人拥有这三种基因变体中的一种,这将导致妇女在70岁前患乳腺癌的风险为45%-85%。 /p p   美国FDA体外诊断和放射卫生办公室主任DonaldSt.Pierre在一份声明中表示,“该测试为某些可能患乳房、卵巢癌或前列腺癌风险的人群提供了必要的提醒,而且这些人此前可能不会进行基因筛查,此次批准使得DTC基因检测的可用性方面又向前迈进了一步。但该基因检测也发布了相关警告。尽管在此测试中检测到BRCA突变确实表明患相关肿瘤的风险增加,但只有一小部分美国人携带这三种突变中的一种,并且增加个体肿瘤风险的其他更多种类的BRCA突变并不会被项目检测到。患者不应该认为该测试可以专业的筛查癌症或咨询遗传,应该注意生活方式的因素对癌症风险的影响。” /p p   23andMe表示,新近和现有的客户可以在购买服务后的未来几周内访问详细的基因检测报告。该报告还将包含教学信息,以便患者更好地理解和读懂报告,并掌握正确使用报告的方法。 /p p   23andMe创始人AnneWojcicki在一篇博客文章中写道:“23andMe的新报告不可以诊断癌症,也不能排除癌症发生的可能性。它并没有完全覆盖与癌症风险增加相关的数千种BRCA1和BRCA2变体的检测,此外也无法判断与遗传性癌症相关的其他基因变体或环境生活方式等非遗传因素的影响,建议消费者不要单独使用该项目来做出医疗决定。在采取任何医疗行动之前,应在医疗机构确认结果。23andMe出具的BRCA1/BRCA2报告不会对每个人都有所帮助,但我们已经知道从这些信息中有客户到了切实的益处。” /p p   2017年,全球领先的基因检测公司23andMe宣布已完成2.5亿美元E轮融资,由红杉资本领投,EuclideanCapital、AltimeterCapital和WallenbergFoundation等跟投。这笔融资将用于扩张其治疗团队,并投资于其众包遗传研究平台(有世上最大的DNA样本存储库)。2017年4月,23andMe获得FDA批准,成为第一家被批准提供面向消费者的基因检测服务的公司,能针对消费者因遗传导致的帕金森、迟发性阿兹海默病、乳糜泻、α-1抗胰蛋白酶缺乏症、早发性原发性肌张力障碍、因子XI缺乏症、戈谢病1型等10种疾病作出预测。 /p p   此次通过审批的肿瘤基因检测项目是该公司个人基因组服务(PGS)的一部分,该服务需要客户提供唾液样本。试验报告将描述女性是否存在患乳腺癌和卵巢癌风险、男性是否患乳腺癌或前列腺癌的潜在风险增加。但是公司并没有发布关于该项目的具体上市日期或价格信息。 /p p   随着生物技术的不断发展,精准医疗运用分子层面的治疗,人类开始有办法对受损或者变异的基因进行修复,让原先我们觉得难以解决的疑难杂症都变得有更多的可能性可以解决,为医学发展打开了新窗口。相应地,精准医疗也成为了投资的一个巨大风口。除了23andMe外,近来国内的基因测序企业都备受资本青睐。像药明明码、优迅医学、23魔方、美因生物都在近期获得了巨额投资,基因检测公司以创新基因技术在整个医疗健康产业中实现了大爆发。 /p
  • 英国推进基因测序治癌症 化疗或将退出历史舞台
    英国政府近日推出了一个名叫&ldquo 十万基因组计划&rdquo 的医学科研项目,拟通过对基因组进行测序,以有效确定引发癌症和其他疑难疾病的基因。当地媒体评论称,如果这一计划顺利实施并获得成功,将是医学领域的重大突破,今后对癌症的治疗将不必再通过化疗来进行。   据了解,&ldquo 十万基因组计划&rdquo 需投入资金3亿英镑,将把科研得出的大量数据整合进英国公共医疗体系当中。英国将参与总共10万个基因组中的7万个基因组的有关测序工作。可以说,此次&ldquo 十万基因组计划&rdquo 是此前英国推出的&ldquo 千人基因组计划&rdquo 的&ldquo 升级版&rdquo 。新的&ldquo 十万基因组计划&rdquo 并非只对癌症患者特定的&ldquo 癌症基因&rdquo 进行测序,而是要对其进行&ldquo 全基因组测序&rdquo 。从今年5月起,英国已在伦敦、剑桥等地医院开始研究,英国各地的高校、科研机构等也在协助英国卫生部推进这一计划。报道说,英国目前已完成了100个基因组测序,年内将达1000多个,2015年达到1万个,2017年将全部完成。   英国伦敦克拉福德诊所医生伯恩斯对本报记者说,迄今为止,化疗仍是治疗癌症的主要途径,但副作用较大,因此有必要找到对人体伤害较小的替代疗法。绘制基因组图谱有助于将来顺利找到癌症的替代疗法,而正确掌握基因组图谱也有利于癌症以及其他疑难病症的诊断、预防和治疗。   英国《每日邮报》报道说,癌症基因测序方面已经有所收获,目前已经研制出多款专门针对某一种特定癌症的药物,譬如治疗乳腺癌的赫赛汀等。新&ldquo 十万基因组计划&rdquo 的推进和实施,有望使癌症研究实现进一步突破。如果该计划能全面深入实行下去,并取得重大成功,化疗将成为历史。有专家预计,20年后,化疗将退出历史舞台。   为加强国际合作,筹措资金和展开技术合作,英国政府已经邀请美国生物技术公司伊卢米纳公司作为该计划的&ldquo 优先合作单位&rdquo 。该公司的基因测序方法一直都处于市场领先地位,影响广泛。&ldquo 十万基因组计划&rdquo 还承诺,将对基因数据采取严格保密措施,尽管最终研究成果将要公开,但参与该计划的每位患者的个人信息都绝不会对外泄露。
  • 基因组测序推进了难测血癌的早期诊断
    高通量基因组测序或能为罹患皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)患者的诊断提供一种有价值的工具;CTCL是一种很难检测的血癌,它常被误做湿疹或皮炎等良性的皮肤病。这种方法还就该病的生物学提供了新的见解,它能准确地诊断CTCL患者(包括疾病早期和复发者),并证明比目前标准临床试验的敏感性和特异性更高。在 CTCL患者中,癌性T细胞在皮肤中累积,它不但引起皮肤肿瘤,也会引起皮疹,后者常被错误地看做是良性的皮肤炎性疾病,使其在临床上的诊断平均被延误6年。在皮肤病灶中的健康T细胞数量远远超过恶性T细胞的数量,使得用标准临床试验来检测CTCL颇具挑战性。在寻找新的诊断方法的过程中,Ilan Kirsch和同事用高通量测序(HTS)来分析46名CTCL患者的血液和皮肤组织样本中的T细胞受体基因,并将其与健康人和牛皮癣、湿疹及其它非癌性炎症性皮肤病的皮肤样本进行比较。通过识别及量化恶性T细胞,该技术在所有46名患者中准确地将CTCL与其它皮肤病区分开来。相反,聚合酶链反应(这是最常用的CTCL诊断测试方法)只能正确地诊断70%的癌性样本,且常常错失对早期癌症的诊断。研究人员在一个病人的亚组中用HTS来追踪恶性T细胞随时间的变化,使其能检测到该病的早期复发并能对病人的治疗反应进行监控。T细胞受体测序还揭示了对CTCL细胞起源(一直仍未弄清)的新的了解。研究人员发现,该癌症源自成熟的T细胞而非不成熟的T细胞,这或能指导设计更有效的疗法。总之,这些发现提示,HTS为指导早期诊断及CTCL患者的治疗提供了一种有前途的工具。由 Jason Weed 和 Michael Girardi 撰写的相关《焦点》对将HTS推进成为一个临床诊断工具的前景和挑战进行了讨论。 原文检索:TCR sequencing facilitates diagnosis and identifies mature T cells as the cell of origin in CTCL
  • 达安基因借“埃博拉”炒作 股价一度逼停
    8月5日上午,达安基因在深交所互动平台上回应称,公司正在研制&ldquo 埃博拉病毒核酸检测试剂(PCR-荧光探针法)&rdquo ,正式加入&ldquo 埃博拉&rdquo 概念的炒作大军之中。   受这一&ldquo 利好&rdquo 的刺激,达安基因股价当天大涨7.37%,最高时一度逼近涨停。而当日的《安徽商报》也发布消息称,合肥市疾控中心即将拿到检测埃博拉病毒的试剂,合肥将具备检测埃博拉病毒的能力。8月2日,浙江省疾控中心也宣布能够检测埃博拉。一时间,埃博拉病毒的检测技术成为各方追捧的热点。   21世纪经济报道记者查询发现,埃博拉病毒的检测技术并不是什么新鲜东西,很多企业甚至边检、疾控部门都能生产。   广州宜康生物、通派(上海)生物科技公司等很多企业都有埃博拉检测试剂盒产品销售。而早在2012年,南京市出入境检验检疫局就已经对&ldquo 埃博拉病毒检测技术&rdquo 进行了储备研究,并向国家专利局申报了两项专利:&ldquo 一种检测埃博拉病毒的荧光定量PCR检测方法和试剂盒&rdquo 和&ldquo 一步法检测Z/S亚型埃博拉病毒的实时荧光定量RT-PCR方法及其试剂盒&rdquo 。   一位外资检测试剂公司人士向记者介绍:&ldquo 面对一个新的病毒时,先要拿到分发到企业的病毒,提取出DNA和RNA来,然后在已有的检测试剂基础上进行调整。所以说最快一天之内就能做出检测试剂。&rdquo   埃博拉病毒最早在1976年被发现,近年来多有疫情爆发,各国疾控部门和各大药企早已对其有充分的研究。上述外企人士表示:&ldquo 我们生产埃博拉检测试剂也没问题。但由于多年来这个病只在西非流行,国内从来没发现过,企业出于成本考虑,才不生产埃博拉的检测试剂。&rdquo   即便在疫情爆发的情况下,国家也很少从达安基因等企业手中采购相关检测试剂。   2013年2月19日,全球第一例H7N9感染者在上海被发现。当年3月31日,通过生物安全防护三级实验室的检测,证实了H7N9为全新的禽流感病毒。国内立刻掀起了一轮防治H7N9的高潮。   国家疾控中心在2013年4月8日将实验室制备的H7N9检测试剂盒分发到了各地疾控部门的实验室,这期间国内的H7N9检测工作主要用的是疾控中心提供的试剂。   达安基因则在2013年4月11日对外宣布,公司有能力生产H7N9检测试剂。结果同&ldquo 埃博拉&rdquo 概念一样,达安基因股价当天大涨8.5%。实际上,达安基因直到当年5月22日才获得检测试剂盒的注册证,彼时H7N9的爆发期已过。卫计委公布的数据显示,2013年6月1日至6月30日,全国仅有1例感染H7N9的病例。   2013年12月,达安基因承认,疫情期间只接到少量H7N9检测试剂的订单,对业绩没有太大影响。
  • 基因组检测让乳腺癌患者术后无需化疗
    p   美欧多国研究人员日前在新一期《新英格兰医学杂志》上报告说,基因组测试可以识别出部分早期乳腺癌患者复发风险低,术后无需化疗。这一方法可用来预测癌症患者的生存情况,为医生和患者选择治疗方案提供依据。 br/ /p p   欧洲9国近6700名乳腺癌早期患者在接受手术治疗后,研究人员采用一种名为MammaPrint的方法来检测被切除肿瘤样本的标志性基因,分析癌症复发风险。研究人员还用肿瘤大小、是否有淋巴结转移等常规指标评估了患者的临床风险。临床风险较高的患者通常在手术后还需要接受化疗,但化疗有严重毒副作用。 /p p   研究人员筛查出1550名临床风险较高但基因组风险较低的患者。这些患者被随机分成两组,一组术后接受化疗,另一组术后放弃化疗。术后5年,研究人员发现,约95%没有接受化疗的患者依然活着,5年生存率仅比接受化疗的患者低1.5%,也没有发生距离原发肿瘤较远部位的转移。 /p p   研究人员认为,这意味着临床风险较高、基因组风险较低的早期乳腺癌患者放弃术后化疗是安全可行的。 /p p   报告主要作者、MammaPrint基因组检测方法发明人、美国加利福尼亚大学旧金山分校教授劳拉· 范· 特费勒说,这是第一次通过随机试验证明,基因组检测结果可以帮助医生和患者就是否化疗做出明智的选择,这项研究结果对于早期乳腺癌患者具有重要意义。 /p p   乳腺癌是女性常见癌症。美国癌症学会估计,2012年全球范围有近170万新增乳腺癌病例,占女性所有新增癌症病例的四分之一。 /p p br/ /p
  • 廖玮的基因检测革命:癌症体液诊断
    p   70后的廖玮近期像是一个空中飞人,从广州到北京,再返回广州,再到美国,他将做每件事情所需的时间计算得越来越精确,他想春节后第一代产品研发完成后再稍作放松。 /p p   他现在忙碌的是一个可以在癌症诊断领域掀起全球变革的项目,即癌症体液诊断,只需30分钟左右就能确定是否存在基因突变,临床试验准确率超过99%。 /p p   目前,全球普遍采用的癌症诊断方式是活检穿刺或者外科手术,将疑似组织取出,通过病理切片和染色免疫组化确定是否罹患癌症。这都会给病人带来痛苦,且需要一到两周时间才能获得检验结果。 /p p   两者的诊断流程相比有着较大的差别,近些年,众多企业都希望通过提高基因检测的灵敏度来实现准确的体液(血液)活检。廖玮的EFIRM基因捕获检测方式或将在癌症诊断领域掀起一场全球性的行业变革。 /p p    strong 大洋彼岸的首次创业 /strong /p p   现在,距离产品上市的时间越来越近,廖玮梦想的目标也终于要实现了。为了这一结果,廖玮已经整整等待了15年。 /p p   15年的坚持和跋涉,几乎凝结了廖玮个人的成长史。 /p p   廖玮用他的经历和研究成果再度验证了北大出科学家的传奇:他2005年从北大博士毕业后到美国匹兹堡大学做神经微电极的研究,发明导电高分子层修饰的传感微电极,主持开发植入式微型生物传感器。 /p p   2007年,廖玮成为美国加州大学洛杉矶分校(UCLA)的助理研究员,加入了当时的美国国内的一个重大项目:检测与重大疾病相关的唾液生物靶标分子,由美国国立卫生院(NIH)主导,它的目标是开发一种非常快速的便携检测仪器,通过检测唾液和血液中的生物标记物,来诊断系统型疾病。那时设计的目标,是从最基础的研究开始,比如解析唾液蛋白质组和基因组,试图弄清楚人的唾液中有多少种蛋白和基因。最终这一研究获得了一项国际专利,成果发表在国际知名杂志《核酸研究》上。 /p p   与此同时,廖玮的另外一部分工作是研发新的诊断技术。基于当时的PCR诊断技术,要实现上述目的,第一很难实现,PCR的放大或者提取操作很麻烦,必须由专业人员操作,而他们研发的目标诊断系统是,让任何人都可以便捷操作,快速得出准确的结果 第二,由于操作的复杂性,成本也很难降低,所以需要另外一种可替代的方法——直接检测,把唾液滴上去就可以自动化检测,以这样的检测方法为基础做出来的检测系统成本很低,效率也会大幅提升。 /p p   2009年,唾液检测的核心技术开发完成,廖玮开始寻找进行产业化开发的机会。2011年,在一次展会上,廖玮认识了美国硅谷的AQS公司。AQS公司最擅长的就是新产品开发和生产,包括许多世界知名公司的产品都出自该公司。 /p p   AQS公司管理层和廖玮沟通后,非常看好医疗检测这一领域,既然有核心技术,就可以真正开发出产品,双方一拍即合。第二天AQS公司高管就到UCLA实验室参观,现场观看了样机演示,详细了解了科学背景和知识产权方面的信息。几天之后,廖玮及其他几位同事一同到硅谷,和AQS公司董事会高层管理人员会面,双方正式确定合作。 /p p   2011年6月,合资公司顺利成立。严格意义上说,这是廖玮的第一次创业,他是创始人。那时,AQS公司已经在中国深圳有分公司,在东莞有工厂和研发队伍。也就是从这时起,廖玮开始了当飞人,中美两国来回跑。 /p p   之后,由于廖玮与AQS公司对于技术转化结果理解的差异,深圳研发团队出来的产品没有超越原型的水平,无法达到商业化阶段。到2013年,廖玮与AQS公司深圳研发部中断了项目,但并没有因此中断与AQS公司的联系。 /p p   2013年廖玮开始与AQS公司商议,对于好的技术,产业化时以占股形式实现发展,如帮某个科学家把产品原型做出来,少量地生产几十台或者一百台,大概估算一个价格,投资公司以这样的价格来入股企业,这样双方收获都比较大。因为在硅谷有很多像廖玮一样的人,有技术,但没有产品原型,更无法产业化。在廖玮的建议下,2014年廖玮又与AQS公司合作成立了一家风险投资公司。 /p p   在此种运作模式下,廖玮先后主持投资了几家公司,其中一家3D打印公司,成立时公司才三个人,平均年龄不到22岁,想做3D打印机,廖玮凭借着帮年轻人成就梦想的信念和独到的投资眼光帮这三个人把3D打印机做成了。这家公司在2014年底以17亿美金的价格整体出售,现在已成为世界排名前三的3D打印公司。廖玮另一个成功的投资项目是一款帕金森病人使用的勺子。帕金森病人手不断抖动,吃饭受影响,而这款勺子有固定装置,可以极大程度上方便病人使用,最终谷歌以1亿美金收购了该项目。 /p p    strong 第二次创业 /strong /p p   2014年底,廖玮主动为自己的第一次创业划上了句号。因为,在创业期间,投资公司基本上是附属于AQS的,没有独立的体系。廖玮觉得如果创始人失去了控制权,有些工作是很难推进的。事实上他也碰到了一些困难。 /p p   廖玮觉得,虽然第一次创业有所成功,但这样耗下去并不是明智的选择。同时,在2014后半年,廖玮所在的研究所开始尝试将基因检测的核心技术应用于肺癌的基因诊断、肾脏移植的排异反应以及兴奋剂检测等领域。研究所的技术也不断在临床上实现应用开发,其中一项技术在临床上得到很好的验证,廖玮和中国的几位投资人聊天后敲定,推动这项成果落地转化,即癌症体液诊断。 /p p   2014年,NIH(美国国立卫生研究院)专门设立了一个国际合作项目,主要是促进最先进肿瘤诊断与治疗技术在中低收入国家的应用。廖玮所在的研发团队希望做成一个小型便携式癌症筛查和诊断仪器,用于边远地区,为那些不方便出来就医的人进行癌症筛查,有疑似症状的就送到大医院进行治疗。 /p p   为了提高准确率、降低患者等待时间,以及减少创口带来的伤害,多数医疗企业希望创新检测方式,以实现基因检测靶向检测,但大都在研发阶段。2014年11月底中美研讨会上,廖玮的团队带着已经成型的一台E-FIRM诊断仪原型和大家见面,大部分专家都认为,这个机器如果能够尽快投入市场,对于整个肺癌的防治将有重大意义。 /p p   事实上,这个产品原型在2010年就已经诞生,第一代原型检测的核心技术在2009年的临床癌症研究杂志封面发表,美国新闻也在2010年对这一技术进行了采访,标志着核心检测技术的方向——新一代不需要PCR扩增的基因检测技术的出现,那时比较轰动。但需要一个很好临床应用来推广,之后几年廖玮和研究团队人士一直持续做临床应用开发。其实,那时是美国大诊断公司找到廖玮团队,问能否试一下血液检测,因为用现有的PCR方法都测不太准。2013年,廖玮和研究团队人士开展了肺癌的检测,随后正式与台湾成功大学医院合作,让他们提供血液样本。测了将近200例的病例,准确率超过99%。 /p p   那时候廖玮觉得,这个检测项目要想落地,投资方恐怕也只能授信于他。因为与会的都是科学家、科室主任,他们不可能做成商业化。而廖玮是唯一兼有资本运作和公司运营经验的商业人士,同时还是这个技术的核心开发者之一,具有产品开发经验。2015年初研究团队派廖玮出马,开始与投资方筹备新购公司新项目的商业转化事宜。 /p p   2015年5月,标志着廖玮二次创业的易活生物科技公司在广州落地。廖玮拿到了1000万元的天使投资。 /p p   目前,易活生物已经在筹备生产中。易活生物的研发团队自豪地称,“我们的准确度肯定是超乎所有的现有方法。”易活生物已经与国内多家肿瘤医院合作,实现临床样本试验。目前的测试效果较好。依目前市场看,或许廖玮的EFIRM基因捕获检测方式将在癌症诊断领域掀起一场全球性的行业变革。 /p p    strong 百亿中国市场 /strong /p p   中国由于人口众多,且环境等各种问题交叉,已经成为全球癌症发生率较高的国家,尤其肺癌的发病率和死亡率更是高居榜首。有关数据显示,仅2014年,中国新增肺癌患者就多达70多万。对于诊断行业来说,中国也必将成为全球最大的市场之一。 /p p   事实上,除了患者增长率高这一原因外,由于肺癌的特殊性,肺癌的主要驱动基因EGFR(表皮生长因子受体)在欧美的基因突变概率要低于在东亚人口的基因突变概率,在东亚大概有30%-50%的肺癌病人是由于基因突变,而在欧美只有不到20%,所以对于肺癌基因突变的检测,欧美市场远没有中国大。 /p p   除了肺癌,2014年,结肠癌也已成为中国发病率较高的疾病。 /p p   廖玮的癌症体液诊断项目恰逢其时。便捷、快速、高效的方式不仅降低了医务人员的工作负荷,同时也减轻了患者的检测痛苦和等待结果的煎熬。 /p p   由于肺癌患者发病率较高,有关医学统计预测,未来几年内,新增数量将达到100万。目前,国家对肺癌基因检测的定价在每人次3000元(人民币)到4000元之间,按确诊的100万病人算,肺癌诊断在确诊的市场中就有30亿市场空间。 /p p   而对于疑似的患者检测数量,分析预计或将更多。因此,关于肺癌检测市场空间,行业分析认为在100亿元人民币到200亿元人民币之间。除此之外,其他高发的肿瘤还有直肠癌、乳腺癌、宫颈癌等等,检测量依然很高,因此,癌症检测的总体市场空间将在千亿左右。 /p p   肺癌检测只是廖玮的一个最初布局。据了解,目前,易活生物公司的研发中心设在加州,紧随肺癌检测技术推出的还将有直肠癌、乳腺癌、宫颈癌等。 /p p   廖玮对于易活生物的定位也不仅仅局限于中国,而是全球性的企业。据了解,产品的研发团队在加州,产业化的布局在中国,临床沟通与验证也在全球范围内同时进行:中国医学科学院肿瘤医院、中山大学肿瘤医院、韩国三星医院、台湾成功大学医院,加州大学医学院,纽约大学医学院等等,已经开始临床样品测试。 /p p   春节后,产品规模化量产即将在中国的工厂实现,对于产品进入市场,廖玮计划分两步走。前期获得国家药监局的临床批复可能要两年,两年后其他同行企业或许也会有同类产品跟上来,而易活将会失去时间优势。所以,前期会和第三方实验室合作,目前中国有上千家第三方实验室,而事实上,多数医院的高端检测也都集中在这里。 /p p   在走第一步的同时,廖玮已经推动了全球医疗诊断产业的实质性布局,廖玮预计在今年6月份美国癌症年会中的主题报告和展会上重点发布这一癌症检测产品,也就是说,今年6月份,易活生物将向全球诊断产业发起进攻。 /p p   对于目前易活生物打造的研发平台,廖玮称未来的商业模式将会像iPhone的APP store一样,易活生物卖iPhone,自己开发的iPhone自带软件有限,但企业和科学家都可以开发跟它兼容的新试剂盒,去增加它的功能,这是市场的选择。当然,廖玮希望的是,未来有科学家在这个平台开发肝炎、艾滋病等更多更高端的检测技术,之后再产业化,走向全球。这个平台可以承载一切新事物的到来。 /p
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