遗传变异

p 　　由西安交大计算机科学与技术系、陕西省医疗健康大数据工程研究中心教授王嘉寅团队与圣路易斯华盛顿大学、哈佛大学—麻省理工学院Broad研究所、贝勒医学院、梅奥临床医学院等13家世界顶级研究机构历时近三年合作完成了迄今为止最全面的癌症遗传风险图谱，相关成果近日发表于《细胞》。 /p p 　　该研究基于33种常见癌症类型、共计1万多名肿瘤患者的多组学大数据，全面应用了目前最优的生物信息学分析和实验手段，优化设计了面向多组学的数据处理流程，累计分析了超过14.6亿个候选基因变异，首次系统性报道了871个罕见易感/疑似易感变异和拷贝数变异，且较大比例地存在与基因表达异常、丧失异质性等体细胞突变的耦合。这些结果为下游研究特别是遗传变异分类和检测奠定了基础。同时，大数据分析明确展示了不同癌症类型的一些病例具有共同或类似癌症遗传风险的关键证据，这些共性模式及其与体细胞突变的相互作用能够为异癌同治提供临床辅助决策依据。 /p p 　　现代肿瘤学研究理论认为，肿瘤的发生、发展是肿瘤患者的内因和外因耦合作用的结果，其内因主要是癌症遗传风险。基于多组学大数据，挖掘癌症遗传风险，不仅是肿瘤研究的前沿领域和热点方向，而且能够广泛应用于肿瘤风险筛查、肿瘤分子预警、肿瘤精准体检和早诊。而基于大数据绘制癌症遗传风险图谱是癌症遗传风险图谱研究的热点和难点，风险图谱是临床辅助决策的重要基线之一。 /p p & nbsp & nbsp 论文题目：Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers /p

p 　　比利时校际微电子中心(IMEC)9日发表公报说，该中心成功开发出一种能直接读取单分子DNA(脱氧核糖核酸)碱基的新型光学纳米孔器件，有望用于遗传学研究快捷测序。 /p p 　　据介绍，新型器件结合了表面增强拉曼光谱和纳米孔流体技术，能以超高分辨率，实现无标记检测DNA中的遗传编码以及表观遗传变异。研究近期发表在英国《自然· 通讯》杂志上。 /p p 　　具体来说，这项技术通过纳米流体技术驱动DNA分子穿过一种拉长的纳米孔结构--表面等离子体纳米缝。而拉曼光谱是一种可反映分子特征结构的分子振动光谱。当DNA分子穿过纳米缝时，就会同时激发表面增强拉曼光谱，提供碱基分子的“指纹图”，以达到化学键水平的精准识别。 /p p 　　据介绍，这种新型纳米孔器件不仅可以“读取”DNA编码，还可以“读取”碱基的各种化学修饰产物。这些修饰产物通常携带了与表观遗传变异相关的大量信息，同时它们也影响细胞中的基因表达，对进化研究和分析癌症等疾病的发展具有重要意义。 /p p 　　表观遗传学是遗传学研究中最为前沿的领域之一，研究基因的DNA序列不发生改变的情况下，基因表达发生了可遗传的改变等现象。目前使用的表观遗传测序方法大都繁琐费时且价格昂贵。新型器件“是向开发可用于表观遗传学研究的快捷测序方案迈出的重要一步”，IMEC资深研究员陈昌博士说。 /p p 　　比利时校际微电子中心成立于1984年，是一家在纳米电子、能源和数字技术研究和创新领域领先的独立研究中心，总部位于比利时鲁汶，并在荷兰、美国和中国等地拥有研发小组。 /p

中国经济网记者今日从华大基因获悉，华大基因正推出一种新型人类基因组区域捕获技术，即超级序列捕获技术(简称Allinone)，该技术主要通过对特定群体设计探针集，从基因组水平上对人类全基因组的外显子区域、群体特异的tagSNP(标签SNP)区域和MHC区域(人类白细胞抗原系统区域)实现同步捕获，然后再进行高通量测序分析。 据悉，Allinone所捕获的这些DNA区域与人类疾病的发生发展紧密关联，且具有简便、经济、高效、覆盖范围广等优点，因此该技术将成为人类遗传和疾病研究领域的一种新型高效的基因组研究工具。 据了解，Allinone探针集将会覆盖整个基因组的5%-10%，不但可以捕获基因编码区域，还可以捕获很多非编码区域。目前广泛应用的外显子测序技术可以捕获基因编码区，但是基因组中的很多功能区域是非编码的，这些非编码区虽然不能够转录信使RNA，但是能够调控遗传信息的表达，所以了解非编码区域的遗传信息将提供更加完整的基因表达控制信息，而Allinone平台可轻松解决这个问题。 Allinone探针集覆盖了群体特异的tagSNP区域，所以通过该技术可以高效、快捷的了解群体的特异性变异情况，这对复杂疾病研究具有非常重要的意义。单核苷酸多态性(SNP)是人类基因组中最丰富的遗传变异，其中少量的标签SNP(挑选出的SNP集合)就能够提供与全部SNP位点大致相同的图谱信息。由于各种群之间存在遗传差异性，所以每个种群也拥有代表该种群基因图谱的标签SNP，只需通过这些标签SNP便可以对大量样本或整个种群的变异情况进行研究。 Allinone目标捕获区域还整合了华大基因最近研发的MHC区域捕获探针集，即可对人类MHC区域实现高度覆盖及有效富集。MHC区域广泛参与免疫应答的诱导与调节，与已发现包括自身免疫疾病、癌症、多种复杂疾病等至少百余种疾病密切相关。由于该区域和多种复杂疾病的发生以及人类免疫系统活动具有密切关系，因此Allinone对该区域的覆盖无论对人类疾病的机理研究还是药物研发都具有非常重要的意义。 华大基因执行院长王俊称：“目前，我们已经开始使用中国疾病患者的样本对汉族人群的Allinone捕获技术进行测试评估。只要建立一个‘种群特异性’的参考基因组，就可以应用Allinone捕获技术对其他更多的样本进行重测序研究。除了针对汉族人群的Allinone，华大基因还将针对世界其它主要人群设计及推出相应人群的Allinone研究工具，从而推动全世界的基因组学研究的快速发展。” 华大基因研究人员高玉池表示：“目前，我们所研发的Allinone的总体目标区域大小为180M左右，可以广泛应用于以汉族人群或汉族近缘群体为研究对象的基因组学研究。”对该技术的测试评估结果表明，目标区域覆盖度达到97%以上，检测的SNP位点与高深度全基因组测序结果一致性率在99.5%以上。此外，华大基因还在研发更加多样化的高级信息分析内容，以更好的解释基因组数据的生物学意义。高玉池表示：“我们相信Allinone凭借其数据全面性、操作灵活性、高性价比等多方面优势将成为人类疾病基因组学、表型-基因型关联研究及其它人类遗传学研究的最佳工具。”

精神分裂症（Schizophrenia）是一组病因未明的慢性精神疾病，临床上往往表现为症状各异的综合征，涉及感知觉、思维、情感和行为等多方面的障碍以及精神活动的不协调。基于双生子的遗传学研究显示精神分裂症遗传率约79~81%,表明遗传因素在精神分裂症中具有重要作用。　　目前，国际上已开展一系列大规模的全基因组关联研究（GWAS），报道了上百个与精神分裂症显著相关的单核苷酸多态性位点（SNPs），其中2q33.1风险基因座中遗传变异与精神分裂症显著相关。　　近日，我国科学家团队基于已报道的108个精神分裂症风险基因座开展鉴别研究工作，发现132个功能SNPs中的2个功能SNPs（rs796364、rs281759）位于2q33.1区域，其在东亚人群中与精神分裂症显著相关，突破性发现这2个功能SNPs可能通过干扰转录因子（CTCF、RAD21和FOXP2）的结合来调控远端基因TYW5表达，进而影响神经发育和树突棘形态发生，导致精神分裂症易感。该研究发现将为精神分裂症的遗传分子机制解析提供重要依据。相关研究结果于9月28日以“Regulatory variants at 2q33.1 confer schizophrenia risk by modulating distal gene TYW5 expression”为题发表在《Brain》杂志上。 　　注：此研究成果摘自《Brain》，文章内容不代表本网站观点和立场。　　论文链接：https://academic.oup.com/brain/advance-article/doi/10.1093/brain/awab357/6377331

据国家癌症中心数据，我国每年新增癌症患者约406万，每年因癌症死亡人数达241万，恶性肿瘤防控形势十分严峻。肿瘤与基因密切相关，部分基因突变可能增加患病风险。研究显示，遗传性肿瘤在所有肿瘤中占5%～10%，具有家族遗传特点。华大基因遗传性肿瘤基因检测的临床意义在于：检测个体潜在风险，辅助肿瘤相关遗传变异的风险识别，为临床治疗提供参考；评估直系亲属的遗传风险，提供风险管理和健康建议。根据最新NCCN指南的建议，遗传性肿瘤应进行相关的基因检测，以期筛查和预防肿瘤的发生。华大基因作为基因组科学和精准医疗领域的领军者，凭借自主研发的测序平台、尖端实验技术和生物信息算法，成功构建了肿瘤基因检测产品的“预筛诊监”闭环服务矩阵。在肿瘤预防领域，华大基因推出了遗传性肿瘤基因检测产品，旨在评估遗传性肿瘤风险，并辅助识别与肿瘤相关的遗传基因变异，为高风险人群制定个性化的健康管理方案提供有力支撑。华大基因基于最新获批的DNBSEQ-G99测序机型，推出遗传性肿瘤基因检测试剂盒。该试剂盒可检测男女各20余种肿瘤的90个遗传易感基因及HRR通路基因突变。它解决了高通量测序产品医院本地化运行时样本量少、需凑样、检测周期长等问题，助力医疗机构快速获取准确基因检测结果，实现3.5天极速交付，提升诊疗效率。同时，该试剂盒为医院提供优化的高通量测序实验室解决方案，推动肿瘤基因检测在院内的发展。随着精准医学的深入发展，国内医疗机构正加速建设精准医学中心，以推动其在医院内的研究与实践。医学平台建设作为精准医学发展的关键一环，显得尤为重要。针对此需求，华大基因依托自主研发测序平台，提供全面精准医学基因检测方案。其中，HALOS一体机以其独特设计，成为高通量测序实验室的首选。这款一体化平台集成了样本管理、实验管理、生物信息分析及报告解读等功能，与测序仪等设备无缝对接，实现临床样本测序数据的自动化分析、注释与解读。通过一键式操作，医院可轻松实现本地化报告出具，确保数据安全高效利用。预防胜于治疗，对于癌症而言更是如此。只有早期发现、早期诊断、早期治疗，才能更有效地降低癌症的发病率和死亡率。华大基因始终践行“以基因科技造福人类”的使命，致力于为更多癌症患者提供精准、普惠、可靠的基因检测服务以及安全有效的治疗方案，推动我国癌症精准防治水平的提升。

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为进一步搭建遗传毒理学科研工作者的高水平交流平台，聚焦遗传毒理学学术研究前沿，展示遗传毒理学科学研究最新成果，促进多学科间的协作、沟通与交叉融合。中国毒理学会遗传毒理专业委员会于2023年7月21-24日，在贵州省遵义市举行中国毒理学会遗传毒理专委会学术交流暨换届选举会议。本次会议紧密结合我国遗传毒理学学科发展、行业需求和人才培养，以“聚焦遗传毒理前沿，促进学科交叉融合”为主题，推动生命科学和毒理学其他领域的新理念、新知识、新技术和新方法在遗传毒理学领域的科学研究和管理工作中的应用。大会邀请了遗传学、肿瘤防治、表观遗传毒理学、遗传毒理学及不同应用领域的知名专家对遗传毒理学最新研究进展、前沿理论和技术以及如何实现不同学科之间的交叉融合方面做广泛交流。张天宝教授，海军军医大学，《遗传毒理学研究与发展趋势》栾洋研究员，上海交通大学，《关于遗传毒物马兜铃酸—从毒性机理研究到活性探索》张正东教授，南京医科大学，《膀胱癌的环境表观遗传学毒性机制研究》农清清教授，广西医科大学，《微囊藻毒素暴露与基因遗传变异的交互作用在肝细胞癌变发生发展中的作用》宫丽崑研究员，中国科学院上海药物研究所，《CMTM6肿瘤免疫调控作用研究》千年播州，红色圣地，遗传毒理学学科专家，科研工作者以及企业相关人员积极参会，开展学术交流。北京慧荣和科技有限公司作为金牌赞助商对本次学术会议提供了大力支持。在会议期间，慧荣和公司展出了全自动AMES实验仪，该设备是一款依据AMES实验(细菌回复突变实验)标准流程开发的自动化实验仪器。可以将底层培养基分装、加样、移液、混匀、铺板等一系列操作实现全自动化，实验过程中无需人工值守，可极大减少AMES实验初期繁复的人工操作，减少人为误差，提高实验效率和实验精度。引来了众多专家和老师前来参观与咨询，并就此进行了深入的交流，取得了非常积极有效的成果。北京慧荣和科技有限公司专注于气溶胶和吸入毒理科研仪器设备的研发和生产，是国家高新技术企业，北京市级企业科技研究开发机构，中国毒理学会呼吸毒理专业委员会挂靠单位，中国毒理学会理事单位，中国环境诱变剂学会理事单位和中关村联新生物医药产业联盟理事单位。已获授权发明专利28项，实用新型专利104项，外观专利9项以及国家计算机软件著作权27 项，被认定为国家高新技术企业、北京市“专精特新”中小企业，北京市知识产权示范单位。2019年被国家知识产权局授予“国家知识产权优势企业”称号。荣获2020年度军队科学技术进步一等奖。2022年获气溶胶科学仪器领域首家国家级专精特新“小巨人”企业。在2022第七届中国制造强国论坛上，北京慧荣和科技有限公司荣获“中国制造冠军企业”。作为行业龙头，始终将科技创新作为公司的核心动力，着眼长远，踔厉奋发，聚焦气溶胶与生物安全领域，发挥“专精特新”优势，引领气溶胶与健康领域的技术优势，不断提升产品质量和服务，为广大用户提供全方位的服务。

南方日报讯 笔者从深圳华大基因研究院获悉,昨日,笔者从深圳华大基因研究院获悉,昨日,由中国农业大学玉米中心、华大基因研究院、美国爱荷华大学、明尼苏达大学等单位合作的研究成果&ldquo 基因丢失与获得的多态变化揭示玉米中的杂交优势的机制&rdquo 在国际权威科学杂志《自然&mdash 遗传学》上发表。文章指出,目前的玉米育种对遗传资源的组合利用很有限,还存在着巨大潜力。 　　据了解,该研究报道了中国重要玉米骨干亲本的全基因组的单核苷酸多态性、插入/缺失多态性以及基因获得和缺失变异图谱,对玉米的遗传学研究和分子育种提供了非常有价值的资源。研究人员选择了中国历史上和目前广泛流行的高产杂交组合骨干亲本,并且根据多态性追踪了这些骨干亲本育成过程中基因组的变化方式。该研究还发现这些骨干亲本组合基因组的组合可以弥补另一方功能元件的缺失,这种基因丢失与获得的多态变化和其他无义突变的互补作用可能与杂种优势有关。 　　该项研究对6个中国重要玉米杂交组合骨干亲本进行全基因组重测序,利用SOAP软件v2.18比对获得的12.6亿75bp的双末端片段与玉米的参考基因组序列,发现了100多万个单核苷酸多态性位点(SNPs)和3万多个插入缺失多态性位点(IDPs),建立了高密度的分子标记的基因图谱。同时研究还发现了101个低序列多态性区段,在这些区段中含有大量在选择过程中与玉米性状改良有关的候选基因。 　　此外,通过将玉米自交系Mo17及其他自交系的基因序列与玉米自交系B73的基因序列比对,研究人员对玉米自交系中基因丢失与获得的多态性进行了研究,发现在不同的自交系中存在不用数量的基因丢失与获得性变异 利用SAOPdenovo软件对在其它自交系中存在而在B73中缺失的序列进行组装,研究人员发现了很多目前公布的B73参考基因组序列中丢失的基因。这些发现不仅为高产杂交玉米育种骨干亲本的培育提高了重要的多态性标记,同时也补充了玉米基因数据集,为进一步挖掘玉米基因组和遗传资源提供了大量数据。

孩子出生后确诊患有一种罕见的遗传疾病，这给温先生的家庭带来了巨大的磨难，而这一切本完全可以避免。2022年，即将迎来第一个孩子的温先生夫妇，在产检医院长宁区妇幼保健院的极力推荐下，选择了华大基因的一款遗传病携带者筛查产品，来筛查孩子母亲是否携带有遗传病致病基因。这款产品宣称检测范围覆盖了155种单基因隐性遗传病，检测结果显示，155种疾病都是“阴性”。去年2月5日，温先生的孩子出生。仅仅2个月后，孩子开始出现莫名的发烧、血小板降低、脾脏巨大等一系列症状，最终在复旦大学附属儿科医院确诊为“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”。这是一种遗传疾病，也是上述华大基因检测的155种疾病之一。明明是阴性的检测结果，为何生出患病的孩子？“可以检测的，都包含在内了”温先生回忆，他们是在2022年7月的一次产检时，被医生推荐进行基因筛查。他提供了当时拍下的一张医院的宣传页，上面称“单基因病综合发病率高达1/100”“至少有1/3的人携带致病基因”等等。尽管医院称该项目是自愿选择，但温先生认可医生“应当进行单基因病携带者筛查”的说法，随即支付了2400元筛查费用，先行筛查温先生妻子的基因。尽管由长宁区妇幼保健院收费并抽血，但实际该项筛查由华大基因提供，样本是送至武汉华大医学检验所检测进行检测。过程中，温先生妻子按照医院要求签署了一份华大基因的“送检单及知情同意书”。△温先生提供的长宁区妇幼保健院针对基因筛查的宣传页。这是一款怎样的筛查产品？华大基因的官方网站显示这款产品名为“安孕可”，“基因数目全面，测序覆盖度95%以上，准确率99%”是其技术特点，且由“全球最大的基因组研究中心”负责检测。记者拨打了华大基因的“400”电话，咨询该款产品的详情，客服解释，所谓的95%测序覆盖度，指的是基因在制备成样本时得到保留的区域部分达到95%以上，剩余一些区域现有的技术手段还检测不了，但客服强调，“已经研究透彻的疾病点位都是可以检测的，都包含在内了”。△华大基因的官方网站显示这款产品名为“安孕可”。△“基因数目全面，测序覆盖度95%以上，准确率99%”是其技术特点，且由“全球最大的基因组研究中心”负责检测。也正因此，尽管华大基因在知情同意书中写有“本检测仅针对范围内疾病相关的目标基因的目标致病及疑似致病变异位点进行筛查，不包含对检测范围外疾病的生育风险评估”条款，但温先生认为这只是常规的提法，对于155种疾病的筛查结果是全面且值得信赖的。2022年8月12日，华大基因出具了检测报告，报告显示“未检测出致病或疑似致病变异”。去年2月5日，温先生夫妇迎来儿子的诞生。去年4月初，孩子突然持续发热，合并血小板降低、脾脏巨大，病因不明。去年5月初，孩子被送入复旦大学附属儿科医院治疗。由于始终不能确诊，儿科医院抽取了3人的血液，再次进行了全面基因检测，最终确定“检测到可以解释患者表型的致病变异”，也由此确诊温先生孩子患有的是“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”。事实上，华大基因的筛查也包含了该疾病，报告中称该疾病的遗传生育风险小于100亿分之四。△华大基因的筛查也包含了该疾病，报告中称该疾病的遗传生育风险小于100亿分之四。从只有100亿分之四的风险，到百分之百的结果，问题出在哪？儿科医院分子医学中心检测中发现，孩子的UNC13D基因上，在“C.118-308CT”这个点位上出现了变异。对温先生夫妇的基因进一步检测发现，孩子的变异遗传自父母双方，是一种“纯合变异”。简单来说就是夫妻双方都携带了这个点位的致病基因，但都是隐性的，到了孩子身上变成了显性遗传。△儿科医院分子医学中心检测中发现，孩子的UNC13D基因上，在“C.118-308CT”这个点位上出现了变异。为什么华大基因的检测结果没有揭示出大人存在着致病基因？华大基因的筛查送检单上有一个附录，里面写有检测范围，包括155种单基因遗传病相关的147个基因的11806个变异。扫描下方的二维码，可以具体查看到这10000多个变异。记者在154号疾病“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”的点位列表里，没有找到“C.118-308CT”点位。即华大基因竟没有检测该点位，这正是问题产生的原因。△记者在华大基因筛查产品的154号疾病“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”检测点位列表里，没有找到“C.118-308CT”点位。为什么华大基因不检测这个点位？华大基因这款筛查产品的实际情况和客服介绍并不一样。作为一款风险筛查产品，为什么华大基因没有将这个点位列入相应疾病的检测点位列表，留下了这么大的隐患？是检测技术上还有障碍吗？并不是。复旦大学附属儿科医院的检测说明，现有的技术检测出该变异完全没有难度。华大基因的知情同意书声称，其产品检测依据的是2022年1月的变异位点信息数据库。是不是因为这个变异点位没有收入疾病的变异点位数据库吗？记者查阅了相关文献发现，该“C.118-308CT”点位与“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”之间的关联早有研究，该突变会影响到相应基因的转录水平。记者又进一步咨询了其他的几家基因筛查机构，其中一家的工作人员明确告知，该变异点位被收录进了国际通用的基因突变点位数据库，其公司的同类筛查产品包括了该变异点位。△该C118-308T点位与“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”之间的关联早有研究。在浏览相关论文时，一种说法可能解释了华大基因未将该点位列入检测范围的原因，即“C118-308T”点位于这条基因上的位置比较特殊。一条基因有很多区域，有外显子区域、内含子区域、调解元件等等。85%的致病突变都集中在外显子区域，通常被称为“编码区”。很多基因检测产品都会着重对外显子区域进行检测。而导致温先生孩子疾病的“C.118-308CT”点位，恰好是位于比较冷门的内含子区域，是传统意义上基因检测的“非编码区”。一家基因检测企业的负责人告诉记者，目前市面上的检测产品大多数是基于外显子区域的基因位点设计的，认为检测了这部分就可以排除绝大多数的风险。只有做科研或更深度挖掘的检测，才会用全基因组或某些基因全序列检测的方法，才会得到覆盖全基因的外显子和内含子位点的检测结果。华大基因的筛查产品属于上述情况吗？记者再次致电华大基因的客服询问，客服这才说了实情：155种遗传疾病涉及的内含子变异点位极少，一般不会去做。而之所以这样设计筛查产品，客服解释与产品定位有关，即华大基因的筛查产品“并不是一个诊断性的产品”“不作辅助确诊”，因此它只筛查患病率高的疾病，只能提供风险参考。业内人士认为，作为风险筛查，这样设计产品会导致检测范围留有盲区，有很大局限性。尽管它可以排除大部分高发的遗传病，但不能排除小概率事件，提供的风险参考实际上也是“打折扣”的。华大基因筛查产品的局限性，让温先生夫妇付出了巨大的代价，甚至可能是孩子的生命。万幸，目前温先生的孩子已经进行了造血干细胞的移植，还比较稳定。但中间过程代价之大，过程之艰辛，平常人难以想象。基因筛查产品“乱象”应得到规范据记者了解，目前市场上基因筛查检测产品五花八门。每家检测机构会同时结合科学发现，临床检测的通用性、灵敏度、准确度，还有成本等因素来设计多样化产品，这些产品因为基因检测公司专业人士的认知水平或公司产品定位策略的不同，各有优点和缺陷。优点不难获知，对于产品的缺陷，消费者会被告知吗？温先生称，在基因筛查的全过程中，华大基因对于其产品的局限性没有任何告知。“只告诉你它检测什么，而不说它不检测什么”，温先生称，尽管其罗列出了检测点位，但对于普通人来说，这些点位信息堪比“天书”，根本没有能力去看明白。对此，华大基因客服则强调称，检测报告上对于局限性有过告知，即“阴性结果不能排除受检者携带检测范围外致病变异的可能性”。但这样的表述实则更像是免责条款：类似的免责条款在知情同意书和检测报告中反复出现，温先生夫妇多方投诉，都因为这些条款而维权无门。△类似的免责条款在知情同意书和检测报告中反复出现。3月7日，记者前往长宁区妇幼保健院查看。在其愚园路总部，记者一走进门诊大厅，就看到了一台“华大基因自助报告”终端摆在了一排自助机器的尾部。在东诸安浜路的“特需部”，一款“脐带血新生儿遗传病基因检测”产品的易拉宝广告设置在产检区域入口处。据称华大基因通过长宁区妇幼保健院在售多款筛查产品，价格高低不一。记者随即走入一间诊室，听闻记者咨询基因筛查产品，医生反复强调筛查的必要性，并宣称筛查准确率高达99%。“基本上都会做的”，医生告诉记者。△长宁妇婴保健院门诊大厅里，一台“华大基因自助报告”终端摆在了一排自助机器的尾部。可见，医院在推广时，也对华大基因产品的局限性只字不提，只去强调能排除什么，而没有给像温先生夫妻这样的新生儿父母亲解读相应的产品不能排除什么，还有的风险究竟在哪，市场上是否还有更好的产品，或者说父母亲是否还需要进一步做其他的检测。业内人士指出，华大基因和长宁妇婴保健院在销售这款基因筛查产品时，某种程度上利用了老百姓对基因筛查产品的不了解和不专业，这是一种很不负责任的做法。△在东诸安浜路的“特需部”，一款“脐带血新生儿遗传病基因检测”产品的易拉宝广告设置在产检区域入口处。近年来，新生儿基因筛查产品越来越流行，市场广阔，意义重大。因此，其推广销售中目前普遍存在的放大优点、对缺陷避而不谈的乱象必须要得到纠正；与此同时，相关医院作为直接面向新生儿父母的销售方，也要尽到严格审查产品是否合格有效、充分告知产品缺陷不足等义务，尽到责任。同时，由于基因筛查产品专业性强，也提醒广大市民在选择相关筛查产品时也要多方了解、充分知情，必要时可以咨询下专业人士。

MD Anderson癌症中心的研究人员利用HiSeq& reg 2500系统正在研究胰腺癌患者血液中exosomal DNA中的遗传变异，并深入探究液体活检诊断和监控这种疾病的潜力。 p 　　 span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong 简介 /strong /span /p p 　　在2000多年前的罗马和希腊，当一个人患上癌症，医生会检查他们的体液，包括血液。彼时检查的重点是看看体液是否过量或不足。当时，医学是非常个性化的，据说每位患者都有其独特的体液组成。今天的医学研究，特别是癌症研究，似乎又回到了这些起点。至少，Hector Alvarez博士这样的科学家是这样认为的。Alvarez博士是负责MD Anderson癌症中心胰腺癌研究中心液体活检平台的内科医学家。他正在探索侵入性较小的创新方法来诊断和监控胰腺癌。 /p p 　　据世界癌症研究基金会统计，胰腺癌在全球最常见癌症中位列第12位， 2012年全世界诊断出30多万个新增病例 1。在过去几十年，只有少数几种癌症的生存率没有得到改善，胰腺癌便是其中之一 2。死亡率持续居高不下，可能是因为无法在最早期的阶段有效检测到疾病的缘故 2。 /p p 　　Alvarez博士正在开发用于液体活检的实验室方案、设备和软件，以便从血液或其他体液中找到早期的生物标志物。利用新一代测序(NGS)和HiSeq 2500系统，他和他的团队正在对胰腺癌患者的血液样本进行深度分析，以分辨出与疾病及其进展相关的不易察觉的肿瘤事件。他的重点是找到有助于胰腺癌诊断的生物标志物。 /p p 　　 span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong 血液中的信息 /strong /span /p p 　　一直以来，大多数癌症是在组织活检后才得以确诊的。首先，医生从可疑的病变或肿块上切下一小块组织。然后，病理学家更加仔细地观察组织中的细胞，以确定它们是否癌变。若有问题的器官在腹部，比如胰腺，那么这样的操作就需要图像引导的细针穿刺活检，其风险在于错过肿瘤中其他部位的重要组织异常 3。 /p p 　　“胰腺肿瘤的位置很难到达，因此很难取样组织，”Alvarez博士说。“这意味着我们往往无法获得重要信息来帮助治疗和改善生存率。当肿瘤到达可以取样的位置，且由活检证实了癌症时，大约只有20%的患者适合手术。通常来说已经太晚了，肿瘤发展得太大，患者已经不适合手术了。” /p p 　　这使得许多临床医生呼唤液体活检 —— 其中一管血就可以提供所有必要的临床信息，让医生做出可靠的诊断和确定靶向干预措施。液体活检依赖于在血液或其他体液中循环的肿瘤的遗传信息。 /p p 　　“当肿瘤细胞死亡时，其细胞和周围组织将DNA内含物释放到循环系统中，”Alvarez博士说。“这种DNA的遗传改变也许能帮助医生了解肿瘤内发生的情况，或者它是否从原发性肿瘤部位转移或扩散到身体的其他部位。” /p p 　　2016年6月，一项覆盖15,000多名癌症受试者的大规模研究成果在2016年美国临床肿瘤学会(ASCO)年会上展示。它发现Guardant360 —— 一种可检测70种不同突变的液体活检 4 —— 是准确的，也许能可靠替代传统的活检方法。 /p p 　　Alvarez博士对此结果并不感到惊讶，但他认为需要更多的研究，才能创建一个医生可信赖的真正临床级别的检测。“在MD Anderson癌症中心，我们致力于开发一个对医生具有综合意义的平台，”Alvarez博士说。“我们正在开发一种周转时间较短的临床级别检测，。我们的工作表明，通过胞外囊泡释放的遗传物质有望提供这类信息。” 5 /p p 　　 span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong NGS，可行的情报和外泌体 /strong /span /p p 　　三年前，科学家还处于证明液体活检可行的早期研究阶段。今天，Alvarez博士强调，“我们所做的不仅仅是基础研究。我们正尝试寻找正确的检测方案，它们不仅能带来准确、与临床相关的结果，还能支持医生决定需要什么样的治疗。” /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201705/insimg/8cdf3f90-91f2-4352-929b-d27e57a9f8af.jpg" title=" 1.jpg" / /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 176, 240) " Hector Alvarez博士是一名医学家，他领导了德克萨斯州休斯顿MD Anderson癌症中心下胰腺癌研究中心的液体活检平台。 /span /p p 　　他相信，这些信息可以从特殊的胞外囊泡释放的DNA中获得，这些囊泡被称为外泌体(exosomes)，而来自其他细胞区室的遗传信息可能也有助于了解肿瘤的发展和转移。“目前有50多种胞外囊泡，最为人熟知的是凋亡小体。此外还有较小的微囊泡和更小的外泌体，”他解释说，“我们是第一批证明外泌体中存在足量的双链DNA的团队，可以通过高分辨率的肿瘤图谱分析来鉴定它们。” 5 /p p 　　他和同事研究了2名胰腺癌受试者和1名壶腹部癌受试者的脱落外泌体 5。他们利用HiSeq 2500系统来开展exoDNA和exoRNA的全基因组、全外显子组和转录组测序。他们发现，肿瘤DNA在脱落的外泌体中稳定存在，表明基于外泌体的液体活检很可能具有临床诊断以及治疗监控的潜力。虽然Alvarez博士最早证明了基于外泌体的液体活检是可行和有效，他表示可能还有更重要的遗传信息需要发现。 /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 176, 240) " “我们是第一批证明外泌体中存在足量双链DNA，并可以通过高分辨率肿瘤图谱分析来鉴定它们的团队。” /span /p p 　　“所有的胞外囊泡也许都很重要，”Alvarez博士说。“第一，我们认为不同的囊泡是异质性的，可能在疾病进展的过程中发生改变。它们有不同的生物标志物，来自不同的区室，这些可能反映了不同的生物学状态。第二，不仅仅是肿瘤细胞能产生颗粒或胞外囊泡。囊泡DNA的变化可能反映了身体其他部位的情况，也许癌症刚开始发生，肿瘤还很小，在常规成像中还不明显。 /p p 　　在未来，他相信这些结果可以辅助诊断那些不适合常规手术活检的癌症患者。Alvarez博士补充说：“对这些患者而言，非侵入性诊断程序的任何进步都是一种好消息。” /p p 　　他在MD Anderson的液体活检团队也同样关注查找游离DNA中的标志物，特别当其涉及到治疗反应时。游离DNA中的不同变异和突变可能提供遗传数据，说明特定的干预或治疗是否有效。 /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 176, 240) " “我们利用HiSeq 2500系统来开展全基因组、全外显子组和RNA-Seq研究，以鉴定可能存在的各种生物标志物。” /span /p p 　　“当细胞死亡，核DNA变得片段化，并分解成小片段的双链DNA，释放到循环系统中，”Alvarez博士说，“这些小片段的DNA也许包含了预示临床反应的改变。在癌症晚期，往往有更高浓度的游离DNA。这可以让我们更全面地了解癌症在做什么。” /p p span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong 　　NGS技术的创新 /strong /span /p p 　　Alvarez博士的测序经历要追溯到他在约翰霍普金斯大学研究胆囊癌时。“当时我正在做我的博士论文，有人向我介绍了一种称为基因表达连续分析(SAGE)的新技术。这是癌症基因剖析计划(CGAP)所用的技术。它本质上是一种RNA测序技术。” /p p 　　事实上，SAGE的数据采集就是NGS的前身。不过，与任何早期的平台一样，它并不是一帆风顺的。“我们需要手工构建基因组文库，”Alvarez博士说。“当时没有任何的文库制备试剂盒，因此构建一个测序运行所需的巨大文库需要很长时间。尽管有困难，但这是遗传学力量的伟大开端。” /p p 　　 span style=" color: rgb(255, 192, 0) " “我们很高兴选择了HiSeq 2500系统。它提供了高质量的数据，对于这种类型的工作来说，数据质量是十分重要的。” /span /p p 　　在Alvarez博士和他的团队为他们的研究选择NGS系统时，数据质量是关键的考量。 “我们研究了几个竞争系统，并决定我们要使用数据质量最佳的那个系统，”Alvarez博士表示，“我们很高兴选择了HiSeq 2500系统。它提供了高质量的数据，对于这种类型的工作来说，数据质量是十分重要的。我们用它来查看和追踪各种生物标志物。” /p p 　　除了简单易用，Alvarez博士认为使用NGS和HiSeq 2500系统以及最新的NextSeq 500系统的好处还在于，这两个系统都采用一种集成的基因组学方法来研究细胞外的生物标志物。 /p p 　　“我们利用HiSeq和NextSeq系统来开展全基因组、全外显子组和RNA-Seq研究，以鉴定可能存在的各种生物标志物，”Alvarez博士说。“一项液体活检检测若要有价值，它需要能检测多种生物标志物。如果我们能够鉴定那些来自胞外囊泡、循环肿瘤细胞和游离DNA的生物标志物，那么我们就能了解这种疾病在整个身体中的总体情况。” /p p 　　从Alvarez博士的角度考虑，既然癌症研究人员了解到肿瘤本身是异质性的，那么同时研究DNA和RNA信息就更为重要。 /p p span style=" color: rgb(0, 176, 240) " 　　“来自各个不同区室的所有高分辨率信息可能指示一种更好的方式来确定具体在一个特定胰腺癌病例中真正发生了什么。” /span /p p 　　“即使你可以通过髓芯活检或细针穿刺活检来有效地采集组织，但你的样本可能无法代表整个肿瘤，”Alvarez博士说，“我们相信，在液体活检背景下开展的NGS让我们能够全面了解整个肿瘤内发生了什么。这真是太厉害了。来自各个不同区室的所有高分辨率信息可以更好地确定在特定的胰腺癌病例中到底发生了什么。” /p p strong span style=" color: rgb(255, 192, 0) " 　　迈向未来 /span /strong /p p 　　Alvarez博士的目标仍然是开发一个全面的临床级别的液体活检平台。他相信，这将为每位患者制定个性化治疗计划发挥关键作用，特别是针对那些难以诊断或难以治疗的癌症，如胰腺癌。 /p p 　　“我们认为，拥有一个个性化的遗传改变集合是很重要的，”Alvarez博士表示，“在治疗开始时可确定特定的基因图谱，然后随着时间的推移，医生可以追踪图谱的变化，从而帮助他们了解疾病的进程。” /p p 　　他和他的团队正在跟踪100多名胰腺癌受试者，比较exoDNA和游离DNA以衡量不同疗法的效果。他们希望很快能公布这些结果。他也很兴奋，因为NGS提供的不同的鉴定标志物有望为肿瘤耐药机制提供一些信息，并为将来设计新的免疫疗法提供一些线索。 /p p 　　“未来，液体活检有望在精准医疗上发挥广泛的作用，包括在疾病预防、早期检测和疾病管理中体现价值，”Alvarez博士说。“举个例子，免疫治疗也许能从液体活检中受益良多。通过核酸如DNA和RNA的同时分离，我们可以鉴定并追踪新抗原 —— 在这种前景广阔的治疗策略中，这正是个性化的分子靶点。我们正在开发肿瘤来源的外泌体富集过程，以提高我们液体活检中的肿瘤信号。如果没有液体活检和NGS，对实体瘤中遗传改变的连续监控是无法实现的。” /p p 　　尽管他对液体活检的未来保持乐观，但Alvarez博士也告诫说，目前仍有许多工作要做。他和他的团队将继续跟踪受试者，并测定游离DNA、外泌体DNA及其他生物标志物中的遗传变化如何改变。他期望这些生物标志物能够揭示关于胰腺癌性质的秘密，以及他和他的团队如何将这些秘密转化成对抗疾病的工具。 /p p 　　“胰腺癌很复杂，因为它不是经典的实体瘤，如肺癌、结肠癌或乳腺癌那样在治疗上更具可行性，”Alvarez博士补充说，“我们的研究也需要发展演变，这样我们才能了解如何干预和影响结果。我们必须收集足够的数据，来证明液体活检在临床上是可靠的、并与医疗保健相关。这需要一些时间，但我们终将实现。” /p p 　　参考文献 /p p 　　1. Pancreatic cancer statistics. World Cancer Research Fund International, www.wcrf.org/int/cancer-facts-figures/data-specific-cancers/pancreaticcancer-statistics. Assessed July 13, 2016. /p p 　　2. Pancreatic Cancer Facts. Hirshberg Foundation for Pancreatic Cancer Research. www.pancreatic.org/site/c.htJYJ8MPIwE/b.5050503/k.40C9/Pancreatic_Cancer_Facts.htm. Assessed July 13, 2016 /p p 　　3. Hé bert-Magee S. Is there a role for endoscopic ultrasound-guided fineneedle biopsy in pancreatic cancer? Endoscopy. 2015 47(04): 291—292. /p p 　　4. McGinley L. Liquid Biopsy study offers hope for a blood test to find cancer. The Washington Post. June 4, 2016. /p p 　　5. San Lucas FA, Allenson K, Bernard V, et al. Minimally invasive genomic and transcriptomic profiling of visceral cancers by next-generation sequencing of circulating exosomes. Ann Oncol.. 2016 27(4): 635—641. /p

安捷伦科技发布最新细胞遗传学软件，为研究人员带来完整解决方案 2011 年7 月1 日，安捷伦科技公司（纽约证交所：A）发布了Agilent CytoGenomics 1.5 软件。研究人员可以通过该分析工具查询内置的CytoGenomic 数据库和外部数据库，从而简化分析流程。该软件的设计旨在简化数据解析和报告生成。 安捷伦提供的细胞遗传学芯片技术平台获得了全球市场的广泛认可，而该款新的软件更是表明了安捷伦致力于为细胞遗传学研究提供完整解决方案的决心。这些解决方案包括CGH+SNP 芯片-能够在一张芯片上同时测定基因拷贝数改变和拷贝数不改变的染色体变异、DNA 标记试剂盒、芯片扫描仪以及自动化样品处理平台。Agilent CytoGenomics 1.5 有助于客户充分利用芯片的性能，最大限度提高通量，完善CGH 和CGH + SNP 工作流程。 安捷伦基因组学副总裁Robert Schueren 说：&ldquo 细胞遗传学家需要快速可靠地获取样品中深层次的生物学信息。我们开发这款新软件，正是为了使这一过程更加快速、简便，为细胞遗传学研究人员提供完整的解决方案。&rdquo 了解更多信息，请访问www.agilent.com/genomics/cyto_software。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的18500 名员工为100 多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

记者2月15日从中南大学湘雅医院获悉，该院神经内科、国家老年疾病临床医学研究中心（湘雅医院）教授唐北沙科研团队于2月10日在《npj-帕金森病》（npj Parkinson's Disease）上发表原创性论文“基于全基因组测序的全基因组关联研究鉴定了中国帕金森病人群的风险基因位点”，这是首个大型中国帕金森病人群全基因组关联研究，揭示了中国帕金森病的遗传因素特征。唐北沙和西湖大学教授杨剑为论文并列通讯作者，湘雅医院神经内科博士研究生潘宏旭、副教授刘振华为共同第一作者，湘雅医院为第一单位兼第一通讯单位。PD是常见的神经变性疾病之一，病因和发病机制仍不清楚，主要认为与年龄老化、环境因素和遗传因素及其相互作用有关。遗传因素在PD中的作用越来越得到重视。截至目前，世界上已发表多个PD全基因组关联研究成果，揭示了90余个风险基因位点；但对人口众多、人口日趋老龄化的中国人群而言，PD人群的遗传背景仍不明确。为系统解析中国PD人群的遗传因素特征，唐北沙牵头联合众多国内专家，构建了中国帕金森病及运动障碍疾病多中心数据及协作网（PD-MDCNC），建立了大型中国PD病例-对照的临床队列；应用全基因组测序技术在发现队列完成了首个全基因组关联研究，随后利用多重PCR扩增子捕获测序技术在验证队列进行了验证研究。最终，该团队鉴定了1个新的PD风险基因位点，明确了53个与中国PD相关的风险基因位点，其中12为全基因组显著相关的风险基因位点、5个为中国PD人群特异性风险基因位点；绘制了中国PD人群易感基因变异谱；基于全基因组数据，发现中国PD人群的遗传度为0.18，稍低于欧洲血统人群（为0.22）。该研究还利用中国PD人群相关风险基因位点构建了多基因风险预测模型，发现携带多个风险基因位点的人群PD发病风险是没有携带风险基因位点的3.9倍，可为PD高危人群的早期预警、早期筛查、早期诊断提供指导。该研究得到了首都医科大学宣武医院教授陈彪、上海交通大学医学院附属瑞金医院教授刘军、北京医院教授陈海波、广东省人民医院教授王丽娟以及新加坡南洋理工大学教授Jia Nee Foo、美国国立卫生研究院教授Andrew B Singleton各团队的大力支持，也得到了PD-MDCNC平台的有力支持，得到国家重点研发计划、国家自然科学基金重点项目等基金资助。论文审稿人认为，该研究采用两阶段设计，利用全基因组测序技术进行了中国PD人群的全基因组关联研究，研究思路严谨，报告了新的风险基因位点与中国PD人群遗传因素特点，对帕金森病遗传因素研究做出了重要贡献。

p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/48b312a7-ca0e-4a6f-8e23-01dfa60db6ed.jpg" title=" 1.jpg" / /p p 　　天朗气清，金风送爽的八月，第二届Illumina生殖与遗传系列高峰论坛终点站于13日在上海拉开帷幕，与郑州站和西安站不同的是，本站主题将高通量芯片及测序技术的应用从产前检测延伸到了儿童遗传学检测及咨询领域。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/ac293152-ba14-4335-b3dd-c90fc79b813b.jpg" title=" 2.jpg" / /p p style=" text-align: center " ▲& nbsp 上海场会议现场 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/a2589c8d-c3ec-4008-9981-527ee23d4f81.jpg" title=" 3.jpg" / /p p style=" text-align: center " ▲& nbsp 欢迎辞& nbsp & nbsp Tom Berkovits 先生 Illumina亚太区市场发展部副主管 br/ /p p strong span style=" color: rgb(31, 73, 125) " span style=" font-size: 18px " 01 /span /span /strong span style=" color: rgb(31, 73, 125) " span style=" font-size: 18px " /span strong 高通量测序技术在儿童遗传病应用—— 瓶颈、挑战和突破 /strong /span /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/296b5673-b3cf-4af9-b3e5-5aa61a0345e3.jpg" title=" 4.jpg" / /p p style=" text-align: center " ▲& nbsp 讲者：余永国& nbsp 博士 /p p 　　余博士风趣详实地通过病例分享肯定了新一代测序技术的优势 —— 辅助临床明确遗传学病因、精准医疗，推动着临床诊断进入新模式。但高通量分子诊断技术在临床应用中也面临一些瓶颈和挑战，如：针对复杂的临床患者如何选择不同的分子诊断方案，如何规范实验室报告、缺乏大数据分享、基因芯片和下一代测序技术的选择等，针对以上困难，余博士认为，首先作为临床医务工作者，需要加强临床遗传基本功，规范遗传咨询流程，普及遗传学科普知识；医疗机构需要壮大遗传咨询师及遗传咨询医师的队伍；联合多学会建立规范的学组共识；最后余博士倡导医院、检测机构共同努力搭建可视化共享的出生缺陷及重大遗传性疾病的遗传数据库，进行新技术的大样本探索。 /p p span style=" color: rgb(31, 73, 125) " strong span style=" font-size: 18px " 02 /span 医学外显子组测序在遗传病患儿诊断中的应用介绍& nbsp /strong /span br/ /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/1bcb91ab-2ebc-4549-9d05-768e5ddf784e.jpg" title=" 5.jpg" / /p p style=" text-align: center " ▲& nbsp 讲者：赵薇薇& nbsp 教授 /p p 　　遗传因素是疾病发生的重要原因之一，据OMIM数据库统计，符合孟德尔遗传方式的疾病有8477种，其中表型有描述，基因明确的有5051种，如何针对发病率低，病种繁多，累计发病率高的遗传病进行检测，赵教授认为外显子测序能提供更精准的诊断。（医学外显子组技术是针对每个怀疑有遗传病的个体同时检测约5000个致病基因）从2009年至今金域分子遗传共收集患者及家系样本6万例，采用Illumina公司的TruSight One临床外显子 — Panel检测，突变检出率为37%。最后赵教授通过病例解析强调了高通量测序过程中质量控制、生物信息学分析中的过滤参数以及ACMG五分类法在变异注释时的重要性。 /p p span style=" color: rgb(31, 73, 125) font-size: 18px " strong 03 /strong /span span style=" color: rgb(31, 73, 125) " strong Genetic counseling: Tool to Convey Complex Information /strong /span /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/77eb1cdb-b1d8-4e8d-b5cd-d55ff7e54375.jpg" title=" 6.jpg" / /p p style=" text-align: center " ▲& nbsp 讲者：Sucheta Bhatt& nbsp 博士 /p p 　　Sucheta博士在这一站分享了更多有关儿童遗传疾病咨询的经验，她首先强调进行遗传咨询时首先获得病史及家族史的重要性，指导根据疾病的临床特征分析病因，如何提供遗传风险评估的专业意见，如何与临床医师紧密合作，以及如何在充分知情同意后帮助患者选择下一步诊断技术。随后Sucheta博士引入一个疑似Noonan综合征儿科病例，从问诊，搜集病史，到评估各项检测，再到与患者家人的咨询建议，把遗传咨询的流程及要点清晰地呈现给听众们。 /p p span style=" color: rgb(31, 73, 125) font-size: 18px " strong 04 /strong /span span style=" color: rgb(31, 73, 125) " strong 高通量分子检测技术在出生缺陷三级防控中的应用 /strong /span /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/9a168f3a-2870-47b9-aea8-e80396b2fff4.jpg" title=" 7.jpg" / /p p style=" text-align: center " ▲& nbsp 讲者：熊丽& nbsp 博士 Illumina大中华区临床应用专家 /p p 　　出生缺陷是一个严重的公共卫生和社会问题备受关注，传统技术精度及通量受限，Illumina基因芯片和新一代测序为代表的高通量检测技术展现出实力。熊丽博士由出生缺陷三级防控入手，分别介绍各类分子诊断技术的应用范围： br/ /p p 　　一级预防：携带者筛查通过靶向测序技术得以实施；胚胎植入前遗传学筛查（PGS）采用低覆盖度全基因组测序优选二倍体胚胎。 /p p 　　二级预防：核型定位技术（Karyomapping）能够成为通用单基因病胚胎植入前遗传学检测解决方案；NIPT是新一代测序技术在临床广泛应用的典范，阳性预测值可高于90%；基因芯片技术作为核型分析的补充在染色体病的产前检测中广泛应用。 /p p 　　三级预防：目前国际多个研究项目正采用新一代测序技术进行新生儿筛查研究，而临床全外显子检测，全外显子或全基因组测序大大提高了检测力，也在逐步改变目前的遗传疾病低效诊疗模式。 /p p span style=" color: rgb(31, 73, 125) font-size: 18px " strong 05 /strong /span span style=" color: rgb(31, 73, 125) " strong 案例讨论 /strong /span /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/54d054ce-945a-40b8-a8b2-bf866014a8d4.jpg" title=" 8.jpg" / /p p style=" text-align: center " ▲& nbsp Sucheta Bhatt 等 /p p 　　上海站的压轴环节，是由Sucheta博士带来的遗传咨询典型案例讨论，30分钟时间内，两个曲折精彩的病例，现场新华医院余博士、上海国妇婴徐晨明博士等均参与分享了见解及咨询经验。两个案例一个先天性多发畸形，通过全基因组测序找到了致病基因，指导后续的检测及再发风险；另一个为重度发育迟缓，经家系外显子测序后仅找到临床意义不明(VOUS)的变异，在场同仁们探讨这类变异的咨询重点，随访需求以及数据库积累更新的重要性。余博士在点评时特别强调了中西方文化差异以及在中国临床遗传咨询需重视的沟通技巧，面对类似案例的咨询思路，操作流程建议，收获全场掌声不断。 br/ /p p strong 后记： /strong 郑州，西安，上海，三场足迹让我们深深体会到了临床用户们对新一代测序的认可与需求： /p p strong 8月9日& nbsp & nbsp 郑州 /strong br/ /p p 　　Illumina与安诺优达公司、郑大一附院联合举办的郑州站论坛，以“碰撞& nbsp · & nbsp 融合& nbsp · 发展”为主题引入了高通量测序技术的遗传学热点应用。 br/ strong 8月12日& nbsp & nbsp 西安 /strong br/ /p p 　　Illumina与贝瑞和康公司联合举办的西安站引起了各个产前诊断中心同仁门的热切交流，将高通量测序技术带入了深入应用及临床转化的话题。 br/ strong 8月13日& nbsp & nbsp 上海 /strong br/ /p p 　　Illumina生殖与遗传高峰论坛的上海站主场，把学术与交流的主题从产前筛查、产前诊断、延伸到儿童遗传学检测，在众多专家们的学识碰撞及实战经验交流之间，赋予了高通量测序在遗传学领域应用更加明媚的前景。& nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp br/ /p p 　　不论是最为成熟的无创产前检测(NIPT)，还是新兴引起广泛关注的植入前遗传学筛查(PGS)，或是在遗传病检测实践中初步展露头角的产前CNV测序及遗传疾病外显子测序，医疗同行们对Illumina技术的愈加关注，通过各中心经验的分享，增添了对新技术的应用信心和期望。为此，Illumina从未停止过创新脚步，致力于通过科技的革新帮助更多用户改善检测流程，寻找遗传学答案，解开基因组学奥秘。 /p p span style=" color: rgb(255, 192, 0) " strong 关于Illumina /strong /span br/ Illumina公司通过解码基因组而改善人类健康。我们注重创新，这使我们成为DNA测序和芯片技术的全球领导者，并为科研、临床和应用市场的客户提供服务。我们的产品应用分布在生命科学、肿瘤学、生殖与遗传、农业及其他新兴市场领域。如欲了解更多信息，请访问Illumina中国官网。 /p

新型酶实现扩增子测序最高NGS准确度，Hi-Q化学过程提高Ion PGM系统中的SNP和Indel检测性能2015年1月13日，中国上海 —— 近日，科学服务领域的世界领导者赛默飞（以下简称：赛默飞）Thermo Fisher Scientific推出了三项针对遗传研究的创新技术为遗传研究提供助力：用于加强Ion PGM系统中单核苷酸多态性 (SNP) 和插入缺失 (Indel) 检测性能的新型酶，用于基因遗传性耳聋研究的引物组，以及对其靶向捕获引物设计热门网站AmpliSeq Designer的升级。这些新产品在美国人类遗传学协会 (ASHG) 2014年度会议中首次亮相，会议于10月18日至22日在圣地亚哥会议中心举行。为进一步表现该新型酶的性能，赛默飞于会议期间还举办了主题为“从研究到临床——Ion Torrent测序为遗传研究中的下一代测序带来新突破”的教育研讨会，彰显使用新型酶（包含在Ion PGM Hi-Q测序试剂盒中）获取的初步研究成果以及该产品的巨大潜力。使用新型酶（包含在Ion PGM Hi-Q测序试剂盒中）获取的初步研究成果表现出该产品的巨大潜力，这些成果将在今天的赛默飞世尔午餐教育研讨会中揭晓，主题为“从研究到临床——Ion Torrent测序为遗传研究中的下一代测序带来新突破”。在内部测试期间，我们赛默飞使用Hi-Q测序试剂盒在Ion PGM系统上进行了10次完整测序，并将性能表现和对手其他系统的进行了对比。两个平台均运行AcroMetrix肿瘤热点质控品，该质控品使用特征明确的基因组背景并结合了多种合成COSMIC变体。这些测试表明，Hi-Q测序试剂盒在Ion PGM平台的化学过程比市场上其他的主流平台表现出更高的SNP准确度。不仅如此，该研究还显示，Ion PGM系统与Hi-Q试剂盒搭配使用能够：将扩增子测序中的Indel误差降低43%（较之前使用的Ion PGM测序酶）；使特定已知变体检出率达到94.1%，测试中其他平台为高于竞争平台的91.3%；使反映碱基正确识别能力的阳性预测值 (PPV) 达到99.8%，测试中其他平台相比竞争产品的98%更加准确。“我们的新型Hi-Q酶能读取更清晰的二级结构，从而提供更强的信号和更高的准确度，”负责赛默飞世尔生命科学解决方案业务生物信息产品的高级主管Mike Lelivelt说，“通过使用包含500个以上已知癌症变异大量真值的受控样品，我们得以真实地比较针对靶向癌症测序的平台准确度。” 赛默飞世尔还推出了Ion AmpliSeq听觉丧失研究引物组，它使研究人员可以靶向研究与这种以极端的遗传异质性闻名的疾病相关的63个基因。根据实际研究需要，用户可以在每块Ion 318芯片上运行6到8个样品。 另外，Ion AmpliSeq Designer靶向捕获引物设计网站经过扩展可支长达375碱基对的定制扩增子设计。Ion AmpliSeq 375碱基长度设计是对高质量DNA进行遗传病相关种系突变测序的理想选择。为了满足不同测序应用的需要，仍会供应上至175及275碱基对的定制扩增子设计。Ion PGM系统、Ion PGM Hi-Q测序试剂盒与Ion AmpliSeq引物组仅用于研究目的，不用于诊断程序。 关于赛默飞世尔科技赛默飞世尔科技（纽约证交所代码：TMO）是科学服务领域的世界领导者。公司年销售额170亿美元，在50个国家拥有员工约50,000人。我们的使命是帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。我们的产品和服务帮助客户加速生命科学领域的研究、解决在分析领域所遇到的复杂问题与挑战，促进医疗诊断发展、提高实验室生产力。借助于Thermo Scientific、Life Technologies、 Fisher Scientific和Unity? Lab Services四个首要品牌，我们将创新技术、便捷采购方案和实验室运营管理的整体解决方案相结合，为客户、股东和员工创造价值。欲了解更多信息，请浏览公司网站：www.thermofisher.com。 赛默飞世尔科技中国赛默飞世尔科技进入中国已超过30年，在中国的总部设于上海，并在北京、广州、香港、台湾、成都、沈阳、西安、南京、武汉等地设立了分公司，员工人数超过3800名。为了满足中国市场的需求，现有8家工厂分别在上海、北京、广州和苏州运营。我们在全国共设立了6个应用开发中心，将世界级的前沿技术和产品带给国内客户，并提供应用开发与培训等多项服务；位于上海的中国创新中心结合国内市场的需求和国外先进技术，研发适合中国的技术和产品；我们拥有遍布全国的维修服务网点和特别成立的中国技术培训团队，在全国有超过2000名专业人员直接为客户提供服务。我们致力于帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。欲了解更多信息，请登录www.thermofisher.cn。

相关新闻：Life Tech基因测序业务CEO辞职 　　2013年8月28日，新兴生命科学设备公司Solulink宣布，John L. "Kip" Miller加入其公司董事会。Miller拥有丰富的商业运作背景以及丰富的生命科学研究和诊断市场经验，他的加入有助于Solulink公司HybriLink&trade 技术的商品化。 　　在此之前，Miller供职于Life Tech公司担任遗传系统业务总裁一职。2008-2011年，Miller供职于Invitrogen公司担任生物发现业务高级副总裁(2008年Invitrogen与Applied Biosystems合并更名为Life Technologies)。在加入Invitrogen之前，Miller曾在BD公司担任过多个职位，包括BD生物科学研究细胞分析业务副总裁/总经理、BD抗体业务副总裁/总经理以及美洲地区销售和服务副总裁。 　　Miller拥有密歇根州立大学包装工程学士学位。(编译：刘玉兰)

新冠疫情促使mRNA技术快速发展的同时也使人们开始高度关注核酸药物这一领域。核酸药物包括反义核酸（ASO）、小干扰RNA（siRNA）、微小RNA（miRNA）、小激活RNA（saRNA）、信使RNA（mRNA）、适配体（aptamer）、核酶(ribozyme)、抗体核酸偶联药物（ARC）等，是基因治疗的一种形式。除mRNA药物外，其他几种核酸药物，基本上都是由100个以内的核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸单链或双链组成，所以也称为寡核苷酸药物。与mRNA药物编码产生目的蛋白不同的是，寡核苷酸药物主要是通过碱基互补配对原则与DNA、mRNA或者pre-mRNA配对，通过基因沉默、非编码RNA抑制、基因激活等一系列机制来调节基因表达。已上市寡核苷酸药物化学结构（Nature reviews drug discovery）寡核苷酸药物对比于小分子药物及蛋白药物，具有多方面的优势，首先可根据目标靶点设计碱基序列，靶点明确、特异性强；其次寡核苷酸药物从转录后水平进行治疗，可选择的靶点丰富，特别是能覆盖蛋白质不可成药的靶点以及开发由基因缺陷导致的遗传性疾病的相关靶点；另外寡核苷酸药物由于序列短，可采用化学合成方法，完成目标序列的装配，并结合生物学测试筛选有效序列，能够避免盲目开发，节省研发时间。但是寡核苷酸药物在研发中也面临着诸多挑战。寡核苷酸在细胞外稳定性低，易被核酸酶降解，加上分子量及负电荷的因素，难以进入细胞，因此在研发过程中，使其保持稳定的结构以及能够有效递送的传递载体是主要考虑的两个因素。寡核苷酸核酸分子的改造主要包括磷酸骨架，碱基以及糖环的修饰，在改造中需要考虑多个因素，包括稳定性、药代动力学、碱基配对的亲和力等，最重要的是能够保留被功能酶及功能蛋白所识别的功能。因此，在前期研发过程中，需要对寡核苷酸进行精确的结构表征及定量。丹纳赫生命科学旗下SCIEX 的高分辨质谱ZenoTOF&trade 7600系统具有一系列对寡核苷酸进行分析的方案，可进行寡核苷酸的分子量分析并进行杂质检测，可对寡核苷酸进行碱基序列鉴定。由于Zeno TOF 7600具有EAD和CID两种互补的碰撞模式，不但能产生丰富的离子碎片信息，还会保留完整的核酸低丰度修饰信息。寡核苷酸分子量及碱基序列的检测高分辨质谱ZenoTOF&trade 7600系统另外，高分辨质谱ZenoTOF&trade 7600系统还能实现对寡核苷酸的定量分析，线性范围可达 5 ng/mL – 10000 ng/mL，可以完成寡核苷酸药物在研发阶段的药代及多种代谢产物同时鉴定及定量分析。在研发阶段，对于采用同一种仪器进行鉴定及定量，可避免定量方法转移时造成的方法优化时间浪费，可帮助用户加快研发进度。艾杰尔-飞诺美寡核苷酸定量分析前处理试剂盒高分辨质谱对寡核苷酸进行定量分析在寡核苷酸药物种类中，反义寡核苷酸由于是单链，分子量小，递送较其他寡核苷酸容易，且反义寡核苷酸功能多样，可上调或下调基因表达，成为研发罕见遗传性疾病药物中最关注的种类。为了帮助研究人员开发这类针对罕见遗传性疾病患者的ASO疗法，FDA还发布了指导这类ASO疗法非临床检测的指南。在已上市的寡核苷酸药物中，大部分都是用于治疗罕见遗传性疾病的反义寡核苷酸药物，特别是杜氏型肌营养不良，已经上市了针对不同基因位点的四款产品。药品名治疗疾病药物种类上市时间Fomivirsen巨细胞病毒视网膜炎反义寡核苷酸1998.8（已退市）Pegaptanib年龄相关性黄斑变性核酸适配子2004.12Mipomersen纯合性家族性高胆固醇血症(hoFH)反义寡核苷酸2013.1（已退市）Defibrotide肝静脉闭塞反义寡核苷酸2016.3Eteplirsen杜氏型肌营养不良（DMD基因外显子51）反义寡核苷酸2016.9Nusinersen脊髓性肌萎缩症 （SMN2基因外显子7）反义寡核苷酸2016.12Patisiran遗传性甲状旁腺素淀粉样变性小干扰RNA2018.8Inotersen遗传性甲状旁腺素淀粉样变性反义寡核苷酸2018.10Waylivra家族性乳糜微粒血症综合征反义寡核苷酸2019.5Givosiran急性肝卟啉症小干扰RNA2019.11Golodirsen杜氏型肌营养不良（DMD基因外显子53）反义寡核苷酸2019.12Viltolarsen杜氏型肌营养不良（DMD基因外显子53）反义寡核苷酸2020Lumasiran原发性高草酸尿症I型小干扰RNA2020Inclisiran成人高胆固醇血症及混合性血脂异常小干扰RNA2020Casimersen杜氏型肌营养不良（DMD基因外显子45）反义寡核苷酸2021.2.25已上市的寡核苷酸药物（根据网上资料整理）由此可见，对罕见病的诊断也非常重要，很多罕见遗传病是由几十甚至上百种突变引起的，而且不同区域的患者可能存在不同的基因变异位点，NGS是现在进行高通量基因检测的重要手段。丹纳赫生命科学旗下Integrated DNA Technologies（IDT）公司（中文名称：埃德特）是全球领先的NGS试剂供应商，其外显子捕获产品Exome Research Panel V2特别适合进行遗传性疾病的全外显子组测序，助力遗传性疾病的诊断。V2由 415,115 条单独合成且经过质控检验的 xGen Lockdown 探针组成。探针组跨越人基因组的 34 Mb 目标区域（19,433 个基因），并且覆盖 39 Mb 的探针空间（即由探针覆盖的基因组区域）。探针是使用全新的“捕获感知”(capture-aware) 算法进行设计的，并进行了专有的脱靶分析，确保实现完整的设计覆盖度。探针组中的所有探针均严格按照 ISO 13485 标准进行生产。每条探针均经过质谱法和双定量测量检验，确保探针的质量及在探针库中具有适当的代表性。IDT Exome Research Panel试剂盒

双相情感障碍（Bipolar disorder，BPD）是常见的重性精神障碍。流行病学发现，BPD具有较高的发病率和死亡率。研究表明，BPD的发生与遗传和环境因素有关。BPD的遗传力为80%左右，表明遗传因素在BPD的发生中起主要作用。全基因组关联研究（GWAS）已报道许多BPD风险基因座（loci）。然而，这些风险基因座内的遗传变异如何影响BPD的易感机制尚不清楚。利用功能基因组学研究方法，中国科学院昆明动物研究所研究员罗雄剑和李明课题组合作，探究BPD风险遗传变异的调控机制。研究整合人类脑组织（或神经细胞系）的染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）数据和位置权重矩阵（position weight matrix，PWM）数据，鉴别到16个影响转录因子结合的BPD风险遗传变异。研究通过双荧光素酶报告基因、等位基因特异性表达分析、转录因子敲低、CRISPR/CAS9介导的基因编辑等功能实验，探索了这些功能遗传变异的调控机制。进一步表达数量性状基因座分析揭示了受这些功能性遗传变异调控的潜在靶基因。此外，科研人员通过研究PACS1（已鉴定的功能性SNPs rs10896081和rs3862386调控的潜在靶基因）对树突棘的调控，发现在小鼠原代皮层神经元中过表达PACS1会影响树突棘的密度，提示该基因在BPD中潜在的生物学机制。上述结果提示，这些遗传变异可能通过影响转录因子结合，进而调控双相情感障碍易感基因的表达，最终导致双相情感障碍的发生。该研究系统性地从GWAS鉴别到的BPD风险遗传变异中识别出具有功能后果（或潜在致病）的功能性遗传变异，并解析这些功能性遗传变异的调控机制。此外，该研究将功能性遗传变异与其潜在靶基因联系起来，对功能性遗传变异和候选基因的进一步功能鉴定和机制研究将有助于阐明BPD的遗传机制和致病机理，从而为BPD的治疗提供新的潜在靶点。相关研究成果以Functional genomic analysis delineates regulatory mechanisms of GWAS-identified bipolar disorder risk variants为题，在线发表在Genome Medicine上。研究工作得到国家自然科学基金、云南省杰出青年基金、中科院“西部之光”人才培养计划创新团队项目及云南省重点研究项目的支持。 　　论文链接 双相情感障碍风险功能遗传变异rs10896081可能通过影响与PBX3转录因子结合调控PACS1基因表达

MDx 2022第八届中国先进分子诊断技术与应用论坛将于2022年8月18-19日在湖北武汉盛大开幕！本届大会分设“感染+生殖/遗传”诊断两大热门专场，特邀50+位IVD行业权威专家代表，800+位感染及生殖/遗传诊断领域的参会代表，共探先进分子诊断技术新征程！点击查看会议官网：https://www.bmapglobal.com/mdx2022 MDx 2022议题精彩亮相！【感染性疾病诊断专场：病原微生物/病原检测】Day1 8月18日• 临床/监管建议与行业发展• DNA硫修饰及全新基因编辑和检测体系邓子新，微生物分子遗传学家，中国科学院院士• mNGS产品临床试验策略与卫生经济学下的合理检测标准与建议卢洪洲，美国微生物学院院士，深圳市第三人民医院院长• 圆桌讨论：感染诊断/分子诊断行业下一步科研转化、产业化与商业化挑战与机遇所在LDT或产品报批？集采与医保政策与思考王海蛟，高特佳投资执行合伙人冯雁，上海交通大学生命科学技术学院院长/特聘教授，交弘生物科技（上海）有限公司首席科学家、联合创始人程奇，俄罗斯外籍院士、中国农业科学院教授、河北农业大学生物技术学院院长江永忠，湖北省疾控中心卫生检验检测研究所所长石正丽，中国科学院武汉病毒研究所研究员周俊，圣湘生物科技股份有限公司副总经理、首席医学官• 技术迭代与应用突破基于测序：mNGS/靶向/三四代测序• 临床宏基因组学的产业化实践盖伟，微岩医学CEO• 宏基因组学的挑战与未来机遇张勇，源古纪联合创始人兼首席科学家，国家呼吸系统疾病临床医学研究中心客聘教授• NGS在疑似感染病因组学中的应用王珺，杰毅生物创始人、CEO• 新型分子检测技术在临床的分层应用申奥，华大因源技术研发负责人• 纳米孔测序技术在临床感染性疾病中的应用：where are we now？王云飞，杭州圣庭生物联合创始人兼VP• 圆桌讨论：测序技术在感染性诊断中下一阶段 mNGS的瓶颈与突破：一体化与报告解读、申报 技术：靶向测序/纳米孔/生物纳米孔… 临床应用场景拓展：儿童感染… 许腾，广州微远基因创始人兼CTO秦楠，锐翌生物CEO余乐，北京源生康泰基因创始人CEO欧阳卓君，同泽合信（北京）医药科技有限公司总经理Day2 8月19日• 技术迭代与应用突破基于PCR/数字PCR/多重/超多重• 全球首个获批于感染性疾病领域的高灵敏度数字PCR技术与应用评价马学军，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所中心实验室主任• MeltArray高阶多重高灵敏核酸检测技术突破与开发李庆阁，厦门大学生命科学学院教授，分子诊断教育部工程研究中心主任• 新发传染病检测与快速诊断方法学开发与研究（拟）危宏平，中国科学院武汉病毒研究所研究员• 自动化分子诊断技术及病原体检测的应用杨星，艾科诺生物创始人兼董事长• 未来病原体微生物的体外诊断的发展趋势蒋析文，广州达安基因股份有限公司副总经理&首席科学家&研发总监• 全封闭全集成超高速PCR在感染性疾病诊断中的开发与应用（拟）杨奇贤，深圳市博德致远生物技术有限公司董事长&CEO基于核酸快检： 分子POCT/CRISPR/微流控… • 新型超高灵敏度新冠检测开发与病原体核酸即时检测（POCT）质量管理要求专家共识解读朱召芹，上海市公共卫生临床中心检验医学科负责人（TBD）• HOLMES：基于CRISPR技术的下一代分子诊断系统王金，吐露港生物CEO（TBD）• 随手可及-分子诊断POCT技术发展浅析王晨，瀚海新酶酶应用研发经理• 感染性疾病诊断的创新POCT技术与现场快检系统开发与应用 邢婉丽，博奥生物集团高级副总裁兼工程中心常务副主任，北京博奥晶典生物技术有限公司首席执行官• ERA酶促恒温扩增技术：一体化现场核酸快检与高效病原检测应用于继彬，苏州先达基因创始人、CEO• 微流控与全自动核酸检测在HPV等传染病领域的应用曾滨，博晖创新试剂研发副总• 圆桌讨论：下一代核酸快检技术的突破风口与蓝海探索多重与更优序列与设计准确度、灵活通量与速度之间的平衡居家检测前景CRISPR与生物传感概念的结合监测反应体系的内标：内源性VS外源性？尤其敏，杭州优思达生物技术有限公司创始人兼首席科学家李秋实，晶睿生物联合创始人兼首席执行官唐勇，成都微康生物创始人杨广宇，瀚海新酶创始人及CTO【生殖与遗传诊断专场：孕前/植入前/产前/新生儿】Day1 8月18日• 行业前沿/焦点与临床/监管建议• 基因嵌合出生缺陷防控技术和临床应用黄荷凤，中国科学院院士、复旦大学附属妇产科医院主任医师、复旦大学生殖与发育研究院院长• 快速高通量测序技术与快速诊断危重新生儿遗传病周文浩，复旦大学附属儿科医院副院长• 数字PCR助力精准检测新生儿脊髓性肌萎缩症（SMA）朱林，浙江达普生物科技有限公司 市场总监• 基因组学与人类遗传/复杂疾病的关联探索与研究卢大儒，复旦大学生命科学学院PI、基因技术教育部工程研究中心主任• 一代测序平台在生殖遗传领域的开发与应用 郑朋，阅微基因市场总监• 基于二/三代测序等技术与应用突破胚胎植入前诊断/孕前/携带者筛查• 高通量测序技术下的PGT开发与应用杜仁骞，贝康医疗器械有限公司首席研究员• 全基因组测序在辅助生殖领域的应用及优势陈超，华大基因辅助生殖负责人• NICS® —— 一种无创胚胎优选策略的现状与未来 任军，亿康医学首席技术官• 子宫内膜容受性分析（ERA）在个体化胚胎植入的应用俞炎琴，奕真生物技术副总经理• 合适基因Panel下的扩展性携带者筛查技术与临床应用彭嵋，上海福君基因生物科技有限公司首席科学家• 胚胎植入前染色体非整倍体检测（PGT-A）的技术与应用突破张倩，北京嘉宝仁和生物信息负责人Day2 8月19日• 基于二/三代测序等技术与应用突破孕早期/产前筛查、诊断• NGS下的产前筛查与检测标准与临床建议孙路明，上海市第一妇婴保健院胎儿医学科主任兼产前诊断中心常务副主任(TBD)• 基于国产化高精度高通量染色体畸变检测的应用解决方案(CMA-Seq)张巍，广州嘉检医学CEO• PacBio HiFi测序在人类遗传疾病和罕见病领域的最新进展翁亮，PacBio中国区市场经理• 创新产前筛查三合一检测技术及最新临床应用张治位，北京博昊云天科技有限公司总裁• NIPT PLUS技术优化及最新临床队列研究与数据伍启熹，优迅医学首席执行官• 无创产前单基因遗传病诊断（NIPD-MG）最新突破杨敬敏，上海韦翰斯生物医药科技有限公司联合创始人• 产前全外显子组检测技术开发与数据分析及变异解读郑昭璟，杭州金诺医学检验实验室有限公司总经理新生儿/儿童遗传疾病筛查/早诊• 新生儿基因筛查的进展和挑战孙隽，华大基因股份有限公司妇幼健康事业部研发总监• 基因捕获高通量测序技术与新生儿罕见遗传病的突破及应用伍建，北京迈基诺基因创始人兼董事长• 三代测序技术在出生缺陷三级防控中的临床应用前沿进展任志林，贝瑞基因三代事业部总监• 基于高通量平台开发的针对可防可治的新生儿遗传病精准筛查余伟师，赛福解码（北京）基因科技有限公司创始人&CEO*议程更新截止至7月18日，最终议程以现场为准！邀请参会赢豪礼！点击链接: https://www.bmapgl o bal.com/mdx2022 ，进入会议官网手机页面，点击右侧“海报分享”，生成专属分享海报，转发海报并邀请您的好友/同事扫码报名参会，即可赢取精彩豪礼！ • 邀请20人及以上:VIP免费参会门票1张 +1000元京东卡• 邀请15人及以上:VIP免费参会门票1张+国家地理双肩包• 邀请10人及以上:VIP参会半价抵用券1张+SKG颈部按摩仪• 邀请5人及以上:VIP参会半价抵用券1张+飞利浦电动牙刷• 邀请1人即享:100元京东卡*点击会议官网页面右边“邀约排名”，即可查看邀请人数，会议现场或会后凭邀请榜单数量截图联系会议小助手（180 1793 9885），经核实后即可领取礼品！*以上活动不可叠加，且与其他优惠活动不同享MDx 2022招展工作持续进行中！论坛开放主题演讲，产品展示，插页广告，晚宴赞助，吊绳&名卡、手提袋、瓶装水、椅套广告等多种形式、全方位供您展示先进分子诊断技术！在这里，您将与分子诊断领域的行业专家以及领先企业直接对话，高效获取最新资讯，精准定位合作伙伴，助推中国分子诊断领域高速发展！即刻联系我们，获得有限的赞助演讲机会！详情请咨询：180 1793 9885（同微信）【关注官微，及时获取会议最新信息！】联系组委会：180 1793 9885（同微信）邮箱：mdx@bmapglobal.com网站：www.bmapglobal.com/mdx2022媒体合作联系：上海商图信息咨询有限公司赵俊雯| Jane ZhaoTel: 021-60307601（ext.8027）官网: www.bmapglobal.com

外媒称，利用一种新式基因组测序技术，科研人员发现数万个以前未曾见到的遗传变异。这大大填补了人类基因组图谱上长期以来因难以测序而造成的空白。 　　据美国每日科学网站11月10日报道，华盛顿大学基因学教授、该研究团队带头人埃文· 艾克勒说，这种技术叫作单分子实时DNA测序技术(SMRT)，它现在也许使得研究人员能够鉴别出许多疾病背后的潜在遗传变异。 　　艾克勒说：&ldquo 我们现在进入了一个全新的、以前无法看清的遗传变异领域。&rdquo 　　艾克勒与其同事把他们的研究结果发表在11月10日的《自然》期刊上。 　　目前，科学家仅能确定大约一半遗传性疾病的遗传致病因素。这个谜题被称为&ldquo 遗传性缺失问题&rdquo 。导致这一问题的一个原因可能是普通的基因组测序技术无法精确绘制基因组许多部分的图谱。这些方法是将数亿个长度约为100个碱基的DNA小片段排列出来，然后分析它们的DNA序列，构建基因组图谱。 　　这种方法成功确定了人类基因组中数百万个小变异。这些由单个核苷酸碱基置换造成的变异称为单核苷酸多态性。 　　但是，由于技术原因，科研人员此前无法可靠地检测到长度介于大约50至5000个碱基之间的片段变异。 　　新研究采用SMRT技术，使得测序和读取长度超过5000个碱基的DNA片段成为可能，远远超过普通基因测序技术所能测序的长度。这种&ldquo 长距离读取&rdquo 技术让研究人员能够绘制出分辨率高得多的基因组结构变异图谱。 　　用这种新方法对葡萄胎基因组进行研究，研究人员识别并测定出与基因组研究中常用人类参考基因组不同的26079个片段。艾克勒说，其中多数变异，约有2.2万个，从未被发现。他说：&ldquo 研究结果表明我们还有很多没有发现的遗传变异。&rdquo

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由中国科学院昆明动物研究所、深圳华大基因研究院、中国科学院研究生院和中国科学院植物研究所等单位主导完成的50个水稻基因组重测序及遗传变异数据库构建等研究成果，本月初在国际著名杂志《自然-生物技术》上在线发表。该研究首次对栽培稻和野生稻基因组进行了大规模的遗传变异分析，为科学家深入挖掘水稻重要农艺性状基因及促进水稻分子育种改良等研究提供了宝贵的基因资源。 　　据深圳华大基因研究院有关方面介绍，亚洲栽培稻是世界上最古老的农作物物种之一，具有籼稻和粳稻两个主要亚种。在本研究中，科研人员希望能从基因组水平上解析不同栽培和野生稻基因组序列的遗传变异情况，以利于培育高产、优质和抗逆的水稻新品种，提高育种技术和水平。 　　文章的第一作者、华大基因该项目负责人刘心说：&ldquo 研究证明籼稻和粳稻的起源的确是独立的，而且粳稻起源于中国普通野生稻。接下来我们还将进行进一步的研究，希望能为水稻育种改良等研究提供指导作用。&rdquo 　　据介绍，研究人员选取了具有代表性的40个栽培稻品系和10个不同地理来源的野生稻进行了全基因组重测序研究，共发现650万个单核苷酸多态性位点 808000个小片段的插入/缺失，其中大部分为稀有突变 94700个长片段的结构变异和1.676个拷贝数变异。 　　基于这些遗传变异数据，研究人员还发现了数千个与人工选择相关的候选基因，其中有些基因与水稻的农艺性状具有重要的相关性，而大部分基因的功能尚不清楚。但是据科研人员推测，这些未知功能的基因也可能与水稻的相关农艺性状具有重要关联。

p 　　2017年2月，中国肿瘤驱动基因分析联盟(CAGC)宣布，它已经与Illumina签署了一项协议，在起草关于癌症患者的护理中常规使用新一代测序(NGS)技术的指南时，帮助中国的非营利组织为其提供证据支持。 /p p 　　CAGC的倡议描述了一个分两阶段、对六种类型的癌症实现全面遗传分析的方法，这六种癌症包括肺癌、肝癌、结肠癌、胃癌、乳腺癌和白血病。第一阶段的目标是为NGS的应用提供建议，从而指导肿瘤学的临床决策。第二阶段的目标是启动多中心的临床研究，以便生成解释数据库，将带有不同遗传变异的患者与现有疗法或临床试验相匹配。 /p p 　　“我们的目标是结合资源并利用成员机构的专业知识和技术能力，来指导对癌症管理的建议，”中国临床肿瘤学会理事长、广东省人民医院及广东省医学科学院副院长，广东省肺癌研究所所长吴一龙教授说。 “我们很高兴能与领先的肿瘤学家和研究中心合作，开发基因组学的最佳实践和标准，推进个性化精准医疗，努力改善患者的结果。” /p p 　　CAGC的目标包括成立一个委员会，旨在： /p p 　　制定临床NGS流程的技术标准和程序、共识及规范，内容包括样本处理、测序、分析和报告等关键步骤 /p p 　　通过广泛的覆盖多基因靶点的多臂临床试验研究建立证据我国各类肿瘤的精准诊疗方案 /p p 　　在上述证据基础上，提供指导癌症患者使用NGS技术的建议、体细胞遗传变异评估中的临床实用性、疾病不同阶段需要进行评估的基因变异的内容 /p p 　　为最大限度保证检测质量，提高NGS在中国的采用，提供培训、政策和监管审批的建议。 /p p 　　此外，全球基因测序的领先企业Illumina公司承诺提供边合成边测序(SBS)耗材以及TruSight& reg Tumor 170文库试剂盒，以支持中国队列研究中肿瘤驱动基因数据库的基因变异积累。 /p p 　　 strong 关于中国肿瘤驱动基因分析联盟(CAGC) /strong /p p 　　中国肿瘤驱动基因分析联盟(CAGC)是中国癌症研究领域领先机构之间的合作机制，包括中国临床肿瘤学会、中国胸部肿瘤协作组，以及各个重点领域的医学专家，旨在支持中国最大规模的非盈利组织生成癌症测序数据，为癌症患者常规护理中使用新一代测序(NGS)技术制定指南。 /p

未来这个基因组学设备或许在生活中无所不在&mdash &mdash 仪器信息网编译 　　罗氏诊断最近所宣布的与拥有长读长测序技术的公司进行的合作和收购，将使罗氏逐步拥有对序列重复区域进行测序的能力，并且简化了相应的数据分析的过程。 　　目前，很多因素推动了下一代测序(NGS)市场。而在几年前，由于通量和价格等原因，NGS很难代替原有的技术。 　　而今推出的NGS已经显著降低了设备成本，简化了操作技术，使NGS已广泛应用在无创产前检测(NiPt)，肿瘤学，病毒学，耐药性测试和感染性疾病等领域。 　　今年1月15日至16日，世界各地的科学家聚集在比利时鲁汶，围绕着&ldquo NGS的革命：工具和技术&rdquo 这一议题，讨论NGS的变化动态。 　　对遗传谱研究的逐渐深入有助于简化临床诊断方法，同时推动了NGS的市场。利用测序这一无创检测手段，使传统的诊断技术发生了变革。 　　罗氏诊断测序平台生命周期专家Paul Schaffer认为，每个现有的商业测序平台都有其局限性，用户需要事先评估欲购买服务的平台，诸如工作流自动化的需求，生物信息学的支持以及后续数据分析的难度。罗氏诊断最近所宣布的与拥有长读长测序技术的公司进行的合作和收购，将使罗氏逐步拥有对序列重复区域进行测序的能力，并且简化了数据分析这一瓶颈。 　　正在开发的测序平台也大大缩短了获得结果的时间，这可以使测序结果与其它检测技术得到的结果共同出现在临床报告中。如果对于其他检测技术，从样品到结果的时间是不到一周，则NGS工作流程也需要在同一时间内完成。这也得益于单分子测序可以检测到核苷酸的碱基修饰，消除了GC序列偏差，大大简化了工作流程。 　　Schaffer说，NGS的临床市场将会显著的增长。不仅是近期应用驱动了这一需求，而且目前NGS技术日趋成熟，更加方便用户，成本却持续降低。未来美国临床市场的应用比率将取决于实验室开发测试(LDTs)，相关报销和伦理准则的实施力度。 　　新思维 　　Edico Genome公司的Dragen Bio-IT Processor与现有的测序分析方法相比，大大加快了测序数据的分析速度，提高了测序结果的准确度，并且保持了分析的灵活性。 　　在NGS主要用于科研的时代，花费20小时进行数据分析是可以接受的。而今天，随着测序数据越发庞大，以及正在进行的基因组临床诊断的开发，高速和低成本的NGS数据处理显得更为重要。而DRAGEN正是一个为NGS专门开发的快速硬件平台。 　　DRAGEN在云平台或服务器集群上通过软件执行序列比对，序列排序，序列作图，序列去重和变异识别功能。数据处理器准确分析超过50个完整的人基因组只需不到一天的时间，减少了对大型服务器集群的需求，从而降低了相关的存储空间和网络技术基础设施的成本。 　　Edico Genome 的首席执行官Pieter van Rooyen博士说, &ldquo 我们的周围的大量的消费电子产品，可以带给我们新的思维，而这可以将基因组学带到一个新的水平。&rdquo 　　&ldquo 在80年代中期，只有少数人拥有手机，并且远不如今天移动设备的轻巧和功能强大，而手机市场规模也是很小。但这就是今天基因组学的现状，&ldquo van Rooyen博士说。&ldquo 目前基因测序设备大多很是笨重。当然，我们都知道基因测序的应用是很有潜力的，但如今没有一个人确切知道基因测序最终会变成什么样子。 　　&ldquo 我相信基因测序将在我们的生活中发挥巨大的作用，我们的技术只是使之成为现实过程中的一小步。基因组学可以让医疗的成本更低。但对于临床应用，必须是实时处理，所以最终将是由医生进行直接进行基因测序&ldquo 。 　　我们的目标是减少对网络技术基础设施的依赖，并且避免应用多个服务器，我们希望测序在一台仪器中独立完成。目前，DRAGEN使用一台服务器，但未来，数据处理器将会集成到测序仪中。 　　临床为中心的基因组学 　　HiSeq X是将10台超高通量测序仪集合在一起，专为大规模人类全基因组测序所设计。只需 1000 美元就可完成30× 覆盖率的人类基因组测序。 　　每台Illumina的HiSeq X Ten每年能够测序 18,000 个人类基因组，而每个基因组只需1000美元。Illumina战略计划部高级副总裁Alex Dickinson博士说，&ldquo HiSeq X Ten正在引领全球基因组的概念。这是一个大规模的测序过程，测序首先要到临床，再从临床到相关的研究&rdquo 。 　　Dickinson博士说，英国100000基因组计划就是&ldquo 由临床到实验室&rdquo 方法的一个实例，由英国NHS(National Health Service)所运营和支持的这个计划聚焦于罕见疾病，癌症和传染病。 　　&ldquo 尽管从根本上说，这是一个临床项目，但是它所积累的数据有巨大的研究潜力，&rdquo Dickinson 博士认为，&ldquo 类似于100000基因组计划的项目前期需要巨大的投资，但随后就会带来经济利益。&rdquo 　　更多的测序将会产生更多的信息。接下来的任务就是确定采取何种方式增加关于测序的科研论文的数量，如何描述疾病和药物的关系，以及如何进行后续的应用。当然，数据的分析，将整个基因组序列转化为有用的健康建议，仍然是一个技术难题。 　　&ldquo 直到有了大量可用的基因组数据，真正的大规模测序才会出现。&rdquo Dickinson 博士预言，&ldquo 需要跳过鸿沟才会有思想的飞跃。能够做这件事情的第一个国家将会走在整个新行业的前列。尽管目前测序已经走向临床，但基因组序列只在临床上得以应用绝不是一个完整的方案。 　　&ldquo 基因组不会在你的生活中改变，它是你的整个生物学的地图。你可以想象一个人出生后将进行基因组测序，数据将会输入到他们的医疗记录中，而包括预防保健在内的几乎所有的医疗问题都将根据他的基因组进行决策。&ldquo 　　检测所有的遗传变异 　　Cergentis提供的靶向位点扩增技术(TLA)在对感兴趣的基因进行全序列分析以及检测所有基因融合方面呈现出独特优势。它使用互补于感兴趣的基因特异序列上短位点的两个PCR引物进行扩增，这使得这段序列中无论是否发生了点突变或是结构变异，都可以对感兴趣的位点进行NGS。 　　尽管靶向基因测序和全基因组分析技术正在发展，对感兴趣的基因内部及其上下游基因进行遗传变异检测仍然是一个挑战。一种称为靶向位点扩增技术(TLA)方法利用近端序列的交联可以对全部基因进行选择性扩增和测序。 　　无论序列是否发生变化，TLA在任何基因组的感兴趣区域都可以进行靶向测序和单体型分析,并且提供所存在单核苷酸变异以及结构变异的相关信息。该技术非常适合于转基因分析中整合位点的确定，以及验证外源基因是否以适当的方式进行整合。 　　TLA使用特异于感兴趣的区域的一个引物对进行靶向扩增。对于转基因方面的应用，引物需要特异于只在外源基因中具有的序列。这种技术可以提供可能发生在转基因和整合位点的，包括所有遗传变异的完整序列信息的报告。 　　Cergentis首席执行官Max van Min表示，当前应用主要涉及与疾病诊断相关以及与感兴趣的表型相关的序列区域。实例包括应用TLA技术，对癌细胞中感兴趣的基因进行测序，并检测预后和药物反应中发生的变异，这可以为药物研发提供一系列帮助。 　　由于TLA提供了比其他技术更多的遗传信息，这也会为NGS提出一些挑战，如何去解释这些额外的遗传信息。有一些感兴趣的临床的遗传变异是已知的，但也有一些实例中，对变异进行分类以及判定变异是否与感兴趣的表型相关是非常困难的。 　　TLA最早的方案是使用全细胞作为材料。最新开发的方案也可以使用分离的DNA作为分析材料，这为基因诊断开辟了新的机会，可以对微生物，植物或动物基因组中任何感兴趣的区域进行靶向测序。 　　准确度的提高 　　Thermo Fisher公司的Hi-Q Sequencing Kits从根本上降低了酶进化研究项目的系统误差和假阳性率。 　　AmpliSeq技术应用大规模平行多重PCR进行基因组或转录组的靶向富集，只需10-15ng材料，在2-3小时内就可以完成。新的检测方法可用于分析外显子组，整个转录组，小基因和RNA组合，染色体易位或基因融合，以及拷贝数变异。多达两万条引物或转录物可以放在一个PCR管中，如果分析整个外显子组，30万条引物放在12个PCR管中就可以完成整个实验。 　　针对转录组应用AmpliSeq技术，感兴趣的RNA分子可以被特异性扩增 也可以通过定量检测不同样品中所富集的RNA或基因的数量进行样品的比较。 　　&ldquo Ion测序仪不会使用终止反应，&rdquo Thermo Fisher Scientific (Life Technologies)公司生物信息学产品高级总监Mike Lelivelt博士说，&ldquo 这样可以节省时间，为我们提供快速测序，但代价是有时我们对同一段核苷酸进行测序时，很难进行精确的定量。 　　&ldquo NGS的强大之处在于你获得了很多的读长和冗余序列。大量的读长使你避免了非系统性误差，给予你正确的答案。冗余序列是你的朋友。我们利用他们来清除错误的表达谱，提高了我们的准确度。&rdquo 　　Hi-Q Sequencing Kits来自于酶进化研究项目 有控制的诱变聚合酶并筛选突变体。得到的酶系统误差低，假阳性率降低了50%。减少了验证需求的同时，提供了更为精确的测序系统。 　　公开数据将应用Ion PGM测序仪及Hi-Q Sequencing Kits的 AmpliSeq技术与其他测序系统进行了比对。数据显示，对于一个肿瘤样品，Ion PGM和AmpliSeq所获得的靶标基因组合更为准确。 　　单细胞和FFPE DNA变异的分析 　　高速发展的NGS技术已经为单细胞和福尔马林固定石蜡包埋的方法处理(FFPE)DNA变异的分析提供了可能性。然而，测序前FFPE样品质量的评估以及数量有限的单细胞DNA仍是目前存在的难题。 　　在两项研究中，Qiagen的研究人员公司提出两种方法解决了这些难题，并证明了在Qiagen 的&ldquo sample-to-insight&rdquo 解决方案中如何应用这些方法以进行下一代测序。 　　在第一项研究(&ldquo 基于多重PCR的靶向富集测序以进行单细胞突变检测&rdquo )中，证明了应用多重PCR靶向富集方法检测单细胞DNA中单核苷酸突变是可行的。 Qiagen相关论文的作者Eric Lader认为 &ldquo 因为靶向富集方法让罕见单核苷酸突变的分析非常有效，因此这种方法非常适合于单细胞突变检测。 　　在第二项研究(&ldquo 扩增基因组DNA的定性和定量&mdash &mdash 用于NGS之前进行基于PCR的靶向富集&rdquo )中，简单的实时定量PCR方法用来评估FFPE样品的质量以及针对低质量样品优化NGS条件，Lader指出，&ldquo 相比于靶向少数基因组的位置的方法，两个qPCR实验靶向40个基因组位置可以有效的减少偏差&rdquo 。 　　与二倍体参照序列的比对 　　NGS的出现，让利用基因组数据诊断人类疾病成为了可能。但是，对于罕见的疾病诊断来说，即使这项技术假阳性率和整体误差率很低，也可能存在问题，在某些程度上这些问题也源于应用二倍体人类基因组中的单倍体参照序列研究各种变异。 　　美国国立卫生研究院未知疾病项目(NIH UDP)认为，如果进行比对的二倍体参照序列上带有其个体，双亲以及种群的信息，序列比对以及基因型的鉴定则会更加准确。这种称为二倍体比对的方法，利用来自家庭成员的基因组单核苷酸多态性芯片数据以及来自于1000基因组计划的种群单倍型数据，创建一个可以用于比对NGS数据的个性化的二倍体参照序列。 　　这一方案在美国国立卫生研究院的Biowulf超级计算机集群上进行了开发和测试，并在Appistry公司的Ayrris 平台上进行了优化和运行。 　　&ldquo 相比与单倍体参照序列进行比对，二倍体比对更有助于使短读长比对到正确的位置上，&rdquo NIH UDP项目负责人William A. Gahl博士说，&ldquo 桑格验证表明二倍体比对鉴定基因型更为准确。&rdquo 　　&ldquo 使用个性化的参照序列通过减少假阳性率节省了分析时间，并且帮助NIH UDP发现了因果遗传突变。&rdquo Gahl博士说，&ldquo 这一方案自2014年9月已经用于作为序列比对定位和基因分型的通用平台，并在一些疾病的诊断中做出了贡献。&rdquo 　　近期网络讲堂将开展基因测序相关内容主题研讨会，详情请关注仪器学堂官方微信。

遗传性平滑肌瘤和肾细胞癌（HLRCC associated RCC）是常染色体显性遗传肾癌，由延胡索酸酶基因FH的胚系或体系突变、缺失以及甲基化失活导致。与其他常见的肾细胞肿瘤相比，HLRCC associated RCC具有Ⅱ型乳头状肾癌特点，也会偶发集合管癌和透明细胞癌等。该型肿瘤常表现为单侧或单病灶，呈囊性，或囊性实性混合生长，且侵袭性远强于其他肾细胞癌，在肾原发病灶较小且局限时（1.5厘米），也可能出现淋巴结转移或远处转移，转移部位常见于肺，预后极差。由于FH-缺陷患者队列研究的不足，迄今缺乏有效药物和标准治疗方案。临床诊断主要通过基因测序或组织病理学或医学影像分析进行术前诊断，但疾病的复杂性和多样性使得早期诊断较为困难，因此对于该疾病的诊断新方法亟待探索。2023年4月13日，上海交通大学医学院附属儿童医学中心郑亮团队和仁济医院张进，徐云则团队合作，在Journal of Clinical Investigation（影响因子IF=19.477）在线发表题为Circulating succinate-modifying metabolites accurately classify and reflect the status of fumarate hydratase-deficient renal cell carcinoma的研究论文。 研究团队在多年研究基础上，组建了全国范围的多中心延胡索酸酶基因突变携带者队列，阐明了基因延胡索酸酶失活突变在肿瘤与携带者中的代谢异常机制。揭示血液小分子suc-cys和suc-ado可以准确诊断延胡索酸酶的胚系或体系突变，其AUCROC=0.97，为临床上遗传性平滑肌瘤和肾细胞癌的诊断提供了新的视角。 △HLRCC-associated患者I/II期和III/IV期的Kaplan-Meier总生存期分析（点击查看大图）研究队列由来自 16 个中心的 252 名参与者组成：其中FH 缺陷 (FH-MT) RCC 患者77例，临床分型为I、II、III 和 IV 期；77例FH-MT患者中70例携带种系突变，7例为散发性突变，涉及错义、无义、移码和大规模缺失。在所有 FH-MT 患者中，47 名有家族史。FH-野生型 (FH-WT) RCC (n=88) 患者是新招募的，包括各种亚型的患者。以及新招募的无肿瘤 (NC) 个体的正常对照和 9 岁和性别匹配。我们首先对 77 名 FH-MT RCC 患者进行了 Kaplan-Meier 生存分析，显示 I/II 期患者的平均生存期明显长于 III/IV 期患者（P = 0.007），表明早期诊断具有明显的生存获益。△HLRCC-associate病人血浆的组学分析（点击查看大图） 本研究共使用了 n = 268 份血浆样本。来自 10 名 FH-MT RCC 患者、10 名 FH-WT RCC 患者和 10 名 NC 个体的样本 (n = 30) 被选为发现集。单独的验证集 (n = 238) 包含 67 个 FH-MT 样本、78 个 FH-WT 样本和 77 个 NC 样本。主成分分析结果表明，肿瘤中 FH 遗传状态和疾病阶段的血浆代谢物的潜在聚类，来自 ROCAUC 分析的前 20 种代谢物使 FH-MT 样品与其他两组的样品清晰分离。涉及氨基酸代谢、脂类代谢、TCA循环及核苷酸代谢途径。其中 suc-cys、suc-ado、琥珀半胱氨酸-甘氨酸 (suc-cys-gly) 和肌酸核苷水平具有很强的相关性，并且似乎是肿瘤负荷的最佳预测因子，被确定为监测 FH 变异患者和肿瘤负担潜在生物标志物。△FH突变型和野生型PDX小鼠模型血浆生物标志物的关联（点击查看大图） 进一步采用移植患者来源的肿瘤异种移植物 (PDX)，以监测真正的人类肿瘤对血浆代谢物的影响，FH 突变型小鼠肿瘤的生长速度与野生型相当。在FH 缺陷型 PDX 的小鼠血浆中，检测到suc-ado、suc-cys 和 suc-cys-gly，并随时间推移，随着肿瘤生长成比例地增加。这些结果表明，suc-cys和suc-ado具有出色的反映肿瘤状态的敏感性。更重要的是，皮下肿瘤手术切除后一天血浆代谢物降至基础水平。△HLRCC-associated患者的临床诊断效能（点击查看大图） 为了验证发现集和小鼠临床前模型的结果，我们采用独立验证集进行了验证，其中包含来自 67例 FH突变型患者、FH野生型患者和 67个健康受试者的 238 个血浆样本。通过同位素标记的内标对 suc-ado 和 suc-cys 的血浆浓度进行了定量分析。结果表明，两种代谢物在 FH突变型病人血浆中均显着升高。 Suc-cys和suc-ado 可以显著区分健康受试者与FH突变型患者，ROCAUC = 0.983，suc-ado 的 ROCAUC = 0.930。以及突变型及野生型FH RCC（suc-cys: ROCAUC = 0.980 suc-ado: ROCAUC = 0.923）。提示所选择的Suc-cys和suc-ado，可作为常规筛选 FH 突变携带者，以及 RCC 患者分型的生物标志物。△HLRCC-associated诊断与代谢机制示意图（点击查看大图） 进一步的机制研究显示，在小鼠模型中，肿瘤微环境中肾脏组织的蛋白级联和协同作用导致肿瘤来源的多肽转化为小分子suc-cys和suc-ado。 本文总结 目前对于高转移性肾癌，除了在早期阶段的肿瘤切除外，尚无有效的治疗方法。作者筛选的suc-cys和suc-ado，可靠地反映了基因突变状态和肿瘤负荷，在早期诊断，转移复发和预后的效果都较好，填补了肾癌肿瘤代谢标志物的空白。研究团队的成果对于寻找适合快速诊断、筛查和监测的无创血浆生物标志物的探索，为出生基因缺陷型健康筛查和复发难治型肾癌的精准治疗带来新希望。 作者信息上海交通大学医学院附属儿童医学中心研究员郑亮为第一作者和通讯作者，上海仁济医院泌尿科张进教授为共同通讯作者，伍小宇为共同作者。文章中非靶向代谢组学，脂质组学，以及标志物定量使用Thermo Q Exactive Plus完成。

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p 　　当地时间4月12日，美国食品和药物管理局（FDA）确定了两项最终指南，为下一代测序（NGS）测试设计、开发和验证提供了建议。随着NGS越来越多地应用于精准医学，FDA希望这两份指南能够提高NGS技术的开发效率。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201804/insimg/eeeebc2c-69fc-4b28-99dd-3a7a9cccbb88.jpg" title=" 1.png" / /p p 　　“随着疾病检测技术的快速发展，FDA审查这些新创新的方法也必须跟上步伐，”FDA专员Scott Gottlieb在一份声明中说， “今天发布的新政策提供了一个先进而灵活的框架，以生成支持FDA审查NGS检测所需的数据，并为开发人员提供了新工具来支持这些技术的高效开发和验证。” /p p 　　指南一使用公共数据库支持NGS临床验证 /p p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201804/insimg/fe7428a1-31a4-4fe2-abbb-8a184b6c4a71.jpg" title=" 2.png" / /p p 　　第一项指南为“Use of Public Human Genetic Variant Databases to Support Clinical Validity for Genetic and Genomic-Based In Vitro Diagnostics”，讨论了开发者可以依赖于FDA认可的公共数据库来支持其检测的准确性，并为基因组测试解读的准确临床评估提供保证。指南确定了产品研发者使用数据库支持他们正在开发的NGS测试的临床验证的细则。 /p p 　　FDA表示，“这些公共数据库包括ClinGen等资源，这些资源由美国国立卫生研究院维护。” 该机构指出，使用FDA许可的数据库将为开发者获得新检测的批准或营销许可提供有效途径。 /p p 　　因相关人士要求扩大指导范围，即公共数据库不仅用于NGS，还可用于其他类型的遗传和基因组检测。因此在最终指南中，FDA指出，遗传变异数据库是一个有效科学证据的来源，可以支持上市前提交的遗传和基因组测试的临床有效性，且不论其技术检测类型（例如NGS、Sanger测序和PCR）。 /p p 　　指南二基于NGS的IVD诊断疑似遗传病患者 /p p style=" text-align:center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201804/insimg/eba955bc-49fa-4ad8-a625-bf79f5536400.jpg" title=" 3.png" / /p p 　　第二项指南是“Considerations for Design, Development, and Analytical Validation of Next Generation Sequencing (NGS)–Based In Vitro Diagnostics (IVDs) Intended to Aid in the Diagnosis of Suspected Germline Diseases”，它为设计、开发和验证用于诊断疑似遗传病患者的NGS检测提供建议。指南明确了由美国FDA审查的上市前提交的内容，以确定测试的分析有效性，包括该测试对特定基因组变化存在与否的检测情况。 /p p 　　“在研究和临床环境中，采用NGS技术有助于识别无数新的遗传变异。然而，关于遗传变异的信息通常以不可公开访问的方式存储，”FDA设备和放射健康中心主任Jeff Shuren表示，“此次FDA发布的关于遗传变异数据库的最终指南将有助于改变这种模式，通过鼓励数据共享和在公共数据库中支持基因组检测的临床有效性的证据积累，从而为市场提供更有效的途径。” /p p 　　随着NGS技术的不断发展，FDA将致力于调整监管审查能力，并充分利用机构权力，以便尽可能有效地为患者提供创新和准确的测试技术。 /p

人类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学的研究团队开发了可用于百万级生物样本库的全基因组关联研究的分析工具，相关成果在《Nature Genetics》发表，题为：A generalized linear mixed model association tool for biobank-scale data。　　随着近年来十万级、甚至百万级大型生物样本库的出现，目前的GWAS分析工具已不能满足数据分析的需求。该研究团队开发了一款高效的广义线性混合模型，克服了传统分析工具耗时长等缺点，并且对硬件的要求较低。研究人员通过对包含两百万人的模拟样本进行分析，发现这种工具预算效率最高时可达已有技术的36倍。利用这种工具分析英国生物样本库中的2989个疾病相关性状也验证了其稳健高效的特征，研究人员已将所有的关联分析结果共享到在线数据平台上以供生物医学类研究参考。　　此项成果不仅为超大型生物样本库关联分析研究提供了有力工具，也为揭示人类复杂疾病遗传奥秘带来了新希望。　　注：此研究成果摘自《Nature Genetics》，文章内容不代表本网站观点和立场。 　　论文链接：　　https://www.nature.com/articles/s41588-021-00954-4

日前，由深圳华大基因研究院与西南大学合作的研究成果《40个基因组的重测序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因》在国际学术期刊《科学》上发表，这是两家单位自2003年以来在家蚕基因组研究领域取得的又一项重要成果。 　　据悉，这项研究共获得40个家蚕突变品系和中国野桑蚕的全基因组序列，是多细胞真核生物大规模重测序研究的首次报道，共获得632.5亿对碱基序列，覆盖了99.8%的基因组区域 绘制完成了世界上第一张基因组水平上的蚕类单碱基遗传变异图谱，是世界上首次报道的昆虫基因组变异图 从全基因组水平上揭示了家蚕的起源进化 发现了驯化对家蚕生物学影响的基因组印记。 　　华大基因的专家表示，桑蚕大规模基因组重测序和遗传变异图谱构建的完成，有助于从全基因组范围研究驯化和人工选择对家蚕生物学的影响，阐释家蚕及野桑蚕之间生物学差异的遗传基础。更为重要的是，与野桑蚕相比，家蚕具有更优良的经济性状，本研究所发现的全基因组选择印记，特别是那些受到强烈选择的具体基因，对家蚕重要优势经济性状相关基因克隆及其形成机理的研究至关重要。 　　在不到两个月的时间里，研究团队即完成了该项目的全部实验和测序工作。海量数据产出之后，深圳华大基因研究院自主搭建的超算中心及自主开发的生物信息软件发挥了重要作用，利用超大规模计算能力，研究团队完成了庞大的数据处理，迅速完成了数据分析和成果发表。而本次研究的40个代表性的家蚕和中国野桑蚕品系全部来自于西南大学蚕学与基因组学重点实验室。 　　团队负责人表示，该计划后续所有的目标都将集中在&ldquo 发现基因、研究基因和利用基因&rdquo 上，利用转基因技术制作的新型蚕品种和相关产品将于近期进入人们的视野。

2015年2月1日 讯 /生物谷BIOON/-- 美国国家儿童医院(Nationwide Children' s Hospital)的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件。 　　第一个人类基因组测序完成耗时大约13年，耗费30亿美元，而现在技术测序技术的发展，使得即使是很小的研究小组都可以在几天之内完成基因组测序。但是从测序产生的巨大的数据分析得出真正能用于研究或者临床的信息一直是一个挑战。而彼得· 怀特博士和他带领的团队针对这个问题，利用新颖的计算技术，开发了一个名为"丘吉尔"(Churchill)的计算管道，表示"丘吉尔"可以在短短90分钟内完成全基因组样品的有效分析。 　　"丘吉尔"自动输入原始序列资料，通过一系列密集复杂和计算，最终分析出有临床或者科研意义的的遗传变异体。这个过程中的每一步，"丘吉尔"都有优化，以显著减少分析时间，但不损害数据的完整性，该分析是100%的可重复性。"丘吉尔"采用的平行化(parallelization)的算法克服了染色体带来的平行化限制，极大提升了数据输入的平衡性和分析中数据重新组合，去分，再校准和基因型分型的执行性。通过检查在数据分析过程中的计算资源的利用，相比其他两种分析管道-HugeSeq和GATK-Queue只能分别利用46%和30%的数据资源，"丘吉尔"的利用率达到了92%，并在多个服务器非常有效地进行缩放。"丘吉尔"输出结果，在与其他计算管道比较，被证明具有最高99.7%的灵敏度 最高99.99%的精读和99.66%最高整体诊断效率。 　　这种效率和能力，证明"丘吉尔"或能够进行人口规模的基因组分析。为了证明"丘吉尔"的能力，怀特博士和他的团队成功地分析了千人基因组项目所产生的第一阶段的原始数据(千人基因组项目是以生成世界各地的多个群体人类遗传变异的公众目录为目的的国际合作项目)。利用亚马逊网络服务(AWS)的云计算资源，"丘吉尔"仅用七天便完成1088个全基因组样本的分析，并确定了数以百万计的新的遗传变异。 　　"丘吉尔"的发布是测序技术一个极大的进步。它极大降低测序分析的成本，突破了当今测序分析计算的瓶颈，特别为现在大人口规模的基因组学的研究提供便利。

p 　　随着基因组检测技术的迅猛发展，人们对疾病的认知提升到一个新的高度。对遗传物质的正确解读可为疾病的防治提供重要的信息，由此产生了一门新的学科——遗传咨询，新兴的金领职业“遗传咨询师”正在受到妇幼医生、儿科医生、生命科学院毕业生、分子诊断实验室、医院及第三方检验科室工作人员等群体的追捧。 /p p 　　基于遗传咨询巨大的临床需求，中国遗传学会遗传咨询分会第三届遗传咨询师培训班(初级班)于11月5日在美丽的广西南宁市(邕城)盛大开幕。这是中国遗传学会遗传咨询分会继上海和济南成功开班后，再次联合广西妇幼保健院和广西出生缺陷预防控制研究所，在南方地区继续扩大遗传咨询师队伍。 /p p 　　开幕式由广西妇幼保健院院长郑陈光主持。中国遗传学会遗传咨询分会主任委员贺林院士、委员陈少科、傅松滨、龚瑶琴、沈亦平、顾问马端、赵彦艳，秘书王磊、梁波出席了开幕式。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 450px HEIGHT: 281px" title=" 1.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201511/noimg/2cb9f120-22fc-441c-bce6-e04e40708aca.jpg" width=" 450" height=" 281" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 　　 strong 贺林院士致辞 /strong /p p 　　贺林院士首先在开幕致辞中对中国遗传学会遗传咨询分会第三届遗传咨询师培训班(初级班)成功开班表示祝贺，对广西妇幼保健院和广西出生缺陷预防控制研究所的支持表示感谢，对来自全国各地的培训学员表示欢迎，并向热忱投身于遗传咨询工作的同仁们表示敬意。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 450px HEIGHT: 281px" title=" 2.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201511/noimg/d1a91ca3-f9fd-4f6d-846a-a2c89a139c79.jpg" width=" 450" height=" 281" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 　　 strong 广西妇幼保健院院长郑陈光主持开幕式 /strong /p p 　　接着郑院长代表广西妇幼保健院向百忙之中抽空参与教学的专家、教授们表示感谢，向远道来到邕城(南宁市)参加培训的学员表示欢迎，并介绍了广西妇幼保健院遗传代谢中心实验室的相关情况，广西妇幼保健院遗传科目前主要从事产前筛查、产前诊断技术服务以及新生儿遗传代谢病筛查、诊治工作，接收来自全区各地医疗机构递送的标本进行检测，是广西首批获得新生儿疾病筛查中心许可、产前诊断技术机构许可的机构。 /p p 　　随后大会举行揭牌仪式，中国遗传学会遗传咨询分会授权广西妇幼保健为遗传咨询师培训机构，这是继山东大学辅助生殖医院之后授权的又一遗传咨询师培训机构。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 450px HEIGHT: 281px" title=" 3.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201511/noimg/418934c2-9e7b-4d52-aa40-70622868d345.jpg" width=" 450" height=" 281" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 　　 strong 揭牌仪式：贺林院士(左)和郑陈光院长(右) /strong /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 450px HEIGHT: 281px" title=" 4.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201511/noimg/362314af-782b-42cb-af73-39b553054904.jpg" width=" 450" height=" 281" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 　　 strong 参加揭牌仪式后培训班成员的合影留念 /strong /p p 　　此次培训班面向具有临床资质的临床医生 医学院或生命科学院本科毕业生 分子诊断实验室，医院及第三方检验科室初级职称者 从事相关专业的科研教学、临床检验、遗传诊断，遗传咨询工作经历2年以上者。课程分为遗传咨询基础理论、遗传咨询临床应用、遗传咨询检测技术和遗传咨询政策法规四个部分，历时7天，邀请到了多位国内一流的遗传及临床专家授课，包括贺林、傅松滨、高媛、龚瑶琴、顾学范、管敏鑫、贺光、黄尚志、李金明、李亦学、廖世秀、卢大儒、马端、秦胜营、沈亦平、孙树汉、唐北沙、王红艳、王慧君、邢清和、徐湘民、杨正林、尹爱华、袁慧军、赵彦艳等(按音序排列)在内的院士、长江学者、杰青、973首席及各领域临床遗传学专家。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 450px HEIGHT: 281px" title=" 5.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201511/noimg/5d9550a2-7f6f-4cbe-b599-928908f4ebee.jpg" width=" 450" height=" 281" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 　　 strong 贺林院士在做精彩报告 /strong /p p 　　揭牌仪式后，贺林院士以“遗传咨询的价值和意义 ”为题的做了精彩报告。 /p p 　　首先他介绍了中国遗传学会遗传咨询分会的组建和官网网址( a title=" " href=" http://www.cbgc.org.cn/" target=" _self" textvalue=" " http://www.cbgc.org.cn/ /a )，对比了中美遗传咨询师现状，总结了目前国内开展的遗传咨询课程，分析了中国遗传咨询走势与前景，强调现在形势急迫急需遗传咨询 /p p 　　随后，他分享了今年8月代表遗传咨询分会访问美国两大权威遗传咨询机构——美国遗传咨询师认证行会(ABGC)与美国遗传咨询认证委员会(ACGC)委员代表的经历，表示要向美国取经，合作共进，并同遗传咨询师培训机构建立了合作关系，因此此次培训班将会引进北美的教学资源，更大程度地同国际接轨。 /p p 　　最后，他再次阐述了他所倡导的新医学的概念，即“旧医学+(基因)组学+遗传咨询”。由于现有的医术水平很难看清疾病深层的问题，我国出生缺陷率居高不下，肿瘤、高血压、糖尿病等多种疾病发病率呈显著上升趋势。为了解决这一难题，世界启动了人类基因组计划，由此所带来了扑面而来的海量信息和数据。贺林院士呼吁业界同仁及全体学员把握新医学的机遇，利用遗传咨询这一强大的工具，将大数据与临床疾病特征有机结合，帮助人类更好地和病魔作斗争。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 450px HEIGHT: 281px" title=" 6.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201511/noimg/c9a304b9-4092-4ebd-8540-6fc185d0b996.jpg" width=" 450" height=" 281" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" 　　 strong 沈亦平教授在做报告 /strong /p p 　　第二个授课的是沈亦平教授，他是美国哈佛大学医学院病理系助理教授、美国波士顿儿童医院遗传诊断实验室、Claritas Genomics公司研发部主任。沈教授多年来从事遗传病基因诊断研究和实践，致力于为遗传病患者提供最佳的分子诊断和遗传咨询服务。作为美国医学遗传学专家委员会委员(FACMG)，他对美国遗传咨询的体系非常了解。他以美国遗传咨询模式及经验为主题，重点向学员讲解了遗传咨询的发展和定义、遗传咨询的操作内容，对象和原则，还有遗传咨询师的培养及需具备的素质，通过分析美国遗传咨询师的状况及资源，讨论如何开展中国的遗传咨询服务。 /p p 　　学员们通过本次培训，不仅可以获得最新的医学遗传学知识，掌握处理存在遗传病风险的患者及其家庭的医学策略，理解包括染色体疾病、单基因疾病、多基因疾病在内的分子机制，还能将理论知识应用于实践，更好地解决临床问题。 /p p 　　 strong 附：第三届遗传咨询师培训班(初级班)培训日程 /strong /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 500px HEIGHT: 794px" title=" 7.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201511/noimg/0086d71b-fce2-4657-a10c-f6cd99aaa11b.jpg" width=" 500" height=" 794" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 500px HEIGHT: 794px" title=" 8.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201511/noimg/73abf21f-a3b5-4bf7-a285-49a11af7282c.jpg" width=" 500" height=" 794" / /p p 　　 span style=" FONT-SIZE: 14px" 备注：日程仅供参考，具体以现场参加培训班安排日程为准。 /span /p