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AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件在GC/MS数据处理的初步应用(5)-数据处理的一些问题探讨 先回顾一下AMDIS的基本概念对于AMDIS有的网友可能比较熟悉，特别是农残，环境，有害物，香精香料等领域的朋友可能属于高级使用者。本人以初学者的身份初步介绍一下AMDIS。如有不妥，请批评指正。未经许可，不得转载，请谅解。一般来说，目标化合物的分析要求检测目标离子和确认离子的比例。然而，对于高基体背景的样品，大峰后面的痕量组分或流出时间很接近的成分，离子比例会受到基体的影响很难符合要求。为了确保分析结果可靠，一般采用背景扣除及手动积分。因此，对于复杂基体的样品数据处理，需要耗费大量的时间。为了提高分析效率，谱图可以利用一种称为“解卷积”的数学计算来将目标化合物从背景中分离出来。美国国家标准和技术院(NIST)开发了功能强大的解卷积软件，即自动质谱解卷积和鉴定系统(AMDIS)。下面简单介绍一下AMDIS：AMDIS软件由美国国家标准技术研究院（NIST）（National Institute of Standards andTechnology）提供。The Automatic MassSpectral Deconvolution and Identification System (AMDIS)自动质谱图解卷积和鉴定系统软件(AMDIS)让您从GC/MS数据文件自动找到目标化合物。软件先对GC/MS数据文件解卷积寻找所有分离组分。每一组分与目标化合物的谱库进行对比。如果以上的用户设定值，然后报告出目标图谱和解卷了组分的图谱的匹配因子。什么是解卷积（Deconvolution）?NIST AMDIS的定义:“这里所用的术语在广义上是指从一个复杂的混合物中提取信号。解卷积的过程包括处理噪音、校正漂移、从紧密相邻的共洗脱峰中提取出单个峰等。” (简单讲就是去复杂化)用下面的简图可以解释解卷积过程:在GC/MS 中，Deconvolution是一种数学技术，它可以将重叠的质谱图“分开”成为“清晰”的单个组分的谱图。图1 是这个过程的简单示意图。这里分别是总离子流色谱图(TIC)和质谱图。与常见的情况一样，这个色谱峰包含了多个重叠在一起的组分，而最高点质谱图实际上也是这些组分的组合图。质谱谱库检索只可能给出一个较差的匹配，而且不能识别所有构成这种组合谱图的单个化合物组分。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/11/201611302155_01_1615838_3.jpg图1 解卷积过程示意图左边是TIC上某一峰的质谱图。右边是经过解卷积处理后，让目标化合物从基质和干扰物分离出来。得到3张质谱图。很明显，这样干净而纯的质谱图非常有利于PBM质谱谱库检索或其它谱图检索解析工具。这样对共流出的度组分，大峰中小成分，基质掩盖的痕量组分分析度很有利。下面是Amdis的主界面。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/11/201611302155_02_1615838_3.jpg图2 Amdis主界面具体的使用运行请参考我以前的帖子。

对于AMDIS有的网友可能比较熟悉，特别是农残，环境，毒品，有害物，香精香料等领域的朋友可能属于高级使用者。本人以初学者的身份初步介绍一下AMDIS。如有不妥，请批评指正。未经许可，不得转载，请谅解。一般来说，目标化合物的分析要求检测目标离子和确认离子的比例。然而，对于高基体背景的样品，大峰后面的痕量组分或流出时间很接近的成分，离子比例会受到基体的影响很难符合要求。为了确保分析结果可靠，一般采用背景扣除及手动积分。因此，对于复杂基体的样品数据处理，需要耗费大量的时间。为了提高分析效率，谱图可以利用一种称为“解卷积”的数学计算来将目标化合物从背景中分离出来。美国国家标准和技术院(NIST)开发了功能强大的解卷积软件，即自动质谱解卷积和鉴定系统(AMDIS)。下面简单介绍一下AMDIS：AMDIS 软件由美国国家标准技术研究院（NIST）（National Institute of Standards and Technology）提供。The Automatic Mass Spectral Deconvolution and Identification System (AMDIS) 自动质谱图解卷积和鉴定系统软件(AMDIS)让您从GC/MS数据文件自动找到目标化合物。软件先对GC/MS数据文件解卷积寻找所有分离组分。每一组分与目标化合物的谱库进行对比。如果以上的用户设定值，然后报告出目标图谱和解卷了组分的图谱的匹配因子。什么是解卷积（Deconvolution）? NIST AMDIS的定义:“这里所用的术语在广义上是指从一个复杂的混合物中提取信号。 解卷积的过程包括处理噪音、校正漂移、从紧密相邻的共洗脱峰中提取出单个峰等。” (简单讲就是去复杂化)用下面的简图可以解释解卷积过程:在GC/MS 中，Deconvolution是一种数学技术，它可以将重叠的质谱图“分开”成为“清晰”的单个组分的谱图。图1 是这个过程的简单示意图。这里分别是总离子流色谱图(TIC)和质谱图。与常见的情况一样，这个色谱峰包含了多个重叠在一起的组分，而最高点质谱图实际上也是这些组分的组合图。质谱谱库检索只可能给出一个较差的匹配，而且不能识别所有构成这种组合谱图的单个化合物组分。[img]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2009/12/200912262207_192235_1615838_3.jpg[/img]左边是TIC上某一峰的质谱图。右边是经过解卷积处理后，让目标化合物从基质和干扰物分离出来。得到3张质谱图。很明显，这样干净而纯的质谱图非常有利于PBM质谱谱库检索或其它谱图检索解析工具。这样对共流出的度组分，大峰中小成分，基质掩盖的痕量组分分析度很有利。另外，AMDIS可以进行保留指数校正。如果能够将AMDIS和保留指数校正等方法结合起来，就可以得到更为准确或更多的检索信息。并能提高检索效率。

[color=#444444]如下图所示，三个样品的拉曼图。复合后的拉曼图谱峰位发生了变化，1,2,3处绿色框圈出来了。这些移动正常吗？移动的原因是什么？样品是晶体，结晶度很好。求助！有大神能帮我仔细分析一下更好了[/color][color=#444444][img=,690,531]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/07/201907191428559782_906_1676638_3.png!w690x531.jpg[/img][/color]

AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件在GC/MS数据处理的初步应用(7)- 手动解卷积（2）（ 本文只是一种探讨交流，可能有不足不妥之处，欢迎批评指正。未经同意，请勿转载。多谢合作！） 先回顾一下AMDIS的基本概念对于AMDIS有的网友可能比较熟悉，特别是农残，环境，有害物，香精香料等领域的朋友可能属于高级使用者。本人以初学者的身份初步介绍一下AMDIS。如有不妥，请批评指正。未经许可，不得转载，请谅解。一般来说，目标化合物的分析要求检测目标离子和确认离子的比例。然而，对于高基体背景的样品，大峰后面的痕量组分或流出时间很接近的成分，离子比例会受到基体的影响很难符合要求。为了确保分析结果可靠，一般采用背景扣除及手动积分。因此，对于复杂基体的样品数据处理，需要耗费大量的时间。为了提高分析效率，谱图可以利用一种称为“解卷积”的数学计算来将目标化合物从背景中分离出来。美国国家标准和技术院(NIST)开发了功能强大的解卷积软件，即自动质谱解卷积和鉴定系统(AMDIS)。下面简单介绍一下AMDIS：AMDIS 软件由美国国家标准技术研究院（NIST）（National Institute of Standards and Technology）提供。The Automatic Mass Spectral Deconvolutionand Identification System (AMDIS)自动质谱图解卷积和鉴定系统软件(AMDIS)让您从GC/MS数据文件自动找到目标化合物。软件先对GC/MS数据文件解卷积寻找所有分离组分。每一组分与目标化合物的谱库进行对比。如果以上的用户设定值，然后报告出目标图谱和解卷了组分的图谱的匹配因子。什么是解卷积（Deconvolution）?NIST AMDIS的定义:“这里所用的术语在广义上是指从一个复杂的混合物中提取信号。 解卷积的过程包括处理噪音、校正漂移、从紧密相邻的共洗脱峰中提取出单个峰等。” (简单讲就是去复杂化)用下面的简图可以解释解卷积过程:在GC/MS 中，Deconvolution是一种数学技术，它可以将重叠的质谱图“分开”成为“清晰”的单个组分的谱图。图1 是这个过程的简单示意图。这里分别是总离子流色谱图(TIC)和质谱图。与常见的情况一样，这个色谱峰包含了多个重叠在一起的组分，而最高点质谱图实际上也是这些组分的组合图。质谱谱库检索只可能给出一个较差的匹配，而且不能识别所有构成这种组合谱图的单个化合物组分。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/12/201612301125_01_1615838_3.jpg图1 解卷积过程的简单示意图其它相关内容请参考我以前的帖子。

AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件在GC/MS数据处理的初步应用(6)- 手动背景扣除 先回顾一下AMDIS的基本概念对于AMDIS有的网友可能比较熟悉，特别是农残，环境，有害物，香精香料等领域的朋友可能属于高级使用者。本人以初学者的身份初步介绍一下AMDIS。如有不妥，请批评指正。未经许可，不得转载，请谅解。一般来说，目标化合物的分析要求检测目标离子和确认离子的比例。然而，对于高基体背景的样品，大峰后面的痕量组分或流出时间很接近的成分，离子比例会受到基体的影响很难符合要求。为了确保分析结果可靠，一般采用背景扣除及手动积分。因此，对于复杂基体的样品数据处理，需要耗费大量的时间。为了提高分析效率，谱图可以利用一种称为“解卷积”的数学计算来将目标化合物从背景中分离出来。美国国家标准和技术院(NIST)开发了功能强大的解卷积软件，即自动质谱解卷积和鉴定系统(AMDIS)。下面简单介绍一下AMDIS：AMDIS软件由美国国家标准技术研究院（NIST）（National Institute ofStandards and Technology）提供。The Automatic Mass Spectral Deconvolutionand Identification System (AMDIS)自动质谱图解卷积和鉴定系统软件(AMDIS)让您从GC/MS数据文件自动找到目标化合物。软件先对GC/MS数据文件解卷积寻找所有分离组分。每一组分与目标化合物的谱库进行对比。如果以上的用户设定值，然后报告出目标图谱和解卷了组分的图谱的匹配因子。什么是解卷积（Deconvolution）?NIST AMDIS的定义:“这里所用的术语在广义上是指从一个复杂的混合物中提取信号。 解卷积的过程包括处理噪音、校正漂移、从紧密相邻的共洗脱峰中提取出单个峰等。” (简单讲就是去复杂化)用下面的简图可以解释解卷积过程:在GC/MS 中，Deconvolution是一种数学技术，它可以将重叠的质谱图“分开”成为“清晰”的单个组分的谱图。图1 是这个过程的简单示意图。这里分别是总离子流色谱图(TIC)和质谱图。与常见的情况一样，这个色谱峰包含了多个重叠在一起的组分，而最高点质谱图实际上也是这些组分的组合图。质谱谱库检索只可能给出一个较差的匹配，而且不能识别所有构成这种组合谱图的单个化合物组分。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2016/12/201612152312_01_1615838_3.jpg图1 解卷积过程的简单示意图其它相关内容请参考我以前的帖子。

3月19日，“天瑞仪器2012质谱仪系列新品媒体发布会”在北京新世纪日航饭店隆重召开，公开面向媒体，发布自主研发的的三款质谱仪产品：GC-MS 6800气相色谱-质谱联用仪、LC-MS 1000液相色谱质谱联用仪、ICP-MS 2000电感耦合等离子体质谱仪。天瑞质谱仪家族三款新品首次亮相，便引起了各大行业媒体聚焦。发布会于19日下午正式开始。来自仪器信息网、《分析化学》杂志、中国矿业报等30多家包括网站、杂志、报社等主流行业媒体的新闻记者、编辑参加了本次发布会。天瑞仪器董事长刘召贵博士、市场总监唐健、质谱项目负责人周立博士也来到发布会现场，与参会媒体沟通、交流。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2012/03/201203201428_356129_2090336_3.jpg媒体发布会现场发布会由市场总监唐健先生主持。他对现场各家行业媒体对天瑞仪器的长期关注和支持表示感谢。“今天，对于天瑞仪器公司来说，是意义深刻的一天。在社会各界的殷切关注和支持下，天瑞仪器历时长达五年多的潜心研发，终于成功推出了三款质谱仪系列新品。”http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2012/03/201203201430_356131_2090336_3.jpg市场总监唐健先生主持会议董事长刘召贵博士在致辞中，讲诉了决心启动质谱仪项目研发的缘由：“2008年的三聚氰胺事件震惊媒体，严重危害了儿童健康乃至生命。但当时，国内却没有一台能够有效检测三聚氰胺的质谱仪。我的心情可以用‘痛心疾首’来形容”。正是出于振兴民族仪器事业的拳拳热情，天瑞仪器坚定不移得启动了质谱仪项目研发。“经过5年的专研，天瑞质谱家族三款新品终于亮相，并将迎战市场的洗礼。”http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2012/03/201203201432_356133_2090336_3.jpg董事长刘召贵博士致辞接着，在现场媒体的见证下，天瑞仪器质谱项目负责人周立博士揭开了三款质谱仪新品的神秘面纱。长达一个半时的汇报中，周立博士从仪器原理、应用领域、产品技术指标、技术创新点、实际检测案例、研发团队建设等角度详细解读，全方位展示了GC-MS 6800、LC-MS 1000、ICP-MS 2000三款仪器。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2012/03/201203201433_356134_2090336_3.jpg质谱项目负责人周立博士作产品汇报发布会现场气氛热烈，整个提问环节持续了2个小时。针对研发动机、技术突破点、市场定位、营销推广、售后服务，现场媒体接踵提问，更多媒体则表达了对天瑞仪器质谱仪系列新品的祝福及期望。“天瑞仪器同时推出三款质谱仪，是国产分析仪器领域的一大突破。希望天瑞能再接再厉，走得更高更远！”《检验检疫科学》主编、资深分析应用专家周锦帆教授也来到了现场，并给予天瑞极高的评价。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2012/03/201203201433_356135_2090336_3.jpg现场媒体提问http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2012/03/201203201434_356136_2090336_3.jpg董事长刘召贵博士（中）、市场总监唐健（左）、质谱项目负责人周立博士（右）答媒体问

[img]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2008/12/200812211021_125466_1622447_3.jpg[/img]冬至为二十四节气中重要的节气之一，被称为“活节”。在冬至这一天，白天最短，黑夜最长。冬至过后，数九开始。白昼慢慢加长，而夜晚渐渐缩短，阳气慢慢回升。曾有“冬至大如年”的说法，这是一个节气循环的开始，是一个吉日。北方人的风俗是在冬至这天吃饺子。饺儿=胶耳，吃了饺子冻不掉耳朵，哈哈！今天你吃饺子了吗？ 什么陷的啊。。。。

（转载引用请注明出处）质谱计扫描速度是什么？ 这是安捷伦公司提供的一幅两种质谱检测结果表示方法的对照和说明：http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2017/10/2015033009161697_01_2991869_3.jpgQuadrupole DescriptionProfile versus spectrum scansIn the upper plot, a profile scan of an ion at m/z 109 is shown. In a typical benchtop mass spectrometer, abundance measurements are collected at 0.10 m/z increments as shown.When this data is presented in a mass spectrum, a single line is shown. The height and position are derived from the profile scan. Notice that in the plot of the spectrum, a single line is used to indicate that a single mass is present.译文： 四级杆简介 峰截面轮廓曲线图与与之相对应的各质谱图数据子集扫描 在上面的图中， 展示了对m/z 109离子的扫描结果。 在标准的台面型质谱计中， 丰度测得值是以0.1 0 m/z为单位步进收集的。 当这一数据集以质量谱图的形式表达时， 我们只能看到一根直线。 直线的高度和位置来自对峰截面轮廓线式扫描结果的解释。 注意在谱线式图形中， 只用了一根直线表示只存在一种质量数。 这段文字说明了什么意思呢？ 说明了一般所讲的质谱计扫描速度， 指的是“驱动不同质量离子的动力变化速度”。 什么东西能以“0.1m/z”为单位步进呢？ 击中探测器的离子数不行， 离子的质量数都大于1。 在高分辨质谱图中最少也是一点几几几， 在低分辨率质谱图中就是1（氢）、 2（氦）、 ... ... 、 12（碳）， 等等之类。 探测器也只会记录电脉冲数， 分不出来离子质量。 “机器的检测时间（莫专家语）”不行， 时间的单位是时、分、 秒、 毫秒（ms）、 纳秒（ns）等等之类。 只有使不同质量的离子分开的加在四级杆和离子阱上的电压可以。 电压是可以“步进”并被精准记录的， 可电压的单位是伏特（V）， 那么， 只有将可以只驱动0.1m/z质量的微粒进入四极杆飞向探测器， 或者只可以将0.1m/z质量的微粒驱出离子阱飞向探测器的电压伏特数， 在质谱计中可能是“纳伏数”， 计算转换表达为m/z值， 就有了“以0.1 0m/z为单位步进收集”的“丰度测得值”。 为什么上面的“峰截面轮廓线图”会变成下面的“直线图”呢？ 这是因为在电压以0.1m/z步进到到109m/z之前， 因为没有107.99、108.00、 108.10、 108.20的离子， 高分辨力质谱计的高灵敏探测器能测到108.***的离子和109.***的离子， 低分辨力质谱计的探测器啥也测不到， 所以这时没有“丰度”被探测器收集到； 在109m/z之后， 同样没有109.10、 109.20、 ... ...、 110.00、110.10之类的离子， 探测器又啥都收集不到了， 只有在电压步进到109.00m/z时， 探测器才能收集到m/z 109的离子， 在低分辨力质谱计中将109.00左边的108.5**以上的离子和右边的109.500以下的离子（大致是这样吧）统统归入这个m/z109离子的计数值（丰度）， 再将其与质量数对应起来， 就是下面的“直线图”或曰“柱状图”。 我们知道， 质谱计的探测器只能记录电脉冲数，1amu的氢离子是一个脉冲， 几千amu的蛋白质分子也是一个电脉冲， 如果只从探测器的结果记录， 则只有时间-电脉冲数记录， 而这些电脉冲是多大质量的离子产生的， 则无法分辨。 那么只有让一种质量的离子在一个时间段到达探测器， 才能分辨出来时间序列上的每组计数的离子质量（m/z值）。 用什么办法使不同质量的离子在一个时间段有序到达探测器呢， 只有改变施加在四级杆和离子阱上的控制电压， 射频（RF）或者直流（DC）， 才能做到， 而电压的变化是能被仪器精确记录的， 精确记录的电压与粒子质量是精确对应的， 所以就可以将由小到大变化的， 驱动质量由小大的离子顺序飞向探测器的电压变化速度表达为单位时间内质量数的变化率， 也就是质谱计的以amu/秒为单位的“扫描速度”， 质谱计的5600amu/sec的扫描速度的意思， 就是仪器可以在一秒钟之内顺序将质量数从1amu到5600amu的离子顺序驱离出阱或者分质量过杆， 只是这个扫描速度是驱动离子分质量“过杆”或者“弹出离子阱”的电压变化速度， 不是探测器实际测到的脉冲数。 安捷伦公司的文章作者和译员喜欢将“驱动离子出阱”写成“扫描离子出阱”， 在这里， 我不愿意用“scan”这个词。