削足适履

[img]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2005/02/200502021045_1925_1844026_3.gif[/img]有人把婚姻比作一双鞋，实在贴切不过，可是下一句，我通常很反感：合不合适，只有脚知道。这成了大部分的人，抱怨婚姻中彼此貌合神离的说辞，其实真正不合适的，是婚姻那双鞋吗？——不合适的只是你的脚！这世间从来没有一双鞋天生适合你的脚，你前脚板多宽，后脚跟多窄，脚背脚掌多高多长，没有那双鞋是为你特意定做的。何况婚姻，远比一双鞋要复杂的多。鞋子太小太紧了，你会觉得脚不自由，太多束缚，鞋子太松了，你会觉得跑步无法跑快，松松垮垮，无法让你在人生路上疾行。等到大小合适，你又会觉得没有弹性——为什么我散步的时候，它不能松一点，跑步的时候，它不能紧一些呢？就像婚姻，你渴望激情的时候，你希望另一半浪漫多情、风度翩翩，而当你激情退却，想过平稳日子的时候，你又想他/她老老实实，不要在外风光无限、招蜂惹蝶。你厌倦岁月平淡的时候，想对方活泼大方、乐观天真，而你害怕生活颠簸的时候，你又想对方成熟稳重、精打细算。可是你到那里去找那么一双绝配的鞋，又去那里寻那一份完美的婚姻？固然有些人眼力太差，连自己的脚大概需要什么样的鞋都不知道，固然有些人心智太弱，连自己能和什么样的人一起生活都不知道。可是大部分的鞋，大部分的人，何尝需要那么多波折去退货、离婚。婚姻是一双鞋，你自己精心选的，就是最适合你脚的那一双。永远不要去羡慕别人的鞋更漂亮、更轻快、更踏实、更合脚。因为世间本没有一双鞋是为你的脚量体定做的，也没有一场婚姻是为你的个性天然注定的。鞋子穿久了，脚就适合了鞋子，鞋子就适合了脚，两个人相处久了，他便适合了你，你便适合了他。不能圆满时，削足适履便成了一种精神，固然你可以一再而再的去选择脚上的鞋，把不适合你的鞋扔的远远的，可是你能把辛辛苦苦建立起来的家庭和爱情，也弃之如蔽履吗？很多人，在恋爱的时候，觉得自己可以为对方付出一切，可是婚后却不能为对方有一点点改变。削足之痛固然锥心，可是荆棘的人生路上，没有一双呵护、保护你的脚，又是何其狼狈呢！何况你又怎知你削去的不是第六个脚趾，不是多余的赘肉呢！ 婚姻是一双鞋，一双你一开始就应该认真选择好的最适合你的鞋。当它没有你想象的完美时，找找自己脚的原因。不要一味抱怨它为什么不去适合你，如果实在难以磨合，削足适履，是婚姻中一种崇高的境界。 [img]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2005/02/200502021045_1926_1844026_3.gif[/img]

欢迎大家一起交流讨论~代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，是系统生物学的重要组成部分。基因组学和蛋白质组学分别从和蛋白质层面探寻生命的活动，而实际上细胞内许多生命活动是与代谢物相关的，如细胞信号（cell signaling），能量传递等都是受代谢物调控的。代谢组学正是研究代谢组（metabolome）——在某一时刻细胞内所有代谢物的集合——的一门学科。基因与蛋白质的表达紧密相连，而代谢物则更多地反映了细胞所处的环境，这又与细胞的营养状态，药物和环境污染物的作用，以及其它外界因素的影响密切相关。因此有人认为，基因组学和蛋白质组学能够说明可能发生的事件，而代谢组学则反映确实已经发生了的事情。新陈代谢网络是十分复杂的网络，特别是人体的代谢网络，一直被认为是最复杂的代谢网络。现在多数信号通路的研究都是集中在代谢网络的一个很小的领域。基因组学、蛋白组学研究已经揭示了部分调节通路，但是和代谢网络直接相关的是代谢产物。但是从茫茫多的代谢产物中选取研究对象，无疑是大海捞针。代谢组学研究通过一定的手段能够帮助研究员从代谢产物海中跳出来，提供一个“航拍”的视角，一目了然地发现差异性代谢产物。然后通过已知的代谢通路逆推找出调节酶和基因，完成疾病发病机制、药物治疗机制等方面的研究。代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物（MW1000）。其样品主要是尿液，血浆或血清，唾液，以及细胞和组织的提取液。主要技术手段是核磁共振（NMR ），液-质联用（LC-MS），气-质联用（GC-MS），色谱（HPLC，GC）等。通过检测一系列样品的谱图，再结合化学模式识别方法，可以判断出生物体的病理生理状态，基因的功能，药物的毒性和药效等，并有可能找出与之相关的生物标志物（biomarker）。代谢组学在新药的安全性评价，毒理学，生理学，重大疾病的早期诊断，个性化治疗，功能基因组学，中医药现代化，环境评价，营养学等科学领域中都有着极其广泛和重要的应用前景，是一门充满朝气的学科。 从近年来发表的相关SCI论文的数量可以看出代谢组学研究呈一个蓬勃发展的局面。从近年来国家拨付的相关研究基金也可以看出国家对代谢组学相关研究的重视。

代谢组学研究代谢组学(metabonomics／metabolomics)是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。基因组学和蛋白质组学分别从基因和蛋白质层面探寻生命的活动，而实际上细胞内许多生命活动是发生在代谢物层面的，如细胞信号释放（cell signaling），能量传递，细胞间通信等都是受代谢物调控的。代谢组学正是研究代谢组（metabolome）——在某一时刻细胞内所有代谢物的集合——的一门学科。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。化学分析技术中最常用的是^1H核磁共振(^1HNMR)以及色谱(毛细管电泳)-质谱联用(X—MS)。代谢组学属于全局系统生物学（Global systems biology）研究方法，便于对复杂体系的整体进行认识．譬如，一个正常工作的人体包括“人体”本身和与之共同进化而来且共生的消化道微生物群体（或称菌群），孤立地研究“人体”本身的基因，转录子以及蛋白质当然可以为人们认识人体生物学提供重要信息，但无法提供使人体正常工作不可缺少的菌群的信息．人体血液和尿液的代谢组却携带着包括菌群在内的每一个细胞的信息，因此代谢组学方法对研究如人体这样复杂的进化杂合体十分有效．早在20世纪60年代，代谢物组学的核心技术——核磁共振技术（NMR），就已经被应用到代谢研究中。但直到20世纪90年代，随着模式识别分析技术的发展，代谢谱的定量分析才得以实现，并应用于药物和基因功能的研究。利用代谢物组学研究药物对整体的作用主要依赖于多参数检测外源物质攻击所导致的机体新陈代谢改变。这种方法也适合研究基因突变和转基因所产生的代谢改变以及疾病诊断和疗效评价。在药物发现阶段，它可以进行体内毒性研究、先导药物的筛选和目标化合物的优化及体内动物模型的药效筛选。在药物开发阶段，它可以在临床前安全性评价方面进行生物标志物的发现和毒性机制的研究，从而可有效地利用动物模型研究人类疾病的治疗，发现与临床安全性和有效性有关的生物标志物。代谢组学已经广泛地应用到了包括药物研发，分子生理学，分子病理学，基因功能组学，营养学，环境科学等重要领域．在代谢组学诞生的过去6年里，有关代谢组学的研究论文和专利以指数的形式逐年增长．可以预见，这门新兴学科将应用到更为广泛的领域．

蛋白组学和质谱组学的区别

随着代谢组学在医药生物各领域中的发展，[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]-质谱联用技术（GC/MS）成为组学分析平台中最为常见的技术手段之一。对于生物样本（如尿、血、组织、唾液以及细胞等）中氨基酸、有机酸、多糖、胆固醇、维生素、酰胺、多胺、多醇、脂肪酸、激素、核苷酸、磷酸酯、多肽等小分子代谢物而言，GC/MS具有灵敏度高、分辨率强、重现性好以及高通量的优点。在代谢组学的分析策略中，不同类型的样品通过不同的提取方法和衍生反应方法获得相应的GC/MS总离子流色谱图，然后经过数学转化得到不同生理或病理状态下的机体的代谢谱，并建立数学模型，获得体内内源性代谢物的变量，再利用MS中强大的谱库检索系统或谱图解析功能进行分析，最后解释这些代谢物变化的生物学意义。早在1971年GC/MS就被临床用于检测一些特征性标志的代谢物以诊断疾病，例如尿中胆固醇和有机酸代谢物的变化。1978年，Gates和Sweeley等曾采用代谢谱分析技术对临床患者血和尿等样品中化合物进行定性和定量分析。2000年，Fiehn研究小组采用GC/MS方法对模型植物拟南芥的叶子提取物进行了植物代谢网络的研究。此后，代谢物靶标分析、代谢轮廓（谱）分析代谢指纹分析、代谢组学研究已经逐渐地被广泛应用于生物样本的药物安全性评估、疾病机制分析和生物标志物探索，并且对于机体受到外界环境刺激或扰动后其代谢产物产生的动态响应提供了一种全面的理解。比如以血清为研究对象，基于GC/MS分析技术的代谢轮廓谱观察到尿毒症患者与正常人代谢物中氨基酸（缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸）和脂肪酸（肉豆蔻酸、亚油酸）的异常变化，且被测物质灵敏度、稳定性非常好。同时与临床生化指标一致。同样，在中药雷公藤的毒性学研究时，根据GC/MS分析给药前后不同时间点的老鼠尿样结果，对中药安全性及多靶点作用的机制研究提供了新的思路。今年，GC/TOF-MS和GC×GC/TOF-MS技术中TOF-MS的快速扫描和强大的反卷积功能为生物样本的分析提供了高分辨率和高灵敏度的保证，也逐渐被用于代谢组学中尿、血、组织的研究，如Underwood等采用GC/TOF-MS研究Huntington疾病患者与转基因老鼠模型的血清代谢轮廓谱，并讨论其发病机制。与单维色谱相比，两维的色谱信息更全面更广泛，族分离效应、分辨率和灵敏度明显提高，且相应时间缩短，得到的光谱纯度大大改善。Welthagen等应用GC×GC/TOF-MS技术探究NZO肥胖鼠与C57BL/6鼠组织提取物中的代谢物变化，研究结果表明配置四级杆质量分析器的MS对样品的分析一次仅获得五六百个色谱峰，而TOF-MS却能检测到一千多个色谱峰，从而反映GC×GC/TOF-MS的快速扫描和信息采集对于复杂体系的全组分分析具有重要的意义，对于未来生物样品的代谢组学研究提供了技术上的保证。随着生命科学的发展，分析样品越来越复杂，分子量范围也越来越大，[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]-串联质谱技术如离子阱质谱联用仪具有MSn多级质谱功能，作为分析混合物和分子结构鉴定的重要手段，也逐渐成为当今医学和生物分析等领域研究的热点之一。目前，代谢组学技术正日益受到科研工作者的关注，特别是GC/MS技术的不断革新，有助于人们更好地理解机体内复杂的代谢网络以及生命活动规律

我正在研究代谢组学在生物样本（血尿）中的应用。有没有人做过这方面的研究，可以提供一点思路？我所用的仪器是UPLC-Q-ToF.我已经做过一些关于尿液的预试验，用仪器自带的PCA分析软件没发现什么有意义的结果。另外，尿液的前处理也很简单，就是过了一下滤膜，用的是C18的色谱柱

基因组(genome)包含的遗传信息经转录产生mRNA，一个细胞在特定生理或病理状态下表达的所有种类的mRNA称为转录子组(transcriptome)。很显然，不同细胞在不同生理或病理状态下转录子组包含的mRNA的种类不尽相同。mRNA经翻译产生蛋白质，一个细胞在特定生理或病理状态下表达的所有种类的蛋白质称为蛋白质组(proteome)。同理，不同细胞在不同生理或病理状态下所表达的蛋白质的种类也不尽相同。蛋白质是基因功能的实施者，因此对蛋白质结构，定位和蛋白质-蛋白质相互作用的研究将为阐明生命现象的本质提供直接的基础。生命科学是实验科学，因此生命科学的发展极大地依赖于实验技术的发展。以DNA序列分析技术为核心的基因组研究技术推动了基因组研究的日新月异，而以基因芯片技术为代表的基因表达研究技术为科学家了解基因表达规律立下汗马功劳。在蛋白质组研究中，二维电泳和质谱技术的黄金组合又为科学家掌握蛋白质表达规律再铸辉煌。蛋白质组学(proteomics)就是指研究蛋白质组的技术及这些研究得到的结果。蛋白质组学的研究试图比较细胞在不同生理或病理条件下蛋白质表达的异同，对相关蛋白质进行分类和鉴定。更重要的是蛋白质组学的研究要分析蛋白质间相互作用和蛋白质的功能。蛋白质组学的研究内容包括：1.蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合Western等技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。2.翻译后修饰：很多mRNA表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化，糖基化，酶原激活等。翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，因此对蛋白质翻译后修饰的研究对阐明蛋白质的功能具有重要作用。3.蛋白质功能确定：如分析酶活性和确定酶底物，细胞因子的生物分析/配基-受体结合分析。可以利用基因敲除和反义技术分析基因表达产物-蛋白质的功能。另外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解。Clontech的荧光蛋白表达系统就是研究蛋白质在细胞内定位的一个很好的工具。4.对人类而言，蛋白质组学的研究最终要服务于人类的健康，主要指促进分子医学的发展。如寻找药物的靶分子。很多药物本身就是蛋白质，而很多药物的靶分子也是蛋白质。药物也可以干预蛋白质-蛋白质相互作用。在基础医学和疾病机理研究中，了解人不同发育、生长期和不同生理、病理条件下及不同细胞类型的基因表达的特点具有特别重要的意义。这些研究可能找到直接与特定生理或病理状态相关的分子，进一步为设计作用于特定靶分子的药物奠定基础。不同发育、生长期和不同生理、病理条件下不同的细胞类型的基因表达是不一致的，因此对蛋白质表达的研究应该精确到细胞甚至亚细胞水平。可以利用免疫组织化学技术达到这个目的，但该技术的致命缺点是通量低。LCM技术可以精确地从组织切片中取出研究者感兴趣的细胞类型，因此LCM技术实际上是一种原位技术。取出的细胞用于蛋白质样品的制备，结合抗体芯片或二维电泳-质谱的技术路线，可以对蛋白质的表达进行原位的高通量的研究。很多研究采用匀浆组织制备蛋白质样品的技术路线，其研究结论值得怀疑，因为组织匀浆后不同细胞类型的蛋白质混杂在一起，最后得到的研究数据根本无法解释蛋白质在每类细胞中的表达情况。虽然培养细胞可以得到单一类型细胞，但体外培养的细胞很难模拟体内细胞的环境，因此这样研究得出的结论也很难用于解释在体实际情况。因此在研究中首先应该将不同细胞类型分离，分离出来的不同类型细胞可以用于基因表达研究，包括mRNA和蛋白质的表达。LCM技术获得的细胞可以用于蛋白质样品的制备。可以根据需要制备总蛋白，或膜蛋白，或核蛋白等，也可以富集糖蛋白，或通过去除白蛋白来减少蛋白质类型的复杂程度。相关试剂盒均有厂商提供。蛋白质样品中的不同类型的蛋白质可以通过二维电泳进行分离。二维电泳可以将不同种类的蛋白质按照等电点和分子量差异进行高分辨率的分离。成功的二维电泳可以将2000到3000种蛋白质进行分离。电泳后对胶进行高灵敏度的染色如银染和荧光染色。如果是比较两种样品之间蛋白质表达的异同，可以在同样条件下分别制备二者的蛋白质样品，然后在同样条件下进行二维电泳，染色后比较两块胶。也可以将二者的蛋白质样品分别用不同的荧光染料标记，然后两种蛋白质样品在一块胶上进行二维电泳的分离，最后通过荧光扫描技术分析结果。胶染色后可以利用凝胶图象分析系统成像，然后通过分析软件对蛋白质点进行定量分析，并且对感兴趣的蛋白质点进行定位。通过专门的蛋白质点切割系统，可以将蛋白质点所在的胶区域进行精确切割。接着对胶中蛋白质进行酶切消化，酶切后的消化物经脱盐/浓缩处理后就可以通过点样系统将蛋白质点样到特定的材料的表面（MALDI-TOF）。最后这些蛋白质就可以在质谱系统中进行分析，从而得到蛋白质的定性数据;这些数据可以用于构建数据库或和已有的数据库进行比较分析。实际上像人类的血浆，尿液，脑脊液，乳腺，心脏，膀胱癌和磷状细胞癌及多种病原微生物的蛋白质样品的二维电泳数据库已经建立起来，研究者可以登录www.expasy.ch/www/tools.html等网站进行查询，并和自己的同类研究进行对比分析。Genomic Solution可以为研究者提供除质谱外的所有蛋白质组学研究工具，包括二维电泳系统，成像系统及分析软件，胶切割系统，蛋白质消化浓缩工作站，点样工作站等；同时还可以提供相关试剂和消耗品。LCM-二维电泳-质谱的技术路线是典型的一条蛋白质组学研究的技术路线，除此以外，LCM-抗体芯片也是一条重要的蛋白质组学研究的技术路线。即通过LCM技术获得感兴趣的细胞类型，制备细胞蛋白质样品，蛋白质经荧光染料标记后和抗体芯片杂交，从而可以比较两种样品蛋白质表达的异同。Clontech最近开发了一张抗体芯片，可以对378种膜蛋白和胞浆蛋白进行分析。该芯片同时配合了抗体芯片的全部操作过程的重要试剂，包括蛋白质制备试剂，蛋白质的荧光染料标记试剂，标记体系的纯化试剂，杂交试剂等。对于蛋白质相互作用的研究，酵母双杂交和噬菌体展示技术无疑是很好的研究方法。Clontech开发的酵母双杂交系统和NEB公司开发的噬菌体展示技术可供研究者选用。关于蛋白质组的研究，也可以将蛋白质组的部分或全部种类的蛋白质制作成蛋白质芯片，这样的蛋白质芯片可以用于蛋白质相互作用研究，蛋白表达研究和小分子蛋白结合研究。Science，Vol.293，Issue 5537，2101-2105，September 14，2001发表了一篇关于酵母蛋白质组芯片的论文。该文主要研究内容为：将酵母的5800个ORF表达成蛋白质并进行纯化点样制作芯片，然后用该芯片筛选钙调素和磷脂分子的相互作用分子。最后有必要指出的是，传统的蛋白质研究注重研究单一蛋白质，而蛋白质组学注重研究参与特定生理或病理状态的所有的蛋白质种类及其与周围环境(分子)的关系。因此蛋白质组学的研究通常是高通量的。适应这个要求，蛋白质组学相关研究工具通常都是高度自动化的系统，通量高而速度快，配合相应分析软件和数据库，研究者可以在最短的时间内处理最多的数据。

http://img3.17img.cn/bbs/upfile/images/20100518/201005181701392921.gifiCMS2014 质谱网络会议——蛋白质组学/代谢组学专场会议时间：2014年11月20日 09:30—17:00【简介】 仪器信息网将于2014年11月18-21日举办"第五届质谱网络会议（iConference on Mass Spectrometry，iCMS2014）"，本届会议将与中国化学会质谱分析专业委员会合作举办，旨在通过网络会议平台给国内质谱科学家提供一个全新的沟通交流平台，提高质谱科学研究和应用水平。 本届网络会议为期四天，将开设质谱新技术专场、地质能源专场、药物分析专场(上)、药物分析专场(下)、蛋白质组学/代谢组学专场(上)、蛋白质组学/代谢组学专场(下)、环境专场、食品专场共8个主题，每个主题为1个分会场，时长为半天或一天，大会将提醒近30名著名质谱专家就不同的主题做精彩的报告并同期与大家进行交流。成功报名并准时参会的用户均可获得一份iCMS历届会议的精选光盘（2张），并有机会获赠100元手机充值卡和Kindle Paperwhite电子书阅读器（4GB）。 iCMS2014—蛋白质组学/代谢组学专场(上)1）蛋白质泛素化的定量蛋白质组学研究——李衍常 博士 北京蛋白质组研究中心2）Protein complex research approach based on protein immunoprecipitation in coupling with mass spectroemtry （基于蛋白免疫沉淀－质谱分析的蛋白质复合物研究） ——胡克平 教授 中国医学科学院药用植物研究所报名地址：http://www.instrument.com.cn/webinar/meeting/meetingInsidePage/1078 iCMS2014—蛋白质组学/代谢组学专场(下)1）细胞间信号传导的蛋白质组学方法探究——田瑞军 南方科技大学化学系2）Ion Mobility Derived Collision Cross Sections to Support Metabolomics and Lipidomics——Giuseppe Astarita Georgetown University Washington D.C. U.S.A.3）基于GC/Tof的代谢组学技术在基础及临床医学研究中的应用——王晓艳 上海交通大学系统生物医学研究院报名地址：http://www.instrument.com.cn/webinar/meeting/meetingInsidePage/1079-------------------------------------------------------------------------------1、报名条件：只要您是仪器网注册用户均可报名参加。2、报名及参会咨询：QQ群—231246773

1．前言 随着科学与技术的发展，新药研发的速度正在日益加快，使得新药安全性评价工作的压力也变得越来越大。在新药研究开发过程中，因为安全性问题而被淘汰的候选药物占相当大的比例。一旦潜在的药物分子通过了初步的生物学筛选过程，就应该尽量减少这些候选药物分子在产品研发过程中的流失，以免造成巨大的资金和时间的浪费。因此，人们努力寻找新的分析方法，以便从功效和安全性两方面使得先导化合物的筛选更有效，从而尽可能地减少这种浪费。目前的生物分析手段主要利用基因组和蛋白质组方法，分别从基因水平和细胞蛋白质表达水平上测量生物体系对药物的反应。这两种方法都较昂贵，且劳动强度较大，然而却可能是研究在不同水平上对生物异源物质的生物应答的有力工具。但是，基因组学和蛋白质组学都不能提供可以了解生物体中整体细胞功能的信息，因为两者都忽略了整体器官中动态的代谢状态。因此，Nicholson等人提出了一种基于核磁共振的新方法，叫做metabonomics，我们暂且称之为代谢组学，以便与由代谢物组（metabolome）衍生而来的metabolomics相区别。Metabolomics研究的是一个细胞或细胞类型中所有的小分子成分，而metabonomics则是通过分析生物体液和组织来对完整的生物体（而不是单个细胞）中随时间改变的代谢物进行检测、确定、定量和分类；然后将这些***代谢轨迹与病生理过程中的生物学事件关联起。从药物研究和毒理学评价的角度来看，基因组学方法是观察给药后基因表达的改变，主要采用基因芯片技术。然而，基因调节/表达与系统的整体功能之间的关系在目前还很不清楚，主要是因为决大部分DNA是非编码的，而编码蛋白质的基因不能孤立地发挥作用，而是需要与其邻近的基因和非编码DNA一起才能发挥其功能。正式由于这个原因，人们才发展了蛋白质组学。蛋白质组学方法可以对由给药或其它病生理过程引起的细胞蛋白质组成变化进行半定量的测量。蛋白质组方法所采用的技术主要包括双向凝胶电泳和质谱技术。与基因组方法相比，蛋白质组方法较慢，且劳动强度较大。需要强调的是，虽然这些方法能够在很大程度上揭示毒理学机理，并且给出与疾病相关的新的生物标记物，却很难将这些发现与经典的毒理学指标相关联。原因很简单，因为目前的技术和方法不能对给药后反应的整个进程进行测量，也不能对生物整体的应答进行测量。因此需要发展一种新的方法来实时给出多器官生物整体的在体信息。基于NMR的代谢组学（metabonomics）方法可以满足这样的要求。2．Metabonomics在药物毒理学研究中的应用 代谢组学的目的是要扩展和补充由基因组学和蛋白质组学方法得到的对生物异源物质应答的信息。其任务是定量测量生物体对病生理刺激或基因改变的动态多参数代谢反应，是研究药物毒性和基因功能的技术平台。这个概念是根据Nicholson小组近二十年来利用1H NMR技术研究生物体液、细胞和组织中多组分代谢组成的工作而提出的。在这些研究中，还利用了模式识别，专家系统和相关的生物信息学工具。在许多情况下，药物通过与遗传物质直接作用而产生毒性，或通过诱导系统合成与药物代谢有关的酶，从而产生有毒的产物。在这种情况下，用基因组和蛋白质组学方法来评价毒性是有用的。然而，在生物异源物质有可能只在药理学水平上产生作用，因而可能不会影响基因的调节和表达。再者，显著的毒理学效应可能与基因的改变和蛋白质的合成完全不相关。因此，在许多情况下，从基因组和蛋白质组角度考虑到的反应可能不能预测药物毒性。但是，所有的由药物引起的病生理紊乱都会由于直接的化学反应，或通过与控制代谢的酶或核酸相结合而引起内源生化物质在比例、浓度、代谢通量等方面的失调。如果这种变化足够大的话，就会影响整个生物体的功能。生物体液中的代谢物是与细胞和组织中的代谢物处于动态平衡，因此，生物体中由于中毒或代谢损害而引起的细胞功能异常一定会反映在生物体液成分的变化中。要检测血浆、尿液、胆汁等生物基质中的一些具有特殊意义的微量物质，选择合适的分析方法致关重要。高分辨1H NMR波谱就非常适合用来检测生物体液中的成分异常，因为该方法可以同时对所有的代谢物进行定量分析，而且不需要样品前期准备，对任何成分一样灵敏。虽然也可以采用如质谱等其它方法，但对不同成分离子化程度的差别会影响定量和检测的可靠性。NMR方法还可以有效地用来从组织萃取物或细胞悬液中找出异常的代谢物。还可以利用高分辨魔角旋转（HR-MAS）探头来检测完整组织中的代谢物组成。由1H NMR谱检测到的生物体液中的内源性代谢物模式完全依赖于动物体内的毒素的类型。每一种类型的毒物都会在生物体液中产生特征的内源代谢物浓度和模式变化，这种特征给我们提供了毒性作用的机理和毒性位置的信息。右图所示为一系列尿样的1H NMR谱图，是大鼠经不同的毒物处理后得到的。每一张谱图只需几分钟的时间，是非常有效的。可以看出，不同毒素引起的代谢物变化是有特征性的。因为几乎所有的代谢物都有其特征的NMR谱，因而可以作为毒物引起的代谢变化的指纹图谱。利用NMR方法，人们已经成功地发现了许多新的器官特异相关毒性的代谢标记物。作为分析生物化学技术，NMR正是在这种探索性的工作上具有优势。

植物代谢组学与动物代谢组学用CD软件处理谱图方法一样吗？

人类基因组计划的顺利实施，使生命科学研究的重心正逐渐转到生物功能的整体研究。基因组学由于自身的局限性，它不能回答诸如：蛋白质的表达水平和表达时间，翻译后修饰以及蛋白质与蛋白质或与其他生物分子的相互作用等问题。作为基因研究的重要补充，蛋白质组学在蛋白质的水平上定量的、动态的、整体的研究生物体。蛋白质组(Proteome)概念是最早是由澳大利亚学者Wilkins和Williams于1994年提出的，即基因所能表达的全部蛋白质，更为清楚的表达是细胞或组织或机体在特定时间和空间上表达的所有蛋白质。具体说它是对不同时间和空间上发挥功能的特定的蛋白质组群进行研究，进而在蛋白质的水平上探索其作模式、功能机理、调节调控以及蛋白质组群内的相互作用，从而为临床诊断、病理研究、药物筛选、新药开发、新陈代谢途径研究等提供理论依据和基础。 详情请见：[url=http://www.instrument.com.cn/hot/HA_56.htm]热点应用：蛋白质组学研究[/url]

人类基因组计划的顺利实施，使生命科学研究的重心正逐渐转到生物功能的整体研究。基因组学由于自身的局限性，它不能回答诸如：蛋白质的表达水平和表达时间，翻译后修饰以及蛋白质与蛋白质或与其他生物分子的相互作用等问题。作为基因研究的重要补充，蛋白质组学在蛋白质的水平上定量的、动态的、整体的研究生物体。蛋白质组(Proteome)概念是最早是由澳大利亚学者Wilkins和Williams于1994年提出的，即基因所能表达的全部蛋白质，更为清楚的表达是细胞或组织或机体在特定时间和空间上表达的所有蛋白质。具体说它是对不同时间和空间上发挥功能的特定的蛋白质组群进行研究，进而在蛋白质的水平上探索其作模式、功能机理、调节调控以及蛋白质组群内的相互作用，从而为临床诊断、病理研究、药物筛选、新药开发、新陈代谢途径研究等提供理论依据和基础。 详情请见：[url=http://www.instrument.com.cn/hot/HA_56.htm]热点应用：蛋白质组学研究[/url]

我们单位要做蛋白组学，可是自己又是新手，最近一直在联系几个公司想买一台[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]LC-MS[/color][/url], 但是又不知道哪个厂家的最合适。现在可以供考虑的就是：1）Thermo-fisher （和finnigan是不是一家啊？）2) varian3) waters4) agilent5) shimadzu其实如果不考虑品牌，不考虑预算，主要想知道哪一种mass analyser（或者串联的）最适合于做蛋白组学（定性，定量），哪位大虾知道的话告诉我吧。还有就是：obitrap这种mass analyser的应用主要在哪些方面呢？好像是比较新的技术，成熟么？谢谢了

药物基因组学是上世纪九十年代末发展起来，基于药理学和基因组学，将传统的药物科学与基因、蛋白、单核苷酸多态性等知识结合起来的一门科学。正因为药物基因组学是研究基因序列变异及其对药物不同反应的科学，所以它是研究高效、特效药物的重要途径，通过它为患者或者特定人群寻找合适的药物，药物基因组学强调个体化；因人制宜，有重要的理论意义和广阔的应用前景。一、促进新药研发 由于药物基因组学规模大、手段强、系统性强，开辟了医药工业研究的新领域，可以直接加速新药的发现。首先药品制造商不仅把注意力放在可能引起疾病的基因上，而且对药物效应基因产生了兴趣，这些药物效应基因为新药研究提供依据。由于新一代遗传标记物的大规模发现，以及将其迅速应用于群体，流行病遗传学也可以大大推进多基因遗传病和常见病机理的基础研究。还可以帮助制药厂商在一些与基因和疾病相关的蛋白质、酶和RNA分子等基础上开发新药，这样不仅促进了药物的发现，还有利于开发出针对某一特定疾病的药物，从而增强疗效，并减少对健康细胞的损伤。对于每一个药物来说大约都有10-40%的人没有疗效，又百分之几的或更多的人有副作用。如果制药公司利用药物基因组学理论可以实现预见结果或筛选人群的话，可以大大增加新药的通过率，也可以对未通过药检的新药重新估价，这些药物中一个经常引用的例子是第一个非典型性抗精神活性药氯氮平（clozapine），在氯氮平的使用过程中，由于1％的病人服药后出现严重的粒细胞缺乏症，因而只有当其它药物使用后无效才使用。但是在粒细胞缺乏症的药物效应基因被确定后，极大地改善了氯氮平的使用，除极少数敏感的病人不能服用此药外，对于99％的病人来说，这一药物是一线治疗药物。在新药的临床试验研究中，如果事先知道人群可能对药物反应的话，如代谢酶的基因型，可以减少参试人群，试验的时间表也可以大大缩短。对药物有效或毒性变异的预测试验中，可用于筛选病人。经过药物效应基因突变筛选的受试者，可以加强临床试验的统计学意义，可以用更少的病例数达到所需的统计学意义，这样可以大大节约时间和费用。 二、用药个体化合理用药的核心是个体化用药。药物基因组学通过对患者的基因检测，如对一些疾病相关基因的单核苷酸多态性（ＳＮＰ）检测，进而对特定药物具敏感性或抵抗性的患病人群的ＳＮＰ差异检测，指导临床开出适合每个个体的“基因处方”，使患者既能获得最佳治疗效果，又能避免药物不良反应，真正达到“用药个体化”的目的。 医生在疾病的首次治疗过程中，往往需要临床实验来确定适合病人的药物，而药物基因组学则可以通过分析病人的遗传组成来确定最合理的治疗药物。这样就免去了先期用于药物选择的临床过程及由此带来的可能的副作用，并缩短了病热的康复期。更准确的用药剂量 通过基因组分析可以判断药物在体内的作用效果及代谢时间，并以此来确定不同个体的用药剂量，对比依据体重和年龄的方法，其具有更好的治疗效果，降低了过量服药的可能性。一些临床上经常出现的现象，例如两患者诊断相同、一般症状相同、血药浓度相同，但疗效却大相径庭，这些用传统的药代动力学原理是无法解释的。这时应考虑到与药物作用相关的位点（如受体等）是否发生了变异？是什么水平的变异?药物作用的位点的变异可能发生在基因水平，也可能发生在转录、翻译等水平，基因水平的变异相对比较容易鉴定，研究也表明基因的变异与药物效应的差异是更具相关性。研究基因突变与药效关系的药物基因组学正是适应了这一要求，因此药物基因组学在临床合理用药中的应用前景是非常之好的。将基因功能学用于合理用药，利用药物基因组学的技术和方法增加药物的有效性和安全性，减少不良反应，实现个体化、可预测及可预防的医疗，这就称之为临床药物基因组学。药物基因组学应用到合理用药中，弥补了只根据血药浓度进行个体化给药的不足，惟以前无法解释的药效学现象找到了答案，为临床个体化给药开辟了一个新的途径。这样药物基因组学原理为特定人群设计最为有效的药物，不仅提高了药效，缩短了病程，而且减少了毒副反应和成本，真正达到了“物美价廉”的要求。目前，已经有人将药物基因组学知识应用于高血压、哮喘、高血脂、内分泌、肿瘤等的药物治疗中。如原发性高血压是多因素诱发的疾病，对于许多患者，高血压药物的不同药效和耐受性与遗传变异有关。Ferrari发现，一种细胞骨骼蛋白（cytoskeletalprotein）、内收蛋白（adducin）的基因多态性与高血压的发病、对钠敏感性以及对利尿剂的效果相关。因此在抗高血压治疗需要用利尿剂时，可以对患者预先进行基因检测，以确定是否选择使用此药。通过对β2肾上腺素受体的基因多态性及其对β2肾上腺素受体激动剂的敏感性关系的研究，发现β2肾上腺素受体的基因多态性影响β2肾上腺素受体激动剂福莫特罗（formoterol）的脱敏效果，β2肾上腺素受体激动剂改善肺通气的作用对Gly纯合子个体明显比Arg纯合子个体要强，杂合子个体介于两者之间。 载脂蛋白E（APOE）的基因多态性，影响绝经后妇女用雌激素替代疗法（ERT）时的血脂和脂蛋白的浓度。人群中的APOE有3个等位基因：E2、E3、E4，ERT能使具有E2型基因的妇女血中总胆固醇含量大大高于E3、E4型。提示医生在绝经期妇女中使用ERT时，可事先检测患者的APOE基因，对具有E2型基因的妇女在治疗过程中密切监测甘油三酯浓度。如此，通过对不同个体的药物代谢相关酶、转运因子、药物作用靶点的基因多态性的研究，对突变的等位基因进行分离和克隆，在分子诊断水平上建立以聚合酶链反应（PCR）为基础的基因型分析方法，在治疗患者各种疾病前检测其基因型，更精确地选择适当的治疗药物和合适的剂量以减少不良反应的发生，对患者的治疗具有很大的意义。 随着基因分析技术的飞速发展，越来越多的药物效应的个体差异与基因多态性的关系被阐明，药物基因组学将更广泛地指导和优化临床用药。

自代谢组学的概念1999年被首次提出以来，至今已经发展了20余年，已成为生命科学和医学等研究领域中不可或缺的部分。代谢组学是系统生物学的重要组成部分，通过对生物体内所有代谢物进行定性定量分析，寻找代谢物与机体生理病理变化的相关性。生物体作为有机的整体，各部分相互关联、相互制约。通过代谢组学的研究，可阐明分子调控机制、小分子物质的产生、变化规律、获取生物标志物和所参与的代谢通路等。基因与蛋白质的表达紧密相连，而代谢物则更多地反映细胞所处环境，与细胞的营养状态、药物和环境污染物作用，及其它外界因素密切相关。因此，与基因组数据相比，代谢组能够更加真实地反映出生物系统内正在发生的事件，更加真实地描绘出生命本质，故而代谢组背后的生物大数据具有更高的挖掘价值，是后基因组时代的研究焦点。质谱法因其较宽的动态范围、高灵敏度、高重现性、分析复杂生物样品的能力，已被广泛应用于代谢组学研究中。[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p][color=#3333ff]液相色谱[/color][/url]与高分辨质谱的联用技术发展较早，是目前代谢组学研究中应用最为广泛的分析手段。而后来出现的[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]与高分辨质谱联用技术，因其在挥发性代谢物分析方面的独特优势，近年来发展迅猛。GC-HRMS适合分析挥发性热稳定的小分子代谢物，如氨基酸、有机酸、脂肪酸、糖类等基础代谢物。因脂肪难以气化，无法被[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]分离，会对仪器造成污染，因此GC-HRMS不适合用以分析脂肪含量高的样品，很少被用来做脂质组学的分析。与LC-HRMS相比，GC-HRMS最大的优点在于标准化的70 eV电子轰击离子源（EI）生成的质谱图具有极高的重现性，不仅有NIST、Willey等标准化的质谱数据库，而且不同实验室间的结果也具有很好的可比性。经过质谱图比对和脂肪酸甲酯或正构烷烃保留指数校正，代谢物的定性确证相对简单，且有较高的可信度。相对而言，LC-HRMS由于分析仪器、电离能、碰撞能、洗脱溶剂的选择不同，不同实验室生成的质谱图可能相差很大，代谢物定性确证对于数据库的要求很高。而GC-HRMS相对于LC-HRMS的劣势主要在于样品前处理和数据处理的复杂程度。在使用GC-HRMS分析代谢组样品时，往往需要预先进行衍生化（常用的有甲酯化或硅烷化），降低待分析物的沸点，提高热稳定性，弱化极性，使之能够被[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]分离。而衍生化产物稳定存在的时间较短，往往需要在两天内完成一个批次样品的上机分析。在衍生化过程中，代谢物的衍生化程度不同，可能导致同一种代谢物在多个不同位置出峰，在后期数据处理时需要这些重复数据的去除与处理。此外，EI源生成的质谱图中往往不存在分子离子峰，无法得知待测物的分子量，必须与标准谱图或者已知谱图对比才能确证，因此只能用来分析那些已知的代谢物，无法对未知的或者新的代谢物进行定性分析。同时，用GC-HRMS相对定量时，只能选择碎片离子作为定量离子，容易被背景或杂质中的其他碎片离子干扰，影响定量结果。在选择定量离子时，需要特别注意避开那些背景或杂质中经常出现的碎片离子，最好人工检查每个定量离子的积分情况，最大程度地排除干扰。总之，在代谢组学分析中，选择GC-HRMS还是LC-HRMS主要根据样品情况和研究目标决定，分析基础代谢物、观察代谢组间的变化和差异建议选择GC-HRMS，而要分析极性大分子代谢物、筛选新的生物标志物，则建议选择LC-HRMS。

“10年前，我们参与人类基因组计划，完成了1%的工作，其实是‘搭了别人的车’。现在，面对即将到来的基因组学新时代，我们不能再搭别人的车了。”当年曾参与人类基因组计划承接1%测序工作、如今已是中科院北京基因组研究所副所长的[url=http://sourcedb.big.cas.cn/zw/zjrc/brjh/200907/t20090724_2194384.html][color=#800000]于军[/color][/url]，对中国未来基因组学的发展和应用前途有点担心。2010年6月26日是人类基因组图谱公布10周年，国内外的一些研究机构都在这一天举行了纪念会。中国科协普及部、中科院北京基因组研究所、遗传与发育学研究所、中国遗传学会等单位也在北京举行了纪念会。会上，于军兴奋地回忆起当年他那个义无反顾的决定：1998年4月一天的早晨4点左右，他正在美国西雅图的家中睡觉。忽然自动传真机响了起来，“我爬起来一看，是邀请我回国工作的，我拿起笔签上自己的名字就传了回去”。这是于军回国工作的起点，也是中国参加人类基因组计划的起点。正是于军带回国内的技术和人才奠定了完成1%任务的基础。他是“1%计划”的“始作俑者”之一。与那时的热血沸腾相比，今天的于军更多了一份冷静与思考。“10年前，测定一个人的基因组，大约花了近10亿美元，用了13年的时间；而现在测一个人的基因组也就1万美元、一周左右的时间。美国现在已研制出第三代基因测序仪，用它测定一个人基因组的费用可降到1000甚至100美元，用时仅需15分钟。”于军说，当第三代基因测序仪广泛应用时，大规模应用基因组技术的“个体化基因组时代”就到来了。“个体化基因组时代”为人类描绘了一个美好的未来：那时，我们可以知道某一种药物为什么会对一部分人有治疗作用而对另一部分人不起作用，甚至起负作用；那时还会针对个体疾病的状态和遗传基础的独特性对症下药；也会针对个体化的药靶研制出个性化的治疗药物和治疗手段……这将是一个巨大的医疗市场。而测定每一个人的基因组本身也是一个大市场。“对于有十几亿人口的中国来说，假如使用美国研制的第三代基因测序仪来工作的话，那要进口多少台？按一个人测序需100美元计算，又要花费多少钱？”于军向记者言及此事，表现出了一种内心深处的忧虑。“中国一定要加快研制自己的DNA测序仪。”据了解，于军团队正与有关单位合作研制第二代和第三代测序仪器。“但我们的力量仍然有限，应该有更多的团队和单位加入到这个行列中来。这是我们迎接基因组学新时代的必要准备。”还有一种必要的准备，那就是做好有关基因、遗传学、基因组学等相关科学的科普宣传工作。“美国人十分重视基因组学的科普宣传。”于军回忆说，当年，美国立项测定人类基因组图谱时，就把这项工作的科普宣传列入了计划。10年前图谱完成时，时任美国总统克林顿发表致辞，电台、电视台现场直播，上万名美国人参加了当时各种各样的庆祝活动。“关于科普的作用，一个明显的例子是对待转基因食品的态度。”于军说，美国人就不像中国人那样对转基因食品“过分惶恐”。因为他们知道转基因食品并不像有人说的那样可怕和有危害。中国在面对转基因食品的问题上，好像是由大众的好恶来决定，而不是由对转基因的科学认识来决定。未来的基因组学时代、个性化基因组时代，我们可能会遇到比转基因食品更棘手的问题：法律问题、伦理道德问题、个人隐私问题等等。“从现在起我们就应该做好基因组新时代的科普宣传，未雨绸缪，为基因组学的发展和应用提供更加广阔的发展空间。”于军如是说。（转自科技日报）

质谱与蛋白质组学蛋白质组学对一个细胞或组织所表达的蛋白质进行的系统分析，而质谱是它的关键性分析工具。在过去的两年中，标准蛋白质组技术中的进展增进了更高水平自动化和敏感性的蛋白质识别技术。另外，新的技术促成了鉴定蛋白质功能相关特性的里程碑性的进展，包括它们的定量和在蛋白质复合物中复杂情况。缩写2DE two-dimensional gel electrophoresis双向凝胶电泳CID collision-induced dissociation碰撞诱导的解离ESI electrospray ionization电喷雾离子化FT-ICR Fourier-transform ion cyclotron resonance傅里叶-变换离子回旋加速器共振ICAT isotope-coded affinity tagsIEF isoelectric focusing等电聚焦MALDI matrix-assisted laser desorption ionization基质辅助的激光解析离子化Q-TOF quadrupole-TOFRP reversed phase反向TOF time-of-flight飞行时间简介蛋白质组学的核心组成是系统识别一个细胞或组织中表达的每一个蛋白质，以及确定每个蛋白质的突出特征(比如，丰度、修饰状态以及在多蛋白质复合体中的复杂状态)。这些分析的技术包括分离蛋白质和肽的分离科学、识别和定量分析物的分析科学和数据管理和分析的生物信息学。它的初步工具包括使用IEF(等电点聚焦)/SDS-PAGE凝胶的高分辨率的双向凝胶电泳(2DE)，结合质谱和数据库搜索来分离、识别和定量在一个复合样本中存在的个体蛋白质，最终识别被分离的蛋白质。一个常用的方法用在Fig1中用图解说明。此技术以及由此而来的变化(综述见[1])已经被用来识别和分类在复杂样本中存在的大量蛋白质，并在蛋白质组数据库中呈现它们，该过程我们这里称之为"描述蛋白质组学"比如，Shevchenko等[2]从2D凝胶上系统地鉴定了150个蛋白质。数目庞大的这样的数据库现在可以找到。同样的技术现在已经被作为普遍的发现工具来动态检测一个细胞或组织对外来或内部干扰反应而在蛋白质组中的改变。因为检测动态改变需要精确定量每个被检测成分，我们使用"定量蛋白质组学"来定义。在此报告中，我们总结了自1999年1月至2000年4月来报道的与蛋白质组学和质谱相关的最重要的进展。在核心质谱技术中的进展已经导致2DE为基础的蛋白质组学技术的进一步改进。它们同时又促进了传统凝胶为基础的方法的替代方法，诸如引入以同位素稀释理论为基础的精确蛋白质定量技术和蛋白质复合物的系统分析。蛋白质组分析的MS技术进展在此部分，我们总结了在MS设备、它们的控制和操作中的进展，以及比较质谱数据和序列数据库识别蛋白质所用的搜索工具的进展。随着新型质谱仪的引入，蛋白质组学研究现存类型的质谱仪性能已经显著改进了。在此综述期间最普遍使用的仪器是可以分为两类：单一阶段的质谱仪和串联质谱为基础的系统。单一阶段的质谱仪，最显著的是基质辅助的激光解吸电离(MALDI)飞行时间(TOF)仪器，被用于无数通过肽质谱图谱技术大规模蛋白质识别的项目中。此方法在鉴别表达自小一些的和完全测序的基因组的蛋白质特别成功[3,4]。串联质谱仪器诸如triple quadrpole、离子捕获(ion-trap)和近来引进的混合quadrupole飞行时间(Q-TOF)被常规应用于[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]LC-MS[/color][/url]/MS或用电喷雾电离(ESI)来生成肽片段离子谱，以便通过搜寻序列数据库进行蛋白质鉴定。使用仪器控制程序来自动选择肽离子进行碰撞诱导的解离(CID)(数据依赖CID)的不断增多是这些MS/MS仪器的一个明显的趋势。一些新的构造的具有高潜能的质谱仪被引入到蛋白质组学研究中产生深刻影响。两个研究组近来一个MALDI离子源和一个混合Q-TOF耦联了起来[5,6]。Q-TOF提供的质量准确性和敏感性提升了数据库搜寻结果并同时使它成为MS/MS从头测序的当然仪器选择。MALDI Q-TOF构造提供了激动人心的机会进行自动化和高通量应用以及在一个样品盘上存档样品进行日后研究的可能。Medzihradszky等[7]描述了一个不同的混合仪器称之为MALDI TOF TOF。此设备享有许多MALDI Q-TOF的优点，另外能够进行高能量CID和非常快速的扫描速率。傅里叶-变换离子回旋加速器共振(FT-ICR)质谱对于蛋白质组学来说相对陌生。这些设备具有非常高的敏感性和分辨率，质量精确性可以达到1ppm。这些特征被用来在一次分析中测量和定量几百种蛋白质的完整的分子质量[8]。Goodlett等[9]表明FT-MS测量的一个肽的准确质量以及可以容易获得的限制因素能够通过序列数据库搜索被用来识别蛋白质。蛋白质组学如果没有软件工具来进行质谱数据和序列数据库的关联将变得几无可能。现存的数据库搜索程序已经变得越来越成熟和可以(从网络)可获得。另外，引入了新的算法。主要相关程序是Sequest[10]，MASCOT[11]，PeptedeSearch[12]，PROWL[13]和Protein Prospector[14]。在它们中间，Sequest使用CID谱设置了蛋白质识别的实验室标准(benchmark)，因为它与边界MS/MS数据工作得最好，并高度可信，可以从整个[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]LC-MS[/color][/url]/MS实验中自动分析数据，并不需要任何使用者的破译工作。在所提的程序中，然而，只有Sequest不能在网络上搜索。MASCOT是一个新的、快速、网络可进入和多功能的程序，具有进行肽指纹分析、用部分破译或未破译的CID谱进行数据库搜索的功能。

哪位大神在做脂质组学的啊 小弟想请教数据库软件方面的问题

蛋白质组学是一门新兴但发展迅速的学科。近年来，国际上主要发达国家和地区纷纷加大了对蛋白质组学的支持力度，这一研究领域也由此成为各强国科技角力的新战场。10月12～13日，以“蛋白质组学：前沿与挑战”为主题的第381次香山科学会议在北京举行，与会的59名海内外科学家围绕蛋白质组学发展趋势及需求等议题展开了深入讨论。会议执行主席、中国科学院院士、军事医学科学院院长贺福初接受了记者的专访。 《科学时报》：举办此次香山科学会议的目的是什么？贺福初：蛋白质组学是揭示生命现象和规律的必由之路，已成为21世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口，蛋白质组学研究已成为本世纪各国争夺最激烈、最重要的战略制高点之一。中国是较早开展蛋白质组学研究的国家之一，2006年初国家发布了《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020）》，明确提出要将蛋白质组学研究作为重点发展方向。“十一五”期间，我国蛋白质组学研究发展迅速并步入国际先进行列。2011年将是我国“十二五”规划的开局之年，为做好未来五年蛋白质组学的研究工作，明确主要发展方向和科学问题，探讨包括蛋白质组学设施在内的我国生命科学大设施的战略部署、建设和管理，我们在金秋十月的北京召开了这次香山科学会议。与会专家中不仅有多位两院院士和国内在不同领域作出突出成绩的中青年科学家，还有多位海外科学家，他们不远万里来到中国，共同为推动中国蛋白质组学研究向更高层次和水平发展献计献策。《科学时报》：请您简要介绍一下最近十年来国际蛋白质组学发展情况。贺福初：2001年国际人类蛋白质组组织的成立，极大地推动了蛋白质组研究的发展。10年来，国际蛋白质组学无论从技术方法和研究策略，还是研究资源和研究领域等都有了质的飞跃。近年来在蛋白质组定量分析，翻译后修饰研究、规模化相互作用及功能研究、生物标志物的筛选验证、抗体制备、数据标准和数据挖掘等方向取得一系列突破性进展。其中值得一提的是，蛋白质组学技术已成为几乎所有国际著名医学研究机构的重要支撑平台，在疾病研究中的应用十分广泛。国际上也先后启动了多种疾病的蛋白质组研究计划，目标是直接寻找疾病相关特异蛋白质或对疾病相关已知蛋白质进行深入机制分析。不久前在澳大利亚悉尼召开的第九届国际蛋白质组大会上，国际人类蛋白质组组织在总结前几年国际人类蛋白质组计划各先期计划经验的同时，宣布全面启动实施国际人类蛋白质组计划。该计划的全面实施势必全面带动科学技术及生物产业的发展，中国有必要也有能力在这一宏大计划中发挥主流作用。《科学时报》：蛋白质组学研究将呈现怎样的发展趋势？贺福初：蛋白质组学技术的迅速发展，其学术理念和技术方法已广泛应用于生命科学各个领域，如疾病发生发展的分子机制研究，疾病生物标志物的发现和验证研究等，蛋白质组学的广泛应用给蛋白质组学的发展提供了更多的需求和发展方向。随着蛋白质组学的快速发展及其在多个领域中的广泛应用，其发展的重点也发生了转变，逐渐从全蛋白质组研究向亚细胞蛋白质组研究转变，从定性描述向定量分析转变，由静态研究向动态研究转变，由体外研究向体内研究转变，从实验室研究向临床应用拓展，数据产出由数量向质量转变，由简单积累向有效整合以及知识挖掘转变。蛋白质组学不仅自身发展迅速，而且作为生命科学与生物高技术的新一代引擎，将带动大量相关学科领域的快速发展，为生命科学的研究、生物技术的应用和人类疾病的预防诊治带来新的革命。如通过与基因组研究的对接，极大推动基因组的全面阐释，通过其强大的需求牵引和突出的集成融合，推动分析科学与技术、信息科学与技术、材料科学与技术等学科在生命科学与生物高技术中的深层次应用和各自的快速发展，为我国经济社会的全面、协调、可持续的发展提供强大的科技原动力和战略性基础性支撑。《科学时报》：我国蛋白质组学研究都取得了哪些重要成就？贺福初：我国政府历来重视和支持蛋白质组学的发展，过去的十余年间，在国家发改委、科技部、自然基金委以及军队和省市科技主管部门等的大力支持下，我国蛋白质组学研究迅速发展壮大，并有力地推动了国际蛋白质组学研究的快速发展。研究重心从最初的以建立技术平台，开展技术方法的研究、整合为主，逐步向以高通量的蛋白质组研究技术平台为基础，解决事关我国人民健康的重大疾病问题和重要生命科学问题转移。涉及的领域除医学及人类自身对象以外，还涵盖了生命科学以及农业、林业、环境、资源、能源、工业等领域中的植物、动物、微生物等。无论是在蛋白质组学技术方法，还是在重要生物学功能和重大疾病相关的蛋白质组研究方面，我国科学家都取得了一系列令国际学术界瞩目的重要成就。2004年中国科学家首次在国际蛋白质组学最权威的专业刊物《分子细胞蛋白质组学》发表文章，近几年该刊物几乎每期都发表中国科学家的工作成果，甚至同期刊登来自同一个科研单位的三篇文章，据统计，中国科学家在国际蛋白质组学主要刊物《分子细胞蛋白质组学》、《蛋白质组研究》和《蛋白质组学》上发表的论文数量已位列世界第二位。由我国科学家倡导并领衔的国际人类肝脏蛋白质组计划，率先提出和建立了组织/器官的蛋白质组研究框架、模式和标准，为国际人类蛋白质组计划的全面展开和顺利实施发挥了普遍的示范和指导作用。我国科学家还广泛参与了国际人类蛋白质组计划的其他分计划，如血浆蛋白质组等，一批与重大疾病和重要生物功能相关的蛋白质组研究取得明显进展。《科学时报》：如何加快我国蛋白质学研究的发展？贺福初：面对生命科学前沿的领域，重大科学问题、涉及国民经济社会发展的重要应用领域的广泛需求，蛋白质组学从技术层面还有很大的发展空间。2011年是“十二五”规划的开局之年，有关部门针对蛋白质组学的发展现状和趋势，已调研论证并开始着手部署“十二五”期间的蛋白质组专项，尤其是面对“国际人类蛋白质组计划”的全面实施，有关“中国人类蛋白质组计划”的相关建议也已开始调研论证。不久前，国家发展和改革委员会批准分别在北京和上海建设国家蛋白质科学基础设施，这是我国首个在生命科学领域建设的大科学设施。其中，北京设施（简称“凤凰工程”）以蛋白质组学为主，由军事医学科学院作为项目法人，联合清华大学、北京大学和中国科学院生物物理研究所等共同建设，将为我国蛋白质科学，尤其是蛋白质组学的发展提供重要支撑，大幅提升我国蛋白质组学研究能力，有力保障重大科学研究计划（蛋白质科学研究计划）和“人类蛋白质组计划”等大型科技计划顺利实施，并为国内外广大用户提供高水平的技术服务。同时也为今后生命科学领域的其他大设施的部署、建设和管理发挥重要的示范和指导作用。在政府的支持下，我们应该抓住蛋白质组学发展的新契机，立足国际发展前沿，加强蛋白质组学新技术新方法的研究；在建设国家蛋白质科学基础设施的基础上，充分整合现有蛋白质组研究基础，建立完善国家层面的蛋白质组学协作网络；结合国际人类蛋白质组计划的全面实施，整合国内优势力量，加快启动实施“中国人类蛋白质组计划”；综合我国产出的海量人类蛋白质组数据，建立以中国为主的蛋白质数据库，积极推进蛋白质组数据对人类基因组的注释，并全面揭示生理功能调控规律和病理机制；推进前期基础研究成果的转化，为重大疾病预防诊治和创新药物研发提供理论基础、技术支撑，和具有重要应用价值的诊断试剂、药物靶点及新型药物，加强蛋白质组学在农业、工业、环境、资源、能源、林业等领域研发中的广泛应用将有力地推动我国蛋白质科学技术实现跨越式发展。《科学时报》 (2010-11-29 B1 中国生物产业)

代谢组学的qc混样。为什么信号值越来越低？质谱是最近清洗过的。色谱柱和流动相都是新更换的。使用的是赛默飞qe系列

代谢组学现在发SCI的文章容易，处在高峰时期，大家一起交流一下现在你们实验室都在怎么做？有没有什么新的想法啊？

用gc-ms做细胞的代谢组学，用MSTFA衍生，出来的峰有很多杂质大高峰，已经验证这些大高峰就是MSTFA里面的杂质峰，该怎么除去这些杂质呢？求助各位高手帮忙解答给个意见！

本人刚开始接触GC-MS，小白一个。现在在做代谢组学的分析。请问代谢组学数据预处理的步骤是什么，峰对齐需要什么软件，如何操作，本人不太明白这方面，希望帮忙解答的详细一些，谢谢

本人刚开始接触GC-MS，小白一个。现在在做代谢组学的分析。请问代谢组学数据预处理的步骤是什么，峰对齐需要什么软件，如何操作，本人不太明白这方面，希望帮忙解答的详细一些，谢谢

实验室准备转做蛋白质组学，哪种质谱仪最好？价格大概在100万左右的哪个公司的质谱仪最适合做蛋白质组学？有推荐的请联系我，QQ：332677682，注明质谱仪。

有没有研究代谢组学的。留个联系方式呗。

如题，实验室准备建一个植物代谢组学实验室，不知道需要哪些仪器设备呢？不论大小，大家有什么建议？设备名称、品牌、型号等。尽可能详细，不胜感激！

中文名称：代谢组学 英文名称：metabonomics 定义：通过组群指标分析，进行高通量检测和数据处理，研究生物体整体或组织细胞系统的动态代谢变化，特别是对内源代谢、遗传变异、环境变化乃至各种物质进入代谢系统的特征和影响的学科。 所属学科：生物化学与分子生物学（一级学科）；总论（二级学科）

因工作需要，中国科学院遗传与发育生物学研究所基因组生物学中心王国栋研究员课题组现向海内外公开招聘研究人员1名（助研）。王国栋课题组的主要研究方向是综合基因组学，代谢组学(Mass-based)和传统的分子和生化技术去探索植物中未知代谢途径，克隆，功能鉴定重要代谢途径中的酶和酶学及调控机理，并应用于实际生产。课题组具体信息参见http://www.genetics.ac.cn/wangguodong。一、基本招聘条件　　1. 具有高度的责任心和上进心，性格乐观开朗，有良好的人际沟通能力，富有团队协作精神；　　2. 对本研究组工作感兴趣，可追踪本研究领域的发展前沿；　　3. 非应届毕业生需要有北京市户口（博士后不受此限制）。 　　对于应聘者具体要求如下：　　1. 具有分析化学及相关专业或生物学硕士研究生以上学历、学位，较强的英文阅读能力和中英文写作能力，在SCI杂志发表第一作者研究论文至少1篇；　　2. 同时具有色谱——质谱联用等大型分析仪器操作经验和熟悉相关数据处理流程经历的申请者优先。二、岗位职责　　1．独立完成研究组长交给的科研任务或承担相关课题；　　2．培训研究生相关知识、技能，协助课题组长在相关课题中指导研究生及实验室管理；三、申请材料的投递　　应聘者请将《科研岗位工作申请表》及本人简历、包括研究经历简介、未来事业规划，代表性论文及两位推荐人的姓名及电话等相关资料发至：gdwang@genetics.ac.cn（邮件主题请注明：工作岗位申请），本招聘长期有效，招到合适人选为止。四、审查　　研究所对申请者进行资格审查，并在收到材料的一个月内通知初审合格者前来面试，资格审查未通过者，不再另行告知。五、待遇　　试用期考察合格后根据其学历和专业经历拟聘为中国科学院遗传发育所固定工作人员，享有相关待遇，特别优秀者具体职称、待遇可协议。六、政策咨询：人力资源处 崔老师 64806520