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微生物组
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微生物组相关的方案
病原微生物宏基因组检测服务
永诺医学基于宏基因组学(mNGS)技术开发的病原微生物临床检测项目,mNGS能对疑似感染样本中病原体进行全面、快速、准确的检测和分析。辅助临床医生制定精准诊疗方案。
阻干态微生物穿透性能要求及解决方案
所谓干态微生物穿透是指在干态条件下,通过空气运动以及机械振动等物理综合作用,微生物会随着干态有机或无机的微粒穿透屏障材料,例如携带病菌的皮屑、布料纤维及空气中的微粒等等。因此需要控制手术衣、手术单等阻干态微生物穿透性能,提高手术衣、手术单的防护性能。
基于1H-NMR的血浆代谢组学研究表明,微生物群的变化与妊娠糖尿病患者的高血糖有关
妊娠期糖尿病通常是一种发生在孕妇身上的暂时性糖尿病。在这种情况下,怀孕期间产生的激素会导致身体失去使用胰岛素的能力,而胰岛素是一种肽类激素,它驱动碳水化合物衍生的葡萄糖进入细胞,然后作为能量使用。怀孕期间与此有关的常见激素包括雌激素、皮质醇和催乳素。近年来,妊娠糖尿病的患病率急剧上升,但这种上升的原因仍未完全确定。 此外,妊娠糖尿病的发病机制尚不清楚。 肠道微生物群与妊娠糖尿病之间的联系 基于之前的研究,一项新的代谢组学研究的研究人员表示,孕妇的肠道微生物群可能是妊娠糖尿病生物标志物的来源。在这项研究中,来自中国的研究人员研究了肠道微生物群的变化对妊娠糖尿病患者和非妊娠糖尿病患者的循环代谢物的调节效应。 该研究纳入了进入中国医院的40名孕妇,其中一半患有妊娠糖尿病。研究人员收集了过夜的空腹粪便样本,以研究和比较妊娠期糖尿病患者和非妊娠期糖尿病患者的肠道微生物群的变化。 研究人员使用布鲁克600 MHz AVANCE III核磁共振(NMR)波谱仪,对血浆样品进行了基于1H-NMR的非靶向代谢组学分析。
使用 Agilent Femto Pulse 系统对用于生物样本库样品的基因组 DNA 进行质量评估
核酸样品的质量保证和质量控制对于生物样本库和进行基因组相关操作的实验室以及多种分子生物学应用必不可少。革命性的 Agilent Femto Pulse 系统是唯一一款能够替代脉冲场凝胶电泳分析高分子量 (HMW) gDNA 的仪器。Femto Pulse 系统为研究人员提供了极高的灵敏度和快速的分离时间,能够在 70 分钟内对单个细胞量的 gDNA 进行定量和鉴定。安捷伦基因组 DNA 165 kb 试剂盒设计用于分离 HMW gDNA,可实现可重现的分子量测定、定量分析和基于基因组质量值 (GQN) 的质量控制评估。
利用1H-NMR在代谢组学研究中进行生物流体样本的质量评价
代谢组学研究中标准化的样本处理与加工是获得准确结果的关键。本文阐述了如何利用标准化核磁共振(NMR)技术(例如,基于布鲁克-AvanceIVDr平台)对不同的样本处理方法进行评估,从而对上述观点加以证实。因此,标准化1H-NMR是一种快速、可靠的生物流体样本细微变化监测方法。代谢组学分析可测量样本中的所有小分子,包括基质、中间代谢物和代谢的最终产物。因此,它可以提供样本采集时身体功能和状态的完整画面。它还能提供有关疾病诊断、预后、治疗监测以及身体对饮食或环境变化的反应的重要信息。在代谢组学研究中,可以使用任何生物流体,但血液和尿液最为常用,这是因为它们最容易获得。血液和尿液代谢组能反映出被研究的整个生物体的代谢状态,因此会受到健康、疾病和饮食状况的影响。代谢谱分析通常使用核磁共振(NMR)或色谱质谱(LC-MS或GC-MS)来实现。尽管质谱法具有更高的灵敏度,但得益于样本制备、测量和处理的标准化,NMR法更易于操作,且样本制备量最少,重现性高1。由于样本中代谢物的性质和浓度将构成研究结论的基础,因此所分析的化学成分必须准确反映出样本采集时的状态。工作流程的差异可能会影响所获得的结果,从而增加出现实验室间差异的可能性。因此,准确了解样本处理与加工中的偏差会对代谢曲线产生怎样的影响,以确保高准确度和可重复性分析是非常重要的。
扫描探针显微镜(SPM)用于生物忆阻器的电荷存储和捕获能力表征
忆阻器是电阻、电容、电感之外的第四种电路基本元件,具有高速、非易失性、高集成度、兼具信息存储与计算功能等特点。本文采用天然蚕丝作为原材料,制备了一种具有低工作电压、高耐久性的丝素纳米纤维(SNFs)基生物忆阻器,并采用岛津扫描探针显微镜SPM-9700HT的动态模式、电流模式以及表面电势模式(KPFM)表征了SNFs薄膜的开关电压以及对注入电荷的捕获和存储行为。
病原微生物检测方案
宏基因组学(Metagenomics),也称元基因组学,即“绕过对微生物个体进行分离培养,应用基因组学研究策略对自然环境/临床样本中的微生物遗传组成和群落功能进行研究”的学科。
灭菌容器微生物入侵的测试
本次密封系统的完好性试验采用灌装大豆胰蛋白胨肉汤培养基,经压塞、轧盖、灭菌、微生物侵入试验,试验分为两组,A组为正常微生物侵入试验,B组为微生物挑战试验,检查产品密封可靠性是否达到要求,并对试验结果进行分析研究。3.验证目的
泰林生物:加味藿香正气丸的微生物限度检查
目的 建立加味藿香正气丸微生物限度检查的方法。方法 细菌、真菌及酵母菌计数和控制菌检查均采用离心集菌薄膜过滤法进行。结果 加味藿香正气丸对金黄色葡萄球菌和枯草杆菌有明显的抑制作用,回收率 70% 控制菌检查,实验组检出,阴性菌对照组未检出。结论 可用离心集菌薄膜过滤法进行微生物限度检查。
致病微生物不定靶代谢组学研究
Compound Discoverer和 TraceFinder 自动化数据处理使得检测及鉴定发生具有统计显著性的改变的代谢物变得流畅、简单。本文描述的代谢组学工作流程能够促进及时且可靠的数据采集、数据处理和结果阐释。Q Exactive GC 系统是一个有力的分析工具,可以用于研究复杂的细菌相互作用中的代谢变化,有助于提供前所未知的、关于分子水平上病原菌之间的相互作用的信息。Q Exactive GC 质谱仪是一种独特的分析工具,仅需简单设置即可通过全扫高分辨实验检测大量小分子代谢物。
生物制剂用APS塑料瓶对外界氧气阻隔的监控方案
本文利用Labthink兰光OX2/230氧气透过率测试系统测试APS瓶对外界氧气的阻隔性能,并介绍了试验的基本过程及试验设备的适用范围、设备参数等内容,相关生物制药行业可在选择包材及氧气阻隔性设备时加以参考。
电化学方法在微生物快速检测中的应用
综述了传统电化学方法在微生物快速检测中的应用。将相关研究归为阻抗(电导)法、伏安分析法、电位电流分析法等三大类,回顾了阻抗法在临床微生物学、环境微生物学、食品卫生学中的研究发展过程,比较了其它几种电化学技术的检测能力和不同特点,最后讨论了电化学微生物检测方法的发展方向。
全谱二维液相系统与LCMS-8060NX联用建立生物样本分析方法并应用于膀胱癌代谢组学研究
基于全谱二维液相系统与LCMS-8060NX联用,建立了可用于同时分析各种生物样品中的亲水性和疏水性代谢物的分析方法。该方法同时测量417种LogP值介于-10.3~21.9的生物代谢物;各化合物均具有良好的日内、日间重复性以及良好的线性关系。用不同的生物样品(如血浆、血清、尿液、粪便、精浆和肝脏)进行了适用性测试,发现在所有生物样品中均检测到了208种(417种中的一部分)相同的代谢物。将该方法应用于膀胱癌的病例/对照代谢组学研究中,鉴定出了30种差异代谢物,这些代谢物参与了碳水化合物和氨基酸代谢。
泰林生物:益心舒微丸微生物限度检查法及有效性验证试验研究
摘要 目的:建立益心舒微丸微生物限度活菌数测定方法。方法:参考中国药典、国外药典等文献进行试验 ,以对照菌回收为 主要内容,用样本组和对照组之间的回收率对方法有效性进行评价。结果:常规法对照用阳性菌金黄色葡萄球菌、枯草芽孢 杆菌、白色念珠菌、黑曲霉菌的回收率 80%。结论:薄膜过滤法能有效地去除益心舒微丸的抑菌活性,用该法进行微生物限度检查,可 行性强,能达到检测 目的。 关键词:益心舒微丸;微生物限度检查法;菌数测定;稀释法;薄膜过滤法;验证
干货分享:小鼠内脏组织样品研磨提取核酸、微生物
近期的组织研磨和样品处理分享、讨论,我们邀请到了实验动物监测所袁老师给大家分享,绝对干货,内容是——小鼠内脏组织样品研磨提取核酸、微生物,研磨使用的仪器是鼎昊源TL2020组织研磨仪。
电化学法快速检测微生物的发展现状及趋势
自1898 年 Stewart 提出利用电化学法检测微生物, 电化学法已发展成为一种微生物快速检测的方法 根据检测的参数不同, 电化学微生物检测法可以分为阻抗微生物法和介电常数法 阻抗法主要用于食品工业中微生物的快速检测), 尤其用于易腐食品的微生物快速检测, 以期实现在其发生明显腐败之前得到检测结果 而介电常数则用于生物发酵过程中的微生物数量的快速测定, 可以实现在线监测微生物数量及生物发酵过程的实时控制 电化学法由于其检测迅速 可以实现自动化检测, 在工业化生产中具有广阔的应用前景。
多维脂质组学方法:HILIC联合离子淌度Tof质谱分析
本研究中将使用结合TransOmics信息学软件的沃特世组学研究平台和采用离子淌度Tof MS (SYNAPT G2-S HDMS)的HILIC-UPLC分离可实现复杂生物混合物的多维分离,改善脂质分析中获取的信息。HDMS对照软件和TransOmics信息学软件可帮助实现生物样品之间的比较。
研究级正置荧光显微镜MHF200助力广州某生物公司医学研究
明慧科技的研究级正置荧光显微镜MHF200助力广州某生物公司,应用于免疫组化、免疫荧光方面的医学研究。经过深度试用,MHF200荧光显微镜在免疫组化和免疫荧光观察方面展现出卓越的性能,完美满足各类研究使用要求,其优秀的产品效果和极高的性价比,获得老师的一致好评,成为生物学、医学和药理学等领域的理想工具。
用于组织工程支架血管化的微管嵌入水凝胶生物打印
血管组织工程被认为是有前途的可行的人造组织和器官的替代方案之一。采 用各种技术制造的宏观和微观空心管已被广泛研究以模拟血管。迄今为止,尺寸从 1 微米到 10 微米的仿生毛细血管的制造仍然具有挑战性。在本文中 , 通过静电纺丝来模拟毛细血管,并将芯鞘微管嵌入羧甲基纤维素/海藻酸钠水凝胶中进行生物打印。结果显示打印保真度得到改善并促进细胞附着。 管浓度和管长度对细丝尺寸和合并面积都有显着影响。具有较高微管浓度的 打印组表现出较高的微管密度,灯丝/喷嘴尺寸比以及打印/设计的网格面积 比接近100%。在体外实验中,微管不仅与人脐静脉内皮细胞相容,而且还提 供了微地形线索, 以促进三维空间中的细胞增殖和形态发生。总之,我们小 组制造的微管具有用于血管化软组织支架生物打印的潜力。
应用GC Orbitrap 质谱仪进行致病微生物不定靶代谢组学研究
• 这些实验的结果显示,绝大部分 Candida albicans 和 Staphylococcus aureus 之间互相作用都是跟糖类合成和以糖类作为主要碳源的代谢相关的,尤其是景天庚酮糖-7-磷酸 (sedoheptulose-7-phosphate)代谢。• Compound Discoverer和 TraceFinder 自动化数据处理使得检测及鉴定发生具有统计显著性的改变的代谢物变得流畅、简单。• 更为重要的是,本文描述的代谢组学工作流程能够促进及时且可靠的数据采集、数据处理和结果阐释。• 这些实验取得的结果证明 Q Exactive GC 系统是一个有力的分析工具,可以用于研究复杂的细菌相互作用中的代谢变化,有助于提供前所未知的、关于分子水平上病原菌之间的相互作用的信息。• 总而言之,Q Exactive GC 质谱仪是一种独特的分析工具,仅需简单设置即可通过全扫高分辨实验检测大量小分子代谢物。
全谱二维液相-QTOF系统用于大鼠抑郁症的非靶向代谢组学研究
本文利用全谱二维液相系统结合四极杆-飞行时间质谱对抑郁症大鼠血浆进行了非靶向代谢组学分析。基于全谱二维液相系统,共找到8083个特征峰,其中第一维2713个,第二维5370个。正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)表明正常组与模型组有显著差异,共找到247种变量投影重要性(VIP)大于1的候选差异性代谢物,经数据库比对鉴定出44种,主要包括39种脂质、2种氨基酸、3种生物碱,主要影响的通路包括甘油磷脂代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、精氨酸生物合成、谷氨酸代谢等。
多维脂质组学方法:HILIC联合离子淌度实现飞行时间质谱法分析
本研究中将使用结合TransOmics信息学软件的沃特世组学研究平台和采用离子淌度Tof MS(SYNAPT G2-S HDMS)的HILIC-UPLC分离可实现复杂生物混合物的多维分离,改善脂质分析中获取的信息。HDMS对照软件和TransOmics信息学软件可帮助实现生物样品之间的比较。
贮藏期间干豆腐微生物指标和感官品质的变化
利用脉冲强光杀菌技术对干豆腐进行灭菌处理,试验结果表面其贮藏时间比未灭菌空白组干豆腐多3 d.经过电子鼻测试表明,未灭菌干豆腐在贮藏第5天起气味发生明显变化,而经过脉冲强光灭菌的干豆腐在贮藏7 d内气味并没有发生明显变化,说明脉冲强光杀菌技术可以有效杀灭干豆腐表面的微生物,延长其货架期并且不影响其感官品质。
用丝束电极研究SRB微生物诱导腐蚀的电化学特征
(本文章的版权属于文章作者及所属出版机构,下载本文仅作学习研究之用,不得用于商业目的。)应用丝束电极研究了半连续培养基中SRB及其生物膜对Q235低碳钢腐蚀的影响。采用电位、电流以及阻抗扫描技术测试了生物膜的不均匀性特性,以及电极开路电位和电化学阻抗谱(EIS)与培养时间的关系。发现随生物膜的成长,开路电位负移。由于生物膜中SRB代谢产生的硫化物具有导电性,使表面电位扫描已不能作为生物膜下局部腐蚀的判据,但表面阻抗扫描却可探测到膜下的局部腐蚀。EIS表明,生物膜电容极大(104 ~105 μF/cm2),且膜电容随时间呈S型增加,而溶液电阻和电荷传递电阻则呈指数下降。
低氧/厌氧产品案例——肠道微生物大肠杆菌研究
摘要:革兰氏阴性菌的多药耐药传播是临床面临的主要挑战,需要新的方法来对抗这些微生物。一氧化氮(NO)是一种众所周知的抗菌素,是免疫系统在应对感染时产生的,许多研究表明,NO是一种具有抑菌和杀菌特性的呼吸抑制剂。然而,已知有氧呼吸复合物的丧失会降低抗生素的效力,假设有效的呼吸抑制剂NO会引起类似的作用。事实上,目前的工作表明,暴露于NO释放体前,庆大霉素对致病性大肠杆菌的IC50值提高了10倍(即致命性大大降低)。因此,假设细菌病原体中可能出现了对NO的超敏感,这种特性可以通过使细胞在有毒水平的抗生素存在下持续存在,从而促进抗生素耐药性机制的获得。为了验证这一假设,我们利用基因组学和微生物学方法对一组大肠杆菌临床分离株进行了抗生素敏感性和NO耐受力的筛选,尽管数据并不支持抗生素耐药基因携带增加与NO耐受力之间的相关性。然而,目前的工作对未来如何测量抗生素敏感性(即± NO)具有重要意义,并强调了细菌病原体在维持对NO毒性水平的耐受力方面的进化优势。
代谢组学研究在微生物育种中的应用
本文向您介绍以生成半胱氨酸的大肠杆菌为样品,在合成半胱氨酸时使用的硫源中添加硫代硫酸或硫酸,使用 LC/MS 分析相关含硫代谢物随着培养时间的延长所发生变化的分析示例。
使用快速高分离度体积排阻色谱柱分析生物治疗药物中的聚集体
由于聚集体会对药物安全性产生显著影响并且可能引发抗原反应,因此蛋白质聚集是生物治疗药物蛋白质的关键质量属性。聚集体还可能会降低生物治疗药物的药效并大幅降低生产工艺的经济效益。蛋白质通常在暴露于压力条件下时发生聚集,例如pH、温度或浓度的变化,因此不同生产阶段均有可能发生聚集。目前人们已经确定选择体积排阻色谱(SEC) 方法进行聚集体的定量分析。在生物治疗药物开发过程中(例如在克隆选择过程中或在通过严格的“实验设计”法优化发酵条件时)监视聚集体的形成情况,这些过程可能产生大量需要进行体积排阻分析的样品。SEC 常用条件的分析时间往往需要20 min 甚至更长,这极大限制了对大量样品的分析能力。Agilent AdvanceBio SEC 色谱柱具有高度优化的粒径和孔径设计,可实现更快速的分离,从而显著减少分析瓶颈问题。本应用简报介绍的技术可提高样品通量而不影响分析的准确性。
全谱二维液相-QTOF系统用于前列腺癌生物标志物筛选
本文利用全谱二维液相系统结合四极杆-飞行时间质谱对前列腺癌患者和正常人的尿液外泌体样本进行了非靶向代谢组学分析。基于全谱二维液相系统,正和负模式下共得到6840个特征峰。偏最小二乘判断分析(PLS-DA)表明正常组与模型组有显著差异,共找到451种变量投影重要性(VIP)大于1的候选差异性代谢物,经数据库比对鉴定出12种差异性代谢物,主要影响的通路包括鞘脂代谢、泛酸和辅酶A的生物合成、不饱和脂肪酸的生物合成等。
使用快速高分离度体积排阻色谱柱分析生物治疗药物中的聚集体
由于聚集体会对药物安全性产生显著影响并且可能引发抗原反应,因此蛋白质聚集是生物治疗药物蛋白质的关键质量属性 [1]。聚集体还可能会降低生物治疗药物的药效并大幅降低生产工艺的经济效益。蛋白质通常在暴露于压力条件下时发生聚集,例如 pH、温度或浓度的变化,因此不同生产阶段均有可能发生聚集。目前人们已经确定选择体积排阻色谱 (SEC) 方法进行聚集体的定量分析。在生物治疗药物开发过程中(例如在克隆选择过程中或在通过严格的“实验设计”法优化发酵条件时)监视聚集体的形成情况,这些过程可能产生大量需要进行体积排阻分析的样品。SEC 常用条件的分析时间往往需要 20 min 甚至更长,这极大限制了对大量样品的分析能力。Agilent AdvanceBio SEC 色谱柱具有高度优化的粒径和孔径设计,可实现更快速的分离,从而显著减少分析瓶颈问题。本应用简报介绍的技术可提高样品通量而不影响分析的准确性。
代谢组学技术的其他应用
近年来,代谢组学受到研究者越来越多的关注,是当今分析化学和生命科学的一个前沿的交叉学科,有广阔的发展前景。代谢物种类众多,在体内的分布广泛,且不同代谢物的浓度范围相差极大,这对分析仪器及数据分析手段均提出了巨大的考验。许国旺研究员课题组(大连化物所高分辨分离分析及代谢组学组)是我国最早进行代谢组学研究、同时也是目前国内外实力最强的专注于代谢组学研究的课题组之一:该课题组多年来根据分析化学的特点和国际前沿研究领域的发展趋势,立足于中国现状,结合国家重大应用领域的需求与自身技术优势,以分离分析研究为立足点,生命科学、重大疾病、中医药现代化、公共安全等领域的复杂样品分析为切入点,开展极端复杂体系分析的方法学研究及其应用、代谢组学方法及其应用研究和转化医学等工作。目前,课题组拥有以许国旺研究员为核心的固定职工17人,现有硕、博士研究生20多名,学科背景涵盖分析化学、生物化学、临床医学、药学和微生物学等领域。
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