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基因剪刀

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  • 新闻调查:从专利大战看“基因剪刀”热
    最近,由于一名中国留学生的“倒戈”邮件曝光,围绕“基因剪刀”CRISPR技术的专利战再掀波澜。这场专利之争不仅涉及巨大的经济利益,还会影响将来谁可能获得诺贝尔奖。这个引人注目的事件也为正走向世界舞台的中国科学家上了知识产权保护的生动一课。  专利争夺战  自2012年诞生以来,CRISPR基因编辑技术以横扫之势风靡整个生物学界。科学界普遍认为,这是21世纪以来生物技术方面最大的一个突破。但随之而来的是举世瞩目的专利争夺战,一方是加利福尼亚大学伯克利分校的研究者,另一方是麻省理工学院和哈佛大学共同创建的布罗德研究所的研究者。  事件的大概情况是,伯克利分校的珍妮弗道德纳等人2012年6月首先在线发表了有关CRISPR技术的论文,并在此之前1个月率先提交专利申请 而布罗德研究所的张锋等人后来居上,虽然论文发表和专利申请晚了一步,但他们首次证明CRISPR技术能应用于人类细胞的基因组,反而获得了CRISPR技术的第一个专利。这意味着美国专利商标局承认张锋是CRISPR技术的发明人。  目前双方在专利官司中各执一词,为此花费了大量的时间与金钱。美国专利商标局已于今年1月宣布,将重新评估CRISPR专利归属。张锋一方对媒体透露,他们仅今年就已经花费了1090万美元的律师费来捍卫他们的CRISPR专利。  没想到,原张锋实验室成员林帅亮2015年2月写给道德纳的一封求职邮件于今年8月曝光。这封带着“投名状”性质的邮件声称,张锋及其学生丛乐是在看到道德纳的论文后,才将研究方向迅速转向CRISPR的,所以把专利给张锋是错误的。布罗德研究所立即予以回击。丛乐在发给新华社记者的声明中说,“很震惊”,林帅亮的描述“与事实完全不符”。  “基因剪刀”热  CRISPR专利之争白热化,从一个侧面显示出“基因剪刀”之热。基因编辑技术早在上世纪90年代就出现了,但相比此前的技术,CRISPR技术具有成本低、易上手、效率高等优势,使得对基因的修剪改造“平民化”,无论实验室大小都能使用,所以只有4岁的CRISPR技术已三度入围美国《科学》杂志年度十大突破,更在2015年被《科学》评为年度头号突破。  与CRISPR技术有关的论文数量爆发式增长,很好地说明了它在科学界的热度。2013年,相关论文只有280篇左右,但2014年和2015年,这方面的文章分别增长至670篇和1200多篇,而今年上半年已经发表了约1000篇。科学界普遍认为,如果CRISPR技术没有被新的技术突然取代,那它的发明者一定会获得诺贝尔奖。不过,也有观点认为,鉴于该技术的发明人存在争议,也许得奖会晚那么几年。  CRISPR技术的“钱”景更是被资本市场看好。张锋成立了埃迪塔斯医药公司,道德纳参与创建了卡布里生物科学公司和英特利亚医疗公司。这3家公司已先后获得约3亿美元的融资。德国亥姆霍兹传染研究中心的埃马纽埃尔沙彭蒂耶是道德纳研发CRISPR技术的合作者,沙彭蒂耶帮助创建的CRISPR医疗公司将在未来5年获得制药巨头拜耳至少3亿美元的投资。  尽管与CRISPR技术相关的基因疗法、细胞疗法、免疫疗法、药物开发等人类健康方面的应用还处于早期阶段,但正如美国蒙大拿州立大学保罗范埃尔普等人2015年的一篇述评文章所言,这个市场正在经历“狂热增长”。有人估计,CRISPR技术带来的商机可能高达460亿美元。  知识产权课  这场专利大战也给中国科学家上了知识产权保护的生动一课。关注这件事的人可以发现,道德纳和张锋都是在论文发表前就申请专利,这表明美国科研人员有保护知识产权的强烈意识。而在中国,虽然高质量科研产出正迅速增多,但中国学者对专利保护工作的重视却远远不够。做好知识产权保护,是与科研人员自身利益直接挂钩的,这也是做好科技成果转化工作的一个重要组成部分。  道德纳的经历还告诉我们,发表论文并不等于就拥有了该项技术的所有权 而张锋申请专利时通过支付额外费用而获得快速通道审核,这说明专利申请同样得抓紧。屠呦呦因为抗疟药青蒿素的工作而获得诺贝尔奖,但由于历史原因,她只是发表了论文,有关专利保护工作并不完善,因此中国其实没有从中获得多少经济利益。这样的教训不应再发生。  一个好的经验是,各个科研机构也许应像美国那样成立技术转移办公室,由专职人员帮助科研人员申请专利,推进科研成果转化。
  • 多重基因剪刀“拿下”小麦白粉病 实现抗病高产育种
    隔八年,曾广受关注的小麦白粉病“缉凶案”终于迎来了续篇。  中科院遗传与发育生物学研究所研究员高彩霞团队和中科院微生物研究所研究员邱金龙团队用多重“基因剪刀”,实现了对小麦重要感病基因序列的精准操控,获得了既高抗白粉病又高产的新材料。相关研究2月10日发表于《自然》。这意味着,号称小麦三大病害之一的白粉病终于被我国科学家“拿下”。  “这一具有重要理论与实际应用价值的研究工作,将成为作物育种领域标志性的成果。”中国工程院院士、西北农林科技大学康振生对此评论说,它展现了基因组编辑在作物分子设计育种中的巨大潜力,对保障粮食安全具有重大意义。  “另一只靴子”落地  据农业农村部统计,我国每年受白粉病影响的小麦面积达到1亿亩左右,重病田甚至会减产40%。将这一严重威胁粮食安全的真菌“缉拿归案”,是很多育种专家的梦想。  目前,分子育种家都是通过抗性基因帮助作物抵抗白粉病。但就像病毒预防一样,这种途径不具有广谱性和持久性,很容易随着白粉病新小种的出现而失去效用。  病原菌的成功侵染需要利用植物感病基因,能否通过阻断这个病害与植物连接的“桥梁”来获得广谱持久的抗性呢?  这是科学家想做但又不敢去做的一件事,因为感病基因的敲除具有两面性:抗病的同时,也会影响植物生长。  科学家很早就知道MLO是小麦的感病基因,但由于普通小麦是异源六倍体,MLO基因有3个拷贝,几乎不可能通过天然突变方式同时敲除这3个基因。2014年,合作团队利用“基因剪刀”定向敲除MLO的3个拷贝,不出所料地获得了对白粉病具有广谱持久抗性的小麦新材料。  相关研究在《自然—生物技术》发表后引起了世界范围内的极大关注。该研究入选了该刊创刊20周年最具影响力的20篇文章,并入选《麻省理工科技评论》2016年“全球十大技术突破”。高彩霞也因引领了植物基因组编辑的浪潮,入选《自然》2016年度“十位中国科学之星”。  不过,这个故事还有后续——正如在其他多种植物中观察到的一样,研究团队发现敲除感病基因MLO的小麦出现了一定程度的负面表型,如早衰、植株变矮、产量下降等,限制了其在生产上的广泛应用。  对此,研究团队选择迎难而上。  在当时敲除MLO后得到的100多个基因组编辑小麦突变体中,他们发现了一个“宝贝”材料——突变体Tamlo-R32。它在表现出对白粉菌的抗性的同时,生长发育和产量完全正常。  这个与众不同的材料让高彩霞坚信,感病基因突变抗病并非“死胡同”,“沿着这条路走一定能够做成”。  现在,经过八年协力攻关,“另一只靴子”终于落地。在发表于《自然》的新研究中,他们解开了Tamlo-R32突变背后的秘密,克服了感病基因MLO突变引起的负面表型,实现了抗病高产“鱼与熊掌”的兼得。  层层推进破悬疑  在敲除MLO得到的大量突变体中,Tamlo-R32为何一枝独秀?这个产量甚至超过普通野生型小麦的材料是怎么出现的?如何通过基因组编辑获得该突变体并将其导入小麦主栽品种中?  2014年之后,围绕Tamlo-R32这个“主角”的系列悬疑,成为高彩霞和合作者要破解的谜题。  但这做起来并不容易。  普通小麦基因组十分庞大,是人类基因组的5倍、水稻基因组的40倍。其序列重复性相当高,基因组结构极为复杂。  一开始,由于小麦基因组数据并不完善,研究团队只能通过一系列漫长的传统遗传学实验进行分析,最终确定在小麦3个染色体组A、B、D中,A和D基因组上都存在预期的突变。  “只有这两个基因组发生改变,还不足以抵抗白粉病,所以B基因组上一定有问题。”高彩霞说,受限于当时的基因组数据,研究团队在这个问题上探索了4年始终未能解决。  直到2018年,借助新完成的小麦基因组重测序数据和染色体精细图谱,这个“暗箱”终于被打开了。  让研究团队吃惊的是,Tamlo-R32突变体的B基因组上竟然发生了高达304Kb(超过30万DNA字母)的大片段删除——这导致该突变体的染色体三维结构被改变,使上游基因TaTMT3(与糖转运蛋白相关)表达水平上升,进而克服了感病基因MLO突变引起的负面表型,最终实现了抗病和产量的“双赢”。  悬疑破解了,但要精确实现304Kb这一大的基因组片段剪切,并非易事。“‘剪刀’的效率要特别高。”高彩霞对《中国科学报》说,抗白粉病基因编辑研究十年来,目前已拥有7项核心技术专利,研究团队还开创了一系列基因组编辑新技术。  正是基于这些核心技术,研究组通过叠加使用“基因剪刀”,在敲除MLO感病基因的同时,删除了TaMLO-B附近的大片段DNA,从而成功将这一抗病高产优异性状引进到我国多个小麦主栽品种中。  由于MLO的基因功能在不同植物中相对保守,研究者进一步发现,在模式植物拟南芥中过表达TMT3也能克服其感病基因突变产生的负面表型。“这证明了叠加的遗传改变可以克服感病基因突变带来的生长缺陷,为作物抗病育种研究提供了新的理论视角。”论文第一作者、邱金龙团队助理研究员李盛楠说。  至此,研究团队终于讲完了利用感病基因进行小麦抗病育种的故事。回顾其中的挑战,高彩霞有些风轻云淡地说:“我们知道路就在那里,只要坚持不懈就一定能够到达。”  这个历经“八年抗战”取得的研究成果获得了审稿人的一致好评。多位审稿人表示这项研究“具有很大应用潜力”。其中一位审稿人指出:“这项工作在探索没有负面效应的抗病小麦育种上迈出了重要一步。”  基因编辑除了“剪刀”还是“橡皮”和“铅笔”  “基因组编辑的一个优点是可以更方便、快捷、精准地进行作物育种和改良。”李盛楠说,研究团队用了数年时间了解Tamlo-R32的突变机制后,仅用了几个月就利用基因组编辑技术在多个小麦主栽品种中获得了抗病且高产的种质资源。而传统杂交育种则需要五六年的时间。  在2019年和2020年于北京和河北赵县进行的大田试验中,联合团队进一步证明了新种质资源的可靠性:常规MLO突变体造成的株高矮化在10%左右,产量降低16%左右;而新突变体具有超出或至少保持与亲本一致的产量。  “培育和推广抗病新品种是防治植物病害最经济、高效和环境友好的策略。”康振生评论说,“这项研究验证了基因组编辑技术的发展对作物性状改良具有重大推动作用,尤其对经典遗传改造难以实施的多倍体复杂基因组农作物的改良,对保障粮食安全具有重要意义。”  “和传统育种技术相比,基因组编辑育种的优势非常明显。”高彩霞对比说,传统杂交育种要引入一个抗病基因,需要进行6~8代的回交,整个过程非常漫长,而且其前提是杂交的亲本种要有抗病基因。通过突变育种(辐射、化学诱变等方法)具有盲目性和随机性,找到理想的突变体无异于大海捞针。而基因组编辑为精准定向育种提供了可能。  “通过基因组编辑可以不添加任何外源性的基因,只需要把靶向的序列修改好,大大节省了时间、减少了工作量。”她补充说。  高彩霞指出,基因组编辑技术经过10年的发展已经不仅仅是“一把剪刀”的概念。进化至“2.0时代”的碱基编辑和引导编辑还可以是一块“橡皮”或一支“铅笔”。“如果一个序列有点多,你可以把它剪掉;如果组成DNA的四个字母ATCG有一个错了,你可以用‘橡皮擦’把它擦掉,然后用‘铅笔’写入正确的字母,而‘铅笔’‘橡皮擦’是不留在细胞里的。”  好消息是,今年1月底农业农村部制定公布了《农业用基因编辑植物安全评价指南(试行)》,进一步规范了农业基因编辑植物的安全评价管理,促进我国生物育种技术和产业发展。“在这个政策的鼓舞和鞭策下,相信我国很快会有更多的基因组编辑材料进入田间和市场。”高彩霞表示,下一步将深入开展小麦白粉病新种质资源的开发和推广应用。  相关论文信息:https://doi.org/10.1038/s41586-022-04395-9
  • 实现精准的基因剪切 中国科研人员开发出新型“基因剪刀”载体
    p   新华社华盛顿4月6日电(记者 周舟)来自南京大学、厦门大学和南京工业大学的科研人员日前在新一期美国《科学进展》杂志上发表论文说,他们开发出一种“基因剪刀”工具的新型载体,可实现基因编辑可控,在癌症等重大疾病治疗方面具有广阔的应用前景。 /p p   被誉为“基因剪刀”的CRISPR基因编辑技术能精确定位并切断DNA(脱氧核糖核酸)上的基因位点,可以关闭某个基因或引入新的基因片段,从而达到治病目的。但脱靶效应一直是阻碍其应用的关键障碍之一。 /p p   论文通讯作者、南京大学现代工程与应用科学学院教授宋玉君对新华社记者说,目前的CRISPR-Cas9技术本身具有脱靶效应,给精准治疗带来挑战,且这种技术主要以病毒为载体,还可能导致细胞癌化。 /p p   据介绍,研究人员新开发的方法采用了一种名叫“上转换纳米粒子”的非病毒载体。这些被“锁”在“基因剪刀”CRISPR-Cas9体系上的纳米粒子可被细胞大量内吞。由于 strong 这些纳米粒子具有光催化性,在无创的近红外光照射下,纳米粒子可发射出紫外光,打开纳米粒子和Cas9蛋白之间的“锁”,使Cas9蛋白进入细胞核,从而实现精准的基因剪切 /strong 。研究显示, strong 这种方法的有效性已在体外细胞和小鼠活体肿瘤实验中得到验证。 /strong /p p   宋玉君说,红外光具有强大的组织穿透性,这为在人体深层组织中安全、精准地应用基因编辑技术提供了可能。 /p
  • 美研究利用“基因剪刀”应对抗生素耐药性
    p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 致病菌对抗生素产生耐药性已成为日益严峻的全球性公共卫生问题。美国研究人员近日报告说,他们利用“基因剪刀”开发出一个新系统,可以确定某种特定抗生素能靶向作用于致病菌的哪些基因,有望用于改进现有抗生素效果或开发新型抗生素。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 被誉为“基因剪刀”的CRISPR基因编辑技术能精确定位并切断DNA(脱氧核糖核酸)上的基因位点,可以关闭某个基因或引入新的基因片段。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 美国威斯康星大学麦迪逊分校等机构研究人员近日在英国《自然· 微生物学》杂志上报告说,CRISPRi是“基因剪刀”的弱化版,不能切断DNA链,但能附着在DNA的某个位置,阻止基因转录所需蛋白质分子靠近,以达到降低基因表达、减少该基因编码蛋白质数量的效果。他们开发出的这个新系统被命名为“移动CRISPRi”,可适用于研究不同菌种。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 研究人员发现,利用这种基因编辑技术,减少被某种抗生素作为“靶子”的蛋白质数量时,细菌会变得对这种抗生素更敏感,这证明了特定抗生素和某些基因之间的关联。通过这种方式,研究人员一次可以筛查出数千种可能成为抗生素潜在目标的基因,可帮助科学家理解抗生素的工作机制并改进药物效果。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 研究人员用“移动CRISPRi”研究了从奶酪皮中分离出的干酪弧菌,以弄清这种细菌怎样聚居到奶酪上并影响风味。研究人员说,“移动CRISPRi”可用于研究任何数量的科学家此前不了解的致病菌或有益菌。 /p
  • 河北省学者在“基因剪刀”技术新方向上取得突破
    河北科技大学生物科学与工程学院副教授韩春雨近日找到基因编辑新工具,他和研究团队利用格氏嗜盐碱杆菌的Argonaute(一类庞大的蛋白质家族)来实现DNA引导的基因组编辑,真正实现了对基因组的任意位置进行切割。这一被称为NgAgo的技术将基因编辑的可能性推入了更广泛的境地。此项研究成果刊发在5月2日的顶级学术杂志《自然生物技术》上。  “基因剪刀”技术的出现,让基因编辑技术实现精准、简单操作,大幅降低了基因编辑门槛。人类操纵基因的梦想因此成为现实。韩春雨和团队的新技术公布前,RNA引导的核酸内切酶Cas9是全球范围内最常用的基因组编辑工具。  Cas9的“取材”范围有限,NgAgo的优势之一,就是大大扩充了基因编辑的取材范围。在新技术帮助下,地球上大部分生物的基因都可成为基因编辑工具,这意味着基因编辑技术受限更小,便利性更大。  韩春雨和团队发表的这篇题为《NgAgo DNA单链引导的基因编辑工具》中,还阐明了这一新技术的其他优势:向导设计制作简便,可以合成短链单链DNA向导。向导可直接转染细胞和组织而无需构建向导表达载体。可编辑基因组内任何位置,对靶点选择没有限制。由于向导核酸是DNA而非RNA,因此避免了RNA易于形成复杂的二级结构而带来的失效或者脱靶效应。对游离于细胞核的DNA具有更高的切割效率。  专家普遍认为,该技术可用于微生物、植物和动物的精准基因改造,以及乙肝、艾滋病或者一些遗传性疾病的基因治疗,在人类血液、器官的编辑和再造等方面具有重要意义,在医药、农业、畜牧等产业领域具有重要应用价值。
  • 广州生物院首次培育出带有基因剪刀的工具猪
    style type=" text/css" .TRS_Editor P{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt }.TRS_Editor DIV{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt }.TRS_Editor TD{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt }.TRS_Editor TH{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt }.TRS_Editor SPAN{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt }.TRS_Editor FONT{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt }.TRS_Editor UL{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt }.TRS_Editor LI{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt }.TRS_Editor A{margin-top:0px margin-bottom:12px line-height:1.8 font-family:宋体 font-size:10.5pt } /style p   11月16日,中国科学院广州生物医药与健康研究院赖良学课题组的最新研究成果,以 em Cre-dependent Cas9-expressing pigs enable efficient in vivo genome editing /em 为题,在线发表在 em Genome Research /em (《基因组研究》)上。该研究首次构建了新型条件性表达Cas9基因工具猪模型,利用此模型,率先实现了直接对成体大动物进行体内基因编辑,并首次建立了大动物原发性肺癌模型。 /p p   猪在器官结构、大小以及生理代谢、免疫系统等方面与人更接近,被普遍认为是非常理想的大动物疾病模型、异种器官移植供体模型和异种器官再造受体模型。获得这些模型,需要对猪的进行基因组编辑。目前,对猪等大动物在体内直接进行基因突变在技术上尚不可行。猪的基因组编辑依赖于受精卵注射或体细胞核移植技术来实现。受精卵注射方式建立基因编辑动物易产生嵌合体,需要繁殖到第二代,甚至第三代,2-3年的时间才能够获得有实际用途的基因编辑猪;利用体细胞核移植技术制备基因编辑大动物模型,因多种不可控等因素影响,体细胞克隆成功率非常低,同样耗时、耗力,且成本极高。 /p p   研究人员利用基因打靶技术,将能够剪开基因的Cas9蛋白基因插入到猪基因组的一个特定的位点(ROSA26),相当于在猪体内加入了一把基因剪刀,并且在Cas9基因附近加上了能与Cre重组酶结合的loxp位点,后者相当于一个开关,能对其剪切功能的开启加以控制。研究人员利用此工具模型,不需要依赖受精卵注射或体细胞核移植技术,在动物体内转入能识别特定基因的gRNA和重组酶,可直接对猪的基因组进行编辑,从而快速获得相应基因编辑猪模型。 /p p   研究人员将包装的含有Cre重组酶和靶向六种肿瘤相关基因的gRNAs慢病毒通过滴鼻方式,感染工具猪的肺脏,在猪肺细胞的基因组发生癌化突变。三个月后,猪出现了典型的肺癌症状和病理变化,从而建立了原发性肺肿瘤大动物模型。 /p p   利用条件性表达Cas9基因猪模型,可高效的实现大动物体内细胞单基因、多基因、超大片段基因的编辑。这一研究成果将推动猪基因功能的研究进展,并加快在生物医药及农业领域有重要应用价值的基因修饰猪模型的建立。 /p p   研究工作获得国家自然科学基金、中科学国际合作重点项目、广东省科技计划项目和广州市科学(技术)研究专项等的支持。 /p p style=" text-align:center " img alt=" " oldsrc=" W020171123379405096075.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201711/uepic/199bfdc0-d49a-498e-924d-37885a23eb65.jpg" uploadpic=" W020171123379405096075.jpg" / /p p style=" text-align: center " 广州生物院首次培育出带有基因剪刀的工具猪 /p
  • 2020诺贝尔化学奖花落“基因剪刀”,张锋错失诺奖,CRISPR三巨头“恩怨”落幕?
    div class=" wrap-left pull-left" div class=" article" div class=" article_title" 北京时间10月7日17时45分,备受瞩目的 strong 2020年诺贝尔化学奖 /strong 揭晓获奖名单! strong 德国马克斯· 普朗克病原学研究所的Emmanuelle Charpentier /strong 博士以及 strong 美国加州大学伯克利分校的Jennifer A. Doudna博士 /strong 因 strong 发现了CRISPR / Cas9基因剪刀 /strong 这一基因技术中最“犀利”的工具之一而斩获该奖项。 /div div class=" main_info" p style=" text-align: center " img src=" http://pic.biodiscover.com/files/k/m0/202010090938554055.jpg" alt=" " / br/ /p p strong CRISPR/Cas9 /strong 是继“锌指核酸内切酶(ZFN)”、“类转录激活因子效应物核酸酶(TALEN)”之后出现的第三代“基因组定点编辑技术”。所谓“基因编辑技术”,就是能够让人类对目标基因进行“编辑”,实现对特定DNA片段的敲除、加入的一项技术。 /p p strong span style=" color:#cc0000 " 关于两位获奖科学家 /span /strong /p p Emmanuelle Charpentier,素有“ strong 基因编辑之母 /strong ”之称,1968年生于法国奥尔维河畔尤维斯,已经获得10项久负盛名的科学奖项,目前担任德国马普学会感染生物学研究所所长,过去20年在5个不同的国家、9所不同的大学工作过。 /p p Jennifer A. Doudna,素有“ strong CRISPR女神 /strong ”之称,1964年生于美国华盛顿,现为美国加州大学伯克利分校教授,霍华德· 休斯医学研究所研究员,2016年曾获得世界杰出女科学家成就奖。 /p p strong span style=" color:#cc0000 " 关于CRISPR / Cas9基因剪刀 /span /strong /p p 2003年开始, strong 西班牙微生物学家Francisco Mojica /strong 的一篇文章接连被Nature、PNAS等期刊拒稿,因为在普遍认为单细胞的细菌、古菌没有“高端”免疫系统的节点上,这篇文章实在太过“离奇”。它提出:细菌和古菌当中广泛存在一种免疫机制,能够记住此前感染过它们的病毒的基因特征,并进行针对性防御。 /p p 直到2005年,Mojica的研究成果被《分子演化杂志》接收,一个新的术语才开始进入了人们的视野——“ strong 规律成簇间隔短回文重复 /strong ”(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats),简称 strong CRISPR /strong ,而 strong Francisco Mojica也成为CRISPR系统的首个发现者 /strong 。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://pic.biodiscover.com/files/j/ii/202010090942209459.jpg" alt=" " / br/ /p p 之后,Emmanuelle Charpentier在对 strong 化脓性链球菌 /strong 进行研究时发现了一种前所未知的 strong 分子tracrRNA /strong ,并证明这是细菌古老的免疫系统CRISPR / Cas的一部分,该系统通过切割病毒的DNA使之攻击失效。 /p p 2011年,Charpentier将研究成果公诸于世,并在同年与具有丰富RNA知识的资深生物化学家Jennifer Doudna达成合作,二人成功地在试管中重建了细菌的基因剪刀,并简化了其分子成分,使之更易于使用。更为重要的是,她们开启了 strong 基因编辑史的新篇章:人工设计的向导RNA可以让Cas9蛋白切割任意指定的片段DNA序列 /strong 。 /p p CRISPR / Cas的出现为基础研究中的许多重要发现做出了贡献。诺奖官网指出, strong CRISPR / Cas9基因剪刀对生命科学产生了革命性的影响,正在为新的癌症疗法做出贡献,并可能使治愈遗传性疾病的梦想成真 /strong 。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://pic.biodiscover.com/files/d/16/202010090942436920.png" alt=" " / br/ /p p span style=" color:#cc0000 " strong 基因编辑三巨头“恩怨”终结? /strong /span /p p 在为两位女科学家祝贺的同时,不少人对于另一位基因编辑巨头 strong 张锋 /strong “落选”诺奖感到惋惜。事实上,一直以来对于这位最早将CRISPR基因编辑技术应用于哺乳动物和人类细胞的华人科学家是否该获诺奖的争议不断。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://pic.biodiscover.com/files/s/ms/202010090943067934.jpg" alt=" " / br/ /p p 2012年,Jennifer Doudna和Emmanulle Charpentier合作在 em strong Science /strong /em 杂志发表了 strong 基因编辑史上的里程碑论文 /strong , strong 成功解析了CRISPR/Cas9基因编辑的工作原理 /strong 。 /p p 当然,在两位科学家开展CRISPR/Cas9基因编辑相关研究的同时,一位来自麻省理工学院的年仅30岁的华人科学家也敏锐地意识到了CRISPR的光辉前景,并着手进行研究。他的名字,叫做 strong 张锋 /strong 。 /p p 2013年,张锋在 em strong Science /strong /em 杂志刊文, strong 首次将CRISPR基因编辑技术应用于哺乳动物和人类细胞 /strong ,“捷足先登”成为 strong 第一个用CRISPR/Cas9编辑哺乳动物细胞基因组的科学家 /strong 。 /p p 由此,CRISPR基因编辑技术正式成为近年来生命科学领域最耀眼的技术,三位科学家也被誉为“CRISPR基因编辑三巨头”。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://pic.biodiscover.com/files/y/p2/202010090944321523.jpg" alt=" " / br/ /p p 一般认为, strong Doudna和Charpentier最先发现了CRISPR/Cas9基因编辑技术这座金库,而张锋则最先找到了金矿中的金子。 /strong /p p 过去,张锋与Doudna与等人曾经携手创建基因编辑公司——Editas Medicine,但是不久后合作破裂,两大阵营关于CRISPR/Cas9的专利之争摆上了台面。Doudna“单飞”创办了自己的公司Intellia Therapeutics公司,埃玛纽埃尔· 卡彭蒂耶(Emmanulle Charpentier)创立了CRISPR Therapeutics公司,这三家公司均已上市。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://pic.biodiscover.com/files/a/46/202010090944422377.jpg" alt=" " / br/ /p p 尽管Doudna和Charpentier最先发表了论文,但是从目前CRISPR/Cas9的科研成果来看,一半重大突破都出自张锋之手,其余重大突破多少也使用了张锋免费分发的科研资源。由此,张锋在基因编辑领域“一哥”的地位几近无可撼动。 /p p strong 2014年,美国专利商标局(USPTO)批准了张锋所在的博德研究所的专利请求 /strong 。2018年,美国专利局法庭宣布,Doudna 针对张锋的真核细胞 CRISPR-Cas9 基因编辑技术的专利干扰诉求不成立。美国专利局判决称:Doudna 与 Vilnius 的专利申请只是在试管中剪切DNA片段,没有涉及细胞、基因组,也没有基因编辑。 /p p 虽然在专利争夺中“败北”,但是此次斩获诺奖无疑是对Doudna和Charpentier二人在基因编辑领域贡献的极大肯定。事实上, strong 一直以来学术界就更偏爱 Charpentier 和 Doudna /strong ,2015年二者就获得了有豪华版诺奖之称的“生命科学突破奖”,2016年两人再获阿尔珀特奖,2020年又同获沃尔夫奖。 /p p 对于两位Doudna和Charpentier获得诺贝尔化学奖, strong 饶毅 /strong 教授在其个人公众号评论道:“独到的原创比紧密的竞争更优雅,发现和发明较发表和展示更重要。” /p p 中科院动物所基因工程技术研究组组长 strong 王皓毅 /strong 在接受《中国科学报》采访时提到,张锋在CRISPR领域后续的一系列工作中做出了巨大的贡献,是CRISPR应用技术开发领域的第一人,也是CRISPR技术发展应用和进一步挖掘的主要领导者。但从基本原理上来说,Jennifer Doudna和Emmanuelle Charpentier的原理解析无疑是重要一笔。 /p p 无论如何,CRISPR技术能够如此广泛地应用到生命科学和医学的各个领域,为人类和科技的发展做出不可磨灭的贡献,为挽救生命带来新的希望,都离不开以基因编辑三巨头为代表的科学家,他们每一个人都应该受到世人的尊重。 /p /div /div /div
  • 韩春雨:磨出基因新“剪刀”
    在7月11日召开的河北省科技创新大会上,一批在原始创新上有重大发现、技术创新上有重大发明、产业创新上有重大突破的高层次创新团队受到表彰,河北科技大学韩春雨“基因编辑技术开发创新团队”赫然在列。记者也在第一时间对韩春雨教授进行了采访。  韩春雨,2006年开始在河北科技大学任教,至今十年,期间他只作为通讯作者发表过两篇中文论文。河北科技大学几乎从未给过他诸如发表论文篇数以及评职称的压力,让他有条件泡在实验室专注实验本身。  十年磨一剑。今年5月2日,韩春雨作为通讯作者在国际顶级期刊《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上发表了一篇研究成果,石破天惊,全世界的生物界都在问:韩春雨是谁?  论文显示,韩春雨的团队发明了一种新的基因编辑技术NgAgo-gDNA,向已有的最时兴技术CRISPR-Cas9发起了挑战。CRISPR-Cas9被认为是第三代基因编辑技术,近些年来一直是诺贝尔奖的热门。而韩春雨团队的发现,在一些人看来,可以堪称是“第四代”技术。  虽然人类的基因目前已经得到测序,但却还有90%以上的基因是“暗物质”,人们不知道它的原理和意义,有了基因编辑新工具后,相当于把手术刀送到了细胞中去进行编辑或删除,这就可以知道某个基因的功能,如果能将这项技术应用到人身上,或许将有助于治疗艾滋、癌症等重大人类疾病。  文章在线发表几个小时之后,学术圈朋友的祝贺电话陆续打来了。很快,韩春雨和他的新发现出现在了大洋彼岸MIT(麻省理工学院)的BBS讨论区里。  韩春雨泡在实验室的安静日子一下子被打破了。邮件每天翻倍增加,第一天收到十几封邮件,第三天就上百封了,这些从美国、瑞典、法国、韩国等世界各地蜂拥而至的邮件,有谈学术的,也有谈合作的,其中不乏向他抛出橄榄枝的研究机构。  其实,在论文发表之前,韩春雨在试验中曾有过两次失败的跟风。他很早就开始关注基因编辑这一前沿科学领域,CRISPR-Cas9技术出现后,韩春雨也备受鼓舞,他的团队曾使用这一技术变异了一些植物,当他们准备把这一过程梳理成型时,国外顶级学术杂志连续推出了两篇同类文章。韩春雨不得不改变计划,接下来,他的团队试图通过设计对该技术进行改进,随后,他们的研究想法又被别人抢先发表。  经历过这两次失败后,韩春雨发现他们的研究速度难以赶超别人。他决定不再跟风,要做原创,这也更符合他作为科学家的身份认同。2014年初的两篇文献,促使韩春雨把这一想法转化成行动,他开始着手研究这项新技术。  韩春雨是中国协和医科大学的博士生,期间发表过一篇非常不错的论文,2006年进入河北科技大学,属于引进人才,学校一开始就给了这个“青年才俊”25万元的学科建设经费。不久之后,他又申请了17万元的国家自然科学基金。加上后来15万元的青年基金以及他通过参与重大专项获得的资金,他开始发起这项新的基因编辑技术研究时,并不缺钱。  “一个不爱做实验的人,不可能是科学家。”韩春雨说。但后来的试验花费超出了他的预期,目前他还欠下了30多万元。  据介绍,2014年前,有很多科学家在质疑Ago家族(韩春雨团队所发现的新基因编辑技术)是否能作为基因编辑工作研究,韩春雨当时就断定,他如今这篇文章的发表会刺激很多具备科学敏感的科学家。论文发表后,外界很多人断言这项新技术将会替代原有技术而成为最实用技术,而对此韩春雨本人和他的团队都采取了一种比较谨慎的说法。  “如果说此前的技术是一个菜市场,我们就是发现了另一个菜市场,丰富了人们的选择,而这个菜市场究竟好不好有待全世界的科学家去验证,当然我也会进一步探究。”韩春雨介绍。  日前,省科技厅组织省内外专家召开专题座谈会,就河北科技大学基因编辑技术研究中心建设进行专题研讨交流,河北科技大学基因编辑技术研究中心呼之欲出。“这次全省创新大会力度空前,在鼓励创新,深化人才发展体制机制改革方面出台了许多重要政策,做为一名科技工作者,我备受鼓舞,同时深感责任重大,惟有不断努力钻研,力争取得更多创新成果。”韩春雨坚定地说。
  • 宁波材料所提出“化学剪刀” 在光电器件等领域具应用潜力
    3月17日,中国科学院宁波材料技术与工程研究所先进能源材料工程实验室研究员黄庆等在《科学》(Science)上,发表了题为Chemical scissor-mediated structural editing of layered transition metal carbides的研究论文。该研究开发了一种“化学剪刀”辅助的层状过渡金属碳/氮化物(MAX相和MXene)结构编辑策略,实现了层状过渡金属碳/氮化物结构拓扑转变及组分精准调控,并创制出一类金属原子插层型二维碳化物新材料。   MAX相是一类具有六方晶体结构(空间群为P63/mmc)的非范德华纳米层状化合物,分子式为Mn+1AXn,其中,M主要为前过渡族金属,A一般为ⅢA和ⅣA主族元素,X为碳、氮或硼元素,n取值1~4之间。MAX相晶体结构中存在共价键为主的Mn+1Xn亚层和金属键为主的M2A亚层结构,这一独特的混合成键结构使其兼具金属的导电、导热、易加工、耐疲劳等特性,并表现出陶瓷的高强度、耐腐蚀、耐氧化、耐辐照等结构性质,在高温电接触、金属基复合材料和事故容错型核包壳等应用领域受到广泛关注。   2011年,美国德雷塞尔大学Yury Gogotsi等发现MAX相中A位原子经过化学刻蚀后可衍生出一类二维过渡金属碳/氮化合物(一般称为MXene,分子式为Mn+1XnTx,其中T为表面端基)。MXene具有与石墨烯相似的原子排列方式,且晶格组分(M和X元素)和表面端基(T元素)丰富可调,因此在光电器件、电化学储能、电磁屏蔽、表面催化、分离膜等领域颇具应用潜力【Science, 372, 1165 (2021)】。因此,如何精确调控MAX相和MXene材料二维层间的组分和结构成为制约其实现特定功能应用的重要挑战。   黄庆带领的团队,一直致力于三元层状碳/氮化物MAX相及其衍生的二维过渡金属碳/氮化物MXene的创制研究。2019年,该团队首次提出了一种基于路易斯酸熔盐的“同晶置换”合成路径【Journal of the American Chemical Society, 141, 4730 (2019)】。该方法可将常规MAX相中的A位主族元素(如Al、Ga等)替换为非常规的过渡族元素(Fe、Co、Ni、Cu、Zn等),从而合成出一系列全新MAX相结构材料。   同时,研究发现,在路易斯酸熔盐的刻蚀作用下,M原子可以成为配位中心与熔盐中的卤素阴离子相互作用,在不使用含氟刻蚀剂的条件下获得了MXene材料,并通过构建高温熔盐环境下阳离子与A元素的氧化还原电位/置换反应吉布斯自由能映射图谱,提出了一种路易斯酸熔盐刻蚀MAX相合成MXene的通用策略【Nature Materials, 19, 894 (2020)】。   上述成果表明,路易斯酸熔盐合成路径为MAX相和MXene材料结构调控提供了全新思路,而其插层化学机制未得到深入研究;受限于常规路易斯酸熔盐的物理化学性质,如氧化还原电位较低、沸点较低、高温不稳定等,该方法适用性仍存在较大的局限性。   近期的研究表明,非范德华力层状材料层间的打开和闭合完全由“化学剪刀”和客体种类性质而定,而MAX相和MXene之间的拓扑转变可精细化地由四个反应路径完成(图1)。   路径I:路易斯酸熔盐阳离子作为“化学剪刀”刻蚀MAX相的A位原子,打开非范德华间隙,形成层间原子空位结构(图1中的Mn+1□Xn));路径II:熔盐中溶剂化的插层原子扩散进入层间原子空位形成MAX相;路径III:还原性金属原子作为“化学剪刀”敲除MXene的表面端基,打开范德华间隙;路径IV:熔盐中阴离子与M位原子配位形成MXene材料。   “化学剪刀”和客体物质的协同作用赋予层间组分和结构调控更大的空间,最终得到了一系列含有常规A位元素(Al、Ga、In和Sn)和非常规A位元素(Bi、Sb、Fe、Co、Ni、Cu、Zn、Pt、Au、Pd、Ag、Cd和Rh)的MAX相材料,以及包括卤素、硫属、氮族端基类型的MXene材料(T=-Cl、-Br、-I、-S、-Se、-Te、-P和-Sb)(图2)。研究显示,通过路径III和路径II可以实现二维MXene到三维MAX相的拓扑结构转变,即Mn+1XnTx的化学端基T被“化学剪刀”敲除后,层间原子空位可重新放入金属原子A,Mn+1□Xn重新组装为Mn+1AXn。显然,“化学剪刀”辅助的结构编辑策略为MAX相和MXene材料的结构及化学组分的精准调控提供了有效手段,并有望为二维材料的三维组装提供新思路。   研究发现,MAX相按照“路径I→路径IV→路径III→路径II”拓扑转变顺序多次层间刻蚀和结构组装之后,最终得到的二维碳化物同时具有插层金属原子和表面端基结构,即一种新型的金属插层型二维碳化物材料(Metal-intercalated 2D carbides),分子式可写为M(n+1)mAm–1XnmTx(m表示最终Mn+1□Xn结构单元参与组装的层数)。当m=1时,M(n+1)mAm–1XnmTx为Mn+1XnTx,即MXene材料。当m足够大时,M(n+1)mAm–1XnmTx中M、A、X元素对晶体结构的体性能起到决定作用,表面端基T几乎不产生影响,分子式可简化为Mn+1AXn,即MAX相材料。由此可见,“化学剪刀”结构编辑策略同时体现了“自上而下”(Top-Down)和“自下而上”(Bottom-Up)的纳米材料合成基本理念。   该研究工作的第一完成单位为宁波材料所,合作单位为美国德雷塞尔大学和瑞典林雪平大学。研究工作得到中科院国际合作伙伴计划、浙江省重点研发计划、浙江省双创项目、宁波市顶尖人才团队计划、广东东江实验室专项、国家自然科学基金和宁波材料所所长基金的支持。图1.“化学剪刀”辅助的层状过渡金属碳化物的结构编辑策略示意图  图2.元素周期表汇总了组成MAX相和MXene的元素种类。浅蓝色为M位元素,土褐色为A位元素,黑色为X元素,绿色为端基元素,圈出元素为文章中已开展实验验证的元素。
  • 青海疫情核酸采样见闻:“百人尖刀班”保平安
    日前,青海省海东市平安区报告1例新冠阳性病例。之后,青海省人民医院迅速启动防控应急预案,第一时间组建医疗队,时刻待命。  10月21日晚,按照青海省相关部署,青海省人民医院医疗队承担海东市平安区全员核酸采样部分工作。 22日清晨,灰蒙蒙的天空飘着小雨,青海省人民医院行政楼前,由20名医生、80名护士组成的核酸采样“百人尖刀班”整装待发。  青海省人民医院为医务人员举行了一场简短又温馨的送行仪式。 “要主动担当医务工作者的职责使命,尽心尽职,发挥专业所长,以决战姿态全身心投入,将核酸采样工作做细做实,不留死角,为疫情防控贡献力量。”青海省人民医院院长张强勉励说。  张强表示,经过“青海学者”赵生秀教授前期扎实、有效的培训,医疗队员的专业技能过硬,“你们就像‘尖刀班’的战士,冲在最前面。”  随后,青海省人民医院赴海东市平安区核酸采样队在细雨中踏上征程。 行车途中,青海省人民医院护理部主任李月美再三叮嘱此次工作的要点,按照组长负责制的管理机制,确保每位医务人员熟练掌握核酸采集流程及信息录入流程,确保采集工作顺利进行。  8时30分,核酸采集队到达平安区平安小学核酸采集点。 安营前,带队的青海省人民医院副院长杨金煜再次强调医务人员自我防护的重要性,要在保证医务人员安全的情况下有序开展工作,严格按照操作流程进行,并针对工作中可能存在的问题进行了指导。  疫情防控总是少不了护理人员和院感人的身影。  青海省人民医院护理部主任李月美、院感科主任王凯、老年医学科护士长马秀花根据扎实的临床知识和实战经验,立即将“尖刀班”100名核酸采集人员分为10组,井然有序开展核酸采集前的物资发放、区域划分、采集场所的标签粘贴、消毒物品的清点等各项准备工作。 9时40分,核酸采集队100名核酸采集人员已全部穿戴好防护服,带队领导认真检查每一位核酸检测人员的防护服穿戴情况,确保医务人员防护安全。  10时,核酸检测工作正式开始。 为了确保平安区全员核酸检测工作的顺利推进,该支核酸采集队对检测场地进行布置,设置入口分流区、扫码测温区、检录等候区、核酸采样区、应急通道及出口等功能分区。  同时,按照检测人员的规模合理安排了20条检测通道,现场指引进行扫码、测温、登记信息以及维持秩序等工作。  青海省人民医院党委书记王洪表示,希望医疗队员充分发挥党员干部先锋模范作用,充分展现该院的担当责任,守护好青海各族民众的健康。
  • 中国水稻研究所王克剑:让杂交稻优良基因代代相传
    “最近,我们团队正在整理刚从海南南繁基地收回来的杂交稻种,准备这几天播种下去,以查看无融合生殖水稻的综合性状。实验人员会对稻种进行实验室育苗监测,跟踪其生长情况… … ”刚见到记者,中国水稻研究所研究员王克剑便迫不及待地分享团队的工作进展。◎洪恒飞 科技日报记者 江 耘绘图:央美互动  过去十几年,“杂交水稻种子”几乎占据了王克剑人生的全部。“我们团队深耕无融合生殖水稻种子创制,致力于培育杂种优势固定作物。”他说。  杂交水稻对推动农业生产作出了重要贡献,但由于其种子后代会发生性状分离,无法保持杂种优势,因此种子公司必须每年花费大量的人力、物力和财力进行制种工作。  “无融合生殖能解决这个难题。”王克剑说,“无融合生殖是一种通过种子进行无性繁殖的生殖方式,可以随着世代更迭而不改变杂交品种的杂合基因型,从而固定杂种优势,这将给农业生产带来一次新的革命。”  面向需求,解决农户生产难题  上世纪三十年代,国外科学家提出利用无融合生殖固定杂种优势的设想,随即引发研究热潮。然而,由于其形成机制复杂,科学家们钻研多年,相关研究依然进展缓慢。  生长在江苏农村的王克剑,从小在稻田间奔跑,大学期间又在机缘巧合下“结识”农学,尤其在发现遗传学的妙趣后,决心在此领域继续深造。2009年,在中国科学院遗传与发育生物学研究所获得博士学位后,他选择留所工作,开展水稻前沿基础理论的系统研究。  2013年,王克剑遵循导师“面向生产需求,迎接更多挑战”的建议,毅然南下,在位于浙江省杭州市富阳区的中国水稻研究所任研究员,将基因组编辑以及无融合生殖固定杂种优势作为研究方向。  入职后,王克剑做的第一件事是下乡。他走进田间地头,和水稻种植户交流。农户们向他“投诉”最多的,就是杂交作物的育种问题——杂交水稻的优良基因不能遗传给下一代,农民不得不每年购买昂贵的杂交种子。  “理论上讲,通过克隆种子进行无性繁殖,永久固定杂交种的杂种优势,将大幅降低制种成本,也就能减轻农户负担。”王克剑认为,杂交水稻无融合生殖并非不可行,以往研究进展缓慢的原因是实验技术不成熟。  王克剑决定奋力一试。  不断突破,努力实现从0到1再到10  实验室内的测试数据看似完美,一到田间实验就状况频出——对农业领域的科研人员而言,这种情况不可避免,但一次次的推倒重来,团队成员难免情绪低落。  对此,王克剑的处理方式是自我勉励、带头反思、查漏补缺。项目攻坚期间,他带领团队成员在稻田和实验室交替试验,累了就在单位宿舍就近休息。  2018年,王克剑团队利用基因编辑技术,敲除了籼粳杂交稻品种——“春优84”中4个内源基因,获得了可以进行无融合生殖的水稻材料,建立起水稻无融合生殖体系,得到杂交稻的克隆种子,实现了杂交水稻无融合生殖“从0到1”的关键突破。  彼时,“杂交稻之父”、中国工程院院士袁隆平对该成果给予了高度评价。  “从应用角度来看,仅实现‘从0到1’的突破是不够的。近两年,我们仍在跟进这项研究,相继建立了水稻多基因编辑系统,创建了多个变体基因组编辑系统,大幅提高了水稻遗传重组频率。”王克剑表示,按研究程度划分,如果将10视作达到大规模产业化水平,8视作小范围生产水平,目前团队的研究进度处于4这一阶段,正朝着小范围生产的目标迈进。
  • 基因编辑技术,最后一块拼图补齐:线粒体中实现A到G碱基转换
    生物技术重大发现的历史时间表。图片来源:韩国基础科学研究所  科技创新世界潮韩国基础科学研究所(IBS)基因组工程中心研究人员开发了一种新的基因编辑平台,称为类转录激活因子效应相关脱氨酶(TALED)。TALED是能够在线粒体中进行A到G碱基转换的碱基编辑器。这一发现是长达数十年治愈人类遗传疾病之旅的结晶,而TALED,也被认为是基因编辑技术中最后缺失的一块拼图。研究成果发表在最新一期《细胞》杂志上。“基因剪刀”的魔力与缺憾从1968年第一个限制性内切酶的发现、1985年聚合酶链式反应的发明到2013年CRISPR介导的基因组编辑的示范,生物技术的每一个新突破发现都进一步提高了操纵DNA的能力。特别是,新近开发的CRISPR—Cas系统(“基因剪刀”)允许对活细胞进行全面的基因组编辑。这为通过编辑人类基因组中的突变来治疗以前无法治愈的遗传疾病开辟了新的可能性。虽然基因编辑在细胞的核基因组中取得了很大的成功,然而,科学家们在编辑拥有自己基因组的线粒体方面并不成功。线粒体,即所谓的“细胞的动力室”,是细胞中的微小细胞器,充当能量产生工厂。由于它是能量代谢的重要细胞器,如果基因发生突变,则会导致与能量代谢相关的严重遗传疾病。韩国IBS基因组工程中心主任金镇秀解释说:“由于线粒体DNA缺陷,出现了一些非常严重的遗传性疾病。例如,导致双眼突然失明的Leber遗传性视神经病变是由线粒体DNA中的简单单点突变引起的。”另一种线粒体基因相关疾病包括伴有乳酸性酸中毒和卒中样发作的线粒体脑肌病,它会缓慢破坏患者的大脑。一些研究甚至表明,线粒体DNA异常也可能是阿尔茨海默病和肌肉萎缩症等退行性疾病的原因。线粒体DNA可以编辑了线粒体基因组遗传自母系。线粒体DNA中有90个已知的致病点突变,总共影响至少5000人中的1人。由于向线粒体递送方法的限制,许多现有基因组编辑工具无法使用。例如,CRISPR—Cas平台不适用于编辑线粒体中的这些突变,因为引导RNA无法进入细胞器本身。另一个问题是缺乏这些线粒体疾病的动物模型。这是因为目前不可能设计出创建动物模型所需的线粒体突变。”金镇秀补充道,“缺乏动物模型使得开发和测试这些疾病的治疗方法变得非常困难。”因此,编辑线粒体DNA的可靠技术是基因组工程的前沿领域之一,为了征服所有已知的遗传疾病,必须探索这一前沿领域,世界上最优秀的科学家多年来一直在努力使其成为现实。2020年,由美国哈佛大学博德研究所和麻省理工学院刘如谦领导的研究团队创建了一种新的碱基编辑器,名为DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器,可从线粒体中的DNA进行C到T转换。这是通过创造一种称为碱基编辑的新基因编辑技术来实现的,该技术将单个核苷酸碱基转化为另一个碱基而不会破坏DNA。但是,这种技术也有其局限性。它不仅仅限于C到T转换,而且主要限于TC基序,使其成为有效的TC-TT转换器。这意味着它只能纠正90个已确认的致病性线粒体点突变中的9个,也就是10%。长期以来,线粒体DNA的A到G转换被认为是不可能的。研究第一作者赵兴义说:“我们开始思考克服这些限制的方法。因此,我们创建了一个名为TALED的新型基因编辑平台,可实现A到G的转换。我们的新碱基编辑器极大地扩展了线粒体基因组编辑的范围。这不仅可为建立疾病模型作出巨大贡献,还可为开发治疗方法作出巨大贡献。值得注意的是,其在人类mtDNA中能够进行A到G的转化可纠正90种已知致病性突变中的39种,约为43%。”研究人员通过融合三种不同的成分创造了TALED。第一个组分是转录激活子样效应子,它能够靶向DNA序列。第二个组分是TadA8e,一种用于促进A到G转化的腺嘌呤脱氨酶。第三个组分DddAtox,是一种使DNA更容易被TadA8e获取的胞嘧啶脱氨酶。TALED的一个有趣的方面是TadA8e在具有双链DNA的线粒体中执行A到G编辑的能力。这是一种神秘的现象,因为TadA8e是一种已知仅对单链DNA具有特异性的蛋白质。金镇秀说:“以前没有人想过使用TadA8e在线粒体中进行碱基编辑,因为它应该只对单链DNA具有特异性。正是这种跳出框框的思维方法真正帮助我们发明了TALED。”诺贝尔奖级别的成果研究人员推测,DddA tox允许通过瞬时解开双链来访问双链DNA。这个转瞬即逝的临时时间窗口允许TadA8e作为一种超快作用的酶,快速进行必要的编辑。除了调整TALED的组件外,研究人员还开发了一种能够同时进行A到G和C到T碱基编辑以及仅进行A到G碱基编辑的技术。研究团队通过创建包含所需mtDNA编辑的单个细胞衍生克隆来展示这项新技术。他们发现TALED既不具有细胞毒性,也不会导致mtDNA不稳定。此外,核DNA中没有不良的脱靶编辑,mtDNA中的脱靶效应也很少。研究人员现在的目标是通过提高编辑效率和特异性来进一步改善TALED,最终为纠正胚胎、胎儿、新生儿或成年患者中的致病mtDNA突变铺平道路。研究团队还专注于开发适用于叶绿体DNA中A到G碱基编辑的TALED,叶绿体DNA编码植物光合作用中的必需基因。基础科学研究所科学传播者苏威廉称赞道:“我相信这一发现的意义可与2014年获得诺贝尔奖的蓝色LED的发明相媲美。就像蓝色LED是让我们拥有高能效白光LED光源的最后一块拼图一样,预计TALED将迎来基因组工程的新时代。”
  • 罗云波:都吃杂交稻怕啥转基因
    转基因食品是什么东西?不少市民在超市看到转基因食用油时,恐怕都会有如此疑虑,也因此不敢选购。“其实这种恐惧完全没有必要”,中国农业大学食品科学与营养工程学院院长罗云波认为,转基因食品其实和杂交水稻原理一样,“天天都在吃杂交水稻,为啥就不能接受转基因?”   它和杂交水稻差不太多   转基因食品到底是高科技福音?还是健康和环境隐患?罗云波说,其实大可不必把它看得太神秘。和杂交水稻一样,转基因食品也是希望通过基因交换改良品种。不同的是,它的目的性更强,是把某种功能的基因找出来,放进想改造的品种里。   罗云波认为,老百姓之所以不敢吃转基因食品,是因为对它不了解。“大部分人可能连基因是什么都不知道,以为科学家把一个叫基因的东西放到食品里去了,这个食品很危险!实际上所有食品都来自生物体,一口进去,满嘴都是基因。”   标准比任何食品都苛刻未出现过一例安全事故   据了解,多数国家对转基因食品持谨慎态度。“转基因产品要上市,必须经过严格的安全性评价。”   首先要检测转了什么基因,这个基因的功能、来源、有无不良记录,等等。此外,作为食品,还要经受毒理学、致敏学、营养学等方面的评价,建立相关规范。罗云波说,转基因食品的安全性评价极其严格,“比任何一种食品都苛刻”。   由于上市要求严格,目前我国市场上转基因食品相对还比较少。老百姓经常见到的主要为转基因菜籽油、转基因大豆油等产品。   然而,作为一种人造的生物,转基因食品真的安全吗?如果今后人们吃的都是转基因食品,会给人类带来什么影响?   罗云波称,转基因食品发展至今已接近30年,还没有一例因吃了转基因食品生病或是死亡的案例。至于转基因食品对食用者的下一代或者再下一代能否保证安全,专家无法直接断言,但是可以用科学的方法研究,比如正在做的以细胞模型的形式,看10代、20代甚至50代的细胞,看转基因的成分对细胞有没有影响。   对于一些环保组织极力反对转基因食品,罗云波认为,这与他们强调“原生态”、反对一切人为干预的宗旨有关。他认为,这种完全拒绝科学技术的做法比较绝对,有失偏颇。   未来转基因食品可防病   “有转基因和非转基因的食品,我肯定选转基因的。”罗云波说,转基因食品发展的第一阶段是抗虫、抗病,也就意味着农民可以少用农药,少些残留。“农药残留的害处清清楚楚,但转基因的害处还没有发现”。   现在已出现的第二代转基因食品,则会改变食品的品质。比如说强化了某种营养素,国外已经有了转基因赖氨酸的小麦,赖氨酸是人类必需的氨基酸,只能从食物中补充。   而当第三代转基因出现时,“那时老百姓看到‘转基因’的标牌就会抢购了”。通过转基因技术,食物也可以附加治疗、保健作用。   罗云波介绍,科学家正在想办法把胰岛素基因转移到植物或动物中,比如转移到西红柿中或奶牛体内,吃个西红柿、喝杯牛奶就能得到胰岛素的补充,对糖尿病病人来说是一个福音。同样,把乙肝疫苗表面抗原的基因转移到西红柿里去,吃几个西红柿,就有了乙肝的免疫。   面对面   记者:现在市场上出现了生态食品、无公害食品、绿色食品、有机食品,划分的标准是什么?   罗云波:企业推销一个商品,一定要把它的特点和优点说出来,所以就出现了形形色色的各种食品。但目前公认的、比较规范的是有机食品、绿色食品、无公害食品。其中,有机食品标准最高、最苛刻,基本上不用农药、化肥。绿色食品是有限地使用化学物质。而无公害食品可以使用化肥、农药,但是要按照规范使用,对大家的健康有保障。无公害食品可以说是食品最起码的标准。   记者:您提到的有机食品等,老百姓根本没办法鉴别,用普通蔬菜换个包装,贴上标签就可以“变身”,这个问题怎么解决?   罗云波:从外观上确实很难看出来。要让老百姓放心,目前还得靠商家诚信,大的卖场对它的供货商是有要求的,也是知根知底的。今后食品可追溯体系的建立也可以杜绝这方面的问题。只要刷一下条码,就能知道食品的来源和基本信息。
  • 基因编辑先驱杜德纳给“基因魔剪”安“刹车”:避免伤及无辜
    p   受热捧的基因编辑技术CRISPR-Cas9并非完美,它犹如一辆没有刹车装置的汽车,可能失控伤及无辜,即产生脱靶效应——编辑了不该编辑的基因片段。从去年12月开始,科学家们争先恐后地开启为CRISPR安上“刹车”的研究,他们试图从自然界,找出这个“刹车”。 /p p   美国生物学家、最先提出CRISPR-Cas9可以进行基因编辑的詹妮弗· 杜德纳(Jennifer Doudna)也是其中的一员。当地时间8月24日,她与同事的相关论文发表在顶级期刊《细胞》(Cell)杂志,揭示了两个可以为CRISPR的基因编辑画上停止键的蛋白质是如何发挥作用的。此外,这两个抑制蛋白具有广谱性,也就是说可以适用不同的CRISPR系统。 /p p   CRISPR系统应用于基因编辑,是科学家从细菌身上取得的“经”。为了对付“杀手”噬菌体,细菌的免疫系统经过漫长的时间,进化出CRISPR系统。一旦有噬菌体入侵细菌,细菌的免疫系统会抓取一段噬菌体的DNA作为备份。等到下一次噬菌体再次来袭,细菌就可以根据备份,做出识别。识别成功时,细菌的Cas9蛋白会切断噬菌体的DNA。这套系统为人类所用时,可以高效地对目标基因进行切割、添入等编辑。由于其高效,在业界有“基因魔剪”之称。 /p p   尽管CRISPR系统被广泛验证其有效性,成为全球各大生物实验室的宠儿,也有一些人体临床试验已经开展。但CRISPR的脱靶性问题尚未得到完全解决。一旦CRISPR系统进入工作模式,科学家们此前一直没有办法干预其过程,只能任其操作至自然结束,其中可能会发生错误编辑非目标基因的情况,带来安全性隐患。 /p p   可喜的是,科学家们发现,求生的本能同样让噬菌体想出对策,进化出了针对细菌CRISPR系统的抑制蛋白,用来逃避细菌免疫系统的攻击。这些抑制蛋白被称为ACR蛋白。 /p p   杜德纳与同事此次研究的AcrIIC1 和AcrIIC3便是其中两种。 /p p   AcrIIC1 和AcrIIC3是通过什么方式来对付难缠的CRISPR系统呢?杜德纳和同事发现,当AcrIIC1和Cas9蛋白相遇时,AcrIIC1会紧紧结合Cas9用来抓取DNA的位置,从而使得Cas9无法捣乱。打个比方,这相当于给Cas9这把锋利的剪刀套上了外壳,无法再做出“剪”的行为。 /p p   不仅如此,AcrIIC1可以抑制多种Cas9蛋白,具有广谱性。 /p p   相比之下,AcrIIC3能发挥作用的范围要小,只能抑制一种Cas9蛋白。而且,和AcrIIC1不同,AcrIIC3不结合Cas9蛋白,而是将两个Cas9蛋白拉拢在一起,改变它们的结构,从而使得Cas9对DNA无计可施。 /p p   值得一提的是,杜德纳并不是第一个发现 CRISPR系统“关闭开关”的人。 /p p   在2016年12月,来自加拿大多伦多大学和美国马萨诸塞大学的科学家们首次发现了自然界隐藏的这类“关闭开关”。但当时,科学家们还不清楚,这些抑制蛋白是如何发挥“关闭开关”作用的。 /p p   数个月后,来自不同国家的两个科研小组先后通过解析蛋白结构是什么样的,来揭示抑制蛋白防守CRISPR系统的机制。其中就包括哈尔滨工业大学教授黄志伟的课题组。但他们所解析的和杜德纳此次解析的都为不同种类的抑制蛋白。 /p p   不久的将来,科学家或许就能找到最合适的“关闭开关”,不由CRISPR系统任性,为其安全性“保驾护航”。 /p p /p
  • 青岛基因检测平台将建成 能揪出30多种遗传病
    人体基因被称为世上最神秘的东西,在众多疾病背后很多都是基因在“捣乱”。12月13日 ,记者探访岛城基因神秘基地——市妇儿中心遗传科,了解了一些基因背后的故事:每个人体内都有隐藏的致病基因,有的基因传男不传女 、有的基因让人“防不胜防”,明明父母都很正常 ,到了孩子身上却发生了突变等 。作为山东半岛唯一一家基因检测中心,市妇儿中心从今年2月份率先开设耳聋患者检测点,今年年底将建成全市基因检测平台,可以揪出30多种先天性遗传病基因,提前预防或提供治疗方案。   有的基因在“潜伏”   病例:新生宝宝13天离世只因父母体内藏有“隐性致病基因”   记者从市妇儿中心了解了几个有关基因背后的故事。新新(化名)出生那天,全家人都守在病房外焦急而充满期望地等待,终于盼到孩子抱出来了 ,大家却越看越觉得奇怪:孩子反应有点慢,四肢张力也不够,而且医生检查发现,新新的肌张力竟然不断在下降。   全家人慌了 ,孩子的这些异常表现也引起了新生儿科冯主任的注意,经验丰富的他看完后脑子里瞬间出现了一个病症:“难道是脊肌萎缩症?”   脊肌萎缩症,起病于婴儿期,儿童期或青少年期,其特征是由脊髓前角细胞与脑干内运动核进行性变性引起的骨骼肌萎缩。新新的血液样本被紧急送入医院遗传科主任俞冬熠手中,通过基因检测结果确认就是这种遗传病。   父母都很正常,好好的孩子怎么会得这种基因遗传病呢?之后孩子的父母也接受检测发现,原来他们体内同时带着这种“隐性致病基因”,两个隐性致病基因结合在一起,成为造成孩子疾病的有害基因。   脊肌萎缩症最恐怖的地方在于,它会让全身越来越软,器官越来越衰竭,只能眼睁睁地看着体内突变基因将身体一点点侵蚀。从出生到去世,新新只坚持了 13天。   俞主任说,这个孩子的父母如果再想生宝宝的话,还有1/4的几率会遗传到这种基因,所以下一个孩子还得提前做好检查。   有的基因“重男轻女”   病例:从脚软到头,他只能慢慢等待死亡   人体体内有3万多个基因,这些基因们各有各的性格,比如有的基因“重男轻女”思想很严重,喜欢传男不传女,不过,这个基因可不是什么好基因。   前段时间,俞主任见到了患者小兵(化名),虽然已经6岁,但小兵还是不会走路,只能由爸爸背着来到医院。不是小兵不努力,只因为他得了一种“怪病”。小兵的父亲向医生描述:小时候孩子好好的,学走路学得也快,去年的一天,自己爬楼梯,走着走着忽然摔倒了,扶起来再走又摔倒了,孩子当时说脚没劲。小兵父亲当时也没多想,以为休息一下就好了,没想到孩子这病却越来越厉害了 。“刚开始是脚没劲,后来到了小腿 、后来又到大腿,到现在几乎已经走不了了,说实在用不上劲。”   “进行性肌营养不良的特点就是这样,先从下肢开始无力,再慢慢上移,最终整个人只能坐在轮椅上了。”俞主任解释,进行性肌营养不良也是一种基因遗传病,主要是由于 X染色体基因突变所致,也就是说,小兵的妈妈肯定是这种基因的携带者,她将基因传到了儿子身上 。   “这种基因有个特点是传男不传女,男孩患病几率为50% ,女孩染色体有病变但大多不患病。但这种基因也让人很无奈,没有好的治疗手段,一般患者在20岁左右就会因呼吸衰竭死亡。”俞主任解释。   有的基因很“脆弱”   病例:喜欢被爸爸高高抛起,听力却越来越差   孩子们都爱被爸爸高高地抛起,再被有力地接住,因为爸爸的力量大,被他用手高高抛起后感觉特别开心。但3岁的西西(化名)命运却跟别的孩子不一样,他也喜欢被爸爸高高抛起,但自己的听力却越来越差。父母跟他说什么,他得反应好半天,因为他实在听不清,到医院检查才知道,孩子这是聋了 。俞主任从孩子体内查出有“一巴掌致聋”基因。   “这种基因的特点是很脆弱,说话声音太大或者受到什么撞击,都有可能让它出现,造成耳聋。”俞主任详细介绍说:“‘一巴掌致聋基因’临床表现为大前庭水管综合征,一旦患者头部受到撞击,或感冒、发烧,都将诱发耳聋,具体地说,在幼儿时期被大人高高抛起或被打一巴掌、受到大分贝声音刺激,这类人都可能耳聋。”   有的基因让人“防不胜防”   病例:父母基因都正常,到了孩子身上却突变了   基因,可不是你想掌控就能掌控的,有时候它也会发发脾气,明明很正常却非要变得不正常,这种“变态”基因出现在了 12岁的男孩小海(化名)身上 。   小海今年12岁,非常聪明、学习也很好,但他却是个侏儒症孩子,四肢就是不发育,和几岁的小朋友一样。小海的妈妈想再生一个孩子,去医院做基因检测,结果显示一切正常。   “当时查出父母完全正常,只是因为在精子、卵子结合或者受精卵形成过程中,位点上发生了突变,小海就变成这样了 。”俞主任说,但若小海将来要生宝宝,他身上的显性致病基因就会有1/2的几率传给下一代,所以到时小海一定得做好筛查才行。   数字   体内基因你了解多少   基因:基因(遗传因子)是遗传的物质基础,是DNA(脱氧核糖核酸)分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列的总称,是具有遗传效应的DNA分子片段。基因通过复制把遗传信息传递给下一代,使后代出现与前一代相似的性状。可能很多人觉得一出生就患有的病才是遗传病,其实不然。有些基因造成的遗传病会随着人体增长 、年龄增大慢慢呈现出来。   3万:人体内共有3万个基因,通过复制 、表达、修复,完成生命繁衍、细胞分裂和蛋白质合成等重要生理过程,基因是生命的密码,记录和传递着遗传信息。   8个:目前,人类已经发现的单基因遗传病有3000多种,每个正常人身上都隐藏着八九个有害基因,如果在特定情况下,这种有害基因会出现给人体带来疾病,所以说“人无完人”这个词是有道理的。   1/50:脊肌萎缩症(也称软瘫),因染色体基因发生突变而导致。其实它的人体携带率很高,达到了1/50。   7%:为什么现在先天性耳聋发病率这么高,其实最重要的是先天性耳聋的基因携带率太高了,达到7%,也就是说100个人中就有7个人身上携带着这种基因。如果带有这种隐性致病基因的两个人结合在一起,就给了致病基因结合的机会,就有可能生出耳聋宝宝。   调查 现能诊断6种遗传病但检查的人不多   市妇儿中心遗传科从2007年开展基因检测项目,目前能诊断出6种基因遗传病。但采访中记者了解到,大家对基因检测的意识依然不够强,专门开展的耳聋基因检测去的人也不是很多。   被检测聋儿中6成有致病基因   耳聋是残疾病种中发病率最高的一种,岛城的耳聋宝宝人数居高不下,但现在通过专门的耳聋基因检测芯片,既能确诊患者又能筛查出携带者,确实能有效阻止更多耳聋宝宝的出生。为此从今年2月份开始,市妇儿中心遗传科专门开设了耳聋患者检测点,开展耳聋患者基因检测项目。既可以对聋人进行基因检测,确诊是属于哪种致病基因,并提出治疗指导意见,也可以在耳聋父母怀孕前对他们体内基因进行筛查,通过筛查从而避免很多耳聋宝宝的出生。   记者从市妇儿中心了解到,目前来做耳聋基因检测的不多,到目前为止仅有100多例,其中一半是10岁以下的耳聋患儿。不过即便在这50名耳聋患儿中,也有六成患儿被查出体内带有耳聋致病基因。“虽然做检测的人数不多,但这个比例已经让人非常吃惊了。如果更多人能来做检测,这个数据还会更多。”俞主任介绍。   据了解,目前发现导致耳聋的基因有三种:先天性耳聋基因、“一针致聋”基因和“一巴掌致聋”基因,只要能提前筛查或者及时检测就能避免耳聋宝宝的出生或者避免疾病出现。   今年,北京市曾对当地20839名听力残疾人做基因筛查,结果显示,近15%聋人因先天基因致聋,其中60%的耳聋由父母遗传导致,70%至80%可通过检测发现致聋基因突变。针对这种情况,目前北京、江苏省将于明年正式开展新生儿耳聋基因筛查,这项筛查将更大力度对所掌握监控地区耳聋发病情况,提前发现、提前预防,降低耳聋发病率。提到青岛市目前的耳聋情况,专家也都期盼着,什么时候也能开展这样的大型筛查,从源头切断基因遗传。   大多数人没有基因检测意识   除了耳聋基因外,脊肌萎缩症、智力低下、软骨发育不全、男子少精弱精还有进行性肌营养不良,这是目前市妇儿中心遗传科能诊断的6种遗传疾病。但从2007年正式开展基因检测项目到现在,真正来做诊断的人却不多。   “多数情况是,前一个出生的孩子查出有遗传疾病,为了放心,再要二胎时他们就会来做筛查、检测。这时候的基因检测相当于一个‘保卫者’,为生一个健康宝宝保驾护航。”俞主任说,有的人在检测中发现孩子没有再出现这样的基因问题就彻底放心了,有的确实提前发现后采取了果断措施,避免了先天性遗传病宝宝的出生。   但仍有很多人对基因检测的意识还是不到位。俞主任无奈地告诉记者:“做基因检测的人少,一来是因为大家的基因检测意识还不够,只做症状诊断,而没有采取基因诊断。另外有些医护人员也不知道青岛也能做基因诊断,有的患者专门跑到北京、上海等别的地方做。”   对于耳聋基因的检测和预防,这方面岛城技术已经相当成熟,如果在每个阶段,市民能提高自己的保健意识,就能避免更多耳聋宝宝的出生。如果市民家中有聋人,这几方面一定要做好了,最好去做个检查。   耳聋父母怀孕前。不管双方都是耳聋人还是其中一方是,在准备要宝宝前,先去做个基因检测,看看体内是否“潜伏”着致病基因。   妊娠期查基因。在妊娠期,对胎儿进行聋病易感基因筛查,推测胎儿听力是否正常,减少聋儿的出生概率。   给孩子做听力基因筛查。有些孩子开始是正常的,但体内可能会隐藏着“一针致聋”或者“一巴掌致聋”基因,通过检测如果真的存在这种基因,就可以避开危险因素。   基因检测平台能测出30多种基因遗传病   “多数疾病诊断目前只能停留在临床表现阶段,其实很多疑难杂症真正的原因出现在基因上。”俞主任说,今年年底前医院将进一步引进基因分析仪等设备,调试完毕后初步建成全市规模化基因检测平台。届时能被诊断出的疾病将增加到30多种,血友病、脆骨症、视网膜母细胞瘤、苯丙酮尿症等疑难杂症都逃不过。   同时,不仅能将遗传疾病诊断出来,还能筛查出致病基因的携带者并提前预防。另外,目前基因检测尚未全面开展,检测的价格也比较高,俞主任说:“下一步对价格这方面看看能否有所调整,让更多有需要的人都能有这种意识,提前来做基因检测。”   值得一提的是,建成这个规模化的全市基因检测平台后,不仅能为有遗传病患者的家庭提供便利,正常人也能去做基因筛查。“比如说可以通过筛查看看体内是不是有导致高血压、糖尿病的基因,如果有就得提前注意,防止疾病发生。”俞主任说。   不过,因为每个人体内都含有隐性致病基因,如果查到双方都带有高携带率隐性基因,那就得提前做检测,避免那1/4的几率发生,从而避免生出遗传病宝宝,也可以避免两个带有相同致病基因的人在一起。   揭秘 “三部曲”揪出致病基因   人体中有 3万多个基因,怎样从众多基因中快速找出那个致病基因?遗传科主管技师李朔简单介绍,其实揪出这些致病基因有三部曲,两天时间就够了。   “先从血液中提取出基因组,这时里面藏了3万多个基因,根据前期检查找到怀疑致病的基因条。但这部分的基因量太少了,想要做分析研究根本不够。我们可以对这一部分基因进行复制,从两边慢慢扩增到发病点。这样,有了足够的基因就能对他们进行分析了。分析基因主要看它们的序列,对照着正常的基因序列,看看它们的排序是多了还是少了、是短了还是长了,之后确定这种情况是属于自身基因突变还是属于遗传来的致病基因。如果是遗传的因素,那就得对他们的父母进行筛查,确保下一个宝宝会正常。”   据了解,揪出致病基因的时间一般为两天,有的可能会三天左右。从时间上看,还是很快的。   相关链接 有些基因其实很有意思   随着人类对基因的研究越来越多,有人发现了一些有意思的基因。   特殊基因决定睡眠时间:爱睡懒觉的人要有好借口了,因为睡懒觉可能和遗传有关。据媒体报道,欧洲一项研究发现,体内有一种名为“ABCC9”基因的人每天需要比没有这种基因的人多睡半小时。总计有1万多人参加了这项研究,研究人员比对他们的睡眠时间以及血液样本的DNA分析报告后发现,人对于睡眠的需求差异很大。   基因决定你的压力大小:研究人员基林费尔南德斯教授发现,携带压力基因的人,他们大脑中负责调解情感的“原始”区域变得异常活跃。来自欧洲神经系统科学团体年会上的消息称,大约一半的人携带“压力基因”,那意味着很多人害怕出乱子,容易感受到压力。
  • 从科幻到人间,基因检测在中国的商业化
    汪建是谁?他今年61岁,头发略显花白,热爱户外运动,不管是爬山、上班还是出席大型论坛,他都穿着橄榄褐色户外款上衣搭配一条浅褐色长裤。  他还有一份很精确的个人说明书——在这个数据库里,不但保存了他的全基因组数据和干细胞,还连续记录了他十几年来的遗传信息、蛋白、微生物菌群、代谢、运动、营养、饮食等指标。在56岁时,汪建根据自己的基因图谱发现,他患心脑血管疾病、心脏猝死的概率接近于零,就和几名登山者去了珠穆朗玛峰,并成功登顶。  对人体基因数据的利用在好莱坞大片中并不少见。1997年上映的科幻电影《千钧一发》(Gattaca)中甚至想象了一个“基因决定命运”的未来世界。在那里,大部分人经过基因加工出生,而且一出生就会拥有一份基因检测报告,上面的一系列数据比如未来的身高、智商、患病概率甚至寿命,决定了这个人一生的命运。回到现实,几十年来,科研机构和生物技术公司一直寻求通过基因组测序技术发现并记录神秘的致病基因,从而让预防和治愈癌症、老年痴呆和中风等成为可能。2005年,由美国率先提出、全球多个国家参与的“人类基因组计划”完成。但由于成本过高、检测过于耗时等原因,相关技术并未在商业医疗领域推广。最近5年,随着高通量测序(即可以一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定)技术的出现,几乎每6个月基因检测就因检测效率增加一倍而成本下降一半。2014年1月,美国Illumina公司推出全球首个突破1000美元成本门槛的测序平台HiSeq X Ten。基因检测的普及随之加速。  当一些著名的面孔出现时,人们的注意力会更加集中。2013年5月,安吉丽娜朱莉(Angelina Jolie)在《纽约时报》发表一篇名为My Medical Choice的专栏文章,接受预防性的双侧乳腺手术。其原因在于她通过基因检测发现自己患乳腺癌概率高达87%,而手术可以将患癌概率降到不足5%。这个以性感著称的好莱坞明星的做法促使前往专业机构咨询问题和进行检测的人数大幅增加,被《时代》杂志称为“安吉丽娜效应”。“(移除乳房组织暂时做填充)的手术大概需要8个小时,你醒来时胸部满是导引管和扩展器, 感觉就像科幻电影里的场景。”朱莉在文章中说。  在中国,基因测序行业目前主要集中在测序服务领域。随着2012年第一款临床应用产品——无创产前基因检测在各个地方的推广,这个充斥着如RNA(核糖核酸)、碱基(分为A、T、C、G、U共5组)等专业术语的领域日渐火热。中国证券网的报道称,近3年来中国共有20万孕妇接受产前基因检测,市场规模约为人民币10亿元,粗略估计基因检测的中国市场规模未来将超过人民币1000亿元。而这也是一个技术难点和政策限制交织,还涉及伦理、隐私和生物安全等问题的领域。整个市场在政策方面经历了灰色地带和全面叫停,从2014年下半年才逐渐破冰。  今年1月,国家卫计委下发《关于产前诊断机构开展高通量基因测序产前筛查与诊断临床应用试点工作的通知》,被叫停近一年的临床应用的二代基因测序再次开闸——2014年2月,国家食品药品监督管理总局(CFDA)和国家卫计委叫停了临床基因测序,原因是相关产品和技术并没有通过审批。3月11日,科技部牵头召开国家首次精准医疗战略专家会议,提出中国精准医疗计划——2030年前,中国精准医疗将投入人民币600亿元。3月27日,第一批共109家肿瘤诊断与治疗项目高通量基因测序技术临床试点单位名单发布。  申银万国分析师谢伟玉预测,基因测序市场未来5年将保持两位数的增长,其中中国增速最快,有望超过20%。民生证券发布的《二代基因测序:下一个百亿美元市场》报告认为,随着政策的逐渐开闸,未来会有越来越多的公司和检测项目得到CFDA的认可。“未来的医疗发展之路,会从原来粗犷的、单一的、依赖于单个医生,以治疗疾病为目的走向变成更加个性化的、有针对性的、依赖大数据分析的以预防疾病为宗旨的新型模式,所有的变革和颠覆都离不开革命性的技术:二代基因测序。”  周代星亲历了高通量基因测序技术在中美两个市场的关键时刻。1990年,预算高达30亿美元的“人类基因组计划”正式启动,一批生物科技公司因此备受美国资本市场青睐。Lynx Therapeutics就是其中之一。但2002年周代星加入 Lynx Therapeutics任生物信息部主管时,由于测序仪研发技术进入瓶颈期,公司已经开始走下坡路。当美国国家基因组研究院提出新目标——把全基因组测序成本从当时的2000万美元降至1万美元,全球仅有的几家掌握基因测序技术的公司开始进入为技术疯狂的时期。2005年1月, Lynx Therapeutics与Solexa合并 2006年9月,Solexa在美国新奥尔良举办的人类遗传学大会上正式宣布Genome Analyzer研发成功——这种仪器能够更快速、更低价地测量海量DNA数据。“这意味着基因测序又要进入另一个阶段。”周代星回忆说,“会上每个人都很兴奋,甚至有人拿着支票问什么时候能把机器运到实验室去。”  2007年1月,Solexa被Illumina收购,周代星以Illumina公司亚太区测序市场销售总监身份来中国,想把产品卖进新市场。但他在这里没有感受到同样的兴奋。他想方设法接触了50多家科研机构和实验室,但绝大多数机构都不感兴趣,只有华大基因最终和他敲定了意向。“当时华大基因也还在研究一代测序,但已经敏锐地捕捉到新技术的前景。”周代星回忆。  总部位于深圳的华大基因前身——北京华大基因研究中心在1999年因参与“人类基因组计划”的中国部分(即“1%计划”)成立,如今已是世界最大的基因组学研发机构。见到周代星之前,华大基因创始人兼董事长汪建一直关注测序技术进展,高通量技术的出现被他视为行业拐点,“基因组学发展将迎来新机遇,如果华大基因想要在生物技术领域干出一番事业必须赶上这一新一波。”  但在当时,作为中科院下属机构,华大基因编制只有90人,领导层一直希望扩大规模。而且,在完成“人类基因组计划”中国部分后,当汪建向中国科学院提出应该购买设备并继续进行基因研究时双方出现理念分歧。“我们老板当时想采购更多的测序仪,”时任华大工厂行政部门负责公关事务的邓文茜在2013年接受《彭博商业周刊》采访时说,“但是北京不支持。”  同样在2007年,华大基因脱离中科院体系,汪建和目前担任华大基因主席、华大基因学院院长的杨焕明带着44名员工一起南下深圳。另外两位创始人于军和刘斯奇则留在了中科院体系下的北京基因组研究所。根据此前《彭博商业周刊》的报道,深圳市政府为华大深圳工厂提供人民币1000万元人民币作为开办费,每年另外再补贴2000万元。该公司随后将名称变更为深圳华大基因研究院。  很快,华大基因开始大量购买设备,实施人海战术。2010年1月,在美国摩根大通保健大会上,Illumina在发布全新测序仪HiSeq2000的同时,宣布已签下来自华大基因订购128台的第一笔订单,每台仪器的价格约80万美元。这是Illumina发展史上最大的一笔订单,华大基因也因而成为全球拥有测序仪数量最多的机构。  如今,华大基因的业务领域已经涉及测序及分析、基因筛查与检测、分子育种和动物克隆。在深圳盐田区一个由旧鞋厂改造的8层办公楼里,借助240台基因测序仪,华大基因5000名员工每天都在从事大规模数据处理工作:DNA样品用特殊运输车带到这里,经过一系列化学处理,再被送进五楼测序仪实验室进行自动化测序 测序获得的信息会直接传输到生物信息组工作人员的电脑,再由不同项目组的员工分别进行不同领域的解读工作。2014年,该基因组平台处理了涉及几十万人、超过20PB(1PB=1024TB,1TB=1024G)的大数据,相当于超过3000个国家图书馆的数据总量。  某种程度上,高通量测序技术的出现使基因测序服务变得可规模化,就像制造业外包的转移一样,廉价的外包服务模式使得华大把业务迅速从本土扩张到欧美市场。测序仪自动化程度越来越高,基因组学也还是一门新兴学科,华大启用一批大学毕业生来“边干边学”,甚至还有部分高中生和大学肄业生。这些学历不一、拿低工资的信息分析师被外界认为是华大成立至今最大的成本优势。“仪器平台产出成本各家区别不大,低价要么牺牲质量,要么是便宜劳动力。”中国科学院北京基因所技术研发中心常务副主任任鲁风说。  综合公开信息,2009年华大基因营业额是人民币4亿元,2010年超过人民币10亿元。《财经国家周刊》披露华大基因在2012年的详细数据:约人民币11亿元的营业额中,政府科研项目占比约10%,海外收入达30%-40%,国内科研服务占比20%-30%,临床收入为10%-20%。科研服务贡献主要收入但本身的商业潜力并不大,真正打开中国基因测序领域商业化蓝图的是产前基因检测。2014年6月30日,华大基因成为全球首家CFDA批准的无创产前基因检测机构。深圳市盐田区经济促进局局长陈晓武接受《深圳商报》采访时说,2014年华大基因的销售收入为人民币12.5亿元,今年第一季度的销售收入达到人民币3.2亿元,同比增长44%。  在公开场合,华大高层常常会强调其是一个自给自足的民营机构,但深圳市政府在其发展过程中都或多或少地扮演了开山辟路的角色。在产前基因检测领域,一些地方政府也同样担任着助推器的角色。  产前检测针对发病率高、病情严重德遗传性疾病或先天畸形进行筛查,其中唐氏综合征是最常见的遗传性新生儿出生缺陷。在中国,每年新增唐氏患儿约2.66万人,平均每20分钟就有一位唐氏患儿出生。过去,孕妇筛查采用羊水穿刺、绒毛膜取样、脐带血取样等侵入式检查方式,使用率最高的羊水穿刺则伴随约0.5%的流产风险。基因检测是抽取孕妇外周血了解胎儿是否有患病风险,可以避免检查风险。  湖南省是国内最早推动这项新的技术应用进入医院的省份。2011年3月,卫生部召开专家组会议,肯定了湖南湘雅医院和北京贝瑞和康生物技术有限公司共同合作的相关临床试验。随后,湖南省卫生厅给予其准入证并开始临床试点。一般而言,一项新检测技术在同一地区高一级别的公立医院推行开来,其他医院也会跟随,贝瑞和康迅速把产品推广到其他7家湖南省内医院。这是周代星离开Illumina后和5个朋友于2010年5月18日创办的公司。  华大基因在2008年也开始唐氏综合征无创产前筛查技术的开发,到2013年3月共完成109582例样本的临床试验并申请了13项专利,参与制定了深圳市地方标准。  深圳市政府在鼓励产前基因检测发展上的举动不小。2013年,深圳市设立了无创产前基因检测产业科研基金,对无创产前基因检测技术给予为期3年人民币3000万元的支持,将无创产前基因检测纳入医保补贴范围,相当于政府为每位接受检测的孕妇提供600元财政补贴,并增加400元妇幼婴儿保险,华大基因也提出减免300元的优惠,这样一来,检测费用从2012年的2000元降到了700元。  这使得中国第一款基因测序领域的临床应用产品在早期得以快速推广。湖南和深圳之后,唐氏综合征无创产前筛查在湖北省、天津等地展开了省级试点。“科学技术的应用只有是与否的区别,消费者是很清楚的,只有在研发方面足够严谨,才能在有需求的消费者那里站稳脚跟。这毕竟是一个新技术、新产品,如果市场不认可,即便是政策惠及也不可能发展这么快。”君联资本董事总经理蔡大庆说。2011年,贝瑞和康获得了来自君联资本的1780万美元A轮融资。  试点单位不断增加,临床数据越来越多,国际上也出现更多相关文献,这些都有利于无创产前基因检测产品在医院、消费者中间的传播。而在开拓市场的过程中,整个检测报告反馈的时间也从最初半个月一步步改变为5个工作日,到现在只需要3个工作日。  另一方面,测序成本再次下降,更有利于无创产前基因检测产品的普及。但由于没有经过正式审批,一切都还处于灰色地带。事实上,在正式叫停之前,根据举报信,国家监管部门已发出两次叫停信号。监管部门认为,对遗传性疾病有诊断、咨询意义的基因测序服务应该在严格监管下展开。在一位健康管理公司创始人看来,一些测序服务机构没有资质、科研能力,宣称可以提供基因测序解读服务,从体检机构、医院等各个渠道拿到样品,出具未获认证的诊断书,缺乏充分临床研究基础的基因检测诊断一旦造成判断出入,后果很严重。该人士因不愿意公开评价本行业而希望匿名。  早在2012年4月,华大基因收到一次调整通知,原因是其使用的Illumina Hiseq2000型号的测序仪及其配套试剂没有提交相应医疗器械或药品注册证明文件。事实上,当时国内测序服务公司大都依赖于Illumina的测序仪,而这些测序仪在美国第三方实验室使用大多数都没有在美国食品药品监督管理局(FDA)完成审批,也无法提供注册文件。  一些公司开始积极采取应对措施。贝瑞和康选择继续与Illumina合作,双方共同生产新型测序仪,并向CFDA申请注册。由此,Illumina公司的测序平台进入了中国的注册审批程序。华大基因、达安基因则与Life Technologies公司合作,将其测序平台Ion Proton进行国产化并在国内申报注册。Life Technologies是一家总部位于美国纽约的生命科学和生物技术供应公司,也是Illumina的全球竞争对手。(2014年2月,Life Technologies被默飞世尔科技公司收购。)2013年,在一轮针对华大科技(华大基因旗下为高校和研究院提供基因序列检测和基因信息分析的子公司)高达人民币13.98亿元的融资之后,华大基因还宣布收购总部位于美国加州山景城的DNA服务公司Complete Genomics。2014年在国内首次获批的两款华大第二代基因测序仪,其中一款BGISEQ-1000就基于Complete Genomics的测序技术。2014年11月5日,达安基因成为国内第二家获得CFDA获批基因检测的机构。这是一家成立于2001年的广东中山大学下属企业,2004年8月在深交所挂牌上市。  而政府叫停临床基因测序之后,采取产品逐个报批、每家试点机构逐一放开的方式,进行了一轮审批后,基因检测重新开放。2014年年末,国家卫计委医政医管局发布关于《开展高通量基因测序技术临床应用试点工作的通知》,涉及3个专业(遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断),批准了7家北、广两地的试点机构,其中包括安诺优达、博奥、华大、达安基因在内的第三方检验机构。今年3月,109家医疗机构开展高通量基因测序产前筛查与诊断临床试点获批,远超此前获批的第三方检验机构的数目。这109家医疗机构获准开展产前筛查与诊断前咨询、知情同意书签署、临床资料收集和标本采集、检测报告审核使用、检测后临床咨询、高风险孕妇的后续临床服务等相关业务,但必须使用CFDA已获批上市的基因测序仪及配套试剂。目前,中国仅华大基因和达安基因两家企业有产品批文。  作为通过此次审批的机构之一,浙江迪安诊断技术股份有限公司的副总裁姜傥透露:“获得资质后,我们正通过把所有生化、影像、病理的数据通过算法进行数据重构和分析。在某些疾病领域,我们会用移动医疗的工具更好地实现数据采集、交互和运用。”该公司成立于2001年,2011年7月在创业板上市。  相比需要诊断治疗的人群,想通过各种方法维持健康状态的需求构成更大的市场。当基因检测只需用一点唾液就能完成时,用互联网方式服务大众的商业模式也开始崭露头角。  “个人基因检测”在2008年被美国《时代》杂志评为年度最重要发明之一。2006年,以人类23对染色体命名,谷歌创始人谢尔盖布林(Sergey Brin)前妻安妮沃西基(Anne Wojcicki)在美国加利福尼亚山景城创办23andMe。用户只要在网上付款,然后按步骤用公司寄来的采样器取唾液样本再寄回,4-6周后再登录网站浏览自己的检测报告,生成的报告涉及240多项健康状况特点,还包含家谱、病史、遗传性状等信息。而这些信息随着解读基因组带来的新变化不断更新,以现有科研速度几乎每个星期都会有新成果。在将近10年时间里,23andMe还把基因检测的价格从999美元降到了99美元。  23andMe的成立让中国创业者看到了更多机会。2012年,赵伟从奇虎360公司离职创办了360基因,是国内较早以23andMe模式进入基因检测领域的公司。目前,360基因可根据不同产品类型检测相应易感基因定制基因芯片,覆盖孕前、产前、慢性病等大健康应用场景。  在基因检测官方叫停时,360基因被点名了。这次事件使公司断了收入来源,成为其面临的最大一次危机。好在监管部门的态度开放,并没有明确反对360基因这样的模式。360基因完成了一套算法分析体系的构建,并尝试咨询监管部门申请审批这套体系。“北京市药监局回复说没有这方面的报批办法。”赵伟说,“虽然现在还没有行业规范标准,我们还是要积极做准备,只是有点没方向。”  Illumina中国区前产品经理郝向稳在去年创办基云惠康,为个人提供精准的数据化健康管理。他推出“百人基因组计划”,用1万元成本价加公司原始股份期权的方式吸引用户,目前计划已经完成。“我们要想给出精准的健康管理意见,就必须有足够的中国人基础数据。”郝向稳说。目前基云惠康已经拿到天使轮投资,由树兰医疗CEO、OMAHA联盟发起人郑杰以及滴滴打车联合创始人王刚联合投资。  郑强在2014年年底创办的WeGene,是一个以基因检测为基础的互动社区,用户购买1299元的个人基因检测产品并在网络社区形成互动。在郑强看来,WeGene这个平台最需要跨越的门槛是生物信息解读。目前,该公司正在构建免费开放的中国祖源分析系统。“数据分析难度不小,能服务用户的基础科学研究仍然有必要。”他说。  Hi基因是一家在2014年2月创立的互联网基因检测平台,售卖酒精代谢、成人健康无忧等不同主题的产品包,创始人何文迪早前在香港摩根士丹利做医疗与IT结合方向的创业投资。何文迪找到有遗传学背景的杨菲来做合伙人,负责检测后咨询的专业规划。Hi基因还计划在资金充足时尝试借助线下体验店取样、咨询的方式建立从线上到线下的闭环。何文迪表示,公司初始资金来自合伙人自筹,目前正在进行A轮融资,但他不愿意透露投资方与金额。  然而,基因检测最终的解读依赖于数据挖掘和分析能力,这样的能力建立在足够大的检测数据基础上。中国官方至今没有完整的中国人基因数据库,虽然人类基因组信息可以实现共享,但中国人种数据非常少,照搬白种人为主的数据库来建立模型并不严谨,国内面向健康大众的基因检测平台可能需要从零开始。360基因、WeGene、Hi基因都是根据国际权威期刊发表已验证过的科研结果,与用户检测数据一一比照分析。这样就形成一个僵局:没有那么多用户检测就无法根据数据库增加更多有效信息解读,如果不能给用户更多更精准的有效结果,用户也不愿意为此服务买单。在一直参与医疗机构投资与收购的环球律师事务所合伙人赵博嘉看来,这类基因检测公司的商业价值远远低于临床应用方向,在技术创新上的差距太大。  初趣旅行联合创始人李昂是WeGene的第一批用户,他从朋友那里知道这款产品后,立刻买了一份。整个流程和23andMe一样,4周后看到了包含祖源分析、健康风险、药物反应、遗传性疾病、天赋特征等200多项分析结果。  “报告显示没有重大遗传性疾病,看到一些指标不正常,能够指导我改善不当的生活行为。我喝咖啡一直会特别不舒服,检测后知道我的咖啡因代谢速度慢,就戒咖啡了。”李昂说,他所在的一个科技创业群大部分人得知这个项目都买来体验。在他看来,能够获得自己的DNA数据还是很有意义,尽管现在对患病风险判断还很有限,但看到一些指标不正常,就能够指导日常生活行为的改变。  众筹已成为互联网基因检测平台的推广窗口。WeGene把首批目标人群定在科技行业从业者,选择分享高品质消费品和使用体验的网络社区KnewOne进行众筹,999元包括60万个位点的检测。HiGene在京东发布一款面向儿童的基因检测产品众筹。“用户对产品接纳度比想象要高,一些人做过无创产前基因检测有一定了解,他们对价格反而不太敏感,最关心的是产品能够创造什么价值。”何文迪说。  但是医生有不同的看法。北京大学肿瘤医院胃肠肿瘤外科主任医师步召德提醒说,“肿瘤成因和治疗极为复杂,单一按易感基因预测各类肿瘤不严谨,也会导致一些人为或许永不会降临的疾病而忧虑。是否带有易感基因都 需要保持健康生活方式,反过来说,比如一个人没携带猝死基因是不是可以拼命熬夜工作了?”  李昂则认为,个人基因检测的用户体验还有上升空间,比如报告中有不少专业术语,普通人不太能理解。“要推广基因检测的大众产品,提供后续专业咨询服务是关键。美国已经有遗传咨询师这个职业体系,用户完成检测后可以获得更精确的咨询。但中国现在很缺乏这类人才。”武汉未来组生物科技有限公司创始人汪德鹏说。在华大基因工作了6年的汪德鹏于2011年正式创办自己的公司,主营业务也是为科研院所提供测序分析服务。  而且,即便是增添一些趣味性内容,包括通过检测乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶的常见突变,推测人的“酒量”,还有男性用户有没有可能秃头、减肥适合的运动方法等,大部分用户也不会像买游戏产品、买一件衣服那样消费基因检测。  “这门科学发展实在太快,以至于任何基于今天的理解而做出的遗传风险预测,都随时有可能被明天的新发现所修改。随着基因检测的逐渐改进,以及其他关键信息如家族病史、现在的健康状况与DNA检测结果更加有效地结合,这幅图像才会变得越来越清晰。从事这个行业的任何人都必须有所准备,根据新知识不断重新评估风险将成为惯例。”“人类基因组计划”的首席科学家、美国国立卫生研究院主任Francis S. Collins在2011年出版的《生命的语言:DNA和个体化医学革命》一书中说。  根据摩根大通和Market and Markets预测,全球生物信息市场到2018年有60亿到90亿美元,复合年增长率大约20%~25%。美国市场已经开始细化分工,一批基因数据服务公司也已经进入成熟发展期,包括Google投资的DNA Nexus、Seven Bridges Genomics、Next Code等。这些大大小小的公司,分别专注在系统、云计算、微生物等细分领域,也有面向消费者健康市场或主攻临床市场。“在美国,短短几年产业洗牌过程中已经淘汰了很多生物信息公司,现在进入市场的公司避免与大平台竞争,争取做到小而美、小而精。”在一家位于美国波士顿的生物信息云计算公司从业者说。该人士因未获得公司批准而希望匿名。  像是回到1999年时候的生物科技热,新一波基因产业发展潮在显现,资本市场持续升温。在美国,2013年成为自2000年生物技术行业上市之后最活跃的年份,而过去的2014年更是持续这一狂潮,IPO数量翻了一番,募集资金 也从2013年的29亿美元跃升到63亿美元。借助整体生物技术板块的强劲势头,基因测序创业十分乐观。在生物信息领域,2013-2014年经历了收购狂潮,比如Qiagen收购了 CLC bio和Ingenuity,Illumina买了Nextbio等。  中国的生物信息行业热也是近一两年的事。罗奇斌曾师从中科院北京基因组研究所副所长于军。直到去德国慕尼黑工业大学读完生物信息博士学位,又回到中科院北京基因组研究所
  • 华大智造发布百万基因组整体解决方案,推进行业标准化进程
    p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 美国当地时间1月13日,在第38届摩根大通医疗健康会议(JP Morgan Healthcare Conference)期间举办的Healthcare Cross-border Partnering论坛上,华大集团副总裁张永卫博士重磅发布华大智造百万基因组整体解决方案, span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 该方案致力于为百万级别基因组项目提供全流程软硬件支持,将大力促进行业标准化进程,有效解决行业痛点,加速“人人基因组”时代到来。 /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 498px height: 373px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/41494c29-215b-4c23-8076-5333ec71ceef.jpg" title=" 华大智造.jpg" alt=" 华大智造.jpg" width=" 498" height=" 373" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 软硬兼备、高质高量的一站式解决方案 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 21世纪以来,以基因组学为基础的精准医学发展迅猛,全球各国逐渐启动万人级别基因组计划,百万级别人口基因组计划为癌症、罕见病等临床应用带来突破口,精准医疗大数据时代加速到来,海量数据的产生对匹配的软硬件设备、数据安全、项目管理等提出了巨大挑战。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 华大智造本次所发布的百万级别基因组整体解决方案直面行业挑战及需求,依托其独有的DNBSEQ& #8482 测序技术和stLFR长片段建库技术,细致周全、多次实践完善的全周期信息管理系统,实现从样本处理到报告出具全流程标准化、高质量运作。从硬件上看,整套解决方案包括自动化样本前处理系统、全自动化建库系统、日通量可达Tb级别测序仪、每年可处理EB级别的数据处理平台。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 全自动化高效运作,Tb级别测序仪全面发力 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 自动化样本处理系统是该解决方案的核心之一,百万级别基因组测序项目实地运作,测序前样本处理超大样本量完全无法依托人工操作完成。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 本次华大智造发布的自动化样本处理系统主要分为两部分, strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 第一部分为全血预处理系统, /span /strong 该系统占地空间仅为15㎡,辅助一名操作员即可满足操作需求。且实现滚动上样,完全无需人工干预,全年年产量可高达60万例样本; span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 第二个重要系统为全自动建库系统,该系统为全球首套超高通量文库构建系统 /strong /span 。占地面积大约为100㎡,同时辅助2名操作员即可满足生产需求;可全天24小时无休运转,全程无需人工干预,全年年产量可高达50万例样本。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 测序设备方面,此前华大智造超高通量测序仪DNBSEQ-T7从数据产量及质量已有稳定、超预期表现。在此方案中,华大智造DNBSEQ-T系列测序仪每年测序样本量可达60万到80万人次,为百万级别基因组项目提供基础设备支撑。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 全周期信息管理,一站式解决数据问题 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 该方案的另一亮点是包含一站式的数据处理平台,具备一站式、高性能、自动化、低成本、安全等若干优点,充分体现“IT+BT”的融合理念,赋能生命科技生态系统。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 大量数据测序完成后,数据分析环节是重中之重,该方案将展示其EB级的容量扩展及数据治理、计算及存储能力,每年能够完成10万到100万样本量分析;此外,由于数据量庞杂,信息流传递的过程非常复杂,该方案融合实验室管理系统提供端到端的解决方案,易实施部署,全程可追溯、可查询,解决管理难题;基于基因数据安全隐私问题,华大创新的区块链技术将提供最大化保障;从成本上看,方案采用存储分层优化管理,并根据基因数据及算法特点,最大化利用存储资源及计算资源。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" color: rgb(0, 0, 0) " strong 基因科技未来突破发展路径,迈进“人人基因组”时代 /strong /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 如果将基因科技未来突破发展路径生动类比为一把剪刀,剪刀的一边代表测序成本的下降,另外一边代表测序通量的提升,一升一降所形成的“大剪刀”,代表着基因科技未来突破发展的路径。要使得生命时代的“剪刀差”来得更快,基因测序成本降低和全基因组检测覆盖度是两个重要因素。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 在样本量超大的前提下,从收到样本到出具报告,每一个环节的问题都可能影响最终结果。只有标准化、信息化的运作,尽量减少人工干预,提升自动化程度,才能最大程度保证大项目高效、优质完成,进一步为临床应用提供高精度、可靠的基因组数据信息。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 华大智造百万基因组整体解决方案在整合自身软硬件资源前提下,拓展技术边界,为大人群基因组项目提供了一套切实可行、优质完备的整体解决方案,加速迈进“人人基因组”时代步伐。 /p p style=" text-align: right text-indent: 2em " span style=" color: rgb(38, 38, 38) font-size: 14px " (稿件整理编辑:毛晓洁) /span /p
  • 华大基因研究院与哥本哈根大学签署合作协议
    9月11日上午,华大基因研究院与丹麦哥本哈根大学就双方联合培养基因组学及生物信息学博士生项目仪式在深圳签署。这一联合培养项目被形象地比喻为世界基因科学界的&ldquo 尖刀班&rdquo 。为挑选拔尖学生进入该&ldquo 尖刀班&rdquo 培养,9月至10月,华大基因首席科学家将亲自带队前往全国排名前十的高校挑选10名优秀学生作为联合培养对象。   据悉,该联合培养项目旨在选拔极具科研潜力的高素质学生,培养基因组学领域的世界级后备领军人才。这些联合培养的学生,除了完成必要的基础核心课程体系外,还将全面参加国际型大项目、攻克世界前沿科研难题实战锻炼,在世界最前沿的基因组学科研和应用领域开展研究,并以在世界顶尖杂志(如《Nature》和《Science》)上发表至少一项科研成果作为获得博士学位的必要条件。   据了解,哥本哈根大学位于丹麦首都哥本哈根,具有530年历史,是丹麦规模最大、最负盛名的综合性大学,2010年全球大学学术排名第40位,先后产生过8位诺贝尔奖得主。而华大基因自1999年成立以来,先后完成了国际人类基因组计划&ldquo 中国部分&rdquo 、国际人类单体型图计划、水稻基因组计划、家蚕基因组计划、家鸡基因组计划、抗SARS研究、&ldquo 炎黄一号&rdquo 等多项具有国际先进水平的基因组科研工作,奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位。与此同时,建立了大规模测序、生物信息、克隆、健康、农业基因组等技术平台,其测序能力及基因组分析能力世界领先。   华大基因总裁汪建、执行总裁王俊,哥本哈根大学副校长托马斯· 比约恩霍尔姆和理学院院长尼尔斯· 欧· 安徒生教授作为双方签约代表出席了昨天的签约仪式。
  • 超强基因"探照灯"CRISPR FISHer技术|西湖大学宋春青团队与申恩志团队最新成果《Cell Reserrch》
    让我们乘坐时光机,前往东晋的夏日夜晚。有一位名为车胤的少年,由于家境贫寒,会在黑暗的夜晚出门捕捉萤火虫。他把它们装在白色丝袋中,照亮书本。聚集在袋子里的萤火虫们不会知道,它们的光亮,点亮了车胤官至吏部尚书的平步青云之路,也促成了比喻学习勤奋的成语“囊萤夜读”。现在,我们返回1700年后的当下。与车胤的故事相似,西湖大学生命科学学院PI宋春青、申恩志的团队合作,在细胞微观维度上聚拢了“萤火虫”,研发出能够更自如、更灵活地照亮DNA这本浩瀚之书的基因“探照灯”——CRISPR FISHer技术。近日,他们的研究论文“CRISPR FISHer enables high-sensitivity imaging of nonrepetitive DNA in living cells through phase separation-mediated signal amplification”在Cell Research杂志在线发表、并被选为封面文章。CRISPR FISHer,即实现了活细胞单拷贝基因成像的标记系统(或称,基于相分离信号放大的高敏活细胞DNA元件示踪方法),是基于CRISPR技术而来。它具有追踪任何特定细胞固有或外源DNA序列的潜力,极大地拓宽了活细胞成像的应用范围,为生物学过程研究和生物医学诊断的进一步发展奠定了基础。原文链接:https://www.nature.com/articles/s41422-022-00712-z“基因剪刀”CRISPR:我可以照亮基因之书我们都知道,你之所以是你,我之所以是我,是由于我们每个人拥有着独一无二的基因组(指生物体所有遗传物质的总和)。基因组就像是一本特别的书,以基因片段为“字词”,记载着我们的个人信息,也将在我们的一生中发挥重要作用。CRISPR技术,是基因编辑技术的一种,常被比拟为“基因剪刀”。它能够针对性地对基因组之书的错误靶点进行剪切,在提供模板的情况下可以进行错误“纠正”——简要理解,就是找到错误的地方,“剪”掉错误的内容,然后“替换”成正确的字词。这得益于它的核心组成部分,gRNA和Cas9 蛋白。gRNA(也叫guide RNA,即向导RNA),是这把“剪刀”的导航,能够在基因组的“字词”海洋里找到出错的地方、规划抵达的路线;Cas9核酸内切酶,则是“剪刀”的刀锋,能沿着路线抵达指定位置,并一刀切下去。当然,以上是CRISPR技术最基础的应用方式,随着CRISPR基因编辑技术的发展,2013年,科学家们发现了CRISPR的另一种作用——“剪刀”丧失剪切功能(dCas9,即核酸酶失活形式的Cas9),但却带着“灯”(EGFP,增强绿色荧光蛋白)锁定并照亮基因组的“段落”;自此,CRISPR成像技术在基因成像领域崭露头角。这种带“灯”的CRISPR有什么用?比如,我们可以去观察基因本身,去看一个染色体的状态、记录染色体的运动,也就是当下“流行”的4D染色体研究;又比如,我们可以观察病毒DNA入侵细胞的过程;再比如,可以帮助我们研究癌症的原理,研究诸如染色体易位这样的异常染色体状态与癌症发生的关系;还有,我们可以观察携带基因的载体是否将DNA带到“目的地”,例如,实时动态追踪用于治疗遗传性视网膜疾病和脊髓性肌萎缩症的AAV载体是否承载了疗效基因……看到了这盏“灯”的强大作用后,很多科学家开始聚焦于基于CRISPR技术的活细胞成像研究。最初科学家通过增加向导RNA(即gRNA,“导航”)的量来招募更多的荧光蛋白(即“灯”)照亮局部位点,但是多个“导航”很难同时进入同一个细胞;与此同时,在细胞中游离的“灯”会产生很强的背景光亮,这就使得目标位点的光照分辨率变的很低。2016年,CRISPRainbow活细胞成像系统面世,它像一串彩虹色“霓虹灯”,能实现基因组不同位点的标记;2018年,又诞生了CRISPR-Sirius系统,一个“导航”能够携带更多个数的“灯泡”,从而实现更高分辨率的成像……CRISPR FISHer: 强大的“基因探照灯”,来了!较之在基因成像领域更传统、更广泛应用的DNA原位杂交技术(需要将细胞固定,DNA变性后才能实现,不能实时记录DNA的状态),基于CRISPR技术的“灯”可以在细胞中的靶位点DNA非变性的情况下,实现DNA在活细胞内的动态成像。然而,这样的“灯”目前能照亮、使我们能读到的,仅限于基因组的“书”中那些在同一页中重复出现的内容,也就是临近位置重复出现多次的DNA序列(即成簇存在的多拷贝位点)。而在我们人类的基因组的“书”中,大多数都是非重复的内容,即单拷贝基因。于是,超过65%的人类基因组序列利用现有的成像系统很难检测得到。也就是说,现在给基因“书”用的“灯”,不管怎么打造,总是不够“亮”,很难让我们看清书中那些处于细微处且只出现一次的“字词”。是否可以做出一盏更厉害的基因灯?有了这个理想,西湖大学宋春青实验室和申恩志实验室合作,历经近两年,最终,CRISPR FISHer诞生了。东晋少年车胤之所以聚拢萤火虫,是因为单只萤火虫的光很微弱,且它们分散在大自然中,无法照亮书页;但在聚集后,微弱之光便变强了。同样的,CRISPR FISHer系统,正是在先前版本的CRISPR成像系统上,聚拢了更多的“灯”,实现了在基因维度更强大的成像功能——因而,我们无惧所需照亮的基因“字词”之细小,能够阅读DNA书本的更多细节内容了。具体来说,该系统由dCas9蛋白,包含2个PP7配体的sgRNA(sgRNA-2×PP7)和foldon-GFP-PCP蛋白组成。在成像标记的过程中,dCas9(即“钝刀”的刀锋,上文所述的不会切割的Cas9蛋白)和sgRNA-2×PP7(可理解为导航兼连接支架)会首先在目标DNA序列位点稳定结合,并充当“种子”,使得foldon-GFP-PCP(即“灯”)和其余的sgRNA-2×PP7在目标DNA位点处快速聚集,从而通过相分离的方式最大化募集GFP荧光蛋白“灯”至标记位点(可以理解为形成更庞大的串联的结构,“刀锋-支架-灯”基础上,可以继续串联更多的“支架-灯”结构,形成“刀锋-支架-灯-支架-灯-支架-灯……”),同时大大降低细胞核背景中弥散的GFP信号(如图一)。图一随后,为了验证CRISPR FISHer系统的功能是否强大,研究团队开展了一系列验证实验。他们证实,CRISPR FISHer超越了已有“基因灯”的技术。在相同的拍摄条件下,CRISPR FISHer所标记的端粒荧光强度信噪比最高可以达到246,远远高于传统的成像系统(信噪比在2左右)(图二)。这说明,在照亮基因“书”的重复内容时,因为光更强,所以我们有机会看得更清楚了。图二之后他们证实,那些在书中仅仅出现一次的内容,也就是之前人类没法“看到”的那些单拷贝基因,现在也能看清了。团队发现,相对于对照组细胞呈现出的弥散绿色荧光信号,在CRISPR FISHer所标记的PPP1R2基因的细胞中可以明显的观察到2-4个荧光信号点(如图三a和图三b),这说明CRISPR FISHer系统是具备单拷贝基因成像标记能力的,并且在单拷贝基因的成像标记过程中表现出很好的特异性,能够“看到”基因“书”中的特定的、只出现一次的“字词”内容。最让研究团队兴奋的是,他们发现——当基因“书”被某些因素影响发生改变,成了不常规的“书”,比如,基因组不稳定性或染色体结构变异可诱导 DNA损伤和修复,有时会产生染色体外的DNA;或者,一些外源入侵者,例如病毒,可以感染细胞并将其基因组传递到细胞核中,导致细胞功能障碍和疾病的发生发展——这些时候,这盏“灯”依然能带着我们看清楚最新情况。图三从利刃到钝刀,他们致力于“透视”基因层面的人类病痛不知道千百年前,终于以萤虫之光照亮夜间学海之路的车胤,是否为此激动不已。总之对于创新了CRISPR FISHer活细胞单拷贝基因成像标记系统的宋春青团队和申恩志团队来说,他们对于打造一盏世界上前所未有的“灯”,去照亮、去看见那些在“黑暗”中的基因,等待已久。研究团队从有想法到最终实现,他们整整走了近两年。事实上,两年是往短了说的。这次之所以能够实现原创的突破性的基因成像技术,与研究者们关于CRISPR更早期、更长年累月的研究密不可分。早在2015年至2019年在麻省大学医学院RNA治疗研究所进行博士后研究时,宋春青接触了CRISPR技术,并且练就了如何在“利刃”CRISPR上玩出花的本领——也就是常规意义上的“基因剪刀”的基因编辑功用。正是基于“利刃”的研究经验,熟悉了CRISPR的基本原理,做“钝刀”灯,才会势如破竹。宋春青展望未来,CRISPR FISHer由于拥有能够追踪任何特定内源或外源DNA序列的潜力,将极大地拓宽了活细胞成像技术的应用范围,为生物学过程研究和生物医学诊断的发展奠定基础。换句话说,拥有了这盏超强基因“探照灯”,我们能够看到基因的更多动态,挖掘更多关于人类身体机理和疾病的“秘密”。西湖大学生命科学学院宋春青课题组2020级博士生吕欣原,博士后邓远,2020级博士生黄晓燕,和申恩志课题组2020级博士生李珍珍为该论文的共同第一作者。西湖大学生命科学学院宋春青研究员和申恩志研究员为该论文的共同通讯作者。Ref.1. Ain, Q., et al., Extrachromosomal Circular DNA: Current Knowledge and Implications for CNS Aging and Neurodegeneration. 2020. 21(7): p. 2477.2. Foxman, E.F. and A.J.N.R.M. Iwasaki, Genome-virome interactions: examining the role of common viral infections in complex disease.2011. 9(4): p. 254-264.3. Schwarzacher, T. and J.S.J.M.i.M.B. Heslop-Harrison, Direct fluorochrome-labeled DNA probes for direct fluorescent in situ hybridization to chromosomes. 1994. 28: p. 167.4. Qi, L.S., et al., Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression. 2013. 152(5): p. 1173-1183.5. Chen, B., et al., Dynamic Imaging of Genomic Loci in Living Human Cells by an Optimized CRISPR/Cas System. 2013. 155(7): p. 1479-1491.6. Ma, H., et al., Multiplexed labeling of genomic loci with dCas9 and engineered sgRNAs using CRISPRainbow. 2016.7. Ma, H., et al., CRISPR-Sirius: RNA scaffolds for signal amplification in genome imaging. 2018. 15(11).8. Sawada, H. and G.F. Saunders, Transcription of Nonrepetitive DNA in Human Tissues. 1974. 34(3): p. 516-520.9. Xu, H., et al., TriTag: an integrative tool to correlate chromatin dynamics and gene expression in living cells. 2020.10. Gu, B., et al., Transcription-coupled changes in nuclear mobility of mammalian cis-regulatory elements. 2018. 359(6379): p. 1050-1055.实验室招聘宋春青研究组主要通过CRISPR技术建立小鼠模型,运用细胞生物学、分子生物学及其生物信息学等手段来解析肝癌以及组织再生和衰老的分子机制。此外实验室聚焦于CRISPR相关的技术的改进、应用和遗传性疾病的修复。实验室主页:http://songlab.web.zhanhi.com/vip_songlab.html申恩志课题组主要集中于非编码核酸(non-coding RNA,ncRNA)的研究,ncRNA是转录组的主要组成部分,广泛参与细胞的一系列生物学过程,对生物体的功能调节起着至关重要的作用。例如,小非编码核酸siRNA、miRNA和piRNA(Piwi-interacting RNA)可以靶向调节基因的表达,进而确保生物体转录组的稳定和生殖发育的正常进行。以线虫和小鼠为模式生物,集中在系统研究piRNA的生物学功能和作用机制。实验室介绍:https://sls.westlake.edu.cn/Our_Faculty/202006/t20200617_5886.shtml实验室长期招聘科研助理、博士后和助理研究员,欢迎有志之士加盟!简历投递到 songlab@westlake.edu.cn shenenzhi@westlake.edu.cn。
  • 雀巢米粉检出转基因成分 再引争端
    核心提示:“更令人气愤的是,雀巢公司对中国消费者实行‘双重标准’,它并没有在其他很多海外市场销售转基因食品。这种行为体现了雀巢公司对中国消费者的不尊重。”   9月初,在雀巢公司在中国销售的一种婴儿食品中,国际环保组织“绿色和平”发现了潜在的导致过敏的转基因成分。   “绿色和平”要求雀巢立即停售这种转基因食物,并立即停止其对中国消费者与其他国家消费者执行的双重标准,并向中国消费者作出不使用转基因原料的承诺。   相关专家表示,依据《农业转基因生物标识管理办法》,目前我国仅有17种食品或产品被要求必须进行是否含有转基因成分的标注,而婴儿米粉并不在内。专家建议,应及时更新农业转基因生物标识管理目录。   事件背景   雀巢“转基因”再引争端   这并不是“绿色和平”第一次在雀巢婴儿食品中发现转基因成分,这场针对转基因问题的“战争”早在1999年就已经在该组织和雀巢之间打响。雀巢公司的甘脆朱古力、百福豆浆、百福豆腐花、巧伴伴等产品多次被“绿色和平”检出含有转基因成分。   作为一个全球性的环保组织,“绿色和平”一直关注转基因食品在中国的情况。今年8月,“绿色和平”在北京市场随机购买了雀巢的一个婴幼儿补充谷粉——“牛肉蔬菜米粉”(保质期20110529D1),并送至独立的第三方实验室进行转基因成分检测。结果显示,送检样本中含有抗虫转基因成分Bt基因。有研究显示,该种蛋白能够在小鼠体内引发免疫系统反应,是潜在的致过敏原。   “婴幼儿食用的食品种类通常较为单一,并且需长期进食某种食品,因此,对食物尤其敏感。”绿色和平食品与农业项目主任方立锋认为,雀巢在转基因的健康隐患还存在争议的情况下,就将其使用在中国的婴儿食品中,是不慎重的。   “更令人气愤的是,雀巢公司对中国消费者实行‘双重标准’,它并没有在其他很多海外市场销售转基因食品。这种行为体现了雀巢公司对中国消费者的不尊重。”方立锋说。   据了解,到目前为止,雀巢已经在欧盟、澳大利亚、俄罗斯和巴西等国家和地区承诺在其食品中不使用转基因原料,但却一直拒绝对中国消费者作出同样的承诺。相比之下,目前已有超过140家公司向“绿色和平”承诺,保证其在中国所销售的产品中不使用转基因原料,这其中包括亨氏、贝因美、蒙牛和伊利等公司。   9月6日,本报记者以消费者身份致电雀巢公司的消费者服务热线,工作人员非常肯定地表示,出现转基因问题是很久以前的事情了,且在雀巢的婴儿食品里是不含转基因成分的。   专家说法   现有法规或拿雀巢没辙   据报道,早在2003年,上海消费者朱燕翎因不满雀巢公司在欧洲和中国采取的“双重标准”,曾飞赴瑞士雀巢公司总部,向其高层主管递交公开信,并坚持将雀巢告上法庭,但终以败诉结局。朱燕翎曾提到,卫生部和农业部对转基因标识的前提和方法都不太一致。   根据2002年4月8日由卫生部颁布的《转基因食品卫生管理办法》,生产或者进口转基因食品必须向卫生部提出申请,食品产品中(包括原料及其加工的食品)含有转基因成分,必须标注。   昨日,卫生部监督局副局长苏志告诉《每日经济新闻》记者:“2002年的《转基因食品卫生管理办法》已经不用了。”此外,苏志和国家食品药品监督管理局食品安全监管司监测评价处石阶平处长均表示,目前转基因食品相关事宜已统一归属农业部管理。   9月6日,农业部农业转基因生物安全管理办公室一位不愿透露姓名的专家告诉记者,我国法律无明文规定婴幼儿食品中不能含有转基因成分,但转基因农产品商业化需要经过农业部审批。因为米粉的生产原料中可能会含有和转基因相关的农产品,所以倘若查实雀巢米粉中确实含有转基因成分,或将触犯相关法规。   根据农业部发布的《农业转基因生物标识管理办法》,目前我国仅有五大类17种食品或产品被要求必须进行是否含转基因成分的标注,这五大类分别为大豆、玉米、油菜、棉花和番茄。对此,该专家表示,只有列入标识管理目录并用于销售的农业转基因生物需要进行标识,而婴儿米粉并不在标识范围内。   根据国家质量监督检验检疫总局最新发布的 《食品标识管理规定》,自2008年9月1日起,属于转基因食品或者含法定转基因原料的食品,应当在其标识上标注中文说明。记者注意到,不同于农业部的管理办法,该规定并未指出标识的范围仅限于五大类。   昨日,记者联系国家质检总局询问是否所有的转基因食品均需标识一事,截至发稿尚未得到回复。   2003年,在雀巢公司和朱燕翎的那场诉讼中,产品在鉴定是否含有转基因成分时,曾出现过几次截然不同的鉴定结果。对此,海康生命科技有限公司北京办事处的一位工作人员表示,转基因的检测方法并不统一,不同的检测方法很可能导致不同的结果。   关于雀巢的“双重标准”,环保部生物多样性研究首席专家薛达元无奈地表示,因为和农业部的管理办法相冲突,2002年卫生部出台的管理办法并没有真正发挥作用,所以在中国现行的法律制度下,雀巢不对其产品进行标识并不违法,但这在欧洲国家是肯定行不通的。换言之,目前中国的法律和政策对雀巢可能仍无可奈何。   “现有只能说,经过风险评估的转基因食品是暂时安全的,是将风险减到最低的。目前他们(支持转基因的人)的观点是,不能因为坐飞机有风险就不坐飞机。”薛达元说。   绿色和平食品与农业项目主任方立锋表示,第一批实施标识管理的农业转基因生物目录出台已有7年,一直没有更新。目前农业部已经批准商业化种植的辣椒和木瓜,均不在该目录中。为保护消费者的知情权和选择权,他建议相关部门应及时更新标识管理目录。
  • 华大基因基因检测新突破!PTseq呼吸道感染基因检测上市
    8月末,华大基因基因检测在感染性疾病方面取得了新突破,推出了一款名为“PTseqTM呼吸道感染病原微生物靶向高通量基因检测”的产品,重新定义病原测序产品的应用方向,将重点放在呼吸系统感染的核心需求上,积极推动了感染性疾病的精准诊疗发展。呼吸道感染是临床最常见的感染性疾病之一,其病原组成复杂多样,约50%的患者很难明确病原体。因此,进行及时准确的病原学诊断,尽早确定目标病原并进行针对性用药治疗,是改善患者预后、降低病死率和后遗症发生率的关键。因此,华大基因积极研发基因检测产品,帮助医疗机构实现呼吸道感染病原体的精准诊断。华大基因基因检测推出的这款产品利用了国产自主测序平台、专利引物设计系统以及独有的污染校正算法,基于tNGS技术进行检测。它不仅具备了测序技术的广谱性优势,还兼具了多重PCR技术的高灵敏度优势,同时也具备了检测性能与高性价比。其检测范围涵盖了268种靶标,包括227种病原微生物、30种耐药基因和11种毒力基因。它不仅能够覆盖95%以上的呼吸道感染常见核心病原体,还可以进行重点耐药基因和毒力基因的鉴定。华大基因基因检测产品能够全方位地帮助患者制定个体化的抗感染治疗方案,降低耐药性的发生风险,助力呼吸道感染的精准诊疗。此外,华大基因基因检测产品具有高性价比、省时省力的特点,聚焦患者核心需求,可以一步到位进行DNA病原体+RNA病原体检测,价格远低于mNGS检测技术。从收到合格样本到报告出具,整个检测流程只需不到18小时。基于华大基因mNGS产品PMseq®十年检测积累的大数据,这款华大基因基因检测产品采用靶向高通量测序(tNGS)技术,使其在有效性和性价比之间取得了平衡,提升精准防控感染的技术可及性,为更多呼吸道感染患者精准诊疗提供另一种选择,普惠大众。这款产品将成为华大基因病原微生物检测产品体系的有力补充,推动感染性疾病的精准诊疗发展。一直以来,华大基因基因检测利用先进的测序技术,致力于为患者提供更加精准、高效和经济的感染性疾病诊断产品。通过提供准确的病原检测结果和个体化的治疗方案,华大基因基因检测产品为患者提供更优的治疗选择,帮助医疗机构更有效地应对呼吸道感染等感染性疾病。该产品的发布,为未来的感染性疾病诊疗研究提供了更广阔的空间。
  • 饶子和院士质疑叫停基因检测“一刀切”政策
    &ldquo 简单叫停,可能扼杀一次重大机遇&rdquo &mdash &mdash 代表委员质疑叫停基因检测&ldquo 一刀切&rdquo 政策   &ldquo 生物经济尤其是基因产业,就是我们跃升的一次机会。&rdquo 全国政协委员、中国科学院院士饶子和向政协大会提交提案,对前不久&ldquo 一刀切&rdquo 叫停基因检测的政策提出质疑,呼吁国家制定基因健康计划。   &ldquo 这些年,从中央到地方一直在提产业跃升。没有技术的跃升,哪来的产业跃升?&rdquo 全国人大代表、山东省济宁市市长梅永红曾经担任科技部政策法规与体制改革司司长多年。他认为,我们倡导21世纪是生物经济的世纪,这一天真的到来了。基因组领域就是中国最有可能和发达国家竞争的领域,必须高度重视。   &ldquo 一刀切&rdquo 做法值得商榷   伴随技术的发展,基因检测技术迅速应用,成为一个新兴的行业。利用基因测序和生物信息分析等技术,科研人员可以快速、准确、经济地检测唐氏综合征、地中海贫血、遗传性耳聋、宫颈癌、遗传性乳腺癌等疾病,并有效控制这些疾病的发生。   &ldquo 只需化验孕妇血液即可,避免了传统羊水穿刺方法带来的流产、致畸等风险,社会接受度高,基因检测被业内视为未来无创检测技术的方向。&rdquo 这位生物学家认为。   然而不久前,有关部门下发通知,&ldquo 一刀切&rdquo 叫停基因检测服务。   &ldquo 有关部门是在履行行政职能部门的职责,但是这种&lsquo 一刀切&rsquo 的做法值得商榷。&rdquo 这位著名生物学家和其他几位院士认为,基因检测行业目前确实鱼龙混杂,需要规范,同时,其使用的核心设备和试剂主要源自进口,尚未注册,但是基因组研究和基因检测技术发展日新月异,已经成为一个事实性的行业,简单&ldquo 一刀切&rdquo 不仅不利于国家占领基因组这一前沿技术,更有可能使我们掌握的机遇再次丧失。&rdquo   &ldquo 基因已经不再神秘&rdquo   &ldquo 基因检测技术是自疫苗问世以来疾病预防领域最重要的科技突破,如能在全国推广,不仅可以大大降低出生缺陷和宫颈癌的发生率,甚至可以让这些疾病像天花和小儿麻痹症一样远离百姓生活。&rdquo 饶子和说。   他以妇女宫颈癌检测说明:&ldquo 利用基因检测技术,灵敏度、准确性更高,弥补了传统细胞学初筛人工阅片带来的敏感度低、漏诊率高的缺点,是传统方法检出率的3倍多,而且利用新方法,可以自己采样,简便易行,适于全民推广。&rdquo   饶子和分析:采用传统方法检测宫颈癌,粗略估计全国妇女普查一遍约需18年,而采用新方法,依靠高通量的基因测序平台,只要组织有效,全国妇女普查一遍的时间可缩短至原有时间的十分之一,即不到2年时间。   &ldquo 基因已经不再神秘,而是实实在在地走到了普通人身边。&rdquo 正是有基于此,饶子和和孟安明委员、葛均波委员等多位院士一起联名提出提案,建议国家从战略高度重视基因组研究和产业化发展,制定基因健康计划,通过政府引导、企业参与,共同推动基因测序技术的大规模应用,用5至10年时间在全国范围内消灭唐氏综合征、先天性耳聋、地中海贫血、宫颈癌等疾病。   &ldquo 生物经济的世纪,这一天真的到来了&rdquo   &ldquo 简单叫停,可能扼杀一次重大机遇。&rdquo 饶子和委员说,因为我国已经成为世界上基因测序能力和生物信息分析最强的国家之一,基因组的研究水平和发达国家在伯仲之间。   &ldquo 我们在基因组学上已经进入世界第一方阵。有了这样一次和别人站在一个起跑线上的机会,我们可以很有尊严地跃升,为什么不抓住?&rdquo 梅永红代表说,&ldquo 关键是老百姓需要这样的技术,每次到儿童福利院、特殊教育学校,看到那么多孩子因为基因缺陷成为残疾,甚至被父母遗弃,你就会感到锥心的疼,而这些遗传病现在明明可以采用新技术加以避免,为什么不用?&rdquo   不久前,在基因组研究领域走在世界前列的深圳出台了《深圳国际生物谷总体发展规划(2013&mdash 2020年)》,实施&ldquo 东有坝光、西有前海&rdquo 战略,以基因组学、生物治疗等为核心,大力发展相关前沿技术和产业,以抢占全球生物科技和产业发展制高点,培育参与全球竞争新优势。   &ldquo 经济有特区,生物产业发展为什么不可以有特区?&rdquo 饶子和建议,可以选择深圳这样有特区立法权的城市,在生物经济领域先行先试,在政策法规突破方面进行尝试,取得经验后向全国推广。&ldquo 这样才能真正推动我国产业向全球价值链高端跃升。&rdquo
  • 基因检测的全球演进:从科幻到人间
    通常关于基因测序的故事大都会从上个世纪90年代开启的&ldquo 人类基因组计划&rdquo 讲起。这项计划耗时15年,耗资30亿美元,由6国科学家共同参与,最终完成了人的30亿个碱基的测定。人类基因组计划的竣工真正拉开了个人基因测序时代的序幕。由个人基因测序所带来的健康检测、无产前检测以及个体化诊断与治疗等各类应用正悄然走进我们的生活。   基于个人基因的健康评估   基因是生命遗传的基本单位,基因组则是所有基因的载体,是DNA分子上携带的所有遗传信息的总和,蕴藏了生命奥秘。科幻电影里常出现这样的剧情:&ldquo 人一出生就了解自己的一切遗传信息,生老病死都一一掌握。另一方面,可以通过这些遗传信息&lsquo 筛选&rsquo 性状最好的后代,甚至定制后代的事情都依赖于对个人基因组信息的完整了解。&rdquo 用30亿美元换一个人的基因组遗传信息,即使是世界首富恐怕都舍不得出这一笔钱。但是999美元呢?99美元呢?   一个名叫23andMe的公司把个人基因检测服务最终做到了99美元。该公司提供的基因检测服务针对遗传疾病、患病风险等因素,能够检测大概100万处基因位点。该服务能得到200多项检测结果,包括有没有饮酒脸变红的遗传因素、有没有患癌症的突变风险等。美国食品药品监督管理局(FDA)担忧由于基因检测的不确定性所带来的负面影响,客户有可能会被误导,因此叫停了23andme的业务。不过,目前23andMe还是建立起80万人的基因数据库。就在2015年年初23andMe宣布了两笔合作交易:第一笔是与罗氏旗下基因泰克公司合作 第二笔与制药巨头辉瑞(Pfizer)签署了合作协议。除了这两笔合作外,23andMe还与另外12家机构达成了合作意向,这些合作都是基于23andMe所拥有的庞大数据库。   与Illumina有合作关系的BaseHealth公司(该公司CEO Jorge Velarde曾出任Illumina业务发展副总裁)被视为第二代基因健康公司,该公司将DNA数据与传统的健康指标,如饮食、运动、家族健康史等结合在一起。该公司不直接面向消费者,而是采用B2B的方式与大型医药集团及医疗机构合作,试图在患者初次就诊时告诉医生,该患者可能有患病风险。比如说,一个人患有II型糖尿病的风险,那么他的生活方式以及一系列传统医学指标都会呈现给医生,以便医生们了解基本情况。   上面讲述的只是个人基因检测创业公司中的两家。在这里个领域里还有deCODE genetics, Navigenics等开拓者。deCODE genetics、Navigenics还有23andme都是只检测人类基因组中的一小部分,而美国的Knome公司则完成真正意义上的个人全基因组序列测序,费用在12.5万美金/人。   在国内也相继出现一些针对个人的基因检测公司,如360基因,尝试将基因检测做到本土化。整个基因检测的流程很简单,从唾液采集到出检测报告只需3-4周时间。目前,国内个人基因检测产品的售价从几百到千元人民币不等,价格已经逼近23andMe了。   无创产前检测(NIPT)正在行动   无创产前检测的市场会有多广阔,看一看每年有多少孕妇就知道了。在中国,这个数目已接近千万!   在美国,提供无创产前检测服务的主要有4家公司:Sequenom, Verinata Health (2013年被Illumina收购), Ariosa Diagnostics 和Natera 。其中Sequenom和Verinata两家公司都采用高通量基因测序的方法进行检测,两家之间至今还存在侵权索赔以及其他纠纷。2014年末,Illumina和Sequenom公司达成了协议,双方将各自拥有自己的专利还将分享该专利带来的利润。然而,Ariosa Diagnostics对Illumina公司提起了主要以专利侵权为中心的多条诉讼,美国国家专利商标局、专利审批和上诉委员会宣布:取消Illumina所持有的13项专利权。不过Illumina公司已经放弃NIPT零售业务,而是将精力集中在与其他公司的合作上。   在我国,去年2月17日,国家卫计委叫停基因测序临床应用。原本已被华大基因和贝瑞和康主导的NIPT市场,也随之发生了变化。2014年6月30日,国家食品药品监督管理总局(CFDA)批准了华大基因申报的高通量基因测序仪及诊断产品。并且华大基因自主研发的无创产前基因检测技术(NIFTY® )获得欧洲专利局授予的发明专利,在英国、比利时等15个成员国生效。成为中国大陆首个在欧洲获批的无创产前基因检测专利。同时,国家知识产权局也向华大基因发出&ldquo 授予专利权通知书&rdquo 。   2014年11月4日,CFDA再次批准了达安基因的基因测序仪和胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测试剂盒(半导体测序法)医疗器械注册。其获批的基因测序仪DA Proton是获得Life Technologies公司技术授权国产化的测序仪。而此前华大基因的BGISEQ1000是基于曾被其收购的Complete Genomics公司的测序平台。   然而,两家公司独大的局面没有保持多久。2014年末,国家卫计委医政医管局发布了关于《开展高通量基因测序技术临床应用试点工作的通知》,首次公布了北广两地第一批高通量测序技术临床应用试点单位。通知中共涉及3个专业(遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断),批准了7家北广两地的试点机构,其中包括安诺优达、博奥、华大、达安基因在内的第三方检验机构。   不到一月,卫计委妇幼保健服务司就发布了《关于产前诊断机构开展高通量基因测序产前筛查与诊断临床应用试点工作的通知》,审批通过了109家医疗机构开展高通量基因测序产前筛查与诊断(NIPT)临床试点。这远远大于此前医政医管局公布的NITP第三方检验机构的数目,充分肯定了医疗机构在未来高通量基因测序临床应用中的重要作用。   在我国,部分地区进行无创产前检测甚至会有政府进行补贴!让笔者不禁想起,怀孕多月的梁咏琪,接受某公司无创产前DNA测试,并成为首位代言人。   个人基因检测推动个体化诊断与治疗   2013年,国际好莱坞著名影星安吉丽娜&bull 朱莉(Angelina Jolie)在通过个人基因检测后得知其携带BRCA1基因突变。通过综合其他因素,其患乳腺癌几率高达87%。为了为避免患上乳腺癌,这位以性感著称的女星接受了双侧乳腺切除手术,将其患乳腺癌的几率从87%降到不足5%。这篇文章在全球引起轰动,也促使更多女性去了解和进行基因检测。人们将这种现象称为&ldquo 安吉丽娜效应(Angelina effect)&rdquo 。   如今,由个人基因测序所推进的个体化医疗领域,包括癌症、罕见病等检测与治疗,更成为了兵家必争之地。   2014的一整年,罗氏公司通过对产业链上下游的整合,几乎打造了测序行业的&ldquo 罗马帝国&rdquo ,其并购的公司不仅有试剂、测序仪企业,还囊括数据计算平台,以及各类临床应用服务企业等!去年上半年罗氏曾耗资4.5亿美元收购了分子诊断公司IQuum 此后,又出资3.5亿美元收购正在开发纳米孔测序平台的Genia Technologies公司 同年10月,其从Abvitro公司收购基于引物延伸的靶向富集技术,用于NGS样品制备技术 到了12月,罗氏先后收购了Ariosa Diagnostics公司以及基因组分析公司Bina Technologies。   2015年初,罗氏更是斥资10.3亿美元购买Foundation Medicine公司的56.3%的股权。Foundation Medicine公司自从成立以来就致力于开发肿瘤的基因检测技术,史蒂夫&bull 乔布斯也曾接受该公司的基因检测。当时,乔布斯花费了约10万美元进行这一检测,但这最终未能挽救其生命。不过,乔布斯认为这样的检测很有意义,他在接受采访时曾表示:&ldquo 我要么是第一批以这种方式击败癌症的人,要么是最后一批死于癌症的人。&rdquo   在国内,2015年初,药明康德宣称以六千五百万美金(近4亿人民币)收购NextCODE Health,并计划合并其基因组中心和NextCODE组建新公司,命名为WuXi NextCODE Genomics。公司总部将设在上海。该公司是国内首家也是唯一一家获得美国CLIA认证的二代测序实验室,可以为美国病人出具临床诊断书。NextCODE Health成立于2013年10月,由deCODE genetics前高管Gulcher和Smarason创立。该公司开发了世界上最成熟的基因测序分析平台和最高效的数据库,掌控超过三十万条人全基因组数据,使全球范围内的临床医生和研究人员能够最大限度地利用高通量测序技术去更好地诊断和治疗疾病。   无论是个人健康检测、无创产前检测还是个体化疾病诊断与治疗,这些由个人基因测序所带动的各类应用正逐步地渗透到我们的生活中。基因测序行业已经从星星之火,开启了燎原之势。曾经一度被人们誉为前沿高端的科研项目,已经开始进入平常百姓的健康生活。
  • 工欲善其事,必先利其器——基因编辑工具的开发
    基因编辑已经被越来越广泛的用于生物学的研究和应用当中,例如合成生物学,基因治疗,药物靶点发现,mRNA剪接,蛋白定向进化等等。我们在使用各种各样的基因编辑工具时,不禁感叹这些工具是多么的精巧绝伦。但科研人员发现基因编辑工具,改进这些工具的功能、效率并非易事。高效、精准、便捷的基因编辑工具,一直是人们梦寐以求的科研神器。我们熟知的CRISPR系统,最常听到、见到的是Cas9蛋白,但Cas蛋白并不是只有Cas9,下图中为Cas蛋白的分类。Cas蛋白功能分类图[1]在如此多的Cas蛋白中,发现如Cas9、Cas12a、Cas13a等可以作为基因编辑工具的,可谓凤毛麟角,少之又少。从1987年报道CRISPR重复序列,到2002年发现Cas4基因具有核酸外切酶功能,直到2012年发现Cas9可以通过RNA介导控制基因组编辑,历经20余年。在CRISPR风靡全球后,对于该系统的开发并未停止,技术大牛们又开发出: 基于CRISPR系统,通过sgRNA介导突变后不具有切割活性的Cas9蛋白(dCas9)对于基因表达进行激活或抑制的CRISPRa和CRISPRi技术; 将失去催化活性的Cas蛋白(dCas)或只有切割一条链活性的Cas蛋白(nCas)和可作用于单链DNA的脱氨酶进行融合,实现对靶点碱基替换的胞嘧啶碱基编辑器(CBE)和腺嘌呤碱基编辑器(ABE)[2];工欲善其事,必先利其器。对于基因编辑而言,需要基因编辑工具这个金刚钻。对于基因编辑工具的开发,更需要一把“利器”。Beckman可以为科研工作者提供基因编辑技术与工具开发的整套解决方案。
  • 新发现,基因组编辑技术可对DNA进行微调
    Crispr基因编辑——一种分子剪刀可以让科学家对生物体的DNA进行有针对性的改变。Crispr基因编辑毫无疑问是治疗镰状细胞病的一个希望。镰状细胞病是一种与之相关的血液疾病,被称为地中海贫血,是一种罕见的失明,以及一种毁灭性的疾病,被称为转甲状腺素淀粉样变性,在这种疾病中,一种畸形的蛋白质会在体内堆积。有时候,科学家可以使用Crispr剪掉有问题的DNA以达到治疗疾病的目的,但在某些情况下,保留一个基因并对其进行微调,即系进入表观遗传编辑,可能会达到更好的目的。表观遗传学是研究DNA在一生中发生的化学变化,这些变化反过来又影响基因的表达。这些变化可能是由于一个人的行为(如饮食或吸烟)或环境暴露(如毒素或紫外线)造成的。表观遗传学是一种分子记忆,反映了我们多年来遇到的经验。这就是为什么,在拥有相同DNA密码的同卵双胞胎中,一个可能会患上癌症,而另一个则保持健康。虽然基因编辑依赖于改变DNA密码本身,而表观遗传编辑则涉及到上调或下调单个基因的表达。基因包含制造重要蛋白质的指令,而它们的表达是基因被“开启”来制造它们的过程。如果将基因比喻成音板上的音量旋钮,表观遗传编辑控制着它们的设置是“响亮的”还是“柔和的”。对于这样的“音量控制”进行实验是一个新领域,而刚好在今年5月发表在《科学进展》杂志上的一项研究提供了一个有趣的线索,揭示了一个可能的应用:对抗早期饮酒改变基因工作方式的方式。在之前的研究中,科学家们发现,青春期的酗酒会改变杏仁核的大脑化学成分–杏仁核是大脑中控制恐惧和快乐反应的小杏仁形状的部分。在啮齿动物和人类身上,他们都发现,在生命早期接触酒精似乎会减少一种名为Arc的基因的表达。这个基因是大脑可塑性的主要调节器,也就是大脑基于经验的适应能力。当Arc的表达被抑制时,这种变化与成年后易患焦虑和酒精使用障碍有关。在这项新研究中,由伊利诺伊大学芝加哥分校酒精表观遗传学研究中心主任、精神病学教授Subhash Pandey带领的团队想看看他们是否可以通过在老鼠杏仁核中对Arc进行表观遗传编辑来逆转这种改变。他们构建了一种经过修改的Crispr形式,这种Crispr不是编辑或删除基因,而是增加基因的表达。然后,他们将其注射到成年大鼠的大脑中,这些成年大鼠在青少年时期曾接触过酒精——相当于10至18岁的人类。这种早期的接触意味着Arc的表达在成年动物中已经受到抑制。Subhash Pandey表示他们瞄准了杏仁核的中央核,因为这是处理进入大脑的信息的关键中枢,也是焦虑、恐惧和饮酒行为的中心。注射Crispr使Arc的表达恢复到基线水平,Subhash Pandey称之为大脑的“工厂重置”。之后,这些啮齿动物摄入的酒精减少了,焦虑也减少了——研究人员通过行为测试来测量这一点,包括老鼠在所谓的“高架迷宫”中的表现。十字形迷宫由两条暴露在外的臂和两条封闭的臂组成。啮齿类动物的压力越大,它们就越不愿意在迷宫的露天部分呆上一段时间。Subhash Pandey说:“我们没有看到任何迹象表明他们的饮酒水平会回到基线,所以我们认为,也许这种表观基因编辑会产生持久的影响,我认为,就如何将这种疗法转化为人类治疗而言,还有很多工作要做,但我抱有很高的希望。”为了测试Arc基因是否真的导致了这一结果,研究人员还设计了一种旨在减少其表达的Crispr注射。他们在青春期没有接触酒精的老鼠身上进行了测试。注射后,老鼠比之前更焦虑,喝了更多的酒。这项研究提出了一种可能性,即我们的分子记忆可能会被修改,甚至被删除。加州大学伯克利分校的遗传学教授、加州大学伯克利分校和加州大学旧金山分校创新基因组学研究所的科学主任费奥多尔乌尔诺夫说:“这项研究展示了改变基因对其经历的记忆的可行性,这深深给我留下了深刻的印象。”但是他也强调,老鼠不是人类,我们不应该草率下结论。乌尔诺夫说表示治愈一只老鼠和用表观遗传编辑器给一个酗酒成瘾的人注射之间的距离还很遥远。我们是否具备向那些轻度饮酒问题的人的杏仁核进行快速注射还有很长的路要走。乌尔诺夫作为表观遗传编辑公司Tune Therapeutics的联合创始人之一,他认为,这样的实验疗法可以在多次治疗后复发、没有其他治疗选择的酒精成瘾患者中进行测试。然而,与直接编辑基因一样,调整基因表达可能会产生意想不到的后果。因为Arc是一种与大脑可塑性有关的调节基因,修改它的表达可能会产生酒精成瘾以外的影响。俄勒冈健康与科学大学遗传学教授贝琪弗格森(Betsy Ferguson)研究成瘾和其他精神疾病的表观遗传机制,她说:“我们不知道这种变化会改变其他什么行为。”“这是一种平衡,既要找到有效的方法,又要找到不会破坏日常生活的方法。”另一个复杂的因素是,随着时间的推移,酒精的使用会改变数十个、甚至数百个基因的表达。在人类中,这可能不像提高Arc的表达那么简单,这只是其中之一。虽然解决方案似乎是调整所有这些基因,但同时操纵许多基因的表达可能会导致问题。“我们知道行为,包括饮酒行为,是由许多基因控制的,这真的是一个具有挑战性的问题来解决,”Betsy Ferguson说。目前还不清楚这种编辑的影响会持续多久。Betsy Ferguson表示自然发生的表观遗传变化可能是暂时的,也可能是永久性的,有些甚至可以传给后代。总的来说,她认为使用表观遗传编辑治疗酒精成瘾的想法很有趣,但她希望看到结果被复制,并在更接近人类的大型动物身上试验Crispr治疗。相信这一天可能不会太远,因为最近有几家公司推出了表观遗传编辑商业化。在总部设在圣地亚哥的Navega治疗公司,研究人员正在研究如何通过抑制一种名为SCN9A的基因的表达来治疗慢性疼痛。当它高度表达时,它会发出许多疼痛信号。但简单地删除这个基因并不是一个好主意,因为一定程度的疼痛是有用的;当身体出现问题时,它会发出信号。(在极少数情况下,携带SCN9A突变的人对疼痛具有免疫力,这使他们容易受到无法感觉到的伤害。)。在Navega的实验中,小鼠的表观遗传编辑似乎抑制了几个月的疼痛。点击图片免费报名参加“第五届基因测序网络大会”
  • 青岛成立山东省首家基因检测中心
    9月4日上午,中南大学湘雅医学检验所青岛分中心在青岛市传染病医院挂牌成立,中国工程院院士周宏灏为青岛分中心揭牌。这是我省首家基因检测中心,将主要开展乙肝病毒耐药的临床医学研究,利用当今国内先进的基因检测技术为病人提供个体化诊疗依据。这也标志着青岛市肝病诊疗技术将再上新水平,跻身国内先进行列。   青岛市传染病医院此次牵手中南大学湘雅医学检验所开展技术协作,以提高肝病的诊治水平和综合救治能力,更好地为岛城人民群众的健康服务。该项技术其灵敏度、准确度、敏感度均高出常规检测方法,可及时检测乙肝病毒相关基因突变状态,判断是否有耐药基因突变的发生,可早于临床耐药症状发生前及时调整治疗方案,提高抗病毒治疗疗效,缩短抗病毒治疗疗程,对改善患者的愈后具有重要临床指导意义。
  • 杜一平:从可见到近红外的光明之路
    p    strong span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 随想 /span /strong span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " :可见光,可见之光,赠与人类一个绚丽多彩的世界。牛顿老先生,用手中之魔镜,照耀出一个七彩斑斓之谱,从此,人们认识到未知世界的真谛。后来又出了个什么近红外光,看不见、摸不着,神秘兮兮。牛老先生之魔镜一照,呈现的不是色彩世界,而是绵延起伏的群山,群山之中雨雾缭绕,隐藏着不可告人的秘密,人们垂涎欲滴,却无能为力,探秘之路异常艰辛。听说人们又找到了一个神眼,叫做化学计量学。相传该神眼太神眼了,居然能拨云见日从群山之中嗅到真金白银的味道。于是无数中华好儿女踏上了近红外之路...... /span /p p style=" text-align: center " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201605/insimg/21c16001-4b32-4935-848c-a2419794f1dc.jpg" title=" 杜一平.jpg" / /span /p p style=" text-align: center " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 华东理工大学 杜一平 /span /p p   1990年我硕士毕业,回到老家齐齐哈尔,任教于齐齐哈尔轻工学院。怀揣着年轻人不甘寂寞之心,又得益于罗国安老师的新作《可见紫外定量分析及微机应用》(1988年出版)的启发,我开始做科研了。然而从何下手呢?教研室只有72型分光光度计,于是我的科研就从可见光谱开始了,而做的是卡尔曼滤波、因子分析,后来知道这就是化学计量学。 /p p   1999年认识了梁逸曾教授,成了他的学生,这是我一生中最幸运的事情之一。从这时候开始,我才真正开始从事化学计量学了。2001年,当时就职于布鲁克公司的周学秋先生到访梁老师的实验室,我第一次接触到了近红外光谱,没想到从此后我的人生与近红外就分不开了。 /p p   真正做近红外光谱研究工作应该是2002年底,我在日本关西学院大学尾崎幸洋(Yukihiro Ozaki)教授课题组做博士后开始的。近红外光谱分析和化学计量学是尾崎老师重要的研究方向,我的博士后课题就是用化学计量学解决近红外光谱分析方面的问题。 /p p   尾崎教授是国际物理化学和光谱领域的知名教授,担任很多国际杂志的主编、副主编和编委职务。在国际近红外光谱界他的知名度很高,2009-2013年间还担任亚洲近红外光谱学会主席之职。值得一提的是,尾崎先生对中国非常友好,他担任包括吉林大学、中科院长春应用化学研究所、北京大学、上海交大等很多国内著名学府和科研单位的客座教授或荣誉教授。在尾崎小组工作和学习过的中国科技人员不下60人(不完全统计),访问过该小组的中国人就更多了。尾崎教授也经常受邀来中国访问和参加学术会议。 /p p   当时,尾崎小组与一家日本著名的国际公司合作开发无损检测人体血糖的近红外光谱仪器,我的主要工作就是为该仪器采集的数据做数据分析。每个月都有大量的实际病人的近红外光谱数据和血糖检测数据发给我,我研究数据处理算法,期望提高模型的预测精度。该项目的研究人员对很多病人进行长期的监测,每次测量前让病人喝下一杯葡萄糖水,用仪器探头在手臂内侧无出血检测近红外光谱。送到我手上的有三年连续的监测数据,每年都有数千,甚至是上万条光谱,日本科研人员的严谨工作态度令人深刻印象。 /p p   我在尾崎小组经历的一件难忘之事就是有机会见到了具有近红外光谱之父之称的Karl N. Norris教授,他是最早开展近红外光谱研究,并应用于农产品检测的人。2003年11月份,我参加了在日本筑波召开的日本全国近红外光谱会议,大会邀请了Norris教授参加,并为其颁发了日本近红外国际奖。会上终于见到了近红外的开山鼻祖。而且在这次会议上,尾崎先生邀请Norris教授访问我们的小组,这让我有了进一步接触他的机会。Norris教授结束了在筑波的行程后,由河野澄夫(Sumio Kawano,他是现任亚洲近红外光谱学会主席)教授亲自送到大阪,而尾崎老师让我到大阪去接Norris教授来实验室。我在大阪的梅田火车站接到了他们,河野教授请我们吃了中午饭后,我陪同Karl乘火车赶往实验室。在一个小时的路程中,我们聊了很多,有关于中国的,关于近红外的,关于他的早期工作的。很多事情现在都忘了,只记得他没有来过中国,我当时还对他说今后有机会一定邀请他来中国访问,但可惜到目前也没有实现这个承诺。另一个记得他说过的是他早期用光谱来检测鸡蛋内部是否有血丝,还有用近红外光谱进行大米的分拣等工作。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201605/insimg/e43d5bef-edd1-4af9-82b1-f3455f9fe8d4.jpg" title=" 1.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong Norris在Ozaki实验室:左起杜一平、Norris、Ozaki、SumapornKasemsumran /strong /p p   除了做合作公司近红外光谱数据分析外,我另外一个工作就是化学计量学算法研究,在尾崎小组工作的一年时间开发了四个新算法,以第一作者发表了五篇论文,与他人合作发表论文13篇。当时,SumapornKasemsumran(上面照片右侧的女士)是在读博士生,研究方向就是化学计量学。Sumaporn是泰国人,但其祖先也是中国人。尾崎老师指派我来指导她,我以第二作者的身份与她合作发表了8篇论文,这些论文使得她获得了博士学位。我们后来还合作申请并获得了BUCHI公司设立的2006年的NIR Young Scientist奖BUCHI NIR AWARD 2006。当时实验室中只有我一个人是专职做化学计量学的,每当有人需要化学计量学,我都要为他们讲解化学计量学,提出工作建议,我成了推广化学计量学的一名老师。在我即将离开实验室回国时,尾崎教授评价道:一平不仅在化学计量学研究上,更为重要的是在小组的化学计量学教育上做出了重要贡献。 /p p   尾崎老师带我进入了近红外光谱之门,也使我认识了很多近红外光谱领域的知名人士。除了Norris以外,还有日本的河野澄夫、在美工作的日本人Noda(二维相关光谱的提出者)、韩国汉阳大学的郑会一、挪威的Alfred A. Christy等。甚至清华大学的孙素琴教授,我也是在尾崎小组认识的。尾崎老师支持我参加了第九届国际化学计量学会议CAC2004(2004年,葡萄牙里斯本)、第13届国际近红外光谱会议NIR2007(2007年,瑞典UMEA)和第14届国际近红外光谱会议NIR2009(2009年,泰国曼谷),会上认识了一些国际上知名的近红外光谱人。到2010年的时候,受中国近红外光谱组织(当时称为近红外光谱专业委员会)的委托,我承办了第二届亚洲近红外光谱会议ANS2010,我成功地邀请了时任国际近红外光谱学会主席的Pierre Dardenne博士, 国际近红外光谱学会秘书长Marena Manley教授, 国际近红外光谱学会下任主席Ana Garrido-Varo教授,亚洲近红外光谱学会主席Yukihiro Ozaki教授,他们的出席为会议增色不少。会上仪器信息网还专门采访了Pierre Dardenne、Yukihiro Ozaki、和袁洪福,并以《三大近红外光谱学会领军人共话未来发展趋势——访国际、亚洲、中国近红外光谱学会负责人》为题目发表了人物专访文章。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201605/insimg/c9155c14-e22d-4f36-91db-b40613a2f339.jpg" title=" 2.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 出席ANS2010的NIR人:做起杜一平、Marena Manley、Dardenne夫人、Pierre Dardenne、Yukihiro Ozaki、Ana Garrido-Varo、梁逸曾、倪立军 /strong /p p   回顾这些年走过的近红外之路,很有感慨,有很多故事都想跟朋友们分享,而最值得回味的就是在尾崎幸洋教授课题组的经历,那是我初登近红外之路的地方。今天我所做的,还有广大中国近红外人所做的就是为了实现中国人在近红外之路上的梦想。 span style=" text-align: right "    /span /p p style=" text-align: right "   华东理工大学 杜一平& nbsp span style=" text-align: right " 2016年4月20日于上海 /span /p p br/ /p
  • 基因检测:让癌症治疗模式从“一刀切”转向“量体裁衣”
    p   1999年,54年的王女士(化姓)被诊断出晚期卵巢癌、腹部广泛转移,经过常规的化疗后,医生认为她只有2-3年的寿命。 /p p   目前,针对卵巢癌并有特别有效的针对性治疗手法。通过基因检测发现,王女士卵巢癌细胞的“驱动基因”与肺腺癌基因相似,江苏省人民医院肿瘤中心遂利用“同药异病”治疗办法,将针对肺腺癌的药物,用到王女士的卵巢癌治疗上。 /p p   通过先进的靶向药物治疗,江苏省人民医院将王女士的寿命延长至5年以上。如今王女士的病情仍比较稳定。 /p p   据了解到,基因检测,让癌症患者的治疗模式从“一刀切”转向“量体裁衣”的精准治疗。 /p p   “个体化基因检测能为每个患者建立‘个体基因数据库’,提供治疗的重要靶点,预测疗效、药物并发症发生风险,以及患者复发风险。” 江苏省人民医院肿瘤科主任束永前教授表示。 /p p   据介绍,类似王女士这样,通过基因检测查找出肿瘤的“驱动基因”,从而采用对应的靶向药物治疗、患者进而延长生存年限,类似的案例还有很多。 /p p   什么是驱动基因?据较早提出该概念的广东省人民医院副院长吴一龙教授提出,与癌症发生发展相关的重要基因称为驱动基因,驱动基因决定了这个癌症的最主要的原因。当驱动基因突变后,就会把癌细胞“驱动”起来。 /p p   一旦通过基因检测找到驱动基因,就可以通过针对该基因的药物进行治疗,可谓事半功倍。 /p p   束永前教授介绍说,目前基因检测技术已应用到肺癌、肝癌、肾癌、肠癌、乳腺癌等多个领域,目前最适合的是肺癌患者。 /p p   记者查阅公开资料显示,包括吴一龙教授等国内外专家,已经在肺癌“驱动基因”研究上有了很大突破,目前全球已发现了十多种与肺癌相关的“驱动基因”,使得不少肺腺癌的病人大大延长了寿命。例如,原本按照常规治疗,最多只有10个月寿命的患者,通过基因检测后使用靶向药物,可以延长寿命9-10年以上。 /p p   不过,目前基因检测的费用之高,仍然是不少患者体验该技术的“拦路虎”。据介绍,目前基因检测的费用为1.6万左右,治疗后每天的药物价格也不菲。“不过,随着科学发展,未来两三年内或将会降价,基因检测也将成为临床检测的主要手段。” /p p   束永前教授提到,国家卫计委也在酝酿出台规范,未来使用靶向药物之前,必须要进行基因检测。 /p p   据了解,目前国内只需要5毫升的血,就可以一次就能检测肿瘤患者的400-500个基因,从而发现疾病的驱动基因,进行精准治疗。 /p p   不过,中国肝癌科学中心主任王红阳院士同时提醒,不是所有的病人都能检测出癌症的驱动基因,即便检测出来,其数据也还要再经过详细的分析才能应用。 /p
  • Nature Biotechnology综述,叩响CRISPR之门 -- 基因编辑进化史
    近年来,CRISPR被认为是最简单高效的基因编辑方式,也成为了生物技术发展史上进展最为迅猛的新兴技术之一。2022年6月,正值CRISPR发文十周年,Nature Biotechnology 同步发表了一篇名为《Knock-in on CRISPR' s door》的Reviw,梳理了10年来科学家们对CRISPR基因编辑技术不断探索突破的成果[1]。图1. 2022年6月Nature Biotechnology 发文基于CRISPR的基因疗法如火如荼基因治疗(Gene Therapy)是指将外源正常基因导入靶细胞,以纠正或补偿缺陷和异常基因引起的疾病,以达到治疗目的。基因治疗以其一次给药终生治愈遗传疾病的独特潜力让一切不可能变为有可能。截止今日,通过对clinicaltrials.gov检索,全球已有56项基于CRISPR的临床试验正在进行,中国就有21项,占到3成以上。目前大部分的基因疗法为体外疗法(ex vivo),即细胞在体外通过CRISPR编辑后再输注到体内发挥功能,常见疾病如肿瘤免疫疗法CAR-T,遗传性疾病如地中海贫血,镰刀状贫血症血红蛋白遗传病等在内的各种血液病。与之相对的即体内疗法(in vivo)则是直接将治疗基因递送到患者病患部位,从而治疗疾病,目前已在先天性黑蒙、遗传性甲状腺转淀粉样变性和遗传性血管性水肿等疾病表现出巨大潜力。图2. 全球CRISPR临床试验分布热点图图源:clinicaltrials.gov基因编辑的发展历程早期基因编辑--ZFN和TALEN基因编辑技术主要发展了三代,早期的两代基因编辑主要以ZFN和TALEN为主,这两种基因编辑技术相对简单,可以理解为“基因剪刀”——切割特定 DNA 序列的限制酶。但ZFN技术存在很明显的缺点,如容易脱靶,且可能产生一系列不可预测的基因突变,引发细胞毒性。TALEN技术的出现,在一定程度上优化了ZFN技术存在的脱靶问题,具有设计简单,特异性和活性更高的优点,因此成为基因功能研究和基因治疗研究中有力的工具。美中不足的是,由于TALEN针对不同靶点,每次都需重复构建融合蛋白,因此会造成一定的工作繁琐。第三代基因编辑--CRISPRCRISPR/Cas9是继ZFN、TALEN之后出现的第三代“基因组定点编辑技术”。CRISPR/Cas9 系统由两部分组成,分别是Cas9 蛋白和guide RNA(single-guide RNA,sgRNA)。Cas9蛋白具有解旋酶活性,可以将DNA链解旋,同时具有核酸内切酶活性,可以切割DNA链。其原理是核酸内切酶 Cas9 蛋白通过向导 RNA (guide RNA, gRNA)识别特定基因组位点,并对双链 DNA 进行切割造成 DSB后,通过HDR和NHEJ实现基因的定向敲除或插入。图3. CRISPR/Cas9 示意图[2]相比于传统的ZFN和TALEN技术,CRISPR/Cas9技术更为简单,只需要构建针对特定位点的sgRNA,而且效率也比前面几种技术更高,在疾病治疗研究中发挥越来越重要的作用。然而,CRISPR/Cas9系统仍然存在着一定的局限性,这种局限性主要体现在功能发挥时系统对DNA上PAM序列的依赖性以及切割时潜在的脱靶效应。因此科学家们在CRISPR/Cas9的基础上开发了更加高效且广谱的精准基因编辑工具—单碱基编辑技术BE(Base Editor)和精准基因编辑工具PE(Prime Editors)。单碱基编辑技术BE(Base Editor)单碱基编辑技术是一种基于脱氨酶与CRISPR/Cas9系统融合形成的技术。2016年哈佛大学David Liu实验室首次报道开发出CBE单碱基编辑工具,通过将SpCas9与胞嘧啶脱氨酶(cytidine deaminase, CyD, 如APOBEC1)融合,可以在一定的突变窗口内实现胞嘧啶(C)到胸腺嘧啶(T)的单碱基转换(图4)[3]。2017年10月底,该实验室进一步开发出ABE单碱基编辑工具,实现了从腺嘌呤(A)到鸟嘌呤(G)的精确转换(图5),为基因编辑提供了新的研究工具[4]。图4. CBE示意图[3]图5. ABE示意图[4]相比于CRISPR/Cas9技术,BE技术可以既不引入DNA双链断裂,又不需要重组修复模板,整体提高了编辑的安全性和精准性,而且其效率远远高于由发生DSB引起的HDR和NHEJ修复方式,对于许多点突变造成的遗传疾病具有很大的应用潜能。近年来,多个实验室也发表了类似的工具,并在这些工具的基础上进行了更为深入的改造与优化。邦耀生物科学家团队以不同单链DNA脱氨酶结构域与Cas9切口酶相结合为基础,开发全新一代的DNA碱基编辑工具—超高活性的HyCBEs和双碱基编辑器A&C-BEmax以及等多种碱基编辑新工具,提高了编辑活性并拓宽靶点范围,以实现更广泛、更精确的基因编辑,相关研究成果也发表在Nature Cell Biology、Nature biotechnology等国际著名期刊[5]。图6. 超高精度碱基编辑器HyCBE示意图图7. 双碱基编辑器示意图精准基因编辑工具PE(Prime Editors)2019年10月21日,哈佛大学David Liu实验室开发出了全新的精准基因编辑工具PE (Prime Editors)[6],PE是以CRISPR/Cas9系统为基础,在两方面加以优化:1. pegRNA:pegRNA(prime editingguide RNA)是一段改造后的sgRNA,它在传统sgRNA的3' 末端增加了一段RNA序列。这个RNA序列包括一段引物结合位点(Primer-binding site, PBS),用于与被切割的目标DNA链互补;还包括一段进行逆转录的模板(RT template)的序列,它与切口下游的DNA序列同源,且在RT序列上存在有相应的编辑突变(如点突变或插入缺失突变)。图8. pegRNA的改造[4]2.融合蛋白:将nCas9(H840A)与M-MLV逆转录酶融合。图9. PE结构示意图[4]在pegRNA的引导下,融合蛋白会到达基因组上的目的序列,并对含PAM的靶DNA链进行切割(pegRNA的非互补链)。此后,PBS序列与被切割的目标DNA链互补配对,逆转录酶即从端口空缺处启示逆转录。逆转录产物(DNA)即包含我们所期待的编辑突变。这段逆转录DNA会入侵并进入基因组DNA,发生整合,并进行切口的修复。只要RT序列允许,那么就可以采用此原理完成碱基的点突变(任意转换或颠换)以及片段的插入和缺失。图10. PE原理示意图[4]相比于其它基因编辑工具(采用ZFN,TALEN,CRIPSR/Cas9等产生DSB进行HDR或NHEJ修复或通过base editing系统进行单碱基编辑),PE的优势在于可以在不依赖DSB的前提下,能够实现更精准的编辑,更广的试用范围。但同时相比CBE和ABE,PE的劣势也随之体现,编辑效率不如前者,并且产生随机Indels的可能也会随之提高。图11. PE与ABE、CBE的效率比较[6]最后,除了上述几种基因编辑工具以外,科学家们还发现了除Cas9外的Cas家族的其它一系列蛋白,如 Cas12、Cas13、CasX等。这些新的发现有望使基因疗法能够解决更广泛的遗传疾病,推动生物医学的基础研究和临床基因治疗研究。
  • CRISPR:PCR之后最大的基因技术游戏规则改变者
    CRISPR,这一强大的基因编辑技术成为了继PCR之后最大的游戏规则改变者,给生物界带来了巨大的冲击。不同于其他的基因编辑技术,它廉价、快捷且使用方便,由此席卷了世界各地的实验室。  一方面,研究人员希望能够利用它来校正人类基因以消除疾病,构建出生命力更强的植物,消灭病原体,以及将之应用于更广泛的领域 另一方面,除了CRISPR先驱们纷纷成立初创公司,一些制药公司也开始花重金将该技术收入旗下。  今年5月,Juno与张锋创办的Editas Medicine达成协议,利用后者的CRISPR技术,共同开发癌症免疫疗法CAR-T和TCR,这项合作将为Editas Medicine带来7.37亿美元。  事实上,CRISPR技术不仅受到的学术界和商业界的认可,还吸引了《Times》杂志的注意。今年4月,CRISPR“两大女神”Emmanuelle Charpentier 和 Jennifer Doudna入选了美国《时代周刊》发布了2015年全球最具影响力100人名单。  把这三个人的名字放到一起,很难不想到一直牵动人心的专利之争。这场竞争涉及巨大的利益,除了有可能会获得学术最高荣誉诺贝尔奖外,更是包含着不可估量的商业利益。按照MIT的报道,最终获得CRISPR专利的将获得这项基因编辑系统的所有权利。  今年3月、4月Science和Cell杂志相继推出特别合辑,回顾了CRISPR在不同领域突出成果。这些突破、不仅让我们看到了CRISPR蕴藏着的无限潜能,更让我们对克服长期危害人类健康的难治愈疾病更有信心。  那么,2015上半年,CRISPR又创造了哪些重要的成果呢?  Science:CRISPR女神发表新成果(6月26日)   来自加州大学伯克利分校、德国马克斯普朗克生物物理化学研究所的研究人员揭示出了为识别靶DNA,预先组织形成的一种Cas9-导向RNA(gRNA)复合物的构象。这项研究发布在6月26日的《科学》(Science)杂志上。文章的通讯作者是加州大学伯克利分校的Jennifer A. Doudna博士。  Nature:进化中的CRISPR技术又有新突破(6月22日)  来自哈佛医学院和麻省总医院的研究者们在6月22日的Nature杂志上发表了他们新改进的CRISPR-Cas9技术,识别序列的范围更大,识别也更为精准。  Cell:CRISPR揭示惊人发现,百种蛋白都听命于谁?(6月18日)  6月18日发表在《细胞》杂志上的一项研究中,来自加州大学圣地亚哥医学院的研究人员获得了一个令人惊讶的研究发现:100多种分泌蛋白的磷酸化作用都受到一个叫做Fam20C的酶的支配。为了深入探讨Fam20C对人类健康和疾病所起的作用,Dixon研究小组利用了一种新的流行基因编辑技术CRISPR/Cas9来删除了实验室培养的肝癌、乳腺癌和骨癌细胞中的Fam20C基因。  Nature技术突破:光控CRISPR-Cas9系统(6月15日)  发表在6月15日《自然生物技术》杂志上的一项研究中,来自日本的研究人员报告称他们构建出了更好的CRISPR基因编辑系统:一种光激活的新型Cas9核酸酶使得研究人员能够在空间和时间上更好地控制RNA引导的核酸酶的活性。  Nature子刊:CRISPR可销毁“转基因”生物中特定序列(5月19日)  英国《自然?通讯》杂志5月19日在线发表了一篇合成生物学论文,描述了一种基于“基因组编辑”CRISPR技术的的装置,能销毁转基因生物中特定的DNA序列。控制住特定DNA序列销毁的能力,其应用范围将包括防止转基因生物的环境释放、帮助生物技术公司保护知识产权以及避免偷窃等等。  Nature:大师级牛人用CRISPR构建癌症类器官(4月29日)   用含有干细胞巢蛋白(WNT、R-spondin、表皮生长因子EGF)的培养基,可以长期培养小鼠和人类的肠道干细胞,生成遗传学和表型稳定的上皮类器官。荷兰艺术与皇家科学院主席、美国国家科学院院士Hans Clevers教授领导研究团队,利用CRISPR/Cas9技术建立了结直肠癌(CRC)类器官。这一研究成果发表在本周的Nature杂志上。  Protein & Cell:中国“80后副教授”基因编辑人类胚胎,争议再升温(4月18日)  4月18日,来自中国中山大学生命科学学院的“80后副教授”黄军就在《Protein & Cell》杂志上首次发表了编辑人类胚胎相关的论文。据Nature新闻描述,这属世界首例,也证实了先前关于有人已经在开展人类胚胎基因编辑研究的传闻。  Nature技术突破:将CRISPR效率提高19倍(3月23日)  CRISPR/Cas系统可以构建出多个基因精确突变的小鼠,但其效率低下阻碍了生成足够数量的转基因小鼠来建立人类疾病模型。通过添加一种抗癌药物Scr7到遗传编辑的受精卵中,科学家将CRISPR/Cas的效率显著提高了19倍。这一重要的成果发表在3月23日的《自然生物技术》杂志上。  Nature Communications:用CRISPR技术根除艾滋病毒(3月10日)  3月10日,发表在《自然通讯》(Nature Communications)杂志上的一项研究中,来自Salk生物研究所的科学家们通过定制许多细菌利用的一种强大的防御系统(CRISPR),并训练这一剪刀样机器来识别HIV病毒,朝着研发出这样的一种药物迈近了一步。  张锋又一篇Cell:让CRISPR在癌症领域大放异彩(3月5日)  一次CRISPR-Cas9基因编辑技术被用于整体生物模型中系统地靶向基因组中的每一个基因。来自Broad研究所和麻省理工学院David H. Koch综合癌症研究所的一个科学家小组,率先利用这一技术在一个癌症动物模型中系统地“敲除”(关闭)了整个基因组的所有基因,揭示出了与肿瘤进化和转移相关的一些基因,这为在其他细胞类型和疾病中从事类似的研究铺平了道路。这项研究工作在线发表在3月5日的《细胞》(Cell)杂志上。  Cell:用CRISPR构建衰老研究模型(2月12日)     斯坦福大学的科学家们找利用一种基因组编辑工具箱构建出了可在自然短寿的非洲青鳉鱼中研究衰老的平台。研究人员希望这些鱼将成为了解、预防及治疗老年疾病的一个有价值的新模型。他们将这项研究工作发布在2月12日的《细胞》(Cell)杂志上。  Nature Methods: 新方法终结CRISPR-CAS9争论(2月9日)  2月9日,发表在《Nature Methods》上的一项研究中,科学家们成功证实CRISPR-Cas9在人类细胞中有精确的打靶作用,他们开发出一种强大、敏感、无偏见和具有成本效益的方法——Digenome-seq,可在全基因组范围内检测人类细胞中的CRISPR/Cas9脱靶效应。  Cell Stem Cell:华人科学家发布新成果,大大提高CRISPR效率(2月5日)  2月5日,发表在《细胞干细胞》杂志上的一项研究中,Gladstone研究所的科学家们发现了一种有效提高CRISPR技术效率的方法。通过与斯坦福大学的同事进行合作,研究人员鉴定出两种小分子化合物能够显著提高插入细胞DNA中的新遗传信息。  Nature Biotechnology:精确检测CRISPR脱靶效应的新方法(1月19日)  CRISPR和TALENs作为新兴的基因组编辑技术,虽然优势多多,但是仍然被脱靶效应所困扰。美国希望之城贝克曼研究所和浙江大学第一附属医院的研究人员开发出一种新策略,有望帮助人们检测这种意想不到的结果。这项成果于1月19日在线发表于《Nature Biotechnology》杂志上。  Cell:华人学者发布CRISPR重要成果——scRNA(1月15日)  日前,加州大学的科学家们开发了一种CRISPR支架RNA(scRNA)。scRNA编码了靶位点和调控功能,能同时实现对不同基因的激活和抑制。这项研究发表在1月15日的Cell杂志上。  一场胚胎编辑引发的全球争论  以上列举的15篇论文中,大家印象最深的可能不是三大顶级期刊中的任何一篇,而是《Protein & Cell》杂志上中国“80后副教授”基因编辑人类胚胎的论文。俗话说,人红是非多,技术也没能逃过这个命运。在一项项激动人心的研究结果出来的同时,关于是否应该对人类胚胎进行编辑的争议不断升级。  对于这件事,美国的态度明确且强硬。近日,美国众议院正在涉入针对人类胚胎是否应当被修改以引入遗传变化的争论。其2016财政年度开支法案的美国食品药品监督管理局(FDA)部分将禁止该机构把钱用于评估关于此类产品的研究或临床申请。  此外,针对此事件,《Nature Biotechnology》联系了全球社区的50名研究人员、伦理学家和商业领袖对CRISPR改造人类生殖细胞会引发的问题发表评论。张锋表示,仔细评估生殖细胞编辑的伦理学意义非常重要。我们要在哪里划定边界确定哪些是在生殖细胞中可接受编辑的生物性状,哪些不是?  编辑圈点  自笔者关注CRISPR技术以来,一方面,它在研究领域突破不断 另一方面,它在商业界不断吸金。与之相关的大牛人物也受到了广泛的关注。究竟最后它的专利会归谁所有?究竟它最后能将生命科学领域颠覆到怎样的程度?究竟它的发明者最后能不能得诺贝尔奖?这些问题,时间会给我们答案。
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