基因分析

近日，中国科学院北京基因组研究所运用新一代高通量测序技术以及高性能的生物信息分析，完成了鲤鱼基因组初步测定与分析工作，获得了鲤鱼基因组高覆盖的基因组数据。&ldquo 鲤鱼基因组计划&rdquo 是基因组所与水产生物应用基因组研究中心和黑龙江水产研究所联合开展的研究项目，目前项目进展顺利，是我国鱼类第一个全基因组测序计划，也是世界上第一个鲤科经济鱼类基因组计划。 　　本项目主要依托于基因组所基因组及生物信息学平台第二代高通量测序仪进行测序分析工作，该平台拥有13台新一代高通量测序仪(SOLiD、Solexa和 454测序仪)、3台3730xl，1台3130xl的测序规模，拥有超过10万亿次/秒的计算能力和大于1000TB的存储。目前已经完成部分454shotgun文库段测序，总体数据已经达到4乘的覆盖度，完成部分组织转录组的工作，为基因组注释提供参考。目前该项目正在加紧进行生物信息学的分析，预计将比计划提前完成鲤鱼基因组框架图的工作。 　　科学家希望通过鲤鱼基因组测序及其序列分析，为研究养殖鱼类的生长、发育、繁殖、遗传变异、疾病、与环境的相互用(包括抗逆能力)及其遗传改良提供重要的参考甚至指导信息。通过鲤鱼基因组的研究，可以获得与经济性状相关的基因，与疾病的发生及免疫相关的基因等，为鲤鱼的遗传育种提供基础。 　　随着人和其它主要动植物基因组的破译，模式动物和经济动物基因组计划方兴未艾，越来越多的鱼类被提上议程，世界各国的科学家相继完成了一些鱼类的基因组测序和分析工作，大都以本区域或者本国的鱼类产品为主，例如日本完成的青鳉鱼，挪威和加拿大共同完成的大西洋鲑等。作为我国鱼类中分布最广、品种最多、产量最高的鲤鱼基因组计划的开展，是我国水产科研步入现代科学先进行列的标志性事件，将对我国乃至世界水产业的发展产生重要的影响。

p 　　 span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 什么叫做单细胞基因测序(Single-Cell Sequencing)? /span /p p 　　一句话说，就是单个细胞水平上对基因组进行测序。2013年，自然杂志把年度技术授予了单细胞 a title=" " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-3-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 基因测序 /span /a (Single Cell Sequencing)，认为该技术将改变 a title=" " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-3-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 生物界和医学界 /span /a 的许多领域。 /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 我们为什么要进行单细胞基因测序? /span /p p 　　传统的测序方法，无论是基因芯片或者二代基因测序技术(Next Generation Sequencing，NGS)都需要从超过10万个细胞中提取一大堆(bulk)DNA或者RNA，而提供的信息是一大堆细胞的平均值。但是传统的方法，对于理解人体细胞的多样性有着明显的局限性。 /p p 　　在人体的每一个组织中，比如说，肾脏组织，拥有着大量不同的细胞类型，每一种细胞类型有着独特的起源和功能。每一个细胞的谱系和发展的状态又决定了每个细胞如何和周围的细胞和环境如何反应，把基因测序应用到单个细胞层面，对于我们理解细胞的起源，功能，变异等有着至关重要的作用。 /p p 　　关于二代基因测序已经详细在我们的前期两篇深度报告中进行了介绍，在本篇报告中，我们将详细解读单细胞基因测序，以及该技术对癌症，辅助生殖以及免疫学等领域带来的新的突破。 /p p 　　 strong 一、单细胞基因测序行业：刚启程，面临引爆点 /strong /p p 　　BCC Research的一项分析报告指出，2014年全球单细胞分析(Single-cell Analysis)的市场达5.4亿美金，预测将从2015年的6.3亿美金增长到2020年的16亿美金，复合增长率达21%。根据GENReports的报告，关于单细胞分析的文章发表在过去的几年也有着爆发性的增长。 /p p style=" text-align: center " 　　图2：单细胞分析的文章发表数量 /p p style=" text-align: center " img title=" 1.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/006c9fd7-a2cd-46b2-a028-18b51b5ea3cd.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：GEN，民生证券研究院 /p p 　　其中，传统的单细胞基因组学主要是由基因芯片和PCR主导的，随着二代基因测序的成本以超摩尔定律下降，目前单细胞基因组学逐渐由二代基因测序技术接棒。 /p p 　　和qPCR在90年代的发展一样，目前所有的刺激因素(高度的科研兴趣，生物医药巨头公司的关注等)正在解锁这个市场，单细胞基因测序行业正面临引爆点。 /p p 　 strong 　二、单细胞基因测序的基本流程：单细胞分离--基因组扩增--测序和分析 /strong /p p 　　单细胞测序，简单地说，主要经过如下的步骤：单细胞的分离--DNA/RNA的提取和扩增(全基因组扩增和全转录组扩增)---测序以及后续的分析和应用。 /p p style=" text-align: center " 　　图3：单细胞测序的步骤 /p p style=" text-align: center " img title=" 2.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/782ee757-3c06-4a1b-9103-4c7336ac2929.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Recent advances and current issues in single-cell /p p style=" text-align: center " sequencing of tumors，民生证券研究院 /p p 　　2.1 单细胞的捕捉和分离 /p p 　　单细胞测序的第一步是单细胞的分离和提取，目前的方法主要有如下几种方法：流式细胞术，激光捕获显微切割技术以及微流控技术。 /p p style=" text-align: center " 　　图4：单细胞分离的三种方式：流式细胞术，激光捕获显微切割以及微流控技术 /p p style=" text-align: center " img title=" 3.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/ea66e087-c9b2-4930-a4d3-50025543fe8b.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Technologies for Single-Cell Isolation，民生证券研究院 /p p 　　1)流式细胞术 (Flow Cytometry) /p p 　　是指通过对于悬浮于流体中的细胞或者其他颗粒进行定量分析和分选的技术。在各种流式细胞仪中，大家主要讨论的是荧光活化细胞分类计FACS(Fluorescence Activated Cell Sorting)系统分离单细胞。定量原理：待测细胞经特异性荧光染料染色后，加入样品管中，经过测量区，由染色后的细胞在激光照射下的荧光产生的电信号来进行定量分析 分选原理：通过流束形成含有细胞的带电液滴来实现的。 /p p 　　2)激光捕获显微切割技术Laser Capture Microdissection(LCM) /p p 　　LCM技术可以在显微镜直视下快速、准确获取所需的单一细胞亚群，甚至单个细胞，从而成功解决了组织中细胞异质性问题。其基本原理是通过一低能红外激光脉冲激活热塑模-乙烯乙酸乙烯酯(EVA)膜，在直视下选择性地将目标细胞或组织碎片粘到该膜上。 /p p 　　3)微流控技术(Microfluidics) /p p 　　微流控技术是一种用于精确控制微量液体的技术。微流控芯片是实施该技术的平台，通常通过细微的管道对液体实施操控，微流控对液体的操控尺度, 刚好适合于单细胞样品的处理操作。 /p p 　　2.2 全基因组扩增 (Whole Genome Amplification. WGA)/ 全转录组扩增 (Whole Transcriptome Amplification，WTA)：单细胞测序的难点 /p p 　　2.2.1 主要的三种全基因组扩增技术，各有优势 /p p 　　由于在单细胞中的DNA和RNA的数量非常小(几个pg)，用传统的测序仪无法检测，所以科学家们必须首先对这些分子进行扩增，同时尽量的减少错误。目前的全基因组扩增技术主要有三种：简并寡核苷酸引物PCR扩增(DOP-PCR)，多重置换扩增(MDA) 和基于多次退火和成环的扩增循环(MALBAC)。 /p p 　　1)基于PCR技术的全基因组扩增技术，例如DOP-PCR(简并寡核苷酸引物PCR扩增) /p p 　　DOP-PCR是一种部分随机引物法, 其引物构成为3& amp #8242 -ATGTGG-NNNNNN-CCGACTCGAG-5& amp #8242 ；主要 利用3& amp #8242 端ATGTGG这6个在人体中分布频率极高的碱基作为引导, 以6个碱基的随机序列来决定特异的扩增起始位点，从而达到扩增整个基因组的目的。 /p p 　　2)多重置换扩增(MDA) /p p 　　MDA是一种等温的链置换扩增反应, 其使用随机的6碱基引物在多位点和模板链结合, 接着利用 phi29DNA 聚合酶很强的模板结合和置换能力实现对全基因组的扩增。 /p p style=" text-align: center " 　　图5：DOP-PCR和MDA全基因组扩增技术简介 /p p style=" text-align: center " img title=" 4.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/d9b0aef0-e3b1-4c63-8313-c20796064bb3.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Single-cell genome sequencing: current state /p p style=" text-align: center " of the science，民生证券研究院 /p p 　　3)MALBAC(Multiple annealing and looping-based amplification cycles)基于多次退火和成环的扩增循环 /p p 　　通过采用特殊引物，使得扩增子的结尾互补而成环，从而达到近乎线性的扩增,该技术是哈佛大学谢晓亮教授团队发明的。 /p p style=" text-align: center " 　　图6：MALBAC全基因组扩增的示意图 /p p style=" text-align: center " img title=" 5.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/83e2f828-d990-4b9c-afd6-bd692fc52888.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Single-cell sequencing by Doug Brutlag，民生证券研究院 /p p 　　表1：三种类型的全基因组扩增方式比较 /p p style=" text-align: center " img width=" 600" height=" 302" title=" QQ截图20160302115018.jpg" style=" width: 600px height: 302px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/297e4e6e-a134-4101-a297-456cd703c3af.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Single-Cell Sequencing Technologies: Current and Future， /p p style=" text-align: center " 民生证券研究院 /p p 　　Navin 在研究报告中指出(来源：Cancer genomics: one cell at a time)，对于检测CNV(Copy Number Variation)的时候，DOP-PCR以及MALBAC较有优势，另一方面， MDA方法一般用来检测点突变。Gawad et al., (2015)更是指出，三种全基因组扩增技术并没有明显的胜者，具体方法的使用取决于研究的目的。 /p p 　　2.2.2 全转录组扩增 /p p 　　一个哺乳动物的单细胞大约含有10pg的RNA，其中mRNA大约在0.1-0.5pg，并不能满足目前测序平台的要求，所以需要进行全转录组扩增技术。 /p p 　　单细胞中提取的RNA首先经过逆转录出cDNA，然后对逆转录生成的cDNA进行扩增。目前主要的转录组扩增技术主要包括如下几种：传统的PCR，改进的PCR，T7-in vitro 体外转录组扩增以及Phi29聚合酶扩增。 /p p 　　三. 单细胞测序的主要应用：癌症，辅助生殖以及免疫学领域 /p p 　　当单细胞被分离，细胞内的DNA/RNA被提取和扩增后，二代基因测序(Next Generation Sequencing)可以用来进行后续的测序。当把基因测序应用于单个细胞层面，在下游应用领域有着先天独到的优势。 /p p 　　3.1单细胞基因测序技术有助研究癌症起因和治疗 /p p 　　首先谈一下癌症的异质性：中晚期的肿瘤或由一系列的肿瘤克隆组成，每一种克隆有着独立的变异，形态和药物反应。对于肿瘤克隆精准的诊断非常重要，因为一个占据原发性肿瘤5.1%的亚克隆种群在复发的时候可能成为主要的致病因素。 /p p style=" text-align: center " 　　图7：肿瘤的异质性 /p p style=" text-align: center " img title=" 6.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/88b49609-3a47-4577-ad2a-7e9b36b6a4dc.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Illumina，民生证券研究院 /p p 　　实体瘤由一系列不同的细胞组成，包括癌症纤维细胞，内皮细胞，淋巴细胞，巨噬细胞等。同时，实体瘤由多个肿瘤克隆亚种群构成，使得临床样本的分析更加复杂。当多个肿瘤克隆同时存在时，标准方法检测的要么是平均信号要么是主要的克隆群体(并不一定是最致病的)的信号。 /p p 　　而同时，肿瘤的异质性和癌症产生抗药性以及转移密切相关，所以，单细胞测序开始用来检测肿瘤内基因异质性，对于癌症起因以及后续治疗的研究非常关键和重要。 /p p 　　例如，Navin et al.(2011), 利用单细胞基因测序的方法(流式细胞术提取细胞-全基因组扩增-NGS)，在某个乳腺癌肿瘤组织中检测了100个乳腺癌细胞的CNVs，覆盖度大约6%，发现了三种完全不一样的克隆亚种群。 /p p 　　除了肿瘤细胞，单细胞基因测序同样可以应用于循环肿瘤细胞(Circulating tumor cells)和外周血播散肿瘤细胞DTC(disseminated tumor cells)，该部分内容将在后续的研究报告中深入讨论。 /p p 　　3.2 单细胞基因测序助力辅助生殖 /p p 　　PGS(Pre-implantation Genetic Screening)是胚胎注入前遗传学筛查，主要是通过检测胚胎的23对染色体结构、数目，来分析胚胎是否有遗传物质异常 PGD(Pre-implantation Genetic Diagnosis)，主要用于检测胚胎是否携带遗传缺陷的基因，关于PGS/PGD的介绍，请参考我们之前的行业深度《基因+大数据的颠覆：从癌症基因测序到辅助生殖》。 /p p 　　PGD过程中，目前主要有三种方式获得活检材料：1)卵子的第一极体和第二极体 2)培养至第3天胚胎卵裂期的卵裂球细胞(一般取1-2个细胞) 3)培养第5天左右的囊胚细胞。 /p p 　　例如，牛津大学的Dr.Dagan Wells团队，通过对囊胚细胞进行单细胞基因测序，选择健康的胚胎植入。另外，谢晓亮教授团队通过对女方卵细胞极体细胞进行测序，结合胚胎选择，选择正常的胚胎移植。 /p p style=" text-align: center " 　　图8：卵母细胞减数分裂产生极体的过程 /p p style=" text-align: center " img title=" 7.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/a1c2724b-0f2c-4b27-9eca-d304dccd613c.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Genome Analyses of Single Human Oocytes，民生证券研究院 /p p style=" text-align: center " 　　(注：其中PB1和PB2是第一极体和第二极体) /p p 　　3.3 单细胞基因测序打开免疫报多样性研究之门 /p p 　　用单细胞基因测序分析免疫细胞的原因是现存的多样的病原体导致了免疫细胞的高度异质性，传统的检测方法，取样来自一大堆细胞，低估了单个免疫细胞的多样性，所以我们需要更加精确检测单个免疫细胞的遗传物质，从而理解机体复杂的免疫机制。正如开篇提到的Juno收购的单细胞基因测序公司AbVitro致力于T细胞和B细胞的基因测序。 /p p 　　图9展示了对单个T细胞受体基因测序(TCR Sequencing)的流程。TCR & amp #945 和& amp #946 mRNA经过逆转录，扩增，重叠延伸，目的基因被选择性地进行PCR扩增以及后续的分析。 /p p style=" text-align: center " 　　图9：TCR Sequencing过程 /p p style=" text-align: center " img title=" 8.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/04e7c357-80bd-4709-89dc-92ee07a28fa9.jpg" / /p p style=" text-align: center " 　　资料来源：Pairing of T-cell receptor chains via emulsion PCR， /p p style=" text-align: center " Illumina，民生证券研究院 /p p 　　四. 单细胞基因测序未来的发展之路 /p p 　　在目前来看，单细胞基因测序还处在非常初级的阶段，也面临很多技术的挑战，包括：如何高效的分离细胞，全基因组无偏差的扩增，以及下游的数据分析等。但各大生物医药巨头都已经目光锁定了这个方向，除了今年初Juno收购AbVitro(单个T细胞和B细胞进行基因测序)，去年八月BD公司收购了单细胞测序公司Cellular Research。Illumina也通过和Clontech合作，推出了单细胞RNA测序服务。 /p p 　　我们认为，未来的基因测序一定朝着更精准，更微观的方向前进，如今，单细胞测序正面临着一场革命，在单个细胞层面让我们在前所未有的水平理解基因组学，表观基因组学和转录组学的多样性。 /p p 　　背景案例： /p p 　　2016年1月，肿瘤免疫疗法的领头羊公司Juno宣布以1.25亿美金的股票和现金收购波士顿的一家单细胞测序公司：AbVitro Inc.。 AbVitro公司的技术起源于哈佛大学George Church的实验室，AbVitro的技术包括对单个T细胞和B细胞进行基因测序，帮助科学家们理解T细胞受体(T cell receptor & amp #945 和& amp #946 链的基因的复杂性。 /p p 　　图：Juno收购AbVitro之后的布局 /p p style=" text-align: center " img title=" 9.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/6ef1eca1-dc46-4600-9c6d-d95f77a85f9e.jpg" / /p

2014年4月1-4日，国际分析、生化技术、诊断和实验室技术博览会将再次成为科研和研究界的盛会。1100多家展商将在展会期间推出自己的最新产品和实验室技术方案。此外，展会还首次推出特别展，重点展示职业安全和健康方面的内容。 　　今年的analytica围绕三大主题展开&mdash &mdash 食品分析、塑料分析、基因与生物分析&mdash &mdash 无论在展览、&ldquo 现场实验室&rdquo 还是相关活动中，这三大主题都将一再出现。&ldquo 我们很高兴能够结合我们的核心主题，为观众带来一场全面的、以实际应用为导向的展会，&rdquo analytica 2014展会总监Susanne Grö dl说。 　　我们如何发现致病微生物，分析杀虫剂或重金属残留，如何分析原材料的来源?观众们将在展会的&ldquo 食品分析&rdquo 区了解到这些问题的答案，他们更可以在这里发现更多实际生活相关的分析技术，了解展示的最新设备。 　　展会另两项主题也具有相同的特征: 塑料分析展区内的一切都围绕着现代材料和它们的各种应用展开。生态和经济方面的主题在行业各个领域都正在变得越来越重要，而展商也将在analytica 2014上推出这方面的最新技术。在基因和生物分析方面，观众可以了解令人兴奋的分析技术和定制方案&mdash &mdash 从特定取样、典型痕迹分析和选择耦合技术到评价和测试存档等应有尽有。 　　现场实验室+应用讲座 　　想要现场感受分析技术的人们不会愿意错过展会上举办的三场&ldquo 现场实验室&rdquo 活动，它们分别针对食品分析、塑料分析和基因&生物分析三大主题：2012年近3000名听众参加了现场演示活动，今年他们仍将从中获益。通过参与活动，观众能够直接和生产商及专家交流想法和信息，由厂商和专家面对面介绍产品，谈论具体应用案例。 　　analytica国际研讨会聚焦科研热点 　　今年，analytica国际研讨会的主题还会紧跟展会。例如，在食品和水质分析方面，大会将举办&ldquo 水质分析新挑战: 代谢物、转化产物和非目标分析&rdquo 讲座。而在生物和基因分析方面，将有专家讨论金属组学和临床基因组学等问题。和过去一样，大会还将就重要研究热点、最新研究成果、以及重点应用领域的创新和新技术作精彩介绍。此外，analytica国际研讨会还首次在ICM-慕尼黑国际会议中心举行，紧邻其他展览馆。 　　新展览：职业安全/健康和工作场合安全 　　安全问题在实验室日常工作中十分重要。因此，analytica也首次推出了特别展，就职业安全、健康和工作场合安全方面的问题展出。届时，A3展厅将在展会期间每天举办1场演讲&ldquo 火和爆炸物&rdquo 、&ldquo 安全操作有害材料&rdquo 和&ldquo 保护你和你的雇员免遭健康风险&rdquo 。特别展也会给展商提供安全相关产品的展示机会，如安全柜、气体探测器和防护服等。 　　展会最后将推出实验室&分析论坛和生物技术论坛，金融日活动和analytica求职日活动，给参加者带来精彩交流机会。

近日，《食品药品监管总局办公厅关于基因分析仪等3个产品分类界定的通知》发布。通知涉及三个产品：基因分析仪、测序反应通用试剂盒(测序法)、胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)基因检测(测序法)Z值计算软件。其中，基因分析仪(含移液模块、成像检测模块、数据处理模块及显示控制部分)明确界定为Ⅲ类医疗器械 测序反应通用试剂盒(测序法)明确界定为Ⅰ类。 　　从通知看，食品药品监督管理局明显对基因分析及其相关产品试剂管理趋严。医疗器械产品分为三类：第一类、第二类、第三类。随产品类别的提升，认证提出的要求越高，尤其是对列入第三类医疗器械的产品，对生产单位的场所、设备、人员以及技术服务提出更高的要求，对此类产品生产成本产生一定影响，基因分析仪相关生产投入加大，基因分析仪器厂商进入医疗器械市场将面临更大困难。 　　全文如下： 　　食品药品监管总局办公厅关于基因分析仪等3个产品分类界定的通知 　　食药监办械管〔2014〕8号 　　2014年01月14日 发布 　　各省、自治区、直辖市食品药品监督管理局： 　　为适应医疗器械监管工作需要，总局组织有关单位和专家对基因分析仪等3个产品的管理类别进行了界定。现通知如下： 　　一、作为Ⅲ类医疗器械管理的产品(1个) 　　基因分析仪：由移液模块、成像检测模块、数据处理模块及显示控制部分组成，通过对样本中DNA或RNA分析，检测人基因数量和序列的变化。本产品不用于全基因组测序。分类编码6840。 　　二、作为Ⅰ类医疗器械管理的产品(1个) 　　测序反应通用试剂盒(测序法)：由制备DNA纳米球试剂和联合探针锚定连接(cPAL)测序通用试剂组成，是检测人类基因组DNA文库的一组常用试剂和耗材，基于联合探针锚定连接技术的测序原理，与BGISEQ基因分析仪配合使用，完成高通量测序过程并获取样本序列信息，是该测序反应系统的通用试剂。本产品不用于全基因组测序。分类编码：6840。 　　三、需视情况确定类别的产品(1个) 　　胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)基因检测(测序法)Z值计算软件：由表1、表2两部分组成，导入并计算由BGISEQ基因分析仪输出的特定(21、18和13号)染色体上的有效DNA序列数据，获得对应染色体唯一比对比率(UR%)，与正常样本比较获得Z值，用于产前染色体非整倍体(T21、T18和T13)基因检测数据计算。如果软件仅使用通用函数计算，不按照医疗器械管理 如果使用企业特有算法，则作为Ⅱ类医疗器械管理。分类编码6870。 　　国家食品药品监督管理总局办公厅 　　2014年1月14日

p style=" TEXT-ALIGN: center" img style=" WIDTH: 500px HEIGHT: 300px" title=" 20159795562860.jpg" border=" 0" hspace=" 0" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/6c6ac7b1-a85f-479c-a0ae-1a351b7f6b30.jpg" width=" 500" height=" 300" / /p p style=" TEXT-ALIGN: center" strong 英国计划到2017年对10万人进行基因组测序（ /strong 图片来源：Sergey Nivens） /p p 　　美国加州一对龙凤胎出生后，他们的父母非常忧虑：两个婴儿不仅发育缓慢，而且肌肉松软无力。大脑扫描结果显示，男婴或存在大脑性麻痹 然而医生对造成女婴震颤和癫痫的原因却不清楚。一连串的检测均未能确诊两名婴儿的病因，当两名孩子5岁时，开始服用左旋多巴(用于治疗帕金森氏症的一种药物)进行治疗，然而该药物疗效有限。 /p p 　　直到2010年，这对双胞胎14岁后，全基因测序才结束了他们的病因诊断之旅。测序结果发现，参与墨蝶呤还原酶(这种酶参与生成神经递质多巴胺和5-羟色胺)基因编码的一个基因产生了一对突变。医生在临床治疗中加入了5-羟色胺之后，男孩的运动能力增强了，女孩也不再受到突然的、让人喘不过气的痉挛的折磨了。 /p p 　　 strong 国家基因工程 /strong /p p 　　类似的病例激发了科学家进一步探索基因疗法的雄心。实际上，由于基因测序可以探查到与特定疾病相关的基因，该疗法正在成为一种日益受欢迎的诊断方法。但这种测序通常很难给出诊断结果，因为它们往往聚焦于部分基因组序列的已知基因。诸如上述双胞胎案例，研究人员和临床医生需要进一步对一个人的全基因组序列进行检测，才能发现致病基因。当前，全基因组测序仅用于个别案例，但是许多大规模计划正考虑把全基因组分析纳入常规医疗保健体系。 /p p 　　英国就是其一。通过10万人基因组计划(该项计划于2012年发起，并得到首相戴维· 卡梅伦的支持)，该国已经在基因医学方面迈出了一大步。 /p p 　　作为3亿英镑计划的一部分，10万人基因组计划到2017年将对被纳入英国国家医疗服务系统(NHS)的10万名癌症患者、罕见病患者以及传染病患者进行全基因组测序。该计划的目标是通过把疾病和精确的基因特征相关联，从而根据患者的个体需求提供精准治疗，最终刺激英国基因组学产业的发展。 /p p 　　由国家资助的、一体化的英国医疗卫生系统对于开展如此大规模的基因医学研究非常理想，牛津大学医学研究专家John Bell说，他也是基因组学英格兰公司的理事之一，该公司是NHS下属的一家旨在管理和运行10万人基因组计划的公司。NHS已经拥有大量个人临床信息，把这些信息和详细的基因组数据结合，将更有利于在医学和基因之间的联系上获得重要发现。现在，证明全基因组分析有助于诊断疾病的证据已经越来越多，长远来看，这项计划的目标是让全基因组成为NHS常规记录的一部分，Bell说。 /p p 　　然而，在实现这一愿景之前，10万人基因测序计划仍须跨越一些障碍。除了提取和测序大量个人基因的烦琐任务外，还存在辨别哪些基因突变会导致疾病、哪些突变是有害的等诸多问题，回答这些问题将需要处理海量数据，且耗时漫长，因此也需要专业公司设计出更先进的软件。 /p p 　　 strong 发展势头强劲 /strong /p p 　　冰岛是首个对其公民实施大规模基因分析计划的国家。很多国家随后也开展了同样有着明确目标的计划：把公民健康和基因组测序相联系。在美国，“精准医学计划”打算对100万名志愿者进行基因测序，而正在酝酿的“百万老兵计划”目标也是在美国退伍军人之间开展类似的计划。其他正在进行类似项目的国家还包括加拿大、澳大利亚、日本、韩国、新华坡、泰国、科威特、卡塔尔、以色列、比利时、卢森堡和爱沙尼亚。 /p p 　　但英国的10万人基因工程发展势头最为强劲，该工程已经注册了3500名罕见病患者、2000名癌症患者，该工程共计划招募约7.5万人。最终招募的罕见病患者与其亲属将包括5万人，由于80%的罕见病会遗传，所以该项目将会对罕见病遗传者(通常是孩子)和与血缘关系最近的亲属进行基因组测序。其他的2.5万人将包括癌症患者，他们的基因组序列将会进行两次检测(肿瘤DNA将会被用于和该患者的正常细胞作对比)，从而让测序总量达到10万人次。 /p p 　　该项目的目标是，希望可以让参试者受益于临床分析，而且他们的基因组数据还会对全社会的患者贡献价值。比如，医生通过把一名患者的前列腺癌症基因和英国基因数据库中的数据作对比，可能揭示出该病背后的具体基因模式。医生可能会找出具有同样基因模型的其他患者，然后了解哪些药物和程序对患者有益。 /p p 　　 strong 寻找合作伙伴 /strong /p p 　　现在，基因组学英格兰公司正在为基因检测过程中的各个步骤——从提取DNA样本到分析基因组——寻找行业合伙人，总部位于加州圣迭戈的测序设备生产商Illumina公司就是合作者之一，该公司正在进行基因测序以及区分基因变异(即识别变体)等工作。该公司目前仍在位于英国小切斯特福德的分公司从事这项工作，但随着该项目规模日益扩大，未来数月，相关测序仪器将会被运往欣克斯顿威康信托基金会基因组校园。 /p p 　　Illumina正在利用高通量测序处理提取的DNA样本，以获得As、Ts、 Cs和Gs等DNA构建模块短片段的字符串。这些片段会通过运算被组合成一个一个连续的序列，然后科学家会通过生物信息学把这些生成的全基因组和人类参照基因组(由国际基因组参照序列合作体持续更新的一个人类基因组的典型范例)进行对比。其目的是发现和这个范例不同的每一处偏离：即每个基因变异。 /p p 　　为了识别这些变异，Illumina团队将使用该公司的艾萨克工作流—— 一种计算基因序列和识别变体工具的开放源代码——辨别每个基因组潜在的成千上万个变异中哪种变异与个体疾病相关联。基因组学英格兰公司将会对位于科舍姆安全数据中心的全部10万份基因组样本的序列和变异进行收集与分析。但是这家NHS下属的公司还要决定在这一过程中采用哪些软件：在选择最终用于该计划的软件之前，该公司将和Illumina等科研机构合作，以验证、测试以及提高现存的许多变体识别算术公式。 /p p 　　当前，Illumima公司已经对10万人基因工程中的3000多个基因组进行了测序，现在每天仍在进行更多的测序工作。“对于各种分析结果，公司将会收集和报告在DNA具体部位发现的不同种类的胚胎和体细胞变异。”该公司人口测序计划执行经理Peter Fromen说。这些变异可能包括插入或删除部分核苷酸，或是用一种核苷酸替代另一种核苷酸。此外还包括结构变异，比如一个基因复制数量的变化。 /p p 　　 strong 亟待软件创新 /strong /p p 　　在此项工程中，每个变异都会被拿来和现有变异数据库中的数据进行对比，这些数据库包括诸如核苷酸多态性数据库(dbSNP) 美国国立卫生研究院下属的一个短基因变异数据库 编纂了全球人类基因变异目录的国际研究计划 外显子组聚集联盟(ExAC)数据库 外显子组测序数据集等。由于该工程工作量极大，参与考量的10家最顶尖的公司将负责为该项目的首批8000名患者提供评注以及解释类的服务工作。目前基因组学英格兰公司已经把中标公司缩减到了其中的4家，并要求这些公司通过相关测试阶段，并达成一项协议。 /p p 　　据悉，剑桥的Congenica和加州的Omicia公司将分析罕见病基因 加州的Nanthealth公司将分析癌症基因 马萨诸塞州坎布里奇市的WuXi NextCODE公司将分析癌症和罕见病两者。加州圣迭戈的Cypher Genomics公司和与其合作的马里兰州的Lockheed Martin公司将成为保留的候选公司。这些公司此前均有相关领域的工作经验。 /p p 　　这些公司都将使用高性能计算机解释基因数据，并将在基因组学英格兰公司的安全数据中心工作，对数据进行分析。它们的宗旨是提供自动化服务，因为当前解释下一代测序数据在很大程度上仍要采取手动程序，这一过程须耗费大量时间。因此，每个公司都会带来其自有的、不同的专业知识和经验，以处理这些棘手的解读问题。 /p p 　　NHS并不擅长技术创新，Bell说，但基因组学英格兰公司在这一方面具备改革能力。对该公司来说，整个10万人基因组计划的目的是为临床医学提供答案。但是在诊断资料解析抵达医生和患者之前，科学家团队和临床医师需要分析这些数据。目前，10万人基因组工程已经进行了一系列活动，这对全基因组学领域的发展可能是有力的促进因素。它将会带来许多商业和学术机遇，可能会让基因医学最终实现其众望所归的前景，为受疾病折磨的患者带来益处。 /p

p style=" text-align: center " img title=" u=3665220199,1486736540& amp fm=21& amp gp=0.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201601/insimg/07b97f2c-fef9-4a7e-b446-468738d1f354.jpg" / /p p 　　2015年是基因检测的大元年。首先是美总统奥巴马在2015年1月底从国家战略层面提出“精准医疗计划”而引发全球关注。2015年2月，习近平总书记批示科技部和国家卫生计生委，要求成立中国精准医疗战略专家组，中国版的“精准医疗计划”呼之欲出，2015年3月，安吉利娜· 朱莉在《纽约时报》发表公开信，表明自己因基因检测结果提示有罹患卵巢癌的高风险，在继2013年切除双乳防止乳腺癌之后，她再次选择切除卵巢和输卵管。这使得人们将目光再次投向了精准医疗以及与之息息相关的基因检测产业，各方资本也一时蜂拥而入。在这一号称千亿市场量级的新兴行业背后，一场互联网时代的大健康变局喷薄待发。2016年，全球医学发展是否会因此呈现出一种崭新的格局?基因检测行业又将迎来哪些变局，能否实现行业破冰? /p p 　　 strong 风口渐起，基因检测商业时机日趋成熟 /strong /p p 　　我们知道，人的生老病死、体质和外貌等先天决定因素都来源于基因，如果说，基因是生命的先天掌权者和调控者，那么基因检测就是后天的革命者。因为基因检测是通过采集受检者的唾液、血液、其他体液或组织细胞样本，提取样本中的DNA并对DNA进行测序和数据分析，能够提前发现疾病或者找出更多病因的本原，有助于提前评估疾病风险或精确诊断疾病，从而在预防和治疗疾病中,为疾病诊疗、健康管理提供更加精准有效的信息与线索。 /p p 　　“作为一名临床医生，我一直在密切关注基因检测技术的开发进展与临床应用。当医生能熟练地掌握与应用这一先进的生物科技手段时，才能从基因层面精准地了解病人的所有基因信息，最大程度上预知患病风险。它不仅能够检测遗传病，也可用于评估某些药物的疗效和副反应，如癌症靶向药物，检测出对药物敏感的基因，从而指导医生为病患提供个性化的精准治疗方案。”北京陆道培血液病医院院长、北京燕化医院肿瘤中心主任、肿瘤治疗专家李定纲博士表示。 /p p 　　早在2004年，《新英格兰医学杂志》一篇关于精准医疗的标志性论文就讲述了用基因测序的方法找到患者基因突变的靶标，再辅以针对性的化疗药物治疗小细胞肺癌，以代替肿瘤治疗中的放疗、化疗、手术等地毯式轰炸手段，不仅可以提高治疗效率，还能降低患者痛苦程度和经济负担。 /p p 　　可以说，基因检测行业隐藏着巨大的市场需求潜力。随着检测技术快速发展、检测成本大幅下降，基因检测行业作为精准医疗的前端，商业化运作趋向已经显现。 /p p 　　现在美国每年接受基因检测服务的人数在500万到600万之间，市场规模超过100亿美元，从业公司上千家。而国内，在加强反腐、新三板改革，以及“大众创业、万众创新”的互联网 的大浪潮中，经过2014年和2015年两年的持续发酵，基因检测行业也迎来了春天，各方资本开始跑步进入这片市场蓝海，抢占先机。 /p p 　　美国《新闻周刊》曾为2007年获诺贝尔医学奖的“基因靶向技术”撰文称：“如果说物理学研究震撼并主宰了整个20世纪，那么生命科学研究无疑将主宰整个21世纪。“ /p p 　　 strong 大数据分析成为瓶颈 /strong /p p 　　基因测序，是基因检测工作的基础环节。从全球市场来看，基因测序产业链的核心技术实际掌握在上游厂商手中，其中附加值最高的是基因测序仪。在基因检测设备市场中，Illumina占据了全球设备市场70%以上的份额，LifeTechnologies以16%的市场占有率居第二 Roche排名第三，市场占有率为10%。国内公司多采取与国外公司合作授权的形式，如华大基因就曾于2010年向Illumina公司一次性采购了128台HiSeq2000测序仪，直至2015年10月才发布了自主研发的新一代测序系统BGISEQ-500，成为国内市场唯一推出自主基因测序仪的公司。尽管如此，华大基因的测序平台目前仍以Illumina高通量测序平台为主。 /p p 　　而基因检测的最后一个环节，就是对实验室测定的基因数据进行数据比对、分析，出具基因检测报告。这就意味着需要大规模的基因数据库，和更加高效智能的大数据分析工具。以癌症基因检测为例，如果没有百万级的样本来做比对，是无法预测某个人是否容易患某种癌症的，因为基因测序只是告诉你某个人的基因是怎样的，而他患某种疾病的风险有多高，则需要与众多患者做基因对比。 /p p 　　基因数据库和大数据分析，作为基因检测真正与终端用户产生互动、把基因检测真正推向市场的环节，成为整个行业的瓶颈。 /p p 　　目前，国内在大数据分析领域走得比较快的有老牌基因检测公司利普康，号称拥有亚洲最大的黄种人群临床数据沉淀。该公司一直以来的定位就是”基因大数据专家“，区别于市场上其他的基因检测公司。 /p p 　　在美国，由于基因检测技术发展较快，较早开拓大众市场，因此基因数据库的沉淀已达到一定规模。如23andMe从2006年成立起，就尽可能地降低检测服务的价格，以补贴用户的方式吸引更多用户来完善他们的数据库。这个越来越大的数据库才是真正的价值所在。 /p p 　　而目前在中国真正拥有黄种人大规模基因数据库的公司寥寥无几，利普康是其中一家。该公司推出的全基因组基因检测，可以一次扫描、检测和比对黄种人的90万个SNP位点，是市场上同类产品检测位点数的300倍以上。而国内还有些公司仍然使用白种人基因位点数据库进行比对，导致结果并不准确。 /p p 　　 strong 行业洗牌，谁会成为风口上的舞者? /strong /p p 　　毫无疑问，基因检测是一个以技术论英雄的行业，谁掌握了先进的技术，谁就拥有了核心竞争力，谁就获得了话语权。未来，全面突破技术壁垒之后，行业面临的必然是一波大的洗牌，许多公司将飞速前进，而另一些则会很快消亡，因为科技在进步，一些落后的技术势必遭到淘汰，这是一个不可以裸泳的风口，一些跟风的、滥竽充数的公司很快就会被行业的风吹到无形。 /p p 　　虽然近两年有很多基因公司突出冒出，但国内“南华大，北利普康”的格局暂未改变，业内大佬的地位暂时无人能撼动。 /p p 　　尽管如此，风口上的玩家已经陆续入局，基因检测行业也开始进入有序发展的阶段。基因检测领域将随着基因大数据的持续更新、完善，以及整个产业链的不断扩张，逐渐普及到大众的健康管理中，对大众的疾病预测调控以及精准治疗发挥巨大作用。 /p

据美国物理学家组织网近日报道，最近，加拿大英属哥伦比亚大学与英属哥伦比亚癌症研究所、转化与应用基因组学中心合作，开发出一种硅酮材料的芯片实验室技术，能让每个细胞像弹球机里的球一样各就各位，然后进行基因检测。这种“单细胞基因分析”技术使基因检测更加灵敏迅速，有助于肿瘤分析和临床疾病的诊断。本周出版的《美国国家科学院院刊》对该芯片实验室进行了详细介绍。 　　这种芯片实验室大小跟一个9伏电池相当，能同时分析300个细胞。研究人员设计了一种路线，用液体载运细胞通过显微管道和一个个小阀门，当细胞挨个进入各自的小空位时，它们的RNA就会被提取出来，经过复制用于进一步分析。 　　标准基因检测要求使用大量细胞，才能得出由上千万不同细胞平均化以后的“综合图像”，这会掩盖细胞的真实属性和它们之间的相互作用。“这就好比用混合水果慕丝来研究草莓和树莓为什么不一样。”领导该研究的高通量生物中心副教授卡尔汉森介绍说，而单细胞分析正在成为基因研究中的黄金手段，因为即使是从同一肿瘤组织中采集的样本，也包含了正常细胞和多种癌细胞类型，而单细胞分析显出极微小的差异。 　　此外，这种芯片实验室几乎将所有细胞分析过程整合在了一起，不仅能分离细胞，还能用化学试剂将细胞混合起来，通过检测反应过程中的荧光发射获得它们的基因编码。所有这些都能在芯片上完成，不仅操作简单，而且成本效益高。

p 　　2015年将成为我国精准医疗的元年，基因测序作为精准医疗的前端，行业面临爆发性的增长机遇，同时在实际操作中也面临一定的挑战。 /p p 　　 strong 第一部分：基因测序被关注的原因 /strong /p p 　　测序技术和大数据分析能力的发展使得精准医学成为可能。精准医学是以患者的个人基因组信息为基础为病人量身设计出最佳治疗方案，和传统的循证医学相比，精准医学有望成为治疗效果最大化和副作用最小化的一门定制医疗模式。 /p p 　　1.1 基因测序的价格以超摩尔定律下降，使得基因测序经济性推广成为可能 /p p 　　现在人类全基因组测序成本已经降到1000 美元以下，未来这一数字还将继续下降 /p p 　　2008年，二代测序技术NGS的出现和推广，让测序成本开始加速下降，并明显超过摩尔定律的预测。 /p p 　　基因测序技术成本迅速下降(每兆碱基) /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 1.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/a6c641c7-d6db-431b-af6a-49af3e77a612.jpg" / /p p 　　1.2 大数据分析工具的出现和进步，使得基因测序能够进入现实应用领域 /p p 　　针对大量基因组数据，大数据处理能力提升也为分析和解读基因数据提供支持，测序技术及大数据分析能力的不断提升将会推动精准医学进入快速增长的轨道。 /p p 　　1.3 传统医学需要突破，精准医疗的政策风口助推基因测序发展 /p p 　　政策风口： 2015年2月，习近平总书记批示科技部和国家卫生计生委，要求国家成立中国精准医学战略专家组。 /p p 　　2015年3月11日，科技部召开国家首次精准医学战略专家会议，并决定在2030年前在精准医疗领域投入600亿元。2015年1月，国家公布了产前筛查与诊断高通量测序试点单位，4月公布了肿瘤诊断与治疗高通量基因测序试点单位，表明了政府推动精准医疗发展的决心。 /p p 　　5 月14 日，国务院颁布《关于取消非行政许可审批事项的决定》，再取消49项非行政许可审批事项，不再保留“非行政许可审批”这一审批类别。与医药相关的包括：第31 项：第三类医疗技术临床应用准入审批 第52 项：国家食品药品监督管理总局负责的药品行政保护证书的核发。取消非行政许可审批，松绑第三类医疗技术临床应用，变事前审批为事中事后监管。预计未来，由省级卫生计生行政部门负责的第二类医疗技术实施准入审批也将逐步取消。轻审批，重监管的趋势明确。 /p p 　　 strong 第二部分：基因测序的特点及发展趋势 /strong /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 2.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/d7321229-b7cb-441b-a964-03fe0312ea7b.jpg" / /p p 　　2.1、二代测序仍然是基因测序最主流的技术 /p p 　　目前基因测序技术已经发展到第三代(也有把纳米孔外切酶测序成为第四代)。 /p p 　　第一代DNA测序技术用的主要是1975年由桑格(Sanger)和考尔森(Coulson)开创的链终止法。 /p p 　　第二代DNA测序技术(NGS)目前使用最为广泛，以Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa，Hiseq技术和Life公司的Solid技术为标志。 /p p 　　第三代DNA技术(TGS)以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies的纳米孔单分子测序技术为代表，测序过程无需进行PCR扩增。 /p p 　　 strong 二代测序在5-10年内仍然是基因测序的主流方法 /strong /p p 　　二代测序技术凭借其高通量、低成本和高准确度取代第一代测序技术成为测序市场的主流。由于第三代DNA测序技术目前面临测序成本高和测序结果准确度相对较低的市场化瓶颈，因此TGS仪器大规模商业化仍然需要较长的时间。 /p p 　　NGS各环节对测序结果有重要影响：NGS测序流程包括样本收集、基因提取、文库构建、基因测序和数据分析，各环节的准确性对测序结果有重要影响，比对数据库的规模直接影响数据分析结果的准确性。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 3.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/3e5f1910-517c-4007-a608-4fa6ba4de265.jpg" / /p p 　　2.2、二代测序技术可能成为未来分子诊断的核心平台 /p p 　　二代测序技术兼具通量和准确度优势，有望引领分子诊断方法革新 /p p 　　常用的分子诊断技术包括聚合酶链式反应(PCR)、转录介导的扩增(TMA)、荧光原位杂交(FISH)、基因测序、以及基因芯片技术。 /p p 　　基因检测主要技术的细分市场增速概况(全球) /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 4.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/6ac0fc24-6e75-428a-b6eb-49ea5d6ed5df.jpg" / /p p 　　分子诊断仪器产品的研发，瓶颈不在于技术而在于政策对创新产品的鼓励，国家目前已开辟创新通道，受理审批周期也在大大的缩短。 /p p 　　不同发展阶段的分子诊断技术都有其特定的应用场景，随着NGS 成本的下降，商业模式的丰富，传统的分子诊断方法将受到挑战。二代测序技术兼具通量和准确度优势，更为快速、低廉，极大地拓宽了基因测序的应用范围，尤其促进了分子诊断方法的革新。 /p p 　　 strong 第三部分：基因测序产业格局 投资机会及挑战分析 /strong /p p 　　3.1 基因测序产业格局概览 /p p 　　基因测序市场的细分领域，包括了仪器、耗材、测序服务、数据处理、终端应用等多个方面，如下图所示。 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 5.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/6b0b91b7-4cf6-4e1f-a7ca-0eab0a02b1af.jpg" / /p p 　　上游：仪器试剂耗材 /p p 　　中游：测序服务(样品制备、检测和分析)，信息分析(大数据存储、解读、共享) /p p 　　下游：终端用户(应用场景) /p p 　　3.2 上游：仪器技术壁垒最高且形成寡头垄断格局，试剂耗材国内企业有一定机会 /p p 　　二代测序市场主流测序平台主要是四大家：Illumina、Ion Torrent/Life Technologies (2014年被Thermo Fisher收购)、454 Life Sciences/Roche、 Pacific Biosciences。 /p p 　　Genomeweb 2013 度年全球测序仪器市场调查显示：Illumina 占据了全球测序仪器市场71%的份额，Life technologies 则排名第二分得16%的市场份额，罗氏和PacBio 则以10%和3%分列第三和第四位。前两家测序仪公司的全球市场占有率接近90%，基因测序仪行业已经形成寡头垄断的格局。 /p p 　　国内的三大家华大基因、达安基因、贝瑞和康和仪器供应商合作，已经在仪器和试剂层面均获得注册证。从盈利模式角度看，仪器未来不排除出现免费赠送，主要赢利点从试剂耗材及服务端获得，因此国内企业在试剂和服务端突破的可能性最大。 /p p 　　测序试剂、耗材、检测项目的开发，国内企业已经开始有所布局。 /p p 　　2014年7月，华大基因的新一代测序产品也获得了CFDA的批准，包括BGISEQ-100、BGISEQ-1000，以及胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)检测试剂盒。 /p p 　　2014年11月5日，国家食品药品监督管理总局批准了达安基因的基因测序仪和胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测试剂盒(半导体测序法)医疗器械注册。 /p p 　　2015年4月，贝瑞和康的基因测序仪(NextSeq CN500)，以及胎儿染色体非整倍体(T13/T18/T21)检测试剂盒已通过国家食品药品监督管理总局(CFDA)的批准。NextSeq CN500基因测序仪是贝瑞和康与Illumina公司合作，为满足中国临床需求而设计制造的一款新型高通量的基因测序仪。 /p p 　　3.3 中游：第三方测序服务机构和生物信息分析(数据分析)，数据分析是目前行业发展的瓶颈环节 /p p 　　Illumina推出HiSeq系列高通量测序仪后，终端的数据分析成为行业发展的瓶颈。由于数据库是决定检测比对结果准确度和精确度的重要因素之一，因此是数据分析软件提供商主要的竞争壁垒之一。 /p p 　　 strong 测序服务——中国成为全球“测序工厂” /strong /p p 　　测序服务技术壁垒较低，主要面向科研市场，国家缺乏准入标准和质量控制规范，众多碎片化的小企业呈现疯狂生长的状态，仅提供一代测序服务的企业就有上百家。 /p p 　　在二代测序方面，2010 年高通量测序平台中国拥有量仅次于美国，如今二者的差距很可能已经非常小。 /p p 　　全世界规模最大的基因组研究中心有多个在中国，其中华大基因(BGI)拥有世界上最多的新一代测序仪，产能约占全球的10%-20%(按illumina，Life 等销总量计算)。 /p p 　　国内主要第三方基因测序机构覆盖的基因检测相关服务 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 6.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/fa6f668d-23b5-4dc4-b135-344357da6730.jpg" / /p p 　　测序服务本身壁垒较低，未来会出现超大规模的第三方检测工厂，出现基因测序界的富士康，实现规模效应。 /p p 　　科技服务仅约10亿元的外包市场，企业未来转型的出口是健康管理、医院、独立体检中心。因此有越来越多的科技服务测序公司在转向做第三方医学检验所。 /p p 　　临床测序有三个主体，第三方医学检验所、医院和体检中心，前者更加市场化，未来发展空间较大。 /p p 　　 strong 生物信息分析——挑战与机遇并存 /strong /p p 　　基因测序所生成的原始数据并不能反映任何有价值的信息，必须通过专业人员进行分析和解读。现今的生物信息分析涉及的数据存储、解读、及共享是整个基因测序行业目前面临的最大难题，主要原因一是来自于数据量的庞大，二是源于数据的复杂性。 /p p 　　目前这一市场份额基数较小，蕴含着巨大的市场潜力。关注国内企业在这方面的的机会。 /p p 　　数据解读已被全球公认为是比测序还要重要的环节，分析和解读可能会成为中国企业的优势。但短期只能烧钱看不到回报，门槛是数据库，这是限制企业数量和规模的主要原因。 /p p 　　生物信息的所有权和应用领域，目前仍以科研为主，商业化应用瓶颈在于伦理和政策，但随着市场培育的加快，政府和保险的参与，基因组信息未来将归个人所有，政府负责建立数据中心和安全中心，授权个人对数据的使用权。 /p p 　　数据解读服务的市场格局将分为两大阵营：(1)、自行解读，有仪器研发和实力较强的大企业或科研机构会自己解读 (2)外包解读，中小企业、科研人员、医生个人则会交由第三方公司进行数据分析，因此市场对差异化的个性化的服务需求会增加，此类公司会越来越多。外包解读将催化产业不断涌现出各种创新服务模式。 /p p 　　至于数据库的建设，更看好通过市场化的竞争，由企业投资整合资源来积累数据的途径。 /p p 　　解读服务发展的催化剂在需求，落脚点在市场教育。数据库如果不用那就只是个数据库而已，没有附加价值。而医生和患者认识的基因越多，到更大平台去解读和挖掘数据的需求就越大，想要发现已知或未知疾病机理的欲望就越强烈，未来买单的将是保险公司。 /p p 　　3.4下游：二代基因测序的应用领域及其挑战 /p p 　　3.4.1 未来市场容量 /p p style=" TEXT-ALIGN: center" img title=" 8.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201509/noimg/efc92dca-dce1-4303-86e6-98083533e049.jpg" / /p p 　　根据Illumina的测算，基因测序的市场规模有200 亿美元左右。 /p p 　　其中，肿瘤学120 亿美元、生命科学50 亿美元(包括生命科学工具、复杂病症，农业基因以及影响因子和宏基因组)、生育和基因健康20 亿美元(孕妇和新生儿童的检测，以及基因健康)、其他应用10 亿美元。 /p p 　　目前，我国基因测序市场中，产前基因检测较为著名，如以国家规定的3500 元/次的费用计，按照我国每年2000 万左右的新生儿计算，产前基因检测市场能达到七百亿元人民币。 /p p 　　具体来看： /p p 　　 strong 生育健康领域(应用相对成熟) /strong /p p 　　新生儿出生缺陷不仅给家庭带来了沉重的复单，而且已经成为严重影响我国经济发展和人口素质的重要问题。一些特定的遗传性疾病往往在出生一定时间后才会表现出明显症状，因此初生儿早期的基因筛查能够帮助尽快在医学上进行早期干预，达到及早发现、及早治疗的效果。目前新一代测序技术在生育健康领域主要应用在以下方面。 /p p 　　●无创产前检测(NIPT) /p p 　　无创产前检测即胎儿染色体非整倍体无创基因检测，是一种基于大规模平行基因组测序技术的高科技检测手段。这种检测只需抽取孕妇少量静脉血，分离其中的胎儿游离DNA，通过高通量二代测序技术平台测序，并对测序结果进行生物信息学分析，即可判断胎儿是否换染色体非整倍体疾病。该技术是国际人类基因组学研究成果被成功孵化的应用技术之一，在欧美等发达国家普遍开展。该法操作简单，易行，安全，准确，孕妇早期就可进行，更具有无创的特点，不会导至流产、胎儿宫内感染等不良后果。 /p p 　　无创产前检查不仅可以筛查唐氏综合症(21三体)，还可以筛查爱德华氏综合症(18三体)、帕特氏综合症(13三体)以及提示其他非整倍体型遗传病。 /p p 　　●胚胎植入前遗传学诊断(PGD) /p p 　　也就是第三代“试管婴儿”，主要用于检查胚胎是否携带具有遗传缺陷的基因。它是在试管婴儿技术基础上出现的，精子卵子在体外结合形成受精卵并发育成胚胎后，在其植入子宫前进行基因检测，以便使试管婴儿避免一些遗传疾病。通过DNA检测技术对胚胎的染色体异常或者遗传性疾病进行诊断，选择无异常的胚胎植入母体，从根本上提高 “试管婴儿”的妊娠成功率，降低自然流产率，提高妊娠质量，并且可大大提高出生后婴儿的质量。 /p p 　　●新生儿单基因遗传病检测 /p p 　　单基因病是指由一对等位基因控制的疾病或病理性状。常见的单基因病有短指症、地中海贫血症、白化病、苯丙酮尿症、色盲、血友病、C6PD(葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)缺乏症等。已知的单基因病的致病基因及遗传方式大部分已经明确，早起单基因遗传病大部分通过染色体核型分析进行检测，染色体和性分析不可避免的缺点是分辨率低，对技术人员的经验依赖度高，对于微小缺失或者基因突变导至的遗传病不能进行检测。现在通过先进的二代高通量测序技术可以对上千种由于基因变异(基因突变、平衡异位、微缺失等)导至的遗传病进行检测，并且可以在早期通过胎儿的脱落细胞或者绒毛膜进行检测，在产前确认胎儿是否患有遗传病，为遗传病携带者或者已经生育遗传儿的家庭提供明确的遗传咨询和产前检测，从而做到优生，提高人口素质。 /p p 　　 strong 肿瘤的个体化治疗 /strong /p p 　　肿瘤的发生发展中，基因的改变在其中居于中心地位，致癌基因的异常表达和抑癌基因失活，是肿瘤细胞无限制生长的分子基础。肿瘤临床表现多种多样，且发病率逐年升高，迄今尚无简单的治疗方法或使用单一药物能治愈所有的肿瘤。询证医学、诊疗规范化和个体化已经成为肿瘤治疗的公认趋向。 /p p 　　基因测序技术对于肿瘤个体化治疗主要有两方面应用：一是检测患者携带的肿瘤基因，二是检测肿瘤靶向药的靶点。 /p p 　　 strong 药物研发领域应用(CRO及医药公司) /strong /p p 　　新一代测序技术早期主要应用在肿瘤和传染病治疗领域，现在越来越多的使用在新兴生物药的开发和疫苗生产。目前药物研发部门使用的各种高通量技术，例如基因芯片、代谢组学建模、酵母双杂、蛋白质组学、高通量化学筛选、电子杂交定位，有望被新一代测序技术替代或作为补充。 /p p 　　 strong 个人DNA信息咨询 /strong /p p 　　近几年兴起的直接面向用户(direct to consumer)的个人DNA信息咨询产业其实是基因检测市场化产物，基本模式是利用互联网和快递寄送，将检测试剂盒送至用户手中，再由其将采集的唾液及送回公司，并从中提取用户的DNA，检测结果也可直接从网上查询获取。 /p p 　　3.4.2 在应用领域主要趋势及挑战 /p p 　　业界认为，基因测序技术应用市场的先后顺序：无创产前筛查(NIPT)、癌症的个体化用药、癌症早筛、人人基因组、检测与筛查。 /p p 　　其中，植入前胚胎遗传学诊断(PGS/PGD)30 亿市场、产前筛查与诊断(NIPT)160 亿市场、肿瘤诊断与治疗千亿市场。此外，目前已经试点的方向，并不能说明技术已经很成熟，相反有些还很不成熟，需要通过很长时间的试点来积累样本和数据。未来可能的试点方向包括，免疫系统疾病、移植类疾病配型检测、传染病检测、公共卫生领域等都有可能。 /p p 　　 strong 生育健康领域 /strong /p p 　　NIPT 作为公认的第一个产业化项目，市场格局基本形成华大和贝瑞占90%的市场份额，包括108 家试点单位及其他中小医院。 /p p 　　NIPT进入壁垒目前只是渠道 /p p 　　1、测序成本和客户体验，如果成本降到目前的1/10，或客户体验有颠覆性改变，都能形成替代，但短期还看不到 /p p 　　2、测序服务上，主要是产科医院的渠道壁垒。 /p p 　　 strong 肿瘤诊断领域 /strong /p p 　　目前的第二大应用，未来有可能成为第一大应用领域，个性化用药、靶向治疗、早诊是必然的发展方向，空间很大，但短期内还达不到无创的市场高度。 /p p 　　(1)肿瘤是多基因病，没有标准的用药方案，需要个性化治疗，并且机理尚未厘清，医院更倾向于自己做，不容易商业化。 /p p 　　(2)从基于组织到基于血液的肿瘤诊断，对医生而言需要有至少五年的市场培育过程，病种的增加则受制于样本量的积累。 /p p 　　(3)肿瘤的早诊，技术上，血液循环肿瘤细胞DNA(ctDNA)和循环肿瘤细胞(CTC)目前通过测序的检出率还很低，需求取决于人们保健意识的发展程度，未来可能成为健康保险的一个重要产品。 /p p 　　其他 /p p 　　其他应用领域主要的挑战：耳聋基因的筛查(检出率低，假阴性高)、罕见病筛查(无有效干预手段)、地中海贫血、靶向药物伴随诊断(尚无标准)。 /p p 　　2C 端的应用的挑战，需要有一个较长的市场教育和科普过程，并且受限于伦理和法律。 /p

p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 当前，针对新型冠状病毒的主要检测技术有免疫、PCR和高通量测序(NGS)三类，其中免疫和PCR方法是一种定向检测，可以对病毒进行筛查，适合对患者标本中是否存在病毒进行诊断。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 高通量测序作为一种全面的基因组检测技术，虽然它可以有效防止病毒变异产生的漏检，但因实验流程耗时长，操作繁琐，尤其是建库环节步骤繁琐，需要多次转管和移液操作，致使其推广应用受到限制。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 基于此，杰毅生物 span style=" text-indent: 2em " 、浙江省疾控中心、阿里达摩院医疗AI团队一同联手，研发出中国首台宏基因组全自动建库设备Cubics。据悉，该平台是不同于核酸检测方法的全基因组检测技术，借助AI算法对基因数据的海量分析处理能力，能对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列分析比对；同时配备基于自主研发的CNAD技术（CRISPR等温检测法）研制的针对新型冠状病毒的试剂盒。并且，该检测试剂盒不依赖PCR仪器，能快速有效地解决医院单位现场反应需求，实现快速寻找病原，并进行感染诊断。 /span /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 不过，因全基因组检测技术是对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列对比，每次测序过程会产生海量的数据，其前处理和数据分析都非常费时费力。为此，该平台还借助阿里达摩院的AI算法加持，在序列比对过程中，对算法增加了分布式设计。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 据了解，与传统新冠肺炎的分析检测，该平台至少能够节省8个小时的分析检测时间，仅需半小时就能将疑似病例完成新冠病毒全基因组分析，可以实现快速精准捕捉变异后的病毒序列，二级结构及三维结构，进而精准检测变异病毒，大幅提高疑似病例的确诊速度。 /p

德国马普分子遗传学研究所和柏林夏洛蒂医科大学医学遗传学研究所的科学家们成功发明了一种新分析方法&mdash &mdash &ldquo 外显子组序列世系过滤法&rdquo (descent filtering of exome sequence)，该方法可以同时分析人类基因组的所有基因。 　　该方法首次应用于柏林一个家庭的三个孩子身上，他们患有罕见的智力缺陷遗传病&mdash &mdash 马布里综合症(Mabry Syndrome)。研究利用高通量测序方法从整个基因组找出了22000个基因，解码它们的序列并检查突变位点。最终，运用新的生物信息学分析方法，科学家将突变的数量限制到2个，而其中一个突变(PIGV突变)是最终导致马布里综合症发生的原因。马普分子遗传学研究所的Michal Ruth Schweiger形容这项工作就像&ldquo 大海捞针&rdquo 。PIGV基因发生了突变，导致某些蛋白质功能丧失，比如，使得碱性磷酸酶不能够与细胞膜表面结合。 　　相关论文发表在8月29日出版的《自然&mdash 遗传学》杂志上。这种新的基因组分析方法使得对极其罕见疾病中基因突变的鉴定成为可能，并向个性化的分子药物研发迈出了重要的一步。 　　相关方法：外显子组序列世系过滤法 　　完成人：斯蒂芬· 蒙德洛斯课题组 彼得· 罗宾逊课题组 　　实验室：德国马普分子遗传学研究所 柏林夏瑞蒂医科大学医学遗传学研究所 柏林-勃兰登堡再生疗法中心 荷兰圣&bull 瑞德邦德大学医学中心人类遗传学系 柏林夏瑞蒂医科大学医学免疫学研究所 日本大阪大学微生物疾病研究所免疫控制系 加拿大多伦多大学实验室医学与病理学系 澳大利亚悉尼大学分子与临床遗传学系

生物制药如治疗性蛋白质、疫苗、基因与细胞治疗是一个不断快速增长药物领域。生物制药原料药和药品中蛋白质聚集体和不溶性颗粒是需要充分评估和控制的杂质，因为它们有可能引发免疫原性反应，影响产品的安全性和有效性。中美药典中现行的颗粒定义是10-100 nm为蛋白寡聚体，0.1-1 μm为亚微米颗粒/纳米聚集体，1-100 μm是亚可见颗粒/微米聚集体，∽100 μm是可见颗粒。目前基因治疗产品亚可见颗粒分析方法可参考USP787、788和789对治疗性蛋白质注射液和眼科溶液中亚可见颗粒的规定。对于含量超过100mL容器中的治疗性蛋白质注射剂，总颗粒数≥10 μm的颗粒≤6000，对于≥25 μm颗粒≤600。 不同于治疗性蛋白质产品，基因治疗产品大多采用病毒作为载体包括腺病毒（AdV）、腺相关病毒（AAV）或慢病毒（LV）、溶瘤病毒等，所以细胞、病毒和脂质纳米颗粒等递送载体本身就是颗粒，可通过大小、形态、含量和浓度的分析技术来表征。这些基于病毒载体的基因治疗产品剂型主要是注射剂，相关质量标准可参考生物大分子药物不溶性颗粒技术要求。但由于病毒颗粒异质性和复杂性，以及对最终产品的有效性和安全性可能影响，如降低病毒的转导效率和诱发免疫原性反应等，所以需要多种不同技术和方法联合使用，实现更全面更准确的基因治疗产品颗粒表征。以rAAV载体的基因治疗产品为例，病毒颗粒本身是无包膜的，二十面体结构，直径约为25nm，可形成各种不同大小的变体和聚合形态。AAV大小变异体和聚集体可增加临床实验的免疫原性，较大的AAV聚集体在转导细胞效力方面可能降低，进而改变产品疗效。目前有多种技术来表征相关产品溶液中颗粒大小，从纳米级到肉眼可见级别，对于不同粒径大小的颗粒可采用不同技术进行分析表征。对于纳米级别颗粒，可采用动态或静态光散射（Dynamic or Static Light Scattering）、SEC-HPLC、电镜（EM）、原子力显微镜 (AFM)、分析型超速离心机（AUC）、纳米颗粒跟踪分析技术（NTA，Nanosight）和非对称流场流动分级（A4F）等；对于微米级别颗粒，可采用光阻法（LO）、微流成像颗粒分析技术（MFI）、库尔特颗粒计数（Coulter counter）等。可见颗粒可采用拉曼/红外显微镜、荧光显微镜或目测法等。可用于AAV颗粒分析的代表性方法参考下图。颗粒分类中亚可见颗粒是一种聚集形式，经历了相分离并变得不溶。多个国家药典规定注射剂亚可见颗粒物检测采用光阻法（LO）和显微计数法。其中光阻法只能计数颗粒大小和数目，不能看到颗粒形态。美国药典1787推荐了微流成像颗粒分析技术作为大小和形态表征重要的方法。同时推荐在保质期内应该评估产品中2-10 μm亚可见颗粒的范围和水平，10 μm以下颗粒总数分成两组≥2-5μm和≥5-10μm来统计。2021年中国食品药品检定研究院发表文章，详细比较了微流成像颗粒分析方法和光阻法对17种单克隆抗体的亚可见微粒分析结果，显示了微流成像颗粒分析技术在准确性方面具有优势，未来可能用于放行质量控制和稳定性研究。代表性亚可见颗粒分析方法介绍微流成像颗粒分析方法（MFI）：技术原理是待测样本在流经样本检测池过程中，在固定的检测窗口处，采用高频成像检测器动态连续检测样本中颗粒物，获取一系列的数据照片，最终通过软件对所获取的颗粒物照片进行分类和计数分析。核心技术是通过精确地控制样本检测池中的流速，配合静态的图像捕获，使相邻两次成像检测液柱无重叠，从而避免对样本颗粒的重复计数，同时需要保证85%以上样本实现了颗粒成像检测，配合全景深立体成像，保证所有检测到的颗粒都在景深范围内，实现对颗粒大小检测准确性。该方法提供了样本中颗粒真实图像的原位条件，对捕获的数字图像进行分析，实现了颗粒的可视化、计数、大小调整和表征。还可根据颗粒图像、对比度和形状，可能指示颗粒的来源和类型如蛋白聚集、硅油、气泡和纤维等。与图像数据库联合使用，可识别一些颗粒，有助于了解污染源和产品性质。与光阻法和显微计数法相比，缩短了分析时间，具有更高重复性和分辨率。满足2-10 μm范围内亚可见颗粒分析需求。光阻法（LO）介绍：被检测的液体通过专门设计的流通室，与液体流向垂直的入射光束由于被液体中的粒子阻挡而减弱，从而使传感器输出的信号变化，这种信号变化与粒子通过光束时的截面积尺寸成正比。这种比例关系可以反映粒子的大小。每一个粒子通过光束时引起一个电压脉冲信号，脉冲信号的多少反映了粒子的数量。光阻法检测颗粒范围为1∽300 μm（USP 40）。以光阻法为原理设计的微粒检测仪主要包括取样器、传感器和计算机控制的检测和数据处理系统。不同设备测量粒径范围涵盖了2∽100μm，检测粒径浓度为0∽10000个/ml，取样体积为0.2∽100 mL。符合药典对大小容量注射液和粉针剂不溶性微粒检测需求。其主要优势是可直接观察溶液中颗粒，具有大量历史数据的药典推荐方法。操作简单可进行中高通量检测。劣势是对比度低，可能会低估制剂配方中形成的不可见蛋白质颗粒，对气泡敏感，某些脱气技术会改变样本性质，更重要的只适合表征颗粒大小和分布，不能通过形态来分析颗粒。电感应区检测方法：基于库尔特原理检测颗粒，可检测0.4∽1600μm范围内的颗粒（不同商业化库尔特颗粒计数及粒度分析仪有变化）。稀释悬浮在电解液中的样本颗粒通过小孔管时，取代相同体积的电解液，在恒电流设计的电路中导致小孔管内外两电极间电阻发生瞬时变化，从而中断电场，产生电位脉冲。脉冲信号的大小和次数与颗粒的大小和数目成正比。 信号响应不受颗粒类型的影响（如颜色、硬度、不透明度和折射率变化）。本技术优势不受溶液光学特性的影响，可实现单孔中高通量样本检测。劣势是需要大样本体积，需要较低颗粒浓度，有时样品必须在电解质溶液中稀释获得足够电导率，可能会改变样品性质。同样也不能提供形态学参数。显微计数法：采用光学显微镜（LM）检测和分析颗粒，光在样品上透射或反射后通过一系列透镜，直接采用目镜观测，或数码相机采集信号成像。图像分析可使用软件系统，按照一定参数对颗粒群体进行分析。优势是可直接观察溶液中颗粒，可视化计数颗粒大小和数目，并鉴别颗粒形态。可与红外或拉曼计数整合来鉴定颗粒化学组成。但劣势是人工分析费时费力和通量低，难以看到低光学对比度颗粒，自动化程度低。颗粒鉴定表征可采用傅里叶红外光谱（FTIR）显微镜、显微拉曼光谱和扫描电镜-能谱分析（SEM-EDS）等技术，本文不做深入论述。基因治疗产品亚可见颗粒分析案例鉴于不溶性微粒研究在生物制品中重要性，有必要深入研究病毒为载体基因治疗产品中病毒颗粒聚集体和不溶性颗粒形成原因，并找到相应的解决方案来提高基因治疗产品的研发和质量控制水平。以下案例简要说明基因治疗产品亚可见微粒分析方案。AAV生产超滤工艺中颗粒监控AAV生产过程中超滤环节将AAV浓缩并置于最终制剂配方缓冲液中，作为生产工艺中关键步骤，需要深入研究和加深对AAV载体超滤的理解。美国Voyager Therapeutics公司研究超滤膜截留分子量和操作条件对复合再生纤维素（CRC）超滤膜的通量和传输的影响，采用AAV2和AAV9两个血清型病毒载体，以及对AAV超滤行为的定量理解，并指导工艺开发。利用微流成像颗粒分析方法（MFI）研究病毒浓缩超滤工艺开发过程中产生的亚可见颗粒，当通过CRC超滤膜时，膜截留分子量和操作条件对通量影响。下图结果展示1到10μm之间颗粒采用MFI检测时存在明显差异。两个批次A和B实验，对于特定的膜批次，当处理时间较长时，亚可见微粒浓度较高。与较低TMP 6.5 psig相比，当采用更高TMP（20 psig）进行超滤时，亚可见微粒浓度降低。这归因于较低TMP下超滤时，泵通过管道和通道次数增加导致。本研究可指导超滤工艺的条件设置。MFI系统具备自动进样系统，可一次自动检测多达90个样本，非常适合AAV生产过程中工艺优化。不同渗透率RC2A膜超滤的AAV2样本的不同大小颗粒评价，上图批号Lot A样本，下图Lot B样本AAV基因治疗产品稳定性研究制剂配方中AAV长期稳定性和密封容器封闭的完整性是冷冻产品两个关键方面。为了最大限度地减少化学和物理降解，也为了长期存储和运输，AAV原料药和产品制剂通常冷冻在≤-60 °C下，有时允许产品制剂短期存储在医院的2-8°C冰箱中。在制造、贴标签和临床使用过程中会在室温和冷藏条件下发生冻融循环。除了长期稳定性外，在外暴露期间AAV的稳定性也很重要。不同AAV血清型和制剂配方差异导致这期间的稳定性也会有所不同，所以在制剂配方早期开发过程中获得数据来确认AAV在制造、贴标签和临床使用期间将保持稳定是有意义的。为了研究温度、存储时间和冻融率对AAV8和AAV9稳定性的影响，美国REGENXBIO公司研究低浓度和高浓度AAV8和AAV9病毒在五个冻融循环中，预期存储以外时间的稳定性，考察病毒关键质量属性变化情况。下图是采用数字PCR检测病毒载体基因组浓度（GC/mL），结果显示病毒效力和浓度在方法误差范围内保持稳定。采用光阻法检测亚可见微粒（Particles/mL ≥10 μm）。左边第1列是配方F1中AAV8，第2列是配方F3中AAV8。每个小图中左边一对柱状图是低浓度结果和右边一对柱状图是高浓度结果。对照组标记为Cont.和累积预期存储时间外暴露样本标记为TOIS。实验结果显示TOIS后颗粒数非常低，≥2 μm的颗粒≤78个/mL，≥10μm的颗粒≤10个/mL，≥25μm的颗粒≤2个/mL，和≥50μm的颗粒0个/mL。在本研究设定实验条件下，结果表明AAV8和AAV9产品质量属性保持在可接受范围内，稳定性适合用于生产和临床使用。作者认为光阻法有局限，可能低估了半透明的蛋白质颗粒和病毒聚集体颗粒，后续研究需要采用微流成像技术对亚可见颗粒进行表征和稳定性研究。同样研究冻融条件对病毒载体稳定性影响，美国堪萨斯大学疫苗分析和制剂中心科学家（Vineet Gupta，2022，Journal of Virological Methods）研究了淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）载体稳定性，使用TEM、NTA和MFI三种互补的病毒颗粒表征技术研究病毒载体在冻融应激下稳定性。4种不同制剂配方（Form 1-4）在0、3和6个冻融循环条件下亚可见颗粒变化，研究冻融对病毒载体稳定性影响。参考下图，结果证明了通过MFI可检测到样本中存在大量的亚可见微粒。揭示某些制剂（制剂F1和F3）病毒载体亚可见颗粒浓度与病毒载体滴度损失之间存在负相关，制剂配方2和4没有变化。与上述研究类似，Kumru等2015年观察到在冻融循环时，特定配方中溶瘤单纯疱疹病毒1的体外效力值和亚可见颗粒浓度之间呈现负相关。基于多项研究，不同制剂配方中观察到结果可能有所不同，所以在评估病毒感染能力和稳定性时，需要同步进行亚可见颗粒研究。综上所述，基因治疗产品在研发、生产、存储等多个工艺过程中需要持续监测样本中颗粒情况，从早期到晚期开发阶段都需要监测颗粒的动态变化过程，探索研究病毒聚集体和颗粒产生的原因。可采用多种不同分析检测技术联合使用，针对纳米级和微粒级颗粒进行全范围覆盖。特别是参考中美药典对不溶性颗粒检测规定，借鉴生物大分子蛋白质药物颗粒分析经验，不同方法优势互补，采用光阻法、显微计数法和微流成像颗粒分析方法（MFI）对亚可见微粒进行深入研究，分析基因治疗原料药和药品中颗粒形成原因，可用于优化病毒载体生产和纯化工艺、筛选合适制剂配方和存储条件，提高产品质量稳定性和安全性，保证产品疗效。索取资料请扫上方二维码参考文献：Alexandra Roesch, Sarah Zolls, et al. Particles in Biopharmaceutical Formulations, Part 2: An Update on Analytical Techniques and Applications for Therapeutic Proteins, Viruses, Vaccines and Cells. Journal of Pharmaceutical Sciences(2021) 1−18于雷，裴德宁等. 基因治疗产品中病毒颗粒的微粒特性研究. 药物分析杂志 Chin J Pharm Anal 2020,40(1)Andrew D.Tustian, Hanne Bak. Assessment of quality attribute

p 　　提起 a title=" " style=" color: rgb(0, 112, 192) text-decoration: underline " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-1-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 基因检测 /strong /span /a ，很多人第一反应就是高大上，在“科学前沿”、“实验室成果”的标签下，似乎离人们生活十分遥远。 然而，基因检测已经走进了我们的生活，众多基因检测公司已经被我们渐渐眼熟。 /p p 　　 strong 测序服务综合类(硬件+试剂盒+临床应用) /strong /p p 　　华大基因 /p p 　　厦门基科生物科技有限公司 /p p 　　深圳华因康基因技有限公司 /p p 　　上海百傲 /p p 　　瀚海基因 /p p 　　北京博奥 /p p 　　 strong 测序临床应用服务类 /strong /p p 　　药明康德 /p p 　　诺禾致源 /p p 　　贝瑞和康 /p p 　　安诺优达 /p p 　　上海宝藤 /p p 　　上海伯豪 /p p 　　解码DNA /p p 　　达安基因 /p p 　　泰州益康 /p p 　　北京迈基诺 /p p 　　凡迪生物 /p p 　　上海天昊生物 /p p 　　北京诺赛基因组研究中心有限公司 /p p 　　佰美基因 /p p 　　赛亚基因科技股份有限公司 /p p 　　中科金美华基因检测公司 /p p 　　上海思路迪生物技术有限公司 /p p 　　北京迪诺基因科技 /p p 　　维达健基因技术有限公司 /p p 　　南京世和基因生物技术有限公司 /p p 　　上海起源生物科技有限公司 /p p 　　广州燃石生物 /p p 　　银河基因 /p p 　　 strong 基因检测在线B2C类 /strong /p p 　　爱基因(厦门基科) /p p 　　Wegene /p p 　　360基因(北京宏图云天) /p p 　　genebook(华大) /p p 　　sungene(三博基因) /p p 　　idna(武汉益基) /p p 　　精皮士 /p 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　　北京迈基诺基因科技有限公司(MyGenostics)，http://www.mygeno.cn/ /p p 　　广州基迪奥生物(Gene Denovo),http://www.genedenovo.com /p p 　　杭州壹基因公司(1gene) ，www.1gene.com.cn /p p 　　武汉贝纳基因(BENAGEN)，www.benagen.com /p p 　　上海其明信息公司(Gminix)，http://www.gminix.com/ /p p 　　中翰金诺 /p p 　　上海罗捷信息科技有限公司，www.logicinformatics.com /p p 　　上海欧易生物科技有限公司 /p p 　　绿宇科技 /p p 　　上海翰宇生物(HanyuBio)，www.hanyubio.com /p p 　　杭州联川生物(LC-Bio)，http://www.lc-bio.com/ /p p 　　北京艾比精诺基因科技有限公司 /p p 　　北京源泉宜科生物科技有限公司， http://www.yqykbiotech.com/ /p p 　　博淼生物科技(北京)有限公司(Bio Miao Biological)，http://www.biomiao.com/ /p p 　　南京迪康金诺生物技术有限公司，http://www.decodegenomics.com/ /p p 　　吴江汇杰生物科技有限公司/南京科维思生物科技有限公司，http://drigen.com/ /p p 　　武汉菲沙基因信息有限公司(frasergen),http://www.frasergen.com/ /p p 　　奇云诺德，http://www.qygenomics.com/ /p p 　　北京市计算中心 /p p 　　深圳瑞奥康晨生物科技有限公司，生物信息服务，www.reohealth.cn /p p 　　杭州米天基因科技有限公司，生物信息服务，http://www.miti-medicine.com/ /p p 　　北京赛洛新生物科技有限公司，生物信息服务，http://www.solutionbio.com.cn/ /p p 　　诺金生物信息软件公司，生物信息服务 /p p 　　香港明宙/深圳博大威康科技有限公司，生物信息公司，00852-9108296 /p p 　　艾基泰康，生物信息服务商，www.igenetech.com /p p 　　量化健康，生物信息服务，www.quantibio.com /p p 　　深圳英马诺生物，生物信息分析，www.imunobio.com /p p 　　上海虹舜生物科技有限公司，生物信息分析服务，400-7676-106，www.hongshunbio.com /p p 　　上海曼因生物科技有限公司(比特基因)，生物信息分析服务，www.bitgene.cn /p p 　　上海丰核信息，课题设计，论文撰写，生物信息分析 /p p 　　上海生咨，生物信息服务，生物信息培训班，021-57503212，http://www.biorefer.com/ /p p 　　上海英拜生物，生物信息分析 /p p 　　广州元序公司，生物信息服务商 /p p 　　艾思博公司，生物信息服务商 /p p 　　武汉合众卓凡公司，生物信息服务商 /p p 　　北京华生恒业科技有限公司,生物信息学软件销售商 /p p 　　北京路思达生物信息科技有限公司，生物信息学软件销售，生物信息学培训 /p p 　　源资信息科技(上海)有限公司，生物信息学软件销售 /p p 　　上海康昱盛信息科技有限公司，生物信息学软件销售 /p p 　　北京华诺时代科技有限公司，生物信息服务商，http://www.honortech.cn/ /p p 　　南京广而生物科技有限公司，生物信息服务商，gergene.com /p p 　　武汉数桥科技公司，生物信息服务商，http://www.databridge.cn/ /p p 　　蓝云基因，生物信息服务商，http://www.lanyungene.com/ /p p 　　思博奥科生物信息科技(北京)有限公司，生物信息分析服务公司，www.sysbiomics.com /p p 　　深圳市谱元科技有限公司，生物信息分析，http://www.promegene.org/ /p p 　　华点云，云计算、生物信息分析，www.celloud.cn /p p 　　上海达今生物科技有限公司，生物信息服务公司 /p p 　　上海锐翌生物科技有限公司，生物信息服务公司，http://www.realbio.cn/ /p p 　　上海惠研生物科技有限公司，生物信息服务公司，http://www.biogenius.cn/ /p p 　　上海嘉因生物科技有限公司，生物信息服务公司，wwww.rainbow-genome.com /p p 　　 strong 其它测序服务单位, other NGS players /strong /p p 　　上海泛亚基因医学科技有限公司、优基因(Genetesting)。有一台ABI3130，一台Qiagen的Pyrosequencing测序仪，1台ABI的定量PCR仪，一台Roche定量PCR仪。021-55228195，http://www.genetesting.cn/ /p p 　　康圣环球/新培晶上海医学检验所有限公司(KindStar Global)，1台HiSeq 2500在武汉，1台MiSeq在上海，1台Ion Proton，2台Ion Torrent PGM，1台NanoString，1台Sequenom。大型医学检验服务商。400-736-166,http://www.kindstar.com.cn/ /p p 　　达安基因临检中心(达瑞)，6台Proton,1台PGM，1台专门做SNP和甲基化的MassARRAY(SEQUENOM)，1台HiSeq,1台MiSeq。拥有：高通量基因测序仪 医疗器械证、无创产前筛查(NIPT)许可证、高通量测序 肿瘤诊断 许可证 /p p 　　湘雅医学院夏家辉组，1台Hiseq /p p 　　心血管疾病国家重点实验室(阜外医院)分子诊断中心(State Key Laboratory of Cardiovascular Diseases)，1台Hiseq，1台MiSeq，1台iScan, 1台ABI Viia7定量PCR仪。010-88396070, http://123.124.148.61/zdsys/Webshowpage/default.aspx /p p 　　中科院北京遗传与发育所，1台Hiseq，1台454，2台PGM。010-64806501 /p p 　　北京市理化分析测试中心(Beijing Center for Physical and Chemical Analysis,BCPCA)，1台Hiseq 2500，1台Miseq。010-58717615. http://www.beijinglab.com.cn/ /p p 　　中科院上海分院, 岳阳路320号，1台Hiseq。 /p p 　　中科院基因组所，1台Hiseq。1台PacBio? 010-84097710 /p p 　　中科院遗传发育所，1台Hiseq, 1台Ion Torrent, 1台Roche FLX. 010-64806501 /p p 　　中科院国家基因研究中心(水稻基因中心)，上海市漕宝路500号，1台Hiseq，021-54971303 /p p 　　台湾阳明大学基因体研究中心，1台Hiseq, 1台Miseq, 1台454，2台GA。+886-2-2826-7319 /p p 　　中科院北京基因组所，1台Hiseq, 1台454，010-84097326 /p p 　　奥拓基因，在杭州有1台Hiseq? 0571-89057085 /p p 　　复旦大学医学院，1台HiSeq 2500，明道楼5楼 /p p 　　浙江大学医学院附属第一医院，传染病研究所，1台HiSeq 2500，1台PGM，已购1台MiSeq。 /p p 　　中科院昆明动物所，遗传资源与进化国家重点实验室(State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution)，1台Hiseq，1台PacBio, 1台Proton，1台PGM. http://www.kiz.ac.cn/gre/gre7/gre72/201401/t20140103_4010506.html /p p 　　中科院上海逆境生物中心(Shanghai Center for Plant Stress Biology)，1台Hiseq, 1台Miseq,http://www.psc.ac.cn/cn/index.asp /p p 　　中山大学附属肿瘤医院肿瘤防治中心，1台Hiseq /p p 　　台州圣庭生物科技有限公司(Shengting), 1台Hiseq 2500，1台MiSeq, 电话：0576-89189685,http://www.shengtinggroup.com/ /p p 　　杭州艾迪康医学检验中心公司，1台NextSeq 500，1台MiSeq，0571-87775500，http://www.adicon.com.cn/ /p p 　　上海海洋大学陈良标组，1台Hiseq, 1台Miseq, /p p 　　台湾有劲生物公司，1台Hiseq 2000, 2台Proton。电话：02-26750868 /p p 　　台湾國家基因體醫學研究中心，1台Hiseq，1台454。电话：02-2782-4066 /p p 　　尤尼曼诊断技术有限公司，1台Miseq,医学诊断， 4008-213-671，http://com0044.comecn.com/ /p p 　　张宗峰，1台Miseq, /p p 　　西安交通大学医学院，1台Miseq /p p 　　东方肝胆医院王红阳组，1台Miseq /p p 　　资源国际生物，1台Miseq /p p 　　北京圣谷同创，30台PGM, 010-58815976 /p p 　　英骏生物，1台Proton, 1台PGM。一代测序、寡核苷酸合成服务商，Life Tech公司子公司。800-820-8982 /p p 　　联合基因，1台PGM。健康咨询。021-33721110 /p p 　　中美泰和，1台PGM，010-52213160 /p p 　　金域检验，1台PGM，1台NextSeq.大型医学检验服务商。4001-111-120 /p p 　　赛哲生物，1台PGM。论文图文美化。400-888-4242 /p p 　　华冠生物，1台PGM。021-51320288-9371 /p p 　　吉玛生物，1台PGM。shRNA合成服务商领导品牌。021-51320195 /p p 　　广西柳州CDC，1台PGM /p p 　　天津南开大学泰达生物技术学院，1台PGM。1台Affymetrix。 /p p 　　台湾明欣生物，1台454，1台PGM。02-26557128 /p p 　　千年基因，韩国Marcrogen在中国的代理商，Marcogen在韩国有30台以上的Hiseq。0755-23067982，http://www.macrogencn.com/ /p p 　　斯克尔基因，有1台iScan。Illumina生物芯片服务商 /p p 　　北京药用植物所，1台PacBio，联系方式：010-57833028 /p p 　　武汉生物技术研究院技术平台部, 1台PacBio，1台MiSeq。联系方式：027-68789300 /p p 　　北京华牛世纪生物技术研究院，1台PacBio /p p 　　上海康成。1台Agilent生物芯片仪。Exiqon指定中国服务商，生物芯片服务商，microRNA专家，测序服务商。021-64451989 /p p 　　上海赛安生物医药科技科技有限公司，电话：021-60733300 /p p 　　北京诺赛基因组研究中心公司，010-67883332 /p p 　　广州坤图生物科技有限公司, 个性化医疗 020-89320509 /p p 　　科诺检验、科贝生物、苏州生物医药创新中心，这三家是同一个实体。主要从事医学检验、产前诊断。0512-69561999 /p p 　　广州瑞科基因。020-62197097 /p p 　　吉凯基因，siRNA、慢病毒服务商，1台Affymetrix。800-720-0302 /p p 　　杭州锐创生物技术有限公司，二代测序，生物芯片，057186971763 /p p 　　上海敏芯公司。生物信息学服务，代谢组实验。021-31523052 /p p 　　北京市计算中心。生物信息服务。联系方式：010-59341768 /p p 　　青岛生物能源与过程研究所徐建构建MPlibrary(Mate Pair library),0532-8066265173. /p p 　　上海欧孚。建库服务，多种核酸抽提服务。13795382662 /p p 　　北京毅新兴业。Sequenome质谱服务。联系方式：010-82608397 /p p 　　凯基生物。025-52880816 /p p 　　上海阿趣生物，生物信息公司，代谢组。400-664-9912，021-60649912，http://www.biotree.cn/ /p p 　　江苏苏博生物医学科技有限公司，临床检验服务，0510-83595108 /p p 　　艾博斯. /p p 　　北京博恒生物，生物信息服务商，010-52839707，www.hr001.cn /p p 　　博仕生物医学中心 /p p 　　博苑生物 /p p 　　上海丰核信息，课题设计，论文撰写，生物信息分析。4000-331-887 /p p 　　上海朗通生物 /p p 　　上海锐金生物医药科技有限公司 /p p 　　武汉锦奥生物公司，测序试剂代理商，建库服务商，geneocean@qq.com, 18672347711 /p p 　　上海生咨，生物信息服务，生物信息培训班，021-57503212，http://www.biorefer.com/ /p p 　　翼科 /p p 　　上海英拜生物，18930963499，生物信息分析 /p p 　　苏州帕诺米克生物公司，0512-62959105 /p p 　　凌科生物/微基生物，环境基因组/宏基因组数据分析，021-31171173，www.biolinker.com，(凌科生物), www.tinygene.com，(微基生物) /p p 　　上海泉脉生物科技有限公司,二代测序，生物芯片，021-54038325 /p p 　　拜珐(上海)信息技术有限公司，二代测序，生物芯片，021-34315602 /p p 　　无锡艾吉因生物信息技术有限公司，自行设计的测序原理和测序机器，0510-85386921, 中国人自主知识产权的产品，特别支持 /p p 　　深圳华因康基因科技有限公司，自行设计的测序原理和测序仪，0755-26611270, 中国人自主知识产权的产品，特别支持 /p p 　　华仁康泰(北京)生物技术有限公司，遗传分析，010-57536985，huarenkangtai@126.com /p p 　　派利来生物，010-59706036 /p p 　　上海卓立生物科技有限公司，联华芯片(OneArray)大陆代理商，4006-4008-46 /p p 　　杭州英睿，0571-88173602 /p p 　　武汉大众源生，科研服务(基因组分析)，生物信息培训，生物信息平台搭建，027-87297418，www.pubbiotech.com /p p 　　天津生物芯片，1台PacBio, 022-66229538 /p p 　　南京迈达医药科技有限公司，生物芯片服务商，1台Illumian芯片，025-58619118 /p p 　　江苏泰州伯克利，生物芯片服务商， /p p 　　广州元序公司，生物信息服务商 /p p 　　艾思博公司，生物信息服务商，021-38770863 /p p 　　武汉合众卓凡公司，生物信息服务商，[url=]13764257302[/url] /p p 　　台湾基龙米克斯公司，宠物公司，华大在台湾的测序服务代理商，1台NextSeq，1台MiSeq，1台454，2台PGM，电话：(02)-2696-1658 /p p 　　台湾力钧生物公司，Talen转基因服务商，二代测序代理商，电话：886-2-25571100 /p p 　　北京百麦华康科技有限公司，测序服务代理商，010-56189577，www.biomarry.com /p p 　　保定方舟/上海方舟公司，个体化医疗服务商，15600045346 /p p 　　诺金生物信息软件公司，生物信息服务，论文外包服务，023-63118687 /p p 　　达迈生物，Illumina分销代理商，021-51871699 /p p 　　仁科生物，Illumina分销代理商，021-34250079 /p p 　　北京怡美通德,Illumina生物芯片服务商，Illumina分销代理商，010-84409662,www.emtd.com.cn /p p 　　香港基因公司，Pacbio三代测序仪代理商，021-51876181 /p p 　　北京华生恒业科技有限公司,生物信息学软件销售商，010-8260 1104 /p p 　　北京路思达生物信息科技有限公司，生物信息学软件销售，生物信息学培训，010-82696760 /p p 　　源资信息科技(上海)有限公司，生物信息学软件销售，021-32504385 /p p 　　上海康昱盛信息科技有限公司，生物信息学软件销售，021-54975000 /p p 　　北京鑫诺美迪基因检测技术有限公司，1套Bio-rad digital PCR，010-67810661，http://sinomdgene.com/ /p p 　　微创公司，1套Bio-rad 微滴数字PCR，Droplet digital PCR(DD-PCR). /p p 　　吉林中科紫鑫科技有限公司，和于军合作开发基于pyrosequencing的二代测序仪，0435-7210408 /p p 　　北京吉拓思生物技术有限公司,测序数据分析软件供应商，数据分析服务供应商，建库服务商， 010-82967131 /p p 　　上海誉准生物科技有限公司，建库服务商 /p p 　　武汉维达健公司，个体化医疗服务商，用生物芯片检测SNP并给予解读，400-027-3332，http://www.vidagen.com/ /p p 　　国家肿瘤临床医学研究中心肿瘤分子诊断平台(天津肿瘤医院)，于津浦教授组，1台MiSeqDx /p p 　　基因科技公司/仪涛公司，Affymetrix生物芯片服务商。021-51876181(销售部)，021-6728000(芯片服务部) /p p 　　泽塔生物，400-011-2014,http://www.zetabio.com/ /p p 　　浙江中医药大学，1台HiSeq 2500 /p p 　　北京智云捷生物技术有限公司，010-58772648 ，http://www.gene-cloud.com.cn/ /p p 　　上海基龙生物科技有限公司，1台PGM，将于2014年第3季度到位1台Miseq, 有一台Raindance公司的ThunderStorm，021-61062185，http://www.bioon.com.cn/show/index_272282.html /p p 　　海克维尔基因(北京)研究院，010-61824280， www.hikegene.com，有一台PacBio测序仪 /p p 　　北京瑞德百奥生物信息科技有限公司,生物信息学分析公司，010-58430943，www.readerbio.com /p p 　　上海恒健生物技术有限公司，1台PGM，1台Bio-Rad DDPCR。上海蔡伦路781号8层 /p p 　　上海源奇生物医药科技有限公司，1台PGM，另外有一台投放在医院的MiSeq,021-37196233 /p p 　　中国农业大学，国家玉米改良中心，赖锦盛教授组，1台MiSeq，1台PGM /p p 　　上海赛优生物科技有限公司，测序服务、生物信息服务。021-54439885。www.saiyoubio.com /p p 　　北京英木和生物技术有限公司，测序服务、生物信息服务。010-61199586，13426001100。www.imh-bio.com /p p 　　中国科学院古脊椎动物与古人类研究所,010-68351363, 1台MiSeq, /p p 　　上海希匹吉生物技术有限公司，1台Ion Torrent PGM，1台Qiagen PyroSequencing Q96测序仪，甲基化测序、SNP分析，荧光定量PCR服务。测序服务、生物信息服务。021-54480369。www.cpgbiotech.com /p p 　　中国科学院西双版纳热带植物园，公共技术服务中心，1台MiSeq,0691-8713058，www.xtbg.ac.cn /p p 　　广州洪祥生物医药科技有限公司，测序服务、生物信息服务，020-82070665 /p p 　　北京溯源精微科技有限公司，测序服务、生物信息服务，010-57259450，www.geneway.cn /p p 　　上海吉凯基因化学技术有限公司，1台Affymetrix,800-720-0302, www.gnechem.com.cn /p p 　　上海邃志生物技术有限公司，1台Sequenom MassArray,1台Affymetrix。400-883-1861，www.babygene.cn /p p 　　北京华弈生物公司，生物信息分析，生物信息培训，010-57674188，http://www.hygenomics.com/ /p p 　　成都先导药物开发有限公司，用DNA标记的化合物进行先导化合物的筛选,1台HiSeq 2500,028-85197385，www.hitgen.com /p p 　　然钠生物，1台NextSeq 500. /p p 　　北京奥维森基因科技有限公司,1台MiSeq，生物信息分析公司，400-017-6077，http://www.auwigene.com/ /p p 　　山西国信凯尔生物技术有限公司，1台MiSeq，http://www.sxgt.net/KongG.aspx?CatalogId=61& amp type=Parent& amp RearId=61& amp ktype=sy /p p 　　布斯坦科技(北京)有限公司，生物信息学分析服务公司，010-56014401，www.biost.cn /p p 　　厦门万基生物科技有限公司，1台Proton，生物信息学分析服务公司,www.vangenes.com /p p 　　香港明宙/深圳博大威康科技有限公司，生物信息公司，00852-9108296 /p p 　　基云惠康，生物信息公司，专注于人全基因组和外显子组数据分析，010-64863376 ，www.genekang.com /p p 　　百世嘉(上海)医疗技术有限公司，产前诊断服务公司，021-64862060，www.basetra.com /p p 　　上海派航生物科技有限公司，人全基因组生物信息分析服务，021-22812228，http://ph-bio.net/ /p p 　　TAAG Genetics，遗传分析公司、食品检测公司，www.taag.com /p p 　　深圳易基因科技有限公司，生物信息服务公司，http://www.e-gene.cn/,0755-28317900 /p p 　　思路迪埃提斯生物技术(上海)有限公司，3DHTS，1台Nextseq 500.http://www.3dhts.com/ /p p 　　大连医科大学肿瘤干细胞研究院，李志广教授组，1台MiSeq /p p 　　广州燃石生物科技有限公司，个性化医疗服务公司，1台NextSeq 500，1台MiSeq，www.brbiotech.com，020-34037871 /p p 　　华中农业大学，1台HiSeq /p p 　　上海达今生物科技有限公司，生物信息服务公司 /p p 　　上海锐翌生物科技有限公司，生物信息服务公司，021-51001612，http://www.realbio.cn/ /p p 　　上海惠研生物科技有限公司，生物信息服务公司，http://www.biogenius.cn/，400-016-9606 /p p 　　上海嘉因生物科技有限公司，生物信息服务公司，wwww.rainbow-genome.com, 400-881-9851 /p p 　　清华大学，1台HiSeq 2500 /p p 　　广东中医院，1台HiSeq 1500 /p p 　　中山大学肿瘤防治中心，1台HiSeq 1500 /p p 　　深圳市瀚海基因生物科技有限公司，1台MiSeq，0755-86714900，http://www.pacgeno.com/ /p p 　　北京四环药业公司，1台MiSeq /p p 　　南京药谷，1台MiSeq /p p 　　申友生物，1台MiSeq /p p 　　北京益普康达医学科技有限公司，儿童罕见病分子检测专业公司，010-53396195，www.careexpress.cn /p p 　　所罗门兄弟医学科技(北京)有限公司，肿瘤基因检测公司、靶向治疗咨询公司，400-0077-316，http://www.smtcc.org/ /p p 　　之江生物，1台MiSeq，微生物病原检测，021-34680599，http://www.liferiver.com.cn/ /p p 　　深圳市谱元科技有限公司，生物信息分析，0755-22361766，http://www.promegene.org/ /p p 　　华点云，云计算、生物信息分析，www.celloud.cn /p p 　　北京信诺佰世医学检验所，1台MiSeq、1台PGM，遗传病检测，010-80858780，www.sinopath.cn /p p 　　思博奥科生物信息科技(北京)有限公司，生物信息分析服务公司，010-68185146，www.sysbiomics.com /p p 　　银河基因，基因健康咨询公司，010-57306161，www.yinhejiyin.com /p p 　　上海允英医疗科技有限公司，遗传病基因检测，www.yymedicine.com /p p 　　上海优英生物科技有限公司，遗传病基因检测 /p p 　　杭州晶佰生物技术有限公司，1台NextSeq 500, 1台Miseq, 1台HiScan, 医学测序服务，400-077-5911,0571-89936654，http://www.igeneseq.com/ /p p 　　南京广而生物科技有限公司，生物信息服务商，025-86537986，gergene.com /p p 　　武汉数桥科技公司，生物信息服务商，027-86644882，http://www.databridge.cn/ /p p 　　蓝云基因，生物信息服务商，http://www.lanyungene.com/ /p p 　　北京华诺时代科技有限公司，生物信息服务商，010-59919045，http://www.honortech.cn/ /p p 　　深圳市海普洛斯生物科技有限公司，1台NextSeq 500，基因检测、健康服务公司，0755-86574950，http://www.haplox.com /p p 　　河北省健海生物芯片技术有限公司，1台Illumina iScan生物芯片仪，1台Illumina BeadXpress生物芯片仪，1台Luminex 200，基因检测、健康服务公司，400-660-7557，http://www.genetic-health.com/ /p p 　　上海虹舜生物科技有限公司，生物信息分析服务，400-7676-106，www.hongshunbio.com /p p 　　上海曼因生物科技有限公司(比特基因)，生物信息分析服务，www.bitgene.cn /p p 　　裕策生物科技有限公司，肿瘤基因信息分析，http://www.yucebio.com/，400-836-8004 /p p 　　上海捷易生物科技有限公司，二代测序建库服务，www.jeayea.com,400-006-1771 /p p 　　深圳瑞奥康晨生物科技有限公司，生物信息服务，www.reohealth.cn /p p 　　杭州米天基因科技有限公司，生物信息服务，http://www.miti-medicine.com/，0571-87218611 /p p 　　北京赛洛新生物科技有限公司，生物信息服务，http://www.solutionbio.com.cn/， 4004-1818-77 /p p 　　广州美格生物科技有限公司，一台MiSeq，http://www.magigen.com/，020-34438810 /p p 　　广州库基生物科技有限公司，http://www.cookgene.com/，020-84298069 /p p 　　上海祥音生物科技有限公司，http://www.hzgeno.com/，0571-56077876，实验室地址：杭州市西湖区三墩振华路西城博司7幢701 /p p 　　艾基泰康，生物信息服务商，010-84097967，www.igenetech.com /p p 　　量化健康，一台NextSeq 500，生物信息服务，010-83638068，www.quantibio.com /p p 　　深圳英马诺生物，生物信息分析，www.imunobio.com，0755-82636223 /p p 　　AnchorDx,NGS医学诊断 /p p 　　 strong 中国PacBio测序仪中心： /strong /p p 　　天津市湖滨盘古基因科学发展有限公司，4台PacBio. http://www.pangugene.com/ /p p 　　北京遗传所，1台PacBio /p p 　　北京药植所，1台PacBio /p p 　　上海南方基因中心，1台PacBio /p p 　　云南动物所，1台PacBio /p p 　　武汉邓子新教授实验室，1台PacBio　　 /p p 　　天津生物芯片中心，1台PacBio /p p 　　海克维尔基因(北京)研究院，1台PacBio /p p 　　北京华牛世纪生物技术研究院，1台PacBio /p p 　　上海交通大学 分析测试中心，1台PacBio /p p 　　内蒙古农业大学，1台PacBio /p p 　　华大基因，1台PacBio(总共预计买3台) /p p 　　 strong 基因检测重在服务—— /strong 基因检测服务范围 /p p 　　基 因检测重在服务，很难单独依靠商品(检测试剂盒、芯片)来建立优势，这与免疫诊断、化学发光有所不同，因为基因检测归根结底都是DNA一级序列的检测，与 二级、三级结构无关，检测原理相对简单，都是通过DNA引物靶定待测序列，然后通过引物延伸来实现序列的测定 相反，样品DNA的提取、建库和捕获的操作 倒是比较繁琐，需要专业的技术人员去操作。上游仪器已然被少数几个公司所垄断，中上游的试剂盒产品并不具有很高的技术壁垒(当然如果能在建库环节和捕获环 节形成明显技术优势，或者是开发出效率更高的工具酶，也是很有发展前景的)，而且高通量基因检测试剂盒的审批存在较大的不确定性(未来可能参照美国 CLIA认证的方式，具有资质的检测机构以LTDs自制试剂的形式使用，但是不通过药监局的审批就无法对外销售)，医院样本量有限，先进入的肯定会占据诸 多优势，NIPT市场已经接近饱和，肿瘤医院的争夺也日趋白热化，所以率先通过服务来抢占市场，这或许是较为稳妥的选择。 /p p 　　医院是否会自行购置测序仪开展高通量测序?如果医院自己测序，那么临检测序机构势必难以竞争，所以思考这个因素是有必要的。这个问题要分开来看，一方面考虑用户的数量和需求，一方面考虑测序成本。以当前高通量测序用的最广泛的是NIPT和肿瘤诊治为例进行分析： /p p 　　在无创产前诊断领域，我国每年的新生儿在1500万人左右，潜在客户基数大，NIPT能够给出明确的诊断结果和对应的防治措施，而且结果关系到下一代的健康，检测价格在2400元左右，受众广泛 此外，NIPT对测序的精度要求不是特别高(目前主要是针对13、18、21号染色体的三体检查)，检测是一个定量的过程，通常采用life ion torrent平台(目前获批的5款仪器里面3家申报的是ion torrent，而且美国已经有机构采用基因芯片来做NIPT)，很多大型医院能够自行开展NIPT服务，第三方测序机构的目标市场应该在中小型医院。 /p p 　　但是高通量测序在肿瘤领域的应用就不太一样，我国每年新增肿瘤患者在450万人左右，肿瘤panel测序的价格在8千到2万之间，而且现在做肿瘤panel测序的患者主要目的是获得靶向药物用药指导，靶向药物价格比较昂贵(每个月的用药开销在5万左右)，所以目标人群就更加狭窄了 此外，肿瘤检测对测序精度要求比较高，主要针对点突变或者微缺失微重复，对技术平台的要求高，通常采用Illumina Hiseq/next Seq测序仪，仪器设备昂贵，并且开机试剂耗材的花费高(一次开机在15万左右)，如果没有足够的样本量，基本上每次开机都是亏损 并且肿瘤数据的分析比较复杂，需要专门的生物信息学人才和数据库，所以在肿瘤领域(在其他病患更少的领域更是如此)，我们认为高通量测序还是以第三方临检机构为主，目标市场在大型医院。 /p p 　　 strong 基因检测公司的发展方向—— /strong strong 基因检测是起点而不是终点 /strong /p p 　　基因检测是起点而不是终点，做基因检测服务的机构，最大的市场还是在医疗诊断领域，除了通过提供服务获得收益外，基因检测机构最大的潜在优势是能够获得特殊患者的组织样本，并且获得基因数据的积累，这对于药物开发是十分便利的条件。正如爱基因的发展模式，以自己的基因检测服务为桥梁，打通患者、医院、CRO企业，测序结果提供用药指导，同时反过来链接下游药物开发和临床试验，形成良好的反馈机制。 /p

安捷伦科技推出外显子基因芯片，扩展基因表达分析市场 2010 年 11 月 3 日，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出基于 SurePrint G3 外显子基因芯片的外显子分析解决方案。该解决方案大大扩展了安捷伦基因表达试剂、芯片和生物信息学软件产品的市场。这套全新的系统将于 11 月中旬面世，研究人员使用该系统将能够分析目前已知的选择性表达外显子，从而拥有对RNA 表达的全面认知。 &ldquo 我们不断推出性能强大且经济有效的工具来充实我们的基因表达工作流程，从 RNA 提取试剂盒到数据解析和验证工具一应俱全。&rdquo 安捷伦的基因表达产品经理 Sharoni Jacobs 博士说道，&ldquo 我们去年 12 月推出了低上样量快速扩增标记试剂盒，仅需 10 纳克总 RNA 的起始量。另外，今年 5 月我们推出了第三代 SurePrint G3 基因表达芯片，该产品将编码和非编码 RNA 探针整合在单个芯片上。&rdquo Agilent G3 外显子基因芯片 安捷伦正是利用性能强大、高密度的 SurePrint 平台开发全外显子解决方案，帮助研究人员发现大约 30000 个基因和 100000 多种蛋白质之间的关系。 借助安捷伦 SurePrint G3 外显子芯片，研究人员只需一次实验就可以鉴别出基因水平和外显子水平的表达改变，从而捕捉到微小但至关重要的生物变化。RNA样品使用安捷伦低上样量快速扩增全转录组标记试剂盒进行处理，实现全转录本标记，用于随后的杂交。安捷伦 GeneSpring GX 11.5 生物信息学系统帮助研究人员同时分析基因水平的表达数据和剪切标记，极大地提高了实验室的工作效率。 &ldquo 外显子级芯片的推出标志着我们分析能力的显著提升。与传统的依赖于 3&rsquo 端的芯片相比，我们现在可以更为详细地分析基因组，&rdquo 英国曼彻斯特大学帕特森癌症研究所分子生物学中心主任 Stuart Pepper（早期用户之一）说道，&ldquo 我们己尝试着将这些芯片用于研究项目，初步实验结果表明，得到的数据十分清晰；这些数据有助于对选择性转录本表达的检测和定量。&rdquo 安捷伦的人、小鼠和大鼠外显子芯片目录产品包括 4× 180K（每张玻片四个芯片，每个芯片 180000 种特征序列）和 2× 400K 两种格式，使用户能够在实验成本、通量和覆盖完整度间作出选择。与安捷伦的其他芯片类似，安捷伦也提供定制格式的人、小鼠和大鼠 SurePrint G3 外显子芯片。定制格式包括：8× 60K、4× 180K、2× 400K 和 1× 1M。 与所有安捷伦芯片一样，SurePrint G3 外显子解决方案能够在很宽的动态范围内检测低丰度和高丰度的表达产物，准确反应整体的表达水平，从而保证结果高度可信。 安捷伦提供业内最全面的基因表达解决方案；集高芯片灵敏度，成熟可靠的 qPCR 平台和综合分析软件于一身，有效简化工作流程，确保获得最高质量的结果。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18500 名员工在 100 多个国家为客户服务。2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

p 　　 strong 监管部门 /strong /p p ??中投顾问在《2016-2020年中国基因检测行业投资分析及前景预测报告》中指出，整个基因检测行业涉及细分产业众多，包括医院、临检中心、仪器试剂、商业公司、不同的技术平台等，所以涉及的监管部门也较多。 /p p 　　(一)发改委 /p p 　　从宏观上制定基因检测产业的发展规划：2015年6月，发改委发布《国家发展改革委关于实施新兴产业重大工程包的通知》，其中提到要重点发展基因检测等新型 a title=" " style=" color: rgb(0, 112, 192) text-decoration: underline " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-1-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 医疗 /strong /span /a 技术，并将在3年时间内建设30个基因检测技术应用示范中心，快速推进基因检测临床应用以及基因检测仪器试剂的国产化 此外地方发改委还参与基因检测项目的定价，例如四川发改委定价无创产前2400元/次。 /p p 　　(二)卫计委 /p p 　　主要是对开展基因检测机构的资质进行审查和规范，具体由三个部分监管，分别是医政医改局、妇幼司、临检中心：医政医改局先后发布遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断、肿瘤诊断与治疗这四个专业的第一批基因测序临床试点名单，《药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)》，《肿瘤个体化治疗检测技术指南(试行)》等规范 妇幼司则针对产前检测在医政医改局试点名单的基础上增加了108家医疗服务机构开展NIPT高通量测序技术临床试点，并审核通过13家机构开展植入前胚胎遗传学诊断临床试点 临检中心的职责是承担临床检验质量管理与控制工作，运行全国临床检验室间质量评价计划，建立、应用临床检验参考系统，对开展基因检测服务的医学实验室进行评估和验收，例如。 /p p 　　(三)CFDA /p p 　　对基因检测链上的仪器、试剂、分析软件进行监管，例如EGFR、KRAS、BRAF、C-KIT、CYP2C9、CYP2C19等基因的检测试剂盒、基因芯片等 在高通量测序方面，CFDA先后批准了几款应用于NIPT的测序仪和检测试剂，但是在肿瘤的诊断方面，目前还没有高通量测序仪和高通量检测试剂盒获批，试点单位只能以自制试剂(LDTs)的形式开展检测。 /p p 　　 strong 技术的监管 /strong /p p 　　基因检测中的技术平台主要有PCR(qPCR、ddPCR)、FISH(荧光原位杂交技术)、基因芯片、测序(一代测序、高通量测序)，目前除高通量测序临床服务制订了限制政策，只有试点单位才能出具临检报告，其他基因检测技术，如PCR、FISH、一代测序等的使用没有限制，临检单位只要通过了PCR实验室、病理学实验室认证就可以应用这些技术。 /p p 　　 strong 机构的监管 /strong /p p 　　什么样的机构能够开展高通量测序临床服务?除了医政医改局和妇幼司发布的试点高通量基因测序技术临床试点单位名单外，还有卫计委批准的“个体化医学检测试点单位“(业内常简称为LDT试点)，首批试点单位包括中南大学湘雅医学检验所、北京博奥医学检验所和中国医科大学第一附属医院这3家机构，个体化医学检测试点的广度和范畴，要高于高通量基因测序试点 此外还有一些地方卫生部门所批准成立的检验所，例如“南京高新精准医学检验所”。但是即使没有这些资质，测序服务机构也能以科研报告的形式提供检测服务(规避医学检验的限制)，或者与试点医院成立联合实验室，享受利润分成。这些都折射出当前我国基因行业监管的不成熟，美国临检机构采取的是CLIA/CAP认证的形式，很大可能我国未来也会采取类似的认证资质。 /p p 　　 strong 应用领域的监管 /strong /p p 　　目前高通量测序临床上的应用还只能试点应用于遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断和肿瘤诊断与治疗四个专业方向。但是在心血管领域、感染性疾病、肠道微生物宏基因组学等领域，二代测序都有良好的应用前景，当前的临床高通量测序试点只是LDT试点在某个专业方向的具体应用，未来应用领域会越来越广。 /p p 　　 strong 仪器试剂的监管 /strong /p p 　　由CFDA进行审批，高通量测序中需要申报的有测序仪(绑定上机试剂)、建库试剂盒、检测试剂盒、分析软件等。NIPT方面，CFDA先后批准了华大基因(BGISEQ-100基于life的IonTorrent技术、BGISEQ-1000基于华大基因之前收购的CompleteGenomics的测序技术)、达安基因(002030)(DAProton基于life的IonTorrent技术)、博奥生物(BioelectronSeq4000基于life的IonTorrent技术)、贝瑞和康(与Illumina合作的NextSeqCN500)的NIPT二代基因测序仪和配套试剂(13、18、21号染色体三体检测试剂盒、上机测序试剂) 在肿瘤方面，目前目前还没有高通量测序仪和高通量检测试剂盒获批，试点单位只能以自制试剂(LDTs)的形式开展检测服务。从长远来看，多目标基因panel(几十上百个基因或靶点)高通量检测试剂盒基本没有获批的可能，因为位点突变率很低，很难找到足够的病人开展临床试验，并且检测结果也无法去验证，所以这类试剂盒只能以LTDs的形式在临检实验室使用，无法外售 而少量目标基因(数个基因，少量突变位点)的检测试剂盒可能会被CFDA审批，但是从检测成本来说，少量目标基因的检测成本不会比多目标基因检测低，所以终端价格相差不大，当与多目标基因panel一起进行市场推广的时候，并不具有优势。 /p

日前，索尼宣布成立基因组研究公司--P5 Inc。其中公司成员有由索尼持大额股份的医疗公司M3、美国基因序列设备生产商Illumina。P5 Inc的基因组分析服务将最先在其本土市场--日本推出。索尼公司表示，他们希望未来能够通过基因组数据和医疗信息这两大板块为消费者提供个人化的保健服务，还可用于开发新的治疗方法以及确定疾病的起源和可能患病的机率。　　 　　现在，索尼开始慢慢把重心迁向了医疗领域。现任索尼CEO平井一夫早在接管这家公司的时候就曾宣布了将把医疗作为公司未来核心产业发展的计划。2013年4月，索尼出资6.44亿美元与奥林巴斯共同成立了医学成像公司，以推动4K和3D内窥镜等技术的发展。（编译：刘丰秋）

有很高比例的非洲裔、欧洲裔以及拉丁裔美国人的祖先来自于其自我认同以外的种族。图片来源：《美国人类遗传学杂志》 在美国，几乎没有一个人能够追溯到自己的祖先只来自于一个地方。根据一项新的研究，对很多人来说，他们的过去可能会让人感到惊讶。 研究人员已经发现，有很高比例的非洲裔、欧洲裔以及拉丁裔美国人的祖先来自于其自我认同以外的种族。例如，一般而言，非洲裔美国人的基因组包含有1/4的欧洲人血统；而几乎4%的欧洲裔美国人拥有非洲人祖先。 这项研究的高级主管、加利福尼亚州山景城23andMe公司遗传学家Joanna Mountain指出，直到最近，&ldquo 人类种群遗传学家一直倾向于忽略美国&rdquo 。（该公司为此项研究提供了基因测试。） Mountain说，考虑到其来自全世界的悠久的移民史，这个国家&ldquo 被认为在遗传学方面是混乱不堪的&rdquo 。但Mountain和她的同事认为他们可能有一个机会破译美国人复杂的基因血统。研究人员的秘密武器就是23andMe公司的巨大遗传信息数据库。 如果一个人报名参加23andMe公司的基因分析项目，他们便可以选择是否让自己的数据用于研究。当Mountain的团队为这项研究编辑数据库时，23andMe公司已拥有50万名客户，并且大约80% 的人同意将自己的信息用于此类研究。新论文第一作者、23andMe公司人类遗传学家Katarzyna Bryc指出，这使得用于该项研究的数据集比通常用于分析人口混合的数据量&ldquo 大了一个数量级&rdquo 。 研究人员从美国3个最大族群&mdash &mdash 欧洲裔、非洲裔和拉丁裔美国人&mdash &mdash 的遗传祖先入手。这些分类基于23andMe公司的客户对自己的定义。但就像人们预期的那样，在一个国家中，数百年来，不同的族群相遇并繁衍，种族之间的遗传界限已相当模糊。 Bryc解释说：&ldquo 你会在一个种族中看到所有不同的祖先。&rdquo 例如，一般一个非洲裔美国人的基因组包含73.2%的非洲人、24%欧洲人及0.8%印第安人 的血统。与此同时，拉丁裔美国人平均有18%印第安人、65.1%欧洲人（主要来自伊比利亚半岛）及6.2%非洲人的血统。 研究人员日前在《美国人类遗传学杂志》网络版上报告了这一研究成果。 尽管平均值可能存在变化，但至少3.5%的欧洲裔美国人拥有非洲祖先。在南卡罗来纳州和路易斯安那州，约12%的欧洲裔美国人至少有1%的非洲血统。同时在路易斯安那州，约8%的欧洲裔美国人至少拥有1%的印第安人祖先。 并未参与该项研究的加利福尼亚州帕洛阿尔托市斯坦福大学人口遗传学家Andres Moreno-Estrada认为，新研究是&ldquo 一项非常出色的工作&rdquo 。他说：&ldquo 与美洲的其他国家相比，美国拥有一个非常特殊的遗传印记。&rdquo

2013年2月28日，由Life Technologies主办的2013年大中华区测序与基因分析高峰论坛(Genetic Analysis Solution Summit)在深圳隆重召开。这次一年一度的会议，汇集了最尖端的基因测序仪器及技术，来自海内外各地相关领域的专家和学者汇聚一堂，在此次大会上各抒己见，对测序和基因分析的热点话题进行了分享和讨论。 　　2013年，既是DNA双螺旋结构被发现60周年，也是PCR被发明30周年。此次论坛便以这两个划时代的发现作为主题，纪念这些划时代的突破。Life Technologies旗下的Ion Torrent在此次会议上发布了最新Ion Torrent ProtonTM的数据。另外，不同领域的13位国内外嘉宾纷纷分享了使用Ion Torrent PGMTM(Personal Genome Machine，个人化操作基因组测序仪)在来自植物、细菌、心血管和肿瘤等领域的例子。而Ampliseq试剂盒在使用中显现出快速、准确、高效、定制等优势，受到研究人员的一致好评。PGM所具备的快速、精准、可定制的特点，也在科研领域显示出了不可估量的应用潜力。 　　除了Ion Torrent 以外，Life Technologies旗下Applied Biosystems另一款全新产品也在此次会议上闪亮登场。Life Technologies高级产品经理Giambattisa Selvaggi在此次会议上隆重推出今年将要推出的QuantStudioTM 3D。作为今年的全新产品，QuantStudio TM 3D在一次运转中可以读取多达2万个数据，满足了大多数数字PCR应用的需求。此外，以芯片为基础的平台也最大程度地避免了DNA的丢失和样品的污染，为科研的准确性和效率提供保障。 　　会议上，来自全球各地下一代测序领域的专家云集一堂，交流了在使用Ion Torrent和QuantStudio产品后的心得和成果。会上内容精彩，互动热烈，在场听众对Life Technologies的产品表现出了浓厚的兴趣和好感。　　 来自海内外的学者嘉宾欢聚一堂，合影留念 　　Life Technologies大中华区销售总监Dale Patterson先生在大会讲话 　　 　　会场内学者云集，全神贯注　　 　　Life Technologies大中华区市场部总监赵瑞林博士为大会开幕致辞　　 　　到会学者嘉宾在Ion Torrent 样机前合影

p style=" text-align: center " img title=" 20170815021406938.jpeg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/c16aef1a-48bf-40f9-94ee-47803ed7e7ca.jpg" / /p p 　　IBM与纽约基因组研究中心(NYGC)针对数十个脑部癌症患者的基因组学进行了研究，报告显示IBM Watson仅用10分钟时间就完成对脑癌患者基因组的分析，但人类专家需要用160个小时来完成同样的工作。但IBM Watson提出的治疗方案并没有人类专家的方案精确周到。 /p p 　　本文主要分析研究中解决的两个问题：1)是否扫描整个基因组比只进行“基因面板”测试得到的信息更全面 2)将IBM Waston和NYGC专家团队所做的基因组分析进行比较。 /p p 　　本文来源于spectrum.ieee.org，作者Eliza Strickland 由亿欧编译。 /p p 　　在治疗脑部癌症的时候，时间是至关重要的。 /p p 　　IBM与纽约基因组研究中心(NYGC)针对数十个脑部癌症患者的基因组学进行了研究，该研究报告显示IBM Watson仅用10分钟时间就完成对脑癌患者基因组的分析，并提出了一项治疗计划，这展示了人工智能在改善病人护理方面的潜力。然而，人类专家需要耗费160个小时做出类似的计划。虽然Waston在时间方面领先，但其治疗意见和效果可能并不是最佳的，因此这并不意味着机器将完全战胜人类。 /p p 　　该研究基于以下案例。一名患有头痛和行动困难症状的76岁男子去医院检查，脑部扫描显示为恶性胶质母细胞瘤，于是医生快速实施治疗计划。IBM Waston和医生都对该男子的基因组进行了分析，并分别提出了一项治疗方案，但不幸的是，该男子病情恶化太快，不久后便去世了。 /p p 　　IBM不断致力于优化其认知技术平台Waston，以应对医疗方面的多重挑战，包括加快药物研发速度，以及提高患者护理方法，其特点是其自然语言处理能力。因此，在基因组学方面，Waston可以自行查阅来自医疗文献及其他来源的2300万篇期刊文献，并进行消化理解。Watson基因组学科研团队的负责人Laxmi Parida表示，大多数癌症患者在检查基因突变时，并没有扫描体内的整个基因组(包括30亿个DNA单位)，而是只进行“基因面板”测试，即只检查那些在已知癌症中起作用的基因子集。相对于全基因组检测，“基因面板”测试快速，但结果可能并不全面。 /p p 　　这项新研究发表在《神经遗传学》杂志上，并引用上述76岁患者的案例来阐述以下两个问题。 /p p 　　首先，研究人员想知道是否扫描整个基因组比只进行“基因面板”测试得到的信息更全面呢?Parida说：“我们试图解答这个问题，是否全基因组检测会得到更多有用的信息?”这个问题的答案是肯定的。NYGC的临床医生和Waston发现，那些不在“基因面板”测试范围内的基因突变有助于为找到潜在药物和临床试验提供建议。 /p p 　　其次，研究人员希望将IBM Waston和NYGC专家团队所做的基因组分析进行比较。Waston和NYGC专家团队都获得了病人的基因组信息，并识别出了突变的基因，然后通过医学文献来检查这些突变是否在其他癌症中有所出现，继而寻找治疗成功的相关报告，最终检查患者是否具备临床试验的条件。专家团队花费160个小时来完成这一系列操作，而Waston则在10分钟内完成。 /p p 　　尽管Waston率先提出解决方案，但其方案可能不是最好的。NYGC的临床医生发现了两种基因突变，综合考虑来看，医生建议患者参与临床试验。如果患者具备参与临床试验的条件，他就会被纳入这个实验，作为其生存的最佳机会。但Waston并没有综合考虑这些信息，因此Waston没有建议患者进行临床试验。 /p p 　　虽然人们很容易把这项研究看作是人类和人工智能之间的竞争，但NYGC的负责人兼首席研究员Robert Darnell并不这样认为，他表示：“NYGC提供了肿瘤学家和生物学家的临床输入，但Waston提供的注释使分析更加快速。” /p p 　　Robert Darnell表示，医生需要像Waston这样的人工智能工具，才能跟上医疗数据的迅猛增长。IBM的Parida指出，近年来，全基因组测序成本直线下降，这使得全基因组测序将很快成为癌症治疗的常规部分。如果IBM Watson或类似的人工智能系统能够迅速获得这些数据，那么他们就有机会及时提供治疗建议，以挽救类似脑癌患者的生命。 /p p 　　Darnell表示，他希望IBM Waston将成为癌症治疗的一个常规部分，因为临床医生需要处理的数据实在是太庞大了。他说：“我认为，让医生投入更多的精力来处理雪崩一样的数据不是很好的选择。时间对患者来说是非常重要的一个因素，机器学习和自然语言处理工具或许能够提供更多有价值的东西。” /p p /p

据知情人士透露，日本消费电子巨头索尼(Sony)公司计划与 Illumina 成立一家合资企业，并推出人类基因组分析业务。这家合资企业将在日本开展基因组信息分析，并向制药公司出售数据库中的信息。索尼公司目前已将医疗领域作为核心业务。 　　这家合资企业将由索尼的子公司 M3 与 Illumina 合作成立。它将利用 Illumina 的测序仪器对医院及其他医疗机构提供的血液样本进行分析。此外，它还会积累来自患者个体的分析数据，并出售给制药公司、科研院所及其他机构。 　　实际上，去年 10 月，索尼总裁平井一夫(Kazuo Hirai)就宣布，到 2020 年之前，该公司医疗业务的销售额将从目前的数百亿日元提高到 2000 亿日元(折合 20.4 亿美元)。 　　基因组信息分析将为索尼的医疗部门带来快速扩张的机会。它目前的应用也在不断扩展，如预测个体是否有可能罹患疾病。之前，好莱坞明星安吉丽娜&bull 朱莉通过基因检测发现她患上乳腺癌的风险较高，故接受了双侧乳腺切除术。 　　在日本，基因组分析目前主要由理化学研究所(Riken national research institute)及其他大型研究机构来开展。理化学研究所的一位高级官员表示，越来越多的公司将也有可能开展基因组分析业务。 　　&ldquo 多亏了先进设备的引入，基因组分析才变得更加容易开展，&rdquo Riken基因组网络分析支持项目的主管 Naoto Kondo 谈道。 　　索尼子公司 M3 为医生提供医学论文的信息及其他服务，目前在日本已有一些固定的客户。利用 M3 的知名度和坚实的客户基础，索尼希望其新业务能收到尽可能多的订单。 　　因传统电子业务的增长空间有限，索尼等电子巨头也开始进军新的市场，希望能够找到新的利润增长点。医疗器械等领域便成为他们主攻的方向之一。 　　今年 4 月，索尼和奥林巴斯共同宣布成立索尼奥林巴斯医疗解决方案公司。新公司注册资金 5000 万日元，由索尼控股 51%，奥林巴斯持股 49%，旨在整合索尼在数码影像等电子领域的技术与奥林巴斯的镜头光学技术及其在医疗产品领域的制造和研发经验，从事创新医疗产品的研发、设计、生产和营销。

据日本媒体报道，索尼公司计划与Illumina成立一家合资企业，并推出人类基因组分析业务。 　　据知情人士透露，这家合资企业将在日本开展基因组信息分析，并向制药公司出售数据库中的信息。索尼公司目前已将医疗领域作为核心业务。 　　这家合资企业将由索尼的子公司M3与Illumina合作成立。它将利用Illumina的测序仪器对医院及其他医疗机构提供的血液样本进行分析。此外，它还会积累来自患者个体的分析数据，并出售给制药公司、科研院所及其他机构。 　　实际上，去年10月，索尼总裁平井一夫(Kazuo Hirai)就宣布，到2020年之前，该公司医疗业务的销售额将从目前的数百亿日元提高到2000亿日元(折合20.4亿美元)。 　　基因组信息分析将为索尼的医疗部门带来快速扩张的机会。它目前的应用也在不断扩展，如预测个体是否有可能罹患疾病。之前，好莱坞明星安吉丽娜&bull 朱莉通过基因检测发现她患上乳腺癌的风险较高，故接受了双侧乳腺切除术。　　在日本，基因组分析目前主要由理化学研究所(Riken national research institute)及其他大型研究机构来开展。理化学研究所的一位高级官员表示，越来越多的公司将也有可能开展基因组分析业务。 　　&ldquo 多亏了先进设备的引入，基因组分析才变得更加容易开展，&rdquo Riken基因组网络分析支持项目的主管Naoto Kondo谈道。 　　索尼子公司M3为医生提供医学论文的信息及其他服务，目前在日本已有一些固定的客户。利用M3的知名度和坚实的客户基础，索尼希望其新业务能收到尽可能多的订单。 　　因传统电子业务的增长空间有限，索尼等电子巨头也开始进军新的市场，希望能够找到新的利润增长点。医疗器械等领域便成为他们主攻的方向之一。 　　今年4月，索尼和奥林巴斯共同宣布成立索尼奥林巴斯医疗解决方案公司。新公司注册资金5000万日元，由索尼控股51%，奥林巴斯持股49%，旨在整合索尼在数码影像等电子领域的技术与奥林巴斯的镜头光学技术及其在医疗产品领域的制造和研发经验，从事创新医疗产品的研发、设计、生产和营销。

AAV载体因其感染效率高、宿主细胞范围广、免疫源性低等优势一直以来备受基因疗治领域青睐，截至日前，国内已有近20项AAV基因疗法申请或已获批临床试验。随着越来越多的AAV基因治疗产品步入IND，AAV生产的CMC（Chemistry, Manufacturing and Controls）也倍受关注，如何确保产品的安全性和有效性始终是质量控制的核心，也是监管机构审核的重心。2022年5月，国家药品监督管理局药品审评中心(CDE)发布了《体内基因治疗产品药学研究与评价技术指导原则（试行）》(以下简称《指导原则》)，对基因治疗产品的质量属性分析给出了系列指导，鼓励基于“质量源于设计”(QbD)的研发理念，建立全过程的质量控制体系和全生命周期的管理理念；通过全面的质量研究确认产品的关键质量属性(Critical quality attributes, CQA)，同时采用原理互补的不同分析方法进行研究。常见的质量研究项目包括(但不限于)：鉴别、结构分析、生物学活性、纯度、杂质、含量、感染效率、一般理化特性等。本文将结合以上《指导原则》，对AAV生产过程中的CQA以及常用表征分析方法进行系统介绍。鉴别与结构分析对AAV载体的鉴别可以从AAV基因组序列、衣壳蛋白鉴定以及完整病毒颗粒鉴定等不同水平进行。• 限制性内切酶本酶切图谱分析、聚合酶链式反应（PCR）、逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）和核酸序列测定可用于确认病毒基因组、目的基因和相关的调控序列；同时要注意观察突变位点对遗传稳定性的影响；• 十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）和蛋白免疫印迹(western blot)可用于对衣壳蛋白VP1/2/3进行鉴定；• 镜下结构分析、颗粒大小分布、折光度分析等方法可用于对结构蛋白的表达和病毒颗粒的组装进行确认。含量与生物学活性产品含量即病毒数量，统一用“滴度”作为指标，包括病毒颗粒滴度(总颗粒数)、基因组滴度(基因组拷贝数)、结构蛋白含量、感染性滴度(感染性颗粒数)等不同类型。最终产品的规格或剂量一般以病毒颗粒滴度或基因组滴度表示，同时通过控制感染性滴度以及感染性颗粒的比率保证活性病毒颗粒的数量，从而在保证产品疗效的同时能有效控制产品的免疫原性风险。病毒颗粒滴度，也称为衣壳滴度，是以AAV颗粒作为计量单位，其中不免会存在空壳AAV颗粒，所以在生产工艺中对空衣壳进行有效分离与纯化是必不可少的关键步骤。酶联免疫吸附试验(ELISA)、透射电镜(TEM)、高效液相色谱(HPLC)、分析型超速离心技术(AUC)等是常见的测定方法，其中TEM与AUC一般只用来检测空壳AAV颗粒滴度与实心AAV颗粒滴度的比值。基因组滴度测定的是含目标基因组的AAV浓度，理论上应该与感染性滴度呈线性关系，主要的测定方法有有PCR法、点杂交法（Dot-blot）和分光光度法等。对病毒物理滴度的测定也是反映产品生物活性的方法之一，除此之外，还需用敏感细胞或靶向细胞测定其感染能力和目标产物表达能力以表征产品效力。感染性滴度用于确定AAV目的基因组是否转移到细胞核并进行复制，这是AAV成功表达基因治疗产物的前提，也是反映产品质量和临床有效性的重要指标。目前最广泛使用的测定方法是采用半数组织培养感染剂量法（TCID50）来进行细胞体外感染。但是该方法精密度差，变异系数大，其中辅助病毒的稳定性、细胞类型、细胞数量、PCR引物体系、实验人员的操作等众多因素都会影响其定量数据，因此，对实验环境、实验参数控制等要求较高，所以目前国内大多数AAV基因治疗研发企业并不具备用TCID50进行感染滴度检测的能力。作为致力于基因治疗技术的开发和应用的CDMO服务商， 宜明细胞不仅拥有TCID50检测技术，并且不断优化完善，迄今为止已成功助力多家企业完成AAV产品批放行检测，用于IND申报以及（研究者发起的临床试验研究用的）临床级别AAV产品放行。纯度与杂质在AAV生产下游，通常会有一系列纯化工艺对AAV载体原液中可能包含的各类杂质与污染物进行层层过滤与清除。这些杂质大体来自三个方面：产品相关杂质、工艺相关杂质以及其他微生物或相关组分。为控制产品质量，除纯化工艺之外，还需对其中会影响产品安全性和有效性的CQA进行表征分析，以保证其在限定范围内。在产品相关杂质中，《指导原则》特别指出需关注“可复制型病毒”对产品安全性的潜在风险，并建议将可复制型腺病毒 （Replication-Competent Adenovirus，RCA）控制在 1 RCA/3 ×1010VP （Viral particals）以内。复制型腺相关病毒(rcAAV)是AAV生产过程中的一项产品相关杂质，属于一种错误包装的病毒，其形成主要源自于AAV载体质粒和辅助质粒间发生了同源/非同源重组，其在辅助病毒存在的条件下可以进行复制扩增。目前，rcAAV常见的检测方法是在辅助病毒存在下使用敏感细胞进行多轮感染扩增，细胞裂解后再进行基因组提取，最后采用DNA免疫印迹法(Southern blot)和qPCR法测定rep(调节基因) 或cap(结构基因) 。在现阶段，使用qPCR法检测rcAAV限度值的居多。宜明细胞采用qPCR法并已建立了完善的rcAAV检测体系，目前已完成了多种血清型的检测方法开发，rcAAV含量检测结果均低于控制标准。▲ 不同血清型rcAAV含量检测结果除rcAAV外，空壳病毒颗粒是众所周知的一项重要的产品相关杂质，它不仅影响AAV产品的效力，并且会在患者体内产生免疫原性，可能带来致命风险。因此，除了纯化方法，AAV空壳率的表征检测技术也十分关键。AAV空壳率的常见表征技术包括分析超速离心技术(AUC)、阴离子交换色谱法(AEC)、TEM、毛细管凝胶电泳、qPCR、酶联免疫吸附试验(ELISA)、光密度法(OD)等常用技术。TEM常用于检测AAV样品空壳率、聚集和纯度等指标。这一方法样品制备简单，结果直观。但是TEM因其低通量、周转时间长以及具有挑战性的图像分析而受限。因此，在宜明细胞，TEM的结果常用于参考数据，与其他正交验证方法 (AEC、AUC等)一起评估。AEC基于不同衣壳亚型的等电点差异，可以分离多种血清型空衣壳颗粒和完整衣壳颗粒。AEC具有较高的重复性以及中等精确度，其高通量和可重复性非常适于在大规模工艺开发中常规使用。▲AEC：分离空壳与完整衣壳(数据源自:宜明细胞)其中AUC因其远高于其他技术手段的分辨率，被业界视为检测空壳率的金标准，是测定聚合物，量化空衣壳、部分完整衣壳和完整衣壳相对含量的重要手段。▲ Optima AUC（图片源于宜明细胞）但是考虑到AUC的低通量、周转时间长以及对测试样品的量和纯度要求高等原因，AUC更适合作为正交方法来验证其它更快但是分辨率较低的方法，比如AEC。宜明细胞的空壳率检测平台可完成AAV一站式自主检测，可高精准度、全面地（可覆盖各个血清型）表征AAV的空壳产品，大幅度提高空壳率方法学验证能力和放行检测的速度，确保高品质AAV产品的持续稳定供应，同时也可以为业内类似产品提供检测服务。▲AAV样品的AUC沉降系数分布(数据A源自:DOI: 10.1016/j.omtm.2019.09.006 数据B源自: 宜明细胞)。图中各字母代表含义：E，空衣壳60s；P，部分完整衣壳60-100s F,完整衣100s；X,不明物此外，宜明细胞还使用毛细管凝胶电泳结合激光诱发的荧光检测方法来检测AVV生产过程中的残留物，这种方法组合可以看到非常微量的残留片段的大小，与相应标准的标准品进行对照具有很好的检测限。另外，在AAV制造和纯化过程中还容易出现病毒聚集体，聚集体可能会降低病毒的感染滴度，从而降低产品功效，同时还会增加免疫原性风险。常用的检测方法包括A320/A260比值、动态光散射（DLS）、电子显微镜、场流分离-多角度激光光散射、差分离心沉降法（DCS）、纳米颗粒跟踪分析等。在工艺相关杂质中，宿主细胞DNA是一项关键的质量分析对象，需对其残留量和残留片段大小进行控制。根据《指导原则》建议，尽量将残留 DNA 控制在10ng/剂以内，DNA残留片段的大小控制在200bp以下。常用的检测方法有Southern blot、PicoGreen染色和定量PCR等，如果基因载体和宿主细胞DNA有同源序列，则建议使用特异性更好的定量PCR法。总而言之，产品纯度与产品的安全性息息相关，也是监管机构在审批过程的重点关注对象。对企业来说，一方面要不断优化生产工艺，基于风险控制来设计和选择工艺技术与生产原料，同时另一方面建立灵敏有效的CQA表征分析方法与相应的质量标准，进而对影响这些质量属性的关键工艺参数进行把控。鉴于生物药物的复杂性，对于同一质量属性，通常需要至少三种基于不同原理的方法进行交叉验证，以确保数据的准确性和可靠性，并且建议尽量在临床试验开展前完成方法学的开发和验证。总结AAV生产的质量控制贯穿于整个产品生命周期。临床申报阶段、临床试验阶段以及上市申请阶段，对工艺开发与产品质量属性都有不同侧重的要求，即使上市后生产工艺依然需要持续验证和优化，以更好地保证产品质量及质量稳定性。与专注于药物研发的生物制药公司相比，成熟的CDMO企业无论是在工艺开发与设计、产品质量控制，还是申报材料的准备与沟通上，都具备更充足的资源与更丰富的经验。宜明细胞作为一站式基因治疗药物CDMO服务平台，配置有严谨的质量保证与专业的质量控制团队，能够满足所有GMP AAV项目的检测要求。在宜明细胞服务的客户中，既有处于临床前研究阶段的，也有在进行新药临床试验申请的，或是进行临床1-2期生产的，宜明细胞均可根据客户需求提供定制服务，包括细胞库建库、工艺开发、方法学开发、稳定性研究，中试批生产等。宜明细胞在其质量管理体系中搭建了完整的文件管理体系，GMP文件数量超过千份，包含详细的技术标准资料、标准管理规程、标准操作规程和系统的记录性文件，用以保证生产过程的均一性、可复制性和可追溯性，这也是宜明细胞能够快速协助基因药物企业获得临床审批的重要原因之一。

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项目编号：0705-224002028113项目名称：复旦大学基因多维空间分析仪采购国际招标预算金额：325.0000000 万元（人民币）最高限价（如有）：318.5000000 万元（人民币）采购需求：1、招标条件项目概况：基因多维空间分析仪采购资金到位或资金来源落实情况：本次招标所需的资金来源已经落实项目已具备招标条件的说明：已具备招标条件2、招标内容：招标项目编号：0705-224002028113招标项目名称：基因多维空间分析仪采购项目实施地点：中国上海市招标产品列表(主要设备)：序号产品名称数量简要技术规格备注1基因多维空间分析仪1套RNA分析重数大于等于1000重预算金额：人民币325万元 最高限价：人民币318.5万元 合同履行期限：签订合同后4个月内合同履行期限：签订合同后4个月内本项目( 不接受 )联合体投标。

热门话题探讨：基因毒性杂质分析策略欢迎参加网上在线讲座 内容简介：杂质分析是药物研发、报批、QA/QC等环节均十分重要的工作。基因毒性杂质相对于常规杂质而言，其特点是在很低浓度时即可造成人体遗传物质的损伤，进而导致基因突变并可能促使肿瘤发生。本次讲座将立足有机质谱平台（含GCMS和LCMS），介绍安捷伦在基因毒性杂质分析方面的多种应对策略。 主讲人介绍：张政祥，应用工程师 会议时间：2016年1月12日（星期二）北京时间10:00-11:00 am 点击链接进行注册，参加此次讨论http://www.antpedia.com/webinar/86976.html

人类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学的研究团队开发了可用于百万级生物样本库的全基因组关联研究的分析工具，相关成果在《Nature Genetics》发表，题为：A generalized linear mixed model association tool for biobank-scale data。　　随着近年来十万级、甚至百万级大型生物样本库的出现，目前的GWAS分析工具已不能满足数据分析的需求。该研究团队开发了一款高效的广义线性混合模型，克服了传统分析工具耗时长等缺点，并且对硬件的要求较低。研究人员通过对包含两百万人的模拟样本进行分析，发现这种工具预算效率最高时可达已有技术的36倍。利用这种工具分析英国生物样本库中的2989个疾病相关性状也验证了其稳健高效的特征，研究人员已将所有的关联分析结果共享到在线数据平台上以供生物医学类研究参考。　　此项成果不仅为超大型生物样本库关联分析研究提供了有力工具，也为揭示人类复杂疾病遗传奥秘带来了新希望。　　注：此研究成果摘自《Nature Genetics》，文章内容不代表本网站观点和立场。 　　论文链接：　　https://www.nature.com/articles/s41588-021-00954-4

对国际田径联合会(IAAF)一份泄露出来的报告进行的分析显示，每5000名运动员中，有800多人的血液测试结果同使用兴奋剂的症状一致，或者至少需要进一步的调查。2009年，IAAF引入“生物护照”——定期更新的运动员血液测量结果记录。　　不过，国际奥委会医学和科学委员会成员、来自英国布莱顿大学的Yannis Pitsiladis日前表示，最好将“生物护照”和更加精确的新型测试结合起来。他正在研发一种血液测试，能探测由诸如输血或有助于提高成绩的药物等血液兴奋剂触发的基因表达变化。　　Pitsiladis确认了同使用EPO—— 一种增加血液所能携带氧气量的激素——相关的基因变化，但他需要更多的资金寻找其他药物和掺杂技术的基因标记。　　另一种可能性是在血液样品之外测试头发样本。在谢菲尔德哈莱姆大学研究新药物测试方法的Tom Bassindale表示，尽管世界反兴奋剂组织目前并未允许这么做，但头发样本测试很有潜力，因为它能在更长的时间段内显示药物的使用。　　在英国，自2012年板球运动员Tom Maynard的死亡同毒品相关以来，测试头发样本以寻找娱乐毒品的蛛丝马迹在板球运动中已成为常规。

近日，市场研究和战略咨询公司DeciBio的研究者们通过对2012年至2015年间1000多篇论文和30篇专家采访进行了综合分析，结果表明：NGS的临床应用正处于快速增长阶段，目前主要应用在肿瘤、罕见疾病和NIPT领域。在肿瘤领域，NGS主要用于能实施靶向疗法的肿瘤(如乳腺癌、肺癌、结直肠癌)中，帮助优化疾病的诊断与治疗。总体来说，NGS临床应用的发展已超过预期，前景非常乐观。见图1。　　(图1)30位专家受访者情况　　测序仪　　对于测序仪产业而言，短期内，Illumina公司在NGS临床应用市场中仍处于主导地位 长期来看，NGS临床市场竞争日趋激烈，处于动态发展之中。纳米孔测序仪的精确性正在快速提高，并将带来颠覆性创新。鉴于其可扩展性，预测纳米孔测序仪的性能将很快能满足临床应用的需要，并有可能突破现有的技术(如边合成边测序技术)。部分受访专家表示对多种新型测序平台感兴趣(图2)。　　(图2)　　哈佛商学院教授 Clayton Christensen 提出颠覆性创新是一种与主流市场发展趋势背道而驰的创新活动，其颠覆威力极为强大，一般成果的企业都难以适应这类创新带来的挑战。　　而纳米孔测序具有潜在的颠覆性创新特征(图3)。　　(图3)　　临床应用　　通过对1285篇临床文献回顾，分析表明NGS不仅仅只应用于肿瘤和NIPT领域，还逐渐涉及病毒、微生物、免疫等研究领域。另外，全基因组测序、全外显子组测序仍是主要的应用手段，而靶向测序的使用份额正逐年大幅增加，见图4。　　(图4)　　部分专家认为未来5年临床肿瘤NGS检测的数量在一些顶级中心或增涨7倍。见图5。　　(图5)　　技术挑战　　大多数受访专家认为，NGS产业面临的挑战主要集中在上游和下游环节。上游环节包括：提高自动化的样品制备方案。例如，如何从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的样品以及液态活检样品中获得高质量的DNA。下游环节包括：提高意义不明突变的分析和报告质量，以及生物信息学解决方案。见图6。　　(图6)　　行业分工　　NGS快速增长的市场吸引了众多公司的参与。但提供测序技术的公司数量依然相对有限。提供样品制备、自动化或生物信息学解决方案的独立公司符合了市场的需求。尽管有多于150家公司提供DNA分析软件包，生物信息学的基础设施和分析工具仍不健全。 见图7。　　(图7)

WHO建议，预防EHEC感染，关键要把食物&ldquo 煮透&rdquo ，至少使食物中心的温度达到70℃。多位卫生专家也表示，勤洗手和对生鲜蔬菜采取严格的卫生措施，将有效预防EHEC的感染。 　　5月中旬，一种被称为EHEC(肠出血性大肠杆菌)耐抗生素细菌导致的疫情在德国北部集中暴发。 　　在过去一周内，共发现1000多例EHEC确诊或疑似病例，遍布德国16个州中的15个州，目前已证实有10人死亡。 　　EHEC疫情蔓延 　　5月15日，德国下萨克森州一位83岁老妇被发现有严重肠出血症状后，被紧急送往医院。21日，她在医院死去。不久之后，德国卫生部门证实，这位老妇被EHEC中的一种亚型感染。 　　情况还在恶化。5月24日早些时候，Bremen的一位年轻妇女也因感染EHEC在当地医院死亡 还有一位感染EHEC的妇女死亡原因尚不明朗。 　　不仅如此，目前感染EHEC的患者中，有40名重度患者情况不容乐观，他们不同程度地出现了肠出血、腹水和肾功能衰竭症状。 　　更可怕的是，此次流行的EHEC亚型是经过变异的耐抗生素细菌，疑似超级细菌。 　　&ldquo 当前的疫情超过了任何一次历史上的状况，EHEC从没有在德国如此集中暴发。&rdquo 来自基尔市石勒苏益格&mdash 荷尔施泰因(Schleswig-Holstein)医学院的生物学家Werner Solbach说。 　　事实上，德国每年大约有1000人感染此类细菌。然而最近一星期的感染人数，已经相当于过去一年的总和，且2/3是女性。 　　更令人担心的是，目前的疫情已经不限于德国。据德国媒体报道，与德国北部接壤的丹麦已出现一例初步确诊感染EHEC的病例和至少6例疑似病例。 　　不过，德国相关部门的反应速度值得称道。在不到半个月的时间里，卫生部门宣称找到了导致这次疫情的始作俑者。 　　5月24日，位于德国不伦瑞克的亥姆霍兹联合会传染病研究中心使用电子显微镜获得了此次感染的EHEC的电镜照片。而该国明斯特大学医院26日则宣布，此次疫情是由被称为&ldquo Husec41&rdquo 的EHEC亚型变异引起的。 　　同样是在26日，德国汉堡卫生研究所宣布，在产自西班牙的生鲜黄瓜中检测出了EHEC病菌，目前专家还无法排除其他食品携带这种病菌的可能性。 　　在德国北部，中国留学生秦涛(化名)则发现，他所在地区的超市已将所有来自西班牙的黄瓜下架。 　　看来，EHEC以蔬菜为传染媒介有迹可循。 　　从此前世界卫生组织(WHO)公布的研究资料来看，越来越多的EHEC暴发与食用水果和蔬菜(芽苗菜、生菜、凉拌卷心菜、色拉)有关，污染可能是由于种植或处理期间的某一阶段接触到了家畜或野生动物粪便所致。 　　中国疾控中心首席科学家曾光向《科学时报》记者表示，中国疾控中心肯定在密切关注德国的疫情。但此外，他并未透露更多信息。 　　中国机构出援手 　　&ldquo 汉堡大学医学院主动和华大基因研究院取得了联系。&rdquo 欧洲华大市场总监韩新华说。 　　原来，汉堡大学医学院计划通过对该致病性大肠杆菌进行DNA测序，从而了解菌种的变异信息。鉴于欧洲华大的测序能力在欧洲已有了一定的知名度，他们在第一时间寻求和中国伙伴的合作。 　　欧洲华大也作出承诺，不但会对这次发现的变种EHEC进行测序和基因组分析，而且不会收取任何费用。 　　&ldquo 我们将协助德国研究人员尽快找出致病原因、确定治疗方案，以便及时采取有效的措施，防止疫情进一步恶化。另外，也会为其在药物筛选、新药研发、后期预防等方面提供主要依据信息。&rdquo 韩新华说。 　　记者了解到，此次汉堡大学医学院委托的测序工作，将在中国深圳进行。在被问到什么时间可以公布结果时，韩新华称华大基因有几个不同级别的测序方案，但时间目前不好估计。 　　而一位不愿意透露姓名的专家告诉《科学时报》记者，大肠杆菌的基因组较小，测序在一天左右即可完成，加上序列拼接和基因组分析，&ldquo 时间可能在数天内&rdquo 。 　　EHEC的前生后世 　　作为大肠杆菌的一种，虽然EHEC可引起严重的食源性疾病，但大部分大肠杆菌是生存于人和温血动物肠道内的常见细菌，大多数菌株并无害。 　　EHEC属于大肠埃希氏菌，所导致的感染可以产生轻度腹泻、出血性肠炎(HC)、溶血性尿毒综合征(HUS)、血栓性血小板减少性紫癜(TTP)等。此次的变种亚型可引起较严重的溶血性尿毒综合征，并导致肾衰竭。 　　在此次疫情暴发之前，导致大规模疫病的EHEC多以O157：H7血清型菌株为主，它是一种能产生志贺毒素的大肠杆菌。 　　1996年，日本暴发EHEC疫情，造成9451人发病，似与学校午餐中食用污染的萝卜缨有关 2006年，美国也遭受过一次EHEC侵袭，造成1人死亡、14人肾脏损伤，至少94人因此住院治疗。 　　而这次，发生在德国的EHEC感染与以往都有不同。 　　据德国媒体报道，以往超过八成的EHEC病人都在18岁以下，而这次大部分患者是成年人，而且大部分是注重健康的女性。 　　韩新华告诉《科学时报》，欧洲华大的德方合作单位确认，抗生素对此次的EHEC病原几乎失效。 　　但中国疾控中心传染病研究所所长徐建国却有些不同意见。他告诉记者，EHEC对一些抗生素耐药很正常。但是不是几乎所有的抗生素都失效，则需要经过很严格的实验调查。 　　事实上，对几乎所有抗生素都耐药的细菌以NDM-1为代表，但是目前它只在医院中有较多感染，传播能力并不强。 　　不管如何，这种疑似&ldquo 超级细菌&rdquo 会致严重的疾病后果。WHO认为，规范的卫生习惯可预防很多食源性疾病病菌的传播。 　　WHO建议，预防EHEC感染，关键要把食物&ldquo 煮透&rdquo ，至少使食物中心的温度达到70℃。多位卫生专家也表示，勤洗手和对生鲜蔬菜采取严格的卫生措施，将有效预防EHEC的感染。

各相关单位：根据国家质检总局、国标委、民政部《团体标准管理规定》和《浙江省分析测试协会“浙江测试”团体标准管理办法》的有关规定，浙江省分析测试协会于2023年12月组织专家对《大豆转基因序列检测 高通量全基因组测序法》、《玉米转基因序列检测 高通量全基因组测序法》“浙江测试”团体标准进行立项论证，符合立项条件，现批准立项。请申报单位严格按照浙江省测试分析协会团体标准工作要求及专家意见，尽快组织相关单位进行标准编写，强化编制质量管理，确保按期完成编制任务。为使各立项标准的制定更具广泛性、更科学合理，欢迎与本标准有关的企业、科研机构、高等院校等相关单位加入标准的起草制定工作，有意参与标准起草制定工作的单位请与协会秘书处联系。联系方式：胡勇平 0571-85157210 zjtest@126.com协会地址：浙江省杭州市西湖区体育场路508号地矿科技大楼439/436 江省浙江省分析测试协会2023年12月8日计划公告-浙江省分析测试协会关于发布第十七批团体标准立项的公告.pdf