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基因定序

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基因定序相关的资讯

  • 可随身携带的基因定序仪售价仅1000美元
    p style=" text-align: center " & nbsp img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201802/insimg/843582ee-b116-4ca0-a4a9-12a08ebfb10c.jpg" title=" NewsDataAction.jpg" width=" 600" height=" 325" border=" 0" hspace=" 0" vspace=" 0" style=" width: 600px height: 325px " / /p p & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp 含有多达 30 亿硷基对的人类基因体,常用来当作测试& nbsp DNA& nbsp 定序设备的标准,尽管科技日新月异,重组基因体的过程就像拼凑一幅巨大拼图般艰难,不仅这些“拼图”数量惊人,还包含许多重复的长段序列。 /p p & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp 不过再怎么难解的问题似乎还是有解决的一天。英国一家名为“牛津纳米管科技”(Oxford Nanopore Technologies)的公司研发出一款称做& nbsp MinION& nbsp 的& nbsp DNA& nbsp 定序仪,大小如一台可放入口袋的智能手机,让使用者能随身携带,售价仅 1 千美元(2014& nbsp 年发行)。 /p p & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp 这意味科学家不需投入大笔花费或经由昂贵的实验室就能进行基因定序,这在以往简直无法想像,可说是自& nbsp 1990& nbsp 年开始破解人类基因体后最突破性的发展。 /p p & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp 据刊登于《自然─生物技术》期刊的一篇研究,来自美国圣塔克鲁兹基因体研究中心、国立人类基因体研究中心、伯明罕大学及其他学术机构的研究团队,使用& nbsp MinION& nbsp 定序比以往都要巨大的人类基因体片段,发现惊人的地方不仅在于仪器的迷你尺寸,还在于它读取长股& nbsp DNA& nbsp 序列的能力:一旦传送进设备的小洞并经过纳米管,MinION& nbsp 会以片段形式读取 4 种硷基组成的长股& nbsp DNA,可读取的硷基数目超过 120 万个,是一般定序法读取的 8 千倍之多,甚至达到& nbsp 99.88%& nbsp 的惊人准确率。 /p p & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp 论文共同作者米坦· 杰恩(Miten Jain)说:“可以读取长股& nbsp DNA& nbsp 是这项科技的一大优势。”来自英国诺丁汉大学的通讯作者马特· 罗斯(Matt Loose)则表示:“这是基因体学的里程碑,它将提供我们对基因体整体结构更清晰的轮廓。” /p p & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp 不过大家更重视的还是便利性,论文作者之一、伯明罕大学的尼可拉斯· 罗曼(Nicholas Loman)教授这么告诉& nbsp BBC& nbsp 新闻:“花大钱在实验室进行基因定序不再是我们唯一的选择,我们将有机会让基因定序纳入日常检测工具。除此之外,MinION& nbsp 还能侦测血液中可能诱发癌症的& nbsp DNA,并在放射性仪器检测到肿瘤之前就找到。” /p p & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp 有了如此强大的功能,再加上便利性,科学家有望为大众提供简易又能负担的定序仪器,正如其中一位共同作者安德鲁· 贝格斯(Andrew Beggs)所预测:“5 到 10 年间,基因定序就会和烧开水一样简单。”基因定序未来是否真能融入大众日常生活,就让我们拭目以待吧。 /p
  • 美制定癌症全基因测序图
    美国加州大学洛杉矶分校琼森综合癌症研究中心的科学家在1月29日的《公共科学图书馆· 遗传学》专刊上发表论文指出,他们首次完成了脑癌细胞系全基因组测序,这也是截至目前对单个癌症细胞系所做的最为彻底的测序分析。通过使用最新技术,此项测序工作得以在一个月内完成,测序成本大约为3.5万美元。   此项研究成果在朝向基于单个癌症之独特生物学签名的个性化治疗方面迈出了新的一步,其所揭示的新分子靶标将有助于开发出更具效力和更少毒性的药物。此项研究对于更好地找到监测脑癌复发的新方法也大有助益,便于医生更早地对脑癌的复发做出诊断和治疗。借助此项发现,临床医生还可测定脑癌细胞被灭活的准确时间,以防止过度使用药物对人体健康造成的损害。   测序工作是在名为U87的成胶质瘤细胞系上完成的,在全世界范围内有超过1000个实验室正在使用U87细胞系开展研究。之所以选择该细胞系,是因为目前对其的研究最为充分。此项测序工作将使那些从事细胞系研究的科学家们对他们的研究发现重新进行阐述,并促使他们提出新的前进方向。   此次测序工作揭示了几乎所有潜在的致癌染色体易位及导致该癌症发展的基因缺失和突变。研究人员从细胞系中取出遗传物质的长链,然后随机地将其截断。该癌症的数十亿个不同的DNA片段可由新一代测序技术同时进行读取,遗传物质经由10亿次以上的分析后就可确保结果具有高灵敏度和精确度。   研究人员表示,此一特殊的信息化工具使用了目前最为先进的技术,将大大提高基因分析工作的成效。以前,科学家无法了解发生在一个癌症中的大部分突变,因为它们是看不见的,而现在,这项新技术将允许科学家们监视每一种癌症,并对其基因组进行完全解码,如此科学家们就不会错失任何一个致癌突变。   知道了是哪些基因发生了突变并驱动了癌症的发展,临床医生就能选择最适于攻击癌症特定分子签名的疗法,从而给患者提供更有效的治疗。该测序工作还可展现出驱动癌症发展的分子异常,揭示出的靶标或将有助于开发出只针对癌细胞进行攻击同时又不损害健康细胞的新疗法。   研究人员还指出,有了癌症全基因测序图,科学家们就能开发出灵敏的分子检测仪,寻找仅可在癌细胞内发现的一个独特的基因突变。只要检测到此一突变即可判定癌症已复发,由此,患者就能在癌症复发的最早阶段得到积极治疗。反过来,这种检测方法也可用以判定癌症是否已被有效消除,从而及时中止有害人体的治疗手段。
  • 精准医疗计划正拟定 基因测序万亿蓝海开启
    中国证券报记者获悉,拥有全球最大的基因测序及数据分析技术平台的国家基因库正在深圳抓紧建设,平台每年产出的基因数据将占据全球过半市场份额。这一平台今后将对接生物、医药、新型农业等众多新兴产业,为百姓健康、生物制药、高效养殖等提供原始基因数据,并将催生总价值上万亿的市场,预计仅基因检测服务业在五年内就可以达到百亿级市场。  政策积极鼓励  国家卫计委科教司官员向中国证券报记者透露,国家卫计委最近会同科技部等部门,按照中央领导同志的批示,联合一批顶尖科学家,正在拟定中国版的精准医疗计划。  国家层面组织专家论证,一致认为现在开展精准医疗研究是整个医学界的重大机遇,要抓住这个机遇,按照中国的需求,提出有中国特色的研究和计划,搞好顶层设计,并进行系统谋划。据透露,精准医疗有望写入“十三五”规划,确定为重点突破领域。  据了解,最早提出精准医疗计划的国家是美国,今年2月由奥巴马在国情咨文中率先提出。国家相关部委获悉后形成专文报送中央,中央领导批示科技部及中国科学院北京基因组研究所牵头研究。  相关政府机构也屡次发文出台政策,鼓励精准医疗行业发展。5月10日,国务院发文取消造血干细胞移植、基因芯片诊断、免疫细胞治疗等第三类医疗技术临床应用准入审批。华大基因战略执行委员会朱岩梅表示,取消第三类医疗技术临床应用准入审批,引导第三类医疗技术临床应用监管从事前准入转为事后监管,将有助于激发医疗机构积极开展更多技术项目,推动精准医疗产业快速发展。  3月27日,我国发布了第一批肿瘤诊断与治疗项目高通量基因测序技术临床试点单位名单。同月,科技部召开国家首次精准医学战略专家会议,建议在2030年前在精准医疗领域投入600亿元,其中中央财政支付200亿元,企业和地方财政配套400亿元。  2014年3月,国家卫计委医管局发出开展高通量基因测序试点的通知,明确试点的项目包括产前筛查和产前诊断、遗传病诊断、肿瘤诊断与治疗、植入前胚胎遗传学诊断等。  中国医学科学院副院长詹启敏表示,当前,我国的临床医疗模式如同一座漂浮在水面上的冰山,人们看到的只是冰山一角,即临床实践仅局限于依靠病人主诉、临床症状、生理生化指标和影像学改变来确定疾病。实际上,水面下的冰山才更具危害性。在组织器官改变的下面,是大量的深层次分子生物学改变,包括遗传背景、变异、免疫和内分泌改变,这些是组织器官病变的主因,但我们却对此缺乏深刻的了解。以癌症早期诊断为例,发达国家的早期诊断率为50%以上,北欧甚至高达70%-80%,而中国却不足20%。中国的多数癌症诊断都是中晚期,治疗非常被动和盲目。  药企抢先布局  在一系列政策驱动下,精准医疗成为目前医药行业最大的热点,相关概念股受到资本市场高度关注。北陆药业年内迄今涨幅280%,新开源年内涨幅260%,达安基因年内涨幅210%̷̷这些公司都顶着精准医疗的光环。  精准医疗是个系统工程,大数据是基础,基因测序是工具,只有软硬件有机结合,才可能实现技术上的精准医疗。基因测序产业的竞争要素是技术、服务和渠道,门槛是数据库,落脚点在患者教育和科普过程。  上游测序技术上,Illumina的机器已接近顶峰。中游测序服务领域,本身壁垒较低,未来会出现超大规模的第三方检测工厂,实现规模效应,企业未来转型的出口是健康、医院、第三方医学检验。中游数据解读方面,未来市场格局将分为自行解读和外包解读两大阵营,外包解读将催化产业不断涌现出各种创新服务模式。至于数据库的建设,业内看好通过市场化的竞争,由企业投资整合资源来积累数据的途径。解读服务发展的催化剂在需求,落脚点在患者教育,医生和患者对基因检测认识越多,了解疾病机理的欲望就越强,数据挖掘的需求就越大。  下游临床应用上,人基因组与疾病筛查是必然趋势。肿瘤诊断作为第二大应用,个性化用药和早诊是必然发展方向。其他已经应用的领域主要包括:耳聋基因的筛查、罕见病筛查、地中海贫血、靶向药物伴随诊断。  A股上市公司中,除了知名度较高的达安基因、迪安诊断、新开源、千山药机、紫鑫药业、北陆药业外,仙琚制药子公司索元生物也定位精准医疗,通过独特的生物标志物平台技术指导临床“废弃”的创新药物研发再生,实现从零到数亿元的价值重建。  丽珠集团参股美国肿瘤精准治疗领导者Cynvenio,后者专门从事肿瘤基因检测服务,为采取高纯度提取循环肿瘤细胞群来进行DNA测序的领先企业。Cynvenio的重点产品ClearID能够在血流中检测乳腺癌病症,已被美国主流医疗保险公司覆盖。它还是FDA最早批准的肿瘤筛查公司,技术领先,其共同创立人中包括麦肯锡前合伙人、诺贝尔化学奖获得者。  值得重视的是,基因检测江湖中的“一哥”——华大基因,已于近期发布了创业板招股说明书。  肿瘤检测市场先行  国家卫计委医政医管局今年4月公布首批肿瘤高通量基因测序临床应用试点单位名单,意味着肿瘤病种的基因测序得到监管层首肯。  达安基因控股孙公司广州达安临床检验中心及迪安诊断全资子公司杭州迪安医学检验中心入选首批试点单位名单。卫计委指出,将通过试点,做好高通量基因测序技术的验证与评价,逐步完善相关技术规范,提高高通量基因测序技术在肿瘤诊断与治疗方面的应用和管理水平。除上述两家外,入选首批试点的单位还包括中山大学附属肿瘤医院、深圳华大临床检测中心等。  2006年我国第三次居民死亡原因抽样调查结果显示,30年来,乳腺癌死亡率上升了96%,而肺癌死亡率更是狂飙465%。根据《世界癌症报告》统计,2012年中国癌症发病人数为306.5万,约占全球发病的1/5;癌症死亡人数为220.5万,约占全球癌症死亡人数的1/4。对这类恶性疾病的治疗,一方面是加大治疗药物的研发突破,另一方面应从精准治疗角度进行治疗技术的突破。  业内人士介绍,当前的肿瘤治疗正逐渐从宏观层面对“症”用药向更微观的对基因用药转变,实现“同病异治”或“异病同治”,精准治疗已经成为肿瘤治疗的公认趋向。鉴于肿瘤基因测序的市场广阔的前景,继无创产前测序争夺战开展数年后,国内多家基因公司开始进入肿瘤检测市场,开始争夺这块大蛋糕。  此前,肿瘤个体化治疗仅由国家卫计委批准了中南大学湘雅医学检验所、北京博奥医学检验所和中国医科大学第一附属医院,三者皆为政府背景,开展进度缓慢。国家卫计委批准首批肿瘤高通量基因测序临床应用试点后,个别公司已先下手为强。华大基因旗下华大医学的进展最为快速,肿瘤检测即华大医学“生死战略”战略中的“死”战略之一。  华大医学的肿瘤套餐已于近日出炉并正在推向市场,目标客户既包括健康人群、高危人群,也可辅助治疗、预后监控。此套餐涉及肿瘤种类是目前中国市场上最为全面的。健康、高危人群适用于“遗传性肿瘤筛查”,包括男性15种、女性16种常见肿瘤的筛查,乳腺癌、卵巢癌、肺癌等常见癌症均在套餐范围内;罹患肿瘤的患者则适用于个体化治疗套餐,定位于针对性用药、预后复发监控等。
  • 东南大学研制新技术:1000美元一天搞定基因测序
    记者日前从第十一届设计与制造前沿国际会议上了解到,东南大学在第三代人类基因测序关键技术研制上取得重大进展,研究人员造出了只有头发丝1/30000左右粗细的小孔,让DNA中的碱基挨个通过小孔,通过给碱基&ldquo 量个头&rdquo 的方法来测定序列。这种新方法将原本要6个月的测序时间缩短到了24小时,费用也从500万美元降到了1000美元以下。利用这种技术,将来人们测基因序列,可能就像做血常规检查那么简单。   碱基   构成基因的&ldquo 字母&rdquo ,总是两两配对   在形成稳定螺旋结构的碱基对中共有4种不同碱基。根据它们英文名称的首字母分别称之为A(腺嘌呤)、T(胸腺嘧啶)、C(胞嘧啶)、G(鸟嘌呤)。每种碱基分别与另一种碱基的化学性质完全互补,通俗来说,就是A总与T配对,G总与C配对。这四种化学&ldquo 字母&rdquo 沿DNA骨架排列。&ldquo 字母&rdquo (碱基)的一种独特顺序就构成一个&ldquo 词&rdquo (基因)。   在DNA双螺旋结构中,碱基对就像&ldquo 拉链齿&rdquo   人类基因组共有23对染色体,其中22对为常染色体,还有一对性染色体X染色体或Y染色体,含有约30亿个碱基,组成大约20000到25000个基因。如果将DNA稳定的双螺旋结构看成拉链的话,四种碱基两两配对,每一对碱基就是拉链骨架上互相咬合的齿。它们的独特顺序就构成一个基因。   让碱基挨个通过&ldquo 小孔&rdquo 验明正身   东南大学机械工程学院陈云飞副院长介绍,基因实际上是DNA的一个片段,而基因的遗传信息其实就存贮在碱基的序列中。30亿个碱基排列略有变化,就有了人高矮胖瘦等分别。要完成全序列的基因测定,是个浩大的工程。第一代测序法用的是化学方法,要把长的基因打成很多段,然后进行荧光测定,第二代集成度高了,所以时间缩短很多,第三代测序的目标是更短的时间、更廉价的费用。为此,依托东南大学的江苏省微纳生物医疗器械设计与制造重点实验室从2006年就开始了相关的研究。   &ldquo 每个碱基的长度约为0.34纳米,30亿个碱基长度也就是1.03米。&rdquo 陈云飞副院长介绍,他们的物理测序方法,就是让这个总长度只有1米多实际上却浩浩荡荡的碱基队伍挨个通过一个纳米孔,然后给每个碱基&ldquo 量个头&rdquo 。这个原理是什么呢?&ldquo 4种碱基有的大小是不一样的。我们造出一个孔,让碱基挨个走过去,碱基个头不一样,引发的电流大小也就不一样。&rdquo 通过纳米孔传感器绘制电流变化,就能自动分辨出碱基的排列顺序了。   &ldquo 碱基&rdquo 被电极吸引,就像线穿过针眼   陈云飞副院长口中的这个孔,相当有技术含量。他们这个孔做到直径2纳米,在全世界都是领先水平。2纳米是个什么概念,陈云飞举了个例子,我们的一根头发丝是7万纳米,1纳米相当于头发丝直径的1/70000。东大研究人员选用的两种材料是石墨烯与氮化硼,这两种材料本身都是单层片状结构,只有零点几纳米厚,强度却是钢的1000倍。   有了小孔,碱基却不会主动&ldquo 钻&rdquo 小孔,那就得给碱基加点&ldquo 动力&rdquo 。&ldquo 我们将溶液用特殊的薄膜隔开,薄膜上集成的是纳米孔的阵列,在溶液的一边加正电极,一边加负电极,因为DNA本身带有负电,电极一起作用,DNA就会主动往正极方向跑。&rdquo 陈云飞说,只要DNA的&ldquo 头&rdquo 通过小孔了,原本&ldquo 蜷缩&rdquo 成一团的DNA就被&ldquo 拉直&rdquo ,DNA上的碱基也就能挨个&ldquo 量个头&rdquo 了,就像线被穿过针眼一样。东大从想法形成到做出这个原理样机,大约用了14年。   基因测序有多难?   要测30亿个碱基,第一代测定法花了12年   2003年人类基因组计划完成人体全序列的基因测定,历时长达12年,耗资达30亿美元。近两年第二代测序仪让人类基因组测序的时间缩短到了2-4周,价格也降到了500万美金,但这样的价格和时间,极大地限制了其临床应用和基础理论研究。于是,在2004年美国国家人类基因组研究所启动了&ldquo 千元基因组测序研究项目&rdquo ,目的是让人类基因组的测序的费用降到1000美元以下。   新测序法带来啥改变?   基因检查更快更便宜,可以&ldquo 私人定制&rdquo 药品   如今新技术能在24小时内完成对个体的基因测序,有了基因图谱,未来用药治病将可能迎来本质的改变。&ldquo 比如说,我们确定某种基因和某种疾病的关系,而患者本身就有这种基因,我们就能根据患者的基因图谱来制作针对这个患者的药品,个性化药物时代将到来。&rdquo 除了药品的&ldquo 私人定制&rdquo 外,疾病的预防也成了可能。&ldquo 我们知道患者本身有某种疾病的基因缺陷的话,修复基因也有了可能。&rdquo
  • 贺林:基因测序发展需要更多顶层设计
    今年2月,国家卫生计生委和国家食品药品监督管理总局联合对二代基因测序技术发布&ldquo 叫停令&rdquo ,曾在业界引起广泛喧哗和质疑,如今又对一家企业的两款产品应用突然放开,基因检测研究和应用相关人士对此政策可能对未来产业发展带来的实际效果均不乐观,更多的是喜忧参半。业内人焦虑的是:国家对产业政策的制定该如何更具有前瞻性和战略意义,而不是简单的&ldquo 一收一放&rdquo ,该如何减少&ldquo 随心所欲&rdquo 给产业发展带来的不利影响?如何以顶层设计通盘考虑一项技术研发及其产业化的应用?面对中国特有的遗传和基因市场,如何确立具有中国特色的基因产业发展步骤,使基因检测技术真正为国民造福。针对上述质疑,科技日报记者日前采访了中国科学院院士、著名遗传生物学家、上海交通大学Bio-X研究院院长贺林教授。   创新启示录:基因测序产业应用前景广泛   《中国出生缺陷防治报告(2012)》指出,我国出生缺陷发生率为5.6%,每年新增出生缺陷患儿89.6万,其中结构畸形25万,防治形势严峻。这些实际仅是来自刚出生时的统计数据,如果把后发的也进行统计,出生缺陷人数要远远高于此数。   &ldquo 冰岛的人口不过30万人,如果将中国具有出生缺陷的人数相比较的话,就相当于我国每年产生三个冰岛人口的&lsquo 残疾&rsquo 人,这不是一个小数目。如何更早地发现这些遗传基因缺陷,就要依靠基因检测技术的发展和临床应用&rdquo ,贺林教授告诉记者。   2003年,人类基因组计划完成真正改变了人类,颠覆了世界,带给人们的是一个势不可挡的新兴的巨型产业。花费30亿美元,耗时13年所完成的人类基因组计划,如今已经获得了广泛的应用。据不完全统计,到目前为止已为人类产生7000亿美元的回报,这一势头仍在扩大。贺林教授认为,我国在这一领域离世界的领跑线并不远,甚至齐平或超出。7月初,华大基因&ldquo 千万家庭远离遗传出生缺陷&rdquo 计划中开展的一些罕见病检查,以及目前6种单基因疾病(地中海贫血、先天性耳聋、枫糖尿病、肾上腺皮质增生、鱼鳞病、假肥大性肌营养不良DMD)的无创产前基因检测在国内都具有一定的市场应用前景。贺林教授本人的团队正在与合伙人计划开展一项全球最大的单基因病致病基因的检测诊断项目,而这一技术的核心正是基因测序。   &ldquo 一项新的技术发展到产业应用阶段需要具有前瞻性的战略规划,如果真是由于一个不够成熟政策使我国痛失市场发展良机,岂不成了历史的罪人!&rdquo 贺林教授说,&ldquo 叫停令&rdquo 的解冻虽然来得有些突然,但对于产业发展的确是个&ldquo 福音&rdquo 。   推广测序技术需要战略高度   基因检测技术有广泛的市场前景,在应用中监管政策的制定是不可或缺的市场保障,但是,该如何使政策的制定更具有可持续性?有业内人士普遍认为,针对基因测序诊断产品(包括基因测序仪及相关诊断试剂和软件),国内目前仍按照《医疗器械监督管理条例》及相关产品注册的规定申请产品注册。这或许是一个最为简单和机械的管理办法,注重形式不重内容的管理办法,没有考虑到基因组医学和基因测序发展的特征和现状。   贺林教授提出,从美国的经验看,除了FDA认证之外,更侧重一项临床实验室改进修正案(Clinical Laboratory Improvement Amendments,CLIA),目前有近25万个CLIA实验室由另外一个政府机构CMS(The Centers for Medicare & Medicaid Services)管理。其中,FDA管公司生产出来的产品,而CMS则管实验室服务。只要对应实验室的人员执照齐全,通过了政府认证的严格质量管理,就可以对外提供自己验证过的收费临床服务。犹如政府管理餐厅卫生,碗、筷干净度消毒状况,桌子清洁,厨房没有老鼠等 但不管做出来的菜味道,更不管菜品是否卖得出去。这样做的好处就是:在巨大的医疗需求和日新月异的新技术面前,所有的CLIA可以跟据市场需求,快速开发出各种新的诊断应用。&ldquo 政府不必对应接不暇的每个新应用做出回应,而病人可以根据自己的需要,即时得到新的诊断服务&rdquo ,贺林教授认为这样的操作将有利于技术与市场的最佳结合。   基因测序在内的基因检测结果解读需要专业人士在计算机的帮助下完成。然而,所需的遗传咨询门诊在我国仅局限在妇产科辅助生殖等部门,在其他的科室中,遗传咨询还很少见。这是目前最值得忧虑的。未来的医生应该具有一定的遗传和基因检测的知识,遗传咨询师的培训和教育是国家要关注的重要环节,对于基因测序市场的发展具有战略意义。   &ldquo 遗传咨询师也不只是临床医生的专利,应该向社会推广,让他们能够为社会化的基因检测进行正确的解读,&rdquo 贺林教授说,&ldquo 与此相配合,我国急需要建立&lsquo 临床遗传学&rsquo 学科。&rdquo   除了用于出生缺陷的防治以外,基因测序对于肿瘤治疗的指导用药也有着非常重要的意义。贺林教授提到,以Life Technologies公司开发的肿瘤热点突变试剂盒为例,可以一次检测50个肿瘤核心基因的2800个热点突变,为FDA批准的28种肿瘤靶向药物提供靶点基因候选,为癌症的化疗、放疗和靶向治疗提供用药指导和预后预测,只需1&mdash 2天,并比现有技术更准确。这一类以基因测序技术为核心的药物基因组学产品可以为临床工作者带来非常大的帮助,药物与基因的共同研发应用将成为下一步医药产业发展的重点。   找寻切实可行发展之路   围绕无创产筛应用为主的二代测序技术,3月6日国家卫计委发布《关于开展高通量基因测序技术临床应用试点单位申报工作的通知》,全国众多医疗机构,包括部分从未接触该技术的单位,都积极申报 6月30日,两个二代测序仪器和无创产筛的配套试剂获得了国家药监局批文。业界人士提出,以尚未获得原产国批文的进口仪器,换个商标以&ldquo 国产化&rdquo 申报获批的现象,不得不引起人们的警觉和深思。   对此,贺林教授也谈到了他的见解,自主创新二代测序仪器开发方面,我国还没有较好的产业基础,目前几乎只能依靠整机进口。如果有一些厂商,将进口整机换个外壳甚至只更换一个商标,就作为自主研制生产的医疗器械进行申报,那是欠妥的(对于企业间的购置兼并可另行考虑)。他还说,&ldquo 历史无数次证明,水龙头不掌握在自己手里,一定会受制于人&rdquo 。   记者了解到,目前,国内强烈反弹的意见主要集中在拿批文资质应该正规。贺林教授对此指出,二代测序应用于产前筛查,技术复杂、流程繁多、费时费力,对人员、场地、质量控制和管理要求苛刻,仪器和技术的完全国产化还需时日,因此,断不能饮鸩止渴,以换商标的伪国产化仪器去获取医疗器械证书,使舆论普遍担心两个风险:(1)阻滞我国高端医疗器械的自主化进程,(2)获证后,一些不具备条件的医疗机构立即自主开展个体化应用。多数或由仪器投放公司派出不具备资质的人员进行实验操作,必将带来严重后果。这一可以预见风险应引起高度的事先关注。   贺林教授表示,除以上社会的普遍性担忧外,技术准入和物价也尚需时日。对于基因测序这一革命性的新技术的应用,全社会需要更多关注,临床与科研需要密切结合,发展转化医学,同时鼓励社会资本的介入,走出产学研结合一体的创新之路。此外,除了政府部门批准新一代测序以外,传统的一代测序在临床上也有广泛的应用需要。他说,&ldquo 我作为中国遗传学会副理事长,希望与各相关人士一道为我国的基因测序检测找出一条切实可行的路,以合理和高效地推动我国人口健康事业的有序发展&rdquo 。   贺林教授,1991年获英国佩士来大学博士学位,1992年在英国爱丁堡大学完成博士后研究,1995年在英国MRC爱丁堡人类遗传学研究所完成高年资研究者工作,1996年任中国科学院研究员,先后担任上海生命科学中心(上海脑研究所)、上海生理研究所、上海生命科学研究院营养科学研究所PI,2000年任上海交通大学教授,Bio-X研究院院长,2007年任复旦大学教授,2007-2012年复旦大学生物医学研究院院长。   2009年,贺林教授团队揭开了倍受世人关注的遗传界百年之迷&mdash &mdash 第一例孟德尔常染色体遗传病A-1型短指(趾)症致病基因的精确定位、克隆、突变检测与致病机理的揭示。发现和报道了世界上第一例以中国人姓氏&ldquo 贺一赵缺陷症&rdquo 命名的罕见的恒齿缺失为特征的孟德尔常染色体显性遗传病,并成功完成致病基因定位工作,由此结束了中国作为遗传资源大国而又从来没有自己发现和命名遗传病的尴尬局面。此外,建立了世界上最大的精神神经疾病样品库并利用这一样品库系统地研究和分析了中国人群精神分裂症的易感基因与疾病发生的关系 在精神疾病的营养基因组学和药物基因组学研究方面取得了重要进展,证实了出生前的营养缺乏会显著增加成年后精神分裂症的发病风险。在DNA计算与技术方面取得了数项有显示度的工作。并且,还结合国情特点提出&ldquo 百家姓&rdquo 与药物开发相关性的新思路。他的发现得到国际公认。
  • 打破基因测序的国外垄断,这个团队拥有顶尖利器!
    一份对科研的热爱和信念,让他踏入了新一代基因测序技术这片未知的领域。作为我国较早一批研发新一代基因测序技术的科学家,他如何打破国产基因测序技术发展困境,走出一条属于自己的路?本期《为你喝彩》带您走近新一代基因测序技术的探路者——白净卫,看他如何带领团队实现技术革新。白净卫北京齐碳科技有限公司创始人 首席科学家2020年新冠疫情暴发之初,我国最早运用基因测序技术测定并公布了第一条新冠病毒的全基因组,向全人类展示了新冠病毒的真实面貌和特征,为后续的防控、治疗、药物研发指明了方向。作为较早一批研发新一代基因测序技术的科学家,白净卫最初踏入基因测序领域的一部分原因就是瞄准了这项技术广阔的未来。更重要的是,作为这一领域的专家,他比谁都清楚国产基因测序技术发展的困境。而想要进入基因测序产业的上游,就必须用自主创新打破国外垄断。00:322016年,白净卫归国创业,成立了齐碳科技,专注于新一代基因测序仪的研发。与其说齐碳科技是一家公司,不如说它更像一家“研究院”。180余位员工中,有130多位都是研发人员。白净卫始终认为,要想攻克一项前沿技术,就必须要聚集一群目标明确的人。“始终专注科研”,是他在齐碳科技发展之初就定下的基调。在创业之初,白净卫就非常明确基因测序领域的痛点在哪里。第四代纳米孔基因测序仪,是白净卫带领团队历时9年时间研发出的成果,也是中国目前唯一一台能够获得稳定测序信号的纳米孔基因测序仪。对于白净卫来说,他的创业对这个时代最大的意义,是让第四代纳米孔基因测序技术从实验室的象牙塔里飞入寻常百姓家。目前,齐碳科技成为国内唯一通过自主研发踏上纳米孔基因测序技术产业化之路的企业。而他们最终的目标还是要面向人民生命健康,将产品送到用户手中,应用在医疗一线。00:16心之所向,素履以往。需求与供给的碰撞,带来了广阔的市场空间;思想与理念的碰撞,带来了革新的技术突破。而新技术与新时代的碰撞,则更加让人期待能够带来怎样的未来与希望。一路走来,白净卫始终没有忘记最初那个单纯而伟大的梦想。最终收获的,除了一个成功的产品,更是一笔宝贵的精神财富。
  • 5家顶尖基因测序公司抱团组联盟 无创产前市场可观
    华盛顿时间1月4日,Counsyl,Illuminansyl,Progenity,Natera和Laboratory corporation of America’s speciality lab Intergrated Genetics五家领先基因检测公司共同宣布成立产前筛查联盟(CAPS)。据透露,CAPS将共同努力促进公众联盟,旨在通过基于cfDNA的无创产前检测(NIPT)更好的实现无创产前筛查。对基于cfDNA的NIPT的价值意识觉醒,并提供最高标准和质量的服务。同时,CAPS还将致力于推动相关法案建设和医保覆盖,以实现提高病人个性化护理体验。  1 Illumina  联盟成员中,最受关注的是Illumina。早年间,Illumina一直扮演产业链中的上游角色,为测序服务公司提供测序仪器及芯片等,2007年以6亿美元收购基因测序公司Solexa后进军测序服务中游市场。2013年收购Verinata Health,正式布局无创产前诊断市场。NGS测试成本的大幅降低,基因测序能走入普通人群,Illumina可谓功不可没,公司在全球基因测序市场中占领头地位。预测CAPS联盟中,Illumina也将有较高的地位。  2 Natera  Natera是一家诊断性测序上市公司,主要提供无创产前检测,此前动脉网也有过相关报道。Natera的核心技术是多变位点检测技术和DNA分离技术,这两项技术都有极高的灵敏度,只需一滴血的血样样本。不仅是无创产前检测,Natera的技术在肿瘤检测领域也非常有前景,可减少临床检测假阴性率。同时,Natera坚持检测可行性和低成本原则,公司采用无创检测技术,通过大型实验室进行大量检测,可以以较低的成本进行检测。  不仅如此,Natera的检测内容也是一大亮点,除了主流的唐氏综合征检测,还可对胎儿进行微缺失检测,同样只需一滴血。Natera的领导人也非常有商业头脑,不仅在美国建立了自己的享受网络,同时还通过与多家国外实验室建立合作,开拓国际市场。此前副总裁麦克布鲁斯还表示非常看好中国市场。  无论是从核心技术还是商业模式来看,Natera都是一家有实力的公司。尽管2013年开始无创产前检测市场竞争愈发积累,也没有阻止Natera取得好成绩。2013年,Natera累计销量达1500万美元,2016年预计将达到2亿2千万。2015年测序人数已达31万。Natera在美国的产前基因测试市场排列第四位,可以说是产业的领导者。  3 Laboratory corporation of America  Laboratory corporation of America是美国S&P 500强企业,是全球领先的医疗诊断公司,提供实验室到临床的全方位服务。Laboratory corporation of America旨在通过一流的诊断解决方案改善和提高人们生活质量,带来创新药物更快发展,为患者带来好的医疗体验。2015年,公司净收入超过85亿美元,业务范围覆盖60个国家。  4 Progenity  Progenity是一家诊断测序服务公司,从事分子诊断技术开发并提供测序服务。Progenity成立于2002年,目前以获得2轮融资,共计2550万美元。其中最后一轮融资在2016年8月7日完成,融资额为1200万美元。同年,Progenity还收购了生物公司Carmenta Bioscience以获得先兆子痫筛查技术(先兆子痫是指怀孕前血压正常的孕妇在妊娠20周以后出现高血压、蛋白尿,可影响机体各器官系统)。目前Progenity约有450名员工,预计年收入6840万美元。  5 Counsyl  不同于前面几家公司,Counsyl则提倡在孕前进行遗传学致病基因筛查。根据Counsyl光谱遗传学检测的结果,使用体外受精/植入前遗传学诊断(IVF/PGD)技术,或是使用IVF/CCS(体外受精/比较基因组杂交-胚胎植入前基因筛查技术)技术进行诊断性筛查,经过筛查得到不带有基因遗传缺陷的胚胎后在将健康胚胎移植到母亲子宫内发育成长。通过基因遗传筛查技术筛选出的胚胎质量远比在生育旺盛期的夫妇自然受孕1000次得到的胚胎质量更佳,可以帮助准父母精确地进行优生优育。兴起于2014年,由于检测快速、简便、价格低廉,推出后收到准父母和医生们欢迎。  几家顶尖的基因测序公司抱团组成联盟,一方面可以说明无创产前庞大市场量级,另一方面也可以理解为各自发展到一定程度后团结行业进行规范。  NIPT通过对母亲外周血中的胎儿游离DNA进行分析,在妊娠早期对胎儿进行非整倍体遗传病筛查。非整倍染色体遗传病的特点是染色体数目异常,可能会导致新生儿出生缺陷等遗传性疾病。尽管利用血清蛋白的非整倍性染色体筛查技术已经诞生几十年,但准确性和可行性一直是比较鸡肋的问题。无创产前技术侵入性小,而且灵敏度更高,比之前的技术更具优越性和市场前景。从2011年开始,基于cfDNA的无创产前检测已经成为欧美临床非整倍体筛查的首选。  “CAPS成员将共同努力,确保筛查的创新型和准确性,为不同收入,年龄的产妇带来福利。” CAPS临床咨询委员会主席,爱因斯坦医疗保健名誉主席Arnold W. Cohen博士表示:“同时,我们也将为用户和公众提供有价值的信息。我们认为这是非常重要的。”  在Cohen的领导下,CAPS正在组建临床咨询委员会,为公众提供一个独立的医学视角。董事会将于2017年上半年公布。  再放眼国内,随着二胎政策的实行,整个妇幼母婴市场都得到了扩大。在优生优育的大环境下,优生优育相关的产前检测势必会得到极大的推广。从技术本身来看,无创产前检测相对于传统唐筛技术有很大的优越性。尽管目前我国的无创产前市场覆盖率不足10%,但随着技术的成熟和经济水平的提高,无创产前的市场扩大恐怕也只是时间的问题。
  • 测序巨头Illumina核心专利被美国法院裁定无效!华大智造最快明年可在美销售基因测序产品
    12月1日,据外媒报道,时隔两年多后,全球基因测序行业巨头Illumina在美诉讼华大智造及其他涉案实体专利侵权诉讼案终于有了初步结果,美国加州北部地区法院陪审团裁定:1、Illumina美国专利号7,541,444专利被裁定无效;2、华大智造侵犯了Illumina的部分专利;3、Illumina获得800万美元的赔偿金,比其索赔金额少了2/3。来自美国媒体“genomeweb”的报道称,虽然陪审团裁定Illumina可以获得800万美元的赔偿金,但这家全球基因测序巨头却在美国输掉了专利,因为华大智造最快可以在明年8月在美国合法地销售相关测序产品。华大智造在一封英文版声明中表示,“很高兴看到美国加州北部地区法院陪审团裁定Illumina美国专利号7,541,444专利无效。在5项涉案专利中,该专利所包含的权利范围最广,有效期限也是最长的。若判决生效,将意味着华大智造有可能将比预期时间提前10个月,即2022年8月23日后,在美国正式销售基于CoolMPS测序技术的相关产品。”据了解,此案始于2019 年 6 月 27 日,Illumina向美国加州法院发起对华大智造及其他涉案实体专利侵权的诉讼,指控其StandardMPS测序方法侵犯了其美国专利号7,566,537和9,410,200。2020年初,Illumina再次提起诉讼,指控华大智造推出的CoolMPS测序技术侵犯了其美国专利号7,541,444和7,771,973,两项专利均名为“修饰核苷酸”,其美国专利号为“标记核苷酸”。针对陪审团裁定给Illumina 800万美元的损害赔偿金,华大智造在声明中指出,一方面这仅为Illumina原来索赔金额的三分之一,已经大幅下降;另一方面,其坚信没有侵犯任何来自Illumina的有效专利,“正在评估如何在后续审判中维护自身的权益。”对此有业内人士分析到,“从目前陪审团的裁定结果来看,对华大智造已是相当不错,不仅赔偿金额比预期缩水不少,而且其中关键的一条涉案专利被判定无效,若美国法院最终接受陪审团的意见,华大智造在美国市场能销售基因测序仪产品只是时间问题。”值得一提的是,除了本案之外,华大智造在声明中强调,其诉讼Illumina涉嫌故意侵犯了华大智造美国子公司Complete Genomics的两项专利的诉讼案,计划于2022年4月在美国特拉华州举行庭审。此外,华大智造此前还在加州北部地区法院对Illumina提出了反垄断诉讼,该诉讼仍在进行中。
  • 仪器分析、基因测序等2016第四批国标制修订计划公布
    p   12月13日,国家标准化管理委员会下达了2016年第四批国家标准制修订计划。本批计划共计376项,其中制定280项,修订96项 强制性标准1项,推荐性标准375项。 /p p   本次公布的制修订计划中,涉及多项仪器分析及基因测序国标方法,如电感耦合等离子体原子发射光谱法、原子荧光光谱法、 红外线吸收法、分光光度法、气相色谱法等。仪器信息网特摘录相关信息如下: /p p style=" text-align: center " strong 仪器分析相关国家标准制修订计划 /strong /p table border=" 1" cellpadding=" 0" cellspacing=" 0" width=" 600" tbody tr class=" firstRow" height=" 38" td height=" 38" width=" 107" strong 计划编号 /strong /td td width=" 240" strong 项目名称 /strong /td td width=" 72" strong 标准性质 /strong /td td width=" 67" strong 制修订 /strong /td td width=" 144" strong 代替标准号 /strong /td td width=" 92" strong 项目周期 br/ & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp (月) /strong /td td width=" 115" strong 主管部门 /strong /td td width=" 140" strong 归口单位 /strong /td td width=" 115" strong 起草单位 /strong /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162537-T-469 /td td width=" 240" 稀土金属及其氧化物中非稀土杂质化学分析方法 & nbsp 第19部分:砷、汞量的测定 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 12 /td td width=" 115" 国家标准化管理委员会 /td td width=" 140" 全国稀土标准化技术委员会 /td td width=" 115" 国家钨与稀土产品质量监督检验中心 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162538-T-469 /td td width=" 240" 稀土金属及其氧化物中非稀土杂质化学分析方法& nbsp 第15部分: 钙量的测定& nbsp /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 12690.15-2006 /td td 12 /td td width=" 115" 国家标准化管理委员会 /td td width=" 140" 全国稀土标准化技术委员会 /td td width=" 115" 国标(北京)检验认证有限公司 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162386-T-605 /td td width=" 240" 金属材料 & nbsp 硬度和材料参数的仪器化压痕试验 第1部分:试验方法 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 21838.1-2008 /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国钢标准化技术委员会 /td td width=" 115" 上海材料研究所等 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162388-T-605 /td td width=" 240" 金属材料 & nbsp 夏比V型缺口摆锤冲击试验 仪器化试验方法 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 19748-2005 /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国钢标准化技术委员会 /td td width=" 115" 钢铁研究总院、冶金工业信息标准研究院 /td /tr tr height=" 160" td height=" 160" 20162389-T-605 /td td width=" 240" 金属材料 & nbsp 高应变速率高温拉伸试验方法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国钢标准化技术委员会 /td td width=" 115" 中国工程物理研究院总体工程研究所、钢研纳克检测技术有限公司、中国科学技术大学、宝山钢铁股份有限公司、西北工业大学、武汉钢铁(集团)公司、太原理工大学 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162391-T-605 /td td width=" 240" 钢铁及合金 & nbsp 钙和镁含量的测定 电感耦合等离子体原子发射光谱法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国钢标准化技术委员会 /td td width=" 115" 钢铁研究总院 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162392-T-605 /td td width=" 240" 钢铁及合金 & nbsp 碲含量的测定 氢化物发生—原子荧光光谱法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国钢标准化技术委员会 /td td width=" 115" 钢铁研究总院 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162415-T-605 /td td width=" 240" 钢坯枝晶偏析的定量分析方法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国钢标准化技术委员会 /td td width=" 115" 首钢总公司、冶金工业信息标准研究院 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162419-T-605 /td td width=" 240" 石灰石及白云石化学分析方法 & nbsp 第10部分:二氧化钛含量的测定 二安替吡啉甲烷光度法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 36 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国钢标准化技术委员会 /td td width=" 115" 鞍钢股份有限公司、冶金工业信息标准研究院等 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162420-T-605 /td td width=" 240" 铬铁 & nbsp 磷、铝、钛、铜、锰、钙含量的测定 电感耦合等离子体原子发射光谱法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 36 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 本钢板材股份有限公司 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162421-T-605 /td td width=" 240" 钒氮合金 & nbsp 硫含量的测定 红外线吸收法 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 24583.6-2009 /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 攀钢集团有限公司、冶金工业信息标准研究院等 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162422-T-605 /td td width=" 240" 钒氮合金 & nbsp 磷含量的测定 铋磷钼蓝分光光度法 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 24583.5-2009 /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 攀钢集团有限公司、冶金工业信息标准研究院等 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162423-T-605 /td td width=" 240" 钒氮合金 & nbsp 碳含量的测定 红外线吸收法 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 24583.4-2009 /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 攀钢集团有限公司、冶金工业信息标准研究院等 /td /tr tr height=" 80" td height=" 80" 20162424-T-605 /td td width=" 240" 硅铁 & nbsp 硫含量的测定 红外线吸收法和色层分离硫酸钡重量法 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 4333.7-1984 /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 鄂尔多斯市西金矿冶有限责任公司、马鞍山钢铁股份有限公司、冶金工业信息标准研究院等 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162425-T-605 /td td width=" 240" 钒氮合金& nbsp 氮含量的测定 蒸馏-中和滴定法 br/ & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp br/ /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 24583.3-2009 /td td 24 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 攀钢集团有限公司、冶金工业信息标准研究院等 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162426-T-605 /td td width=" 240" 钒铁 & nbsp 硅含量的测定 硫酸脱水重量法和硅钼蓝分光光度法 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 8704.6-2007 /td td 36 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 攀钢集团有限公司、冶金工业信息标准研究院等 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162427-T-605 /td td width=" 240" 钒铁 & nbsp 钒含量的测定 硫酸亚铁铵滴定法和电位滴定法 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 8704.5-2007 /td td 36 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 攀钢集团有限公司 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162428-T-605 /td td width=" 240" 钒铁& nbsp 硅、锰、磷、铝、铜、铬、镍、钛含量的测定& nbsp 电感耦合等离子体发射光谱法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 36 /td td width=" 115" 中国钢铁工业协会 /td td width=" 140" 全国生铁及铁合金标准化技术委员会 /td td width=" 115" 攀钢集团有限公司 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162628-T-517 /td td width=" 240" 生物样品中C-14的分析方法 & nbsp 燃烧法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 中国核工业集团公司 /td td width=" 140" 全国核能标准化技术委员会 /td td width=" 115" 中核核电运行管理有限公司 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162684-T-607 /td td width=" 240" 食品接触材料 & nbsp 纸和纸制品中饱和烃矿物油(MOSH)的测定 气相色谱法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 12 /td td width=" 115" 中国轻工业联合会 /td td width=" 140" 全国食品直接接触材料及制品标准化技术委员会 /td td width=" 115" 南京市产品质量监督检验院等 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162578-T-607 /td td width=" 240" 文具中苯、甲苯、乙苯及二甲苯的测定方法 & nbsp 气相色谱法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 12 /td td width=" 115" 中国轻工业联合会 /td td width=" 140" 全国文具标准化技术委员会 /td td width=" 115" 国家文教用品质量监督检验中心 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162627-T-513 /td td width=" 240" 塑料 & nbsp 聚苯乙烯和抗冲聚苯乙烯中残留苯乙烯单体含量的测定 气相色谱法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 中国石油化工集团公司 /td td width=" 140" 全国塑料标准化技术委员会 /td td width=" 115" 中国石油天然气股份有限公司石油化工研究院 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162328-T-515 /td td width=" 240" 天然气含硫化合物的测定 & nbsp 第3部分:用乙酸铅反应速率双光路检测法测定硫化氢含量 /td td 推荐 /td td 修订 /td td GB/T 11060.3-2010 /td td 24 /td td width=" 115" 中国石油天然气集团公司 /td td width=" 140" 全国天然气标准化技术委员会 /td td width=" 115" 大庆油田工程有限公司 /td /tr /tbody /table p br/ /p p style=" text-align: center " strong 基因测序相关国家标准制修订计划 /strong /p table border=" 1" cellpadding=" 0" cellspacing=" 0" width=" 600" tbody tr class=" firstRow" height=" 38" td height=" 38" width=" 107" strong 计划编号 /strong /td td width=" 240" strong 项目名称 /strong /td td width=" 72" strong 标准性质 /strong /td td width=" 67" strong 制修订 /strong /td td width=" 144" strong 代替标准号 /strong /td td width=" 92" strong 项目周期 br/ & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp (月) /strong /td td width=" 115" strong 主管部门 /strong /td td width=" 140" strong 归口单位 /strong /td td width=" 115" strong 起草单位 /strong /td /tr tr height=" 144" td height=" 144" 20162555-T-469 /td td width=" 240" 染色体异常检测基因芯片通用技术要求 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家标准化管理委员会 /td td width=" 140" 全国生物芯片标准化技术委员会 /td td width=" 115" 博奥生物集团有限公司、清华大学、北京大学第三医院、中国计量科学研究院、北京博奥晶典生物科技有限公司、北京博奥医学检验所、深圳市第三人民医院 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162690-T-424 /td td width=" 240" 核酸检测试剂盒溯源性技术规范 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 国家标准物质研究中心 /td td width=" 115" 中国计量科学研究院 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162691-T-424 /td td width=" 240" 核酸检测试剂盒质量评价技术规范 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 国家标准物质研究中心 /td td width=" 115" 中国计量科学研究院 /td /tr tr height=" 64" td height=" 64" 20162692-T-424 /td td width=" 240" 个体鉴定的高通量测序方法 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 国家标准物质研究中心 /td td width=" 115" 深圳华大基因研究院、深圳华大基因科技有限公司、中国计量科学研究院 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162693-T-424 /td td width=" 240" 目标基因区域捕获质量评价通则 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 国家标准物质研究中心 /td td width=" 115" 深圳华大基因研究院、中国计量科学研究院 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162694-T-424 /td td width=" 240" 高通量测序技术检测核酸类样品通用技术规范 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 全国生物样本标准化技术委员会 /td td width=" 115" 深圳华大基因研究院、中国计量科学研究院 /td /tr tr height=" 32" td height=" 32" 20162695-T-424 /td td width=" 240" 人工合成核酸序列质量评价通则 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 国家标准物质研究中心 /td td width=" 115" 深圳华大基因研究院 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162696-T-424 /td td width=" 240" 高通量测序数据序列格式规范 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 全国生化检测标准化技术委员会 /td td width=" 115" 深圳华大基因研究院、中国计量科学研究院 /td /tr tr height=" 48" td height=" 48" 20162697-T-424 /td td width=" 240" 核酸提取纯化试剂盒质量评价技术规范 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 12 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 国家标准物质研究中心 /td td width=" 115" 中国计量科学研究院、北京康为世纪生物科技有限公司 /td /tr tr height=" 80" td height=" 80" 20162698-T-424 /td td width=" 240" 核酸提取与纯化方法评价通则 /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 国家标准物质研究中心 /td td width=" 115" 中国科学院北京基因组研究所、中国计量科学研究院、中国测试技术研究院 /td /tr tr height=" 176" td height=" 176" 20162579-T-424 /td td width=" 240" 健康信息学 & nbsp 基因序列变异置标语言 (GSVML) /td td 推荐 /td td 制定 /td td br/ /td td 24 /td td width=" 115" 国家质量监督检验检疫总局 /td td width=" 140" 中国标准化研究院 /td td width=" 115" 中国标准化研究院、杭州恒生芸泰网络科技有限公司、中国标准科技集团有限公司、浙江数字医疗卫生技术研究院、成都市标准化研究院、四川科伦医药贸易有限公司、北医三院、中日友好医院等 /td /tr /tbody /table p strong br/ /strong /p p    strong 附件 /strong : img src=" /admincms/ueditor1/dialogs/attachment/fileTypeImages/icon_xls.gif" style=" line-height: 16px " / a href=" http://img1.17img.cn/17img/files/201612/ueattachment/7ab2c55c-161a-42a8-9cea-6590ad19af65.xlsx" style=" line-height: 16px " 2016第四批国家标准计划项目汇总表.xlsx /a /p p br/ /p
  • 基因测序,风口上的思考(二):基因测序的误区和瓶颈
    基因测序无疑是未来看好的技术之一,但其真实价值几何?什么样的创业项目不值得投资?什么样的技术才有护城河?什么样的应用方向才可能正确?基因测序的前景还有哪些瓶颈?作为基因测序领域的资深从业者,Life Technologies(现为Thermo Fisher收购)公司全国临床与科研事业部销售总监、Thermo Fisher公司全国临床市场战略总监柴映爽写了一系列文章,对上述问题进行了深入剖析。继第一篇文章《基因测序市场格局介绍》之后,以下为柴映爽系列文章的第二篇:  二、基因测序的误区和瓶颈  1.水晶球只是童话——风险评估预测为何不靠谱  人类对不确定性的恐惧和好奇一直存在,基因测序可否用来做患病风险评估,成为一个预测未来的水晶球?理论上来讲是可以的,反正人生都是在各种概率中前行。但实际上能用于指导实践还是有很多疑问。首先要确定个体基因测序的结果是否偏离了正常人群,就要有一个统一、科学、标准的数据库,遗憾的是现在还没有。大部分公司的做法是自己构建数据库,加入临床上确认的和科研上研究比较多的一些突变位点,受检者测序后和这个数据库进行比对,看看有没有出现这些突变。然后根据这些突变发生的情况,给出一个患病的百分比概率。但是,问题在于:1)这个数据库是否可靠,很难证明。有相关性也不代表就是因果 2)已明确和临床疾病有关的突变实际上是相当少的,很多突变即使有了也不一定就意味着会发病 3)除了遗传病(如罕见病)以外,大部分疾病是多基因相关,并且和后天环境也很有关系,单靠基因测序并不能够完全模拟发病的所有相关因素 4)这个百分比概率是用什么软件模型算出来的,软件是否靠谱,很难说。即便说个体的患病风险比正常人群高了5个百分点,是否说该个体就有更高的患病可能,很值得商榷,对临床也没有任何指导意义,概率并不能用于进入临床诊疗标准。基于上述原因,目前几乎每一家公司测出来的疾病风险都不同。目前的风险评估预测,除了影响心情以外,没什么实际意义。  至于一些什么儿童性格基因和天赋基因商业检测,更加荒唐。学术界至今没有公认哪个基因跟天赋有必然联系,拿着一些发表的探索性研究文章,就说是业界证实的结果,忽悠行业外的老百姓赚钱,既不科学,也不道德。  2. 是否应该进行全基因组测序?  从科研角度来说,完全没有问题,但在临床应用方面就不是了。除了遗传病以外,目前很多基因和疾病的关系都只是“可能”,还没有定论,即便是BRCA1,也只能说近乎“公认”跟遗传性的乳腺癌有关。一堆解释不清的测序结果,对医生和病人来说都没有意义,病人却因此要承担更高的检测成本,未来不会得到卫生政策部门的赞同。检测某肿瘤,是否一定要测一大群基因?和肿瘤的关系都明确相关吗?这些基因对该肿瘤的诊治意义有多大?临床诊断指标,“多”不重要,“明确”才最重要,有多个明确相关指标,则是好上加好,利于综合判断,而做多少检测,还要从临床实际判断出发。这就好像你发烧咳嗽到医院去看病,医生除了给你验血常规以外,又给你查生化全套,又给你查SARS病毒,又让你去做包括PET CT在内的所有影像学检查看看是不是癌症,末了再来个骨髓穿刺查白血病,因为癌症和白血病也可能引起发热,会不会有人接受呢?具体工作中,医生还是会结合病人主诉、流行病学资料、病人经济能力、生活行为、前期治疗观察等因素,确定首选检查手段,根据经验分步进行鉴别诊断。所以,全基因组测序的结果,目前给临床带来的无所适从要多于指导意义。更不用说应该测多少倍的深度,这方面连个标准都没有。各种全基因组测序数据库,跟大量的重要临床数据(如肿瘤大小,家族史,药物使用,其他诊断数据)没有足够关联,因此未来也不一定有用。  医生的诊疗,会包括通行的标准诊疗和标准流程之外的探索性诊疗两部分。后者是医学进步的动力,但在当前中国的医患环境下越来越少。尽管如此,对于标准诊疗无解的病人,医生会尝试非常规的诊疗寻找突破,这种极端情况下全基因组测序是有一定价值的。我们有时会见到这样的例子,无法确诊或治愈的病例,通过测全基因组后发现了某个突变,根据该基因突变对应的蛋白质功能和表观性状,最终得到确诊或是找到了某种对应的药物(用于其他疾病的或是还没上市的)。但是也有测了全基因组什么办法也没找到的,比如说乔布斯同志。这种诊疗不能成为目前医疗的主体,因为不确定性太多,它没有办法替代现行的医疗模式。  3. 任重而道远——生物信息学的瓶颈  高通量测序是通过把提取的样品DNA打成小片段,在机器上进行大量平行测序,然后将读取的序列信息拼接成完整序列,和参考序列进行比对,这里需要很多的生物信息学工作。因此,在拼接的过程中难免有算法误差,另外打碎DNA片段的实验步骤也有重复性的问题。由于突变位点不是每一次测序都能测到,因此需要测很多次,有时候甚至测到上千次,这也是高通量测序会产生海量数据的原因。测到目标区域的平均次数称为测序深度,如测100次就称为100×(倍)的测序深度,专业一点来说是测到的碱基总量除以基因组碱基数量的的大小。患者得到的数据,到底是30×还是100×还是2000×测序来的,一般人不知道。而测序后通过生物信息学分析出的突变,是真实存在还是测序产生的误差,也见仁见智。目前来说,到底要测多少倍才算比较准,都是按照业界通行的理解来进行的,在临床应用上尚没有法定的标准,也给如何统一各家公司自己的数据库出了个难题。如果这个数据库要用于治疗目的,那么是在什么临床环境下测的数据,也很少有人提及。  另一个是海量数据带来的计算机存储问题。人类基因组3.2个G,测50倍的通量就要160G,光数据存储一个小硬盘就用掉了,想发展大数据,搞云计算来比对,以现在的网络传递起来还是很慢的。做科研还好,但在临床上,基因组数据带来的效果还不足以无视这些额外产生的计算机集群负担,有点像互联网之初要用Modem等待漫长的滴答音后才能接通Internet一样,影响了公众对互联网的接受度。这方面的瓶颈也许要等到新的技术出现才会突破,如新的图形存储格式,新的算法,新的通信协议,等等。或是新的测序技术出现将现有的生物信息学过程彻底抛弃。  目前的生物信息学解读主要还是侧重于测序结果的解读,随着HTML5协议的出现,可视化的基因组学浏览器已经有了很多发展,界面更加直观,也减轻了很多后台服务器的负荷,但是还是面向专业技术人员的,并没有完全发展到临床信息的解读,因为这个同时需要很深的临床专业知识。仅仅是基因测序的结果拿给临床医生看,可以说几乎没有人看得懂,在临床的应用程度可想而知,更不用提医生如何向病人解释他为何根据基因测序结果要采取某种临床干预。大多数临床医生更希望把基因测序作为一种标准化操作工具,而非了解该工具本身。而目前基因测序的数据结果到临床医生工作中的直观指导,还存在相当的距离,基因组数据无法被医生搜索、共享和理解。临床客户的两个基本诉求:“安全”和“标准”,基因测序尚不能实现。数据格式标准不能统一,临床指征与基因检测结果关系的专业数据库的缺失,使得基因测序在临床应用上受到生物信息学的很大束缚。  4. 肿瘤基因测序难以大范围推广  肿瘤的基因测序是当下的一个热点。由于肿瘤和基因组有一定的关系,使得行业外产生了很高的期望值。但它有两方面的主要瓶颈:临床机理和临床操作。目前市场上肿瘤基因测序有肿瘤的靶向治疗指导和肿瘤的易感性基因检测。肿瘤的易感性基因检测存在相当大的争议,严格来说没有临床价值,因为肿瘤与基因关系的基础理论仍然不足,可临床确认为高度肿瘤相关生物标记物的基因几乎没有,单是“肿瘤易感性基因”这个有因果意味的定义就很有问题,作为肿瘤的大面积常规筛查说服力有限,即便做了,基因结果和肿瘤的确切关系也根本说不清楚。从这个角度来说,所谓肿瘤易感性基因检测不是一个合理的方向。肿瘤的的家族史倒是跟遗传有关,但像遗传性乳腺癌检测与其说是肿瘤基因检测,不如说是广义的遗传病基因检测更好解释些。相对而言,用于靶向用药指导的意义比较明确,但这个市场会被定量PCR和常规一代测序分走一些,另外人种和地域可能会影响对同一基因的突变位点的选择,没有标准。现在的靶向药物类别不多,进入标准指南的就是肺癌的EGFR和ALK基因,转移性结直肠癌的kras基因,和黑色素瘤的braf基因检测,其他的基因靶点检测都属于医院自行开展,测算市场刚性需求时比较容易有水分。一个与学术无关的现象是,即便基因检测结果表明该药物可能无效,病人若没有其他选择,还是可能会抱着试一试的心态使用该药物,使得基因检测的意义可有可无,导致医生做基因检测的动力下降或动机改变。  在临床操作层面,目前肿瘤基因测序没有专门的收费标准,基本上都是套用按位点做基因测试的收费标准来的,各省物价,一个位点在250-600元不等,这个价格对高通量基因测序来说不合算,但由于高通量测序可在成本不变的情况下一次性测很多位点,因此一般来说是按照多个位点进行收费,限于病人经济承受能力,一般市场收费在4000-8000元不等。这方面该测多少位点,收费怎么计算,还缺少相关的政策。另外,肿瘤基因检测临床实施并不方便(血液肿瘤除外),区别正常突变和肿瘤基因突变对人员技术能力要求较高。由于肿瘤的基因组不稳定,常产生耐药突变,作为疗效检测的话,需对肿瘤病人多次肿瘤部位取样活检,无疑增加了病人的痛苦和操作难度。而且,是否要同时取癌旁正常组织一同测序,这部分收费是否要病人承担,政策上都没有定论。  最近液体活检受到重视,是指在外周血中寻找脱落或凋亡释放的肿瘤细胞DNA(ctDNA)进行基因测序。这种取样方式大大好于组织取样,长远来说可能适合癌症复发的早期检测,但距离临床应用还比较遥远。循环肿瘤细胞DNA是不完整的DNA碎片,需要大量基因测序,大量的生物计算拼接,误差不好控制。还有怎样确保减少假阳性,和肿瘤目前的TNM分期如何对应,这些技术问题都需要时间。一个现实问题是:如果ctDNA结果提示肿瘤,但病人去做了PET-CT也没有发现病灶,病人该怎么办。相对而言,寻找循环肿瘤细胞(CTC)辅助以基因测序验证可能是一个比较有希望的方案。CTC可以得到完整的肿瘤基因组,作为诊断指标在临床上也容易界定,不过如何保证CTC的捕获效率,目前没有最理想的方法。  总之,肿瘤的机理过于复杂,基因测序和实施临床干预还不能顺利对接,操作层面和政策层面还有很多困难,远非理想的应用状态。从远景来说,随着靶向药物的开发和肿瘤免疫的进展,基因检测的需求长期存在。但目前还受制于大数据如何积累,如何搜集标准标本,如何建立大分析平台,短期内无法解决。一部分临床需要的基因检测用更简单便宜的PCR或FISH即可解决问题,并不需要高通量测序。当下很多人热衷于用科研思路去解决临床问题,但医疗不同于科研,必须考虑很多的社会人文因素。而肿瘤这样一个热点市场,作为一个公司要长期生存的话单纯依赖这方面业务需要谨慎。等到这些瓶颈解决有希望盈利的时候可能又出现新的替代技术了,这是一个受到很多关注但技术路线变化可能性非常大的市场。  4.最大的瓶颈—全社会的认知和现行医疗体制  医学本身并不是面向大众的科学,基因科学更加小众。基因与疾病的关联的社会认识程度还不高。大部分患者、医生、政策部门、投资人,都不是很了解基因测序的知识。普通老百姓很难说清楚基因是怎么回事,有些人还以为遗传病就是精神病,大量临床医生对基因测序的理论基础也很难理解,何况这个技术还在不断更新。在这样一个现实环境下,基因测序在未被充分检验之前就投入了医疗这个高度监管行业的应用,某种程度上讲是危险的,对基因测序技术应用的误读误用,会影响其本身健康发展,损害它作为一种新的技术所需要成长的空间,会出现劣币驱逐良币的现象。全社会还需要更多参与到基因科技的普及中。  由于互联网的发展带来信息量的大增,今天患者越来越参与到对他们自身诊疗的决策过程中,知识程度的不对称和诊疗话语权的分配无法协调,也是今天医患矛盾的原因之一。这是一个传统医疗体制正在变化的时代,基因测序若得不到正确的理解和实施,会被拔苗助长,最终和体制不能结合而失去发展。基因测序用于临床干预来说很多结果还很模糊,又不能带来健康行为的根本改变,相关的法规也还缺失。临床诊疗过程需要的是基因测序的临床解读而非技术解读,但目前实施医疗的主体——医院和临床医生,对这一传统医学知识体系之外的技术还需要学习,而基因测序的检测提供者只提供技术,临床应用责任因为缺乏相应法律保护而没有承担主体,这一体制瓶颈约束了基因测序的发展,需要政策制定者的智慧。  为了解决基因测序结果到临床应用的连接问题,2015年成立了中国遗传学会遗传咨询分会,开始了遗传咨询师的定期培训班,迈出了开拓性的一步。但如何应用于医疗实践,还缺少合理的制度支持。如何对临床标本的基因检测结果进行标准化描述、评估和溯源,是当下医疗体制的瓶颈。生老病死是人类最重要的问题,在相应的瓶颈没有突破之前,基因测序只适合少部分地用于医疗实践,绝不适合在全社会推广应用。  未完待续,精彩内容请关注后续系列报道:  基因测序,风口上的思考(三):什么才是护城河?  基因测序,风口上的思考(四):对未来的预测和建议  作者介绍:  本文作者柴映爽,上海医科大学预防医学专业学士和国家CDC病毒所基因工程学硕士。曾在欧美制药公司工作,2004年初进入Life Technologies 的前身Applied Biosystems公司工作至今,见证了十年来中国基因科学和分子诊断的飞速发展。个人兴趣在于研究基因科学的最新成就,致力于推动成熟的基因科学成果进入中国分子诊断市场并得到健康持续的发展,使得中国的患者能够受益于最新的分子诊断技术。  本文仅代表作者个人观点,与作者所供职机构无关。
  • 基因测序,风口上的思考(一):基因测序市场格局介绍
    基因测序无疑是未来看好的技术之一,但其真实价值几何?什么样的创业项目不值得投资?什么样的技术才有护城河?什么样的应用方向才可能正确?基因测序的前景还有哪些瓶颈?作为基因测序领域的资深从业者,Life Technologies(现为Thermo Fisher收购)公司全国临床与科研事业部销售总监、Thermo Fisher公司全国临床市场战略总监柴映爽写了一系列文章,对上述问题进行了深入剖析。以下为柴映爽系列文章的第一篇:  有一家无创产筛基因测序创业公司寻求1000万的融资,A和B两家投资者来洽谈。投前估值6000万,投后估值7000万。由于有多家感兴趣,因此公司持有人觉得有必要抬高价格以利谈判,把全国预计该做无创产筛的孕妇人数上升一些,把预计收费价格上抬一些,市场容量算出来有千亿,最后改为投前估值9000万,投后估值一个亿。  由于基因测序是一个新的投资方向,又是资源稀缺性项目,对很多投资机构来说很难确定真实估值,恰巧市场有一家融资成功的同类公司估值两个亿,于是大家就以这家公司作为参比。最后认定一个亿的估值,A和B放弃对赌协议,各投资了500万。  这就是国内目前不少基因测序项目在投资时发生的类似情况。基因测序属于小众的知识领域,对于投资者来说,存在知识理解的门槛,因此面对多个投资标的,投资机构很难鉴别哪个是优质项目。  现实情况中,优质项目的创业者往往会考虑限制自己项目的估值,以利下一轮融资时有更多市场主动权。另外由于中国社会的复杂关系,基因测序的相关法规也不完善,创业者为了实现事业目标,以及融资后保证自己的股权话语权,也会邀请多个投资者参与,因此A和B可能都会得到机会。僧多粥少的结果是A和B还会去寻找其他项目,一些非优质项目也一样被纳入视野,后续其他优质项目估值会因此继续水涨船高,一定程度上促成了市场泡沫的形成。  随着时间的进展,投资者逐渐积累了行业知识,鉴别无创产筛项目的能力上升,然而已得到投资的无创产筛基因测序公司在市场中的行为导致环境竞争上升,市场空间变小,新的无创产筛项目不再受到追捧,技术人才还在,投资的冲动也在,大家开始转向肿瘤领域,觉得可能比产筛市场还大,反正也算不清楚。在中国2014年开始加强反腐和新三板改革之后,加上传统产业亟待新的业务增长点,对于基因测序这样一个有很多想象空间的方向,有更多的创业者、资金、传统企业加入,热闹非凡,股市里各路公司都号称自己跟基因测序沾点边,股票都在大涨,这就是2015年开始的中国基因测序行业市场。  基因测序无疑是未来看好的技术之一,医疗和健康,是基因测序最大的应用市场。从社会的角度来说,有更多的人关注基因测序是好事,有助于整个社会共同思考其合理的模式和创造它的真正价值。但是如同任何新技术曲线(下图)一样,基因测序正处于高峰前期的炒作阶段,高峰过后得不到回报的资金撤离,必然会制造一个下跌时期,就像2002年前后出现的互联网冬天一样。什么样的创业项目不值得投资?什么样的技术才有护城河?什么样的应用方向才可能正确?基因测序的前景还有哪些瓶颈?作为这个领域的市场从业者,在这里贡献一些个人看法,供创业者和投资者参考,也希望基因测序在正确的呵护下成长,在未来真正可以为中国的老百姓带来价值。  一、市场格局介绍  我们用个简单的波特模型分析一下目前基因测序行业的市场:  1. 对上游供应厂家议价能力很低  目前基因测序行业内的公司(我们暂把它们称为基因测序应用商)都存在一个问题,就是上游厂商只有Thermo Fisher(收购了Life Technologies)和Illumina两家能够选择,且选择了其中之一作为产品开发平台,就几乎不可能再更改到另外一家,除了仪器外,还必须向该厂商购买仪器运行所需耗材如测序芯片,即便是得到授权在国内生产的,也要购买关键部件。在这方面,应用商全部受制于上游制造企业,基本上谈不上有议价能力,采购的比例越高,议价能力越弱。  当然,上游厂家处于初期市场竞争的考虑,在市场未饱和时,一般不会涨价反而有可能继续降价,但面对亲密程度不同的合作者,价格有可能不同。以无创产筛为例,从公开资料来看,基因测序应用商每个检测的成本中必须向上游厂家采购的试剂要占到至少20-30%,因此,市场不断扩大,对上游厂商是很有利的,因为其中的20-30%都是自己的,随着应用商优化工作流程降低其他成本,这个比例还可能进一步增高,届时只要一涨价,这些基因测序应用商就只能够接受。这一点和另一分子诊断目前的主流平台定量PCR不同,定量PCR的试剂盒厂家已经完全不受制于任何一家上游制造企业。  2. 对下游客户议价能力有限  在医疗健康领域,基因测序应用商的产品,基本上还是通过医院到达消费者手中。也有一些公司在探索引导个人基因组数据的另类消费,如做高端基因体检等等。基本上基因测序应用商都没有自己的医院资源,很多还需要依赖渠道商去打开终端市场,由于医院的数量有限,目前有高通量测序试点资质的医院更少,面对同一家医院入口,市场中同类的基因测序应用商的数量,远远高于有实力的渠道商数量,因此在下游采购者方面的议价能力也显得不那么强,何况中国医疗环境一直倡导低水平广覆盖的原则,终端定价还要受到地方经济水平和物价收费的制约。  3. 新的进入者分割有限的市场资源  基因测序应用市场以临床医院为主,基于中国医院的实际情况,每一个市场在起步阶段如果两种模式并存的话,集中收样模式基本上会输给投放模式。限于各种条件,三级医院是目前看得见的高通量基因测序市场,全部加起来大概在1400家左右,但目前高通量测序临床上只开展了四个专业方向的应用,因此实际能应用的医院还不够多,再加上试点单位的限制,商业通路环节的成本升高,短期来看市场资源还是有限的,但新的进入者还很多,资本市场比较充沛,除了从科研转型的国内国外创业者以外,传统医疗企业、非医疗企业都在琢磨进入,而基因测序的技术人才以及不得不具备的生物信息学人员显得比较有限,大部分公司很难同时拥有优秀的技术人才+生物信息学人才+基因领域市场营销人才的组合团队。未来不排除上游厂商也进入这一领域分享蛋糕,会给现有的应用商带来很大的威胁。  4. 同业竞争格局  2015年之前,多数基因测序应用商重点关注无创产筛领域,随着几家公司拿到CFDA注册证,市场格局大体形成,不具备下游控制力的小型公司很难后来居上,因此从2014年下半年起,很多应用商转向肿瘤领域,同质化的现象比较重,这里一个问题是终端资源有限,大家基本策略都是买仪器—投放医院合作收样本—自己建黄种人肿瘤数据库—用数据库评估药物疗效或患者风险。而全国拿到无创产筛试点的也就108家,肿瘤试点20多家,遗传病试点没公开,基本也在10-20家左右,辅助生殖试点更少。在临床市场份额方面,Thermo(Life)确实走在了Illumina之前,医院的装机量已经大大超过了Illumina,试点单位中更是如此。试点单位已有了仪器,且目前国家开放二次试点的可能性很小,加上目前非试点医院中已经不少已经有了高通量测序仪,使得再次投放的市场空间和利润空间都变得有限,市场上至少有20家以上测序应用商,部分手中还有仪器没有投放出去,因此在试点政策取消之前,如今单指望投放仪器来掌握终端医院市场已经很困难,即使能成功投放,可能多家供应商不得不同时分享一家医院有限的样本量,企业固定资产很高而回报现金流很有限甚至收不回投放成本。  同业竞争格局产生的一个负面影响是基因测序应用商的利润下降,为了竞争有限的医院资源,大家不断降低下游价格,甚至出现亏本竞争。有些大幅降价实质是暗中牺牲了质量。正面影响是部分测序应用商开始尝试新的思路降低成本,比如从外周血里捕获胎儿有核红细胞或是检测游离甲基化DNA以减少测序深度和通量,客观上带动了技术层面的探索。或是通过更好的数据解读服务来强化对医生的指导以增加下游话语权,客观上加深了临床对基因测序的理解,使得基因测序能更加正确地应用于临床工作。  5. 新的替代方法目前不具备威胁  基因测序是分子诊断的金标准,目前无法取代。高通量测序的最大优势是将几十个上百个基因检测一次性完成,并精确检测突变类型和结构变化细节,非常适合需要短时间内完成多种鉴别诊断的临床应用领域(前提是这些基因检测都具备临床意义)。PCR方法方便快速,但在检测更多靶点时,多重PCR的条件很难优化。基因芯片比测序好的地方是可提供高度一致性的数据,但易出现假阳性,往往还要测序或定量PCR进行验证。质谱方法快速且便宜,但基本还是检测蛋白质和代谢物,应用到检测核酸还有困难。也有人在尝试开发用常规一代测序检测大量基因位点的方法,效果还不得而知。当下出现了一些新的技术探索,如从外周血里寻找循环肿瘤细胞(CTC),或是用数字PCR检测外周血里的游离DNA片段(cfDNA)等等,这些技术都还在很早期的阶段,仪器的检测精度有限,另外临床价值不清晰,肿瘤细胞进入血液的时间和比率是多少,检测到的细胞能代表什么肿瘤,细胞数量或cfDNA含量和实体肿瘤大小关联程度有无标准,如何去除大量生物学计算带来的误差,都还在研究之中。目前来看,能代替基因测序的概率偏小,更多出路是和基因测序联用。  未完待续,精彩内容请关注后续系列报道:  基因测序,风口上的思考(二):基因测序的误区和瓶颈  基因测序,风口上的思考(三):什么才是护城河?  基因测序,风口上的思考(四):对未来的预测和建议  作者介绍:  本文作者柴映爽,上海医科大学预防医学专业学士和国家CDC病毒所基因工程学硕士。曾在欧美制药公司工作,2004年初进入Life Technologies 的前身Applied Biosystems公司工作至今,见证了十年来中国基因科学和分子诊断的飞速发展。个人兴趣在于研究基因科学的最新成就,致力于推动成熟的基因科学成果进入中国分子诊断市场并得到健康持续的发展,使得中国的患者能够受益于最新的分子诊断技术。  本文仅代表作者个人观点,与作者所供职机构无关。
  • 基因测序,风口上的思考(三):基因测序的护城河,以及对未来的预测和建议
    继《基因测序,风口上的思考(一):基因测序市场格局介绍》、《基因测序,风口上的思考(二):基因测序的误区和瓶颈》两篇文章后,本系列文章迎来了第三篇,也是最后一篇。接上文,内容如下:  三、什么才是护城河?  护城河是指企业在短期内无法被模仿和替代的竞争优势。目前看到的不同公司的技术差异,不外乎是在运行成本、操作的自动化、数据分析的优化这几个角度,在市场终端的经济意义到底有多少,还需要综合评估和检验。建议企业从以下几个地方考虑护城河的投资:  1. 在上游实现突破  目前的基因测序应用商,基本上无法摆脱上游厂家对成本的控制。即便开发了自己的临床应用试剂盒,按照现在的规定属于III类注册证,要注明试剂盒核心组分和用途,这里就包括了上游供应商的试剂耗材成分,无法更换为另一家。  目前国内有厂家在自主研发高通量测序仪,效果如何这里不适合评价,但这种努力值得敬佩。长远来看,这是非常值得的一步。降低了自身的成本,也避免将来来自上游厂商向下游拓展的竞争。在发展方向上,更长的读长可以减少很多生物信息学的成本负担,是高通量测序仪的出路所在。  不是每个企业都有能力自己研发高通量测序仪,那么如果能致力于用各种方式优化流程中的试剂耗材包括国产化,提高上游议价能力,也是一条出路。  2. 占有产品终端使用者的直接通道  大部分基因测序应用商一开始不能直接建立与产品使用者的联系,需要借助不同通道,比如说目前的高通量测序试点单位,因此增加了通道成本。近期试点单位再增加的可能性很小,因此短期内这个通道成本随着新入者的增加还可能进一步上升。  一种办法是先找一个不大的细分市场深耕,市场里也有这样的公司。由于市场暂时不大,它进入之后竞争者不大愿意再来争夺,保证了其一段时间内通道的优势,有时间树立自己的无形资产。  有公司的做法是在各地的医院内建立自己的实验室,但实验室所有成本自付。这样一来很难被代替。一旦试点全面放开,将直接具有源源不断的销售来源。  另外就是寻找新的商业模式,比如说试图改变支付模式,直接建立起与支付方的通道联系。由于中国各地情况有很大差异,不一定能在所有地方通行。  3. 与其他成熟业务整合,降低成本  每一个临床客户,都可以带来多方面的临床市场。基因测序在临床诊疗中更多的是揭示问题,而不是解决问题。将企业自身其他的产品及业务(如果有的话)和基因测序相结合,更容易融入客户的常规工作, 被替代的风险减小,同时渠道、物流、市场等成本因为被分担而下降,这种成本战略在竞争中不容易为对手复制。如果没有自身其他业务,就应该尽快寻找面向同一客户的其他商业伙伴进行合作。  4. 拓展数据价值的客户体验,抬高客户转换成本  这个可能还需要比较长一点时间,因为涉及到数据库的设计和积累、是否能冒风险帮临床医生解读、外部网络建设等等。目前基因测序的应用价值仍然以大量数据为输出形式,数据带给客户的价值经过二次加工以后有可能以更高的定价出售,同时如果为客户如何使用该数据价值设计出临床路径,将会是非常独特的。打个通俗比方说,就是大家都在市场里卖菜,客户需要买回去自己决定哪些能吃哪些不能吃,怎么来吃。如果有人把菜替客户洗好拣好,做成各种菜肴,告诉客户减肥需要吃这道菜,长身体需要吃那道菜,甚至吃菜的时候应该用什么方式、礼仪,那么有价值的就是这后面的部分。目前很多基因测序应用商只做到了“洗菜拣菜”的工作,后面都做的不够,所谓的数据解读方案都尚停留在技术层面。在中国,医院和医生永远都是稀缺资源,主动为他们提供更多层次解决方案,将大大抬高竞争对手客户转换成本。  以下方面不是护城河:  1. 新的某一专利技术  目前没有看到任何一个技术专利能比别的技术好10倍以上,或是能产生独断市场。强调自己的专利技术来要求过高投资,对企业本身发展和投资者长远来说都不可取。  2. 目前的高市场份额  在一个不断发展的新市场,目前的高市场份额也有可能被取代。由于大部分基因测序仪都还没有在医院被完全充分地使用,因此现有的份额被替代也是很容易的。  3.产品在科研方面的特点  基因测序原先是科研领域的产品,因此有些产品是按照科研思路设计出来的,并不符合临床应用。性能过度超过了客户的实际需求,带来的是成本多余浪费。科研上的优点不等同临床应用上的优点。  4.“数据解读方案”  有些公司强调自己有独特的生物信息学算法或数据解读方案,但要成为护城河还远远不够。这种独特性在临床应用上能带来多少差异,医生和患者是否真切地体验到这种方案带来的好处,都很模糊。如何变为临床医生的语言,如何整合入临床的日常诊疗,如何验证解读结果的可靠性,都需要探索。  四、对未来的预测和建议  未来的发展趋势:  1. 整合入医疗记录  我们必须知道,基因检测结果不会改变成年人自身的健康行为,解决方案才会。如果不能够打通从数据到方案的工作链,未来我们会看到越来越多基因测序无用的负面报道。虽然渐渐也有人意识到要把测序结果转变为“actionable information”,但言之无物。由于领域的跨度,提供者往往不理解这解决方案应该是什么,在临床上,基因测序最终应该无缝连接到医疗病历中去,逐步地改变医生和病人的诊治参与方式。  2. 基因组流行病学  未来基因组流行病学对政府卫生决策部门可能有很强的意义,目前感觉在这个方面工作的人不多。通过分析社会人群基因变化规律,监测疾病谱和基因-环境交互作用的变化,有助于提出流行病学干预措施,评估新的诊断试验的有效性及成本效益分析,甚至可能为保险公司做决策顾问。这个方面将来可能会出现商业机会。  3. 药物研发市场  基因测序值得用于药物研发市场的原因在于:1)有更多的国内国外药厂开始进行靶向药物的研发 2)药物研发市场近年面临成本控制、缩短时间、更加高效的压力 3)基因测序对药物研发中靶点选择和临床试验病人的选择优化都有很好的意义 4)新的药物和基因关联的研究在增加,如现在认为肿瘤的错配基因突变对今年很热的PD-1药物会更加敏感 5)不像临床诊断那样会受到监管政策的影响。  4. 与其他临床诊断治疗手段结合成为新方案  基因测序只是发现问题,并不能解决问题。最终基因测序只是临床诊断中的一个环节中的一部分。它最好能跟其他的临床诊疗手段结合起来成为完整的工作流程,这样才可能真正进入临床市场。现行其他诊断技术若是跟基因测序结合,可能带来意想不到的市场扩大。提供基因测序应用的企业,也要随时关注新的技术是否可能与基因测序结合出现新的方向,如肿瘤的免疫疗法,如CHRISPR技术,如合成生物学,等等。另外,RNA测序可能较DNA测序有更多临床应用方向。  5. 行业并购整合,提高行业集中度  基因测序对行业外人士来看似乎很有门槛,但对于行业内人士来说,门槛其实并非很高,所以才有这么多大大小小的基因测序应用商,不见得大部分都能在未来生存下去,美国也是一样。但在中国,随着本届政府的改革,可能很多传统行业谋求转型,或是医疗公司谋求新的技术突破,届时未来一两年内会有不少基因测序商被这些上市公司收购整合,也是一条生存出路。另外,上游供应商很可能参与到下游竞争中来。如果传统医疗诊断公司或医药公司对基因测序进行整合,成为自身提供的整体医疗方案的一部分,会好于基因测序试图独立作为一个解决方案,在前期将有助于引导基因测序快速发展。  6. 保险业介入  由于人们总希望提前了解健康,因此基因测序对健康变化判断的不确定性,即概率性还是会产生市场。世界上只有两种生意与概率有关:赌博和保险。在国外,商业保险和基因测序结合已经很常见,在中国政府大力发展商业保险的现在,有可能保险业的介入可为基因测序带来支付问题的解决。这种结合不一定是保险为客户免费基因测序,因为客户未来会质疑保险公司做基因检测的专业性以及基因信息泄露问题。有可能是基因测序应用商结合医疗机构在收费层面与保险公司的合作,保险公司会根据自己的精算方式来做出参与判断。  7. 大数据解读平台  如果未来能够解决标准数据库统一建立的问题,有可能出现大数据分析的市场。数据解读的结果用于诊疗过程,可以不受制于于任何上游仪器供应商,前提是这一标准数据库能够为所有人所共享。这一点可能需要更加久远的时间。  对基因测序应用商的建议:  1. 回归商业本源  既然是做商业市场,就并非天天讲故事去圈钱,做讲座去扬名,最终还是要选择一个客户群的问题去解决,而不是选择一个技术去找市场和客户。虽然现在资本市场很热,但没有自己的定位,没有自己的客户群,没有自己的盈利和管理能力,如何度过前进路上终将经过的冬天?产品、渠道和服务才是根本,不能沉醉在自己的世界里不把客户的思路当回事。最先进的技术常常并非最好的现实综合解决之道。技术固然重要,但并非一成不变,特别是一个新技术,还有待在解决客户问题的实践中,根据客户的问题去找基因测序技术的细节,反复锤炼,最终盈利方式完全可能和当初的设想有很大区别。  另外就是应该在成熟市场发展成本优势战略,在不成熟市场寻找差异化定位。过热的市场总会冷却,企业还是要尽快找到自己生存的模式才是正道。  2. 从现有业务出发为客户提供基因测序应用服务  医学是一个实践和经验的积累,临床客户在工作中存在很多缺口。解决问题最终是一项产品,而不是一个技术。基因测序是一个创造产品的技术而非产品本身。如果眼光专注于目标客户的整个流程,就会找到很多可以应用的地方,会发现不止一个细分市场。目前来看单靠基因测序盈利不容易,如果企业能有其他业务服务于目标客户,在现有业务上增加基因测序进行增值,有助于基因测序行业的健康发展。建议做临床市场的基因测序应用商管理团队中一定要有懂得医学的人。  3. 有一个第三方临检中心  医疗技术一定要有明确的实施主体和责任承担主体。基因测序同时具备明确的临床需求和不确定的临床价值,给目前政策制定者出了个难题。因此,将来很有可能是明确的应用在临床医院进行,不明确的应用在另外的医疗机构限制进行,而这很可能就是第三方临检中心。目前国家大力发展第三方临检中心,牌照限制已经取消,自建或收购的成本都下降。因此,建议基因测序应用商能够有自己的第三方临检中心,为迎接未来的可能政策提前做布局。对于目前的比较有规模的第三方临检中心来说,会面临竞争带来的成本提高问题。  4. 非理性消费存在,但不应该以它为基因测序的盈利目标  任何企业都应该有社会责任心,新的技术,应该致力于将它应用到解决社会问题中去,而并非纯粹以投机获利为首要目的。非理性消费,灰色地带,并不能让一个公司走的长远。套用默沙东公司的名言:“我们应当永远铭记,药物是为人类而生产,不是为追求利润而制造的。只要坚守这一信念,利润必将随之而来。”在医疗健康领域,基因测序应该用来创造帮助医生解决某一类病人的痛苦的产品,或是帮助医疗机构提高工作效率,它必将在这一过程中找到自己真正的价值。  本系列前两篇文章:  基因测序,风口上的思考(一):基因测序市场格局介绍  基因测序,风口上的思考(二):基因测序的误区和瓶颈
  • 站在风口上的基因测序产业
    医药学界和资本市场多年前就曾预测,基因,这一揭示人类生命奥秘的学科,未来可能孕育出全世界最大、最重要的产业市场。   现在,一个以基因测序为代表的市场已然到达产业突破的临界点。   BBCResearch的数据显示,2013年,整个基因测序市场的规模约为45亿美元,而随着基因技术的飞跃发展,检测技术成本大幅下降,新一代基因测序技术的应用范围正在迅速拓展,到2018年,整个基因测序市场的规模将猛增到117亿美元,年均增长率达25%。   互联网行业有一句流行的话,"站在风口上,猪都能飞起来",而现在,基因测序产业就已经走到风口。   技术演变下的"多极化"   近年来,基因科学频频进入大众的视野,但真正了解基因测序技术的人并不多。   通俗而言,基因测序就是给基因做"体检"的技术。   众所周知,基因是由A、T、C、G4个碱基组成的序列片段,正是这4个碱基千变万化的排列组合,造就了生物的多样性。而基因测序,就是要分析出各种排列组合,为下一步研究和改造基因打下基础,它将比传统的检测方式更加安全、准确和便宜。   比如,给癌细胞做基因测序,就能知道是其中哪个基因的排列组合出了问题导致正常细胞癌变,从而为预防和治疗癌症提供更精准的方案。   再比如,给准妈妈做基因测序,就能知道腹中宝宝是否有患上某些先天性疾病的基因,与目前一些常规的检测手段6成左右的精准度相比,基因测序的准确度能高达99%以上。   农业方面也有一些容易理解的例子,比如给水稻做基因测序,分析出抗病能力强的水稻与容易病变的水稻的基因排列组合差异,为水稻杂交选种提供参考,效率远远高于传统的人工栽培育种。   按照公认说法,到目前为止,这种给基因"体检"的测序技术,以及相应测序仪器设备,经历了三个大的发展阶段。   第一代测序技术是获得过诺贝尔奖的桑格(Sanger)测序法 第二代是2005年左右逐渐发展起来的,基于大规模平行测序的技术 第三代技术刚刚兴起,目前还处于实验室研究或小规模推广阶段。   在三代测序技术中,高通量的第二代是目前的主流技术,其中的从业公司,因为技术问题或市场竞争,目前仅存的,只有Illumina、CompleteGenomics(以下简称CG)以及LifeTechnologies三家主要公司。   在这三家公司中,实力最强的是Illumina。   Illumina组建于1998年,由于发展较早,再加上娴熟的商业手段操作,成功打垮了众多竞争对手,成为目前全球最大的基因测序设备供应商。   凭借几乎垄断的商业地位,Illumina已开始限制其试剂仪器的使用范围,以保护自己下游应用开发的红利。同时在中国国内,Illumina也在扶持少数下游服务商直接进入服务市场,甚至和自己的测序仪客户竞争,以最大程度控制市场。   第二家公司是LifeTechnologies,2013年被ThermoFisher并购。它的测序技术具有快速(4个小时完成测序)、仪器结构简单、小巧、造价便宜的优点。   不过,由于整个技术设备市场基本被Illumina占有,即使短时间内LifeTechnologies凭借技术特点在市场获得一定优势,但未能形成与Illumina的对等竞争态势。   两大公司之外,还有一个业内人士都觉得神秘的CG公司。如果要定位,CG可以说是二代测序市场的搅局者。正是由于其平台具有比Illumina更高通量和更准确质量的特点,在数年前,曾和Illumina形成制衡并分庭抗礼,带动了测序标准的提高以及测序价格的显著下降。   但是CG毕竟是初创公司,在商业运作、市场渠道等方面远远比不上Illumina。在竞争对手各种市场和法律手段的运作下,商业压力剧增,运营陷入困境。2013年,中国的华大基因利用了这一契机,并购了CG公司。   依靠这起并购,中国获得了和美国一样的比较优势,促使Illumina等跨国企业不得不授权仪器给中国企业参与国内市场竞争,极大地推动了技术进步和成本降低,促进了全球基因产业格局的"多极化"发展。   同时,基因数据亦属于国家安全的一部分,如果核心技术都掌握在跨国公司手中存在数据风险隐患,国家发改委也明文规定基因检测是外商禁止投资的领域。从这个意义上看,CG技术国产化也确保了中国基因数据的安全性,具有重大的战略意义。   前景不容小觑   从全球发展趋势来看,目前全球基因测序领域正处于一个快速向应用转化的产业化、民用化发展阶段,这个产业的广阔未来已经毋庸置疑。   目前,在科研、生殖医学、肿瘤个性化、生物大数据等几大主要方向上,基因检测都已在逐步从纯粹的仪器和试剂销售,向公众服务发展。   这带来的一个直接影响是基因测序从业公司的估值,都将随着产业的爆发而水涨船高,ThermoFisher并购LifeTechnologies,并购费用超过百亿美元 罗氏为了收购Illumina,更导致Illumina股票PE达到了100倍以上,市值超过了200亿美元。该领域应用前景受到投资者和资本市场的广泛关注和热烈追捧。   在中国市场,这个行业的市场潜力同样不可小觑。   从市场成熟度、从业人员规模以及接受程度来看,目前中国基因测序仪器市场在全球具有领先地位,基本能够同步于美国的步伐,甚至在某些领域超过了美国。   一个典型的超越案例是胎儿染色体无创诊断技术,美国还在各种专利纠纷和实验室测试阶(所谓的CLIA实验室阶段),中国已经完成了大规模临床研究,在临床研究论文、该检测的技术标准、行业标准等方面已经具有非常高的临床成熟度和产业成熟度。   同时,由于华大基因在全球推出了2000元人民币左右的终端价格(而美国的价格是2000美元),使得该检测在民用领域迅速推广,具有非常好的群众基础,各大医院也都逐渐启动了高通量测序用于遗传诊断方面的应用。   不过风险还是存在,目前全球只有前文提到的3家公司完整拥有测序技术核心知识产权。而这3家公司都是通过收购来实现,其余依靠授权或者自称研发出测序仪的国内公司,在临床应用的技术、成本和商务层面,会受到较大限制。   技术与监管变量   再看具体的市场格局,由于各家公司的技术各有优劣势,谁先在风口上起飞不好下定论,但有一点可以确定,目前已经占据先机的三家公司,Illumina、LifeTechnologies以及华大基因等,肯定是最早起飞的那一批。   但更关键的问题是,谁会飞得更稳更高?   Illumina坐拥市场规模优势,率先享受产业爆发的红利已经是大概率事件,这也是近年以来,Illumina动作频频,高管访华,与贝瑞和康等中国代理商合作,积极争抢中国市场的重要原因。   LifeTechnologies虽然没有Illumina所具备的市场规模优势,但正如前文所述,其技术特点使其在某些特定市场具有独到的优势,乘着产业爆发的飓风,势必也会迎来黄金发展机遇。   唯一的变量是CG以及华大基因。当然这种变量不是指起飞与否,作为全球测序服务市场的航母,背靠最大的中国市场,华大基因以及CG的起飞同样板上钉钉。这里的变量,是指飞到最高点的可能性。   技术层面的可能性已经被业界所公认。华大基因并购CG后,保留了CG在硅谷的研发团队,并将团队规模扩大了一倍,同时结合中国本土的经验丰富的研发团队共同合作,已经开发出在精度、可重现性和稳定性上提高几个数量级的临床测序技术。   技术之外,更显著的变量来自认知。因为是一项前沿的高新技术,又涉及人类生命健康,所以公众潜意识里会因不了解而产生抵触情绪。一直以来,即使是国家监管部门,对于基因测序这项新兴技术和市场的监管,也始终难以着手。   而由于基因测序产业蕴含巨大的商业价值,市场上也确实存在良莠不齐的问题,很多没有资质、技术不过关的小公司或体检中心都在开展基因测序业务,影响了产业的健康发展。   不过,从监管部门的反馈来看,现在国家已经意识到基因测序技术的重要性,以及技术从实验室向临床应用演变的趋势,正在计划出台一系列针对设备、试剂和方法的准入机制,比如基因测序的仪器设备和配套试剂必须获得医疗器械准入,从而保证相关检测的安全有效。   在监管难题解决后,市场竞争格局的最终走向也将更加明朗。
  • 中国基因测序界杀出“黑马”
    “别人是买枪打鸟,我们是自己造炮。”深圳瀚海基因生物有限公司发起人——美国莱斯大学生物物理学博士、斯坦福大学博士后贺建奎这样生动说明自主研发的第三代单分子测序仪。昨天,记者采访时了解到,中国首台自主开发的测序仪样机已经通过院士团队评审,而真正的产品化预计10月就可以做出来了!  中科院陈润生院士说:“你们是国内唯一一家完全自主创新的测序仪。”而世界顶级权威科学杂志《自然》对其样机原理进行了重点报道,并警告式地提醒美国和其基因测序巨头将迎来“巨大挑战”。与东部大名鼎鼎的华大基因相比,位于南山的瀚海基因可谓“名不见经传”,在媒体和网页上几乎搜不到任何有用信息,犹如一匹“黑马”在中国基因测序界以“第三代测序仪”领头人的姿态突然杀出!在今天最热门的基因工程中,一下子将深圳的基因测序推上了“世界屋脊”。  基因测序进入中国自主研发时代  如果说基因测序不为公众所熟悉,那么当前最热门的“精准医学”或可帮普通读者一窥端倪。今年以来,国家科技部、国家卫计委等纷纷“放大招”,这种基于“个性化”的基因层面医疗手段,被寄望于治疗各种各样的先天性疾病、肿瘤癌症等,专家预计精准医疗计划将催生上万亿的市场,其中基因检测服务业也将达到百亿级。  翻开不少大学的基因测序网站,有公开目录的第二代基因测序仪基本上是美国ILLumina公司,一台机器售价几十万美元很正常。由于技术稳定应用广泛,依靠着300多项专利全球保护技术,它基本垄断国内二代测序仪市场,市值200亿美元,而试剂的毛利更在98%。贺建奎说:“瀚海基因的出现,直接越过第二代测序的繁琐、耗时和费用奇高等特点,进入中国自主研发时代。”记者了解到,虽然目前国内也有在做第三代测序仪的,但无论从技术授权和自主研发的角度都没有成功案例。  目前只有美国太平洋生物、英国牛津纳米孔和深圳瀚海在做第三代基因测序仪,瀚海基因的出现让中国基因测序技术直接和欧美形成“三足鼎立”,以后可以不再依赖进口设备。  价格降10倍速度升10倍,中国基因测序进入“高铁”时代  迄今,瀚海基因共申请了50多项专利,全球专利授权6项。如果你以为能取得这样成绩的是一家“大公司”,那就错了,目前整个公司所有人员加起来才50多个,而且创立于2012年。  贺建奎团队之所以能如此迅速掌握第三代基因测序核心技术,不得不提贺建奎的导师——美国科学院院士、生物物理学泰斗斯蒂芬奎克,奎克也是瀚海基因的首席顾问。2012年,当时只有28岁的贺建奎回国在南科大任副教授时,在与朋友的闲聊中萌发创业的愿望,很快瀚海基因就诞生了。然而一路上并不平顺,喜欢赚快钱的国内风投,对于至少要5年才能收效的项目不感兴趣。经历过两次几乎要关门的风险,年轻的瀚海公司挺住了,2015年10月27日,诞生了第一台第三代基因测序仪。  瀚海基因常务副总经理颜欣博士介绍,这台仪器首先从检测时间上来说,让几个小时内出报告成为可能,大大降低了时间成本。另外,从价格上来说可以进入“百元时代”。二代技术的一次检测普遍要1000多美元,折合人民币7000元左右 而三代技术则将成本降低10倍,基本可以几百元搞定。  5年产值150亿元, “瀚海领航”还将带起一片产业链  行业发展面临大爆发,迎风而上将带来千帆竞渡。  贺建奎说,瀚海基因首先将着眼于中国临床市场,为全国三甲医院提供基因检测及精准医疗服务,未来5年预计总产量3000台,实现产值150亿元。由于具有核心技术,成为基因检测的领航者,瀚海可以带动精密仪器制造、光学系统、大数据分析、微流系统、生殖健康和精准医学等一大批高科技产业的发展。同时,它打造的这一平台今后将对接生物、医药、新型农业等众多新兴产业,为百姓健康、生物制药、高效养殖等提供原始基因数据,并将催生一大批新型产业链条。  未来的深圳,就像曾经的电脑、电子元器件、手机等一次次引领中国产业风潮那样,必将再次成为基因时代的领航者。而深圳的未来,就是美国的硅谷,一批像瀚海基因这样的“重人才轻资产”的创业型公司,带来的产值却无法估量。
  • 基因测序不能有“江湖味”
    &ldquo 我国应尽快出台基因测序相关实施细则,制定检测技术和从业人员准入制度,严格控制检测质量,加强行业监管。&rdquo 最近,针对基因测序领域的再度升温,南京军区福州总医院的临床专家强调,&ldquo 一些发达国家对基因测序工作已经制定了完整的标准和规范 而我国基因测序领域存在一些乱象,有很多机构使用的进口测序设备没有获得进口医疗器械产品注册证,有些机构不具备测序条件和专业技术人员。另外,东、西方人的遗传背景不同,测序工作不能完全照搬西方检测方法,而要以国人的遗传学研究为基础&rdquo 。   没有针对性的基因测序没有意义   目前,有的广告宣称&ldquo 99.99%的基因准确率&rdquo ,有的机构承诺&ldquo 一滴血知百病风险&rdquo ,有的中心夸口&ldquo 可查1000多种遗传性疾病&rdquo ,检查费用从数千元至数万元不等。&ldquo 这中间有不少忽悠的成分。&rdquo 南京军区福州总医院第一附属医院健康管理中心陈玉辉副主任医师说,&ldquo 实际上,基因检测过程比较简便,它采用荧光定量、基因芯片等检查技术和工具,通过检测人体血液、其他体液、细胞,诊断和预测个体罹患某种疾病的风险等。   据陈玉辉介绍,基因测序有三大用途,一是预测遗传病风险,例如,两名聋人结婚,在理论上可以通过基因测序预测其子女的耳聋几率 二是明确诊断,例如,有的人身患怪病,研究人员可采用基因测序技术研究病因 三是指导用药,理论上,基因测序有助于确定更有针对性的用药方案。   &ldquo 需要注意的是,没有针对性的基因测序没有意义。临床基因测序被限制在一定范围内,即仅检测大肠癌易感基因、家族性乳癌易感基因,以及血友病A、B基因突变等特定项目,不建议将基因测序作为常规体检项目。即使通过基因测序发现某些基因对某种疾病存在易患性,也不能断定二者之间存在必然联系。&rdquo 国家中西医结合肿瘤重点学科、南京军区福州总院肿瘤科欧阳学农教授指出,很多人迷信国外基因测序技术和检测产品,实际上,目前美国开展的肿瘤基因筛查和国内一些大医院的检测方法是一样的。其中,乳癌易感基因BRAC1、BRAC2突变检测在国内已开展数年。BRAC1基因是第一个被发现的乳癌易感基因,该基因突变者在一生中患乳癌、卵巢癌的风险显著增加,到70岁时发生乳癌的累积风险达50%&mdash &mdash 80%,并且容易早年发病。不过,即使该基因测序结果提示患癌风险较低,也不能保证受检者不患癌,况且中国女性和欧美女性的基因突变频率等也存在差异。   基因测序领域有故弄玄虚者   &ldquo 从宝宝口腔黏膜中提取DNA样本,就能测出天赋基因、多情基因、害羞基因、酗酒基因。&rdquo 如今,有些家长受到类似不法广告的鼓动,带着孩子进行分门别类的基因检测。对此,全军儿科中心副主任、全军优生优育研究所儿童保健研究室主任、南京军区福州总医院儿科任榕娜主任医师明确指出,广告上说&ldquo 保证99.99%的天赋基因准确率&rdquo ,纯粹是不法机构在故弄玄虚。虽然理论上基因测序可获得个人的&ldquo 生命密码&rdquo ,但要读懂这部由密码写就的&ldquo 天书&rdquo ,为时尚早。目前,国内外都有一些急功近利的基因检测公司夸大宣传,误导了不少人。甚至有一些机构不具备测试条件或采用劣质芯片进行检测。   &ldquo 人类与智能有关的基因或许有几十个、上百个,只知道其中一个基因是无法说明个体智能的。孩子的天赋由多种因素决定,基因检测不能给孩子下&lsquo 判决书&rsquo 。除了一些疾病的易感基因之外,其他基因标准尚没有定论,有赖于科学界继续破解基因功能,积累足够多的、能说明问题的样本。一些新兴的基因检测,比如速度爆发力、性格特点基因检测等,仅仅停留在探索阶段。&rdquo 任榕娜强调。
  • 华大基因二代基因测序“秒揪”颅内感染源
    p   如果不是那场突发脑炎,22岁的唐山万航国际船务代理公司菲律宾籍船员Vicoy可能永远想不到会和二代基因测序发生关系。 /p p   当时Vicoy在船上工作,6月2日发现自己左侧胳膊和腿没了力气,还头疼。 /p p   3日,他被送往曹妃甸区医院。治疗数天,Vicoy左侧肢体瘫痪症状加重,又开始发热。8日,他被转到唐山市的三甲医院——华北理工大学附属医院。神经内科的管床医师毛文静是Vicoy的主治医生。她记得,刚来医院时,他左侧肢体几乎完全瘫痪,双侧瞳孔不等大。 /p p   腰穿之后,医生看到了呈微黄色的脑脊液。“这绝对有问题。” Vicoy脑脊液白细胞含量高,但糖含量低。“我们初步判断这是脑膜炎引发脑组织坏死,但脑炎性质不是很确定。”9日,凭着临床经验,医生给Vicoy使用了抗结核药物治疗。 /p p   但是,还不能确诊。 /p p   医生用常规方法检测结核菌,始终没找到。“涂片染色、细菌培养,都没用。”始作俑者一直身份不明。病人病情稳定了下来,可是依然发热。医院神经内科主任刘斌教授知道,重症颅内感染病情凶险,如果迟迟无法对症治疗,病人将有生命危险。 /p p   得搬救兵。6月12日,刘斌联系了北京协和医院神经内科教授关鸿志。他还有另一重身份。协和医院神经科从2014年起和华大基因研究院合作,在国内首先开展脑脊液二代测序,用于中枢神经系统感染性疾病的病原体筛查。关鸿志正是这个项目的负责人。 /p p   “脑脊液二代测序技术,我们在国际上都领先。”8月27日,关鸿志接受科技日报记者采访时说。 /p p   二代测序是一种新型核酸测序手段,它为高通量测序,可以同时测定几百万甚至上亿条DNA或RNA序列,大大加快了全基因组测序的速度,也使无靶向的病原体广泛筛查成为可能。传统检查技术,是怀疑什么查什么,一种一种试 二代测序技术,则是“一锅端”,它既“广”,也“快”。 /p p   关鸿志建议,用二代基因测序技术试试。6月22日下午,天津华大基因交付病原组统筹人员李媛收到了Vicoy的脑脊液样本。二代测序技术会检测出这份脑脊液样本中所有核酸序列,之后与病原体基因组数据库进行比对和分析,从而确定感染病原体。一般来说,它需要48小时。这一例,华大基因做了加急处理。23日晚上,检测报告出炉。 /p p   脑脊液中检出了结核分支杆菌,病人患的确实是结核性脑膜炎。 /p p   至此,让Vicoy发热头疼的“元凶”才终于露面。院方紧急加强抗结核治疗。强化治疗两三天后,Vicoy的发热症状减轻。 /p p   其实,超过一半的中枢神经感染病例都无法明确找出病因,通用方法是进行经验性治疗。“作为一种分子诊断手段,基因检测为确定中枢神经感染病原体提供了精准结果,非常有意义。”关鸿志说。 /p p   不过,病原体基因组数据库还需不断完善,做到本地化。关鸿志举例道,在我国猪绦虫和曼氏裂头蚴是较常见的神经中枢系统寄生虫感染类型,但是目前尚没有这两种寄生虫的全基因组数据。在获得其全基因组数据前,只能将已知的部分基因序列加入数据库中用于比对,这可能会降低检测的敏感度。 /p p   “而且,光测没用,还要会‘分析’。不然数据只是数据,它躺在那,没用。”关鸿志表示,提高检测数据的分析和解读水平,也是助推技术临床转化的关键。 /p p   7月中旬,Vicoy出院。这场中国看病旅程,终于有惊无险,平稳结束。 /p
  • 基因测序产业链透析
    基因测序技术早已应用于医疗行业,通过血液、其他体液或细胞对DNA进行检测的技术,为医疗检测带来了方便和提升了准确性,其发展潜力巨大。基因测序行业必将带来人类健康预防与疾病治疗的革命,发展空间巨大 现在整个行业无论是技术、服务还是政府监管均处于发展初期,国内公司基因测序服务以无创产前基因测序为主,2013年市场规模仅为10亿元左右。   今年2月CFDA与卫计委叫停基因测序业务后,3月份启动试点单位申报,各龙头公司现处于CFDA申报阶段,短期对业务收入必定产生较大的影响。我们非常看好行业长期发展的潜力,但短期我们认为应客观认识行业发展现状,对于有潜力的优质公司给予长期关注。   华大基因拟上市消息近期引发A股市场对基因测序行业的热情与兴趣。基因测序行业作为高端中的高端行业,市场虽然具有浓厚兴趣,但由于很强的技术知识要求使市场难以把握基因测序的实质核心与客观现状。   我们认为有必要向市场深入浅出地、客观地阐述基因测序行业的基本情况以及我们的核心观点。笔者曾于美国从事癌基因表达调控研究与医药研发,对国外基因测序行业具有比较客观的认识,结合我们在中国市场的调研,向大家阐述行业的客观情况。   一、基因测序行业产业链   从基因测序产业链的上、中、下游三个主要环节来剖析该行业,是比较清晰有效的方式。   (1)处于产业链最上游的是基因测序仪器与耗材试剂,国外的主要公司是Illumina、Life Tech以及Roche 国内多采取与国外公司合作授权的形式,主要公司有华大基因、贝瑞和康与达安基因 从事自主研发的公司主要有紫鑫药业(与中科院基因组所合作)等。   (2)中游是基因测序服务,而现今国内最主要也是最成熟的基因测序服务是无创产前基因测序,美国的主要公司有Sequenom, Verinata Health,Ariosa Diagnostics 和Natera 国内市场主要被华大基因及贝瑞和康垄断,其他公司还包括达安基因,诺和致源,安诺优达等。   (3)下游消费群体包括医院病人、药厂及科研机构等。   (一)上游:基因测序仪与耗材试剂   1. 基因测序仪器是基因测序的基础,而基因测序仪的核心是基因测序技术,迄今已经产生三代技术:分别是第一代基因测序技术,即Sanger测序技术 第二代基因测序技术NGS(Next Generation Sequencing),主要有Roche 的454 技术,illumina 的Solexa,HiSeq 技术和ABI 公司Solid 技术,Roche454技术已逐渐淡出,计划于2016年正式停产,现今主要以Illumina的HiSeq技术为主 第三代基因测序技术TGS(Third Generation Sequencing),主要以PacBio 公司的SMRT 技术和Oxford Nanopore Technologies的单分子测序技术为主。   2. 第二代基因测序技术NGS是现今最稳定,应用最广的基因测序技术,NGS仪器市场被国外几个龙头所垄断,2013年Illimina以53%的市场份额位列第一,其后是Life Tech38%,以及Roche8%。   3. 国内公司采取两条路径:   3.1 一条是通过和国外仪器生产商合作,授权或买断产品,到国内贴牌的模式。这种模式的产品虽然用的是国外的仪器及技术,但申报CFDA走的是国内的仪器设备通道,申报与审批相对比较快。如贝瑞和康(与Illumina合作生产新型测序仪)、华大基因的BGISEQ1000(基于Complete Genomics的测序平台)、达安基因的DA8600(基于Life Technologies的Ion Proton测序平台)都是采用这种模式。   3.2 另一条是自主研发的模式,如紫鑫药业(和中科院基因组所合作)。紫鑫药业的基因测序仪采用的焦磷酸发光测序技术,类比的是与Roche454类似的基因测序技术,在测序读长中具有一定的优势,而在测序通量及成本上与Illumina的技术有较大不同,中科院与紫鑫药业计划于今年下半年推出最终的Beta测试版。科研机构中,中科院基因组所的于军教授和北京大学的谢晓亮教授都是该领域中的领先研究者。   (二)中游:基因测序服务   我们首先应该认识到基因测序服务具有巨大的市场潜力,未来一定将带来从未病预防领域到基因治疗领域的革命性的突破。从现在来看,我们认为基因测序服务主要有三个比较重要的应用领域:   1.无创产前基因测序业务:目前最主要及最成熟的基因测序服务   1.1无创产前检查针对的是一些常染色体疾病,最常见的有21三体综合症、Edwards综合症和Patau综合症。传统的检查方法是通过孕妇B超,发现高危后,再做羊水穿刺,进行诊断,具有一定风险。而无创产前基因测序可通过孕期检查,抽取母体外周血得到胎儿DNA,通过基因测序的方式判断胎儿是否患病,检出率可达99%以上。   1.2市场容量   我国每年有2000万怀孕母亲,现在平均每次无创产前基因测序费用约为3000元(终端价格),随着技术的发展与检测量的提升,我们若以每次检测费用1500元计算,假设50%的渗透率,估测市场容量为2000万人*50%渗透率*1500元/次=150亿元。   而现在国内市场大小约仅为10亿元左右。在CFDA今年二月份叫停基因测序业务之前,国内主要被华大基因及贝瑞和康垄断,其他公司还包括达安基因,诺和致源,安诺优达等。我们预计2013年华大基因与贝瑞和康的无创体检量均为14万次左右(华大基因略高),按终端价格3000元计算,终端销售额均在4亿元左右。而其他公司如达安基因,诺和致源,安诺优达等总共加总的检测数量约为1万例左右,这其中达安基因占比较高。   今年2月由于受到CFDA叫停影响,除个别地方外,基因测序服务已基本暂停,对今年的业绩收入产生较大的负面影响。目前贝瑞和康一方面申报临床试点,另一方面通过和Illumina合作,申报基因测序设备认证,双线推进基因测序业务在国内的认证。   2. 基于基因测序的药物靶向治疗:未来市场前景广阔,但目前处于研究发展初级阶段   2.1 基于基因测序的药物靶向治疗   基于基因测序的药物靶向治疗是指通过对患者基因组测序,分析确认某致病基因是否突变,从而对该病采取不同的治疗措施。如乳腺癌患者中,25%的患者是由于HER2 基因突变造成,而另外75%的患者,是由于其它单个或多基因的突变造成的。基因泰克的靶向单抗药物赫赛汀,专门用于治疗25%的HER2基因突变的患者。这时如果这另外75%的患者用赫赛汀治疗乳腺癌将是无效的。因此对乳腺癌患者首先进行基因测序,确认是否是HER2突变,可以很好的对症下药,决定是否使用赫赛汀进行治疗。   2.2 用药敏感性   中国每年耳聋儿童中有不少是因为药物敏感导致的&ldquo 一针致聋&rdquo 。耳聋基因可通过线粒体遗传,耳聋基因阳性的儿童表面看起来完全正常,但只要使用了庆大霉素等氨基糖甙类药物,就会&ldquo 一针致聋&rdquo ,若对新生儿在用药前进行耳聋基因测序筛查,则可避免事故的发生。   2.3 虽然未来市场前景广阔,但目前处于研究发展初级阶段   基于基因测序的药物靶向治疗的大规模应用的主要困难在于:(1)科学界对人类基因组的解读刚刚开始,基因和疾病的关联关系研究仍处在比较初级阶段。以癌症为例,除去环境因素,某种癌症的发病往往不是单基因决定的,而是多个癌基因和抑癌基因失调综合作用的结果,是一个复杂的调控网络,所以首先第一点从基因到疾病的单一关联关系就很难确认。(2)现在针对某一特定基因的靶向单抗药物数量较少,处于研究发展初期。(3)基于基因测序的药物靶向治疗大规模应用需要基于以上两点的大数据支持,而现在我们看到的只是冰山一角。   3. 未病基因测序(疾病风险评估):尚属非常初期阶段,需要未来研究支持及大数据支撑   未病基因测序是指通过对人体进行基因测序,结合一些已知的疾病和基因之间的关联数据,&ldquo 推测&rdquo 出该个体患某种疾病的概率。基于与1.2基因测序靶向药物相同的原因,以及我们所知的疾病是外界环境和内在基因共同作用的结果,未病基因测序(疾病风险评估)尚属非常初期阶段。在美国, FDA已于2013 年底叫停23andMe相关的基因测序服务,而23andMe 目前正在向FDA 申请注册健康检测类产品。   (三)终端用户   从广义的基因测序行业应用来讲,终端用户可大体分为两类:一是用于医院、独立实验室等的临床应用。二是服务于科研机构的基因测序应用。   1. 临床应用   基因测序的临床应用主要就是我们以上提到的无创产前基因测序业务和基于基因测序的药物靶向治疗,其中主要以无创产前基因测序业务为主。现在国内基因测序基本都是以医院外包给华大基因、贝瑞和康等独立基因测序服务提供商的模式。   基因测序服务主要分为四大步即:采取血样、基因测序、数据分析与最终反馈。这些步骤对实验室的稳定性和操作的专业性具有较高的要求,基于技术、成本等因素的考虑,目前医院自主进行此类基因测序服务的可能性较低,我们预计未来几年内,外包模式(独立实验室模式)将继续保持主流模式地位。   2. 科研机构   服务于科研机构的基因测序应用现在处于市场分散化加速的阶段。过去由于技术、成本的原因,国内主要科研机构的基因测序主要通过外送给华大基因等基因测序机构来进行。   近年来随着Illumina、Life Tech等公司技术的发展与提升,带来的变化是基因测序仪器价格逐渐下降,测序成本和操作难度逐步下降,现在很多的科研机构已经从Illumina等公司购置了自己的基因测序仪,进行自我服务,所以整个科研机构行业的基因测序处于一个分散化加速的阶段。   二、政府监管   (一)从无监管、到叫停、再到试点申报   1. 2014年以前,我国基因测序行业处于无监管状态,基因测序设备基本完全进口国外设备,基因测序服务主要是无创产前基因测序基本由华大基因和贝瑞和康两家垄断。   2. 2014年2月,CFDA和国家卫生计生委联合发布通知,宣布包括产前基因测序在内的所有医疗技术需要应用的检测仪器、诊断试剂和相关医用软件等产品,如用于疾病的预防、诊断、监护、治疗监测、健康状态评价和遗传性疾病的预测,需经食品药品监管部门审批注册,并经卫生计生行政部门批准技术准入方可应用 已经应用的,必须立即停止。   3. 2014年3月,即基因测序叫停一个月后,卫计委发布《关于开展高通量基因测序技术临床应用试点单位申报工作的通知》。通知要求已经开展高通量基因测序技术,且符合申报规定条件的医疗机构可以申请试点,并按照属地管理原则向所在省级卫生计生行政部门提交申报材料,同时明确申请试点的基因测序项目,如产前筛查和产前诊断、遗传病诊断、肿瘤诊断与治疗、植入前胚胎遗传学诊断等。   (二)企业申报   1. 国内领军企业的&ldquo 两手准备&rdquo   1.1 以贝瑞和康为例,目前国内企业通过CFDA认证,合法进行基因测序业务,有两种可能的路径。一是按照卫计委规定,申报临床试点,若通过审批,则可合法进行包括无创产前基因测序等业务。二是通过和Illumina合作(产品买断贴牌模式),向CFDA申请注册新型基因测序设备。二者如有一项通过审核,均可合法恢复基因测序业务。   1.2 与国外公司合作的&ldquo 快车道&rdquo   目前行业中的领头企业,如华大基因,贝瑞和康,达安基因等,都已经启动了报批和注册工作。他们采取的都是通过和国外仪器生产商合作,授权或买断产品,到国内贴牌的模式。这种模式的产品虽然用的是国外的仪器及技术,但申报CFDA走的是国内的仪器设备通道,申报与审批相对比较快。如果进展顺利,国内这种仪器设备的正常审核时间约为1-1.5年   1.2.1 华大基因:华大基因2013年收购了美国测序公司Complete Genomics,并将其测序仪更名为BGISEQ,华大基因以此平台向食药总局申请注册。目前,仪器正在委托日立公司进行改进,之前的仪器只能做人的全基因组测序,不适合应用到无创产前检测领域。   1.2.2 贝瑞和康:贝瑞和康和Illumina联手生产新型测序仪,向CFDA申请注册。但是这种新型测序仪是否是Illumina最新的NextSeq未获得公开披露。   1.2.3达安基因:2012年,达安基因宣布与美国Life Technologies战略合作,启动基因测序分子诊断项目。达安基因也以基于Life Technologies公司的Ion Proton测序平台申报注册,目前已获得国家受理号,申请工作已接近尾声。   2. 外企进入中国市场   外企进入中国市场的也采取两条路径:   2.1 一条是我们在上文所提到的合作贴牌模式,这种模式申报的是国内产品。   2.2 另一条是通过自主申报的模式,据悉,Illumina等外资公司也有产品在中国进行直接申报,这种模式是为进口产品申报,首先该产品需要有FDA的批文,然后在中国国内走CFDA的进口申报程序,所需时间可能更长。   三、结语   未来,基因测序行业必将带来人类健康预防与疾病治疗的革命,发展空间巨大。   现今,我国乃至全球基因测序行业仍处于发展初期,虽然人类全基因组测序成本已跌破1000美元,但对基因组的解读、临床大数据的积累才刚刚开始。   在我国,基因测序设备自主研发能力与发达国家相比仍然较弱,主要依赖进口与合作 基因测序服务的应用还仅仅主要局限于无创产业检测业务,虽然未来有百亿的市场空间,但现今整个市场仍不到10亿元。政策叫停,各龙头公司仍处于CFDA申报阶段,短期对业务收入必定产生较大的负面影响。   技术在进步、政策在探索、市场在成长,我们需要给这些从事基因测序的上市及未上市的优秀企业一些耐心和时间,长期关注,帮助成长。
  • 基因测序格局初定,得技术者得天下
    据统计,中国每4秒就有一个1个新生儿出生,对应这个数字,中国孕妇是一个十分庞大的群体。多年前,为了防止新生儿出生缺陷,准妈妈们选择羊水穿刺的方式进行产前检查,但是这种方式准确率较低,且存在10%的流产风险,这令不少家庭望而却步,而如今依托于基因检测技术的无痛产检得到越来越多人的追捧。   目前将基因测序技术商业化比较成功的企业有Illumina、Life Technologies(现被Thermo收购)以及中国的华大基因等。随着基因技术的飞跃发展,检测技术成本大幅下降,新一代基因测序技术的应用范围正在迅速拓展,基因测序市场上将谁主沉浮?   测序技术飞速发展   现在国际范围内,各种基因测序主流技术采取的原理各有不同,新一代测序技术特点主要是序列短(30&mdash 150bp)、但是检测通量大(从开始的几百Mb到目前的1Tb以上的通量)、检测周期灵活(几个小时到几天)。正是因为通量高,所以测序的价格已经是第一代测序的万分之一,甚至更低。最早做一个人类基因组测序需要30亿美元,现在测序成本只需要1000美元。   基因测序领域经过多年的发展,产业脉络已经逐渐清晰。早期测序技术目前硕果仅存的是Life Technologies,这家公司在去年刚刚被Thermo Fisher并购。此后出现的454(罗氏),SBL(Life Technologies的SOLiD),以及Helicos等早期出现的技术和公司,或因为技术问题,或因为市场问题、比如被Illumina等强势竞争者的打压,破产的破产,没破产的也基本退出了市场。目前硕果仅存的除了Illumina,只有Complete Genomics(CG)以及Life Technologies的Ion技术。   三分格局被打破   由于发展较早,再加上快速降价、挤压对手的利润、以及成立以低价为旗号对下游服务商组织商业联盟等商业手段操作,Illumina成功挤压打垮了一系列竞争对手,成为目前全球最大的基因测序设备供应商。目前Illumina已经开始限制其试剂仪器的使用范围,以保护自己下游应用开发的红利。同时在中国,Illumina也在扶持少数的下游服务商,直接进入服务市场,甚至和自己的测序仪客户竞争,从而实现最大程度控制市场的目的。   第二个主力公司是Life Technologies。它的Ion Torrent测序技术由于摆脱了常规的光学检测,另辟蹊径,使用半导体检测链聚合反应过程中的质子释放的信号,所以具有快速(4个小时完成测序)、仪器结构简单、小巧、造价便宜的优点。不过,由于整个技术设备市场基本被Illumina占有,所以短时间内Life Technologies凭借其技术特点在市场有一定的优势,但未能形成与Illumina的平等竞争态势。   在两大主要公司之外,还有一个在基因业界人士看来都有些神秘的CG公司。如果要定位的话,CG可以说是一个测序市场的搅局者,正是由于其平台具有比Illumina更高的通量和更准确质量的特点,在数年前,曾和Illumina在人类全基因组重测序市场上形成制衡并分庭抗礼,带动了测序标准的提高、以及测序价格的显著下降。   但是CG毕竟是一个初创公司,在商业运作、市场渠道等方面远远比不上具有十足市场优势的Illumina。随着Illumina在市场和各种法律纠纷干扰手段的操作下,CG陷入困境。而迫于Illumina与自己下游竞争和不断提价的商业压力,我国的华大基因利用了这一机会,于2013年并购了CG公司。凭借此次收购,华大基因一举占领了基因测序的上游,并同Illumina、Life Technologies一起奠定了继续测序市场的新格局。不仅如此,凭借自身完整的产学研一体化的布局,华大基因相比前两者更具优势。   华大的技术王牌   不过值得注意的是,目前全世界只有前面提到的三家完整拥有测序技术核心知识产权的公司&mdash &mdash Illumina、Life Technologies、华大基因。而且三家公司本身都是通过收购来实现,Illumina收购了Solexa, Life Technologies收购了Ion Torrent,而华大收购了CG 其余的授权或者所谓做出了测序仪的国内公司都会在真实应用的技术、成本和商务层面受较大限制。   华大在并购完成之后,保留了CG在硅谷的研发团队,并将团队规模扩大了一倍,同时结合中国本土的经验丰富的研发团队共同合作,已经开发出将投入产业化应用的临床测序技术BGISEQ-1000和BGISEQ-100。   新产品大大简化了样品处理的流程,缩短了整个周期,优化了生物云平台,做到一键式、傻瓜式、大数据库支持,能够进入任何一家医院而不需要任何前期测序基础。在临床产品的精度、可重现性和稳定性方面比市面已有技术提高几个数量级,达到99.999%以上的碱基准确性。   可以说,CG的技术是非常稳定可靠的,有多篇顶尖的文献可以证明,这一点是华大基因收购CG的重要原因。CG之前的不成功,主要是差在商业模式而不是技术。而在基因测序这一高科技领域,&ldquo 技术为王&rdquo 依旧是一个硬道理,这或许也是华大基因和CG最强大的竞争资本之一。
  • 基因测序里还有哪些技术“劫”?
    日前,一些从事医疗投资和基因组医学研究的学者在艾瑞咨询主办的“基因测序赛道扫描沙龙”上探讨产业发展上的技术“劫”,希望明晰产业发展“路线图”。2016年3月,在科技部发布的重点专项申报指南的相关通知中,将“精准医学研究”列为2016年优先启动的重点专项之一,支持以基因测序为基础的精准医疗行业。从2014年卫计委对基因测序的临床短暂叫停,到当年发布试点名单,政策的重启,开动了我国基因测序产业“开往春天的列车”。试点一年多以来,相关行业、企业和研究单位纷纷找到方向,快速启动相关仪器、试剂、软件的注册工作,并带动了研究聚焦和资本聚集。读懂“二级密码”,才能和“病”搭上线从研究到临床,原来最大的障碍——钱的问题解决了,还有什么“劫”?与2001年人类基因组草图发表时相比,基因测序成本降至“万分之一”,然而临床应用却没有成倍增加。事实上,“测序”只完成了生命体“一级密码”的解读,要让它和疾病关联起来,还需要“解密”基因突变带来了哪些疾病,将“基因片段”和“疾病发生”匹配起来,完成“二级密码”的破译。中科院北京基因组研究所博士生导师方向东将临床应用的实现归结为3个要素:队列以及样本库是基础、可实现医学干预是核心、数据集成与分析是关键。因此,单独的基因测序数据并不能指导临床治疗,要习得“二级密码本”需要建立样本库、积累多维度数据并进行分析,一层层剥开“生命密码”,指导临床治疗。“是基因数据和多维度数据的解读能力,将基因测序技术推向临床诊断和治疗。”方向东说。然而,目前基因数据分析和解读能力仍然能力不足,基因数据的解读很大程度还停留在基因水平,而不是精确的基因突变水平,同时基因数据还不能同病患生理体征、生活习惯检测和微观环境等多维度数据进行综合分析。投资圈“在预热”,设备国产化不能成为“软肋”“说实在的,能够投资的公司只有百分之十几。”谈到在基因测序行业进行投融资的经历,君联资本总经理蔡大庆说,投资者应该明确要注资的是基础研究,还是能够商业化的研究?“有很多投资,投的是科研院所要进行的研究。”他认为目前的投资模式存在错位现象,一大批投资投向各种各样的研究,创业团队从事的却可能不是领域里所缺的,好的商业环境应该是“多家科研机构共同出资支持基础研究,到一定程度后,由商业机构接过去,再用到病人身上”。不仅投资没有形成合力,基因测序行业在互联网医疗里也算“冷门”。据艾瑞发布的《全球二代基因测序行业投研报告》显示,互联网医疗行业在2015年共获得141笔投资,金额15.1亿美元,其中我国基因测序行业仅获得16笔投资,金额为0.7亿美元,约为互联网医疗行业的1/20。调查显示,这是缘于我国基因测序行业上游设备制造严重依赖进口、且有现行可替代检测方法、医疗实际需求没有大量形成。关于设备的国产化,方向东认为虽然起步晚,但正在大步紧追,“华大基因发布了具有完全自主知识产权的基因组数据分析云计算平台BGI系统,华音康公司已生产出国产高通量测序系统,中科紫鑫开发的Pad测序设备几个小时内完成测序、便携小巧、适合临床,刚刚获得了国家六千万的仪器专项资助。”Pad测序可能帮助国产设备实现“弯道超车”,“如果掌上设备就能完成测序,那将带来结构性变化。”艾瑞研究院院长曹军波表示,硬件的便携性促成了互联网的发展,同样可以把基因测序“嫁”到各个产业上,“掌上设备让海量数据更易被采集,分析的样本库也将更庞大,后续撬动的市场规模将极其庞大。”“大数据”官方整合,多角度接入撬动市场样本库是基因测序迈进临床的“基础”。30年来,超过20万人的生物样本库在江苏泰州建立起来,60余万例食管癌的数据及400例以上食管癌完整的基因组、转录组、蛋白组数据也经过数年建立起来……这些分散的数据库需要进一步整合。方向东表示,“临床数据分析时,必须要有一个权威的数据仓储。科技部前年已启动了相关项目,投资数亿元做数据整合工作。”“这个行业的未来走势是什么样,会不会跟互联网领域趋同?”曹军波回答得很肯定:“的确呈现类似的特征。十几年内,测序技术不断变革,测序成本不断下降,这与科技创新的行业特征相吻合,如果有多方面的产业链进入,市场空间可以快速打开。”目前的基因测序应用领域包括遗传病诊断、肿瘤诊断与治疗、生物多样性保护等医疗和非医疗领域。“基因测序能支撑起背后更大产业链。”曹军波说,与“互联网+”相似,目前,很多投资方和企业所看重的,并不仅仅是基因测序本身,而是基于它能够撬动的其他相关市场。也就是说,技术和市场布局逐步完善的基础上,“基因+”也将变革诸多产业领域。
  • 对10万患者基因测序,以色列将建基因组数据库
    p style=" text-indent: 2em " 今年早些时候,为确立自己在精准医学和数字健康领域的世界领先地位,以色列提出了一项开发基因组和临床数据研究平台的国家倡议。 strong 近日,以色列宣布将开启一项大型人口基因组计划,计划到2023年,对超过10万名患者进行基因组测序,以改善患者的个体化医疗服务。该计划还将于2019年初开始与以色列健康管理组织(HMO)合作并收集患者样本。 /strong span id=" _baidu_bookmark_start_25" style=" line-height: 0px display: none " ? /span /p p style=" text-align: center " img width=" 598" height=" 240" title=" 311.jpg" style=" width: 529px height: 218px " alt=" 311.jpg" src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201812/uepic/7f38dd31-6fc6-4abb-998b-cd6924afd51f.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 凭借独特优势 建立国家健康数据库 /strong /p p   据悉,以色列政府计划花费约10亿新谢克尔(约2.66亿美元)来支持这项基因组和个性化医疗计划。该计划的共同组织者、以色列创新管理局技术基础设施部门高级专家Ora Dar表示,该计划的 strong 最初动机就是改进数字医疗健康技术和基础设施,使以色列人民受益。 /strong 除创新管理局外,以色列总理办公室、财政部、卫生部、社会平等部、经济部、科学技术部以及高等教育委员会的领导人也在牵头开展这项计划。据他透露,领导该计划的CEO已经被选举出来,将负责政府以外的资金筹集工作,详细信息目前尚未公布。 /p p   Dar介绍道,工作团队将专注于整合医学、学术科研和工业转化,以便为患有多种疾病患者提供个性化的解决方案。作为该计划的一部分,研究团队还将开展Mosaic Project,招募可代表以色列流行病和种族特征的志愿者, strong 在保证隐私安全和匿名的前提下,收集其临床和基因组信息,最终建立一个可用于研究遗传学和医学信息的国家健康数据库 /strong 。研究团队将在常规医院收集志愿者的生物样本,包括血液、唾液、尿液、粪便以及其他类型的样本,以收集全面的生物信息。志愿者还可以预约进行特定样本收集。 /p p   在Mosaic数据库中,研究人员可以通过识别不同患者的信息,选择性进行NGS测序和其他检测。同时,该研究团队也将开发数据分析技术,尤其是肿瘤的个性化治疗研究领域,但患者样本采集收集工作流程仍需要详细的验证。此外,该计划也将建立科学和伦理委员会,负责研究项目批准和测序资金分配。人们需要申请以获得数据可的访问权。 /p p   Mosaic数据库将借助以色列的独特“竞争优势”得到充实,包括国家获取的患者医疗数据,多样化的遗传人群、先进的科学研究项目以及日益增长的创业环境等。 strong 因为在过去的20年中,98%的以色列人口已经完全被电子医疗记录体系覆盖 /strong ,包括以色列人、贝都因人以及来自世界各地的人,而且大部分人都获得了两个大型HMOS的投保。Dar相信,借助近20年的医疗健康信息,Mosaic Project能够展示以色列公民患有的长期疾病和发病趋势。 /p p   尽管有政府支持,但不可否认的是,该计划的实施仍存在一些障碍。首先就是进一步加强数据系统和数据标准化。为方便人工智能检查患者的数据,要对患者的电子医疗记录、医学影像和样本进行实时监测。同时,还要改善和扩大研究人员获取临床数据的机会,以及加强数据分析人员的培训和资格认证。在道德伦理审查、知情同意和隐私安全方面也要投入大量精力。 /p p style=" text-align: center " strong 大人群基因组计划的兴起 /strong /p p   除了以色列的基因测序计划,也有多个国家先后宣布启动大型人口基因组测序计划,夯实以基因数据为基础的精准医学,为疾病诊疗、药物研发提供更多的数据基础。近日,英国方面宣布,其“十万人基因组计划”工作已经完成。该计划于2012年启动,历经5年半,耗资超5亿美元。计划收集的10万人的基因组测序信息可以帮助科学家和医生更好的了解罕见病和癌症,创造新型“基因组医学服务”框架。此外,2018年10月,英国政府宣布将在未来5年内开展500万人基因组计划,这是迄今为止全球最大规模的人群基因组计划。 /p p   2017年12月,中国正式启动“十万人基因组计划”。这是我国在人类基因组研究领域实施的首个重大国家计划。该计划将绘制中国人精细基因组图谱,研究疾病健康和基因遗传的关系。其覆盖地域包含我国主要地区,涉及人群除汉族外,还将选择人口数量在500万以上的壮族、回族等9个少数民族。 /p p   2018年5月,美国国立卫生研究院正式启动All of Us 研究项目,以加速精准医学研究、改善健康状况。All of Us是NIH近年来资助规模最大的项目之一,也是一项全民参与的健康研究项目。该项目预计纳入100万人的队列研究,参与者包括各种族、不同年龄和性别的人群,也包括病人和健康人。 /p p   此外,法国、澳大利亚、日本等国家都启动了大型的人口基因组测序计划。所有这些计划都指定了多个公司作为合作伙伴,为研究的开展提供特定测序技术服务,帮助分析基因组数据。以以色列的基因组计划为例,目前有500多家以色列公司在数字健康处理方面为该计划提供服务,同时将有更多技术型企业加入合作,某些公司还可以开发网络技术保护患者的个人数据和隐私。具体信息将在2019年年初公布。 /p p   基因组医学为医学研究带来了一场革命。随着世界各国万人级别基因组测序计划的逐渐兴起,以基因组学为基础的精准医学也迅猛发展,大数据竞备赛的帷幕已经拉开。大量基因测序计划的实施为为开发医疗解决方案和创建大数据分析平台提供了数据基础,为癌症、罕见病等疾病的研究提供了数据支持。同时,从事医疗设备、药品、医疗人工智能和数据分析的科学公司也能从中获得临床、基因组和其他相关数据,并最终造福患者。 /p p   参考资料: /p ol class=" list-paddingleft-2" style=" list-style-type: decimal " li p Israel to Sequence 100K People, Create Genomic Database to Support & #39 Digital Health& #39 /p /li /ol
  • 基因测序仪打开国产化大门
    p   在新的产业格局下,进一步推动基因测序技术产业的协作,已成为业内共识。多位专家表示,我国基因测序产业需要政策、资本、技术等各方面的共同努力,加强基础研发与应用领域的密切沟通,联合推动方能促进产业快速发展。 /p p   日前在“中科紫鑫BIGIS二代测序系统推介会”上,全场所有人都将目光锁定在我国第一款具有自主知识产权的二代基因测序仪——BIGIS系列产品上。因为它的出现,填补了我国在基因测序产业链上游设备制造的一项空白。 /p p   中科紫鑫首席科学家任鲁风告诉记者,BIGIS凭借高度集成的模块化设计及完善的上下游配套服务,让测序变得更加简单。而国产测序仪的问世,不仅打破了基因测序仪器及试剂耗材严重依赖进口的局面,降低测序成本,还将带动国内整个基因健康产业的发展,保障国家生物信息安全。 /p p   不过,相比国外基因测序产业的风生水起,国内取得进步的同时依然存在诸多问题。多位业内人士呼吁,技术创新须要产业和资本的及时跟进,国内基因测序产业亟须将政策、资本、技术等各方形成合力,以各领域协作的形式推动产业良性发展。 /p p strong   有望摆脱进口局面 /strong /p p   随着测序技术与产品的迅速迭代更新,各国纷纷开启精准医学计划,BIGIS二代测序系统的问世则被业内誉为“中国精准医学的画龙点睛之作”。 /p p   在中科紫鑫BIGIS二代测序系统样品展示区前,与会嘉宾表现出极大兴趣。据任鲁风介绍,BIGIS测序仪具有吸睛的三大优势,首先,其外形大小非常适合中小型实验室,便捷的触摸屏设计无须用户配备鼠标键盘等附件 其次,完善的上下游配套系统,“傻瓜式”操作流程使测序变得更加简单,即使没有专业背景,也可完成测序操作,解决了客户对于新一代测序分析的后顾之忧 最后,国产化的试剂和芯片打破了国际垄断,降低了测序成本,这也是此次推介会吸引嘉宾眼球的最大亮点。 /p p   BIGIS测序仪由中科院基因组所和半导体所共同参与研发,是整合了一系列机电控制、微流体、光学和软件控制系统的高度集成的新一代测序平台。经过工程化后,目前已成功解决了一系列关键技术难题,完成整机测试,达到并部分超越国际主流设备技术指标。更重要的是,其成本低于进口设备的1/3,应用成本低于进口设备的1/5,将彻底改变我国基因测序仪完全依赖进口的局面。 /p p   任鲁风称,BIGIS测序系统可提供包括全基因组测序、靶向区域重测序、数字表达谱分析等在内的全套测序解决方案,广泛应用于感染性疾病的病因鉴定与基因诊断、遗传病基因诊断与筛查、肿瘤与血液病的基因检测与个体化诊疗、检验检疫以及药物基因组学等多种健康与疾病相关领域。 /p p   目前,中科紫鑫正在进行BIGIS二代测序仪规模化生产前的相关准备工作,预计今年年底或明年年初正式投入批量生产。 /p p   “未来,我们要在美国建立研究机构,跟国际知名的数据公司合作,成立中科紫鑫产业园,实现整个基因测序系统上下游产业的整合,年总产量将实现1万台。届时,在中国无论是新生婴儿还是老态龙钟的老人,都会用自己的测序仪进行基因测序,人均费用也会降到1000元内,终结抗生素及药物滥用的现象。”中科紫鑫董事长殷金龙承诺道。 /p p strong   产业发展“拦路虎” /strong /p p   在任鲁风看来,作为中国首款自主知识产权的测序仪,BIGIS产品将更加接“地气”,更加符合国家生物信息安全的要求,有望以极具竞争力的技术和价格优势获得市场肯定。 /p p   根据Markets& amp Markets的一项研究报告显示,2014年二代基因测序的全球市场为25亿美元,预计2020年将达到87亿美元,年复合增长率23%。其中,二代基因测序是基因学领域中增长最快的子行业,超过基因芯片和PCR技术。 /p p   面对基因测序极具潜力的市场前景,科技部生物技术发展中心处长王德平表示,基因测序技术及产品研发也将被列为我国“十三五”计划中的重要一项。 /p p   “基因测序技术是生命科学、疾病治疗等领域的基础技术,通过深入的信息挖掘,可衍生很多产业。精准医疗、移动医疗都是以测序技术为基点,脑科学、发育等生物相关战略研究也离不开测序技术。”王德平透露,国家可能在今年底发布精准医疗、脑科学、发育三个方面的指南,作为“十三五”国家科技发展战略任务来考虑。 /p p   值得关注的是,虽然我国在基因测序技术开发等方面已经取得一定成果,在国际上的地位也不断提高,但行业整体仍然存在诸多问题。 /p p   上海生物信息技术研究中心研究员丁国徽表示,目前,测序产业市场竞争中缺乏行业标准。比如数据质控标准、仪器认证体系标准等,尤其对于临床来说,更需要严格的指控标准体系。复旦大学信息科学与工程学院教授吴东平也持类似观点:“目前的测序服务公司虽然很多,但由于缺乏统一的行业标准,利益所迫,大有陷入价格战的趋势。” /p p   另外,北京大学工学院教授陆祖宏还指出,国外基因测序技术产业风生水起,非常注重政策和资本的跟进,而国内基因测序产业发展不易,做国产测序仪更是困难重重,相关领域学科间交流与协作欠缺,存在体制创新不足的缺陷,影响了国内基因测序技术产业的创新与发展。 /p p   中科院半导体所研究员俞育德也表示,目前国内在基因测序产业上的投资还是不足,技术创新后不能迅速跟进资本,新技术关注力度不够,技术需要产业及资本支持。 /p p   “目前该领域投入不够、专业人才缺乏、领军人才少之又少,创新能力及技术产品则更少,需要在新技术、新产品研发上更上一层楼,实现各行业需求,把各行业做大做强。” 王德平补充道。 /p p strong   期待协作共赢 /strong /p p   在新的产业格局下,进一步推动基因测序技术产业的协作,已成为业内共识。多位专家表示,我国基因测序产业需要政策、资本、技术等各方面的共同努力,加强基础研发与应用领域的密切沟通,联合推动方能促进产业快速发展。 /p p   深圳华因康基因科技有限公司创始人盛司潼认为,任何产业的健康良性发展都需要多方合作,随着测序产业迅速发展,各种应用不断的开发,产业链正在形成。一方面,随着测序技术的逐渐成熟,应用开发只是自然而然的过程 另一方面,基因测序产业的机会来了,任何产业发展到此,联合推动才更能促进产业迅速发展。 /p p   在业内共同呼吁下,中国基因测序技术与产业促进联盟也在系统推介会当天下午成立。盛司潼表示,做仪器重在技术研发,目前测序仪的核心技术大部分源于国外。成立联盟后可以各取所长,共同进步,在技术研发上占据一席之地,遏制国外一些企业的不合理涨价。 /p p   “今后的发展需要多方合作与配合、资本层面的支持,单纯依靠国家不是长久生存之道,要具备足够的自我造血能力,用资本推动技术发展,这也是联盟的功能之一。”任鲁风补充道。 /p p   通过深入探讨与分析,与会专家一致认为,联盟应该发挥六大主要功能:保持联盟内部成员与科技及学科前沿同步 技术发展与创新和国家需求同步 促进行业协作与交流 推动科研与资本接轨 制定行业标准 促进行业发展。 /p p   随着国内技术的不断创新及资本跟进,陆祖宏对我国基因测序仪未来的发展充满信心:“理想中的测序仪应当更便捷、去复杂化、无试剂、不需文库扩增,而且读长长、通量高、精确度高、成本低、更快速,也许三、四、五代测序技术不久以后都可以实现。” /p
  • 基因测序:亟待加入中国元素
    近几年,随着基因概念股在股市上的热浪,国际癌症基因组计划完成的消息,启动又停止、停止又启动的高通量测序的唐氏筛查工作等等。每天不断更新的消息使得基因测序这个产业和概念成为了一个非常热门的话题。   在&ldquo 创新中国智库专题讲座&rdquo 上,中国科学院北京基因所技术研发中心常务副主任任鲁风作了《基因测序技术在中国应用前景》主题讲座。他主要从基因到底是什么?测序是干什么?基因测序到底能解决我们什么问题以及测序技术、应用在中国及全球的发展态势等方面解读了基因测序的相关内容。   什么是基因测序   &ldquo 首先做一个基本概念的科普。把地球比作生命之树的话,那么人只是大树末端的一个枝节。就动物而言,全球有1000万种动物,其中哺乳类就有5000。人只是其中一种。&rdquo 任鲁风介绍。   据了解,几乎每个生命体都由细胞组成,这个细胞里有一个细胞核,细胞核包裹着遗传物质,从父母那儿遗传的染色体,把它松散拉直之后,就是平常所说的DNA(脱氧核糖核酸),即通过核苷酸作为基本单位,排列形成生命密码。   任鲁风表示,在细胞DNA转化为RNA(核糖核酸)之后,通过RNA在细胞核外面的翻译,生产出蛋白质。而蛋白质也是通过DNA和RNA的排列顺序,构成生命体的不同结构。在这里所有生命活动都是来源于这个顺序,关注这个顺序就可以解决生命的发生和发展问题。   DNA与RNA只有四种基本组成单位,也就是核苷酸,这四种核苷酸仅仅在化学分子结构上具有细微的差异,而这四种不同化学结构的分子在DNA链上的排列顺序,决定了所有生命活动的本质,&ldquo 测序&rdquo 就是把这个顺序决定出来。   &ldquo 人和人之间的差异只有千分之一,就是这个排列的顺序只有千分之一的差别,这种差别引发了无数的遐想,这些遐想促进了生命科学和医学等一系列科研和应用的不断前行。&rdquo 任鲁风说。   测序技术发展了40年,已经走过了四代技术阶段。第一代测序技术已经趋于稳定,在特定市场里保持着独占性应用。第二代测序技术从2006年推向市场后,10年来产生了诸多激烈的竞争,国内厂家也有参与。而第三代和第四代技术,现在还都是处于技术有待成熟和发展阶段。所以近年来主要的竞争还将集中于第二代技术上。   基因测序能做什么   &ldquo 成本的进一步降低,让基因组学衍生出更多的组学相关研究,并延伸至极为广泛的基础研究和实践应用中。&rdquo 任鲁风说。   &ldquo 在涉及生命科学的领域目前都用得到这项技术,目前用基因测序逐渐开始解决实践应用的问题,成本也已经达到实践应用的要求。&rdquo 任鲁风表示,这项技术应用领域包括检验检疫,食品安全、种质鉴定、临床诊断、环境检测、疾病防控、微生物的进化。在农业、林业、畜牧业、渔业等领域,测序技术也已经开始应用其中。   任鲁风介绍,现在突发传染病每时每刻都在发生,但不会再出现像2003年SARS疫情时长时间不能准确判别病原的情况了。基因测序技术能够在新突发传染病发生的72小时内获得病原的确切信息。   法医鉴定方面早已将测序技术作为基本物证鉴别手段。在国家安全层面,基因信息的安全性和生物反恐都是值得注意的发展领域。实际上这些都是细分领域,目前已经开始呈现市场容量急剧扩张的趋势。&ldquo 基因测序在应用市场里的蓬勃发展和爆发式的增长将从2015年开始。&rdquo 任鲁风说。   基因测序重在医学   据悉,奥巴马在国情咨文里边提到,要启动精准医学计划,要把所有人基因组全都测完,指导后期的健康分析。这被定义成医学上的一个划时代的开端。   那么究竟什么是精准医学呢?任鲁风介绍,根据大量数据积累和分析,得到一个数据库,这样就会得到不同的基因型和疾病与用药之间的关系,之后通过每个人不同的基因或基因表达水平的不同,与这个数据库去对照,会发现每个人每一种疾病的预防、发生、发展、治疗、预后均和基因具有显著的相关性,这样直中靶心,采取有针对性的不同的治疗方法,这就是所谓的精准医学。   在目前这个初级阶段,基因测序可能更多集中在遗传病的诊断,传染病的病原检测,肿瘤的个体化治疗以及药物基因组学方面,也就是根据基因来判断病因是什么、药物能不能用和好不好用等问题。&ldquo 在这个过程中个人基因组和临床相关性研究,是目前精准医学首先要做的工作。&rdquo 任鲁风说。   任鲁风把健康相关领域分成两个部分,一个是疾病易感性,一个是药物敏感性,疾病易感性是指每个人都有患某种疾病的风险,这个风险来自本身的遗传物质。如果医生可以看到病人的基因组谱,就可以提前获知和进行干预。   当然,除了预防还要治病。&ldquo 药物对这个疾病有治疗作用,还没有毒性,这是最好的情况。如果没有治疗作用,药毒还可能对病人有损伤,对于患者而言就是灾难。但通过基因水平来判断,就可以选择既没有毒性又起作用的药物。&rdquo 任鲁风说。   基因测序应加快自主研发   &ldquo 在基因测序方面,中国现在处于机遇与挑战并存的时期。&rdquo 任鲁风告诉记者。基因组学从概念的出现到现在只不过二三十年的时间。伴随着信息技术的发展,国内外信息互通,让中国的科学家有更多与国外同行直接交流和沟通的机会,加之大量的海外高水平人才回国,使中国在基因组学基础研究,测序技术领域并不比西方国家落后多少。   2011年的统计显示,人类基因组计划完成以后,对美国经济的影响是巨大的。意味着通过38亿美元的投资,获得了将近8000亿美元经济带动作用,创造了31万个工作岗位,到2013年,对美国经济的带动作用达到了1万亿美元。   据悉,中国第一台测序仪是由深圳华因康公司生产的,而华大基因从美国收购CG公司,也是看中了其测序技术在未来的应用前景。   &ldquo 虽然中国的测序技术刚起步,但包括LifeTech和Illumina这两家测序技术巨头,在通过贴牌方式进入中国医疗市场,一定程度上阻碍了我国自主研发的进程。&rdquo 任鲁风表示。   在测序技术这一领域,自主研发,自主原理,自主技术平台的缺失一直造成我国应用领域永远给国外这种厂商打工的局面,从机器、软件甚至数据分析方面都要依托外国。   &ldquo 中国有广泛的医疗资源和人群,最基础的医疗资源是不缺的,缺的是没有一项是自主创新的技术。&rdquo 任鲁风说。例如,生物技术必要的功能性软件,所有进行基因数据分析的算法基本上均来源于国外原创性的基础算法。中国的高性能计算硬件资源已经达到了先进水平,但对于数据解读、挖掘和数据库建立等方面还落后很多。另外一个问题在于,我国的基础研究和基础数据积累方面,碎片化严重,无法形成统一有效率的研究计划和数据挖掘,这些有待于国家层面的科学布局规划。   在技术发展层面,据了解,美国对基因测序技术的研发,从2004年到2014年持续进行资助,从第二代测序技术到目前的第四代测序技术,累积已经投入超过2亿美元。而我国的国家级别支持的基因测序技术研发经费一共大概2000万元人民币。   &ldquo 这项技术是决定中国在国际市场上竞争力的关键,我国的科技体制改革,需要在这方面有所考虑。&rdquo 任鲁风说。还有就是目前有一些饮鸩止渴的现象,除了华大收购的CG还算是国产,其他获得国产医疗器械证书的测序产品,均来自于国外。   &ldquo 我们已经坚持了六七年的时间来做基因测序技术,目前已经完成了产品样机的生产,即将给国内客户进行免费试用。&rdquo 任鲁风介绍。另外,其领导的科研团队正在策划针对应用的整体解决方案,包括样品处理、测序、数据分析等流程的全自动化实现,&ldquo 用户可以在对样品进行测序和数据分析中实现无人操作,通过云计算和自主研发的算法,可以解决数据的有序积累和挖掘过程&rdquo 。   任鲁风表示,在中国缺乏核心精密工业条件和高端生命科学仪器开发生产经验的情况下,如何依靠和支持自主创新来抵抗国外技术蚕食中国市场,值得我们反思。
  • 基因测序到底还有哪些技术“劫”?
    p style=" TEXT-ALIGN: left" span style=" COLOR: rgb(192,0,0)" /span   日前,一些从事医疗投资和基因组医学研究的学者在艾瑞咨询主办的“基因测序赛道扫描沙龙”上探讨产业发展上的技术“劫”,希望明晰产业发展“路线图”。 /p p   2016年3月,在科技部发布的重点专项申报指南的相关通知中,将“精准医学研究”列为2016年优先启动的重点专项之一,支持以基因测序为基础的精准医疗行业。 /p p   从2014年卫计委对基因测序的临床短暂叫停,到当年发布试点名单,政策的重启,开动了我国基因测序产业“开往春天的列车”。 /p p   试点一年多以来,相关行业、企业和研究单位纷纷找到方向,快速启动相关仪器、试剂、软件的注册工作,并带动了研究聚焦和资本聚集。 /p p strong   读懂“二级密码”,才能和“病”搭上线 /strong /p p   从研究到临床,原来最大的障碍——钱的问题解决了,还有什么“劫”? /p p   与2001年人类基因组草图发表时相比,基因测序成本降至“万分之一”,然而临床应用却没有成倍增加。 /p p   事实上,“测序”只完成了生命体“一级密码”的解读,要让它和疾病关联起来,还需要“解密”基因突变带来了哪些疾病,将“基因片段”和“疾病发生”匹配起来,完成“二级密码”的破译。 /p p   中科院北京基因组研究所博士生导师方向东将临床应用的实现归结为3个要素:队列以及样本库是基础、可实现医学干预是核心、数据集成与分析是关键。 /p p   因此,单独的基因测序数据并不能指导临床治疗,要习得“二级密码本”需要建立样本库、积累多维度数据并进行分析,一层层剥开“生命密码”,指导临床治疗。 /p p   “是基因数据和多维度数据的解读能力,将基因测序技术推向临床诊断和治疗。”方向东说。 /p p   然而,目前基因数据分析和解读能力仍然能力不足,基因数据的解读很大程度还停留在基因水平,而不是精确的基因突变水平,同时基因数据还不能同病患生理体征、生活习惯检测和微观环境等多维度数据进行综合分析。 /p p strong   投资圈“在预热”,设备国产化不能成为“软肋” /strong /p p   “说实在的,能够投资的公司只有百分之十几。”谈到在基因测序行业进行投融资的经历,君联资本总经理蔡大庆说,投资者应该明确要注资的是基础研究,还是能够商业化的研究? /p p   “有很多投资,投的是科研院所要进行的研究。”他认为目前的投资模式存在错位现象,一大批投资投向各种各样的研究,创业团队从事的却可能不是领域里所缺的,好的商业环境应该是“多家科研机构共同出资支持基础研究,到一定程度后,由商业机构接过去,再用到病人身上”。 /p p   不仅投资没有形成合力,基因测序行业在互联网医疗里也算“冷门”。据艾瑞发布的《全球二代基因测序行业投研报告》显示,互联网医疗行业在2015年共获得141笔投资,金额15.1亿美元,其中我国基因测序行业仅获得16笔投资,金额为0.7亿美元,约为互联网医疗行业的1/20。调查显示,这是缘于我国基因测序行业上游设备制造严重依赖进口、且有现行可替代检测方法、医疗实际需求没有大量形成。 /p p   关于设备的国产化,方向东认为虽然起步晚,但正在大步紧追,“华大基因发布了具有完全自主知识产权的基因组数据分析云计算平台BGI系统,华音康公司已生产出国产高通量测序系统,中科紫鑫开发的Pad测序设备几个小时内完成测序、便携小巧、适合临床,刚刚获得了国家六千万的仪器专项资助。” /p p   Pad测序可能帮助国产设备实现“弯道超车”,“如果掌上设备就能完成测序,那将带来结构性变化。”艾瑞研究院院长曹军波表示,硬件的便携性促成了互联网的发展,同样可以把基因测序“嫁”到各个产业上,“掌上设备让海量数据更易被采集,分析的样本库也将更庞大,后续撬动的市场规模将极其庞大。” /p p strong   “大数据”官方整合,多角度接入撬动市场 /strong /p p   样本库是基因测序迈进临床的“基础”。30年来,超过20万人的生物样本库在江苏泰州建立起来,60余万例食管癌的数据及400例以上食管癌完整的基因组、转录组、蛋白组数据也经过数年建立起来...... /p p   这些分散的数据库需要进一步整合。方向东表示,“临床数据分析时,必须要有一个权威的数据仓储。科技部前年已启动了相关项目,投资数亿元做数据整合工作。” /p p   “这个行业的未来走势是什么样,会不会跟互联网领域趋同?”曹军波回答得很肯定:“的确呈现类似的特征。十几年内,测序技术不断变革,测序成本不断下降,这与科技创新的行业特征相吻合,如果有多方面的产业链进入,市场空间可以快速打开。” /p p   目前的基因测序应用领域包括遗传病诊断、肿瘤诊断与治疗、生物多样性保护等医疗和非医疗领域。 /p p   “基因测序能支撑起背后更大产业链。”曹军波说,与“互联网+”相似,目前,很多投资方和企业所看重的,并不仅仅是基因测序本身,而是基于它能够撬动的其他相关市场。也就是说,技术和市场布局逐步完善的基础上,“基因+”也将变革诸多产业领域。 /p
  • 2014 临床基因测序大格局年
    经过几年的行业演化,2014年已经进入了形成中国行业大格局的时间点了,当然,行业刚开始上升,未知数太多了,只能说大格局。今年如何经营与运作将比以往更显著地影响行业中公司的未来。而一直觊觎中国庞大市场的上游测序硬件厂商,也充分意识到这一难得的机遇。未到半年时间里,行业大动作频频,让基因测序行业甚是精彩。   行业中的企业都在寻找自身的机会与定位,且行且珍惜。   行业里的亲密关系   谈到中国的临床测序,肯定绕不过无创产前基因检测,毕竟这个是目前基因组测序中的成功典范,焦点在此,资源和力量也集中在此。基于孕妇血浆游离胎儿DNA的现象进行开发,国内几家公司已经在全国范围内开展大规模的临床实践了。按照行业分析的结果,市场基本被华大基因(BGI)、贝瑞和康(BERRYGENOMICS)、安诺优达(ANNOROAD)三家公司所占领,后达安基因匆忙加入,不算晚,毕竟是上市公司,凭借现成渠道快速占领市场份额。(下简称华大、贝瑞、安诺和达安),剩下不多的份额由其他公司共享。   华大目前已经成长为全球范围的基因组行业巨头,网上太多报道了,不多说,其科技服务业务正筹备上市。贝瑞和安诺的几位创始人背景比较类似,属于中外合璧,而且都有在华大基因和海外工作留学的经历。华大内部的员工早年曾笑称两个公司为&ldquo 华小&rdquo ,如今两个&ldquo 华小&rdquo 已经不小了。基于这一关系,三个公司之间相当了解对方,员工之间私下交流活跃。华大位于深圳,当地给予了极大的支持,在媒体上的曝光度近年极高,贝瑞则因为与夏家辉等方面的合作让人熟知,而位于北京的安诺则行事低调。在技术上,无论在实验流程、成本控制、算法和数据分析等方面,三家公司的无创产前技术相当,得在研发实力上较量。而达安则属于上市公司杀入新兴业务。不过由于企业自身的DNA缘故,在测序和生物信息技术实力不如前三者。   试点之争   华大基因、贝瑞和康和安诺优达在无创产前检测的商业模式基本一样,通过医院建立几乎唯一的渠道,给孕妇提供服务。达安则借助已有的渠道开展业务,但本质上与三家公司基本无异。   无创产前业务一直囵于灰色状态运行。华大和安诺基于自身的独立医学检验所开展业务,贝瑞和康则更多借助夏家辉院士主办的遗传病医院为牌子销售。担心临床测序,特别无创产前业务的失秩,国家卫计委和药监局在今年春节后叫停了无创产前业务并准备实施临床试点审批。由于申请者众多,各种监管和行政流程也未能在短时间内理顺,因此到目前为止,仍然未有试点批准时间的公布。乐观得看,第三季度试点将落定。按照常理推测,华大、贝瑞和安诺等将会入选。拿到试点资格就拿到船票了吗?这就见仁见智了。   测序仪厂商龙虎斗   华大基因最早展示了它整合产业链的野心,通过收购美国Complete Genomics(CG)公司,获得了美国人的测序仪,但由于种种原因,到目前为止这一机器难以小型桌面化,意味着机器不能往外销售。但这不妨碍华大利用此机器向药监局申请机器和无创产前试剂以及分析软件的批文。由于收购CG后与Illumina关系不佳,CG也不能外销,再考虑多种商业原因,华大和Life Technologies(Life)公司合作,帮助后者的Proton测序仪进行国产化的运作,以国内民企机器身份提交医疗器械申请。这也一定程度反应了华大对自己的CG机器缺乏信心。另一方面,达安也与Life公司走在了一起,成立合资公司,同样走Proton国产化申请的道路。   因此,对Life公司而言,虽然它的测序仪在技术竞争力不如Illumina的机器,但在中国市场运作上却迈出了聪明一步。因地制宜,此种策略可以大大缩短机器和试剂等的cFDA注册时间,并且可借助华大和达安的现成的无创产前技术力量和试剂生产经验快速拿到这一产品的相关批文。一旦拿到合法身份,Life将凭借着时间优势通过合法的方式大量销售机器和试剂,快速占领医院渠道,从而领先Illumina。   如果Illumina未能充分意识到这一策略的重要性,按照美国式思维,那么其很可能丧失中国市场的领先优势。最终Illumina放下傲娇的身段,开始了与贝瑞的合作。通过未公开的协议,估计会走与Life一样的路线申请机器和无创产前检测的批文。时间有多快,只能拭目以待了。   尽管如此,由于Life同时联合华大与达安进行申报和布局,属于双拳出击,明显要比Illumina的单腿走路要有优势。   可见,下游应用公司掌握数据和渠道,再加上时间因素,对测序仪厂商产生了巨大的吸引力和战略价值。到目前为止,华大、贝瑞和达安的策略都比较明显了,都牵手了上游测序厂商。安诺至今为看到公开的相关行动,如果其与任一家测序仪厂商合作,那么对另一家都不是一件好事。不管如何,Life和Illumina两个全球最大的测序仪生产厂家将极有可能成功借助国内应用公司的力量,通过无创产前检测这一先锋业务奠定在中国的临床测序市场的老大地位,由于测序仪是开放平台,可以开展几乎全方位的各种临床测序应用,在医院采购后,就很难短期内被替换掉了。因此,国产测序仪厂商的劣势就很明显了,错失时机无异需要付出更大的代价。   医院的馅饼or陷阱   作为产业链的一环,很多医院一直希望自身能够掌握无创产前检测这一技术,从而不需要通过与临床测序公司合作而直接对孕妇服务。不过,四年的时间已经过去,中国未有任何一家医院能够掌握此项技术。这些医院的妇产专家可能把问题想得过于简单。无创产前检测技术与常规生化检测完全不同,它是分子生物学和生物信息学的结合,光测序不能成事,后面的数据分析几乎没有医院能够独立完成研发。没有一个生物和IT复合人才的团队是不能成事的,光人才配备就得挑战大部分医院现有的人事管理。就算勉强完成研发,成本控制、数据和实验稳定性保证以及样本流程管理也是一个系统工程,并非配备一两个技术人员就能够完成的事情。医院对这一点不要抱有幻想。   因此,当医院听到这些无创产前检测公司提出要赠送测序仪时,别高兴太早,听起来很美好,但这种行为更多是一种商业策略。用不起来,没有真正价值,平添烦恼。如果医院要求这些公司进行全套技术输出,谈何容易,毕竟这些都是他们赖以生存的核心竞争力。因此,医院在这个测序仪投放这一事情上,肯定不能期望短时间内就能拥有技术。   基于目前临床基因检测行业所处的技术阶段和中国医院的实际情况,绝大部分医院应考虑与公司合作,这是最优选择。如果确实要建立医院自身的临床级别的测序和生物信息分析平台,那么待机器高度自动化和集成化后再行动不迟。商业的力量将推动产前基因测序、肿瘤和遗传病等方面的应用走向越来越傻瓜化。这一天不会来的太慢。   篇幅所限,没法说得全面,有时间我会详细分析这一块。   结束语   2014年,监管部门对临床测序的叫停和试点开展,加速了中国特色的基因行业大环境的形成,这个大环境使得上下游整合在极短时间内实现,也将催化测序仪大鳄Illumina和Life在中国市场的主导格局。国内的企业,华大基因、贝瑞和康、安诺优达和达安基因,开始形成行业第一梯队并建立自身的优势。
  • 华大基因二代基因测序仪获CFDA批准上市
    2014年7月2日,华大基因的第二代基因测序诊断产品获准上市,此前市场寄望甚高的达安基因未出现在首批名单中。   国家食药监总局网站今日消息,BGISEQ-1000基因测序仪、BGISEQ-100基因测序仪和胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(联合探针锚定连接测序法)、胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(半导体测序法)等四个医疗器械获得注册证。这是国家食品药品监督管理总局首次批准注册的第二代基因测序诊断产品。该批产品可通过对孕周12周以上的高危孕妇外周血血浆中的游离基因片段进行基因测序,对胎儿染色体非整倍体疾病进行无创产前检查和辅助诊断。   公开信息显示,华大收购美国测序仪制造公司Complete Genomics之后,将其测序仪更名为BGISEQ ,此次获批的两个型号的基因测序仪,全部为华大基因所有,华大基因也将正式获得行政准入。今年2月,国家药监总局和卫计委共同联合发出通知,要求基因测序产品需经食品药品监管部门审批注册,并经卫生计生行政部门批准技术准入方可应用。
  • Nature:1000$全基因测序的问与答
    1月14日,Illumina公司总裁兼CEO Jay Flatley在第32届摩根大通保健大会(JP Morgan Healthcare Conference)上宣布,该公司推出一款新的HiSeq X 10测序仪,它能够实现全基因组测序不到1000美元的目标。这引起了外界广泛的关注,有研究者甚至评论这项突破技术可同显微技术和微处理器相媲美。Nature杂志也在第一时间关注了这个事件。   我们不是已经进入千元基因组时代了吗?   其它公司也曾宣称自己的产品能够将基因组测序的成本降到一千美元以下,例如 Ion Torrent 测序平台的制造者 Life Technologies 公司,以及测序新秀 Oxford Nanopore 公司。然而,实际上这些技术还难以实现这样的承诺,千元基因组被证明仍是根难啃的骨头。   千元基因组为何这么重要?   人们首次测序人类基因组花了将近三十亿美元。不过,随着测序成本的大幅下降,医生们已经开始在患者基因组序列的帮助下进行更好的治疗。但是对于科学家们来说,可能需要测序百万人的基因组,才能真正理解基因对疾病的影响,更好的开发治疗药物,实现个性化医疗的真正突破。要进行如此大规模的测序研究,就需要基因组测序成本降到一千美元以下。   HiSeq X Ten 能干什么?   HiSeq X 能够在三天时间内生成 1.8 terabases 的数据,相当于 16 个人类基因组。据 Illumina 介绍,每台 HiSeq X Ten 每年将能够测序 18,000 个人类基因组。每个基因组都能够达到覆盖度 30x 的金标准,这意味着每个碱基平均被读取 30 次。我们这里谈的可是整个人类基因组,而不是仅指蛋白编码区域或者外显子组。   这有什么大不了的?   一些基因组研究者们将这一技术称为一个里程碑。&ldquo 这是可以与望远镜或微处理器相提并论的重要成就,&rdquo 冷泉港实验室的定量生物学家Michael Schatz说。&ldquo 也许之前人们还在怀疑,基因组测序是否能使平头百姓获益。但以这样的价格和测序效率,我们的答案绝对是肯定的。&rdquo   人人都测基因组吗?   很可惜,答案是否定的。 HiSeq X Ten 系统至少由十个 HiSeq X 系统组成,总价至少要一千万美金。很少有人的样本量能与如此大的投资向符。&ldquo 如果能玩得起,这还是个不错的交易,&rdquo Broad 研究所的 Chad Nusbaum 说,该研究所隶属于 MIT 和哈佛,是已经登记购买 HiSeq X Ten 的三个用户之一。   Illumina 真能实现千元基因组么?   尽管已经非常接近,但 HiSeq X Ten 可能还无法立刻把测序人类基因组的成本降到1,000美元以下。 Flatley 是这样分解 HiSeq X Ten 的测序成本的:仪器运行所需的试剂成本($797/基因组),仪器的折旧成本($137/基因组),技术人员准备样品进行测序的工资($55?65/基因组)。但他忽略了研究中心的日常开销,例如运行仪器所需的电费。   Illumina 是怎么做到的?   据 Illumina 的 Christian Henry 介绍,在 HiSeq 2500 系统的基础上, HiSeq X 进行了四大改进。 HiSeq 2500 采用的是流动槽(flow cell), DNA 模板附着其上以便进行测序。该系统对 DNA 进行荧光染料标记,并通过相机对其成像,最后进行图像分析。   HiSeq 2500 中的 DNA 模板随机分散在流动槽上,而 HiSeq X 采用的是有序的&ldquo nanowell&rdquo 阵列。这意味着模板可以更为密集,仪器的每次运行可以产生更多的数据。 Illumina 还加强了相同 DNA 模板的聚集,以进一步提高测序速度。另外,该系统还整合了更快速的相机和新的聚合酶。   这对测序市场有何影响?   HiSeq X Ten 的发布无疑会对华大基因(BGI-Shenzhen) 产生不小的影响。 BGI 一直希望成为测序服务的巨头,2013 年他们收购了提供外包基因组测序的 Complete Genomics 公司。 Nusbaum 估计, BGI 将有能力能为客户提供低至 1000 美元的基因组。   昨天 Flatley 还发布了一款新的台式测序仪 NextSeq 500。该仪器价格约为 $250,000,与 Ion Torrent 的台式测序仪相当(Ion Proton),似乎有意与其一争高低。据称 Oxford Nanopore 公司即将上市的新产品,不仅能以低廉的价格快速测序人类基因组,还可以实现微生物的宏基因组测序。而 Illumina 暂时还没能推出类似的技术。   我们可以看到, HiSeq X Ten 进一步巩固了 Illumina 在中高端测序市场的地位。但科学家们仍在渴望有一台低成本仪器,能够快速实现所有的测序应用。
  • 华大基因上市在即 测序巨头的转型令人期待
    p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201706/insimg/bb7b2bb4-2aea-4d10-829c-ffb733796875.jpg" title=" 201706221315337790_副本.jpg" / /p p style=" text-align: center " span style=" font-family: 楷体,楷体_GB2312,SimKai " 位于深圳的华大基因已将其重心从服务研究人员转移到了基因组测序的医学应用上。Daniele Mattioli/Anzenberger/eyevine /span /p p   中国的基因组学巨头华大基因曾是基础科学DNA测序领域的全球领导者。现在,华大基因上市在即,标志着这家公司即将完成主攻生殖健康等生物医学业务的重大转型。 /p p   IPO招股说明书透露,受竞争对手挤压和测序成本骤降影响,华大基因已将关注点转向在中国日益扩大的医疗市场中更有利可图的业务,比如产前基因检测。中国政府计划投资上百亿元来促进精准医学发展,利用测得的海量基因组和其它医疗数据提供个性化治疗方案 华大基因的转变恰恰顺应了这一趋势。 /p p   经过多年的准备,华大基因创业板上市已于5月底获批。公司目前正在完善IPO细节,预计将于1个月内首发上市,拟募资人民币17亿元。 /p p   作为中国首家即将上市的基因组公司,华大基因将会成为中国精准医学市场的先锋。据预计,到2020年,这一市场的规模将达到人民币200亿元。“上市对于华大基因和这一行业而言都具有里程碑意义,”华大基因前员工,北京诺禾致源公司的现任首席执行官李瑞强说。诺禾致源是华大基因的竞争对手,李瑞强希望诺禾致源也能实现上市。 /p p    strong 营收转变 /strong /p p   华大基因成立于1999年,原名北京华大基因研究中心,它完成了人类基因组计划中国部分的工作——1%的基因组测序。这一成就虽然规模不大,但具有标志性的意义。 /p p   在之后的十年中,华大基因取得了一系列令人瞩目的突破,包括对水稻、大熊猫、黄瓜、一个古人类样本和1000多种肠道细菌的基因组测序。2010年,华大基因采购了128台全球最先进的基因组测序机器,一夜之间成为了业内最高产的公司。 /p p   华大基因曾被誉为基因组工厂。基于华大基因测序成果的研究数量从每年屈指可数的几项跃升到了每年几百项。全世界的科学家付费使用这些基因组数据,并将华大基因的科学家列为共同作者,以对他们的贡献表示认可。 /p p   不过,该数字已经触顶,今年还可能出现下滑。据招股书显示,2014-2016年,华大基因基础科研类服务营收下降了逾25%,占主营业务收入的比重从2014年的40%降至目前的不到20%。生育健康类服务占公司主营业务收入比重最高,达55%(参见“聚焦健康”)。复杂疾病(指由遗传和环境因素共同作用导致的疾病)服务占23%。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201706/insimg/002fc657-fb90-400f-a554-747c153e1482.jpg" title=" 201706221319334953.jpg" / /p p style=" text-align: center " span style=" font-family: 楷体,楷体_GB2312,SimKai " Source: BGI IPO prospectus /span /p p   公司正处于上市缄默期,因此没有就其运营情况做出评论。但根据招股书的说法,公司削减基础科研类服务的原因是测序机价格下降,研究机构得以自行购置设施。 /p p   不过,李瑞强表示,尽管部分机构正在尝试自建设施,但第三方基础科研类服务的市场仍在增长。“维护一个小规模测序实验室既缺乏效率,也不划算,”他说,“在中国,这类实验室大多都已经决定中断自己的平台运行,将测序外包给集中式测序中心。” /p p   尽管如此,科研测序领域已经今非昔比。根据华大基因的招股说明书,在公司发展早期,能轻松赚钱的项目更多,比如测序一种植物或动物的全基因组。这些都是利润率较高的大项目。但现在,项目越来越小,利润也越来越少。来自诺禾致源等公司的竞争也在加剧——诺禾致源声称拥有全球最大的测序产能。 /p p    strong 产前检测 /strong /p p   “这种转变看起来是受市场驱动的,”阿姆斯特丹自由大学的研究者Dorret Boomsma说,她曾在对荷兰双胞胎的研究中使用过华大基因的测序数据。“显然,人们现在能以更具竞争力的价格获得大规模研究测序所需的设施,或者在更近的机构获得测序服务。” /p p   2013年,华大基因收购了美国加州的基因组测序公司Complete Genomics,但未能在该公司的技术基础上开发出先进测序仪,这也影响了华大基因在科研领域保持优势的能力。2015年,曾领导开展多个研究项目的首席执行官王俊离职创业,这也令华大基因遭受了一定打击。 /p p   然而,由于中产阶级日渐壮大、健康医疗体系不断扩张,加之国家对精准医学发展的重视,中国的临床测序市场正在繁荣发展。2016年3月,华大基因的非侵入式产前检测产品的销售突破100万例。NIFTY通过采集孕妇外周血来检测胎儿是否存在唐氏综合征等染色体异常。 /p p   2016年,中国二胎政策落地,提高了NIFTY的目标客户的生育率:接近40岁,被认为存在高染色体异常风险的女性。根据中信证券的一项分析,华大基因占中国产前筛查市场的近50%,将排名第二的公司远远甩在后面。 /p p   公司计划将IPO募资所得用于改进生育和癌症诊断相关技术,并增加针对其它疾病的测序诊断服务。公司还计划扩大基因咨询服务,建立云计算平台来为精准医学处理基因组数据。今年早些时候,华大基因与台湾富士康公司达成了量产测序仪的协议,华大基因计划将这些测序仪销往全国的医院。 /p p   其它测序公司将会密切关注华大基因在这一新生市场的表现。“我们不知道投资人有多大兴趣。这个产业规模仍然偏小,但是增长很快,具有巨大的潜力,”李瑞强说。 /p
  • 基因测序仪国产化进展
    基因测序(DNA测序)产业近些年得到迅猛发展。来自BBCresearch的数据显示,全球基因测序市场总量从2007年的794.1万美元增长至2013年的45亿美元,预计未来几年全球市场仍将继续保持快速增长,2018年达到117亿美元,CAGR达21.2%。   伴随着市场整体的飞速发展,产业内部分工逐步明确,形成了以产业链为纵向,以终端用户为横向的立体化网络,相互关联、彼此渗透。纵向来看,设备和耗材供应商、第三方测序服务供应商以及新兴的生物信息分析服务商构成了产业链的上下游 横向来看,实现了面向科研机构、临床诊断、药企和CRO、个人用户这些不同终端用户的专业化分工。   从市场规模和增长情况来看,设备和耗材市场仍是产业链最大的一环,但测序服务的增速最为迅猛,以生物信息分析为主的工作流产品,基数小上升空间大。   目前市场上主流新一代测序平台主要有美国Illumina、Ion Torrent/Life Technologies(2014年被Thermo Fisher收购)、454Life Sciences/Roche、Pacific Biosciences几大生产商制造。Illumina占据全球设备市场三分之二的份额,其生产的下一代高通量测序仪HiSeq系列一直是市场上最为畅销的产品。Life Technoloiges凭借小巧轻便的台式测序仪Ion PGM和Ion Proton分割了20%以上的市场份额。而Roche曾收购454成为第一个进入高通量测序市场的公司,近几年却因新产品匮乏导致市场份额不断收缩。   在测序仪国产化方面,华大基因(BGI)于2013年收购了美国Complete Genomics 公司(简称&ldquo CG&rdquo ),将其测序仪更名为BGISEQ,并向国家食品药品监督管理总局(CFDA)提出了申报。CG使用的测序平台采用DNA纳米阵列与组合探针锚定连接测序法,具有自主专利。其产品之前只应用于人类全基因组测序,与华大的测序业务结合之后,能切分到多大的市场份额仍未可知。   4月15日紫鑫药业公告,中国科学院北京基因组研究所就合作开发第二代高通量测序系统与吉林中科紫鑫科技有限公司签订产业转化意向书,共同开发基因测序仪项目。该平台建立在焦磷酸测序的技术机理上,类似于罗氏454测序技术。据生物谷新一代测序论坛信息,此测序平台仍处于原型机阶段,即使投入量产后,仪器也还需试用以及优化改进,成熟的产品投放市场尚需漫长时日。   此外根据贝瑞和康网站信息,Illumina和贝瑞和康双方已经合作开发了一款适用于中国无创产前检测市场需求的测序仪,这款测序仪在中国的贝瑞和康自有医疗设备制造工厂生产,并且只在中国市场进行销售。   国产测序仪的前景如何目前还很难断言。Frost & Sullivan的调查结果显示,测序成本、数据质量、读取长度、通量大小、适用范围是选购新测序仪时最主要的考虑因素。   根据2010年绘制的高通量测序平台分布地图,中国拥有量仅次于美国,如今二者的差距很可能已经非常小。全世界规模最大的基因组研究中心有多个在中国,其中华大基因(BGI)拥有世界上最多的新一代测序仪,产能约占全球的10%-20%(按illumina,Life等销总量计算)。由于测序服务技术壁垒较低,而且主要面向科研市场,国家缺乏准入标准和质量控制规范,众多碎片化的小企业呈现疯狂生长的状态,仅提供一代测序服务的企业就有上百家。   受益于测序服务的迅速增长,中国的基因测序产业成全球发展速度最快的地区之一。据Markets and markets预计,2012年-2017年间CAGR达到20%-25%。   基因测序所生成的原始数据必须通过专业人员进行分析和解读,利用计算机科学和信息技术揭示大量而复杂的生物数据所赋有的规律,对于整个基因测序行业尤为重要。然而,现今的生物信息分析涉及的数据存储、解读及共享是整个基因测序行业面临的最大难题,主要原因一是数据量庞大,二是数据的复杂性。   Ebiotrade调查结果显示,普遍认为数据分析是使用基因测序的一大难题。目前仅有25%的受访者选择外包给专业的生物信息公司,大部分使用者选择用现有软件自行分析。但随着未来数据量越来越庞大,外包给专业化的生物信息公司将成为一种趋势。提供相关产品和服务的公司主要有CLC bio(丹麦),Biomatters(新西兰),Partek(美国),Genomatix(德国), Knome(美国),DNASTAR(美国),诺和致源(中国)。目前这一市场份额基数较小,蕴含着巨大的市场潜力。   目前互联网巨头Google已涉足这一领域,例如Google和DNAnexus一起打造的开放式DNA数据库,用来取代美国政府的国家生物技术信息中心(NCBI),后者因为政府预算吃紧即将关闭。双方将一起继续为科研人员免费提供DNA数据库信息。   亚马逊数据云的公共信息平台上也有类似的数据库共享。另外,Google和比尔· 盖茨还投资了一家提供癌症全基因组测序及分析的公司Foundation Medicine。鉴于Google、苹果等公司对于医疗健康行业日渐增长的兴趣,一旦此领域显示出巨大的发展潜力,互联网公司凭借自身技术和资源的优势进驻该领域可能成为一种趋势。
  • 高效测序仪问世 1天绘个人完整基因测序
    2012年1月10日,在第30届摩根大通医疗卫生年会上,Life Technologies公司与Illumina公司纷纷以&ldquo 1天内绘制出人类基因组序列&rdquo 为品牌宣言,先后推出了最新的高效测序仪产品。就目前了解情况来看,这两款最新测序仪之间的最大差异主要集中在成本与质量两方面。 Ion Proton 基因测序仪   PGM测序平台是Life Technologies公司2010年底推出的首款半导体个人化操作基因组测序仪(Ion Personal Genome Machine,简称:PGM)。而此次,Life Technologies公司隆重推出的Ion Proton测序仪正是PGM测序平台的新一代产品。   Ion Proton测序仪是一台新型台式测序仪,体积如办公室打印机般大小,标价约为14.9万美元。Ion Proton测序仪仅需1天便可完成个人完整基因测序,而费用仅为1000美元,今后人们根据基因资料得到个性化医疗的愿望或将成真。   该公司总裁兼首席执行官Greg Lucier先生表示,Ion Proton第一代芯片技术将使外显子组测序成本降低至500美元,成为外显子组测序工作者的理想选择,预计将于2012年中期对外供应;而Ion Proton第二代芯片产品则主要应用于人类基因组测序领域,大概在6个月后将会向用户提供。目前,贝勒医学院、耶鲁大学医学院和Broad研究院作为Ion Proton Sequencers的第一批用户,已经与Life Technologies分别签署了多张订单。 HiSeq 2500基因测序仪   巧合的是,在同一天,Life Technologies公司的竞争对手Illumina公司也推出了最新版本的HiSeq测序仪,该仪器同样能够在1天内绘制出人类基因组序列,但Illumina公司并未透露其成本。此次,Illumina公司推出的HiSeq 2500基因测序仪将HiSeq 2000和MiSeq平台的先进技术进行了有效的整合,并加入了最新概念,可以帮助研究员和临床学者在24小时内对整个基因图谱进行排序。   据了解,Illumina公司的Hiseq 2500标价74万美元,若从69万美元的HiSeq 2000升级就只需花费5万美元。目前,HiSeq 2500测序仪已在一些从事诊断业务的公司得到使用,例如Genomic Health公司、Sequenom公司等。   同时,Illumina公司在内部也已使用该仪器,并在2012年第一季度对外服务,预计在2012年下半年可以将HiSeq 2500商业化,开始向用户发货。而从2012年中期开始,全部新用户和老用户的MiSeq性能都能得到提升。
  • 基因测序热状下的冷思考
    国家食品药品监督管理总局(CFDA),6月30日批准了华大基因两款二代基因测序仪及检测试剂盒,应用于无创产前基因检测。由此,禁锢了5个月的国内测序市场再次打开,一时间业界焦点纷纷投向基因测序领域。一时间各类医药行业网站、微信、微博平台纷纷密切关注该行业进展。&ldquo 基因测序热&rdquo 成了当下医疗行业热点。在这一片基因测序热像之中,基因测序行业又存在什么样的问题?国内测序行业又存在哪些问题呢?   1. 基因测序行业存在的问题   1.1 部分疾病与基因关系尚不明确   目前从应用的角度来说,科学家只确定了极少数的基因位点与极少疾病的确切关系,也就是说真正可以用于临床诊断和指导治疗的基因检测并不多。要想真正用基因来诊病,还需要时间。   华中农业大学生命科学与技术学院教授李国亮也认为:&ldquo 如何解读基因测序数据从而判断某人得某种病的概率,现在是一个科学研究热点。大家公认,更多的疾病是基因和我们的环境(包括饮食、生活习惯等)相互作用的结果,仅仅依靠基因组测序,是难以判断这些疾病的概率的。所以,我们现在要积累测序以及病人的数据,在达到一定的数据量后,对基因组的重组、小片段DNA序列的缺失或插入等进行分析,并与病人的生活习惯等环境因素相关联,从而得出测序数据与疾病之间的关系。&rdquo   1.2 行业标准缺失:导致不同基因检测公司检测报告大相径庭   《纽约时报》网站记者基拉· 贝克奥夫在《纽约时报》网站上发表文章称,她分别在23andMe、Genetic Testing Laboratories和PathwayGenomics这3家知名基因测试公司接受了基因分析服务,而结果却令她大吃一惊:每家的测试结果大相径庭。   此消息一出,舆论一片哗然。由于没有行业标准,各企业根据自建的数据库确定相应检测位点,所得的检测结果就会不一样。缺乏行业标准,也是基因检测产业快速发展的主要障碍之一。   1.3 基因测序就像一把双刃剑   基因测序如果运用不得法,它也有消极的一面。若全基因测序普及,含有基因缺陷的个人基因信息流通时被保险公司或雇主拿到,可能会在购买保险或就业时受到歧视。同时,如果人一出生就作全基因检测,然后被告知患某些重大疾病概率非常高,那么他一直背负着宿命论的压力,也许会失去人生意义。   4. 薄弱的基因产业链上游   1990年,美、英、法、德、日、中六国启动人类基因组计划,历时十年,于2003年最终绘制出完整的人类基因图谱。该计划完成之后,基因组医学的迅猛发展,一批人类疾病相关的基因被揭示而后迅速用于了疾病的风险评估、预防、诊断和治疗,对人类的健康起到了颠覆的作用。   通过参与人类基因组计划,中国融入了全球基因产业链。一条基因测序的产业链条也同时成形:上游基因测序仪研发制造、中游基因检测服务、下游医疗临床应用,其中,最为核心的仍然是上游研发制造,目前主要为Illumina,Life Technologies等少数几家美国公司所掌握。中国的基因测序行业目前主要靠试剂和服务作为主要收入,而在仪器上,进口产品占绝大部分的市场,Illumina和LifeTechnologies两家公司占市场份额的90%以上,由于产品研发周期比较长,投入也比较大,在技术上国内厂商还是比较依赖和国外先进公司合作。这好比研发计算机却始终无法突破芯片的核心技术。目前,除了华大基因通过并购美国测序仪研发公司Complete Genomics (CG)获取部分相关技术外,中科院基因所与紫鑫药业则尝试自主研发,但目前仍处于前期准备阶段。   5. 所开展疾病基因测序项目有待拓展   高通量测序技术出现以后,国内外很多公司纷纷试图在这个平台上进行产业化。但是国内公司商业模式主要拼的是硬件,比拼测序仪的数量。目前,华大基因所拥有137台测序仪,位居全球之首。可是,国内的临床测序公司开展的项目却非常的少,大部分都挤在无创产前诊断领域,靠拼硬件,拼价格来争取空间。而在美国的一些公司,比如Sequenom, Sequenta, Foundation Medicine等等临床测序公司,他们的特点不是靠硬件投入来获取市场发言权,而是靠做内容,提供独特的临床价值。所开展的不仅包括产前检测,还包括癌症检测、个体化用药等方面。而这些公司的一个共同特点就是没人用硬件投入来说事,有多少台测序仪器并不重要,用这些仪器来干什么才是重要的。   目前,国内仅华大基因的两种型号基因检测设备通过审批。与此同时,Illumina等外资公司也有产品在中国进行直接申报。这种模式走的是进口产品申报,首先该产品需要有FDA的批文,然后在中国国内走CFDA的进口申报程序,所需耗费的时间较长。   能否在外资公司获准进入国内直接开展基因检测服务之前突破上游技术瓶颈,拥有国内企业自己的测序平台,是本土企业取得核心竞争力的关键。这不仅需要国内企业加强上游测序平台的研发能力,并确保进一步下游检测服务市场的领导地位,还需要把基因检测从产前向遗传病诊断、肿瘤诊断与治疗等更广泛的领域扩展,同时完善相关的行业政策。否则等拥有雄厚的资本实力和完善的产业链的外资企业进来,本土企业难免会沦为低水平的代工企业。   结语   基因测序对于普罗大众来说仍然是一个模糊概念,加上最近几年基因测序市场的混乱发展,部分企业、媒体对基因测序的效果盲目夸大或者错误宣传,很容易误导消费者。同时,我国基因产业与发达国家几乎同时起步,能否在规范发展,合理引导,使其成为我国一个优势产业关乎国家的核心竞争力。这就需要对基因测序行业进行规范,不能只看到其优势,而忽略了其存在问题。只有根据其技术特点和国内发展状况,合理运用、发展,才能使该行业在我国健康发展,同时也为人类健康做出有益的贡献。
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