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分子鉴定

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分子鉴定相关的论坛

  • 重组子的筛选和鉴定

    重组子可通过酶切进行鉴定,也可以利用扩增引物通过 PCR 进行鉴定,阳性重组子能切出所需要的片段或得到相应片段的 PCR 产物。1. 用牙签挑取平板上的菌落接种于 2ml 含适当抗生素的 LB 培养基中,37℃摇 床培养过夜。2. 次日取菌液 0.2-0.5ml,13,000rpm×3min 离心,弃上清,加入 20μl ddH2O 和 20μl 酚/ 氯仿,震荡混匀,13,000rpm×5min 离心。3. 取上清进行琼脂糖电泳,加入载体质粒 DNA 作为阴性对照,根据质粒大小 初步筛选重组子,重组子的泳动速度应该慢于载体质粒。4. 用碱法小量制备可能是重组子的质粒 DNA。5. 选取适当的酶,对重组子进行酶切分析,酶切体积均为 10μl 体系。酶切样品 进行琼脂糖电泳鉴定是否有所需片段。6. 酶切分析正确的重组子分成两份,一份进行测序反应,另外一份保种。7. 若用 PCR 法鉴定,则在第 2 步时每个样本取 0.5-1.0μl 菌液为模板进行 PCR 反应,每管反应体系最低可少至 10μl ,PCR 产物电泳,能得到所需条带的样 本进一步提取质粒酶切鉴定或送样品测序。

  • 【求助】请教用LC-ESI-MS/MS(LTQ)来鉴定并定量细菌分泌的代谢小分子的问题

    各位朋友,在下对质谱不甚了解。但是正急于确定用LC-ESI-MS/MS(LTQ)来鉴定并定量细菌分泌的代谢小分子的一些办法。有些问题需要你们的帮助我们的仪器是FINIGEN的2D LC-ESI-MS/MS (LTQ),反相柱好像是C18氨基柱,只能用NH4Cl这一种盐。不知道哪位有没有什么好的洗脱缓冲液和条件。另外,ESI-MS/MS (LTQ)往往是用来监测蛋白质的多肽片断的,不知道如果要使用于小分子的鉴别,质谱的参数设置应该是多少。十分感谢。

  • 【“仪”起享奥运】中药材蛤蚧PCR-试纸条快速分子鉴定方法

    [size=16px][font=Arial, &][color=#333333]目的[/color][/font][font=Arial, &][color=#333333] 建立中药材蛤蚧聚合酶链反应([url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url])-免疫胶体金试纸条快速分子鉴定方法,研发快速基因检测试剂盒。 [/color][/font][font=Arial, &][color=#333333]方法[/color][/font][font=Arial, &][color=#333333] 筛选提取基因组DNA的方法及试剂,根据蛤蚧mtDNA cytb基因设计种属特异性引物并标记,筛选最佳反应条件,研发[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]基因检测试剂,采用分子克隆及基因测序技术制备对照药材DNA克隆液,利用免疫胶体金试纸条进行结果检测。进而,开发出一体化快速基因检测试剂盒,并对特异性、重现性、灵敏性、稳定性进行评价。 [/color][/font][font=Arial, &][color=#333333]结果[/color][/font][font=Arial, &][color=#333333] 基因组DNA的完整性、浓度、纯度均满足[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]的要求,引物在退火温度63 ℃时,循环20次时,免疫胶体金试纸条显示:蛤蚧对照药材及正品出现两条红色条带,易混品及空白对照出现一条红的条带。琼脂糖凝胶电泳验证正确。对照药材克隆测序结果于蛤蚧mtDNA cytb基因同源性100%。一体化快速基因检测试剂盒的特异性强、重现性好、稳定性好、灵敏度高于琼脂糖凝胶电泳10倍。 [/color][/font][font=Arial, &][color=#333333]结论[/color][/font][font=Arial, &][color=#333333] [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/jp][color=#3333ff]PCR[/color][/url]-免疫胶体金试纸条鉴定方法能够特异、准确、快速、可视化地鉴定蛤蚧的真伪,一体化快速检测试剂盒使鉴定方法更加规范化、标准化,更适合实地现场检测、适合普遍推广使用。[/color][/font][/size]

  • 【原创】紫外光谱在化合物鉴定方面的应用

    利用紫外光谱可以推导有机化合物的分子骨架中是否含有共轭结构体系,如C=C-C=C、C=C-C=O、苯环等。利用紫外光谱鉴定有机化合物远不如利用红外光谱有效,因为很多化合物在紫外没有吸收或只有微弱的吸收,并且紫外光谱一般比较简单,特征性不强。在一些具有大的共轭体系或发色基团的化合物中,紫外光谱可以作为其他鉴定方法的补充。鉴定化合物主要根据光谱图上的一些特征吸收,特别是最大吸收波长[B]λ[/B]max即摩尔吸光系数ε值来进行鉴定。 如果一直化合物在紫外区是透明的,说明化合物分子中不存在共轭体系,不含有醛基、酮基或溴、碘。可能为脂肪族碳氢化合物、胺、腈、醇等不含双键或环状共轭体系的化合物。 如果在210~250nm有强吸收,表示有K吸收带,可能含有两个双键的共轭体系,如共轭二烯或α,β-不饱和酮等。 如果在260~300nm有强吸收(ε=200~1000),则表示有B带吸收,体系中可能有苯环存在。如果苯环上有共轭的生色基团存在时,则ε1000。 如果在250~300nm有弱吸收带(R吸收带),可能含有简单的非共轭并含有n电子的生色团,如羰基等。 如果化合物呈现许多吸收带,甚至延伸至可见光区,可能含有长链共轭体系或多环芳香性生色团。若化合物具有颜色,则分子中含有的共轭生色团或助色团至少有四个(偶氮化合物除外)。 化合物的紫外光谱实际上反映的是分子中发色基团和助色基团的特性,而 不是整个分子的特性,所以,单独从紫外吸收光谱不能完全确定化合物的分子结构,必须与红外光谱、NMR、MS及其他方法相结合,才能得出可靠的结论。但是紫外光谱在推测化合物结构时,也能提供一些重要的信息如发色官能团,结构中的共轭关系,共轭体系中取代基的位置、种类和数目等。

  • 【转帖】纳米筛能分析微小分子

    生物谷2007年5月24日报道:利用一滴样本溶液就能快速地鉴定其中的微小分子,如DNA或毒性物质,已不再是遥不可及的事了,美国国家标准及科技机构(National Institute of Standards and Technology,NIST)的科学家研发出一种奈米级的筛网,能侦测并分类不同分子量的的分子聚合链(polymer chain),此研究将发表于近期的PNAS期刊。一般来说,要分析未知的分子,大多是利用质谱分析(mass spectrometry)来进行,此技术可涵盖许多不同种类的大分子鉴定,但是此技术必需先将该分子崩解、离子化后才能分析质量,获得该分子的身份确认。而相反地,此研究中的单分子质谱分析(single-molecule mass spectrometry)则是一种非破坏性的技术,原则上一次在一个微芯片装置中可以分析一种分子。 研究人员制造了宛如细胞膜的脂质双层膜(lipid bilayer),再以金黄色葡萄球菌(Staphyloccoccus aureus)的α-溶血素(α- hemolysin)将之打洞,此孔洞最小的孔径只有1.5奈米(人类头发的直径约为10,000奈米),研究人员以溶液中不同大小的PEG(polyethylene glycol)混合物进行分析,再拿其中一种高纯度的PEG进行比对,结果显示混合溶液中该种PEG的质谱图几乎与标准品完全相同,显示这个奈米级的分子筛对于微小分子的身份确认极具潜力。

  • 【求助】用核磁能解析分子中存在旋光结构吗?

    待鉴定的样品为合成多肽的副产物,怀疑其中一个或多个氨基酸是D型构象(其对照品是全L型构象,两者分子量一致)或两者为同分异构体,该待鉴定样品量很少(5mg左右),用氨基酸测序法,5mg的量能够否进行氨基酸测序?测序能否确定出其中是否存在D型氨基酸?请问此外还能用哪些方法能对该样品进行结构鉴定?用核磁能解析分子中存在旋光结构吗?谢谢指教!

  • 气相色谱用于细菌鉴定分型

    [color=#444444]我想做水样里所有可培养细菌的鉴定分型,请问用[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]气相色谱[/url]可不可以啊?[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]气相色谱[/url]做细菌的鉴定分型可以做到什么程度?比如说属、种、亚种?[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]气相色谱[/url]法在这方面比生化检测有什么优势?大家要帮帮我啊[/color]

  • 变温NMR实验在结构鉴定中的应用

    有的化合物对热不稳定,可以通过升温让其分解,鉴定分解产物,回推原来的结构.我曾在鉴定anemonin时使用此法.anemonin是个对称性分子,NMR信号很简单,IR比较独特,EIMS没得到分子峰.在NMR样品管里进行热分解,对分解物的NMR图谱进行分析,再根据化学知识,半个小时搞定分子结构.分解产物是proanemonin,两个proanemon通过环外双键聚合生成4元螺环.[img]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2005/04/200504190909_3816_1604620_3.gif[/img]

  • 【原创】求鉴定!衍射花样分析..............内附仔细说明

    【原创】求鉴定!衍射花样分析..............内附仔细说明

    本贴是延续了“求鉴定!衍射花样分析......................内附仔细说明”这个贴的讨论,传送门:http://bbs.instrument.com.cn/shtml/20110401/3222233/这是我自己分析的,本人新手。请多多指教。可以保证数据的正确性,只求原理和步骤的鉴定第一页在一楼,第二页在二楼,第三页在三楼,第四楼是原理http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2011/04/201104071525_287570_2212391_3.jpg给大家送上哈工大孟庆昌老师编写的《透射电子显微技术》

  • 尘埃粒子计数器检定

    您好,我们公司有一台尘埃粒子计数器,每季度用一次,一年用四次,需不需要检定?需要多长时间检定呢?

  • 【金秋计划】远志bZIP基因家族的鉴定及表达分析

    远志系陕西道地药材,是“秦药”大宗道地药材品种之一[1]。《中国药典》2020年版所收载的远志为远志科(Polygalaceae)植物远志Polygala tenuifolia Willd.或卵叶远志P. sbirica L.的干燥根[2],具有镇静安神、祛痰开窍、解毒消肿等功效[3]。现代研究表明,远志的主要活性成分有皂苷类、寡糖酯类、酮类等,具有抗记忆障碍、保护中枢神经系统、抗抑郁、抗心肌缺血和抗肿瘤等作用[4]。目前,关于远志的研究多集中于含量研究[5]、活性测定[6]、遗传多样性分析等[7]。随着分子生药学的发展,对药用植物相关活性成分生物合成途径相关调控基因、转录因子的挖掘已成为研究热点,基因组学、转录组学等技术在远志上的成功应用,也为远志基因家族的筛选、鉴定与分析提供了技术支撑和数据基础[8]。 碱性亮氨酸拉链(bZIP)基因家族作为真核生物中转录网络的重要开关,是植物中最大的转录因子家族之一。bZIP结构域由两个区域组成,即DNA结合基本区和亮氨酸拉链区[9]。bZIP基因家族成员通过差异基因网络或生物过程,在调节植物发育、生长以及盐胁迫响应等方面发挥着重要作用[10]。研究表明,拟南芥Arabidopsis thaliana L.、番茄Solanum lycopersicum L.、黄瓜Cucumis sativus L.、李子Prunus salicina L.和蓖麻Ricinus communisL.等多种植物中的bZIP参与调控组织分化、细胞生长、糖代谢、生物和非生物胁迫等多个生物学过程[11-12]。bZIP基因家族成员还参与多种药用植物次生代谢产物合成调控,如丹参Salvia miltiorrhiza Bunge.的SmbZIP1基因可抑制丹参酮的积累,大豆Glycine max (Linn.) Merr.的GmbZIP123基因则参与大豆种子脂质积累的调控[13]。同时,bZIP表达受外源激素和胁迫诱导,壳聚糖处理葡萄Vitis vinifera L.12 h下,其VvLysM8和VvLysM9基因表达量显著提高[14],糜子Panicum miliaceum L.中的PmbZIP97不仅受到脱落酸(abscisic acid,ABA)、盐和干旱胁迫强烈诱导且参与调控萌发后的根系生长[15]。 本实验利用远志三代转录组数据,以bZIP基因家族为研究对象,对其基因家族进行成员鉴定和生物信息学分析,并确定其在远志中的结构特点与进化特征,进一步通过实时荧光定量分析其在不同组织、不同处理条件下的表达模式,为后续深入研究bZIP的生物学功能奠定基础,同时为bZIP家族可能参与远志次生代谢成分生物合成途径研究提供思路。 1 材料及仪器1.1 材料2021年10月于陕西中医药大学药用植物园(陕西咸阳)采集3年生远志Polygala tenuifolia Willd.及其成熟种子,经陕西中医药大学杨新杰副教授鉴定。选取5株三年生长势均匀的远志植株,将根、茎、叶等量混合后进行全长转录组测序分析。1.2 试剂及仪器ABA、壳聚糖(chitosan,CHT)均购自上海源叶生物科技有限公司,Trizol总RNA提取试剂盒、dd H2O均购自生工生物工程(上海)股份有限公司,TB Green® Premix ExTaqTM Ⅱ (TliRNaseH Plus)、PrimeScriptTM Ⅱ 1st strand cDNA Synthesis Kit购自TaKaRa公司(日本),所用引物由武汉金开瑞生物公司合成。StepOnePlusTM Real-Time PCR(qPCR)仪(美国Applied Biosystems公司),NanoDropTM 2000分光光度计(美国Thermo-fisher公司),K5800自动检测超微量分光光度计(凯奥公司),?80 ℃超低温冰箱(中科美菱公司)。 2 方法2.1 样品的处理选择大小均一,颗粒饱满的远志种子,用自来水冲洗1 d,10%双氧水消毒,播种于装有泥炭土的花盆中,在光周期16/8 h,光照强度9 000 Lx条件培养[16]。选取长势均一的2月幼苗,喷200 μmol/L ABA、200 μmol/L CTS,干旱(10% PEG 6000)、盐(100 mmol/L NaCl)20 mL,以无菌水作为对照组;以0 h为空白对照,重复3次,6、12、24和48 h取样处理(3株),于?80 ℃冰箱储存,采用PacBio Seque Ⅲ进行上机测序,获得远志全长转录组学文库[17]。2.2 远志bZIP家族基因鉴定及理化性质分析基于远志转录组数据库,筛选出注释结果为bZIP的序列,将序列gene id对应的fasta结果输入editseq软件,进一步获得具有完整开放阅读框(open reading frame,ORF)的基因,通过NCBI中的BlastX进行比对与鉴定。Protparam分析目标蛋白的理化性质,ProtScale预测不同氨基酸中的蛋白亲疏水性[18]。2.3 远志bZIP家族基因二级结构、信号肽、跨膜结构及亚细胞定位分析用ExPASy分析基因编码蛋白质的结构域,CDD验证;ProtParam和SOPMA分析远志bZIP转录因子的二级结构;SignalP-5.0和TMHMM预测信号肽和跨膜区域;WoLF PSORT预测亚细胞定位[19]。2.4 远志bZIP家族基因进化树构建从Tair网站下载拟南芥蛋白序列,通过MEGA软件对远志、拟南芥bZIP氨基酸序列进行多序列比对,利用MEGA的最大自然法构建系统发育树,重复次数设置为1 000次[20]。2.5 远志bZIP家族基因密码子偏好性分析及蛋白互作预测分析采用CodonW、CUSP和Chips分析密码子偏好性。蛋白互作预测分析利用STRING进行,并以拟南芥筛选其同源基因后,通过Cytoscape 3.9.0软件作图。2.6 远志bZIP家族基因蛋白特征、保守基序分析及不同组织表达量热图通过chiplot分析bZIP蛋白的结构域,MEME获得bZIP蛋白的保守氨基酸基序,并用TBtools进行可视化,Weblogo分析蛋白序列位点。利用诺禾云平台将转录组数据库中27个PtbZIP基因在远志根、茎、叶3个部位的差异表达数据进行层级聚类分析。2.7 远志bZIP家族基因表达模式验证与分析Trizol法提取各样品总RNA,凝胶电泳检测后测定总RNA浓度。使用Prime Script TM II 1st strand cDNA Synthesis Kit合成cDNA,检测浓度后于?20 ℃保存备用。设计荧光定量引物,并送生工生物工程(上海)股份有限公司合成。以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(F:5’-ACAGCAACGTGCTTCTCACC-3’,R:5’-CCCTTCATCCACCACCGACTA-3’)为内参基因,验证PtbZIP26(F:5’-GCACTGATGG- GAAGGCTGAA-3’,R:5’-GATTGCCCAACAC- TTGAGGG-3’)、PtbZIP27(F:5’-GTCGGATGGT- AGTGAACGGG-3’,R:5’-CACCATTTCCCGAAC- CCTGA-3’)在不同部位样本中的表达量。选择表达量较高的PtbZIP26进行不同激素、胁迫处理下的表达量分析。qRT-PCR反应体系为TB Green Premix Ex Taq Ⅱ(2×)5.0 μL;上下游引物各0.4 μL;50×ROX Reference Dye 0.2 μL,cDNA 1.0 μL;ddH2O 3.0 μL。PCR反应程序参照TB Green Premix Ex Taq Ⅱ试剂说明书进行,每个反应重复3次。基因相对表达量采用2?ΔΔCt法计算,SPSS 27.0统计分析。 3 结果与分析3.1 远志bZIP基因家族成员的鉴定和蛋白理化性质分析基于远志全长转录组数据库,共筛选得到63个注释为bZIP基因的序列ID,进一步分析后获得39个包含完整ORF的序列。整理ORF差异位点并合并重复,最终得到27个全长bZIP转录因子,编号PtbZIP1~PtbZIP27(表1)。该转录因子的氨基酸个数143~846,相对分子质量介于16 201.52~92 932.3,等电点4.59~9.69。除PtbZIP1和PtbZIP22的不稳定指数小于40,系稳定蛋白质外,其余PtbZIP均为不稳定蛋白。bZIP基因家族脂肪系数介于48.31~92.66,所有bZIP蛋白的平均亲水性数值是负值,为亲水性蛋白。图片3.2 远志bZIP基因家族成员的二级结构、信号肽、跨膜结构及亚细胞定位分析二级结构分析结果(表2)表明,远志bZIP家族蛋白均具有α螺旋、延伸链、β转角和无规卷曲,主要由α螺旋和无规卷曲构成,延伸链和β-折叠所占比例较小,散布于整个蛋白中。SignalP-5.0和TMHMM在线分析结果一致,所有远志bZIP蛋白信号肽分值都低于0.5,说明其均无信号肽,不属于分泌蛋白。跨膜结构域分析则显示,仅PtbZIP9和PtbZIP13有跨膜结构域。亚细胞定位结果表明,远志bZIP家族成员主要定位在细胞核。图片3.3 远志bZIP基因家族成员系统进化分析利用MEGA7.0构建远志与拟南芥bZIP转录因子家族系统进化树。结果表明,27个PtbZIP蛋白分为A、B、C、D、F、G、I、S 8个组,没有bZIP蛋白分到E和K组中。其中G是最大的1个亚组,含有PtbZIP家族成员共8个,占总数的29.63%;A、F、I和S组均含3个PtbZIP家族成员,B组含2个PtbZIP家族成员,C组含1个PtbZIP家族成员,D组含4个PtbZIP家族成员(图1)。图片3.4 远志bZIP基因家族成员蛋白结构域分析BRLZ、MFMR和DOG1为bZIP蛋白中的常见结构域,BRLZ参与调控果生炭疽菌的营养生长,MFMR涉及蛋白与蛋白之间的相互作用,DOG1则与种子休眠相关[21-22]。远志bZIP的结构域分析结果表明:10个蛋白存在BRLZ结构域,9个蛋白存在MFMR结构,6个蛋白存在DOG1结构域(图2)。PtbZIP3和PtbZIP13含有大小相近的CCDC 158 superfamily,PtbZIP26、PtbZIP21和PtbZIP5则均含有BRLZ、MFMR及homeobox结构,结合进化树结果可知PtbZIP3和PtbZIP13聚在一起,PtbZIP26、PtbZIP21和PtbZIP5三者亲缘关系较近。图片3.5 远志bZIP基因家族成员保守基序分析利用MEME对远志27个bZIP蛋白序列进行保守基序分析的结果显示,不同bZIP转录因子基因包含的保守元件数量及种类存在差异,其中bZIP14基因包含的保守元件数量最少(2个),bZIP18/25基因包含的保守元件数量最多(11个),说明bZIP成员具有功能冗余现象,也具有功能差异性(图3)。图片bZIP蛋白结合位点序列分析结果表明,bZIP转录因子的每个重复结构域约为65 aa,均含有1个保守的bZIP结构域,其中N端一般具有高度保守的N-X7-R蛋白基序和碱性亮氨酸区域(图4)。图片3.6 远志bZIP基因家族成员密码子偏好性分析密码子可用来推断基因组内部或基因组之间的进化关系,而不同种类或同一种类的基因对密码子使用有不同的偏好模式[23]。由bZIP基因家族中的27条核苷酸序列中密码子GC的总含量(GC)以及同义密码子第1位(GC1s)、第2位(GC2s)、第3位的(GC3s)的GC含量分析结果可知:27条PtbZIP基因序列的GC1s、GC2s和GC3s的均值分别为52.24%、44.90%和40.93%,不同位置的GC含量存在差异;它们的GC平均值为46.11%,小于50%,表明其更偏向于A或U结尾的密码子[24](表3)。图片有效密码子(effective number of codon,ENC)反映了密码子偏离随机选择的结果,它是对同义密码子非均衡使用偏好程度的一个重要指标[25],ENC数值一般在20~61范围内,当ENC>35则表示密码子偏好性较弱。密码子适应指数(codon adaption index,CAI)是指编码该蛋白的所有密码子相对于这条基因都使用最优密码子的情况下的适应系数[24]。由表3可知,远志bZIP家族成员的ENC数值为43.088~57.195个,平均值为51.13个,密码子偏好性较弱。CBI值较低说明其外源基因在目的宿主中表达较弱。CAI值较低,则说明其适应性较弱。3.7 远志bZIP基因家族成员蛋白互作网络分析为深入了解远志bZIP蛋白的潜在功能和家族成员之间的相互作用,利用STRING软件,基于拟南芥数据库,对远志的27个bZIPs蛋白进行了互作网络分析。由图5可知,调控网络中共有27个节点(代表bZIPs蛋白),104条边(代表蛋白质之间的相互作用),表明远志的bZIPs蛋白存在多种互作现象,且26个bZIPs成员之间存在潜在的互作关系,为进一步验证远志bZIP的功能提供了重要依据。图片3.8 远志bZIP基因家族成员不同组织表达量热图和验证根据远志转录组数据,对27个PtbZIP基因在远志根、茎、叶中的FPKM差异表达数据进行了双向聚类分析。通过表达量热图分析可知,绝大部分基因的表达不恒定,在不同组织具有相对较高的表达量,根、茎和叶中表达量较高的基因数分别为23、2和2。PtbZIP4/15在叶中的表达量最高,茎和根次之;PtbZIP8/24在茎中的表达量最高,叶和根次之;剩下23个除PtbZIP1/17的表达量为根>叶>茎,其余表达模式为根>茎>叶(图6-A)。基于RT-qPCR验证转录组数据结果显示,PtbZIP26、PtbZIP27在根中的表达量最高,茎、叶次之,与转录组结果一致(图6-B)。图片3.9 PtbZIP26不同处理下的表达模式为了探究bZIP家族基因在远志不同处理条件下的表达模式,以PtbZIP26为代表,对其进行了激素和干旱、盐胁迫处理条件下的表达模式分析。结果发现,以0 h为空白对照(CK),PtbZIP26的表达量在ABA处理6 h内迅速上升,在24 h达到峰值;CTS处理分别持续上调至峰值为CK的5.3倍(24 h)后逐渐下调(图7-A)。PEG处理6 h迅速下降后又随着处理时间增加缓慢恢复上调,NaCl处理6 h后上调明显(图7-B)。 图片4 讨论bZIP基因家族在植物中广泛分布,参与植物的多个生长过程,如生长发育、应激反应以及次生代谢物的生物合成[26]。现阶段,bZIP基因家族已在多个物种有过相关的鉴定和研究,使得对bZIP的生物功能了解更透彻。本实验基于远志三代全长转录组数据库,找到39个bZIP isoforms,通过完整开放阅读框与BlastX分析找出具有完整ORF的基因,去除重复的isoforms,筛选并鉴定得到27个PtbZIP基因家族成员。理化性质分析显示,27个成员均为亲水性蛋白,且除PtbZIP1和PtbZIP22外均为不稳定蛋白;理论等电点小于7的蛋白有16个,属酸性蛋白,其余均为碱性蛋白。PtbZIP蛋白信号肽分值都低于0.5,说明其均无信号肽,信号肽是分泌蛋白的决定因子,推测PtbZIP蛋白不属于分泌蛋白。亚细胞定位结果显示,远志bZIP蛋白主要定位于细胞核,这与转录因子主要在细胞核中发挥作用一致。PtbZIP家族成员的蛋白二级结构也有明显的特点,主要有α-螺旋、无规卷曲。系统进化分析显示,27个PtbZIP蛋白分为A、B、C、D、F、G、I、S 8个组,其中含有8个PtbZIP家族成员的G亚组系最大亚组。PtbZIP11/18/25与拟南芥At1g32150.1、At2g35530.1高度同源,且包含的保守元件数量最多,推测PtbZIP11/18/25可能在远志干旱应答的分子机制中起重要作用[27]。研究表明,A类别的大多数功能信息提示在ABA或应激信号中的作用,PtbZIP6/12/16被分在A组,推测该基因可能参与到远志ABA信号转导途径[28]。S类别是拟南芥最大的bZIP类别之一,在胁迫处理后也被转录激活或在花的特定部分特异表达。研究证实,拟南芥bZIP家族中的S类别的基因在响应干旱有重要作用,本研究中共有3个PtbZIP基因被分到S类别下,其中PtbZIP15在叶中表达量高,PtbZIP24在茎中表达量高,可能参与调控远志对干旱的响应。同时,27个PtbZIP基因家族成员的蛋白二级结构预测结果十分相似,但序列间同源性相对较低,表明PtbZIP基因可能在远志生长发育方面发挥广泛的生物功能。表达模式分析发现,大部分PtbZIP在根中表达最高,qPCR结果验证与转录组数据一致,推测它们主要在远志地下部分发挥作用。植物中转录因子的表达与激素密切相关,研究发现葡萄VvLysM8和VvLysM9在壳聚糖处理12 h、脱落酸处理3 h时相对表达量最高[14]。马铃薯StHXK家族基因在ABA诱导下表达均显著上调,且在10%PEG胁迫处理下也呈不同程度的上调表达[29]。陆地棉GhKIN基因家族的鉴定和分析发现,干旱和盐胁迫处理后GhKIN14和GhKIN27表达出现下调,而GhKIN18等在一定时间点表现为表达上调[30]。本研究选择一个在根中高表达的PtbZIP26基因,通过不同激素、胁迫处理探讨了其是否受到相关激素和胁迫调控,结表明激素处理(ABA和CTS)远志幼苗后,PtbZIP26表达水平显著提高;同时,盐胁迫和干旱胁迫处理也可诱导PtbZIP26基因的表达发生改变且随胁迫时间的变化呈现出差异性,说明PtbZIP26可能通过不同信号通路参与远志应对逆境胁迫的表达,具体作用机制有待深入研究。本实验基于远志三代转录组数据,以远志bZIP基因家族为研究对象,对其家族成员进行鉴定和生物信息学预测分析,明确了相关结构特点与进化特征,进一步通过qPCR分析其在不同组织、不同处理下的表达模式,为探究PtbZIP参与生长发育、代谢过程及非生物胁迫的调控机制提供参考依据,为后期的基因功能研究奠定了基础。

  • 有关计量检定/校准证书上的签字确认问题

    外审专家让在计量检定/校准上用签字笔在上面进行签字确认,据本人了解计量检定/校准是不可再上面填加任何与检定/校准无关的东西。并和当地计量所沟通给出的答案也是不可以在上面进行填加签字的(除检定员、复核员、批准人)。

  • 紫外可见分光光度计检定过程中的注意事项

    紫外可见分光光度计检定过程中的注意事项 紫外可见分光光度计是通过测定被测物质在特定波长处或一定波长范围内光的吸收度,对物质进行定性和定量分析的仪器。在生物制药、精细化工、环境监测等领域有着广泛应用,并被纳入《中华人民共和国强制检定的工作计量器具明细目录》,需要根据检定规程定期检定。虽然目前检定机构在检定紫外可见分光光度计时均严格执行JJG178-2007《紫外,可见,近红外分光光度计检定规程》,但实际检定过程中还是经常会出现对同一台仪器在不同的检定机构给出的检定结果完全不同,判定不合格的仪器返厂修理时并未发现问题的情况发生。实际上很多时候并不是仪器发生了问题,只要我们的检定人员在检定过程中注意一些细节的问题,就可以避免误判情况的发生。一、波长示值误差项目检定中需注意的问题 波长示值误差是一项重要指标,规程中对该项指标的检测,给出了多种标准物质进行选择。选择哪一种标准物质,要根据仪器的情况。一般最常用的波长标准物质是氧化钬玻璃滤光片、镨钕玻璃滤光片。因其使用最方便(不用打开仪器光源部分),汞灯等波长标准需放到光源部分,操作起来相对麻烦。但由于氧化钬玻璃等滤光片需要通过高等级紫外可见分光光度计对参考波长定值后才可用于对相对等级较低的仪器进行检测,所以使用时需充分考虑定值时使用的紫外可见分光光度计的性能,尤其需要考虑到仪器的光谱带宽,定值用仪器的光谱带宽多设定为2nm。但大多数仪器的光谱带宽是固定的,而且较大,尤其是低档仪器,如752型紫外可见分光光度计光谱带宽为4nm。表1、表2分别为同一台紫外可见分光光度计在其他条件不变下,光谱带宽分别设定为0.5nm、2.0nm、5.0nm时使用氧化钬玻璃和镨钕滤光片扫描得到的峰值数据,可见当仪器的光谱带宽发生变化时,使用氧化钬玻璃或镨钕玻璃滤光片检测得到的波长误差存在着较大的差异,对于光谱带宽较大的仪器甚至部分波峰检测不到。而且对于具备自动扫描功能的仪器,扫描速度同样对检测结果有着不可忽视的影响。如表3所示。

  • 天然有机化合物提取分离与结构鉴定

    天然有机化合物提取分离与结构鉴定 书已上传到资料中心作者:汪茂田 谢培山 王忠东 等编著 , 43万字,化学工业出版社, 2004年9月出版 本书阐述了天然有机化合物的提取分离方法和结构鉴定技术。全书共分三篇十一章,阐述了如何利用经典及现代提取、分离技术获得所需要的天然有机化合物;结合实例阐述如何用核磁、质谱方法测试鉴定有机化合物的结构,如何完成图谱解析等。内容汇集了编著者长期积累的教学和实践经验,旨在为从事研发天然产物的工作者提供较系统的理论知识和较全面的实用技术。本书可供从事医药、食品、化妆品、生物化工、精细化工和高分子化工等相关行业的科技工作者参考,也可作为高等院校医药、食品、轻工、化工等类专业课程的教学用书。

  • 【求助】请教哪个厂家或牌子的钢卷尺检定合格率高

    想请教哪个厂家或牌子的钢卷尺的检定合格率会高些,本来有个送检说不合格,真是奇怪同样一个前年检合格,检完后一直都没用,放到上个月去检,今天才告诉我检定不合格,晕啊,现想买个重新送检,但担心出现同样问题,请教高手要买个厂家或牌子?[em0702]

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