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测序诊疗

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  • 慢性伤口诊疗指导建议

    【序号】:8【作者】: 韩春茂1孙华凤1姜丽萍2【题名】:慢性伤口诊疗指导建议【期刊】:中华烧伤杂志. 【年、卷、期、起止页码】:2010,(05)【全文链接】:https://kns.cnki.net/kcms/detail/detail.aspx?dbcode=CJFD&dbname=CJFDZHYX&filename=ZHSA201005038&uniplatform=NZKPT&v=93003h0NpErhnCZkAlaw6K5E2asqhJh5b6E3aAAqAPXKDnX4vDokkD_NcYhmOMP7

  • 【转帖】“先诊疗 后结算” 试点取得良好效果

    【转帖】“先诊疗 后结算” 试点取得良好效果

    [font=仿宋_GB2312]“先诊疗 后结算” 试点取得良好效果 来源:卫生部网站[img]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2010/05/201005131426_218021_1639433_3.jpg[/img]“先诊疗,后结算”服务是卫生部贯彻落实党的十七大会议精神,在深化医药卫生体制改革过程中,坚持卫生事业“科学发展”,坚持“以人为本”,坚持公立医院公益性,进一步优化医疗服务流程所采取的一项便民新举措。为患者提供“先诊疗,后结算”服务,是指在尊重患者诊疗付费习惯的前提下,患者在门急诊诊疗时,可先预缴押金,不必在接受每项诊疗服务时单独缴费,待本次所有诊疗过程结束后再统一结算。[/font][font=仿宋_GB2312]卫生部始终重视提高医疗服务质量,改善患者就医体验有关工作,通过多种方式不断优化诊疗服务流程,方便患者就医。卫生部于2009年9月委托北京大学人民医院探索“优化服务流程,提高医疗资源利用效率”的模式,开展“先诊疗,后结算”新型付费模式试点工作,在尊重患者诊疗付费习惯,继续为群众提供传统的付费服务方式的同时,利用现代信息技术,便捷付费方式,优化医疗服务流程,减少患者排队次数。这一方式是在我国信用体系尚未建立完善的情况下形成的一种过渡性安排,最终必将过渡到不需要押金即可就诊,最后结算的模式,实现方便患者就诊的目的,进一步改善门急诊诊疗秩序,让群众切实看得到、摸的着、感受到深化医改带来的好处。目前,试点医院已完成制度建设、运行平台调试和相关医务人员培训等有关配套工作,并稳步开展试运行工作,取得阶段性成果。截至目前,已办理预付费卡近10000余张,门诊预付费结算1698人次。[/font][font=仿宋_GB2312]“先诊疗,后结算”服务试点工作启动后,卫生部加强项目实施管理,做好技术指导工作:一是通过制定诊疗指南、技术规范、临床路径等规范性文件,进一步规范临床诊疗行为。二是进一步规范临床用药。通过落实处方点评制度,加强抗菌药物等常用药物的监管,推广单病种付费等方式控制不合理医疗费用。三是要求医院要一如既往的对需要抢救的危急症患者实行“先救治,后付费”。北京大学人民医院按照我部要求成立了试点工作领导机构,制订了试点工作实施方案和相关制度,加强医务与技术人员培训。[/font][font=仿宋_GB2312]为保证“先诊疗,后结算”试点工作的顺利开展,试点医院逐步建立起较为完善的管理体系。一是建立预交金管理制度,保障资金安全。与银行合作,建立健全预交金财务、挂失、事后监管和空白卡管理等4项制度,患者的预交金只有在相应的医疗服务完成后才进行抵扣,并采用实名就诊卡,保障患者资金安全。二是合理确定预交金额度。委托保险机构科学测算不同科室、病种和人群的门诊次均费用,合理确定预交金额度。三是加强医疗质量管理,利用医院的信息管理系统开展对诊疗项目和药物使用的监管,防止过度医疗。四是充分尊重患者的自主选择权,患者可根据就医付费习惯选择原有付费方式和“先诊疗,后结算”模式,群众的预交金只有在相应的医疗服务完成后才作相应的扣抵,预交金结余部分可以在就诊过程中随时提取,不收取手续费用。[/font][font=仿宋_GB2312]“先诊疗,后结算”服务试运行7个月来,试点医院积极探索运行模式,通过优化医疗服务流程,合理配置和利用医疗资源,减少患者看病就医排队等候时间,患者反响良好,取得满意的社会效果。群众普遍认为,开展“先诊疗,后结算”服务可以明显减少患者排队次数,节约就诊时间,同时患者的自主选择权得到充分尊重,预交金安全能够保障,为患者提供了更为方便、快捷的付费模式,一定程度上改善了患者就医体验。[/font][font=仿宋_GB2312]在总结人民医院试点工作基础上,卫生部已于2010年1月下发《卫生部关于进一步改善医疗机构医疗服务管理工作的通知》(卫医政发〔2010〕12号),在全国推行“先诊疗,后结算”服务模式。河南省已在全省开始推行“先诊疗,后结算”服务模式。[/font][font=仿宋_GB2312][/font]

  • 新型基因检测技术实现丙肝个性化诊疗

    科技日报讯(戴欣郭阳虎)近日,解放军302医院临床检验医学中心科研人员开发出一种针对丙型肝炎患者的新型基因检测技术。该技术对患者本身的白介素28B基因进行多态性分析,在国内率先将多色荧光探针技术(PCR)运用于丙肝患者临床抗病毒疗效的预测和评估中。这为快速检测丙肝患者对某种抗病毒药物是否有效提供了重要依据,从而能更有效地指导临床医务人员准确选择用药,提升治疗效果。 由于患者身体基因型的不同而导致抗病毒用药使用疗效的差异,一直是广大医师用药的困扰。业界许多专家认为,丙肝患者体内白介素28B基因的分布与抗病毒疗效可能存在非常密切的关系,掌握其分布有助于更准确的用药选择。目前国内外科研人员已相继开发了多项针对这一基因位点的检测技术,但由于操作程序复杂、周期长、准确性较差,很难应用推广,给丙肝临床诊断治疗带来一定困难。 302医院的临床检验医学中心毛远丽和王海滨带领的课题组,通过对上千例丙肝患者基因样本进行分析、检测,成功研制出一套针对丙肝患者的抗病毒治疗易感基因检测技术。该技术对多组白介素28B的基因进行筛选,通过合成DNA序列探针,构建双色荧光PCR体系,通过对患者的染色体内白介素28B的基因进行多态性分析,从而得出患者本身个别基因突变的位点。运用该方法,一小时即可完成检测,快速准确,能为患者的临床治疗提供更加准确有效的诊疗依据。 该技术在国内率先将多色荧光探针技术运用于丙肝患者临床抗病毒疗效的预测和评估,大大提高了丙肝临床诊治水平,也标志丙肝个性化诊疗迈出了重要一步。它有助于临床医生更好地选择适合丙肝患者的个性化治疗方案,准确选择抗病毒药物的种类和治疗持续时间,有效缩短患者治疗时间的同时减少就医成本。来源:中国科技网-科技日报 作者:郭阳虎 2014年01月21日

  • 国产新一代基因测序仪产品样机亮相

    科技日报讯 (记者王怡)中国科学院北京基因组研究所和吉林中科紫鑫科技有限公司4月18日在长春联合召开国产新一代基因测序仪样机观摩研讨会,向与会的国内基因测序领域专家和应用单位代表展示这一合作成果,同时向社会公开征集部分应用单位进行免费测试使用,测试工作将于今年下半年开展。 据了解,新一代基因测序仪样机是目前唯一技术性可以匹敌国际市场主流产品的国产基因测序系统,与国外第二代高通量测序系统相比,已经成功解决“读长较短”这一关键技术难题。该基因测序仪已经达到和部分超越国际主流设备技术指标,其成本低于进口设备1/3以上,应用成本低于进口设备1/5以上,使新一代测序技术真正达到进入广泛应用市场的经济条件,并将彻底解决我国基因测序仪完全依赖进口的局面。截至目前,该系统已获得7个发明专利和1个实用新型专利授权,还有多项专利正在申报。 中科院北京基因组研究所研究员于军介绍,新一代基因测序仪对传染性疾病的预防控制和诊疗,生物恐怖因子、食源性致病因子和转基因成分鉴定,口岸卫生和有害生物防御性检疫,以及针对人类遗传多样性而产生的疾病早期预警和个体化用药相关基因的检测分析等实践应用,提供强有力的技术支持。 据悉,测序仪今年下半年将在医疗、检验检疫、疾病防控、高校、研究院所等20家应用单位进行免费测试使用。已经确认参加测试应用的单位包括中国检验检疫科学研究院、北京出入境检验检疫局、青岛海洋大学等10余家单位。测试工作主要包括对系统性能的优化和改进,以及根据应用领域的不同进行应用产品的共同开发,即在基础试剂产品的平台上衍生出一系列专用型试剂产品,并开发相应的数据分析算法和数据库,实现测序技术实践应用的全面解决方案。来源:中国科技网-科技日报 2014年04月20日

  • 求助文献 百草枯中毒的机制及诊疗进展

    [b]【序号】:2【作者】:[url=http://search.cnki.com.cn/Search/Result?author=%E6%88%90%E5%AD%90%E4%BD%B3]成子佳[/url][size=12px] [/size][url=http://search.cnki.com.cn/Search/Result?author=%E5%B8%B8%E4%BA%91%E5%B3%B0]常云峰[/url][size=12px] [/size]【题名】:[b]百草枯中毒的机制及诊疗进展[/b]【期刊】:【年、卷、期、起止页码】:【全文链接】:http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-YXZS201820015.htm[/b]

  • 指南指导下慢性创面诊疗的实践与意义

    【序号】:7【作者】: 韩春茂余美荣【题名】:指南指导下慢性创面诊疗的实践与意义【期刊】:浙江医学. 【年、卷、期、起止页码】:2019,41(10)【全文链接】:https://kns.cnki.net/kcms/detail/detail.aspx?dbcode=CJFD&dbname=CJFDLAST2019&filename=ZJYE201910003&uniplatform=NZKPT&v=CMRW91kJocdBn24EsP9OYFDloYcyjeRIqe3HZL26LLwlVspU-Id3S1OkQ8XEq-Pu

  • 【资料】甲型H1N1流感诊疗方案(2009年第三版)

    甲型H1N1流感诊疗方案(2009年第三版)卫生部近日对《甲型H1N1流感诊疗方案(2009年试行版第二版)》(卫发明电[2009]123号)进行了修订、完善,并于2009-10-12发布《甲型H1N1流感诊疗方案(2009年第三版)》(卫发明电[2009]188号),第三版实施之时,第二版同时废止。  针对重症病例可能增多的情况,方案对如何加强重症病例的甄别和救治作出了重点描述。出现以下情况之一者为重症病例:持续高热3天以上;剧烈咳嗽,咳脓痰、血痰,或胸痛;呼吸频率快,呼吸困难,口唇紫绀;神志改变:反应迟钝、嗜睡、躁动、惊厥等;严重呕吐、腹泻,出现脱水表现;影像学检查有肺炎征象;肌酸激酶、肌酸激酶同工酶等心肌酶水平迅速增高;原有基础疾病明显加重。  方案要求,根据患者病情及当地医疗资源状况,应按照重症优先的原则安排住院治疗。高危人群感染甲型H1N1流感较易成为重症病例,宜安排住院诊治。轻症病例可安排居家隔离观察与治疗。[img]http://www.instrument.com.cn/bbs/images/affix.gif[/img][url=http://www.instrument.com.cn/bbs/download.asp?ID=175547]甲型H1N1流感诊疗方案(2009年第三版)[/url]

  • 【转帖】甲流诊疗方案第3版发布 按重症优先原则住院

    据卫生部网站消息,卫生部近日对《甲型H1N1流感诊疗方案(2009年试行版第二版)》进行了修订、完善,研究制定了《甲型H1N1流感诊疗方案(2009年第三版)》。方案要求,根据患者病情及当地医疗资源状况,应按照重症优先的原则安排住院治疗。高危人群感染甲型H1N1流感较易成为重症病例,宜安排住院诊治。轻症病例可安排居家隔离观察与治疗。  据悉,本次修订由卫生部甲型H1N1流感临床专家组牵头,并委托中华医学会组织相关专家修改完善。新版方案结合了我国甲型H1N1流感实际诊疗经验,并借鉴世界卫生组织和其他国家、地区甲型H1N1流感相关资料。  方案详细说明了甲型H1N1流感病毒的病原学及流行病学特征。甲型H1N1流感病毒对乙醇、碘伏、碘酊等常用消毒剂敏感 对热敏感,56℃条件下30分钟可杀灭病毒。人是此病毒主要传染源,无症状感染者也具有传染性,主要通过飞沫经呼吸道传播,也可通过口腔、鼻腔、眼睛等处黏膜直接或间接接触传播。  人群对此病毒普遍易感。妊娠期妇女 肥胖者 5岁以下儿童及65岁以上老年人 伴有慢性疾病人群和免疫功能低下者较易成为重症病例的高危人群。此类人群出现流感样症状,应当给予高度重视,尽早进行甲型H1N1流感病毒核酸检测及其他必要检查。  针对重症病例可能增多的情况,方案对如何加强重症病例的甄别和救治作出了重点描述。出现以下情况之一者为重症病例:持续高热3天以上 剧烈咳嗽,咳脓痰、血痰,或胸痛 呼吸频率快,呼吸困难,口唇紫绀 神志改变:反应迟钝、嗜睡、躁动、惊厥等 严重呕吐、腹泻,出现脱水表现 影像学检查有肺炎征象 肌酸激酶(CK)、肌酸激酶同工酶(CK-MB)等心肌酶水平迅速增高 原有基础疾病明显加重。  方案还明确了甲型H1N1流感的治疗策略、抗病毒药物用法用量及中医辨证治疗方案。

  • 【新冠知识有奖竞答】根据新冠肺炎诊疗方案,以下说法正确的是?【答案已公布】

    [font=&][color=#ff0000][font=&]【活动形式】根据题目及选项,回帖参与竞答[/font][font=&]【开奖时间】每日上午揭晓昨日答案、发放奖励,并发布当日题目[/font][/color][/font][font=&][color=#ff0000][font=&]【活动奖励】凡答对者可获得20积分奖励[/font][/color][/font][align=center]=======================================================================[/align][size=18px]根据最新发布的新冠肺炎诊疗方案,以下说法正确的是:[/size][font=&][font=&][size=18px]A、磷酸氯喹和阿比多尔可试用于抗病毒治疗[/size][/font][/font][font=&][font=&][size=18px]B、利巴韦林可用于治疗[/size][/font][/font][font=&][font=&][size=18px]C、康复者血浆可用于治疗 [/size][/font][/font][font=&][font=&][size=18px]D、目前没有确认有效的抗新型冠状病毒治疗方法[/size][/font][/font][align=center]=======================================================================[/align][size=18px]正确答案:A、B、C[/size][size=18px](第六版诊疗方案中删除了“[size=18px]目前没有确认有效的抗新型冠状病毒治疗方法[/size]”的说法)[/size][size=18px][url=https://bbs.instrument.com.cn/topic/7470089_1][color=#3366ff][b]点击查看今日题目[/b][/color][/url][/size]

  • 赛纳生物基因测序仪S100获批国家药监局医疗器械注册证

    2024年2月21日,赛纳生物基因测序仪S100获批国家药品监督管理局(NMPA)医疗器械注册证(国械注准20243220383),标志着国产全自主知识产权基因测序仪S100在中国获准临床应用。[align=center][img=,600,280]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/0e5f95d7-ce9a-480b-b0a2-6fddc6d11d8d.jpg[/img][/align][align=center]图片来源:国家药品监督管理局官网[/align]基因测序仪S100依托荧光发生(Fluorogenic)测序化学和纠错编码(ECC)测序策略两项核心技术,将发光基团修饰在磷酸键上,使用聚合酶及磷酸酶合成天然DNA,一步完成DNA聚合、标记切除、荧光转化,避免了分子疤痕和测序偏差,实现了长读长,速度更快。同时结合ECC纠错编码技术发现并矫正测序错误,通过奇偶校验和动态规划算法进行解码,实现错误信息的自校正,测序准确度实现了几何式提高,在靶向基因检测等应用方向具备独特优势。[align=center][img=,600,338]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/6fd2204c-c2f2-42a6-9671-93e1d5b25593.jpg[/img][/align][align=center]图:赛纳生物基因测序仪S100[/align]对于基因测序仪公司,临床市场是必争之地,“获证”则是这些公司这真正能够进入临床的标志。据了解,一款基因测序仪申报获得国家药监局医疗器械注册证并非易事,通常要长达数年时间。虽然近几年国产创新基因测序仪产品涌现,但真正获得医疗器械注册证的仪器却寥寥无几。此次赛纳生物全自主知识产权基因测序仪S100获得批准,也进一步证明了中国在基因测序领域的技术实力和创新能力。[来源:仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

  • 赛纳生物基因测序仪S100获批国家药监局医疗器械注册证

    2024年2月21日,赛纳生物基因测序仪S100获批国家药品监督管理局(NMPA)医疗器械注册证(国械注准20243220383),标志着国产全自主知识产权基因测序仪S100在中国获准临床应用。[align=center][img=,600,280]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/0e5f95d7-ce9a-480b-b0a2-6fddc6d11d8d.jpg[/img][/align][align=center]图片来源:国家药品监督管理局官网[/align]基因测序仪S100依托荧光发生(Fluorogenic)测序化学和纠错编码(ECC)测序策略两项核心技术,将发光基团修饰在磷酸键上,使用聚合酶及磷酸酶合成天然DNA,一步完成DNA聚合、标记切除、荧光转化,避免了分子疤痕和测序偏差,实现了长读长,速度更快。同时结合ECC纠错编码技术发现并矫正测序错误,通过奇偶校验和动态规划算法进行解码,实现错误信息的自校正,测序准确度实现了几何式提高,在靶向基因检测等应用方向具备独特优势。[align=center][img=,600,338]https://img1.17img.cn/17img/images/202402/uepic/6fd2204c-c2f2-42a6-9671-93e1d5b25593.jpg[/img][/align][align=center]图:赛纳生物基因测序仪S100[/align]对于基因测序仪公司,临床市场是必争之地,“获证”则是这些公司这真正能够进入临床的标志。据了解,一款基因测序仪申报获得国家药监局医疗器械注册证并非易事,通常要长达数年时间。虽然近几年国产创新基因测序仪产品涌现,但真正获得医疗器械注册证的仪器却寥寥无几。此次赛纳生物全自主知识产权基因测序仪S100获得批准,也进一步证明了中国在基因测序领域的技术实力和创新能力。[来源:仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

  • DNA测序仪原理和方法

    DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪,其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。【原理】ABI PRISM 310型基因分析仪(即DNA测序仪),采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法),因此通过单引物PCR测序反应,生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'''端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物,使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳,从而避免了泳道间迁移率差异的影响,大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同,在毛细管电泳中的迁移率也不同,当其通过毛细管读数窗口段时,激光检测器窗口中的CCD(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测,激发的荧光经光栅分光,以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光,并在CCD摄影机上同步成像,分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列,从而达到DNA测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。PE公司还提供凝胶高分子聚合物,包括DNA测序胶(POP 6)和GeneScan胶(POP 4)。这些凝胶颗粒孔径均一,避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。电脑中则包括资料收集,分析和仪器运行等软件。它使用最新的CCD摄影机检测器,使DNA测序缩短至2.5h,PCR片段大小分析和定量分析为10~40min。由于该仪器具有DNA测序,PCR片段大小分析和定量分析等功能,因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析(SSCP)、微卫星序列分析、长片段PCR、RT-PCR(定量PCR)等分析,临床上可除进行常规DNA测序外,还可进行单核苷酸多态性(SNP)分析、基因突变检测、HLA配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。【试剂与器材】1.BigDye测序反应试剂盒 主要试剂是BigDye Mix,内含PE专利四色荧光标记的ddNTP和普通dNTP,AmpliTaq DNA polymerase FS,反应缓冲液等。  2.pGEM-3Zf(+)双链DNA对照模板0.2g/L,试剂盒配套试剂。  3.M13(-21)引物TGTAAAACGACGGCCAGT,3.2μmol/L,即3.2pmol/μl,试剂盒配套试剂。  4.DNA测序模板 可以是PCR产物、单链DNA和质粒DNA等。模板浓度应调整在PCR反应时取量1μl为宜。本实验测定的质粒DNA,浓度为0.2g/L,即200ng/μl。  5.引物 需根据所要测定的DNA片段设计正向或反向引物,配制成3.2μmol/L,即3.2pmol/μl。如重组质粒中含通用引物序列也可用通用引物,如M13(-21)引物,T7引物等。  6.灭菌去离子水或三蒸水。  7.0.2ml或和0.5ml的PCR管,盖体分离,PE公司产品。  8.3mol/L 醋酸钠(pH5.2)称取40.8g NaAc·3H2O溶于70ml蒸馏水中,冰醋酸调pH至5.2,定容至100ml,高压灭菌后分装。  9.70%乙醇和无水乙醇。  10.NaAc/乙醇混合液 取37.5ml无水乙醇和2.5ml 3mol/L NaAc混匀,室温可保存1年。  11.POP 6测序胶 ABI产品。  12.模板抑制试剂(TSR)ABI产品。  13.10×电泳缓冲液 ABI产品。  14.ABI PRISM 310型全自动DNA测序仪。  15.2400型或9600型PCR仪。  16.台式冷冻高速离心机。  17.台式高速离心机或袖珍离心机。

  • 镁伽科技与迅识生物达成战略合作,助推高通量测序及CRISPR检测应用

    日前,[b][color=#ea5504]镁伽科技与迅识生物达成战略合作,双方将围绕高通量测序自动化检测整体解决方案及基于CRISPR检测技术的自动化应用开展合作[/color][/b],深度挖掘基因测序及CRISPR检测自动化应用场景和用户需求,聚焦提升核心产品能力,共同推动高通量测序技术和CRISPR检测技术在疾病机理研究、早期筛查诊断和病原检测等领域的创新应用。[img=图片]https://img1.17img.cn/17img/images/202401/uepic/34b1bb6c-5fbb-4275-8279-48bafe4c459f.jpg[/img][align=center]▲镁伽科技与迅识生物签署战略合作协议[/align]作为分子生物学领域的重要技术之一,高通量基因测序能够同时进行数百万个DNA序列检测,为测序技术带来了革命性的突破,在基因诊断、基因治疗、基因调控等领域发挥着重要作用。自动化技术的引入使得基因测序的实验通量得以迅速提升,并大幅降低了操作成本,有助于加速开拓多样本处理场景,带动高通量测序技术在体外诊断、生物医药、农业育种等行业的持续增长。迅识生物专注于NGS样本整体解决方案和以CRISPR为核心的即时诊断产品的开发和推广,其中NGS产品线覆盖自动化文库制备平台和配套试剂等,诊断产品线覆盖包括医疗、海关和疾控等多个领域的基因检测需求。镁伽作为专注于生命科学、临床诊断、应用化学等领域的智能及自动化专家,多款高通量基因组学、蛋白组学自动化解决方案已获得市场认可,能够满足多种规模和类型的高通量测序研究项目需求。此次合作依托迅识生物在高通量基因测序、CRISPR检测领域的先进技术和产品,结合镁伽成熟的开放性应用软件和自动化平台整合能力,双方将共同开发具备智能化、数字化、可扩展等优势的实验室整体解决方案,完善高通量测序产品组合,为生命科学领域提供更加精准、高效的核心自动化工具。[b][color=#ea5504]迅识生物创始人陈重建先生表示:[/color][/b][color=#ea5504][color=#000000]“[/color][/color]非常荣幸能和镁伽科技合作,迅识生物一直致力于实现‘触手可及的核酸检测’,无论是在NGS 样本处理全流程解决方案还是在基于 CRISPR 的检测领域,我们都践行着这个目标。迅识在这两个领域已经深耕多年,积累了很多开发和应用经验。镁伽科技在自动化和智能化领域有着非常丰富的积累和实践,希望双方加强在生命科学及相关应用领域的合作,发挥各自优势,互相赋能,携手向前!”[b][color=#ea5504]镁伽科技创始人兼首席执行官黄瑜清先生表示:[/color][/b][color=#ea5504][color=#000000]“[/color][/color]随着基因测序技术、高通量实验、AI等技术的发展,生命科学的智能化正在向着更精准、更经济、更安全的方向发展。镁伽期待与迅识生物携手并进,借助高通量测序自动化技术的优势,进一步拓展多组学自动化解决方案,构筑核心技术的护城河,丰富生命科学自动化技术和生态储备,驱动产业链上下游协同发展。”[img=图片]https://img1.17img.cn/17img/images/202401/uepic/1fddf3c2-e3d0-4b93-8c7c-defa66ec45ad.jpg[/img][align=center]▲镁伽科技与迅识生物签约仪式大合影[/align][来源:仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

  • 260万!西安交通大学第二附属医院生物诊疗中心用检测试剂项目

    [font=inherit]一、项目基本情况[/font]项目编号:SHZB-20230034项目名称:西安交通大学第二附属医院生物诊疗中心用检测试剂项目预算金额:260.000000 万元(人民币)采购需求:[table][tr][td][align=center]标段[/align][/td][td][align=center]名称[/align][/td][td][align=center]收费在医保范围[/align][/td][td][align=center]采购预算(万元/年)[/align][/td][td][align=center]中标单位数量[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]3[/align][/td][td]乳腺癌、宫颈癌、结直肠癌、肺癌等基因检测试剂[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]65[/align][/td][td][align=center]拟入围2家[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]7[/align][/td][td]肺癌甲基化检测试剂[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]15[/align][/td][td][align=center]拟入围1家[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]8[/align][/td][td]泛癌甲基化检测试剂(胶质瘤、甲状腺、肝癌甲基化检测试剂盒)[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]90[/align][/td][td][align=center]拟入围2家[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]12[/align][/td][td]肺癌、乳腺癌、结直肠癌等肿瘤高通量基因测序试剂项目[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]70[/align][/td][td][align=center]拟入围3家[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]14[/align][/td][td]13种呼吸道病原体多重检测项目[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]10[/align][/td][td][align=center]拟入围3家[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]16[/align][/td][td]外泌体生物标志物检测试剂项目[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]10[/align][/td][td][align=center]拟入围2家[/align][/td][/tr][/table]具体内容详见招标文件。[font=inherit]注:各供应商可参加一个或多个标段,但必须对所投标段内全部项目内容进行投标报价,不得增项、缺项或漏项。[/font]合同履行期限:3年本项目( 不接受 )联合体投标。[font=inherit]二、申请人的资格要求:[/font]1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定;2.落实政府采购政策需满足的资格要求:本项目非专门面向中小企业采购。3.本项目的特定资格要求:3.1、供应商应授权合法的人员参加投标全过程,其中法定代表人直接参加投标的,须出具法人身份证明,并与营业执照上信息一致;法定代表人授权代表参加投标的,须出具法定代表人授权书及授权代表身份证。3.2、投标产品纳入医疗器械管理的,须提供供应商有效的医疗器械经营许可证或医疗器械经营备案凭证(制造商直接参与投标的不提供此项)。3.3、投标产品纳入医疗器械管理的,须提供产品有效的医疗器械注册证或医疗器械备案凭证。3.4、若投标产品为进口,供应商须提供有效的完整授权链的产品授权书(授权期限不足3年的须附能够提供持续供货的声明材料,英文授权须提供中文翻译版;制造商直接参与投标的不提供此项)。若投标产品为国产且纳入医疗器械管理的,供应商须提供投标产品制造商有效的营业执照和医疗器械生产许可证或生产备案凭证。3.5、供应商未被列入“信用中国”网站(www.creditchina.gov.cn)以下情形之一:①记录失信被执行人;②重大税收违法案件当事人名单。同时,在中国政府采购网(www.ccgp.gov.cn)“政府采购严重违法失信行为信息记录”中查询没有处于禁止参加政府采购活动的记录名单。3.6、单位负责人为同一人或者存在直接控股、管理关系的不同供应商,不得参加同一合同项下的政府采购活动。3.7、本项目不接受联合体投标。[font=inherit]三、获取招标文件[/font]时间:2024年03月19日 至 2024年03月25日,每天上午9:00至12:00,下午14:00至17:00。(北京时间,法定节假日除外)地点:线上方式:1、供应商在文件发售期以内将单位介绍信(介绍信中应注明报名项目名称、标段)、经办人身份证、联系电话及电子邮箱等资料加盖单位公章等报名资料扫描件发至邮箱641267371@qq.com(联系电话:029-88895769),并获取招标文件。2、招标文件售价人民币300元/标段,售后不退,谢绝邮寄。3、招标代理机构通过邮箱向供应商发售招标文件,请及时查收。售价:¥1800.0 元,本公告包含的招标文件售价总和[font=inherit]四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点[/font]提交投标文件截止时间:2024年04月10日 09点30分(北京时间)开标时间:2024年04月10日 09点30分(北京时间)地点:西安市雁塔区电子三路西京国际电气中心A座904室[font=inherit]五、公告期限[/font]自本公告发布之日起5个工作日。[font=inherit]六、其他补充事宜[/font]需要落实的政府采购政策:1、《三部门联合发布关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》(财库〔2017〕141号);2、《财政部司法部关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的通知》(财库〔2014〕68号);3、《关于政府采购优先购买福利性企业产品和服务的意见》(陕民发(2015)1号);4、关于印发《政府采购促进中小企业发展管理办法》的通知--财库〔2020〕46号;5、《关于调整优化节能产品、环境标志产品政府采购执行机制的通知》--(财库[2019]9号);6、《环境标志产品政府采购实施的意见》(财库[2006]90号);7、《财政部 国务院扶贫办关于运用政府采购政策支持脱贫攻坚的通知》(财库〔2019〕27号);8、《关于进一步加大政府采购支持中小企业力度的通知》(财库【2022】19号)。[font=inherit]七、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。[/font]1.采购人信息名 称:西安交通大学第二附属医院地址:西安市新城区西五路联系方式:冯女士 029-876798012.采购代理机构信息名 称:圣弘建设股份有限公司地 址:西安市雁塔区电子三路西京国际电气中心A座904联系方式:王文艳029-888957693.项目联系方式项目联系人:王文艳电 话:  029-88895769

  • 微生物基因组测序的应用

    基因组测序和序列的组装,为快速研究该致病菌株的致病机理创造了条件。与此同时华大基因与德国汉堡-Eppendorf医疗中心合作,也宣布完成了对致病菌株的测序工作。Guenther说:"在有限的时间里完成了对微生物的全基因组测序,极大的方便了研究者从一个整体的水平上去研究微生物,进而揭示在这些目标微生物的基因组究竟发生了哪些改变。"事实上也的确如此,科学家根据从基因组测序的数据所获得的证据,将本次的致病型大肠杆菌鉴定为致病型大肠杆菌的一个新杂交品种,并且携带了一些抗性基因。"从宏观的基因组水平上来研究这类细菌,将在很大程度上革新我们对传染病暴发的认识,3-4天内完成对某种微生物的全基因组测序及基因标注,将会开启一个新的研究领域。"在新奥尔良召开的美国微生物学会年度会议上,一些研究者指出,分子鉴定的方法正被用来打造基因组传染病学这一领域,基因组传染病学致力于重构传染病暴发的过程,以求在将来能够对传染病能进行实时有效的监控和快速反应。

  • 里程碑!新一代测序(NGS)首获FDA批准

    近日,美国 FDA 审批通过 Illumina 公司的 MiSeqDx 台式新一代测序仪及配套试剂盒,成为全球首个而且是目前唯一一个获得 FDA 临床认证的新一代测序(NGS)平台。通过认证的试剂盒除了针对囊性纤维化的检测之外,还包括通用试剂盒,让临床实验室能够开发他们自己的诊断检测。美国 FDA 医疗器械与辐射健康中心的官员 Alberto Gutierrez 博士认为:“NGS 正在改变我们了解基因组学的方式。在这之前,测序与特定疾病相关的基因是个漫长而昂贵的过程。今天,我们能够在单个检测中非常快速地读取和解释大的 DNA 片段,而这一信息丰富的技术日渐普及,能够被医生用于患者护理。”此次通过 FDA 认证的两项分析分别是 MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 和 MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay,它们可用于囊性纤维化的筛查和诊断。囊性纤维化是一种常见且致命的遗传疾病,在欧美人群中较为常见。在美国约有 1000 万名携带者,而患病人数超过 3 万名。此疾病由囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)基因的突变引起,有着广泛的临床表现,这取决于哪些CFTR基因突变存在。大部分CFTR突变是罕见的,其分布和频率随群体而异。MiSeqDx Cystic Fibrosis 139-Variant Assay 旨在同时检测CFTR基因中的 139 个临床相关的致病突变及变异,包括 ACMG 和 ACOG 建议筛查的那些。MiSeqDx Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay 则凭借 Illumina 的靶向重测序技术,为 CFTR 基因的蛋白编码区域和内含子/外显子边界提供高度准确的数据。美国国立卫生研究院(NIH)的院长 Francis Collins 也是一名囊性纤维化的研究人员。他在一份声明中指出,这一具有里程碑意义的举措,将有助于实现个性化医疗的承诺。他认为,高通量 DNA 测序仪的出现让医生能够全面查看患者的基因组,以便搜索各种变异或突变,它们可能增加疾病风险,推动疾病进程,和/或影响药物反应。这些信息有可能在很多方面让患者受益。不过激动归激动,他认为目前还有很多工作要做。Francis Collins 博士和 FDA 局长 Margaret Hamburg 在《新英格兰医学杂志》上联名发文,称测序平台在临床应用中的批准将为医生在患者护理中更广泛地采用遗传信息铺平道路。不过,他们也指出,尽管目前已取得一些进展,但仍存在政策、法律和监管问题,而新发现也必须得到验证。此外,医生、医疗保健工作人员和患者仍需要支持和帮助,才能了解基因组数据。他们谈道:“新一代测序到达这一监管里程碑仅仅是个开始。我们需要共同努力,以确保研究进展和基因组信息的临床应用是基于严谨的证据。”原文检索:Francis S. Collins, and Margaret A. Hamburg. First FDA Authorization for Next-Generation Sequencer. NEJM, November 19, 2013; DOI: 10.1056/NEJMp1314561

  • 110万!西安交通大学第二附属医院生物诊疗中心用检测试剂项目

    [font=inherit]一、项目基本情况[/font]项目编号:SHZB-20230034项目名称:西安交通大学第二附属医院生物诊疗中心用检测试剂项目预算金额:110.000000 万元(人民币)采购需求:[table][tr][td][align=center]标段[/align][/td][td][align=center]名称[/align][/td][td][align=center]收费在医保范围[/align][/td][td][align=center]采购预算(万元/年)[/align][/td][td][align=center]中标单位数量[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]2[/align][/td][td]飞行时间质谱核酸检测系统试剂[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]50[/align][/td][td][align=center]拟入围2家[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]6[/align][/td][td]胃癌、结直肠癌甲基化检测试[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]40[/align][/td][td][align=center]拟入围1家[/align][/td][/tr][tr][td][align=center]9[/align][/td][td]膀胱癌甲基化检测试剂[/td][td][align=center]是√ 否□[/align][/td][td][align=center]20[/align][/td][td][align=center]拟入围1家[/align][/td][/tr][/table]具体内容详见招标文件。[font=inherit]注:各供应商可参加一个或多个标段,但必须对所投标段内全部项目内容进行投标报价,不得增项、缺项或漏项。[/font]合同履行期限:3年本项目( 不接受 )联合体投标。[font=inherit]二、申请人的资格要求:[/font]1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定;2.落实政府采购政策需满足的资格要求:本项目非专门面向中小企业采购。3.本项目的特定资格要求:3.1、供应商应授权合法的人员参加投标全过程,其中法定代表人直接参加投标的,须出具法人身份证明,并与营业执照上信息一致;法定代表人授权代表参加投标的,须出具法定代表人授权书及授权代表身份证。3.2、投标产品纳入医疗器械管理的,须提供供应商有效的医疗器械经营许可证或医疗器械经营备案凭证(制造商直接参与投标的不提供此项)。3.3、投标产品纳入医疗器械管理的,须提供产品有效的医疗器械注册证或医疗器械备案凭证。3.4、若投标产品为进口,供应商须提供有效的完整授权链的产品授权书(授权期限不足3年的须附能够提供持续供货的声明材料,英文授权须提供中文翻译版;制造商直接参与投标的不提供此项)。若投标产品为国产且纳入医疗器械管理的,供应商须提供投标产品制造商有效的营业执照和医疗器械生产许可证或生产备案凭证。3.5、供应商未被列入“信用中国”网站(www.creditchina.gov.cn)以下情形之一:①记录失信被执行人;②重大税收违法案件当事人名单。同时,在中国政府采购网(www.ccgp.gov.cn)“政府采购严重违法失信行为信息记录”中查询没有处于禁止参加政府采购活动的记录名单。3.6、单位负责人为同一人或者存在直接控股、管理关系的不同供应商,不得参加同一合同项下的政府采购活动。3.7、本项目不接受联合体投标。[font=inherit]三、获取招标文件[/font]时间:2024年02月18日 至 2024年02月22日,每天上午9:00至12:00,下午14:00至17:00。(北京时间,法定节假日除外)地点:线上方式:1、供应商在文件发售期以内将单位介绍信(介绍信中应注明报名项目名称、标段)、经办人身份证、联系电话及电子邮箱等资料加盖单位公章等报名资料扫描件发至邮箱641267371@qq.com(联系电话:029-88895769),并获取招标文件。2、招标文件售价人民币300元/标段,售后不退,谢绝邮寄。3、招标代理机构通过邮箱向供应商发售招标文件,请及时查收。售价:¥900.0 元,本公告包含的招标文件售价总和[font=inherit]四、提交投标文件截止时间、开标时间和地点[/font]提交投标文件截止时间:2024年03月12日 09点30分(北京时间)开标时间:2024年03月12日 09点30分(北京时间)地点:西安市雁塔区电子三路西京国际电气中心A座904室[font=inherit]五、公告期限[/font]自本公告发布之日起5个工作日。[font=inherit]六、其他补充事宜[/font]1、《三部门联合发布关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》(财库〔2017〕141号);2、《财政部司法部关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的通知》(财库〔2014〕68号);3、《关于政府采购优先购买福利性企业产品和服务的意见》(陕民发(2015)1号);4、关于印发《政府采购促进中小企业发展管理办法》的通知--财库〔2020〕46号;5、《关于调整优化节能产品、环境标志产品政府采购执行机制的通知》--(财库[2019]9号);6、《环境标志产品政府采购实施的意见》(财库[2006]90号);7、《财政部 国务院扶贫办关于运用政府采购政策支持脱贫攻坚的通知》(财库〔2019〕27号);8、《关于进一步加大政府采购支持中小企业力度的通知》(财库【2022】19号)。[font=inherit]七、对本次招标提出询问,请按以下方式联系。[/font]1.采购人信息名 称:西安交通大学第二附属医院地址:西安市新城区西五路联系方式:冯女士 029-876798012.采购代理机构信息名 称:圣弘建设股份有限公司地 址:西安市雁塔区电子三路西京国际电气中心A座904联系方式:王文艳029-888957693.项目联系方式项目联系人:王文艳电 话:  029-88895769

  • 硅谷聚集基因测序技术新产业

    美国加州的山景城是“硅谷”的重要组成部分。现在,一个与硅芯片相关的潜力大产业正在这里兴起,那就是基因组测序技术产业。这个产业的发展是随着多家大公司的激烈竞争开始的。不过,一家名为“整合基因”(Complete Genomics,CG)的公司不像别的公司一样研发和销售测序仪器,而是为科学家提供外包的测序服务,更绝的是,在这家公司里做测序的,并不是研究人员,而是一排排的机器人。近日,《新科学家》杂志探秘了这家充满科幻意味的公司。前台都是“机器人”走进CG公司,连前台都由计算机终端出任。它会主动向来客问好,询问姓名、身份和来访意图。旁边连接的一台打印机则自动打出访客挂牌。与此同时,一份电子邮件已经发送到内部接应人员的电脑上。这家公司的生产线更像科幻电影里的实验室,昏暗蓝色的房间里到处都是高级仪器,室内温度保持在28℃和相对较高的湿度,几名穿着实验服,带着发罩的工作人员在监视着电脑屏幕,查看着机器人的运作状态。这儿已经成为了世界上最大的人类基因组测序工厂。只是在这里工作的不是人类,而是机器人。在一个大约只有半个网球场大的房间里,“坐着”16台机器人,不间断地进行着人类基因组测序的工作。去年,它们完成800个人的DNA测序工作其中三分之一是后半年做出来的。到了今年,它们已经可以每个月生产出400个人的基因了。CG公司只是目前迅速形成产业的诸多基因组测序公司中的一家,但是它十分独特。公司市场总监图柯特(Jennifer Turcotte)对《新科学家》杂志解释说,通常而言,DNA测序是在一个密封的机器里进行的,但在这家公司的实验室里,机器人却是在一个开放暴露的环境下做基因组测序,这是为了便于维修。实验室特定的温度和湿度是为了符合测序中出现的生化反应,微弱的蓝光是为了避免荧光探测剂在探测基因代码符号时受到其他频率光波的破坏。这儿所进行的基因组测序,已是目前最新的第三代基因组测序技术,称为“DNA纳米球测序技术”。这种新方法是将DNA链放置在一小块硅芯片上进行调节,自我组装成所谓的“纳米球”。这样的测序所需要的试剂更少,得到的数据则更多。技术人员都穿着无尘室服装,因为任何一点灰尘都会干扰测序,除非哪儿出问题了,一般而言这些技术人员不会干预机器人的工作。机器人则会自动添加试剂,操作样本,每个DNA纳米球上携带着70个核苷酸,其排列顺序会通过光信号被拍摄记录下来。费用正在逐步降低这些机器人正在做的工作,是一个浩大庞杂的工程蓝图中的第一步,所有的人类基因组中有着30亿对碱基对,而CG计划将其全部组装出来。这需要非常大的计算量,公司为此也建了一个自动数据中心。不过,这个数据中心设在距离公司大约有20分钟车程的地方那儿的电费更便宜。目前CG公司只针对研究者和制药公司开放,个人还没法购买他们的服务。在这里,每对基因组测序要价9500美元,如果购买1000对以上,则每对价格降为5000美元。这个价格是随着基因组测序技术突飞猛进而急剧下降的,要知道,十年前,第一对人类基因组序列完成时,其价格是以十几亿美元计量的。而科学家现在已经预计几年后,基因组测序的价格可能会降到一般人都可能支付得起的程度。基因组测序的流水线完全是由机器人来做的,而职员做什么呢?公司共有185名职员,部分是科研人员,忙于改善公司的测序技术,另一部分则是做市场和联络,与各类客户打交道。基因组测序工程是一项既有非常光明的前途但又异常庞大的科学工程,而自动化则可能成为处理这项工作的最佳工具。基因学家们认为,通过一些基因扫描,是可以找到导致人类易感疾病的一些基因变异,人类基因谱上,有一些常见明显变异,但是就整个遗传问题来看,还有大量的混乱的遗传变异隐藏在DNA双螺旋体中,这些也导致了世界上千奇百怪的遗传疾病。如何去捕猎这些神秘莫测的错误基因代码呢?只剩下一个方法,那就是将整个人类基因谱测序,来捕捉一些可能和疾病有关的基因变异。这个方法虽然听上去如同“大海捞针”一样不靠谱,但目前一些迹象表明,今后或许基因组序列会成为医疗记录的一部分,或者科学家可以通过家庭的基因组测序来纠正基因错误。比如,去年西雅图系统生物学研究所的胡德(Leroy Hood)及其小组与CG公司进行了合作,在《科学》杂志上刊登了一篇论文。他们对一家四口的基因组进行了测序。这是个特殊的家庭,两个孩子都患有两种隐性遗传病米勒综合征和纤毛运动障碍,而父母则完全正常,在分别测出这家人的基因序列后,研究者将父母和子女基因组序列进行比较,验证了米勒综合征这种非常罕见遗传病的致病突变。提供测序外包的服务目前,站在基因组测序产业化起跑线上的企业包括了同样位于加州的生物科学公司Pacific Bio。这个公司创立了首次可以对单个DNA进行测序的仪器。和CG公司一样,目前,这家公司也只向研究者提供服务。有一些大型的、从事基因组测序产业的公司已经将基因组测序做到医院和个人普及的地步了,如研发制造大型测序分析仪器的Illumina公司。这个公司在2008年美国成长最快的科技公司评选中,风头甚至盖过了Google。它们提供的产品甚至可以直接给病人使用。而另一位基因创业企业家罗斯伯格(Jonathan Rothberg)甚至发明了可以放在桌子上的基因解码器,可以在2小时之内以很高的精度解读出1000万个基因代码符号。大部分的基因组测序企业都站在一个竞争线上,尽力提高DNA测序的速度,降低费用。而CG公司其实并非和它们是严格意义上的竞争对手他们计划组装出所有的人类基因序列,研发也是为此目的而进行。此外,他们并不如其他公司一样开发更高级更小巧的基因组测序仪,而是为科学家提供基因组测序的外包服务,也就是说,研究人员无需购买、安装、培训、运行和维修仪器,而只要将样品交给这家公司,等待结果到来就可以。虽然很多人不理解他们的做法,但这家公司始终坚持自己的观点,认为这样的服务最能让科学家将时间从捣腾仪器设备的工作中解放出来,专心放在生物学和假说验证上。从这几年CG公司取得的成绩来看,这种做法确实是有效的。2009年,CG公司宣布其测出了第一个人类基因序列,并移交给美国生物科技信息中心数据库。同一年,他们在《科学》上刊文,发布了三个完整人类基因组序列分析的结果,当时文章还宣布,测序的成本已经可以降到1726美元。这在生物界引起了轰动。到了那一年结束,他们已经做出了50个人的基因序列。此外,他们的名字也随着来自各地的科学家一起多次登上了权威学术杂志。除了去年帮助科学家解开了米勒综合征突变难题给科学界留下难忘的印象之外,美国的罗氏公司还曾经借助CG的基因组测序技术,完成了人类科学史上第一例肺癌患者的全基因组比较。相关研究结果刊登在《自然》杂志上。而美国癌症学会也开始和CG公司联手,希望通过其服务比较正常人和癌细胞基因组序列的差异。或许在不久的将来,解开癌症之谜的第一个贡献就属于这些蓝光照耀下的机器人。

  • 英开发出简化的基因组测序新方法

    无需进行文库制备,所用DNA样本比标准方法更少2012年12月13日 来源: 中国科技网 作者: 陈丹 中国科技网讯 据物理学家组织网12月12日(北京时间)报道,英国研究人员简化了基因组测序的标准流程,首次无需进行文库制备便完成了DNA(脱氧核糖核酸)单分子测序,而且新方法只要很少量的DNA就能获得序列数据,用量可低至不到1纳克(10亿分之一克),仅为常规测序方法的500分之一到600分之一。 文库制备是指从测序前基因组样本中提取不同长度的DNA片段,这一过程不仅费力、费时,还会浪费DNA,而新技术能极大地减少DNA的损耗,并缩短测序时间。 该研究论文的第一作者、英国威康信托基金会桑格研究所的保罗·库普兰说:“我们用这种方法对病毒和细菌的基因组测序后发现,即使在相对较低的水平,我们也能够确定所检测的是何种有机物,不论样本中是否存在特定的基因或质粒(这对于确定抗生素耐药性很重要),或者其他信息,如对特定DNA碱基的修改等。”他表示,一旦技术得到优化,将在快速、高效地识别医院和其他医疗场所中的细菌和病毒方面具有很大的应用潜力。 研究小组利用第三代单分子测序系统PacBio RS演示了这种简化的直接测序方法。他们仅仅用800皮克(千分之一纳克)DNA来分析一个生物体的基因组,尽管测序仪只读取了基因组的70个序列片段,相对于常规测序方法获得的数据来说不过是很小的一部分,但这些信息足以让研究人员确定他们所检测的生物体的品种。 这项技术也使得科学家能够对此前无法识别的宏基因组(也称微生物环境基因组)样本中的生物体进行确认。“为微生物测序,首先需要能够在实验室中培养它们。”论文的主要作者、英国巴布拉汉研究所的塔米尔·钱德拉说,“这不仅耗费时间,而且有时候微生物不生长,为它们的基因组测序极其困难。”他表示,新方法可以直接对微生物测序,短时间内便可确定其“身份”。 论文的另一主要作者、威康信托基金会桑格研究所的哈罗德·斯维尔德洛说:“我们的技术可以在对所测序列没有任何先验知识、没有特定微生物试剂的条件下,在很短的时间内操作,这是一种很有前途的替代手段,可应用于控制感染等临床需要。”(记者陈丹) 总编辑圈点 长久以来,基因测序等围绕基因科学所展开的研究,都被人们贴上了从本源上解开人体生命奥秘、彻底解除遗传疾病威胁等殷切的标签。多国为提高社会健康水平,都开展了解码国民DNA的活动,有些甚至覆盖全基因组。然而,面对由30亿个碱基对构成的人类基因组,精确测序注定将是一场浩大而又漫长的工程。如何能快速、准确地将海量DNA数据转化为有帮助的实用信息,已经成为该领域科学家们面临的重大挑战之一。因而我们说,英国科学家此番取得的突破,不管是从整个学科研究的方法论层面,还是从临床应用的角度,都提高了基因研究服务于人类的速度。 《科技日报》(2012-12-13 一版)

  • DNA测序问题大汇总

    以下问题是我摘抄的,当时记在我的记录本上,所以没有记下名字,很是抱歉。但是我想拿出来这是对大家的一种共享,所以祈求大家原谅。Q:我将PCR产物纯化后送测,结果说是双模板,测序峰重叠,请问是模板不纯吗?A:应该指的是模板不纯。可能是割胶纯化时,范围偏大,非目的基因片断亦混入其中。该非目的片断的大小与目的片断也类似。如果片断长度大的话,可以先连一下克隆载体,这样测序应该没有问题。 测序峰重叠不知道你讲的时双峰类型的还是指比较杂乱的而且无序的重叠: 如果是双峰(TP),有可能是标本来源是杂合子的缘故,如果是后者,原因很多,一般看打印出的测许结果大致可以判断。原因:1。有时候PCR产物可能就是失败的产物或者浓度很低。2.提纯不好,非目的片段保留。3.测序时Matrix等条件的错误。Q:测序结果不好,测序峰比较乱,基线不平,测许公司说含有复杂结构,现急需要该序列,请问高手这种情况该怎么办?有什么测许方法?A;我自己曾经亲自做过测序,对于这种情况,一般是有解决的方法的。不过公司不愿意为了你自己的一个样品去专门摸索条件。1. 最大可能是提取的质粒不纯,可以将质粒再次转化后挑单克隆重做(很奏效)。2. 直接在测序前的模板热变性使用86度,5分钟而不是大多数的96度3分钟3. 实在不行切后分别放到T载体上,一般都可以保证顺利读出序列。最后值得一提的是如果能自己根据理论序列给设计几个比较合理的测序引物可能一切就OK了。Q:上星期将我的PCR纯化产物拿到TAKARA测序,结果今天公司打电话来说测了100多个bp就读不下去了,建议我克隆后再测,我的PCR产物纯化只有很亮的一条带,不知道为什么测不出来。答:测不下去的原因主要是序列里面有困难序列,二级结构或短序列重复,比如发卡结构和AT长重复等,甲基化的影响不大清楚,本人认为不会影响测序。所以,PCR产物测不下去的话,克隆后也很难保证测过去。其实就测序来说,PCR产物还是质粒都无所谓,只要样品纯可以了。正向测不通反向再测也可能会测通,因为DNA中正链和反链二级结构不是完全一样的,正链中遇到困难序列在反链中可能相对简单,测序酶可能可以急需合成DNA。另外,还可以改一下测序PCR的反映条件等等,也可以测通。

  • 关于测序电泳槽???

    各位大神: 最近有个朋友跟我提到了一个测序电泳槽,想问问各位大神什么事测序电泳槽啊?它的工作原理是怎么样的,电泳基本知识我知道,但测序电泳它是如何实现测序和微卫星分析等等功能的?

  • 美国应用生物系统公司appliedbiosystems(ABI)DNA测序仪-377

    性能介绍:  377型全自动遗传分析仪采用经典的聚丙烯酰胺凝胶的电泳方式,结合PE公司专利的四色荧光标记,激光检测的方法,具有测序精确度高,每个样品判读序列长(800-1200bp),一次电泳可测定样品数多(96个),快速方便,不需要同位素,测序方法灵活多样等特点,已成为全球应用最多最广的全自动DNA测序仪,尤其在人类基因组测序cDNA文库测序及比较基因组测序研究中应用极其广泛,此外377型全自动DNA测序仪在各种应用软件的辅助下,还可以进行DNA片段大小分析和定量分析,应用于基因突变分析SSCP,DNA指纹图谱分析(AFLP、RAPD、VNTR、STR),基因连锁图谱分析以及基因表达水平的研究,在临床遗传病、传染性病和癌症基因诊断、农业畜牧业的动植物育种、法医鉴定等领域有极其广泛的应用前景。 377型全自动遗传分析仪特点:   专利设计:  采用PE公司专利四色荧光标记,一个泳道测序的方法,避免单一标记(如:同位素标记)四个泳道测序因泳道间迁移率不同对精确度的影响,同时一个样品只占用一个泳道,使一次测定样品数目大大增加(至96个),因而具有精确度高,一次测定样品数多的特点。  测序能力强:  377型全自动遗传分析仪的荧光检测器采用激光激发、CCD摄像机同步成像技术,代表不同碱基信息的不同颜色荧光先经光栅分光,再经CCD摄像机成像,具有一次扫描可检测多种荧光的特点,测序速度高达200bp/小时,此外一个样品一次可测定800-1200个碱基,而同位素测序一次只能测定200-300个碱基。  电脑单点控制整个DNA测序仪的功能:  包括电泳参数设置,数据收集和分析以及结果输出。此外电脑可在电泳过程中对仪器运行状态进行同步监测,电泳结果也可以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。新增加的用户界面卡功能强且简便易学,无论进行DNA序列分析还是DNA片段大小和定量分析,都可在各种软件辅助下方便地进行。  电泳的精确控温:  采用上下缓冲液环泵和温度检测器,使电泳温度恒定在51℃,这样可提高测序精度,调节温度,还可进行特殊应用研究,如:SSCP。此外采用恒定电压,而非恒定功率,可减少迁移率的变化,进一步提高电泳结果的重复性。  新改变的电泳胶板设计和电泳胶配方:  简化了灌胶操作,使灌胶更方便快捷,此外电泳胶的聚合可在最短的时间内完成。  测序方法灵活多样:  采用两种荧光染料标记方法(标记终止物ddNTP法和标记引物5'端法),两种DNA聚合酶(Sequenase和AmpliTaq),提供20钟测序试剂盒,可满足各种DNA模板(单链DNA,双链DNA,PCR产物)和测序策略(鸟枪法、缺失法、基因行走法)的要求。  丰富的应用软件:  有GeneScanTM、GenotyperTM、AutoAssemblerTM、Sequence NavigatorTM等软件,可进行DNA片段大小和定量分析,遗传基因的组型分析,DNA亚克隆序列拼接,DNA和蛋白序列比较。  多功能:  提供三种不同长度的凝胶电泳板,可根据对电泳时间和样品分辨率的不同要求选择,进行DNA序列分析,DNA片段大小分析(碱基分辨率可达1bp)和DNA片段定量分析(可检测从单一分子扩增的产物)。

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